Date: 2019-12-26 01:04:28 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 14389 205
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.957 | 0.984 | ** | |
| SD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.971 | 0.988 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.974 | 0.989 | ** | |
| CV:pam | 2 | 1.000 | 0.971 | 0.988 | ** | |
| MAD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.968 | 0.987 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 0.993 | 0.997 | ** | |
| MAD:pam | 2 | 0.998 | 0.965 | 0.984 | ** | |
| CV:NMF | 2 | 0.979 | 0.942 | 0.977 | ** | |
| CV:skmeans | 2 | 0.969 | 0.953 | 0.981 | ** | |
| ATC:skmeans | 4 | 0.954 | 0.908 | 0.963 | ** | 2,3 |
| MAD:kmeans | 3 | 0.927 | 0.898 | 0.959 | * | 2 |
| ATC:pam | 6 | 0.926 | 0.895 | 0.951 | * | 2,3,4 |
| SD:pam | 3 | 0.904 | 0.887 | 0.956 | * | 2 |
| ATC:hclust | 2 | 0.880 | 0.892 | 0.952 | ||
| MAD:NMF | 2 | 0.844 | 0.889 | 0.956 | ||
| ATC:mclust | 3 | 0.818 | 0.826 | 0.924 | ||
| SD:NMF | 2 | 0.790 | 0.872 | 0.948 | ||
| ATC:NMF | 3 | 0.733 | 0.840 | 0.907 | ||
| MAD:mclust | 2 | 0.586 | 0.874 | 0.922 | ||
| CV:mclust | 2 | 0.563 | 0.821 | 0.908 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.536 | 0.843 | 0.919 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.516 | 0.740 | 0.883 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.512 | 0.785 | 0.899 | ||
| SD:mclust | 2 | 0.466 | 0.862 | 0.907 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.790 0.872 0.948 0.465 0.542 0.542
#> CV:NMF 2 0.979 0.942 0.977 0.459 0.539 0.539
#> MAD:NMF 2 0.844 0.889 0.956 0.464 0.542 0.542
#> ATC:NMF 2 0.482 0.829 0.889 0.316 0.735 0.735
#> SD:skmeans 2 1.000 0.971 0.988 0.500 0.500 0.500
#> CV:skmeans 2 0.969 0.953 0.981 0.500 0.502 0.502
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.968 0.987 0.500 0.501 0.501
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.983 0.994 0.496 0.505 0.505
#> SD:mclust 2 0.466 0.862 0.907 0.434 0.580 0.580
#> CV:mclust 2 0.563 0.821 0.908 0.474 0.516 0.516
#> MAD:mclust 2 0.586 0.874 0.922 0.438 0.568 0.568
#> ATC:mclust 2 0.193 0.297 0.623 0.422 0.514 0.514
#> SD:kmeans 2 1.000 0.957 0.984 0.489 0.514 0.514
#> CV:kmeans 2 1.000 0.974 0.989 0.484 0.518 0.518
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.962 0.985 0.491 0.508 0.508
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.993 0.997 0.485 0.516 0.516
#> SD:pam 2 0.929 0.952 0.978 0.485 0.518 0.518
#> CV:pam 2 1.000 0.971 0.988 0.477 0.526 0.526
#> MAD:pam 2 0.998 0.965 0.984 0.484 0.518 0.518
#> ATC:pam 2 1.000 0.989 0.996 0.486 0.514 0.514
#> SD:hclust 2 0.516 0.740 0.883 0.439 0.536 0.536
#> CV:hclust 2 0.536 0.843 0.919 0.470 0.529 0.529
#> MAD:hclust 2 0.512 0.785 0.899 0.460 0.516 0.516
#> ATC:hclust 2 0.880 0.892 0.952 0.479 0.512 0.512
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.602 0.625 0.844 0.304 0.806 0.663
#> CV:NMF 3 0.513 0.329 0.601 0.364 0.751 0.581
#> MAD:NMF 3 0.605 0.699 0.857 0.312 0.809 0.662
#> ATC:NMF 3 0.733 0.840 0.907 0.816 0.642 0.533
#> SD:skmeans 3 0.761 0.795 0.877 0.231 0.881 0.765
#> CV:skmeans 3 0.727 0.606 0.827 0.279 0.835 0.679
#> MAD:skmeans 3 0.795 0.886 0.920 0.215 0.880 0.764
#> ATC:skmeans 3 0.953 0.969 0.980 0.229 0.867 0.739
#> SD:mclust 3 0.369 0.686 0.801 0.428 0.517 0.319
#> CV:mclust 3 0.451 0.610 0.825 0.225 0.587 0.385
#> MAD:mclust 3 0.387 0.589 0.734 0.315 0.900 0.827
#> ATC:mclust 3 0.818 0.826 0.924 0.511 0.593 0.370
#> SD:kmeans 3 0.887 0.907 0.957 0.307 0.757 0.567
#> CV:kmeans 3 0.636 0.746 0.869 0.356 0.764 0.565
#> MAD:kmeans 3 0.927 0.898 0.959 0.311 0.769 0.580
#> ATC:kmeans 3 0.786 0.784 0.914 0.328 0.751 0.551
#> SD:pam 3 0.904 0.887 0.956 0.345 0.728 0.521
#> CV:pam 3 0.652 0.755 0.873 0.341 0.767 0.584
#> MAD:pam 3 0.893 0.888 0.956 0.351 0.734 0.528
#> ATC:pam 3 0.978 0.929 0.970 0.354 0.735 0.528
#> SD:hclust 3 0.443 0.582 0.734 0.381 0.857 0.741
#> CV:hclust 3 0.500 0.793 0.826 0.195 1.000 1.000
#> MAD:hclust 3 0.471 0.673 0.807 0.360 0.771 0.586
#> ATC:hclust 3 0.675 0.760 0.849 0.226 0.869 0.750
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.560 0.534 0.789 0.1783 0.715 0.412
#> CV:NMF 4 0.592 0.466 0.695 0.1516 0.670 0.344
#> MAD:NMF 4 0.515 0.423 0.646 0.1650 0.803 0.554
#> ATC:NMF 4 0.557 0.708 0.822 0.1965 0.830 0.632
#> SD:skmeans 4 0.688 0.629 0.813 0.1249 0.869 0.692
#> CV:skmeans 4 0.647 0.531 0.700 0.1251 0.882 0.701
#> MAD:skmeans 4 0.706 0.717 0.842 0.1296 0.920 0.800
#> ATC:skmeans 4 0.954 0.908 0.963 0.0543 0.922 0.807
#> SD:mclust 4 0.668 0.826 0.898 0.0325 0.672 0.375
#> CV:mclust 4 0.450 0.540 0.759 0.1529 0.683 0.378
#> MAD:mclust 4 0.611 0.791 0.886 0.1332 0.783 0.593
#> ATC:mclust 4 0.526 0.658 0.751 0.0639 0.924 0.817
#> SD:kmeans 4 0.713 0.767 0.872 0.1416 0.779 0.478
#> CV:kmeans 4 0.579 0.580 0.714 0.1151 0.876 0.655
#> MAD:kmeans 4 0.761 0.838 0.909 0.1435 0.774 0.465
#> ATC:kmeans 4 0.885 0.837 0.931 0.1417 0.785 0.480
#> SD:pam 4 0.761 0.815 0.914 0.0722 0.868 0.661
#> CV:pam 4 0.659 0.728 0.856 0.0788 0.945 0.849
#> MAD:pam 4 0.809 0.841 0.926 0.0810 0.874 0.672
#> ATC:pam 4 1.000 0.954 0.982 0.0759 0.873 0.666
#> SD:hclust 4 0.500 0.575 0.734 0.1501 0.757 0.488
#> CV:hclust 4 0.486 0.486 0.761 0.0997 0.884 0.782
#> MAD:hclust 4 0.524 0.476 0.721 0.1092 0.803 0.540
#> ATC:hclust 4 0.694 0.693 0.840 0.0192 0.998 0.994
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.763 0.739 0.874 0.0961 0.804 0.425
#> CV:NMF 5 0.761 0.753 0.877 0.0871 0.799 0.422
#> MAD:NMF 5 0.735 0.746 0.871 0.0972 0.813 0.466
#> ATC:NMF 5 0.497 0.576 0.746 0.0575 0.912 0.745
#> SD:skmeans 5 0.715 0.642 0.811 0.0998 0.881 0.654
#> CV:skmeans 5 0.622 0.508 0.672 0.0730 0.814 0.474
#> MAD:skmeans 5 0.734 0.662 0.802 0.0991 0.867 0.620
#> ATC:skmeans 5 0.869 0.862 0.934 0.0809 0.930 0.805
#> SD:mclust 5 0.603 0.641 0.810 0.1412 0.851 0.617
#> CV:mclust 5 0.525 0.585 0.737 0.0938 0.938 0.806
#> MAD:mclust 5 0.628 0.665 0.838 0.1283 0.848 0.608
#> ATC:mclust 5 0.599 0.661 0.766 0.0454 0.894 0.742
#> SD:kmeans 5 0.656 0.542 0.716 0.0707 0.888 0.626
#> CV:kmeans 5 0.631 0.549 0.701 0.0682 0.870 0.576
#> MAD:kmeans 5 0.679 0.569 0.751 0.0654 0.963 0.861
#> ATC:kmeans 5 0.722 0.583 0.780 0.0632 0.947 0.812
#> SD:pam 5 0.699 0.725 0.837 0.0493 0.898 0.701
#> CV:pam 5 0.675 0.654 0.838 0.1248 0.840 0.541
#> MAD:pam 5 0.676 0.518 0.781 0.0718 0.952 0.848
#> ATC:pam 5 0.750 0.765 0.838 0.0914 0.897 0.663
#> SD:hclust 5 0.533 0.625 0.742 0.0615 0.906 0.703
#> CV:hclust 5 0.494 0.503 0.750 0.0438 0.939 0.859
#> MAD:hclust 5 0.539 0.499 0.723 0.0668 0.900 0.689
#> ATC:hclust 5 0.588 0.561 0.737 0.1012 0.808 0.577
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.661 0.523 0.716 0.0442 0.884 0.558
#> CV:NMF 6 0.718 0.579 0.765 0.0523 0.875 0.513
#> MAD:NMF 6 0.655 0.482 0.707 0.0489 0.874 0.543
#> ATC:NMF 6 0.473 0.518 0.715 0.0383 0.937 0.795
#> SD:skmeans 6 0.697 0.626 0.802 0.0486 0.914 0.687
#> CV:skmeans 6 0.667 0.580 0.752 0.0490 0.924 0.678
#> MAD:skmeans 6 0.720 0.650 0.819 0.0522 0.901 0.642
#> ATC:skmeans 6 0.798 0.779 0.894 0.0401 0.983 0.945
#> SD:mclust 6 0.579 0.613 0.742 0.0475 0.905 0.687
#> CV:mclust 6 0.579 0.527 0.690 0.0520 0.904 0.688
#> MAD:mclust 6 0.615 0.454 0.718 0.0414 0.874 0.591
#> ATC:mclust 6 0.659 0.649 0.797 0.0891 0.828 0.529
#> SD:kmeans 6 0.674 0.555 0.732 0.0454 0.850 0.460
#> CV:kmeans 6 0.685 0.652 0.773 0.0451 0.885 0.549
#> MAD:kmeans 6 0.688 0.504 0.712 0.0415 0.844 0.465
#> ATC:kmeans 6 0.721 0.559 0.751 0.0451 0.841 0.455
#> SD:pam 6 0.695 0.331 0.590 0.0732 0.802 0.419
#> CV:pam 6 0.654 0.534 0.713 0.0565 0.872 0.504
#> MAD:pam 6 0.671 0.577 0.773 0.0527 0.893 0.655
#> ATC:pam 6 0.926 0.895 0.951 0.0526 0.935 0.724
#> SD:hclust 6 0.551 0.588 0.754 0.0258 0.982 0.930
#> CV:hclust 6 0.511 0.560 0.762 0.1015 0.872 0.688
#> MAD:hclust 6 0.567 0.510 0.666 0.0209 0.833 0.464
#> ATC:hclust 6 0.631 0.635 0.805 0.0507 0.918 0.760
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.516 0.740 0.883 0.4385 0.536 0.536
#> 3 3 0.443 0.582 0.734 0.3807 0.857 0.741
#> 4 4 0.500 0.575 0.734 0.1501 0.757 0.488
#> 5 5 0.533 0.625 0.742 0.0615 0.906 0.703
#> 6 6 0.551 0.588 0.754 0.0258 0.982 0.930
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.3114 0.86663 0.944 0.056
#> SRR2049621 2 0.4022 0.80505 0.080 0.920
#> SRR2049622 1 0.3584 0.86178 0.932 0.068
#> SRR2049620 1 0.9552 0.40873 0.624 0.376
#> SRR2049619 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.8144 0.68207 0.252 0.748
#> SRR2049617 2 0.0672 0.82629 0.008 0.992
#> SRR2049616 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.9170 0.56306 0.332 0.668
#> SRR2049614 1 1.0000 -0.06085 0.504 0.496
#> SRR2049613 1 1.0000 -0.06085 0.504 0.496
#> SRR2049612 1 0.1184 0.87380 0.984 0.016
#> SRR2049611 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.9635 0.37199 0.612 0.388
#> SRR2049607 1 0.9954 0.11683 0.540 0.460
#> SRR2049606 1 0.1633 0.87352 0.976 0.024
#> SRR2049605 1 0.4161 0.85245 0.916 0.084
#> SRR2049604 1 0.6887 0.75645 0.816 0.184
#> SRR2049603 1 0.0672 0.87276 0.992 0.008
#> SRR2049602 1 0.1184 0.87380 0.984 0.016
#> SRR2049601 1 0.0938 0.87358 0.988 0.012
#> SRR2049600 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.3114 0.86663 0.944 0.056
#> SRR2049597 1 0.3733 0.86009 0.928 0.072
#> SRR2049596 1 0.1843 0.87301 0.972 0.028
#> SRR2049595 1 0.8861 0.57301 0.696 0.304
#> SRR2049594 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.2236 0.87135 0.964 0.036
#> SRR2049592 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0938 0.87348 0.988 0.012
#> SRR2049590 1 0.0938 0.87348 0.988 0.012
#> SRR2049589 1 0.0938 0.87348 0.988 0.012
#> SRR2049588 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.8861 0.57301 0.696 0.304
#> SRR2049585 1 0.1184 0.87380 0.984 0.016
#> SRR2049584 1 0.2236 0.87135 0.964 0.036
#> SRR2049583 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.4431 0.80083 0.092 0.908
#> SRR2049788 2 0.8207 0.67468 0.256 0.744
#> SRR2049787 2 0.6148 0.76764 0.152 0.848
#> SRR2049786 1 0.9954 0.09524 0.540 0.460
#> SRR2049785 2 0.4939 0.79284 0.108 0.892
#> SRR2049784 1 0.3733 0.86008 0.928 0.072
#> SRR2049783 2 0.9170 0.56624 0.332 0.668
#> SRR2049782 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.4939 0.79284 0.108 0.892
#> SRR2049780 2 0.9661 0.42885 0.392 0.608
#> SRR2049779 2 0.9460 0.50110 0.364 0.636
#> SRR2049778 1 0.0938 0.87359 0.988 0.012
#> SRR2049777 2 0.7299 0.72808 0.204 0.796
#> SRR2049776 1 0.3733 0.86008 0.928 0.072
#> SRR2049775 2 0.5946 0.77204 0.144 0.856
#> SRR2049774 1 0.4298 0.84996 0.912 0.088
#> SRR2049773 2 0.9460 0.50110 0.364 0.636
#> SRR2049772 1 0.3114 0.86663 0.944 0.056
#> SRR2049771 1 0.9963 0.08080 0.536 0.464
#> SRR2049770 1 0.3879 0.85797 0.924 0.076
#> SRR2049769 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0672 0.82629 0.008 0.992
#> SRR2049767 1 0.9170 0.51514 0.668 0.332
#> SRR2049766 1 0.3584 0.86147 0.932 0.068
#> SRR2049765 2 0.9044 0.58378 0.320 0.680
#> SRR2049764 2 0.9983 0.16211 0.476 0.524
#> SRR2049763 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0672 0.82629 0.008 0.992
#> SRR2049758 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0938 0.87358 0.988 0.012
#> SRR2049755 2 0.9988 0.14084 0.480 0.520
#> SRR2049757 2 0.8386 0.66309 0.268 0.732
#> SRR2049754 1 0.6148 0.79224 0.848 0.152
#> SRR2049752 1 0.3879 0.85859 0.924 0.076
#> SRR2049751 2 0.6148 0.76764 0.152 0.848
#> SRR2049749 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.9393 0.51824 0.356 0.644
#> SRR2049744 1 0.2236 0.87135 0.964 0.036
#> SRR2049743 2 0.9661 0.42885 0.392 0.608
#> SRR2049745 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.3431 0.86460 0.936 0.064
#> SRR2049741 1 0.9170 0.51514 0.668 0.332
#> SRR2049738 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.2603 0.86942 0.956 0.044
#> SRR2049739 2 0.9580 0.46394 0.380 0.620
#> SRR2049740 1 0.8861 0.57301 0.696 0.304
#> SRR2049736 1 0.8016 0.67719 0.756 0.244
#> SRR2049735 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.8327 0.66685 0.264 0.736
#> SRR2049733 1 0.8016 0.67753 0.756 0.244
#> SRR2049731 2 0.9427 0.51162 0.360 0.640
#> SRR2049729 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.1633 0.87376 0.976 0.024
#> SRR2049728 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.4298 0.80197 0.088 0.912
#> SRR2049724 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0376 0.87182 0.996 0.004
#> SRR2049719 2 0.9661 0.43318 0.392 0.608
#> SRR2049722 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.3584 0.86147 0.932 0.068
#> SRR2049716 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0938 0.87208 0.988 0.012
#> SRR2049717 2 0.8081 0.68484 0.248 0.752
#> SRR2049715 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.4022 0.85488 0.920 0.080
#> SRR2049712 1 0.9996 -0.00735 0.512 0.488
#> SRR2049711 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.1184 0.87380 0.984 0.016
#> SRR2049705 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.1184 0.87380 0.984 0.016
#> SRR2049702 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.9000 0.55198 0.684 0.316
#> SRR2049700 1 0.9996 -0.00476 0.512 0.488
#> SRR2049701 1 0.3114 0.86588 0.944 0.056
#> SRR2049699 1 0.8909 0.56927 0.692 0.308
#> SRR2049697 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.4161 0.85245 0.916 0.084
#> SRR2049693 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0938 0.87373 0.988 0.012
#> SRR2049692 1 0.8267 0.65324 0.740 0.260
#> SRR2049689 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.9286 0.49077 0.656 0.344
#> SRR2049687 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0938 0.87373 0.988 0.012
#> SRR2049685 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.9286 0.49161 0.656 0.344
#> SRR2049683 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.9000 0.55198 0.684 0.316
#> SRR2049680 2 0.7745 0.70674 0.228 0.772
#> SRR2049681 1 0.9933 0.14916 0.548 0.452
#> SRR2049678 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.4022 0.85488 0.920 0.080
#> SRR2049677 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.9427 0.45199 0.640 0.360
#> SRR2049672 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.4022 0.85488 0.920 0.080
#> SRR2049670 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.6887 0.75874 0.816 0.184
#> SRR2049669 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.9710 0.33847 0.600 0.400
#> SRR2049665 1 0.3431 0.86351 0.936 0.064
#> SRR2049664 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.4939 0.83388 0.892 0.108
#> SRR2049663 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.2043 0.87300 0.968 0.032
#> SRR2049659 2 0.0672 0.82597 0.008 0.992
#> SRR2049657 1 0.1184 0.87380 0.984 0.016
#> SRR2049658 1 0.4161 0.85245 0.916 0.084
#> SRR2049655 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0938 0.87348 0.988 0.012
#> SRR2049654 1 0.1184 0.87380 0.984 0.016
#> SRR2049652 1 0.2948 0.86791 0.948 0.052
#> SRR2049653 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.1184 0.87380 0.984 0.016
#> SRR2049650 1 0.1843 0.87312 0.972 0.028
#> SRR2049651 2 0.9970 0.18913 0.468 0.532
#> SRR2049647 1 0.4161 0.85245 0.916 0.084
#> SRR2049648 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.7299 0.72777 0.204 0.796
#> SRR2049644 1 0.9996 -0.00735 0.512 0.488
#> SRR2049645 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0672 0.87308 0.992 0.008
#> SRR2049641 1 0.3733 0.86008 0.928 0.072
#> SRR2049639 2 0.9993 0.12801 0.484 0.516
#> SRR2049638 1 0.0000 0.87075 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.2948 0.86791 0.948 0.052
#> SRR2049636 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.1184 0.87380 0.984 0.016
#> SRR2049637 2 0.2043 0.82037 0.032 0.968
#> SRR2049634 1 0.1843 0.87312 0.972 0.028
#> SRR2049633 2 0.8207 0.67728 0.256 0.744
#> SRR2049632 2 0.9580 0.46203 0.380 0.620
#> SRR2049631 2 0.0000 0.82735 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.9460 0.50110 0.364 0.636
#> SRR2049628 1 0.6247 0.79247 0.844 0.156
#> SRR2049629 2 0.9580 0.46203 0.380 0.620
#> SRR2049627 1 0.4815 0.83795 0.896 0.104
#> SRR2049626 1 0.3431 0.86405 0.936 0.064
#> SRR2049625 1 0.9170 0.51514 0.668 0.332
#> SRR2049624 1 0.4431 0.84443 0.908 0.092
#> SRR2049623 1 0.8608 0.60876 0.716 0.284
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.4235 0.55535 0.824 0.000 0.176
#> SRR2049621 2 0.5343 0.71027 0.052 0.816 0.132
#> SRR2049622 1 0.4452 0.53389 0.808 0.000 0.192
#> SRR2049620 3 0.7990 0.51841 0.452 0.060 0.488
#> SRR2049619 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049618 3 0.9371 0.58235 0.172 0.376 0.452
#> SRR2049617 2 0.5268 0.68750 0.012 0.776 0.212
#> SRR2049616 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049615 3 0.9326 0.72301 0.204 0.284 0.512
#> SRR2049614 3 0.6929 0.76544 0.260 0.052 0.688
#> SRR2049613 3 0.6929 0.76544 0.260 0.052 0.688
#> SRR2049612 1 0.0892 0.65936 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049611 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049610 2 0.0747 0.85826 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049609 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049608 3 0.8460 0.55725 0.440 0.088 0.472
#> SRR2049607 3 0.8402 0.70044 0.376 0.092 0.532
#> SRR2049606 1 0.2261 0.64176 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049605 1 0.4062 0.56632 0.836 0.000 0.164
#> SRR2049604 1 0.6823 0.22559 0.668 0.036 0.296
#> SRR2049603 1 0.4750 0.66605 0.784 0.000 0.216
#> SRR2049602 1 0.1163 0.65683 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049601 1 0.2165 0.66711 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049600 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049599 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049598 1 0.4235 0.55535 0.824 0.000 0.176
#> SRR2049597 1 0.3752 0.59629 0.856 0.000 0.144
#> SRR2049596 1 0.2878 0.62476 0.904 0.000 0.096
#> SRR2049595 1 0.7785 -0.30451 0.528 0.052 0.420
#> SRR2049594 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049593 1 0.3192 0.61336 0.888 0.000 0.112
#> SRR2049592 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049591 1 0.0592 0.66187 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049590 1 0.0592 0.66187 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049589 1 0.0592 0.66187 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049588 1 0.5291 0.65860 0.732 0.000 0.268
#> SRR2049586 1 0.7785 -0.30451 0.528 0.052 0.420
#> SRR2049585 1 0.0892 0.65936 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049584 1 0.3192 0.61336 0.888 0.000 0.112
#> SRR2049583 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049789 2 0.7866 0.18820 0.060 0.552 0.388
#> SRR2049788 3 0.9294 0.58950 0.172 0.344 0.484
#> SRR2049787 2 0.8571 -0.00619 0.112 0.548 0.340
#> SRR2049786 3 0.6823 0.73609 0.296 0.036 0.668
#> SRR2049785 2 0.8227 0.10836 0.080 0.536 0.384
#> SRR2049784 1 0.4399 0.58771 0.812 0.000 0.188
#> SRR2049783 3 0.9243 0.74322 0.208 0.264 0.528
#> SRR2049782 2 0.1529 0.85323 0.000 0.960 0.040
#> SRR2049781 2 0.8227 0.10836 0.080 0.536 0.384
#> SRR2049780 3 0.8336 0.78994 0.224 0.152 0.624
#> SRR2049779 3 0.8868 0.78811 0.228 0.196 0.576
#> SRR2049778 1 0.5363 0.66227 0.724 0.000 0.276
#> SRR2049777 3 0.9110 0.45190 0.140 0.420 0.440
#> SRR2049776 1 0.4399 0.58771 0.812 0.000 0.188
#> SRR2049775 2 0.8608 -0.12525 0.100 0.488 0.412
#> SRR2049774 1 0.4235 0.55256 0.824 0.000 0.176
#> SRR2049773 3 0.8868 0.78811 0.228 0.196 0.576
#> SRR2049772 1 0.4235 0.55535 0.824 0.000 0.176
#> SRR2049771 3 0.6823 0.73886 0.296 0.036 0.668
#> SRR2049770 1 0.5291 0.58515 0.732 0.000 0.268
#> SRR2049769 2 0.4172 0.76194 0.004 0.840 0.156
#> SRR2049768 2 0.5171 0.69681 0.012 0.784 0.204
#> SRR2049767 1 0.7901 -0.38353 0.504 0.056 0.440
#> SRR2049766 1 0.3686 0.59871 0.860 0.000 0.140
#> SRR2049765 3 0.9386 0.70448 0.204 0.296 0.500
#> SRR2049764 3 0.8172 0.79163 0.272 0.112 0.616
#> SRR2049763 2 0.1529 0.85323 0.000 0.960 0.040
#> SRR2049762 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049761 2 0.1529 0.85243 0.000 0.960 0.040
#> SRR2049760 1 0.5138 0.66193 0.748 0.000 0.252
#> SRR2049759 2 0.5493 0.65969 0.012 0.756 0.232
#> SRR2049758 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049756 1 0.2165 0.66711 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049755 3 0.8625 0.77738 0.316 0.124 0.560
#> SRR2049757 3 0.9189 0.62728 0.164 0.336 0.500
#> SRR2049754 1 0.5728 0.36329 0.720 0.008 0.272
#> SRR2049752 1 0.4002 0.58212 0.840 0.000 0.160
#> SRR2049751 2 0.8571 -0.00619 0.112 0.548 0.340
#> SRR2049749 2 0.0892 0.85884 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049753 2 0.1643 0.85183 0.000 0.956 0.044
#> SRR2049750 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049748 3 0.9328 0.76076 0.232 0.248 0.520
#> SRR2049744 1 0.3192 0.61336 0.888 0.000 0.112
#> SRR2049743 3 0.8336 0.78994 0.224 0.152 0.624
#> SRR2049745 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049747 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049742 1 0.3619 0.59599 0.864 0.000 0.136
#> SRR2049741 1 0.7895 -0.37384 0.508 0.056 0.436
#> SRR2049738 2 0.1643 0.85181 0.000 0.956 0.044
#> SRR2049737 1 0.3941 0.62601 0.844 0.000 0.156
#> SRR2049739 3 0.8727 0.79474 0.236 0.176 0.588
#> SRR2049740 1 0.7777 -0.29408 0.532 0.052 0.416
#> SRR2049736 1 0.6675 -0.08177 0.584 0.012 0.404
#> SRR2049735 2 0.1529 0.85319 0.000 0.960 0.040
#> SRR2049732 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049730 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049734 3 0.9338 0.59569 0.172 0.360 0.468
#> SRR2049733 1 0.6688 -0.09399 0.580 0.012 0.408
#> SRR2049731 3 0.9357 0.76022 0.236 0.248 0.516
#> SRR2049729 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049727 1 0.3412 0.67046 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049728 1 0.5138 0.66208 0.748 0.000 0.252
#> SRR2049725 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049726 2 0.8013 0.21018 0.072 0.564 0.364
#> SRR2049724 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049723 1 0.5291 0.65860 0.732 0.000 0.268
#> SRR2049720 1 0.5397 0.66011 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049719 3 0.8703 0.79767 0.244 0.168 0.588
#> SRR2049722 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049721 1 0.3412 0.61149 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049716 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049718 1 0.5926 0.61414 0.644 0.000 0.356
#> SRR2049717 3 0.9263 0.60055 0.164 0.360 0.476
#> SRR2049715 2 0.1529 0.85323 0.000 0.960 0.040
#> SRR2049714 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049713 1 0.3816 0.58394 0.852 0.000 0.148
#> SRR2049712 3 0.8635 0.73137 0.356 0.112 0.532
#> SRR2049711 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049710 2 0.0892 0.85872 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049709 1 0.5216 0.66052 0.740 0.000 0.260
#> SRR2049707 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049708 1 0.5291 0.65860 0.732 0.000 0.268
#> SRR2049706 1 0.0892 0.65936 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049705 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049704 1 0.0892 0.65936 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049702 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049703 1 0.7901 -0.27398 0.540 0.060 0.400
#> SRR2049700 3 0.8984 0.72375 0.368 0.136 0.496
#> SRR2049701 1 0.3116 0.61558 0.892 0.000 0.108
#> SRR2049699 1 0.7534 -0.28743 0.532 0.040 0.428
#> SRR2049697 2 0.1163 0.85777 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049698 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049696 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049694 1 0.4062 0.56632 0.836 0.000 0.164
#> SRR2049693 2 0.0747 0.85826 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049695 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049691 1 0.4887 0.66730 0.772 0.000 0.228
#> SRR2049692 1 0.6745 -0.16731 0.560 0.012 0.428
#> SRR2049689 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049690 1 0.5291 0.65860 0.732 0.000 0.268
#> SRR2049688 1 0.7585 -0.43726 0.484 0.040 0.476
#> SRR2049687 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049686 1 0.4842 0.66761 0.776 0.000 0.224
#> SRR2049685 2 0.0747 0.85826 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049684 1 0.8107 -0.37531 0.508 0.068 0.424
#> SRR2049683 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049682 1 0.7901 -0.27398 0.540 0.060 0.400
#> SRR2049680 3 0.9293 0.51788 0.160 0.400 0.440
#> SRR2049681 3 0.9172 0.66445 0.396 0.148 0.456
#> SRR2049678 2 0.0747 0.85826 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049679 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049676 2 0.0747 0.85803 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049675 1 0.3816 0.58394 0.852 0.000 0.148
#> SRR2049677 2 0.0747 0.85901 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049674 1 0.8206 -0.45854 0.480 0.072 0.448
#> SRR2049672 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049671 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049673 1 0.3816 0.58394 0.852 0.000 0.148
#> SRR2049670 2 0.0237 0.85707 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049668 1 0.6062 0.32944 0.708 0.016 0.276
#> SRR2049669 2 0.0747 0.85803 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049667 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049666 3 0.8322 0.57749 0.428 0.080 0.492
#> SRR2049665 1 0.5529 0.60897 0.704 0.000 0.296
#> SRR2049664 1 0.5216 0.66052 0.740 0.000 0.260
#> SRR2049661 1 0.4452 0.52891 0.808 0.000 0.192
#> SRR2049663 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049660 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049662 1 0.4702 0.66603 0.788 0.000 0.212
#> SRR2049659 2 0.3120 0.81663 0.012 0.908 0.080
#> SRR2049657 1 0.1289 0.65842 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049658 1 0.4062 0.56632 0.836 0.000 0.164
#> SRR2049655 1 0.5859 0.62167 0.656 0.000 0.344
#> SRR2049656 1 0.0592 0.66187 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049654 1 0.1031 0.66056 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049652 1 0.4346 0.57769 0.816 0.000 0.184
#> SRR2049653 2 0.1163 0.85777 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049649 1 0.1643 0.66240 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049650 1 0.2711 0.66065 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049651 3 0.8269 0.77437 0.316 0.100 0.584
#> SRR2049647 1 0.4062 0.56632 0.836 0.000 0.164
#> SRR2049648 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049646 2 0.9059 -0.36014 0.136 0.456 0.408
#> SRR2049644 3 0.8620 0.73484 0.352 0.112 0.536
#> SRR2049645 1 0.5363 0.65687 0.724 0.000 0.276
#> SRR2049643 1 0.5327 0.65950 0.728 0.000 0.272
#> SRR2049641 1 0.4399 0.58771 0.812 0.000 0.188
#> SRR2049639 3 0.7489 0.77294 0.256 0.080 0.664
#> SRR2049638 1 0.5397 0.65554 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049640 1 0.4178 0.55970 0.828 0.000 0.172
#> SRR2049636 2 0.1643 0.85181 0.000 0.956 0.044
#> SRR2049635 1 0.2066 0.66606 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049637 2 0.3590 0.80781 0.028 0.896 0.076
#> SRR2049634 1 0.3551 0.66464 0.868 0.000 0.132
#> SRR2049633 3 0.9399 0.59276 0.176 0.372 0.452
#> SRR2049632 3 0.8448 0.79031 0.220 0.164 0.616
#> SRR2049631 2 0.1529 0.85323 0.000 0.960 0.040
#> SRR2049630 3 0.8868 0.78811 0.228 0.196 0.576
#> SRR2049628 1 0.6096 0.35748 0.704 0.016 0.280
#> SRR2049629 3 0.8448 0.79031 0.220 0.164 0.616
#> SRR2049627 1 0.5138 0.43902 0.748 0.000 0.252
#> SRR2049626 1 0.4062 0.61004 0.836 0.000 0.164
#> SRR2049625 1 0.7901 -0.38353 0.504 0.056 0.440
#> SRR2049624 1 0.5621 0.59294 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049623 1 0.7123 -0.07148 0.604 0.032 0.364
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 3 0.4904 0.6314 0.216 0.040 0.744 0.000
#> SRR2049621 4 0.5568 0.5902 0.000 0.152 0.120 0.728
#> SRR2049622 3 0.4677 0.6418 0.192 0.040 0.768 0.000
#> SRR2049620 3 0.5811 0.3103 0.044 0.212 0.716 0.028
#> SRR2049619 1 0.0336 0.8602 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049618 3 0.7841 -0.5707 0.000 0.284 0.404 0.312
#> SRR2049617 4 0.5883 0.4732 0.000 0.288 0.064 0.648
#> SRR2049616 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.7129 0.6940 0.000 0.560 0.244 0.196
#> SRR2049614 2 0.3730 0.6693 0.004 0.836 0.144 0.016
#> SRR2049613 2 0.3730 0.6693 0.004 0.836 0.144 0.016
#> SRR2049612 3 0.4933 0.4228 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR2049611 1 0.1388 0.8412 0.960 0.028 0.012 0.000
#> SRR2049610 4 0.0707 0.8671 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049609 1 0.1302 0.8537 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049608 3 0.6304 0.0878 0.040 0.292 0.640 0.028
#> SRR2049607 3 0.6031 -0.1353 0.016 0.348 0.608 0.028
#> SRR2049606 3 0.4761 0.5186 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR2049605 3 0.3907 0.6361 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR2049604 3 0.3505 0.5941 0.088 0.048 0.864 0.000
#> SRR2049603 1 0.3219 0.7305 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR2049602 3 0.4898 0.4483 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR2049601 1 0.4981 -0.1871 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 3 0.4904 0.6314 0.216 0.040 0.744 0.000
#> SRR2049597 3 0.5069 0.6022 0.320 0.016 0.664 0.000
#> SRR2049596 3 0.4543 0.5764 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR2049595 3 0.4866 0.4302 0.044 0.160 0.784 0.012
#> SRR2049594 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 3 0.4406 0.5972 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR2049592 1 0.0336 0.8602 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049591 3 0.4967 0.3867 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049590 3 0.4967 0.3867 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049589 3 0.4967 0.3867 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049588 1 0.1940 0.8392 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049586 3 0.4866 0.4302 0.044 0.160 0.784 0.012
#> SRR2049585 3 0.4925 0.4281 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR2049584 3 0.4431 0.5956 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.6871 0.2422 0.000 0.480 0.104 0.416
#> SRR2049788 2 0.7143 0.6534 0.000 0.560 0.232 0.208
#> SRR2049787 4 0.7558 -0.2549 0.000 0.296 0.224 0.480
#> SRR2049786 2 0.3157 0.6479 0.004 0.852 0.144 0.000
#> SRR2049785 2 0.7055 0.3055 0.000 0.480 0.124 0.396
#> SRR2049784 3 0.5088 0.6138 0.288 0.024 0.688 0.000
#> SRR2049783 2 0.7545 0.6189 0.000 0.416 0.396 0.188
#> SRR2049782 4 0.2408 0.8367 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR2049781 2 0.7055 0.3055 0.000 0.480 0.124 0.396
#> SRR2049780 2 0.3810 0.7038 0.000 0.804 0.188 0.008
#> SRR2049779 2 0.6714 0.6772 0.000 0.540 0.360 0.100
#> SRR2049778 1 0.3160 0.8006 0.872 0.020 0.108 0.000
#> SRR2049777 2 0.7920 0.5245 0.000 0.344 0.316 0.340
#> SRR2049776 3 0.5088 0.6138 0.288 0.024 0.688 0.000
#> SRR2049775 2 0.7108 0.4166 0.000 0.512 0.140 0.348
#> SRR2049774 3 0.4898 0.6371 0.260 0.024 0.716 0.000
#> SRR2049773 2 0.6714 0.6772 0.000 0.540 0.360 0.100
#> SRR2049772 3 0.4904 0.6314 0.216 0.040 0.744 0.000
#> SRR2049771 2 0.3400 0.6512 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR2049770 3 0.6300 0.5147 0.308 0.084 0.608 0.000
#> SRR2049769 4 0.3942 0.6857 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR2049768 4 0.5835 0.4906 0.000 0.280 0.064 0.656
#> SRR2049767 3 0.4738 0.3919 0.032 0.172 0.784 0.012
#> SRR2049766 3 0.4164 0.6216 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR2049765 2 0.7140 0.6841 0.000 0.560 0.236 0.204
#> SRR2049764 2 0.4532 0.6903 0.000 0.792 0.156 0.052
#> SRR2049763 4 0.2408 0.8367 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR2049762 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 4 0.2345 0.8384 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR2049760 1 0.2647 0.7940 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR2049759 4 0.5993 0.4315 0.000 0.308 0.064 0.628
#> SRR2049758 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.4981 -0.1871 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR2049755 2 0.6984 0.4494 0.028 0.468 0.452 0.052
#> SRR2049757 2 0.7830 0.6114 0.000 0.384 0.356 0.260
#> SRR2049754 3 0.4656 0.6436 0.160 0.056 0.784 0.000
#> SRR2049752 3 0.5231 0.6157 0.296 0.028 0.676 0.000
#> SRR2049751 4 0.7558 -0.2549 0.000 0.296 0.224 0.480
#> SRR2049749 4 0.0707 0.8683 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049753 4 0.2081 0.8489 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR2049750 1 0.1510 0.8429 0.956 0.028 0.016 0.000
#> SRR2049748 3 0.7451 -0.5947 0.000 0.408 0.420 0.172
#> SRR2049744 3 0.4406 0.5972 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR2049743 2 0.3810 0.7038 0.000 0.804 0.188 0.008
#> SRR2049745 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.4957 0.6082 0.300 0.016 0.684 0.000
#> SRR2049741 3 0.4693 0.3962 0.032 0.168 0.788 0.012
#> SRR2049738 4 0.2281 0.8424 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR2049737 3 0.4643 0.5613 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR2049739 2 0.6617 0.6505 0.000 0.532 0.380 0.088
#> SRR2049740 3 0.4819 0.4339 0.044 0.156 0.788 0.012
#> SRR2049736 3 0.5436 0.4938 0.092 0.176 0.732 0.000
#> SRR2049735 4 0.2011 0.8506 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR2049732 1 0.1940 0.8366 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049730 1 0.1388 0.8412 0.960 0.028 0.012 0.000
#> SRR2049734 2 0.7853 0.5946 0.000 0.400 0.308 0.292
#> SRR2049733 3 0.5661 0.4474 0.080 0.220 0.700 0.000
#> SRR2049731 3 0.7614 -0.5922 0.004 0.408 0.416 0.172
#> SRR2049729 1 0.1733 0.8453 0.948 0.028 0.024 0.000
#> SRR2049727 1 0.4994 -0.1641 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR2049728 1 0.2216 0.8264 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049725 1 0.1388 0.8412 0.960 0.028 0.012 0.000
#> SRR2049726 2 0.6837 0.2069 0.000 0.472 0.100 0.428
#> SRR2049724 1 0.0336 0.8605 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049723 1 0.2408 0.8192 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049720 1 0.2335 0.8381 0.920 0.020 0.060 0.000
#> SRR2049719 2 0.6575 0.6124 0.000 0.508 0.412 0.080
#> SRR2049722 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 3 0.4277 0.6121 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.4852 0.7066 0.776 0.152 0.072 0.000
#> SRR2049717 2 0.7891 0.5810 0.000 0.356 0.356 0.288
#> SRR2049715 4 0.2408 0.8367 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR2049714 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049713 3 0.4040 0.6301 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR2049712 3 0.6457 -0.0235 0.020 0.276 0.640 0.064
#> SRR2049711 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.0817 0.8672 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR2049709 1 0.2345 0.8217 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.1940 0.8392 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049706 3 0.4948 0.4113 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 3 0.4948 0.4113 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 3 0.4121 0.4699 0.036 0.100 0.844 0.020
#> SRR2049700 3 0.6985 -0.1388 0.028 0.304 0.592 0.076
#> SRR2049701 3 0.4382 0.5977 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR2049699 3 0.5460 0.4773 0.068 0.136 0.768 0.028
#> SRR2049697 4 0.1022 0.8653 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049698 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.1716 0.8491 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049694 3 0.3907 0.6361 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR2049693 4 0.0707 0.8671 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049695 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.3975 0.6096 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR2049692 3 0.5662 0.4156 0.072 0.236 0.692 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.1940 0.8392 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049688 3 0.5964 0.3993 0.064 0.188 0.720 0.028
#> SRR2049687 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.4008 0.6006 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR2049685 4 0.0707 0.8671 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049684 3 0.4485 0.4258 0.028 0.124 0.820 0.028
#> SRR2049683 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 3 0.4121 0.4699 0.036 0.100 0.844 0.020
#> SRR2049680 3 0.7918 -0.6156 0.000 0.316 0.352 0.332
#> SRR2049681 3 0.7030 -0.2940 0.016 0.380 0.524 0.080
#> SRR2049678 4 0.0707 0.8671 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049679 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.0707 0.8669 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049675 3 0.4040 0.6301 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR2049677 4 0.0592 0.8683 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049674 3 0.4889 0.3893 0.028 0.148 0.792 0.032
#> SRR2049672 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 3 0.4040 0.6301 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 3 0.3842 0.6270 0.128 0.036 0.836 0.000
#> SRR2049669 4 0.0707 0.8669 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049667 1 0.2408 0.8191 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049666 3 0.4970 0.2525 0.012 0.204 0.756 0.028
#> SRR2049665 3 0.6705 0.1849 0.440 0.088 0.472 0.000
#> SRR2049664 1 0.2345 0.8217 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049661 3 0.5055 0.6405 0.256 0.032 0.712 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.8603 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.1510 0.8429 0.956 0.028 0.016 0.000
#> SRR2049662 1 0.4991 0.2257 0.608 0.004 0.388 0.000
#> SRR2049659 4 0.2926 0.8124 0.000 0.056 0.048 0.896
#> SRR2049657 3 0.4941 0.4213 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR2049658 3 0.3907 0.6361 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR2049655 1 0.3711 0.7237 0.836 0.140 0.024 0.000
#> SRR2049656 3 0.4967 0.3867 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049654 3 0.4955 0.4024 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR2049652 3 0.5366 0.5991 0.276 0.040 0.684 0.000
#> SRR2049653 4 0.1022 0.8653 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049649 3 0.4967 0.3844 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049650 3 0.4955 0.3901 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR2049651 3 0.5297 -0.0878 0.000 0.292 0.676 0.032
#> SRR2049647 3 0.3907 0.6361 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR2049648 1 0.1388 0.8412 0.960 0.028 0.012 0.000
#> SRR2049646 4 0.7787 -0.4753 0.000 0.372 0.244 0.384
#> SRR2049644 3 0.6481 -0.0316 0.020 0.280 0.636 0.064
#> SRR2049645 1 0.1389 0.8531 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049643 1 0.3205 0.8231 0.872 0.024 0.104 0.000
#> SRR2049641 3 0.5088 0.6138 0.288 0.024 0.688 0.000
#> SRR2049639 2 0.3333 0.6431 0.004 0.876 0.088 0.032
#> SRR2049638 1 0.2334 0.8317 0.908 0.004 0.088 0.000
#> SRR2049640 3 0.4939 0.6289 0.220 0.040 0.740 0.000
#> SRR2049636 4 0.2281 0.8424 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR2049635 3 0.4999 0.2809 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR2049637 4 0.3694 0.7886 0.000 0.124 0.032 0.844
#> SRR2049634 3 0.4996 0.2601 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049633 3 0.7834 -0.5678 0.000 0.284 0.408 0.308
#> SRR2049632 2 0.4799 0.7165 0.000 0.744 0.224 0.032
#> SRR2049631 4 0.2345 0.8392 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR2049630 2 0.6714 0.6772 0.000 0.540 0.360 0.100
#> SRR2049628 3 0.5559 0.5965 0.120 0.136 0.740 0.004
#> SRR2049629 2 0.4799 0.7165 0.000 0.744 0.224 0.032
#> SRR2049627 3 0.4656 0.6419 0.136 0.072 0.792 0.000
#> SRR2049626 3 0.4769 0.5990 0.308 0.008 0.684 0.000
#> SRR2049625 3 0.4738 0.3919 0.032 0.172 0.784 0.012
#> SRR2049624 1 0.6659 -0.2021 0.468 0.084 0.448 0.000
#> SRR2049623 3 0.7697 0.5174 0.192 0.212 0.568 0.028
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.2984 0.7164 0.124 0.016 0.856 0.000 0.004
#> SRR2049621 4 0.5900 0.5182 0.000 0.284 0.024 0.612 0.080
#> SRR2049622 3 0.2919 0.7122 0.104 0.024 0.868 0.000 0.004
#> SRR2049620 3 0.5407 0.1091 0.020 0.460 0.500 0.004 0.016
#> SRR2049619 1 0.0794 0.8853 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.6304 0.4691 0.000 0.608 0.116 0.240 0.036
#> SRR2049617 4 0.6218 0.4141 0.000 0.300 0.004 0.544 0.152
#> SRR2049616 1 0.0000 0.8860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.5687 0.2501 0.000 0.680 0.036 0.088 0.196
#> SRR2049614 5 0.4708 0.8834 0.000 0.292 0.040 0.000 0.668
#> SRR2049613 5 0.4708 0.8834 0.000 0.292 0.040 0.000 0.668
#> SRR2049612 3 0.3999 0.6150 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.1960 0.8590 0.928 0.004 0.048 0.000 0.020
#> SRR2049610 4 0.0609 0.8605 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049609 1 0.1410 0.8751 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.5041 0.2253 0.012 0.580 0.392 0.004 0.012
#> SRR2049607 2 0.5146 0.2996 0.000 0.608 0.348 0.008 0.036
#> SRR2049606 3 0.3884 0.6703 0.288 0.004 0.708 0.000 0.000
#> SRR2049605 3 0.3241 0.7295 0.144 0.024 0.832 0.000 0.000
#> SRR2049604 3 0.3503 0.6016 0.016 0.140 0.828 0.000 0.016
#> SRR2049603 1 0.3177 0.6864 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR2049602 3 0.3932 0.6276 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR2049601 3 0.4291 0.4306 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.8860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0162 0.8858 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049598 3 0.2984 0.7164 0.124 0.016 0.856 0.000 0.004
#> SRR2049597 3 0.4141 0.7204 0.236 0.028 0.736 0.000 0.000
#> SRR2049596 3 0.3395 0.7063 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.4852 0.2918 0.008 0.380 0.596 0.000 0.016
#> SRR2049594 1 0.0000 0.8860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 3 0.3177 0.7148 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0794 0.8853 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049591 3 0.4074 0.5937 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR2049590 3 0.4074 0.5937 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR2049589 3 0.4074 0.5937 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.2020 0.8509 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.4852 0.2918 0.008 0.380 0.596 0.000 0.016
#> SRR2049585 3 0.3983 0.6185 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR2049584 3 0.3210 0.7139 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.8860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.6802 0.2342 0.000 0.436 0.004 0.304 0.256
#> SRR2049788 2 0.5978 0.3079 0.000 0.648 0.036 0.100 0.216
#> SRR2049787 2 0.6307 0.3347 0.000 0.520 0.056 0.376 0.048
#> SRR2049786 5 0.5316 0.8722 0.000 0.284 0.084 0.000 0.632
#> SRR2049785 2 0.6705 0.2402 0.000 0.468 0.004 0.284 0.244
#> SRR2049784 3 0.4549 0.7132 0.220 0.048 0.728 0.000 0.004
#> SRR2049783 2 0.6401 0.4782 0.000 0.640 0.148 0.144 0.068
#> SRR2049782 4 0.4121 0.7963 0.000 0.112 0.000 0.788 0.100
#> SRR2049781 2 0.6705 0.2402 0.000 0.468 0.004 0.284 0.244
#> SRR2049780 2 0.4841 -0.3033 0.000 0.560 0.024 0.000 0.416
#> SRR2049779 2 0.4479 0.4019 0.000 0.792 0.076 0.032 0.100
#> SRR2049778 1 0.3213 0.8131 0.836 0.004 0.144 0.000 0.016
#> SRR2049777 2 0.6564 0.4829 0.000 0.588 0.092 0.256 0.064
#> SRR2049776 3 0.4549 0.7132 0.220 0.048 0.728 0.000 0.004
#> SRR2049775 2 0.6705 0.2504 0.000 0.512 0.012 0.236 0.240
#> SRR2049774 3 0.4004 0.7341 0.172 0.040 0.784 0.000 0.004
#> SRR2049773 2 0.4479 0.4019 0.000 0.792 0.076 0.032 0.100
#> SRR2049772 3 0.2984 0.7164 0.124 0.016 0.856 0.000 0.004
#> SRR2049771 5 0.5715 0.8064 0.000 0.336 0.100 0.000 0.564
#> SRR2049770 3 0.5625 0.5786 0.248 0.068 0.656 0.000 0.028
#> SRR2049769 4 0.5430 0.6379 0.000 0.192 0.000 0.660 0.148
#> SRR2049768 4 0.6153 0.4304 0.000 0.300 0.004 0.552 0.144
#> SRR2049767 3 0.4640 0.2388 0.000 0.400 0.584 0.000 0.016
#> SRR2049766 3 0.3722 0.7285 0.176 0.024 0.796 0.000 0.004
#> SRR2049765 2 0.5883 0.2467 0.000 0.656 0.036 0.092 0.216
#> SRR2049764 5 0.5678 0.7428 0.000 0.368 0.076 0.004 0.552
#> SRR2049763 4 0.4121 0.7963 0.000 0.112 0.000 0.788 0.100
#> SRR2049762 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.4111 0.7960 0.000 0.120 0.000 0.788 0.092
#> SRR2049760 1 0.2648 0.7843 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR2049759 4 0.6366 0.3591 0.000 0.308 0.004 0.520 0.168
#> SRR2049758 1 0.0000 0.8860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 3 0.4291 0.4306 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.5143 0.3142 0.008 0.696 0.212 0.000 0.084
#> SRR2049757 2 0.6395 0.4876 0.000 0.620 0.108 0.216 0.056
#> SRR2049754 3 0.4314 0.6795 0.092 0.124 0.780 0.000 0.004
#> SRR2049752 3 0.4949 0.7227 0.208 0.072 0.712 0.000 0.008
#> SRR2049751 2 0.6307 0.3347 0.000 0.520 0.056 0.376 0.048
#> SRR2049749 4 0.1997 0.8546 0.000 0.040 0.000 0.924 0.036
#> SRR2049753 4 0.3849 0.8105 0.000 0.112 0.000 0.808 0.080
#> SRR2049750 1 0.2032 0.8602 0.924 0.004 0.052 0.000 0.020
#> SRR2049748 2 0.5146 0.4793 0.000 0.720 0.132 0.136 0.012
#> SRR2049744 3 0.3210 0.7146 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.4841 -0.3033 0.000 0.560 0.024 0.000 0.416
#> SRR2049745 1 0.0000 0.8860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.8860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.4495 0.7255 0.200 0.064 0.736 0.000 0.000
#> SRR2049741 3 0.4620 0.2526 0.000 0.392 0.592 0.000 0.016
#> SRR2049738 4 0.4094 0.7990 0.000 0.128 0.000 0.788 0.084
#> SRR2049737 3 0.3890 0.6967 0.252 0.012 0.736 0.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.4087 0.3975 0.000 0.820 0.080 0.032 0.068
#> SRR2049740 3 0.4829 0.3041 0.008 0.372 0.604 0.000 0.016
#> SRR2049736 3 0.5663 0.4591 0.056 0.304 0.616 0.000 0.024
#> SRR2049735 4 0.3800 0.8127 0.000 0.108 0.000 0.812 0.080
#> SRR2049732 1 0.2233 0.8424 0.892 0.000 0.104 0.000 0.004
#> SRR2049730 1 0.1885 0.8581 0.932 0.004 0.044 0.000 0.020
#> SRR2049734 2 0.5893 0.4800 0.000 0.660 0.072 0.216 0.052
#> SRR2049733 3 0.5767 0.4028 0.044 0.320 0.600 0.000 0.036
#> SRR2049731 2 0.5188 0.4783 0.000 0.716 0.136 0.136 0.012
#> SRR2049729 1 0.2103 0.8623 0.920 0.004 0.056 0.000 0.020
#> SRR2049727 3 0.4562 0.3859 0.444 0.004 0.548 0.000 0.004
#> SRR2049728 1 0.2280 0.8336 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.1960 0.8590 0.928 0.004 0.048 0.000 0.020
#> SRR2049726 2 0.6786 0.2235 0.000 0.436 0.004 0.316 0.244
#> SRR2049724 1 0.0510 0.8858 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.2424 0.8217 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.2561 0.8530 0.884 0.000 0.096 0.000 0.020
#> SRR2049719 2 0.4314 0.4041 0.000 0.796 0.120 0.024 0.060
#> SRR2049722 1 0.0162 0.8858 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049721 3 0.3866 0.7249 0.192 0.024 0.780 0.000 0.004
#> SRR2049716 1 0.0000 0.8860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.5077 0.6943 0.736 0.020 0.120 0.000 0.124
#> SRR2049717 2 0.5615 0.4939 0.000 0.668 0.096 0.216 0.020
#> SRR2049715 4 0.4121 0.7963 0.000 0.112 0.000 0.788 0.100
#> SRR2049714 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 3 0.3224 0.7285 0.160 0.016 0.824 0.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.5347 0.2750 0.000 0.556 0.400 0.020 0.024
#> SRR2049711 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0992 0.8606 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR2049709 1 0.2377 0.8261 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.2020 0.8509 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR2049706 3 0.4030 0.6074 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.8860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 3 0.4030 0.6074 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.4533 0.4313 0.008 0.288 0.688 0.004 0.012
#> SRR2049700 2 0.5075 0.3112 0.004 0.620 0.344 0.012 0.020
#> SRR2049701 3 0.3300 0.7151 0.204 0.004 0.792 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.5474 0.4334 0.040 0.304 0.632 0.004 0.020
#> SRR2049697 4 0.2473 0.8460 0.000 0.072 0.000 0.896 0.032
#> SRR2049698 1 0.0000 0.8860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.1952 0.8644 0.912 0.000 0.084 0.000 0.004
#> SRR2049694 3 0.3241 0.7295 0.144 0.024 0.832 0.000 0.000
#> SRR2049693 4 0.0609 0.8605 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.3636 0.5689 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR2049692 3 0.5662 0.3483 0.036 0.348 0.584 0.000 0.032
#> SRR2049689 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.2020 0.8509 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.5713 0.2440 0.040 0.412 0.528 0.004 0.016
#> SRR2049687 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.3661 0.5600 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0609 0.8605 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049684 3 0.4776 0.3615 0.004 0.324 0.648 0.004 0.020
#> SRR2049683 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.4533 0.4313 0.008 0.288 0.688 0.004 0.012
#> SRR2049680 2 0.6131 0.4883 0.000 0.620 0.096 0.248 0.036
#> SRR2049681 2 0.6295 0.2377 0.000 0.544 0.348 0.048 0.060
#> SRR2049678 4 0.0609 0.8605 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0703 0.8594 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2049675 3 0.3224 0.7285 0.160 0.016 0.824 0.000 0.000
#> SRR2049677 4 0.1568 0.8586 0.000 0.036 0.000 0.944 0.020
#> SRR2049674 3 0.4900 0.3088 0.004 0.356 0.616 0.004 0.020
#> SRR2049672 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.3224 0.7285 0.160 0.016 0.824 0.000 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.8616 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.5113 0.6324 0.084 0.172 0.724 0.000 0.020
#> SRR2049669 4 0.0703 0.8594 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2049667 1 0.2516 0.8150 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.4969 0.0416 0.000 0.468 0.508 0.004 0.020
#> SRR2049665 3 0.6204 0.2891 0.384 0.072 0.516 0.000 0.028
#> SRR2049664 1 0.2377 0.8261 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.4385 0.7342 0.180 0.068 0.752 0.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.8860 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.2032 0.8602 0.924 0.004 0.052 0.000 0.020
#> SRR2049662 1 0.4837 0.0766 0.556 0.016 0.424 0.000 0.004
#> SRR2049659 4 0.4084 0.7744 0.000 0.140 0.016 0.800 0.044
#> SRR2049657 3 0.4030 0.6098 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.3241 0.7295 0.144 0.024 0.832 0.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.4046 0.7105 0.804 0.008 0.068 0.000 0.120
#> SRR2049656 3 0.4074 0.5937 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR2049654 3 0.4045 0.6036 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> SRR2049652 3 0.3648 0.7025 0.188 0.016 0.792 0.000 0.004
#> SRR2049653 4 0.2473 0.8460 0.000 0.072 0.000 0.896 0.032
#> SRR2049649 3 0.4101 0.5817 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR2049650 3 0.4238 0.5858 0.368 0.004 0.628 0.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.5715 0.2779 0.000 0.576 0.332 0.004 0.088
#> SRR2049647 3 0.3241 0.7295 0.144 0.024 0.832 0.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.1960 0.8590 0.928 0.004 0.048 0.000 0.020
#> SRR2049646 2 0.6043 0.4296 0.000 0.592 0.048 0.308 0.052
#> SRR2049644 2 0.5330 0.2874 0.000 0.564 0.392 0.020 0.024
#> SRR2049645 1 0.1478 0.8740 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.3098 0.8375 0.836 0.000 0.148 0.000 0.016
#> SRR2049641 3 0.4549 0.7132 0.220 0.048 0.728 0.000 0.004
#> SRR2049639 5 0.3759 0.8134 0.000 0.220 0.016 0.000 0.764
#> SRR2049638 1 0.2439 0.8361 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR2049640 3 0.3031 0.7154 0.128 0.016 0.852 0.000 0.004
#> SRR2049636 4 0.4049 0.8009 0.000 0.124 0.000 0.792 0.084
#> SRR2049635 3 0.4219 0.5172 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR2049637 4 0.4958 0.7324 0.000 0.176 0.012 0.728 0.084
#> SRR2049634 3 0.4473 0.4887 0.412 0.008 0.580 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.6321 0.4698 0.000 0.608 0.120 0.236 0.036
#> SRR2049632 2 0.5020 -0.0683 0.000 0.640 0.036 0.008 0.316
#> SRR2049631 4 0.4020 0.8012 0.000 0.108 0.000 0.796 0.096
#> SRR2049630 2 0.4479 0.4019 0.000 0.792 0.076 0.032 0.100
#> SRR2049628 3 0.4387 0.6114 0.048 0.116 0.796 0.000 0.040
#> SRR2049629 2 0.5020 -0.0683 0.000 0.640 0.036 0.008 0.316
#> SRR2049627 3 0.3223 0.6653 0.052 0.064 0.868 0.000 0.016
#> SRR2049626 3 0.4058 0.7076 0.236 0.024 0.740 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.4640 0.2388 0.000 0.400 0.584 0.000 0.016
#> SRR2049624 3 0.6794 0.2451 0.428 0.088 0.432 0.000 0.052
#> SRR2049623 3 0.6414 0.3854 0.132 0.384 0.476 0.004 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.2760 0.7133 0.872 0.020 0.008 0.000 0.008 0.092
#> SRR2049621 4 0.5723 0.1793 0.004 0.224 0.228 0.544 0.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.2408 0.7079 0.896 0.024 0.008 0.000 0.004 0.068
#> SRR2049620 2 0.4677 -0.0365 0.444 0.524 0.004 0.000 0.008 0.020
#> SRR2049619 6 0.0865 0.8701 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2049618 2 0.5114 0.3181 0.040 0.672 0.072 0.216 0.000 0.000
#> SRR2049617 4 0.5709 -0.2376 0.000 0.168 0.364 0.468 0.000 0.000
#> SRR2049616 6 0.0000 0.8685 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049615 2 0.6032 0.1442 0.016 0.624 0.184 0.048 0.128 0.000
#> SRR2049614 5 0.3544 0.8595 0.028 0.124 0.032 0.000 0.816 0.000
#> SRR2049613 5 0.3544 0.8595 0.028 0.124 0.032 0.000 0.816 0.000
#> SRR2049612 1 0.3584 0.6463 0.688 0.000 0.004 0.000 0.000 0.308
#> SRR2049611 6 0.2579 0.8184 0.048 0.000 0.060 0.000 0.008 0.884
#> SRR2049610 4 0.0547 0.7824 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2049609 6 0.1444 0.8588 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2049608 2 0.4691 0.3296 0.340 0.616 0.028 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049607 2 0.5125 0.3956 0.280 0.640 0.028 0.008 0.044 0.000
#> SRR2049606 1 0.3429 0.6945 0.740 0.004 0.004 0.000 0.000 0.252
#> SRR2049605 1 0.2867 0.7289 0.848 0.040 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049604 1 0.3455 0.6029 0.812 0.144 0.008 0.000 0.032 0.004
#> SRR2049603 6 0.3136 0.6582 0.228 0.000 0.004 0.000 0.000 0.768
#> SRR2049602 1 0.3489 0.6600 0.708 0.000 0.004 0.000 0.000 0.288
#> SRR2049601 1 0.3944 0.4783 0.568 0.000 0.004 0.000 0.000 0.428
#> SRR2049600 6 0.0000 0.8685 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049599 6 0.0363 0.8709 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049598 1 0.2760 0.7133 0.872 0.020 0.008 0.000 0.008 0.092
#> SRR2049597 1 0.3800 0.7363 0.764 0.020 0.004 0.000 0.012 0.200
#> SRR2049596 1 0.3323 0.7241 0.780 0.000 0.008 0.000 0.008 0.204
#> SRR2049595 1 0.4274 0.2335 0.560 0.424 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049594 6 0.0000 0.8685 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049593 1 0.3099 0.7307 0.808 0.000 0.008 0.000 0.008 0.176
#> SRR2049592 6 0.0865 0.8701 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2049591 1 0.3668 0.6276 0.668 0.000 0.004 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049590 1 0.3668 0.6276 0.668 0.000 0.004 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049589 1 0.3668 0.6276 0.668 0.000 0.004 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049588 6 0.1957 0.8348 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2049586 1 0.4274 0.2335 0.560 0.424 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049585 1 0.3565 0.6494 0.692 0.000 0.004 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049584 1 0.3133 0.7299 0.804 0.000 0.008 0.000 0.008 0.180
#> SRR2049583 6 0.0146 0.8699 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049789 3 0.6137 0.9185 0.000 0.276 0.480 0.232 0.012 0.000
#> SRR2049788 2 0.4852 -0.3415 0.012 0.552 0.404 0.028 0.004 0.000
#> SRR2049787 2 0.5760 -0.1476 0.020 0.536 0.120 0.324 0.000 0.000
#> SRR2049786 5 0.4284 0.8511 0.076 0.124 0.032 0.000 0.768 0.000
#> SRR2049785 3 0.5807 0.9360 0.000 0.308 0.484 0.208 0.000 0.000
#> SRR2049784 1 0.4094 0.7245 0.756 0.036 0.004 0.000 0.016 0.188
#> SRR2049783 2 0.6003 0.4192 0.088 0.668 0.076 0.124 0.044 0.000
#> SRR2049782 4 0.4038 0.6217 0.000 0.044 0.244 0.712 0.000 0.000
#> SRR2049781 3 0.5807 0.9360 0.000 0.308 0.484 0.208 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.6256 -0.1286 0.012 0.396 0.372 0.000 0.220 0.000
#> SRR2049779 2 0.4169 0.3434 0.028 0.768 0.168 0.020 0.016 0.000
#> SRR2049778 6 0.3594 0.7861 0.152 0.000 0.044 0.000 0.008 0.796
#> SRR2049777 2 0.5553 0.2282 0.036 0.636 0.100 0.224 0.004 0.000
#> SRR2049776 1 0.4094 0.7245 0.756 0.036 0.004 0.000 0.016 0.188
#> SRR2049775 3 0.5906 0.8353 0.008 0.360 0.468 0.164 0.000 0.000
#> SRR2049774 1 0.3614 0.7399 0.808 0.040 0.004 0.000 0.012 0.136
#> SRR2049773 2 0.4134 0.3492 0.028 0.772 0.164 0.020 0.016 0.000
#> SRR2049772 1 0.2760 0.7133 0.872 0.020 0.008 0.000 0.008 0.092
#> SRR2049771 5 0.5154 0.7652 0.080 0.228 0.032 0.000 0.660 0.000
#> SRR2049770 1 0.5285 0.5781 0.684 0.052 0.036 0.000 0.024 0.204
#> SRR2049769 4 0.5016 0.3014 0.000 0.092 0.324 0.584 0.000 0.000
#> SRR2049768 4 0.5697 -0.2017 0.000 0.168 0.356 0.476 0.000 0.000
#> SRR2049767 1 0.4389 0.1827 0.536 0.444 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049766 1 0.3050 0.7388 0.832 0.028 0.004 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049765 2 0.6350 0.0519 0.016 0.584 0.212 0.056 0.132 0.000
#> SRR2049764 5 0.6039 0.7033 0.060 0.260 0.096 0.004 0.580 0.000
#> SRR2049763 4 0.4038 0.6217 0.000 0.044 0.244 0.712 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.4075 0.6234 0.000 0.048 0.240 0.712 0.000 0.000
#> SRR2049760 6 0.2668 0.7627 0.168 0.000 0.004 0.000 0.000 0.828
#> SRR2049759 4 0.5753 -0.3394 0.000 0.172 0.384 0.444 0.000 0.000
#> SRR2049758 6 0.0000 0.8685 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049756 1 0.3944 0.4783 0.568 0.000 0.004 0.000 0.000 0.428
#> SRR2049755 2 0.5386 0.4187 0.164 0.660 0.148 0.000 0.024 0.004
#> SRR2049757 2 0.5914 0.3364 0.048 0.648 0.064 0.196 0.044 0.000
#> SRR2049754 1 0.3752 0.6732 0.800 0.124 0.000 0.000 0.016 0.060
#> SRR2049752 1 0.4253 0.7356 0.748 0.064 0.000 0.000 0.016 0.172
#> SRR2049751 2 0.5760 -0.1476 0.020 0.536 0.120 0.324 0.000 0.000
#> SRR2049749 4 0.2147 0.7629 0.000 0.020 0.084 0.896 0.000 0.000
#> SRR2049753 4 0.3924 0.6631 0.000 0.052 0.208 0.740 0.000 0.000
#> SRR2049750 6 0.2644 0.8197 0.052 0.000 0.060 0.000 0.008 0.880
#> SRR2049748 2 0.5111 0.4298 0.092 0.724 0.044 0.124 0.016 0.000
#> SRR2049744 1 0.3133 0.7306 0.804 0.000 0.008 0.000 0.008 0.180
#> SRR2049743 2 0.6256 -0.1286 0.012 0.396 0.372 0.000 0.220 0.000
#> SRR2049745 6 0.0146 0.8699 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049747 6 0.0260 0.8705 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049742 1 0.3786 0.7388 0.768 0.064 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049741 1 0.4375 0.2024 0.548 0.432 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049738 4 0.4147 0.6367 0.000 0.060 0.224 0.716 0.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.3314 0.7124 0.764 0.012 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049739 2 0.3827 0.3918 0.032 0.808 0.124 0.016 0.020 0.000
#> SRR2049740 1 0.4253 0.2513 0.572 0.412 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049736 1 0.5168 0.3946 0.592 0.340 0.008 0.000 0.028 0.032
#> SRR2049735 4 0.3864 0.6668 0.000 0.048 0.208 0.744 0.000 0.000
#> SRR2049732 6 0.2146 0.8267 0.116 0.000 0.004 0.000 0.000 0.880
#> SRR2049730 6 0.2384 0.8219 0.040 0.000 0.056 0.000 0.008 0.896
#> SRR2049734 2 0.5608 0.1859 0.024 0.652 0.124 0.184 0.016 0.000
#> SRR2049733 1 0.5348 0.3268 0.576 0.348 0.016 0.000 0.040 0.020
#> SRR2049731 2 0.5157 0.4291 0.096 0.720 0.044 0.124 0.016 0.000
#> SRR2049729 6 0.2583 0.8271 0.052 0.000 0.056 0.000 0.008 0.884
#> SRR2049727 1 0.4056 0.4114 0.576 0.000 0.004 0.000 0.004 0.416
#> SRR2049728 6 0.2362 0.8129 0.136 0.000 0.004 0.000 0.000 0.860
#> SRR2049725 6 0.2579 0.8184 0.048 0.000 0.060 0.000 0.008 0.884
#> SRR2049726 3 0.5867 0.9116 0.000 0.280 0.480 0.240 0.000 0.000
#> SRR2049724 6 0.0632 0.8706 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049723 6 0.2300 0.8066 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2049720 6 0.3099 0.8212 0.096 0.000 0.044 0.000 0.012 0.848
#> SRR2049719 2 0.4169 0.4299 0.072 0.784 0.116 0.008 0.020 0.000
#> SRR2049722 6 0.0363 0.8709 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049721 1 0.3206 0.7396 0.816 0.028 0.004 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049716 6 0.0000 0.8685 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049718 6 0.5403 0.6452 0.124 0.004 0.080 0.000 0.100 0.692
#> SRR2049717 2 0.4324 0.3531 0.036 0.736 0.032 0.196 0.000 0.000
#> SRR2049715 4 0.4038 0.6217 0.000 0.044 0.244 0.712 0.000 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.3000 0.7340 0.840 0.032 0.004 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049712 2 0.4505 0.3276 0.348 0.620 0.016 0.008 0.008 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.1088 0.7832 0.000 0.024 0.016 0.960 0.000 0.000
#> SRR2049709 6 0.2442 0.8051 0.144 0.000 0.004 0.000 0.000 0.852
#> SRR2049707 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 6 0.1957 0.8348 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2049706 1 0.3619 0.6393 0.680 0.000 0.004 0.000 0.000 0.316
#> SRR2049705 6 0.0146 0.8699 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049704 1 0.3619 0.6393 0.680 0.000 0.004 0.000 0.000 0.316
#> SRR2049702 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.3804 0.4038 0.656 0.336 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049700 2 0.4053 0.4051 0.272 0.700 0.020 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049701 1 0.2773 0.7326 0.828 0.004 0.004 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049699 1 0.4670 0.4044 0.608 0.352 0.008 0.000 0.008 0.024
#> SRR2049697 4 0.3006 0.7401 0.000 0.064 0.092 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.0000 0.8685 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049696 6 0.2051 0.8456 0.096 0.000 0.004 0.000 0.004 0.896
#> SRR2049694 1 0.2867 0.7289 0.848 0.040 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049693 4 0.0547 0.7824 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 6 0.3508 0.5371 0.292 0.000 0.004 0.000 0.000 0.704
#> SRR2049692 1 0.5340 0.2636 0.552 0.376 0.016 0.000 0.040 0.016
#> SRR2049689 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 6 0.1957 0.8348 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2049688 1 0.4761 0.1785 0.500 0.464 0.004 0.000 0.008 0.024
#> SRR2049687 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 6 0.3528 0.5278 0.296 0.000 0.004 0.000 0.000 0.700
#> SRR2049685 4 0.0692 0.7837 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000 0.000
#> SRR2049684 1 0.4161 0.3343 0.612 0.372 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.3804 0.4038 0.656 0.336 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.4864 0.2895 0.036 0.688 0.056 0.220 0.000 0.000
#> SRR2049681 2 0.5898 0.3367 0.308 0.576 0.044 0.040 0.032 0.000
#> SRR2049678 4 0.0692 0.7837 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0891 0.7823 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.3000 0.7340 0.840 0.032 0.004 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049677 4 0.1908 0.7707 0.000 0.028 0.056 0.916 0.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.4246 0.2758 0.576 0.408 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.3000 0.7340 0.840 0.032 0.004 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049670 4 0.0000 0.7862 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.5022 0.5996 0.684 0.208 0.044 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049669 4 0.0891 0.7823 0.000 0.024 0.008 0.968 0.000 0.000
#> SRR2049667 6 0.2520 0.7972 0.152 0.000 0.004 0.000 0.000 0.844
#> SRR2049666 2 0.4304 0.0367 0.448 0.536 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049665 1 0.6234 0.2898 0.524 0.052 0.040 0.000 0.040 0.344
#> SRR2049664 6 0.2442 0.8051 0.144 0.000 0.004 0.000 0.000 0.852
#> SRR2049661 1 0.4015 0.7371 0.776 0.068 0.004 0.000 0.008 0.144
#> SRR2049663 6 0.0000 0.8685 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049660 6 0.2644 0.8197 0.052 0.000 0.060 0.000 0.008 0.880
#> SRR2049662 6 0.4436 0.0413 0.448 0.008 0.004 0.000 0.008 0.532
#> SRR2049659 4 0.4165 0.6304 0.000 0.160 0.100 0.740 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.3601 0.6440 0.684 0.000 0.004 0.000 0.000 0.312
#> SRR2049658 1 0.2867 0.7289 0.848 0.040 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049655 6 0.4489 0.6662 0.068 0.000 0.080 0.000 0.088 0.764
#> SRR2049656 1 0.3668 0.6276 0.668 0.000 0.004 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049654 1 0.3636 0.6360 0.676 0.000 0.004 0.000 0.000 0.320
#> SRR2049652 1 0.3196 0.7150 0.816 0.020 0.008 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049653 4 0.3006 0.7401 0.000 0.064 0.092 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.3684 0.6193 0.664 0.000 0.004 0.000 0.000 0.332
#> SRR2049650 1 0.3820 0.6211 0.660 0.004 0.004 0.000 0.000 0.332
#> SRR2049651 2 0.5785 0.1661 0.172 0.500 0.324 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049647 1 0.2867 0.7289 0.848 0.040 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049648 6 0.2579 0.8184 0.048 0.000 0.060 0.000 0.008 0.884
#> SRR2049646 2 0.5977 -0.0437 0.016 0.568 0.128 0.272 0.016 0.000
#> SRR2049644 2 0.4478 0.3385 0.340 0.628 0.016 0.008 0.008 0.000
#> SRR2049645 6 0.1501 0.8580 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2049643 6 0.3481 0.8123 0.160 0.000 0.048 0.000 0.000 0.792
#> SRR2049641 1 0.4094 0.7245 0.756 0.036 0.004 0.000 0.016 0.188
#> SRR2049639 5 0.2265 0.7497 0.012 0.028 0.056 0.000 0.904 0.000
#> SRR2049638 6 0.2362 0.8194 0.136 0.000 0.004 0.000 0.000 0.860
#> SRR2049640 1 0.2809 0.7135 0.868 0.020 0.008 0.000 0.008 0.096
#> SRR2049636 4 0.4117 0.6355 0.000 0.056 0.228 0.716 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.3841 0.5581 0.616 0.000 0.004 0.000 0.000 0.380
#> SRR2049637 4 0.4823 0.5432 0.000 0.124 0.216 0.660 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.4079 0.5252 0.608 0.008 0.004 0.000 0.000 0.380
#> SRR2049633 2 0.5150 0.3221 0.044 0.672 0.072 0.212 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.6115 -0.0268 0.016 0.496 0.284 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049631 4 0.3989 0.6317 0.000 0.044 0.236 0.720 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.4134 0.3492 0.028 0.772 0.164 0.020 0.016 0.000
#> SRR2049628 1 0.3964 0.5943 0.796 0.136 0.020 0.000 0.024 0.024
#> SRR2049629 2 0.6115 -0.0268 0.016 0.496 0.284 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049627 1 0.2919 0.6594 0.876 0.060 0.008 0.000 0.032 0.024
#> SRR2049626 1 0.3762 0.7212 0.760 0.020 0.004 0.000 0.008 0.208
#> SRR2049625 1 0.4389 0.1827 0.536 0.444 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049624 1 0.6427 0.2354 0.436 0.072 0.008 0.000 0.076 0.408
#> SRR2049623 1 0.5686 0.3480 0.472 0.404 0.000 0.000 0.012 0.112
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.957 0.984 0.4887 0.514 0.514
#> 3 3 0.887 0.907 0.957 0.3072 0.757 0.567
#> 4 4 0.713 0.767 0.872 0.1416 0.779 0.478
#> 5 5 0.656 0.542 0.716 0.0707 0.888 0.626
#> 6 6 0.674 0.555 0.732 0.0454 0.850 0.460
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049620 2 0.327 0.92513 0.060 0.940
#> SRR2049619 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049613 1 0.966 0.35984 0.608 0.392
#> SRR2049612 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.971 0.34609 0.600 0.400
#> SRR2049607 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.373 0.90747 0.928 0.072
#> SRR2049585 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049786 1 0.961 0.38894 0.616 0.384
#> SRR2049785 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049770 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049766 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049757 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049731 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049719 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049722 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.971 0.33987 0.600 0.400
#> SRR2049700 2 1.000 0.00456 0.492 0.508
#> SRR2049701 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049689 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049687 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049684 2 0.966 0.33759 0.392 0.608
#> SRR2049683 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.997 0.12862 0.532 0.468
#> SRR2049665 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049644 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049645 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049629 2 0.000 0.98826 0.000 1.000
#> SRR2049627 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049626 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.000 0.98028 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.730 0.73747 0.796 0.204
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.3482 0.854 0.000 0.872 0.128
#> SRR2049622 1 0.1964 0.919 0.944 0.000 0.056
#> SRR2049620 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049619 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.6274 0.214 0.000 0.456 0.544
#> SRR2049617 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049616 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 3 0.4974 0.713 0.000 0.236 0.764
#> SRR2049614 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049613 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049610 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049607 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049606 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.5291 0.662 0.732 0.000 0.268
#> SRR2049604 3 0.3340 0.829 0.120 0.000 0.880
#> SRR2049603 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049594 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049593 1 0.2537 0.897 0.920 0.000 0.080
#> SRR2049592 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049585 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.6204 0.225 0.000 0.576 0.424
#> SRR2049788 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049787 3 0.5465 0.624 0.000 0.288 0.712
#> SRR2049786 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049785 3 0.4605 0.753 0.000 0.204 0.796
#> SRR2049784 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049782 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 3 0.4504 0.763 0.000 0.196 0.804
#> SRR2049780 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049779 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049778 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049777 3 0.4121 0.798 0.000 0.168 0.832
#> SRR2049776 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 3 0.4654 0.747 0.000 0.208 0.792
#> SRR2049774 1 0.5926 0.494 0.644 0.000 0.356
#> SRR2049773 3 0.2711 0.881 0.000 0.088 0.912
#> SRR2049772 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049771 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049770 3 0.2711 0.858 0.088 0.000 0.912
#> SRR2049769 2 0.0424 0.965 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049768 2 0.0237 0.967 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049767 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049766 1 0.5882 0.511 0.652 0.000 0.348
#> SRR2049765 3 0.5733 0.557 0.000 0.324 0.676
#> SRR2049764 3 0.0424 0.933 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049763 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.4002 0.814 0.000 0.840 0.160
#> SRR2049758 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049757 3 0.1753 0.912 0.000 0.048 0.952
#> SRR2049754 3 0.2537 0.875 0.080 0.000 0.920
#> SRR2049752 1 0.6062 0.428 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049751 2 0.3412 0.857 0.000 0.876 0.124
#> SRR2049749 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.2165 0.920 0.000 0.936 0.064
#> SRR2049750 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049748 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049744 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 3 0.0424 0.933 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049745 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.2356 0.905 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049741 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049738 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.0424 0.957 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049739 3 0.0747 0.932 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049740 3 0.0747 0.929 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049736 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049735 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049734 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049733 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049731 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049729 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049727 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049726 2 0.2959 0.886 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049724 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049719 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049722 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.1411 0.934 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049716 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049717 3 0.2356 0.894 0.000 0.072 0.928
#> SRR2049715 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049711 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049700 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049701 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.3116 0.844 0.108 0.000 0.892
#> SRR2049697 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049696 1 0.0237 0.958 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049694 1 0.6026 0.448 0.624 0.000 0.376
#> SRR2049693 2 0.1163 0.950 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049695 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049692 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049689 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049687 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049683 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.2625 0.871 0.084 0.000 0.916
#> SRR2049680 3 0.3340 0.851 0.000 0.120 0.880
#> SRR2049681 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049678 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.4702 0.747 0.788 0.000 0.212
#> SRR2049677 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.2448 0.879 0.076 0.000 0.924
#> SRR2049672 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.4702 0.747 0.788 0.000 0.212
#> SRR2049670 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.6286 0.195 0.536 0.000 0.464
#> SRR2049669 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049665 3 0.1860 0.894 0.052 0.000 0.948
#> SRR2049664 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.3482 0.849 0.872 0.000 0.128
#> SRR2049663 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049662 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.3686 0.836 0.860 0.000 0.140
#> SRR2049655 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049656 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049651 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049647 1 0.1289 0.938 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049648 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049646 3 0.6286 0.182 0.000 0.464 0.536
#> SRR2049644 3 0.0661 0.933 0.008 0.004 0.988
#> SRR2049645 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049641 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 3 0.1411 0.921 0.000 0.036 0.964
#> SRR2049638 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049640 1 0.0592 0.955 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049636 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.3619 0.844 0.000 0.864 0.136
#> SRR2049634 1 0.0000 0.960 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.1031 0.929 0.000 0.024 0.976
#> SRR2049632 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049631 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049628 3 0.2878 0.849 0.096 0.000 0.904
#> SRR2049629 3 0.0592 0.933 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049627 3 0.0424 0.929 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049626 1 0.0424 0.956 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049625 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049624 1 0.5327 0.644 0.728 0.000 0.272
#> SRR2049623 3 0.0592 0.931 0.012 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 3 0.4999 0.1110 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR2049621 2 0.2149 0.7877 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049622 3 0.2466 0.8173 0.096 0.004 0.900 0.000
#> SRR2049620 3 0.4624 0.3686 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR2049619 1 0.0188 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049618 2 0.4993 0.6483 0.000 0.712 0.028 0.260
#> SRR2049617 2 0.2704 0.7471 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049616 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.3229 0.8279 0.000 0.880 0.072 0.048
#> SRR2049614 2 0.4164 0.7110 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR2049613 2 0.4961 0.4734 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR2049612 3 0.4500 0.5920 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR2049611 1 0.1792 0.8660 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049610 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.4382 0.4781 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR2049607 2 0.4624 0.5999 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR2049606 3 0.4164 0.6742 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR2049605 3 0.2401 0.8184 0.092 0.004 0.904 0.000
#> SRR2049604 3 0.2216 0.7952 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.4406 0.5504 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR2049601 1 0.0188 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0188 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049598 3 0.4877 0.3884 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR2049597 1 0.4730 0.4303 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR2049596 1 0.4134 0.6276 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR2049595 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2049594 1 0.1389 0.8740 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049593 3 0.4008 0.6988 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR2049592 1 0.0188 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049591 1 0.4134 0.6276 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR2049590 1 0.0188 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049589 1 0.4134 0.6276 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2049585 3 0.3172 0.7873 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR2049584 3 0.4477 0.6002 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.1867 0.8015 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049788 2 0.0921 0.8359 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049787 2 0.2699 0.8317 0.000 0.904 0.068 0.028
#> SRR2049786 2 0.4543 0.6973 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR2049785 2 0.1109 0.8282 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR2049784 1 0.4543 0.5452 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR2049783 2 0.3975 0.7345 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR2049782 4 0.4134 0.7406 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR2049781 2 0.1109 0.8282 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR2049780 2 0.0921 0.8359 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049779 2 0.0921 0.8359 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049778 1 0.2593 0.8593 0.892 0.004 0.104 0.000
#> SRR2049777 2 0.1042 0.8312 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR2049776 3 0.3266 0.7742 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR2049775 2 0.1109 0.8282 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR2049774 3 0.2271 0.8183 0.076 0.008 0.916 0.000
#> SRR2049773 2 0.1059 0.8325 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR2049772 3 0.4776 0.4705 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR2049771 2 0.4134 0.7196 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR2049770 3 0.1022 0.7822 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR2049769 4 0.4977 0.3233 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR2049768 2 0.4356 0.4683 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2049767 2 0.4605 0.6068 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR2049766 3 0.2334 0.8185 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR2049765 2 0.1557 0.8133 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2049764 2 0.0817 0.8216 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049763 4 0.3942 0.7665 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 4 0.4134 0.7406 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR2049760 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.2149 0.7877 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049758 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0188 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049755 2 0.1022 0.8360 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2049757 2 0.3032 0.8142 0.000 0.868 0.124 0.008
#> SRR2049754 3 0.2542 0.8002 0.012 0.084 0.904 0.000
#> SRR2049752 3 0.2412 0.8186 0.084 0.008 0.908 0.000
#> SRR2049751 2 0.4039 0.8127 0.000 0.836 0.084 0.080
#> SRR2049749 4 0.0707 0.9085 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049753 2 0.2216 0.7835 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2049750 1 0.3427 0.8213 0.860 0.028 0.112 0.000
#> SRR2049748 2 0.4103 0.7185 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR2049744 1 0.5000 -0.0925 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR2049743 2 0.0817 0.8216 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0188 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049742 3 0.2530 0.8175 0.100 0.004 0.896 0.000
#> SRR2049741 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2049738 4 0.3975 0.7625 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR2049737 1 0.4661 0.5315 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR2049739 2 0.0921 0.8359 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049740 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2049736 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2049735 2 0.4643 0.3338 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR2049732 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.3117 0.8286 0.880 0.028 0.092 0.000
#> SRR2049734 2 0.0921 0.8359 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049733 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2049731 2 0.4103 0.7182 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR2049729 1 0.1792 0.8660 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049727 1 0.0707 0.8838 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.3182 0.8286 0.876 0.028 0.096 0.000
#> SRR2049726 2 0.2149 0.7877 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049724 1 0.0188 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.1978 0.8637 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR2049719 2 0.3975 0.7354 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR2049722 1 0.0188 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049721 3 0.3052 0.8064 0.136 0.004 0.860 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.4010 0.7818 0.816 0.028 0.156 0.000
#> SRR2049717 2 0.1743 0.8345 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR2049715 4 0.3907 0.7699 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR2049714 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049713 3 0.4250 0.6629 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR2049712 3 0.4948 0.0310 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.4222 0.6071 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR2049705 1 0.0188 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049704 3 0.4679 0.5223 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2049700 3 0.4888 0.1444 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR2049701 3 0.4522 0.5915 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR2049699 3 0.2623 0.8073 0.028 0.064 0.908 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.1557 0.8701 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049696 1 0.1118 0.8813 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049694 3 0.2334 0.8185 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR2049693 4 0.0921 0.8969 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR2049695 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0469 0.8892 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049692 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 3 0.2542 0.7997 0.012 0.084 0.904 0.000
#> SRR2049680 2 0.5790 0.7041 0.000 0.684 0.236 0.080
#> SRR2049681 2 0.4222 0.6995 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR2049678 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049675 3 0.2466 0.8181 0.096 0.004 0.900 0.000
#> SRR2049677 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049674 3 0.2480 0.7981 0.008 0.088 0.904 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 3 0.2334 0.8187 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 3 0.2542 0.8182 0.084 0.012 0.904 0.000
#> SRR2049669 4 0.0000 0.9174 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.2345 0.7901 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR2049665 3 0.1022 0.7822 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.2868 0.7987 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.8923 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.2053 0.8638 0.924 0.004 0.072 0.000
#> SRR2049662 1 0.1211 0.8770 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049659 4 0.1022 0.9028 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049657 3 0.4679 0.5223 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR2049658 3 0.2530 0.8175 0.100 0.004 0.896 0.000
#> SRR2049655 1 0.3182 0.8286 0.876 0.028 0.096 0.000
#> SRR2049656 1 0.4134 0.6276 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR2049654 3 0.4843 0.4194 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR2049652 1 0.4008 0.6512 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR2049653 4 0.3942 0.7665 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR2049649 1 0.4331 0.5800 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR2049650 1 0.4193 0.6218 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR2049651 2 0.4643 0.5927 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR2049647 3 0.2530 0.8175 0.100 0.004 0.896 0.000
#> SRR2049648 1 0.1792 0.8660 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049646 2 0.1743 0.8139 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR2049644 3 0.4500 0.4326 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR2049645 1 0.0188 0.8918 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049643 1 0.1792 0.8660 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049641 3 0.3356 0.7672 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR2049639 2 0.3486 0.7796 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR2049638 1 0.1637 0.8704 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049640 1 0.1792 0.8675 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049636 4 0.4134 0.7406 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR2049635 1 0.1211 0.8696 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049637 2 0.2149 0.7877 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049634 1 0.4961 0.1487 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049633 2 0.5152 0.6287 0.000 0.664 0.316 0.020
#> SRR2049632 2 0.0921 0.8359 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049631 4 0.4134 0.7406 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR2049630 2 0.0921 0.8359 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049628 3 0.1109 0.7969 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR2049629 2 0.0336 0.8305 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049627 3 0.2216 0.7922 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR2049626 3 0.3311 0.7746 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR2049625 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2049624 3 0.5112 0.4370 0.384 0.008 0.608 0.000
#> SRR2049623 3 0.2281 0.7936 0.000 0.096 0.904 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.3452 0.43699 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.1386 0.71405 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR2049622 3 0.1410 0.55081 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049620 5 0.5965 0.35591 0.000 0.112 0.392 0.000 0.496
#> SRR2049619 1 0.3480 0.66860 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.6502 0.34680 0.000 0.576 0.028 0.148 0.248
#> SRR2049617 2 0.0451 0.72053 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049616 1 0.0162 0.79040 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.4800 0.49601 0.000 0.604 0.028 0.000 0.368
#> SRR2049614 5 0.5182 -0.04876 0.000 0.412 0.044 0.000 0.544
#> SRR2049613 5 0.3495 0.26511 0.000 0.160 0.028 0.000 0.812
#> SRR2049612 3 0.1908 0.57021 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.3689 0.69534 0.740 0.000 0.004 0.000 0.256
#> SRR2049610 4 0.0404 0.87225 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049609 1 0.2424 0.75188 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR2049608 5 0.5684 0.26475 0.000 0.080 0.432 0.000 0.488
#> SRR2049607 5 0.5891 0.43339 0.000 0.328 0.120 0.000 0.552
#> SRR2049606 3 0.1732 0.57206 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR2049605 3 0.3534 0.44946 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR2049604 3 0.3550 0.45995 0.000 0.004 0.760 0.000 0.236
#> SRR2049603 1 0.0510 0.79011 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049602 3 0.4171 0.07875 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.3913 0.58613 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0162 0.79040 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.78968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 3 0.2813 0.54293 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR2049597 3 0.4890 0.34117 0.256 0.000 0.680 0.000 0.064
#> SRR2049596 3 0.4294 -0.11878 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.4367 0.21385 0.000 0.004 0.580 0.000 0.416
#> SRR2049594 1 0.0404 0.78791 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049593 3 0.3297 0.56817 0.084 0.000 0.848 0.000 0.068
#> SRR2049592 1 0.1851 0.77580 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR2049591 3 0.4302 -0.15241 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.3983 0.56510 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR2049589 3 0.4294 -0.11663 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.4015 0.53830 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.4367 0.21385 0.000 0.004 0.580 0.000 0.416
#> SRR2049585 3 0.1043 0.57082 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR2049584 3 0.2230 0.56792 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0162 0.79040 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.2516 0.71413 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049788 2 0.2127 0.74583 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049787 2 0.4169 0.57702 0.000 0.732 0.028 0.000 0.240
#> SRR2049786 5 0.3318 0.19189 0.000 0.192 0.008 0.000 0.800
#> SRR2049785 2 0.1792 0.74040 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049784 3 0.6200 0.07413 0.256 0.000 0.548 0.000 0.196
#> SRR2049783 2 0.5527 0.20945 0.000 0.540 0.072 0.000 0.388
#> SRR2049782 4 0.4235 0.57147 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR2049781 2 0.1732 0.74137 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049780 2 0.3246 0.72319 0.000 0.808 0.008 0.000 0.184
#> SRR2049779 2 0.2424 0.74612 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2049778 1 0.6592 0.48754 0.460 0.000 0.240 0.000 0.300
#> SRR2049777 2 0.2891 0.70284 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2049776 3 0.1800 0.56552 0.020 0.000 0.932 0.000 0.048
#> SRR2049775 2 0.1671 0.74157 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049774 3 0.2773 0.51709 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR2049773 2 0.2280 0.74825 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049772 3 0.2561 0.56071 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR2049771 5 0.5065 -0.09660 0.000 0.420 0.036 0.000 0.544
#> SRR2049770 5 0.4084 0.07266 0.004 0.000 0.328 0.000 0.668
#> SRR2049769 2 0.2929 0.55074 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR2049768 2 0.1478 0.68452 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049767 5 0.6071 0.47081 0.000 0.300 0.152 0.000 0.548
#> SRR2049766 3 0.3424 0.46325 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2049765 2 0.3752 0.66878 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR2049764 2 0.4201 0.52895 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049763 4 0.4375 0.57289 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004
#> SRR2049762 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.4375 0.57289 0.000 0.420 0.000 0.576 0.004
#> SRR2049760 1 0.0510 0.78747 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049759 2 0.0404 0.72627 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049758 1 0.0162 0.79040 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.4030 0.54922 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.3455 0.70933 0.000 0.784 0.008 0.000 0.208
#> SRR2049757 2 0.4661 0.48707 0.000 0.656 0.032 0.000 0.312
#> SRR2049754 3 0.4066 0.35808 0.000 0.004 0.672 0.000 0.324
#> SRR2049752 3 0.3074 0.50528 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR2049751 2 0.4412 0.60177 0.000 0.748 0.028 0.016 0.208
#> SRR2049749 4 0.2574 0.83261 0.000 0.112 0.000 0.876 0.012
#> SRR2049753 2 0.1300 0.71235 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR2049750 1 0.5260 0.60011 0.592 0.000 0.060 0.000 0.348
#> SRR2049748 2 0.5520 0.26754 0.000 0.560 0.076 0.000 0.364
#> SRR2049744 3 0.3561 0.41246 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.3837 0.62900 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR2049745 1 0.0162 0.79040 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.1851 0.77580 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.1270 0.55291 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049741 3 0.4299 0.27238 0.000 0.004 0.608 0.000 0.388
#> SRR2049738 4 0.4367 0.57925 0.000 0.416 0.000 0.580 0.004
#> SRR2049737 3 0.6362 0.01343 0.256 0.000 0.520 0.000 0.224
#> SRR2049739 2 0.2471 0.74887 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049740 3 0.4211 0.30465 0.000 0.004 0.636 0.000 0.360
#> SRR2049736 3 0.4350 0.25319 0.000 0.004 0.588 0.000 0.408
#> SRR2049735 2 0.1809 0.68108 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR2049732 1 0.0162 0.79040 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.4084 0.64295 0.668 0.000 0.004 0.000 0.328
#> SRR2049734 2 0.3177 0.71811 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049733 3 0.4397 0.20151 0.000 0.004 0.564 0.000 0.432
#> SRR2049731 2 0.5558 0.25263 0.000 0.560 0.080 0.000 0.360
#> SRR2049729 1 0.3809 0.69471 0.736 0.000 0.008 0.000 0.256
#> SRR2049727 1 0.4182 0.47513 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.3561 0.65494 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.4339 0.63354 0.652 0.000 0.012 0.000 0.336
#> SRR2049726 2 0.0404 0.72570 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049724 1 0.1851 0.77580 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.2516 0.74978 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.3992 0.68650 0.720 0.000 0.012 0.000 0.268
#> SRR2049719 5 0.5765 0.21404 0.000 0.424 0.088 0.000 0.488
#> SRR2049722 1 0.1851 0.77580 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR2049721 3 0.2843 0.55382 0.048 0.000 0.876 0.000 0.076
#> SRR2049716 1 0.0000 0.78968 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.5546 0.48486 0.496 0.000 0.068 0.000 0.436
#> SRR2049717 2 0.3759 0.63770 0.000 0.764 0.016 0.000 0.220
#> SRR2049715 4 0.4359 0.58474 0.000 0.412 0.000 0.584 0.004
#> SRR2049714 4 0.0404 0.87225 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049713 3 0.2645 0.56788 0.068 0.000 0.888 0.000 0.044
#> SRR2049712 5 0.6261 0.44104 0.000 0.156 0.356 0.000 0.488
#> SRR2049711 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0566 0.87201 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR2049709 1 0.1851 0.77580 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0404 0.87225 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049708 1 0.1851 0.77580 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR2049706 3 0.4287 -0.09045 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.1851 0.77580 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR2049704 3 0.2424 0.56343 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.4238 0.28530 0.000 0.004 0.628 0.000 0.368
#> SRR2049700 5 0.6099 0.43280 0.000 0.136 0.352 0.000 0.512
#> SRR2049701 3 0.1671 0.57180 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.3949 0.35061 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR2049697 4 0.0162 0.87404 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049698 1 0.1121 0.77979 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049696 1 0.1043 0.78237 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049694 3 0.3534 0.44946 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR2049693 4 0.2504 0.82226 0.000 0.064 0.004 0.900 0.032
#> SRR2049695 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.5006 0.70214 0.708 0.000 0.136 0.000 0.156
#> SRR2049692 3 0.4390 0.20880 0.000 0.004 0.568 0.000 0.428
#> SRR2049689 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.3336 0.68158 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.4397 0.20198 0.000 0.004 0.564 0.000 0.432
#> SRR2049687 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.3752 0.62275 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.4321 0.23210 0.000 0.004 0.600 0.000 0.396
#> SRR2049683 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.4135 0.33263 0.000 0.004 0.656 0.000 0.340
#> SRR2049680 5 0.6298 0.35133 0.000 0.408 0.108 0.012 0.472
#> SRR2049681 2 0.5854 -0.09801 0.000 0.468 0.096 0.000 0.436
#> SRR2049678 4 0.2293 0.84540 0.000 0.084 0.000 0.900 0.016
#> SRR2049679 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.2293 0.84523 0.000 0.084 0.000 0.900 0.016
#> SRR2049675 3 0.3366 0.46982 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR2049677 4 0.0162 0.87404 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049674 3 0.4118 0.33753 0.000 0.004 0.660 0.000 0.336
#> SRR2049672 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.3480 0.45712 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049670 4 0.0000 0.87443 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.3561 0.44628 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2049669 4 0.0912 0.86936 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR2049667 1 0.0703 0.78742 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.4443 0.04771 0.000 0.004 0.524 0.000 0.472
#> SRR2049665 5 0.3196 0.29633 0.004 0.000 0.192 0.000 0.804
#> SRR2049664 1 0.3612 0.64737 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.3280 0.52962 0.012 0.000 0.812 0.000 0.176
#> SRR2049663 1 0.0162 0.79040 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.4622 0.67900 0.692 0.000 0.044 0.000 0.264
#> SRR2049662 1 0.5053 0.65638 0.688 0.000 0.216 0.000 0.096
#> SRR2049659 4 0.2825 0.82570 0.000 0.124 0.000 0.860 0.016
#> SRR2049657 3 0.2690 0.55494 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.2852 0.50649 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR2049655 1 0.4276 0.59421 0.616 0.000 0.004 0.000 0.380
#> SRR2049656 3 0.4297 -0.12674 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR2049654 3 0.3336 0.47136 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR2049652 3 0.5751 0.00505 0.348 0.000 0.552 0.000 0.100
#> SRR2049653 4 0.4744 0.57743 0.000 0.408 0.000 0.572 0.020
#> SRR2049649 3 0.4268 -0.05678 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR2049650 3 0.6004 -0.05842 0.372 0.000 0.508 0.000 0.120
#> SRR2049651 5 0.6236 0.31106 0.000 0.400 0.144 0.000 0.456
#> SRR2049647 3 0.1908 0.53861 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2049648 1 0.3534 0.69682 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049646 2 0.2513 0.74226 0.000 0.876 0.000 0.008 0.116
#> SRR2049644 5 0.5962 0.28707 0.000 0.108 0.424 0.000 0.468
#> SRR2049645 1 0.0404 0.79089 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.3689 0.69534 0.740 0.000 0.004 0.000 0.256
#> SRR2049641 3 0.2304 0.56700 0.044 0.000 0.908 0.000 0.048
#> SRR2049639 5 0.4897 -0.24981 0.000 0.460 0.024 0.000 0.516
#> SRR2049638 1 0.3551 0.71461 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR2049640 1 0.6403 0.53590 0.512 0.000 0.232 0.000 0.256
#> SRR2049636 4 0.4390 0.55948 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004
#> SRR2049635 1 0.4297 0.30116 0.528 0.000 0.472 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.1386 0.71405 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR2049634 3 0.3876 0.47808 0.192 0.000 0.776 0.000 0.032
#> SRR2049633 5 0.6333 0.40644 0.000 0.384 0.140 0.004 0.472
#> SRR2049632 2 0.4046 0.62016 0.000 0.696 0.008 0.000 0.296
#> SRR2049631 4 0.4359 0.58273 0.000 0.412 0.000 0.584 0.004
#> SRR2049630 2 0.2471 0.74825 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049628 3 0.4135 0.33657 0.004 0.000 0.656 0.000 0.340
#> SRR2049629 2 0.4101 0.56961 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR2049627 3 0.4300 0.10128 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR2049626 3 0.2209 0.56775 0.032 0.000 0.912 0.000 0.056
#> SRR2049625 3 0.4367 0.22383 0.000 0.004 0.580 0.000 0.416
#> SRR2049624 3 0.5651 0.42058 0.248 0.000 0.620 0.000 0.132
#> SRR2049623 3 0.4341 0.22093 0.000 0.004 0.592 0.000 0.404
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.2101 0.7393 0.892 0.000 0.004 0.000 0.004 0.100
#> SRR2049621 2 0.1219 0.6551 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049622 1 0.1524 0.6654 0.932 0.000 0.060 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049620 3 0.3495 0.6904 0.136 0.016 0.812 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049619 6 0.3563 0.4691 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2049618 3 0.5100 0.2067 0.000 0.288 0.624 0.068 0.020 0.000
#> SRR2049617 2 0.0508 0.6537 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049616 6 0.0508 0.7867 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984
#> SRR2049615 3 0.6094 -0.3862 0.000 0.356 0.364 0.000 0.280 0.000
#> SRR2049614 5 0.6068 -0.2743 0.000 0.264 0.360 0.000 0.376 0.000
#> SRR2049613 5 0.3403 0.3144 0.000 0.020 0.212 0.000 0.768 0.000
#> SRR2049612 1 0.1668 0.7347 0.928 0.000 0.008 0.000 0.004 0.060
#> SRR2049611 5 0.3999 0.2659 0.004 0.000 0.000 0.000 0.500 0.496
#> SRR2049610 4 0.0405 0.9456 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2049609 6 0.2092 0.7547 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR2049608 3 0.3232 0.6935 0.140 0.016 0.824 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049607 3 0.3935 0.5891 0.044 0.052 0.800 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049606 1 0.1275 0.7123 0.956 0.000 0.012 0.000 0.016 0.016
#> SRR2049605 3 0.4899 0.3748 0.452 0.000 0.488 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049604 1 0.4300 0.0667 0.608 0.000 0.364 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049603 6 0.1196 0.7968 0.040 0.000 0.000 0.000 0.008 0.952
#> SRR2049602 1 0.2814 0.6980 0.820 0.000 0.000 0.000 0.008 0.172
#> SRR2049601 1 0.3756 0.3293 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049600 6 0.0405 0.7889 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR2049599 6 0.0891 0.7938 0.024 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968
#> SRR2049598 1 0.1493 0.7309 0.936 0.000 0.004 0.000 0.004 0.056
#> SRR2049597 1 0.3213 0.7246 0.836 0.000 0.004 0.000 0.076 0.084
#> SRR2049596 1 0.3215 0.6397 0.756 0.000 0.004 0.000 0.000 0.240
#> SRR2049595 3 0.3575 0.6636 0.284 0.000 0.708 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049594 6 0.1444 0.7218 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR2049593 1 0.2414 0.6877 0.896 0.000 0.056 0.000 0.012 0.036
#> SRR2049592 6 0.1644 0.7918 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004 0.920
#> SRR2049591 1 0.3290 0.6242 0.744 0.000 0.004 0.000 0.000 0.252
#> SRR2049590 1 0.3756 0.3314 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049589 1 0.3265 0.6297 0.748 0.000 0.004 0.000 0.000 0.248
#> SRR2049588 1 0.4445 0.3686 0.572 0.000 0.000 0.000 0.032 0.396
#> SRR2049586 3 0.3511 0.6949 0.216 0.000 0.760 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049585 1 0.0914 0.7135 0.968 0.000 0.016 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049584 1 0.1364 0.7271 0.944 0.000 0.004 0.000 0.004 0.048
#> SRR2049583 6 0.0508 0.7883 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984
#> SRR2049789 2 0.4280 0.6077 0.004 0.736 0.092 0.000 0.168 0.000
#> SRR2049788 2 0.3791 0.6525 0.004 0.788 0.092 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049787 2 0.4251 0.4944 0.000 0.624 0.348 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049786 5 0.3284 0.3144 0.000 0.020 0.196 0.000 0.784 0.000
#> SRR2049785 2 0.3112 0.6540 0.004 0.840 0.052 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049784 1 0.4533 0.6095 0.700 0.000 0.004 0.000 0.208 0.088
#> SRR2049783 3 0.5450 -0.1580 0.004 0.368 0.516 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049782 2 0.4032 0.0664 0.000 0.572 0.000 0.420 0.008 0.000
#> SRR2049781 2 0.3112 0.6540 0.004 0.840 0.052 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049780 2 0.5508 0.5600 0.004 0.576 0.168 0.000 0.252 0.000
#> SRR2049779 2 0.4286 0.6472 0.004 0.740 0.148 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049778 5 0.5750 0.3807 0.244 0.000 0.008 0.000 0.552 0.196
#> SRR2049777 2 0.3969 0.5587 0.000 0.668 0.312 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049776 1 0.1942 0.7075 0.916 0.000 0.012 0.000 0.064 0.008
#> SRR2049775 2 0.3049 0.6539 0.004 0.844 0.048 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049774 1 0.3744 0.4782 0.756 0.000 0.200 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049773 2 0.4213 0.6514 0.004 0.748 0.140 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049772 1 0.1493 0.7303 0.936 0.000 0.004 0.000 0.004 0.056
#> SRR2049771 5 0.6198 -0.2905 0.004 0.268 0.356 0.000 0.372 0.000
#> SRR2049770 5 0.5198 0.2471 0.204 0.000 0.180 0.000 0.616 0.000
#> SRR2049769 2 0.1268 0.6428 0.000 0.952 0.004 0.036 0.008 0.000
#> SRR2049768 2 0.0260 0.6528 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049767 3 0.4033 0.6139 0.068 0.036 0.792 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049766 1 0.4831 -0.1241 0.548 0.000 0.392 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049765 2 0.6004 0.4480 0.000 0.436 0.288 0.000 0.276 0.000
#> SRR2049764 2 0.6140 0.3953 0.004 0.380 0.240 0.000 0.376 0.000
#> SRR2049763 2 0.3937 0.0565 0.000 0.572 0.000 0.424 0.004 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.3930 0.0647 0.000 0.576 0.004 0.420 0.000 0.000
#> SRR2049760 6 0.0713 0.7745 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR2049759 2 0.1340 0.6557 0.004 0.948 0.008 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049758 6 0.0405 0.7889 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR2049756 1 0.3515 0.4967 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049755 2 0.5695 0.5230 0.004 0.544 0.260 0.000 0.192 0.000
#> SRR2049757 2 0.5305 0.3471 0.000 0.492 0.404 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049754 1 0.5224 -0.3189 0.468 0.000 0.440 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049752 1 0.4595 0.3378 0.668 0.000 0.248 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049751 2 0.3835 0.5377 0.000 0.684 0.300 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049749 4 0.3409 0.7821 0.000 0.184 0.024 0.788 0.004 0.000
#> SRR2049753 2 0.1082 0.6541 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049750 5 0.4570 0.4239 0.028 0.000 0.008 0.000 0.588 0.376
#> SRR2049748 3 0.5510 -0.1860 0.004 0.384 0.496 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049744 1 0.2333 0.7360 0.872 0.000 0.004 0.000 0.004 0.120
#> SRR2049743 2 0.5835 0.4728 0.004 0.476 0.172 0.000 0.348 0.000
#> SRR2049745 6 0.0508 0.7883 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984
#> SRR2049747 6 0.1644 0.7918 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004 0.920
#> SRR2049742 1 0.3270 0.5866 0.820 0.000 0.120 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049741 3 0.3917 0.6529 0.284 0.000 0.692 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049738 2 0.3930 0.0647 0.000 0.576 0.004 0.420 0.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.4922 0.5224 0.632 0.000 0.008 0.000 0.284 0.076
#> SRR2049739 2 0.4449 0.6295 0.000 0.696 0.216 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049740 3 0.3855 0.6663 0.272 0.000 0.704 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049736 3 0.4682 0.6502 0.284 0.000 0.640 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049735 2 0.0820 0.6508 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049732 6 0.0508 0.7867 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984
#> SRR2049730 5 0.3989 0.3241 0.004 0.000 0.000 0.000 0.528 0.468
#> SRR2049734 2 0.5481 0.5631 0.004 0.572 0.272 0.000 0.152 0.000
#> SRR2049733 3 0.4750 0.6687 0.244 0.000 0.656 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049731 3 0.5516 -0.1842 0.004 0.388 0.492 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049729 5 0.4095 0.2982 0.008 0.000 0.000 0.000 0.512 0.480
#> SRR2049727 1 0.4491 0.3475 0.576 0.000 0.000 0.000 0.036 0.388
#> SRR2049728 6 0.3319 0.6990 0.164 0.000 0.000 0.000 0.036 0.800
#> SRR2049725 5 0.4212 0.3843 0.016 0.000 0.000 0.000 0.560 0.424
#> SRR2049726 2 0.1340 0.6553 0.004 0.948 0.008 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049724 6 0.1501 0.7916 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2049723 6 0.2538 0.7502 0.124 0.000 0.000 0.000 0.016 0.860
#> SRR2049720 5 0.4152 0.3640 0.012 0.000 0.000 0.000 0.548 0.440
#> SRR2049719 3 0.4927 0.4264 0.028 0.172 0.700 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049722 6 0.1644 0.7918 0.076 0.000 0.000 0.000 0.004 0.920
#> SRR2049721 1 0.4562 0.5919 0.744 0.000 0.148 0.000 0.060 0.048
#> SRR2049716 6 0.0508 0.7867 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984
#> SRR2049718 5 0.4448 0.4756 0.040 0.000 0.016 0.000 0.692 0.252
#> SRR2049717 2 0.4353 0.4450 0.000 0.588 0.384 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049715 2 0.3937 0.0565 0.000 0.572 0.000 0.424 0.004 0.000
#> SRR2049714 4 0.0405 0.9456 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2049713 1 0.4347 0.6213 0.768 0.000 0.120 0.000 0.064 0.048
#> SRR2049712 3 0.2752 0.6752 0.104 0.020 0.864 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.1116 0.9333 0.000 0.008 0.028 0.960 0.004 0.000
#> SRR2049709 6 0.1411 0.7940 0.060 0.000 0.000 0.000 0.004 0.936
#> SRR2049707 4 0.0405 0.9456 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2049708 6 0.1700 0.7894 0.080 0.000 0.000 0.000 0.004 0.916
#> SRR2049706 1 0.3215 0.6396 0.756 0.000 0.004 0.000 0.000 0.240
#> SRR2049705 6 0.1501 0.7916 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2049704 1 0.1700 0.7380 0.916 0.000 0.004 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.4371 0.6368 0.284 0.000 0.664 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049700 3 0.3725 0.6699 0.116 0.016 0.804 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049701 1 0.2230 0.6929 0.904 0.000 0.016 0.000 0.064 0.016
#> SRR2049699 3 0.4797 0.5474 0.356 0.000 0.580 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.1714 0.6952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2049696 6 0.2234 0.6534 0.004 0.000 0.000 0.000 0.124 0.872
#> SRR2049694 3 0.4903 0.3437 0.468 0.000 0.472 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049693 4 0.3343 0.7853 0.000 0.040 0.144 0.812 0.004 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 6 0.5774 0.2095 0.272 0.000 0.000 0.000 0.224 0.504
#> SRR2049692 3 0.4405 0.6822 0.240 0.000 0.688 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 6 0.3012 0.6801 0.196 0.000 0.000 0.000 0.008 0.796
#> SRR2049688 3 0.4202 0.6889 0.224 0.000 0.712 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 6 0.4619 0.2352 0.392 0.000 0.000 0.000 0.044 0.564
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.3817 0.6738 0.252 0.000 0.720 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.4736 0.5532 0.352 0.000 0.588 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049680 3 0.3295 0.5385 0.008 0.132 0.828 0.008 0.024 0.000
#> SRR2049681 3 0.4667 0.2913 0.012 0.212 0.696 0.000 0.080 0.000
#> SRR2049678 4 0.3129 0.8182 0.000 0.152 0.024 0.820 0.004 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.3037 0.8157 0.000 0.160 0.016 0.820 0.004 0.000
#> SRR2049675 3 0.4901 0.3617 0.456 0.000 0.484 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049677 4 0.0146 0.9487 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.4660 0.5689 0.344 0.000 0.600 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.4878 0.4340 0.424 0.000 0.516 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9500 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.4857 0.4701 0.408 0.000 0.532 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049669 4 0.1401 0.9262 0.000 0.020 0.028 0.948 0.004 0.000
#> SRR2049667 6 0.1713 0.7679 0.028 0.000 0.000 0.000 0.044 0.928
#> SRR2049666 3 0.3387 0.6997 0.164 0.000 0.796 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049665 5 0.4206 0.3299 0.060 0.000 0.212 0.000 0.724 0.004
#> SRR2049664 6 0.3318 0.6947 0.172 0.000 0.000 0.000 0.032 0.796
#> SRR2049661 1 0.4304 0.4629 0.724 0.000 0.196 0.000 0.076 0.004
#> SRR2049663 6 0.0405 0.7889 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR2049660 5 0.4703 0.3836 0.048 0.000 0.000 0.000 0.544 0.408
#> SRR2049662 6 0.5857 0.1872 0.308 0.000 0.004 0.000 0.192 0.496
#> SRR2049659 4 0.3514 0.7134 0.000 0.228 0.020 0.752 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.1700 0.7383 0.916 0.000 0.004 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049658 1 0.4382 0.3136 0.676 0.000 0.264 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049655 5 0.3881 0.4010 0.004 0.000 0.000 0.000 0.600 0.396
#> SRR2049656 1 0.3265 0.6297 0.748 0.000 0.004 0.000 0.000 0.248
#> SRR2049654 1 0.2278 0.7316 0.868 0.000 0.004 0.000 0.000 0.128
#> SRR2049652 1 0.3626 0.6834 0.788 0.000 0.000 0.000 0.068 0.144
#> SRR2049653 2 0.4402 0.0732 0.000 0.564 0.020 0.412 0.004 0.000
#> SRR2049649 1 0.3023 0.6643 0.784 0.000 0.000 0.000 0.004 0.212
#> SRR2049650 1 0.5224 0.5818 0.648 0.000 0.012 0.000 0.180 0.160
#> SRR2049651 3 0.3502 0.5258 0.032 0.120 0.820 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049647 1 0.4117 0.4727 0.740 0.000 0.192 0.000 0.064 0.004
#> SRR2049648 6 0.3999 -0.3151 0.004 0.000 0.000 0.000 0.496 0.500
#> SRR2049646 2 0.4166 0.6386 0.004 0.748 0.160 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049644 3 0.3222 0.6943 0.140 0.012 0.824 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049645 6 0.1225 0.7939 0.036 0.000 0.000 0.000 0.012 0.952
#> SRR2049643 5 0.3999 0.2659 0.004 0.000 0.000 0.000 0.500 0.496
#> SRR2049641 1 0.2195 0.7121 0.904 0.000 0.012 0.000 0.068 0.016
#> SRR2049639 5 0.6075 -0.3078 0.000 0.288 0.312 0.000 0.400 0.000
#> SRR2049638 6 0.3841 0.0210 0.004 0.000 0.000 0.000 0.380 0.616
#> SRR2049640 5 0.5862 0.2918 0.316 0.000 0.000 0.000 0.468 0.216
#> SRR2049636 2 0.3955 0.1455 0.000 0.608 0.008 0.384 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.3076 0.6303 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR2049637 2 0.1219 0.6551 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049634 1 0.3423 0.7300 0.828 0.000 0.012 0.000 0.076 0.084
#> SRR2049633 3 0.3192 0.5753 0.024 0.120 0.836 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049632 2 0.6081 0.4338 0.004 0.444 0.308 0.000 0.244 0.000
#> SRR2049631 2 0.4039 0.0510 0.000 0.568 0.008 0.424 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.4357 0.6474 0.004 0.732 0.156 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049628 3 0.5036 0.5531 0.344 0.000 0.568 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049629 2 0.6239 0.3485 0.004 0.348 0.300 0.000 0.348 0.000
#> SRR2049627 1 0.5764 -0.2544 0.424 0.000 0.404 0.000 0.172 0.000
#> SRR2049626 1 0.2889 0.6949 0.852 0.000 0.020 0.000 0.116 0.012
#> SRR2049625 3 0.4110 0.6874 0.236 0.000 0.712 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049624 1 0.6359 0.5621 0.576 0.000 0.128 0.000 0.116 0.180
#> SRR2049623 3 0.3645 0.6820 0.236 0.000 0.740 0.000 0.024 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.971 0.988 0.4996 0.500 0.500
#> 3 3 0.761 0.795 0.877 0.2306 0.881 0.765
#> 4 4 0.688 0.629 0.813 0.1249 0.869 0.692
#> 5 5 0.715 0.642 0.811 0.0998 0.881 0.654
#> 6 6 0.697 0.626 0.802 0.0486 0.914 0.687
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049620 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049613 2 0.9460 0.441 0.364 0.636
#> SRR2049612 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049607 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049595 2 0.7056 0.760 0.192 0.808
#> SRR2049594 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049586 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049585 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049770 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049766 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049757 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.6712 0.788 0.824 0.176
#> SRR2049738 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049740 2 0.9881 0.245 0.436 0.564
#> SRR2049736 1 0.1633 0.970 0.976 0.024
#> SRR2049735 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.0672 0.985 0.992 0.008
#> SRR2049731 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049719 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049703 2 0.7219 0.745 0.200 0.800
#> SRR2049700 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049701 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.7376 0.739 0.792 0.208
#> SRR2049689 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049688 2 0.9896 0.215 0.440 0.560
#> SRR2049687 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049684 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049683 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.6438 0.805 0.836 0.164
#> SRR2049680 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.1414 0.974 0.980 0.020
#> SRR2049672 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049666 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049665 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049644 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.5629 0.848 0.868 0.132
#> SRR2049629 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR2049627 1 0.4161 0.905 0.916 0.084
#> SRR2049626 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049625 2 0.2236 0.948 0.036 0.964
#> SRR2049624 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2049623 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.1031 0.9389 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049621 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.1289 0.9331 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049620 3 0.6154 0.0394 0.000 0.408 0.592
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049617 2 0.3412 0.7730 0.000 0.876 0.124
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0747 0.8061 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049614 2 0.3941 0.7905 0.000 0.844 0.156
#> SRR2049613 2 0.8210 0.4462 0.240 0.628 0.132
#> SRR2049612 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049611 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049610 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.5254 0.7283 0.000 0.736 0.264
#> SRR2049607 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049606 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049605 1 0.6825 -0.1103 0.496 0.012 0.492
#> SRR2049604 3 0.6180 0.4234 0.416 0.000 0.584
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049595 3 0.7564 0.6592 0.152 0.156 0.692
#> SRR2049594 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049593 3 0.6235 0.3792 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.5529 0.5830 0.000 0.296 0.704
#> SRR2049585 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049584 1 0.6267 -0.0527 0.548 0.000 0.452
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049788 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049787 2 0.3879 0.7767 0.000 0.848 0.152
#> SRR2049786 2 0.3879 0.7557 0.000 0.848 0.152
#> SRR2049785 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049784 1 0.0424 0.9502 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049783 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049782 2 0.0892 0.8044 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049781 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049780 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049779 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049778 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049777 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049774 3 0.6204 0.4071 0.424 0.000 0.576
#> SRR2049773 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049772 1 0.1289 0.9331 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049771 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049770 1 0.5058 0.7285 0.820 0.032 0.148
#> SRR2049769 2 0.2066 0.7955 0.000 0.940 0.060
#> SRR2049768 2 0.2066 0.7955 0.000 0.940 0.060
#> SRR2049767 3 0.5859 0.4101 0.000 0.344 0.656
#> SRR2049766 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049764 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049763 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049761 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049759 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049757 2 0.0892 0.8044 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049754 3 0.6082 0.5674 0.296 0.012 0.692
#> SRR2049752 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049751 2 0.4887 0.7541 0.000 0.772 0.228
#> SRR2049749 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049753 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049750 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049748 2 0.2165 0.7947 0.000 0.936 0.064
#> SRR2049744 1 0.0424 0.9488 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049743 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049741 3 0.8255 0.6460 0.196 0.168 0.636
#> SRR2049738 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049739 2 0.3482 0.7714 0.000 0.872 0.128
#> SRR2049740 3 0.5954 0.6481 0.092 0.116 0.792
#> SRR2049736 3 0.5772 0.5654 0.024 0.220 0.756
#> SRR2049735 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049734 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049733 1 0.8886 0.1885 0.572 0.240 0.188
#> SRR2049731 2 0.2066 0.7955 0.000 0.940 0.060
#> SRR2049729 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049726 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049719 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049717 2 0.0237 0.8070 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049715 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 3 0.4346 0.5539 0.000 0.184 0.816
#> SRR2049711 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049710 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049702 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049703 3 0.4261 0.5996 0.012 0.140 0.848
#> SRR2049700 2 0.3752 0.7632 0.000 0.856 0.144
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.6111 0.4573 0.396 0.000 0.604
#> SRR2049697 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049698 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049696 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049694 1 0.5219 0.6677 0.788 0.016 0.196
#> SRR2049693 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049695 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049691 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049692 3 0.6148 0.5391 0.028 0.244 0.728
#> SRR2049689 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.5619 0.5437 0.012 0.244 0.744
#> SRR2049687 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049684 3 0.3879 0.5883 0.000 0.152 0.848
#> SRR2049683 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049682 3 0.4345 0.6033 0.016 0.136 0.848
#> SRR2049680 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049681 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049678 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049679 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049676 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049675 1 0.6244 0.1204 0.560 0.000 0.440
#> SRR2049677 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049674 3 0.4830 0.6418 0.084 0.068 0.848
#> SRR2049672 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049671 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049673 3 0.6192 0.4132 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049670 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049668 1 0.5687 0.5966 0.756 0.020 0.224
#> SRR2049669 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.5363 0.5786 0.000 0.276 0.724
#> SRR2049665 1 0.4999 0.7285 0.820 0.028 0.152
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049662 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049659 2 0.4796 0.7565 0.000 0.780 0.220
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.1411 0.9308 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049655 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049656 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049654 1 0.1163 0.9361 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.2356 0.7950 0.000 0.928 0.072
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049651 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049647 1 0.4654 0.6850 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049648 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049646 2 0.0892 0.8044 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049644 3 0.5178 0.5755 0.000 0.256 0.744
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049638 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049640 1 0.0592 0.9489 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049636 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0237 0.8070 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.5058 0.7486 0.000 0.756 0.244
#> SRR2049632 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049631 2 0.0000 0.8075 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049628 3 0.7174 0.1768 0.460 0.024 0.516
#> SRR2049629 2 0.3686 0.7662 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049627 3 0.6095 0.4504 0.392 0.000 0.608
#> SRR2049626 1 0.0000 0.9525 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.5619 0.5437 0.012 0.244 0.744
#> SRR2049624 1 0.2773 0.8776 0.928 0.048 0.024
#> SRR2049623 3 0.3879 0.5883 0.000 0.152 0.848
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.2469 0.7790 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049621 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049622 1 0.4697 0.4237 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR2049620 2 0.3764 0.1185 0.000 0.816 0.012 0.172
#> SRR2049619 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049617 4 0.4981 -0.1275 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR2049616 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 4 0.2281 0.8337 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR2049614 4 0.4720 0.5400 0.000 0.264 0.016 0.720
#> SRR2049613 2 0.7982 -0.0485 0.220 0.392 0.380 0.008
#> SRR2049612 1 0.0336 0.8427 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049611 1 0.4730 0.5320 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR2049610 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 4 0.3501 0.7041 0.000 0.132 0.020 0.848
#> SRR2049607 2 0.5189 0.5400 0.000 0.616 0.012 0.372
#> SRR2049606 1 0.1474 0.8225 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049605 3 0.6076 0.2261 0.436 0.004 0.524 0.036
#> SRR2049604 2 0.7888 -0.4695 0.288 0.368 0.344 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.2469 0.7790 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049597 1 0.0188 0.8447 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049596 1 0.1302 0.8271 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049595 3 0.8765 0.4859 0.144 0.372 0.404 0.080
#> SRR2049594 1 0.3311 0.7401 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR2049593 1 0.4560 0.4759 0.700 0.004 0.296 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.1302 0.8271 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049590 1 0.0188 0.8445 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049589 1 0.1302 0.8271 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.7712 0.3952 0.000 0.372 0.404 0.224
#> SRR2049585 1 0.2589 0.7726 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049584 1 0.3942 0.6072 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.4761 0.5388 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049788 2 0.4761 0.5388 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049787 4 0.1557 0.8509 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR2049786 2 0.4804 0.2513 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR2049785 2 0.4761 0.5388 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049784 1 0.2081 0.8092 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049783 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049782 4 0.2408 0.8247 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR2049781 2 0.4761 0.5388 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049780 2 0.4761 0.5388 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049779 2 0.4761 0.5388 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049778 1 0.4730 0.5320 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR2049777 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049776 1 0.0469 0.8440 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049775 2 0.4776 0.5340 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR2049774 2 0.7909 -0.4576 0.312 0.364 0.324 0.000
#> SRR2049773 2 0.4830 0.5112 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR2049772 1 0.2921 0.7462 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR2049771 2 0.6078 0.3571 0.000 0.620 0.312 0.068
#> SRR2049770 3 0.7659 0.1102 0.244 0.296 0.460 0.000
#> SRR2049769 4 0.4431 0.4660 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR2049768 4 0.4713 0.3038 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR2049767 2 0.1151 0.1975 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR2049766 1 0.4250 0.5310 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2049765 4 0.2408 0.8279 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR2049764 2 0.5127 0.5440 0.000 0.632 0.012 0.356
#> SRR2049763 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049762 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049760 1 0.0336 0.8438 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049759 2 0.4985 0.3372 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR2049758 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.4761 0.5388 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049757 4 0.4088 0.6169 0.000 0.232 0.004 0.764
#> SRR2049754 2 0.5883 -0.3185 0.060 0.640 0.300 0.000
#> SRR2049752 1 0.2704 0.7806 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR2049751 4 0.0469 0.8641 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049749 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049753 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049750 1 0.4936 0.5148 0.624 0.004 0.372 0.000
#> SRR2049748 4 0.4072 0.5982 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR2049744 1 0.2408 0.7825 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049743 2 0.5127 0.5440 0.000 0.632 0.012 0.356
#> SRR2049745 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.4277 0.5393 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR2049741 3 0.4761 0.5727 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR2049738 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049737 1 0.4522 0.5852 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2049739 2 0.4998 0.2669 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR2049740 3 0.4920 0.5752 0.004 0.368 0.628 0.000
#> SRR2049736 2 0.4679 -0.3032 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR2049735 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049732 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.4936 0.5148 0.624 0.004 0.372 0.000
#> SRR2049734 2 0.4994 0.3030 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR2049733 2 0.4972 0.1647 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR2049731 4 0.4454 0.4570 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR2049729 1 0.4679 0.5468 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.4936 0.5148 0.624 0.004 0.372 0.000
#> SRR2049726 2 0.4830 0.5112 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR2049724 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.4730 0.5320 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR2049719 2 0.4804 0.5210 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049722 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.4250 0.5310 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.5070 0.5087 0.620 0.008 0.372 0.000
#> SRR2049717 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049715 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049714 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.4250 0.5310 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2049712 4 0.7613 -0.2747 0.000 0.368 0.204 0.428
#> SRR2049711 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.1302 0.8271 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.1389 0.8248 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 3 0.6919 0.5658 0.000 0.368 0.516 0.116
#> SRR2049700 2 0.4889 0.5439 0.000 0.636 0.004 0.360
#> SRR2049701 1 0.3528 0.6751 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR2049699 3 0.5174 0.5786 0.012 0.368 0.620 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.4643 0.5566 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR2049696 1 0.2081 0.8073 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049694 3 0.5838 -0.1338 0.444 0.000 0.524 0.032
#> SRR2049693 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.2281 0.7998 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049692 3 0.4961 -0.1059 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 2 0.4564 -0.2733 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 3 0.6961 0.5633 0.000 0.368 0.512 0.120
#> SRR2049683 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 3 0.6830 0.5693 0.000 0.368 0.524 0.108
#> SRR2049680 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049681 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049678 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049675 3 0.5937 0.1782 0.456 0.004 0.512 0.028
#> SRR2049677 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049674 3 0.5821 0.5786 0.000 0.368 0.592 0.040
#> SRR2049672 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 3 0.7348 0.5349 0.240 0.232 0.528 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.5713 0.3601 0.640 0.004 0.320 0.036
#> SRR2049669 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.2149 0.7858 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049666 2 0.7348 -0.3155 0.000 0.528 0.240 0.232
#> SRR2049665 2 0.7717 -0.0851 0.224 0.392 0.384 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.3649 0.7118 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.4730 0.5320 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR2049662 1 0.2281 0.8004 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049659 4 0.0469 0.8641 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049657 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.4477 0.4785 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR2049655 1 0.5070 0.5087 0.620 0.008 0.372 0.000
#> SRR2049656 1 0.1302 0.8271 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049654 1 0.1302 0.8271 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049652 1 0.0188 0.8445 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049653 4 0.1118 0.8574 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR2049649 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0921 0.8364 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049651 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.5105 0.4833 0.696 0.000 0.276 0.028
#> SRR2049648 1 0.4730 0.5320 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR2049646 4 0.3486 0.7085 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR2049644 4 0.7758 -0.3300 0.000 0.368 0.236 0.396
#> SRR2049645 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.4697 0.5415 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR2049641 1 0.0336 0.8439 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049639 2 0.5387 0.4965 0.000 0.584 0.016 0.400
#> SRR2049638 1 0.4679 0.5467 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR2049640 1 0.4817 0.5094 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR2049636 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049635 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049634 1 0.0000 0.8456 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 4 0.0000 0.8665 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.4936 0.5396 0.000 0.624 0.004 0.372
#> SRR2049631 4 0.2216 0.8359 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049630 2 0.4817 0.5178 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR2049628 3 0.3705 0.4279 0.052 0.004 0.860 0.084
#> SRR2049629 2 0.5355 0.5428 0.000 0.620 0.020 0.360
#> SRR2049627 3 0.5182 0.2341 0.288 0.028 0.684 0.000
#> SRR2049626 1 0.0336 0.8439 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049625 2 0.4843 -0.3641 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR2049624 1 0.4050 0.6651 0.808 0.168 0.024 0.000
#> SRR2049623 3 0.7120 0.5529 0.000 0.368 0.496 0.136
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 1 0.4227 0.4637 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR2049621 4 0.2377 0.8809 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR2049622 1 0.4793 0.4134 0.544 0.000 0.436 0.000 0.020
#> SRR2049620 2 0.6502 0.2728 0.000 0.548 0.272 0.164 0.016
#> SRR2049619 1 0.0290 0.6840 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049618 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.1197 0.8282 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049616 1 0.0609 0.6759 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049615 4 0.1792 0.9065 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049614 4 0.3010 0.8121 0.000 0.172 0.004 0.824 0.000
#> SRR2049613 5 0.6756 0.6075 0.276 0.200 0.016 0.000 0.508
#> SRR2049612 1 0.2471 0.6400 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR2049611 5 0.4256 0.7158 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR2049610 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.6846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 4 0.4524 0.6222 0.000 0.236 0.004 0.720 0.040
#> SRR2049607 2 0.1026 0.8364 0.000 0.968 0.024 0.004 0.004
#> SRR2049606 1 0.3661 0.5683 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.6033 0.2084 0.468 0.000 0.100 0.004 0.428
#> SRR2049604 3 0.1043 0.6567 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.0510 0.6788 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049602 1 0.0566 0.6842 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR2049601 1 0.0324 0.6848 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049600 1 0.0510 0.6788 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049599 1 0.0609 0.6759 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049598 1 0.4227 0.4637 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.1341 0.6483 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049596 1 0.4074 0.5211 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.0671 0.6710 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> SRR2049594 1 0.4201 -0.3892 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049593 1 0.4287 0.4013 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0162 0.6840 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049591 1 0.4074 0.5211 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.2424 0.6414 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.4074 0.5211 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.6846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.0912 0.6721 0.000 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR2049585 1 0.4219 0.4685 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.4273 0.4215 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0290 0.6828 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049789 2 0.0162 0.8490 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049788 2 0.0162 0.8490 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049787 4 0.0794 0.9258 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049786 2 0.4830 0.1025 0.000 0.492 0.020 0.000 0.488
#> SRR2049785 2 0.0162 0.8490 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049784 1 0.4227 -0.3991 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR2049783 4 0.2280 0.8865 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049782 4 0.2929 0.8264 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR2049781 2 0.0162 0.8490 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049780 2 0.0727 0.8433 0.000 0.980 0.012 0.004 0.004
#> SRR2049779 2 0.0162 0.8490 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049778 5 0.4249 0.7174 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2049777 4 0.2230 0.8892 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR2049776 1 0.2074 0.5835 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049775 2 0.0162 0.8490 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049774 3 0.1408 0.6532 0.044 0.000 0.948 0.000 0.008
#> SRR2049773 2 0.0609 0.8452 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049772 1 0.4249 0.4458 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.0898 0.8334 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR2049770 5 0.6917 0.5175 0.164 0.208 0.060 0.000 0.568
#> SRR2049769 2 0.3983 0.4861 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR2049768 2 0.1908 0.7903 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049767 2 0.4294 0.0913 0.000 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR2049766 1 0.4723 0.3728 0.536 0.000 0.016 0.000 0.448
#> SRR2049765 4 0.2127 0.8918 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.8469 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049763 4 0.2329 0.8842 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.2329 0.8839 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR2049760 1 0.2732 0.4726 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049759 2 0.0880 0.8387 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049758 1 0.0510 0.6788 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049756 1 0.0290 0.6830 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049755 2 0.0324 0.8481 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049757 4 0.3783 0.6973 0.000 0.252 0.008 0.740 0.000
#> SRR2049754 3 0.4487 0.5606 0.020 0.196 0.752 0.000 0.032
#> SRR2049752 1 0.4150 -0.2960 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR2049751 4 0.0510 0.9292 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049749 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049753 4 0.2377 0.8809 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR2049750 5 0.4249 0.7174 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2049748 2 0.3983 0.4773 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR2049744 1 0.4227 0.4637 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0566 0.8406 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR2049745 1 0.0290 0.6828 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049747 1 0.0162 0.6840 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049742 1 0.5696 0.5040 0.628 0.000 0.172 0.000 0.200
#> SRR2049741 3 0.2280 0.6878 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049738 4 0.2329 0.8839 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR2049737 5 0.4291 0.6849 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR2049739 2 0.1410 0.8196 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049740 3 0.0609 0.6777 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049736 3 0.3954 0.5735 0.000 0.192 0.772 0.000 0.036
#> SRR2049735 4 0.2377 0.8809 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR2049732 1 0.0794 0.6692 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049730 5 0.4256 0.7158 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR2049734 2 0.2773 0.7215 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR2049733 5 0.5894 0.1055 0.000 0.356 0.112 0.000 0.532
#> SRR2049731 2 0.4060 0.4403 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR2049729 5 0.4268 0.7078 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049727 1 0.0290 0.6830 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049728 1 0.0162 0.6841 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049725 5 0.4249 0.7174 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2049726 2 0.0290 0.8487 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.6846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0162 0.6841 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049720 5 0.4249 0.7174 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2049719 2 0.0510 0.8468 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049722 1 0.0162 0.6840 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049721 1 0.4649 0.4094 0.580 0.000 0.016 0.000 0.404
#> SRR2049716 1 0.0880 0.6655 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049718 5 0.4397 0.7168 0.432 0.004 0.000 0.000 0.564
#> SRR2049717 4 0.2377 0.8809 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR2049715 4 0.2377 0.8809 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.4658 0.4087 0.576 0.000 0.016 0.000 0.408
#> SRR2049712 3 0.4890 0.2630 0.000 0.000 0.524 0.452 0.024
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0290 0.6830 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049707 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0162 0.6841 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049706 1 0.4074 0.5211 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.6846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.4114 0.5123 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.4937 0.6358 0.000 0.000 0.544 0.028 0.428
#> SRR2049700 2 0.0486 0.8468 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR2049701 1 0.4263 0.5746 0.760 0.000 0.060 0.000 0.180
#> SRR2049699 3 0.4242 0.6381 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR2049697 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 5 0.4306 0.6365 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR2049696 1 0.4088 -0.2493 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2049694 5 0.3789 0.1700 0.224 0.000 0.016 0.000 0.760
#> SRR2049693 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.4201 -0.3829 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049692 5 0.5406 0.0864 0.000 0.360 0.068 0.000 0.572
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.6846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.4623 0.4164 0.000 0.304 0.664 0.000 0.032
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0404 0.6810 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.5607 0.6346 0.000 0.000 0.540 0.080 0.380
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.4937 0.6358 0.000 0.000 0.544 0.028 0.428
#> SRR2049680 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049681 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049678 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.5381 0.3139 0.516 0.000 0.056 0.000 0.428
#> SRR2049677 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.4390 0.6377 0.000 0.000 0.568 0.004 0.428
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 5 0.6674 -0.4066 0.248 0.000 0.324 0.000 0.428
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.5014 0.3590 0.536 0.000 0.032 0.000 0.432
#> SRR2049669 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.1205 0.6715 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR2049666 3 0.6415 0.4623 0.000 0.116 0.564 0.292 0.028
#> SRR2049665 5 0.6526 0.5633 0.200 0.212 0.020 0.000 0.568
#> SRR2049664 1 0.0290 0.6830 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049661 1 0.4268 -0.4829 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR2049663 1 0.0510 0.6788 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049660 5 0.4249 0.7174 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2049662 1 0.4150 -0.3062 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR2049659 4 0.0162 0.9321 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049657 1 0.0510 0.6828 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.5036 0.3959 0.560 0.000 0.036 0.000 0.404
#> SRR2049655 5 0.4403 0.7163 0.436 0.004 0.000 0.000 0.560
#> SRR2049656 1 0.4074 0.5211 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.4074 0.5211 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.2625 0.6502 0.876 0.000 0.108 0.000 0.016
#> SRR2049653 4 0.0404 0.9303 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.6846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.2966 0.4090 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049651 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.4817 0.4070 0.572 0.000 0.024 0.000 0.404
#> SRR2049648 5 0.4256 0.7158 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR2049646 4 0.3395 0.7340 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR2049644 3 0.4861 0.3064 0.000 0.000 0.548 0.428 0.024
#> SRR2049645 1 0.0609 0.6759 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049643 5 0.4283 0.6944 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR2049641 1 0.2074 0.5860 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049639 2 0.4658 0.2747 0.000 0.576 0.016 0.408 0.000
#> SRR2049638 5 0.4304 0.6459 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2049640 5 0.6216 0.5574 0.244 0.000 0.208 0.000 0.548
#> SRR2049636 4 0.2377 0.8809 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR2049635 1 0.0451 0.6843 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR2049637 4 0.2377 0.8809 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR2049634 1 0.0290 0.6828 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049633 4 0.0000 0.9330 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.0932 0.8390 0.000 0.972 0.020 0.004 0.004
#> SRR2049631 4 0.1965 0.8998 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR2049630 2 0.0404 0.8480 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049628 5 0.1828 0.0811 0.000 0.004 0.032 0.028 0.936
#> SRR2049629 2 0.0771 0.8358 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR2049627 3 0.5028 0.1410 0.016 0.012 0.560 0.000 0.412
#> SRR2049626 1 0.2179 0.5748 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049625 3 0.0807 0.6734 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR2049624 1 0.5762 0.3486 0.668 0.160 0.020 0.000 0.152
#> SRR2049623 3 0.5077 0.6355 0.000 0.000 0.536 0.036 0.428
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 5 0.3198 0.53470 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR2049621 4 0.3636 0.65267 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004 0.000
#> SRR2049622 5 0.2597 0.61019 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR2049620 2 0.6915 0.22231 0.000 0.440 0.248 0.240 0.000 0.072
#> SRR2049619 1 0.2562 0.73276 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR2049618 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.84606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0547 0.72973 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049615 4 0.3278 0.77814 0.000 0.088 0.000 0.824 0.088 0.000
#> SRR2049614 4 0.3546 0.74127 0.000 0.024 0.000 0.824 0.096 0.056
#> SRR2049613 6 0.3341 0.59625 0.048 0.020 0.000 0.000 0.096 0.836
#> SRR2049612 1 0.3126 0.66394 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR2049611 6 0.3221 0.76813 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2049610 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.2260 0.75177 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2049608 4 0.6449 0.48236 0.000 0.160 0.076 0.624 0.068 0.072
#> SRR2049607 2 0.3925 0.71264 0.000 0.744 0.000 0.000 0.056 0.200
#> SRR2049606 1 0.3446 0.57962 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR2049605 3 0.3492 0.51412 0.120 0.000 0.804 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049604 5 0.3081 0.53760 0.004 0.000 0.220 0.000 0.776 0.000
#> SRR2049603 1 0.0291 0.74091 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049602 1 0.0547 0.74599 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049601 1 0.2219 0.75412 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2049600 1 0.0146 0.73880 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049599 1 0.2302 0.75853 0.872 0.000 0.000 0.000 0.120 0.008
#> SRR2049598 5 0.3175 0.54134 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000
#> SRR2049597 1 0.3464 0.70615 0.808 0.000 0.000 0.000 0.084 0.108
#> SRR2049596 1 0.3854 0.25111 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR2049595 5 0.3288 0.49751 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR2049594 1 0.3101 0.40906 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2049593 5 0.2340 0.62022 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049592 1 0.2178 0.75485 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR2049591 1 0.3838 0.29497 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049590 1 0.3151 0.65915 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR2049589 1 0.3843 0.28538 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR2049588 1 0.2416 0.74272 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR2049586 5 0.3244 0.50437 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR2049585 5 0.3765 0.17138 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR2049584 5 0.2340 0.62022 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049583 1 0.2003 0.75879 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049789 2 0.1444 0.82647 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049788 2 0.0790 0.84036 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049787 4 0.2100 0.80289 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004 0.000
#> SRR2049786 6 0.2658 0.51390 0.000 0.036 0.000 0.000 0.100 0.864
#> SRR2049785 2 0.0000 0.84606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049784 6 0.5266 0.45148 0.344 0.000 0.000 0.000 0.112 0.544
#> SRR2049783 4 0.3547 0.67346 0.000 0.300 0.000 0.696 0.004 0.000
#> SRR2049782 4 0.3851 0.40042 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0790 0.84036 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049780 2 0.2933 0.74374 0.000 0.796 0.000 0.000 0.004 0.200
#> SRR2049779 2 0.0000 0.84606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049778 6 0.3023 0.78025 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR2049777 4 0.3508 0.68098 0.000 0.292 0.000 0.704 0.004 0.000
#> SRR2049776 1 0.5382 0.39308 0.564 0.000 0.000 0.000 0.148 0.288
#> SRR2049775 2 0.0000 0.84606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 5 0.2121 0.59115 0.012 0.000 0.096 0.000 0.892 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.84606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 5 0.2454 0.61744 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR2049771 2 0.4793 0.65100 0.000 0.648 0.000 0.000 0.100 0.252
#> SRR2049770 6 0.0622 0.61463 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980
#> SRR2049769 2 0.2762 0.64974 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.84606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 2 0.6793 0.40125 0.000 0.516 0.196 0.000 0.160 0.128
#> SRR2049766 1 0.4403 -0.18267 0.508 0.000 0.468 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049765 4 0.3419 0.77336 0.000 0.072 0.000 0.828 0.088 0.012
#> SRR2049764 2 0.2020 0.81476 0.000 0.896 0.000 0.000 0.096 0.008
#> SRR2049763 4 0.3464 0.66538 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.3601 0.66258 0.000 0.312 0.000 0.684 0.004 0.000
#> SRR2049760 1 0.2416 0.57810 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049759 2 0.0000 0.84606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0260 0.73691 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049756 1 0.2135 0.75672 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049755 2 0.0632 0.84258 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049757 4 0.4122 0.63295 0.000 0.316 0.000 0.660 0.004 0.020
#> SRR2049754 5 0.7128 0.17886 0.088 0.000 0.220 0.000 0.384 0.308
#> SRR2049752 1 0.4800 -0.14427 0.500 0.000 0.000 0.000 0.052 0.448
#> SRR2049751 4 0.1908 0.81029 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004 0.000
#> SRR2049749 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049753 4 0.3782 0.60332 0.000 0.360 0.000 0.636 0.004 0.000
#> SRR2049750 6 0.2883 0.78307 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2049748 2 0.2814 0.68558 0.000 0.820 0.000 0.172 0.008 0.000
#> SRR2049744 5 0.3659 0.29677 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR2049743 2 0.4293 0.70470 0.000 0.716 0.000 0.000 0.084 0.200
#> SRR2049745 1 0.1957 0.75952 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049747 1 0.2219 0.75348 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2049742 1 0.5420 0.41828 0.572 0.000 0.172 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049741 5 0.3954 0.35190 0.000 0.004 0.372 0.000 0.620 0.004
#> SRR2049738 4 0.3601 0.66258 0.000 0.312 0.000 0.684 0.004 0.000
#> SRR2049737 6 0.3789 0.55105 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR2049739 2 0.0146 0.84452 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049740 5 0.3221 0.51081 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR2049736 3 0.6370 0.00304 0.000 0.020 0.436 0.000 0.316 0.228
#> SRR2049735 4 0.3807 0.59016 0.000 0.368 0.000 0.628 0.004 0.000
#> SRR2049732 1 0.0547 0.72973 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049730 6 0.3050 0.77977 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR2049734 2 0.2092 0.75081 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR2049733 6 0.3610 0.45279 0.000 0.052 0.004 0.000 0.152 0.792
#> SRR2049731 2 0.2964 0.63195 0.000 0.792 0.000 0.204 0.004 0.000
#> SRR2049729 6 0.3804 0.56297 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR2049727 1 0.0146 0.74190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049728 1 0.0146 0.74190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049725 6 0.2883 0.78307 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2049726 2 0.0000 0.84606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.2178 0.75485 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR2049723 1 0.0146 0.74190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049720 6 0.3175 0.76948 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049719 2 0.0146 0.84452 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049722 1 0.2178 0.75485 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR2049721 3 0.4578 0.30010 0.444 0.000 0.520 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049716 1 0.0547 0.72973 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049718 6 0.3103 0.78018 0.208 0.000 0.000 0.000 0.008 0.784
#> SRR2049717 4 0.3699 0.63249 0.000 0.336 0.000 0.660 0.004 0.000
#> SRR2049715 4 0.3464 0.66538 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 3 0.4218 0.35797 0.428 0.000 0.556 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049712 4 0.4284 0.11161 0.000 0.000 0.440 0.544 0.012 0.004
#> SRR2049711 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0146 0.74190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.2003 0.75935 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049706 1 0.3810 0.34296 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR2049705 1 0.2260 0.75177 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2049704 1 0.3843 0.28538 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.0146 0.55924 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049700 2 0.2933 0.74547 0.000 0.796 0.000 0.000 0.004 0.200
#> SRR2049701 1 0.3700 0.58367 0.780 0.000 0.152 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049699 3 0.0146 0.55730 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049697 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.3782 0.01016 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR2049696 1 0.3050 0.43255 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049694 3 0.5515 0.34764 0.260 0.000 0.556 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049693 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.3221 0.36419 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR2049692 6 0.3039 0.50942 0.000 0.052 0.020 0.000 0.068 0.860
#> SRR2049689 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.2135 0.75661 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049688 3 0.7077 0.09055 0.000 0.104 0.444 0.000 0.228 0.224
#> SRR2049687 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0363 0.73457 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049685 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.2488 0.49138 0.000 0.000 0.864 0.124 0.008 0.004
#> SRR2049683 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.0146 0.55924 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049680 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049681 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049678 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049675 3 0.3782 0.52077 0.224 0.000 0.740 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049677 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.0146 0.55730 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049672 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.2118 0.56280 0.104 0.000 0.888 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.3468 0.50685 0.284 0.000 0.712 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049669 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.1549 0.71632 0.936 0.000 0.044 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049666 3 0.7684 0.15604 0.000 0.028 0.444 0.168 0.168 0.192
#> SRR2049665 6 0.0520 0.61704 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984
#> SRR2049664 1 0.0146 0.74190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049661 1 0.3668 0.20480 0.668 0.000 0.000 0.000 0.004 0.328
#> SRR2049663 1 0.0260 0.73691 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049660 6 0.2883 0.78307 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2049662 1 0.3390 0.31458 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2049659 4 0.0291 0.84025 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR2049657 1 0.2003 0.75917 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049658 3 0.5515 0.26812 0.260 0.000 0.556 0.000 0.184 0.000
#> SRR2049655 6 0.3161 0.78197 0.216 0.000 0.000 0.000 0.008 0.776
#> SRR2049656 1 0.3843 0.28538 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR2049654 1 0.3843 0.28538 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR2049652 1 0.3494 0.65450 0.736 0.000 0.000 0.000 0.252 0.012
#> SRR2049653 4 0.0865 0.83396 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.2219 0.75358 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2049650 1 0.2778 0.54727 0.824 0.000 0.008 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049651 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049647 3 0.5411 0.29616 0.296 0.000 0.556 0.000 0.148 0.000
#> SRR2049648 6 0.3198 0.77130 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2049646 4 0.3728 0.61980 0.000 0.344 0.000 0.652 0.004 0.000
#> SRR2049644 3 0.6550 0.15603 0.000 0.004 0.444 0.372 0.120 0.060
#> SRR2049645 1 0.2146 0.75915 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR2049643 6 0.3727 0.60258 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2049641 1 0.5301 0.44543 0.584 0.000 0.000 0.000 0.148 0.268
#> SRR2049639 4 0.6965 0.17456 0.000 0.280 0.000 0.444 0.092 0.184
#> SRR2049638 1 0.3547 0.16064 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR2049640 6 0.4595 0.51103 0.084 0.000 0.000 0.000 0.248 0.668
#> SRR2049636 4 0.3601 0.66258 0.000 0.312 0.000 0.684 0.004 0.000
#> SRR2049635 1 0.1714 0.76064 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049637 4 0.3819 0.58322 0.000 0.372 0.000 0.624 0.004 0.000
#> SRR2049634 1 0.2234 0.75834 0.872 0.000 0.000 0.000 0.124 0.004
#> SRR2049633 4 0.0000 0.84204 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.3345 0.73387 0.000 0.776 0.000 0.000 0.020 0.204
#> SRR2049631 4 0.3266 0.69924 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.84606 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 3 0.3983 0.31169 0.004 0.000 0.640 0.000 0.008 0.348
#> SRR2049629 2 0.4386 0.69920 0.000 0.708 0.000 0.000 0.092 0.200
#> SRR2049627 5 0.2946 0.43635 0.004 0.000 0.004 0.000 0.808 0.184
#> SRR2049626 1 0.2562 0.59656 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049625 5 0.3710 0.47072 0.000 0.000 0.292 0.000 0.696 0.012
#> SRR2049624 1 0.4009 0.34744 0.632 0.008 0.000 0.000 0.004 0.356
#> SRR2049623 3 0.0603 0.55562 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.929 0.952 0.978 0.4853 0.518 0.518
#> 3 3 0.904 0.887 0.956 0.3453 0.728 0.521
#> 4 4 0.761 0.815 0.914 0.0722 0.868 0.661
#> 5 5 0.699 0.725 0.837 0.0493 0.898 0.701
#> 6 6 0.695 0.331 0.590 0.0732 0.802 0.419
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049620 1 0.6801 0.797 0.820 0.180
#> SRR2049619 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.5408 0.860 0.124 0.876
#> SRR2049613 1 0.2236 0.945 0.964 0.036
#> SRR2049612 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.3431 0.923 0.936 0.064
#> SRR2049607 2 0.6887 0.780 0.184 0.816
#> SRR2049606 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.2043 0.948 0.968 0.032
#> SRR2049604 1 0.2043 0.948 0.968 0.032
#> SRR2049603 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.4815 0.885 0.896 0.104
#> SRR2049594 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.8909 0.587 0.692 0.308
#> SRR2049585 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.6623 0.796 0.172 0.828
#> SRR2049785 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.3733 0.920 0.072 0.928
#> SRR2049770 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.5842 0.840 0.140 0.860
#> SRR2049766 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR2049765 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.2603 0.947 0.044 0.956
#> SRR2049757 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR2049741 1 0.6712 0.802 0.824 0.176
#> SRR2049738 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.3584 0.919 0.932 0.068
#> SRR2049736 1 0.3431 0.923 0.936 0.064
#> SRR2049735 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.2236 0.945 0.964 0.036
#> SRR2049731 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049719 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.8327 0.670 0.736 0.264
#> SRR2049700 1 0.9954 0.208 0.540 0.460
#> SRR2049701 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.4298 0.901 0.912 0.088
#> SRR2049697 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR2049693 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.6438 0.818 0.836 0.164
#> SRR2049689 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.2778 0.936 0.952 0.048
#> SRR2049687 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.9993 0.109 0.516 0.484
#> SRR2049683 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.4161 0.905 0.916 0.084
#> SRR2049680 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.4815 0.885 0.896 0.104
#> SRR2049672 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.0376 0.968 0.996 0.004
#> SRR2049669 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.6531 0.813 0.832 0.168
#> SRR2049665 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.3733 0.920 0.072 0.928
#> SRR2049647 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049644 2 0.5737 0.845 0.136 0.864
#> SRR2049645 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.4161 0.907 0.084 0.916
#> SRR2049638 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.6048 0.837 0.852 0.148
#> SRR2049629 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR2049627 1 0.2236 0.945 0.964 0.036
#> SRR2049626 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.5737 0.851 0.864 0.136
#> SRR2049624 1 0.0000 0.970 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.8207 0.683 0.744 0.256
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.1964 0.8798 0.056 0.000 0.944
#> SRR2049620 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.0892 0.9032 0.000 0.020 0.980
#> SRR2049617 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.5560 0.5554 0.000 0.700 0.300
#> SRR2049614 3 0.1643 0.8863 0.000 0.044 0.956
#> SRR2049613 1 0.4555 0.7267 0.800 0.000 0.200
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0424 0.9473 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049607 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 3 0.1643 0.8874 0.044 0.000 0.956
#> SRR2049604 3 0.0424 0.9099 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049594 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.6192 0.2504 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049585 1 0.2625 0.8861 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049584 1 0.5529 0.5594 0.704 0.000 0.296
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.5905 0.4421 0.000 0.648 0.352
#> SRR2049787 2 0.6126 0.3249 0.000 0.600 0.400
#> SRR2049786 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049780 3 0.6008 0.3673 0.000 0.372 0.628
#> SRR2049779 3 0.4555 0.7028 0.000 0.200 0.800
#> SRR2049778 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049777 3 0.1289 0.8956 0.000 0.032 0.968
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049774 3 0.2066 0.8725 0.060 0.000 0.940
#> SRR2049773 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.6008 0.3783 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049771 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049770 3 0.3551 0.8121 0.132 0.000 0.868
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049766 1 0.6305 -0.0180 0.516 0.000 0.484
#> SRR2049765 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049764 3 0.3038 0.8300 0.000 0.104 0.896
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 3 0.0747 0.9057 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049757 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049754 3 0.5733 0.5292 0.324 0.000 0.676
#> SRR2049752 3 0.5988 0.4409 0.368 0.000 0.632
#> SRR2049751 2 0.6260 0.1822 0.000 0.552 0.448
#> SRR2049749 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049750 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049748 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.4654 0.7103 0.000 0.792 0.208
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.2066 0.8752 0.060 0.000 0.940
#> SRR2049741 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.0424 0.9659 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049739 2 0.0424 0.9473 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049740 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049736 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049735 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049734 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049733 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049731 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049719 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.4974 0.6663 0.764 0.000 0.236
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049717 3 0.1753 0.8831 0.000 0.048 0.952
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.6215 0.2453 0.000 0.572 0.428
#> SRR2049713 1 0.0424 0.9659 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049712 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0747 0.9407 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049700 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 3 0.6192 0.3099 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049693 3 0.1643 0.8868 0.000 0.044 0.956
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049692 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049680 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049681 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 3 0.5058 0.6850 0.244 0.000 0.756
#> SRR2049677 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.6045 0.3879 0.380 0.000 0.620
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.5291 0.6476 0.268 0.000 0.732
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049665 1 0.0424 0.9659 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.1753 0.8844 0.048 0.000 0.952
#> SRR2049655 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049651 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049647 3 0.6192 0.3099 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049648 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049646 3 0.6302 0.0468 0.000 0.480 0.520
#> SRR2049644 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 3 0.6286 0.1037 0.000 0.464 0.536
#> SRR2049638 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049632 3 0.0424 0.9099 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9538 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 3 0.0747 0.9061 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049628 3 0.1031 0.9009 0.024 0.000 0.976
#> SRR2049629 3 0.0424 0.9099 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049627 3 0.0424 0.9099 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049626 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049624 1 0.1411 0.9381 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049623 3 0.0000 0.9133 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.1716 0.8207 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2049622 3 0.2868 0.7917 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR2049620 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.5673 0.4917 0.000 0.596 0.372 0.032
#> SRR2049617 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.4072 0.7040 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR2049614 2 0.4843 0.4903 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR2049613 1 0.2060 0.8829 0.932 0.016 0.052 0.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049610 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049607 3 0.1151 0.8546 0.008 0.024 0.968 0.000
#> SRR2049606 1 0.0921 0.9189 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049605 3 0.2216 0.8164 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR2049604 3 0.3649 0.7208 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.2973 0.7708 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR2049594 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 3 0.4866 0.4089 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.3311 0.7935 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR2049584 1 0.4888 0.1952 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.3975 0.6762 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR2049787 2 0.3356 0.7806 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR2049786 2 0.4817 0.5060 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.4877 0.4484 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR2049782 2 0.0469 0.8175 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049781 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.4454 0.5918 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR2049779 2 0.1118 0.8239 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.3356 0.7911 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 3 0.3649 0.7208 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.4994 -0.0867 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR2049771 2 0.4817 0.5060 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR2049770 3 0.4454 0.6295 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.3649 0.6128 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR2049766 1 0.4877 0.3644 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049765 2 0.1867 0.8193 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR2049764 2 0.0921 0.8238 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049763 2 0.2704 0.7243 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.3528 0.6372 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.4477 0.5881 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR2049757 2 0.4164 0.7003 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR2049754 3 0.4103 0.6695 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR2049752 1 0.4955 0.2369 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049751 2 0.3486 0.7712 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR2049749 4 0.3123 0.7986 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR2049753 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049750 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.3400 0.7802 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.2647 0.7966 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049741 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.2216 0.8717 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049736 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.2647 0.8099 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR2049733 3 0.1211 0.8532 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR2049731 2 0.4661 0.5923 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.2868 0.8262 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR2049728 1 0.3074 0.8116 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049719 2 0.4817 0.5060 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.4103 0.6823 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.3266 0.7872 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR2049715 2 0.4477 0.3962 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR2049714 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.3649 0.7545 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049712 3 0.0707 0.8561 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0707 0.9254 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049700 3 0.1211 0.8421 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR2049701 1 0.3649 0.7545 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049699 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.4866 0.3747 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR2049693 4 0.4621 0.6412 0.000 0.284 0.008 0.708
#> SRR2049695 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0921 0.9204 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049692 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.0188 0.8668 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049680 3 0.0707 0.8561 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2049681 2 0.2530 0.8128 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR2049678 4 0.4907 0.3906 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.4477 0.6167 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR2049675 3 0.3873 0.6676 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR2049677 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049674 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 3 0.3172 0.7433 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9069 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 3 0.4164 0.6208 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR2049669 4 0.4331 0.6437 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR2049667 1 0.3569 0.7640 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049666 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049665 1 0.1557 0.9002 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049664 1 0.3219 0.7984 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR2049661 1 0.0707 0.9254 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.3219 0.7984 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR2049659 4 0.4661 0.5534 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.2281 0.8131 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR2049655 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0817 0.8153 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0469 0.9306 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049651 3 0.1118 0.8454 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049647 1 0.4866 0.3747 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.2216 0.8170 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049644 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.2647 0.8105 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR2049638 1 0.2345 0.8609 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.8228 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9376 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049632 3 0.4643 0.3561 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR2049631 4 0.3942 0.6698 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR2049630 2 0.3801 0.7164 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR2049628 3 0.1637 0.8389 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2049629 2 0.4713 0.5385 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR2049627 3 0.3649 0.7208 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR2049626 1 0.3649 0.7545 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049625 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.3266 0.7944 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR2049623 3 0.0000 0.8674 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.60241 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.2850 0.68654 0.092 0.000 0.872 0.000 0.036
#> SRR2049620 3 0.2300 0.72698 0.000 0.052 0.908 0.000 0.040
#> SRR2049619 1 0.0794 0.90915 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049618 3 0.6651 0.40917 0.000 0.244 0.552 0.024 0.180
#> SRR2049617 5 0.4306 0.49638 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR2049616 1 0.3074 0.86148 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049615 2 0.4800 0.36209 0.000 0.676 0.272 0.000 0.052
#> SRR2049614 3 0.6054 0.41914 0.000 0.280 0.560 0.000 0.160
#> SRR2049613 1 0.5682 0.59917 0.704 0.060 0.144 0.000 0.092
#> SRR2049612 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.1270 0.90712 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049610 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.2690 0.87224 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049608 3 0.0963 0.71910 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049607 3 0.3297 0.70999 0.000 0.068 0.848 0.000 0.084
#> SRR2049606 1 0.0404 0.91092 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049605 3 0.3857 0.65399 0.084 0.000 0.808 0.000 0.108
#> SRR2049604 3 0.3152 0.72184 0.028 0.052 0.876 0.000 0.044
#> SRR2049603 1 0.1043 0.90738 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049602 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.2020 0.89525 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049599 1 0.1478 0.90321 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049598 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0162 0.91129 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049595 3 0.2945 0.72285 0.016 0.056 0.884 0.000 0.044
#> SRR2049594 1 0.2230 0.89334 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049593 1 0.4283 0.15249 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0794 0.90915 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049591 1 0.0703 0.90978 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049590 1 0.0703 0.90978 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049589 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.2648 0.87423 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049586 3 0.2446 0.72500 0.000 0.056 0.900 0.000 0.044
#> SRR2049585 1 0.2230 0.85401 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.3983 0.46422 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.2020 0.89525 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049789 5 0.3895 0.78382 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR2049788 5 0.4783 0.75721 0.000 0.176 0.100 0.000 0.724
#> SRR2049787 2 0.6054 0.06323 0.000 0.496 0.380 0.000 0.124
#> SRR2049786 3 0.6535 0.19799 0.000 0.232 0.476 0.000 0.292
#> SRR2049785 5 0.3636 0.79561 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR2049784 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 3 0.6071 0.40878 0.000 0.284 0.556 0.000 0.160
#> SRR2049782 2 0.1410 0.61078 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049781 5 0.3876 0.78680 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR2049780 5 0.4748 0.75602 0.000 0.172 0.100 0.000 0.728
#> SRR2049779 5 0.3491 0.80473 0.000 0.228 0.004 0.000 0.768
#> SRR2049778 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049777 3 0.6274 0.15322 0.000 0.420 0.432 0.000 0.148
#> SRR2049776 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 5 0.3876 0.78680 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR2049774 3 0.2873 0.68148 0.120 0.000 0.860 0.000 0.020
#> SRR2049773 5 0.3752 0.76303 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR2049772 1 0.4060 0.38360 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR2049771 3 0.5993 0.44658 0.000 0.232 0.584 0.000 0.184
#> SRR2049770 3 0.3171 0.63618 0.176 0.000 0.816 0.000 0.008
#> SRR2049769 2 0.1410 0.61078 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049768 2 0.3074 0.37165 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049767 3 0.2830 0.71490 0.000 0.080 0.876 0.000 0.044
#> SRR2049766 3 0.5216 0.16684 0.436 0.000 0.520 0.000 0.044
#> SRR2049765 2 0.1197 0.56306 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049764 5 0.3752 0.76303 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR2049763 2 0.1697 0.61248 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR2049762 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.1697 0.61243 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR2049760 1 0.1270 0.90600 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049759 5 0.4161 0.68075 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR2049758 1 0.3074 0.86148 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049756 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 5 0.4844 0.75178 0.000 0.172 0.108 0.000 0.720
#> SRR2049757 3 0.6162 0.37282 0.000 0.308 0.532 0.000 0.160
#> SRR2049754 3 0.4437 0.47022 0.316 0.000 0.664 0.000 0.020
#> SRR2049752 3 0.4946 0.38279 0.368 0.000 0.596 0.000 0.036
#> SRR2049751 2 0.5165 0.16093 0.000 0.576 0.376 0.000 0.048
#> SRR2049749 2 0.4268 0.12123 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049753 2 0.1197 0.61259 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049750 1 0.1444 0.90743 0.948 0.000 0.012 0.000 0.040
#> SRR2049748 3 0.6132 0.11706 0.000 0.428 0.444 0.000 0.128
#> SRR2049744 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 5 0.3366 0.80380 0.000 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR2049745 1 0.3074 0.86148 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049747 1 0.1410 0.90542 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049742 3 0.2959 0.67879 0.100 0.000 0.864 0.000 0.036
#> SRR2049741 3 0.2077 0.72898 0.000 0.040 0.920 0.000 0.040
#> SRR2049738 2 0.1410 0.61078 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049737 1 0.3339 0.86594 0.840 0.000 0.048 0.000 0.112
#> SRR2049739 5 0.4182 0.71263 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR2049740 3 0.2446 0.72500 0.000 0.056 0.900 0.000 0.044
#> SRR2049736 3 0.0290 0.72694 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049735 2 0.1410 0.61078 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049732 1 0.2516 0.88365 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049730 1 0.1121 0.90707 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049734 2 0.6687 0.00369 0.000 0.420 0.332 0.000 0.248
#> SRR2049733 3 0.1251 0.72016 0.008 0.000 0.956 0.000 0.036
#> SRR2049731 3 0.5764 0.50759 0.000 0.236 0.612 0.000 0.152
#> SRR2049729 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.2464 0.88248 0.888 0.000 0.016 0.000 0.096
#> SRR2049728 1 0.3099 0.86534 0.848 0.000 0.028 0.000 0.124
#> SRR2049725 1 0.1043 0.90662 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049726 5 0.3876 0.78680 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR2049724 1 0.1908 0.89766 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049723 1 0.3074 0.86148 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049720 1 0.0963 0.90731 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049719 3 0.5185 0.54718 0.000 0.228 0.672 0.000 0.100
#> SRR2049722 1 0.1544 0.90272 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049721 1 0.5530 0.59964 0.640 0.000 0.228 0.000 0.132
#> SRR2049716 1 0.3074 0.86148 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049718 1 0.0566 0.91175 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2049717 3 0.6040 0.26820 0.000 0.372 0.504 0.000 0.124
#> SRR2049715 2 0.2278 0.60726 0.000 0.908 0.000 0.032 0.060
#> SRR2049714 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.4636 0.76722 0.744 0.000 0.124 0.000 0.132
#> SRR2049712 3 0.2446 0.72500 0.000 0.056 0.900 0.000 0.044
#> SRR2049711 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.2471 0.88512 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049707 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.3039 0.86303 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049706 1 0.0162 0.91137 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049705 1 0.2605 0.87719 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2049704 1 0.2959 0.83391 0.864 0.000 0.100 0.000 0.036
#> SRR2049702 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.0000 0.72574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049700 3 0.1568 0.71820 0.000 0.020 0.944 0.000 0.036
#> SRR2049701 1 0.4636 0.76722 0.744 0.000 0.124 0.000 0.132
#> SRR2049699 3 0.0000 0.72574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.2020 0.89525 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049696 1 0.1851 0.90406 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049694 3 0.5236 0.25127 0.408 0.000 0.544 0.000 0.048
#> SRR2049693 4 0.4587 0.62459 0.000 0.196 0.012 0.744 0.048
#> SRR2049695 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.1992 0.90130 0.924 0.000 0.032 0.000 0.044
#> SRR2049692 3 0.0162 0.72530 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049689 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.2690 0.87224 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049688 3 0.0963 0.72864 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049687 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.2329 0.88383 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049685 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.0963 0.72864 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049683 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.1043 0.71856 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049680 3 0.3169 0.71334 0.000 0.060 0.856 0.000 0.084
#> SRR2049681 3 0.6162 0.12603 0.000 0.428 0.440 0.000 0.132
#> SRR2049678 2 0.3305 0.52191 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.3366 0.51579 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR2049675 3 0.5530 0.49774 0.228 0.000 0.640 0.000 0.132
#> SRR2049677 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.0000 0.72574 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.5580 0.41828 0.236 0.000 0.632 0.000 0.132
#> SRR2049670 4 0.0000 0.97088 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.5673 0.46915 0.252 0.000 0.616 0.000 0.132
#> SRR2049669 4 0.3143 0.69490 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR2049667 1 0.5072 0.76122 0.696 0.000 0.116 0.000 0.188
#> SRR2049666 3 0.1997 0.72926 0.000 0.040 0.924 0.000 0.036
#> SRR2049665 1 0.2848 0.84204 0.868 0.000 0.104 0.000 0.028
#> SRR2049664 1 0.3688 0.83955 0.816 0.000 0.060 0.000 0.124
#> SRR2049661 1 0.2959 0.83391 0.864 0.000 0.100 0.000 0.036
#> SRR2049663 1 0.3074 0.86148 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049660 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.3840 0.82312 0.808 0.000 0.116 0.000 0.076
#> SRR2049659 2 0.3210 0.52963 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.2962 0.68390 0.084 0.000 0.868 0.000 0.048
#> SRR2049655 1 0.1544 0.90523 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049656 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0955 0.61520 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR2049649 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.1965 0.88734 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049651 3 0.3336 0.70880 0.000 0.060 0.844 0.000 0.096
#> SRR2049647 3 0.6153 0.12172 0.408 0.000 0.460 0.000 0.132
#> SRR2049648 1 0.1608 0.90434 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049646 2 0.6571 -0.02806 0.000 0.472 0.268 0.000 0.260
#> SRR2049644 3 0.2370 0.72601 0.000 0.056 0.904 0.000 0.040
#> SRR2049645 1 0.0703 0.90978 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049643 1 0.1043 0.91140 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049641 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.6744 -0.01952 0.000 0.384 0.356 0.000 0.260
#> SRR2049638 1 0.2305 0.90096 0.896 0.000 0.012 0.000 0.092
#> SRR2049640 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.1410 0.61078 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049635 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.60241 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.91106 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.2863 0.72783 0.000 0.060 0.876 0.000 0.064
#> SRR2049632 3 0.6374 -0.03304 0.000 0.172 0.468 0.000 0.360
#> SRR2049631 2 0.4063 0.41314 0.000 0.708 0.000 0.280 0.012
#> SRR2049630 5 0.4066 0.79092 0.000 0.188 0.044 0.000 0.768
#> SRR2049628 3 0.3578 0.66023 0.048 0.000 0.820 0.000 0.132
#> SRR2049629 5 0.6536 0.31704 0.000 0.220 0.312 0.000 0.468
#> SRR2049627 3 0.3207 0.72140 0.024 0.056 0.872 0.000 0.048
#> SRR2049626 1 0.3400 0.81081 0.828 0.000 0.136 0.000 0.036
#> SRR2049625 3 0.2446 0.72500 0.000 0.056 0.900 0.000 0.044
#> SRR2049624 1 0.4317 0.78334 0.764 0.000 0.160 0.000 0.076
#> SRR2049623 3 0.0963 0.71910 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049621 2 0.3854 0.55549 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR2049622 1 0.4639 -0.43932 0.512 0.000 0.040 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049620 3 0.3838 0.54433 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049619 1 0.3797 0.06915 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR2049618 5 0.4540 0.39759 0.324 0.000 0.036 0.008 0.632 0.000
#> SRR2049617 2 0.3515 0.43070 0.000 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 6 0.0146 0.56181 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049615 5 0.3329 -0.00348 0.004 0.236 0.004 0.000 0.756 0.000
#> SRR2049614 5 0.3528 0.15191 0.000 0.004 0.296 0.000 0.700 0.000
#> SRR2049613 1 0.3422 0.17003 0.788 0.000 0.000 0.000 0.176 0.036
#> SRR2049612 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049611 6 0.3868 0.15311 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR2049610 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 6 0.3351 0.43129 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2049608 5 0.5896 0.27202 0.324 0.000 0.220 0.000 0.456 0.000
#> SRR2049607 3 0.3862 0.50300 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR2049606 1 0.3741 0.27612 0.672 0.000 0.008 0.000 0.000 0.320
#> SRR2049605 1 0.6222 -0.33287 0.500 0.000 0.056 0.000 0.336 0.108
#> SRR2049604 3 0.4147 0.53990 0.012 0.000 0.552 0.000 0.436 0.000
#> SRR2049603 1 0.3817 0.01471 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR2049602 1 0.3652 0.28002 0.672 0.000 0.000 0.000 0.004 0.324
#> SRR2049601 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049600 6 0.2416 0.56999 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2049599 6 0.3868 0.14926 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR2049598 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049597 1 0.3531 0.27719 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049596 1 0.3531 0.27503 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049595 3 0.3838 0.54433 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049594 6 0.2135 0.57642 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR2049593 3 0.4117 -0.03464 0.464 0.000 0.528 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049592 1 0.3797 0.06915 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR2049591 1 0.3797 0.06915 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR2049590 1 0.3797 0.06915 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR2049589 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049588 6 0.3737 0.27177 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2049586 3 0.3838 0.54433 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049585 1 0.5426 0.16989 0.604 0.000 0.036 0.000 0.072 0.288
#> SRR2049584 1 0.5673 -0.02165 0.468 0.000 0.372 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049583 6 0.2416 0.56999 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2049789 2 0.4824 0.41023 0.000 0.524 0.420 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049788 3 0.4856 -0.41606 0.000 0.468 0.476 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049787 5 0.2219 0.21284 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR2049786 3 0.4141 0.18076 0.000 0.016 0.596 0.000 0.388 0.000
#> SRR2049785 2 0.5139 0.39621 0.000 0.492 0.424 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049784 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049783 5 0.3428 0.13950 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR2049782 2 0.3833 0.56658 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049781 2 0.4829 0.40926 0.000 0.520 0.424 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049780 3 0.4856 -0.41606 0.000 0.468 0.476 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049779 2 0.5152 0.38027 0.000 0.468 0.448 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049778 1 0.3531 0.27719 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049777 5 0.4166 0.12245 0.000 0.028 0.324 0.000 0.648 0.000
#> SRR2049776 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049775 2 0.4829 0.40926 0.000 0.520 0.424 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049774 3 0.5051 0.41776 0.068 0.000 0.540 0.000 0.388 0.004
#> SRR2049773 2 0.5262 0.37537 0.000 0.456 0.448 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049772 1 0.4707 0.06408 0.584 0.000 0.360 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049771 5 0.3998 -0.39158 0.000 0.004 0.492 0.000 0.504 0.000
#> SRR2049770 1 0.5341 -0.37899 0.508 0.000 0.112 0.000 0.380 0.000
#> SRR2049769 2 0.3833 0.56658 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049768 2 0.3288 0.53076 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR2049767 3 0.3838 0.54433 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049766 1 0.4474 -0.34938 0.560 0.000 0.024 0.000 0.412 0.004
#> SRR2049765 2 0.3868 0.53429 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR2049764 2 0.5226 0.37488 0.000 0.460 0.448 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049763 2 0.3833 0.56658 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.3847 0.56115 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR2049760 6 0.3695 0.42062 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR2049759 2 0.3804 0.42058 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 6 0.0146 0.56181 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049756 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049755 3 0.4856 -0.41606 0.000 0.468 0.476 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049757 5 0.3409 0.14598 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR2049754 3 0.5733 0.16630 0.248 0.000 0.540 0.000 0.208 0.004
#> SRR2049752 1 0.4161 -0.39597 0.540 0.000 0.012 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049751 5 0.2092 0.31064 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR2049749 2 0.6078 0.31287 0.000 0.396 0.000 0.284 0.320 0.000
#> SRR2049753 2 0.3847 0.56115 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR2049750 1 0.3862 -0.16012 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR2049748 5 0.3426 0.40941 0.276 0.004 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR2049744 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049743 2 0.5152 0.38027 0.000 0.468 0.448 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049745 6 0.0146 0.56181 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049747 1 0.3854 -0.05055 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR2049742 1 0.4644 -0.45158 0.504 0.000 0.040 0.000 0.456 0.000
#> SRR2049741 3 0.3823 0.54457 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR2049738 2 0.3833 0.56658 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049737 1 0.4323 -0.00737 0.600 0.000 0.004 0.000 0.020 0.376
#> SRR2049739 2 0.5057 0.40651 0.000 0.580 0.324 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049740 3 0.3833 0.54478 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049736 3 0.3961 0.51189 0.004 0.000 0.556 0.000 0.440 0.000
#> SRR2049735 2 0.3833 0.56658 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049732 6 0.2260 0.54428 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2049730 6 0.3774 0.36481 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049734 5 0.4165 0.29798 0.000 0.292 0.036 0.000 0.672 0.000
#> SRR2049733 5 0.5911 0.26543 0.316 0.000 0.228 0.000 0.456 0.000
#> SRR2049731 5 0.3672 -0.08512 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR2049729 1 0.3531 0.27719 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049727 1 0.3991 -0.01874 0.524 0.000 0.004 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049728 6 0.4109 0.33156 0.392 0.000 0.008 0.000 0.004 0.596
#> SRR2049725 1 0.3868 -0.16297 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2049726 2 0.4829 0.40926 0.000 0.520 0.424 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049724 6 0.3847 0.23241 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR2049723 6 0.2048 0.57512 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR2049720 1 0.3789 0.06485 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR2049719 3 0.3982 0.52264 0.000 0.004 0.536 0.000 0.460 0.000
#> SRR2049722 6 0.3867 0.15926 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2049721 1 0.4351 0.12734 0.752 0.000 0.024 0.000 0.072 0.152
#> SRR2049716 6 0.0000 0.55965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049718 1 0.3810 0.04506 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2049717 5 0.3766 0.20730 0.000 0.024 0.256 0.000 0.720 0.000
#> SRR2049715 2 0.3833 0.56658 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.3594 0.13126 0.800 0.000 0.024 0.000 0.024 0.152
#> SRR2049712 3 0.3823 0.54437 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 6 0.3620 0.37361 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR2049707 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 6 0.1387 0.57821 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2049706 1 0.3547 0.27182 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR2049705 6 0.2762 0.50265 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2049704 1 0.1167 0.21325 0.960 0.000 0.008 0.000 0.020 0.012
#> SRR2049702 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.4157 0.48059 0.012 0.000 0.544 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049700 5 0.5896 0.27202 0.324 0.000 0.220 0.000 0.456 0.000
#> SRR2049701 1 0.3594 0.13126 0.800 0.000 0.024 0.000 0.024 0.152
#> SRR2049699 3 0.3966 0.49490 0.004 0.000 0.552 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.2378 0.56909 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR2049696 6 0.3578 0.45663 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR2049694 1 0.4513 -0.39829 0.532 0.000 0.024 0.000 0.440 0.004
#> SRR2049693 4 0.2883 0.73195 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.4101 0.06331 0.632 0.000 0.008 0.000 0.008 0.352
#> SRR2049692 5 0.5713 -0.06570 0.164 0.000 0.388 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 6 0.3717 0.28342 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2049688 3 0.3937 0.53422 0.004 0.000 0.572 0.000 0.424 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 6 0.3937 0.19937 0.424 0.000 0.000 0.000 0.004 0.572
#> SRR2049685 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.3804 0.53665 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 5 0.5942 0.26863 0.324 0.000 0.232 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049680 3 0.3862 0.50300 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR2049681 5 0.3729 0.40508 0.296 0.000 0.012 0.000 0.692 0.000
#> SRR2049678 2 0.4385 0.55811 0.000 0.532 0.000 0.024 0.444 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.4385 0.55811 0.000 0.532 0.000 0.024 0.444 0.000
#> SRR2049675 1 0.6111 -0.18027 0.548 0.000 0.040 0.000 0.260 0.152
#> SRR2049677 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.4067 0.48824 0.008 0.000 0.548 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.6367 -0.06909 0.548 0.000 0.232 0.000 0.072 0.148
#> SRR2049670 4 0.0000 0.97623 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.6100 -0.19823 0.540 0.000 0.036 0.000 0.272 0.152
#> SRR2049669 4 0.2877 0.76433 0.000 0.012 0.000 0.820 0.168 0.000
#> SRR2049667 6 0.4267 0.14274 0.420 0.000 0.008 0.000 0.008 0.564
#> SRR2049666 3 0.3828 0.54561 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR2049665 1 0.1599 0.20912 0.940 0.000 0.008 0.000 0.024 0.028
#> SRR2049664 1 0.4199 -0.16025 0.544 0.000 0.008 0.000 0.004 0.444
#> SRR2049661 1 0.1149 0.21476 0.960 0.000 0.008 0.000 0.024 0.008
#> SRR2049663 6 0.0146 0.56181 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049660 1 0.3547 0.27452 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR2049662 1 0.3128 0.04579 0.812 0.000 0.012 0.000 0.008 0.168
#> SRR2049659 2 0.4169 0.55746 0.000 0.532 0.000 0.012 0.456 0.000
#> SRR2049657 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049658 1 0.4925 -0.44132 0.504 0.000 0.052 0.000 0.440 0.004
#> SRR2049655 6 0.3607 0.42965 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR2049656 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049654 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049652 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049653 2 0.3971 0.56460 0.000 0.548 0.000 0.004 0.448 0.000
#> SRR2049649 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049650 1 0.4122 -0.00496 0.520 0.000 0.004 0.000 0.004 0.472
#> SRR2049651 3 0.3864 0.47841 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR2049647 1 0.5963 -0.22349 0.532 0.000 0.024 0.000 0.296 0.148
#> SRR2049648 6 0.3076 0.53404 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2049646 5 0.4889 0.26746 0.000 0.312 0.084 0.000 0.604 0.000
#> SRR2049644 3 0.3823 0.54469 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR2049645 1 0.3804 0.06396 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR2049643 1 0.3774 0.12054 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049641 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049639 5 0.4633 0.31358 0.000 0.224 0.100 0.000 0.676 0.000
#> SRR2049638 6 0.3769 0.45463 0.356 0.000 0.004 0.000 0.000 0.640
#> SRR2049640 1 0.3652 0.28002 0.672 0.000 0.000 0.000 0.004 0.324
#> SRR2049636 2 0.3847 0.56115 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR2049635 1 0.3515 0.28107 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049637 2 0.3854 0.55549 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR2049634 1 0.3531 0.27719 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049633 3 0.4755 0.44662 0.048 0.000 0.492 0.000 0.460 0.000
#> SRR2049632 3 0.1124 0.09103 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049631 2 0.5522 0.45583 0.000 0.544 0.000 0.168 0.288 0.000
#> SRR2049630 2 0.5152 0.38027 0.000 0.468 0.448 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049628 1 0.7137 -0.41863 0.420 0.000 0.136 0.000 0.296 0.148
#> SRR2049629 3 0.5351 -0.02265 0.000 0.144 0.568 0.000 0.288 0.000
#> SRR2049627 3 0.3843 0.54068 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR2049626 1 0.1257 0.21086 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049625 3 0.3838 0.54433 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049624 1 0.3971 0.06368 0.772 0.000 0.012 0.000 0.060 0.156
#> SRR2049623 5 0.5927 0.26860 0.324 0.000 0.228 0.000 0.448 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.466 0.862 0.907 0.4343 0.580 0.580
#> 3 3 0.369 0.686 0.801 0.4283 0.517 0.319
#> 4 4 0.668 0.826 0.898 0.0325 0.672 0.375
#> 5 5 0.603 0.641 0.810 0.1412 0.851 0.617
#> 6 6 0.579 0.613 0.742 0.0475 0.905 0.687
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.1843 0.902 0.972 0.028
#> SRR2049621 2 0.3733 0.892 0.072 0.928
#> SRR2049622 1 0.4431 0.880 0.908 0.092
#> SRR2049620 1 0.6712 0.844 0.824 0.176
#> SRR2049619 1 0.1843 0.902 0.972 0.028
#> SRR2049618 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.7453 0.816 0.212 0.788
#> SRR2049616 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049615 1 0.7453 0.812 0.788 0.212
#> SRR2049614 1 0.5059 0.869 0.888 0.112
#> SRR2049613 1 0.3879 0.889 0.924 0.076
#> SRR2049612 1 0.3274 0.895 0.940 0.060
#> SRR2049611 1 0.1414 0.902 0.980 0.020
#> SRR2049610 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.1184 0.904 0.984 0.016
#> SRR2049608 1 0.7528 0.824 0.784 0.216
#> SRR2049607 1 0.5178 0.870 0.884 0.116
#> SRR2049606 1 0.1414 0.903 0.980 0.020
#> SRR2049605 1 0.8861 0.724 0.696 0.304
#> SRR2049604 1 0.2043 0.901 0.968 0.032
#> SRR2049603 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.1414 0.903 0.980 0.020
#> SRR2049601 1 0.1414 0.903 0.980 0.020
#> SRR2049600 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR2049598 1 0.2043 0.901 0.968 0.032
#> SRR2049597 1 0.2043 0.904 0.968 0.032
#> SRR2049596 1 0.2043 0.901 0.968 0.032
#> SRR2049595 1 0.3274 0.905 0.940 0.060
#> SRR2049594 1 0.1414 0.902 0.980 0.020
#> SRR2049593 1 0.2043 0.901 0.968 0.032
#> SRR2049592 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR2049591 1 0.2043 0.901 0.968 0.032
#> SRR2049590 1 0.3114 0.896 0.944 0.056
#> SRR2049589 1 0.3274 0.894 0.940 0.060
#> SRR2049588 1 0.5178 0.867 0.884 0.116
#> SRR2049586 1 0.5059 0.890 0.888 0.112
#> SRR2049585 1 0.2043 0.901 0.968 0.032
#> SRR2049584 1 0.2603 0.899 0.956 0.044
#> SRR2049583 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.9970 0.234 0.468 0.532
#> SRR2049788 2 0.7453 0.816 0.212 0.788
#> SRR2049787 2 0.0376 0.899 0.004 0.996
#> SRR2049786 1 0.5178 0.868 0.884 0.116
#> SRR2049785 2 0.7453 0.816 0.212 0.788
#> SRR2049784 1 0.1414 0.904 0.980 0.020
#> SRR2049783 1 0.7674 0.801 0.776 0.224
#> SRR2049782 2 0.5737 0.864 0.136 0.864
#> SRR2049781 2 0.7453 0.816 0.212 0.788
#> SRR2049780 2 0.7453 0.816 0.212 0.788
#> SRR2049779 2 0.7453 0.816 0.212 0.788
#> SRR2049778 1 0.3431 0.894 0.936 0.064
#> SRR2049777 2 0.4161 0.889 0.084 0.916
#> SRR2049776 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR2049775 2 0.7453 0.816 0.212 0.788
#> SRR2049774 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR2049773 2 0.7453 0.816 0.212 0.788
#> SRR2049772 1 0.2043 0.901 0.968 0.032
#> SRR2049771 1 0.5294 0.864 0.880 0.120
#> SRR2049770 1 0.5059 0.869 0.888 0.112
#> SRR2049769 2 0.7219 0.826 0.200 0.800
#> SRR2049768 2 0.7219 0.826 0.200 0.800
#> SRR2049767 1 0.5178 0.870 0.884 0.116
#> SRR2049766 1 0.5842 0.863 0.860 0.140
#> SRR2049765 1 0.8499 0.679 0.724 0.276
#> SRR2049764 1 0.5408 0.862 0.876 0.124
#> SRR2049763 2 0.2423 0.897 0.040 0.960
#> SRR2049762 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.2778 0.897 0.048 0.952
#> SRR2049760 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.7453 0.816 0.212 0.788
#> SRR2049758 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR2049755 1 0.5519 0.859 0.872 0.128
#> SRR2049757 2 0.8555 0.726 0.280 0.720
#> SRR2049754 1 0.4298 0.884 0.912 0.088
#> SRR2049752 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR2049751 2 0.0376 0.899 0.004 0.996
#> SRR2049749 2 0.0376 0.900 0.004 0.996
#> SRR2049753 2 0.4690 0.883 0.100 0.900
#> SRR2049750 1 0.2423 0.900 0.960 0.040
#> SRR2049748 1 0.6531 0.848 0.832 0.168
#> SRR2049744 1 0.2043 0.901 0.968 0.032
#> SRR2049743 1 0.7299 0.775 0.796 0.204
#> SRR2049745 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR2049742 1 0.7219 0.809 0.800 0.200
#> SRR2049741 1 0.5294 0.880 0.880 0.120
#> SRR2049738 2 0.2423 0.897 0.040 0.960
#> SRR2049737 1 0.3274 0.898 0.940 0.060
#> SRR2049739 2 0.7376 0.820 0.208 0.792
#> SRR2049740 1 0.8016 0.786 0.756 0.244
#> SRR2049736 1 0.4431 0.881 0.908 0.092
#> SRR2049735 2 0.3114 0.895 0.056 0.944
#> SRR2049732 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.2043 0.900 0.968 0.032
#> SRR2049734 1 0.5519 0.858 0.872 0.128
#> SRR2049733 1 0.5059 0.869 0.888 0.112
#> SRR2049731 1 0.5178 0.868 0.884 0.116
#> SRR2049729 1 0.1414 0.902 0.980 0.020
#> SRR2049727 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR2049728 1 0.5408 0.865 0.876 0.124
#> SRR2049725 1 0.2423 0.900 0.960 0.040
#> SRR2049726 2 0.7453 0.816 0.212 0.788
#> SRR2049724 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR2049723 1 0.4161 0.887 0.916 0.084
#> SRR2049720 1 0.2423 0.900 0.960 0.040
#> SRR2049719 1 0.4690 0.877 0.900 0.100
#> SRR2049722 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR2049721 1 0.6623 0.833 0.828 0.172
#> SRR2049716 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.2423 0.900 0.960 0.040
#> SRR2049717 2 0.8955 0.665 0.312 0.688
#> SRR2049715 2 0.2603 0.897 0.044 0.956
#> SRR2049714 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.8499 0.746 0.724 0.276
#> SRR2049712 1 0.9170 0.698 0.668 0.332
#> SRR2049711 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.4690 0.877 0.900 0.100
#> SRR2049706 1 0.2423 0.900 0.960 0.040
#> SRR2049705 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR2049704 1 0.2043 0.901 0.968 0.032
#> SRR2049702 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.8713 0.732 0.708 0.292
#> SRR2049700 1 0.5059 0.869 0.888 0.112
#> SRR2049701 1 0.6712 0.832 0.824 0.176
#> SRR2049699 1 0.6438 0.851 0.836 0.164
#> SRR2049697 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.1414 0.902 0.980 0.020
#> SRR2049696 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.9087 0.709 0.676 0.324
#> SRR2049693 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.5059 0.869 0.888 0.112
#> SRR2049689 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.3879 0.891 0.924 0.076
#> SRR2049688 1 0.4431 0.881 0.908 0.092
#> SRR2049687 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.8713 0.732 0.708 0.292
#> SRR2049683 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.8861 0.724 0.696 0.304
#> SRR2049680 2 0.3431 0.863 0.064 0.936
#> SRR2049681 1 0.9170 0.695 0.668 0.332
#> SRR2049678 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.8713 0.732 0.708 0.292
#> SRR2049677 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.8713 0.732 0.708 0.292
#> SRR2049672 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.8267 0.758 0.740 0.260
#> SRR2049670 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.8713 0.732 0.708 0.292
#> SRR2049669 2 0.0000 0.900 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.5842 0.861 0.860 0.140
#> SRR2049666 1 0.6247 0.855 0.844 0.156
#> SRR2049665 1 0.4939 0.872 0.892 0.108
#> SRR2049664 1 0.1414 0.903 0.980 0.020
#> SRR2049661 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.2423 0.900 0.960 0.040
#> SRR2049662 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR2049659 2 0.0376 0.899 0.004 0.996
#> SRR2049657 1 0.0938 0.904 0.988 0.012
#> SRR2049658 1 0.8861 0.724 0.696 0.304
#> SRR2049655 1 0.2423 0.900 0.960 0.040
#> SRR2049656 1 0.3879 0.888 0.924 0.076
#> SRR2049654 1 0.2603 0.899 0.956 0.044
#> SRR2049652 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR2049653 2 0.1633 0.899 0.024 0.976
#> SRR2049649 1 0.0672 0.904 0.992 0.008
#> SRR2049650 1 0.6343 0.859 0.840 0.160
#> SRR2049651 1 0.9087 0.709 0.676 0.324
#> SRR2049647 1 0.9087 0.709 0.676 0.324
#> SRR2049648 1 0.1843 0.901 0.972 0.028
#> SRR2049646 2 0.6973 0.836 0.188 0.812
#> SRR2049644 1 0.7056 0.836 0.808 0.192
#> SRR2049645 1 0.0376 0.903 0.996 0.004
#> SRR2049643 1 0.2423 0.906 0.960 0.040
#> SRR2049641 1 0.1414 0.904 0.980 0.020
#> SRR2049639 1 0.5059 0.869 0.888 0.112
#> SRR2049638 1 0.1414 0.902 0.980 0.020
#> SRR2049640 1 0.1633 0.903 0.976 0.024
#> SRR2049636 2 0.2778 0.897 0.048 0.952
#> SRR2049635 1 0.1633 0.903 0.976 0.024
#> SRR2049637 2 0.5408 0.871 0.124 0.876
#> SRR2049634 1 0.1633 0.906 0.976 0.024
#> SRR2049633 2 0.5629 0.791 0.132 0.868
#> SRR2049632 2 0.7453 0.816 0.212 0.788
#> SRR2049631 2 0.4298 0.886 0.088 0.912
#> SRR2049630 2 0.7528 0.813 0.216 0.784
#> SRR2049628 1 0.9087 0.709 0.676 0.324
#> SRR2049629 1 0.8207 0.689 0.744 0.256
#> SRR2049627 1 0.4161 0.897 0.916 0.084
#> SRR2049626 1 0.1184 0.904 0.984 0.016
#> SRR2049625 1 0.3431 0.903 0.936 0.064
#> SRR2049624 1 0.4690 0.877 0.900 0.100
#> SRR2049623 1 0.8713 0.732 0.708 0.292
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.1163 0.8728 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049621 3 0.1950 0.7059 0.008 0.040 0.952
#> SRR2049622 3 0.6540 0.3990 0.408 0.008 0.584
#> SRR2049620 3 0.4692 0.7404 0.168 0.012 0.820
#> SRR2049619 1 0.0892 0.8710 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049618 3 0.3425 0.6828 0.004 0.112 0.884
#> SRR2049617 3 0.4164 0.6448 0.008 0.144 0.848
#> SRR2049616 1 0.0747 0.8698 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049615 2 0.4261 0.7376 0.012 0.848 0.140
#> SRR2049614 2 0.5355 0.7356 0.036 0.804 0.160
#> SRR2049613 2 0.7004 0.7086 0.160 0.728 0.112
#> SRR2049612 1 0.4099 0.8073 0.852 0.008 0.140
#> SRR2049611 1 0.8327 0.0839 0.564 0.340 0.096
#> SRR2049610 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049609 1 0.6193 0.5579 0.692 0.016 0.292
#> SRR2049608 3 0.5020 0.7297 0.192 0.012 0.796
#> SRR2049607 3 0.4452 0.7406 0.192 0.000 0.808
#> SRR2049606 1 0.3340 0.8243 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049605 3 0.5741 0.7274 0.188 0.036 0.776
#> SRR2049604 1 0.6521 -0.2721 0.504 0.004 0.492
#> SRR2049603 1 0.0592 0.8710 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049602 1 0.3038 0.8375 0.896 0.000 0.104
#> SRR2049601 1 0.0892 0.8710 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049600 1 0.0747 0.8698 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049599 1 0.0592 0.8691 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049598 1 0.2165 0.8635 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049597 3 0.5760 0.6603 0.328 0.000 0.672
#> SRR2049596 1 0.1411 0.8718 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049595 3 0.5098 0.6971 0.248 0.000 0.752
#> SRR2049594 1 0.4058 0.7899 0.880 0.044 0.076
#> SRR2049593 1 0.1860 0.8669 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049592 1 0.0237 0.8668 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049591 1 0.1163 0.8728 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049590 1 0.1163 0.8728 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049589 1 0.1163 0.8728 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049588 1 0.6193 0.5893 0.692 0.016 0.292
#> SRR2049586 3 0.4702 0.7160 0.212 0.000 0.788
#> SRR2049585 1 0.1753 0.8682 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049584 1 0.1289 0.8725 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049583 1 0.0747 0.8698 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049789 2 0.4799 0.7347 0.032 0.836 0.132
#> SRR2049788 3 0.4469 0.6556 0.028 0.120 0.852
#> SRR2049787 3 0.5919 0.3584 0.016 0.260 0.724
#> SRR2049786 2 0.6662 0.7253 0.120 0.752 0.128
#> SRR2049785 3 0.6341 0.6277 0.032 0.252 0.716
#> SRR2049784 3 0.5785 0.6582 0.332 0.000 0.668
#> SRR2049783 3 0.0983 0.7187 0.016 0.004 0.980
#> SRR2049782 3 0.3879 0.6418 0.000 0.152 0.848
#> SRR2049781 3 0.4469 0.6556 0.028 0.120 0.852
#> SRR2049780 3 0.4602 0.6612 0.040 0.108 0.852
#> SRR2049779 3 0.4249 0.6660 0.028 0.108 0.864
#> SRR2049778 3 0.9304 0.4519 0.300 0.192 0.508
#> SRR2049777 3 0.1620 0.7133 0.012 0.024 0.964
#> SRR2049776 3 0.5926 0.6282 0.356 0.000 0.644
#> SRR2049775 3 0.4469 0.6556 0.028 0.120 0.852
#> SRR2049774 3 0.5706 0.6600 0.320 0.000 0.680
#> SRR2049773 3 0.3500 0.6661 0.004 0.116 0.880
#> SRR2049772 1 0.1163 0.8728 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049771 2 0.6721 0.7234 0.116 0.748 0.136
#> SRR2049770 3 0.6998 0.6640 0.292 0.044 0.664
#> SRR2049769 3 0.4047 0.6430 0.004 0.148 0.848
#> SRR2049768 3 0.4047 0.6430 0.004 0.148 0.848
#> SRR2049767 3 0.4504 0.7391 0.196 0.000 0.804
#> SRR2049766 3 0.6717 0.5143 0.352 0.020 0.628
#> SRR2049765 2 0.4033 0.7380 0.008 0.856 0.136
#> SRR2049764 2 0.6299 0.7293 0.096 0.772 0.132
#> SRR2049763 2 0.6608 0.4232 0.008 0.560 0.432
#> SRR2049762 2 0.0237 0.7415 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049761 3 0.5461 0.5422 0.008 0.244 0.748
#> SRR2049760 1 0.2200 0.8514 0.940 0.004 0.056
#> SRR2049759 3 0.4164 0.6448 0.008 0.144 0.848
#> SRR2049758 1 0.0747 0.8698 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049756 1 0.0747 0.8695 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049755 3 0.6767 0.7197 0.216 0.064 0.720
#> SRR2049757 3 0.0592 0.7192 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049754 3 0.5529 0.6865 0.296 0.000 0.704
#> SRR2049752 3 0.6205 0.6351 0.336 0.008 0.656
#> SRR2049751 3 0.2384 0.7056 0.008 0.056 0.936
#> SRR2049749 3 0.6680 -0.2089 0.008 0.484 0.508
#> SRR2049753 3 0.1999 0.7097 0.012 0.036 0.952
#> SRR2049750 2 0.8222 0.5887 0.308 0.592 0.100
#> SRR2049748 3 0.9161 0.0105 0.148 0.388 0.464
#> SRR2049744 1 0.1163 0.8728 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049743 2 0.5810 0.7326 0.072 0.796 0.132
#> SRR2049745 1 0.0747 0.8698 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049747 1 0.0237 0.8668 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049742 3 0.6326 0.6262 0.292 0.020 0.688
#> SRR2049741 3 0.4931 0.7052 0.232 0.000 0.768
#> SRR2049738 3 0.4353 0.6402 0.008 0.156 0.836
#> SRR2049737 1 0.7606 0.6172 0.664 0.092 0.244
#> SRR2049739 3 0.3755 0.6679 0.008 0.120 0.872
#> SRR2049740 3 0.5220 0.7207 0.208 0.012 0.780
#> SRR2049736 3 0.5397 0.6946 0.280 0.000 0.720
#> SRR2049735 3 0.4291 0.6418 0.008 0.152 0.840
#> SRR2049732 1 0.0892 0.8691 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049730 2 0.8198 0.5939 0.304 0.596 0.100
#> SRR2049734 3 0.3293 0.7238 0.088 0.012 0.900
#> SRR2049733 3 0.5588 0.7040 0.276 0.004 0.720
#> SRR2049731 3 0.3879 0.7440 0.152 0.000 0.848
#> SRR2049729 1 0.8327 0.0850 0.564 0.340 0.096
#> SRR2049727 1 0.3425 0.8272 0.884 0.004 0.112
#> SRR2049728 3 0.7188 0.1138 0.484 0.024 0.492
#> SRR2049725 2 0.8262 0.5891 0.304 0.592 0.104
#> SRR2049726 3 0.4418 0.6504 0.020 0.132 0.848
#> SRR2049724 1 0.0000 0.8687 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.6224 0.5837 0.688 0.016 0.296
#> SRR2049720 2 0.8222 0.5887 0.308 0.592 0.100
#> SRR2049719 3 0.4682 0.7416 0.192 0.004 0.804
#> SRR2049722 1 0.0237 0.8668 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049721 1 0.7262 0.0840 0.528 0.028 0.444
#> SRR2049716 1 0.0747 0.8698 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049718 2 0.7007 0.6988 0.176 0.724 0.100
#> SRR2049717 3 0.1182 0.7176 0.012 0.012 0.976
#> SRR2049715 2 0.5461 0.7186 0.008 0.748 0.244
#> SRR2049714 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049713 3 0.6373 0.6574 0.268 0.028 0.704
#> SRR2049712 3 0.5298 0.7390 0.164 0.032 0.804
#> SRR2049711 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049710 2 0.4002 0.7454 0.000 0.840 0.160
#> SRR2049709 1 0.2682 0.8529 0.920 0.004 0.076
#> SRR2049707 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049708 1 0.6341 0.5475 0.672 0.016 0.312
#> SRR2049706 1 0.1163 0.8728 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049705 1 0.0237 0.8696 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049704 1 0.1753 0.8682 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049702 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049703 3 0.5921 0.7134 0.212 0.032 0.756
#> SRR2049700 3 0.4409 0.7444 0.172 0.004 0.824
#> SRR2049701 3 0.6651 0.5828 0.320 0.024 0.656
#> SRR2049699 3 0.6062 0.6534 0.276 0.016 0.708
#> SRR2049697 2 0.5138 0.6679 0.000 0.748 0.252
#> SRR2049698 1 0.4087 0.7858 0.880 0.052 0.068
#> SRR2049696 1 0.2301 0.8484 0.936 0.004 0.060
#> SRR2049694 2 0.8398 0.5904 0.184 0.624 0.192
#> SRR2049693 2 0.3686 0.7566 0.000 0.860 0.140
#> SRR2049695 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049691 1 0.2096 0.8597 0.944 0.004 0.052
#> SRR2049692 3 0.5443 0.7133 0.260 0.004 0.736
#> SRR2049689 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049690 1 0.6193 0.5893 0.692 0.016 0.292
#> SRR2049688 3 0.5098 0.7100 0.248 0.000 0.752
#> SRR2049687 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049686 1 0.3851 0.8161 0.860 0.004 0.136
#> SRR2049685 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049684 3 0.5708 0.7195 0.204 0.028 0.768
#> SRR2049683 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049682 3 0.5778 0.7213 0.200 0.032 0.768
#> SRR2049680 3 0.2383 0.7136 0.016 0.044 0.940
#> SRR2049681 2 0.7221 0.6958 0.148 0.716 0.136
#> SRR2049678 3 0.6225 0.1785 0.000 0.432 0.568
#> SRR2049679 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049676 3 0.5678 0.4828 0.000 0.316 0.684
#> SRR2049675 3 0.5803 0.7142 0.212 0.028 0.760
#> SRR2049677 2 0.4062 0.7548 0.000 0.836 0.164
#> SRR2049674 3 0.6507 0.6377 0.284 0.028 0.688
#> SRR2049672 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049671 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049673 3 0.6441 0.6476 0.276 0.028 0.696
#> SRR2049670 2 0.3551 0.7578 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049668 3 0.5849 0.7112 0.216 0.028 0.756
#> SRR2049669 2 0.3752 0.7537 0.000 0.856 0.144
#> SRR2049667 2 0.9262 0.3387 0.324 0.500 0.176
#> SRR2049666 3 0.4452 0.7311 0.192 0.000 0.808
#> SRR2049665 2 0.8238 0.5979 0.300 0.596 0.104
#> SRR2049664 1 0.3454 0.8325 0.888 0.008 0.104
#> SRR2049661 3 0.6398 0.5459 0.416 0.004 0.580
#> SRR2049663 1 0.0747 0.8698 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049660 2 0.8262 0.5834 0.304 0.592 0.104
#> SRR2049662 1 0.2682 0.8377 0.920 0.004 0.076
#> SRR2049659 3 0.2599 0.7044 0.016 0.052 0.932
#> SRR2049657 1 0.4974 0.7118 0.764 0.000 0.236
#> SRR2049658 3 0.5708 0.7195 0.204 0.028 0.768
#> SRR2049655 2 0.7007 0.6988 0.176 0.724 0.100
#> SRR2049656 1 0.1163 0.8728 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049654 1 0.1289 0.8725 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049652 1 0.0237 0.8696 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049653 3 0.4390 0.6508 0.012 0.148 0.840
#> SRR2049649 1 0.2711 0.8492 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049650 2 0.8758 0.5439 0.220 0.588 0.192
#> SRR2049651 3 0.5277 0.7348 0.180 0.024 0.796
#> SRR2049647 2 0.8638 0.5600 0.184 0.600 0.216
#> SRR2049648 2 0.8246 0.5833 0.312 0.588 0.100
#> SRR2049646 3 0.3272 0.6924 0.016 0.080 0.904
#> SRR2049644 3 0.4178 0.7383 0.172 0.000 0.828
#> SRR2049645 1 0.0237 0.8668 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049643 2 0.8536 0.5743 0.260 0.596 0.144
#> SRR2049641 3 0.5835 0.6513 0.340 0.000 0.660
#> SRR2049639 2 0.6793 0.7237 0.128 0.744 0.128
#> SRR2049638 2 0.8509 0.4451 0.392 0.512 0.096
#> SRR2049640 1 0.5951 0.5820 0.764 0.196 0.040
#> SRR2049636 3 0.4353 0.6402 0.008 0.156 0.836
#> SRR2049635 1 0.3340 0.8243 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049637 3 0.1525 0.7095 0.004 0.032 0.964
#> SRR2049634 1 0.5928 0.5913 0.696 0.008 0.296
#> SRR2049633 3 0.3481 0.7249 0.044 0.052 0.904
#> SRR2049632 3 0.4369 0.6710 0.040 0.096 0.864
#> SRR2049631 3 0.4413 0.6358 0.008 0.160 0.832
#> SRR2049630 3 0.3456 0.6964 0.036 0.060 0.904
#> SRR2049628 2 0.8353 0.5960 0.180 0.628 0.192
#> SRR2049629 3 0.7470 0.4850 0.052 0.336 0.612
#> SRR2049627 3 0.9860 0.2313 0.304 0.280 0.416
#> SRR2049626 3 0.6126 0.6428 0.352 0.004 0.644
#> SRR2049625 3 0.5098 0.7075 0.248 0.000 0.752
#> SRR2049624 3 0.5785 0.6833 0.300 0.004 0.696
#> SRR2049623 3 0.5559 0.7268 0.192 0.028 0.780
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.2281 0.8756 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049621 2 0.3278 0.8329 0.116 0.864 0.000 0.020
#> SRR2049622 1 0.0657 0.8920 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR2049620 1 0.4155 0.6898 0.756 0.240 0.004 0.000
#> SRR2049619 1 0.1557 0.8909 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049618 1 0.5962 0.6780 0.696 0.200 0.004 0.100
#> SRR2049617 2 0.0376 0.8656 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049616 1 0.2589 0.8676 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049615 3 0.4134 0.6958 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR2049614 3 0.3612 0.8021 0.044 0.100 0.856 0.000
#> SRR2049613 3 0.3009 0.8245 0.052 0.056 0.892 0.000
#> SRR2049612 1 0.0707 0.8953 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049611 3 0.2125 0.8362 0.076 0.004 0.920 0.000
#> SRR2049610 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.1557 0.8952 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049608 1 0.3764 0.7290 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR2049607 2 0.3545 0.8009 0.164 0.828 0.008 0.000
#> SRR2049606 1 0.0469 0.8949 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049605 1 0.2510 0.8758 0.916 0.008 0.012 0.064
#> SRR2049604 1 0.2222 0.8909 0.924 0.016 0.060 0.000
#> SRR2049603 1 0.2469 0.8724 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049602 1 0.0592 0.8954 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049601 1 0.1637 0.8894 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049600 1 0.2589 0.8676 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049599 1 0.2589 0.8676 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049598 1 0.2216 0.8758 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049597 1 0.1118 0.8937 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049596 1 0.2149 0.8755 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049595 1 0.3978 0.7438 0.796 0.192 0.012 0.000
#> SRR2049594 3 0.2197 0.8344 0.080 0.004 0.916 0.000
#> SRR2049593 1 0.2530 0.8755 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR2049592 1 0.1867 0.8904 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049591 1 0.2281 0.8756 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049590 1 0.2149 0.8755 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049589 1 0.2216 0.8755 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049588 1 0.0817 0.8952 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049586 1 0.3895 0.7531 0.804 0.184 0.012 0.000
#> SRR2049585 1 0.2281 0.8756 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049584 1 0.2281 0.8756 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049583 1 0.2647 0.8653 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR2049789 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049788 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049787 2 0.2973 0.8183 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR2049786 3 0.3486 0.7425 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR2049785 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049784 1 0.1356 0.8943 0.960 0.008 0.032 0.000
#> SRR2049783 2 0.3123 0.8099 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049782 2 0.1305 0.8602 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR2049781 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049780 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049779 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049778 1 0.6112 0.6251 0.656 0.096 0.248 0.000
#> SRR2049777 2 0.3052 0.8251 0.136 0.860 0.000 0.004
#> SRR2049776 1 0.1022 0.8942 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049775 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049774 1 0.1209 0.8946 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR2049773 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049772 1 0.2281 0.8756 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049771 3 0.4008 0.7053 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR2049770 2 0.5888 0.1164 0.424 0.540 0.036 0.000
#> SRR2049769 2 0.0895 0.8622 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR2049768 2 0.1004 0.8620 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR2049767 2 0.3545 0.8009 0.164 0.828 0.008 0.000
#> SRR2049766 1 0.0657 0.8920 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR2049765 2 0.0188 0.8658 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049764 3 0.3688 0.7314 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR2049763 2 0.1389 0.8570 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.1389 0.8570 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049760 1 0.2589 0.8676 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049759 2 0.0376 0.8656 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049758 1 0.2530 0.8700 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049756 1 0.1022 0.8933 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049755 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049757 2 0.3257 0.8150 0.152 0.844 0.004 0.000
#> SRR2049754 1 0.4204 0.7456 0.788 0.192 0.020 0.000
#> SRR2049752 1 0.0336 0.8943 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049751 2 0.4655 0.7283 0.208 0.760 0.000 0.032
#> SRR2049749 2 0.2345 0.8290 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR2049753 2 0.3638 0.8287 0.120 0.848 0.000 0.032
#> SRR2049750 3 0.2300 0.8402 0.064 0.016 0.920 0.000
#> SRR2049748 2 0.4522 0.5413 0.320 0.680 0.000 0.000
#> SRR2049744 1 0.2281 0.8756 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049743 3 0.4996 0.2151 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR2049745 1 0.2589 0.8684 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049747 1 0.1940 0.8887 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049742 1 0.0657 0.8920 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR2049741 1 0.1059 0.8922 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR2049738 2 0.1389 0.8570 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049737 1 0.2334 0.8741 0.908 0.004 0.088 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.8667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 1 0.0657 0.8920 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR2049736 1 0.3893 0.7420 0.796 0.196 0.008 0.000
#> SRR2049735 2 0.1302 0.8587 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049732 1 0.2530 0.8700 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049730 3 0.2300 0.8402 0.064 0.016 0.920 0.000
#> SRR2049734 2 0.0657 0.8658 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR2049733 2 0.5110 0.5346 0.328 0.656 0.016 0.000
#> SRR2049731 2 0.3266 0.7970 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR2049729 3 0.2266 0.8316 0.084 0.004 0.912 0.000
#> SRR2049727 1 0.0817 0.8962 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049728 1 0.1302 0.8930 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049725 3 0.2300 0.8402 0.064 0.016 0.920 0.000
#> SRR2049726 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049724 1 0.1302 0.8955 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049723 1 0.2081 0.8772 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049720 3 0.5508 -0.0810 0.476 0.016 0.508 0.000
#> SRR2049719 2 0.3351 0.8160 0.148 0.844 0.008 0.000
#> SRR2049722 1 0.2469 0.8727 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049721 1 0.0336 0.8931 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049716 1 0.4222 0.7156 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR2049718 3 0.2722 0.8367 0.064 0.032 0.904 0.000
#> SRR2049717 2 0.3627 0.8175 0.144 0.840 0.008 0.008
#> SRR2049715 2 0.1389 0.8570 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049714 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.2521 0.8824 0.916 0.004 0.060 0.020
#> SRR2049712 1 0.3982 0.7205 0.776 0.220 0.004 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.1389 0.8940 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR2049709 1 0.1867 0.8914 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.2149 0.8750 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049706 1 0.2281 0.8756 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049705 1 0.1302 0.8951 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049704 1 0.2281 0.8756 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.2262 0.8861 0.932 0.016 0.012 0.040
#> SRR2049700 2 0.2973 0.8198 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.0657 0.8926 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR2049699 1 0.0657 0.8920 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR2049697 4 0.2216 0.8436 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049698 3 0.2197 0.8344 0.080 0.004 0.916 0.000
#> SRR2049696 1 0.2760 0.8604 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049694 1 0.2586 0.8738 0.912 0.012 0.008 0.068
#> SRR2049693 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.2345 0.8741 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049692 1 0.3870 0.7341 0.788 0.208 0.004 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.2011 0.8796 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR2049688 1 0.3978 0.7438 0.796 0.192 0.012 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.1940 0.8839 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.3494 0.7761 0.824 0.172 0.004 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.2186 0.8839 0.932 0.008 0.012 0.048
#> SRR2049680 2 0.5335 0.1111 0.488 0.504 0.004 0.004
#> SRR2049681 1 0.6103 0.6384 0.656 0.264 0.004 0.076
#> SRR2049678 4 0.5000 -0.0572 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.3486 0.7087 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR2049675 1 0.1821 0.8894 0.948 0.008 0.012 0.032
#> SRR2049677 4 0.1677 0.8758 0.040 0.012 0.000 0.948
#> SRR2049674 1 0.0804 0.8916 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.1452 0.8940 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.1821 0.8894 0.948 0.008 0.012 0.032
#> SRR2049669 4 0.0000 0.9415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.2401 0.8743 0.904 0.004 0.092 0.000
#> SRR2049666 1 0.3870 0.7334 0.788 0.208 0.004 0.000
#> SRR2049665 3 0.3205 0.8014 0.024 0.104 0.872 0.000
#> SRR2049664 1 0.1557 0.8952 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049661 1 0.1661 0.8944 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR2049663 1 0.2589 0.8676 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049660 3 0.2197 0.8344 0.080 0.004 0.916 0.000
#> SRR2049662 1 0.2125 0.8889 0.920 0.004 0.076 0.000
#> SRR2049659 2 0.4591 0.8054 0.116 0.800 0.000 0.084
#> SRR2049657 1 0.0779 0.8926 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR2049658 1 0.1139 0.8923 0.972 0.008 0.012 0.008
#> SRR2049655 3 0.2300 0.8402 0.064 0.016 0.920 0.000
#> SRR2049656 1 0.2216 0.8754 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049654 1 0.2281 0.8756 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049652 1 0.1022 0.8933 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049653 2 0.3634 0.8360 0.096 0.856 0.000 0.048
#> SRR2049649 1 0.0592 0.8951 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049650 1 0.2546 0.8714 0.900 0.008 0.092 0.000
#> SRR2049651 1 0.3764 0.7290 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.2586 0.8734 0.912 0.008 0.012 0.068
#> SRR2049648 3 0.2255 0.8395 0.068 0.012 0.920 0.000
#> SRR2049646 2 0.0712 0.8671 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR2049644 1 0.4800 0.4766 0.656 0.340 0.004 0.000
#> SRR2049645 1 0.1557 0.8935 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049643 3 0.4606 0.6162 0.264 0.012 0.724 0.000
#> SRR2049641 1 0.1118 0.8937 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049639 3 0.3444 0.7456 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR2049638 3 0.2334 0.8283 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR2049640 1 0.4920 0.4375 0.628 0.004 0.368 0.000
#> SRR2049636 2 0.1576 0.8579 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR2049635 1 0.0707 0.8953 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049637 2 0.3278 0.8329 0.116 0.864 0.000 0.020
#> SRR2049634 1 0.1792 0.8854 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049633 1 0.4318 0.7290 0.776 0.208 0.004 0.012
#> SRR2049632 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049631 2 0.1302 0.8583 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049630 2 0.0188 0.8666 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049628 1 0.6203 0.6576 0.700 0.016 0.180 0.104
#> SRR2049629 2 0.0336 0.8648 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049627 1 0.4633 0.7539 0.780 0.172 0.048 0.000
#> SRR2049626 1 0.1792 0.8926 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049625 1 0.4095 0.7451 0.792 0.192 0.016 0.000
#> SRR2049624 1 0.2706 0.8745 0.900 0.080 0.020 0.000
#> SRR2049623 1 0.1305 0.8865 0.960 0.036 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.3825 0.7059 0.136 0.000 0.804 0.000 0.060
#> SRR2049621 2 0.2488 0.7782 0.000 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR2049622 3 0.0510 0.7758 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049620 3 0.4450 -0.0210 0.004 0.488 0.508 0.000 0.000
#> SRR2049619 3 0.1764 0.7692 0.064 0.000 0.928 0.000 0.008
#> SRR2049618 2 0.5283 0.1206 0.000 0.508 0.444 0.048 0.000
#> SRR2049617 2 0.2885 0.7745 0.064 0.880 0.000 0.004 0.052
#> SRR2049616 1 0.2233 0.6808 0.904 0.000 0.080 0.000 0.016
#> SRR2049615 5 0.3594 0.7075 0.004 0.172 0.020 0.000 0.804
#> SRR2049614 5 0.3310 0.7345 0.036 0.056 0.040 0.000 0.868
#> SRR2049613 5 0.2927 0.7493 0.080 0.020 0.020 0.000 0.880
#> SRR2049612 3 0.0963 0.7748 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049611 5 0.4738 0.2404 0.464 0.000 0.016 0.000 0.520
#> SRR2049610 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 3 0.3086 0.6927 0.180 0.004 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.4276 0.3161 0.004 0.380 0.616 0.000 0.000
#> SRR2049607 2 0.3452 0.7000 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR2049606 3 0.0963 0.7746 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049605 3 0.3168 0.7436 0.064 0.004 0.872 0.052 0.008
#> SRR2049604 3 0.0955 0.7691 0.004 0.028 0.968 0.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.2629 0.6796 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2049602 3 0.1197 0.7725 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049601 3 0.4270 0.5151 0.320 0.000 0.668 0.000 0.012
#> SRR2049600 1 0.2130 0.6826 0.908 0.000 0.080 0.000 0.012
#> SRR2049599 1 0.2233 0.6873 0.892 0.000 0.104 0.000 0.004
#> SRR2049598 3 0.3493 0.7275 0.108 0.000 0.832 0.000 0.060
#> SRR2049597 3 0.4393 0.6655 0.052 0.192 0.752 0.000 0.004
#> SRR2049596 3 0.1697 0.7656 0.008 0.000 0.932 0.000 0.060
#> SRR2049595 3 0.1544 0.7525 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.4746 -0.1935 0.504 0.000 0.016 0.000 0.480
#> SRR2049593 3 0.1571 0.7657 0.004 0.000 0.936 0.000 0.060
#> SRR2049592 1 0.4060 0.3955 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR2049591 3 0.2104 0.7621 0.024 0.000 0.916 0.000 0.060
#> SRR2049590 3 0.1809 0.7647 0.012 0.000 0.928 0.000 0.060
#> SRR2049589 3 0.2012 0.7621 0.020 0.000 0.920 0.000 0.060
#> SRR2049588 3 0.2763 0.7180 0.148 0.004 0.848 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.1671 0.7481 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR2049585 3 0.2012 0.7621 0.020 0.000 0.920 0.000 0.060
#> SRR2049584 3 0.1943 0.7633 0.020 0.000 0.924 0.000 0.056
#> SRR2049583 1 0.2017 0.6832 0.912 0.000 0.080 0.000 0.008
#> SRR2049789 2 0.2795 0.7738 0.064 0.880 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049788 2 0.2726 0.7743 0.064 0.884 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049787 2 0.2629 0.7743 0.000 0.860 0.136 0.004 0.000
#> SRR2049786 5 0.1851 0.7321 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR2049785 2 0.2795 0.7738 0.064 0.880 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049784 3 0.4644 0.6338 0.052 0.224 0.720 0.000 0.004
#> SRR2049783 2 0.2561 0.7730 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR2049782 2 0.2819 0.7755 0.060 0.884 0.000 0.004 0.052
#> SRR2049781 2 0.2726 0.7743 0.064 0.884 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049780 2 0.2726 0.7743 0.064 0.884 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049779 2 0.2726 0.7743 0.064 0.884 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049778 1 0.8560 -0.0310 0.284 0.228 0.208 0.000 0.280
#> SRR2049777 2 0.2561 0.7730 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR2049776 3 0.1121 0.7733 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.2726 0.7743 0.064 0.884 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049774 3 0.0865 0.7719 0.004 0.024 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.1106 0.7905 0.024 0.964 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049772 3 0.1697 0.7650 0.008 0.000 0.932 0.000 0.060
#> SRR2049771 5 0.3229 0.6972 0.032 0.128 0.000 0.000 0.840
#> SRR2049770 2 0.6784 0.1042 0.088 0.456 0.404 0.000 0.052
#> SRR2049769 2 0.2819 0.7755 0.060 0.884 0.000 0.004 0.052
#> SRR2049768 2 0.2885 0.7745 0.064 0.880 0.000 0.004 0.052
#> SRR2049767 2 0.3395 0.7077 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR2049766 3 0.1502 0.7719 0.056 0.004 0.940 0.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.2729 0.7636 0.056 0.884 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049764 5 0.2932 0.7114 0.032 0.104 0.000 0.000 0.864
#> SRR2049763 2 0.1569 0.7871 0.044 0.944 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0162 0.7921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049760 1 0.2408 0.6814 0.892 0.000 0.092 0.000 0.016
#> SRR2049759 2 0.2885 0.7755 0.064 0.880 0.004 0.000 0.052
#> SRR2049758 1 0.2416 0.6879 0.888 0.000 0.100 0.000 0.012
#> SRR2049756 3 0.2377 0.7493 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.2726 0.7743 0.064 0.884 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049757 2 0.2561 0.7730 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR2049754 3 0.4227 0.1981 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR2049752 3 0.4021 0.6880 0.052 0.168 0.780 0.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.3048 0.7510 0.000 0.820 0.176 0.004 0.000
#> SRR2049749 2 0.1792 0.7683 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049753 2 0.2424 0.7765 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR2049750 5 0.2470 0.7457 0.104 0.000 0.012 0.000 0.884
#> SRR2049748 2 0.3579 0.6937 0.000 0.756 0.240 0.000 0.004
#> SRR2049744 3 0.1809 0.7647 0.012 0.000 0.928 0.000 0.060
#> SRR2049743 5 0.5213 0.3426 0.064 0.320 0.000 0.000 0.616
#> SRR2049745 1 0.2130 0.6819 0.908 0.000 0.080 0.000 0.012
#> SRR2049747 1 0.4126 0.3367 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.1041 0.7762 0.032 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049741 3 0.0794 0.7705 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.0162 0.7921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049737 1 0.3461 0.6432 0.772 0.004 0.224 0.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0162 0.7927 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.0510 0.7730 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049736 3 0.4126 0.3128 0.000 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.0162 0.7921 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049732 1 0.2351 0.6856 0.896 0.000 0.088 0.000 0.016
#> SRR2049730 5 0.2470 0.7457 0.104 0.000 0.012 0.000 0.884
#> SRR2049734 2 0.0898 0.7939 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR2049733 3 0.4533 0.0945 0.000 0.448 0.544 0.000 0.008
#> SRR2049731 2 0.3774 0.6185 0.000 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR2049729 1 0.4735 -0.1348 0.524 0.000 0.016 0.000 0.460
#> SRR2049727 3 0.2377 0.7428 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR2049728 3 0.3550 0.6168 0.236 0.004 0.760 0.000 0.000
#> SRR2049725 5 0.2470 0.7457 0.104 0.000 0.012 0.000 0.884
#> SRR2049726 2 0.2726 0.7743 0.064 0.884 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049724 3 0.4304 0.0998 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR2049723 3 0.3715 0.5798 0.260 0.004 0.736 0.000 0.000
#> SRR2049720 5 0.6099 0.2117 0.452 0.064 0.024 0.000 0.460
#> SRR2049719 2 0.3143 0.7344 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.3561 0.6117 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR2049721 3 0.1731 0.7703 0.060 0.004 0.932 0.000 0.004
#> SRR2049716 1 0.2595 0.6748 0.888 0.000 0.080 0.000 0.032
#> SRR2049718 5 0.2470 0.7457 0.104 0.000 0.012 0.000 0.884
#> SRR2049717 2 0.2605 0.7710 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2049715 2 0.2747 0.7763 0.060 0.888 0.000 0.004 0.048
#> SRR2049714 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 3 0.3211 0.6896 0.164 0.004 0.824 0.000 0.008
#> SRR2049712 2 0.4450 0.0683 0.004 0.508 0.488 0.000 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0162 0.9614 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049709 3 0.4446 0.1282 0.476 0.004 0.520 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.3766 0.5980 0.728 0.004 0.268 0.000 0.000
#> SRR2049706 3 0.2012 0.7621 0.020 0.000 0.920 0.000 0.060
#> SRR2049705 3 0.3636 0.5884 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR2049704 3 0.2012 0.7621 0.020 0.000 0.920 0.000 0.060
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.2381 0.7714 0.028 0.020 0.920 0.024 0.008
#> SRR2049700 2 0.4264 0.4398 0.000 0.620 0.376 0.000 0.004
#> SRR2049701 3 0.3676 0.6593 0.232 0.004 0.760 0.000 0.004
#> SRR2049699 3 0.1082 0.7765 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049697 4 0.0703 0.9379 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2049698 1 0.4555 -0.1597 0.520 0.000 0.008 0.000 0.472
#> SRR2049696 1 0.2540 0.6760 0.888 0.000 0.088 0.000 0.024
#> SRR2049694 3 0.7446 0.0399 0.212 0.012 0.476 0.032 0.268
#> SRR2049693 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0162 0.9614 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049691 1 0.2833 0.6880 0.864 0.004 0.120 0.000 0.012
#> SRR2049692 3 0.5070 0.2688 0.024 0.400 0.568 0.000 0.008
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 3 0.3398 0.6507 0.216 0.004 0.780 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.4101 0.3386 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.4403 0.1117 0.560 0.004 0.436 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.0880 0.7704 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.2665 0.7601 0.052 0.004 0.900 0.036 0.008
#> SRR2049680 2 0.4219 0.3358 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR2049681 2 0.6519 0.4731 0.048 0.612 0.252 0.072 0.016
#> SRR2049678 2 0.4304 0.1625 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.4015 0.3502 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR2049675 3 0.2237 0.7592 0.084 0.004 0.904 0.000 0.008
#> SRR2049677 4 0.2149 0.8679 0.000 0.048 0.036 0.916 0.000
#> SRR2049674 3 0.1243 0.7769 0.028 0.008 0.960 0.000 0.004
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.2722 0.7333 0.120 0.004 0.868 0.000 0.008
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.2116 0.7637 0.076 0.004 0.912 0.000 0.008
#> SRR2049669 4 0.0000 0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.2497 0.6855 0.880 0.004 0.112 0.000 0.004
#> SRR2049666 3 0.3684 0.5447 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR2049665 5 0.4083 0.7157 0.084 0.088 0.016 0.000 0.812
#> SRR2049664 3 0.2439 0.7455 0.120 0.004 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.4866 0.6701 0.100 0.168 0.728 0.000 0.004
#> SRR2049663 1 0.2233 0.6808 0.904 0.000 0.080 0.000 0.016
#> SRR2049660 5 0.4907 0.1413 0.484 0.000 0.024 0.000 0.492
#> SRR2049662 1 0.3970 0.6387 0.744 0.000 0.236 0.000 0.020
#> SRR2049659 2 0.2629 0.7743 0.000 0.860 0.136 0.004 0.000
#> SRR2049657 3 0.1197 0.7724 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.2722 0.7333 0.120 0.004 0.868 0.000 0.008
#> SRR2049655 5 0.2470 0.7457 0.104 0.000 0.012 0.000 0.884
#> SRR2049656 3 0.2012 0.7621 0.020 0.000 0.920 0.000 0.060
#> SRR2049654 3 0.2012 0.7621 0.020 0.000 0.920 0.000 0.060
#> SRR2049652 3 0.4294 0.1901 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.2389 0.7803 0.000 0.880 0.116 0.004 0.000
#> SRR2049649 3 0.1270 0.7719 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.5084 0.5695 0.712 0.004 0.140 0.000 0.144
#> SRR2049651 3 0.4440 0.0508 0.004 0.468 0.528 0.000 0.000
#> SRR2049647 3 0.5969 0.5468 0.068 0.008 0.652 0.236 0.036
#> SRR2049648 5 0.4547 0.3934 0.400 0.000 0.012 0.000 0.588
#> SRR2049646 2 0.1205 0.7903 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR2049644 3 0.4306 -0.0389 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.3534 0.6174 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.5581 -0.0100 0.508 0.004 0.060 0.000 0.428
#> SRR2049641 3 0.3608 0.7054 0.040 0.148 0.812 0.000 0.000
#> SRR2049639 5 0.2011 0.7346 0.004 0.088 0.000 0.000 0.908
#> SRR2049638 1 0.4738 -0.1471 0.520 0.000 0.016 0.000 0.464
#> SRR2049640 1 0.5944 0.1202 0.488 0.000 0.108 0.000 0.404
#> SRR2049636 2 0.0566 0.7925 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR2049635 3 0.3932 0.5252 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.2377 0.7778 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR2049634 3 0.2719 0.7188 0.144 0.004 0.852 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.4306 0.0702 0.000 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.2726 0.7743 0.064 0.884 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049631 2 0.0324 0.7924 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2049630 2 0.0613 0.7925 0.004 0.984 0.004 0.000 0.008
#> SRR2049628 1 0.7586 -0.0388 0.404 0.004 0.096 0.108 0.388
#> SRR2049629 2 0.2795 0.7738 0.064 0.880 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049627 3 0.5274 0.3340 0.000 0.336 0.600 0.000 0.064
#> SRR2049626 3 0.3349 0.7605 0.072 0.052 0.860 0.000 0.016
#> SRR2049625 3 0.4030 0.3888 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR2049624 3 0.4698 0.5122 0.028 0.304 0.664 0.000 0.004
#> SRR2049623 3 0.0955 0.7725 0.004 0.028 0.968 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.3213 0.6622 0.784 0.008 0.000 0.000 0.004 0.204
#> SRR2049621 3 0.2212 0.6598 0.008 0.112 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.1845 0.7095 0.920 0.000 0.028 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049620 3 0.3874 0.3393 0.356 0.000 0.636 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049619 1 0.1663 0.7049 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049618 3 0.2825 0.6504 0.028 0.056 0.876 0.040 0.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.2854 0.9012 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 6 0.2871 0.6730 0.192 0.000 0.000 0.000 0.004 0.804
#> SRR2049615 5 0.3445 0.7159 0.000 0.048 0.156 0.000 0.796 0.000
#> SRR2049614 5 0.3029 0.7592 0.004 0.036 0.120 0.000 0.840 0.000
#> SRR2049613 5 0.2361 0.8031 0.004 0.000 0.012 0.000 0.880 0.104
#> SRR2049612 1 0.0865 0.7075 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049611 6 0.3766 0.2191 0.012 0.000 0.000 0.000 0.304 0.684
#> SRR2049610 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.3721 0.5723 0.728 0.004 0.000 0.000 0.016 0.252
#> SRR2049608 1 0.3930 0.3694 0.576 0.000 0.420 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049607 3 0.3166 0.6075 0.184 0.008 0.800 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049606 1 0.1088 0.7111 0.960 0.000 0.024 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049605 1 0.5940 0.5639 0.688 0.080 0.016 0.024 0.104 0.088
#> SRR2049604 1 0.2948 0.6462 0.804 0.000 0.188 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049603 6 0.3966 0.1872 0.444 0.004 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR2049602 1 0.1957 0.6851 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049601 1 0.3288 0.5998 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2049600 6 0.2994 0.6755 0.208 0.000 0.000 0.000 0.004 0.788
#> SRR2049599 6 0.2996 0.6716 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR2049598 1 0.3354 0.6638 0.780 0.008 0.004 0.000 0.004 0.204
#> SRR2049597 1 0.2968 0.6880 0.840 0.004 0.128 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049596 1 0.2451 0.6984 0.876 0.008 0.004 0.000 0.004 0.108
#> SRR2049595 1 0.3512 0.5832 0.720 0.000 0.272 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049594 6 0.3841 0.3692 0.032 0.000 0.000 0.000 0.244 0.724
#> SRR2049593 1 0.1976 0.7036 0.924 0.008 0.032 0.000 0.004 0.032
#> SRR2049592 1 0.3872 0.3608 0.604 0.004 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2049591 1 0.2594 0.7001 0.880 0.028 0.004 0.000 0.004 0.084
#> SRR2049590 1 0.1949 0.7043 0.904 0.004 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR2049589 1 0.2432 0.6994 0.892 0.028 0.004 0.000 0.004 0.072
#> SRR2049588 1 0.3388 0.6464 0.804 0.004 0.000 0.000 0.036 0.156
#> SRR2049586 1 0.3575 0.5668 0.708 0.000 0.284 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049585 1 0.2094 0.6994 0.912 0.020 0.004 0.000 0.004 0.060
#> SRR2049584 1 0.2146 0.6992 0.908 0.024 0.008 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049583 6 0.2994 0.6755 0.208 0.000 0.000 0.000 0.004 0.788
#> SRR2049789 2 0.4828 0.7969 0.000 0.664 0.200 0.000 0.136 0.000
#> SRR2049788 2 0.2793 0.9034 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049787 3 0.1333 0.6791 0.008 0.048 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049786 5 0.2794 0.7769 0.004 0.144 0.012 0.000 0.840 0.000
#> SRR2049785 2 0.3543 0.8883 0.000 0.768 0.200 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049784 1 0.3385 0.6640 0.796 0.004 0.172 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049783 3 0.1592 0.6825 0.020 0.032 0.940 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049782 2 0.3151 0.8681 0.000 0.748 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.2793 0.9034 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.2793 0.9034 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049779 2 0.2793 0.9034 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049778 6 0.7153 0.3148 0.284 0.004 0.120 0.000 0.152 0.440
#> SRR2049777 3 0.2730 0.6484 0.012 0.152 0.836 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.2121 0.7024 0.892 0.000 0.096 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049775 2 0.2793 0.9034 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 1 0.2743 0.6704 0.828 0.000 0.164 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049773 2 0.3817 0.4578 0.000 0.568 0.432 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.1621 0.7070 0.936 0.008 0.004 0.000 0.004 0.048
#> SRR2049771 5 0.3525 0.7140 0.004 0.180 0.032 0.000 0.784 0.000
#> SRR2049770 1 0.7502 -0.1078 0.360 0.316 0.236 0.000 0.056 0.032
#> SRR2049769 2 0.3126 0.8723 0.000 0.752 0.248 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.2996 0.8914 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.3306 0.6352 0.136 0.036 0.820 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049766 1 0.2809 0.7013 0.872 0.008 0.012 0.000 0.020 0.088
#> SRR2049765 3 0.5941 -0.1875 0.000 0.236 0.448 0.000 0.316 0.000
#> SRR2049764 5 0.3003 0.7484 0.000 0.172 0.016 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049763 3 0.3371 0.4038 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 3 0.2912 0.5496 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049760 6 0.2527 0.6633 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2049759 2 0.3023 0.8854 0.000 0.768 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 6 0.3578 0.4941 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR2049756 1 0.2527 0.6640 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049755 2 0.3584 0.7798 0.004 0.688 0.308 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049757 3 0.2915 0.6642 0.024 0.120 0.848 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049754 1 0.3874 0.4786 0.636 0.000 0.356 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049752 1 0.2491 0.7026 0.868 0.000 0.112 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049751 3 0.2916 0.6398 0.020 0.096 0.860 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049749 3 0.3456 0.5809 0.000 0.172 0.788 0.040 0.000 0.000
#> SRR2049753 3 0.2805 0.6433 0.012 0.160 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049750 5 0.3198 0.7643 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR2049748 3 0.1643 0.6737 0.068 0.000 0.924 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049744 1 0.2044 0.7066 0.908 0.008 0.004 0.000 0.004 0.076
#> SRR2049743 2 0.5358 0.2883 0.000 0.496 0.112 0.000 0.392 0.000
#> SRR2049745 6 0.3448 0.6045 0.280 0.000 0.000 0.000 0.004 0.716
#> SRR2049747 1 0.3852 0.3835 0.612 0.004 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR2049742 1 0.1938 0.7076 0.920 0.008 0.020 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049741 1 0.3136 0.6296 0.768 0.000 0.228 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049738 3 0.2912 0.5485 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.4830 0.0725 0.496 0.004 0.000 0.000 0.044 0.456
#> SRR2049739 3 0.3221 0.5184 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 1 0.2871 0.6541 0.804 0.004 0.192 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.3861 0.4880 0.640 0.000 0.352 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049735 3 0.3101 0.5406 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049732 6 0.2793 0.6750 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2049730 5 0.3023 0.7845 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR2049734 3 0.3993 0.4889 0.024 0.272 0.700 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049733 1 0.4083 0.2338 0.532 0.000 0.460 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049731 3 0.2706 0.6294 0.160 0.000 0.832 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049729 6 0.3766 0.3775 0.032 0.000 0.000 0.000 0.232 0.736
#> SRR2049727 1 0.2994 0.6241 0.788 0.004 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049728 1 0.4997 0.4809 0.632 0.012 0.000 0.000 0.076 0.280
#> SRR2049725 5 0.3221 0.7594 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR2049726 2 0.2793 0.9034 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.3668 0.4876 0.668 0.004 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049723 1 0.4870 0.4562 0.624 0.004 0.000 0.000 0.076 0.296
#> SRR2049720 6 0.4313 0.3943 0.048 0.000 0.000 0.000 0.284 0.668
#> SRR2049719 3 0.3111 0.6418 0.124 0.032 0.836 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049722 1 0.3996 0.0829 0.512 0.004 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR2049721 1 0.2095 0.7111 0.920 0.008 0.012 0.000 0.040 0.020
#> SRR2049716 6 0.4085 0.5952 0.120 0.000 0.000 0.000 0.128 0.752
#> SRR2049718 5 0.3023 0.7928 0.004 0.000 0.000 0.000 0.784 0.212
#> SRR2049717 3 0.2631 0.6722 0.044 0.076 0.876 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049715 3 0.4903 -0.4025 0.000 0.468 0.472 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.6079 0.5029 0.628 0.072 0.008 0.004 0.104 0.184
#> SRR2049712 3 0.3800 0.6073 0.164 0.044 0.780 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.3558 0.8190 0.000 0.088 0.112 0.800 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.3805 0.4741 0.664 0.004 0.000 0.000 0.004 0.328
#> SRR2049707 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.5217 0.1839 0.504 0.004 0.000 0.000 0.080 0.412
#> SRR2049706 1 0.2375 0.6989 0.896 0.028 0.004 0.000 0.004 0.068
#> SRR2049705 1 0.3489 0.5349 0.708 0.004 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2049704 1 0.2257 0.6975 0.904 0.028 0.004 0.000 0.004 0.060
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.6027 0.5611 0.652 0.068 0.148 0.028 0.104 0.000
#> SRR2049700 3 0.3596 0.5404 0.244 0.008 0.740 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049701 1 0.5034 0.5533 0.664 0.012 0.008 0.000 0.076 0.240
#> SRR2049699 1 0.2053 0.6977 0.888 0.004 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049697 4 0.4340 0.7257 0.000 0.088 0.200 0.712 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.3865 0.3515 0.032 0.000 0.000 0.000 0.248 0.720
#> SRR2049696 6 0.2869 0.6545 0.148 0.000 0.000 0.000 0.020 0.832
#> SRR2049694 1 0.7285 0.3213 0.516 0.080 0.024 0.020 0.244 0.116
#> SRR2049693 4 0.2744 0.8605 0.000 0.072 0.064 0.864 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 6 0.3198 0.6371 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2049692 1 0.4032 0.3712 0.572 0.000 0.420 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.4365 0.5641 0.704 0.004 0.000 0.000 0.064 0.228
#> SRR2049688 1 0.4039 0.3361 0.568 0.000 0.424 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.3819 0.4223 0.624 0.004 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR2049685 4 0.2776 0.8594 0.000 0.088 0.052 0.860 0.000 0.000
#> SRR2049684 1 0.4853 0.6011 0.696 0.032 0.204 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.5887 0.6063 0.700 0.076 0.064 0.020 0.104 0.036
#> SRR2049680 3 0.2164 0.6656 0.068 0.032 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049681 3 0.4509 0.5447 0.004 0.060 0.764 0.056 0.116 0.000
#> SRR2049678 3 0.4923 0.2375 0.000 0.072 0.560 0.368 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.5178 0.2718 0.000 0.088 0.424 0.488 0.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.4998 0.6311 0.756 0.068 0.024 0.016 0.104 0.032
#> SRR2049677 4 0.3991 0.7821 0.000 0.088 0.156 0.756 0.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.3920 0.6595 0.784 0.012 0.148 0.000 0.052 0.004
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.4050 0.6561 0.796 0.016 0.012 0.000 0.104 0.072
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9161 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.4969 0.6354 0.756 0.064 0.040 0.008 0.104 0.028
#> SRR2049669 4 0.3227 0.8419 0.000 0.088 0.084 0.828 0.000 0.000
#> SRR2049667 6 0.5506 0.5135 0.292 0.012 0.008 0.000 0.096 0.592
#> SRR2049666 1 0.4032 0.3388 0.572 0.000 0.420 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049665 5 0.4908 0.7454 0.040 0.004 0.036 0.000 0.676 0.244
#> SRR2049664 1 0.2504 0.6688 0.856 0.004 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR2049661 1 0.2389 0.7118 0.888 0.000 0.060 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049663 6 0.3565 0.5626 0.304 0.000 0.000 0.000 0.004 0.692
#> SRR2049660 6 0.3955 0.3822 0.032 0.000 0.004 0.000 0.240 0.724
#> SRR2049662 6 0.3747 0.3956 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2049659 3 0.3479 0.6072 0.008 0.088 0.820 0.084 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0790 0.7079 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049658 1 0.5613 0.5714 0.696 0.072 0.016 0.004 0.104 0.108
#> SRR2049655 5 0.2912 0.7910 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR2049656 1 0.2432 0.6994 0.892 0.028 0.004 0.000 0.004 0.072
#> SRR2049654 1 0.2257 0.6975 0.904 0.028 0.004 0.000 0.004 0.060
#> SRR2049652 1 0.3448 0.5602 0.716 0.004 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2049653 3 0.2003 0.6538 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.1327 0.7001 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049650 6 0.5909 0.5446 0.292 0.012 0.004 0.000 0.156 0.536
#> SRR2049651 3 0.3492 0.6012 0.176 0.032 0.788 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049647 1 0.7644 0.3539 0.516 0.080 0.016 0.092 0.208 0.088
#> SRR2049648 6 0.3578 0.1123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR2049646 3 0.1714 0.6660 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.3758 0.4406 0.324 0.000 0.668 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049645 1 0.3852 0.3778 0.612 0.004 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR2049643 6 0.3649 0.4483 0.040 0.000 0.000 0.000 0.196 0.764
#> SRR2049641 1 0.2678 0.6931 0.860 0.004 0.116 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049639 5 0.2714 0.7818 0.004 0.136 0.012 0.000 0.848 0.000
#> SRR2049638 6 0.3841 0.3504 0.032 0.000 0.000 0.000 0.244 0.724
#> SRR2049640 6 0.4795 0.4819 0.152 0.000 0.000 0.000 0.176 0.672
#> SRR2049636 3 0.2854 0.5619 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.3314 0.5863 0.740 0.004 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049637 3 0.2593 0.6495 0.008 0.148 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.3229 0.6423 0.804 0.004 0.000 0.000 0.020 0.172
#> SRR2049633 3 0.3633 0.6211 0.124 0.052 0.808 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.2793 0.9034 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049631 3 0.2883 0.5553 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049630 3 0.3866 -0.2053 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 6 0.8190 0.4314 0.240 0.080 0.008 0.056 0.280 0.336
#> SRR2049629 2 0.3867 0.8716 0.000 0.748 0.200 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049627 1 0.5361 0.5585 0.640 0.000 0.216 0.000 0.120 0.024
#> SRR2049626 1 0.2737 0.7015 0.868 0.004 0.084 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049625 1 0.3923 0.4406 0.620 0.000 0.372 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049624 1 0.3858 0.6421 0.760 0.032 0.196 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049623 1 0.3528 0.5762 0.700 0.004 0.296 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.790 0.872 0.948 0.4652 0.542 0.542
#> 3 3 0.602 0.625 0.844 0.3039 0.806 0.663
#> 4 4 0.560 0.534 0.789 0.1783 0.715 0.412
#> 5 5 0.763 0.739 0.874 0.0961 0.804 0.425
#> 6 6 0.661 0.523 0.716 0.0442 0.884 0.558
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049620 1 0.9795 0.3446 0.584 0.416
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.7674 0.6815 0.224 0.776
#> SRR2049613 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.7376 0.7353 0.792 0.208
#> SRR2049607 1 0.9044 0.5576 0.680 0.320
#> SRR2049606 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.0376 0.9327 0.996 0.004
#> SRR2049604 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.2043 0.9128 0.968 0.032
#> SRR2049594 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.7376 0.7353 0.792 0.208
#> SRR2049585 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049786 1 0.7219 0.7457 0.800 0.200
#> SRR2049785 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.9522 0.3670 0.372 0.628
#> SRR2049779 2 0.1414 0.9393 0.020 0.980
#> SRR2049778 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049771 1 0.9754 0.3656 0.592 0.408
#> SRR2049770 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049767 1 0.9954 0.2144 0.540 0.460
#> SRR2049766 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.9209 0.4589 0.336 0.664
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049755 1 0.9944 0.2274 0.544 0.456
#> SRR2049757 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049748 1 0.9963 0.2010 0.536 0.464
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049743 1 0.9944 0.2274 0.544 0.456
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.5629 0.8229 0.868 0.132
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.0672 0.9300 0.992 0.008
#> SRR2049736 1 0.2043 0.9128 0.968 0.032
#> SRR2049735 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.8861 0.5310 0.304 0.696
#> SRR2049733 1 0.2423 0.9065 0.960 0.040
#> SRR2049731 2 0.9977 0.0264 0.472 0.528
#> SRR2049729 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049719 1 0.9909 0.2647 0.556 0.444
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.9686 0.3953 0.604 0.396
#> SRR2049700 1 0.9710 0.3856 0.600 0.400
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.1633 0.9188 0.976 0.024
#> SRR2049693 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.6887 0.7655 0.816 0.184
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.6801 0.7703 0.820 0.180
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.9775 0.3552 0.588 0.412
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.6712 0.7749 0.824 0.176
#> SRR2049680 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.9552 0.3559 0.376 0.624
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.4690 0.8545 0.900 0.100
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.1633 0.9188 0.976 0.024
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.9044 0.5576 0.680 0.320
#> SRR2049665 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049651 1 0.9833 0.3227 0.576 0.424
#> SRR2049647 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049644 2 0.9732 0.2725 0.404 0.596
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049639 1 0.9754 0.3656 0.592 0.408
#> SRR2049638 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.6438 0.7724 0.164 0.836
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.7139 0.7508 0.804 0.196
#> SRR2049629 2 0.1414 0.9393 0.020 0.980
#> SRR2049627 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.4939 0.8469 0.892 0.108
#> SRR2049624 1 0.0000 0.9353 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.8207 0.6665 0.744 0.256
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.6235 0.231921 0.000 0.564 0.436
#> SRR2049622 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049620 1 0.8638 0.338059 0.600 0.184 0.216
#> SRR2049619 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049618 2 0.0592 0.746632 0.012 0.988 0.000
#> SRR2049617 3 0.6204 0.148113 0.000 0.424 0.576
#> SRR2049616 1 0.1031 0.862820 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049615 3 0.4750 0.438085 0.000 0.216 0.784
#> SRR2049614 3 0.8609 0.338844 0.196 0.200 0.604
#> SRR2049613 3 0.6309 -0.233810 0.496 0.000 0.504
#> SRR2049612 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049611 1 0.6140 0.439641 0.596 0.000 0.404
#> SRR2049610 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049608 1 0.6510 0.703587 0.756 0.088 0.156
#> SRR2049607 3 0.8890 0.328860 0.328 0.140 0.532
#> SRR2049606 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049605 1 0.6057 0.499055 0.656 0.340 0.004
#> SRR2049604 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049603 1 0.1163 0.861624 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049602 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.1163 0.861624 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049599 1 0.2066 0.847619 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049598 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.1964 0.852761 0.944 0.000 0.056
#> SRR2049596 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049595 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049594 1 0.2625 0.834026 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049593 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049592 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049590 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049589 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049588 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049586 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049585 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049584 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049583 1 0.1031 0.862820 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049789 3 0.2796 0.579942 0.000 0.092 0.908
#> SRR2049788 3 0.4346 0.516738 0.000 0.184 0.816
#> SRR2049787 2 0.0424 0.754817 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049786 3 0.0424 0.600168 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049785 3 0.1411 0.598397 0.000 0.036 0.964
#> SRR2049784 1 0.4346 0.756897 0.816 0.000 0.184
#> SRR2049783 2 0.7420 0.183277 0.036 0.544 0.420
#> SRR2049782 2 0.6286 0.167312 0.000 0.536 0.464
#> SRR2049781 3 0.2878 0.577836 0.000 0.096 0.904
#> SRR2049780 3 0.1031 0.600071 0.000 0.024 0.976
#> SRR2049779 3 0.3619 0.553562 0.000 0.136 0.864
#> SRR2049778 3 0.6305 -0.202786 0.484 0.000 0.516
#> SRR2049777 2 0.6008 0.349985 0.000 0.628 0.372
#> SRR2049776 1 0.1163 0.861624 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049775 3 0.4504 0.504756 0.000 0.196 0.804
#> SRR2049774 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049773 3 0.6095 0.221715 0.000 0.392 0.608
#> SRR2049772 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049771 3 0.0237 0.600980 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049770 3 0.3752 0.537359 0.144 0.000 0.856
#> SRR2049769 3 0.6280 0.041852 0.000 0.460 0.540
#> SRR2049768 3 0.6252 0.091574 0.000 0.444 0.556
#> SRR2049767 3 0.8834 0.273116 0.140 0.316 0.544
#> SRR2049766 1 0.1031 0.862907 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049765 3 0.1860 0.595068 0.000 0.052 0.948
#> SRR2049764 3 0.0237 0.601366 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049763 3 0.6299 -0.013520 0.000 0.476 0.524
#> SRR2049762 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 3 0.6308 -0.070547 0.000 0.492 0.508
#> SRR2049760 1 0.2711 0.831468 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049759 3 0.6244 0.104631 0.000 0.440 0.560
#> SRR2049758 1 0.0747 0.864679 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049756 1 0.1163 0.861624 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049755 3 0.0237 0.601366 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049757 2 0.6302 0.113321 0.000 0.520 0.480
#> SRR2049754 1 0.4702 0.656336 0.788 0.000 0.212
#> SRR2049752 1 0.2448 0.840046 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049751 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.1163 0.742106 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049753 2 0.6079 0.322613 0.000 0.612 0.388
#> SRR2049750 1 0.6305 0.262963 0.516 0.000 0.484
#> SRR2049748 3 0.6764 0.475779 0.224 0.060 0.716
#> SRR2049744 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 3 0.0237 0.600980 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049745 1 0.0747 0.864679 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049747 1 0.0237 0.866395 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049742 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049741 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.6215 0.250594 0.000 0.572 0.428
#> SRR2049737 1 0.2625 0.834166 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049739 3 0.5859 0.309641 0.000 0.344 0.656
#> SRR2049740 1 0.1267 0.855322 0.972 0.024 0.004
#> SRR2049736 1 0.6280 0.274539 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049735 2 0.6299 0.131733 0.000 0.524 0.476
#> SRR2049732 1 0.1163 0.861624 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049730 1 0.6252 0.358565 0.556 0.000 0.444
#> SRR2049734 3 0.6661 0.197564 0.012 0.400 0.588
#> SRR2049733 3 0.3752 0.538191 0.144 0.000 0.856
#> SRR2049731 1 0.9901 -0.257159 0.404 0.300 0.296
#> SRR2049729 1 0.5254 0.662066 0.736 0.000 0.264
#> SRR2049727 1 0.0592 0.865432 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049728 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049725 1 0.6295 0.293617 0.528 0.000 0.472
#> SRR2049726 3 0.6008 0.260899 0.000 0.372 0.628
#> SRR2049724 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.6260 0.349755 0.552 0.000 0.448
#> SRR2049719 3 0.8157 0.287958 0.412 0.072 0.516
#> SRR2049722 1 0.0592 0.865432 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049721 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049716 1 0.1411 0.858648 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049718 1 0.6302 0.273325 0.520 0.000 0.480
#> SRR2049717 2 0.6410 0.259730 0.004 0.576 0.420
#> SRR2049715 2 0.6295 0.144606 0.000 0.528 0.472
#> SRR2049714 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049712 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049711 2 0.0237 0.757040 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049710 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0237 0.755364 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049708 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049705 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049702 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 2 0.6495 0.001165 0.460 0.536 0.004
#> SRR2049700 3 0.8221 0.425142 0.248 0.128 0.624
#> SRR2049701 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.3340 0.809318 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049696 1 0.3192 0.815046 0.888 0.000 0.112
#> SRR2049694 1 0.6302 0.679071 0.744 0.208 0.048
#> SRR2049693 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049695 2 0.0237 0.757040 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049691 1 0.3816 0.786563 0.852 0.000 0.148
#> SRR2049692 3 0.6079 0.095793 0.388 0.000 0.612
#> SRR2049689 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049688 1 0.4861 0.676681 0.800 0.008 0.192
#> SRR2049687 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.1163 0.861624 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049685 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 2 0.6495 0.000544 0.460 0.536 0.004
#> SRR2049683 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.6298 0.403481 0.608 0.388 0.004
#> SRR2049680 2 0.0661 0.747682 0.008 0.988 0.004
#> SRR2049681 2 0.8630 0.092045 0.120 0.552 0.328
#> SRR2049678 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.4931 0.681294 0.784 0.212 0.004
#> SRR2049677 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.4233 0.739606 0.836 0.160 0.004
#> SRR2049672 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.0237 0.866242 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.4883 0.686007 0.788 0.208 0.004
#> SRR2049669 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0747 0.864679 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049666 1 0.1905 0.847345 0.956 0.028 0.016
#> SRR2049665 3 0.6026 0.133577 0.376 0.000 0.624
#> SRR2049664 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.3941 0.780642 0.844 0.000 0.156
#> SRR2049663 1 0.0592 0.865432 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049660 1 0.6252 0.358727 0.556 0.000 0.444
#> SRR2049662 1 0.4796 0.716648 0.780 0.000 0.220
#> SRR2049659 2 0.0000 0.758748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049658 1 0.4733 0.700093 0.800 0.196 0.004
#> SRR2049655 1 0.6192 0.408280 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049656 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049654 1 0.0237 0.866262 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049652 1 0.1860 0.851572 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049653 2 0.4605 0.574979 0.000 0.796 0.204
#> SRR2049649 1 0.0000 0.866601 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.1964 0.849604 0.944 0.000 0.056
#> SRR2049651 1 0.6225 0.329713 0.568 0.432 0.000
#> SRR2049647 1 0.5325 0.635860 0.748 0.248 0.004
#> SRR2049648 1 0.6079 0.469434 0.612 0.000 0.388
#> SRR2049646 2 0.6095 0.314771 0.000 0.608 0.392
#> SRR2049644 1 0.8355 0.399407 0.628 0.188 0.184
#> SRR2049645 1 0.1411 0.858648 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049643 1 0.4235 0.761203 0.824 0.000 0.176
#> SRR2049641 1 0.1031 0.863607 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049639 3 0.0237 0.600980 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049638 1 0.5706 0.582092 0.680 0.000 0.320
#> SRR2049640 1 0.6062 0.475545 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049636 2 0.6308 0.079586 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049635 1 0.0592 0.865534 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049637 2 0.6252 0.212025 0.000 0.556 0.444
#> SRR2049634 1 0.0424 0.865962 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049633 2 0.2772 0.658267 0.080 0.916 0.004
#> SRR2049632 3 0.1964 0.594331 0.000 0.056 0.944
#> SRR2049631 2 0.5678 0.433267 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049630 3 0.6180 0.168797 0.000 0.416 0.584
#> SRR2049628 1 0.9956 0.051289 0.372 0.292 0.336
#> SRR2049629 3 0.0424 0.601399 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049627 1 0.6308 0.246219 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049626 1 0.0892 0.863835 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049625 1 0.0892 0.859939 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049624 1 0.5785 0.520427 0.668 0.000 0.332
#> SRR2049623 1 0.4399 0.717378 0.812 0.188 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 3 0.3356 0.58102 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR2049621 2 0.4281 0.72792 0.000 0.792 0.180 0.028
#> SRR2049622 3 0.2345 0.64366 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR2049620 2 0.7566 -0.11997 0.116 0.476 0.388 0.020
#> SRR2049619 3 0.3528 0.56066 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR2049618 4 0.3074 0.72336 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR2049617 2 0.0921 0.82240 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049616 1 0.4643 0.47458 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR2049615 1 0.7001 -0.21616 0.464 0.116 0.000 0.420
#> SRR2049614 1 0.6847 0.41878 0.692 0.104 0.076 0.128
#> SRR2049613 1 0.2908 0.57518 0.896 0.064 0.040 0.000
#> SRR2049612 3 0.2921 0.61470 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR2049611 1 0.0376 0.60996 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2049610 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049609 3 0.4981 -0.01933 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR2049608 1 0.4147 0.57639 0.840 0.008 0.064 0.088
#> SRR2049607 2 0.4428 0.64230 0.000 0.720 0.276 0.004
#> SRR2049606 3 0.2589 0.64067 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR2049605 4 0.7660 -0.24597 0.216 0.000 0.356 0.428
#> SRR2049604 3 0.0707 0.66865 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049603 1 0.4406 0.52382 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR2049602 1 0.4985 0.23562 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR2049601 3 0.4382 0.39570 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR2049600 1 0.4624 0.47951 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR2049599 1 0.3801 0.57267 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR2049598 3 0.3444 0.57547 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR2049597 1 0.5406 0.17149 0.508 0.012 0.480 0.000
#> SRR2049596 3 0.1211 0.67164 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR2049595 3 0.0188 0.67310 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049594 1 0.0817 0.61553 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049593 3 0.0336 0.67381 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049592 1 0.5000 0.18522 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR2049591 3 0.1118 0.67361 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR2049590 3 0.2149 0.65580 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR2049589 3 0.0707 0.67509 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049588 3 0.4955 0.00604 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR2049586 3 0.0188 0.67310 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049585 3 0.0817 0.67480 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2049584 3 0.0336 0.67381 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049583 1 0.4522 0.51130 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.82402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.82402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049787 4 0.0524 0.88594 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR2049786 1 0.5695 -0.24571 0.500 0.476 0.024 0.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.82402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049784 1 0.5766 0.39560 0.564 0.032 0.404 0.000
#> SRR2049783 2 0.5957 0.58976 0.008 0.648 0.296 0.048
#> SRR2049782 2 0.2530 0.78414 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2049781 2 0.0000 0.82402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.0188 0.82341 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049779 2 0.0188 0.82431 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049778 1 0.2048 0.58421 0.928 0.064 0.008 0.000
#> SRR2049777 2 0.5512 0.33836 0.000 0.496 0.488 0.016
#> SRR2049776 3 0.4877 0.13192 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.82402 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 3 0.0336 0.67381 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049773 2 0.0188 0.82426 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049772 3 0.0336 0.67381 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049771 2 0.4999 0.26965 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR2049770 1 0.5408 -0.00636 0.576 0.408 0.016 0.000
#> SRR2049769 2 0.1557 0.81400 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2049768 2 0.1022 0.82175 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049767 2 0.5060 0.47331 0.000 0.584 0.412 0.004
#> SRR2049766 1 0.4477 0.51023 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR2049765 2 0.4889 0.51437 0.360 0.636 0.004 0.000
#> SRR2049764 2 0.5028 0.45943 0.400 0.596 0.004 0.000
#> SRR2049763 2 0.2868 0.76798 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR2049762 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.3444 0.73009 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR2049760 1 0.2149 0.61393 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049759 2 0.1109 0.82232 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR2049758 1 0.4776 0.42870 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR2049756 3 0.4967 -0.07332 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049755 2 0.1109 0.82076 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR2049757 3 0.5406 -0.31938 0.000 0.480 0.508 0.012
#> SRR2049754 3 0.3529 0.61271 0.012 0.152 0.836 0.000
#> SRR2049752 1 0.4103 0.55403 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049751 4 0.4072 0.61817 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR2049749 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.5578 0.60227 0.000 0.648 0.312 0.040
#> SRR2049750 1 0.1833 0.59892 0.944 0.032 0.024 0.000
#> SRR2049748 1 0.4978 0.43414 0.732 0.240 0.012 0.016
#> SRR2049744 3 0.2281 0.64682 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR2049743 2 0.3975 0.66145 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR2049745 1 0.4643 0.47035 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR2049747 1 0.5000 0.20140 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR2049742 3 0.4543 0.33174 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR2049741 3 0.1474 0.66646 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR2049738 2 0.3444 0.72672 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR2049737 1 0.1637 0.61268 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049739 2 0.1022 0.82175 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049740 3 0.0657 0.67128 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR2049736 3 0.5860 0.35283 0.040 0.380 0.580 0.000
#> SRR2049735 2 0.2101 0.81119 0.000 0.928 0.012 0.060
#> SRR2049732 1 0.4382 0.52450 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR2049730 1 0.0921 0.60287 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.1004 0.82381 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR2049733 2 0.1356 0.81466 0.032 0.960 0.008 0.000
#> SRR2049731 3 0.3450 0.59808 0.008 0.156 0.836 0.000
#> SRR2049729 1 0.0657 0.61114 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR2049727 1 0.4877 0.37484 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049728 1 0.4961 0.28352 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049725 1 0.2131 0.59543 0.932 0.036 0.032 0.000
#> SRR2049726 2 0.0469 0.82433 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049724 3 0.5000 -0.18835 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR2049723 1 0.4977 0.25000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR2049720 1 0.1297 0.60462 0.964 0.020 0.016 0.000
#> SRR2049719 3 0.4964 0.28616 0.000 0.380 0.616 0.004
#> SRR2049722 1 0.4933 0.32841 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR2049721 3 0.4916 0.11317 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR2049716 1 0.3907 0.56535 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR2049718 1 0.2131 0.59380 0.932 0.036 0.032 0.000
#> SRR2049717 3 0.4468 0.41064 0.000 0.232 0.752 0.016
#> SRR2049715 2 0.2814 0.77189 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2049714 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.5050 0.36952 0.588 0.000 0.408 0.004
#> SRR2049712 4 0.2469 0.80590 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR2049711 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.4933 0.32199 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.4866 0.38170 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR2049706 3 0.1211 0.67285 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR2049705 3 0.5000 -0.14488 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR2049704 3 0.1302 0.67068 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 3 0.5159 0.36748 0.012 0.000 0.624 0.364
#> SRR2049700 2 0.2313 0.79651 0.044 0.924 0.032 0.000
#> SRR2049701 1 0.4804 0.42273 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR2049699 3 0.3074 0.59883 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.1022 0.61372 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049696 1 0.1389 0.61552 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049694 1 0.4594 0.42918 0.712 0.000 0.008 0.280
#> SRR2049693 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.1302 0.61526 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049692 1 0.4428 0.37470 0.720 0.276 0.004 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.4985 0.23327 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR2049688 3 0.1824 0.65457 0.004 0.060 0.936 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.4500 0.50626 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 3 0.2345 0.63736 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049683 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 4 0.6885 -0.22024 0.104 0.000 0.436 0.460
#> SRR2049680 3 0.4977 -0.13566 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR2049681 4 0.5396 0.24795 0.464 0.000 0.012 0.524
#> SRR2049678 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049675 3 0.7456 0.19097 0.308 0.000 0.492 0.200
#> SRR2049677 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049674 3 0.3695 0.60836 0.016 0.000 0.828 0.156
#> SRR2049672 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.5183 0.36558 0.584 0.000 0.408 0.008
#> SRR2049670 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 3 0.7488 -0.02401 0.384 0.000 0.436 0.180
#> SRR2049669 4 0.0000 0.89449 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.4222 0.54198 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR2049666 3 0.2246 0.65931 0.016 0.052 0.928 0.004
#> SRR2049665 1 0.3625 0.51786 0.828 0.160 0.012 0.000
#> SRR2049664 1 0.4992 0.20463 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR2049661 1 0.2401 0.61427 0.904 0.004 0.092 0.000
#> SRR2049663 1 0.4877 0.37285 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049660 1 0.1929 0.59850 0.940 0.024 0.036 0.000
#> SRR2049662 1 0.2125 0.61510 0.920 0.004 0.076 0.000
#> SRR2049659 4 0.2546 0.80811 0.000 0.008 0.092 0.900
#> SRR2049657 3 0.4941 0.08168 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR2049658 3 0.7599 0.09179 0.344 0.000 0.448 0.208
#> SRR2049655 1 0.1929 0.59850 0.940 0.024 0.036 0.000
#> SRR2049656 3 0.0707 0.67509 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049654 3 0.0817 0.67416 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2049652 1 0.4855 0.36713 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR2049653 2 0.5764 0.25936 0.000 0.520 0.028 0.452
#> SRR2049649 3 0.4981 -0.03266 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR2049650 1 0.1510 0.61540 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR2049651 3 0.6275 0.15730 0.056 0.000 0.484 0.460
#> SRR2049647 3 0.7771 0.17924 0.276 0.000 0.432 0.292
#> SRR2049648 1 0.0188 0.61053 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049646 3 0.5331 0.30225 0.000 0.332 0.644 0.024
#> SRR2049644 3 0.2261 0.66156 0.024 0.036 0.932 0.008
#> SRR2049645 1 0.4605 0.50826 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR2049643 1 0.1118 0.60839 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049641 3 0.5050 0.09038 0.408 0.004 0.588 0.000
#> SRR2049639 1 0.5571 -0.01235 0.580 0.396 0.024 0.000
#> SRR2049638 1 0.1209 0.61418 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR2049640 1 0.4267 0.48515 0.788 0.024 0.188 0.000
#> SRR2049636 2 0.1792 0.80891 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049635 1 0.4877 0.38790 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049637 2 0.4950 0.53574 0.000 0.620 0.376 0.004
#> SRR2049634 1 0.4907 0.35529 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR2049633 4 0.4250 0.49049 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR2049632 2 0.0376 0.82356 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2049631 2 0.5105 0.34063 0.000 0.564 0.004 0.432
#> SRR2049630 2 0.1209 0.82113 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR2049628 1 0.4655 0.34124 0.684 0.000 0.004 0.312
#> SRR2049629 2 0.1398 0.81118 0.040 0.956 0.004 0.000
#> SRR2049627 3 0.6709 0.08903 0.400 0.092 0.508 0.000
#> SRR2049626 1 0.4941 0.31170 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR2049625 3 0.1004 0.66642 0.004 0.024 0.972 0.000
#> SRR2049624 1 0.7148 0.31064 0.496 0.140 0.364 0.000
#> SRR2049623 3 0.7660 0.21037 0.276 0.000 0.464 0.260
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.2411 0.79950 0.008 0.000 0.884 0.000 0.108
#> SRR2049621 2 0.3774 0.53285 0.000 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.1281 0.84518 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> SRR2049620 2 0.5012 0.47812 0.288 0.664 0.032 0.016 0.000
#> SRR2049619 3 0.3098 0.75605 0.148 0.000 0.836 0.000 0.016
#> SRR2049618 4 0.0671 0.88336 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR2049617 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.84641 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 4 0.4720 0.69564 0.040 0.036 0.004 0.768 0.152
#> SRR2049614 5 0.0162 0.82241 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049613 5 0.0566 0.82484 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR2049612 3 0.3796 0.53777 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR2049611 5 0.3741 0.67037 0.264 0.000 0.004 0.000 0.732
#> SRR2049610 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.1341 0.84074 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.1498 0.83407 0.952 0.000 0.008 0.016 0.024
#> SRR2049607 3 0.4494 0.34894 0.000 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR2049606 3 0.4262 0.19157 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.5375 0.42249 0.568 0.000 0.044 0.380 0.008
#> SRR2049604 3 0.0609 0.84423 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049603 1 0.0579 0.84879 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR2049602 1 0.0609 0.84954 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.2970 0.76528 0.828 0.000 0.168 0.000 0.004
#> SRR2049600 1 0.0162 0.84746 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049599 5 0.2411 0.80355 0.108 0.000 0.008 0.000 0.884
#> SRR2049598 3 0.2389 0.79311 0.004 0.000 0.880 0.000 0.116
#> SRR2049597 1 0.4204 0.73364 0.756 0.000 0.048 0.000 0.196
#> SRR2049596 3 0.2260 0.82563 0.028 0.000 0.908 0.000 0.064
#> SRR2049595 3 0.0451 0.84652 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR2049594 1 0.3039 0.73062 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049593 3 0.0566 0.84637 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR2049592 1 0.5674 0.46322 0.576 0.000 0.100 0.000 0.324
#> SRR2049591 3 0.1197 0.83807 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049590 3 0.3395 0.64365 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR2049589 3 0.0703 0.84589 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.2011 0.82266 0.908 0.000 0.088 0.000 0.004
#> SRR2049586 3 0.0579 0.84720 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR2049585 3 0.1197 0.83880 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049584 3 0.0451 0.84728 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR2049583 1 0.2362 0.82408 0.900 0.000 0.024 0.000 0.076
#> SRR2049789 2 0.0290 0.88639 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049788 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049787 4 0.2616 0.80453 0.000 0.020 0.000 0.880 0.100
#> SRR2049786 5 0.0290 0.82254 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049785 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049784 5 0.4484 0.53780 0.308 0.000 0.024 0.000 0.668
#> SRR2049783 3 0.4288 0.47438 0.000 0.012 0.664 0.000 0.324
#> SRR2049782 2 0.0162 0.88772 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.0703 0.87688 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049779 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049778 1 0.6024 0.00605 0.480 0.100 0.004 0.000 0.416
#> SRR2049777 3 0.1331 0.83398 0.000 0.040 0.952 0.000 0.008
#> SRR2049776 5 0.5004 0.59207 0.092 0.000 0.216 0.000 0.692
#> SRR2049775 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 3 0.0566 0.84637 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR2049773 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 3 0.1121 0.83795 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049771 5 0.4046 0.49916 0.008 0.296 0.000 0.000 0.696
#> SRR2049770 5 0.3421 0.66375 0.008 0.204 0.000 0.000 0.788
#> SRR2049769 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.1597 0.83077 0.000 0.048 0.940 0.000 0.012
#> SRR2049766 1 0.0290 0.84550 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049765 2 0.4004 0.69832 0.012 0.776 0.004 0.012 0.196
#> SRR2049764 5 0.2329 0.75931 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR2049763 2 0.0290 0.88620 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0794 0.87510 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049760 1 0.0566 0.84344 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2049759 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0162 0.84746 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.4723 0.70596 0.736 0.000 0.132 0.000 0.132
#> SRR2049755 2 0.1502 0.85069 0.056 0.940 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049757 3 0.1444 0.83338 0.000 0.040 0.948 0.000 0.012
#> SRR2049754 3 0.4691 0.58215 0.044 0.276 0.680 0.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.4130 0.61245 0.696 0.000 0.012 0.000 0.292
#> SRR2049751 3 0.4126 0.40875 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR2049749 4 0.0771 0.87849 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR2049753 2 0.1704 0.84066 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR2049750 5 0.1357 0.82620 0.048 0.000 0.004 0.000 0.948
#> SRR2049748 2 0.6166 0.40023 0.232 0.604 0.000 0.016 0.148
#> SRR2049744 3 0.1740 0.83730 0.012 0.000 0.932 0.000 0.056
#> SRR2049743 2 0.2102 0.83734 0.012 0.916 0.004 0.000 0.068
#> SRR2049745 1 0.1195 0.84753 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR2049747 1 0.3239 0.80176 0.852 0.000 0.068 0.000 0.080
#> SRR2049742 1 0.6036 0.05761 0.468 0.000 0.452 0.044 0.036
#> SRR2049741 3 0.4325 0.64417 0.036 0.000 0.724 0.000 0.240
#> SRR2049738 2 0.0404 0.88434 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049737 5 0.4426 0.40484 0.380 0.000 0.004 0.004 0.612
#> SRR2049739 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.0703 0.84330 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049736 2 0.6222 0.13298 0.084 0.492 0.404 0.000 0.020
#> SRR2049735 2 0.0162 0.88761 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0324 0.84433 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049730 5 0.2890 0.77965 0.160 0.000 0.004 0.000 0.836
#> SRR2049734 2 0.0162 0.88761 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049733 2 0.0162 0.88770 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049731 3 0.4832 0.65894 0.008 0.064 0.720 0.000 0.208
#> SRR2049729 5 0.4403 0.20240 0.436 0.000 0.004 0.000 0.560
#> SRR2049727 1 0.0162 0.84746 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0703 0.84820 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049725 5 0.0510 0.82605 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049726 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.2450 0.82598 0.896 0.000 0.076 0.000 0.028
#> SRR2049723 1 0.0794 0.84783 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.4443 0.21422 0.524 0.000 0.004 0.000 0.472
#> SRR2049719 2 0.4297 0.04363 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.5119 0.45674 0.592 0.000 0.048 0.000 0.360
#> SRR2049721 1 0.1121 0.84517 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0162 0.84632 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049718 5 0.0609 0.82645 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049717 3 0.4142 0.55018 0.004 0.308 0.684 0.000 0.004
#> SRR2049715 2 0.0162 0.88772 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.1202 0.84846 0.960 0.000 0.032 0.004 0.004
#> SRR2049712 3 0.4562 0.00458 0.000 0.000 0.500 0.492 0.008
#> SRR2049711 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0404 0.84818 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.1041 0.84752 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR2049706 3 0.1952 0.81758 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004
#> SRR2049705 1 0.1341 0.84074 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2049704 3 0.1205 0.84252 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR2049702 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 4 0.5394 0.20429 0.060 0.000 0.400 0.540 0.000
#> SRR2049700 1 0.4383 0.29532 0.572 0.424 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049701 1 0.0771 0.84920 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR2049699 3 0.1830 0.84179 0.040 0.000 0.932 0.000 0.028
#> SRR2049697 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.4350 0.36037 0.588 0.000 0.004 0.000 0.408
#> SRR2049696 1 0.0955 0.83835 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR2049694 1 0.4957 0.26846 0.528 0.000 0.000 0.444 0.028
#> SRR2049693 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.0771 0.83944 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR2049692 2 0.6350 -0.03558 0.140 0.456 0.004 0.000 0.400
#> SRR2049689 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.1502 0.84033 0.940 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR2049688 3 0.1525 0.84274 0.012 0.036 0.948 0.000 0.004
#> SRR2049687 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0451 0.84821 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049685 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.1195 0.84429 0.012 0.000 0.960 0.028 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 4 0.5626 0.24792 0.336 0.000 0.092 0.572 0.000
#> SRR2049680 3 0.1894 0.81780 0.000 0.000 0.920 0.072 0.008
#> SRR2049681 4 0.4193 0.52661 0.012 0.000 0.000 0.684 0.304
#> SRR2049678 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.1549 0.83820 0.944 0.000 0.016 0.040 0.000
#> SRR2049677 4 0.0290 0.89064 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2049674 3 0.4197 0.72362 0.076 0.000 0.776 0.148 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.2331 0.82704 0.908 0.000 0.024 0.064 0.004
#> SRR2049670 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.1329 0.83764 0.956 0.000 0.004 0.032 0.008
#> SRR2049669 4 0.0000 0.89547 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0324 0.84433 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049666 3 0.0968 0.84730 0.004 0.012 0.972 0.000 0.012
#> SRR2049665 5 0.2642 0.78914 0.024 0.084 0.004 0.000 0.888
#> SRR2049664 1 0.0510 0.84823 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.2011 0.80281 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR2049663 1 0.0162 0.84746 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049660 5 0.0798 0.82631 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976
#> SRR2049662 1 0.0451 0.84405 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR2049659 4 0.4227 0.23623 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR2049657 1 0.1270 0.84290 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.6357 0.26572 0.476 0.000 0.116 0.396 0.012
#> SRR2049655 5 0.1041 0.82721 0.032 0.000 0.004 0.000 0.964
#> SRR2049656 3 0.0794 0.84514 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049654 3 0.0865 0.84657 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR2049652 5 0.3163 0.72564 0.012 0.000 0.164 0.000 0.824
#> SRR2049653 4 0.6638 0.06781 0.000 0.364 0.224 0.412 0.000
#> SRR2049649 1 0.1638 0.83846 0.932 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR2049650 1 0.1026 0.84009 0.968 0.000 0.004 0.004 0.024
#> SRR2049651 1 0.5546 0.23973 0.496 0.000 0.068 0.436 0.000
#> SRR2049647 1 0.4547 0.64967 0.704 0.000 0.044 0.252 0.000
#> SRR2049648 5 0.3160 0.76303 0.188 0.000 0.004 0.000 0.808
#> SRR2049646 3 0.3424 0.66208 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.0854 0.84811 0.012 0.008 0.976 0.000 0.004
#> SRR2049645 1 0.2482 0.81939 0.892 0.000 0.024 0.000 0.084
#> SRR2049643 5 0.2011 0.81407 0.088 0.000 0.004 0.000 0.908
#> SRR2049641 1 0.4779 0.65704 0.716 0.000 0.200 0.000 0.084
#> SRR2049639 5 0.0510 0.82113 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049638 1 0.1041 0.83590 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR2049640 5 0.1809 0.81008 0.012 0.000 0.060 0.000 0.928
#> SRR2049636 2 0.0000 0.88867 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.1124 0.84775 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR2049637 3 0.3837 0.57724 0.000 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.3309 0.78617 0.836 0.000 0.036 0.000 0.128
#> SRR2049633 4 0.0579 0.88496 0.008 0.000 0.008 0.984 0.000
#> SRR2049632 2 0.0963 0.86959 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049631 2 0.3647 0.67599 0.000 0.764 0.004 0.228 0.004
#> SRR2049630 2 0.0290 0.88606 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049628 4 0.5518 0.34624 0.068 0.000 0.004 0.580 0.348
#> SRR2049629 2 0.2773 0.76289 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049627 5 0.4101 0.38173 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR2049626 1 0.0794 0.84783 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.0451 0.84652 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR2049624 1 0.2116 0.80486 0.912 0.076 0.004 0.000 0.008
#> SRR2049623 1 0.5067 0.58062 0.648 0.000 0.064 0.288 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 3 0.4658 0.64726 0.128 0.000 0.700 0.000 0.004 0.168
#> SRR2049621 2 0.0260 0.85012 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.3712 0.69727 0.180 0.000 0.768 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049620 2 0.7839 0.16106 0.264 0.420 0.092 0.064 0.160 0.000
#> SRR2049619 1 0.4698 0.35173 0.660 0.000 0.268 0.000 0.008 0.064
#> SRR2049618 4 0.3620 0.65708 0.184 0.000 0.000 0.772 0.044 0.000
#> SRR2049617 2 0.0713 0.84067 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049616 1 0.3634 0.53830 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR2049615 5 0.4452 0.47281 0.016 0.008 0.000 0.148 0.752 0.076
#> SRR2049614 6 0.4403 -0.41522 0.000 0.000 0.008 0.012 0.460 0.520
#> SRR2049613 6 0.3833 -0.37131 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR2049612 1 0.4874 0.43113 0.692 0.000 0.148 0.000 0.012 0.148
#> SRR2049611 6 0.5277 -0.27294 0.108 0.000 0.000 0.000 0.364 0.528
#> SRR2049610 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.2240 0.59450 0.904 0.000 0.032 0.000 0.008 0.056
#> SRR2049608 5 0.3970 0.19921 0.260 0.000 0.012 0.000 0.712 0.016
#> SRR2049607 3 0.1418 0.70534 0.000 0.024 0.944 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049606 1 0.4154 0.52885 0.784 0.000 0.104 0.000 0.040 0.072
#> SRR2049605 4 0.6088 0.19039 0.368 0.000 0.012 0.504 0.040 0.076
#> SRR2049604 3 0.0508 0.72399 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049603 1 0.2554 0.61861 0.876 0.000 0.000 0.000 0.048 0.076
#> SRR2049602 1 0.2070 0.63876 0.892 0.000 0.000 0.000 0.100 0.008
#> SRR2049601 1 0.2202 0.61461 0.908 0.000 0.052 0.000 0.012 0.028
#> SRR2049600 1 0.2814 0.62882 0.820 0.000 0.000 0.000 0.172 0.008
#> SRR2049599 6 0.2738 0.48027 0.176 0.000 0.000 0.000 0.004 0.820
#> SRR2049598 3 0.5004 0.48173 0.080 0.000 0.620 0.000 0.008 0.292
#> SRR2049597 1 0.4885 0.47585 0.596 0.000 0.008 0.000 0.340 0.056
#> SRR2049596 6 0.6345 0.06346 0.336 0.000 0.260 0.000 0.012 0.392
#> SRR2049595 3 0.0146 0.72622 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049594 6 0.4251 0.29594 0.348 0.000 0.000 0.000 0.028 0.624
#> SRR2049593 3 0.1719 0.74453 0.056 0.000 0.928 0.000 0.008 0.008
#> SRR2049592 6 0.4562 0.23233 0.388 0.000 0.032 0.000 0.004 0.576
#> SRR2049591 3 0.4518 0.48653 0.376 0.000 0.592 0.000 0.012 0.020
#> SRR2049590 1 0.4542 0.43181 0.700 0.000 0.224 0.000 0.012 0.064
#> SRR2049589 3 0.3784 0.60880 0.308 0.000 0.680 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049588 1 0.3996 0.50488 0.772 0.000 0.036 0.000 0.028 0.164
#> SRR2049586 3 0.2288 0.73905 0.116 0.000 0.876 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049585 3 0.4404 0.45524 0.400 0.000 0.576 0.000 0.016 0.008
#> SRR2049584 3 0.2520 0.74020 0.108 0.000 0.872 0.000 0.008 0.012
#> SRR2049583 1 0.4297 0.04079 0.532 0.000 0.012 0.000 0.004 0.452
#> SRR2049789 2 0.3595 0.49320 0.000 0.704 0.000 0.000 0.288 0.008
#> SRR2049788 2 0.0713 0.83980 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049787 4 0.4304 0.65480 0.000 0.128 0.004 0.740 0.000 0.128
#> SRR2049786 5 0.3868 0.39643 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049785 2 0.0547 0.84477 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049784 6 0.5060 0.34280 0.336 0.000 0.004 0.000 0.080 0.580
#> SRR2049783 3 0.4016 0.57036 0.000 0.004 0.768 0.000 0.108 0.120
#> SRR2049782 2 0.0000 0.85230 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.1387 0.81120 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049780 2 0.3351 0.51390 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR2049779 2 0.0146 0.85179 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049778 5 0.5125 0.48238 0.076 0.004 0.000 0.000 0.540 0.380
#> SRR2049777 3 0.0717 0.71776 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049776 6 0.5149 0.27646 0.348 0.000 0.036 0.000 0.036 0.580
#> SRR2049775 2 0.0146 0.85179 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049774 3 0.1888 0.74592 0.068 0.000 0.916 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049773 2 0.0000 0.85230 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 3 0.3748 0.71101 0.112 0.000 0.792 0.000 0.004 0.092
#> SRR2049771 5 0.4517 0.45306 0.000 0.032 0.000 0.000 0.524 0.444
#> SRR2049770 6 0.4822 -0.20579 0.000 0.072 0.000 0.000 0.332 0.596
#> SRR2049769 2 0.0000 0.85230 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.85230 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.1409 0.71591 0.000 0.032 0.948 0.000 0.012 0.008
#> SRR2049766 1 0.3499 0.56245 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR2049765 5 0.6354 0.54223 0.000 0.104 0.100 0.036 0.632 0.128
#> SRR2049764 6 0.4526 0.00282 0.000 0.244 0.000 0.000 0.080 0.676
#> SRR2049763 2 0.0260 0.85055 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0458 0.84513 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.3694 0.60636 0.740 0.000 0.000 0.000 0.232 0.028
#> SRR2049759 2 0.0146 0.85179 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049758 1 0.3126 0.60319 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR2049756 1 0.4593 0.38339 0.660 0.000 0.052 0.000 0.008 0.280
#> SRR2049755 2 0.0820 0.84009 0.016 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049757 3 0.0777 0.71600 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049754 1 0.7940 -0.08009 0.360 0.288 0.216 0.000 0.072 0.064
#> SRR2049752 6 0.4641 0.22526 0.396 0.036 0.004 0.000 0.000 0.564
#> SRR2049751 4 0.3264 0.75880 0.000 0.056 0.080 0.844 0.000 0.020
#> SRR2049749 4 0.1765 0.82114 0.000 0.000 0.024 0.924 0.052 0.000
#> SRR2049753 2 0.0291 0.85022 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049750 6 0.1168 0.40757 0.016 0.000 0.000 0.000 0.028 0.956
#> SRR2049748 2 0.5562 0.25552 0.132 0.552 0.000 0.008 0.000 0.308
#> SRR2049744 3 0.6169 0.15208 0.256 0.000 0.392 0.000 0.004 0.348
#> SRR2049743 5 0.4763 0.30292 0.000 0.412 0.000 0.000 0.536 0.052
#> SRR2049745 1 0.3691 0.49195 0.764 0.000 0.020 0.000 0.012 0.204
#> SRR2049747 1 0.4594 0.21903 0.600 0.000 0.032 0.000 0.008 0.360
#> SRR2049742 1 0.5702 0.05662 0.512 0.028 0.048 0.000 0.016 0.396
#> SRR2049741 6 0.5801 0.26652 0.320 0.008 0.108 0.000 0.016 0.548
#> SRR2049738 2 0.0000 0.85230 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049737 6 0.3653 0.41999 0.300 0.000 0.000 0.000 0.008 0.692
#> SRR2049739 2 0.0000 0.85230 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.0508 0.72296 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049736 3 0.5650 0.01750 0.080 0.012 0.452 0.000 0.448 0.008
#> SRR2049735 2 0.0000 0.85230 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.3695 0.52206 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR2049730 5 0.4787 0.47876 0.068 0.000 0.000 0.000 0.596 0.336
#> SRR2049734 2 0.0260 0.85005 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049733 2 0.1390 0.82732 0.016 0.948 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2049731 2 0.7323 -0.10008 0.256 0.392 0.064 0.000 0.016 0.272
#> SRR2049729 6 0.6063 -0.19577 0.292 0.000 0.000 0.000 0.300 0.408
#> SRR2049727 1 0.2730 0.62567 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR2049728 1 0.2340 0.63694 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR2049725 6 0.3828 -0.36087 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR2049726 2 0.0146 0.85179 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049724 1 0.4182 0.42018 0.712 0.000 0.032 0.000 0.012 0.244
#> SRR2049723 1 0.1059 0.62725 0.964 0.000 0.004 0.000 0.016 0.016
#> SRR2049720 6 0.5362 0.15258 0.184 0.000 0.000 0.000 0.228 0.588
#> SRR2049719 2 0.3514 0.69302 0.108 0.824 0.036 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049722 6 0.4601 0.24928 0.380 0.000 0.024 0.000 0.012 0.584
#> SRR2049721 1 0.1588 0.63904 0.924 0.000 0.004 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049716 1 0.3450 0.62228 0.780 0.000 0.000 0.000 0.188 0.032
#> SRR2049718 6 0.1957 0.30197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR2049717 3 0.4598 0.24476 0.028 0.388 0.576 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.85230 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.2813 0.60864 0.880 0.000 0.004 0.044 0.020 0.052
#> SRR2049712 3 0.4503 0.53604 0.000 0.000 0.696 0.204 0.100 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0260 0.85560 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049709 1 0.2300 0.63632 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.2831 0.55592 0.840 0.000 0.024 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049706 1 0.3997 -0.24097 0.508 0.000 0.488 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049705 1 0.2398 0.58466 0.888 0.000 0.028 0.000 0.004 0.080
#> SRR2049704 3 0.3043 0.71412 0.200 0.000 0.792 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 4 0.6811 0.14321 0.232 0.000 0.240 0.468 0.056 0.004
#> SRR2049700 2 0.5456 0.17818 0.372 0.500 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049701 1 0.2631 0.63920 0.856 0.000 0.012 0.000 0.128 0.004
#> SRR2049699 3 0.5884 0.56838 0.296 0.000 0.564 0.000 0.080 0.060
#> SRR2049697 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.2491 0.47395 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR2049696 1 0.3881 0.50386 0.600 0.000 0.000 0.000 0.396 0.004
#> SRR2049694 4 0.4499 0.59781 0.152 0.000 0.000 0.708 0.000 0.140
#> SRR2049693 4 0.0260 0.85560 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049695 4 0.0146 0.85699 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049691 1 0.3727 0.51416 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR2049692 5 0.6341 0.46963 0.032 0.168 0.000 0.000 0.452 0.348
#> SRR2049689 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.3559 0.55023 0.820 0.000 0.032 0.000 0.036 0.112
#> SRR2049688 3 0.4020 0.71551 0.160 0.008 0.764 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.1913 0.63867 0.908 0.000 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR2049685 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.4793 0.69413 0.168 0.000 0.720 0.052 0.060 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 4 0.5910 0.40672 0.292 0.000 0.056 0.584 0.048 0.020
#> SRR2049680 3 0.1498 0.71157 0.000 0.000 0.940 0.028 0.032 0.000
#> SRR2049681 4 0.5372 0.16246 0.056 0.004 0.000 0.480 0.016 0.444
#> SRR2049678 4 0.0713 0.84748 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.1141 0.82284 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.4433 0.52440 0.616 0.000 0.000 0.040 0.344 0.000
#> SRR2049677 4 0.4124 0.48499 0.000 0.000 0.332 0.644 0.024 0.000
#> SRR2049674 3 0.6735 0.41314 0.340 0.000 0.456 0.132 0.064 0.008
#> SRR2049672 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.5783 0.51790 0.584 0.000 0.032 0.128 0.256 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.3830 0.52004 0.620 0.000 0.000 0.004 0.376 0.000
#> SRR2049669 4 0.0000 0.85852 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.3672 0.52855 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR2049666 3 0.1501 0.70091 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049665 6 0.4225 -0.40681 0.004 0.008 0.000 0.000 0.480 0.508
#> SRR2049664 1 0.2912 0.62140 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR2049661 5 0.4129 0.43365 0.120 0.000 0.016 0.000 0.772 0.092
#> SRR2049663 1 0.3620 0.54193 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR2049660 6 0.0291 0.41340 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2049662 1 0.3769 0.53487 0.640 0.000 0.000 0.000 0.356 0.004
#> SRR2049659 3 0.3516 0.56640 0.000 0.016 0.760 0.220 0.004 0.000
#> SRR2049657 1 0.2405 0.64001 0.880 0.000 0.016 0.000 0.100 0.004
#> SRR2049658 1 0.7020 0.00721 0.400 0.000 0.040 0.276 0.012 0.272
#> SRR2049655 6 0.1265 0.38783 0.008 0.000 0.000 0.000 0.044 0.948
#> SRR2049656 3 0.4167 0.55312 0.344 0.000 0.636 0.000 0.012 0.008
#> SRR2049654 3 0.3081 0.69652 0.220 0.000 0.776 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049652 6 0.3791 0.27208 0.004 0.000 0.092 0.000 0.116 0.788
#> SRR2049653 2 0.5746 0.28871 0.000 0.504 0.328 0.164 0.004 0.000
#> SRR2049649 1 0.2504 0.58036 0.880 0.000 0.028 0.000 0.004 0.088
#> SRR2049650 1 0.5598 0.54157 0.620 0.000 0.000 0.116 0.228 0.036
#> SRR2049651 1 0.5688 -0.03941 0.456 0.000 0.084 0.440 0.012 0.008
#> SRR2049647 1 0.5465 0.00630 0.468 0.000 0.016 0.448 0.004 0.064
#> SRR2049648 6 0.4044 0.22117 0.076 0.000 0.000 0.000 0.180 0.744
#> SRR2049646 2 0.4207 0.62077 0.104 0.748 0.144 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049644 3 0.1700 0.71096 0.004 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000
#> SRR2049645 1 0.3784 0.41222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.012 0.308
#> SRR2049643 6 0.1714 0.46133 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2049641 1 0.5556 0.04007 0.500 0.000 0.048 0.000 0.044 0.408
#> SRR2049639 5 0.3996 0.40996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.512 0.484
#> SRR2049638 1 0.3862 0.50847 0.608 0.000 0.000 0.000 0.388 0.004
#> SRR2049640 6 0.2473 0.26359 0.000 0.000 0.008 0.000 0.136 0.856
#> SRR2049636 2 0.0000 0.85230 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.1959 0.62864 0.924 0.000 0.020 0.000 0.032 0.024
#> SRR2049637 2 0.0405 0.84826 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049634 1 0.5055 -0.00914 0.492 0.000 0.020 0.000 0.036 0.452
#> SRR2049633 4 0.2531 0.75080 0.132 0.012 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR2049632 5 0.5731 0.39969 0.000 0.332 0.092 0.000 0.544 0.032
#> SRR2049631 2 0.5036 0.49796 0.000 0.632 0.288 0.028 0.052 0.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.85230 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 4 0.5671 0.35348 0.028 0.000 0.000 0.556 0.096 0.320
#> SRR2049629 5 0.6291 0.54227 0.000 0.116 0.080 0.000 0.552 0.252
#> SRR2049627 3 0.5966 -0.13967 0.000 0.000 0.428 0.000 0.232 0.340
#> SRR2049626 1 0.1753 0.63369 0.912 0.000 0.000 0.000 0.084 0.004
#> SRR2049625 3 0.1075 0.74145 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.4432 0.49763 0.600 0.036 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR2049623 1 0.7586 0.23657 0.524 0.128 0.028 0.120 0.028 0.172
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.536 0.843 0.919 0.4697 0.529 0.529
#> 3 3 0.500 0.793 0.826 0.1947 1.000 1.000
#> 4 4 0.486 0.486 0.761 0.0997 0.884 0.782
#> 5 5 0.494 0.503 0.750 0.0438 0.939 0.859
#> 6 6 0.511 0.560 0.762 0.1015 0.872 0.688
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.2043 0.9010 0.968 0.032
#> SRR2049621 2 0.1184 0.9203 0.016 0.984
#> SRR2049622 1 0.2043 0.9010 0.968 0.032
#> SRR2049620 1 0.9522 0.5061 0.628 0.372
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049618 1 0.9988 0.1766 0.520 0.480
#> SRR2049617 2 0.0376 0.9239 0.004 0.996
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.5737 0.8473 0.136 0.864
#> SRR2049614 2 0.5737 0.8487 0.136 0.864
#> SRR2049613 2 0.5737 0.8487 0.136 0.864
#> SRR2049612 1 0.0938 0.9034 0.988 0.012
#> SRR2049611 1 0.1843 0.9023 0.972 0.028
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.9815 0.3785 0.580 0.420
#> SRR2049607 1 0.9909 0.3050 0.556 0.444
#> SRR2049606 1 0.1633 0.9024 0.976 0.024
#> SRR2049605 1 0.6973 0.7984 0.812 0.188
#> SRR2049604 1 0.3733 0.8873 0.928 0.072
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.1184 0.9032 0.984 0.016
#> SRR2049598 1 0.1843 0.9018 0.972 0.028
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.1843 0.9019 0.972 0.028
#> SRR2049595 1 0.8081 0.7331 0.752 0.248
#> SRR2049594 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.2236 0.9000 0.964 0.036
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.8081 0.7331 0.752 0.248
#> SRR2049585 1 0.0938 0.9036 0.988 0.012
#> SRR2049584 1 0.1843 0.9019 0.972 0.028
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0672 0.9228 0.008 0.992
#> SRR2049788 2 0.0938 0.9222 0.012 0.988
#> SRR2049787 2 0.4939 0.8710 0.108 0.892
#> SRR2049786 2 0.5178 0.8658 0.116 0.884
#> SRR2049785 2 0.0376 0.9239 0.004 0.996
#> SRR2049784 1 0.3879 0.8852 0.924 0.076
#> SRR2049783 2 0.7219 0.7638 0.200 0.800
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0376 0.9239 0.004 0.996
#> SRR2049780 2 0.5946 0.8408 0.144 0.856
#> SRR2049779 2 0.5737 0.8379 0.136 0.864
#> SRR2049778 1 0.2423 0.8985 0.960 0.040
#> SRR2049777 2 0.9944 0.0815 0.456 0.544
#> SRR2049776 1 0.4161 0.8810 0.916 0.084
#> SRR2049775 2 0.0376 0.9239 0.004 0.996
#> SRR2049774 1 0.3114 0.8936 0.944 0.056
#> SRR2049773 2 0.4815 0.8703 0.104 0.896
#> SRR2049772 1 0.2043 0.9010 0.968 0.032
#> SRR2049771 2 0.6438 0.8158 0.164 0.836
#> SRR2049770 1 0.7602 0.7611 0.780 0.220
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049767 1 0.8813 0.6536 0.700 0.300
#> SRR2049766 1 0.4939 0.8624 0.892 0.108
#> SRR2049765 2 0.4939 0.8716 0.108 0.892
#> SRR2049764 2 0.2236 0.9127 0.036 0.964
#> SRR2049763 2 0.0938 0.9219 0.012 0.988
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0376 0.9239 0.004 0.996
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.9323 0.4513 0.348 0.652
#> SRR2049757 2 0.8499 0.6199 0.276 0.724
#> SRR2049754 1 0.4298 0.8792 0.912 0.088
#> SRR2049752 1 0.3584 0.8879 0.932 0.068
#> SRR2049751 2 0.4815 0.8740 0.104 0.896
#> SRR2049749 2 0.4562 0.8799 0.096 0.904
#> SRR2049753 2 0.1633 0.9169 0.024 0.976
#> SRR2049750 1 0.8555 0.6711 0.720 0.280
#> SRR2049748 2 0.6048 0.8320 0.148 0.852
#> SRR2049744 1 0.1843 0.9018 0.972 0.028
#> SRR2049743 2 0.5946 0.8408 0.144 0.856
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.4298 0.8778 0.912 0.088
#> SRR2049741 1 0.5842 0.8438 0.860 0.140
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.4298 0.8778 0.912 0.088
#> SRR2049739 2 0.4298 0.8844 0.088 0.912
#> SRR2049740 1 0.7745 0.7577 0.772 0.228
#> SRR2049736 1 0.7950 0.7433 0.760 0.240
#> SRR2049735 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.3274 0.8906 0.940 0.060
#> SRR2049734 2 0.1414 0.9191 0.020 0.980
#> SRR2049733 1 0.8443 0.6999 0.728 0.272
#> SRR2049731 2 0.4939 0.8710 0.108 0.892
#> SRR2049729 1 0.1184 0.9036 0.984 0.016
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.2423 0.8985 0.960 0.040
#> SRR2049726 2 0.0376 0.9239 0.004 0.996
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.2043 0.9011 0.968 0.032
#> SRR2049719 2 0.8713 0.5810 0.292 0.708
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.7376 0.7695 0.792 0.208
#> SRR2049717 2 0.9427 0.4115 0.360 0.640
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049712 1 0.9427 0.5418 0.640 0.360
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0672 0.9232 0.008 0.992
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.7674 0.7612 0.776 0.224
#> SRR2049700 1 0.9635 0.4603 0.612 0.388
#> SRR2049701 1 0.1414 0.9029 0.980 0.020
#> SRR2049699 1 0.7219 0.7870 0.800 0.200
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.2236 0.9005 0.964 0.036
#> SRR2049693 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.8555 0.6877 0.720 0.280
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.7528 0.7740 0.784 0.216
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.7674 0.7612 0.776 0.224
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.7376 0.7799 0.792 0.208
#> SRR2049680 1 0.9580 0.4952 0.620 0.380
#> SRR2049681 2 0.5408 0.8572 0.124 0.876
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.1843 0.9020 0.972 0.028
#> SRR2049677 2 0.1184 0.9208 0.016 0.984
#> SRR2049674 1 0.7453 0.7737 0.788 0.212
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.4022 0.8811 0.920 0.080
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.6623 0.8108 0.828 0.172
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.9963 0.2336 0.536 0.464
#> SRR2049665 2 0.9944 0.1210 0.456 0.544
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.7219 0.7866 0.800 0.200
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.2603 0.8979 0.956 0.044
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.4815 0.8689 0.896 0.104
#> SRR2049655 1 0.7219 0.7829 0.800 0.200
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0672 0.9035 0.992 0.008
#> SRR2049653 2 0.0376 0.9238 0.004 0.996
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.1184 0.9033 0.984 0.016
#> SRR2049651 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.2236 0.9005 0.964 0.036
#> SRR2049648 1 0.1843 0.9023 0.972 0.028
#> SRR2049646 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049644 1 0.8955 0.6310 0.688 0.312
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.2603 0.8983 0.956 0.044
#> SRR2049641 1 0.4298 0.8792 0.912 0.088
#> SRR2049639 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.1633 0.9019 0.976 0.024
#> SRR2049640 1 0.5408 0.8555 0.876 0.124
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0938 0.9032 0.988 0.012
#> SRR2049637 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.0938 0.9034 0.988 0.012
#> SRR2049633 1 0.9988 0.1766 0.520 0.480
#> SRR2049632 2 0.5059 0.8687 0.112 0.888
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.6801 0.7800 0.180 0.820
#> SRR2049628 1 0.7453 0.7765 0.788 0.212
#> SRR2049629 2 0.5059 0.8687 0.112 0.888
#> SRR2049627 1 0.6148 0.8331 0.848 0.152
#> SRR2049626 1 0.0376 0.9030 0.996 0.004
#> SRR2049625 1 0.8144 0.7281 0.748 0.252
#> SRR2049624 1 0.0000 0.9029 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.5737 0.8475 0.864 0.136
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.4702 0.8282 0.788 0.000 NA
#> SRR2049621 2 0.2096 0.8870 0.004 0.944 NA
#> SRR2049622 1 0.4702 0.8282 0.788 0.000 NA
#> SRR2049620 1 0.9560 0.4772 0.452 0.204 NA
#> SRR2049619 1 0.0592 0.8515 0.988 0.000 NA
#> SRR2049618 1 0.9942 0.1970 0.380 0.288 NA
#> SRR2049617 2 0.3112 0.8813 0.004 0.900 NA
#> SRR2049616 1 0.1031 0.8495 0.976 0.000 NA
#> SRR2049615 2 0.6937 0.7881 0.048 0.680 NA
#> SRR2049614 2 0.6778 0.8001 0.080 0.732 NA
#> SRR2049613 2 0.6778 0.8001 0.080 0.732 NA
#> SRR2049612 1 0.1031 0.8551 0.976 0.000 NA
#> SRR2049611 1 0.4605 0.8239 0.796 0.000 NA
#> SRR2049610 2 0.1289 0.8875 0.000 0.968 NA
#> SRR2049609 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049608 1 0.9746 0.3807 0.432 0.240 NA
#> SRR2049607 1 0.9904 0.2854 0.400 0.284 NA
#> SRR2049606 1 0.3030 0.8546 0.904 0.004 NA
#> SRR2049605 1 0.7274 0.7414 0.644 0.052 NA
#> SRR2049604 1 0.5698 0.8113 0.736 0.012 NA
#> SRR2049603 1 0.0892 0.8532 0.980 0.000 NA
#> SRR2049602 1 0.1031 0.8541 0.976 0.000 NA
#> SRR2049601 1 0.0892 0.8532 0.980 0.000 NA
#> SRR2049600 1 0.1031 0.8495 0.976 0.000 NA
#> SRR2049599 1 0.3551 0.8474 0.868 0.000 NA
#> SRR2049598 1 0.4555 0.8316 0.800 0.000 NA
#> SRR2049597 1 0.0747 0.8530 0.984 0.000 NA
#> SRR2049596 1 0.3941 0.8429 0.844 0.000 NA
#> SRR2049595 1 0.8445 0.6760 0.580 0.116 NA
#> SRR2049594 1 0.1643 0.8535 0.956 0.000 NA
#> SRR2049593 1 0.4750 0.8271 0.784 0.000 NA
#> SRR2049592 1 0.0747 0.8521 0.984 0.000 NA
#> SRR2049591 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049590 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049589 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049588 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049586 1 0.8445 0.6760 0.580 0.116 NA
#> SRR2049585 1 0.2200 0.8559 0.940 0.004 NA
#> SRR2049584 1 0.3941 0.8429 0.844 0.000 NA
#> SRR2049583 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049789 2 0.2625 0.8881 0.000 0.916 NA
#> SRR2049788 2 0.3377 0.8817 0.012 0.896 NA
#> SRR2049787 2 0.5331 0.8393 0.076 0.824 NA
#> SRR2049786 2 0.6354 0.8177 0.056 0.748 NA
#> SRR2049785 2 0.3030 0.8818 0.004 0.904 NA
#> SRR2049784 1 0.5111 0.8358 0.808 0.024 NA
#> SRR2049783 2 0.7500 0.7279 0.140 0.696 NA
#> SRR2049782 2 0.1289 0.8875 0.000 0.968 NA
#> SRR2049781 2 0.3030 0.8818 0.004 0.904 NA
#> SRR2049780 2 0.7388 0.7374 0.044 0.600 NA
#> SRR2049779 2 0.6757 0.7925 0.084 0.736 NA
#> SRR2049778 1 0.3752 0.8408 0.856 0.000 NA
#> SRR2049777 2 0.9921 0.0807 0.308 0.396 NA
#> SRR2049776 1 0.5467 0.8299 0.792 0.032 NA
#> SRR2049775 2 0.2772 0.8833 0.004 0.916 NA
#> SRR2049774 1 0.4953 0.8395 0.808 0.016 NA
#> SRR2049773 2 0.6192 0.8205 0.060 0.764 NA
#> SRR2049772 1 0.4702 0.8282 0.788 0.000 NA
#> SRR2049771 2 0.7424 0.7578 0.060 0.640 NA
#> SRR2049770 1 0.8318 0.6895 0.600 0.116 NA
#> SRR2049769 2 0.1289 0.8875 0.000 0.968 NA
#> SRR2049768 2 0.1163 0.8877 0.000 0.972 NA
#> SRR2049767 1 0.9040 0.6069 0.524 0.156 NA
#> SRR2049766 1 0.5627 0.8221 0.780 0.032 NA
#> SRR2049765 2 0.6066 0.8149 0.024 0.728 NA
#> SRR2049764 2 0.4002 0.8671 0.000 0.840 NA
#> SRR2049763 2 0.2590 0.8856 0.004 0.924 NA
#> SRR2049762 2 0.1163 0.8864 0.000 0.972 NA
#> SRR2049761 2 0.0592 0.8878 0.000 0.988 NA
#> SRR2049760 1 0.0747 0.8513 0.984 0.000 NA
#> SRR2049759 2 0.3193 0.8805 0.004 0.896 NA
#> SRR2049758 1 0.1031 0.8495 0.976 0.000 NA
#> SRR2049756 1 0.0892 0.8532 0.980 0.000 NA
#> SRR2049755 2 0.9778 0.3492 0.236 0.408 NA
#> SRR2049757 2 0.8693 0.5887 0.176 0.592 NA
#> SRR2049754 1 0.5470 0.8305 0.796 0.036 NA
#> SRR2049752 1 0.4808 0.8340 0.804 0.008 NA
#> SRR2049751 2 0.5174 0.8417 0.076 0.832 NA
#> SRR2049749 2 0.5633 0.8337 0.024 0.768 NA
#> SRR2049753 2 0.1585 0.8887 0.008 0.964 NA
#> SRR2049750 1 0.9050 0.5909 0.532 0.164 NA
#> SRR2049748 2 0.6567 0.8027 0.088 0.752 NA
#> SRR2049744 1 0.4605 0.8303 0.796 0.000 NA
#> SRR2049743 2 0.7388 0.7374 0.044 0.600 NA
#> SRR2049745 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049747 1 0.0424 0.8527 0.992 0.000 NA
#> SRR2049742 1 0.5536 0.8212 0.776 0.024 NA
#> SRR2049741 1 0.6624 0.7900 0.708 0.044 NA
#> SRR2049738 2 0.0237 0.8884 0.000 0.996 NA
#> SRR2049737 1 0.5536 0.8212 0.776 0.024 NA
#> SRR2049739 2 0.5743 0.8382 0.044 0.784 NA
#> SRR2049740 1 0.8091 0.6997 0.592 0.088 NA
#> SRR2049736 1 0.8181 0.6830 0.584 0.092 NA
#> SRR2049735 2 0.0237 0.8884 0.000 0.996 NA
#> SRR2049732 1 0.1163 0.8505 0.972 0.000 NA
#> SRR2049730 1 0.4172 0.8392 0.840 0.004 NA
#> SRR2049734 2 0.3129 0.8819 0.008 0.904 NA
#> SRR2049733 1 0.8771 0.6387 0.556 0.140 NA
#> SRR2049731 2 0.5656 0.8361 0.068 0.804 NA
#> SRR2049729 1 0.3340 0.8468 0.880 0.000 NA
#> SRR2049727 1 0.1031 0.8495 0.976 0.000 NA
#> SRR2049728 1 0.1031 0.8495 0.976 0.000 NA
#> SRR2049725 1 0.3752 0.8408 0.856 0.000 NA
#> SRR2049726 2 0.2945 0.8822 0.004 0.908 NA
#> SRR2049724 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049723 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049720 1 0.4178 0.8403 0.828 0.000 NA
#> SRR2049719 2 0.8948 0.5244 0.224 0.568 NA
#> SRR2049722 1 0.0424 0.8527 0.992 0.000 NA
#> SRR2049721 1 0.1289 0.8523 0.968 0.000 NA
#> SRR2049716 1 0.1031 0.8495 0.976 0.000 NA
#> SRR2049718 1 0.8162 0.6513 0.568 0.084 NA
#> SRR2049717 2 0.9648 0.3576 0.244 0.464 NA
#> SRR2049715 2 0.1289 0.8875 0.000 0.968 NA
#> SRR2049714 2 0.1031 0.8881 0.000 0.976 NA
#> SRR2049713 1 0.1411 0.8541 0.964 0.000 NA
#> SRR2049712 1 0.9472 0.5205 0.492 0.220 NA
#> SRR2049711 2 0.1163 0.8864 0.000 0.972 NA
#> SRR2049710 2 0.1289 0.8895 0.000 0.968 NA
#> SRR2049709 1 0.0892 0.8503 0.980 0.000 NA
#> SRR2049707 2 0.1031 0.8881 0.000 0.976 NA
#> SRR2049708 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049706 1 0.0592 0.8515 0.988 0.000 NA
#> SRR2049705 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049704 1 0.0592 0.8515 0.988 0.000 NA
#> SRR2049702 2 0.1163 0.8864 0.000 0.972 NA
#> SRR2049703 1 0.7901 0.7087 0.608 0.080 NA
#> SRR2049700 1 0.9575 0.4377 0.464 0.216 NA
#> SRR2049701 1 0.2711 0.8563 0.912 0.000 NA
#> SRR2049699 1 0.7364 0.7349 0.640 0.056 NA
#> SRR2049697 2 0.1163 0.8896 0.000 0.972 NA
#> SRR2049698 1 0.2796 0.8488 0.908 0.000 NA
#> SRR2049696 1 0.1163 0.8539 0.972 0.000 NA
#> SRR2049694 1 0.3784 0.8486 0.864 0.004 NA
#> SRR2049693 2 0.1031 0.8881 0.000 0.976 NA
#> SRR2049695 2 0.1163 0.8864 0.000 0.972 NA
#> SRR2049691 1 0.1163 0.8532 0.972 0.000 NA
#> SRR2049692 1 0.8752 0.6341 0.548 0.132 NA
#> SRR2049689 2 0.1163 0.8864 0.000 0.972 NA
#> SRR2049690 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049688 1 0.7728 0.7335 0.640 0.084 NA
#> SRR2049687 2 0.1163 0.8864 0.000 0.972 NA
#> SRR2049686 1 0.1289 0.8509 0.968 0.000 NA
#> SRR2049685 2 0.1031 0.8868 0.000 0.976 NA
#> SRR2049684 1 0.7901 0.7087 0.608 0.080 NA
#> SRR2049683 2 0.1163 0.8864 0.000 0.972 NA
#> SRR2049682 1 0.7644 0.7297 0.632 0.072 NA
#> SRR2049680 1 0.9613 0.4711 0.472 0.244 NA
#> SRR2049681 2 0.6542 0.8101 0.060 0.736 NA
#> SRR2049678 2 0.1031 0.8868 0.000 0.976 NA
#> SRR2049679 2 0.1163 0.8864 0.000 0.972 NA
#> SRR2049676 2 0.0892 0.8872 0.000 0.980 NA
#> SRR2049675 1 0.2878 0.8546 0.904 0.000 NA
#> SRR2049677 2 0.2063 0.8888 0.008 0.948 NA
#> SRR2049674 1 0.7670 0.7199 0.620 0.068 NA
#> SRR2049672 2 0.1163 0.8864 0.000 0.972 NA
#> SRR2049671 2 0.1163 0.8864 0.000 0.972 NA
#> SRR2049673 1 0.4475 0.8433 0.840 0.016 NA
#> SRR2049670 2 0.1163 0.8864 0.000 0.972 NA
#> SRR2049668 1 0.6416 0.7562 0.708 0.032 NA
#> SRR2049669 2 0.0892 0.8872 0.000 0.980 NA
#> SRR2049667 1 0.1163 0.8505 0.972 0.000 NA
#> SRR2049666 1 0.9916 0.2185 0.396 0.316 NA
#> SRR2049665 2 0.9816 0.0643 0.356 0.400 NA
#> SRR2049664 1 0.0892 0.8503 0.980 0.000 NA
#> SRR2049661 1 0.7694 0.7204 0.616 0.068 NA
#> SRR2049663 1 0.1031 0.8495 0.976 0.000 NA
#> SRR2049660 1 0.5254 0.8030 0.736 0.000 NA
#> SRR2049662 1 0.1411 0.8513 0.964 0.000 NA
#> SRR2049659 2 0.1163 0.8892 0.000 0.972 NA
#> SRR2049657 1 0.0747 0.8529 0.984 0.000 NA
#> SRR2049658 1 0.5803 0.8153 0.760 0.028 NA
#> SRR2049655 1 0.7839 0.6572 0.560 0.060 NA
#> SRR2049656 1 0.0237 0.8524 0.996 0.000 NA
#> SRR2049654 1 0.0592 0.8515 0.988 0.000 NA
#> SRR2049652 1 0.2711 0.8540 0.912 0.000 NA
#> SRR2049653 2 0.1529 0.8903 0.000 0.960 NA
#> SRR2049649 1 0.0592 0.8517 0.988 0.000 NA
#> SRR2049650 1 0.2878 0.8547 0.904 0.000 NA
#> SRR2049651 2 0.4178 0.8381 0.000 0.828 NA
#> SRR2049647 1 0.3500 0.8509 0.880 0.004 NA
#> SRR2049648 1 0.4974 0.8135 0.764 0.000 NA
#> SRR2049646 2 0.1964 0.8854 0.000 0.944 NA
#> SRR2049644 1 0.8996 0.5765 0.504 0.140 NA
#> SRR2049645 1 0.0592 0.8530 0.988 0.000 NA
#> SRR2049643 1 0.5138 0.8106 0.748 0.000 NA
#> SRR2049641 1 0.5635 0.8268 0.784 0.036 NA
#> SRR2049639 2 0.5465 0.7752 0.000 0.712 NA
#> SRR2049638 1 0.2400 0.8521 0.932 0.004 NA
#> SRR2049640 1 0.6381 0.7632 0.648 0.012 NA
#> SRR2049636 2 0.0424 0.8876 0.000 0.992 NA
#> SRR2049635 1 0.1411 0.8556 0.964 0.000 NA
#> SRR2049637 2 0.0237 0.8884 0.000 0.996 NA
#> SRR2049634 1 0.1411 0.8559 0.964 0.000 NA
#> SRR2049633 1 0.9934 0.2021 0.376 0.280 NA
#> SRR2049632 2 0.6252 0.8065 0.024 0.708 NA
#> SRR2049631 2 0.1964 0.8854 0.000 0.944 NA
#> SRR2049630 2 0.7548 0.7375 0.112 0.684 NA
#> SRR2049628 1 0.7425 0.7264 0.620 0.052 NA
#> SRR2049629 2 0.6252 0.8065 0.024 0.708 NA
#> SRR2049627 1 0.6859 0.7416 0.620 0.024 NA
#> SRR2049626 1 0.2066 0.8564 0.940 0.000 NA
#> SRR2049625 1 0.8269 0.6808 0.584 0.100 NA
#> SRR2049624 1 0.2165 0.8467 0.936 0.000 NA
#> SRR2049623 1 0.6423 0.8004 0.728 0.044 NA
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.5099 0.2170 0.612 0.000 0.380 0.008
#> SRR2049621 2 0.2101 0.7752 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR2049622 1 0.5085 0.2273 0.616 0.000 0.376 0.008
#> SRR2049620 3 0.8401 0.4666 0.376 0.172 0.412 0.040
#> SRR2049619 1 0.0376 0.6663 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049618 1 0.9385 -0.4219 0.352 0.252 0.300 0.096
#> SRR2049617 2 0.3081 0.7588 0.000 0.888 0.048 0.064
#> SRR2049616 1 0.1284 0.6538 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2049615 2 0.6747 0.5197 0.016 0.656 0.172 0.156
#> SRR2049614 2 0.5802 0.5645 0.024 0.704 0.232 0.040
#> SRR2049613 2 0.5802 0.5645 0.024 0.704 0.232 0.040
#> SRR2049612 1 0.1389 0.6594 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049611 1 0.4977 -0.0756 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR2049610 2 0.1545 0.7712 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR2049609 1 0.0657 0.6671 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049608 3 0.8615 0.4450 0.364 0.200 0.392 0.044
#> SRR2049607 3 0.8784 0.4846 0.308 0.260 0.388 0.044
#> SRR2049606 1 0.3400 0.5677 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR2049605 1 0.6093 -0.2274 0.508 0.036 0.452 0.004
#> SRR2049604 1 0.5353 0.0449 0.556 0.000 0.432 0.012
#> SRR2049603 1 0.1022 0.6667 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049602 1 0.1118 0.6665 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049601 1 0.1022 0.6667 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049600 1 0.1284 0.6538 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2049599 1 0.4567 0.4255 0.716 0.000 0.276 0.008
#> SRR2049598 1 0.5024 0.2628 0.632 0.000 0.360 0.008
#> SRR2049597 1 0.1151 0.6654 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR2049596 1 0.4746 0.3763 0.688 0.000 0.304 0.008
#> SRR2049595 3 0.6874 0.3855 0.448 0.088 0.460 0.004
#> SRR2049594 1 0.3088 0.5938 0.864 0.000 0.128 0.008
#> SRR2049593 1 0.5085 0.2250 0.616 0.000 0.376 0.008
#> SRR2049592 1 0.0524 0.6675 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049591 1 0.0657 0.6671 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049590 1 0.0657 0.6671 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049589 1 0.0657 0.6671 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049588 1 0.0336 0.6667 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049586 3 0.6874 0.3855 0.448 0.088 0.460 0.004
#> SRR2049585 1 0.2654 0.6263 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR2049584 1 0.4746 0.3763 0.688 0.000 0.304 0.008
#> SRR2049583 1 0.0336 0.6667 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049789 2 0.2660 0.7763 0.000 0.908 0.056 0.036
#> SRR2049788 2 0.3274 0.7611 0.004 0.884 0.056 0.056
#> SRR2049787 2 0.4431 0.6939 0.024 0.808 0.152 0.016
#> SRR2049786 2 0.5610 0.5773 0.012 0.712 0.228 0.048
#> SRR2049785 2 0.3004 0.7602 0.000 0.892 0.048 0.060
#> SRR2049784 1 0.5314 0.3533 0.676 0.024 0.296 0.004
#> SRR2049783 2 0.6015 0.5228 0.060 0.676 0.252 0.012
#> SRR2049782 2 0.1398 0.7753 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049781 2 0.3004 0.7602 0.000 0.892 0.048 0.060
#> SRR2049780 2 0.7173 0.3211 0.000 0.556 0.216 0.228
#> SRR2049779 2 0.5932 0.5776 0.052 0.712 0.208 0.028
#> SRR2049778 1 0.4741 0.3105 0.668 0.000 0.328 0.004
#> SRR2049777 3 0.7823 0.2920 0.192 0.360 0.440 0.008
#> SRR2049776 1 0.5405 0.3184 0.660 0.024 0.312 0.004
#> SRR2049775 2 0.2761 0.7646 0.000 0.904 0.048 0.048
#> SRR2049774 1 0.4825 0.4045 0.700 0.008 0.288 0.004
#> SRR2049773 2 0.5424 0.6198 0.032 0.736 0.208 0.024
#> SRR2049772 1 0.5099 0.2170 0.612 0.000 0.380 0.008
#> SRR2049771 2 0.7255 0.4292 0.020 0.604 0.220 0.156
#> SRR2049770 3 0.7092 0.4651 0.364 0.096 0.528 0.012
#> SRR2049769 2 0.1398 0.7753 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049768 2 0.1356 0.7772 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR2049767 3 0.7658 0.4607 0.400 0.124 0.456 0.020
#> SRR2049766 1 0.5406 0.4307 0.716 0.024 0.240 0.020
#> SRR2049765 2 0.6052 0.5852 0.004 0.696 0.176 0.124
#> SRR2049764 2 0.4105 0.7137 0.000 0.812 0.156 0.032
#> SRR2049763 2 0.2450 0.7640 0.000 0.912 0.016 0.072
#> SRR2049762 2 0.1398 0.7681 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049761 2 0.0817 0.7768 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049760 1 0.1174 0.6611 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR2049759 2 0.3156 0.7562 0.000 0.884 0.048 0.068
#> SRR2049758 1 0.1284 0.6538 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2049756 1 0.1022 0.6667 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049755 2 0.9627 -0.0874 0.212 0.372 0.264 0.152
#> SRR2049757 2 0.7491 0.2972 0.104 0.564 0.296 0.036
#> SRR2049754 1 0.5431 0.3313 0.668 0.028 0.300 0.004
#> SRR2049752 1 0.4677 0.3615 0.680 0.004 0.316 0.000
#> SRR2049751 2 0.4282 0.7036 0.024 0.820 0.140 0.016
#> SRR2049749 2 0.5586 0.6388 0.004 0.736 0.152 0.108
#> SRR2049753 2 0.1590 0.7783 0.008 0.956 0.028 0.008
#> SRR2049750 3 0.7463 0.4835 0.280 0.140 0.560 0.020
#> SRR2049748 2 0.5472 0.6134 0.044 0.732 0.208 0.016
#> SRR2049744 1 0.5024 0.2627 0.632 0.000 0.360 0.008
#> SRR2049743 2 0.7173 0.3211 0.000 0.556 0.216 0.228
#> SRR2049745 1 0.0469 0.6675 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049747 1 0.0779 0.6669 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2049742 1 0.5289 0.2432 0.636 0.020 0.344 0.000
#> SRR2049741 1 0.5708 -0.0332 0.556 0.028 0.416 0.000
#> SRR2049738 2 0.0804 0.7795 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR2049737 1 0.5289 0.2432 0.636 0.020 0.344 0.000
#> SRR2049739 2 0.5037 0.6651 0.020 0.764 0.188 0.028
#> SRR2049740 3 0.6495 0.3712 0.444 0.060 0.492 0.004
#> SRR2049736 1 0.7553 -0.3357 0.468 0.072 0.416 0.044
#> SRR2049735 2 0.0804 0.7795 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR2049732 1 0.1388 0.6545 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR2049730 1 0.4936 0.2860 0.652 0.000 0.340 0.008
#> SRR2049734 2 0.3385 0.7584 0.008 0.880 0.072 0.040
#> SRR2049733 1 0.8169 -0.3837 0.456 0.112 0.376 0.056
#> SRR2049731 2 0.4765 0.6809 0.032 0.788 0.164 0.016
#> SRR2049729 1 0.4584 0.3753 0.696 0.000 0.300 0.004
#> SRR2049727 1 0.1284 0.6538 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2049728 1 0.1284 0.6538 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2049725 1 0.4741 0.3105 0.668 0.000 0.328 0.004
#> SRR2049726 2 0.2919 0.7609 0.000 0.896 0.044 0.060
#> SRR2049724 1 0.0336 0.6667 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049723 1 0.0336 0.6667 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049720 1 0.4605 0.3272 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR2049719 2 0.7841 0.2037 0.168 0.536 0.268 0.028
#> SRR2049722 1 0.0469 0.6673 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049721 1 0.1488 0.6576 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR2049716 1 0.1284 0.6538 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2049718 3 0.6460 0.4333 0.288 0.060 0.632 0.020
#> SRR2049717 2 0.8898 -0.0794 0.192 0.424 0.312 0.072
#> SRR2049715 2 0.1398 0.7753 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049714 2 0.1488 0.7757 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR2049713 1 0.1256 0.6660 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR2049712 1 0.8055 -0.4880 0.400 0.192 0.392 0.016
#> SRR2049711 2 0.1398 0.7681 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049710 2 0.1520 0.7786 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR2049709 1 0.1174 0.6563 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR2049707 2 0.1488 0.7757 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR2049708 1 0.0469 0.6670 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049706 1 0.0188 0.6652 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049705 1 0.0657 0.6671 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049704 1 0.0188 0.6652 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049702 2 0.1398 0.7681 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049703 1 0.6622 -0.3061 0.488 0.060 0.444 0.008
#> SRR2049700 1 0.8919 -0.4372 0.380 0.184 0.364 0.072
#> SRR2049701 1 0.2976 0.6366 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR2049699 1 0.6168 -0.2476 0.504 0.040 0.452 0.004
#> SRR2049697 2 0.1520 0.7798 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR2049698 1 0.4018 0.5048 0.772 0.000 0.224 0.004
#> SRR2049696 1 0.1807 0.6561 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR2049694 1 0.4018 0.5146 0.772 0.004 0.224 0.000
#> SRR2049693 2 0.1488 0.7757 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR2049695 2 0.1398 0.7681 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049691 1 0.2048 0.6571 0.928 0.000 0.064 0.008
#> SRR2049692 1 0.8086 -0.3895 0.448 0.108 0.392 0.052
#> SRR2049689 2 0.1398 0.7681 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049690 1 0.0469 0.6675 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049688 1 0.7319 -0.1339 0.548 0.072 0.340 0.040
#> SRR2049687 2 0.1398 0.7681 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049686 1 0.1854 0.6548 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR2049685 2 0.1256 0.7747 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR2049684 1 0.6622 -0.3061 0.488 0.060 0.444 0.008
#> SRR2049683 2 0.1398 0.7681 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049682 1 0.6485 -0.2467 0.508 0.052 0.432 0.008
#> SRR2049680 3 0.8167 0.4766 0.380 0.216 0.388 0.016
#> SRR2049681 2 0.5757 0.5958 0.032 0.704 0.236 0.028
#> SRR2049678 2 0.1256 0.7747 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR2049679 2 0.1398 0.7681 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049676 2 0.1356 0.7733 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR2049675 1 0.2741 0.6400 0.892 0.000 0.096 0.012
#> SRR2049677 2 0.2297 0.7759 0.004 0.928 0.044 0.024
#> SRR2049674 1 0.6436 -0.2872 0.492 0.048 0.452 0.008
#> SRR2049672 2 0.1398 0.7681 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049671 2 0.1398 0.7681 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049673 1 0.4332 0.5549 0.800 0.012 0.172 0.016
#> SRR2049670 2 0.1398 0.7681 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2049668 1 0.5550 0.3028 0.692 0.000 0.248 0.060
#> SRR2049669 2 0.1356 0.7733 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR2049667 1 0.1388 0.6545 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR2049666 3 0.8960 0.4706 0.300 0.292 0.356 0.052
#> SRR2049665 3 0.8198 -0.0395 0.164 0.368 0.436 0.032
#> SRR2049664 1 0.1174 0.6563 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR2049661 1 0.7339 -0.1773 0.512 0.048 0.384 0.056
#> SRR2049663 1 0.1284 0.6538 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2049660 3 0.5220 0.2754 0.424 0.000 0.568 0.008
#> SRR2049662 1 0.1724 0.6515 0.948 0.000 0.032 0.020
#> SRR2049659 2 0.1284 0.7787 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR2049657 1 0.0817 0.6673 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049658 1 0.5289 0.2386 0.636 0.020 0.344 0.000
#> SRR2049655 3 0.5788 0.4300 0.240 0.028 0.700 0.032
#> SRR2049656 1 0.0657 0.6671 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049654 1 0.0376 0.6663 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049652 1 0.3444 0.5754 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR2049653 2 0.1820 0.7803 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR2049649 1 0.1004 0.6692 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2049650 1 0.3528 0.5715 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR2049651 2 0.6108 -0.4626 0.000 0.528 0.048 0.424
#> SRR2049647 1 0.3791 0.5434 0.796 0.004 0.200 0.000
#> SRR2049648 3 0.5167 0.1393 0.488 0.000 0.508 0.004
#> SRR2049646 2 0.2319 0.7704 0.000 0.924 0.036 0.040
#> SRR2049644 1 0.8138 -0.4367 0.420 0.112 0.416 0.052
#> SRR2049645 1 0.0707 0.6664 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049643 3 0.5000 0.1359 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR2049641 1 0.5540 0.2879 0.648 0.028 0.320 0.004
#> SRR2049639 4 0.5231 0.0000 0.000 0.296 0.028 0.676
#> SRR2049638 1 0.3495 0.5673 0.844 0.000 0.140 0.016
#> SRR2049640 3 0.5387 0.3520 0.400 0.000 0.584 0.016
#> SRR2049636 2 0.0707 0.7767 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049635 1 0.1557 0.6650 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049637 2 0.0657 0.7788 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2049634 1 0.1716 0.6552 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049633 1 0.9260 -0.4354 0.344 0.240 0.332 0.084
#> SRR2049632 2 0.6326 0.5550 0.004 0.672 0.180 0.144
#> SRR2049631 2 0.2319 0.7704 0.000 0.924 0.036 0.040
#> SRR2049630 2 0.6633 0.4702 0.080 0.656 0.236 0.028
#> SRR2049628 3 0.6105 0.2799 0.476 0.036 0.484 0.004
#> SRR2049629 2 0.6326 0.5550 0.004 0.672 0.180 0.144
#> SRR2049627 3 0.5893 0.3964 0.372 0.008 0.592 0.028
#> SRR2049626 1 0.2675 0.6501 0.892 0.000 0.100 0.008
#> SRR2049625 3 0.6777 0.3546 0.456 0.080 0.460 0.004
#> SRR2049624 1 0.2722 0.6316 0.904 0.000 0.032 0.064
#> SRR2049623 1 0.5846 0.1074 0.592 0.032 0.372 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 1 0.4698 -0.0800 0.520 0.000 0.468 0.008 0.004
#> SRR2049621 2 0.1915 0.8001 0.000 0.928 0.040 0.032 0.000
#> SRR2049622 1 0.4695 -0.0681 0.524 0.000 0.464 0.008 0.004
#> SRR2049620 3 0.8159 0.4847 0.328 0.156 0.360 0.156 0.000
#> SRR2049619 1 0.0162 0.6749 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049618 1 0.8509 -0.3888 0.320 0.208 0.208 0.264 0.000
#> SRR2049617 2 0.2179 0.7842 0.000 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR2049616 1 0.1612 0.6588 0.948 0.000 0.024 0.016 0.012
#> SRR2049615 2 0.5775 0.5318 0.016 0.612 0.056 0.308 0.008
#> SRR2049614 2 0.5337 0.6303 0.020 0.700 0.216 0.056 0.008
#> SRR2049613 2 0.5337 0.6303 0.020 0.700 0.216 0.056 0.008
#> SRR2049612 1 0.1430 0.6677 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR2049611 3 0.4961 0.1756 0.448 0.000 0.524 0.028 0.000
#> SRR2049610 2 0.1894 0.7898 0.000 0.920 0.000 0.072 0.008
#> SRR2049609 1 0.0794 0.6750 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.8393 -0.4520 0.324 0.180 0.308 0.188 0.000
#> SRR2049607 3 0.8462 0.4720 0.264 0.232 0.328 0.176 0.000
#> SRR2049606 1 0.3455 0.5293 0.784 0.000 0.208 0.008 0.000
#> SRR2049605 3 0.6168 0.4187 0.440 0.016 0.460 0.084 0.000
#> SRR2049604 3 0.4905 0.2169 0.464 0.000 0.516 0.012 0.008
#> SRR2049603 1 0.1357 0.6743 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR2049602 1 0.1430 0.6737 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR2049601 1 0.1357 0.6743 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR2049600 1 0.1267 0.6617 0.960 0.000 0.024 0.004 0.012
#> SRR2049599 1 0.4449 0.2520 0.636 0.000 0.352 0.008 0.004
#> SRR2049598 1 0.4675 -0.0123 0.544 0.000 0.444 0.008 0.004
#> SRR2049597 1 0.0865 0.6745 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR2049596 1 0.4564 0.1588 0.600 0.000 0.388 0.008 0.004
#> SRR2049595 3 0.7016 0.5091 0.392 0.068 0.448 0.092 0.000
#> SRR2049594 1 0.3067 0.5898 0.844 0.000 0.140 0.012 0.004
#> SRR2049593 1 0.4695 -0.0707 0.524 0.000 0.464 0.008 0.004
#> SRR2049592 1 0.0703 0.6763 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0794 0.6750 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0794 0.6750 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0794 0.6750 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0609 0.6751 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.7016 0.5091 0.392 0.068 0.448 0.092 0.000
#> SRR2049585 1 0.2719 0.6070 0.852 0.000 0.144 0.004 0.000
#> SRR2049584 1 0.4564 0.1588 0.600 0.000 0.388 0.008 0.004
#> SRR2049583 1 0.0609 0.6751 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.2438 0.7989 0.000 0.900 0.040 0.060 0.000
#> SRR2049788 2 0.2520 0.7852 0.004 0.888 0.012 0.096 0.000
#> SRR2049787 2 0.4231 0.7315 0.020 0.796 0.132 0.052 0.000
#> SRR2049786 2 0.5046 0.6388 0.008 0.708 0.216 0.064 0.004
#> SRR2049785 2 0.2124 0.7852 0.000 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR2049784 1 0.4875 0.2496 0.632 0.024 0.336 0.008 0.000
#> SRR2049783 2 0.5575 0.5979 0.044 0.672 0.232 0.052 0.000
#> SRR2049782 2 0.1410 0.7986 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049781 2 0.2124 0.7852 0.000 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR2049780 2 0.5628 0.3544 0.000 0.508 0.064 0.424 0.004
#> SRR2049779 2 0.5628 0.6399 0.048 0.704 0.148 0.100 0.000
#> SRR2049778 1 0.5016 0.2607 0.616 0.000 0.344 0.036 0.004
#> SRR2049777 3 0.7748 0.3012 0.140 0.336 0.416 0.108 0.000
#> SRR2049776 1 0.4961 0.1841 0.608 0.024 0.360 0.008 0.000
#> SRR2049775 2 0.1952 0.7884 0.000 0.912 0.004 0.084 0.000
#> SRR2049774 1 0.4387 0.2655 0.640 0.000 0.348 0.012 0.000
#> SRR2049773 2 0.5252 0.6700 0.032 0.728 0.144 0.096 0.000
#> SRR2049772 1 0.4698 -0.0800 0.520 0.000 0.468 0.008 0.004
#> SRR2049771 2 0.6444 0.4423 0.016 0.552 0.124 0.304 0.004
#> SRR2049770 3 0.6296 0.4870 0.280 0.096 0.588 0.036 0.000
#> SRR2049769 2 0.1410 0.7986 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049768 2 0.1043 0.7987 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049767 3 0.7426 0.5395 0.336 0.100 0.456 0.108 0.000
#> SRR2049766 1 0.5365 0.3842 0.688 0.016 0.224 0.068 0.004
#> SRR2049765 2 0.5083 0.5904 0.000 0.652 0.068 0.280 0.000
#> SRR2049764 2 0.3767 0.7492 0.000 0.812 0.120 0.068 0.000
#> SRR2049763 2 0.2179 0.7909 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR2049762 2 0.1956 0.7877 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2049761 2 0.1043 0.7998 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049760 1 0.1393 0.6676 0.956 0.000 0.024 0.012 0.008
#> SRR2049759 2 0.2339 0.7830 0.000 0.892 0.004 0.100 0.004
#> SRR2049758 1 0.1507 0.6598 0.952 0.000 0.024 0.012 0.012
#> SRR2049756 1 0.1357 0.6743 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR2049755 2 0.8356 -0.0391 0.196 0.336 0.136 0.328 0.004
#> SRR2049757 2 0.6994 0.3977 0.076 0.552 0.252 0.120 0.000
#> SRR2049754 1 0.4999 0.2019 0.616 0.028 0.348 0.008 0.000
#> SRR2049752 1 0.4661 0.2225 0.624 0.004 0.356 0.016 0.000
#> SRR2049751 2 0.4093 0.7390 0.020 0.808 0.120 0.052 0.000
#> SRR2049749 2 0.4728 0.6491 0.000 0.700 0.060 0.240 0.000
#> SRR2049753 2 0.1560 0.8037 0.004 0.948 0.028 0.020 0.000
#> SRR2049750 3 0.6352 0.3782 0.176 0.132 0.636 0.056 0.000
#> SRR2049748 2 0.5329 0.6615 0.040 0.720 0.164 0.076 0.000
#> SRR2049744 1 0.4675 -0.0132 0.544 0.000 0.444 0.008 0.004
#> SRR2049743 2 0.5628 0.3544 0.000 0.508 0.064 0.424 0.004
#> SRR2049745 1 0.0703 0.6756 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0880 0.6749 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.5215 0.0696 0.580 0.016 0.380 0.024 0.000
#> SRR2049741 1 0.5551 -0.2803 0.484 0.016 0.464 0.036 0.000
#> SRR2049738 2 0.0865 0.8022 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR2049737 1 0.5215 0.0696 0.580 0.016 0.380 0.024 0.000
#> SRR2049739 2 0.4825 0.7045 0.020 0.756 0.132 0.092 0.000
#> SRR2049740 3 0.6654 0.5072 0.388 0.044 0.480 0.088 0.000
#> SRR2049736 1 0.7237 -0.4393 0.420 0.052 0.384 0.144 0.000
#> SRR2049735 2 0.0865 0.8022 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR2049732 1 0.1701 0.6589 0.944 0.000 0.028 0.016 0.012
#> SRR2049730 1 0.5012 0.2330 0.600 0.000 0.364 0.032 0.004
#> SRR2049734 2 0.2853 0.7849 0.008 0.884 0.040 0.068 0.000
#> SRR2049733 1 0.7673 -0.4665 0.396 0.088 0.364 0.152 0.000
#> SRR2049731 2 0.4554 0.7179 0.028 0.780 0.128 0.064 0.000
#> SRR2049729 1 0.4642 0.3376 0.648 0.000 0.328 0.020 0.004
#> SRR2049727 1 0.1393 0.6607 0.956 0.000 0.024 0.008 0.012
#> SRR2049728 1 0.1393 0.6607 0.956 0.000 0.024 0.008 0.012
#> SRR2049725 1 0.5016 0.2607 0.616 0.000 0.344 0.036 0.004
#> SRR2049726 2 0.2068 0.7863 0.000 0.904 0.004 0.092 0.000
#> SRR2049724 1 0.0510 0.6754 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0510 0.6754 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.4537 0.1744 0.592 0.000 0.396 0.012 0.000
#> SRR2049719 2 0.7442 0.2744 0.156 0.524 0.212 0.108 0.000
#> SRR2049722 1 0.0703 0.6758 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.1442 0.6661 0.952 0.000 0.032 0.004 0.012
#> SRR2049716 1 0.1267 0.6617 0.960 0.000 0.024 0.004 0.012
#> SRR2049718 3 0.4953 0.2470 0.156 0.040 0.748 0.056 0.000
#> SRR2049717 2 0.8282 -0.0759 0.168 0.392 0.224 0.216 0.000
#> SRR2049715 2 0.1410 0.7986 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049714 2 0.1628 0.7947 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR2049713 1 0.1492 0.6728 0.948 0.000 0.040 0.004 0.008
#> SRR2049712 3 0.7814 0.5139 0.336 0.168 0.400 0.096 0.000
#> SRR2049711 2 0.1956 0.7877 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2049710 2 0.2074 0.7972 0.000 0.920 0.016 0.060 0.004
#> SRR2049709 1 0.1059 0.6652 0.968 0.000 0.020 0.004 0.008
#> SRR2049707 2 0.1628 0.7947 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR2049708 1 0.0703 0.6760 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.6739 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0794 0.6750 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.6739 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.1956 0.7877 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2049703 3 0.6640 0.4696 0.420 0.036 0.448 0.096 0.000
#> SRR2049700 1 0.8517 -0.4222 0.344 0.164 0.272 0.216 0.004
#> SRR2049701 1 0.2818 0.6303 0.856 0.000 0.132 0.012 0.000
#> SRR2049699 3 0.6208 0.4317 0.436 0.016 0.460 0.088 0.000
#> SRR2049697 2 0.2141 0.7999 0.000 0.916 0.016 0.064 0.004
#> SRR2049698 1 0.4208 0.4725 0.728 0.000 0.248 0.020 0.004
#> SRR2049696 1 0.1914 0.6637 0.928 0.000 0.056 0.008 0.008
#> SRR2049694 1 0.4015 0.4501 0.724 0.004 0.264 0.008 0.000
#> SRR2049693 2 0.1628 0.7947 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR2049695 2 0.1956 0.7877 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2049691 1 0.2291 0.6650 0.908 0.000 0.072 0.008 0.012
#> SRR2049692 1 0.7658 -0.4651 0.396 0.084 0.364 0.156 0.000
#> SRR2049689 2 0.1956 0.7877 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2049690 1 0.0609 0.6763 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.6986 -0.2480 0.508 0.052 0.312 0.128 0.000
#> SRR2049687 2 0.1956 0.7877 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2049686 1 0.1830 0.6646 0.932 0.000 0.052 0.004 0.012
#> SRR2049685 2 0.1798 0.7945 0.000 0.928 0.004 0.064 0.004
#> SRR2049684 3 0.6640 0.4696 0.420 0.036 0.448 0.096 0.000
#> SRR2049683 2 0.1956 0.7877 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2049682 3 0.6483 0.4388 0.436 0.036 0.448 0.080 0.000
#> SRR2049680 3 0.7908 0.5114 0.316 0.192 0.396 0.096 0.000
#> SRR2049681 2 0.5488 0.6501 0.028 0.696 0.184 0.092 0.000
#> SRR2049678 2 0.1798 0.7945 0.000 0.928 0.004 0.064 0.004
#> SRR2049679 2 0.1956 0.7877 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2049676 2 0.1697 0.7931 0.000 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR2049675 1 0.2731 0.6425 0.876 0.000 0.104 0.016 0.004
#> SRR2049677 2 0.2728 0.7957 0.000 0.888 0.040 0.068 0.004
#> SRR2049674 3 0.6439 0.4595 0.424 0.024 0.456 0.096 0.000
#> SRR2049672 2 0.1956 0.7877 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2049671 2 0.1956 0.7877 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2049673 1 0.4100 0.5515 0.784 0.000 0.160 0.052 0.004
#> SRR2049670 2 0.1956 0.7877 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR2049668 1 0.5680 0.2877 0.656 0.000 0.160 0.176 0.008
#> SRR2049669 2 0.1697 0.7931 0.000 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR2049667 1 0.1701 0.6589 0.944 0.000 0.028 0.016 0.012
#> SRR2049666 3 0.8505 0.4510 0.260 0.264 0.300 0.176 0.000
#> SRR2049665 3 0.7306 -0.0271 0.104 0.356 0.452 0.088 0.000
#> SRR2049664 1 0.1059 0.6652 0.968 0.000 0.020 0.004 0.008
#> SRR2049661 1 0.7059 -0.3055 0.464 0.032 0.368 0.128 0.008
#> SRR2049663 1 0.1612 0.6588 0.948 0.000 0.024 0.016 0.012
#> SRR2049660 3 0.4655 0.3836 0.312 0.000 0.660 0.024 0.004
#> SRR2049662 1 0.2060 0.6534 0.928 0.000 0.036 0.024 0.012
#> SRR2049659 2 0.1924 0.7989 0.000 0.924 0.008 0.064 0.004
#> SRR2049657 1 0.0771 0.6760 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR2049658 1 0.5292 0.0462 0.576 0.016 0.380 0.028 0.000
#> SRR2049655 3 0.3900 0.1841 0.108 0.000 0.816 0.068 0.008
#> SRR2049656 1 0.0794 0.6750 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0162 0.6749 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.3519 0.5567 0.776 0.000 0.216 0.008 0.000
#> SRR2049653 2 0.2332 0.8002 0.000 0.904 0.016 0.076 0.004
#> SRR2049649 1 0.0794 0.6784 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.3551 0.5584 0.772 0.000 0.220 0.008 0.000
#> SRR2049651 4 0.6526 0.0000 0.000 0.128 0.016 0.476 0.380
#> SRR2049647 1 0.3797 0.5012 0.756 0.004 0.232 0.008 0.000
#> SRR2049648 3 0.4789 0.2693 0.392 0.000 0.584 0.024 0.000
#> SRR2049646 2 0.1608 0.7929 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049644 1 0.7800 -0.4925 0.372 0.088 0.364 0.176 0.000
#> SRR2049645 1 0.1043 0.6744 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2049643 3 0.4808 0.2873 0.400 0.000 0.576 0.024 0.000
#> SRR2049641 1 0.5064 0.1466 0.596 0.028 0.368 0.008 0.000
#> SRR2049639 5 0.0854 0.0000 0.000 0.012 0.008 0.004 0.976
#> SRR2049638 1 0.3639 0.5519 0.808 0.000 0.164 0.020 0.008
#> SRR2049640 3 0.4832 0.4615 0.292 0.000 0.668 0.032 0.008
#> SRR2049636 2 0.0963 0.7998 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049635 1 0.1557 0.6735 0.940 0.000 0.052 0.008 0.000
#> SRR2049637 2 0.0771 0.8016 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR2049634 1 0.1704 0.6618 0.928 0.000 0.068 0.004 0.000
#> SRR2049633 1 0.8542 -0.4035 0.312 0.208 0.232 0.248 0.000
#> SRR2049632 2 0.5500 0.5641 0.004 0.628 0.072 0.292 0.004
#> SRR2049631 2 0.1608 0.7929 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049630 2 0.6286 0.5551 0.072 0.648 0.176 0.104 0.000
#> SRR2049628 3 0.6145 0.4715 0.408 0.016 0.492 0.084 0.000
#> SRR2049629 2 0.5500 0.5641 0.004 0.628 0.072 0.292 0.004
#> SRR2049627 3 0.4976 0.4757 0.264 0.004 0.684 0.040 0.008
#> SRR2049626 1 0.2753 0.6565 0.876 0.000 0.104 0.012 0.008
#> SRR2049625 3 0.6874 0.4996 0.400 0.056 0.452 0.092 0.000
#> SRR2049624 1 0.2868 0.6343 0.884 0.000 0.032 0.072 0.012
#> SRR2049623 1 0.5783 -0.0731 0.544 0.020 0.384 0.052 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 3 0.5837 0.07304 0.340 0.000 0.460 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049621 2 0.2046 0.81149 0.000 0.908 0.060 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049622 3 0.5844 0.06946 0.344 0.000 0.456 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049620 3 0.4931 0.42834 0.052 0.108 0.748 0.000 0.068 0.024
#> SRR2049619 1 0.0692 0.77898 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049618 3 0.6467 0.28933 0.056 0.152 0.580 0.000 0.192 0.020
#> SRR2049617 2 0.2920 0.79527 0.000 0.844 0.020 0.000 0.128 0.008
#> SRR2049616 1 0.2002 0.74861 0.916 0.000 0.020 0.000 0.008 0.056
#> SRR2049615 2 0.6212 0.50334 0.008 0.528 0.100 0.004 0.324 0.036
#> SRR2049614 2 0.5844 0.64219 0.004 0.636 0.140 0.000 0.060 0.160
#> SRR2049613 2 0.5844 0.64219 0.004 0.636 0.140 0.000 0.060 0.160
#> SRR2049612 1 0.1918 0.76470 0.904 0.000 0.088 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049611 6 0.5895 0.43662 0.356 0.000 0.208 0.000 0.000 0.436
#> SRR2049610 2 0.1881 0.80151 0.000 0.928 0.008 0.040 0.020 0.004
#> SRR2049609 1 0.1196 0.78029 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049608 3 0.5654 0.38002 0.068 0.132 0.676 0.000 0.112 0.012
#> SRR2049607 3 0.5358 0.35626 0.040 0.176 0.688 0.000 0.080 0.016
#> SRR2049606 1 0.4538 0.44144 0.624 0.000 0.324 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049605 3 0.2985 0.46577 0.116 0.000 0.844 0.000 0.004 0.036
#> SRR2049604 3 0.5764 0.08393 0.264 0.000 0.508 0.000 0.000 0.228
#> SRR2049603 1 0.1890 0.77593 0.916 0.000 0.060 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049602 1 0.2009 0.77401 0.908 0.000 0.068 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049601 1 0.1807 0.77653 0.920 0.000 0.060 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049600 1 0.1442 0.76247 0.944 0.000 0.012 0.000 0.004 0.040
#> SRR2049599 1 0.5544 0.12656 0.500 0.000 0.356 0.000 0.000 0.144
#> SRR2049598 3 0.5796 0.06310 0.388 0.000 0.432 0.000 0.000 0.180
#> SRR2049597 1 0.1148 0.78044 0.960 0.000 0.016 0.000 0.004 0.020
#> SRR2049596 1 0.5701 0.00498 0.460 0.000 0.376 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049595 3 0.3878 0.46582 0.136 0.036 0.796 0.000 0.004 0.028
#> SRR2049594 1 0.3242 0.68433 0.816 0.000 0.032 0.000 0.004 0.148
#> SRR2049593 3 0.5811 0.09220 0.336 0.000 0.468 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049592 1 0.1082 0.78072 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049591 1 0.1196 0.78029 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049590 1 0.1196 0.78029 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049589 1 0.1196 0.78029 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049588 1 0.1082 0.78021 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049586 3 0.3878 0.46582 0.136 0.036 0.796 0.000 0.004 0.028
#> SRR2049585 1 0.3679 0.64046 0.760 0.000 0.200 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049584 1 0.5701 0.00498 0.460 0.000 0.376 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049583 1 0.1010 0.77978 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049789 2 0.3244 0.80996 0.000 0.860 0.048 0.020 0.056 0.016
#> SRR2049788 2 0.3084 0.79394 0.000 0.832 0.032 0.000 0.132 0.004
#> SRR2049787 2 0.3806 0.74475 0.004 0.780 0.172 0.000 0.032 0.012
#> SRR2049786 2 0.5770 0.64539 0.004 0.644 0.128 0.000 0.060 0.164
#> SRR2049785 2 0.2877 0.79631 0.000 0.848 0.020 0.000 0.124 0.008
#> SRR2049784 1 0.5630 0.21901 0.532 0.008 0.344 0.000 0.004 0.112
#> SRR2049783 2 0.4807 0.61208 0.004 0.632 0.312 0.000 0.036 0.016
#> SRR2049782 2 0.2033 0.81129 0.000 0.916 0.004 0.020 0.056 0.004
#> SRR2049781 2 0.2877 0.79631 0.000 0.848 0.020 0.000 0.124 0.008
#> SRR2049780 2 0.6077 0.34213 0.000 0.436 0.136 0.000 0.404 0.024
#> SRR2049779 2 0.5196 0.64506 0.000 0.644 0.244 0.000 0.088 0.024
#> SRR2049778 1 0.5801 0.08925 0.504 0.000 0.180 0.000 0.004 0.312
#> SRR2049777 3 0.4497 0.23402 0.012 0.284 0.672 0.000 0.024 0.008
#> SRR2049776 1 0.5755 0.11430 0.496 0.004 0.360 0.000 0.004 0.136
#> SRR2049775 2 0.2723 0.79862 0.000 0.856 0.020 0.000 0.120 0.004
#> SRR2049774 3 0.5335 0.11805 0.400 0.000 0.492 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049773 2 0.5104 0.67300 0.000 0.668 0.216 0.000 0.088 0.028
#> SRR2049772 3 0.5837 0.07304 0.340 0.000 0.460 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049771 2 0.6836 0.41238 0.004 0.468 0.120 0.000 0.308 0.100
#> SRR2049770 3 0.6893 -0.19219 0.136 0.056 0.456 0.000 0.020 0.332
#> SRR2049769 2 0.2033 0.81129 0.000 0.916 0.004 0.020 0.056 0.004
#> SRR2049768 2 0.2086 0.81104 0.000 0.912 0.012 0.008 0.064 0.004
#> SRR2049767 3 0.3737 0.45601 0.048 0.064 0.832 0.000 0.016 0.040
#> SRR2049766 1 0.5732 0.00120 0.488 0.008 0.416 0.000 0.036 0.052
#> SRR2049765 2 0.5628 0.57000 0.000 0.564 0.124 0.000 0.296 0.016
#> SRR2049764 2 0.4771 0.74618 0.000 0.740 0.108 0.000 0.076 0.076
#> SRR2049763 2 0.2698 0.80671 0.000 0.872 0.008 0.020 0.096 0.004
#> SRR2049762 2 0.1680 0.79895 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR2049761 2 0.1552 0.81226 0.000 0.940 0.004 0.020 0.036 0.000
#> SRR2049760 1 0.1933 0.76845 0.920 0.000 0.032 0.000 0.004 0.044
#> SRR2049759 2 0.2961 0.79416 0.000 0.840 0.020 0.000 0.132 0.008
#> SRR2049758 1 0.1826 0.76075 0.924 0.000 0.020 0.000 0.004 0.052
#> SRR2049756 1 0.1807 0.77653 0.920 0.000 0.060 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049755 3 0.7219 0.04418 0.040 0.280 0.392 0.000 0.264 0.024
#> SRR2049757 2 0.5636 0.32307 0.000 0.476 0.412 0.000 0.096 0.016
#> SRR2049754 1 0.5700 0.10733 0.496 0.008 0.380 0.000 0.004 0.112
#> SRR2049752 1 0.5469 -0.06336 0.468 0.000 0.408 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049751 2 0.3565 0.75137 0.004 0.792 0.168 0.000 0.032 0.004
#> SRR2049749 2 0.5207 0.63797 0.000 0.628 0.108 0.000 0.252 0.012
#> SRR2049753 2 0.2036 0.81634 0.000 0.916 0.048 0.008 0.028 0.000
#> SRR2049750 6 0.6870 0.37086 0.076 0.100 0.316 0.000 0.024 0.484
#> SRR2049748 2 0.5269 0.66463 0.004 0.656 0.236 0.000 0.064 0.040
#> SRR2049744 3 0.5796 0.06133 0.388 0.000 0.432 0.000 0.000 0.180
#> SRR2049743 2 0.6077 0.34213 0.000 0.436 0.136 0.000 0.404 0.024
#> SRR2049745 1 0.1124 0.78097 0.956 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049747 1 0.1265 0.77943 0.948 0.000 0.044 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049742 3 0.5279 0.17112 0.416 0.008 0.500 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049741 3 0.4697 0.34680 0.224 0.008 0.684 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049738 2 0.0976 0.81446 0.000 0.968 0.008 0.008 0.016 0.000
#> SRR2049737 3 0.5279 0.17112 0.416 0.008 0.500 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049739 2 0.5209 0.69911 0.000 0.680 0.184 0.000 0.088 0.048
#> SRR2049740 3 0.4060 0.44848 0.136 0.024 0.784 0.000 0.004 0.052
#> SRR2049736 3 0.4900 0.46445 0.112 0.020 0.748 0.000 0.056 0.064
#> SRR2049735 2 0.0976 0.81446 0.000 0.968 0.008 0.008 0.016 0.000
#> SRR2049732 1 0.2265 0.74391 0.900 0.000 0.024 0.000 0.008 0.068
#> SRR2049730 1 0.5990 -0.02086 0.468 0.000 0.220 0.000 0.004 0.308
#> SRR2049734 2 0.3227 0.79699 0.000 0.840 0.052 0.000 0.096 0.012
#> SRR2049733 3 0.5434 0.45139 0.084 0.044 0.720 0.000 0.076 0.076
#> SRR2049731 2 0.4474 0.73028 0.004 0.732 0.180 0.000 0.072 0.012
#> SRR2049729 1 0.5625 0.18985 0.532 0.000 0.192 0.000 0.000 0.276
#> SRR2049727 1 0.1370 0.76377 0.948 0.000 0.012 0.000 0.004 0.036
#> SRR2049728 1 0.1442 0.76277 0.944 0.000 0.012 0.000 0.004 0.040
#> SRR2049725 1 0.5801 0.08925 0.504 0.000 0.180 0.000 0.004 0.312
#> SRR2049726 2 0.2834 0.79756 0.000 0.852 0.020 0.000 0.120 0.008
#> SRR2049724 1 0.1010 0.78040 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049723 1 0.0935 0.78022 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049720 1 0.5833 0.00863 0.492 0.000 0.252 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049719 2 0.6388 0.27360 0.028 0.468 0.388 0.000 0.080 0.036
#> SRR2049722 1 0.1082 0.78038 0.956 0.000 0.040 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049721 1 0.1555 0.77158 0.940 0.000 0.012 0.000 0.008 0.040
#> SRR2049716 1 0.1624 0.75788 0.936 0.000 0.020 0.000 0.004 0.040
#> SRR2049718 6 0.5053 0.43863 0.056 0.024 0.216 0.000 0.016 0.688
#> SRR2049717 3 0.6333 0.10780 0.012 0.320 0.492 0.000 0.156 0.020
#> SRR2049715 2 0.2033 0.81129 0.000 0.916 0.004 0.020 0.056 0.004
#> SRR2049714 2 0.1680 0.80687 0.000 0.940 0.012 0.024 0.020 0.004
#> SRR2049713 1 0.1755 0.77807 0.932 0.000 0.032 0.000 0.008 0.028
#> SRR2049712 3 0.3750 0.42273 0.044 0.132 0.804 0.000 0.012 0.008
#> SRR2049711 2 0.1680 0.79895 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR2049710 2 0.1794 0.80817 0.000 0.936 0.020 0.024 0.012 0.008
#> SRR2049709 1 0.0909 0.76977 0.968 0.000 0.012 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049707 2 0.1680 0.80687 0.000 0.940 0.012 0.024 0.020 0.004
#> SRR2049708 1 0.0972 0.78117 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049706 1 0.0547 0.77831 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.1196 0.77927 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049704 1 0.0547 0.77831 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.1680 0.79895 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR2049703 3 0.2365 0.48698 0.084 0.012 0.892 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049700 3 0.6242 0.37001 0.064 0.108 0.640 0.000 0.144 0.044
#> SRR2049701 1 0.3925 0.64303 0.744 0.000 0.200 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049699 3 0.2633 0.47829 0.112 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020
#> SRR2049697 2 0.1854 0.81175 0.000 0.932 0.028 0.020 0.016 0.004
#> SRR2049698 1 0.4428 0.52941 0.684 0.000 0.072 0.000 0.000 0.244
#> SRR2049696 1 0.1951 0.76885 0.916 0.000 0.020 0.000 0.004 0.060
#> SRR2049694 1 0.4920 0.35485 0.580 0.000 0.352 0.000 0.004 0.064
#> SRR2049693 2 0.1680 0.80687 0.000 0.940 0.012 0.024 0.020 0.004
#> SRR2049695 2 0.1680 0.79895 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR2049691 1 0.2876 0.75711 0.860 0.000 0.056 0.000 0.004 0.080
#> SRR2049692 3 0.5333 0.45683 0.084 0.044 0.728 0.000 0.072 0.072
#> SRR2049689 2 0.1680 0.79895 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR2049690 1 0.1010 0.78103 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049688 3 0.5653 0.33625 0.296 0.028 0.600 0.000 0.048 0.028
#> SRR2049687 2 0.1680 0.79895 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR2049686 1 0.2034 0.76773 0.912 0.000 0.024 0.000 0.004 0.060
#> SRR2049685 2 0.1490 0.80540 0.000 0.948 0.008 0.024 0.016 0.004
#> SRR2049684 3 0.2365 0.48698 0.084 0.012 0.892 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049683 2 0.1680 0.79895 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR2049682 3 0.2846 0.48545 0.100 0.012 0.864 0.000 0.004 0.020
#> SRR2049680 3 0.3809 0.40078 0.036 0.152 0.792 0.000 0.012 0.008
#> SRR2049681 2 0.5942 0.64605 0.004 0.620 0.204 0.000 0.084 0.088
#> SRR2049678 2 0.1490 0.80540 0.000 0.948 0.008 0.024 0.016 0.004
#> SRR2049679 2 0.1680 0.79895 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR2049676 2 0.1592 0.80543 0.000 0.944 0.012 0.024 0.016 0.004
#> SRR2049675 1 0.4130 0.56961 0.700 0.000 0.264 0.000 0.008 0.028
#> SRR2049677 2 0.2472 0.80695 0.000 0.900 0.052 0.024 0.016 0.008
#> SRR2049674 3 0.2205 0.48343 0.088 0.004 0.896 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049672 2 0.1680 0.79895 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR2049671 2 0.1680 0.79895 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR2049673 1 0.4726 0.37349 0.600 0.000 0.352 0.000 0.012 0.036
#> SRR2049670 2 0.1680 0.79895 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR2049668 3 0.6612 0.14143 0.264 0.000 0.512 0.000 0.112 0.112
#> SRR2049669 2 0.1592 0.80543 0.000 0.944 0.012 0.024 0.016 0.004
#> SRR2049667 1 0.2022 0.75140 0.916 0.000 0.024 0.000 0.008 0.052
#> SRR2049666 3 0.5812 0.32328 0.044 0.200 0.640 0.000 0.100 0.016
#> SRR2049665 6 0.7537 0.10897 0.032 0.308 0.256 0.000 0.056 0.348
#> SRR2049664 1 0.0909 0.76977 0.968 0.000 0.012 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049661 3 0.5234 0.41764 0.156 0.008 0.700 0.000 0.048 0.088
#> SRR2049663 1 0.2002 0.74861 0.916 0.000 0.020 0.000 0.008 0.056
#> SRR2049660 6 0.5697 0.49502 0.208 0.000 0.272 0.000 0.000 0.520
#> SRR2049662 1 0.2772 0.73404 0.876 0.000 0.036 0.000 0.020 0.068
#> SRR2049659 2 0.1690 0.81101 0.000 0.940 0.020 0.020 0.016 0.004
#> SRR2049657 1 0.0964 0.78138 0.968 0.000 0.016 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049658 3 0.5204 0.20319 0.392 0.008 0.528 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049655 6 0.3481 0.36560 0.012 0.000 0.228 0.000 0.004 0.756
#> SRR2049656 1 0.1196 0.78029 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049654 1 0.0692 0.77898 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049652 1 0.4931 0.51904 0.648 0.000 0.216 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049653 2 0.2106 0.81287 0.000 0.920 0.028 0.020 0.028 0.004
#> SRR2049649 1 0.1398 0.78181 0.940 0.000 0.052 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049650 1 0.4965 0.50871 0.644 0.000 0.216 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049651 4 0.1444 0.00000 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.4653 0.48952 0.644 0.000 0.292 0.000 0.004 0.060
#> SRR2049648 6 0.5830 0.49399 0.296 0.000 0.220 0.000 0.000 0.484
#> SRR2049646 2 0.2101 0.80735 0.000 0.892 0.004 0.000 0.100 0.004
#> SRR2049644 3 0.4135 0.45652 0.064 0.048 0.800 0.000 0.080 0.008
#> SRR2049645 1 0.1575 0.77827 0.936 0.000 0.032 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049643 6 0.5971 0.45527 0.304 0.000 0.252 0.000 0.000 0.444
#> SRR2049641 1 0.5770 0.06807 0.484 0.008 0.384 0.000 0.004 0.120
#> SRR2049639 5 0.5104 0.00000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.540 0.088
#> SRR2049638 1 0.4908 0.54112 0.688 0.000 0.148 0.000 0.012 0.152
#> SRR2049640 3 0.5022 -0.08915 0.076 0.000 0.528 0.000 0.000 0.396
#> SRR2049636 2 0.1478 0.81229 0.000 0.944 0.004 0.020 0.032 0.000
#> SRR2049635 1 0.2122 0.77249 0.900 0.000 0.076 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049637 2 0.1251 0.81459 0.000 0.956 0.012 0.008 0.024 0.000
#> SRR2049634 1 0.2445 0.74678 0.872 0.000 0.108 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049633 3 0.6282 0.31073 0.052 0.152 0.604 0.000 0.172 0.020
#> SRR2049632 2 0.5797 0.54603 0.004 0.540 0.132 0.000 0.312 0.012
#> SRR2049631 2 0.2101 0.80735 0.000 0.892 0.004 0.000 0.100 0.004
#> SRR2049630 2 0.5555 0.56868 0.004 0.592 0.292 0.000 0.088 0.024
#> SRR2049628 3 0.2936 0.46194 0.080 0.000 0.856 0.000 0.004 0.060
#> SRR2049629 2 0.5797 0.54603 0.004 0.540 0.132 0.000 0.312 0.012
#> SRR2049627 3 0.4778 -0.12353 0.052 0.000 0.524 0.000 0.000 0.424
#> SRR2049626 1 0.3424 0.73465 0.824 0.000 0.092 0.000 0.008 0.076
#> SRR2049625 3 0.2675 0.48413 0.080 0.024 0.880 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049624 1 0.3720 0.69534 0.816 0.000 0.036 0.000 0.056 0.092
#> SRR2049623 3 0.5374 0.25789 0.344 0.008 0.568 0.000 0.012 0.068
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.974 0.989 0.4836 0.518 0.518
#> 3 3 0.636 0.746 0.869 0.3563 0.764 0.565
#> 4 4 0.579 0.580 0.714 0.1151 0.876 0.655
#> 5 5 0.631 0.549 0.701 0.0682 0.870 0.576
#> 6 6 0.685 0.652 0.773 0.0451 0.885 0.549
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049620 1 0.2603 0.951 0.956 0.044
#> SRR2049619 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049613 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.8144 0.661 0.252 0.748
#> SRR2049607 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> SRR2049606 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR2049770 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.9795 0.280 0.416 0.584
#> SRR2049766 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049757 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.0672 0.983 0.992 0.008
#> SRR2049748 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049731 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049719 1 0.9710 0.342 0.600 0.400
#> SRR2049722 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.9661 0.346 0.608 0.392
#> SRR2049717 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.2603 0.951 0.956 0.044
#> SRR2049700 1 0.1184 0.976 0.984 0.016
#> SRR2049701 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.3879 0.918 0.924 0.076
#> SRR2049689 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.1633 0.969 0.976 0.024
#> SRR2049687 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.3733 0.922 0.928 0.072
#> SRR2049683 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> SRR2049680 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.2236 0.959 0.964 0.036
#> SRR2049665 2 0.6048 0.822 0.148 0.852
#> SRR2049664 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.2043 0.961 0.968 0.032
#> SRR2049656 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049644 1 0.2603 0.951 0.956 0.044
#> SRR2049645 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.2236 0.958 0.964 0.036
#> SRR2049629 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR2049627 1 0.2043 0.961 0.968 0.032
#> SRR2049626 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.4161 0.909 0.916 0.084
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.6299 -0.00643 0.524 0.000 0.476
#> SRR2049621 2 0.0424 0.90409 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049622 3 0.5835 0.55519 0.340 0.000 0.660
#> SRR2049620 3 0.2414 0.76421 0.020 0.040 0.940
#> SRR2049619 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049618 3 0.5656 0.43385 0.004 0.284 0.712
#> SRR2049617 2 0.0592 0.90391 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049616 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.2261 0.89137 0.000 0.932 0.068
#> SRR2049614 2 0.4605 0.81584 0.000 0.796 0.204
#> SRR2049613 2 0.5291 0.74849 0.000 0.732 0.268
#> SRR2049612 1 0.3482 0.79927 0.872 0.000 0.128
#> SRR2049611 1 0.6062 0.20643 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049610 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049609 1 0.1289 0.86302 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049608 3 0.2599 0.75804 0.016 0.052 0.932
#> SRR2049607 3 0.2414 0.76421 0.020 0.040 0.940
#> SRR2049606 3 0.6295 0.19984 0.472 0.000 0.528
#> SRR2049605 3 0.4842 0.70608 0.224 0.000 0.776
#> SRR2049604 3 0.4796 0.70982 0.220 0.000 0.780
#> SRR2049603 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049602 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049601 1 0.2165 0.85150 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049600 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.3941 0.77047 0.844 0.000 0.156
#> SRR2049598 1 0.6307 -0.06001 0.512 0.000 0.488
#> SRR2049597 1 0.0237 0.86748 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049596 1 0.4931 0.66272 0.768 0.000 0.232
#> SRR2049595 3 0.2261 0.77350 0.068 0.000 0.932
#> SRR2049594 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 3 0.5591 0.61464 0.304 0.000 0.696
#> SRR2049592 1 0.2165 0.85150 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049591 1 0.2356 0.84725 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049590 1 0.2356 0.84725 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049589 1 0.2625 0.83860 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049588 1 0.3038 0.82118 0.896 0.000 0.104
#> SRR2049586 3 0.2165 0.77358 0.064 0.000 0.936
#> SRR2049585 1 0.4887 0.66886 0.772 0.000 0.228
#> SRR2049584 1 0.5733 0.48220 0.676 0.000 0.324
#> SRR2049583 1 0.2448 0.84454 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049789 2 0.0592 0.90391 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049788 2 0.4062 0.84510 0.000 0.836 0.164
#> SRR2049787 2 0.2448 0.88832 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049786 2 0.5216 0.75774 0.000 0.740 0.260
#> SRR2049785 2 0.2066 0.89367 0.000 0.940 0.060
#> SRR2049784 3 0.6154 0.39342 0.408 0.000 0.592
#> SRR2049783 2 0.5591 0.69686 0.000 0.696 0.304
#> SRR2049782 2 0.0424 0.90409 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049781 2 0.3482 0.86459 0.000 0.872 0.128
#> SRR2049780 2 0.7480 0.31284 0.036 0.508 0.456
#> SRR2049779 2 0.4291 0.83432 0.000 0.820 0.180
#> SRR2049778 3 0.6154 0.48560 0.408 0.000 0.592
#> SRR2049777 2 0.4887 0.79239 0.000 0.772 0.228
#> SRR2049776 3 0.6026 0.47224 0.376 0.000 0.624
#> SRR2049775 2 0.2066 0.89367 0.000 0.940 0.060
#> SRR2049774 3 0.5497 0.63161 0.292 0.000 0.708
#> SRR2049773 2 0.4121 0.84270 0.000 0.832 0.168
#> SRR2049772 1 0.6299 -0.00643 0.524 0.000 0.476
#> SRR2049771 3 0.5656 0.43826 0.004 0.284 0.712
#> SRR2049770 3 0.2339 0.77183 0.048 0.012 0.940
#> SRR2049769 2 0.0424 0.90409 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049768 2 0.0424 0.90409 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049767 3 0.2200 0.75471 0.004 0.056 0.940
#> SRR2049766 1 0.6307 -0.24197 0.512 0.000 0.488
#> SRR2049765 2 0.1643 0.89834 0.000 0.956 0.044
#> SRR2049764 2 0.4121 0.84270 0.000 0.832 0.168
#> SRR2049763 2 0.0424 0.90409 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049762 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049761 2 0.0424 0.90409 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049760 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0592 0.90391 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049758 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.2165 0.85150 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049755 3 0.6359 0.09702 0.004 0.404 0.592
#> SRR2049757 2 0.4931 0.78871 0.000 0.768 0.232
#> SRR2049754 3 0.4291 0.73983 0.180 0.000 0.820
#> SRR2049752 3 0.5733 0.63229 0.324 0.000 0.676
#> SRR2049751 2 0.1163 0.90302 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049749 2 0.1411 0.90206 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049753 2 0.2066 0.89367 0.000 0.940 0.060
#> SRR2049750 3 0.2339 0.76003 0.012 0.048 0.940
#> SRR2049748 2 0.4291 0.83432 0.000 0.820 0.180
#> SRR2049744 3 0.6302 0.16767 0.480 0.000 0.520
#> SRR2049743 2 0.5158 0.78673 0.004 0.764 0.232
#> SRR2049745 1 0.2356 0.84725 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049747 1 0.2356 0.84725 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049742 3 0.5254 0.66679 0.264 0.000 0.736
#> SRR2049741 3 0.4121 0.74656 0.168 0.000 0.832
#> SRR2049738 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 3 0.4842 0.70608 0.224 0.000 0.776
#> SRR2049739 2 0.3816 0.85447 0.000 0.852 0.148
#> SRR2049740 3 0.2448 0.77300 0.076 0.000 0.924
#> SRR2049736 3 0.2261 0.77354 0.068 0.000 0.932
#> SRR2049735 2 0.0424 0.90409 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049732 1 0.0237 0.86748 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049730 3 0.5882 0.54275 0.348 0.000 0.652
#> SRR2049734 2 0.4121 0.84262 0.000 0.832 0.168
#> SRR2049733 3 0.2066 0.77333 0.060 0.000 0.940
#> SRR2049731 2 0.4346 0.83163 0.000 0.816 0.184
#> SRR2049729 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049727 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 3 0.6204 0.45164 0.424 0.000 0.576
#> SRR2049726 2 0.0592 0.90391 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049724 1 0.2066 0.85329 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049723 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049720 1 0.6235 0.01515 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049719 3 0.4047 0.67783 0.004 0.148 0.848
#> SRR2049722 1 0.2356 0.84725 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049721 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 3 0.2434 0.76603 0.024 0.036 0.940
#> SRR2049717 3 0.6299 -0.17909 0.000 0.476 0.524
#> SRR2049715 2 0.0000 0.90338 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049713 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 3 0.2959 0.69858 0.000 0.100 0.900
#> SRR2049711 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049710 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049709 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049708 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049706 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049705 1 0.2165 0.85150 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049704 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049703 3 0.3752 0.74968 0.144 0.000 0.856
#> SRR2049700 3 0.4930 0.72340 0.120 0.044 0.836
#> SRR2049701 1 0.3879 0.77126 0.848 0.000 0.152
#> SRR2049699 3 0.4291 0.74031 0.180 0.000 0.820
#> SRR2049697 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049698 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049696 1 0.0237 0.86748 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049694 3 0.4504 0.73058 0.196 0.000 0.804
#> SRR2049693 2 0.1964 0.89650 0.000 0.944 0.056
#> SRR2049695 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049691 1 0.2537 0.81687 0.920 0.000 0.080
#> SRR2049692 3 0.2339 0.75985 0.012 0.048 0.940
#> SRR2049689 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049690 1 0.1643 0.85941 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049688 3 0.5047 0.75652 0.140 0.036 0.824
#> SRR2049687 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049686 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049684 3 0.1315 0.76342 0.020 0.008 0.972
#> SRR2049683 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049682 3 0.3816 0.75057 0.148 0.000 0.852
#> SRR2049680 3 0.3619 0.65487 0.000 0.136 0.864
#> SRR2049681 2 0.4399 0.82832 0.000 0.812 0.188
#> SRR2049678 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049679 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049676 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049675 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.1753 0.89680 0.000 0.952 0.048
#> SRR2049674 3 0.4291 0.74031 0.180 0.000 0.820
#> SRR2049672 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049671 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049673 3 0.5650 0.64092 0.312 0.000 0.688
#> SRR2049670 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049668 1 0.6305 -0.21636 0.516 0.000 0.484
#> SRR2049669 2 0.1860 0.89582 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049667 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.2414 0.76421 0.020 0.040 0.940
#> SRR2049665 3 0.2165 0.75008 0.000 0.064 0.936
#> SRR2049664 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.5465 0.66595 0.288 0.000 0.712
#> SRR2049663 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 3 0.6126 0.41509 0.400 0.000 0.600
#> SRR2049662 1 0.0237 0.86748 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049659 2 0.1643 0.89766 0.000 0.956 0.044
#> SRR2049657 1 0.0000 0.86956 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.5254 0.66655 0.264 0.000 0.736
#> SRR2049655 3 0.2448 0.77300 0.076 0.000 0.924
#> SRR2049656 1 0.2878 0.82858 0.904 0.000 0.096
#> SRR2049654 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049652 1 0.5859 0.40362 0.656 0.000 0.344
#> SRR2049653 2 0.0592 0.90391 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049649 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049650 3 0.5650 0.62238 0.312 0.000 0.688
#> SRR2049651 2 0.0892 0.90365 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049647 1 0.5058 0.64674 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049648 1 0.2878 0.80888 0.904 0.000 0.096
#> SRR2049646 2 0.4178 0.84002 0.000 0.828 0.172
#> SRR2049644 3 0.2569 0.76703 0.032 0.032 0.936
#> SRR2049645 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049643 3 0.6140 0.40434 0.404 0.000 0.596
#> SRR2049641 3 0.6140 0.40205 0.404 0.000 0.596
#> SRR2049639 2 0.4399 0.83349 0.000 0.812 0.188
#> SRR2049638 1 0.4796 0.61368 0.780 0.000 0.220
#> SRR2049640 3 0.5560 0.62058 0.300 0.000 0.700
#> SRR2049636 2 0.0424 0.90409 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049635 1 0.0237 0.87008 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049637 2 0.0424 0.90409 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049634 1 0.6302 -0.02946 0.520 0.000 0.480
#> SRR2049633 3 0.4842 0.50970 0.000 0.224 0.776
#> SRR2049632 2 0.6495 0.35991 0.004 0.536 0.460
#> SRR2049631 2 0.0424 0.90409 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049630 2 0.5591 0.68492 0.000 0.696 0.304
#> SRR2049628 3 0.1163 0.76575 0.028 0.000 0.972
#> SRR2049629 2 0.5098 0.77136 0.000 0.752 0.248
#> SRR2049627 3 0.2165 0.77358 0.064 0.000 0.936
#> SRR2049626 1 0.0592 0.86481 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049625 3 0.2448 0.77309 0.076 0.000 0.924
#> SRR2049624 1 0.0237 0.86748 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049623 3 0.2434 0.76582 0.024 0.036 0.940
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 3 0.5346 0.6370 0.076 0.192 0.732 0.000
#> SRR2049621 4 0.4967 -0.1916 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2049622 3 0.4996 0.6576 0.056 0.192 0.752 0.000
#> SRR2049620 3 0.3266 0.7301 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR2049619 1 0.4466 0.7715 0.784 0.180 0.036 0.000
#> SRR2049618 3 0.5907 0.3635 0.004 0.392 0.572 0.032
#> SRR2049617 4 0.4994 -0.3114 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR2049616 1 0.0336 0.7641 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.5366 0.4711 0.000 0.548 0.012 0.440
#> SRR2049614 2 0.6553 0.6226 0.000 0.584 0.100 0.316
#> SRR2049613 2 0.6469 0.5639 0.000 0.644 0.164 0.192
#> SRR2049612 1 0.7180 0.5664 0.548 0.188 0.264 0.000
#> SRR2049611 1 0.7504 -0.0586 0.464 0.192 0.344 0.000
#> SRR2049610 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.5836 0.7411 0.700 0.188 0.112 0.000
#> SRR2049608 3 0.3764 0.7048 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR2049607 3 0.3356 0.7251 0.000 0.176 0.824 0.000
#> SRR2049606 3 0.5355 0.6273 0.084 0.180 0.736 0.000
#> SRR2049605 3 0.1820 0.7633 0.020 0.036 0.944 0.000
#> SRR2049604 3 0.4079 0.6924 0.020 0.180 0.800 0.000
#> SRR2049603 1 0.3142 0.7812 0.860 0.132 0.008 0.000
#> SRR2049602 1 0.3390 0.7813 0.852 0.132 0.016 0.000
#> SRR2049601 1 0.5990 0.7351 0.688 0.188 0.124 0.000
#> SRR2049600 1 0.0592 0.7690 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.7407 0.5202 0.508 0.204 0.288 0.000
#> SRR2049598 3 0.5212 0.6456 0.068 0.192 0.740 0.000
#> SRR2049597 1 0.1890 0.7689 0.936 0.056 0.008 0.000
#> SRR2049596 1 0.7537 0.3973 0.456 0.196 0.348 0.000
#> SRR2049595 3 0.1743 0.7769 0.004 0.056 0.940 0.000
#> SRR2049594 1 0.2796 0.7202 0.892 0.092 0.016 0.000
#> SRR2049593 3 0.4553 0.6763 0.040 0.180 0.780 0.000
#> SRR2049592 1 0.5990 0.7351 0.688 0.188 0.124 0.000
#> SRR2049591 1 0.6039 0.7320 0.684 0.188 0.128 0.000
#> SRR2049590 1 0.6039 0.7320 0.684 0.188 0.128 0.000
#> SRR2049589 1 0.6433 0.6981 0.648 0.188 0.164 0.000
#> SRR2049588 1 0.6788 0.6530 0.608 0.188 0.204 0.000
#> SRR2049586 3 0.1867 0.7709 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049585 1 0.7478 0.4124 0.468 0.188 0.344 0.000
#> SRR2049584 3 0.7504 -0.0706 0.344 0.192 0.464 0.000
#> SRR2049583 1 0.5990 0.7351 0.688 0.188 0.124 0.000
#> SRR2049789 4 0.4916 -0.0755 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR2049788 2 0.5744 0.5849 0.000 0.536 0.028 0.436
#> SRR2049787 2 0.5155 0.5089 0.000 0.528 0.004 0.468
#> SRR2049786 2 0.6374 0.6067 0.000 0.644 0.128 0.228
#> SRR2049785 2 0.5155 0.5089 0.000 0.528 0.004 0.468
#> SRR2049784 3 0.5022 0.6769 0.044 0.220 0.736 0.000
#> SRR2049783 2 0.7200 0.5579 0.000 0.552 0.220 0.228
#> SRR2049782 4 0.4500 0.3010 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR2049781 2 0.5277 0.5332 0.000 0.532 0.008 0.460
#> SRR2049780 2 0.6551 0.5099 0.020 0.664 0.220 0.096
#> SRR2049779 2 0.6094 0.6093 0.000 0.536 0.048 0.416
#> SRR2049778 3 0.7591 0.3385 0.340 0.208 0.452 0.000
#> SRR2049777 2 0.7120 0.6187 0.000 0.524 0.148 0.328
#> SRR2049776 3 0.4511 0.6993 0.040 0.176 0.784 0.000
#> SRR2049775 2 0.5155 0.5089 0.000 0.528 0.004 0.468
#> SRR2049774 3 0.3581 0.7276 0.032 0.116 0.852 0.000
#> SRR2049773 2 0.5581 0.5652 0.000 0.532 0.020 0.448
#> SRR2049772 3 0.5609 0.6049 0.088 0.200 0.712 0.000
#> SRR2049771 2 0.5533 0.4916 0.000 0.708 0.220 0.072
#> SRR2049770 3 0.4008 0.7399 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR2049769 4 0.4933 -0.1032 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR2049768 4 0.4948 -0.1367 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR2049767 3 0.3266 0.7284 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR2049766 3 0.6211 0.2390 0.460 0.052 0.488 0.000
#> SRR2049765 2 0.5143 0.4387 0.000 0.540 0.004 0.456
#> SRR2049764 2 0.5466 0.5751 0.000 0.548 0.016 0.436
#> SRR2049763 4 0.4500 0.3010 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR2049762 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 4 0.4500 0.3010 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR2049760 1 0.1209 0.7557 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR2049759 4 0.4999 -0.3672 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049758 1 0.0336 0.7641 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.5990 0.7351 0.688 0.188 0.124 0.000
#> SRR2049755 2 0.5859 0.4706 0.000 0.652 0.284 0.064
#> SRR2049757 2 0.6729 0.6397 0.000 0.572 0.116 0.312
#> SRR2049754 3 0.2300 0.7746 0.016 0.064 0.920 0.000
#> SRR2049752 3 0.6621 0.6011 0.184 0.188 0.628 0.000
#> SRR2049751 4 0.5088 -0.1003 0.000 0.424 0.004 0.572
#> SRR2049749 4 0.4697 0.1780 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR2049753 2 0.5399 0.4976 0.000 0.520 0.012 0.468
#> SRR2049750 3 0.4382 0.7065 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR2049748 2 0.5800 0.6069 0.000 0.548 0.032 0.420
#> SRR2049744 3 0.5142 0.6495 0.064 0.192 0.744 0.000
#> SRR2049743 2 0.5859 0.6303 0.000 0.652 0.064 0.284
#> SRR2049745 1 0.5990 0.7351 0.688 0.188 0.124 0.000
#> SRR2049747 1 0.5990 0.7351 0.688 0.188 0.124 0.000
#> SRR2049742 3 0.4100 0.7079 0.036 0.148 0.816 0.000
#> SRR2049741 3 0.0937 0.7752 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR2049738 4 0.4454 0.3169 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR2049737 3 0.3764 0.7322 0.012 0.172 0.816 0.000
#> SRR2049739 2 0.5493 0.5462 0.000 0.528 0.016 0.456
#> SRR2049740 3 0.1978 0.7753 0.004 0.068 0.928 0.000
#> SRR2049736 3 0.2868 0.7559 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049735 4 0.4948 -0.1367 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR2049732 1 0.1151 0.7551 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR2049730 1 0.7710 -0.2000 0.408 0.224 0.368 0.000
#> SRR2049734 2 0.5744 0.5885 0.000 0.536 0.028 0.436
#> SRR2049733 3 0.2760 0.7557 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR2049731 2 0.6214 0.6141 0.000 0.536 0.056 0.408
#> SRR2049729 1 0.4054 0.7210 0.796 0.188 0.016 0.000
#> SRR2049727 1 0.0657 0.7609 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR2049728 1 0.0336 0.7641 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049725 3 0.7662 0.3103 0.344 0.220 0.436 0.000
#> SRR2049726 4 0.4994 -0.3114 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR2049724 1 0.5990 0.7351 0.688 0.188 0.124 0.000
#> SRR2049723 1 0.3813 0.7797 0.828 0.148 0.024 0.000
#> SRR2049720 3 0.7706 0.3405 0.300 0.252 0.448 0.000
#> SRR2049719 3 0.4908 0.5549 0.000 0.292 0.692 0.016
#> SRR2049722 1 0.5990 0.7351 0.688 0.188 0.124 0.000
#> SRR2049721 1 0.1833 0.7702 0.944 0.032 0.024 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.7659 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 3 0.4585 0.6796 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR2049717 2 0.6258 0.4591 0.000 0.600 0.324 0.076
#> SRR2049715 4 0.4454 0.3169 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR2049714 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.1520 0.7684 0.956 0.020 0.024 0.000
#> SRR2049712 3 0.3958 0.7241 0.000 0.144 0.824 0.032
#> SRR2049711 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0592 0.7690 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.3910 0.7788 0.820 0.156 0.024 0.000
#> SRR2049706 1 0.4508 0.7706 0.780 0.184 0.036 0.000
#> SRR2049705 1 0.5990 0.7351 0.688 0.188 0.124 0.000
#> SRR2049704 1 0.3958 0.7792 0.824 0.144 0.032 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 3 0.1888 0.7758 0.016 0.044 0.940 0.000
#> SRR2049700 3 0.5365 0.6521 0.044 0.264 0.692 0.000
#> SRR2049701 1 0.7515 0.3211 0.448 0.188 0.364 0.000
#> SRR2049699 3 0.1182 0.7748 0.016 0.016 0.968 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.3166 0.7277 0.868 0.116 0.016 0.000
#> SRR2049696 1 0.2124 0.7366 0.924 0.068 0.008 0.000
#> SRR2049694 3 0.2111 0.7770 0.024 0.044 0.932 0.000
#> SRR2049693 4 0.1059 0.6206 0.000 0.016 0.012 0.972
#> SRR2049695 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.4982 0.5918 0.772 0.092 0.136 0.000
#> SRR2049692 3 0.3219 0.7327 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.5913 0.7385 0.696 0.180 0.124 0.000
#> SRR2049688 3 0.2924 0.7704 0.016 0.100 0.884 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0779 0.7592 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 3 0.2011 0.7689 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 3 0.1888 0.7758 0.016 0.044 0.940 0.000
#> SRR2049680 3 0.4574 0.6574 0.000 0.220 0.756 0.024
#> SRR2049681 2 0.5999 0.6223 0.000 0.552 0.044 0.404
#> SRR2049678 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.2813 0.7145 0.896 0.024 0.080 0.000
#> SRR2049677 4 0.0336 0.6467 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049674 3 0.1798 0.7757 0.016 0.040 0.944 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 3 0.3743 0.7098 0.160 0.016 0.824 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.6130 -0.1194 0.512 0.048 0.440 0.000
#> SRR2049669 4 0.0000 0.6523 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.1042 0.7565 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR2049666 3 0.3266 0.7301 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR2049665 3 0.4866 0.5759 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR2049664 1 0.0336 0.7641 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.6074 0.5727 0.268 0.084 0.648 0.000
#> SRR2049663 1 0.0336 0.7641 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049660 3 0.5113 0.6618 0.032 0.264 0.704 0.000
#> SRR2049662 1 0.2987 0.7140 0.880 0.104 0.016 0.000
#> SRR2049659 4 0.1716 0.6095 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR2049657 1 0.3913 0.7793 0.824 0.148 0.028 0.000
#> SRR2049658 3 0.3958 0.7117 0.032 0.144 0.824 0.000
#> SRR2049655 3 0.4188 0.7325 0.004 0.244 0.752 0.000
#> SRR2049656 1 0.6585 0.6819 0.632 0.188 0.180 0.000
#> SRR2049654 1 0.4379 0.7733 0.792 0.172 0.036 0.000
#> SRR2049652 3 0.7478 0.2670 0.240 0.256 0.504 0.000
#> SRR2049653 4 0.4977 -0.2303 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR2049649 1 0.4335 0.7742 0.796 0.168 0.036 0.000
#> SRR2049650 3 0.5938 0.6562 0.168 0.136 0.696 0.000
#> SRR2049651 4 0.4933 -0.0529 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR2049647 1 0.7338 0.3818 0.464 0.160 0.376 0.000
#> SRR2049648 1 0.6323 0.4795 0.660 0.176 0.164 0.000
#> SRR2049646 2 0.5744 0.5885 0.000 0.536 0.028 0.436
#> SRR2049644 3 0.3356 0.7302 0.000 0.176 0.824 0.000
#> SRR2049645 1 0.3958 0.7781 0.816 0.160 0.024 0.000
#> SRR2049643 3 0.4932 0.6728 0.032 0.240 0.728 0.000
#> SRR2049641 3 0.4724 0.6901 0.076 0.136 0.788 0.000
#> SRR2049639 2 0.5728 0.6276 0.000 0.600 0.036 0.364
#> SRR2049638 1 0.5674 0.5302 0.720 0.132 0.148 0.000
#> SRR2049640 3 0.4955 0.6626 0.024 0.268 0.708 0.000
#> SRR2049636 4 0.4543 0.2804 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR2049635 1 0.4104 0.7778 0.808 0.164 0.028 0.000
#> SRR2049637 4 0.4996 -0.3302 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR2049634 3 0.6581 0.3944 0.232 0.144 0.624 0.000
#> SRR2049633 3 0.4675 0.6415 0.000 0.244 0.736 0.020
#> SRR2049632 2 0.6164 0.5160 0.000 0.656 0.240 0.104
#> SRR2049631 4 0.4477 0.3093 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR2049630 2 0.7054 0.6184 0.000 0.536 0.144 0.320
#> SRR2049628 3 0.1940 0.7693 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR2049629 2 0.6300 0.6269 0.000 0.640 0.108 0.252
#> SRR2049627 3 0.2888 0.7750 0.004 0.124 0.872 0.000
#> SRR2049626 1 0.2002 0.7682 0.936 0.044 0.020 0.000
#> SRR2049625 3 0.1109 0.7746 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR2049624 1 0.2611 0.7243 0.896 0.096 0.008 0.000
#> SRR2049623 3 0.2408 0.7584 0.000 0.104 0.896 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 5 0.5487 0.11008 0.044 0.000 0.456 0.008 0.492
#> SRR2049621 2 0.1216 0.80274 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR2049622 3 0.4997 -0.00486 0.016 0.000 0.508 0.008 0.468
#> SRR2049620 3 0.1651 0.67159 0.000 0.012 0.944 0.008 0.036
#> SRR2049619 1 0.4101 0.56705 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> SRR2049618 3 0.3777 0.60776 0.008 0.048 0.844 0.020 0.080
#> SRR2049617 2 0.0404 0.80206 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049616 1 0.0290 0.61718 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049615 2 0.5917 0.71435 0.008 0.704 0.096 0.068 0.124
#> SRR2049614 2 0.6496 0.63266 0.000 0.616 0.188 0.052 0.144
#> SRR2049613 2 0.7696 0.51669 0.000 0.496 0.200 0.128 0.176
#> SRR2049612 5 0.5375 -0.33693 0.452 0.000 0.044 0.004 0.500
#> SRR2049611 5 0.7691 0.09778 0.380 0.000 0.104 0.132 0.384
#> SRR2049610 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049609 1 0.4798 0.42908 0.512 0.000 0.012 0.004 0.472
#> SRR2049608 3 0.3221 0.62598 0.008 0.032 0.868 0.008 0.084
#> SRR2049607 3 0.2026 0.66104 0.000 0.012 0.924 0.008 0.056
#> SRR2049606 5 0.5114 0.08238 0.036 0.000 0.472 0.000 0.492
#> SRR2049605 3 0.3211 0.62275 0.004 0.000 0.824 0.008 0.164
#> SRR2049604 3 0.4670 0.11798 0.004 0.000 0.548 0.008 0.440
#> SRR2049603 1 0.3715 0.58612 0.736 0.000 0.000 0.004 0.260
#> SRR2049602 1 0.3635 0.58954 0.748 0.000 0.000 0.004 0.248
#> SRR2049601 1 0.4704 0.42647 0.508 0.000 0.008 0.004 0.480
#> SRR2049600 1 0.1638 0.61954 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2049599 5 0.5571 -0.07195 0.348 0.000 0.084 0.000 0.568
#> SRR2049598 5 0.5366 0.08874 0.036 0.000 0.464 0.008 0.492
#> SRR2049597 1 0.1956 0.60998 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR2049596 5 0.5811 0.02765 0.316 0.000 0.116 0.000 0.568
#> SRR2049595 3 0.2648 0.64136 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR2049594 1 0.3456 0.47679 0.800 0.000 0.000 0.016 0.184
#> SRR2049593 3 0.4913 -0.05242 0.012 0.000 0.492 0.008 0.488
#> SRR2049592 1 0.4704 0.42647 0.508 0.000 0.008 0.004 0.480
#> SRR2049591 1 0.4891 0.40854 0.500 0.000 0.016 0.004 0.480
#> SRR2049590 1 0.4802 0.41885 0.504 0.000 0.012 0.004 0.480
#> SRR2049589 1 0.4891 0.40854 0.500 0.000 0.016 0.004 0.480
#> SRR2049588 5 0.4972 -0.39407 0.476 0.000 0.020 0.004 0.500
#> SRR2049586 3 0.1851 0.68103 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049585 5 0.5965 0.01263 0.328 0.000 0.128 0.000 0.544
#> SRR2049584 5 0.6066 0.31073 0.188 0.000 0.240 0.000 0.572
#> SRR2049583 1 0.4702 0.43026 0.512 0.000 0.008 0.004 0.476
#> SRR2049789 2 0.0963 0.79159 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049788 2 0.0693 0.80766 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR2049787 2 0.2867 0.79143 0.000 0.880 0.072 0.004 0.044
#> SRR2049786 2 0.7363 0.57195 0.000 0.544 0.180 0.124 0.152
#> SRR2049785 2 0.0162 0.80655 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049784 5 0.5552 0.03095 0.012 0.000 0.420 0.044 0.524
#> SRR2049783 2 0.5497 0.58462 0.000 0.604 0.328 0.012 0.056
#> SRR2049782 2 0.2732 0.67601 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR2049781 2 0.0162 0.80655 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.6430 0.62357 0.008 0.632 0.216 0.056 0.088
#> SRR2049779 2 0.1216 0.80699 0.000 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR2049778 5 0.8380 0.12706 0.264 0.000 0.268 0.144 0.324
#> SRR2049777 2 0.4453 0.69379 0.000 0.724 0.228 0.000 0.048
#> SRR2049776 3 0.5538 0.19769 0.016 0.000 0.548 0.040 0.396
#> SRR2049775 2 0.0162 0.80655 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049774 3 0.4521 0.40356 0.012 0.000 0.664 0.008 0.316
#> SRR2049773 2 0.0771 0.80671 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR2049772 5 0.5195 0.18219 0.044 0.000 0.420 0.000 0.536
#> SRR2049771 2 0.8160 0.39562 0.008 0.424 0.272 0.112 0.184
#> SRR2049770 3 0.6457 0.16740 0.000 0.012 0.516 0.144 0.328
#> SRR2049769 2 0.0703 0.79719 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049768 2 0.0510 0.80039 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049767 3 0.0992 0.67828 0.000 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR2049766 1 0.5794 -0.11159 0.504 0.000 0.428 0.020 0.048
#> SRR2049765 2 0.5829 0.71997 0.008 0.712 0.096 0.068 0.116
#> SRR2049764 2 0.2519 0.79449 0.000 0.900 0.004 0.036 0.060
#> SRR2049763 2 0.2732 0.67601 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR2049762 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049761 2 0.2732 0.67601 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR2049760 1 0.1764 0.58569 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR2049759 2 0.0566 0.80236 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2049758 1 0.0290 0.61718 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049756 1 0.4704 0.42647 0.508 0.000 0.008 0.004 0.480
#> SRR2049755 2 0.5832 0.62624 0.004 0.648 0.248 0.028 0.072
#> SRR2049757 2 0.4237 0.71899 0.000 0.752 0.200 0.000 0.048
#> SRR2049754 3 0.2439 0.67063 0.004 0.000 0.876 0.000 0.120
#> SRR2049752 3 0.7892 -0.05761 0.128 0.000 0.368 0.136 0.368
#> SRR2049751 2 0.3323 0.78894 0.000 0.868 0.048 0.040 0.044
#> SRR2049749 2 0.5444 0.46791 0.000 0.648 0.056 0.276 0.020
#> SRR2049753 2 0.1209 0.80614 0.000 0.964 0.012 0.012 0.012
#> SRR2049750 3 0.6758 0.08568 0.000 0.020 0.452 0.148 0.380
#> SRR2049748 2 0.2217 0.80561 0.000 0.920 0.024 0.012 0.044
#> SRR2049744 5 0.5232 0.06380 0.028 0.000 0.472 0.008 0.492
#> SRR2049743 2 0.5413 0.71795 0.004 0.740 0.084 0.068 0.104
#> SRR2049745 1 0.4702 0.43026 0.512 0.000 0.008 0.004 0.476
#> SRR2049747 1 0.4802 0.41885 0.504 0.000 0.012 0.004 0.480
#> SRR2049742 3 0.4654 0.33174 0.008 0.000 0.632 0.012 0.348
#> SRR2049741 3 0.2921 0.64243 0.004 0.000 0.844 0.004 0.148
#> SRR2049738 2 0.2891 0.65311 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR2049737 5 0.5895 -0.07412 0.000 0.000 0.440 0.100 0.460
#> SRR2049739 2 0.0771 0.80671 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR2049740 3 0.3424 0.55303 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2049736 3 0.1243 0.67928 0.008 0.000 0.960 0.004 0.028
#> SRR2049735 2 0.0798 0.80097 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR2049732 1 0.0992 0.60109 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR2049730 5 0.8157 0.10767 0.340 0.008 0.116 0.156 0.380
#> SRR2049734 2 0.1331 0.80737 0.000 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR2049733 3 0.1074 0.68306 0.000 0.004 0.968 0.012 0.016
#> SRR2049731 2 0.2230 0.80424 0.000 0.912 0.044 0.000 0.044
#> SRR2049729 1 0.6021 0.23540 0.524 0.000 0.000 0.128 0.348
#> SRR2049727 1 0.0162 0.61334 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049728 1 0.0290 0.61718 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049725 5 0.8436 0.16093 0.260 0.004 0.204 0.160 0.372
#> SRR2049726 2 0.0404 0.80206 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049724 1 0.4702 0.43026 0.512 0.000 0.008 0.004 0.476
#> SRR2049723 1 0.3990 0.58025 0.688 0.000 0.000 0.004 0.308
#> SRR2049720 5 0.8074 0.16475 0.180 0.000 0.272 0.136 0.412
#> SRR2049719 3 0.4482 0.45444 0.000 0.252 0.712 0.004 0.032
#> SRR2049722 1 0.4704 0.42647 0.508 0.000 0.008 0.004 0.480
#> SRR2049721 1 0.1043 0.61747 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049716 1 0.0290 0.61718 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049718 5 0.7153 -0.10830 0.000 0.040 0.400 0.156 0.404
#> SRR2049717 2 0.5281 0.48920 0.000 0.564 0.388 0.004 0.044
#> SRR2049715 2 0.2891 0.65311 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR2049714 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049713 1 0.0703 0.60814 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049712 3 0.1267 0.67602 0.000 0.004 0.960 0.012 0.024
#> SRR2049711 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049710 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049709 1 0.1571 0.61939 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR2049707 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049708 1 0.4029 0.57615 0.680 0.000 0.000 0.004 0.316
#> SRR2049706 1 0.4238 0.54225 0.628 0.000 0.000 0.004 0.368
#> SRR2049705 1 0.4886 0.42670 0.512 0.000 0.016 0.004 0.468
#> SRR2049704 1 0.3790 0.59099 0.724 0.000 0.000 0.004 0.272
#> SRR2049702 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049703 3 0.2052 0.68204 0.004 0.000 0.912 0.004 0.080
#> SRR2049700 3 0.3831 0.60060 0.036 0.004 0.836 0.028 0.096
#> SRR2049701 5 0.6837 0.30607 0.236 0.000 0.304 0.008 0.452
#> SRR2049699 3 0.2646 0.65994 0.004 0.000 0.868 0.004 0.124
#> SRR2049697 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049698 1 0.5066 0.41747 0.676 0.000 0.000 0.084 0.240
#> SRR2049696 1 0.2909 0.51254 0.848 0.000 0.000 0.012 0.140
#> SRR2049694 3 0.2532 0.67782 0.008 0.000 0.892 0.012 0.088
#> SRR2049693 4 0.3691 0.92875 0.000 0.156 0.040 0.804 0.000
#> SRR2049695 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049691 1 0.4145 0.42905 0.772 0.000 0.028 0.012 0.188
#> SRR2049692 3 0.0854 0.68240 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008
#> SRR2049689 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049690 1 0.4658 0.47078 0.556 0.000 0.008 0.004 0.432
#> SRR2049688 3 0.1644 0.68898 0.004 0.008 0.940 0.000 0.048
#> SRR2049687 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049686 1 0.0404 0.61017 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049685 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049684 3 0.1638 0.68601 0.000 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR2049683 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049682 3 0.1928 0.68412 0.004 0.000 0.920 0.004 0.072
#> SRR2049680 3 0.2151 0.65738 0.000 0.020 0.924 0.016 0.040
#> SRR2049681 2 0.4761 0.72958 0.000 0.752 0.156 0.016 0.076
#> SRR2049678 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049679 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049676 4 0.3266 0.96648 0.000 0.200 0.000 0.796 0.004
#> SRR2049675 1 0.4209 0.32152 0.744 0.000 0.224 0.004 0.028
#> SRR2049677 4 0.4343 0.92368 0.000 0.184 0.040 0.764 0.012
#> SRR2049674 3 0.2011 0.67819 0.004 0.000 0.908 0.000 0.088
#> SRR2049672 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049671 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049673 3 0.3888 0.57463 0.136 0.000 0.800 0.000 0.064
#> SRR2049670 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049668 1 0.5507 -0.01194 0.556 0.000 0.384 0.008 0.052
#> SRR2049669 4 0.3003 0.98253 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2049667 1 0.0898 0.60330 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2049666 3 0.2187 0.65976 0.004 0.012 0.920 0.008 0.056
#> SRR2049665 3 0.7409 0.07475 0.000 0.060 0.404 0.156 0.380
#> SRR2049664 1 0.0290 0.61718 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049661 3 0.5392 0.35961 0.252 0.000 0.668 0.024 0.056
#> SRR2049663 1 0.0290 0.61718 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049660 5 0.6087 0.12155 0.004 0.000 0.332 0.124 0.540
#> SRR2049662 1 0.3563 0.44498 0.780 0.000 0.000 0.012 0.208
#> SRR2049659 4 0.4647 0.70507 0.000 0.352 0.004 0.628 0.016
#> SRR2049657 1 0.3906 0.58528 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR2049658 3 0.4370 0.37195 0.004 0.000 0.656 0.008 0.332
#> SRR2049655 5 0.6661 0.03895 0.000 0.020 0.328 0.148 0.504
#> SRR2049656 1 0.4892 0.39225 0.492 0.000 0.016 0.004 0.488
#> SRR2049654 1 0.4135 0.56184 0.656 0.000 0.000 0.004 0.340
#> SRR2049652 5 0.5586 0.37741 0.112 0.000 0.212 0.012 0.664
#> SRR2049653 2 0.1278 0.80446 0.000 0.960 0.004 0.016 0.020
#> SRR2049649 1 0.4084 0.56986 0.668 0.000 0.000 0.004 0.328
#> SRR2049650 3 0.7488 0.02516 0.108 0.000 0.436 0.104 0.352
#> SRR2049651 2 0.3490 0.78748 0.000 0.856 0.028 0.068 0.048
#> SRR2049647 5 0.6704 0.01374 0.356 0.000 0.208 0.004 0.432
#> SRR2049648 1 0.6915 0.07960 0.476 0.000 0.040 0.128 0.356
#> SRR2049646 2 0.1626 0.80661 0.000 0.940 0.016 0.000 0.044
#> SRR2049644 3 0.2003 0.66377 0.008 0.008 0.928 0.004 0.052
#> SRR2049645 1 0.4047 0.57428 0.676 0.000 0.000 0.004 0.320
#> SRR2049643 5 0.6040 0.03641 0.004 0.000 0.396 0.104 0.496
#> SRR2049641 3 0.4986 0.23686 0.024 0.000 0.600 0.008 0.368
#> SRR2049639 2 0.4731 0.76244 0.000 0.780 0.064 0.056 0.100
#> SRR2049638 1 0.5273 0.33945 0.700 0.000 0.068 0.024 0.208
#> SRR2049640 5 0.5445 0.20983 0.008 0.000 0.312 0.064 0.616
#> SRR2049636 2 0.2516 0.70068 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR2049635 1 0.3779 0.59258 0.752 0.000 0.000 0.012 0.236
#> SRR2049637 2 0.1173 0.80585 0.000 0.964 0.004 0.012 0.020
#> SRR2049634 5 0.6299 0.27008 0.156 0.000 0.380 0.000 0.464
#> SRR2049633 3 0.2900 0.63672 0.004 0.032 0.888 0.012 0.064
#> SRR2049632 2 0.6788 0.58843 0.008 0.580 0.256 0.052 0.104
#> SRR2049631 2 0.3365 0.65242 0.000 0.808 0.004 0.180 0.008
#> SRR2049630 2 0.2448 0.78000 0.000 0.892 0.088 0.000 0.020
#> SRR2049628 3 0.1670 0.68757 0.000 0.000 0.936 0.012 0.052
#> SRR2049629 2 0.5800 0.70677 0.000 0.696 0.132 0.060 0.112
#> SRR2049627 3 0.5466 0.42397 0.000 0.008 0.620 0.068 0.304
#> SRR2049626 1 0.2457 0.59429 0.900 0.000 0.008 0.016 0.076
#> SRR2049625 3 0.2813 0.62904 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR2049624 1 0.3870 0.48070 0.808 0.000 0.024 0.020 0.148
#> SRR2049623 3 0.1043 0.68798 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.6161 0.3772 0.576 0.000 0.280 0.064 0.052 0.028
#> SRR2049621 2 0.1980 0.8027 0.000 0.920 0.000 0.008 0.036 0.036
#> SRR2049622 1 0.6284 0.2522 0.520 0.000 0.340 0.064 0.052 0.024
#> SRR2049620 3 0.2058 0.7624 0.000 0.000 0.908 0.000 0.056 0.036
#> SRR2049619 1 0.2664 0.5711 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049618 3 0.3793 0.7002 0.000 0.036 0.812 0.000 0.068 0.084
#> SRR2049617 2 0.1148 0.8025 0.000 0.960 0.000 0.004 0.016 0.020
#> SRR2049616 6 0.3136 0.8356 0.228 0.000 0.000 0.000 0.004 0.768
#> SRR2049615 2 0.6676 0.5465 0.000 0.532 0.084 0.028 0.280 0.076
#> SRR2049614 5 0.5981 -0.3140 0.000 0.432 0.068 0.008 0.452 0.040
#> SRR2049613 5 0.5496 0.2035 0.000 0.260 0.072 0.004 0.624 0.040
#> SRR2049612 1 0.2482 0.6724 0.904 0.000 0.028 0.012 0.028 0.028
#> SRR2049611 5 0.6032 0.5197 0.092 0.000 0.052 0.008 0.580 0.268
#> SRR2049610 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.1387 0.6770 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049608 3 0.3522 0.7136 0.000 0.024 0.828 0.000 0.076 0.072
#> SRR2049607 3 0.2753 0.7443 0.000 0.008 0.872 0.000 0.072 0.048
#> SRR2049606 1 0.5469 0.2584 0.548 0.000 0.360 0.052 0.040 0.000
#> SRR2049605 3 0.3565 0.7174 0.084 0.000 0.828 0.040 0.048 0.000
#> SRR2049604 1 0.5846 0.1042 0.484 0.000 0.400 0.064 0.052 0.000
#> SRR2049603 1 0.4046 0.2856 0.620 0.000 0.000 0.008 0.004 0.368
#> SRR2049602 1 0.3930 0.2925 0.628 0.000 0.004 0.004 0.000 0.364
#> SRR2049601 1 0.1462 0.6813 0.936 0.000 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR2049600 6 0.3782 0.6789 0.360 0.000 0.000 0.000 0.004 0.636
#> SRR2049599 1 0.4219 0.6145 0.804 0.000 0.056 0.064 0.052 0.024
#> SRR2049598 1 0.6168 0.3421 0.560 0.000 0.300 0.064 0.052 0.024
#> SRR2049597 6 0.3512 0.7979 0.248 0.000 0.000 0.008 0.004 0.740
#> SRR2049596 1 0.3455 0.6300 0.836 0.000 0.076 0.052 0.036 0.000
#> SRR2049595 3 0.2831 0.7534 0.084 0.000 0.868 0.016 0.032 0.000
#> SRR2049594 6 0.3698 0.7670 0.116 0.000 0.000 0.000 0.096 0.788
#> SRR2049593 1 0.5712 0.2505 0.536 0.000 0.352 0.064 0.048 0.000
#> SRR2049592 1 0.1327 0.6785 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049591 1 0.1349 0.6808 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR2049590 1 0.1327 0.6785 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049589 1 0.1349 0.6817 0.940 0.000 0.004 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049588 1 0.1621 0.6828 0.936 0.000 0.008 0.004 0.004 0.048
#> SRR2049586 3 0.1980 0.7774 0.036 0.000 0.920 0.008 0.036 0.000
#> SRR2049585 1 0.2993 0.6473 0.864 0.000 0.080 0.036 0.016 0.004
#> SRR2049584 1 0.4443 0.5736 0.756 0.000 0.136 0.064 0.044 0.000
#> SRR2049583 1 0.2001 0.6741 0.912 0.000 0.000 0.008 0.012 0.068
#> SRR2049789 2 0.1950 0.7984 0.000 0.924 0.000 0.032 0.016 0.028
#> SRR2049788 2 0.0964 0.8043 0.000 0.968 0.004 0.000 0.016 0.012
#> SRR2049787 2 0.3801 0.7542 0.000 0.800 0.036 0.000 0.128 0.036
#> SRR2049786 5 0.5794 -0.2842 0.000 0.428 0.060 0.004 0.468 0.040
#> SRR2049785 2 0.0914 0.8032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR2049784 5 0.7304 0.3252 0.280 0.000 0.248 0.020 0.396 0.056
#> SRR2049783 2 0.6513 0.3281 0.000 0.456 0.296 0.000 0.212 0.036
#> SRR2049782 2 0.3338 0.7136 0.000 0.812 0.000 0.152 0.012 0.024
#> SRR2049781 2 0.0914 0.8032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR2049780 2 0.6323 0.5321 0.000 0.600 0.128 0.008 0.168 0.096
#> SRR2049779 2 0.1332 0.8028 0.000 0.952 0.008 0.000 0.028 0.012
#> SRR2049778 5 0.5916 0.4986 0.024 0.000 0.120 0.004 0.544 0.308
#> SRR2049777 2 0.5547 0.5444 0.000 0.620 0.240 0.000 0.104 0.036
#> SRR2049776 1 0.7316 -0.0791 0.368 0.000 0.296 0.032 0.268 0.036
#> SRR2049775 2 0.0914 0.8032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR2049774 3 0.5322 0.5257 0.260 0.000 0.632 0.064 0.044 0.000
#> SRR2049773 2 0.0891 0.8040 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR2049772 1 0.6059 0.3938 0.588 0.000 0.272 0.064 0.052 0.024
#> SRR2049771 5 0.7204 -0.1103 0.000 0.304 0.192 0.008 0.412 0.084
#> SRR2049770 5 0.4244 0.5813 0.024 0.004 0.216 0.000 0.732 0.024
#> SRR2049769 2 0.1251 0.8019 0.000 0.956 0.000 0.012 0.008 0.024
#> SRR2049768 2 0.1251 0.8020 0.000 0.956 0.000 0.008 0.012 0.024
#> SRR2049767 3 0.2002 0.7698 0.000 0.008 0.916 0.000 0.056 0.020
#> SRR2049766 6 0.3641 0.4957 0.020 0.000 0.248 0.000 0.000 0.732
#> SRR2049765 2 0.6544 0.5619 0.000 0.544 0.080 0.028 0.280 0.068
#> SRR2049764 2 0.3641 0.7047 0.000 0.732 0.000 0.000 0.248 0.020
#> SRR2049763 2 0.3338 0.7136 0.000 0.812 0.000 0.152 0.012 0.024
#> SRR2049762 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.2988 0.7161 0.000 0.824 0.000 0.152 0.000 0.024
#> SRR2049760 6 0.2778 0.8372 0.168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.824
#> SRR2049759 2 0.0964 0.8033 0.000 0.968 0.000 0.004 0.012 0.016
#> SRR2049758 6 0.3163 0.8335 0.232 0.000 0.000 0.000 0.004 0.764
#> SRR2049756 1 0.1462 0.6813 0.936 0.000 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR2049755 2 0.5686 0.5519 0.000 0.644 0.200 0.004 0.080 0.072
#> SRR2049757 2 0.5328 0.6423 0.000 0.668 0.152 0.000 0.144 0.036
#> SRR2049754 3 0.2978 0.7440 0.084 0.000 0.856 0.008 0.052 0.000
#> SRR2049752 5 0.6404 0.5931 0.068 0.000 0.204 0.012 0.580 0.136
#> SRR2049751 2 0.4048 0.7628 0.000 0.804 0.040 0.016 0.104 0.036
#> SRR2049749 2 0.6385 0.3340 0.000 0.512 0.060 0.344 0.036 0.048
#> SRR2049753 2 0.0893 0.8050 0.000 0.972 0.004 0.004 0.004 0.016
#> SRR2049750 5 0.3376 0.6219 0.000 0.008 0.136 0.004 0.820 0.032
#> SRR2049748 2 0.3054 0.7661 0.000 0.828 0.000 0.000 0.136 0.036
#> SRR2049744 1 0.6181 0.3327 0.556 0.000 0.304 0.064 0.052 0.024
#> SRR2049743 2 0.5833 0.5763 0.000 0.616 0.068 0.008 0.240 0.068
#> SRR2049745 1 0.2344 0.6703 0.896 0.000 0.000 0.008 0.028 0.068
#> SRR2049747 1 0.1327 0.6785 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049742 3 0.6285 0.1684 0.364 0.000 0.500 0.040 0.068 0.028
#> SRR2049741 3 0.3145 0.7382 0.068 0.000 0.856 0.032 0.044 0.000
#> SRR2049738 2 0.3025 0.7118 0.000 0.820 0.000 0.156 0.000 0.024
#> SRR2049737 5 0.6393 0.5372 0.132 0.000 0.236 0.012 0.564 0.056
#> SRR2049739 2 0.0622 0.8052 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR2049740 3 0.4946 0.6057 0.196 0.000 0.696 0.060 0.048 0.000
#> SRR2049736 3 0.1713 0.7696 0.000 0.000 0.928 0.000 0.044 0.028
#> SRR2049735 2 0.0891 0.8036 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR2049732 6 0.2597 0.8418 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049730 5 0.4444 0.4632 0.004 0.000 0.028 0.008 0.660 0.300
#> SRR2049734 2 0.2365 0.7882 0.000 0.888 0.000 0.000 0.072 0.040
#> SRR2049733 3 0.1700 0.7735 0.000 0.000 0.928 0.000 0.048 0.024
#> SRR2049731 2 0.3105 0.7734 0.000 0.844 0.012 0.000 0.108 0.036
#> SRR2049729 5 0.6062 0.4170 0.180 0.000 0.012 0.008 0.536 0.264
#> SRR2049727 6 0.3136 0.8356 0.228 0.000 0.000 0.000 0.004 0.768
#> SRR2049728 6 0.3189 0.8310 0.236 0.000 0.000 0.000 0.004 0.760
#> SRR2049725 5 0.5127 0.5570 0.028 0.000 0.060 0.004 0.652 0.256
#> SRR2049726 2 0.1148 0.8025 0.000 0.960 0.000 0.004 0.016 0.020
#> SRR2049724 1 0.1674 0.6758 0.924 0.000 0.000 0.004 0.004 0.068
#> SRR2049723 1 0.3736 0.4045 0.716 0.000 0.000 0.008 0.008 0.268
#> SRR2049720 5 0.6224 0.6198 0.116 0.000 0.120 0.004 0.608 0.152
#> SRR2049719 3 0.4756 0.5607 0.000 0.216 0.696 0.000 0.060 0.028
#> SRR2049722 1 0.1942 0.6759 0.916 0.000 0.000 0.008 0.012 0.064
#> SRR2049721 6 0.3404 0.8201 0.248 0.000 0.004 0.000 0.004 0.744
#> SRR2049716 6 0.3215 0.8296 0.240 0.000 0.000 0.000 0.004 0.756
#> SRR2049718 5 0.2163 0.6072 0.000 0.008 0.096 0.000 0.892 0.004
#> SRR2049717 3 0.5924 0.1494 0.000 0.360 0.512 0.000 0.072 0.056
#> SRR2049715 2 0.3062 0.7079 0.000 0.816 0.000 0.160 0.000 0.024
#> SRR2049714 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049713 6 0.3248 0.8376 0.224 0.000 0.004 0.000 0.004 0.768
#> SRR2049712 3 0.1777 0.7693 0.000 0.004 0.928 0.000 0.044 0.024
#> SRR2049711 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.1765 0.9730 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR2049709 6 0.3782 0.6792 0.360 0.000 0.000 0.000 0.004 0.636
#> SRR2049707 4 0.1765 0.9730 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.3535 0.5006 0.760 0.000 0.000 0.008 0.012 0.220
#> SRR2049706 1 0.2092 0.6357 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049705 1 0.1387 0.6770 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049704 1 0.3198 0.4514 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2049702 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.1492 0.7752 0.036 0.000 0.940 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049700 3 0.3891 0.6848 0.000 0.004 0.788 0.004 0.096 0.108
#> SRR2049701 1 0.6976 0.4144 0.544 0.000 0.132 0.060 0.052 0.212
#> SRR2049699 3 0.2769 0.7534 0.052 0.000 0.880 0.036 0.032 0.000
#> SRR2049697 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.5983 0.0112 0.172 0.000 0.000 0.008 0.396 0.424
#> SRR2049696 6 0.2613 0.8308 0.140 0.000 0.000 0.000 0.012 0.848
#> SRR2049694 3 0.2772 0.7510 0.048 0.000 0.884 0.004 0.036 0.028
#> SRR2049693 4 0.2617 0.9304 0.000 0.080 0.032 0.880 0.004 0.004
#> SRR2049695 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049691 6 0.3022 0.7981 0.112 0.000 0.020 0.000 0.020 0.848
#> SRR2049692 3 0.1461 0.7743 0.000 0.000 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR2049689 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.2790 0.6378 0.856 0.000 0.000 0.008 0.020 0.116
#> SRR2049688 3 0.0858 0.7791 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR2049687 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049686 6 0.2738 0.8397 0.176 0.000 0.004 0.000 0.000 0.820
#> SRR2049685 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.1421 0.7764 0.028 0.000 0.944 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049683 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.1492 0.7752 0.036 0.000 0.940 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049680 3 0.2602 0.7467 0.000 0.020 0.888 0.000 0.052 0.040
#> SRR2049681 2 0.5518 0.5658 0.000 0.596 0.080 0.000 0.288 0.036
#> SRR2049678 4 0.1858 0.9729 0.000 0.092 0.000 0.904 0.000 0.004
#> SRR2049679 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.2553 0.9181 0.000 0.144 0.000 0.848 0.000 0.008
#> SRR2049675 6 0.4111 0.6827 0.084 0.000 0.176 0.000 0.000 0.740
#> SRR2049677 4 0.3189 0.9050 0.000 0.084 0.064 0.844 0.004 0.004
#> SRR2049674 3 0.1572 0.7745 0.036 0.000 0.936 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049672 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.2537 0.7480 0.024 0.000 0.880 0.000 0.008 0.088
#> SRR2049670 4 0.1714 0.9754 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049668 6 0.3780 0.5487 0.028 0.000 0.224 0.000 0.004 0.744
#> SRR2049669 4 0.1765 0.9730 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR2049667 6 0.2597 0.8418 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049666 3 0.2519 0.7482 0.000 0.004 0.884 0.000 0.068 0.044
#> SRR2049665 5 0.2425 0.5993 0.000 0.012 0.100 0.000 0.880 0.008
#> SRR2049664 6 0.2996 0.8360 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR2049661 3 0.4225 0.4857 0.004 0.000 0.664 0.004 0.020 0.308
#> SRR2049663 6 0.3136 0.8356 0.228 0.000 0.000 0.000 0.004 0.768
#> SRR2049660 5 0.6172 0.5752 0.184 0.000 0.140 0.008 0.604 0.064
#> SRR2049662 6 0.2647 0.7934 0.088 0.000 0.000 0.000 0.044 0.868
#> SRR2049659 4 0.4591 0.5797 0.000 0.320 0.012 0.640 0.012 0.016
#> SRR2049657 1 0.3052 0.5331 0.780 0.000 0.000 0.004 0.000 0.216
#> SRR2049658 3 0.5956 0.4158 0.272 0.000 0.596 0.052 0.056 0.024
#> SRR2049655 5 0.3108 0.6239 0.048 0.008 0.088 0.004 0.852 0.000
#> SRR2049656 1 0.1398 0.6822 0.940 0.000 0.008 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049654 1 0.2562 0.5862 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2049652 1 0.6809 0.3827 0.584 0.000 0.136 0.060 0.156 0.064
#> SRR2049653 2 0.1242 0.8073 0.000 0.960 0.008 0.008 0.012 0.012
#> SRR2049649 1 0.3030 0.5819 0.816 0.000 0.000 0.008 0.008 0.168
#> SRR2049650 5 0.7310 0.4489 0.164 0.000 0.260 0.008 0.440 0.128
#> SRR2049651 2 0.5019 0.7430 0.000 0.724 0.012 0.044 0.144 0.076
#> SRR2049647 1 0.4742 0.5850 0.732 0.000 0.172 0.012 0.036 0.048
#> SRR2049648 5 0.5848 0.4932 0.112 0.000 0.028 0.008 0.588 0.264
#> SRR2049646 2 0.2679 0.7810 0.000 0.864 0.000 0.000 0.096 0.040
#> SRR2049644 3 0.2190 0.7591 0.000 0.000 0.900 0.000 0.060 0.040
#> SRR2049645 1 0.3568 0.5108 0.764 0.000 0.000 0.008 0.016 0.212
#> SRR2049643 5 0.6419 0.5618 0.144 0.000 0.204 0.012 0.576 0.064
#> SRR2049641 3 0.6483 -0.0296 0.416 0.000 0.432 0.032 0.088 0.032
#> SRR2049639 2 0.5685 0.5962 0.000 0.588 0.024 0.016 0.300 0.072
#> SRR2049638 6 0.3098 0.7300 0.068 0.000 0.012 0.000 0.068 0.852
#> SRR2049640 1 0.7606 -0.0288 0.400 0.000 0.152 0.064 0.324 0.060
#> SRR2049636 2 0.2831 0.7330 0.000 0.840 0.000 0.136 0.000 0.024
#> SRR2049635 1 0.4070 0.4334 0.672 0.000 0.004 0.008 0.008 0.308
#> SRR2049637 2 0.1065 0.8048 0.000 0.964 0.000 0.008 0.020 0.008
#> SRR2049634 1 0.5456 0.4028 0.596 0.000 0.312 0.016 0.056 0.020
#> SRR2049633 3 0.3219 0.7258 0.000 0.032 0.852 0.000 0.056 0.060
#> SRR2049632 2 0.6504 0.5050 0.000 0.572 0.144 0.008 0.188 0.088
#> SRR2049631 2 0.4456 0.6883 0.000 0.744 0.016 0.180 0.016 0.044
#> SRR2049630 2 0.1930 0.7912 0.000 0.924 0.036 0.000 0.028 0.012
#> SRR2049628 3 0.1498 0.7765 0.032 0.000 0.940 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049629 2 0.6245 0.4713 0.000 0.504 0.088 0.008 0.348 0.052
#> SRR2049627 3 0.7244 0.2271 0.212 0.004 0.416 0.060 0.296 0.012
#> SRR2049626 6 0.4919 0.7263 0.228 0.000 0.036 0.008 0.040 0.688
#> SRR2049625 3 0.3937 0.7014 0.104 0.000 0.800 0.048 0.048 0.000
#> SRR2049624 6 0.2575 0.7989 0.100 0.000 0.000 0.004 0.024 0.872
#> SRR2049623 3 0.1409 0.7775 0.012 0.000 0.948 0.000 0.032 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.969 0.953 0.981 0.500 0.502 0.502
#> 3 3 0.727 0.606 0.827 0.279 0.835 0.679
#> 4 4 0.647 0.531 0.700 0.125 0.882 0.701
#> 5 5 0.622 0.508 0.672 0.073 0.814 0.474
#> 6 6 0.667 0.580 0.752 0.049 0.924 0.678
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049620 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049619 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049613 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049612 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049607 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.653 0.7929 0.832 0.168
#> SRR2049594 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.999 0.0863 0.520 0.480
#> SRR2049585 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049785 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049770 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049766 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049757 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.821 0.6596 0.744 0.256
#> SRR2049748 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.662 0.7855 0.828 0.172
#> SRR2049731 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049719 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049722 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049718 2 0.615 0.8130 0.152 0.848
#> SRR2049717 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.891 0.5634 0.692 0.308
#> SRR2049700 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049701 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049692 2 0.714 0.7481 0.196 0.804
#> SRR2049689 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.722 0.7477 0.800 0.200
#> SRR2049687 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049684 2 0.980 0.2657 0.416 0.584
#> SRR2049683 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.714 0.7535 0.804 0.196
#> SRR2049680 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049666 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049665 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049664 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.971 0.3371 0.600 0.400
#> SRR2049656 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049644 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049645 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049628 2 0.574 0.8337 0.136 0.864
#> SRR2049629 2 0.000 0.9860 0.000 1.000
#> SRR2049627 2 0.925 0.4767 0.340 0.660
#> SRR2049626 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.000 0.9759 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.983 0.2792 0.576 0.424
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 3 0.6192 0.6225 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049621 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.6192 0.6225 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049620 2 0.1753 0.9423 0.000 0.952 0.048
#> SRR2049619 1 0.3412 0.4464 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049618 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049617 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0424 0.5604 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049615 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049614 2 0.0592 0.9695 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049613 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049612 1 0.6225 -0.3321 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049611 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049610 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049609 1 0.5397 0.1109 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049608 2 0.3148 0.9275 0.048 0.916 0.036
#> SRR2049607 2 0.0592 0.9654 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049606 3 0.6260 0.5896 0.448 0.000 0.552
#> SRR2049605 3 0.6079 0.6110 0.388 0.000 0.612
#> SRR2049604 3 0.6192 0.6225 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049603 1 0.0237 0.5609 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049602 1 0.0424 0.5574 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049601 1 0.4291 0.3530 0.820 0.000 0.180
#> SRR2049600 1 0.0000 0.5606 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 3 0.6309 0.5062 0.496 0.000 0.504
#> SRR2049598 3 0.6192 0.6225 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049597 1 0.0237 0.5592 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049596 3 0.6305 0.5325 0.484 0.000 0.516
#> SRR2049595 3 0.6168 0.6213 0.412 0.000 0.588
#> SRR2049594 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049593 3 0.6192 0.6225 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049592 1 0.5882 -0.1081 0.652 0.000 0.348
#> SRR2049591 1 0.6235 -0.3430 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049590 1 0.6225 -0.3321 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049589 1 0.6235 -0.3430 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049588 1 0.6244 -0.3543 0.560 0.000 0.440
#> SRR2049586 3 0.7992 0.5599 0.328 0.080 0.592
#> SRR2049585 3 0.6305 0.5325 0.484 0.000 0.516
#> SRR2049584 3 0.6192 0.6225 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049583 1 0.6225 -0.3321 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049789 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049787 2 0.1163 0.9671 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049786 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049784 1 0.6225 -0.3321 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049783 2 0.1031 0.9678 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.1964 0.9247 0.056 0.944 0.000
#> SRR2049779 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049778 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049777 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049776 3 0.6307 0.5245 0.488 0.000 0.512
#> SRR2049775 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049774 3 0.6192 0.6225 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049773 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049772 3 0.6192 0.6225 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049771 2 0.0424 0.9671 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049770 3 0.1999 0.3507 0.012 0.036 0.952
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049767 2 0.2878 0.8915 0.000 0.904 0.096
#> SRR2049766 1 0.4399 0.4895 0.812 0.000 0.188
#> SRR2049765 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.5138 0.4597 0.748 0.000 0.252
#> SRR2049759 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0237 0.5609 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049756 1 0.3941 0.3971 0.844 0.000 0.156
#> SRR2049755 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049757 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049754 3 0.7360 0.5754 0.440 0.032 0.528
#> SRR2049752 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049751 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049749 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049753 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049750 3 0.6495 0.1659 0.200 0.060 0.740
#> SRR2049748 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049744 3 0.6204 0.6186 0.424 0.000 0.576
#> SRR2049743 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049745 1 0.6225 -0.3321 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049747 1 0.6225 -0.3321 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049742 1 0.6299 -0.4541 0.524 0.000 0.476
#> SRR2049741 3 0.6192 0.6225 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 3 0.3879 0.2816 0.152 0.000 0.848
#> SRR2049739 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.6180 0.6221 0.416 0.000 0.584
#> SRR2049736 3 0.6260 -0.2214 0.448 0.000 0.552
#> SRR2049735 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.4121 0.4978 0.832 0.000 0.168
#> SRR2049730 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049734 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049733 3 0.5986 0.0698 0.240 0.024 0.736
#> SRR2049731 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049729 1 0.5859 0.4145 0.656 0.000 0.344
#> SRR2049727 1 0.0000 0.5606 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.5606 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049726 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.6204 -0.3138 0.576 0.000 0.424
#> SRR2049723 1 0.2625 0.4956 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049720 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049719 2 0.0475 0.9667 0.004 0.992 0.004
#> SRR2049722 1 0.6215 -0.3229 0.572 0.000 0.428
#> SRR2049721 1 0.0424 0.5574 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049716 1 0.0424 0.5604 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049718 2 0.9252 0.1632 0.156 0.448 0.396
#> SRR2049717 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049713 1 0.0237 0.5592 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049712 2 0.2959 0.9164 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049711 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049710 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049709 1 0.0000 0.5606 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049708 1 0.2625 0.4956 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049706 1 0.3482 0.4406 0.872 0.000 0.128
#> SRR2049705 1 0.6225 -0.3321 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049704 1 0.2711 0.4913 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049702 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049703 3 0.6737 0.5991 0.384 0.016 0.600
#> SRR2049700 1 0.8549 0.2983 0.516 0.100 0.384
#> SRR2049701 1 0.0237 0.5596 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049699 3 0.6192 0.6225 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049697 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049698 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049696 1 0.5497 0.4398 0.708 0.000 0.292
#> SRR2049694 1 0.6154 0.3747 0.592 0.000 0.408
#> SRR2049693 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049695 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049691 1 0.4504 0.4859 0.804 0.000 0.196
#> SRR2049692 3 0.7644 0.1006 0.060 0.336 0.604
#> SRR2049689 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049690 1 0.5621 0.0181 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049688 1 0.9589 -0.3866 0.424 0.200 0.376
#> SRR2049687 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049686 1 0.0237 0.5609 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049685 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049684 3 0.9067 0.4493 0.384 0.140 0.476
#> SRR2049683 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049682 3 0.6769 0.5998 0.392 0.016 0.592
#> SRR2049680 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049681 2 0.1163 0.9671 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049678 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049679 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049676 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049675 1 0.0237 0.5592 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049677 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049674 3 0.6062 0.6088 0.384 0.000 0.616
#> SRR2049672 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049671 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049673 1 0.2796 0.4751 0.908 0.000 0.092
#> SRR2049670 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049668 1 0.0747 0.5585 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049669 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049667 1 0.1031 0.5560 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049666 2 0.2200 0.9521 0.004 0.940 0.056
#> SRR2049665 2 0.6062 0.4917 0.000 0.616 0.384
#> SRR2049664 1 0.0000 0.5606 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049663 1 0.0237 0.5609 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049660 3 0.3879 0.2816 0.152 0.000 0.848
#> SRR2049662 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049659 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049657 1 0.0892 0.5498 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049658 3 0.6295 0.5521 0.472 0.000 0.528
#> SRR2049655 3 0.5461 0.1836 0.216 0.016 0.768
#> SRR2049656 1 0.6244 -0.3543 0.560 0.000 0.440
#> SRR2049654 1 0.2796 0.4868 0.908 0.000 0.092
#> SRR2049652 1 0.3340 0.4519 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049653 2 0.0237 0.9703 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049649 1 0.2711 0.4913 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049650 1 0.5948 0.4067 0.640 0.000 0.360
#> SRR2049651 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.5706 0.0425 0.680 0.000 0.320
#> SRR2049648 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049646 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049644 2 0.5471 0.8245 0.060 0.812 0.128
#> SRR2049645 1 0.0592 0.5552 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049643 3 0.4346 0.2378 0.184 0.000 0.816
#> SRR2049641 3 0.6307 0.5245 0.488 0.000 0.512
#> SRR2049639 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049638 1 0.6062 0.3945 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049640 3 0.1529 0.3572 0.040 0.000 0.960
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0237 0.5595 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049637 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.6260 -0.3775 0.552 0.000 0.448
#> SRR2049633 2 0.1411 0.9656 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049632 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049628 3 0.4390 0.2475 0.012 0.148 0.840
#> SRR2049629 2 0.0000 0.9707 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049627 3 0.2569 0.3671 0.032 0.032 0.936
#> SRR2049626 1 0.0000 0.5606 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.6192 0.6225 0.420 0.000 0.580
#> SRR2049624 1 0.5058 0.4635 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049623 3 0.9476 0.3886 0.380 0.184 0.436
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 3 0.6519 0.660245 0.320 0.000 0.584 0.096
#> SRR2049621 2 0.1716 0.717113 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049622 3 0.6519 0.660245 0.320 0.000 0.584 0.096
#> SRR2049620 4 0.5662 0.201979 0.004 0.456 0.016 0.524
#> SRR2049619 1 0.4193 0.218682 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR2049618 2 0.5155 0.502475 0.004 0.528 0.000 0.468
#> SRR2049617 2 0.0469 0.704689 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049616 1 0.0000 0.699914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.2149 0.716261 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049614 2 0.4599 0.667919 0.000 0.760 0.028 0.212
#> SRR2049613 2 0.4552 0.658733 0.000 0.784 0.044 0.172
#> SRR2049612 3 0.4977 0.625011 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR2049611 1 0.5923 0.486216 0.580 0.000 0.376 0.044
#> SRR2049610 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049609 1 0.4985 -0.492331 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR2049608 2 0.4992 0.502492 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR2049607 2 0.3731 0.580909 0.000 0.844 0.036 0.120
#> SRR2049606 3 0.5626 0.660433 0.384 0.000 0.588 0.028
#> SRR2049605 3 0.7111 0.341636 0.136 0.000 0.500 0.364
#> SRR2049604 3 0.6234 0.351369 0.068 0.000 0.584 0.348
#> SRR2049603 1 0.0336 0.696484 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049602 1 0.0592 0.691480 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049601 1 0.4877 -0.327340 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049600 1 0.0336 0.696565 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049599 3 0.4925 0.649819 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR2049598 3 0.6407 0.661436 0.332 0.000 0.584 0.084
#> SRR2049597 1 0.0000 0.699914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 3 0.4898 0.655181 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR2049595 3 0.5132 0.146818 0.004 0.000 0.548 0.448
#> SRR2049594 1 0.4905 0.523790 0.632 0.000 0.364 0.004
#> SRR2049593 3 0.6814 0.646481 0.276 0.000 0.584 0.140
#> SRR2049592 3 0.4999 0.569577 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR2049591 3 0.4967 0.633498 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049590 3 0.4977 0.625011 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR2049589 3 0.4967 0.633498 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049588 3 0.4977 0.625011 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR2049586 3 0.5119 0.163931 0.004 0.000 0.556 0.440
#> SRR2049585 3 0.4898 0.655181 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR2049584 3 0.6501 0.660593 0.316 0.000 0.588 0.096
#> SRR2049583 3 0.4992 0.601247 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR2049789 2 0.0469 0.704689 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049788 2 0.0592 0.702975 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049787 2 0.3907 0.659139 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR2049786 2 0.3745 0.592360 0.000 0.852 0.060 0.088
#> SRR2049785 2 0.0592 0.702975 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049784 3 0.4955 0.621878 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR2049783 2 0.3311 0.687788 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR2049782 2 0.0817 0.714127 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049781 2 0.0592 0.702975 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049780 2 0.2131 0.669180 0.000 0.932 0.036 0.032
#> SRR2049779 2 0.0469 0.704689 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049778 1 0.6016 0.435428 0.544 0.000 0.412 0.044
#> SRR2049777 2 0.4643 0.592953 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR2049776 3 0.4898 0.653775 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR2049775 2 0.0469 0.704689 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049774 3 0.6814 0.646457 0.276 0.000 0.584 0.140
#> SRR2049773 2 0.0469 0.704689 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049772 3 0.6726 0.652329 0.292 0.000 0.584 0.124
#> SRR2049771 2 0.3959 0.578448 0.000 0.840 0.068 0.092
#> SRR2049770 3 0.5454 0.000556 0.000 0.172 0.732 0.096
#> SRR2049769 2 0.0592 0.712423 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049768 2 0.0469 0.711553 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049767 2 0.5590 -0.178928 0.000 0.524 0.020 0.456
#> SRR2049766 1 0.1474 0.695153 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049765 2 0.2831 0.709516 0.000 0.876 0.004 0.120
#> SRR2049764 2 0.1042 0.696751 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR2049763 2 0.1022 0.715560 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049762 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049761 2 0.1940 0.716203 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049760 1 0.1557 0.693878 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049759 2 0.0469 0.704689 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049758 1 0.0000 0.699914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.4907 -0.357308 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR2049755 2 0.0707 0.701164 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049757 2 0.2149 0.714795 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049754 3 0.5498 0.659086 0.404 0.000 0.576 0.020
#> SRR2049752 1 0.5269 0.518104 0.620 0.000 0.364 0.016
#> SRR2049751 2 0.4961 0.526720 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR2049749 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049753 2 0.1389 0.717077 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049750 2 0.7346 -0.030969 0.020 0.456 0.432 0.092
#> SRR2049748 2 0.0188 0.709632 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049744 3 0.6367 0.661586 0.336 0.000 0.584 0.080
#> SRR2049743 2 0.2408 0.659819 0.000 0.920 0.036 0.044
#> SRR2049745 3 0.4992 0.601247 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR2049747 3 0.4981 0.619614 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR2049742 3 0.4955 0.639651 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR2049741 3 0.5112 0.171846 0.004 0.000 0.560 0.436
#> SRR2049738 2 0.1792 0.716917 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049737 3 0.3198 0.356000 0.080 0.000 0.880 0.040
#> SRR2049739 2 0.0469 0.704689 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049740 3 0.5119 0.163931 0.004 0.000 0.556 0.440
#> SRR2049736 4 0.6521 0.058215 0.412 0.000 0.076 0.512
#> SRR2049735 2 0.1389 0.717077 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049732 1 0.1302 0.696857 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049730 1 0.6521 0.408256 0.512 0.000 0.412 0.076
#> SRR2049734 2 0.0336 0.706023 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049733 3 0.7779 -0.163544 0.060 0.268 0.568 0.104
#> SRR2049731 2 0.1022 0.715666 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049729 1 0.3668 0.630331 0.808 0.000 0.188 0.004
#> SRR2049727 1 0.0000 0.699914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.699914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.6521 0.408256 0.512 0.000 0.412 0.076
#> SRR2049726 2 0.0469 0.704689 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049724 3 0.4994 0.593842 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049723 1 0.2647 0.575121 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR2049720 1 0.5756 0.496279 0.592 0.000 0.372 0.036
#> SRR2049719 2 0.1059 0.696604 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR2049722 3 0.4992 0.601247 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR2049721 1 0.0921 0.683092 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.699914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 2 0.6900 0.022892 0.004 0.488 0.416 0.092
#> SRR2049717 2 0.1211 0.716569 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049715 2 0.1389 0.717193 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049714 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049713 1 0.0336 0.696517 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049712 4 0.2401 0.598531 0.000 0.092 0.004 0.904
#> SRR2049711 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049710 2 0.4981 0.513151 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR2049709 1 0.0188 0.698450 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049707 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049708 1 0.2530 0.587215 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049706 1 0.4277 0.177988 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR2049705 3 0.4981 0.619614 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR2049704 1 0.3074 0.519586 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR2049702 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049703 4 0.3668 0.616872 0.004 0.000 0.188 0.808
#> SRR2049700 1 0.7993 0.287908 0.460 0.120 0.380 0.040
#> SRR2049701 1 0.1716 0.650117 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049699 3 0.5132 0.146818 0.004 0.000 0.548 0.448
#> SRR2049697 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049698 1 0.5371 0.515703 0.616 0.000 0.364 0.020
#> SRR2049696 1 0.2216 0.679266 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049694 1 0.5423 0.533279 0.640 0.000 0.332 0.028
#> SRR2049693 2 0.4985 0.507560 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR2049695 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049691 1 0.1474 0.695155 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049692 2 0.7724 -0.165227 0.000 0.436 0.244 0.320
#> SRR2049689 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049690 1 0.4730 -0.163690 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR2049688 4 0.8715 0.145298 0.052 0.200 0.340 0.408
#> SRR2049687 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049686 1 0.0000 0.699914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049684 4 0.3340 0.649152 0.004 0.004 0.144 0.848
#> SRR2049683 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049682 4 0.4379 0.621371 0.036 0.000 0.172 0.792
#> SRR2049680 4 0.3764 0.348913 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR2049681 2 0.3764 0.651259 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR2049678 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049679 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049676 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049675 1 0.0000 0.699914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049674 4 0.5168 -0.081180 0.004 0.000 0.496 0.500
#> SRR2049672 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049671 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049673 1 0.5744 0.106256 0.536 0.000 0.028 0.436
#> SRR2049670 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049668 1 0.0921 0.699340 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049669 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049667 1 0.0921 0.699340 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049666 4 0.3366 0.558233 0.004 0.096 0.028 0.872
#> SRR2049665 2 0.6727 0.036341 0.000 0.496 0.412 0.092
#> SRR2049664 1 0.0000 0.699914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.5290 0.467495 0.584 0.000 0.404 0.012
#> SRR2049663 1 0.0000 0.699914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 3 0.3542 0.334702 0.076 0.000 0.864 0.060
#> SRR2049662 1 0.3569 0.626663 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049659 2 0.4977 0.518511 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049657 1 0.0921 0.683177 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049658 3 0.5279 0.658797 0.400 0.000 0.588 0.012
#> SRR2049655 3 0.4946 0.142336 0.032 0.072 0.808 0.088
#> SRR2049656 3 0.4967 0.633498 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049654 1 0.3172 0.504411 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR2049652 1 0.4605 -0.077209 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR2049653 2 0.2814 0.703279 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2049649 1 0.2868 0.548044 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR2049650 1 0.4103 0.590617 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049651 2 0.2216 0.714084 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2049647 1 0.7248 -0.230420 0.532 0.000 0.284 0.184
#> SRR2049648 1 0.5997 0.483470 0.576 0.000 0.376 0.048
#> SRR2049646 2 0.2011 0.716066 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR2049644 4 0.2957 0.630669 0.016 0.068 0.016 0.900
#> SRR2049645 1 0.1792 0.644367 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049643 3 0.3877 0.346032 0.112 0.000 0.840 0.048
#> SRR2049641 3 0.4925 0.649819 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR2049639 2 0.1716 0.718529 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049638 1 0.4585 0.545324 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR2049640 3 0.3856 0.313718 0.032 0.000 0.832 0.136
#> SRR2049636 2 0.1474 0.717215 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049635 1 0.0921 0.683177 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049637 2 0.1716 0.717385 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049634 3 0.4967 0.633609 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049633 2 0.4985 0.507560 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR2049632 2 0.2131 0.669180 0.000 0.932 0.036 0.032
#> SRR2049631 2 0.2281 0.713015 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2049630 2 0.0469 0.704689 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049628 4 0.3743 0.618724 0.000 0.016 0.160 0.824
#> SRR2049629 2 0.2408 0.659819 0.000 0.920 0.036 0.044
#> SRR2049627 3 0.4164 0.167348 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR2049626 1 0.0469 0.700357 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049625 3 0.5119 0.163931 0.004 0.000 0.556 0.440
#> SRR2049624 1 0.1637 0.692589 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049623 4 0.5006 0.620699 0.032 0.020 0.176 0.772
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.3356 0.6533 0.120 0.012 0.844 0.000 0.024
#> SRR2049621 2 0.4278 0.5822 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR2049622 3 0.3356 0.6533 0.120 0.012 0.844 0.000 0.024
#> SRR2049620 2 0.6998 -0.0184 0.000 0.552 0.136 0.068 0.244
#> SRR2049619 1 0.4821 -0.1199 0.516 0.000 0.464 0.000 0.020
#> SRR2049618 4 0.3902 0.5429 0.008 0.048 0.000 0.808 0.136
#> SRR2049617 2 0.3790 0.7539 0.000 0.724 0.000 0.272 0.004
#> SRR2049616 1 0.0000 0.7653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 4 0.5796 -0.0703 0.000 0.284 0.000 0.588 0.128
#> SRR2049614 4 0.5446 0.1958 0.000 0.272 0.000 0.628 0.100
#> SRR2049613 4 0.6736 -0.0920 0.000 0.312 0.000 0.412 0.276
#> SRR2049612 3 0.5282 0.6331 0.268 0.000 0.644 0.000 0.088
#> SRR2049611 5 0.4135 0.5356 0.340 0.000 0.004 0.000 0.656
#> SRR2049610 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 3 0.4747 0.5406 0.352 0.000 0.620 0.000 0.028
#> SRR2049608 4 0.4215 0.5138 0.004 0.052 0.000 0.772 0.172
#> SRR2049607 2 0.6025 0.5257 0.004 0.612 0.004 0.156 0.224
#> SRR2049606 3 0.3093 0.6806 0.168 0.000 0.824 0.000 0.008
#> SRR2049605 3 0.5793 0.4193 0.028 0.096 0.732 0.072 0.072
#> SRR2049604 3 0.1612 0.5683 0.016 0.012 0.948 0.000 0.024
#> SRR2049603 1 0.1478 0.7462 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.1410 0.7487 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR2049601 3 0.4885 0.4477 0.400 0.000 0.572 0.000 0.028
#> SRR2049600 1 0.0963 0.7604 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049599 3 0.3074 0.6787 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR2049598 3 0.3543 0.6614 0.136 0.012 0.828 0.000 0.024
#> SRR2049597 1 0.1282 0.7582 0.952 0.000 0.044 0.000 0.004
#> SRR2049596 3 0.3282 0.6807 0.188 0.000 0.804 0.000 0.008
#> SRR2049595 3 0.5039 0.2761 0.000 0.244 0.676 0.000 0.080
#> SRR2049594 1 0.3074 0.4937 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049593 3 0.2568 0.6137 0.064 0.012 0.900 0.000 0.024
#> SRR2049592 3 0.4498 0.6403 0.280 0.000 0.688 0.000 0.032
#> SRR2049591 3 0.4157 0.6556 0.264 0.000 0.716 0.000 0.020
#> SRR2049590 3 0.4326 0.6546 0.264 0.000 0.708 0.000 0.028
#> SRR2049589 3 0.4243 0.6552 0.264 0.000 0.712 0.000 0.024
#> SRR2049588 3 0.4404 0.6539 0.264 0.000 0.704 0.000 0.032
#> SRR2049586 3 0.4847 0.2933 0.000 0.240 0.692 0.000 0.068
#> SRR2049585 3 0.3462 0.6797 0.196 0.000 0.792 0.000 0.012
#> SRR2049584 3 0.2773 0.6570 0.112 0.000 0.868 0.000 0.020
#> SRR2049583 3 0.5232 0.6349 0.268 0.000 0.648 0.000 0.084
#> SRR2049789 2 0.3816 0.7491 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR2049788 2 0.3766 0.7524 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> SRR2049787 4 0.3913 0.1160 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR2049786 2 0.5791 0.5322 0.000 0.600 0.000 0.140 0.260
#> SRR2049785 2 0.3814 0.7549 0.000 0.720 0.000 0.276 0.004
#> SRR2049784 3 0.6071 0.5702 0.192 0.000 0.572 0.000 0.236
#> SRR2049783 4 0.4030 0.0166 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR2049782 2 0.3949 0.7351 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR2049781 2 0.3715 0.7493 0.000 0.736 0.000 0.260 0.004
#> SRR2049780 2 0.5958 0.6019 0.000 0.592 0.000 0.208 0.200
#> SRR2049779 2 0.3661 0.7553 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2049778 5 0.4307 0.2758 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR2049777 4 0.3684 0.2572 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR2049776 3 0.5610 0.6328 0.184 0.000 0.640 0.000 0.176
#> SRR2049775 2 0.3661 0.7553 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2049774 3 0.2897 0.6165 0.072 0.020 0.884 0.000 0.024
#> SRR2049773 2 0.3684 0.7549 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR2049772 3 0.2758 0.6235 0.076 0.012 0.888 0.000 0.024
#> SRR2049771 2 0.6112 0.4770 0.000 0.516 0.000 0.140 0.344
#> SRR2049770 5 0.4401 0.5974 0.000 0.104 0.132 0.000 0.764
#> SRR2049769 2 0.3932 0.7376 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR2049768 2 0.3774 0.7521 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR2049767 2 0.5182 0.1599 0.000 0.708 0.164 0.008 0.120
#> SRR2049766 1 0.0290 0.7619 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049765 4 0.5987 -0.0442 0.000 0.272 0.000 0.572 0.156
#> SRR2049764 2 0.4602 0.7289 0.000 0.708 0.000 0.240 0.052
#> SRR2049763 2 0.4074 0.7102 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.4291 0.5583 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR2049760 1 0.0290 0.7605 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049759 2 0.3838 0.7555 0.000 0.716 0.000 0.280 0.004
#> SRR2049758 1 0.0290 0.7672 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049756 3 0.4876 0.4525 0.396 0.000 0.576 0.000 0.028
#> SRR2049755 2 0.5819 0.6390 0.000 0.600 0.000 0.252 0.148
#> SRR2049757 4 0.4307 -0.4897 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR2049754 3 0.4642 0.6597 0.140 0.004 0.752 0.000 0.104
#> SRR2049752 5 0.4294 0.3268 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR2049751 4 0.2813 0.4865 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR2049749 4 0.0290 0.6736 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049753 2 0.4060 0.7122 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR2049750 5 0.3700 0.5606 0.000 0.240 0.008 0.000 0.752
#> SRR2049748 2 0.4088 0.7049 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR2049744 3 0.3674 0.6665 0.148 0.012 0.816 0.000 0.024
#> SRR2049743 2 0.5983 0.6011 0.000 0.588 0.000 0.200 0.212
#> SRR2049745 3 0.5357 0.6333 0.264 0.000 0.640 0.000 0.096
#> SRR2049747 3 0.4404 0.6539 0.264 0.000 0.704 0.000 0.032
#> SRR2049742 3 0.5417 0.6446 0.236 0.000 0.648 0.000 0.116
#> SRR2049741 3 0.4502 0.3494 0.000 0.180 0.744 0.000 0.076
#> SRR2049738 2 0.4291 0.5591 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR2049737 5 0.4329 0.4347 0.016 0.000 0.312 0.000 0.672
#> SRR2049739 2 0.3730 0.7537 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR2049740 3 0.4879 0.2985 0.000 0.228 0.696 0.000 0.076
#> SRR2049736 3 0.8435 -0.1798 0.152 0.280 0.292 0.000 0.276
#> SRR2049735 2 0.4161 0.6791 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR2049732 1 0.0290 0.7619 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049730 5 0.4251 0.4839 0.372 0.004 0.000 0.000 0.624
#> SRR2049734 2 0.3895 0.7418 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2049733 5 0.5957 0.5324 0.040 0.160 0.132 0.000 0.668
#> SRR2049731 2 0.4201 0.6588 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049729 1 0.4624 0.2471 0.636 0.000 0.024 0.000 0.340
#> SRR2049727 1 0.0290 0.7672 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0290 0.7672 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049725 5 0.4045 0.5081 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2049726 2 0.3661 0.7553 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2049724 3 0.4666 0.6347 0.284 0.000 0.676 0.000 0.040
#> SRR2049723 1 0.4969 0.1800 0.588 0.000 0.376 0.000 0.036
#> SRR2049720 5 0.4668 0.5012 0.352 0.000 0.024 0.000 0.624
#> SRR2049719 2 0.4297 0.7273 0.000 0.728 0.036 0.236 0.000
#> SRR2049722 3 0.5232 0.6349 0.268 0.000 0.648 0.000 0.084
#> SRR2049721 1 0.0963 0.7593 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0162 0.7665 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049718 5 0.3508 0.5440 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR2049717 2 0.5425 0.6930 0.000 0.600 0.000 0.320 0.080
#> SRR2049715 2 0.4249 0.6195 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.0404 0.7671 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049712 4 0.7278 0.2360 0.000 0.252 0.160 0.516 0.072
#> SRR2049711 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0703 0.7645 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.5304 0.1108 0.560 0.000 0.384 0.000 0.056
#> SRR2049706 1 0.4562 -0.1963 0.496 0.000 0.496 0.000 0.008
#> SRR2049705 3 0.4157 0.6556 0.264 0.000 0.716 0.000 0.020
#> SRR2049704 1 0.4101 0.2553 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 4 0.8010 0.0197 0.000 0.244 0.312 0.356 0.088
#> SRR2049700 1 0.6372 -0.0626 0.492 0.324 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049701 1 0.3143 0.6167 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.5240 0.2652 0.000 0.244 0.660 0.000 0.096
#> SRR2049697 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 5 0.4552 0.3150 0.468 0.000 0.008 0.000 0.524
#> SRR2049696 1 0.0510 0.7541 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049694 1 0.3655 0.5228 0.804 0.000 0.000 0.036 0.160
#> SRR2049693 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.0510 0.7554 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049692 5 0.5688 0.3588 0.000 0.328 0.100 0.000 0.572
#> SRR2049689 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 3 0.5546 0.3057 0.436 0.000 0.496 0.000 0.068
#> SRR2049688 3 0.7665 0.0136 0.052 0.312 0.380 0.000 0.256
#> SRR2049687 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0290 0.7672 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 4 0.7961 0.0716 0.000 0.252 0.268 0.392 0.088
#> SRR2049683 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 4 0.8320 0.0174 0.020 0.236 0.308 0.364 0.072
#> SRR2049680 4 0.5645 0.3980 0.000 0.244 0.040 0.660 0.056
#> SRR2049681 4 0.4101 -0.0432 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR2049678 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.0324 0.7656 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049677 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.6309 0.2188 0.000 0.244 0.612 0.048 0.096
#> SRR2049672 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.7436 0.0823 0.492 0.236 0.204 0.000 0.068
#> SRR2049670 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.0290 0.7625 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049669 4 0.0000 0.6779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0162 0.7641 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049666 4 0.8446 0.0697 0.004 0.300 0.132 0.320 0.244
#> SRR2049665 5 0.3612 0.5047 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR2049664 1 0.0162 0.7666 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.3551 0.4307 0.772 0.008 0.000 0.000 0.220
#> SRR2049663 1 0.0000 0.7653 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 5 0.4173 0.4560 0.012 0.000 0.300 0.000 0.688
#> SRR2049662 1 0.1121 0.7261 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049659 4 0.1671 0.6083 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR2049657 1 0.2773 0.6603 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.4333 0.6811 0.188 0.000 0.752 0.000 0.060
#> SRR2049655 5 0.4453 0.5683 0.004 0.060 0.184 0.000 0.752
#> SRR2049656 3 0.4243 0.6552 0.264 0.000 0.712 0.000 0.024
#> SRR2049654 1 0.4464 0.1368 0.584 0.000 0.408 0.000 0.008
#> SRR2049652 3 0.4219 0.4233 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR2049653 4 0.4182 -0.1906 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR2049649 1 0.4909 0.1741 0.588 0.000 0.380 0.000 0.032
#> SRR2049650 1 0.2377 0.6245 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2049651 4 0.4171 -0.1656 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR2049647 3 0.7356 0.4135 0.320 0.000 0.460 0.160 0.060
#> SRR2049648 5 0.4088 0.5600 0.304 0.000 0.008 0.000 0.688
#> SRR2049646 2 0.4307 0.4789 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR2049644 2 0.8916 -0.2180 0.016 0.304 0.200 0.240 0.240
#> SRR2049645 1 0.5263 0.1654 0.576 0.000 0.368 0.000 0.056
#> SRR2049643 5 0.4526 0.4442 0.028 0.000 0.300 0.000 0.672
#> SRR2049641 3 0.5375 0.6530 0.200 0.000 0.664 0.000 0.136
#> SRR2049639 4 0.4304 -0.4349 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049638 1 0.2377 0.6001 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2049640 3 0.4627 -0.1196 0.000 0.012 0.544 0.000 0.444
#> SRR2049636 2 0.4249 0.6206 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR2049635 1 0.3366 0.5888 0.784 0.000 0.212 0.000 0.004
#> SRR2049637 2 0.4192 0.6634 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR2049634 3 0.5357 0.6333 0.264 0.000 0.640 0.000 0.096
#> SRR2049633 4 0.0404 0.6707 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049632 2 0.5930 0.6057 0.000 0.596 0.000 0.208 0.196
#> SRR2049631 4 0.4383 -0.2762 0.000 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR2049630 2 0.3661 0.7553 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2049628 4 0.8163 -0.0863 0.000 0.196 0.128 0.364 0.312
#> SRR2049629 2 0.5904 0.6097 0.000 0.600 0.000 0.196 0.204
#> SRR2049627 5 0.4811 0.2386 0.000 0.020 0.452 0.000 0.528
#> SRR2049626 1 0.0510 0.7663 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.5013 0.2810 0.000 0.240 0.680 0.000 0.080
#> SRR2049624 1 0.1768 0.7110 0.924 0.004 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049623 3 0.8992 -0.0430 0.036 0.228 0.304 0.300 0.132
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.4413 0.4136 0.752 0.092 0.132 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049621 2 0.3634 0.5865 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.4373 0.4187 0.756 0.092 0.128 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049620 3 0.3016 0.5491 0.000 0.092 0.852 0.048 0.008 0.000
#> SRR2049619 1 0.4408 0.4629 0.608 0.000 0.000 0.000 0.036 0.356
#> SRR2049618 4 0.4923 0.3767 0.000 0.056 0.324 0.608 0.000 0.012
#> SRR2049617 2 0.2402 0.7927 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049616 6 0.0458 0.8392 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049615 4 0.5990 0.3674 0.000 0.168 0.212 0.580 0.040 0.000
#> SRR2049614 4 0.5273 0.4507 0.000 0.208 0.004 0.620 0.168 0.000
#> SRR2049613 4 0.6033 0.1892 0.000 0.212 0.004 0.432 0.352 0.000
#> SRR2049612 1 0.4563 0.6394 0.700 0.000 0.000 0.000 0.164 0.136
#> SRR2049611 5 0.3277 0.7116 0.016 0.000 0.004 0.000 0.792 0.188
#> SRR2049610 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.4025 0.6269 0.720 0.000 0.000 0.000 0.048 0.232
#> SRR2049608 4 0.5276 0.3389 0.000 0.060 0.344 0.576 0.012 0.008
#> SRR2049607 2 0.5327 0.2996 0.000 0.532 0.396 0.036 0.032 0.004
#> SRR2049606 1 0.2809 0.6370 0.872 0.008 0.020 0.000 0.012 0.088
#> SRR2049605 1 0.6440 -0.1005 0.488 0.056 0.368 0.048 0.040 0.000
#> SRR2049604 1 0.4413 0.4107 0.752 0.092 0.132 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049603 6 0.2632 0.7350 0.164 0.000 0.000 0.000 0.004 0.832
#> SRR2049602 6 0.2703 0.7224 0.172 0.000 0.000 0.000 0.004 0.824
#> SRR2049601 1 0.4191 0.6169 0.704 0.000 0.000 0.000 0.056 0.240
#> SRR2049600 6 0.2048 0.7840 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR2049599 1 0.2632 0.5949 0.896 0.020 0.028 0.000 0.016 0.040
#> SRR2049598 1 0.4373 0.4187 0.756 0.092 0.128 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049597 6 0.1556 0.8126 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049596 1 0.2108 0.6081 0.920 0.016 0.012 0.000 0.012 0.040
#> SRR2049595 3 0.5610 0.2636 0.432 0.084 0.464 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049594 6 0.2320 0.7108 0.004 0.000 0.000 0.000 0.132 0.864
#> SRR2049593 1 0.4413 0.4136 0.752 0.092 0.132 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049592 1 0.3566 0.6727 0.788 0.000 0.000 0.000 0.056 0.156
#> SRR2049591 1 0.3083 0.6762 0.828 0.000 0.000 0.000 0.040 0.132
#> SRR2049590 1 0.3254 0.6759 0.816 0.000 0.000 0.000 0.048 0.136
#> SRR2049589 1 0.3083 0.6762 0.828 0.000 0.000 0.000 0.040 0.132
#> SRR2049588 1 0.3493 0.6738 0.800 0.000 0.000 0.000 0.064 0.136
#> SRR2049586 1 0.5744 -0.2381 0.468 0.092 0.416 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049585 1 0.2214 0.6511 0.892 0.000 0.012 0.000 0.004 0.092
#> SRR2049584 1 0.3747 0.4661 0.808 0.076 0.096 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049583 1 0.4535 0.6441 0.704 0.000 0.000 0.000 0.152 0.144
#> SRR2049789 2 0.2491 0.7895 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.2320 0.7902 0.000 0.864 0.004 0.132 0.000 0.000
#> SRR2049787 4 0.3695 0.2410 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR2049786 2 0.5042 0.5680 0.000 0.592 0.000 0.100 0.308 0.000
#> SRR2049785 2 0.2362 0.7916 0.000 0.860 0.004 0.136 0.000 0.000
#> SRR2049784 1 0.5104 0.4269 0.540 0.000 0.000 0.000 0.372 0.088
#> SRR2049783 4 0.3955 0.0217 0.000 0.436 0.000 0.560 0.004 0.000
#> SRR2049782 2 0.2697 0.7822 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.2234 0.7865 0.000 0.872 0.004 0.124 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.5767 0.4920 0.000 0.600 0.268 0.064 0.064 0.004
#> SRR2049779 2 0.2219 0.7918 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR2049778 5 0.4263 0.2317 0.000 0.000 0.016 0.000 0.504 0.480
#> SRR2049777 4 0.3991 -0.1357 0.000 0.472 0.004 0.524 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.4844 0.5082 0.608 0.000 0.000 0.000 0.312 0.080
#> SRR2049775 2 0.2260 0.7927 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049774 1 0.4489 0.4010 0.744 0.092 0.140 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049773 2 0.2260 0.7927 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.4413 0.4136 0.752 0.092 0.132 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049771 2 0.6703 0.4048 0.000 0.488 0.252 0.072 0.188 0.000
#> SRR2049770 5 0.1599 0.6949 0.028 0.024 0.008 0.000 0.940 0.000
#> SRR2049769 2 0.2730 0.7803 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.2260 0.7927 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049767 2 0.4766 0.0209 0.020 0.520 0.444 0.012 0.004 0.000
#> SRR2049766 6 0.0405 0.8363 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049765 4 0.6310 0.3299 0.000 0.172 0.216 0.552 0.060 0.000
#> SRR2049764 2 0.3107 0.7735 0.000 0.832 0.000 0.116 0.052 0.000
#> SRR2049763 2 0.3023 0.7707 0.000 0.784 0.004 0.212 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.3717 0.5286 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR2049760 6 0.0363 0.8385 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049759 2 0.2402 0.7927 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049758 6 0.0458 0.8392 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049756 1 0.4193 0.5865 0.684 0.000 0.000 0.000 0.044 0.272
#> SRR2049755 2 0.4843 0.5796 0.000 0.652 0.252 0.092 0.000 0.004
#> SRR2049757 2 0.3782 0.4630 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR2049754 1 0.5120 0.5925 0.664 0.000 0.024 0.000 0.216 0.096
#> SRR2049752 5 0.4482 0.5523 0.048 0.000 0.000 0.000 0.628 0.324
#> SRR2049751 4 0.3076 0.5421 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR2049749 4 0.0260 0.7814 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.2697 0.7827 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2049750 5 0.1349 0.6995 0.000 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004
#> SRR2049748 2 0.2969 0.7608 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR2049744 1 0.4333 0.4230 0.760 0.092 0.124 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049743 2 0.5841 0.5116 0.000 0.596 0.252 0.068 0.084 0.000
#> SRR2049745 1 0.4687 0.6295 0.684 0.000 0.000 0.000 0.180 0.136
#> SRR2049747 1 0.3276 0.6755 0.816 0.000 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR2049742 1 0.4792 0.6255 0.668 0.000 0.000 0.000 0.200 0.132
#> SRR2049741 1 0.5961 -0.1595 0.492 0.088 0.376 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049738 2 0.3547 0.6290 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR2049737 5 0.2581 0.6827 0.128 0.000 0.000 0.000 0.856 0.016
#> SRR2049739 2 0.2442 0.7930 0.000 0.852 0.004 0.144 0.000 0.000
#> SRR2049740 1 0.5749 -0.2628 0.460 0.092 0.424 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049736 3 0.2082 0.5635 0.020 0.052 0.916 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049735 2 0.2996 0.7581 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR2049732 6 0.0405 0.8363 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049730 5 0.3741 0.5499 0.000 0.000 0.008 0.000 0.672 0.320
#> SRR2049734 2 0.2631 0.7852 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR2049733 5 0.7454 0.0617 0.076 0.124 0.364 0.000 0.388 0.048
#> SRR2049731 2 0.3076 0.7476 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR2049729 6 0.5075 -0.1585 0.076 0.000 0.000 0.000 0.456 0.468
#> SRR2049727 6 0.0547 0.8388 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049728 6 0.0547 0.8388 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049725 5 0.3240 0.6543 0.000 0.000 0.004 0.000 0.752 0.244
#> SRR2049726 2 0.2402 0.7927 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.3948 0.6564 0.748 0.000 0.000 0.000 0.064 0.188
#> SRR2049723 1 0.4773 0.3900 0.556 0.000 0.000 0.000 0.056 0.388
#> SRR2049720 5 0.3520 0.7077 0.096 0.000 0.000 0.000 0.804 0.100
#> SRR2049719 2 0.2789 0.7565 0.044 0.864 0.004 0.088 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.4530 0.6414 0.704 0.000 0.000 0.000 0.160 0.136
#> SRR2049721 6 0.1814 0.7985 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2049716 6 0.0713 0.8368 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2049718 5 0.1531 0.6917 0.000 0.068 0.000 0.000 0.928 0.004
#> SRR2049717 2 0.3806 0.7498 0.000 0.768 0.068 0.164 0.000 0.000
#> SRR2049715 2 0.3330 0.6994 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 6 0.1267 0.8240 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2049712 3 0.3975 0.5004 0.000 0.008 0.600 0.392 0.000 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 6 0.2006 0.7976 0.104 0.000 0.000 0.000 0.004 0.892
#> SRR2049707 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.5057 0.4404 0.560 0.000 0.000 0.000 0.088 0.352
#> SRR2049706 1 0.4078 0.4949 0.640 0.000 0.000 0.000 0.020 0.340
#> SRR2049705 1 0.3123 0.6763 0.824 0.000 0.000 0.000 0.040 0.136
#> SRR2049704 6 0.3864 -0.0978 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR2049702 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.4948 0.5966 0.048 0.000 0.616 0.316 0.020 0.000
#> SRR2049700 6 0.6329 0.1050 0.000 0.168 0.312 0.000 0.036 0.484
#> SRR2049701 6 0.4559 0.5052 0.284 0.024 0.020 0.000 0.004 0.668
#> SRR2049699 3 0.4540 0.5148 0.264 0.024 0.680 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 5 0.4249 0.5466 0.032 0.000 0.000 0.000 0.640 0.328
#> SRR2049696 6 0.0436 0.8315 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR2049694 6 0.2773 0.7020 0.000 0.004 0.004 0.012 0.128 0.852
#> SRR2049693 4 0.0363 0.7705 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0146 0.7833 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049691 6 0.0405 0.8363 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049692 3 0.4815 0.3161 0.016 0.064 0.664 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.4971 0.5240 0.604 0.000 0.000 0.000 0.096 0.300
#> SRR2049688 3 0.2805 0.5189 0.184 0.000 0.812 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 6 0.0458 0.8392 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049685 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.4423 0.5916 0.016 0.000 0.644 0.320 0.020 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.5405 0.5830 0.072 0.000 0.584 0.320 0.020 0.004
#> SRR2049680 4 0.4018 -0.1168 0.000 0.008 0.412 0.580 0.000 0.000
#> SRR2049681 4 0.3426 0.4771 0.000 0.276 0.000 0.720 0.004 0.000
#> SRR2049678 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0260 0.7818 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049675 6 0.0508 0.8379 0.012 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049677 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.4448 0.5672 0.204 0.000 0.724 0.040 0.032 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.4101 0.1876 0.012 0.000 0.580 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049670 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 6 0.0951 0.8185 0.004 0.008 0.020 0.000 0.000 0.968
#> SRR2049669 4 0.0000 0.7844 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 6 0.0405 0.8363 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049666 3 0.3537 0.5591 0.000 0.040 0.824 0.112 0.020 0.004
#> SRR2049665 5 0.2358 0.6448 0.000 0.108 0.016 0.000 0.876 0.000
#> SRR2049664 6 0.0547 0.8388 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049661 6 0.3417 0.6681 0.000 0.020 0.092 0.000 0.056 0.832
#> SRR2049663 6 0.0458 0.8392 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049660 5 0.2312 0.6976 0.112 0.000 0.000 0.000 0.876 0.012
#> SRR2049662 6 0.0551 0.8288 0.004 0.004 0.000 0.000 0.008 0.984
#> SRR2049659 4 0.2260 0.6761 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR2049657 6 0.3482 0.4532 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR2049658 1 0.3968 0.6211 0.812 0.016 0.024 0.004 0.104 0.040
#> SRR2049655 5 0.1194 0.7078 0.032 0.008 0.000 0.000 0.956 0.004
#> SRR2049656 1 0.2999 0.6752 0.836 0.000 0.000 0.000 0.040 0.124
#> SRR2049654 1 0.4168 0.3798 0.584 0.000 0.000 0.000 0.016 0.400
#> SRR2049652 1 0.5285 0.4995 0.676 0.072 0.028 0.000 0.016 0.208
#> SRR2049653 4 0.3995 -0.1645 0.000 0.480 0.004 0.516 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.4736 0.3731 0.552 0.000 0.000 0.000 0.052 0.396
#> SRR2049650 6 0.2536 0.7502 0.020 0.000 0.000 0.000 0.116 0.864
#> SRR2049651 4 0.3817 0.0511 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.6235 0.5659 0.588 0.000 0.000 0.136 0.096 0.180
#> SRR2049648 5 0.2633 0.7315 0.032 0.000 0.000 0.000 0.864 0.104
#> SRR2049646 2 0.3727 0.5246 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.2344 0.5844 0.000 0.028 0.892 0.076 0.000 0.004
#> SRR2049645 1 0.5137 0.4343 0.552 0.000 0.000 0.000 0.096 0.352
#> SRR2049643 5 0.2624 0.6865 0.124 0.000 0.000 0.000 0.856 0.020
#> SRR2049641 1 0.5126 0.5696 0.636 0.000 0.012 0.000 0.252 0.100
#> SRR2049639 2 0.4072 0.3446 0.000 0.544 0.000 0.448 0.008 0.000
#> SRR2049638 6 0.1265 0.7865 0.000 0.008 0.000 0.000 0.044 0.948
#> SRR2049640 1 0.6798 -0.0547 0.448 0.092 0.116 0.000 0.340 0.004
#> SRR2049636 2 0.3390 0.6843 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR2049635 6 0.3923 0.2788 0.372 0.000 0.000 0.000 0.008 0.620
#> SRR2049637 2 0.3198 0.7280 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.4801 0.6264 0.668 0.000 0.000 0.000 0.196 0.136
#> SRR2049633 4 0.1536 0.7321 0.000 0.016 0.040 0.940 0.000 0.004
#> SRR2049632 2 0.5682 0.5026 0.000 0.600 0.268 0.068 0.064 0.000
#> SRR2049631 4 0.3995 -0.1574 0.000 0.480 0.004 0.516 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.2260 0.7927 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049628 3 0.5992 0.5485 0.012 0.016 0.540 0.308 0.124 0.000
#> SRR2049629 2 0.5852 0.5354 0.000 0.604 0.236 0.072 0.088 0.000
#> SRR2049627 1 0.6852 -0.1246 0.412 0.092 0.140 0.000 0.356 0.000
#> SRR2049626 6 0.2266 0.7837 0.108 0.000 0.000 0.000 0.012 0.880
#> SRR2049625 3 0.5712 0.2794 0.424 0.088 0.464 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049624 6 0.2213 0.7462 0.004 0.008 0.100 0.000 0.000 0.888
#> SRR2049623 3 0.7051 0.5207 0.156 0.016 0.504 0.228 0.096 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.971 0.988 0.4771 0.526 0.526
#> 3 3 0.652 0.755 0.873 0.3409 0.767 0.584
#> 4 4 0.659 0.728 0.856 0.0788 0.945 0.849
#> 5 5 0.675 0.654 0.838 0.1248 0.840 0.541
#> 6 6 0.654 0.534 0.713 0.0565 0.872 0.504
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049620 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049618 1 0.9963 0.156 0.536 0.464
#> SRR2049617 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049613 2 0.2043 0.962 0.032 0.968
#> SRR2049612 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.0672 0.977 0.992 0.008
#> SRR2049607 1 0.6531 0.798 0.832 0.168
#> SRR2049606 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.0376 0.990 0.004 0.996
#> SRR2049770 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049767 1 0.2043 0.955 0.968 0.032
#> SRR2049766 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049757 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.1843 0.959 0.972 0.028
#> SRR2049748 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049731 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049719 1 0.9909 0.222 0.556 0.444
#> SRR2049722 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.9710 0.308 0.400 0.600
#> SRR2049711 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049700 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.8327 0.650 0.736 0.264
#> SRR2049689 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049687 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049683 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.3274 0.927 0.940 0.060
#> SRR2049665 1 0.8207 0.663 0.744 0.256
#> SRR2049664 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049644 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.3274 0.932 0.060 0.940
#> SRR2049632 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049629 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2049627 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.6973 0.771 0.812 0.188
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.4887 0.791192 0.772 0.000 0.228
#> SRR2049621 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.5591 0.707040 0.696 0.000 0.304
#> SRR2049620 3 0.2796 0.725191 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049619 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.2165 0.709056 0.000 0.064 0.936
#> SRR2049617 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.1860 0.879124 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049615 2 0.6305 -0.143795 0.000 0.516 0.484
#> SRR2049614 3 0.6095 0.441382 0.000 0.392 0.608
#> SRR2049613 3 0.6341 0.559160 0.016 0.312 0.672
#> SRR2049612 1 0.1031 0.890296 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049611 1 0.4605 0.796499 0.796 0.000 0.204
#> SRR2049610 2 0.2537 0.878741 0.000 0.920 0.080
#> SRR2049609 1 0.0592 0.891024 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049608 3 0.2878 0.723597 0.096 0.000 0.904
#> SRR2049607 3 0.2939 0.721160 0.012 0.072 0.916
#> SRR2049606 1 0.1411 0.887628 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049605 1 0.6215 0.522378 0.572 0.000 0.428
#> SRR2049604 1 0.6045 0.342240 0.620 0.000 0.380
#> SRR2049603 1 0.0892 0.890604 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049602 1 0.1163 0.889420 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049601 1 0.0237 0.890445 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049600 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.1163 0.889420 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049598 1 0.1411 0.887763 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049597 1 0.0237 0.890428 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049596 1 0.1163 0.889420 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049595 3 0.5016 0.636487 0.240 0.000 0.760
#> SRR2049594 1 0.4291 0.812508 0.820 0.000 0.180
#> SRR2049593 1 0.1860 0.880862 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049592 1 0.0592 0.891024 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049591 1 0.1163 0.889420 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049590 1 0.1031 0.890353 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049589 1 0.1163 0.889420 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049588 1 0.1163 0.889420 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049586 3 0.2448 0.727379 0.076 0.000 0.924
#> SRR2049585 1 0.1163 0.889420 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049584 1 0.1529 0.886301 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049583 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049787 3 0.6111 0.439342 0.000 0.396 0.604
#> SRR2049786 3 0.6111 0.439342 0.000 0.396 0.604
#> SRR2049785 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049784 1 0.1163 0.889420 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049783 3 0.5650 0.557358 0.000 0.312 0.688
#> SRR2049782 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.1711 0.879859 0.008 0.960 0.032
#> SRR2049779 2 0.6192 0.138208 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049778 1 0.4399 0.808226 0.812 0.000 0.188
#> SRR2049777 3 0.5650 0.557358 0.000 0.312 0.688
#> SRR2049776 1 0.3482 0.815511 0.872 0.000 0.128
#> SRR2049775 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049774 1 0.3038 0.847510 0.896 0.000 0.104
#> SRR2049773 2 0.1031 0.890459 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049772 1 0.1163 0.889420 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049771 3 0.5728 0.596554 0.008 0.272 0.720
#> SRR2049770 3 0.2537 0.727677 0.080 0.000 0.920
#> SRR2049769 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.2680 0.729079 0.068 0.008 0.924
#> SRR2049766 1 0.5254 0.733792 0.736 0.000 0.264
#> SRR2049765 2 0.4346 0.687191 0.000 0.816 0.184
#> SRR2049764 2 0.5926 0.327335 0.000 0.644 0.356
#> SRR2049763 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.2625 0.877324 0.000 0.916 0.084
#> SRR2049761 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0237 0.890445 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049755 2 0.4346 0.659886 0.000 0.816 0.184
#> SRR2049757 3 0.6111 0.439342 0.000 0.396 0.604
#> SRR2049754 1 0.1529 0.886278 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049752 1 0.5529 0.697921 0.704 0.000 0.296
#> SRR2049751 3 0.6309 0.177949 0.000 0.496 0.504
#> SRR2049749 2 0.1964 0.889026 0.000 0.944 0.056
#> SRR2049753 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049750 3 0.3207 0.728260 0.084 0.012 0.904
#> SRR2049748 3 0.5968 0.496056 0.000 0.364 0.636
#> SRR2049744 1 0.1411 0.887473 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049743 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049745 1 0.0592 0.891167 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049747 1 0.1031 0.890294 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049742 1 0.6215 0.487676 0.572 0.000 0.428
#> SRR2049741 3 0.6280 0.001254 0.460 0.000 0.540
#> SRR2049738 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.5988 0.609691 0.632 0.000 0.368
#> SRR2049739 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.2796 0.726849 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049736 3 0.3551 0.689138 0.132 0.000 0.868
#> SRR2049735 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.4654 0.793661 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049730 1 0.4654 0.793661 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049734 2 0.5859 0.376675 0.000 0.656 0.344
#> SRR2049733 3 0.2625 0.727493 0.084 0.000 0.916
#> SRR2049731 3 0.6045 0.467903 0.000 0.380 0.620
#> SRR2049729 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0892 0.887568 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049728 1 0.1529 0.882966 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049725 1 0.4452 0.803910 0.808 0.000 0.192
#> SRR2049726 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.0592 0.891328 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049723 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049719 3 0.4750 0.646245 0.000 0.216 0.784
#> SRR2049722 1 0.0892 0.890604 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049721 1 0.4654 0.793661 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049716 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 3 0.3340 0.724927 0.120 0.000 0.880
#> SRR2049717 3 0.5621 0.569585 0.000 0.308 0.692
#> SRR2049715 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 3 0.5706 0.455914 0.000 0.320 0.680
#> SRR2049713 1 0.4750 0.793821 0.784 0.000 0.216
#> SRR2049712 3 0.0000 0.713596 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.1031 0.899531 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049710 2 0.3116 0.868774 0.000 0.892 0.108
#> SRR2049709 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.3116 0.868569 0.000 0.892 0.108
#> SRR2049708 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0424 0.890746 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049705 1 0.0747 0.891152 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049704 1 0.0424 0.890746 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049702 2 0.2448 0.879437 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049703 3 0.6008 0.123943 0.372 0.000 0.628
#> SRR2049700 3 0.6260 0.000938 0.448 0.000 0.552
#> SRR2049701 1 0.4750 0.793821 0.784 0.000 0.216
#> SRR2049699 3 0.6168 0.034186 0.412 0.000 0.588
#> SRR2049697 2 0.2448 0.879437 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049698 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.4654 0.793661 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049694 1 0.5397 0.713877 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049693 3 0.2356 0.698372 0.000 0.072 0.928
#> SRR2049695 2 0.1031 0.899531 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049691 1 0.4654 0.793661 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049692 3 0.3038 0.707616 0.000 0.104 0.896
#> SRR2049689 2 0.2448 0.879437 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049690 1 0.1163 0.889420 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049688 1 0.4178 0.766451 0.828 0.000 0.172
#> SRR2049687 2 0.2448 0.879437 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049686 1 0.4654 0.793661 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049685 2 0.2537 0.878580 0.000 0.920 0.080
#> SRR2049684 3 0.4235 0.606663 0.176 0.000 0.824
#> SRR2049683 2 0.2448 0.879437 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049682 3 0.5948 0.166120 0.360 0.000 0.640
#> SRR2049680 3 0.2356 0.708378 0.000 0.072 0.928
#> SRR2049681 3 0.5926 0.505488 0.000 0.356 0.644
#> SRR2049678 2 0.1860 0.888859 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049679 2 0.2448 0.879437 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049676 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.4654 0.793661 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049677 3 0.5733 0.449517 0.000 0.324 0.676
#> SRR2049674 3 0.6111 0.041350 0.396 0.000 0.604
#> SRR2049672 2 0.3412 0.848467 0.000 0.876 0.124
#> SRR2049671 2 0.2448 0.879437 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049673 1 0.4974 0.788619 0.764 0.000 0.236
#> SRR2049670 2 0.1031 0.899531 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049668 1 0.5058 0.764669 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049669 2 0.2448 0.879437 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049667 1 0.4654 0.793661 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049666 3 0.2176 0.726446 0.032 0.020 0.948
#> SRR2049665 3 0.3045 0.722187 0.020 0.064 0.916
#> SRR2049664 1 0.3192 0.853184 0.888 0.000 0.112
#> SRR2049661 1 0.5291 0.728926 0.732 0.000 0.268
#> SRR2049663 1 0.0237 0.889838 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049660 1 0.1163 0.887581 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049662 1 0.4654 0.793661 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049659 2 0.6204 0.099094 0.000 0.576 0.424
#> SRR2049657 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.5678 0.683175 0.684 0.000 0.316
#> SRR2049655 3 0.3619 0.720401 0.136 0.000 0.864
#> SRR2049656 1 0.0592 0.891167 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049654 1 0.0424 0.890746 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049652 1 0.0424 0.890746 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049653 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.1031 0.890296 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049650 1 0.3879 0.840406 0.848 0.000 0.152
#> SRR2049651 2 0.0237 0.903672 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049647 1 0.1964 0.870756 0.944 0.000 0.056
#> SRR2049648 1 0.1964 0.877705 0.944 0.000 0.056
#> SRR2049646 3 0.5968 0.494531 0.000 0.364 0.636
#> SRR2049644 3 0.2066 0.727455 0.060 0.000 0.940
#> SRR2049645 1 0.0000 0.889729 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0237 0.890445 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049641 1 0.3412 0.818887 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049639 3 0.6215 0.373505 0.000 0.428 0.572
#> SRR2049638 1 0.4654 0.793661 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049640 1 0.1289 0.890186 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049636 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0237 0.890514 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049637 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.1411 0.887551 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049633 3 0.1163 0.717992 0.000 0.028 0.972
#> SRR2049632 3 0.5988 0.487690 0.000 0.368 0.632
#> SRR2049631 2 0.0000 0.905468 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.5926 0.345122 0.000 0.644 0.356
#> SRR2049628 3 0.1031 0.721885 0.024 0.000 0.976
#> SRR2049629 3 0.6111 0.439342 0.000 0.396 0.604
#> SRR2049627 3 0.2878 0.726190 0.096 0.000 0.904
#> SRR2049626 1 0.4842 0.791976 0.776 0.000 0.224
#> SRR2049625 3 0.4842 0.554102 0.224 0.000 0.776
#> SRR2049624 1 0.4654 0.793661 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049623 3 0.3141 0.724118 0.020 0.068 0.912
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.4482 0.7621 0.728 0.000 0.264 0.008
#> SRR2049621 2 0.5226 0.7165 0.000 0.744 0.180 0.076
#> SRR2049622 1 0.5085 0.6191 0.616 0.000 0.376 0.008
#> SRR2049620 3 0.0779 0.6918 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR2049619 1 0.0188 0.8692 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049618 3 0.2048 0.6808 0.000 0.064 0.928 0.008
#> SRR2049617 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049616 1 0.2048 0.8549 0.928 0.000 0.064 0.008
#> SRR2049615 2 0.5000 -0.1970 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR2049614 3 0.5329 0.3596 0.000 0.420 0.568 0.012
#> SRR2049613 3 0.4792 0.5430 0.008 0.312 0.680 0.000
#> SRR2049612 1 0.1557 0.8669 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049611 1 0.4158 0.7662 0.768 0.000 0.224 0.008
#> SRR2049610 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049609 1 0.0592 0.8705 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049608 3 0.1722 0.6787 0.048 0.000 0.944 0.008
#> SRR2049607 3 0.2149 0.6993 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR2049606 1 0.2149 0.8505 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049605 3 0.5296 -0.3740 0.492 0.000 0.500 0.008
#> SRR2049604 1 0.4996 0.0398 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR2049603 1 0.1389 0.8664 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049602 1 0.1557 0.8643 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049601 1 0.0188 0.8699 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049600 1 0.0188 0.8692 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049599 1 0.1557 0.8643 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049598 1 0.2011 0.8550 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR2049597 1 0.0188 0.8701 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049596 1 0.1716 0.8615 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049595 3 0.4621 0.6342 0.128 0.076 0.796 0.000
#> SRR2049594 1 0.3569 0.7905 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049593 1 0.2469 0.8382 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049592 1 0.1022 0.8698 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049591 1 0.1557 0.8643 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049590 1 0.1211 0.8686 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049589 1 0.1474 0.8656 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049588 1 0.1557 0.8643 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049586 3 0.2125 0.6998 0.004 0.076 0.920 0.000
#> SRR2049585 1 0.1557 0.8643 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049584 1 0.2408 0.8405 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.8693 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049788 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049787 3 0.4941 0.3402 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR2049786 3 0.4941 0.3402 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR2049785 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049784 1 0.1557 0.8643 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049783 3 0.4382 0.5593 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR2049782 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049781 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049780 2 0.3948 0.7806 0.008 0.852 0.068 0.072
#> SRR2049779 2 0.4776 0.2115 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR2049778 1 0.3908 0.7781 0.784 0.000 0.212 0.004
#> SRR2049777 3 0.4331 0.5665 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR2049776 1 0.3688 0.7181 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR2049775 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049774 1 0.3528 0.7601 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR2049773 2 0.1174 0.8091 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR2049772 1 0.1716 0.8615 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049771 3 0.4328 0.6085 0.008 0.244 0.748 0.000
#> SRR2049770 3 0.2271 0.6999 0.008 0.076 0.916 0.000
#> SRR2049769 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049768 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049767 3 0.2125 0.6998 0.004 0.076 0.920 0.000
#> SRR2049766 1 0.4567 0.7127 0.716 0.000 0.276 0.008
#> SRR2049765 2 0.5723 0.6185 0.000 0.684 0.244 0.072
#> SRR2049764 2 0.4103 0.4832 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR2049763 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049762 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049761 2 0.4740 0.7633 0.000 0.788 0.132 0.080
#> SRR2049760 1 0.0188 0.8692 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049759 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049758 1 0.0188 0.8692 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049756 1 0.0188 0.8699 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049755 2 0.3610 0.6389 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR2049757 3 0.4916 0.3664 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR2049754 1 0.2281 0.8460 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049752 1 0.5099 0.5716 0.612 0.000 0.380 0.008
#> SRR2049751 3 0.4977 0.2806 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR2049749 4 0.3439 0.8302 0.000 0.048 0.084 0.868
#> SRR2049753 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049750 3 0.2125 0.6714 0.076 0.004 0.920 0.000
#> SRR2049748 3 0.4661 0.4954 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR2049744 1 0.1940 0.8567 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049743 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049745 1 0.0469 0.8707 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049747 1 0.1211 0.8683 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049742 3 0.5220 -0.1507 0.424 0.000 0.568 0.008
#> SRR2049741 3 0.4661 0.3150 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR2049738 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049737 1 0.5220 0.5283 0.568 0.000 0.424 0.008
#> SRR2049739 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049740 3 0.2845 0.6964 0.028 0.076 0.896 0.000
#> SRR2049736 3 0.1545 0.6780 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR2049735 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049732 1 0.4228 0.7600 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2049730 1 0.4228 0.7600 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2049734 2 0.4713 0.2805 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR2049733 3 0.0672 0.6905 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR2049731 3 0.4500 0.5364 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR2049729 1 0.0188 0.8692 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049727 1 0.0921 0.8667 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049728 1 0.1807 0.8589 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR2049725 1 0.4086 0.7717 0.776 0.000 0.216 0.008
#> SRR2049726 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049724 1 0.0707 0.8707 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049723 1 0.0188 0.8692 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.8693 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049719 3 0.2921 0.6727 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR2049722 1 0.1389 0.8664 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049721 1 0.4228 0.7600 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2049716 1 0.0188 0.8692 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049718 3 0.3894 0.6939 0.068 0.088 0.844 0.000
#> SRR2049717 3 0.4382 0.5642 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR2049715 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049714 4 0.2271 0.8830 0.000 0.076 0.008 0.916
#> SRR2049713 1 0.4295 0.7606 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR2049712 3 0.3764 0.6774 0.000 0.076 0.852 0.072
#> SRR2049711 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049710 4 0.1022 0.9428 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049709 1 0.0188 0.8692 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049707 4 0.0592 0.9557 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049708 1 0.0188 0.8692 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049706 1 0.0336 0.8702 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049705 1 0.0592 0.8709 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049704 1 0.0336 0.8702 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049702 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049703 3 0.4673 0.3204 0.292 0.000 0.700 0.008
#> SRR2049700 3 0.5138 0.1279 0.392 0.000 0.600 0.008
#> SRR2049701 1 0.4295 0.7606 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR2049699 3 0.4594 0.3523 0.280 0.000 0.712 0.008
#> SRR2049697 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049698 1 0.0188 0.8692 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049696 1 0.4228 0.7600 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2049694 1 0.4955 0.6151 0.648 0.000 0.344 0.008
#> SRR2049693 4 0.2271 0.8830 0.000 0.076 0.008 0.916
#> SRR2049695 4 0.0469 0.9577 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049691 1 0.4228 0.7600 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2049692 3 0.1807 0.6848 0.000 0.052 0.940 0.008
#> SRR2049689 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049690 1 0.1557 0.8643 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049688 1 0.4356 0.5936 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR2049687 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049686 1 0.4228 0.7600 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2049685 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049684 3 0.2737 0.6335 0.104 0.000 0.888 0.008
#> SRR2049683 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049682 3 0.4594 0.3472 0.280 0.000 0.712 0.008
#> SRR2049680 3 0.3870 0.6400 0.000 0.208 0.788 0.004
#> SRR2049681 3 0.4776 0.4531 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR2049678 2 0.4452 0.6889 0.000 0.732 0.008 0.260
#> SRR2049679 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049676 2 0.4103 0.6972 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR2049675 1 0.4228 0.7600 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2049677 4 0.4841 0.7253 0.000 0.080 0.140 0.780
#> SRR2049674 3 0.4746 0.2857 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR2049672 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049671 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049673 1 0.4594 0.7465 0.712 0.000 0.280 0.008
#> SRR2049670 4 0.0336 0.9607 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049668 1 0.4482 0.7322 0.728 0.000 0.264 0.008
#> SRR2049669 4 0.1637 0.9073 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR2049667 1 0.4228 0.7600 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2049666 3 0.1182 0.6930 0.016 0.016 0.968 0.000
#> SRR2049665 3 0.2402 0.7008 0.012 0.076 0.912 0.000
#> SRR2049664 1 0.3088 0.8266 0.864 0.000 0.128 0.008
#> SRR2049661 1 0.4792 0.6866 0.680 0.000 0.312 0.008
#> SRR2049663 1 0.0336 0.8692 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049660 1 0.1302 0.8650 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049662 1 0.4228 0.7600 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2049659 2 0.6120 -0.0150 0.000 0.520 0.432 0.048
#> SRR2049657 1 0.0000 0.8693 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.4877 0.5477 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049655 3 0.4740 0.6717 0.132 0.080 0.788 0.000
#> SRR2049656 1 0.0592 0.8709 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049654 1 0.0336 0.8702 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049652 1 0.0336 0.8702 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049653 2 0.5056 0.7339 0.000 0.760 0.164 0.076
#> SRR2049649 1 0.1474 0.8656 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049650 1 0.3626 0.8162 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR2049651 2 0.5226 0.7165 0.000 0.744 0.180 0.076
#> SRR2049647 1 0.0707 0.8715 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049648 1 0.1716 0.8588 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049646 3 0.4382 0.5593 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR2049644 3 0.0524 0.6899 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2049645 1 0.0188 0.8692 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049643 1 0.0336 0.8700 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049641 1 0.3688 0.7180 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR2049639 3 0.4981 0.2756 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR2049638 1 0.4228 0.7600 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2049640 1 0.1637 0.8651 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049636 2 0.1940 0.8393 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049635 1 0.0336 0.8701 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049637 2 0.4401 0.7865 0.000 0.812 0.112 0.076
#> SRR2049634 1 0.1716 0.8621 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049633 3 0.0817 0.6957 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2049632 3 0.4888 0.3930 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR2049631 2 0.4100 0.7901 0.000 0.816 0.036 0.148
#> SRR2049630 2 0.4522 0.3636 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR2049628 3 0.0336 0.6904 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049629 3 0.4941 0.3402 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR2049627 3 0.3749 0.6762 0.032 0.128 0.840 0.000
#> SRR2049626 1 0.4452 0.7560 0.732 0.000 0.260 0.008
#> SRR2049625 3 0.2408 0.6380 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR2049624 1 0.4228 0.7600 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2049623 3 0.0524 0.6900 0.004 0.000 0.988 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 1 0.5322 0.400599 0.608 0.000 0.320 0.000 0.072
#> SRR2049621 2 0.3336 0.699153 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2049622 1 0.5353 0.391439 0.636 0.000 0.272 0.000 0.092
#> SRR2049620 5 0.3607 0.711036 0.244 0.000 0.004 0.000 0.752
#> SRR2049619 3 0.3003 0.634519 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR2049618 5 0.4114 0.691391 0.272 0.016 0.000 0.000 0.712
#> SRR2049617 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.3039 0.641111 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR2049615 5 0.3177 0.656486 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR2049614 5 0.2068 0.761943 0.000 0.092 0.000 0.004 0.904
#> SRR2049613 5 0.0703 0.800713 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049612 3 0.0703 0.735973 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0451 0.664619 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049610 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 3 0.2127 0.705280 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR2049608 5 0.4984 0.623463 0.308 0.000 0.052 0.000 0.640
#> SRR2049607 5 0.0451 0.804134 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR2049606 3 0.0000 0.734321 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.5861 0.038498 0.500 0.000 0.400 0.000 0.100
#> SRR2049604 5 0.6583 -0.109393 0.276 0.000 0.256 0.000 0.468
#> SRR2049603 1 0.4161 0.492259 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.4171 0.488048 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.3895 0.563883 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.3661 0.598090 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR2049599 3 0.0880 0.727452 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR2049598 3 0.5818 -0.286877 0.444 0.000 0.464 0.000 0.092
#> SRR2049597 1 0.3684 0.598778 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR2049596 3 0.0000 0.734321 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 5 0.2329 0.753777 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049594 1 0.1197 0.669699 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2049593 3 0.4555 0.431680 0.224 0.000 0.720 0.000 0.056
#> SRR2049592 3 0.4060 0.251768 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR2049591 3 0.0000 0.734321 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 3 0.1478 0.726787 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR2049589 3 0.0404 0.736048 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049588 3 0.0000 0.734321 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 5 0.0510 0.803240 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049585 3 0.0000 0.734321 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049584 3 0.0000 0.734321 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049583 3 0.2561 0.684165 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049787 5 0.2127 0.755285 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR2049786 5 0.1908 0.761660 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR2049785 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049784 3 0.4235 -0.092169 0.424 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR2049783 5 0.0609 0.802984 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049782 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.1668 0.868697 0.028 0.940 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049779 5 0.4256 0.202983 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR2049778 1 0.0880 0.669220 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049777 5 0.0510 0.803586 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049776 3 0.0703 0.725669 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049775 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 1 0.5816 0.317289 0.468 0.000 0.440 0.000 0.092
#> SRR2049773 2 0.2561 0.789888 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR2049772 3 0.4251 0.077792 0.372 0.000 0.624 0.000 0.004
#> SRR2049771 5 0.0162 0.803357 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049770 5 0.0451 0.804869 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR2049769 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 5 0.0510 0.803444 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049766 1 0.0000 0.662285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.3913 0.520142 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049764 2 0.4307 -0.010220 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR2049763 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.3048 0.763300 0.000 0.820 0.000 0.004 0.176
#> SRR2049760 1 0.3612 0.604279 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.3586 0.606452 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.3684 0.597431 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.3562 0.686144 0.196 0.788 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049757 5 0.2074 0.757409 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR2049754 3 0.0162 0.733449 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049752 1 0.2927 0.607238 0.868 0.000 0.040 0.000 0.092
#> SRR2049751 5 0.2561 0.728376 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2049749 4 0.2653 0.857065 0.000 0.024 0.000 0.880 0.096
#> SRR2049753 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049750 5 0.3550 0.728982 0.236 0.000 0.004 0.000 0.760
#> SRR2049748 5 0.1270 0.793657 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049744 3 0.4300 -0.233112 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0510 0.887113 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049745 3 0.2230 0.699497 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR2049747 3 0.1478 0.728039 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.5927 -0.037287 0.468 0.000 0.428 0.000 0.104
#> SRR2049741 3 0.6063 0.318925 0.256 0.000 0.568 0.000 0.176
#> SRR2049738 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.5439 0.014365 0.508 0.000 0.432 0.000 0.060
#> SRR2049739 2 0.0162 0.894361 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049740 5 0.2424 0.748022 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR2049736 5 0.4984 0.613611 0.308 0.000 0.052 0.000 0.640
#> SRR2049735 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.662285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.662285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049734 5 0.4249 0.186377 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR2049733 5 0.3961 0.709016 0.248 0.000 0.016 0.000 0.736
#> SRR2049731 5 0.0794 0.802441 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR2049729 1 0.3612 0.604279 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.3366 0.622820 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.3534 0.607979 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0794 0.667839 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049724 3 0.2127 0.706108 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR2049723 3 0.2732 0.673716 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.4114 0.601303 0.712 0.000 0.272 0.000 0.016
#> SRR2049719 5 0.4187 0.759883 0.100 0.040 0.048 0.000 0.812
#> SRR2049722 3 0.0794 0.733673 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049721 3 0.4219 0.357977 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.3612 0.604279 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR2049718 5 0.0162 0.803664 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049717 5 0.0880 0.801677 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR2049715 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.2516 0.597376 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049712 5 0.0451 0.803839 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR2049711 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.3932 0.532846 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 3 0.3074 0.634570 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR2049706 3 0.4273 -0.000716 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR2049705 3 0.2561 0.680504 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.4219 0.414789 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.5282 0.384898 0.268 0.000 0.644 0.000 0.088
#> SRR2049700 1 0.4114 0.160828 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049701 1 0.1478 0.647076 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.5641 0.357141 0.268 0.000 0.612 0.000 0.120
#> SRR2049697 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.3612 0.604279 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.662285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.1851 0.616267 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049693 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.662285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049692 5 0.3452 0.710586 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR2049689 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 3 0.0000 0.734321 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.6721 0.255025 0.396 0.000 0.352 0.000 0.252
#> SRR2049687 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0290 0.661255 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 5 0.5762 0.465340 0.352 0.000 0.100 0.000 0.548
#> SRR2049683 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.6710 0.011203 0.424 0.000 0.272 0.000 0.304
#> SRR2049680 5 0.0510 0.803586 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049681 5 0.1410 0.784892 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2049678 2 0.3612 0.697915 0.000 0.764 0.000 0.228 0.008
#> SRR2049679 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.3336 0.701563 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR2049675 1 0.1671 0.638520 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049677 4 0.2852 0.774250 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR2049674 3 0.4576 0.427131 0.268 0.000 0.692 0.000 0.040
#> SRR2049672 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.4255 0.526512 0.776 0.000 0.128 0.000 0.096
#> SRR2049670 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.0162 0.662319 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049669 4 0.0000 0.982794 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.662285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 5 0.3074 0.737307 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2049665 5 0.0404 0.804022 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049664 1 0.3003 0.639361 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.1041 0.652755 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR2049663 1 0.3561 0.609270 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.4920 0.554028 0.644 0.000 0.308 0.000 0.048
#> SRR2049662 1 0.0000 0.662285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 5 0.4863 0.508893 0.000 0.272 0.000 0.056 0.672
#> SRR2049657 1 0.3612 0.604279 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.6130 -0.048380 0.448 0.000 0.424 0.000 0.128
#> SRR2049655 5 0.0510 0.803724 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049656 3 0.2230 0.702330 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.4268 0.352181 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.4989 0.567466 0.648 0.000 0.296 0.000 0.056
#> SRR2049653 2 0.3210 0.721501 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2049649 3 0.4192 0.031223 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.2891 0.645131 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.3366 0.694962 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049647 3 0.4015 0.364215 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.3563 0.641262 0.780 0.000 0.208 0.000 0.012
#> SRR2049646 5 0.0794 0.802441 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR2049644 5 0.4090 0.692410 0.268 0.000 0.016 0.000 0.716
#> SRR2049645 1 0.3612 0.604279 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.4196 0.511686 0.640 0.000 0.356 0.000 0.004
#> SRR2049641 3 0.0510 0.728793 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049639 5 0.2690 0.719231 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR2049638 1 0.0000 0.662285 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.6114 0.354501 0.472 0.000 0.400 0.000 0.128
#> SRR2049636 2 0.0000 0.895692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.3707 0.595685 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.2471 0.807771 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049634 3 0.0609 0.733273 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2049633 5 0.3611 0.733864 0.208 0.004 0.008 0.000 0.780
#> SRR2049632 5 0.2074 0.762064 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR2049631 2 0.2378 0.854883 0.000 0.904 0.000 0.048 0.048
#> SRR2049630 5 0.4307 -0.015817 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR2049628 5 0.5040 0.656011 0.272 0.000 0.068 0.000 0.660
#> SRR2049629 5 0.1908 0.761660 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR2049627 5 0.0510 0.803240 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049626 1 0.2605 0.593562 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR2049625 5 0.5947 0.481665 0.312 0.000 0.132 0.000 0.556
#> SRR2049624 1 0.0162 0.661291 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049623 5 0.3424 0.712901 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.5533 0.1903 0.544 0.000 0.172 0.000 0.000 0.284
#> SRR2049621 2 0.1714 0.8013 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049622 3 0.5822 0.1584 0.232 0.000 0.492 0.000 0.000 0.276
#> SRR2049620 3 0.4897 0.1286 0.064 0.000 0.588 0.000 0.344 0.004
#> SRR2049619 1 0.4219 0.4002 0.592 0.000 0.020 0.000 0.000 0.388
#> SRR2049618 3 0.3897 0.3351 0.000 0.024 0.696 0.000 0.280 0.000
#> SRR2049617 2 0.2531 0.8358 0.008 0.860 0.128 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049616 6 0.3266 0.4320 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR2049615 5 0.3668 0.5704 0.000 0.328 0.004 0.000 0.668 0.000
#> SRR2049614 5 0.2121 0.7338 0.000 0.096 0.000 0.012 0.892 0.000
#> SRR2049613 5 0.0146 0.7183 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049612 1 0.3601 0.5613 0.684 0.000 0.000 0.000 0.004 0.312
#> SRR2049611 6 0.4002 -0.0402 0.000 0.000 0.404 0.000 0.008 0.588
#> SRR2049610 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.2854 0.6284 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049608 3 0.4857 0.4282 0.052 0.000 0.684 0.000 0.228 0.036
#> SRR2049607 5 0.3073 0.6892 0.008 0.000 0.204 0.000 0.788 0.000
#> SRR2049606 1 0.1444 0.6585 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049605 3 0.4569 0.2713 0.332 0.000 0.624 0.000 0.008 0.036
#> SRR2049604 5 0.7553 0.1076 0.240 0.000 0.276 0.000 0.328 0.156
#> SRR2049603 6 0.2402 0.6010 0.120 0.000 0.012 0.000 0.000 0.868
#> SRR2049602 6 0.2402 0.5921 0.140 0.000 0.004 0.000 0.000 0.856
#> SRR2049601 6 0.1814 0.6140 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2049600 6 0.1398 0.6577 0.008 0.000 0.052 0.000 0.000 0.940
#> SRR2049599 1 0.3961 0.3579 0.556 0.000 0.004 0.000 0.000 0.440
#> SRR2049598 6 0.4736 0.3864 0.156 0.000 0.164 0.000 0.000 0.680
#> SRR2049597 6 0.0993 0.6634 0.012 0.000 0.024 0.000 0.000 0.964
#> SRR2049596 1 0.2871 0.6173 0.804 0.000 0.004 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049595 5 0.5684 0.4554 0.200 0.000 0.280 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049594 6 0.3428 0.2810 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR2049593 1 0.5798 0.1698 0.460 0.000 0.188 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049592 6 0.3833 -0.0417 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049591 1 0.1556 0.6620 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049590 1 0.2527 0.6540 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049589 1 0.1910 0.6640 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049588 1 0.1610 0.6624 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049586 5 0.3388 0.6940 0.036 0.000 0.172 0.000 0.792 0.000
#> SRR2049585 1 0.1556 0.6620 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049584 1 0.2009 0.6547 0.908 0.000 0.024 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049583 6 0.4126 -0.3155 0.480 0.000 0.004 0.000 0.004 0.512
#> SRR2049789 2 0.2101 0.8432 0.004 0.892 0.100 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049788 2 0.2643 0.8345 0.008 0.856 0.128 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049787 5 0.2823 0.6906 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR2049786 5 0.0000 0.7176 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049785 2 0.2643 0.8345 0.008 0.856 0.128 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049784 6 0.4230 0.2636 0.324 0.000 0.024 0.000 0.004 0.648
#> SRR2049783 5 0.3354 0.7098 0.000 0.036 0.168 0.000 0.796 0.000
#> SRR2049782 2 0.0458 0.8528 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.2531 0.8358 0.008 0.860 0.128 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049780 2 0.5679 0.5708 0.008 0.568 0.208 0.000 0.216 0.000
#> SRR2049779 5 0.5662 0.2103 0.008 0.344 0.132 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049778 6 0.4064 0.0967 0.000 0.000 0.360 0.000 0.016 0.624
#> SRR2049777 5 0.3636 0.6960 0.016 0.016 0.196 0.000 0.772 0.000
#> SRR2049776 1 0.3852 0.5798 0.720 0.000 0.008 0.000 0.016 0.256
#> SRR2049775 2 0.2643 0.8345 0.008 0.856 0.128 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049774 6 0.5519 0.2066 0.172 0.000 0.280 0.000 0.000 0.548
#> SRR2049773 2 0.4638 0.6770 0.008 0.708 0.112 0.000 0.172 0.000
#> SRR2049772 1 0.5292 0.0820 0.520 0.000 0.108 0.000 0.000 0.372
#> SRR2049771 5 0.0405 0.7168 0.000 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049770 5 0.0891 0.7136 0.008 0.000 0.024 0.000 0.968 0.000
#> SRR2049769 2 0.0458 0.8528 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.1204 0.8524 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 5 0.4775 0.5691 0.084 0.000 0.284 0.000 0.632 0.000
#> SRR2049766 3 0.3867 0.2655 0.000 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR2049765 2 0.3330 0.5484 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR2049764 5 0.5158 0.3404 0.008 0.232 0.124 0.000 0.636 0.000
#> SRR2049763 2 0.0146 0.8524 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.1387 0.8222 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049760 6 0.0713 0.6605 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR2049759 2 0.2488 0.8370 0.008 0.864 0.124 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049758 6 0.1444 0.6509 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR2049756 6 0.0260 0.6619 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049755 2 0.5963 0.3095 0.008 0.428 0.396 0.000 0.168 0.000
#> SRR2049757 5 0.2823 0.6906 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR2049754 1 0.3455 0.5757 0.776 0.000 0.020 0.000 0.004 0.200
#> SRR2049752 3 0.4970 0.2610 0.044 0.000 0.536 0.000 0.012 0.408
#> SRR2049751 5 0.3515 0.5795 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR2049749 4 0.2822 0.8474 0.000 0.108 0.000 0.852 0.040 0.000
#> SRR2049753 2 0.0146 0.8513 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049750 5 0.2902 0.4893 0.004 0.000 0.196 0.000 0.800 0.000
#> SRR2049748 5 0.3189 0.7131 0.000 0.184 0.020 0.000 0.796 0.000
#> SRR2049744 6 0.3432 0.4836 0.216 0.000 0.020 0.000 0.000 0.764
#> SRR2049743 2 0.4998 0.6666 0.008 0.664 0.128 0.000 0.200 0.000
#> SRR2049745 1 0.3192 0.6242 0.776 0.000 0.004 0.000 0.004 0.216
#> SRR2049747 1 0.2597 0.6526 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2049742 1 0.5562 0.0965 0.484 0.000 0.412 0.000 0.016 0.088
#> SRR2049741 1 0.6295 0.0202 0.428 0.000 0.408 0.000 0.052 0.112
#> SRR2049738 2 0.0146 0.8513 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049737 1 0.6310 0.2156 0.512 0.000 0.256 0.000 0.036 0.196
#> SRR2049739 2 0.2213 0.8451 0.004 0.888 0.100 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049740 5 0.5691 0.4561 0.204 0.000 0.276 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049736 3 0.4803 0.3304 0.108 0.000 0.672 0.000 0.216 0.004
#> SRR2049735 2 0.0146 0.8513 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049732 3 0.3828 0.2872 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR2049730 3 0.5624 0.3004 0.000 0.000 0.488 0.000 0.156 0.356
#> SRR2049734 2 0.4897 -0.2054 0.000 0.492 0.060 0.000 0.448 0.000
#> SRR2049733 3 0.3807 0.2190 0.000 0.000 0.628 0.000 0.368 0.004
#> SRR2049731 5 0.4462 0.7147 0.000 0.136 0.152 0.000 0.712 0.000
#> SRR2049729 6 0.0260 0.6622 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049727 6 0.2883 0.5208 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR2049728 6 0.5833 0.3301 0.256 0.000 0.252 0.000 0.000 0.492
#> SRR2049725 6 0.4697 0.1324 0.000 0.000 0.324 0.000 0.064 0.612
#> SRR2049726 2 0.2531 0.8358 0.008 0.860 0.128 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049724 1 0.2854 0.6346 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049723 1 0.3470 0.5986 0.740 0.000 0.012 0.000 0.000 0.248
#> SRR2049720 6 0.3359 0.5427 0.012 0.000 0.008 0.000 0.196 0.784
#> SRR2049719 3 0.5913 -0.4144 0.064 0.056 0.452 0.000 0.428 0.000
#> SRR2049722 1 0.3795 0.4969 0.632 0.000 0.000 0.000 0.004 0.364
#> SRR2049721 1 0.5334 0.2633 0.536 0.000 0.344 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049716 6 0.1285 0.6580 0.004 0.000 0.052 0.000 0.000 0.944
#> SRR2049718 5 0.0551 0.7159 0.004 0.000 0.008 0.000 0.984 0.004
#> SRR2049717 5 0.4603 0.7101 0.000 0.148 0.156 0.000 0.696 0.000
#> SRR2049715 2 0.0291 0.8519 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 3 0.5706 0.1761 0.172 0.000 0.480 0.000 0.000 0.348
#> SRR2049712 5 0.5151 0.5563 0.076 0.000 0.296 0.016 0.612 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 6 0.3189 0.5500 0.184 0.000 0.020 0.000 0.000 0.796
#> SRR2049707 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.3608 0.5645 0.716 0.000 0.012 0.000 0.000 0.272
#> SRR2049706 1 0.4066 0.3246 0.596 0.000 0.012 0.000 0.000 0.392
#> SRR2049705 1 0.3023 0.6094 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049704 6 0.3862 0.2419 0.388 0.000 0.004 0.000 0.000 0.608
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.4091 0.0353 0.520 0.000 0.472 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049700 3 0.4638 0.4867 0.000 0.000 0.692 0.000 0.152 0.156
#> SRR2049701 6 0.4797 -0.1143 0.052 0.000 0.444 0.000 0.000 0.504
#> SRR2049699 3 0.4205 0.1428 0.420 0.000 0.564 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.0260 0.6622 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049696 3 0.3862 0.2720 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR2049694 3 0.3890 0.3504 0.000 0.000 0.596 0.000 0.004 0.400
#> SRR2049693 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0547 0.9665 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2049691 3 0.3854 0.2796 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR2049692 3 0.4596 0.1805 0.028 0.004 0.508 0.000 0.460 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.1610 0.6624 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049688 3 0.7065 0.0605 0.136 0.000 0.376 0.000 0.124 0.364
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 3 0.3979 0.2850 0.004 0.000 0.540 0.000 0.000 0.456
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.5123 0.3131 0.184 0.000 0.628 0.000 0.188 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.3903 0.4326 0.060 0.000 0.764 0.000 0.172 0.004
#> SRR2049680 5 0.3632 0.7043 0.016 0.020 0.168 0.004 0.792 0.000
#> SRR2049681 5 0.0260 0.7191 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049678 2 0.2266 0.8012 0.000 0.880 0.000 0.108 0.012 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.1806 0.8113 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004 0.000
#> SRR2049675 3 0.5403 0.2517 0.124 0.000 0.516 0.000 0.000 0.360
#> SRR2049677 4 0.2632 0.7746 0.000 0.004 0.000 0.832 0.164 0.000
#> SRR2049674 3 0.3975 0.2303 0.392 0.000 0.600 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.5058 0.4037 0.164 0.000 0.636 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.3847 0.2858 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR2049669 4 0.0000 0.9824 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 3 0.3823 0.2910 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR2049666 3 0.4338 -0.2049 0.020 0.000 0.492 0.000 0.488 0.000
#> SRR2049665 5 0.2573 0.6705 0.008 0.004 0.132 0.000 0.856 0.000
#> SRR2049664 6 0.5926 0.2958 0.276 0.000 0.260 0.000 0.000 0.464
#> SRR2049661 3 0.4403 0.3230 0.028 0.000 0.564 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049663 6 0.4530 0.5196 0.136 0.000 0.160 0.000 0.000 0.704
#> SRR2049660 6 0.3703 0.5886 0.072 0.000 0.004 0.000 0.132 0.792
#> SRR2049662 3 0.3851 0.2810 0.000 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR2049659 5 0.4619 0.4489 0.000 0.348 0.000 0.052 0.600 0.000
#> SRR2049657 6 0.0291 0.6630 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049658 1 0.6657 0.0417 0.412 0.000 0.352 0.000 0.048 0.188
#> SRR2049655 5 0.0622 0.7141 0.000 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR2049656 1 0.2762 0.6359 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049654 6 0.3727 0.2191 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2049652 6 0.2740 0.6004 0.028 0.000 0.120 0.000 0.000 0.852
#> SRR2049653 2 0.1753 0.8139 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049649 6 0.3652 0.2923 0.324 0.000 0.004 0.000 0.000 0.672
#> SRR2049650 6 0.4449 0.3982 0.088 0.000 0.216 0.000 0.000 0.696
#> SRR2049651 2 0.1863 0.7940 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049647 6 0.4591 -0.1747 0.452 0.000 0.028 0.000 0.004 0.516
#> SRR2049648 6 0.3468 0.5696 0.000 0.000 0.068 0.000 0.128 0.804
#> SRR2049646 5 0.4455 0.7127 0.000 0.128 0.160 0.000 0.712 0.000
#> SRR2049644 3 0.4455 0.3110 0.076 0.000 0.684 0.000 0.240 0.000
#> SRR2049645 6 0.0291 0.6619 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049643 6 0.1719 0.6407 0.056 0.000 0.008 0.000 0.008 0.928
#> SRR2049641 1 0.3596 0.5828 0.748 0.000 0.004 0.000 0.016 0.232
#> SRR2049639 5 0.3101 0.6563 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR2049638 3 0.3828 0.2872 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR2049640 6 0.5302 0.3475 0.208 0.000 0.172 0.000 0.004 0.616
#> SRR2049636 2 0.0146 0.8513 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049635 6 0.0603 0.6616 0.016 0.000 0.004 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049637 2 0.1444 0.8202 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049634 1 0.3468 0.5690 0.712 0.000 0.000 0.000 0.004 0.284
#> SRR2049633 5 0.3997 0.1871 0.000 0.004 0.488 0.000 0.508 0.000
#> SRR2049632 5 0.2834 0.6732 0.008 0.016 0.128 0.000 0.848 0.000
#> SRR2049631 2 0.1565 0.8377 0.000 0.940 0.004 0.028 0.028 0.000
#> SRR2049630 5 0.6163 0.1479 0.008 0.384 0.216 0.000 0.392 0.000
#> SRR2049628 3 0.4476 0.4316 0.064 0.000 0.664 0.000 0.272 0.000
#> SRR2049629 5 0.3027 0.7142 0.000 0.148 0.028 0.000 0.824 0.000
#> SRR2049627 5 0.3455 0.6941 0.036 0.000 0.180 0.000 0.784 0.000
#> SRR2049626 3 0.5465 0.2698 0.132 0.000 0.508 0.000 0.000 0.360
#> SRR2049625 3 0.6081 0.0726 0.216 0.000 0.492 0.000 0.280 0.012
#> SRR2049624 3 0.3823 0.2910 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR2049623 3 0.3927 0.1801 0.012 0.000 0.644 0.000 0.344 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.563 0.821 0.908 0.4743 0.516 0.516
#> 3 3 0.451 0.610 0.825 0.2247 0.587 0.385
#> 4 4 0.450 0.540 0.759 0.1529 0.683 0.378
#> 5 5 0.525 0.585 0.737 0.0938 0.938 0.806
#> 6 6 0.579 0.527 0.690 0.0520 0.904 0.688
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049621 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049622 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049620 1 0.9460 0.5343 0.636 0.364
#> SRR2049619 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049618 1 0.7815 0.7394 0.768 0.232
#> SRR2049617 2 0.1843 0.9107 0.028 0.972
#> SRR2049616 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049615 2 0.9970 0.0493 0.468 0.532
#> SRR2049614 2 0.4161 0.8806 0.084 0.916
#> SRR2049613 2 0.4161 0.8806 0.084 0.916
#> SRR2049612 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049611 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.1184 0.8850 0.984 0.016
#> SRR2049608 1 0.9866 0.3097 0.568 0.432
#> SRR2049607 1 0.9661 0.4666 0.608 0.392
#> SRR2049606 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049605 1 0.9732 0.2607 0.596 0.404
#> SRR2049604 1 0.0672 0.8852 0.992 0.008
#> SRR2049603 1 0.4298 0.8889 0.912 0.088
#> SRR2049602 1 0.4562 0.8888 0.904 0.096
#> SRR2049601 1 0.1184 0.8850 0.984 0.016
#> SRR2049600 1 0.4161 0.8896 0.916 0.084
#> SRR2049599 1 0.0376 0.8835 0.996 0.004
#> SRR2049598 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049597 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049596 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049595 1 0.9866 0.2090 0.568 0.432
#> SRR2049594 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049593 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049592 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049591 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049590 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049589 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049588 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049586 1 0.8813 0.5982 0.700 0.300
#> SRR2049585 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049584 1 0.1184 0.8851 0.984 0.016
#> SRR2049583 1 0.0376 0.8835 0.996 0.004
#> SRR2049789 2 0.1843 0.9107 0.028 0.972
#> SRR2049788 2 0.0938 0.9172 0.012 0.988
#> SRR2049787 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049786 2 0.4161 0.8806 0.084 0.916
#> SRR2049785 2 0.1843 0.9107 0.028 0.972
#> SRR2049784 1 0.3584 0.8914 0.932 0.068
#> SRR2049783 2 0.1633 0.9114 0.024 0.976
#> SRR2049782 2 0.0938 0.9172 0.012 0.988
#> SRR2049781 2 0.1843 0.9107 0.028 0.972
#> SRR2049780 1 0.8443 0.6794 0.728 0.272
#> SRR2049779 2 0.3879 0.8837 0.076 0.924
#> SRR2049778 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049777 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049776 1 0.0672 0.8850 0.992 0.008
#> SRR2049775 2 0.1184 0.9160 0.016 0.984
#> SRR2049774 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049773 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049772 1 0.0938 0.8849 0.988 0.012
#> SRR2049771 2 0.9983 0.0205 0.476 0.524
#> SRR2049770 1 0.9170 0.5722 0.668 0.332
#> SRR2049769 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049768 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049767 2 0.9866 0.1460 0.432 0.568
#> SRR2049766 1 0.4298 0.8889 0.912 0.088
#> SRR2049765 2 0.9393 0.4016 0.356 0.644
#> SRR2049764 2 0.4161 0.8806 0.084 0.916
#> SRR2049763 2 0.1843 0.9107 0.028 0.972
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0938 0.9172 0.012 0.988
#> SRR2049760 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049759 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049758 1 0.4298 0.8889 0.912 0.088
#> SRR2049756 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049755 1 0.8499 0.6729 0.724 0.276
#> SRR2049757 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049754 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049752 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049751 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049749 2 0.1843 0.9107 0.028 0.972
#> SRR2049753 2 0.0938 0.9167 0.012 0.988
#> SRR2049750 1 0.9732 0.3945 0.596 0.404
#> SRR2049748 2 0.4022 0.8824 0.080 0.920
#> SRR2049744 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049743 2 0.9983 0.0205 0.476 0.524
#> SRR2049745 1 0.0376 0.8835 0.996 0.004
#> SRR2049747 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049742 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049741 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049738 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049737 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049739 2 0.1843 0.9107 0.028 0.972
#> SRR2049740 1 0.7139 0.7517 0.804 0.196
#> SRR2049736 1 0.4562 0.8879 0.904 0.096
#> SRR2049735 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049732 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049730 1 0.5629 0.8581 0.868 0.132
#> SRR2049734 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049733 1 0.7883 0.7359 0.764 0.236
#> SRR2049731 2 0.3431 0.8854 0.064 0.936
#> SRR2049729 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049727 1 0.4161 0.8896 0.916 0.084
#> SRR2049728 1 0.3733 0.8905 0.928 0.072
#> SRR2049725 1 0.4562 0.8857 0.904 0.096
#> SRR2049726 2 0.1414 0.9143 0.020 0.980
#> SRR2049724 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049723 1 0.1414 0.8864 0.980 0.020
#> SRR2049720 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049719 2 0.7376 0.7025 0.208 0.792
#> SRR2049722 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049721 1 0.4298 0.8889 0.912 0.088
#> SRR2049716 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049718 2 0.9922 0.1445 0.448 0.552
#> SRR2049717 2 0.3431 0.8854 0.064 0.936
#> SRR2049715 2 0.1633 0.9123 0.024 0.976
#> SRR2049714 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.1414 0.8864 0.980 0.020
#> SRR2049712 2 0.3431 0.8854 0.064 0.936
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.4161 0.8896 0.916 0.084
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.1184 0.8850 0.984 0.016
#> SRR2049706 1 0.1184 0.8850 0.984 0.016
#> SRR2049705 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049704 1 0.1414 0.8864 0.980 0.020
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049703 2 0.9993 0.1054 0.484 0.516
#> SRR2049700 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049701 1 0.3114 0.8903 0.944 0.056
#> SRR2049699 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049696 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049694 1 0.5059 0.8850 0.888 0.112
#> SRR2049693 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049692 1 0.9248 0.5515 0.660 0.340
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049688 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.3879 0.8903 0.924 0.076
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049684 2 0.9044 0.5662 0.320 0.680
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.9815 0.2181 0.580 0.420
#> SRR2049680 2 0.3274 0.8885 0.060 0.940
#> SRR2049681 2 0.3879 0.8856 0.076 0.924
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.4298 0.8889 0.912 0.088
#> SRR2049677 2 0.0376 0.9168 0.004 0.996
#> SRR2049674 1 0.9491 0.3681 0.632 0.368
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.4298 0.8901 0.912 0.088
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9156 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049666 1 0.9248 0.5855 0.660 0.340
#> SRR2049665 2 0.7745 0.6993 0.228 0.772
#> SRR2049664 1 0.4298 0.8889 0.912 0.088
#> SRR2049661 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049663 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049660 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049662 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049659 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049657 1 0.4431 0.8899 0.908 0.092
#> SRR2049658 1 0.3879 0.8555 0.924 0.076
#> SRR2049655 1 0.9608 0.4487 0.616 0.384
#> SRR2049656 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049654 1 0.1414 0.8864 0.980 0.020
#> SRR2049652 1 0.4022 0.8909 0.920 0.080
#> SRR2049653 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049649 1 0.1184 0.8850 0.984 0.016
#> SRR2049650 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049651 2 0.0938 0.9172 0.012 0.988
#> SRR2049647 1 0.7528 0.6871 0.784 0.216
#> SRR2049648 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049646 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049644 1 0.8813 0.6492 0.700 0.300
#> SRR2049645 1 0.0376 0.8840 0.996 0.004
#> SRR2049643 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049641 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049639 2 0.1843 0.9107 0.028 0.972
#> SRR2049638 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049640 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049636 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049635 1 0.3879 0.8907 0.924 0.076
#> SRR2049637 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049634 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049633 2 0.5519 0.8360 0.128 0.872
#> SRR2049632 2 0.9983 0.0205 0.476 0.524
#> SRR2049631 2 0.0672 0.9176 0.008 0.992
#> SRR2049630 2 0.3114 0.8915 0.056 0.944
#> SRR2049628 2 0.7376 0.7025 0.208 0.792
#> SRR2049629 2 0.4022 0.8838 0.080 0.920
#> SRR2049627 1 0.5059 0.8748 0.888 0.112
#> SRR2049626 1 0.4298 0.8889 0.912 0.088
#> SRR2049625 1 0.1414 0.8851 0.980 0.020
#> SRR2049624 1 0.4431 0.8880 0.908 0.092
#> SRR2049623 1 0.9850 0.3697 0.572 0.428
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 3 0.6432 0.20672 0.004 0.428 0.568
#> SRR2049622 1 0.0237 0.79230 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049620 3 0.4063 0.72224 0.112 0.020 0.868
#> SRR2049619 1 0.3116 0.77974 0.892 0.000 0.108
#> SRR2049618 3 0.2486 0.74427 0.008 0.060 0.932
#> SRR2049617 3 0.5529 0.47310 0.000 0.296 0.704
#> SRR2049616 3 0.2448 0.75099 0.076 0.000 0.924
#> SRR2049615 3 0.2496 0.74277 0.004 0.068 0.928
#> SRR2049614 3 0.0747 0.74432 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049613 3 0.0747 0.74432 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049612 1 0.0237 0.79400 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049611 3 0.2682 0.75106 0.076 0.004 0.920
#> SRR2049610 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0424 0.79448 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049608 3 0.2173 0.74868 0.008 0.048 0.944
#> SRR2049607 3 0.1129 0.75146 0.020 0.004 0.976
#> SRR2049606 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.6819 0.59516 0.644 0.028 0.328
#> SRR2049604 1 0.0237 0.79258 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049603 3 0.5859 0.44563 0.344 0.000 0.656
#> SRR2049602 3 0.6308 -0.03562 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049601 1 0.0237 0.79400 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049600 3 0.3551 0.72906 0.132 0.000 0.868
#> SRR2049599 1 0.0237 0.79258 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049598 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 3 0.3587 0.75067 0.088 0.020 0.892
#> SRR2049596 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.6081 0.60186 0.652 0.004 0.344
#> SRR2049594 3 0.3038 0.73808 0.104 0.000 0.896
#> SRR2049593 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.6104 0.59618 0.648 0.004 0.348
#> SRR2049585 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0237 0.79258 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049789 3 0.1411 0.73934 0.000 0.036 0.964
#> SRR2049788 3 0.6140 0.27817 0.000 0.404 0.596
#> SRR2049787 3 0.6373 0.26153 0.004 0.408 0.588
#> SRR2049786 3 0.0747 0.74432 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049785 3 0.1411 0.73934 0.000 0.036 0.964
#> SRR2049784 3 0.6252 0.10463 0.444 0.000 0.556
#> SRR2049783 3 0.6209 0.34640 0.004 0.368 0.628
#> SRR2049782 3 0.6168 0.25863 0.000 0.412 0.588
#> SRR2049781 3 0.2711 0.71097 0.000 0.088 0.912
#> SRR2049780 3 0.2165 0.74168 0.000 0.064 0.936
#> SRR2049779 3 0.5285 0.55063 0.004 0.244 0.752
#> SRR2049778 3 0.2947 0.75317 0.060 0.020 0.920
#> SRR2049777 3 0.6763 0.16472 0.012 0.436 0.552
#> SRR2049776 1 0.1031 0.79152 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049775 3 0.6140 0.27817 0.000 0.404 0.596
#> SRR2049774 1 0.4842 0.69997 0.776 0.000 0.224
#> SRR2049773 3 0.6345 0.27995 0.004 0.400 0.596
#> SRR2049772 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049771 3 0.1964 0.74411 0.000 0.056 0.944
#> SRR2049770 3 0.0747 0.75035 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049769 3 0.6168 0.25863 0.000 0.412 0.588
#> SRR2049768 3 0.6192 0.23651 0.000 0.420 0.580
#> SRR2049767 3 0.4808 0.64253 0.188 0.008 0.804
#> SRR2049766 3 0.3207 0.75273 0.084 0.012 0.904
#> SRR2049765 3 0.2537 0.73924 0.000 0.080 0.920
#> SRR2049764 3 0.0747 0.74432 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049763 3 0.6215 0.30204 0.000 0.428 0.572
#> SRR2049762 2 0.3192 0.72153 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049761 3 0.6168 0.25863 0.000 0.412 0.588
#> SRR2049760 3 0.2682 0.75182 0.076 0.004 0.920
#> SRR2049759 3 0.6168 0.25863 0.000 0.412 0.588
#> SRR2049758 3 0.3340 0.73183 0.120 0.000 0.880
#> SRR2049756 1 0.2066 0.79124 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049755 3 0.2165 0.74168 0.000 0.064 0.936
#> SRR2049757 3 0.6410 0.22946 0.004 0.420 0.576
#> SRR2049754 1 0.5988 0.57035 0.632 0.000 0.368
#> SRR2049752 3 0.2947 0.75317 0.060 0.020 0.920
#> SRR2049751 3 0.6680 -0.00990 0.008 0.484 0.508
#> SRR2049749 3 0.6280 0.21991 0.000 0.460 0.540
#> SRR2049753 2 0.6180 0.28243 0.000 0.584 0.416
#> SRR2049750 3 0.0983 0.75011 0.016 0.004 0.980
#> SRR2049748 3 0.1129 0.74350 0.004 0.020 0.976
#> SRR2049744 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 3 0.2165 0.74171 0.000 0.064 0.936
#> SRR2049745 1 0.0237 0.79258 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049747 1 0.0237 0.79258 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049742 1 0.2537 0.77147 0.920 0.000 0.080
#> SRR2049741 1 0.4399 0.74581 0.812 0.000 0.188
#> SRR2049738 2 0.6307 0.06506 0.000 0.512 0.488
#> SRR2049737 3 0.6295 0.04622 0.472 0.000 0.528
#> SRR2049739 3 0.4291 0.62896 0.000 0.180 0.820
#> SRR2049740 1 0.5529 0.66519 0.704 0.000 0.296
#> SRR2049736 3 0.2846 0.75595 0.056 0.020 0.924
#> SRR2049735 3 0.6307 -0.00767 0.000 0.488 0.512
#> SRR2049732 3 0.2448 0.75099 0.076 0.000 0.924
#> SRR2049730 3 0.2743 0.75270 0.052 0.020 0.928
#> SRR2049734 3 0.6247 0.33163 0.004 0.376 0.620
#> SRR2049733 3 0.0892 0.75102 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049731 3 0.6600 0.30514 0.012 0.384 0.604
#> SRR2049729 3 0.2959 0.74124 0.100 0.000 0.900
#> SRR2049727 3 0.3412 0.73692 0.124 0.000 0.876
#> SRR2049728 3 0.4978 0.64912 0.216 0.004 0.780
#> SRR2049725 3 0.2846 0.75304 0.056 0.020 0.924
#> SRR2049726 3 0.6154 0.26867 0.000 0.408 0.592
#> SRR2049724 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.5560 0.61198 0.700 0.000 0.300
#> SRR2049720 3 0.2947 0.75317 0.060 0.020 0.920
#> SRR2049719 3 0.6682 -0.20327 0.488 0.008 0.504
#> SRR2049722 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 3 0.3213 0.75013 0.092 0.008 0.900
#> SRR2049716 3 0.3038 0.74035 0.104 0.000 0.896
#> SRR2049718 3 0.0983 0.75011 0.016 0.004 0.980
#> SRR2049717 3 0.6079 0.31198 0.000 0.388 0.612
#> SRR2049715 3 0.6154 0.26867 0.000 0.408 0.592
#> SRR2049714 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.6632 0.42917 0.596 0.012 0.392
#> SRR2049712 2 0.8628 0.07520 0.100 0.472 0.428
#> SRR2049711 2 0.5327 0.51343 0.000 0.728 0.272
#> SRR2049710 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 3 0.4291 0.69481 0.180 0.000 0.820
#> SRR2049707 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.2959 0.78178 0.900 0.000 0.100
#> SRR2049706 1 0.3192 0.77836 0.888 0.000 0.112
#> SRR2049705 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.5760 0.56446 0.672 0.000 0.328
#> SRR2049702 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.7286 0.28778 0.508 0.028 0.464
#> SRR2049700 3 0.2384 0.74432 0.008 0.056 0.936
#> SRR2049701 1 0.5254 0.65944 0.736 0.000 0.264
#> SRR2049699 1 0.4842 0.72843 0.776 0.000 0.224
#> SRR2049697 2 0.0424 0.79340 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049698 3 0.3116 0.73543 0.108 0.000 0.892
#> SRR2049696 3 0.2448 0.75099 0.076 0.000 0.924
#> SRR2049694 1 0.6973 0.42952 0.564 0.020 0.416
#> SRR2049693 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049695 2 0.5926 0.33384 0.000 0.644 0.356
#> SRR2049691 3 0.2537 0.75075 0.080 0.000 0.920
#> SRR2049692 3 0.0983 0.74982 0.016 0.004 0.980
#> SRR2049689 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.1163 0.79435 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049688 1 0.6095 0.52521 0.608 0.000 0.392
#> SRR2049687 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 3 0.5706 0.48567 0.320 0.000 0.680
#> SRR2049685 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 1 0.6994 0.53772 0.612 0.028 0.360
#> SRR2049683 2 0.0892 0.78847 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049682 1 0.7013 0.52923 0.608 0.028 0.364
#> SRR2049680 2 0.6505 0.07477 0.004 0.528 0.468
#> SRR2049681 3 0.1267 0.74253 0.004 0.024 0.972
#> SRR2049678 2 0.1411 0.77935 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049679 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.1031 0.78717 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049675 3 0.3207 0.75168 0.084 0.012 0.904
#> SRR2049677 2 0.3816 0.68572 0.000 0.852 0.148
#> SRR2049674 1 0.6148 0.58393 0.640 0.004 0.356
#> SRR2049672 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.6779 0.11625 0.444 0.012 0.544
#> SRR2049670 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.2550 0.75422 0.056 0.012 0.932
#> SRR2049669 2 0.0000 0.79568 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 3 0.2584 0.75333 0.064 0.008 0.928
#> SRR2049666 3 0.3502 0.73916 0.084 0.020 0.896
#> SRR2049665 3 0.0424 0.74801 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049664 3 0.2878 0.74797 0.096 0.000 0.904
#> SRR2049661 3 0.3045 0.75323 0.064 0.020 0.916
#> SRR2049663 3 0.2448 0.75099 0.076 0.000 0.924
#> SRR2049660 3 0.4002 0.67719 0.160 0.000 0.840
#> SRR2049662 3 0.2743 0.75249 0.052 0.020 0.928
#> SRR2049659 2 0.6432 0.24516 0.004 0.568 0.428
#> SRR2049657 1 0.6267 0.23472 0.548 0.000 0.452
#> SRR2049658 1 0.4555 0.74026 0.800 0.000 0.200
#> SRR2049655 3 0.3482 0.71185 0.128 0.000 0.872
#> SRR2049656 1 0.0000 0.79296 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.5591 0.60579 0.696 0.000 0.304
#> SRR2049652 1 0.3482 0.76842 0.872 0.000 0.128
#> SRR2049653 2 0.6302 0.09396 0.000 0.520 0.480
#> SRR2049649 1 0.5560 0.61057 0.700 0.000 0.300
#> SRR2049650 3 0.3459 0.74930 0.096 0.012 0.892
#> SRR2049651 3 0.6168 0.25863 0.000 0.412 0.588
#> SRR2049647 1 0.6726 0.59533 0.644 0.024 0.332
#> SRR2049648 3 0.2845 0.75239 0.068 0.012 0.920
#> SRR2049646 3 0.6421 0.21914 0.004 0.424 0.572
#> SRR2049644 3 0.2550 0.75299 0.040 0.024 0.936
#> SRR2049645 1 0.6308 0.05369 0.508 0.000 0.492
#> SRR2049643 3 0.6062 0.30472 0.384 0.000 0.616
#> SRR2049641 1 0.2066 0.78745 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049639 3 0.1411 0.73965 0.000 0.036 0.964
#> SRR2049638 3 0.2590 0.75170 0.072 0.004 0.924
#> SRR2049640 3 0.6154 0.25733 0.408 0.000 0.592
#> SRR2049636 3 0.6180 0.24764 0.000 0.416 0.584
#> SRR2049635 1 0.5621 0.59813 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049637 2 0.6520 0.06012 0.004 0.508 0.488
#> SRR2049634 1 0.2356 0.78888 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049633 3 0.2955 0.74283 0.008 0.080 0.912
#> SRR2049632 3 0.2261 0.74136 0.000 0.068 0.932
#> SRR2049631 3 0.6286 0.15873 0.000 0.464 0.536
#> SRR2049630 3 0.6345 0.27995 0.004 0.400 0.596
#> SRR2049628 3 0.2903 0.74824 0.048 0.028 0.924
#> SRR2049629 3 0.0424 0.74551 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049627 3 0.4931 0.60457 0.232 0.000 0.768
#> SRR2049626 3 0.6501 0.47160 0.316 0.020 0.664
#> SRR2049625 1 0.1031 0.78734 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049624 3 0.2663 0.75274 0.044 0.024 0.932
#> SRR2049623 1 0.6416 0.54292 0.616 0.008 0.376
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.0000 0.72011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.2944 0.67671 0.000 0.868 0.128 0.004
#> SRR2049622 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049620 1 0.8056 0.22501 0.432 0.332 0.224 0.012
#> SRR2049619 1 0.3688 0.73169 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR2049618 3 0.4198 0.49060 0.004 0.224 0.768 0.004
#> SRR2049617 2 0.0672 0.73166 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2049616 3 0.0592 0.71197 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049615 2 0.3764 0.56545 0.000 0.816 0.172 0.012
#> SRR2049614 2 0.7188 -0.06141 0.000 0.432 0.136 0.432
#> SRR2049613 4 0.7282 0.03631 0.000 0.416 0.148 0.436
#> SRR2049612 1 0.1940 0.74959 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049611 4 0.8280 0.00846 0.020 0.248 0.300 0.432
#> SRR2049610 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049609 1 0.2281 0.74298 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049608 2 0.4923 0.45275 0.004 0.684 0.304 0.008
#> SRR2049607 1 0.8039 0.22014 0.428 0.344 0.216 0.012
#> SRR2049606 1 0.2216 0.75246 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049605 1 0.4175 0.73173 0.784 0.016 0.200 0.000
#> SRR2049604 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049603 1 0.3764 0.72631 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR2049602 1 0.4164 0.68122 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2049601 1 0.2081 0.75063 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049600 3 0.4103 0.58817 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.72011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.72011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 3 0.3610 0.66830 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2049596 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049595 1 0.3335 0.75538 0.856 0.016 0.128 0.000
#> SRR2049594 4 0.7906 -0.15844 0.016 0.168 0.384 0.432
#> SRR2049593 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049592 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049591 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049590 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.72011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0188 0.72259 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049586 1 0.3495 0.75445 0.844 0.016 0.140 0.000
#> SRR2049585 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049584 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.72011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0336 0.73426 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049788 2 0.0336 0.73426 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049787 2 0.2944 0.67671 0.000 0.868 0.128 0.004
#> SRR2049786 4 0.7282 0.03631 0.000 0.416 0.148 0.436
#> SRR2049785 2 0.0336 0.73426 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049784 1 0.6985 0.49405 0.600 0.216 0.180 0.004
#> SRR2049783 2 0.3128 0.67556 0.004 0.864 0.128 0.004
#> SRR2049782 2 0.0000 0.73360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0804 0.73197 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR2049780 3 0.5174 0.32145 0.000 0.368 0.620 0.012
#> SRR2049779 2 0.0336 0.73426 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049778 3 0.9544 0.31943 0.208 0.228 0.404 0.160
#> SRR2049777 2 0.3272 0.67303 0.004 0.860 0.128 0.008
#> SRR2049776 1 0.1109 0.73336 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR2049775 2 0.0336 0.73426 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049774 1 0.3219 0.75038 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR2049773 2 0.0336 0.73426 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049772 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049771 2 0.6885 -0.03664 0.000 0.460 0.104 0.436
#> SRR2049770 4 0.7529 0.05513 0.004 0.400 0.160 0.436
#> SRR2049769 2 0.0000 0.73360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0188 0.73174 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049767 1 0.7273 0.26286 0.460 0.408 0.128 0.004
#> SRR2049766 3 0.3870 0.65603 0.208 0.004 0.788 0.000
#> SRR2049765 2 0.2542 0.68223 0.000 0.904 0.084 0.012
#> SRR2049764 2 0.5564 0.05569 0.000 0.544 0.020 0.436
#> SRR2049763 2 0.0657 0.72951 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049762 4 0.4999 0.27158 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049761 2 0.0000 0.73360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049760 3 0.2216 0.73609 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.73360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 3 0.2216 0.73614 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR2049756 1 0.2760 0.75603 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049755 3 0.5085 0.31211 0.000 0.376 0.616 0.008
#> SRR2049757 2 0.2944 0.67671 0.000 0.868 0.128 0.004
#> SRR2049754 1 0.4636 0.73510 0.792 0.068 0.140 0.000
#> SRR2049752 1 0.8118 0.20608 0.436 0.284 0.268 0.012
#> SRR2049751 2 0.3335 0.67245 0.000 0.856 0.128 0.016
#> SRR2049749 2 0.2053 0.69146 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR2049753 2 0.3172 0.49650 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR2049750 4 0.7367 0.05039 0.000 0.404 0.160 0.436
#> SRR2049748 2 0.3400 0.67379 0.004 0.856 0.128 0.012
#> SRR2049744 1 0.0000 0.72011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 3 0.7416 0.09911 0.000 0.392 0.440 0.168
#> SRR2049745 1 0.0000 0.72011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.72011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.3271 0.75555 0.856 0.012 0.132 0.000
#> SRR2049741 1 0.3390 0.75538 0.852 0.016 0.132 0.000
#> SRR2049738 2 0.1389 0.69208 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049737 1 0.3976 0.74898 0.840 0.044 0.112 0.004
#> SRR2049739 2 0.0804 0.73058 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR2049740 1 0.3335 0.75538 0.856 0.016 0.128 0.000
#> SRR2049736 1 0.8132 0.20198 0.432 0.284 0.272 0.012
#> SRR2049735 2 0.1118 0.70602 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049732 3 0.0469 0.70897 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049730 4 0.7845 -0.11871 0.004 0.216 0.388 0.392
#> SRR2049734 2 0.1545 0.73076 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR2049733 1 0.8045 0.22834 0.432 0.336 0.220 0.012
#> SRR2049731 2 0.3088 0.67567 0.000 0.864 0.128 0.008
#> SRR2049729 1 0.8058 0.19014 0.444 0.236 0.308 0.012
#> SRR2049727 3 0.3356 0.69191 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR2049728 3 0.3907 0.62553 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR2049725 4 0.7871 -0.00867 0.004 0.240 0.320 0.436
#> SRR2049726 2 0.0336 0.73426 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049724 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049723 1 0.3942 0.71158 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR2049720 2 0.9885 -0.28726 0.268 0.280 0.276 0.176
#> SRR2049719 1 0.7043 0.33468 0.504 0.368 0.128 0.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.72011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 3 0.3982 0.64106 0.220 0.004 0.776 0.000
#> SRR2049716 3 0.3837 0.64206 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR2049718 4 0.7367 0.05039 0.000 0.404 0.160 0.436
#> SRR2049717 2 0.1004 0.73612 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR2049715 2 0.0188 0.73415 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049714 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049713 1 0.5112 0.37882 0.560 0.004 0.436 0.000
#> SRR2049712 2 0.7196 0.32770 0.156 0.620 0.200 0.024
#> SRR2049711 2 0.3975 0.46804 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2049710 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049709 3 0.4193 0.56399 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR2049707 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049708 1 0.3610 0.73660 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2049706 1 0.3569 0.73697 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049705 1 0.0188 0.72090 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049704 1 0.4925 0.39391 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR2049702 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049703 1 0.5941 0.65561 0.696 0.096 0.204 0.004
#> SRR2049700 3 0.5318 0.35302 0.012 0.360 0.624 0.004
#> SRR2049701 1 0.3791 0.73455 0.796 0.004 0.200 0.000
#> SRR2049699 1 0.3335 0.75538 0.856 0.016 0.128 0.000
#> SRR2049697 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049698 4 0.8735 -0.02038 0.052 0.224 0.292 0.432
#> SRR2049696 3 0.1302 0.72508 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049694 1 0.4364 0.71942 0.764 0.016 0.220 0.000
#> SRR2049693 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049695 2 0.3837 0.49696 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2049691 3 0.2589 0.72851 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR2049692 1 0.7813 0.21119 0.428 0.392 0.168 0.012
#> SRR2049689 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049690 1 0.2216 0.75157 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049688 1 0.5448 0.69070 0.724 0.080 0.196 0.000
#> SRR2049687 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049686 3 0.4948 0.00722 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR2049685 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049684 1 0.5073 0.70504 0.744 0.056 0.200 0.000
#> SRR2049683 4 0.4972 0.34430 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR2049682 1 0.4798 0.71906 0.760 0.032 0.204 0.004
#> SRR2049680 2 0.5353 0.55081 0.016 0.740 0.204 0.040
#> SRR2049681 2 0.3217 0.67525 0.000 0.860 0.128 0.012
#> SRR2049678 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049679 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049676 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049675 3 0.3402 0.69867 0.164 0.004 0.832 0.000
#> SRR2049677 2 0.6928 -0.20090 0.000 0.456 0.108 0.436
#> SRR2049674 1 0.4012 0.74065 0.800 0.016 0.184 0.000
#> SRR2049672 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049671 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049673 1 0.6523 0.43436 0.564 0.088 0.348 0.000
#> SRR2049670 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049668 3 0.0524 0.70700 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR2049669 4 0.4941 0.37169 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR2049667 3 0.0657 0.71037 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR2049666 1 0.8056 0.22501 0.432 0.332 0.224 0.012
#> SRR2049665 4 0.7252 0.03239 0.000 0.420 0.144 0.436
#> SRR2049664 3 0.1792 0.73198 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR2049661 3 0.6242 0.59703 0.176 0.140 0.680 0.004
#> SRR2049663 3 0.0592 0.71197 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049660 4 0.8932 0.12444 0.136 0.320 0.108 0.436
#> SRR2049662 3 0.0469 0.70897 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049659 2 0.5280 0.56476 0.000 0.752 0.128 0.120
#> SRR2049657 1 0.4866 0.44924 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR2049658 1 0.3969 0.74233 0.804 0.016 0.180 0.000
#> SRR2049655 4 0.8884 0.11929 0.112 0.328 0.124 0.436
#> SRR2049656 1 0.0000 0.72011 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.3837 0.72115 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR2049652 1 0.2868 0.75616 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR2049653 2 0.1474 0.68682 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049649 1 0.3688 0.73120 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR2049650 1 0.7427 0.32573 0.500 0.200 0.300 0.000
#> SRR2049651 2 0.2773 0.68766 0.000 0.880 0.116 0.004
#> SRR2049647 1 0.4137 0.72996 0.780 0.012 0.208 0.000
#> SRR2049648 4 0.8201 0.03478 0.016 0.260 0.288 0.436
#> SRR2049646 2 0.3072 0.68026 0.004 0.868 0.124 0.004
#> SRR2049644 1 0.8069 0.00903 0.356 0.332 0.308 0.004
#> SRR2049645 1 0.3688 0.73203 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR2049643 1 0.5964 0.68294 0.744 0.080 0.132 0.044
#> SRR2049641 1 0.3088 0.75583 0.864 0.008 0.128 0.000
#> SRR2049639 2 0.3217 0.67427 0.000 0.860 0.128 0.012
#> SRR2049638 3 0.0336 0.70499 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049640 1 0.7507 0.02347 0.496 0.124 0.016 0.364
#> SRR2049636 2 0.0188 0.73181 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049635 1 0.3688 0.73120 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR2049637 2 0.3497 0.68391 0.000 0.860 0.104 0.036
#> SRR2049634 1 0.3088 0.75582 0.864 0.008 0.128 0.000
#> SRR2049633 2 0.4876 0.42667 0.004 0.672 0.320 0.004
#> SRR2049632 2 0.3529 0.59649 0.000 0.836 0.152 0.012
#> SRR2049631 2 0.0336 0.73104 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049630 2 0.0000 0.73360 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 1 0.7148 0.48423 0.580 0.216 0.200 0.004
#> SRR2049629 2 0.4348 0.48677 0.000 0.780 0.024 0.196
#> SRR2049627 4 0.8540 0.13504 0.272 0.276 0.032 0.420
#> SRR2049626 3 0.7083 -0.10571 0.432 0.124 0.444 0.000
#> SRR2049625 1 0.3047 0.75636 0.872 0.012 0.116 0.000
#> SRR2049624 3 0.2999 0.54532 0.004 0.132 0.864 0.000
#> SRR2049623 1 0.4980 0.71803 0.756 0.044 0.196 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049621 2 0.1300 0.7817 0.000 0.956 0.028 0.000 NA
#> SRR2049622 3 0.2648 0.7812 0.000 0.000 0.848 0.000 NA
#> SRR2049620 3 0.4181 0.6278 0.016 0.240 0.736 0.008 NA
#> SRR2049619 3 0.3904 0.7178 0.156 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049618 1 0.4918 0.6404 0.756 0.152 0.056 0.004 NA
#> SRR2049617 2 0.2286 0.7619 0.000 0.888 0.000 0.004 NA
#> SRR2049616 1 0.1768 0.7303 0.924 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR2049615 1 0.8342 0.1219 0.348 0.332 0.020 0.076 NA
#> SRR2049614 4 0.5792 0.1077 0.000 0.376 0.084 0.536 NA
#> SRR2049613 4 0.5920 0.2347 0.000 0.272 0.148 0.580 NA
#> SRR2049612 3 0.2516 0.7844 0.000 0.000 0.860 0.000 NA
#> SRR2049611 4 0.7608 0.1948 0.156 0.132 0.088 0.580 NA
#> SRR2049610 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049609 3 0.3577 0.7692 0.032 0.000 0.808 0.000 NA
#> SRR2049608 1 0.7015 0.1117 0.424 0.380 0.176 0.008 NA
#> SRR2049607 3 0.4134 0.5831 0.004 0.284 0.704 0.008 NA
#> SRR2049606 3 0.1124 0.7913 0.000 0.004 0.960 0.000 NA
#> SRR2049605 3 0.2067 0.7738 0.000 0.048 0.920 0.000 NA
#> SRR2049604 3 0.1544 0.7854 0.000 0.000 0.932 0.000 NA
#> SRR2049603 3 0.4769 0.6678 0.200 0.008 0.728 0.000 NA
#> SRR2049602 3 0.5066 0.5996 0.260 0.004 0.672 0.000 NA
#> SRR2049601 3 0.3003 0.7731 0.000 0.000 0.812 0.000 NA
#> SRR2049600 1 0.3351 0.7108 0.828 0.004 0.148 0.000 NA
#> SRR2049599 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049598 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049597 1 0.2339 0.7353 0.892 0.004 0.100 0.000 NA
#> SRR2049596 3 0.3074 0.7714 0.000 0.000 0.804 0.000 NA
#> SRR2049595 3 0.1597 0.7776 0.000 0.048 0.940 0.000 NA
#> SRR2049594 4 0.6056 -0.2692 0.448 0.060 0.012 0.472 NA
#> SRR2049593 3 0.3039 0.7725 0.000 0.000 0.808 0.000 NA
#> SRR2049592 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049591 3 0.3333 0.7670 0.004 0.000 0.788 0.000 NA
#> SRR2049590 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049589 3 0.3333 0.7670 0.004 0.000 0.788 0.000 NA
#> SRR2049588 3 0.3333 0.7670 0.004 0.000 0.788 0.000 NA
#> SRR2049586 3 0.1628 0.7762 0.000 0.056 0.936 0.000 NA
#> SRR2049585 3 0.3196 0.7726 0.004 0.000 0.804 0.000 NA
#> SRR2049584 3 0.2230 0.7846 0.000 0.000 0.884 0.000 NA
#> SRR2049583 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049789 2 0.3930 0.6883 0.000 0.792 0.000 0.056 NA
#> SRR2049788 2 0.1502 0.7846 0.000 0.940 0.000 0.004 NA
#> SRR2049787 2 0.2616 0.7520 0.000 0.888 0.076 0.000 NA
#> SRR2049786 4 0.4824 0.1201 0.000 0.376 0.028 0.596 NA
#> SRR2049785 2 0.3764 0.6947 0.000 0.800 0.000 0.044 NA
#> SRR2049784 3 0.3177 0.6799 0.000 0.208 0.792 0.000 NA
#> SRR2049783 2 0.3615 0.6503 0.000 0.808 0.156 0.000 NA
#> SRR2049782 2 0.1892 0.7768 0.000 0.916 0.000 0.004 NA
#> SRR2049781 2 0.3531 0.7110 0.000 0.816 0.000 0.036 NA
#> SRR2049780 1 0.6523 0.5239 0.632 0.188 0.020 0.028 NA
#> SRR2049779 2 0.0960 0.7884 0.000 0.972 0.008 0.004 NA
#> SRR2049778 1 0.6960 0.4896 0.588 0.088 0.080 0.232 NA
#> SRR2049777 2 0.3914 0.5591 0.000 0.760 0.220 0.004 NA
#> SRR2049776 3 0.1638 0.7863 0.000 0.004 0.932 0.000 NA
#> SRR2049775 2 0.1768 0.7798 0.000 0.924 0.000 0.004 NA
#> SRR2049774 3 0.1430 0.7832 0.000 0.004 0.944 0.000 NA
#> SRR2049773 2 0.0798 0.7878 0.000 0.976 0.008 0.000 NA
#> SRR2049772 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049771 4 0.6198 0.1685 0.072 0.316 0.024 0.580 NA
#> SRR2049770 4 0.6066 0.2704 0.004 0.224 0.180 0.592 NA
#> SRR2049769 2 0.1430 0.7856 0.000 0.944 0.000 0.004 NA
#> SRR2049768 2 0.1121 0.7864 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR2049767 3 0.3826 0.6440 0.000 0.236 0.752 0.004 NA
#> SRR2049766 1 0.3381 0.7045 0.820 0.004 0.160 0.000 NA
#> SRR2049765 2 0.6473 0.5482 0.052 0.644 0.020 0.080 NA
#> SRR2049764 4 0.4455 0.0952 0.000 0.404 0.008 0.588 NA
#> SRR2049763 2 0.2865 0.7444 0.008 0.856 0.000 0.004 NA
#> SRR2049762 2 0.4856 0.2345 0.000 0.584 0.000 0.388 NA
#> SRR2049761 2 0.0963 0.7876 0.000 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR2049760 1 0.0807 0.7384 0.976 0.012 0.012 0.000 NA
#> SRR2049759 2 0.1357 0.7859 0.000 0.948 0.000 0.004 NA
#> SRR2049758 1 0.1372 0.7381 0.956 0.004 0.024 0.000 NA
#> SRR2049756 3 0.3246 0.7734 0.008 0.000 0.808 0.000 NA
#> SRR2049755 1 0.6226 0.5352 0.652 0.192 0.020 0.020 NA
#> SRR2049757 2 0.2561 0.7342 0.000 0.884 0.096 0.000 NA
#> SRR2049754 3 0.2719 0.7410 0.000 0.144 0.852 0.000 NA
#> SRR2049752 3 0.6120 0.5470 0.080 0.192 0.656 0.072 NA
#> SRR2049751 2 0.3644 0.6982 0.000 0.832 0.120 0.024 NA
#> SRR2049749 2 0.2253 0.7868 0.012 0.924 0.020 0.008 NA
#> SRR2049753 2 0.4709 0.4035 0.000 0.648 0.004 0.024 NA
#> SRR2049750 4 0.5981 0.2550 0.004 0.248 0.152 0.596 NA
#> SRR2049748 2 0.1582 0.7845 0.000 0.944 0.028 0.000 NA
#> SRR2049744 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049743 1 0.8922 0.1935 0.308 0.204 0.020 0.188 NA
#> SRR2049745 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049747 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049742 3 0.1571 0.7871 0.000 0.004 0.936 0.000 NA
#> SRR2049741 3 0.2514 0.7851 0.000 0.044 0.896 0.000 NA
#> SRR2049738 2 0.0671 0.7829 0.000 0.980 0.000 0.004 NA
#> SRR2049737 3 0.1697 0.7870 0.000 0.008 0.932 0.000 NA
#> SRR2049739 2 0.2179 0.7657 0.000 0.896 0.000 0.004 NA
#> SRR2049740 3 0.1549 0.7810 0.000 0.040 0.944 0.000 NA
#> SRR2049736 3 0.6593 0.3222 0.228 0.196 0.556 0.020 NA
#> SRR2049735 2 0.1671 0.7596 0.000 0.924 0.000 0.000 NA
#> SRR2049732 1 0.1768 0.7303 0.924 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR2049730 1 0.7047 0.3321 0.460 0.060 0.000 0.372 NA
#> SRR2049734 2 0.0992 0.7867 0.000 0.968 0.008 0.000 NA
#> SRR2049733 3 0.7998 0.0331 0.112 0.268 0.416 0.204 NA
#> SRR2049731 2 0.3821 0.5436 0.000 0.764 0.216 0.000 NA
#> SRR2049729 4 0.9130 -0.1247 0.248 0.136 0.268 0.304 NA
#> SRR2049727 1 0.2982 0.7271 0.860 0.004 0.116 0.000 NA
#> SRR2049728 1 0.3438 0.6922 0.808 0.000 0.172 0.000 NA
#> SRR2049725 4 0.6179 0.0502 0.276 0.124 0.016 0.584 NA
#> SRR2049726 2 0.1952 0.7750 0.000 0.912 0.000 0.004 NA
#> SRR2049724 3 0.3242 0.7682 0.000 0.000 0.784 0.000 NA
#> SRR2049723 3 0.4820 0.6321 0.236 0.000 0.696 0.000 NA
#> SRR2049720 4 0.7580 0.1411 0.068 0.172 0.360 0.400 NA
#> SRR2049719 3 0.4478 0.5270 0.000 0.360 0.628 0.008 NA
#> SRR2049722 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049721 1 0.3706 0.6859 0.792 0.004 0.184 0.000 NA
#> SRR2049716 1 0.2771 0.7277 0.860 0.012 0.128 0.000 NA
#> SRR2049718 4 0.5981 0.2550 0.004 0.248 0.152 0.596 NA
#> SRR2049717 2 0.2237 0.7429 0.000 0.904 0.084 0.004 NA
#> SRR2049715 2 0.2488 0.7508 0.000 0.872 0.000 0.004 NA
#> SRR2049714 4 0.6740 0.3255 0.000 0.268 0.000 0.404 NA
#> SRR2049713 3 0.4538 0.4682 0.364 0.000 0.620 0.000 NA
#> SRR2049712 3 0.5492 0.4099 0.000 0.304 0.628 0.032 NA
#> SRR2049711 2 0.3916 0.5272 0.000 0.732 0.000 0.256 NA
#> SRR2049710 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049709 1 0.3476 0.7018 0.816 0.004 0.160 0.000 NA
#> SRR2049707 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049708 3 0.3710 0.7256 0.144 0.000 0.808 0.000 NA
#> SRR2049706 3 0.3752 0.7249 0.148 0.000 0.804 0.000 NA
#> SRR2049705 3 0.3177 0.7676 0.000 0.000 0.792 0.000 NA
#> SRR2049704 3 0.4990 0.4490 0.360 0.000 0.600 0.000 NA
#> SRR2049702 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049703 3 0.2899 0.7586 0.000 0.076 0.880 0.008 NA
#> SRR2049700 1 0.4553 0.6094 0.772 0.164 0.036 0.008 NA
#> SRR2049701 3 0.3752 0.7236 0.148 0.000 0.804 0.000 NA
#> SRR2049699 3 0.1626 0.7833 0.000 0.044 0.940 0.000 NA
#> SRR2049697 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049698 4 0.7186 0.0782 0.236 0.096 0.044 0.580 NA
#> SRR2049696 1 0.1173 0.7364 0.964 0.012 0.004 0.000 NA
#> SRR2049694 3 0.2854 0.7574 0.008 0.084 0.880 0.000 NA
#> SRR2049693 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049695 2 0.3789 0.5697 0.000 0.760 0.000 0.224 NA
#> SRR2049691 1 0.1710 0.7402 0.940 0.004 0.040 0.000 NA
#> SRR2049692 3 0.5267 0.4305 0.008 0.344 0.604 0.044 NA
#> SRR2049689 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049690 3 0.3210 0.7736 0.000 0.000 0.788 0.000 NA
#> SRR2049688 3 0.2660 0.7391 0.000 0.128 0.864 0.000 NA
#> SRR2049687 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049686 1 0.4538 0.3657 0.620 0.000 0.364 0.000 NA
#> SRR2049685 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049684 3 0.2491 0.7650 0.000 0.068 0.896 0.000 NA
#> SRR2049683 2 0.5454 0.1249 0.000 0.532 0.000 0.404 NA
#> SRR2049682 3 0.2221 0.7711 0.000 0.052 0.912 0.000 NA
#> SRR2049680 3 0.6355 0.0762 0.004 0.396 0.504 0.036 NA
#> SRR2049681 2 0.1836 0.7818 0.000 0.932 0.036 0.000 NA
#> SRR2049678 4 0.6718 0.3447 0.000 0.252 0.000 0.400 NA
#> SRR2049679 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049676 4 0.6714 0.3448 0.000 0.252 0.000 0.404 NA
#> SRR2049675 1 0.3127 0.7233 0.848 0.004 0.128 0.000 NA
#> SRR2049677 2 0.7342 -0.1134 0.000 0.392 0.032 0.228 NA
#> SRR2049674 3 0.2067 0.7738 0.000 0.048 0.920 0.000 NA
#> SRR2049672 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049671 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049673 3 0.4445 0.6953 0.120 0.064 0.792 0.004 NA
#> SRR2049670 4 0.6706 0.3492 0.000 0.248 0.000 0.404 NA
#> SRR2049668 1 0.2115 0.7305 0.916 0.008 0.008 0.000 NA
#> SRR2049669 4 0.6714 0.3448 0.000 0.252 0.000 0.404 NA
#> SRR2049667 1 0.1768 0.7303 0.924 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR2049666 3 0.4370 0.6395 0.024 0.220 0.744 0.008 NA
#> SRR2049665 4 0.5302 0.1622 0.000 0.344 0.064 0.592 NA
#> SRR2049664 1 0.0671 0.7319 0.980 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR2049661 1 0.3341 0.7245 0.840 0.024 0.128 0.000 NA
#> SRR2049663 1 0.1704 0.7308 0.928 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR2049660 4 0.6326 0.3042 0.004 0.176 0.212 0.596 NA
#> SRR2049662 1 0.1830 0.7311 0.924 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR2049659 2 0.5544 0.4140 0.000 0.628 0.032 0.040 NA
#> SRR2049657 3 0.5421 0.4343 0.352 0.004 0.584 0.000 NA
#> SRR2049658 3 0.1522 0.7828 0.000 0.044 0.944 0.000 NA
#> SRR2049655 4 0.6326 0.3042 0.004 0.176 0.212 0.596 NA
#> SRR2049656 3 0.3333 0.7670 0.004 0.000 0.788 0.000 NA
#> SRR2049654 3 0.4679 0.6550 0.216 0.000 0.716 0.000 NA
#> SRR2049652 3 0.3123 0.7741 0.004 0.000 0.812 0.000 NA
#> SRR2049653 2 0.3443 0.6717 0.000 0.816 0.012 0.008 NA
#> SRR2049649 3 0.4252 0.6969 0.172 0.000 0.764 0.000 NA
#> SRR2049650 3 0.4238 0.7121 0.092 0.080 0.808 0.004 NA
#> SRR2049651 2 0.1195 0.7835 0.000 0.960 0.028 0.000 NA
#> SRR2049647 3 0.1893 0.7761 0.000 0.048 0.928 0.000 NA
#> SRR2049648 4 0.7183 0.1928 0.168 0.152 0.056 0.596 NA
#> SRR2049646 2 0.1386 0.7813 0.000 0.952 0.032 0.000 NA
#> SRR2049644 3 0.6802 0.1972 0.264 0.188 0.528 0.008 NA
#> SRR2049645 3 0.4390 0.7179 0.156 0.016 0.776 0.000 NA
#> SRR2049643 3 0.5497 0.4967 0.000 0.020 0.652 0.264 NA
#> SRR2049641 3 0.1410 0.7867 0.000 0.000 0.940 0.000 NA
#> SRR2049639 2 0.3107 0.7596 0.000 0.868 0.032 0.012 NA
#> SRR2049638 1 0.1768 0.7303 0.924 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR2049640 4 0.7049 -0.1223 0.000 0.020 0.356 0.420 NA
#> SRR2049636 2 0.0609 0.7845 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2049635 3 0.4177 0.7029 0.164 0.000 0.772 0.000 NA
#> SRR2049637 2 0.2612 0.7244 0.000 0.868 0.008 0.000 NA
#> SRR2049634 3 0.1914 0.7876 0.000 0.016 0.924 0.000 NA
#> SRR2049633 1 0.7353 0.0867 0.400 0.372 0.192 0.032 NA
#> SRR2049632 2 0.7802 -0.0263 0.360 0.400 0.020 0.044 NA
#> SRR2049631 2 0.0404 0.7856 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2049630 2 0.1628 0.7650 0.000 0.936 0.056 0.000 NA
#> SRR2049628 3 0.3063 0.7488 0.000 0.096 0.864 0.004 NA
#> SRR2049629 2 0.6675 0.2870 0.000 0.512 0.020 0.312 NA
#> SRR2049627 4 0.6346 0.2725 0.000 0.132 0.324 0.532 NA
#> SRR2049626 1 0.5449 0.3587 0.608 0.036 0.336 0.004 NA
#> SRR2049625 3 0.1410 0.7867 0.000 0.000 0.940 0.000 NA
#> SRR2049624 1 0.2452 0.7244 0.896 0.004 0.016 0.000 NA
#> SRR2049623 3 0.2470 0.7529 0.000 0.104 0.884 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.0665 0.77270 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004 0.000
#> SRR2049621 2 0.2094 0.43317 0.000 0.908 0.024 0.064 0.004 0.000
#> SRR2049622 1 0.0779 0.77540 0.976 0.000 0.008 0.008 0.008 0.000
#> SRR2049620 1 0.6939 0.53279 0.528 0.264 0.076 0.000 0.064 0.068
#> SRR2049619 1 0.6004 0.71268 0.652 0.000 0.084 0.020 0.140 0.104
#> SRR2049618 6 0.5542 0.64915 0.008 0.040 0.088 0.056 0.088 0.720
#> SRR2049617 3 0.4183 0.19214 0.000 0.480 0.508 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049616 6 0.3608 0.67153 0.000 0.000 0.004 0.128 0.068 0.800
#> SRR2049615 3 0.6847 0.00563 0.000 0.116 0.468 0.000 0.128 0.288
#> SRR2049614 5 0.3944 0.46259 0.000 0.428 0.004 0.000 0.568 0.000
#> SRR2049613 5 0.3976 0.52319 0.004 0.380 0.004 0.000 0.612 0.000
#> SRR2049612 1 0.1057 0.77937 0.968 0.004 0.008 0.004 0.012 0.004
#> SRR2049611 5 0.4149 0.65136 0.028 0.064 0.004 0.000 0.784 0.120
#> SRR2049610 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.4867 0.75145 0.732 0.000 0.084 0.020 0.144 0.020
#> SRR2049608 6 0.6230 0.32860 0.008 0.256 0.084 0.004 0.068 0.580
#> SRR2049607 1 0.6990 0.41295 0.480 0.332 0.060 0.004 0.072 0.052
#> SRR2049606 1 0.3020 0.78692 0.876 0.016 0.064 0.020 0.016 0.008
#> SRR2049605 1 0.5055 0.73466 0.684 0.048 0.204 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049604 1 0.1663 0.77821 0.940 0.024 0.008 0.004 0.024 0.000
#> SRR2049603 1 0.6838 0.55851 0.524 0.004 0.084 0.008 0.140 0.240
#> SRR2049602 1 0.7089 0.44140 0.456 0.000 0.080 0.016 0.148 0.300
#> SRR2049601 1 0.4199 0.75777 0.764 0.000 0.072 0.000 0.144 0.020
#> SRR2049600 6 0.1340 0.70175 0.040 0.000 0.000 0.008 0.004 0.948
#> SRR2049599 1 0.0767 0.77171 0.976 0.000 0.012 0.008 0.004 0.000
#> SRR2049598 1 0.0665 0.77270 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004 0.000
#> SRR2049597 6 0.0862 0.70790 0.008 0.000 0.000 0.004 0.016 0.972
#> SRR2049596 1 0.0405 0.77546 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.4163 0.76408 0.788 0.068 0.088 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049594 6 0.4185 -0.02080 0.000 0.012 0.000 0.000 0.492 0.496
#> SRR2049593 1 0.0405 0.77414 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049592 1 0.0622 0.77515 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049591 1 0.1490 0.77790 0.948 0.000 0.016 0.024 0.008 0.004
#> SRR2049590 1 0.1026 0.77476 0.968 0.000 0.012 0.008 0.008 0.004
#> SRR2049589 1 0.1396 0.77687 0.952 0.000 0.012 0.024 0.008 0.004
#> SRR2049588 1 0.1007 0.77760 0.968 0.000 0.008 0.016 0.004 0.004
#> SRR2049586 1 0.4876 0.72016 0.720 0.152 0.072 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049585 1 0.1381 0.78074 0.952 0.000 0.020 0.020 0.004 0.004
#> SRR2049584 1 0.0665 0.77699 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008 0.000
#> SRR2049583 1 0.0779 0.77336 0.976 0.000 0.008 0.008 0.008 0.000
#> SRR2049789 2 0.5221 -0.27475 0.000 0.476 0.432 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049788 2 0.4517 -0.16415 0.000 0.524 0.444 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049787 2 0.1010 0.41701 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR2049786 5 0.3898 0.59648 0.000 0.336 0.012 0.000 0.652 0.000
#> SRR2049785 3 0.4808 0.22590 0.000 0.472 0.476 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049784 1 0.4936 0.69206 0.724 0.152 0.012 0.008 0.092 0.012
#> SRR2049783 2 0.1285 0.41310 0.004 0.944 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049782 2 0.4181 -0.19128 0.000 0.512 0.476 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049781 3 0.4808 0.23318 0.000 0.468 0.480 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049780 6 0.7466 0.44436 0.000 0.056 0.240 0.128 0.092 0.484
#> SRR2049779 2 0.2376 0.38562 0.000 0.888 0.068 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049778 6 0.5020 0.38238 0.000 0.048 0.020 0.004 0.300 0.628
#> SRR2049777 2 0.4460 0.38270 0.064 0.748 0.000 0.152 0.036 0.000
#> SRR2049776 1 0.1932 0.77795 0.928 0.032 0.008 0.008 0.024 0.000
#> SRR2049775 2 0.4396 -0.17175 0.000 0.520 0.456 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049774 1 0.4982 0.75977 0.736 0.032 0.072 0.000 0.132 0.028
#> SRR2049773 2 0.1895 0.39385 0.000 0.912 0.072 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049772 1 0.0405 0.77414 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049771 5 0.5533 0.60162 0.000 0.200 0.108 0.000 0.644 0.048
#> SRR2049770 5 0.3245 0.68860 0.008 0.228 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR2049769 2 0.4175 -0.14309 0.000 0.524 0.464 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049768 2 0.4489 -0.12031 0.000 0.520 0.456 0.012 0.012 0.000
#> SRR2049767 1 0.5578 0.49302 0.548 0.348 0.036 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049766 6 0.2220 0.68771 0.056 0.008 0.012 0.004 0.008 0.912
#> SRR2049765 3 0.6167 0.23180 0.000 0.328 0.516 0.000 0.080 0.076
#> SRR2049764 5 0.4747 0.48437 0.000 0.324 0.068 0.000 0.608 0.000
#> SRR2049763 3 0.4183 0.20464 0.000 0.480 0.508 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049762 4 0.5787 0.48127 0.000 0.244 0.252 0.504 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.4067 -0.08682 0.000 0.548 0.444 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049760 6 0.0405 0.70535 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR2049759 2 0.4175 -0.14309 0.000 0.524 0.464 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049758 6 0.0146 0.70459 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049756 1 0.3733 0.76398 0.796 0.000 0.048 0.000 0.140 0.016
#> SRR2049755 6 0.7372 0.46433 0.000 0.060 0.208 0.128 0.092 0.512
#> SRR2049757 2 0.2263 0.43070 0.004 0.900 0.000 0.060 0.036 0.000
#> SRR2049754 1 0.4678 0.69598 0.728 0.184 0.016 0.004 0.060 0.008
#> SRR2049752 1 0.7769 0.47026 0.492 0.104 0.056 0.012 0.136 0.200
#> SRR2049751 2 0.4291 0.18076 0.000 0.680 0.000 0.268 0.052 0.000
#> SRR2049749 2 0.5214 -0.14121 0.000 0.528 0.408 0.004 0.024 0.036
#> SRR2049753 2 0.5052 -0.08987 0.000 0.504 0.052 0.436 0.004 0.004
#> SRR2049750 5 0.3163 0.68673 0.004 0.232 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR2049748 2 0.1701 0.41032 0.000 0.920 0.008 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049744 1 0.0405 0.77414 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049743 3 0.7782 -0.28134 0.000 0.060 0.352 0.056 0.220 0.312
#> SRR2049745 1 0.0767 0.77465 0.976 0.000 0.012 0.004 0.008 0.000
#> SRR2049747 1 0.0622 0.77515 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049742 1 0.2034 0.77822 0.920 0.024 0.008 0.004 0.044 0.000
#> SRR2049741 1 0.2822 0.76760 0.864 0.076 0.004 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049738 2 0.5453 0.34092 0.000 0.572 0.144 0.280 0.004 0.000
#> SRR2049737 1 0.2258 0.77723 0.912 0.028 0.012 0.008 0.040 0.000
#> SRR2049739 3 0.4338 0.18954 0.000 0.488 0.492 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049740 1 0.3971 0.77113 0.808 0.052 0.080 0.004 0.056 0.000
#> SRR2049736 6 0.7865 -0.08007 0.328 0.140 0.068 0.004 0.076 0.384
#> SRR2049735 2 0.5368 0.34597 0.000 0.592 0.144 0.260 0.004 0.000
#> SRR2049732 6 0.3608 0.67153 0.000 0.000 0.004 0.128 0.068 0.800
#> SRR2049730 6 0.7032 0.24603 0.000 0.012 0.224 0.048 0.300 0.416
#> SRR2049734 2 0.1719 0.39978 0.000 0.924 0.060 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049733 2 0.8067 -0.18537 0.144 0.380 0.020 0.012 0.236 0.208
#> SRR2049731 2 0.3193 0.35696 0.112 0.840 0.004 0.008 0.036 0.000
#> SRR2049729 5 0.6412 0.38327 0.148 0.036 0.008 0.012 0.572 0.224
#> SRR2049727 6 0.1092 0.70530 0.020 0.000 0.000 0.020 0.000 0.960
#> SRR2049728 6 0.1564 0.69994 0.040 0.000 0.000 0.024 0.000 0.936
#> SRR2049725 5 0.4173 0.55702 0.000 0.060 0.000 0.000 0.712 0.228
#> SRR2049726 2 0.4184 -0.24196 0.000 0.500 0.488 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049724 1 0.1363 0.77895 0.952 0.000 0.012 0.004 0.028 0.004
#> SRR2049723 1 0.7004 0.55795 0.516 0.000 0.084 0.024 0.140 0.236
#> SRR2049720 5 0.6712 0.58953 0.124 0.120 0.004 0.012 0.576 0.164
#> SRR2049719 1 0.6303 0.38298 0.488 0.368 0.060 0.000 0.072 0.012
#> SRR2049722 1 0.0520 0.77469 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049721 6 0.2364 0.68940 0.044 0.000 0.012 0.036 0.004 0.904
#> SRR2049716 6 0.1080 0.70516 0.032 0.004 0.000 0.004 0.000 0.960
#> SRR2049718 5 0.3163 0.68673 0.004 0.232 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR2049717 2 0.7160 0.23478 0.152 0.584 0.032 0.044 0.064 0.124
#> SRR2049715 2 0.4185 -0.26595 0.000 0.496 0.492 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049714 4 0.2730 0.87513 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.5762 0.33912 0.484 0.004 0.080 0.012 0.008 0.412
#> SRR2049712 1 0.8361 0.23752 0.348 0.224 0.192 0.172 0.064 0.000
#> SRR2049711 4 0.5910 0.38351 0.000 0.308 0.232 0.460 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049709 6 0.1636 0.69969 0.036 0.000 0.000 0.024 0.004 0.936
#> SRR2049707 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.5033 0.73801 0.716 0.000 0.048 0.004 0.140 0.092
#> SRR2049706 1 0.5832 0.72127 0.668 0.000 0.084 0.020 0.140 0.088
#> SRR2049705 1 0.0924 0.77692 0.972 0.000 0.008 0.008 0.008 0.004
#> SRR2049704 6 0.6647 -0.22761 0.408 0.000 0.084 0.028 0.052 0.428
#> SRR2049702 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.6020 0.71867 0.640 0.064 0.204 0.020 0.064 0.008
#> SRR2049700 6 0.5046 0.60265 0.000 0.048 0.152 0.004 0.084 0.712
#> SRR2049701 1 0.5017 0.74183 0.712 0.000 0.080 0.000 0.144 0.064
#> SRR2049699 1 0.3170 0.77591 0.856 0.052 0.036 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049697 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049698 5 0.3650 0.58062 0.032 0.020 0.004 0.000 0.808 0.136
#> SRR2049696 6 0.1296 0.70154 0.000 0.004 0.000 0.004 0.044 0.948
#> SRR2049694 1 0.6374 0.71335 0.644 0.100 0.140 0.008 0.060 0.048
#> SRR2049693 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.6049 0.30265 0.000 0.340 0.220 0.436 0.004 0.000
#> SRR2049691 6 0.0363 0.70691 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049692 2 0.7005 -0.13606 0.388 0.408 0.008 0.012 0.120 0.064
#> SRR2049689 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.2926 0.76688 0.844 0.000 0.012 0.008 0.132 0.004
#> SRR2049688 1 0.5992 0.66489 0.644 0.196 0.076 0.012 0.060 0.012
#> SRR2049687 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049686 6 0.4195 0.51638 0.188 0.000 0.064 0.000 0.008 0.740
#> SRR2049685 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049684 1 0.5597 0.71901 0.652 0.068 0.208 0.008 0.064 0.000
#> SRR2049683 4 0.4573 0.74687 0.000 0.236 0.088 0.676 0.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.5524 0.72500 0.660 0.060 0.208 0.004 0.064 0.004
#> SRR2049680 4 0.7429 0.28383 0.052 0.344 0.140 0.404 0.060 0.000
#> SRR2049681 2 0.1462 0.41237 0.000 0.936 0.008 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049678 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.2697 0.87692 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR2049675 6 0.2042 0.70892 0.024 0.000 0.000 0.032 0.024 0.920
#> SRR2049677 4 0.3608 0.75273 0.000 0.272 0.000 0.716 0.012 0.000
#> SRR2049674 1 0.5634 0.72478 0.660 0.072 0.192 0.012 0.064 0.000
#> SRR2049672 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.6682 0.49076 0.508 0.032 0.080 0.004 0.052 0.324
#> SRR2049670 4 0.2664 0.88008 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR2049668 6 0.3856 0.66998 0.000 0.004 0.004 0.128 0.076 0.788
#> SRR2049669 4 0.2697 0.87692 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR2049667 6 0.3608 0.67153 0.000 0.000 0.004 0.128 0.068 0.800
#> SRR2049666 1 0.7117 0.54394 0.528 0.236 0.072 0.000 0.068 0.096
#> SRR2049665 5 0.3398 0.67010 0.000 0.252 0.008 0.000 0.740 0.000
#> SRR2049664 6 0.0146 0.70419 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049661 6 0.1452 0.70416 0.032 0.008 0.004 0.008 0.000 0.948
#> SRR2049663 6 0.3608 0.67153 0.000 0.000 0.004 0.128 0.068 0.800
#> SRR2049660 5 0.4396 0.62431 0.208 0.088 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR2049662 6 0.3718 0.67059 0.000 0.000 0.008 0.128 0.068 0.796
#> SRR2049659 4 0.4537 0.28589 0.000 0.480 0.004 0.492 0.024 0.000
#> SRR2049657 6 0.6973 -0.12614 0.352 0.000 0.080 0.020 0.108 0.440
#> SRR2049658 1 0.4332 0.76388 0.768 0.048 0.124 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049655 5 0.4204 0.67539 0.128 0.132 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR2049656 1 0.1223 0.77353 0.960 0.000 0.012 0.016 0.008 0.004
#> SRR2049654 1 0.6681 0.63105 0.568 0.000 0.084 0.020 0.140 0.188
#> SRR2049652 1 0.4435 0.75739 0.764 0.000 0.060 0.008 0.136 0.032
#> SRR2049653 2 0.4660 0.27769 0.000 0.612 0.060 0.328 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.6159 0.68263 0.624 0.000 0.080 0.012 0.136 0.148
#> SRR2049650 1 0.7261 0.48108 0.488 0.068 0.084 0.012 0.048 0.300
#> SRR2049651 2 0.3710 0.23772 0.000 0.696 0.292 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049647 1 0.5105 0.73829 0.688 0.044 0.200 0.004 0.064 0.000
#> SRR2049648 5 0.4556 0.66950 0.036 0.096 0.000 0.000 0.748 0.120
#> SRR2049646 2 0.1757 0.43451 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008 0.000
#> SRR2049644 6 0.8093 0.22206 0.192 0.192 0.072 0.028 0.060 0.456
#> SRR2049645 1 0.5527 0.72122 0.692 0.008 0.048 0.008 0.132 0.112
#> SRR2049643 1 0.4384 0.43894 0.664 0.028 0.012 0.000 0.296 0.000
#> SRR2049641 1 0.1977 0.77888 0.920 0.040 0.008 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049639 2 0.4917 0.06197 0.000 0.576 0.348 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049638 6 0.3990 0.66729 0.000 0.000 0.020 0.128 0.068 0.784
#> SRR2049640 1 0.4088 -0.04257 0.556 0.004 0.004 0.000 0.436 0.000
#> SRR2049636 2 0.3930 -0.00106 0.000 0.576 0.420 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049635 1 0.5788 0.70211 0.652 0.000 0.080 0.004 0.140 0.124
#> SRR2049637 2 0.4328 0.32480 0.000 0.672 0.040 0.284 0.004 0.000
#> SRR2049634 1 0.1599 0.77869 0.940 0.028 0.008 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049633 6 0.7485 0.12750 0.008 0.300 0.028 0.180 0.060 0.424
#> SRR2049632 6 0.7479 -0.06153 0.000 0.216 0.296 0.004 0.124 0.360
#> SRR2049631 2 0.4147 -0.05408 0.000 0.552 0.436 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049630 2 0.3418 0.42201 0.040 0.852 0.056 0.036 0.016 0.000
#> SRR2049628 1 0.5856 0.70758 0.636 0.084 0.204 0.012 0.064 0.000
#> SRR2049629 2 0.5830 -0.05321 0.000 0.464 0.200 0.000 0.336 0.000
#> SRR2049627 5 0.4996 0.37123 0.384 0.064 0.004 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049626 6 0.5218 0.46321 0.212 0.036 0.040 0.004 0.020 0.688
#> SRR2049625 1 0.1498 0.78075 0.940 0.028 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049624 6 0.5703 0.60979 0.000 0.004 0.112 0.128 0.092 0.664
#> SRR2049623 1 0.5531 0.66195 0.652 0.208 0.080 0.000 0.056 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.979 0.942 0.977 0.4587 0.539 0.539
#> 3 3 0.513 0.329 0.601 0.3644 0.751 0.581
#> 4 4 0.592 0.466 0.695 0.1516 0.670 0.344
#> 5 5 0.761 0.753 0.877 0.0871 0.799 0.422
#> 6 6 0.718 0.579 0.765 0.0523 0.875 0.513
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049620 1 0.2043 0.9542 0.968 0.032
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.9850 0.2715 0.428 0.572
#> SRR2049617 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049613 1 0.1414 0.9657 0.980 0.020
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049607 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.0376 0.9598 0.004 0.996
#> SRR2049785 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.9896 0.2356 0.440 0.560
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.0376 0.9598 0.004 0.996
#> SRR2049779 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.9661 0.3768 0.392 0.608
#> SRR2049770 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049767 1 0.0376 0.9804 0.996 0.004
#> SRR2049766 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.9754 0.3285 0.408 0.592
#> SRR2049757 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049748 1 0.9977 0.0713 0.528 0.472
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.3733 0.8963 0.072 0.928
#> SRR2049733 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049731 2 1.0000 0.0366 0.496 0.504
#> SRR2049729 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049719 1 0.7219 0.7426 0.800 0.200
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049717 1 0.9866 0.2134 0.568 0.432
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.5294 0.8551 0.880 0.120
#> SRR2049700 1 0.0672 0.9769 0.992 0.008
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.2236 0.9501 0.964 0.036
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.4161 0.8986 0.916 0.084
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.7299 0.7359 0.204 0.796
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.0376 0.9804 0.996 0.004
#> SRR2049665 1 0.0376 0.9804 0.996 0.004
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049651 1 0.7299 0.7363 0.796 0.204
#> SRR2049647 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049644 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049639 1 0.0376 0.9804 0.996 0.004
#> SRR2049638 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049633 1 0.9087 0.5065 0.676 0.324
#> SRR2049632 2 0.0376 0.9598 0.004 0.996
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.5629 0.8305 0.132 0.868
#> SRR2049628 1 0.0376 0.9804 0.996 0.004
#> SRR2049629 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000
#> SRR2049627 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.9837 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.4022 0.9031 0.920 0.080
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049621 2 0.6299 0.12995 0.000 0.524 0.476
#> SRR2049622 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049620 1 0.7311 0.27782 0.580 0.036 0.384
#> SRR2049619 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049618 1 0.6803 0.11644 0.680 0.280 0.040
#> SRR2049617 3 0.6140 0.12248 0.000 0.404 0.596
#> SRR2049616 1 0.2261 0.52601 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049615 3 0.6373 0.10530 0.408 0.004 0.588
#> SRR2049614 3 0.3272 0.20285 0.004 0.104 0.892
#> SRR2049613 3 0.9003 -0.12098 0.200 0.240 0.560
#> SRR2049612 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049611 1 0.6661 0.19784 0.588 0.012 0.400
#> SRR2049610 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049609 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049608 1 0.4652 0.44405 0.856 0.080 0.064
#> SRR2049607 1 0.8397 0.63683 0.588 0.296 0.116
#> SRR2049606 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049605 1 0.6305 0.66086 0.516 0.484 0.000
#> SRR2049604 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049603 1 0.6483 0.70646 0.600 0.392 0.008
#> SRR2049602 1 0.5178 0.67496 0.744 0.256 0.000
#> SRR2049601 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049600 1 0.0424 0.57202 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049599 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049598 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049597 1 0.1529 0.54457 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049596 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049595 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049594 1 0.6467 0.21062 0.604 0.008 0.388
#> SRR2049593 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049592 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049591 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049590 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049589 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049588 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049586 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049585 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049584 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049583 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049789 3 0.6079 0.12997 0.000 0.388 0.612
#> SRR2049788 3 0.6126 0.12545 0.000 0.400 0.600
#> SRR2049787 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049786 3 0.5778 0.19988 0.032 0.200 0.768
#> SRR2049785 3 0.6079 0.12997 0.000 0.388 0.612
#> SRR2049784 1 0.8100 0.67800 0.512 0.420 0.068
#> SRR2049783 2 0.6892 -0.02587 0.152 0.736 0.112
#> SRR2049782 3 0.6180 0.10457 0.000 0.416 0.584
#> SRR2049781 3 0.6095 0.12890 0.000 0.392 0.608
#> SRR2049780 3 0.8929 0.19368 0.416 0.124 0.460
#> SRR2049779 3 0.6126 0.12781 0.000 0.400 0.600
#> SRR2049778 1 0.6410 0.16134 0.576 0.004 0.420
#> SRR2049777 2 0.6264 0.20950 0.004 0.616 0.380
#> SRR2049776 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049775 3 0.6126 0.12545 0.000 0.400 0.600
#> SRR2049774 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049773 3 0.6140 0.12248 0.000 0.404 0.596
#> SRR2049772 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049771 3 0.5325 0.22110 0.248 0.004 0.748
#> SRR2049770 3 0.9402 -0.33903 0.172 0.408 0.420
#> SRR2049769 3 0.6140 0.12248 0.000 0.404 0.596
#> SRR2049768 3 0.6168 0.11115 0.000 0.412 0.588
#> SRR2049767 1 0.8180 0.65867 0.532 0.392 0.076
#> SRR2049766 1 0.2356 0.52347 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049765 3 0.3551 0.20655 0.000 0.132 0.868
#> SRR2049764 3 0.1289 0.22932 0.000 0.032 0.968
#> SRR2049763 3 0.6140 0.12248 0.000 0.404 0.596
#> SRR2049762 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049761 3 0.6192 0.09764 0.000 0.420 0.580
#> SRR2049760 1 0.5621 0.30204 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049759 3 0.6140 0.12248 0.000 0.404 0.596
#> SRR2049758 1 0.0000 0.56713 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049755 1 0.9805 -0.34703 0.424 0.256 0.320
#> SRR2049757 2 0.7504 -0.05737 0.060 0.628 0.312
#> SRR2049754 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049752 1 0.9620 0.31373 0.416 0.204 0.380
#> SRR2049751 2 0.6781 0.04830 0.052 0.704 0.244
#> SRR2049749 3 0.6299 -0.05738 0.000 0.476 0.524
#> SRR2049753 3 0.6654 0.00433 0.008 0.456 0.536
#> SRR2049750 3 0.9642 -0.33041 0.208 0.376 0.416
#> SRR2049748 3 0.7184 0.17461 0.072 0.240 0.688
#> SRR2049744 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049743 3 0.5948 0.17471 0.360 0.000 0.640
#> SRR2049745 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049747 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049742 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049741 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049738 3 0.6302 -0.04073 0.000 0.480 0.520
#> SRR2049737 2 0.9638 -0.57903 0.372 0.420 0.208
#> SRR2049739 3 0.6126 0.12545 0.000 0.400 0.600
#> SRR2049740 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049736 1 0.3771 0.50689 0.876 0.012 0.112
#> SRR2049735 3 0.6235 0.06768 0.000 0.436 0.564
#> SRR2049732 1 0.4702 0.40354 0.788 0.000 0.212
#> SRR2049730 1 0.6180 0.16809 0.584 0.000 0.416
#> SRR2049734 3 0.6598 0.10277 0.008 0.428 0.564
#> SRR2049733 3 0.9823 -0.35518 0.244 0.364 0.392
#> SRR2049731 1 0.9531 0.51510 0.476 0.308 0.216
#> SRR2049729 1 0.7534 0.26034 0.584 0.048 0.368
#> SRR2049727 1 0.1411 0.54710 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049728 1 0.0747 0.57474 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049725 1 0.6410 0.16126 0.576 0.004 0.420
#> SRR2049726 3 0.6140 0.12248 0.000 0.404 0.596
#> SRR2049724 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049723 1 0.5058 0.67150 0.756 0.244 0.000
#> SRR2049720 3 0.9818 -0.30569 0.344 0.248 0.408
#> SRR2049719 1 0.9641 0.50424 0.464 0.296 0.240
#> SRR2049722 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049721 1 0.2066 0.59484 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049716 1 0.4002 0.45442 0.840 0.000 0.160
#> SRR2049718 3 0.9579 -0.30396 0.200 0.368 0.432
#> SRR2049717 3 0.7493 -0.05925 0.476 0.036 0.488
#> SRR2049715 3 0.6168 0.11115 0.000 0.412 0.588
#> SRR2049714 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049713 1 0.1964 0.59640 0.944 0.056 0.000
#> SRR2049712 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049711 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049710 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049709 1 0.0000 0.56713 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049708 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049706 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049705 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049704 1 0.5529 0.68601 0.704 0.296 0.000
#> SRR2049702 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049703 2 0.7913 -0.56207 0.452 0.492 0.056
#> SRR2049700 1 0.6307 0.02246 0.512 0.000 0.488
#> SRR2049701 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049699 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049697 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049698 3 0.9924 -0.33752 0.320 0.288 0.392
#> SRR2049696 1 0.6026 0.22265 0.624 0.000 0.376
#> SRR2049694 1 0.8196 0.64042 0.608 0.284 0.108
#> SRR2049693 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049695 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049691 1 0.5706 0.28841 0.680 0.000 0.320
#> SRR2049692 3 0.8853 -0.10393 0.176 0.252 0.572
#> SRR2049689 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049690 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049688 1 0.7997 0.67063 0.568 0.360 0.072
#> SRR2049687 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049686 1 0.1289 0.55145 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049685 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049684 2 0.6793 -0.59956 0.452 0.536 0.012
#> SRR2049683 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049682 2 0.6308 -0.64558 0.492 0.508 0.000
#> SRR2049680 2 0.6577 0.26378 0.008 0.572 0.420
#> SRR2049681 3 0.5987 0.16295 0.036 0.208 0.756
#> SRR2049678 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049679 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049676 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049675 1 0.0237 0.56888 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049677 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049674 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049672 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049671 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049673 1 0.1964 0.59431 0.944 0.056 0.000
#> SRR2049670 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049668 1 0.1753 0.53834 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049669 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049667 1 0.3482 0.47965 0.872 0.000 0.128
#> SRR2049666 1 0.7601 0.11551 0.540 0.044 0.416
#> SRR2049665 3 0.6673 0.19091 0.056 0.224 0.720
#> SRR2049664 1 0.0000 0.56713 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.6126 0.19191 0.600 0.000 0.400
#> SRR2049663 1 0.1411 0.54643 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049660 2 0.9690 -0.43333 0.216 0.408 0.376
#> SRR2049662 1 0.6111 0.19737 0.604 0.000 0.396
#> SRR2049659 2 0.6192 0.27809 0.000 0.580 0.420
#> SRR2049657 1 0.3816 0.63759 0.852 0.148 0.000
#> SRR2049658 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049655 3 0.9666 -0.33605 0.212 0.376 0.412
#> SRR2049656 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049654 1 0.6180 0.71076 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049652 2 0.9596 -0.58852 0.384 0.416 0.200
#> SRR2049653 3 0.6280 0.01321 0.000 0.460 0.540
#> SRR2049649 1 0.6111 0.70861 0.604 0.396 0.000
#> SRR2049650 1 0.6622 0.51103 0.748 0.088 0.164
#> SRR2049651 1 0.8485 0.43039 0.612 0.164 0.224
#> SRR2049647 1 0.6215 0.70416 0.572 0.428 0.000
#> SRR2049648 1 0.8201 0.22893 0.524 0.076 0.400
#> SRR2049646 3 0.6274 0.02351 0.000 0.456 0.544
#> SRR2049644 1 0.6937 0.19172 0.576 0.020 0.404
#> SRR2049645 1 0.7353 0.69532 0.568 0.396 0.036
#> SRR2049643 2 0.9800 -0.45960 0.244 0.412 0.344
#> SRR2049641 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049639 1 0.5737 0.39599 0.732 0.012 0.256
#> SRR2049638 1 0.5988 0.23217 0.632 0.000 0.368
#> SRR2049640 2 0.9760 -0.45974 0.236 0.420 0.344
#> SRR2049636 3 0.6215 0.08318 0.000 0.428 0.572
#> SRR2049635 1 0.6168 0.71064 0.588 0.412 0.000
#> SRR2049637 3 0.6305 -0.05154 0.000 0.484 0.516
#> SRR2049634 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049633 3 0.9645 -0.01338 0.380 0.208 0.412
#> SRR2049632 3 0.7146 0.17670 0.060 0.264 0.676
#> SRR2049631 3 0.6235 0.06768 0.000 0.436 0.564
#> SRR2049630 3 0.9084 0.06479 0.232 0.216 0.552
#> SRR2049628 2 0.9054 -0.34986 0.144 0.496 0.360
#> SRR2049629 3 0.0747 0.23362 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049627 2 0.9851 -0.49663 0.284 0.420 0.296
#> SRR2049626 1 0.2492 0.55260 0.936 0.016 0.048
#> SRR2049625 1 0.6192 0.71079 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049624 1 0.5138 0.36167 0.748 0.000 0.252
#> SRR2049623 1 0.8332 0.64560 0.580 0.316 0.104
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.5189 0.6848 0.616 0.372 0.012 0.000
#> SRR2049621 4 0.4985 -0.1022 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR2049622 1 0.5203 0.6992 0.576 0.416 0.008 0.000
#> SRR2049620 2 0.8045 0.2333 0.220 0.504 0.024 0.252
#> SRR2049619 1 0.5620 0.6978 0.560 0.416 0.024 0.000
#> SRR2049618 3 0.3959 0.7596 0.068 0.000 0.840 0.092
#> SRR2049617 2 0.4907 0.2965 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049616 3 0.1867 0.7982 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR2049615 3 0.2141 0.7452 0.012 0.012 0.936 0.040
#> SRR2049614 1 0.7397 0.0976 0.648 0.152 0.116 0.084
#> SRR2049613 1 0.3408 0.3789 0.860 0.016 0.120 0.004
#> SRR2049612 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049611 1 0.5163 -0.3160 0.516 0.004 0.480 0.000
#> SRR2049610 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049608 3 0.1792 0.7985 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR2049607 2 0.6284 -0.0483 0.216 0.684 0.020 0.080
#> SRR2049606 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049605 2 0.7939 -0.5524 0.396 0.416 0.016 0.172
#> SRR2049604 1 0.5172 0.6973 0.588 0.404 0.008 0.000
#> SRR2049603 1 0.7501 0.5711 0.472 0.332 0.196 0.000
#> SRR2049602 3 0.7130 0.2202 0.132 0.396 0.472 0.000
#> SRR2049601 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049600 3 0.3439 0.7848 0.084 0.048 0.868 0.000
#> SRR2049599 1 0.4722 0.6504 0.692 0.300 0.008 0.000
#> SRR2049598 1 0.5183 0.6986 0.584 0.408 0.008 0.000
#> SRR2049597 3 0.4727 0.7335 0.108 0.100 0.792 0.000
#> SRR2049596 1 0.5427 0.6998 0.568 0.416 0.016 0.000
#> SRR2049595 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049594 3 0.2704 0.7137 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR2049593 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049592 1 0.5300 0.6997 0.580 0.408 0.012 0.000
#> SRR2049591 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049590 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049589 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049588 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049586 1 0.5427 0.6998 0.568 0.416 0.016 0.000
#> SRR2049585 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049584 1 0.5427 0.6998 0.568 0.416 0.016 0.000
#> SRR2049583 1 0.5189 0.6877 0.616 0.372 0.012 0.000
#> SRR2049789 2 0.5290 0.2992 0.012 0.584 0.000 0.404
#> SRR2049788 2 0.4907 0.2965 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049787 4 0.1256 0.7786 0.028 0.000 0.008 0.964
#> SRR2049786 2 0.6969 0.2356 0.436 0.452 0.112 0.000
#> SRR2049785 2 0.5060 0.2987 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR2049784 1 0.1182 0.4802 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR2049783 1 0.6164 0.1578 0.604 0.004 0.056 0.336
#> SRR2049782 2 0.4907 0.2965 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049781 2 0.4898 0.2978 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR2049780 2 0.4907 0.1120 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049779 2 0.6881 0.2931 0.172 0.592 0.000 0.236
#> SRR2049778 3 0.5400 0.4674 0.372 0.020 0.608 0.000
#> SRR2049777 1 0.6242 0.0448 0.520 0.056 0.000 0.424
#> SRR2049776 1 0.2918 0.5488 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR2049775 2 0.4907 0.2965 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049774 1 0.5427 0.6998 0.568 0.416 0.016 0.000
#> SRR2049773 2 0.4907 0.2965 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049772 1 0.5172 0.6976 0.588 0.404 0.008 0.000
#> SRR2049771 2 0.7143 0.2400 0.408 0.460 0.132 0.000
#> SRR2049770 1 0.2988 0.3907 0.876 0.012 0.112 0.000
#> SRR2049769 2 0.4907 0.2965 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049768 2 0.4907 0.2965 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049767 2 0.7548 -0.0802 0.316 0.508 0.008 0.168
#> SRR2049766 3 0.1661 0.7981 0.052 0.004 0.944 0.000
#> SRR2049765 4 0.8123 -0.1655 0.020 0.392 0.188 0.400
#> SRR2049764 2 0.6247 0.2548 0.428 0.516 0.056 0.000
#> SRR2049763 2 0.4916 0.2914 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR2049762 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.4925 0.2857 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR2049760 3 0.0188 0.7815 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049759 2 0.4907 0.2965 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049758 3 0.3037 0.7865 0.100 0.020 0.880 0.000
#> SRR2049756 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049755 2 0.5250 0.0777 0.000 0.552 0.440 0.008
#> SRR2049757 1 0.7475 -0.1936 0.420 0.176 0.000 0.404
#> SRR2049754 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049752 1 0.4632 0.0867 0.688 0.004 0.308 0.000
#> SRR2049751 4 0.3105 0.6034 0.004 0.140 0.000 0.856
#> SRR2049749 4 0.2760 0.6660 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR2049753 2 0.5039 0.2212 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR2049750 1 0.2773 0.3958 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR2049748 1 0.6037 -0.0497 0.628 0.304 0.068 0.000
#> SRR2049744 1 0.5320 0.6997 0.572 0.416 0.012 0.000
#> SRR2049743 2 0.7379 0.2719 0.044 0.584 0.284 0.088
#> SRR2049745 1 0.5253 0.6832 0.624 0.360 0.016 0.000
#> SRR2049747 1 0.5183 0.6986 0.584 0.408 0.008 0.000
#> SRR2049742 1 0.5427 0.6998 0.568 0.416 0.016 0.000
#> SRR2049741 1 0.5161 0.6964 0.592 0.400 0.008 0.000
#> SRR2049738 4 0.4996 -0.1440 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR2049737 1 0.2730 0.4302 0.896 0.016 0.088 0.000
#> SRR2049739 2 0.4907 0.2965 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049740 1 0.5320 0.6997 0.572 0.416 0.012 0.000
#> SRR2049736 3 0.4499 0.7607 0.072 0.124 0.804 0.000
#> SRR2049735 2 0.4955 0.2599 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR2049732 3 0.0469 0.7859 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049730 3 0.2714 0.7149 0.112 0.004 0.884 0.000
#> SRR2049734 2 0.5204 0.2993 0.012 0.612 0.000 0.376
#> SRR2049733 1 0.7383 -0.1598 0.448 0.388 0.164 0.000
#> SRR2049731 2 0.7460 -0.2981 0.372 0.488 0.012 0.128
#> SRR2049729 1 0.5097 -0.2070 0.568 0.004 0.428 0.000
#> SRR2049727 3 0.2670 0.7962 0.072 0.024 0.904 0.000
#> SRR2049728 3 0.5110 0.7078 0.104 0.132 0.764 0.000
#> SRR2049725 1 0.5404 -0.3151 0.512 0.012 0.476 0.000
#> SRR2049726 2 0.4907 0.2965 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049724 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049723 2 0.7733 -0.3734 0.232 0.412 0.356 0.000
#> SRR2049720 1 0.5553 0.2346 0.724 0.100 0.176 0.000
#> SRR2049719 2 0.5188 -0.2563 0.268 0.704 0.012 0.016
#> SRR2049722 1 0.5487 0.6986 0.580 0.400 0.020 0.000
#> SRR2049721 3 0.6972 0.3309 0.124 0.356 0.520 0.000
#> SRR2049716 3 0.0657 0.7877 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR2049718 1 0.3907 0.3525 0.836 0.044 0.120 0.000
#> SRR2049717 2 0.6203 0.1191 0.160 0.712 0.024 0.104
#> SRR2049715 2 0.4916 0.2914 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR2049714 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049713 3 0.6189 0.5380 0.092 0.268 0.640 0.000
#> SRR2049712 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049709 3 0.5080 0.7070 0.092 0.144 0.764 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.5827 0.6922 0.568 0.396 0.036 0.000
#> SRR2049706 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049705 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049704 2 0.7566 -0.3298 0.192 0.416 0.392 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 4 0.7669 -0.1780 0.124 0.416 0.020 0.440
#> SRR2049700 3 0.1902 0.7505 0.004 0.064 0.932 0.000
#> SRR2049701 1 0.6857 0.6586 0.492 0.404 0.104 0.000
#> SRR2049699 1 0.5193 0.6991 0.580 0.412 0.008 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.3831 0.2864 0.792 0.004 0.204 0.000
#> SRR2049696 3 0.0336 0.7722 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049694 4 0.9892 -0.1398 0.264 0.180 0.264 0.292
#> SRR2049693 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 3 0.0188 0.7815 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049692 1 0.6997 -0.0936 0.572 0.304 0.116 0.008
#> SRR2049689 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049688 2 0.5428 -0.5057 0.380 0.600 0.020 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 3 0.2578 0.7993 0.052 0.036 0.912 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 2 0.8040 -0.3113 0.212 0.416 0.012 0.360
#> SRR2049683 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 2 0.8292 -0.3499 0.236 0.416 0.020 0.328
#> SRR2049680 4 0.0336 0.8029 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049681 1 0.6528 0.1898 0.676 0.020 0.112 0.192
#> SRR2049678 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049675 3 0.3367 0.7794 0.108 0.028 0.864 0.000
#> SRR2049677 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 3 0.6911 0.2953 0.112 0.384 0.504 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 3 0.1867 0.7982 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR2049669 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049667 3 0.1302 0.7960 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049666 3 0.8115 0.0923 0.172 0.024 0.404 0.400
#> SRR2049665 2 0.7008 0.2341 0.436 0.448 0.116 0.000
#> SRR2049664 3 0.3557 0.7762 0.108 0.036 0.856 0.000
#> SRR2049661 3 0.0336 0.7722 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049663 3 0.2197 0.7968 0.080 0.004 0.916 0.000
#> SRR2049660 1 0.2773 0.3958 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR2049662 3 0.0336 0.7722 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049659 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049657 3 0.7210 0.1769 0.140 0.404 0.456 0.000
#> SRR2049658 1 0.5492 0.6992 0.568 0.416 0.012 0.004
#> SRR2049655 1 0.2773 0.3958 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR2049656 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049654 1 0.5792 0.6932 0.552 0.416 0.032 0.000
#> SRR2049652 1 0.4956 0.4675 0.776 0.108 0.116 0.000
#> SRR2049653 2 0.4994 0.1891 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR2049649 1 0.6957 0.6254 0.472 0.416 0.112 0.000
#> SRR2049650 3 0.1042 0.7828 0.020 0.008 0.972 0.000
#> SRR2049651 2 0.9469 -0.2220 0.124 0.392 0.240 0.244
#> SRR2049647 2 0.8172 -0.5179 0.364 0.416 0.020 0.200
#> SRR2049648 1 0.4584 0.1047 0.696 0.004 0.300 0.000
#> SRR2049646 4 0.7335 -0.1775 0.156 0.400 0.000 0.444
#> SRR2049644 3 0.9023 0.3274 0.116 0.148 0.448 0.288
#> SRR2049645 1 0.4215 0.4658 0.824 0.072 0.104 0.000
#> SRR2049643 1 0.2773 0.4019 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR2049641 1 0.5387 0.6993 0.584 0.400 0.016 0.000
#> SRR2049639 3 0.6658 0.6461 0.112 0.088 0.708 0.092
#> SRR2049638 3 0.0000 0.7787 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.3384 0.4159 0.860 0.024 0.116 0.000
#> SRR2049636 2 0.4925 0.2857 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR2049635 1 0.7184 0.6046 0.448 0.416 0.136 0.000
#> SRR2049637 2 0.5158 0.2055 0.004 0.524 0.000 0.472
#> SRR2049634 1 0.5526 0.6993 0.564 0.416 0.020 0.000
#> SRR2049633 4 0.6093 0.4238 0.108 0.116 0.040 0.736
#> SRR2049632 2 0.5638 0.2984 0.004 0.584 0.020 0.392
#> SRR2049631 4 0.4999 -0.1703 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049630 2 0.4228 0.3041 0.008 0.760 0.000 0.232
#> SRR2049628 1 0.8460 -0.0159 0.456 0.080 0.112 0.352
#> SRR2049629 2 0.7670 0.2646 0.336 0.528 0.048 0.088
#> SRR2049627 1 0.3286 0.4463 0.876 0.044 0.080 0.000
#> SRR2049626 3 0.6758 0.4980 0.156 0.240 0.604 0.000
#> SRR2049625 1 0.5320 0.6997 0.572 0.416 0.012 0.000
#> SRR2049624 3 0.0817 0.7908 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2049623 1 0.6830 0.6622 0.516 0.408 0.020 0.056
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.4538 0.5816 0.000 0.004 0.724 0.044 0.228
#> SRR2049621 2 0.0794 0.9022 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049622 3 0.2927 0.7692 0.000 0.000 0.868 0.040 0.092
#> SRR2049620 2 0.4283 0.0567 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR2049619 3 0.0324 0.8190 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR2049618 1 0.1725 0.8534 0.936 0.044 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049617 2 0.0609 0.9046 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.8898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 1 0.0162 0.8884 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049614 5 0.1211 0.8358 0.000 0.024 0.000 0.016 0.960
#> SRR2049613 5 0.0703 0.8396 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049612 3 0.2280 0.7795 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049611 5 0.0162 0.8441 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049610 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049609 3 0.0451 0.8180 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR2049608 1 0.0000 0.8898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049607 2 0.4736 0.2653 0.000 0.576 0.404 0.020 0.000
#> SRR2049606 3 0.0404 0.8179 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049605 3 0.3055 0.7640 0.000 0.000 0.840 0.144 0.016
#> SRR2049604 3 0.1978 0.8061 0.000 0.004 0.928 0.044 0.024
#> SRR2049603 1 0.4479 0.6184 0.700 0.000 0.264 0.000 0.036
#> SRR2049602 3 0.0963 0.8156 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049601 3 0.0671 0.8170 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR2049600 1 0.2124 0.8479 0.900 0.000 0.096 0.000 0.004
#> SRR2049599 3 0.4627 0.0321 0.000 0.000 0.544 0.012 0.444
#> SRR2049598 3 0.4419 0.6128 0.000 0.004 0.740 0.044 0.212
#> SRR2049597 1 0.3561 0.6294 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR2049596 3 0.0510 0.8174 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049595 3 0.1043 0.8134 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2049594 5 0.4127 0.4573 0.312 0.000 0.008 0.000 0.680
#> SRR2049593 3 0.1043 0.8134 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2049592 3 0.3336 0.6786 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR2049591 3 0.0000 0.8182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 3 0.0290 0.8179 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049589 3 0.0162 0.8181 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049588 3 0.0794 0.8149 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049586 3 0.0794 0.8158 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049585 3 0.0000 0.8182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049584 3 0.0794 0.8158 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049583 5 0.3508 0.5811 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR2049789 2 0.0000 0.8987 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.0162 0.9005 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049787 4 0.4338 0.5800 0.000 0.024 0.000 0.696 0.280
#> SRR2049786 5 0.1764 0.8209 0.000 0.064 0.000 0.008 0.928
#> SRR2049785 2 0.0290 0.9021 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049784 5 0.1628 0.8264 0.000 0.008 0.056 0.000 0.936
#> SRR2049783 5 0.5791 0.3417 0.000 0.020 0.388 0.052 0.540
#> SRR2049782 2 0.0703 0.9039 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049781 2 0.0162 0.9005 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049780 2 0.1478 0.8658 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049779 2 0.0510 0.9042 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049778 1 0.4821 0.1146 0.516 0.020 0.000 0.000 0.464
#> SRR2049777 3 0.2654 0.7848 0.000 0.064 0.888 0.048 0.000
#> SRR2049776 5 0.2516 0.7497 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR2049775 2 0.0609 0.9046 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049774 3 0.1365 0.8128 0.000 0.004 0.952 0.040 0.004
#> SRR2049773 2 0.0510 0.9042 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049772 3 0.2464 0.7935 0.000 0.004 0.904 0.044 0.048
#> SRR2049771 5 0.4192 0.3171 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR2049770 5 0.1386 0.8379 0.000 0.032 0.016 0.000 0.952
#> SRR2049769 2 0.0609 0.9046 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049768 2 0.0609 0.9046 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049767 3 0.5238 -0.0119 0.000 0.476 0.480 0.044 0.000
#> SRR2049766 1 0.0000 0.8898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.5915 0.0297 0.088 0.476 0.000 0.432 0.004
#> SRR2049764 5 0.2813 0.7257 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR2049763 2 0.0703 0.9039 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049762 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049761 2 0.0703 0.9039 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049760 1 0.1012 0.8828 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR2049759 2 0.0609 0.9046 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049758 1 0.0609 0.8877 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049756 3 0.0609 0.8171 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049755 2 0.1544 0.8657 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049757 2 0.5083 0.3788 0.000 0.596 0.364 0.036 0.004
#> SRR2049754 3 0.0324 0.8185 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2049752 5 0.0404 0.8429 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049751 4 0.2569 0.8716 0.000 0.040 0.068 0.892 0.000
#> SRR2049749 4 0.1671 0.9075 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR2049753 2 0.2505 0.8383 0.000 0.888 0.092 0.020 0.000
#> SRR2049750 5 0.0000 0.8443 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049748 5 0.1106 0.8394 0.000 0.024 0.012 0.000 0.964
#> SRR2049744 3 0.1041 0.8153 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR2049743 2 0.1582 0.8662 0.028 0.944 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049745 5 0.4262 0.0330 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR2049747 3 0.3242 0.6883 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR2049742 3 0.3534 0.6661 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR2049741 3 0.2873 0.7653 0.000 0.000 0.860 0.020 0.120
#> SRR2049738 2 0.0880 0.9004 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049737 5 0.0703 0.8391 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR2049739 2 0.0609 0.9046 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049740 3 0.1282 0.8120 0.000 0.004 0.952 0.044 0.000
#> SRR2049736 3 0.7069 0.3436 0.180 0.260 0.516 0.044 0.000
#> SRR2049735 2 0.0703 0.9039 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.8898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.2624 0.8065 0.872 0.012 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049734 2 0.1278 0.8882 0.000 0.960 0.020 0.004 0.016
#> SRR2049733 2 0.5990 0.3896 0.000 0.592 0.148 0.004 0.256
#> SRR2049731 3 0.5031 0.3789 0.000 0.384 0.584 0.008 0.024
#> SRR2049729 5 0.0510 0.8416 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049727 1 0.0609 0.8878 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.1792 0.8577 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR2049725 5 0.1117 0.8367 0.016 0.020 0.000 0.000 0.964
#> SRR2049726 2 0.0609 0.9046 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049724 3 0.1792 0.7981 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049723 3 0.4301 0.6071 0.260 0.000 0.712 0.000 0.028
#> SRR2049720 5 0.0000 0.8443 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049719 3 0.4825 0.3232 0.000 0.408 0.568 0.000 0.024
#> SRR2049722 3 0.4283 0.2790 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR2049721 3 0.3774 0.5708 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.1493 0.8757 0.948 0.000 0.028 0.000 0.024
#> SRR2049718 5 0.0510 0.8414 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049717 3 0.4138 0.5980 0.000 0.276 0.708 0.016 0.000
#> SRR2049715 2 0.0703 0.9039 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049714 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049713 1 0.4558 0.4863 0.652 0.000 0.324 0.000 0.024
#> SRR2049712 4 0.0771 0.8766 0.000 0.004 0.020 0.976 0.000
#> SRR2049711 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049710 4 0.1197 0.9297 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR2049709 1 0.3690 0.7229 0.780 0.000 0.200 0.000 0.020
#> SRR2049707 4 0.1197 0.9297 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR2049708 5 0.4126 0.2480 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR2049706 3 0.0404 0.8179 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049705 3 0.0290 0.8183 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049704 3 0.0794 0.8158 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049702 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049703 3 0.3366 0.6879 0.000 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR2049700 1 0.2127 0.8036 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049701 3 0.2610 0.7979 0.076 0.000 0.892 0.028 0.004
#> SRR2049699 3 0.2459 0.7936 0.000 0.004 0.904 0.040 0.052
#> SRR2049697 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049698 5 0.0000 0.8443 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049696 1 0.0162 0.8888 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049694 4 0.4949 0.5150 0.004 0.000 0.044 0.656 0.296
#> SRR2049693 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049695 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.8898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049692 5 0.4538 0.1765 0.000 0.452 0.008 0.000 0.540
#> SRR2049689 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049690 3 0.3452 0.6763 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049688 3 0.3231 0.7107 0.000 0.196 0.800 0.000 0.004
#> SRR2049687 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049686 1 0.1809 0.8678 0.928 0.000 0.060 0.000 0.012
#> SRR2049685 4 0.1197 0.9297 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR2049684 3 0.3305 0.7212 0.000 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR2049683 4 0.1270 0.9278 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR2049682 3 0.4613 0.3692 0.004 0.000 0.580 0.408 0.008
#> SRR2049680 4 0.1270 0.8547 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR2049681 5 0.0324 0.8439 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR2049678 4 0.1270 0.9278 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR2049679 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049676 4 0.1270 0.9278 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR2049675 1 0.0703 0.8865 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049677 4 0.0609 0.9145 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049674 3 0.0794 0.8158 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049672 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049671 4 0.1121 0.9308 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049673 1 0.5044 0.1979 0.556 0.000 0.408 0.036 0.000
#> SRR2049670 4 0.1197 0.9297 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR2049668 1 0.0000 0.8898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049669 4 0.1270 0.9278 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.8898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.6940 0.2067 0.376 0.092 0.484 0.028 0.020
#> SRR2049665 5 0.0794 0.8387 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR2049664 1 0.1732 0.8618 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0290 0.8879 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.8898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 5 0.0000 0.8443 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.8898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 4 0.1043 0.9287 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR2049657 3 0.3143 0.6999 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.4768 0.6865 0.000 0.000 0.724 0.096 0.180
#> SRR2049655 5 0.0404 0.8422 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049656 3 0.0000 0.8182 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 3 0.0162 0.8182 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049652 5 0.4736 0.6504 0.000 0.012 0.224 0.044 0.720
#> SRR2049653 2 0.1041 0.8998 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR2049649 3 0.3639 0.7089 0.184 0.000 0.792 0.000 0.024
#> SRR2049650 1 0.0404 0.8875 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049651 3 0.4802 0.6909 0.104 0.004 0.736 0.156 0.000
#> SRR2049647 3 0.5420 0.6241 0.004 0.000 0.664 0.220 0.112
#> SRR2049648 5 0.0000 0.8443 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049646 2 0.3608 0.7939 0.000 0.824 0.064 0.112 0.000
#> SRR2049644 3 0.1800 0.8119 0.020 0.000 0.932 0.048 0.000
#> SRR2049645 5 0.1478 0.8188 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR2049643 5 0.0000 0.8443 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049641 3 0.2690 0.7581 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR2049639 1 0.5669 0.6967 0.704 0.072 0.152 0.000 0.072
#> SRR2049638 1 0.0000 0.8898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049640 5 0.4600 0.6696 0.000 0.016 0.212 0.036 0.736
#> SRR2049636 2 0.0703 0.9036 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049635 3 0.3829 0.6970 0.196 0.000 0.776 0.000 0.028
#> SRR2049637 2 0.1403 0.8946 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000
#> SRR2049634 3 0.3752 0.6169 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2049633 4 0.5549 0.3352 0.020 0.044 0.344 0.592 0.000
#> SRR2049632 2 0.0963 0.8802 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049631 2 0.2377 0.8204 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049630 2 0.1310 0.8958 0.000 0.956 0.024 0.020 0.000
#> SRR2049628 4 0.4747 0.0187 0.000 0.016 0.000 0.496 0.488
#> SRR2049629 2 0.1894 0.8403 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR2049627 5 0.5376 0.5078 0.000 0.020 0.316 0.040 0.624
#> SRR2049626 3 0.5693 0.0448 0.452 0.000 0.468 0.000 0.080
#> SRR2049625 3 0.1043 0.8134 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.8898 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049623 3 0.5138 0.6348 0.000 0.004 0.684 0.084 0.228
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 3 0.3634 0.50364 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.3868 0.31728 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049620 2 0.4624 0.16365 0.432 0.528 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049619 1 0.1007 0.58538 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 6 0.2003 0.75733 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR2049617 2 0.0260 0.92164 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 6 0.0146 0.81458 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049615 6 0.0547 0.80778 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049614 3 0.3647 0.06935 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR2049613 5 0.3851 0.26067 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR2049612 1 0.3961 -0.02814 0.556 0.000 0.000 0.000 0.440 0.004
#> SRR2049611 5 0.2994 0.59884 0.000 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> SRR2049610 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.2146 0.59326 0.880 0.000 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR2049608 6 0.1806 0.77570 0.000 0.000 0.088 0.004 0.000 0.908
#> SRR2049607 1 0.6003 -0.10913 0.432 0.308 0.260 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049606 1 0.1501 0.56504 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.4414 0.44403 0.672 0.000 0.008 0.280 0.040 0.000
#> SRR2049604 3 0.3828 0.41624 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.6151 0.00247 0.440 0.000 0.008 0.000 0.324 0.228
#> SRR2049602 1 0.2415 0.59339 0.888 0.000 0.016 0.000 0.012 0.084
#> SRR2049601 1 0.2062 0.60038 0.900 0.000 0.008 0.000 0.088 0.004
#> SRR2049600 6 0.3037 0.70165 0.176 0.000 0.000 0.000 0.016 0.808
#> SRR2049599 1 0.4606 0.27592 0.656 0.000 0.268 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049598 3 0.3789 0.45233 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 6 0.2838 0.68035 0.188 0.000 0.004 0.000 0.000 0.808
#> SRR2049596 1 0.2823 0.42180 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.3857 -0.25664 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049594 5 0.0767 0.70009 0.004 0.000 0.012 0.000 0.976 0.008
#> SRR2049593 1 0.3866 -0.29703 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.3720 0.49646 0.736 0.000 0.028 0.000 0.236 0.000
#> SRR2049591 1 0.1007 0.58577 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.1908 0.59931 0.900 0.000 0.004 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049589 1 0.0632 0.59424 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.3081 0.49612 0.776 0.000 0.000 0.000 0.220 0.004
#> SRR2049586 1 0.3409 0.23730 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.0363 0.59690 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.3531 0.17556 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049583 5 0.2933 0.63238 0.200 0.000 0.000 0.000 0.796 0.004
#> SRR2049789 2 0.0458 0.91840 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.0260 0.92164 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049787 3 0.5758 0.00156 0.012 0.020 0.472 0.428 0.068 0.000
#> SRR2049786 3 0.3563 0.13136 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR2049785 2 0.0363 0.91989 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049784 5 0.2631 0.67065 0.152 0.000 0.008 0.000 0.840 0.000
#> SRR2049783 3 0.2964 0.54854 0.204 0.000 0.792 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049782 2 0.0146 0.92287 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0458 0.91774 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.0935 0.90597 0.000 0.964 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049779 2 0.0146 0.92287 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049778 6 0.5817 0.35044 0.000 0.000 0.312 0.000 0.208 0.480
#> SRR2049777 3 0.3810 0.43956 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049776 5 0.2178 0.67423 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR2049775 2 0.0146 0.92287 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 3 0.3765 0.46817 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 3 0.3828 0.42205 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049771 3 0.5676 0.09948 0.000 0.144 0.556 0.000 0.288 0.012
#> SRR2049770 5 0.2979 0.59716 0.004 0.004 0.188 0.000 0.804 0.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.4426 0.53181 0.296 0.052 0.652 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049766 6 0.0363 0.81455 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049765 3 0.6999 0.10572 0.000 0.168 0.508 0.116 0.008 0.200
#> SRR2049764 5 0.5135 0.29711 0.000 0.324 0.104 0.000 0.572 0.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0260 0.92164 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049760 6 0.4620 0.33650 0.048 0.000 0.000 0.000 0.368 0.584
#> SRR2049759 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 6 0.0458 0.81416 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049756 1 0.1657 0.60313 0.928 0.000 0.016 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049755 2 0.0146 0.92287 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049757 3 0.4986 0.44307 0.284 0.104 0.612 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049754 1 0.2985 0.58343 0.844 0.056 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049752 5 0.0922 0.70386 0.024 0.000 0.004 0.000 0.968 0.004
#> SRR2049751 4 0.0508 0.91421 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049749 4 0.0363 0.91617 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.1610 0.84574 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049750 5 0.1327 0.68152 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR2049748 5 0.2798 0.67094 0.036 0.112 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049744 1 0.3817 -0.15845 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.2234 0.82641 0.000 0.872 0.124 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049745 5 0.3052 0.61741 0.216 0.000 0.000 0.000 0.780 0.004
#> SRR2049747 1 0.3175 0.57719 0.808 0.000 0.028 0.000 0.164 0.000
#> SRR2049742 5 0.3862 0.41073 0.388 0.000 0.000 0.000 0.608 0.004
#> SRR2049741 1 0.3351 0.52101 0.820 0.016 0.136 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049737 5 0.1075 0.70158 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.3782 0.45884 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049736 3 0.3428 0.53037 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049732 6 0.0000 0.81425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049730 6 0.5160 0.46554 0.000 0.000 0.332 0.000 0.104 0.564
#> SRR2049734 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049733 3 0.6194 0.37503 0.144 0.332 0.496 0.000 0.020 0.008
#> SRR2049731 5 0.6053 0.25467 0.264 0.336 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR2049729 5 0.2555 0.68541 0.020 0.000 0.096 0.000 0.876 0.008
#> SRR2049727 6 0.0547 0.81321 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049728 6 0.3037 0.70624 0.176 0.000 0.000 0.000 0.016 0.808
#> SRR2049725 5 0.4097 0.19245 0.000 0.000 0.492 0.000 0.500 0.008
#> SRR2049726 2 0.0146 0.92287 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.3911 0.18697 0.624 0.000 0.000 0.000 0.368 0.008
#> SRR2049723 1 0.4903 0.06104 0.552 0.000 0.000 0.000 0.380 0.068
#> SRR2049720 5 0.0937 0.69482 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR2049719 2 0.5257 0.24622 0.328 0.556 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049722 5 0.3448 0.54748 0.280 0.000 0.000 0.000 0.716 0.004
#> SRR2049721 1 0.4354 0.47762 0.704 0.000 0.000 0.000 0.080 0.216
#> SRR2049716 6 0.5025 0.11426 0.072 0.000 0.000 0.000 0.436 0.492
#> SRR2049718 5 0.2883 0.57605 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR2049717 2 0.3854 0.12763 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049715 2 0.0146 0.92287 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.7182 -0.07879 0.340 0.000 0.000 0.080 0.288 0.292
#> SRR2049712 3 0.5047 0.25173 0.088 0.000 0.564 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 6 0.6056 0.02688 0.352 0.000 0.000 0.000 0.260 0.388
#> SRR2049707 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 5 0.2805 0.64167 0.184 0.000 0.000 0.000 0.812 0.004
#> SRR2049706 1 0.1610 0.55775 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0725 0.59995 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049704 1 0.2772 0.44110 0.816 0.000 0.180 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049702 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.3993 0.27181 0.592 0.000 0.000 0.400 0.008 0.000
#> SRR2049700 6 0.3647 0.39249 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR2049701 1 0.3993 0.19455 0.676 0.000 0.300 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049699 3 0.3810 0.43593 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 5 0.1285 0.68726 0.004 0.000 0.052 0.000 0.944 0.000
#> SRR2049696 6 0.1196 0.80172 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008 0.952
#> SRR2049694 5 0.4532 0.09013 0.024 0.000 0.000 0.464 0.508 0.004
#> SRR2049693 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0260 0.91990 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049691 6 0.0000 0.81425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049692 3 0.6106 0.00847 0.020 0.396 0.432 0.000 0.152 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 5 0.3979 0.26755 0.456 0.000 0.000 0.000 0.540 0.004
#> SRR2049688 1 0.3870 0.51037 0.784 0.148 0.052 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 6 0.4316 0.63148 0.144 0.000 0.000 0.000 0.128 0.728
#> SRR2049685 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 1 0.4783 0.34846 0.636 0.000 0.088 0.276 0.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 4 0.5002 0.27793 0.332 0.000 0.000 0.588 0.076 0.004
#> SRR2049680 4 0.6118 -0.28901 0.308 0.000 0.328 0.364 0.000 0.000
#> SRR2049681 5 0.0767 0.70022 0.004 0.000 0.008 0.012 0.976 0.000
#> SRR2049678 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0260 0.91960 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049675 6 0.0547 0.81249 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049677 4 0.1007 0.89406 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.2053 0.53155 0.888 0.000 0.108 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.5925 0.08485 0.456 0.000 0.236 0.000 0.000 0.308
#> SRR2049670 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 6 0.0000 0.81425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049669 4 0.0000 0.92497 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 6 0.0146 0.81458 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049666 1 0.7942 0.12076 0.372 0.044 0.368 0.040 0.064 0.112
#> SRR2049665 5 0.1908 0.66557 0.000 0.004 0.096 0.000 0.900 0.000
#> SRR2049664 6 0.4173 0.55367 0.268 0.000 0.000 0.000 0.044 0.688
#> SRR2049661 6 0.2697 0.70877 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR2049663 6 0.0146 0.81458 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049660 5 0.1714 0.66907 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR2049662 6 0.0000 0.81425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049659 4 0.0777 0.90441 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.2968 0.55330 0.816 0.000 0.016 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049658 5 0.5242 0.16738 0.448 0.000 0.000 0.080 0.468 0.004
#> SRR2049655 5 0.3023 0.54347 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR2049656 1 0.0937 0.58764 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.1204 0.57888 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 3 0.2431 0.54607 0.132 0.000 0.860 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049653 2 0.0551 0.91932 0.004 0.984 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.4828 0.10431 0.568 0.000 0.000 0.000 0.368 0.064
#> SRR2049650 6 0.1700 0.78990 0.004 0.000 0.000 0.000 0.080 0.916
#> SRR2049651 1 0.5461 0.49409 0.696 0.016 0.020 0.176 0.028 0.064
#> SRR2049647 5 0.5968 0.20804 0.372 0.000 0.000 0.192 0.432 0.004
#> SRR2049648 5 0.1610 0.67290 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049646 2 0.4339 0.70780 0.044 0.768 0.000 0.120 0.068 0.000
#> SRR2049644 3 0.3866 0.27768 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049645 5 0.2006 0.68519 0.104 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004
#> SRR2049643 5 0.0790 0.69490 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR2049641 5 0.3866 0.20146 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049639 6 0.6809 0.54417 0.160 0.076 0.052 0.000 0.128 0.584
#> SRR2049638 6 0.0000 0.81425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049640 3 0.3123 0.53891 0.136 0.000 0.824 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.4750 0.43947 0.684 0.000 0.004 0.000 0.196 0.116
#> SRR2049637 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049634 5 0.3915 0.36172 0.412 0.000 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR2049633 4 0.3380 0.60855 0.244 0.004 0.000 0.748 0.000 0.004
#> SRR2049632 2 0.2871 0.75199 0.000 0.804 0.192 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049631 2 0.2318 0.85261 0.000 0.892 0.044 0.064 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.92305 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 4 0.5497 0.37443 0.000 0.000 0.256 0.560 0.184 0.000
#> SRR2049629 3 0.3653 0.34881 0.000 0.228 0.748 0.000 0.020 0.004
#> SRR2049627 3 0.2821 0.54719 0.152 0.000 0.832 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049626 5 0.4985 0.30444 0.400 0.000 0.000 0.000 0.528 0.072
#> SRR2049625 1 0.3843 -0.23874 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049624 6 0.0146 0.81458 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049623 5 0.4664 0.46759 0.332 0.012 0.000 0.028 0.624 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.512 0.785 0.899 0.4597 0.516 0.516
#> 3 3 0.471 0.673 0.807 0.3600 0.771 0.586
#> 4 4 0.524 0.476 0.721 0.1092 0.803 0.540
#> 5 5 0.539 0.499 0.723 0.0668 0.900 0.689
#> 6 6 0.567 0.510 0.666 0.0209 0.833 0.464
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.2043 0.8867 0.968 0.032
#> SRR2049621 2 0.2423 0.8530 0.040 0.960
#> SRR2049622 1 0.3733 0.8694 0.928 0.072
#> SRR2049620 1 0.9881 0.2032 0.564 0.436
#> SRR2049619 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.7602 0.7635 0.220 0.780
#> SRR2049617 2 0.0376 0.8571 0.004 0.996
#> SRR2049616 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.6973 0.7900 0.188 0.812
#> SRR2049614 2 0.8813 0.6517 0.300 0.700
#> SRR2049613 2 0.8813 0.6517 0.300 0.700
#> SRR2049612 1 0.0376 0.8926 0.996 0.004
#> SRR2049611 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049608 2 1.0000 0.0611 0.500 0.500
#> SRR2049607 2 0.9815 0.3590 0.420 0.580
#> SRR2049606 1 0.2043 0.8884 0.968 0.032
#> SRR2049605 1 0.4690 0.8461 0.900 0.100
#> SRR2049604 1 0.7453 0.7122 0.788 0.212
#> SRR2049603 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.1184 0.8911 0.984 0.016
#> SRR2049601 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.2043 0.8867 0.968 0.032
#> SRR2049597 1 0.2043 0.8874 0.968 0.032
#> SRR2049596 1 0.1843 0.8880 0.972 0.028
#> SRR2049595 1 0.9732 0.3122 0.596 0.404
#> SRR2049594 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.1843 0.8880 0.972 0.028
#> SRR2049592 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.9732 0.3122 0.596 0.404
#> SRR2049585 1 0.2236 0.8854 0.964 0.036
#> SRR2049584 1 0.1843 0.8880 0.972 0.028
#> SRR2049583 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.5629 0.8238 0.132 0.868
#> SRR2049787 2 0.4939 0.8336 0.108 0.892
#> SRR2049786 2 0.8861 0.6443 0.304 0.696
#> SRR2049785 2 0.2778 0.8517 0.048 0.952
#> SRR2049784 1 0.3584 0.8706 0.932 0.068
#> SRR2049783 2 0.7453 0.7714 0.212 0.788
#> SRR2049782 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.2778 0.8517 0.048 0.952
#> SRR2049780 2 0.7528 0.7650 0.216 0.784
#> SRR2049779 2 0.7674 0.7594 0.224 0.776
#> SRR2049778 1 0.0672 0.8922 0.992 0.008
#> SRR2049777 2 0.6623 0.8021 0.172 0.828
#> SRR2049776 1 0.3879 0.8655 0.924 0.076
#> SRR2049775 2 0.2603 0.8527 0.044 0.956
#> SRR2049774 1 0.4690 0.8452 0.900 0.100
#> SRR2049773 2 0.7745 0.7548 0.228 0.772
#> SRR2049772 1 0.2043 0.8867 0.968 0.032
#> SRR2049771 2 0.9087 0.6050 0.324 0.676
#> SRR2049770 1 0.5294 0.8274 0.880 0.120
#> SRR2049769 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049767 1 0.9775 0.2866 0.588 0.412
#> SRR2049766 1 0.3431 0.8722 0.936 0.064
#> SRR2049765 2 0.6887 0.7926 0.184 0.816
#> SRR2049764 2 0.8499 0.6893 0.276 0.724
#> SRR2049763 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0376 0.8571 0.004 0.996
#> SRR2049758 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.9732 0.4149 0.404 0.596
#> SRR2049757 2 0.6887 0.7938 0.184 0.816
#> SRR2049754 1 0.7139 0.7379 0.804 0.196
#> SRR2049752 1 0.3431 0.8735 0.936 0.064
#> SRR2049751 2 0.4690 0.8363 0.100 0.900
#> SRR2049749 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.2423 0.8535 0.040 0.960
#> SRR2049750 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.7815 0.7513 0.232 0.768
#> SRR2049744 1 0.1843 0.8880 0.972 0.028
#> SRR2049743 2 0.7528 0.7650 0.216 0.784
#> SRR2049745 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.3733 0.8686 0.928 0.072
#> SRR2049741 1 0.9775 0.2866 0.588 0.412
#> SRR2049738 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.3114 0.8780 0.944 0.056
#> SRR2049739 2 0.7602 0.7631 0.220 0.780
#> SRR2049740 1 0.9732 0.3122 0.596 0.404
#> SRR2049736 1 0.9358 0.4556 0.648 0.352
#> SRR2049735 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.5629 0.8234 0.132 0.868
#> SRR2049733 1 0.9460 0.4265 0.636 0.364
#> SRR2049731 2 0.7815 0.7513 0.232 0.768
#> SRR2049729 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.1843 0.8882 0.972 0.028
#> SRR2049728 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.2043 0.8544 0.032 0.968
#> SRR2049724 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0376 0.8926 0.996 0.004
#> SRR2049719 2 0.8813 0.6486 0.300 0.700
#> SRR2049722 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.3114 0.8764 0.944 0.056
#> SRR2049716 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0376 0.8925 0.996 0.004
#> SRR2049717 2 0.6712 0.7993 0.176 0.824
#> SRR2049715 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.3431 0.8721 0.936 0.064
#> SRR2049712 2 0.9970 0.1932 0.468 0.532
#> SRR2049711 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.9286 0.4748 0.656 0.344
#> SRR2049700 1 0.9996 -0.0219 0.512 0.488
#> SRR2049701 1 0.3114 0.8767 0.944 0.056
#> SRR2049699 1 0.9358 0.4556 0.648 0.352
#> SRR2049697 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.4161 0.8592 0.916 0.084
#> SRR2049693 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.9710 0.3226 0.600 0.400
#> SRR2049689 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.9661 0.3493 0.608 0.392
#> SRR2049687 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.9286 0.4748 0.656 0.344
#> SRR2049683 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.9286 0.4748 0.656 0.344
#> SRR2049680 2 0.6801 0.7969 0.180 0.820
#> SRR2049681 2 0.8608 0.6792 0.284 0.716
#> SRR2049678 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.3431 0.8721 0.936 0.064
#> SRR2049677 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.9393 0.4458 0.644 0.356
#> SRR2049672 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.3431 0.8721 0.936 0.064
#> SRR2049670 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.6247 0.7861 0.844 0.156
#> SRR2049669 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.9944 0.1245 0.544 0.456
#> SRR2049665 1 0.4562 0.8483 0.904 0.096
#> SRR2049664 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.4562 0.8486 0.904 0.096
#> SRR2049663 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.2236 0.8863 0.964 0.036
#> SRR2049659 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0938 0.8921 0.988 0.012
#> SRR2049658 1 0.4562 0.8497 0.904 0.096
#> SRR2049655 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.2043 0.8867 0.968 0.032
#> SRR2049653 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0672 0.8923 0.992 0.008
#> SRR2049650 1 0.0376 0.8926 0.996 0.004
#> SRR2049651 2 0.9881 0.3143 0.436 0.564
#> SRR2049647 1 0.4161 0.8592 0.916 0.084
#> SRR2049648 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.5178 0.8300 0.116 0.884
#> SRR2049644 2 0.9963 0.2076 0.464 0.536
#> SRR2049645 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.3879 0.8655 0.924 0.076
#> SRR2049639 2 0.8713 0.6630 0.292 0.708
#> SRR2049638 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.2043 0.8867 0.968 0.032
#> SRR2049636 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.8927 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.2043 0.8544 0.032 0.968
#> SRR2049634 1 0.1633 0.8900 0.976 0.024
#> SRR2049633 2 0.7602 0.7635 0.220 0.780
#> SRR2049632 2 0.7602 0.7616 0.220 0.780
#> SRR2049631 2 0.0000 0.8573 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.7745 0.7548 0.228 0.772
#> SRR2049628 1 0.7745 0.6995 0.772 0.228
#> SRR2049629 2 0.7815 0.7502 0.232 0.768
#> SRR2049627 1 0.7528 0.7100 0.784 0.216
#> SRR2049626 1 0.3431 0.8733 0.936 0.064
#> SRR2049625 1 0.9775 0.2866 0.588 0.412
#> SRR2049624 1 0.4562 0.8487 0.904 0.096
#> SRR2049623 1 0.9044 0.5263 0.680 0.320
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.6045 0.600857 0.620 0.000 0.380
#> SRR2049621 2 0.3752 0.812720 0.000 0.856 0.144
#> SRR2049622 1 0.6252 0.498316 0.556 0.000 0.444
#> SRR2049620 3 0.5791 0.648181 0.148 0.060 0.792
#> SRR2049619 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.6140 0.332982 0.000 0.404 0.596
#> SRR2049617 2 0.4605 0.756995 0.000 0.796 0.204
#> SRR2049616 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 3 0.5882 0.424498 0.000 0.348 0.652
#> SRR2049614 3 0.4883 0.558426 0.004 0.208 0.788
#> SRR2049613 3 0.4883 0.558426 0.004 0.208 0.788
#> SRR2049612 1 0.4002 0.791220 0.840 0.000 0.160
#> SRR2049611 1 0.0424 0.807891 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049610 2 0.0747 0.881125 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049609 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.5582 0.683284 0.100 0.088 0.812
#> SRR2049607 3 0.4749 0.662988 0.040 0.116 0.844
#> SRR2049606 1 0.5058 0.749719 0.756 0.000 0.244
#> SRR2049605 1 0.6307 0.401289 0.512 0.000 0.488
#> SRR2049604 3 0.6608 0.163800 0.356 0.016 0.628
#> SRR2049603 1 0.0892 0.810119 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049602 1 0.4291 0.783682 0.820 0.000 0.180
#> SRR2049601 1 0.3752 0.795154 0.856 0.000 0.144
#> SRR2049600 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.6045 0.600857 0.620 0.000 0.380
#> SRR2049597 1 0.5621 0.694220 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049596 1 0.5948 0.630656 0.640 0.000 0.360
#> SRR2049595 3 0.5239 0.619718 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049594 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.5948 0.630395 0.640 0.000 0.360
#> SRR2049592 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.3752 0.794748 0.856 0.000 0.144
#> SRR2049590 1 0.3752 0.794748 0.856 0.000 0.144
#> SRR2049589 1 0.3752 0.794748 0.856 0.000 0.144
#> SRR2049588 1 0.0237 0.808382 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049586 3 0.5239 0.619718 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049585 1 0.4504 0.775907 0.804 0.000 0.196
#> SRR2049584 1 0.5968 0.626055 0.636 0.000 0.364
#> SRR2049583 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.4654 0.753925 0.000 0.792 0.208
#> SRR2049788 2 0.6180 0.332906 0.000 0.584 0.416
#> SRR2049787 2 0.5988 0.423843 0.000 0.632 0.368
#> SRR2049786 3 0.4834 0.562176 0.004 0.204 0.792
#> SRR2049785 2 0.5397 0.654446 0.000 0.720 0.280
#> SRR2049784 1 0.6140 0.564331 0.596 0.000 0.404
#> SRR2049783 3 0.6026 0.390279 0.000 0.376 0.624
#> SRR2049782 2 0.1031 0.880435 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049781 2 0.5397 0.654446 0.000 0.720 0.280
#> SRR2049780 3 0.5760 0.451497 0.000 0.328 0.672
#> SRR2049779 3 0.5621 0.490838 0.000 0.308 0.692
#> SRR2049778 1 0.1753 0.805940 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049777 3 0.6286 0.133147 0.000 0.464 0.536
#> SRR2049776 1 0.6192 0.536270 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049775 2 0.5363 0.661376 0.000 0.724 0.276
#> SRR2049774 1 0.6280 0.460440 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049773 3 0.5560 0.502736 0.000 0.300 0.700
#> SRR2049772 1 0.6045 0.600857 0.620 0.000 0.380
#> SRR2049771 3 0.4915 0.585731 0.012 0.184 0.804
#> SRR2049770 1 0.6553 0.485283 0.580 0.008 0.412
#> SRR2049769 2 0.3267 0.832384 0.000 0.884 0.116
#> SRR2049768 2 0.4452 0.770331 0.000 0.808 0.192
#> SRR2049767 3 0.5235 0.628028 0.152 0.036 0.812
#> SRR2049766 1 0.6026 0.615729 0.624 0.000 0.376
#> SRR2049765 3 0.5968 0.390568 0.000 0.364 0.636
#> SRR2049764 3 0.5058 0.554077 0.000 0.244 0.756
#> SRR2049763 2 0.1031 0.880435 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049762 2 0.0000 0.876833 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.1031 0.880435 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049760 1 0.0424 0.808837 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049759 2 0.4605 0.756995 0.000 0.796 0.204
#> SRR2049758 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.3752 0.795154 0.856 0.000 0.144
#> SRR2049755 3 0.5028 0.656820 0.040 0.132 0.828
#> SRR2049757 3 0.6180 0.288420 0.000 0.416 0.584
#> SRR2049754 3 0.6647 -0.000622 0.396 0.012 0.592
#> SRR2049752 1 0.6168 0.560378 0.588 0.000 0.412
#> SRR2049751 2 0.5882 0.475617 0.000 0.652 0.348
#> SRR2049749 2 0.0892 0.880360 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049753 2 0.3816 0.808364 0.000 0.852 0.148
#> SRR2049750 1 0.0424 0.807891 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049748 3 0.6333 0.470419 0.012 0.332 0.656
#> SRR2049744 1 0.5926 0.635498 0.644 0.000 0.356
#> SRR2049743 3 0.5760 0.451497 0.000 0.328 0.672
#> SRR2049745 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.6204 0.541063 0.576 0.000 0.424
#> SRR2049741 3 0.5235 0.628028 0.152 0.036 0.812
#> SRR2049738 2 0.1860 0.875689 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049737 1 0.5760 0.659420 0.672 0.000 0.328
#> SRR2049739 3 0.5650 0.487549 0.000 0.312 0.688
#> SRR2049740 3 0.5239 0.619718 0.160 0.032 0.808
#> SRR2049736 3 0.5680 0.544837 0.212 0.024 0.764
#> SRR2049735 2 0.1964 0.874192 0.000 0.944 0.056
#> SRR2049732 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0237 0.806629 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049734 2 0.6302 0.080726 0.000 0.520 0.480
#> SRR2049733 3 0.6056 0.546058 0.224 0.032 0.744
#> SRR2049731 3 0.6333 0.470419 0.012 0.332 0.656
#> SRR2049729 1 0.0237 0.806629 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049727 1 0.4121 0.787869 0.832 0.000 0.168
#> SRR2049728 1 0.0892 0.809948 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049725 1 0.0424 0.807891 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049726 2 0.5216 0.687759 0.000 0.740 0.260
#> SRR2049724 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0424 0.808919 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049720 1 0.1031 0.808705 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049719 3 0.5378 0.585982 0.008 0.236 0.756
#> SRR2049722 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.5291 0.725531 0.732 0.000 0.268
#> SRR2049716 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.3686 0.757237 0.860 0.000 0.140
#> SRR2049717 3 0.6204 0.264140 0.000 0.424 0.576
#> SRR2049715 2 0.1031 0.880435 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049714 2 0.0892 0.881623 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049713 1 0.5948 0.633559 0.640 0.000 0.360
#> SRR2049712 3 0.5085 0.677865 0.072 0.092 0.836
#> SRR2049711 2 0.0000 0.876833 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.1031 0.881685 0.000 0.976 0.024
#> SRR2049709 1 0.0237 0.808122 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049707 2 0.0892 0.881623 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049708 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.3941 0.791922 0.844 0.000 0.156
#> SRR2049705 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.3941 0.791922 0.844 0.000 0.156
#> SRR2049702 2 0.0000 0.876833 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.6012 0.532526 0.220 0.032 0.748
#> SRR2049700 3 0.5304 0.680352 0.108 0.068 0.824
#> SRR2049701 1 0.5859 0.656444 0.656 0.000 0.344
#> SRR2049699 3 0.5921 0.547526 0.212 0.032 0.756
#> SRR2049697 2 0.1289 0.881168 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049698 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.6252 0.501664 0.556 0.000 0.444
#> SRR2049693 2 0.0892 0.881562 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049695 2 0.0000 0.876833 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.1031 0.810050 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049692 3 0.5741 0.606225 0.188 0.036 0.776
#> SRR2049689 2 0.0000 0.876833 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0237 0.808382 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049688 3 0.5470 0.612543 0.168 0.036 0.796
#> SRR2049687 2 0.0000 0.876833 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.1031 0.810050 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049685 2 0.0892 0.881562 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049684 3 0.6012 0.532526 0.220 0.032 0.748
#> SRR2049683 2 0.0424 0.878987 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049682 3 0.6012 0.532526 0.220 0.032 0.748
#> SRR2049680 3 0.6260 0.192114 0.000 0.448 0.552
#> SRR2049681 3 0.6407 0.562650 0.028 0.272 0.700
#> SRR2049678 2 0.0892 0.881562 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049679 2 0.0000 0.876833 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.1163 0.881638 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049675 1 0.6008 0.620988 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049677 2 0.0424 0.879144 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049674 3 0.5874 0.554118 0.208 0.032 0.760
#> SRR2049672 2 0.0000 0.876833 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.876833 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.6008 0.620988 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049670 2 0.0000 0.876833 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.6944 -0.274415 0.468 0.016 0.516
#> SRR2049669 2 0.1163 0.881638 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049667 1 0.0237 0.808122 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049666 3 0.5810 0.662846 0.132 0.072 0.796
#> SRR2049665 1 0.6416 0.542566 0.616 0.008 0.376
#> SRR2049664 1 0.0237 0.808122 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049661 1 0.6260 0.487193 0.552 0.000 0.448
#> SRR2049663 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0424 0.807891 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049662 1 0.3340 0.792464 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049659 2 0.1964 0.873125 0.000 0.944 0.056
#> SRR2049657 1 0.4121 0.789399 0.832 0.000 0.168
#> SRR2049658 1 0.6305 0.412614 0.516 0.000 0.484
#> SRR2049655 1 0.3551 0.752611 0.868 0.000 0.132
#> SRR2049656 1 0.3752 0.794748 0.856 0.000 0.144
#> SRR2049654 1 0.3879 0.793195 0.848 0.000 0.152
#> SRR2049652 1 0.6026 0.605802 0.624 0.000 0.376
#> SRR2049653 2 0.1289 0.881168 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049649 1 0.4062 0.790243 0.836 0.000 0.164
#> SRR2049650 1 0.4504 0.777883 0.804 0.000 0.196
#> SRR2049651 3 0.2680 0.658994 0.008 0.068 0.924
#> SRR2049647 1 0.6244 0.510465 0.560 0.000 0.440
#> SRR2049648 1 0.0424 0.807891 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049646 2 0.6252 0.201779 0.000 0.556 0.444
#> SRR2049644 3 0.4914 0.677216 0.068 0.088 0.844
#> SRR2049645 1 0.0000 0.807098 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0747 0.807951 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049641 1 0.6192 0.536270 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049639 3 0.4931 0.534688 0.000 0.232 0.768
#> SRR2049638 1 0.0237 0.806964 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049640 1 0.6045 0.600857 0.620 0.000 0.380
#> SRR2049636 2 0.1529 0.879550 0.000 0.960 0.040
#> SRR2049635 1 0.4002 0.792739 0.840 0.000 0.160
#> SRR2049637 2 0.3551 0.823433 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049634 1 0.4750 0.766434 0.784 0.000 0.216
#> SRR2049633 3 0.6140 0.332982 0.000 0.404 0.596
#> SRR2049632 3 0.5650 0.483917 0.000 0.312 0.688
#> SRR2049631 2 0.1289 0.878929 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049630 3 0.5560 0.502736 0.000 0.300 0.700
#> SRR2049628 3 0.7395 0.123424 0.380 0.040 0.580
#> SRR2049629 3 0.5560 0.489867 0.000 0.300 0.700
#> SRR2049627 3 0.6738 0.161245 0.356 0.020 0.624
#> SRR2049626 1 0.6095 0.581929 0.608 0.000 0.392
#> SRR2049625 3 0.5235 0.628028 0.152 0.036 0.812
#> SRR2049624 1 0.4654 0.735427 0.792 0.000 0.208
#> SRR2049623 3 0.5986 0.403614 0.284 0.012 0.704
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 3 0.5172 0.1937 0.404 0.008 0.588 0.000
#> SRR2049621 4 0.4610 0.7066 0.000 0.100 0.100 0.800
#> SRR2049622 3 0.4897 0.3439 0.332 0.008 0.660 0.000
#> SRR2049620 3 0.5401 0.3152 0.056 0.188 0.744 0.012
#> SRR2049619 1 0.0937 0.7834 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR2049618 3 0.7830 -0.4681 0.000 0.272 0.404 0.324
#> SRR2049617 4 0.6317 0.5133 0.000 0.280 0.096 0.624
#> SRR2049616 1 0.0707 0.7790 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.7054 0.7381 0.000 0.536 0.320 0.144
#> SRR2049614 2 0.3219 0.7758 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049613 2 0.3219 0.7758 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2049612 1 0.4905 0.4875 0.632 0.004 0.364 0.000
#> SRR2049611 1 0.2402 0.7475 0.912 0.076 0.012 0.000
#> SRR2049610 4 0.0672 0.8051 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR2049609 1 0.1004 0.7852 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR2049608 3 0.5506 0.1429 0.028 0.228 0.720 0.024
#> SRR2049607 3 0.6493 -0.1140 0.032 0.296 0.628 0.044
#> SRR2049606 1 0.4948 0.3024 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR2049605 3 0.4509 0.4131 0.288 0.004 0.708 0.000
#> SRR2049604 3 0.4638 0.5120 0.152 0.060 0.788 0.000
#> SRR2049603 1 0.2469 0.7580 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049602 1 0.4905 0.4796 0.632 0.004 0.364 0.000
#> SRR2049601 1 0.4655 0.5570 0.684 0.004 0.312 0.000
#> SRR2049600 1 0.0707 0.7790 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0592 0.7801 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049598 3 0.5172 0.1937 0.404 0.008 0.588 0.000
#> SRR2049597 1 0.5296 0.0769 0.500 0.008 0.492 0.000
#> SRR2049596 3 0.5236 0.1281 0.432 0.008 0.560 0.000
#> SRR2049595 3 0.4541 0.3869 0.060 0.144 0.796 0.000
#> SRR2049594 1 0.0707 0.7790 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049593 3 0.5220 0.1409 0.424 0.008 0.568 0.000
#> SRR2049592 1 0.0937 0.7834 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR2049591 1 0.4800 0.5241 0.656 0.004 0.340 0.000
#> SRR2049590 1 0.4800 0.5241 0.656 0.004 0.340 0.000
#> SRR2049589 1 0.4800 0.5241 0.656 0.004 0.340 0.000
#> SRR2049588 1 0.1211 0.7840 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049586 3 0.4541 0.3869 0.060 0.144 0.796 0.000
#> SRR2049585 1 0.5039 0.4070 0.592 0.004 0.404 0.000
#> SRR2049584 3 0.5212 0.1535 0.420 0.008 0.572 0.000
#> SRR2049583 1 0.0707 0.7790 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049789 4 0.6274 0.5042 0.000 0.292 0.088 0.620
#> SRR2049788 2 0.7822 0.2378 0.000 0.380 0.256 0.364
#> SRR2049787 4 0.7249 0.1607 0.000 0.260 0.200 0.540
#> SRR2049786 2 0.3266 0.7739 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR2049785 4 0.7073 0.2546 0.000 0.364 0.132 0.504
#> SRR2049784 3 0.5498 0.2397 0.404 0.020 0.576 0.000
#> SRR2049783 3 0.7878 -0.5158 0.000 0.340 0.376 0.284
#> SRR2049782 4 0.2125 0.7913 0.000 0.076 0.004 0.920
#> SRR2049781 4 0.7073 0.2546 0.000 0.364 0.132 0.504
#> SRR2049780 2 0.5136 0.8022 0.000 0.728 0.224 0.048
#> SRR2049779 2 0.7253 0.5952 0.000 0.432 0.424 0.144
#> SRR2049778 1 0.3400 0.7462 0.872 0.064 0.064 0.000
#> SRR2049777 4 0.7888 -0.3316 0.000 0.300 0.320 0.380
#> SRR2049776 3 0.5414 0.2884 0.376 0.020 0.604 0.000
#> SRR2049775 4 0.7043 0.2567 0.000 0.368 0.128 0.504
#> SRR2049774 3 0.4999 0.3630 0.328 0.012 0.660 0.000
#> SRR2049773 3 0.7253 -0.6187 0.000 0.424 0.432 0.144
#> SRR2049772 3 0.5172 0.1937 0.404 0.008 0.588 0.000
#> SRR2049771 2 0.4008 0.7505 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR2049770 3 0.6163 0.2786 0.364 0.060 0.576 0.000
#> SRR2049769 4 0.4671 0.6696 0.000 0.220 0.028 0.752
#> SRR2049768 4 0.6182 0.5326 0.000 0.276 0.088 0.636
#> SRR2049767 3 0.4562 0.3731 0.056 0.152 0.792 0.000
#> SRR2049766 3 0.5028 0.2009 0.400 0.004 0.596 0.000
#> SRR2049765 2 0.7011 0.7513 0.000 0.552 0.300 0.148
#> SRR2049764 2 0.5716 0.7896 0.000 0.668 0.272 0.060
#> SRR2049763 4 0.2125 0.7913 0.000 0.076 0.004 0.920
#> SRR2049762 4 0.0000 0.8025 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 4 0.2053 0.7925 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR2049760 1 0.1792 0.7765 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049759 4 0.6317 0.5133 0.000 0.280 0.096 0.624
#> SRR2049758 1 0.0707 0.7790 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.4655 0.5570 0.684 0.004 0.312 0.000
#> SRR2049755 3 0.6376 -0.2269 0.024 0.324 0.612 0.040
#> SRR2049757 3 0.7921 -0.5006 0.000 0.324 0.348 0.328
#> SRR2049754 3 0.4540 0.5144 0.196 0.032 0.772 0.000
#> SRR2049752 3 0.5112 0.2750 0.384 0.008 0.608 0.000
#> SRR2049751 4 0.7050 0.2445 0.000 0.252 0.180 0.568
#> SRR2049749 4 0.0937 0.8053 0.000 0.012 0.012 0.976
#> SRR2049753 4 0.4477 0.7108 0.000 0.084 0.108 0.808
#> SRR2049750 1 0.2402 0.7475 0.912 0.076 0.012 0.000
#> SRR2049748 3 0.7648 -0.5571 0.000 0.348 0.436 0.216
#> SRR2049744 3 0.5229 0.1266 0.428 0.008 0.564 0.000
#> SRR2049743 2 0.5136 0.8022 0.000 0.728 0.224 0.048
#> SRR2049745 1 0.0707 0.7790 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0469 0.7809 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.4905 0.3054 0.364 0.004 0.632 0.000
#> SRR2049741 3 0.4562 0.3731 0.056 0.152 0.792 0.000
#> SRR2049738 4 0.2741 0.7888 0.000 0.096 0.012 0.892
#> SRR2049737 3 0.5268 0.0774 0.452 0.008 0.540 0.000
#> SRR2049739 3 0.7370 -0.6113 0.000 0.412 0.428 0.160
#> SRR2049740 3 0.4541 0.3869 0.060 0.144 0.796 0.000
#> SRR2049736 3 0.5140 0.4386 0.096 0.144 0.760 0.000
#> SRR2049735 4 0.2973 0.7863 0.000 0.096 0.020 0.884
#> SRR2049732 1 0.1151 0.7848 0.968 0.008 0.024 0.000
#> SRR2049730 1 0.2125 0.7452 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR2049734 4 0.7722 -0.2140 0.000 0.336 0.236 0.428
#> SRR2049733 3 0.5496 0.4263 0.108 0.160 0.732 0.000
#> SRR2049731 3 0.7648 -0.5571 0.000 0.348 0.436 0.216
#> SRR2049729 1 0.2271 0.7461 0.916 0.076 0.008 0.000
#> SRR2049727 1 0.4857 0.5462 0.668 0.008 0.324 0.000
#> SRR2049728 1 0.2125 0.7731 0.920 0.004 0.076 0.000
#> SRR2049725 1 0.2489 0.7559 0.912 0.068 0.020 0.000
#> SRR2049726 4 0.6851 0.3511 0.000 0.344 0.116 0.540
#> SRR2049724 1 0.0707 0.7790 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.1716 0.7776 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049720 1 0.2908 0.7581 0.896 0.064 0.040 0.000
#> SRR2049719 3 0.7089 -0.4727 0.004 0.352 0.524 0.120
#> SRR2049722 1 0.0707 0.7790 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.5295 0.1579 0.504 0.008 0.488 0.000
#> SRR2049716 1 0.0707 0.7790 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.4761 0.6370 0.764 0.192 0.044 0.000
#> SRR2049717 3 0.7912 -0.4915 0.000 0.308 0.356 0.336
#> SRR2049715 4 0.2125 0.7913 0.000 0.076 0.004 0.920
#> SRR2049714 4 0.0804 0.8058 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR2049713 3 0.5070 0.1559 0.416 0.004 0.580 0.000
#> SRR2049712 3 0.6075 0.1225 0.040 0.232 0.692 0.036
#> SRR2049711 4 0.0000 0.8025 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.1059 0.8057 0.000 0.016 0.012 0.972
#> SRR2049709 1 0.1637 0.7789 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049707 4 0.0804 0.8058 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR2049708 1 0.1209 0.7852 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR2049706 1 0.4889 0.4930 0.636 0.004 0.360 0.000
#> SRR2049705 1 0.0469 0.7809 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.4889 0.4930 0.636 0.004 0.360 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.8025 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 3 0.3429 0.4447 0.056 0.064 0.876 0.004
#> SRR2049700 3 0.6054 0.1662 0.048 0.244 0.684 0.024
#> SRR2049701 3 0.5236 0.1035 0.432 0.008 0.560 0.000
#> SRR2049699 3 0.3725 0.4392 0.060 0.076 0.860 0.004
#> SRR2049697 4 0.1388 0.8049 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR2049698 1 0.0707 0.7790 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.1545 0.7841 0.952 0.008 0.040 0.000
#> SRR2049694 3 0.4761 0.3520 0.332 0.004 0.664 0.000
#> SRR2049693 4 0.0937 0.8061 0.000 0.012 0.012 0.976
#> SRR2049695 4 0.0000 0.8025 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.2530 0.7634 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR2049692 3 0.5473 0.3601 0.084 0.192 0.724 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.8025 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.1211 0.7840 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049688 3 0.5057 0.3936 0.068 0.148 0.776 0.008
#> SRR2049687 4 0.0000 0.8025 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.2530 0.7634 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR2049685 4 0.0937 0.8061 0.000 0.012 0.012 0.976
#> SRR2049684 3 0.3429 0.4447 0.056 0.064 0.876 0.004
#> SRR2049683 4 0.0376 0.8038 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR2049682 3 0.3429 0.4447 0.056 0.064 0.876 0.004
#> SRR2049680 4 0.7910 -0.3724 0.000 0.308 0.332 0.360
#> SRR2049681 3 0.7063 -0.5238 0.000 0.360 0.508 0.132
#> SRR2049678 4 0.0937 0.8061 0.000 0.012 0.012 0.976
#> SRR2049679 4 0.0000 0.8025 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.1411 0.8047 0.000 0.020 0.020 0.960
#> SRR2049675 3 0.5039 0.1884 0.404 0.004 0.592 0.000
#> SRR2049677 4 0.0336 0.8042 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049674 3 0.3648 0.4346 0.056 0.076 0.864 0.004
#> SRR2049672 4 0.0000 0.8025 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.8025 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 3 0.5039 0.1884 0.404 0.004 0.592 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.8025 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 3 0.4295 0.4671 0.240 0.008 0.752 0.000
#> SRR2049669 4 0.1411 0.8047 0.000 0.020 0.020 0.960
#> SRR2049667 1 0.1545 0.7839 0.952 0.008 0.040 0.000
#> SRR2049666 3 0.5083 0.2794 0.040 0.188 0.760 0.012
#> SRR2049665 3 0.6315 0.1300 0.432 0.060 0.508 0.000
#> SRR2049664 1 0.1637 0.7789 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049661 3 0.4917 0.3437 0.336 0.008 0.656 0.000
#> SRR2049663 1 0.0707 0.7790 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.2402 0.7475 0.912 0.076 0.012 0.000
#> SRR2049662 1 0.4720 0.6151 0.720 0.016 0.264 0.000
#> SRR2049659 4 0.2032 0.7966 0.000 0.036 0.028 0.936
#> SRR2049657 1 0.4889 0.4932 0.636 0.004 0.360 0.000
#> SRR2049658 3 0.4535 0.4076 0.292 0.004 0.704 0.000
#> SRR2049655 1 0.3933 0.6285 0.792 0.200 0.008 0.000
#> SRR2049656 1 0.4800 0.5241 0.656 0.004 0.340 0.000
#> SRR2049654 1 0.4855 0.5061 0.644 0.004 0.352 0.000
#> SRR2049652 3 0.5250 0.1219 0.440 0.008 0.552 0.000
#> SRR2049653 4 0.1388 0.8049 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR2049649 1 0.4872 0.4989 0.640 0.004 0.356 0.000
#> SRR2049650 1 0.4877 0.5262 0.664 0.008 0.328 0.000
#> SRR2049651 3 0.4364 0.0158 0.000 0.220 0.764 0.016
#> SRR2049647 3 0.4781 0.3455 0.336 0.004 0.660 0.000
#> SRR2049648 1 0.2402 0.7475 0.912 0.076 0.012 0.000
#> SRR2049646 4 0.7531 -0.0748 0.000 0.316 0.208 0.476
#> SRR2049644 3 0.6050 0.1147 0.040 0.240 0.688 0.032
#> SRR2049645 1 0.1284 0.7852 0.964 0.012 0.024 0.000
#> SRR2049643 1 0.2761 0.7688 0.904 0.048 0.048 0.000
#> SRR2049641 3 0.5414 0.2884 0.376 0.020 0.604 0.000
#> SRR2049639 2 0.3485 0.7575 0.000 0.856 0.116 0.028
#> SRR2049638 1 0.1854 0.7826 0.940 0.012 0.048 0.000
#> SRR2049640 3 0.5172 0.1937 0.404 0.008 0.588 0.000
#> SRR2049636 4 0.2473 0.7939 0.000 0.080 0.012 0.908
#> SRR2049635 1 0.4955 0.5146 0.648 0.008 0.344 0.000
#> SRR2049637 4 0.4297 0.7248 0.000 0.096 0.084 0.820
#> SRR2049634 1 0.5040 0.4558 0.628 0.008 0.364 0.000
#> SRR2049633 3 0.7830 -0.4681 0.000 0.272 0.404 0.324
#> SRR2049632 2 0.6013 0.7896 0.000 0.640 0.288 0.072
#> SRR2049631 4 0.2401 0.7854 0.000 0.092 0.004 0.904
#> SRR2049630 3 0.7253 -0.6187 0.000 0.424 0.432 0.144
#> SRR2049628 3 0.4562 0.5173 0.152 0.056 0.792 0.000
#> SRR2049629 2 0.5864 0.8010 0.000 0.664 0.264 0.072
#> SRR2049627 3 0.5670 0.4881 0.152 0.128 0.720 0.000
#> SRR2049626 3 0.5300 0.2221 0.408 0.012 0.580 0.000
#> SRR2049625 3 0.4562 0.3731 0.056 0.152 0.792 0.000
#> SRR2049624 1 0.6037 0.4515 0.628 0.068 0.304 0.000
#> SRR2049623 3 0.6699 0.4772 0.192 0.156 0.644 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.3689 0.5348 0.256 0.000 0.740 0.000 0.004
#> SRR2049621 4 0.4142 0.6901 0.000 0.220 0.012 0.752 0.016
#> SRR2049622 3 0.3280 0.6040 0.184 0.004 0.808 0.000 0.004
#> SRR2049620 3 0.4494 0.2508 0.000 0.380 0.608 0.000 0.012
#> SRR2049619 1 0.0794 0.7159 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.6204 0.4435 0.000 0.552 0.156 0.288 0.004
#> SRR2049617 4 0.5822 0.4093 0.000 0.344 0.000 0.548 0.108
#> SRR2049616 1 0.0290 0.7114 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049615 2 0.4990 0.1508 0.000 0.756 0.048 0.068 0.128
#> SRR2049614 5 0.4482 0.9083 0.000 0.376 0.012 0.000 0.612
#> SRR2049613 5 0.4482 0.9083 0.000 0.376 0.012 0.000 0.612
#> SRR2049612 1 0.4589 0.1335 0.520 0.004 0.472 0.000 0.004
#> SRR2049611 1 0.4434 0.5638 0.736 0.000 0.056 0.000 0.208
#> SRR2049610 4 0.0510 0.8415 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049609 1 0.1270 0.7149 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.4704 -0.0165 0.004 0.508 0.480 0.000 0.008
#> SRR2049607 2 0.5446 0.2737 0.000 0.540 0.412 0.020 0.028
#> SRR2049606 3 0.4764 0.1590 0.436 0.012 0.548 0.000 0.004
#> SRR2049605 3 0.3807 0.6183 0.176 0.028 0.792 0.000 0.004
#> SRR2049604 3 0.4116 0.5753 0.036 0.132 0.804 0.000 0.028
#> SRR2049603 1 0.3203 0.6614 0.820 0.000 0.168 0.000 0.012
#> SRR2049602 1 0.4591 0.1069 0.516 0.004 0.476 0.000 0.004
#> SRR2049601 1 0.4390 0.2392 0.568 0.000 0.428 0.000 0.004
#> SRR2049600 1 0.0290 0.7114 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049599 1 0.0451 0.7137 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049598 3 0.3689 0.5348 0.256 0.000 0.740 0.000 0.004
#> SRR2049597 3 0.4817 0.3782 0.368 0.016 0.608 0.000 0.008
#> SRR2049596 3 0.4059 0.4991 0.292 0.004 0.700 0.000 0.004
#> SRR2049595 3 0.3949 0.3609 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.0290 0.7114 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049593 3 0.3838 0.5093 0.280 0.000 0.716 0.000 0.004
#> SRR2049592 1 0.0794 0.7159 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.4425 0.1969 0.544 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR2049590 1 0.4425 0.1969 0.544 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR2049589 1 0.4425 0.1969 0.544 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR2049588 1 0.1892 0.7092 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR2049586 3 0.3949 0.3609 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR2049585 3 0.4705 -0.0459 0.484 0.008 0.504 0.000 0.004
#> SRR2049584 3 0.3968 0.5141 0.276 0.004 0.716 0.000 0.004
#> SRR2049583 1 0.0290 0.7114 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049789 4 0.5891 0.4140 0.000 0.328 0.000 0.552 0.120
#> SRR2049788 2 0.6689 0.2102 0.000 0.556 0.056 0.288 0.100
#> SRR2049787 4 0.5193 -0.0676 0.000 0.480 0.032 0.484 0.004
#> SRR2049786 5 0.4482 0.9054 0.000 0.376 0.012 0.000 0.612
#> SRR2049785 2 0.6068 -0.1554 0.000 0.452 0.000 0.428 0.120
#> SRR2049784 3 0.4703 0.5543 0.276 0.036 0.684 0.000 0.004
#> SRR2049783 2 0.6336 0.4692 0.000 0.600 0.124 0.244 0.032
#> SRR2049782 4 0.2843 0.8176 0.000 0.076 0.000 0.876 0.048
#> SRR2049781 2 0.6068 -0.1554 0.000 0.452 0.000 0.428 0.120
#> SRR2049780 2 0.4620 -0.5061 0.000 0.592 0.016 0.000 0.392
#> SRR2049779 2 0.3849 0.4157 0.000 0.820 0.104 0.068 0.008
#> SRR2049778 1 0.5043 0.5913 0.716 0.004 0.136 0.000 0.144
#> SRR2049777 2 0.5819 0.4449 0.000 0.564 0.096 0.336 0.004
#> SRR2049776 3 0.4506 0.5766 0.244 0.036 0.716 0.000 0.004
#> SRR2049775 2 0.6068 -0.1549 0.000 0.452 0.000 0.428 0.120
#> SRR2049774 3 0.4619 0.6104 0.212 0.056 0.728 0.000 0.004
#> SRR2049773 2 0.3778 0.4172 0.000 0.820 0.108 0.068 0.004
#> SRR2049772 3 0.3689 0.5348 0.256 0.000 0.740 0.000 0.004
#> SRR2049771 5 0.5556 0.6852 0.000 0.456 0.068 0.000 0.476
#> SRR2049770 3 0.6120 0.5153 0.192 0.080 0.656 0.000 0.072
#> SRR2049769 4 0.5013 0.6453 0.000 0.204 0.000 0.696 0.100
#> SRR2049768 4 0.5772 0.4387 0.000 0.328 0.000 0.564 0.108
#> SRR2049767 3 0.3999 0.3430 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR2049766 3 0.4433 0.5120 0.280 0.016 0.696 0.000 0.008
#> SRR2049765 2 0.5213 0.0283 0.000 0.724 0.036 0.068 0.172
#> SRR2049764 2 0.5678 -0.5351 0.000 0.556 0.036 0.028 0.380
#> SRR2049763 4 0.2843 0.8176 0.000 0.076 0.000 0.876 0.048
#> SRR2049762 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.2708 0.8210 0.000 0.072 0.000 0.884 0.044
#> SRR2049760 1 0.2624 0.6962 0.872 0.000 0.116 0.000 0.012
#> SRR2049759 4 0.5822 0.4093 0.000 0.344 0.000 0.548 0.108
#> SRR2049758 1 0.0290 0.7114 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049756 1 0.4383 0.2440 0.572 0.000 0.424 0.000 0.004
#> SRR2049755 2 0.5019 0.2867 0.004 0.620 0.344 0.004 0.028
#> SRR2049757 2 0.6196 0.4638 0.000 0.592 0.100 0.280 0.028
#> SRR2049754 3 0.4013 0.6363 0.084 0.108 0.804 0.000 0.004
#> SRR2049752 3 0.4132 0.5628 0.260 0.020 0.720 0.000 0.000
#> SRR2049751 4 0.5178 0.0458 0.000 0.448 0.032 0.516 0.004
#> SRR2049749 4 0.1341 0.8410 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR2049753 4 0.4080 0.6974 0.000 0.212 0.016 0.760 0.012
#> SRR2049750 1 0.4497 0.5638 0.732 0.000 0.060 0.000 0.208
#> SRR2049748 2 0.5318 0.4627 0.000 0.696 0.140 0.156 0.008
#> SRR2049744 3 0.3861 0.5026 0.284 0.000 0.712 0.000 0.004
#> SRR2049743 2 0.4620 -0.5061 0.000 0.592 0.016 0.000 0.392
#> SRR2049745 1 0.0290 0.7114 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049747 1 0.0290 0.7140 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.4026 0.5759 0.244 0.020 0.736 0.000 0.000
#> SRR2049741 3 0.3999 0.3430 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR2049738 4 0.3237 0.8133 0.000 0.104 0.000 0.848 0.048
#> SRR2049737 3 0.4938 0.4182 0.332 0.008 0.632 0.000 0.028
#> SRR2049739 2 0.4069 0.4328 0.000 0.800 0.108 0.088 0.004
#> SRR2049740 3 0.3949 0.3609 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR2049736 3 0.5089 0.4388 0.024 0.284 0.664 0.000 0.028
#> SRR2049735 4 0.3339 0.8093 0.000 0.112 0.000 0.840 0.048
#> SRR2049732 1 0.1830 0.7122 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008
#> SRR2049730 1 0.4168 0.5847 0.764 0.000 0.052 0.000 0.184
#> SRR2049734 2 0.5455 0.3681 0.000 0.572 0.044 0.372 0.012
#> SRR2049733 3 0.5362 0.4122 0.032 0.308 0.632 0.000 0.028
#> SRR2049731 2 0.5318 0.4627 0.000 0.696 0.140 0.156 0.008
#> SRR2049729 1 0.4263 0.5897 0.760 0.000 0.060 0.000 0.180
#> SRR2049727 1 0.4651 0.2557 0.560 0.004 0.428 0.000 0.008
#> SRR2049728 1 0.2660 0.6873 0.864 0.000 0.128 0.000 0.008
#> SRR2049725 1 0.4571 0.5916 0.736 0.000 0.076 0.000 0.188
#> SRR2049726 4 0.6062 0.2140 0.000 0.416 0.000 0.464 0.120
#> SRR2049724 1 0.0324 0.7128 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049723 1 0.2389 0.6937 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2049720 1 0.4711 0.6050 0.736 0.000 0.116 0.000 0.148
#> SRR2049719 2 0.4701 0.4024 0.000 0.712 0.232 0.052 0.004
#> SRR2049722 1 0.0324 0.7128 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049721 3 0.4884 0.2465 0.392 0.016 0.584 0.000 0.008
#> SRR2049716 1 0.0290 0.7114 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049718 1 0.5778 0.3743 0.576 0.004 0.096 0.000 0.324
#> SRR2049717 2 0.5637 0.4678 0.000 0.616 0.100 0.280 0.004
#> SRR2049715 4 0.2843 0.8176 0.000 0.076 0.000 0.876 0.048
#> SRR2049714 4 0.0609 0.8421 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049713 3 0.4520 0.4880 0.296 0.016 0.680 0.000 0.008
#> SRR2049712 3 0.5157 -0.0567 0.000 0.468 0.500 0.024 0.008
#> SRR2049711 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.1043 0.8414 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR2049709 1 0.2286 0.6982 0.888 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR2049707 4 0.0609 0.8421 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049708 1 0.1764 0.7136 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
#> SRR2049706 1 0.4446 0.1379 0.520 0.000 0.476 0.000 0.004
#> SRR2049705 1 0.0404 0.7144 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.4446 0.1379 0.520 0.000 0.476 0.000 0.004
#> SRR2049702 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.3635 0.4760 0.004 0.248 0.748 0.000 0.000
#> SRR2049700 2 0.4851 -0.0415 0.008 0.496 0.488 0.004 0.004
#> SRR2049701 3 0.4435 0.4504 0.320 0.008 0.664 0.000 0.008
#> SRR2049699 3 0.3790 0.4674 0.004 0.248 0.744 0.000 0.004
#> SRR2049697 4 0.1851 0.8340 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR2049698 1 0.0290 0.7114 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049696 1 0.2511 0.7117 0.892 0.000 0.080 0.000 0.028
#> SRR2049694 3 0.3976 0.5920 0.216 0.020 0.760 0.000 0.004
#> SRR2049693 4 0.0794 0.8424 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.3370 0.6798 0.824 0.000 0.148 0.000 0.028
#> SRR2049692 3 0.5504 0.3130 0.028 0.368 0.576 0.000 0.028
#> SRR2049689 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.1892 0.7092 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR2049688 3 0.4500 0.3775 0.004 0.316 0.664 0.000 0.016
#> SRR2049687 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.3370 0.6798 0.824 0.000 0.148 0.000 0.028
#> SRR2049685 4 0.0794 0.8424 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049684 3 0.3635 0.4760 0.004 0.248 0.748 0.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.0290 0.8411 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049682 3 0.3635 0.4760 0.004 0.248 0.748 0.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.5906 0.4543 0.000 0.564 0.108 0.324 0.004
#> SRR2049681 2 0.5354 0.3995 0.000 0.692 0.208 0.080 0.020
#> SRR2049678 4 0.0794 0.8424 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.1544 0.8384 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR2049675 3 0.4477 0.5022 0.288 0.016 0.688 0.000 0.008
#> SRR2049677 4 0.0963 0.8438 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR2049674 3 0.3817 0.4628 0.004 0.252 0.740 0.000 0.004
#> SRR2049672 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.4477 0.5022 0.288 0.016 0.688 0.000 0.008
#> SRR2049670 4 0.0000 0.8402 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.4883 0.6335 0.152 0.104 0.736 0.000 0.008
#> SRR2049669 4 0.1544 0.8384 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR2049667 1 0.2193 0.7068 0.900 0.000 0.092 0.000 0.008
#> SRR2049666 3 0.4722 0.1803 0.000 0.412 0.572 0.004 0.012
#> SRR2049665 3 0.6699 0.3919 0.260 0.080 0.576 0.000 0.084
#> SRR2049664 1 0.2286 0.6982 0.888 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR2049661 3 0.4518 0.6062 0.216 0.048 0.732 0.000 0.004
#> SRR2049663 1 0.0290 0.7114 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049660 1 0.4497 0.5638 0.732 0.000 0.060 0.000 0.208
#> SRR2049662 1 0.4653 0.4566 0.652 0.016 0.324 0.000 0.008
#> SRR2049659 4 0.2286 0.8197 0.000 0.108 0.004 0.888 0.000
#> SRR2049657 1 0.4698 0.1213 0.520 0.008 0.468 0.000 0.004
#> SRR2049658 3 0.3722 0.6166 0.176 0.024 0.796 0.000 0.004
#> SRR2049655 1 0.5084 0.3590 0.616 0.000 0.052 0.000 0.332
#> SRR2049656 1 0.4425 0.1969 0.544 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR2049654 1 0.4440 0.1610 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004
#> SRR2049652 3 0.3928 0.4927 0.296 0.000 0.700 0.000 0.004
#> SRR2049653 4 0.1851 0.8340 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR2049649 1 0.4586 0.1343 0.524 0.004 0.468 0.000 0.004
#> SRR2049650 1 0.4915 0.2280 0.556 0.004 0.420 0.000 0.020
#> SRR2049651 2 0.5718 0.2489 0.000 0.496 0.420 0.000 0.084
#> SRR2049647 3 0.4007 0.5887 0.220 0.020 0.756 0.000 0.004
#> SRR2049648 1 0.4434 0.5638 0.736 0.000 0.056 0.000 0.208
#> SRR2049646 2 0.5552 0.2648 0.000 0.524 0.044 0.420 0.012
#> SRR2049644 3 0.5083 -0.0687 0.000 0.476 0.496 0.020 0.008
#> SRR2049645 1 0.1205 0.7166 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR2049643 1 0.4724 0.6210 0.732 0.000 0.104 0.000 0.164
#> SRR2049641 3 0.4506 0.5766 0.244 0.036 0.716 0.000 0.004
#> SRR2049639 5 0.4451 0.8522 0.000 0.340 0.016 0.000 0.644
#> SRR2049638 1 0.2462 0.7034 0.880 0.000 0.112 0.000 0.008
#> SRR2049640 3 0.3689 0.5348 0.256 0.000 0.740 0.000 0.004
#> SRR2049636 4 0.2946 0.8219 0.000 0.088 0.000 0.868 0.044
#> SRR2049635 1 0.4542 0.1749 0.536 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR2049637 4 0.3982 0.7139 0.000 0.200 0.012 0.772 0.016
#> SRR2049634 1 0.4907 0.0804 0.512 0.012 0.468 0.000 0.008
#> SRR2049633 2 0.6204 0.4435 0.000 0.552 0.156 0.288 0.004
#> SRR2049632 2 0.4608 -0.2718 0.000 0.700 0.036 0.004 0.260
#> SRR2049631 4 0.3110 0.8089 0.000 0.080 0.000 0.860 0.060
#> SRR2049630 2 0.3778 0.4172 0.000 0.820 0.108 0.068 0.004
#> SRR2049628 3 0.4515 0.5979 0.056 0.136 0.780 0.000 0.028
#> SRR2049629 2 0.4747 -0.3235 0.000 0.676 0.036 0.004 0.284
#> SRR2049627 3 0.4965 0.5529 0.036 0.152 0.748 0.000 0.064
#> SRR2049626 3 0.4550 0.5454 0.276 0.028 0.692 0.000 0.004
#> SRR2049625 3 0.3999 0.3430 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.6101 0.2758 0.560 0.056 0.344 0.000 0.040
#> SRR2049623 3 0.5920 0.5212 0.120 0.296 0.580 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.4707 0.62573 0.676 0.000 0.204 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049621 4 0.4354 0.58482 0.000 0.240 0.068 0.692 0.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.4381 0.58065 0.692 0.000 0.236 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049620 3 0.5208 0.59424 0.264 0.080 0.636 0.000 0.012 0.008
#> SRR2049619 6 0.3797 0.78450 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR2049618 3 0.6111 -0.14001 0.004 0.284 0.440 0.272 0.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.4490 -0.00853 0.000 0.504 0.016 0.472 0.008 0.000
#> SRR2049616 6 0.3684 0.79726 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2049615 2 0.5783 0.28366 0.004 0.588 0.280 0.044 0.084 0.000
#> SRR2049614 5 0.3637 0.83197 0.000 0.164 0.040 0.000 0.788 0.008
#> SRR2049613 5 0.3637 0.83197 0.000 0.164 0.040 0.000 0.788 0.008
#> SRR2049612 1 0.2100 0.56071 0.884 0.000 0.004 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049611 6 0.2400 0.61806 0.116 0.000 0.008 0.000 0.004 0.872
#> SRR2049610 4 0.0717 0.79562 0.000 0.016 0.008 0.976 0.000 0.000
#> SRR2049609 6 0.3828 0.76685 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR2049608 3 0.5768 0.54605 0.220 0.204 0.564 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049607 3 0.5773 0.44266 0.124 0.244 0.604 0.008 0.016 0.004
#> SRR2049606 1 0.2563 0.63818 0.876 0.000 0.052 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049605 1 0.3198 0.54931 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.5693 -0.01658 0.508 0.024 0.400 0.000 0.016 0.052
#> SRR2049603 1 0.3838 -0.57732 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR2049602 1 0.2212 0.56635 0.880 0.000 0.008 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049601 1 0.2454 0.49023 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049600 6 0.3684 0.79726 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2049599 6 0.3727 0.79613 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2049598 1 0.4707 0.62573 0.676 0.000 0.204 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049597 1 0.4165 0.66392 0.744 0.000 0.128 0.000 0.000 0.128
#> SRR2049596 1 0.4752 0.64774 0.676 0.000 0.184 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049595 3 0.4372 0.56158 0.308 0.036 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049594 6 0.3695 0.79709 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR2049593 1 0.4526 0.65006 0.700 0.000 0.184 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049592 6 0.3797 0.78450 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR2049591 1 0.2219 0.52944 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049590 1 0.2219 0.52944 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049589 1 0.2219 0.52944 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049588 6 0.3860 0.73085 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR2049586 3 0.4372 0.56158 0.308 0.036 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049585 1 0.2462 0.58615 0.876 0.000 0.028 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049584 1 0.4605 0.64687 0.692 0.000 0.184 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049583 6 0.3684 0.79726 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2049789 2 0.4491 -0.02487 0.000 0.500 0.016 0.476 0.008 0.000
#> SRR2049788 2 0.5118 0.46141 0.000 0.640 0.148 0.208 0.004 0.000
#> SRR2049787 4 0.6032 -0.06345 0.000 0.320 0.224 0.452 0.004 0.000
#> SRR2049786 5 0.3737 0.83049 0.000 0.168 0.044 0.000 0.780 0.008
#> SRR2049785 2 0.4432 0.31960 0.000 0.616 0.024 0.352 0.008 0.000
#> SRR2049784 1 0.4324 0.64259 0.724 0.000 0.192 0.000 0.004 0.080
#> SRR2049783 3 0.6882 -0.17700 0.020 0.328 0.408 0.224 0.016 0.004
#> SRR2049782 4 0.2762 0.72287 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.4432 0.31960 0.000 0.616 0.024 0.352 0.008 0.000
#> SRR2049780 2 0.3660 0.01320 0.000 0.780 0.060 0.000 0.160 0.000
#> SRR2049779 2 0.5307 0.22681 0.004 0.508 0.424 0.048 0.012 0.004
#> SRR2049778 6 0.3668 0.62092 0.228 0.000 0.028 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049777 3 0.6201 -0.22482 0.004 0.292 0.396 0.308 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.3976 0.62782 0.748 0.000 0.196 0.000 0.004 0.052
#> SRR2049775 2 0.4432 0.31954 0.000 0.616 0.024 0.352 0.008 0.000
#> SRR2049774 1 0.4189 0.57671 0.724 0.004 0.224 0.000 0.004 0.044
#> SRR2049773 2 0.5314 0.21621 0.004 0.500 0.432 0.048 0.012 0.004
#> SRR2049772 1 0.4707 0.62573 0.676 0.000 0.204 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049771 5 0.5796 0.71214 0.020 0.196 0.168 0.000 0.608 0.008
#> SRR2049770 1 0.6085 0.41581 0.536 0.016 0.232 0.000 0.004 0.212
#> SRR2049769 4 0.4046 0.42317 0.000 0.368 0.008 0.620 0.004 0.000
#> SRR2049768 4 0.4493 -0.00734 0.000 0.488 0.016 0.488 0.008 0.000
#> SRR2049767 3 0.4384 0.57228 0.296 0.040 0.660 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049766 1 0.2520 0.65802 0.844 0.000 0.152 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049765 2 0.5913 0.26689 0.004 0.600 0.232 0.044 0.120 0.000
#> SRR2049764 5 0.6216 0.52727 0.004 0.268 0.172 0.020 0.532 0.004
#> SRR2049763 4 0.2762 0.72287 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0146 0.79093 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049761 4 0.2697 0.72918 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR2049760 6 0.3868 0.68474 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR2049759 2 0.4490 -0.00853 0.000 0.504 0.016 0.472 0.008 0.000
#> SRR2049758 6 0.3684 0.79726 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2049756 1 0.2491 0.48519 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049755 3 0.5935 0.32724 0.124 0.328 0.524 0.000 0.020 0.004
#> SRR2049757 3 0.6737 -0.19978 0.008 0.312 0.400 0.260 0.016 0.004
#> SRR2049754 1 0.4499 0.25765 0.604 0.004 0.364 0.000 0.004 0.024
#> SRR2049752 1 0.3394 0.64307 0.776 0.000 0.200 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049751 4 0.5942 0.03265 0.000 0.296 0.216 0.484 0.004 0.000
#> SRR2049749 4 0.1745 0.79170 0.000 0.056 0.020 0.924 0.000 0.000
#> SRR2049753 4 0.4331 0.60224 0.000 0.220 0.076 0.704 0.000 0.000
#> SRR2049750 6 0.2488 0.61442 0.124 0.000 0.008 0.000 0.004 0.864
#> SRR2049748 3 0.6620 -0.20617 0.028 0.400 0.412 0.144 0.012 0.004
#> SRR2049744 1 0.4566 0.65189 0.696 0.000 0.184 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049743 2 0.3660 0.01320 0.000 0.780 0.060 0.000 0.160 0.000
#> SRR2049745 6 0.3684 0.79726 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2049747 6 0.3727 0.79424 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2049742 1 0.3320 0.63100 0.772 0.000 0.212 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049741 3 0.4384 0.57228 0.296 0.040 0.660 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049738 4 0.3161 0.71921 0.000 0.216 0.008 0.776 0.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.4662 0.65412 0.688 0.000 0.172 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049739 2 0.5550 0.21462 0.004 0.484 0.428 0.068 0.012 0.004
#> SRR2049740 3 0.4372 0.56158 0.308 0.036 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049736 3 0.5650 0.45097 0.368 0.072 0.532 0.000 0.016 0.012
#> SRR2049735 4 0.3348 0.71341 0.000 0.216 0.016 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049732 6 0.3847 0.75208 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR2049730 6 0.2442 0.64908 0.144 0.000 0.004 0.000 0.000 0.852
#> SRR2049734 4 0.6563 -0.28075 0.004 0.344 0.288 0.352 0.008 0.004
#> SRR2049733 3 0.5874 0.45852 0.356 0.088 0.524 0.000 0.016 0.016
#> SRR2049731 3 0.6620 -0.20617 0.028 0.400 0.412 0.144 0.012 0.004
#> SRR2049729 6 0.2558 0.64887 0.156 0.000 0.004 0.000 0.000 0.840
#> SRR2049727 1 0.3488 0.42956 0.780 0.000 0.036 0.000 0.000 0.184
#> SRR2049728 1 0.3866 -0.66637 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR2049725 6 0.2848 0.64035 0.176 0.000 0.008 0.000 0.000 0.816
#> SRR2049726 2 0.4455 0.23801 0.000 0.584 0.020 0.388 0.008 0.000
#> SRR2049724 6 0.3717 0.79670 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2049723 1 0.3869 -0.68974 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR2049720 6 0.3368 0.63969 0.232 0.000 0.012 0.000 0.000 0.756
#> SRR2049719 3 0.6167 0.08549 0.080 0.384 0.488 0.032 0.012 0.004
#> SRR2049722 6 0.3717 0.79670 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2049721 1 0.2221 0.63309 0.896 0.000 0.072 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049716 6 0.3684 0.79726 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2049718 6 0.3475 0.37768 0.080 0.000 0.012 0.000 0.084 0.824
#> SRR2049717 3 0.6137 -0.18216 0.004 0.312 0.424 0.260 0.000 0.000
#> SRR2049715 4 0.2762 0.72287 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR2049714 4 0.0820 0.79613 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.2362 0.66475 0.860 0.000 0.136 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049712 3 0.5075 0.55240 0.180 0.132 0.672 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049711 4 0.0146 0.79093 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049710 4 0.1461 0.79568 0.000 0.044 0.016 0.940 0.000 0.000
#> SRR2049709 6 0.3868 0.69339 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR2049707 4 0.0820 0.79613 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049708 6 0.3843 0.75456 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR2049706 1 0.1957 0.55899 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049705 6 0.3737 0.79263 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2049704 1 0.1957 0.55899 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049702 4 0.0146 0.79093 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049703 3 0.3841 0.41988 0.380 0.004 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049700 3 0.5434 0.56505 0.212 0.188 0.596 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049701 1 0.2784 0.68146 0.848 0.000 0.124 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049699 3 0.3830 0.43510 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049697 4 0.2494 0.77399 0.000 0.120 0.016 0.864 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.3684 0.79726 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2049696 6 0.3828 0.75349 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR2049694 1 0.2912 0.60437 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049693 4 0.0993 0.79570 0.000 0.024 0.012 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0146 0.79093 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049691 6 0.3868 0.64359 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR2049692 3 0.5647 0.54931 0.304 0.108 0.568 0.000 0.016 0.004
#> SRR2049689 4 0.0146 0.79093 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049690 6 0.3860 0.73085 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR2049688 3 0.4810 0.53792 0.308 0.036 0.636 0.000 0.008 0.012
#> SRR2049687 4 0.0146 0.79093 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049686 6 0.3868 0.64359 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR2049685 4 0.0993 0.79583 0.000 0.024 0.012 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.3841 0.41988 0.380 0.004 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.0405 0.79203 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR2049682 3 0.3841 0.41988 0.380 0.004 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049680 3 0.6269 -0.20548 0.008 0.288 0.408 0.296 0.000 0.000
#> SRR2049681 3 0.6249 -0.03933 0.044 0.396 0.472 0.068 0.020 0.000
#> SRR2049678 4 0.0993 0.79583 0.000 0.024 0.012 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0146 0.79093 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049676 4 0.1807 0.78943 0.000 0.060 0.020 0.920 0.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.2442 0.66007 0.852 0.000 0.144 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049677 4 0.1285 0.79552 0.000 0.052 0.004 0.944 0.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.3819 0.44078 0.372 0.004 0.624 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049672 4 0.0146 0.79093 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049671 4 0.0146 0.79093 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049673 1 0.2442 0.66007 0.852 0.000 0.144 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049670 4 0.0146 0.79093 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049668 1 0.4122 0.42259 0.660 0.020 0.316 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049669 4 0.1807 0.78943 0.000 0.060 0.020 0.920 0.000 0.000
#> SRR2049667 6 0.3864 0.72670 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR2049666 3 0.5050 0.60809 0.240 0.108 0.644 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049665 1 0.6363 0.39089 0.484 0.016 0.208 0.000 0.008 0.284
#> SRR2049664 6 0.3868 0.69339 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR2049661 1 0.3874 0.58739 0.732 0.000 0.228 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049663 6 0.3684 0.79726 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2049660 6 0.2488 0.61442 0.124 0.000 0.008 0.000 0.004 0.864
#> SRR2049662 1 0.4045 -0.02539 0.700 0.004 0.028 0.000 0.000 0.268
#> SRR2049659 4 0.3014 0.75494 0.000 0.132 0.036 0.832 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.2212 0.56643 0.880 0.000 0.008 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049658 1 0.3175 0.55410 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049655 6 0.2729 0.38061 0.024 0.000 0.016 0.000 0.088 0.872
#> SRR2049656 1 0.2219 0.52944 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2049654 1 0.2048 0.55105 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049652 1 0.5053 0.62969 0.636 0.000 0.204 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049653 4 0.2494 0.77399 0.000 0.120 0.016 0.864 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.2146 0.56089 0.880 0.000 0.004 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049650 1 0.3586 0.42901 0.756 0.000 0.028 0.000 0.000 0.216
#> SRR2049651 3 0.2891 0.33060 0.024 0.088 0.868 0.000 0.008 0.012
#> SRR2049647 1 0.2883 0.60850 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049648 6 0.2400 0.61806 0.116 0.000 0.008 0.000 0.004 0.872
#> SRR2049646 4 0.6517 -0.18318 0.004 0.304 0.280 0.400 0.008 0.004
#> SRR2049644 3 0.4958 0.54994 0.176 0.132 0.680 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049645 6 0.3817 0.77707 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2049643 6 0.3481 0.65663 0.228 0.000 0.012 0.000 0.004 0.756
#> SRR2049641 1 0.3976 0.62782 0.748 0.000 0.196 0.000 0.004 0.052
#> SRR2049639 5 0.1794 0.71667 0.000 0.024 0.016 0.000 0.932 0.028
#> SRR2049638 6 0.3998 0.70623 0.492 0.000 0.004 0.000 0.000 0.504
#> SRR2049640 1 0.4707 0.62573 0.676 0.000 0.204 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049636 4 0.2980 0.73317 0.000 0.192 0.008 0.800 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.2402 0.54254 0.856 0.000 0.004 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049637 4 0.4147 0.62102 0.000 0.224 0.060 0.716 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.3134 0.54705 0.820 0.000 0.036 0.000 0.000 0.144
#> SRR2049633 3 0.6111 -0.14001 0.004 0.284 0.440 0.272 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.4279 0.17722 0.000 0.740 0.152 0.000 0.104 0.004
#> SRR2049631 4 0.2912 0.70498 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.5314 0.21621 0.004 0.500 0.432 0.048 0.012 0.004
#> SRR2049628 1 0.5439 0.11973 0.520 0.048 0.400 0.000 0.004 0.028
#> SRR2049629 2 0.4638 0.10489 0.000 0.704 0.148 0.000 0.144 0.004
#> SRR2049627 1 0.6706 0.02635 0.504 0.052 0.324 0.000 0.064 0.056
#> SRR2049626 1 0.4233 0.65213 0.736 0.000 0.180 0.000 0.004 0.080
#> SRR2049625 3 0.4384 0.57228 0.296 0.040 0.660 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049624 1 0.4921 0.20623 0.708 0.020 0.064 0.000 0.016 0.192
#> SRR2049623 3 0.5017 0.24353 0.432 0.052 0.508 0.000 0.008 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.962 0.985 0.4911 0.508 0.508
#> 3 3 0.927 0.898 0.959 0.3113 0.769 0.580
#> 4 4 0.761 0.838 0.909 0.1435 0.774 0.465
#> 5 5 0.679 0.569 0.751 0.0654 0.963 0.861
#> 6 6 0.688 0.504 0.712 0.0415 0.844 0.465
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049620 2 0.671 0.779 0.176 0.824
#> SRR2049619 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049613 2 0.983 0.275 0.424 0.576
#> SRR2049612 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.745 0.729 0.212 0.788
#> SRR2049607 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.909 0.505 0.676 0.324
#> SRR2049585 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049785 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049770 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049766 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049757 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049731 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049719 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049722 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.971 0.311 0.600 0.400
#> SRR2049700 2 0.983 0.281 0.424 0.576
#> SRR2049701 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049689 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049687 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049684 2 0.981 0.292 0.420 0.580
#> SRR2049683 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049666 2 0.958 0.400 0.380 0.620
#> SRR2049665 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049644 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049645 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049629 2 0.000 0.976 0.000 1.000
#> SRR2049627 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049626 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.814 0.651 0.748 0.252
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.2878 0.8788 0.904 0.000 0.096
#> SRR2049620 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.5058 0.6631 0.000 0.244 0.756
#> SRR2049617 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 3 0.6309 0.0282 0.000 0.496 0.504
#> SRR2049614 3 0.0592 0.9382 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049613 3 0.0000 0.9406 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049607 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049606 1 0.0424 0.9553 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049605 1 0.6274 0.2358 0.544 0.000 0.456
#> SRR2049604 3 0.0424 0.9385 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049594 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049593 1 0.0424 0.9553 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049585 1 0.0424 0.9553 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049584 1 0.0424 0.9553 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049788 3 0.0592 0.9382 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049787 2 0.6291 0.0817 0.000 0.532 0.468
#> SRR2049786 3 0.0000 0.9406 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049785 3 0.6168 0.3049 0.000 0.412 0.588
#> SRR2049784 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 3 0.0592 0.9382 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 3 0.6168 0.3049 0.000 0.412 0.588
#> SRR2049780 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049779 3 0.0592 0.9382 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049778 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049777 3 0.6062 0.3771 0.000 0.384 0.616
#> SRR2049776 1 0.0424 0.9553 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049775 3 0.6252 0.2100 0.000 0.444 0.556
#> SRR2049774 3 0.6180 0.2042 0.416 0.000 0.584
#> SRR2049773 3 0.4002 0.7824 0.000 0.160 0.840
#> SRR2049772 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049771 3 0.0000 0.9406 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049770 3 0.0000 0.9406 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049766 1 0.6045 0.4343 0.620 0.000 0.380
#> SRR2049765 2 0.3267 0.8485 0.000 0.884 0.116
#> SRR2049764 3 0.0592 0.9382 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0424 0.9631 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049757 3 0.1163 0.9269 0.000 0.028 0.972
#> SRR2049754 3 0.0592 0.9347 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049752 1 0.6274 0.2358 0.544 0.000 0.456
#> SRR2049751 2 0.2165 0.9068 0.000 0.936 0.064
#> SRR2049749 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.0424 0.9631 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049750 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049748 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 3 0.0592 0.9382 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.3619 0.8355 0.864 0.000 0.136
#> SRR2049741 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049739 3 0.0592 0.9382 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049740 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049736 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049735 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049734 3 0.0592 0.9382 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049733 3 0.0000 0.9406 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049731 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049729 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049726 2 0.0424 0.9631 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049719 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.2711 0.8860 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0892 0.9478 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049717 3 0.1163 0.9269 0.000 0.028 0.972
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049700 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.0592 0.9347 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.6286 0.2108 0.536 0.000 0.464
#> SRR2049693 2 0.4750 0.7034 0.000 0.784 0.216
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049692 3 0.0000 0.9406 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.0424 0.9382 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049680 3 0.1529 0.9160 0.000 0.040 0.960
#> SRR2049681 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.4291 0.7826 0.820 0.000 0.180
#> SRR2049677 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.0424 0.9382 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.6008 0.4531 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.6307 0.1299 0.512 0.000 0.488
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049665 3 0.0000 0.9406 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.2356 0.9030 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.3038 0.8705 0.896 0.000 0.104
#> SRR2049655 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049651 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049647 1 0.1031 0.9436 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049648 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049646 2 0.6154 0.2718 0.000 0.592 0.408
#> SRR2049644 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 3 0.1163 0.9269 0.000 0.028 0.972
#> SRR2049638 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049640 1 0.0237 0.9580 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0424 0.9631 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9597 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049632 3 0.0237 0.9412 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 3 0.0592 0.9382 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049628 3 0.0237 0.9391 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049629 3 0.0592 0.9382 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049627 3 0.0000 0.9406 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049626 1 0.0747 0.9498 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049625 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049624 1 0.4750 0.7309 0.784 0.000 0.216
#> SRR2049623 3 0.0237 0.9408 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 3 0.4564 0.5804 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR2049621 2 0.2281 0.8703 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2049622 3 0.1302 0.8723 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049620 3 0.4830 0.2757 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.4609 0.7456 0.000 0.752 0.024 0.224
#> SRR2049617 2 0.4888 0.2656 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.2844 0.9067 0.000 0.900 0.048 0.052
#> SRR2049614 2 0.2611 0.8935 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR2049613 2 0.4040 0.7387 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR2049612 3 0.3400 0.7867 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR2049611 1 0.1256 0.9031 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR2049610 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.3801 0.6572 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR2049607 2 0.3172 0.8576 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR2049606 3 0.3074 0.8115 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR2049605 3 0.1284 0.8728 0.024 0.012 0.964 0.000
#> SRR2049604 3 0.1022 0.8676 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.4643 0.4995 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 3 0.3528 0.7759 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR2049597 3 0.4624 0.5197 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR2049596 1 0.3569 0.7510 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049595 3 0.1557 0.8583 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR2049594 1 0.0592 0.9099 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049593 3 0.2647 0.8356 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.3569 0.7510 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.3569 0.7510 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049588 1 0.0707 0.9079 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049586 3 0.1557 0.8583 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR2049585 3 0.2589 0.8393 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR2049584 3 0.3356 0.7915 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.2149 0.8738 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049788 2 0.1411 0.9105 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR2049787 2 0.3128 0.9004 0.000 0.884 0.040 0.076
#> SRR2049786 2 0.2281 0.8922 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR2049785 2 0.1211 0.9036 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049784 1 0.5296 0.0600 0.500 0.008 0.492 0.000
#> SRR2049783 2 0.2859 0.8888 0.000 0.880 0.112 0.008
#> SRR2049782 4 0.2011 0.9030 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR2049781 2 0.1211 0.9036 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049780 2 0.1305 0.9103 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR2049779 2 0.1356 0.9108 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR2049778 1 0.4482 0.6925 0.728 0.008 0.264 0.000
#> SRR2049777 2 0.1356 0.9079 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR2049776 3 0.2675 0.8419 0.100 0.008 0.892 0.000
#> SRR2049775 2 0.1302 0.9018 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049774 3 0.1284 0.8728 0.024 0.012 0.964 0.000
#> SRR2049773 2 0.1356 0.9079 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR2049772 3 0.3444 0.7850 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR2049771 2 0.2081 0.8967 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2049770 3 0.0707 0.8639 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2049769 4 0.3801 0.7391 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR2049768 4 0.4916 0.3062 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR2049767 2 0.3123 0.8614 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR2049766 3 0.1256 0.8734 0.028 0.008 0.964 0.000
#> SRR2049765 2 0.1716 0.8909 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049764 2 0.0672 0.9041 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2049763 4 0.0592 0.9464 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 4 0.1474 0.9242 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2049760 1 0.0188 0.9141 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049759 2 0.2281 0.8703 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0707 0.9079 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049755 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2049757 2 0.1624 0.9116 0.000 0.952 0.020 0.028
#> SRR2049754 3 0.1118 0.8669 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049752 3 0.0779 0.8724 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR2049751 2 0.3647 0.8833 0.000 0.852 0.040 0.108
#> SRR2049749 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.2345 0.8681 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR2049750 1 0.3606 0.8276 0.840 0.020 0.140 0.000
#> SRR2049748 2 0.2647 0.8842 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR2049744 3 0.4804 0.4543 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR2049743 2 0.0672 0.9041 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.1302 0.8723 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049741 3 0.1118 0.8669 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049738 4 0.0469 0.9483 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049737 1 0.5288 0.1764 0.520 0.008 0.472 0.000
#> SRR2049739 2 0.1411 0.9105 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR2049740 3 0.1118 0.8669 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049736 3 0.1474 0.8604 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR2049735 4 0.4008 0.7029 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.1820 0.8915 0.944 0.020 0.036 0.000
#> SRR2049734 2 0.1356 0.9108 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR2049733 3 0.1557 0.8583 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR2049731 2 0.2647 0.8842 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR2049729 1 0.1256 0.9031 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR2049727 1 0.2530 0.8435 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.1820 0.8915 0.944 0.020 0.036 0.000
#> SRR2049726 2 0.2281 0.8703 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.1256 0.9031 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR2049719 2 0.3074 0.8645 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 3 0.2408 0.8486 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.4553 0.7805 0.780 0.040 0.180 0.000
#> SRR2049717 2 0.2563 0.9056 0.000 0.908 0.072 0.020
#> SRR2049715 4 0.0469 0.9483 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049714 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049713 3 0.3444 0.7829 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR2049712 2 0.4158 0.7801 0.000 0.768 0.224 0.008
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.3610 0.7456 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 3 0.3074 0.8115 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 3 0.1474 0.8604 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR2049700 3 0.4996 -0.0607 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR2049701 3 0.3400 0.7867 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR2049699 3 0.1118 0.8669 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0592 0.9099 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049696 1 0.0469 0.9119 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049694 3 0.0927 0.8726 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR2049693 4 0.4897 0.4548 0.000 0.332 0.008 0.660
#> SRR2049695 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.3196 0.8317 0.856 0.008 0.136 0.000
#> SRR2049692 3 0.1557 0.8583 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.1557 0.8583 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0707 0.9079 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 3 0.1557 0.8583 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 3 0.1118 0.8669 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049680 2 0.4300 0.8689 0.000 0.820 0.088 0.092
#> SRR2049681 2 0.2773 0.8866 0.000 0.880 0.116 0.004
#> SRR2049678 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049675 3 0.1211 0.8727 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR2049677 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049674 3 0.1118 0.8669 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 3 0.1109 0.8733 0.028 0.004 0.968 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 3 0.1284 0.8728 0.024 0.012 0.964 0.000
#> SRR2049669 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.2469 0.8114 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR2049665 3 0.1211 0.8599 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.1118 0.8722 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.1256 0.9031 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR2049662 1 0.2814 0.8354 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR2049659 4 0.0000 0.9532 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049657 3 0.3528 0.7736 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR2049658 3 0.1211 0.8727 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR2049655 1 0.2319 0.8777 0.924 0.040 0.036 0.000
#> SRR2049656 1 0.3569 0.7510 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049654 3 0.3837 0.7334 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR2049652 1 0.3982 0.7226 0.776 0.004 0.220 0.000
#> SRR2049653 4 0.0707 0.9443 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049649 1 0.4406 0.5939 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR2049650 1 0.4955 0.5296 0.648 0.008 0.344 0.000
#> SRR2049651 2 0.3266 0.8503 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR2049647 3 0.1302 0.8723 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049648 1 0.1256 0.9031 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR2049646 2 0.1716 0.8939 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049644 3 0.4761 0.3336 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9152 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.1256 0.9031 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR2049641 3 0.2944 0.8252 0.128 0.004 0.868 0.000
#> SRR2049639 2 0.2271 0.9008 0.000 0.916 0.076 0.008
#> SRR2049638 1 0.0895 0.9076 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR2049640 1 0.2342 0.8881 0.912 0.008 0.080 0.000
#> SRR2049636 4 0.1474 0.9242 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2049635 1 0.1792 0.8787 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049637 2 0.2216 0.8736 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2049634 3 0.5000 0.0092 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR2049633 2 0.4057 0.8482 0.000 0.812 0.160 0.028
#> SRR2049632 2 0.1305 0.9103 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR2049631 4 0.2011 0.9030 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR2049630 2 0.1356 0.9108 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR2049628 3 0.0469 0.8687 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2049629 2 0.0524 0.9052 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2049627 3 0.1940 0.8509 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR2049626 3 0.2408 0.8452 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR2049625 3 0.1557 0.8583 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR2049624 3 0.4800 0.5025 0.340 0.004 0.656 0.000
#> SRR2049623 3 0.1557 0.8583 0.000 0.056 0.944 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.6202 0.29327 0.148 0.000 0.496 0.000 0.356
#> SRR2049621 2 0.3608 0.74506 0.000 0.812 0.000 0.040 0.148
#> SRR2049622 3 0.3966 0.53939 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR2049620 3 0.3789 0.39558 0.000 0.224 0.760 0.000 0.016
#> SRR2049619 1 0.3366 0.51213 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049618 2 0.6747 0.62387 0.000 0.564 0.260 0.124 0.052
#> SRR2049617 2 0.4334 0.68893 0.000 0.768 0.000 0.092 0.140
#> SRR2049616 1 0.0000 0.63343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.3691 0.78583 0.000 0.820 0.104 0.000 0.076
#> SRR2049614 2 0.4827 0.73746 0.000 0.724 0.116 0.000 0.160
#> SRR2049613 2 0.6373 0.35597 0.000 0.424 0.164 0.000 0.412
#> SRR2049612 3 0.5988 0.35520 0.120 0.000 0.516 0.000 0.364
#> SRR2049611 1 0.3966 0.23296 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR2049610 4 0.0404 0.91932 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049609 1 0.1851 0.61483 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049608 3 0.3183 0.49536 0.000 0.156 0.828 0.000 0.016
#> SRR2049607 2 0.4807 0.45924 0.000 0.532 0.448 0.000 0.020
#> SRR2049606 3 0.5193 0.46495 0.052 0.000 0.584 0.000 0.364
#> SRR2049605 3 0.1851 0.63270 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049604 3 0.2629 0.62297 0.000 0.004 0.860 0.000 0.136
#> SRR2049603 1 0.0000 0.63343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.6575 -0.16000 0.424 0.000 0.208 0.000 0.368
#> SRR2049601 1 0.3684 0.46574 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2049600 1 0.0000 0.63343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.63343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 3 0.5547 0.43411 0.080 0.000 0.564 0.000 0.356
#> SRR2049597 3 0.6434 0.14805 0.176 0.000 0.432 0.000 0.392
#> SRR2049596 1 0.5343 0.25712 0.592 0.000 0.068 0.000 0.340
#> SRR2049595 3 0.1522 0.59735 0.000 0.044 0.944 0.000 0.012
#> SRR2049594 1 0.1544 0.58454 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049593 3 0.4687 0.51512 0.028 0.000 0.636 0.000 0.336
#> SRR2049592 1 0.1121 0.63514 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049591 1 0.5232 0.27289 0.600 0.000 0.060 0.000 0.340
#> SRR2049590 1 0.3816 0.43405 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049589 1 0.5396 0.24837 0.588 0.000 0.072 0.000 0.340
#> SRR2049588 1 0.4339 0.41293 0.684 0.000 0.020 0.000 0.296
#> SRR2049586 3 0.1764 0.58439 0.000 0.064 0.928 0.000 0.008
#> SRR2049585 3 0.5002 0.48151 0.040 0.000 0.596 0.000 0.364
#> SRR2049584 3 0.5447 0.44586 0.072 0.000 0.572 0.000 0.356
#> SRR2049583 1 0.0000 0.63343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.3053 0.75736 0.000 0.828 0.000 0.008 0.164
#> SRR2049788 2 0.1671 0.78645 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049787 2 0.3967 0.78562 0.000 0.808 0.124 0.008 0.060
#> SRR2049786 2 0.5520 0.53177 0.000 0.560 0.076 0.000 0.364
#> SRR2049785 2 0.2127 0.77527 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049784 5 0.5841 0.39695 0.148 0.000 0.256 0.000 0.596
#> SRR2049783 2 0.3368 0.77240 0.000 0.820 0.156 0.000 0.024
#> SRR2049782 4 0.4411 0.79971 0.000 0.120 0.000 0.764 0.116
#> SRR2049781 2 0.2179 0.77495 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2049780 2 0.2046 0.79633 0.000 0.916 0.016 0.000 0.068
#> SRR2049779 2 0.1124 0.79508 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR2049778 5 0.5556 0.51446 0.276 0.000 0.108 0.000 0.616
#> SRR2049777 2 0.2863 0.79766 0.000 0.876 0.064 0.000 0.060
#> SRR2049776 3 0.4817 0.46301 0.024 0.000 0.572 0.000 0.404
#> SRR2049775 2 0.2127 0.77527 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049774 3 0.2966 0.61260 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR2049773 2 0.1282 0.79341 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR2049772 3 0.5547 0.43627 0.080 0.000 0.564 0.000 0.356
#> SRR2049771 2 0.4609 0.75090 0.000 0.744 0.104 0.000 0.152
#> SRR2049770 3 0.5114 0.00501 0.000 0.036 0.492 0.000 0.472
#> SRR2049769 4 0.5795 0.55106 0.000 0.268 0.000 0.596 0.136
#> SRR2049768 2 0.5940 0.33907 0.000 0.568 0.000 0.292 0.140
#> SRR2049767 2 0.4803 0.46178 0.000 0.536 0.444 0.000 0.020
#> SRR2049766 3 0.2127 0.63134 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR2049765 2 0.2270 0.79508 0.000 0.904 0.020 0.000 0.076
#> SRR2049764 2 0.3327 0.76809 0.000 0.828 0.028 0.000 0.144
#> SRR2049763 4 0.3459 0.85840 0.000 0.052 0.000 0.832 0.116
#> SRR2049762 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.3861 0.84282 0.000 0.068 0.000 0.804 0.128
#> SRR2049760 1 0.0162 0.63111 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049759 2 0.2798 0.75978 0.000 0.852 0.000 0.008 0.140
#> SRR2049758 1 0.0000 0.63343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.4235 0.37890 0.656 0.000 0.008 0.000 0.336
#> SRR2049755 2 0.1648 0.80135 0.000 0.940 0.040 0.000 0.020
#> SRR2049757 2 0.3267 0.79102 0.000 0.844 0.112 0.000 0.044
#> SRR2049754 3 0.2563 0.62493 0.000 0.008 0.872 0.000 0.120
#> SRR2049752 3 0.3508 0.58756 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR2049751 2 0.4658 0.78374 0.000 0.780 0.108 0.036 0.076
#> SRR2049749 4 0.1628 0.91051 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056
#> SRR2049753 2 0.4037 0.74317 0.000 0.796 0.012 0.040 0.152
#> SRR2049750 5 0.4824 0.11600 0.468 0.000 0.020 0.000 0.512
#> SRR2049748 2 0.3456 0.75990 0.000 0.800 0.184 0.000 0.016
#> SRR2049744 3 0.6483 0.18950 0.192 0.000 0.452 0.000 0.356
#> SRR2049743 2 0.3013 0.76743 0.000 0.832 0.008 0.000 0.160
#> SRR2049745 1 0.0000 0.63343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.1121 0.63514 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049742 3 0.3966 0.53743 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR2049741 3 0.0451 0.61894 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR2049738 4 0.3601 0.85402 0.000 0.052 0.000 0.820 0.128
#> SRR2049737 5 0.5638 0.53113 0.152 0.000 0.216 0.000 0.632
#> SRR2049739 2 0.1386 0.80343 0.000 0.952 0.032 0.000 0.016
#> SRR2049740 3 0.0693 0.62169 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR2049736 3 0.1830 0.61080 0.000 0.040 0.932 0.000 0.028
#> SRR2049735 2 0.6191 -0.10604 0.000 0.436 0.000 0.428 0.136
#> SRR2049732 1 0.0000 0.63343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.4161 0.13622 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2049734 2 0.1364 0.80143 0.000 0.952 0.036 0.000 0.012
#> SRR2049733 3 0.2209 0.59423 0.000 0.056 0.912 0.000 0.032
#> SRR2049731 2 0.3209 0.76404 0.000 0.812 0.180 0.000 0.008
#> SRR2049729 1 0.3966 0.24350 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR2049727 1 0.5343 0.26572 0.592 0.000 0.068 0.000 0.340
#> SRR2049728 1 0.3750 0.50266 0.756 0.000 0.012 0.000 0.232
#> SRR2049725 1 0.4242 0.05902 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2049726 2 0.2886 0.75789 0.000 0.844 0.000 0.008 0.148
#> SRR2049724 1 0.1121 0.63514 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049723 1 0.1851 0.61483 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049720 1 0.4126 0.15402 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR2049719 2 0.4481 0.52169 0.000 0.576 0.416 0.000 0.008
#> SRR2049722 1 0.1121 0.63514 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049721 3 0.5708 0.43528 0.112 0.000 0.588 0.000 0.300
#> SRR2049716 1 0.0000 0.63343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 5 0.5455 0.24616 0.388 0.016 0.036 0.000 0.560
#> SRR2049717 2 0.4088 0.76962 0.000 0.776 0.168 0.000 0.056
#> SRR2049715 4 0.3164 0.86684 0.000 0.044 0.000 0.852 0.104
#> SRR2049714 4 0.0404 0.91932 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049713 3 0.5878 0.39453 0.120 0.000 0.556 0.000 0.324
#> SRR2049712 3 0.4948 -0.28485 0.000 0.436 0.536 0.000 0.028
#> SRR2049711 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0963 0.91644 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049709 1 0.1121 0.63514 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049707 4 0.0404 0.91932 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049708 1 0.1121 0.63514 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049706 1 0.5708 0.17752 0.556 0.000 0.096 0.000 0.348
#> SRR2049705 1 0.1121 0.63514 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049704 3 0.5663 0.41653 0.088 0.000 0.548 0.000 0.364
#> SRR2049702 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.1117 0.61192 0.000 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR2049700 3 0.3906 0.36111 0.000 0.240 0.744 0.000 0.016
#> SRR2049701 3 0.5459 0.43670 0.072 0.000 0.568 0.000 0.360
#> SRR2049699 3 0.1121 0.62848 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049697 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.1792 0.57063 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049696 1 0.2127 0.55062 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049694 3 0.1732 0.63275 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR2049693 4 0.6286 0.40798 0.000 0.260 0.092 0.604 0.044
#> SRR2049695 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.5459 -0.23564 0.472 0.000 0.060 0.000 0.468
#> SRR2049692 3 0.2124 0.59426 0.000 0.056 0.916 0.000 0.028
#> SRR2049689 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.3074 0.54112 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049688 3 0.1408 0.60194 0.000 0.044 0.948 0.000 0.008
#> SRR2049687 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.4697 0.38319 0.660 0.000 0.036 0.000 0.304
#> SRR2049685 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.1701 0.58974 0.000 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR2049683 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.0794 0.62674 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049680 2 0.5732 0.54880 0.000 0.544 0.388 0.020 0.048
#> SRR2049681 2 0.3789 0.74280 0.000 0.768 0.212 0.000 0.020
#> SRR2049678 4 0.1557 0.91186 0.000 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR2049679 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.1557 0.91186 0.000 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR2049675 3 0.2605 0.62533 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR2049677 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.0794 0.62674 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049672 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.2230 0.62949 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049670 4 0.0000 0.92226 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.1792 0.63303 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049669 4 0.1121 0.91604 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2049667 1 0.0693 0.62820 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR2049666 3 0.2920 0.51764 0.000 0.132 0.852 0.000 0.016
#> SRR2049665 5 0.5457 -0.01955 0.000 0.060 0.460 0.000 0.480
#> SRR2049664 1 0.3885 0.46861 0.724 0.000 0.008 0.000 0.268
#> SRR2049661 3 0.3521 0.59280 0.004 0.000 0.764 0.000 0.232
#> SRR2049663 1 0.0000 0.63343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.4192 0.10206 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2049662 1 0.5396 0.03395 0.560 0.000 0.064 0.000 0.376
#> SRR2049659 4 0.1270 0.91415 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049657 3 0.6157 0.31621 0.140 0.000 0.496 0.000 0.364
#> SRR2049658 3 0.3586 0.57806 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR2049655 1 0.4273 0.02715 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR2049656 1 0.5343 0.25712 0.592 0.000 0.068 0.000 0.340
#> SRR2049654 3 0.6455 0.21171 0.188 0.000 0.460 0.000 0.352
#> SRR2049652 5 0.6206 0.39959 0.296 0.000 0.172 0.000 0.532
#> SRR2049653 4 0.4025 0.83551 0.000 0.076 0.000 0.792 0.132
#> SRR2049649 1 0.6041 0.08537 0.516 0.000 0.128 0.000 0.356
#> SRR2049650 5 0.6153 0.53646 0.232 0.000 0.208 0.000 0.560
#> SRR2049651 2 0.4856 0.55730 0.000 0.584 0.388 0.000 0.028
#> SRR2049647 3 0.3837 0.55313 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR2049648 1 0.3895 0.26239 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR2049646 2 0.2206 0.79862 0.000 0.912 0.016 0.004 0.068
#> SRR2049644 3 0.3812 0.42075 0.000 0.204 0.772 0.000 0.024
#> SRR2049645 1 0.0404 0.63475 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049643 1 0.3999 0.22084 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR2049641 3 0.5159 0.43773 0.044 0.000 0.556 0.000 0.400
#> SRR2049639 2 0.4335 0.75169 0.000 0.760 0.072 0.000 0.168
#> SRR2049638 1 0.3816 0.29311 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049640 5 0.5236 0.35463 0.380 0.000 0.052 0.000 0.568
#> SRR2049636 4 0.3861 0.84282 0.000 0.068 0.000 0.804 0.128
#> SRR2049635 1 0.5480 0.19314 0.560 0.000 0.072 0.000 0.368
#> SRR2049637 2 0.3692 0.75124 0.000 0.812 0.008 0.028 0.152
#> SRR2049634 3 0.6527 0.10357 0.196 0.000 0.428 0.000 0.376
#> SRR2049633 2 0.5472 0.47930 0.000 0.512 0.436 0.008 0.044
#> SRR2049632 2 0.2228 0.79830 0.000 0.912 0.040 0.000 0.048
#> SRR2049631 4 0.4545 0.78421 0.000 0.132 0.000 0.752 0.116
#> SRR2049630 2 0.1444 0.79866 0.000 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR2049628 3 0.1121 0.62349 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049629 2 0.3037 0.78621 0.000 0.860 0.040 0.000 0.100
#> SRR2049627 3 0.4666 0.48955 0.000 0.056 0.704 0.000 0.240
#> SRR2049626 3 0.5113 0.45509 0.044 0.000 0.576 0.000 0.380
#> SRR2049625 3 0.1357 0.59734 0.000 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR2049624 3 0.6847 0.06736 0.220 0.008 0.428 0.000 0.344
#> SRR2049623 3 0.1557 0.59158 0.000 0.052 0.940 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.1410 0.70345 0.944 0.000 0.044 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049621 2 0.4039 0.65317 0.000 0.788 0.064 0.032 0.116 0.000
#> SRR2049622 1 0.2320 0.62672 0.864 0.000 0.132 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049620 3 0.1970 0.66589 0.060 0.028 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049619 1 0.5954 -0.32111 0.408 0.000 0.000 0.000 0.372 0.220
#> SRR2049618 3 0.5592 0.16771 0.000 0.232 0.628 0.080 0.060 0.000
#> SRR2049617 2 0.2971 0.62910 0.000 0.844 0.000 0.052 0.104 0.000
#> SRR2049616 6 0.5058 0.29022 0.076 0.000 0.000 0.000 0.424 0.500
#> SRR2049615 2 0.5805 0.61233 0.000 0.488 0.300 0.000 0.212 0.000
#> SRR2049614 2 0.6446 0.50724 0.000 0.372 0.272 0.000 0.340 0.016
#> SRR2049613 5 0.7635 -0.20023 0.008 0.136 0.212 0.000 0.336 0.308
#> SRR2049612 1 0.0260 0.71424 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049611 6 0.0622 0.32964 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR2049610 4 0.0508 0.86111 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR2049609 6 0.5659 0.15718 0.152 0.000 0.000 0.000 0.420 0.428
#> SRR2049608 3 0.1802 0.67688 0.072 0.012 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049607 3 0.2553 0.50800 0.000 0.144 0.848 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049606 1 0.2263 0.69129 0.896 0.000 0.056 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049605 3 0.5134 0.45565 0.388 0.000 0.524 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049604 1 0.4291 -0.15033 0.548 0.000 0.436 0.000 0.008 0.008
#> SRR2049603 6 0.5175 0.27899 0.088 0.000 0.000 0.000 0.420 0.492
#> SRR2049602 1 0.2277 0.67058 0.892 0.000 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR2049601 1 0.5142 0.27890 0.624 0.000 0.000 0.000 0.204 0.172
#> SRR2049600 6 0.5058 0.29022 0.076 0.000 0.000 0.000 0.424 0.500
#> SRR2049599 6 0.5167 0.28167 0.088 0.000 0.000 0.000 0.412 0.500
#> SRR2049598 1 0.1493 0.69584 0.936 0.000 0.056 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049597 1 0.1391 0.71537 0.944 0.000 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR2049596 1 0.3857 0.54880 0.768 0.000 0.000 0.000 0.152 0.080
#> SRR2049595 3 0.3012 0.73609 0.196 0.000 0.796 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049594 6 0.4199 0.30162 0.020 0.000 0.000 0.000 0.380 0.600
#> SRR2049593 1 0.2149 0.66101 0.888 0.000 0.104 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049592 6 0.5531 0.21693 0.132 0.000 0.000 0.000 0.416 0.452
#> SRR2049591 1 0.3991 0.53431 0.756 0.000 0.000 0.000 0.156 0.088
#> SRR2049590 1 0.5156 0.24817 0.612 0.000 0.000 0.000 0.244 0.144
#> SRR2049589 1 0.3907 0.54570 0.764 0.000 0.000 0.000 0.152 0.084
#> SRR2049588 1 0.5269 0.30375 0.596 0.000 0.000 0.000 0.248 0.156
#> SRR2049586 3 0.2378 0.72746 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.1398 0.69894 0.940 0.000 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049584 1 0.1606 0.69669 0.932 0.000 0.056 0.000 0.008 0.004
#> SRR2049583 6 0.5058 0.29022 0.076 0.000 0.000 0.000 0.424 0.500
#> SRR2049789 2 0.3624 0.62751 0.000 0.784 0.060 0.000 0.156 0.000
#> SRR2049788 2 0.2537 0.72350 0.000 0.872 0.096 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049787 2 0.5035 0.59089 0.000 0.556 0.360 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049786 5 0.7595 -0.28218 0.000 0.200 0.200 0.000 0.340 0.260
#> SRR2049785 2 0.1719 0.70001 0.000 0.924 0.016 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049784 1 0.3789 0.59367 0.716 0.000 0.000 0.000 0.024 0.260
#> SRR2049783 2 0.4310 0.51023 0.000 0.540 0.440 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049782 4 0.5016 0.59195 0.000 0.324 0.000 0.584 0.092 0.000
#> SRR2049781 2 0.1719 0.70001 0.000 0.924 0.016 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049780 2 0.4023 0.71241 0.000 0.756 0.144 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049779 2 0.2669 0.72136 0.000 0.836 0.156 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049778 6 0.4399 -0.01977 0.352 0.000 0.004 0.000 0.028 0.616
#> SRR2049777 2 0.4859 0.65175 0.000 0.612 0.304 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049776 1 0.2959 0.67839 0.868 0.000 0.056 0.000 0.028 0.048
#> SRR2049775 2 0.1528 0.69987 0.000 0.936 0.016 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049774 1 0.4160 0.34930 0.684 0.000 0.284 0.000 0.024 0.008
#> SRR2049773 2 0.2257 0.72581 0.000 0.876 0.116 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049772 1 0.1493 0.69584 0.936 0.000 0.056 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049771 2 0.6182 0.51660 0.000 0.392 0.264 0.000 0.340 0.004
#> SRR2049770 6 0.7157 -0.12039 0.172 0.000 0.236 0.000 0.144 0.448
#> SRR2049769 2 0.5203 -0.02483 0.000 0.548 0.000 0.348 0.104 0.000
#> SRR2049768 2 0.3566 0.58130 0.000 0.800 0.000 0.096 0.104 0.000
#> SRR2049767 3 0.2743 0.47546 0.000 0.164 0.828 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049766 1 0.5162 -0.14641 0.504 0.000 0.408 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049765 2 0.5488 0.65066 0.000 0.568 0.216 0.000 0.216 0.000
#> SRR2049764 2 0.5823 0.54783 0.000 0.468 0.200 0.000 0.332 0.000
#> SRR2049763 4 0.4769 0.66990 0.000 0.264 0.000 0.644 0.092 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.86380 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.4969 0.64655 0.000 0.280 0.000 0.616 0.104 0.000
#> SRR2049760 6 0.4925 0.28963 0.064 0.000 0.000 0.000 0.424 0.512
#> SRR2049759 2 0.2070 0.67478 0.000 0.896 0.012 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049758 6 0.5058 0.29022 0.076 0.000 0.000 0.000 0.424 0.500
#> SRR2049756 1 0.4442 0.45884 0.712 0.000 0.000 0.000 0.168 0.120
#> SRR2049755 2 0.4130 0.68258 0.000 0.696 0.260 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049757 2 0.4879 0.57399 0.000 0.544 0.392 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049754 3 0.4702 0.47128 0.408 0.000 0.552 0.000 0.032 0.008
#> SRR2049752 1 0.4518 0.38671 0.672 0.000 0.264 0.000 0.060 0.004
#> SRR2049751 2 0.5367 0.59861 0.000 0.564 0.332 0.012 0.092 0.000
#> SRR2049749 4 0.3462 0.81268 0.000 0.080 0.016 0.828 0.076 0.000
#> SRR2049753 2 0.3949 0.66530 0.000 0.784 0.088 0.012 0.116 0.000
#> SRR2049750 6 0.3707 0.20449 0.056 0.000 0.004 0.000 0.156 0.784
#> SRR2049748 2 0.4161 0.50298 0.000 0.540 0.448 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049744 1 0.0984 0.71385 0.968 0.000 0.012 0.000 0.008 0.012
#> SRR2049743 2 0.5255 0.59543 0.000 0.588 0.140 0.000 0.272 0.000
#> SRR2049745 6 0.5058 0.29022 0.076 0.000 0.000 0.000 0.424 0.500
#> SRR2049747 6 0.5531 0.21693 0.132 0.000 0.000 0.000 0.416 0.452
#> SRR2049742 1 0.3806 0.58734 0.776 0.000 0.136 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049741 3 0.4044 0.69565 0.256 0.000 0.704 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049738 4 0.4873 0.66304 0.000 0.268 0.000 0.632 0.100 0.000
#> SRR2049737 1 0.5052 0.40802 0.532 0.000 0.000 0.000 0.080 0.388
#> SRR2049739 2 0.3665 0.69419 0.000 0.728 0.252 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049740 3 0.3766 0.71542 0.232 0.000 0.736 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049736 3 0.3743 0.70422 0.252 0.000 0.724 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049735 2 0.4647 0.44421 0.000 0.704 0.008 0.184 0.104 0.000
#> SRR2049732 6 0.5058 0.29022 0.076 0.000 0.000 0.000 0.424 0.500
#> SRR2049730 6 0.1151 0.31370 0.012 0.000 0.000 0.000 0.032 0.956
#> SRR2049734 2 0.3512 0.68947 0.000 0.720 0.272 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049733 3 0.3704 0.72955 0.204 0.004 0.764 0.000 0.024 0.004
#> SRR2049731 2 0.4169 0.49467 0.000 0.532 0.456 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049729 6 0.0806 0.32820 0.020 0.000 0.000 0.000 0.008 0.972
#> SRR2049727 1 0.4954 0.41767 0.628 0.000 0.000 0.000 0.260 0.112
#> SRR2049728 5 0.5930 -0.02075 0.240 0.000 0.000 0.000 0.456 0.304
#> SRR2049725 6 0.1890 0.29078 0.024 0.000 0.000 0.000 0.060 0.916
#> SRR2049726 2 0.1814 0.67450 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049724 6 0.5531 0.21693 0.132 0.000 0.000 0.000 0.416 0.452
#> SRR2049723 6 0.5659 0.14884 0.152 0.000 0.000 0.000 0.424 0.424
#> SRR2049720 6 0.0632 0.32214 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2049719 3 0.3512 0.30702 0.004 0.248 0.740 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049722 6 0.5531 0.21693 0.132 0.000 0.000 0.000 0.416 0.452
#> SRR2049721 1 0.3518 0.63558 0.804 0.000 0.092 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049716 6 0.5058 0.29022 0.076 0.000 0.000 0.000 0.424 0.500
#> SRR2049718 6 0.4950 0.11577 0.064 0.004 0.024 0.000 0.228 0.680
#> SRR2049717 2 0.5027 0.49288 0.000 0.488 0.440 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049715 4 0.4684 0.67976 0.000 0.256 0.000 0.656 0.088 0.000
#> SRR2049714 4 0.0508 0.86111 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR2049713 1 0.2752 0.68050 0.864 0.000 0.036 0.000 0.096 0.004
#> SRR2049712 3 0.2164 0.59355 0.000 0.068 0.900 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049711 4 0.0146 0.86362 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049710 4 0.1503 0.85013 0.000 0.008 0.016 0.944 0.032 0.000
#> SRR2049709 6 0.5480 0.21462 0.124 0.000 0.000 0.000 0.432 0.444
#> SRR2049707 4 0.0508 0.86111 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR2049708 6 0.5531 0.21693 0.132 0.000 0.000 0.000 0.416 0.452
#> SRR2049706 1 0.3548 0.58200 0.796 0.000 0.000 0.000 0.136 0.068
#> SRR2049705 6 0.5531 0.21693 0.132 0.000 0.000 0.000 0.416 0.452
#> SRR2049704 1 0.0508 0.71388 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.86380 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.4357 0.69631 0.224 0.000 0.700 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049700 3 0.1908 0.66207 0.056 0.028 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.2608 0.68131 0.872 0.000 0.048 0.000 0.080 0.000
#> SRR2049699 3 0.4859 0.60805 0.304 0.000 0.612 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049697 4 0.0146 0.86362 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049698 6 0.4155 0.30363 0.020 0.000 0.000 0.000 0.364 0.616
#> SRR2049696 6 0.3489 0.31101 0.004 0.000 0.000 0.000 0.288 0.708
#> SRR2049694 3 0.5167 0.40782 0.412 0.000 0.500 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049693 4 0.6381 0.15781 0.000 0.160 0.332 0.468 0.040 0.000
#> SRR2049695 4 0.0146 0.86362 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049691 6 0.5003 0.08876 0.320 0.000 0.000 0.000 0.092 0.588
#> SRR2049692 3 0.3432 0.72722 0.216 0.000 0.764 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.86380 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 5 0.5988 -0.08905 0.236 0.000 0.000 0.000 0.416 0.348
#> SRR2049688 3 0.3376 0.72664 0.220 0.000 0.764 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.86380 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.5607 0.20609 0.532 0.000 0.000 0.000 0.284 0.184
#> SRR2049685 4 0.0000 0.86380 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.3450 0.73455 0.188 0.000 0.780 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.86380 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.4843 0.61423 0.300 0.000 0.616 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049680 3 0.4038 0.31378 0.000 0.216 0.728 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049681 3 0.4067 -0.32971 0.000 0.444 0.548 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049678 4 0.2895 0.82926 0.000 0.064 0.016 0.868 0.052 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.86380 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.3296 0.81865 0.000 0.064 0.016 0.840 0.080 0.000
#> SRR2049675 1 0.5127 -0.03994 0.528 0.000 0.384 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049677 4 0.0260 0.86349 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049674 3 0.4781 0.62257 0.296 0.000 0.624 0.000 0.080 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.86380 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.86380 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.5152 0.42055 0.400 0.000 0.512 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049670 4 0.0146 0.86362 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049668 3 0.5095 0.49798 0.368 0.000 0.544 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049669 4 0.2045 0.84460 0.000 0.016 0.016 0.916 0.052 0.000
#> SRR2049667 5 0.5226 -0.34080 0.092 0.000 0.000 0.000 0.460 0.448
#> SRR2049666 3 0.1957 0.70624 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049665 6 0.6666 -0.02682 0.056 0.004 0.240 0.000 0.200 0.500
#> SRR2049664 5 0.5972 -0.00487 0.268 0.000 0.000 0.000 0.448 0.284
#> SRR2049661 1 0.4133 0.47938 0.732 0.000 0.220 0.000 0.024 0.024
#> SRR2049663 6 0.5058 0.29022 0.076 0.000 0.000 0.000 0.424 0.500
#> SRR2049660 6 0.1657 0.29982 0.056 0.000 0.000 0.000 0.016 0.928
#> SRR2049662 6 0.5675 0.07318 0.344 0.000 0.000 0.000 0.168 0.488
#> SRR2049659 4 0.2913 0.82810 0.000 0.036 0.012 0.860 0.092 0.000
#> SRR2049657 1 0.0713 0.71346 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049658 1 0.4311 0.49590 0.716 0.000 0.196 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049655 6 0.2692 0.23511 0.012 0.000 0.000 0.000 0.148 0.840
#> SRR2049656 1 0.3956 0.54038 0.760 0.000 0.000 0.000 0.152 0.088
#> SRR2049654 1 0.1075 0.70468 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049652 1 0.2994 0.62229 0.788 0.000 0.000 0.000 0.004 0.208
#> SRR2049653 4 0.5407 0.64967 0.000 0.260 0.016 0.608 0.116 0.000
#> SRR2049649 1 0.3354 0.59600 0.812 0.000 0.000 0.000 0.128 0.060
#> SRR2049650 1 0.5067 0.45613 0.556 0.000 0.000 0.000 0.088 0.356
#> SRR2049651 3 0.2994 0.37438 0.000 0.208 0.788 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049647 1 0.4050 0.57038 0.752 0.000 0.152 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049648 6 0.0603 0.33027 0.004 0.000 0.000 0.000 0.016 0.980
#> SRR2049646 2 0.4361 0.70439 0.000 0.724 0.196 0.008 0.072 0.000
#> SRR2049644 3 0.2637 0.68968 0.088 0.024 0.876 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049645 6 0.5246 0.26778 0.096 0.000 0.000 0.000 0.416 0.488
#> SRR2049643 6 0.0622 0.32964 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR2049641 1 0.2897 0.68228 0.872 0.000 0.052 0.000 0.028 0.048
#> SRR2049639 2 0.6343 0.52137 0.000 0.416 0.232 0.000 0.336 0.016
#> SRR2049638 6 0.1765 0.33029 0.024 0.000 0.000 0.000 0.052 0.924
#> SRR2049640 6 0.4032 -0.06197 0.420 0.000 0.000 0.000 0.008 0.572
#> SRR2049636 4 0.5003 0.63776 0.000 0.288 0.000 0.608 0.104 0.000
#> SRR2049635 1 0.3544 0.58260 0.800 0.000 0.000 0.000 0.120 0.080
#> SRR2049637 2 0.3852 0.66885 0.000 0.788 0.088 0.008 0.116 0.000
#> SRR2049634 1 0.2888 0.70302 0.852 0.000 0.000 0.000 0.092 0.056
#> SRR2049633 3 0.3612 0.42206 0.000 0.168 0.780 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049632 2 0.4707 0.68682 0.000 0.672 0.216 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049631 4 0.4996 0.62029 0.000 0.296 0.000 0.604 0.100 0.000
#> SRR2049630 2 0.2762 0.71547 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 3 0.5491 0.61919 0.276 0.000 0.604 0.000 0.088 0.032
#> SRR2049629 2 0.5833 0.60056 0.000 0.492 0.256 0.000 0.252 0.000
#> SRR2049627 3 0.6183 0.47680 0.268 0.008 0.524 0.000 0.184 0.016
#> SRR2049626 1 0.3997 0.65345 0.800 0.000 0.064 0.000 0.084 0.052
#> SRR2049625 3 0.3043 0.73485 0.200 0.000 0.792 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049624 1 0.4885 0.63910 0.728 0.000 0.120 0.000 0.088 0.064
#> SRR2049623 3 0.3377 0.73481 0.188 0.000 0.784 0.000 0.028 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.968 0.987 0.5000 0.501 0.501
#> 3 3 0.795 0.886 0.920 0.2148 0.880 0.764
#> 4 4 0.706 0.717 0.842 0.1296 0.920 0.800
#> 5 5 0.734 0.662 0.802 0.0991 0.867 0.620
#> 6 6 0.720 0.650 0.819 0.0522 0.901 0.642
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049620 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049619 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049613 2 0.760 0.715 0.220 0.780
#> SRR2049612 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049607 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049595 2 0.204 0.957 0.032 0.968
#> SRR2049594 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049586 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049585 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049785 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049770 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049766 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049757 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.204 0.956 0.968 0.032
#> SRR2049738 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049740 2 0.946 0.428 0.364 0.636
#> SRR2049736 1 0.373 0.915 0.928 0.072
#> SRR2049735 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.311 0.932 0.944 0.056
#> SRR2049731 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049719 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049722 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049703 2 0.952 0.391 0.372 0.628
#> SRR2049700 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049701 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.891 0.564 0.692 0.308
#> SRR2049689 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.971 0.346 0.600 0.400
#> SRR2049687 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049684 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049683 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.697 0.769 0.812 0.188
#> SRR2049680 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.278 0.940 0.952 0.048
#> SRR2049672 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049666 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049665 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049644 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049645 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.625 0.814 0.844 0.156
#> SRR2049629 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049627 1 0.971 0.326 0.600 0.400
#> SRR2049626 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049625 2 0.000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2049624 1 0.000 0.985 1.000 0.000
#> SRR2049623 2 0.000 0.989 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0424 0.969 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049621 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.1289 0.952 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049620 3 0.5678 0.522 0.000 0.316 0.684
#> SRR2049619 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049618 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049617 2 0.2711 0.883 0.000 0.912 0.088
#> SRR2049616 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0892 0.905 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049614 2 0.2448 0.889 0.000 0.924 0.076
#> SRR2049613 2 0.6425 0.731 0.140 0.764 0.096
#> SRR2049612 1 0.0424 0.969 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049611 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049610 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049609 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.4702 0.776 0.000 0.788 0.212
#> SRR2049607 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049606 1 0.0424 0.969 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049605 1 0.6228 0.343 0.624 0.004 0.372
#> SRR2049604 3 0.5529 0.639 0.296 0.000 0.704
#> SRR2049603 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0424 0.969 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049597 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0424 0.969 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049595 3 0.4485 0.778 0.020 0.136 0.844
#> SRR2049594 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049593 1 0.6062 0.249 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049592 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0424 0.969 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049590 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049589 1 0.0424 0.969 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049588 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049586 3 0.3941 0.764 0.000 0.156 0.844
#> SRR2049585 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049584 1 0.5327 0.558 0.728 0.000 0.272
#> SRR2049583 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049788 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049787 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049786 2 0.3267 0.870 0.000 0.884 0.116
#> SRR2049785 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049784 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049782 2 0.0237 0.906 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049781 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049780 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049779 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049778 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049777 2 0.0237 0.906 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049776 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049774 3 0.5785 0.585 0.332 0.000 0.668
#> SRR2049773 2 0.3116 0.874 0.000 0.892 0.108
#> SRR2049772 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049771 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049770 1 0.3267 0.839 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049769 2 0.1860 0.896 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049768 2 0.1860 0.896 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049767 3 0.5138 0.610 0.000 0.252 0.748
#> SRR2049766 1 0.0747 0.962 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049765 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049764 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049763 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049761 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049759 2 0.2796 0.882 0.000 0.908 0.092
#> SRR2049758 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049757 2 0.2711 0.883 0.000 0.912 0.088
#> SRR2049754 3 0.5138 0.677 0.252 0.000 0.748
#> SRR2049752 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049751 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049749 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049753 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049750 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049748 2 0.0747 0.904 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049744 1 0.0424 0.969 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049743 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049745 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049741 3 0.5000 0.782 0.124 0.044 0.832
#> SRR2049738 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049739 2 0.1163 0.902 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049740 3 0.4519 0.781 0.116 0.032 0.852
#> SRR2049736 3 0.3690 0.750 0.016 0.100 0.884
#> SRR2049735 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049734 2 0.3038 0.876 0.000 0.896 0.104
#> SRR2049733 3 0.8628 0.302 0.428 0.100 0.472
#> SRR2049731 2 0.1964 0.895 0.000 0.944 0.056
#> SRR2049729 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049727 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049726 2 0.3116 0.874 0.000 0.892 0.108
#> SRR2049724 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049719 2 0.3116 0.874 0.000 0.892 0.108
#> SRR2049722 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049716 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049717 2 0.0237 0.906 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049715 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049713 1 0.0747 0.962 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049712 3 0.3816 0.743 0.000 0.148 0.852
#> SRR2049711 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049710 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049709 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049708 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0424 0.969 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049705 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0592 0.967 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049702 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049703 3 0.3425 0.764 0.004 0.112 0.884
#> SRR2049700 2 0.3879 0.841 0.000 0.848 0.152
#> SRR2049701 1 0.0747 0.962 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049699 3 0.4654 0.725 0.208 0.000 0.792
#> SRR2049697 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049698 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049696 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049694 1 0.3995 0.817 0.868 0.016 0.116
#> SRR2049693 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049695 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049691 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049692 3 0.3682 0.742 0.008 0.116 0.876
#> SRR2049689 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049690 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.3425 0.744 0.004 0.112 0.884
#> SRR2049687 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049686 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049684 3 0.3267 0.762 0.000 0.116 0.884
#> SRR2049683 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049682 3 0.3618 0.769 0.012 0.104 0.884
#> SRR2049680 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049681 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049678 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049679 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049676 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049675 1 0.3816 0.807 0.852 0.000 0.148
#> SRR2049677 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049674 3 0.3805 0.774 0.024 0.092 0.884
#> SRR2049672 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049671 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049673 3 0.6305 0.174 0.484 0.000 0.516
#> SRR2049670 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049668 1 0.6361 0.590 0.728 0.040 0.232
#> SRR2049669 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049667 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049666 3 0.4002 0.748 0.000 0.160 0.840
#> SRR2049665 1 0.3267 0.839 0.884 0.000 0.116
#> SRR2049664 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049663 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049662 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049659 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049657 1 0.0237 0.971 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049658 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049655 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049656 1 0.0424 0.969 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049654 1 0.0424 0.969 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049652 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0747 0.905 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049649 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049651 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049647 1 0.1031 0.958 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049648 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049646 2 0.1163 0.902 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049644 3 0.3879 0.752 0.000 0.152 0.848
#> SRR2049645 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049641 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049638 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049640 1 0.0237 0.972 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049636 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.2959 0.890 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049632 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049631 2 0.0000 0.906 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.3116 0.874 0.000 0.892 0.108
#> SRR2049628 3 0.8068 0.543 0.316 0.088 0.596
#> SRR2049629 2 0.3192 0.872 0.000 0.888 0.112
#> SRR2049627 3 0.5517 0.673 0.268 0.004 0.728
#> SRR2049626 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.3193 0.748 0.004 0.100 0.896
#> SRR2049624 1 0.1860 0.919 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049623 3 0.3267 0.762 0.000 0.116 0.884
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.2730 0.79260 0.896 0.000 0.016 0.088
#> SRR2049621 2 0.1302 0.83998 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2049622 1 0.4826 0.57564 0.716 0.000 0.020 0.264
#> SRR2049620 3 0.1716 0.57869 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.4250 0.72927 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.1302 0.84036 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2049614 2 0.4610 0.74649 0.000 0.744 0.236 0.020
#> SRR2049613 4 0.7559 0.44064 0.152 0.020 0.276 0.552
#> SRR2049612 1 0.0817 0.85679 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049611 4 0.4989 0.60989 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR2049610 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.2644 0.79451 0.000 0.908 0.032 0.060
#> SRR2049607 2 0.4941 0.61940 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR2049606 1 0.0921 0.85471 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049605 1 0.5646 0.32187 0.592 0.016 0.008 0.384
#> SRR2049604 3 0.7091 0.41355 0.248 0.000 0.564 0.188
#> SRR2049603 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.2730 0.79260 0.896 0.000 0.016 0.088
#> SRR2049597 1 0.0188 0.86419 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049596 1 0.1488 0.84659 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR2049595 3 0.7873 0.69368 0.040 0.180 0.564 0.216
#> SRR2049594 1 0.4103 0.39694 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049593 1 0.3803 0.71609 0.836 0.000 0.032 0.132
#> SRR2049592 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.1488 0.84659 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR2049590 1 0.0336 0.86301 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049589 1 0.1488 0.84659 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR2049588 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.7080 0.67817 0.000 0.236 0.568 0.196
#> SRR2049585 1 0.2730 0.79260 0.896 0.000 0.016 0.088
#> SRR2049584 1 0.3037 0.77478 0.880 0.000 0.020 0.100
#> SRR2049583 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.4933 0.62344 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2049788 2 0.4933 0.62344 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2049787 2 0.0188 0.83926 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049786 4 0.5636 0.20488 0.000 0.024 0.424 0.552
#> SRR2049785 2 0.4933 0.62344 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2049784 1 0.3801 0.51768 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2049783 2 0.1302 0.83998 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2049782 2 0.1557 0.83758 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2049781 2 0.4933 0.62344 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2049780 2 0.4933 0.62344 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2049779 2 0.4933 0.62344 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2049778 4 0.4985 0.61524 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR2049777 2 0.1211 0.84028 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2049776 1 0.1637 0.82354 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049775 2 0.4933 0.62344 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2049774 3 0.6994 0.31997 0.288 0.000 0.560 0.152
#> SRR2049773 2 0.4898 0.63617 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049772 1 0.2973 0.77946 0.884 0.000 0.020 0.096
#> SRR2049771 2 0.6187 0.55957 0.000 0.516 0.432 0.052
#> SRR2049770 4 0.6538 0.39362 0.108 0.000 0.292 0.600
#> SRR2049769 2 0.2216 0.82648 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049768 2 0.2345 0.82369 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR2049767 3 0.0707 0.54425 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2049766 1 0.3975 0.60853 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2049765 2 0.1474 0.83907 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR2049764 2 0.5558 0.60171 0.000 0.548 0.432 0.020
#> SRR2049763 2 0.1302 0.83998 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.1302 0.83998 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2049760 1 0.0188 0.86371 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049759 2 0.4643 0.68703 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.4933 0.62344 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2049757 2 0.3764 0.75951 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR2049754 3 0.5110 0.60308 0.104 0.000 0.764 0.132
#> SRR2049752 1 0.3801 0.51446 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2049751 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.1211 0.84028 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2049750 4 0.4961 0.63461 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR2049748 2 0.3172 0.79837 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR2049744 1 0.2522 0.80499 0.908 0.000 0.016 0.076
#> SRR2049743 2 0.5558 0.60171 0.000 0.548 0.432 0.020
#> SRR2049745 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.3688 0.66791 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049741 3 0.5112 0.71297 0.004 0.000 0.560 0.436
#> SRR2049738 2 0.1211 0.84028 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2049737 4 0.4992 0.60200 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2049739 2 0.3486 0.78523 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR2049740 3 0.5229 0.71200 0.008 0.000 0.564 0.428
#> SRR2049736 3 0.3649 0.68973 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR2049735 2 0.1302 0.83998 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 4 0.4967 0.63187 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR2049734 2 0.4790 0.66233 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR2049733 4 0.4855 0.21587 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR2049731 2 0.3400 0.78987 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR2049729 1 0.4679 -0.00595 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049727 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 4 0.4961 0.63461 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR2049726 2 0.4898 0.63617 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 4 0.4985 0.61524 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR2049719 2 0.4972 0.59132 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.3975 0.60853 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2049716 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 4 0.4961 0.63461 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR2049717 2 0.0817 0.84031 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049715 2 0.1302 0.83998 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.3907 0.61456 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049712 3 0.6882 0.63176 0.000 0.328 0.548 0.124
#> SRR2049711 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.1488 0.84659 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR2049705 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.1677 0.84123 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR2049702 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.6574 0.72115 0.000 0.088 0.548 0.364
#> SRR2049700 2 0.4941 0.61952 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR2049701 1 0.3486 0.68570 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049699 3 0.5132 0.71116 0.004 0.000 0.548 0.448
#> SRR2049697 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.4697 -0.02997 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049696 1 0.2281 0.76371 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049694 4 0.5466 0.24041 0.436 0.016 0.000 0.548
#> SRR2049693 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.2281 0.76371 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049692 4 0.4679 0.19007 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR2049689 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.3569 0.68602 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR2049687 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.7227 0.69665 0.000 0.224 0.548 0.228
#> SRR2049683 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.6603 0.72009 0.004 0.076 0.548 0.372
#> SRR2049680 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049681 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.4872 0.40763 0.640 0.000 0.004 0.356
#> SRR2049677 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.5558 0.71652 0.000 0.020 0.548 0.432
#> SRR2049672 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 4 0.7889 -0.28969 0.316 0.000 0.304 0.380
#> SRR2049670 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.5245 0.44136 0.660 0.016 0.004 0.320
#> SRR2049669 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.2589 0.76533 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049666 3 0.5714 0.70350 0.000 0.156 0.716 0.128
#> SRR2049665 4 0.6746 0.38457 0.108 0.000 0.340 0.552
#> SRR2049664 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.3610 0.55961 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049663 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 4 0.4981 0.62015 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR2049662 1 0.2281 0.76371 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2049659 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.4072 0.59706 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2049655 4 0.4961 0.63461 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR2049656 1 0.1488 0.84659 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR2049654 1 0.1488 0.84659 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR2049652 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0592 0.83997 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.1637 0.81133 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049651 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.3942 0.61156 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049648 4 0.4989 0.60989 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR2049646 2 0.1474 0.83862 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR2049644 3 0.6910 0.63529 0.000 0.324 0.548 0.128
#> SRR2049645 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 4 0.4992 0.60200 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2049641 1 0.0592 0.86114 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049639 2 0.5417 0.62574 0.000 0.572 0.412 0.016
#> SRR2049638 1 0.4661 0.01180 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2049640 4 0.5147 0.61347 0.460 0.000 0.004 0.536
#> SRR2049636 2 0.1302 0.83998 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.1302 0.83998 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.86596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.0000 0.83891 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.4933 0.62344 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2049631 2 0.1211 0.84028 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2049630 2 0.4907 0.63288 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR2049628 4 0.2652 0.10212 0.028 0.056 0.004 0.912
#> SRR2049629 2 0.5236 0.61525 0.000 0.560 0.432 0.008
#> SRR2049627 4 0.5783 0.45125 0.188 0.000 0.108 0.704
#> SRR2049626 1 0.0336 0.86214 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049625 3 0.3837 0.69476 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR2049624 1 0.2999 0.71337 0.864 0.000 0.132 0.004
#> SRR2049623 3 0.6725 0.72161 0.000 0.104 0.548 0.348
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 1 0.4457 0.48787 0.620 0.000 0.368 0.000 0.012
#> SRR2049621 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049622 1 0.4126 0.47326 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR2049620 2 0.5068 0.22278 0.000 0.572 0.388 0.040 0.000
#> SRR2049619 1 0.4101 0.71815 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR2049618 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.3074 0.73974 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049616 1 0.4517 0.70404 0.600 0.012 0.000 0.000 0.388
#> SRR2049615 4 0.2516 0.80685 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR2049614 4 0.4480 0.30096 0.000 0.400 0.004 0.592 0.004
#> SRR2049613 5 0.4425 -0.05352 0.000 0.452 0.004 0.000 0.544
#> SRR2049612 1 0.4874 0.70584 0.632 0.000 0.040 0.000 0.328
#> SRR2049611 5 0.0162 0.68387 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049610 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049608 4 0.5305 0.42529 0.016 0.320 0.040 0.624 0.000
#> SRR2049607 2 0.1082 0.84379 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR2049606 1 0.4938 0.69863 0.640 0.000 0.048 0.000 0.312
#> SRR2049605 1 0.3278 0.23767 0.824 0.020 0.156 0.000 0.000
#> SRR2049604 3 0.1831 0.67282 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR2049603 1 0.4494 0.71164 0.608 0.012 0.000 0.000 0.380
#> SRR2049602 1 0.4482 0.71455 0.612 0.012 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049601 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049600 1 0.4494 0.71164 0.608 0.012 0.000 0.000 0.380
#> SRR2049599 1 0.4138 0.71352 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR2049598 1 0.4367 0.48411 0.620 0.000 0.372 0.000 0.008
#> SRR2049597 1 0.4192 0.69474 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2049596 1 0.5359 0.58078 0.644 0.000 0.256 0.000 0.100
#> SRR2049595 3 0.1282 0.69127 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR2049594 5 0.3992 0.33654 0.268 0.012 0.000 0.000 0.720
#> SRR2049593 1 0.4321 0.45789 0.600 0.000 0.396 0.000 0.004
#> SRR2049592 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049591 1 0.5359 0.58078 0.644 0.000 0.256 0.000 0.100
#> SRR2049590 1 0.4925 0.70379 0.632 0.000 0.044 0.000 0.324
#> SRR2049589 1 0.5359 0.58078 0.644 0.000 0.256 0.000 0.100
#> SRR2049588 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049586 3 0.1701 0.69255 0.016 0.000 0.936 0.048 0.000
#> SRR2049585 1 0.4327 0.49505 0.632 0.000 0.360 0.000 0.008
#> SRR2049584 1 0.4288 0.47173 0.612 0.000 0.384 0.000 0.004
#> SRR2049583 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049789 2 0.0794 0.84559 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049788 2 0.0794 0.84559 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049787 4 0.0162 0.93943 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049786 2 0.4151 0.47803 0.000 0.652 0.004 0.000 0.344
#> SRR2049785 2 0.0794 0.84559 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049784 5 0.3109 0.47335 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2049783 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049782 4 0.0794 0.92461 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2049781 2 0.0794 0.84559 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049780 2 0.0955 0.84453 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR2049779 2 0.0794 0.84559 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049778 5 0.0162 0.68387 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049777 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049776 1 0.4302 0.57759 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR2049775 2 0.0794 0.84559 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049774 3 0.2124 0.65950 0.096 0.000 0.900 0.000 0.004
#> SRR2049773 2 0.2377 0.79878 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049772 1 0.4276 0.47591 0.616 0.000 0.380 0.000 0.004
#> SRR2049771 2 0.0932 0.83870 0.000 0.972 0.004 0.020 0.004
#> SRR2049770 5 0.4134 0.41737 0.000 0.196 0.044 0.000 0.760
#> SRR2049769 4 0.4101 0.33259 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR2049768 2 0.4030 0.51869 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR2049767 2 0.4455 0.26934 0.000 0.588 0.404 0.008 0.000
#> SRR2049766 1 0.2633 0.42145 0.896 0.012 0.024 0.000 0.068
#> SRR2049765 4 0.2813 0.77206 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR2049764 2 0.0771 0.84044 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2049763 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049760 5 0.4402 0.02507 0.352 0.012 0.000 0.000 0.636
#> SRR2049759 2 0.2732 0.77330 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR2049758 1 0.4505 0.70815 0.604 0.012 0.000 0.000 0.384
#> SRR2049756 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049755 2 0.0794 0.84559 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049757 4 0.3109 0.70049 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2049754 3 0.4353 0.64575 0.044 0.140 0.788 0.000 0.028
#> SRR2049752 5 0.3561 0.36281 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2049751 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049749 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049753 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049750 5 0.0000 0.68351 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049748 4 0.4287 0.02893 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR2049744 1 0.4639 0.50904 0.632 0.000 0.344 0.000 0.024
#> SRR2049743 2 0.0932 0.83870 0.000 0.972 0.004 0.020 0.004
#> SRR2049745 1 0.4126 0.71599 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR2049747 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049742 1 0.4075 0.59315 0.780 0.000 0.060 0.000 0.160
#> SRR2049741 3 0.2648 0.71360 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR2049738 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049737 5 0.0290 0.68190 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2049739 2 0.3816 0.60747 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR2049740 3 0.0703 0.69974 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2049736 3 0.3318 0.61737 0.008 0.192 0.800 0.000 0.000
#> SRR2049735 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049732 1 0.4527 0.69967 0.596 0.012 0.000 0.000 0.392
#> SRR2049730 5 0.0000 0.68351 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049734 2 0.3796 0.62208 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR2049733 5 0.5786 -0.09125 0.000 0.380 0.096 0.000 0.524
#> SRR2049731 4 0.4278 0.05914 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049729 5 0.2971 0.54651 0.156 0.008 0.000 0.000 0.836
#> SRR2049727 1 0.4482 0.71455 0.612 0.012 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049728 1 0.4482 0.71455 0.612 0.012 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049725 5 0.0000 0.68351 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049726 2 0.1544 0.83150 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049724 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049723 1 0.4482 0.71455 0.612 0.012 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049720 5 0.0162 0.68387 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049719 2 0.2873 0.79695 0.000 0.860 0.020 0.120 0.000
#> SRR2049722 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049721 1 0.1893 0.45776 0.936 0.012 0.024 0.000 0.028
#> SRR2049716 1 0.4527 0.69967 0.596 0.012 0.000 0.000 0.392
#> SRR2049718 5 0.0162 0.68205 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049717 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049715 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.1978 0.45852 0.932 0.012 0.024 0.000 0.032
#> SRR2049712 3 0.4871 0.40660 0.012 0.012 0.592 0.384 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.4482 0.71455 0.612 0.012 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049707 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049706 1 0.5382 0.58316 0.644 0.000 0.252 0.000 0.104
#> SRR2049705 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049704 1 0.5159 0.55963 0.644 0.000 0.284 0.000 0.072
#> SRR2049702 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.4880 0.66830 0.356 0.012 0.616 0.016 0.000
#> SRR2049700 2 0.0798 0.83114 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR2049701 1 0.4248 0.62918 0.760 0.012 0.028 0.000 0.200
#> SRR2049699 3 0.4416 0.66959 0.356 0.012 0.632 0.000 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 5 0.3171 0.52558 0.176 0.008 0.000 0.000 0.816
#> SRR2049696 5 0.4288 0.15221 0.324 0.012 0.000 0.000 0.664
#> SRR2049694 1 0.5235 -0.34984 0.524 0.012 0.024 0.000 0.440
#> SRR2049693 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 5 0.4270 0.16580 0.320 0.012 0.000 0.000 0.668
#> SRR2049692 5 0.6366 -0.06265 0.020 0.348 0.108 0.000 0.524
#> SRR2049689 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049688 3 0.3779 0.57345 0.012 0.236 0.752 0.000 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.4517 0.70404 0.600 0.012 0.000 0.000 0.388
#> SRR2049685 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.5807 0.66141 0.300 0.012 0.600 0.088 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.4880 0.66830 0.356 0.012 0.616 0.016 0.000
#> SRR2049680 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049681 4 0.0162 0.93882 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049678 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.2300 0.38739 0.904 0.024 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049677 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.4416 0.66959 0.356 0.012 0.632 0.000 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.4736 -0.47623 0.576 0.020 0.404 0.000 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.2236 0.39198 0.908 0.024 0.068 0.000 0.000
#> SRR2049669 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.4825 0.68833 0.608 0.012 0.012 0.000 0.368
#> SRR2049666 3 0.6101 0.51548 0.012 0.184 0.612 0.192 0.000
#> SRR2049665 5 0.3491 0.42739 0.000 0.228 0.004 0.000 0.768
#> SRR2049664 1 0.4482 0.71455 0.612 0.012 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049661 5 0.4152 0.25843 0.296 0.012 0.000 0.000 0.692
#> SRR2049663 1 0.4505 0.70815 0.604 0.012 0.000 0.000 0.384
#> SRR2049660 5 0.0162 0.68387 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049662 5 0.4306 0.13809 0.328 0.012 0.000 0.000 0.660
#> SRR2049659 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.4101 0.71815 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR2049658 1 0.1211 0.45790 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> SRR2049655 5 0.0162 0.68205 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049656 1 0.5359 0.58078 0.644 0.000 0.256 0.000 0.100
#> SRR2049654 1 0.5335 0.57800 0.644 0.000 0.260 0.000 0.096
#> SRR2049652 1 0.4238 0.71788 0.628 0.000 0.004 0.000 0.368
#> SRR2049653 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049650 5 0.4402 0.03895 0.352 0.012 0.000 0.000 0.636
#> SRR2049651 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.1493 0.46262 0.948 0.000 0.024 0.000 0.028
#> SRR2049648 5 0.0162 0.68387 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049646 4 0.1410 0.89314 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2049644 3 0.4954 0.41423 0.012 0.016 0.592 0.380 0.000
#> SRR2049645 1 0.4126 0.71599 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR2049643 5 0.0162 0.68387 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2049641 1 0.4291 0.60948 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR2049639 2 0.4162 0.55045 0.000 0.680 0.004 0.312 0.004
#> SRR2049638 5 0.3318 0.51457 0.180 0.012 0.000 0.000 0.808
#> SRR2049640 5 0.3958 0.49322 0.040 0.000 0.184 0.000 0.776
#> SRR2049636 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049635 1 0.4114 0.71800 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049637 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049634 1 0.4161 0.70725 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2049633 4 0.0000 0.94057 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.0955 0.84453 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR2049631 4 0.0404 0.93708 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049630 2 0.2377 0.79878 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049628 5 0.5805 0.00226 0.356 0.008 0.068 0.004 0.564
#> SRR2049629 2 0.0865 0.84211 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR2049627 3 0.6799 0.26208 0.036 0.120 0.480 0.000 0.364
#> SRR2049626 1 0.4622 0.63786 0.548 0.012 0.000 0.000 0.440
#> SRR2049625 3 0.1106 0.69410 0.012 0.024 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.6040 0.53204 0.528 0.112 0.004 0.000 0.356
#> SRR2049623 3 0.4880 0.66830 0.356 0.012 0.616 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 5 0.3351 0.5221 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR2049621 4 0.1863 0.8823 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR2049622 5 0.3265 0.5701 0.248 0.000 0.004 0.000 0.748 0.000
#> SRR2049620 2 0.6303 0.3251 0.000 0.532 0.316 0.080 0.016 0.056
#> SRR2049619 1 0.2631 0.7180 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR2049618 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.0937 0.8141 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.1285 0.7353 0.944 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049615 4 0.3183 0.7921 0.000 0.060 0.000 0.828 0.112 0.000
#> SRR2049614 4 0.5678 0.5342 0.000 0.140 0.000 0.644 0.156 0.060
#> SRR2049613 6 0.5141 0.5174 0.036 0.120 0.000 0.000 0.156 0.688
#> SRR2049612 1 0.2762 0.7048 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049611 6 0.2178 0.7792 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR2049610 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.1910 0.7555 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049608 4 0.7332 0.0470 0.000 0.288 0.140 0.460 0.056 0.056
#> SRR2049607 2 0.3415 0.7337 0.000 0.820 0.000 0.004 0.080 0.096
#> SRR2049606 1 0.2597 0.7209 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR2049605 3 0.4206 0.3327 0.176 0.000 0.732 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049604 5 0.3373 0.4818 0.008 0.000 0.248 0.000 0.744 0.000
#> SRR2049603 1 0.0937 0.7413 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049602 1 0.0458 0.7493 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049601 1 0.2260 0.7427 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2049600 1 0.0937 0.7413 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049599 1 0.2954 0.7545 0.844 0.000 0.000 0.000 0.108 0.048
#> SRR2049598 5 0.3330 0.5295 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR2049597 1 0.3985 0.7083 0.760 0.000 0.000 0.000 0.100 0.140
#> SRR2049596 1 0.3464 0.5667 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR2049595 5 0.3707 0.4245 0.000 0.000 0.312 0.000 0.680 0.008
#> SRR2049594 1 0.3684 0.3076 0.664 0.004 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR2049593 5 0.3076 0.5739 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR2049592 1 0.2003 0.7532 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049591 1 0.3330 0.6058 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR2049590 1 0.2793 0.7012 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR2049589 1 0.3371 0.5956 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR2049588 1 0.2048 0.7518 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR2049586 5 0.4388 0.3953 0.000 0.004 0.312 0.000 0.648 0.036
#> SRR2049585 1 0.3854 0.2092 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR2049584 5 0.3101 0.5738 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR2049583 1 0.2218 0.7578 0.884 0.000 0.000 0.000 0.104 0.012
#> SRR2049789 2 0.2053 0.7904 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108 0.000
#> SRR2049788 2 0.0146 0.8182 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049787 4 0.0363 0.9271 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049786 6 0.5616 0.0293 0.000 0.352 0.000 0.000 0.156 0.492
#> SRR2049785 2 0.0146 0.8182 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049784 6 0.4486 0.6412 0.208 0.000 0.000 0.000 0.096 0.696
#> SRR2049783 4 0.1908 0.8863 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004 0.000
#> SRR2049782 4 0.2854 0.7692 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0146 0.8182 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.1615 0.7955 0.000 0.928 0.000 0.004 0.004 0.064
#> SRR2049779 2 0.0146 0.8182 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049778 6 0.2178 0.7792 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR2049777 4 0.1814 0.8858 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.5431 0.3320 0.524 0.000 0.000 0.000 0.132 0.344
#> SRR2049775 2 0.0146 0.8182 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049774 5 0.2669 0.5235 0.008 0.000 0.156 0.000 0.836 0.000
#> SRR2049773 2 0.0713 0.8169 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049772 5 0.3101 0.5738 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR2049771 2 0.4068 0.7185 0.000 0.756 0.000 0.004 0.160 0.080
#> SRR2049770 6 0.1225 0.6734 0.012 0.000 0.000 0.000 0.036 0.952
#> SRR2049769 2 0.3823 0.2340 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.1556 0.7911 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR2049767 2 0.5515 0.5572 0.000 0.672 0.156 0.004 0.108 0.060
#> SRR2049766 1 0.4882 0.1576 0.540 0.004 0.404 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049765 4 0.3297 0.7825 0.000 0.068 0.000 0.820 0.112 0.000
#> SRR2049764 2 0.3086 0.7585 0.000 0.820 0.000 0.004 0.156 0.020
#> SRR2049763 4 0.1714 0.8906 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.1714 0.8906 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.3565 0.3778 0.692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049759 2 0.1075 0.8097 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.1152 0.7386 0.952 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049756 1 0.2278 0.7505 0.868 0.000 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR2049755 2 0.0291 0.8175 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049757 4 0.4028 0.7233 0.000 0.192 0.000 0.752 0.012 0.044
#> SRR2049754 5 0.7317 0.0959 0.104 0.000 0.312 0.000 0.336 0.248
#> SRR2049752 6 0.4725 0.4452 0.332 0.000 0.000 0.000 0.064 0.604
#> SRR2049751 4 0.0260 0.9282 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049749 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049753 4 0.2092 0.8681 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049750 6 0.2003 0.7791 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2049748 2 0.4109 0.3055 0.000 0.576 0.000 0.412 0.012 0.000
#> SRR2049744 5 0.3843 0.0414 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR2049743 2 0.3426 0.7561 0.000 0.816 0.000 0.004 0.116 0.064
#> SRR2049745 1 0.2218 0.7578 0.884 0.000 0.000 0.000 0.104 0.012
#> SRR2049747 1 0.1957 0.7543 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049742 1 0.4815 0.5796 0.668 0.000 0.144 0.000 0.188 0.000
#> SRR2049741 5 0.3899 0.3121 0.000 0.000 0.404 0.000 0.592 0.004
#> SRR2049738 4 0.1765 0.8881 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR2049737 6 0.3198 0.6941 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2049739 2 0.1267 0.8053 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR2049740 5 0.3464 0.4363 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR2049736 3 0.5836 0.0873 0.000 0.032 0.544 0.000 0.316 0.108
#> SRR2049735 4 0.2135 0.8646 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.1285 0.7353 0.944 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049730 6 0.2048 0.7804 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR2049734 2 0.3244 0.6096 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR2049733 6 0.5438 0.2741 0.000 0.160 0.000 0.000 0.280 0.560
#> SRR2049731 2 0.3706 0.3959 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR2049729 6 0.3756 0.4746 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR2049727 1 0.0508 0.7468 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049728 1 0.0653 0.7475 0.980 0.004 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049725 6 0.2048 0.7804 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR2049726 2 0.0260 0.8185 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.1957 0.7543 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049723 1 0.0653 0.7475 0.980 0.004 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049720 6 0.2300 0.7729 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2049719 2 0.0937 0.8134 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.1957 0.7543 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049721 1 0.4527 0.1695 0.564 0.004 0.408 0.000 0.020 0.004
#> SRR2049716 1 0.1219 0.7364 0.948 0.004 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049718 6 0.2843 0.7675 0.116 0.000 0.000 0.000 0.036 0.848
#> SRR2049717 4 0.2963 0.8595 0.000 0.096 0.000 0.856 0.012 0.036
#> SRR2049715 4 0.1765 0.8881 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.4344 0.1575 0.556 0.004 0.424 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049712 3 0.4199 0.2401 0.000 0.000 0.568 0.416 0.016 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0508 0.7468 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049707 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.2165 0.7569 0.884 0.000 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR2049706 1 0.3426 0.6149 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR2049705 1 0.1957 0.7543 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049704 1 0.3528 0.5893 0.700 0.000 0.000 0.000 0.296 0.004
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.0000 0.5426 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049700 2 0.2708 0.7714 0.000 0.868 0.008 0.004 0.016 0.104
#> SRR2049701 1 0.2856 0.6939 0.868 0.004 0.060 0.000 0.064 0.004
#> SRR2049699 3 0.0363 0.5395 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.3810 0.0678 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2049696 1 0.3756 0.2702 0.644 0.004 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049694 3 0.6115 -0.0183 0.244 0.004 0.424 0.000 0.000 0.328
#> SRR2049693 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.3756 0.2683 0.644 0.004 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049692 6 0.6398 0.2459 0.000 0.144 0.152 0.000 0.128 0.576
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.2165 0.7569 0.884 0.000 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR2049688 3 0.6266 0.1975 0.000 0.112 0.572 0.000 0.220 0.096
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.1219 0.7372 0.948 0.004 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.2263 0.4995 0.000 0.000 0.884 0.100 0.016 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.0000 0.5426 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049680 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049681 4 0.0146 0.9283 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049678 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049675 3 0.4185 0.3211 0.332 0.004 0.644 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049677 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.0260 0.5411 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.1444 0.5225 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.3996 0.2826 0.388 0.004 0.604 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049669 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.1826 0.7309 0.924 0.004 0.020 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049666 3 0.6971 0.2967 0.000 0.056 0.572 0.160 0.116 0.096
#> SRR2049665 6 0.2074 0.7118 0.048 0.004 0.000 0.000 0.036 0.912
#> SRR2049664 1 0.0508 0.7468 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049661 1 0.3955 0.2995 0.648 0.004 0.000 0.000 0.008 0.340
#> SRR2049663 1 0.1152 0.7386 0.952 0.004 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049660 6 0.2048 0.7804 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR2049662 1 0.3756 0.2702 0.644 0.004 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049659 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.2135 0.7479 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049658 3 0.5681 -0.1920 0.420 0.000 0.424 0.000 0.156 0.000
#> SRR2049655 6 0.2843 0.7675 0.116 0.000 0.000 0.000 0.036 0.848
#> SRR2049656 1 0.3371 0.5956 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR2049654 1 0.3390 0.5912 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR2049652 1 0.3210 0.7450 0.812 0.000 0.000 0.000 0.152 0.036
#> SRR2049653 4 0.0363 0.9271 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.1910 0.7555 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049650 1 0.3565 0.3677 0.692 0.004 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049651 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.5449 0.1601 0.456 0.000 0.424 0.000 0.120 0.000
#> SRR2049648 6 0.2178 0.7792 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR2049646 4 0.2996 0.7323 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.5950 0.2877 0.000 0.000 0.576 0.264 0.104 0.056
#> SRR2049645 1 0.2775 0.7562 0.856 0.000 0.000 0.000 0.104 0.040
#> SRR2049643 6 0.3151 0.6999 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR2049641 1 0.5153 0.4831 0.592 0.000 0.000 0.000 0.120 0.288
#> SRR2049639 2 0.6734 0.3673 0.000 0.440 0.000 0.332 0.156 0.072
#> SRR2049638 1 0.3841 0.1834 0.616 0.004 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR2049640 6 0.4200 0.5677 0.072 0.000 0.000 0.000 0.208 0.720
#> SRR2049636 4 0.1814 0.8851 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.1556 0.7601 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2049637 4 0.2178 0.8609 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.2165 0.7569 0.884 0.000 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR2049633 4 0.0000 0.9302 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.2009 0.7884 0.000 0.904 0.000 0.004 0.008 0.084
#> SRR2049631 4 0.1387 0.9028 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.0547 0.8182 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049628 3 0.4463 0.1559 0.000 0.000 0.588 0.000 0.036 0.376
#> SRR2049629 2 0.3622 0.7489 0.000 0.800 0.000 0.004 0.124 0.072
#> SRR2049627 5 0.2527 0.3671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR2049626 1 0.3215 0.5614 0.756 0.004 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR2049625 5 0.4511 0.3634 0.000 0.000 0.332 0.000 0.620 0.048
#> SRR2049624 1 0.3848 0.5404 0.692 0.004 0.000 0.000 0.012 0.292
#> SRR2049623 3 0.0260 0.5430 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.998 0.965 0.984 0.4838 0.518 0.518
#> 3 3 0.893 0.888 0.956 0.3506 0.734 0.528
#> 4 4 0.809 0.841 0.926 0.0810 0.874 0.672
#> 5 5 0.676 0.518 0.781 0.0718 0.952 0.848
#> 6 6 0.671 0.577 0.773 0.0527 0.893 0.655
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049620 1 0.3879 0.9210 0.924 0.076
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.5946 0.8333 0.144 0.856
#> SRR2049613 1 0.2236 0.9559 0.964 0.036
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.2778 0.9465 0.952 0.048
#> SRR2049607 2 0.7453 0.7357 0.212 0.788
#> SRR2049606 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.2236 0.9559 0.964 0.036
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.3114 0.9398 0.944 0.056
#> SRR2049594 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.5294 0.8729 0.880 0.120
#> SRR2049585 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.7602 0.7229 0.220 0.780
#> SRR2049785 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049770 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.7602 0.7229 0.220 0.780
#> SRR2049766 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.3114 0.9340 0.056 0.944
#> SRR2049757 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.0672 0.9801 0.008 0.992
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.3431 0.9326 0.936 0.064
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.2236 0.9559 0.964 0.036
#> SRR2049736 1 0.2948 0.9432 0.948 0.052
#> SRR2049735 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.2236 0.9559 0.964 0.036
#> SRR2049731 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049719 2 0.0376 0.9835 0.004 0.996
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.5408 0.8690 0.876 0.124
#> SRR2049700 1 0.9795 0.3141 0.584 0.416
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.3114 0.9398 0.944 0.056
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.3879 0.9210 0.924 0.076
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.3114 0.9401 0.944 0.056
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.9998 0.0545 0.508 0.492
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.3114 0.9398 0.944 0.056
#> SRR2049680 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.3114 0.9398 0.944 0.056
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.5178 0.8777 0.884 0.116
#> SRR2049665 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.3879 0.9138 0.076 0.924
#> SRR2049647 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049644 2 0.4298 0.9007 0.088 0.912
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0938 0.9766 0.012 0.988
#> SRR2049638 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.3274 0.9363 0.940 0.060
#> SRR2049629 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR2049627 1 0.2236 0.9559 0.964 0.036
#> SRR2049626 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.3879 0.9210 0.924 0.076
#> SRR2049624 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.4815 0.8914 0.896 0.104
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.3038 0.8330 0.104 0.000 0.896
#> SRR2049620 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.2448 0.8546 0.000 0.076 0.924
#> SRR2049617 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.4452 0.7456 0.000 0.808 0.192
#> SRR2049614 3 0.2625 0.8458 0.000 0.084 0.916
#> SRR2049613 3 0.6309 0.0622 0.500 0.000 0.500
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049607 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 3 0.2537 0.8534 0.080 0.000 0.920
#> SRR2049604 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049594 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.6225 0.2072 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049585 1 0.0237 0.9699 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049584 1 0.3752 0.8116 0.856 0.000 0.144
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.5497 0.5749 0.000 0.708 0.292
#> SRR2049787 2 0.5178 0.6522 0.000 0.744 0.256
#> SRR2049786 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 3 0.0237 0.9087 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049780 3 0.5098 0.6304 0.000 0.248 0.752
#> SRR2049779 3 0.4504 0.7096 0.000 0.196 0.804
#> SRR2049778 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049777 3 0.6192 0.2442 0.000 0.420 0.580
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049774 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.5363 0.5911 0.724 0.000 0.276
#> SRR2049771 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049770 3 0.1289 0.8908 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049766 1 0.6295 0.0252 0.528 0.000 0.472
#> SRR2049765 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049764 3 0.4399 0.7240 0.000 0.188 0.812
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049757 3 0.2796 0.8381 0.000 0.092 0.908
#> SRR2049754 3 0.5291 0.6296 0.268 0.000 0.732
#> SRR2049752 3 0.4291 0.7598 0.180 0.000 0.820
#> SRR2049751 2 0.5810 0.4996 0.000 0.664 0.336
#> SRR2049749 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049750 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049748 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.1753 0.9102 0.000 0.952 0.048
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.3879 0.7885 0.152 0.000 0.848
#> SRR2049741 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049736 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049735 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049734 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049733 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049731 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049719 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.4605 0.7156 0.796 0.000 0.204
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049717 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.5363 0.6167 0.000 0.724 0.276
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049700 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 3 0.6225 0.2861 0.432 0.000 0.568
#> SRR2049693 3 0.5178 0.6241 0.000 0.256 0.744
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049692 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049680 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049681 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.6286 0.0620 0.536 0.000 0.464
#> SRR2049677 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.6062 0.3796 0.384 0.000 0.616
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.6215 0.2971 0.428 0.000 0.572
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049665 1 0.1163 0.9462 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.3116 0.8297 0.108 0.000 0.892
#> SRR2049655 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049651 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049647 3 0.6225 0.2861 0.432 0.000 0.568
#> SRR2049648 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.6280 0.1714 0.000 0.540 0.460
#> SRR2049644 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.6225 0.2642 0.000 0.568 0.432
#> SRR2049638 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049632 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9533 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049628 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049629 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049627 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.9736 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049624 1 0.2711 0.8791 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049623 3 0.0000 0.9112 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049622 3 0.2973 0.75481 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR2049620 3 0.1716 0.83780 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.4477 0.53507 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR2049617 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049616 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.1940 0.87404 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR2049614 2 0.3486 0.74996 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR2049613 1 0.5677 0.45315 0.628 0.332 0.040 0.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049610 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049607 3 0.1637 0.83880 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 3 0.2760 0.76889 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR2049604 3 0.5109 0.70596 0.196 0.060 0.744 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.3398 0.81396 0.068 0.060 0.872 0.000
#> SRR2049594 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 3 0.4406 0.61678 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.1637 0.83880 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR2049585 1 0.2469 0.85116 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049584 1 0.4134 0.59623 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049788 2 0.1297 0.91412 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR2049787 2 0.0817 0.90818 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049786 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049785 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049784 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.3444 0.75503 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR2049782 4 0.4730 0.45697 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR2049781 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049780 2 0.0592 0.91205 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049779 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049774 3 0.3726 0.70897 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.4972 0.00581 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR2049771 2 0.0592 0.91205 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049770 3 0.3219 0.76669 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR2049769 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049768 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049767 3 0.4103 0.63328 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR2049766 1 0.4713 0.50627 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049763 4 0.4250 0.63458 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR2049762 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 4 0.4356 0.60435 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR2049760 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049758 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.1940 0.88611 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR2049757 2 0.3444 0.75503 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR2049754 3 0.4134 0.66129 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR2049752 3 0.4500 0.49627 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR2049751 2 0.1302 0.89669 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2049749 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049750 1 0.0592 0.92203 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049748 2 0.1211 0.89933 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.4164 0.60440 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR2049741 3 0.0817 0.84701 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2049738 2 0.3528 0.75852 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR2049737 1 0.1940 0.88102 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.1637 0.83880 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR2049736 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049732 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.0336 0.91450 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049733 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049731 2 0.3726 0.71662 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.3444 0.77142 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR2049728 1 0.1792 0.88401 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049724 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049719 2 0.4933 0.15506 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.4250 0.66291 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.2149 0.86600 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR2049715 4 0.0592 0.92205 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049714 4 0.1637 0.87577 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR2049713 1 0.4103 0.69224 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049712 3 0.2741 0.81399 0.000 0.096 0.892 0.012
#> SRR2049711 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.1716 0.88894 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049700 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.4103 0.69224 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049699 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.4406 0.62413 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR2049693 4 0.4331 0.63101 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR2049695 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.1302 0.90435 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049692 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049680 3 0.4103 0.63328 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR2049681 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049678 4 0.4804 0.36458 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR2049679 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.0592 0.92205 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049675 1 0.5000 0.10662 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR2049677 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049674 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 3 0.0707 0.84215 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.92860 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 3 0.4888 0.22287 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR2049669 4 0.0592 0.92205 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049667 1 0.4103 0.69224 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049666 3 0.0817 0.84710 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2049665 1 0.2973 0.82417 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR2049664 1 0.3610 0.75714 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2049661 1 0.3569 0.76644 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.4103 0.69224 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049659 4 0.0592 0.92205 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049657 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.3024 0.75132 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR2049655 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049649 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049651 3 0.4697 0.45915 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR2049647 1 0.4406 0.62413 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.1474 0.84124 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049638 1 0.1022 0.91120 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049635 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.1637 0.90423 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049634 1 0.0000 0.93171 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.1637 0.83880 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR2049632 3 0.4406 0.57401 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR2049631 4 0.2589 0.83415 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR2049630 2 0.0592 0.91205 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049628 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049629 2 0.0000 0.91602 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049627 3 0.4990 0.71798 0.184 0.060 0.756 0.000
#> SRR2049626 1 0.4103 0.69224 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049625 3 0.1637 0.83880 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR2049624 1 0.4164 0.68071 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2049623 3 0.0000 0.84829 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.5163 0.7231 0.000 0.636 0.068 0.000 0.296
#> SRR2049622 3 0.6192 0.4070 0.168 0.000 0.532 0.000 0.300
#> SRR2049620 3 0.0992 0.7025 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR2049619 1 0.2773 0.5749 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049618 3 0.6477 0.3481 0.000 0.248 0.496 0.000 0.256
#> SRR2049617 2 0.3109 0.7338 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049616 1 0.4182 0.3524 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049615 2 0.6059 0.6878 0.000 0.576 0.204 0.000 0.220
#> SRR2049614 2 0.4746 0.3460 0.000 0.504 0.480 0.000 0.016
#> SRR2049613 3 0.8309 0.0344 0.312 0.132 0.316 0.000 0.240
#> SRR2049612 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.1270 0.6117 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049610 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.4030 0.3927 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049608 3 0.3796 0.6352 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR2049607 3 0.1410 0.6819 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 3 0.6100 0.4282 0.152 0.000 0.540 0.000 0.308
#> SRR2049604 3 0.2464 0.6539 0.096 0.016 0.888 0.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.1341 0.6261 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049602 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.4045 0.4098 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049599 1 0.2773 0.5749 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049598 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.1043 0.6301 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049595 3 0.1386 0.6935 0.032 0.016 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.4060 0.4067 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR2049593 1 0.4307 -0.1177 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.2773 0.5749 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049591 1 0.2648 0.5824 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049590 1 0.2732 0.5774 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049589 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.3395 0.5241 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049586 3 0.0510 0.7023 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.1894 0.5400 0.920 0.000 0.072 0.000 0.008
#> SRR2049584 1 0.3366 0.3711 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.4030 0.4141 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049789 2 0.2813 0.7403 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049788 2 0.0880 0.7579 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049787 2 0.5844 0.6701 0.000 0.600 0.244 0.000 0.156
#> SRR2049786 2 0.1792 0.7637 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2049785 2 0.0510 0.7554 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049784 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.4744 0.3562 0.000 0.508 0.476 0.000 0.016
#> SRR2049782 4 0.6805 0.1160 0.000 0.344 0.000 0.360 0.296
#> SRR2049781 2 0.1410 0.7465 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049780 2 0.1544 0.7497 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR2049779 2 0.0404 0.7586 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.5167 0.7509 0.000 0.684 0.116 0.000 0.200
#> SRR2049776 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.1410 0.7465 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049774 3 0.3460 0.6495 0.128 0.000 0.828 0.000 0.044
#> SRR2049773 2 0.1671 0.7652 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.3752 0.1271 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.3636 0.6794 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR2049770 3 0.5792 0.5363 0.164 0.000 0.612 0.000 0.224
#> SRR2049769 2 0.3774 0.7052 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2049768 2 0.3684 0.7088 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2049767 3 0.2127 0.6053 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2049766 3 0.6758 -0.0258 0.296 0.000 0.404 0.000 0.300
#> SRR2049765 2 0.4820 0.7393 0.000 0.696 0.068 0.000 0.236
#> SRR2049764 2 0.1732 0.7642 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR2049763 4 0.6772 0.2293 0.000 0.308 0.000 0.396 0.296
#> SRR2049762 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.7087 0.2193 0.000 0.296 0.012 0.396 0.296
#> SRR2049760 1 0.2773 0.5858 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049759 2 0.1410 0.7465 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049758 1 0.4182 0.3524 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049756 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.3303 0.6970 0.000 0.848 0.076 0.000 0.076
#> SRR2049757 2 0.4744 0.3562 0.000 0.508 0.476 0.000 0.016
#> SRR2049754 3 0.3752 0.3645 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR2049752 3 0.6442 0.3122 0.208 0.000 0.492 0.000 0.300
#> SRR2049751 2 0.5758 0.6504 0.000 0.600 0.268 0.000 0.132
#> SRR2049749 4 0.3519 0.7476 0.000 0.008 0.000 0.776 0.216
#> SRR2049753 2 0.4657 0.7177 0.000 0.668 0.036 0.000 0.296
#> SRR2049750 1 0.2648 0.4408 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049748 2 0.4703 0.5732 0.000 0.632 0.340 0.000 0.028
#> SRR2049744 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0404 0.7586 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049745 1 0.4182 0.3524 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049747 1 0.3816 0.4517 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049742 3 0.6326 0.3585 0.188 0.000 0.512 0.000 0.300
#> SRR2049741 3 0.0794 0.7188 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049738 2 0.5049 0.6461 0.000 0.644 0.000 0.060 0.296
#> SRR2049737 1 0.3615 0.2456 0.808 0.000 0.036 0.000 0.156
#> SRR2049739 2 0.1830 0.7683 0.000 0.924 0.068 0.000 0.008
#> SRR2049740 3 0.0671 0.7041 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR2049736 3 0.1608 0.7223 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049735 2 0.3774 0.7052 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2049732 1 0.3210 0.4579 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2049730 1 0.1851 0.5970 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049734 2 0.4227 0.6590 0.000 0.692 0.292 0.000 0.016
#> SRR2049733 3 0.3796 0.6352 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR2049731 2 0.4452 0.3100 0.000 0.500 0.496 0.000 0.004
#> SRR2049729 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.3146 0.4485 0.856 0.000 0.092 0.000 0.052
#> SRR2049728 1 0.3438 0.4629 0.808 0.000 0.020 0.000 0.172
#> SRR2049725 1 0.1270 0.6117 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049726 2 0.1410 0.7465 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049724 1 0.3003 0.5600 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049723 1 0.4150 0.3694 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR2049720 1 0.0162 0.6299 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049719 3 0.4150 0.0359 0.000 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.2891 0.5679 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2049721 1 0.6300 -0.7248 0.488 0.000 0.164 0.000 0.348
#> SRR2049716 1 0.4192 0.3486 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2049718 1 0.1732 0.5857 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049717 2 0.4666 0.4633 0.000 0.572 0.412 0.000 0.016
#> SRR2049715 4 0.5470 0.6341 0.000 0.092 0.000 0.612 0.296
#> SRR2049714 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.5834 -0.7116 0.544 0.000 0.108 0.000 0.348
#> SRR2049712 3 0.1041 0.6900 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.3039 0.5645 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049707 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.4161 0.3639 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2049706 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.4030 0.3927 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049704 1 0.3988 -0.2413 0.732 0.000 0.016 0.000 0.252
#> SRR2049702 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.1732 0.7209 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR2049700 3 0.3796 0.6352 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR2049701 1 0.5834 -0.7116 0.544 0.000 0.108 0.000 0.348
#> SRR2049699 3 0.1732 0.7209 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR2049697 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.4045 0.4111 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049696 1 0.1544 0.6079 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049694 3 0.6712 0.0777 0.276 0.000 0.424 0.000 0.300
#> SRR2049693 4 0.6142 0.4186 0.000 0.240 0.140 0.604 0.016
#> SRR2049695 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.2358 0.4407 0.888 0.000 0.008 0.000 0.104
#> SRR2049692 3 0.2471 0.7090 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR2049689 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.3983 0.4079 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR2049688 3 0.1544 0.7226 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049687 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.3210 0.5437 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2049685 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.1608 0.7222 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049683 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.3796 0.6352 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR2049680 3 0.2690 0.5664 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049681 2 0.4464 0.6482 0.000 0.684 0.288 0.000 0.028
#> SRR2049678 4 0.6581 0.3182 0.000 0.240 0.000 0.464 0.296
#> SRR2049679 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.4425 0.6852 0.000 0.024 0.000 0.680 0.296
#> SRR2049675 1 0.6718 -0.6154 0.400 0.000 0.252 0.000 0.348
#> SRR2049677 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.1732 0.7209 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR2049672 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.6532 -0.0224 0.204 0.000 0.448 0.000 0.348
#> SRR2049670 4 0.0000 0.8501 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.6801 -0.5681 0.360 0.000 0.292 0.000 0.348
#> SRR2049669 4 0.2293 0.8099 0.000 0.016 0.000 0.900 0.084
#> SRR2049667 5 0.5286 0.0000 0.448 0.000 0.048 0.000 0.504
#> SRR2049666 3 0.0955 0.7180 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR2049665 1 0.5086 -0.5175 0.636 0.000 0.060 0.000 0.304
#> SRR2049664 1 0.4547 -0.0470 0.704 0.000 0.044 0.000 0.252
#> SRR2049661 1 0.5182 -0.5511 0.632 0.000 0.068 0.000 0.300
#> SRR2049663 1 0.4182 0.3524 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049660 1 0.0162 0.6299 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049662 1 0.5834 -0.7092 0.544 0.000 0.108 0.000 0.348
#> SRR2049659 4 0.4425 0.6852 0.000 0.024 0.000 0.680 0.296
#> SRR2049657 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.6192 0.4070 0.168 0.000 0.532 0.000 0.300
#> SRR2049655 1 0.1908 0.6012 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049656 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.5258 0.6791 0.000 0.636 0.004 0.064 0.296
#> SRR2049649 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.1197 0.6034 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049651 3 0.3074 0.5023 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR2049647 3 0.6770 -0.0422 0.276 0.000 0.384 0.000 0.340
#> SRR2049648 1 0.2377 0.5963 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2049646 2 0.4134 0.7407 0.000 0.760 0.196 0.000 0.044
#> SRR2049644 3 0.0566 0.7064 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR2049645 1 0.2230 0.6015 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049643 1 0.1341 0.6138 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049641 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.3278 0.7547 0.000 0.824 0.156 0.000 0.020
#> SRR2049638 1 0.3333 0.4263 0.788 0.000 0.004 0.000 0.208
#> SRR2049640 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.3928 0.7069 0.000 0.700 0.004 0.000 0.296
#> SRR2049635 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.5163 0.7231 0.000 0.636 0.068 0.000 0.296
#> SRR2049634 1 0.0000 0.6314 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.2376 0.7031 0.000 0.044 0.904 0.000 0.052
#> SRR2049632 3 0.4235 0.0704 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR2049631 4 0.5700 0.5897 0.000 0.120 0.000 0.600 0.280
#> SRR2049630 2 0.0703 0.7579 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049628 3 0.4015 0.6015 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR2049629 2 0.1908 0.7661 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR2049627 3 0.2505 0.6528 0.092 0.020 0.888 0.000 0.000
#> SRR2049626 1 0.5666 -0.6265 0.592 0.000 0.108 0.000 0.300
#> SRR2049625 3 0.0510 0.7023 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.6327 -0.7372 0.484 0.000 0.168 0.000 0.348
#> SRR2049623 3 0.3796 0.6352 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 5 0.3794 0.70813 0.000 0.216 0.040 0.000 0.744 0.000
#> SRR2049622 3 0.7071 0.47815 0.212 0.000 0.468 0.000 0.184 0.136
#> SRR2049620 3 0.0692 0.65776 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049619 1 0.2854 0.53345 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049618 3 0.7265 0.40591 0.000 0.168 0.460 0.008 0.232 0.132
#> SRR2049617 2 0.3717 0.03193 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR2049616 6 0.2300 0.83740 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2049615 5 0.5348 0.47655 0.000 0.192 0.216 0.000 0.592 0.000
#> SRR2049614 3 0.5203 0.09395 0.000 0.348 0.548 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049613 3 0.8456 0.29901 0.300 0.096 0.304 0.000 0.168 0.132
#> SRR2049612 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.2730 0.54612 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049610 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.3868 -0.17659 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2049608 3 0.4716 0.59732 0.000 0.000 0.680 0.000 0.184 0.136
#> SRR2049607 3 0.1152 0.64301 0.000 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049606 1 0.1444 0.68777 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049605 3 0.7273 0.47820 0.188 0.000 0.416 0.000 0.256 0.140
#> SRR2049604 3 0.0777 0.65789 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.1714 0.67231 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049602 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 6 0.2631 0.82884 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR2049599 1 0.2854 0.53345 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049598 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.1267 0.68865 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049595 3 0.0291 0.65596 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049594 6 0.2527 0.83078 0.168 0.000 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2049593 3 0.3828 0.06005 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.2854 0.53345 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049591 1 0.2823 0.53888 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049590 1 0.2823 0.53888 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049589 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.3221 0.47151 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR2049586 3 0.0291 0.65596 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049585 1 0.0520 0.71483 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2049584 1 0.3175 0.46190 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049583 6 0.2664 0.82607 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR2049789 2 0.2491 0.59421 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR2049788 2 0.0260 0.72513 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049787 5 0.6054 0.01260 0.000 0.348 0.260 0.000 0.392 0.000
#> SRR2049786 2 0.2632 0.65969 0.000 0.832 0.164 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049785 2 0.0260 0.72285 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 3 0.5203 0.09395 0.000 0.348 0.548 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049782 5 0.4196 0.71312 0.000 0.116 0.000 0.144 0.740 0.000
#> SRR2049781 2 0.1007 0.70633 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049780 2 0.0937 0.71371 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049779 2 0.0000 0.72470 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.5867 -0.01544 0.000 0.420 0.196 0.000 0.384 0.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.1007 0.70633 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049774 3 0.1007 0.65525 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.1723 0.70907 0.000 0.928 0.036 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049772 1 0.3499 0.40801 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.3971 0.22875 0.000 0.548 0.448 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049770 3 0.5987 0.55629 0.168 0.000 0.604 0.000 0.168 0.060
#> SRR2049769 5 0.3198 0.70501 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR2049768 5 0.3647 0.57868 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR2049767 3 0.0291 0.65596 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049766 3 0.7361 0.36114 0.296 0.000 0.372 0.000 0.196 0.136
#> SRR2049765 5 0.4044 0.66810 0.000 0.256 0.040 0.000 0.704 0.000
#> SRR2049764 2 0.1082 0.71670 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049763 5 0.4175 0.71038 0.000 0.104 0.000 0.156 0.740 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 5 0.4479 0.71865 0.000 0.088 0.024 0.144 0.744 0.000
#> SRR2049760 1 0.3804 0.06242 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR2049759 2 0.2631 0.52553 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR2049758 6 0.2300 0.83740 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2049756 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.2287 0.67237 0.000 0.904 0.036 0.000 0.048 0.012
#> SRR2049757 3 0.5203 0.09395 0.000 0.348 0.548 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049754 3 0.2838 0.54884 0.188 0.000 0.808 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049752 3 0.7194 0.44985 0.244 0.000 0.436 0.000 0.184 0.136
#> SRR2049751 5 0.5726 0.29047 0.000 0.188 0.316 0.000 0.496 0.000
#> SRR2049749 4 0.3765 0.23290 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR2049753 5 0.3794 0.70813 0.000 0.216 0.040 0.000 0.744 0.000
#> SRR2049750 1 0.3947 0.49960 0.732 0.000 0.000 0.000 0.048 0.220
#> SRR2049748 3 0.6750 -0.06071 0.000 0.384 0.404 0.000 0.104 0.108
#> SRR2049744 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.72470 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049745 6 0.2300 0.83740 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2049747 1 0.3727 0.16238 0.612 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR2049742 3 0.7105 0.47086 0.220 0.000 0.460 0.000 0.184 0.136
#> SRR2049741 3 0.0405 0.65712 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049738 5 0.3534 0.71527 0.000 0.244 0.000 0.016 0.740 0.000
#> SRR2049737 1 0.3976 0.58602 0.776 0.000 0.008 0.000 0.128 0.088
#> SRR2049739 2 0.2728 0.67502 0.000 0.860 0.040 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049740 3 0.0508 0.66090 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049736 3 0.1387 0.66572 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049735 5 0.3266 0.69703 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR2049732 6 0.3684 0.52568 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2049730 1 0.3515 0.30889 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2049734 2 0.5193 0.34851 0.000 0.552 0.344 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049733 3 0.4716 0.59732 0.000 0.000 0.680 0.000 0.184 0.136
#> SRR2049731 3 0.4150 0.15056 0.000 0.392 0.592 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.1624 0.69516 0.936 0.000 0.004 0.000 0.020 0.040
#> SRR2049728 1 0.3984 0.08031 0.596 0.000 0.000 0.000 0.008 0.396
#> SRR2049725 1 0.2730 0.54612 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049726 2 0.1007 0.70633 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049724 1 0.2996 0.50804 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR2049723 6 0.3531 0.59862 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2049720 1 0.0260 0.71655 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049719 3 0.2994 0.49329 0.000 0.208 0.788 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049722 1 0.2941 0.51891 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2049721 1 0.6694 0.25761 0.492 0.000 0.076 0.000 0.256 0.176
#> SRR2049716 6 0.2219 0.83301 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2049718 1 0.2823 0.54274 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049717 3 0.5230 0.08910 0.000 0.344 0.548 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049715 5 0.3858 0.66639 0.000 0.044 0.000 0.216 0.740 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.5681 0.34765 0.560 0.000 0.008 0.000 0.256 0.176
#> SRR2049712 3 0.1644 0.65342 0.000 0.004 0.920 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.3563 0.35325 0.664 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR2049707 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 6 0.2340 0.83702 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR2049706 1 0.0146 0.71783 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049705 6 0.3531 0.57480 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2049704 1 0.4348 0.51043 0.724 0.000 0.000 0.000 0.152 0.124
#> SRR2049702 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.1957 0.65976 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049700 3 0.4716 0.59732 0.000 0.000 0.680 0.000 0.184 0.136
#> SRR2049701 1 0.5663 0.35242 0.564 0.000 0.008 0.000 0.252 0.176
#> SRR2049699 3 0.1910 0.65955 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.2597 0.82610 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2049696 1 0.3390 0.37870 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2049694 3 0.7450 0.38459 0.276 0.000 0.352 0.000 0.236 0.136
#> SRR2049693 4 0.5786 0.46360 0.000 0.148 0.108 0.644 0.100 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.2390 0.65995 0.888 0.000 0.000 0.000 0.056 0.056
#> SRR2049692 3 0.2945 0.65585 0.000 0.000 0.824 0.000 0.156 0.020
#> SRR2049689 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.3765 0.14635 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2049688 3 0.2006 0.65934 0.000 0.004 0.892 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.3101 0.50459 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2049685 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.2006 0.65934 0.000 0.004 0.892 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.5150 0.58435 0.000 0.000 0.608 0.000 0.256 0.136
#> SRR2049680 3 0.1152 0.64301 0.000 0.044 0.952 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049681 2 0.6742 0.10452 0.000 0.420 0.368 0.000 0.104 0.108
#> SRR2049678 5 0.3534 0.64754 0.000 0.016 0.000 0.244 0.740 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 5 0.3198 0.62073 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR2049675 1 0.7390 -0.00786 0.396 0.000 0.172 0.000 0.256 0.176
#> SRR2049677 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.1910 0.65955 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.7567 0.30846 0.228 0.000 0.344 0.000 0.256 0.172
#> SRR2049670 4 0.0000 0.93894 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.7489 -0.09164 0.372 0.000 0.196 0.000 0.256 0.176
#> SRR2049669 4 0.3390 0.52008 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR2049667 6 0.3558 0.46672 0.212 0.000 0.000 0.000 0.028 0.760
#> SRR2049666 3 0.1588 0.65461 0.000 0.004 0.924 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049665 1 0.5136 0.46657 0.672 0.000 0.020 0.000 0.168 0.140
#> SRR2049664 1 0.4224 0.33918 0.632 0.000 0.000 0.000 0.028 0.340
#> SRR2049661 1 0.4900 0.46589 0.680 0.000 0.008 0.000 0.176 0.136
#> SRR2049663 6 0.2300 0.83740 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2049660 1 0.0260 0.71655 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049662 1 0.5799 0.23490 0.500 0.000 0.004 0.000 0.176 0.320
#> SRR2049659 5 0.3373 0.63802 0.000 0.000 0.008 0.248 0.744 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.7132 0.47810 0.208 0.000 0.456 0.000 0.200 0.136
#> SRR2049655 1 0.3607 0.24895 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR2049656 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 5 0.3972 0.71889 0.000 0.220 0.016 0.024 0.740 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.1010 0.70349 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2049651 3 0.2776 0.62100 0.000 0.088 0.860 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049647 3 0.7569 0.35166 0.276 0.000 0.332 0.000 0.224 0.168
#> SRR2049648 6 0.3868 0.24100 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR2049646 2 0.4915 0.48733 0.000 0.652 0.208 0.000 0.140 0.000
#> SRR2049644 3 0.1753 0.65738 0.000 0.004 0.912 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049645 1 0.2378 0.60278 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049643 1 0.1863 0.65988 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049641 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.4871 0.49409 0.000 0.644 0.244 0.000 0.112 0.000
#> SRR2049638 1 0.4212 -0.01366 0.560 0.000 0.000 0.000 0.016 0.424
#> SRR2049640 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049636 5 0.3509 0.71119 0.000 0.240 0.016 0.000 0.744 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 5 0.3821 0.70524 0.000 0.220 0.040 0.000 0.740 0.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.71889 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.2186 0.65449 0.000 0.036 0.908 0.000 0.008 0.048
#> SRR2049632 3 0.3907 0.04096 0.000 0.408 0.588 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049631 5 0.4436 0.53672 0.000 0.048 0.000 0.312 0.640 0.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.72470 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 3 0.5420 0.56714 0.000 0.000 0.572 0.000 0.256 0.172
#> SRR2049629 2 0.3023 0.62318 0.000 0.784 0.212 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049627 3 0.0405 0.65538 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049626 1 0.5368 0.39151 0.604 0.000 0.008 0.000 0.252 0.136
#> SRR2049625 3 0.0291 0.65596 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049624 1 0.7031 0.11296 0.412 0.000 0.092 0.000 0.184 0.312
#> SRR2049623 3 0.4745 0.59713 0.000 0.000 0.676 0.000 0.188 0.136
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.586 0.874 0.922 0.4379 0.568 0.568
#> 3 3 0.387 0.589 0.734 0.3145 0.900 0.827
#> 4 4 0.611 0.791 0.886 0.1332 0.783 0.593
#> 5 5 0.628 0.665 0.838 0.1283 0.848 0.608
#> 6 6 0.615 0.454 0.718 0.0414 0.874 0.591
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.1414 0.9221 0.980 0.020
#> SRR2049621 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049622 1 0.5629 0.8776 0.868 0.132
#> SRR2049620 1 0.7219 0.8259 0.800 0.200
#> SRR2049619 1 0.1184 0.9231 0.984 0.016
#> SRR2049618 2 0.1184 0.9088 0.016 0.984
#> SRR2049617 2 0.5294 0.8589 0.120 0.880
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049615 1 0.9522 0.5634 0.628 0.372
#> SRR2049614 1 0.3114 0.9102 0.944 0.056
#> SRR2049613 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049612 1 0.4022 0.9013 0.920 0.080
#> SRR2049611 1 0.0938 0.9219 0.988 0.012
#> SRR2049610 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049609 1 0.2043 0.9244 0.968 0.032
#> SRR2049608 1 0.7219 0.8224 0.800 0.200
#> SRR2049607 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049606 1 0.3431 0.9098 0.936 0.064
#> SRR2049605 1 0.7602 0.8011 0.780 0.220
#> SRR2049604 1 0.2778 0.9232 0.952 0.048
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.1843 0.9225 0.972 0.028
#> SRR2049601 1 0.0376 0.9218 0.996 0.004
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.1843 0.9221 0.972 0.028
#> SRR2049597 1 0.1633 0.9228 0.976 0.024
#> SRR2049596 1 0.1184 0.9219 0.984 0.016
#> SRR2049595 1 0.4562 0.9035 0.904 0.096
#> SRR2049594 1 0.0672 0.9209 0.992 0.008
#> SRR2049593 1 0.1633 0.9221 0.976 0.024
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.1633 0.9221 0.976 0.024
#> SRR2049590 1 0.2043 0.9217 0.968 0.032
#> SRR2049589 1 0.2043 0.9216 0.968 0.032
#> SRR2049588 1 0.5408 0.8832 0.876 0.124
#> SRR2049586 1 0.6623 0.8488 0.828 0.172
#> SRR2049585 1 0.1414 0.9221 0.980 0.020
#> SRR2049584 1 0.1843 0.9220 0.972 0.028
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.9833 0.4126 0.424 0.576
#> SRR2049788 2 0.7219 0.7990 0.200 0.800
#> SRR2049787 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049786 1 0.4431 0.8825 0.908 0.092
#> SRR2049785 2 0.9087 0.6394 0.324 0.676
#> SRR2049784 1 0.1633 0.9228 0.976 0.024
#> SRR2049783 2 0.9000 0.5016 0.316 0.684
#> SRR2049782 2 0.3733 0.8854 0.072 0.928
#> SRR2049781 2 0.7219 0.7979 0.200 0.800
#> SRR2049780 2 0.7674 0.7784 0.224 0.776
#> SRR2049779 2 0.7674 0.7784 0.224 0.776
#> SRR2049778 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049777 2 0.1414 0.9064 0.020 0.980
#> SRR2049776 1 0.1633 0.9228 0.976 0.024
#> SRR2049775 2 0.7453 0.7889 0.212 0.788
#> SRR2049774 1 0.2603 0.9228 0.956 0.044
#> SRR2049773 2 0.6531 0.8309 0.168 0.832
#> SRR2049772 1 0.1633 0.9221 0.976 0.024
#> SRR2049771 1 0.4431 0.8825 0.908 0.092
#> SRR2049770 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049769 2 0.5059 0.8634 0.112 0.888
#> SRR2049768 2 0.4815 0.8681 0.104 0.896
#> SRR2049767 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049766 1 0.5737 0.8750 0.864 0.136
#> SRR2049765 2 0.9323 0.4731 0.348 0.652
#> SRR2049764 1 0.4939 0.8667 0.892 0.108
#> SRR2049763 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049762 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049761 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.5408 0.8565 0.124 0.876
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049755 1 0.4298 0.8862 0.912 0.088
#> SRR2049757 2 0.8144 0.7558 0.252 0.748
#> SRR2049754 1 0.1633 0.9228 0.976 0.024
#> SRR2049752 1 0.1414 0.9230 0.980 0.020
#> SRR2049751 2 0.1184 0.9087 0.016 0.984
#> SRR2049749 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049753 2 0.1184 0.9086 0.016 0.984
#> SRR2049750 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049748 1 0.6438 0.8627 0.836 0.164
#> SRR2049744 1 0.1633 0.9221 0.976 0.024
#> SRR2049743 1 0.7883 0.6807 0.764 0.236
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.6247 0.8601 0.844 0.156
#> SRR2049741 1 0.5629 0.8776 0.868 0.132
#> SRR2049738 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049737 1 0.2043 0.9250 0.968 0.032
#> SRR2049739 2 0.4431 0.8555 0.092 0.908
#> SRR2049740 1 0.7602 0.8011 0.780 0.220
#> SRR2049736 1 0.1633 0.9228 0.976 0.024
#> SRR2049735 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049734 1 0.6623 0.7867 0.828 0.172
#> SRR2049733 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049731 1 0.5629 0.8837 0.868 0.132
#> SRR2049729 1 0.0938 0.9219 0.988 0.012
#> SRR2049727 1 0.2603 0.9181 0.956 0.044
#> SRR2049728 1 0.5629 0.8776 0.868 0.132
#> SRR2049725 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049726 2 0.7139 0.8016 0.196 0.804
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.4815 0.8960 0.896 0.104
#> SRR2049720 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049719 1 0.2236 0.9206 0.964 0.036
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.5946 0.8695 0.856 0.144
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049717 2 0.8861 0.6595 0.304 0.696
#> SRR2049715 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049714 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049713 1 0.7453 0.8075 0.788 0.212
#> SRR2049712 2 0.8327 0.6175 0.264 0.736
#> SRR2049711 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049710 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049708 1 0.2948 0.9209 0.948 0.052
#> SRR2049706 1 0.1843 0.9220 0.972 0.028
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.1633 0.9221 0.976 0.024
#> SRR2049702 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049703 1 0.7883 0.7826 0.764 0.236
#> SRR2049700 1 0.4431 0.9066 0.908 0.092
#> SRR2049701 1 0.5737 0.8750 0.864 0.136
#> SRR2049699 1 0.5737 0.8750 0.864 0.136
#> SRR2049697 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049698 1 0.0672 0.9209 0.992 0.008
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.7745 0.7962 0.772 0.228
#> SRR2049693 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049695 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049691 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049689 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049690 1 0.3879 0.9104 0.924 0.076
#> SRR2049688 1 0.1633 0.9228 0.976 0.024
#> SRR2049687 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049684 1 0.7602 0.7994 0.780 0.220
#> SRR2049683 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049682 1 0.7602 0.8011 0.780 0.220
#> SRR2049680 2 0.3274 0.8808 0.060 0.940
#> SRR2049681 1 0.8909 0.6910 0.692 0.308
#> SRR2049678 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049679 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049676 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049675 1 0.7528 0.8031 0.784 0.216
#> SRR2049677 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049674 1 0.7528 0.8031 0.784 0.216
#> SRR2049672 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049671 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049673 1 0.7453 0.8075 0.788 0.212
#> SRR2049670 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049668 1 0.7528 0.8031 0.784 0.216
#> SRR2049669 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049667 1 0.5737 0.8750 0.864 0.136
#> SRR2049666 1 0.7453 0.8102 0.788 0.212
#> SRR2049665 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049664 1 0.1843 0.9225 0.972 0.028
#> SRR2049661 1 0.1184 0.9232 0.984 0.016
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049657 1 0.2236 0.9207 0.964 0.036
#> SRR2049658 1 0.7602 0.8011 0.780 0.220
#> SRR2049655 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049656 1 0.3274 0.9127 0.940 0.060
#> SRR2049654 1 0.2043 0.9216 0.968 0.032
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049649 1 0.0938 0.9229 0.988 0.012
#> SRR2049650 1 0.5842 0.8761 0.860 0.140
#> SRR2049651 1 0.7883 0.7877 0.764 0.236
#> SRR2049647 1 0.7602 0.8011 0.780 0.220
#> SRR2049648 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049646 2 0.5294 0.8586 0.120 0.880
#> SRR2049644 1 0.7528 0.8058 0.784 0.216
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0672 0.9209 0.992 0.008
#> SRR2049641 1 0.1633 0.9228 0.976 0.024
#> SRR2049639 1 0.3274 0.9076 0.940 0.060
#> SRR2049638 1 0.0672 0.9209 0.992 0.008
#> SRR2049640 1 0.0000 0.9208 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049635 1 0.1184 0.9231 0.984 0.016
#> SRR2049637 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049634 1 0.2603 0.9181 0.956 0.044
#> SRR2049633 2 0.7528 0.7041 0.216 0.784
#> SRR2049632 2 0.7674 0.7784 0.224 0.776
#> SRR2049631 2 0.0376 0.9138 0.004 0.996
#> SRR2049630 2 0.7453 0.7917 0.212 0.788
#> SRR2049628 1 0.7745 0.7962 0.772 0.228
#> SRR2049629 1 0.9977 -0.0593 0.528 0.472
#> SRR2049627 1 0.2043 0.9214 0.968 0.032
#> SRR2049626 1 0.1633 0.9228 0.976 0.024
#> SRR2049625 1 0.2603 0.9228 0.956 0.044
#> SRR2049624 1 0.1633 0.9228 0.976 0.024
#> SRR2049623 1 0.7528 0.8031 0.784 0.216
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.1163 0.7232 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049621 2 0.2651 0.6398 0.060 0.928 0.012
#> SRR2049622 1 0.6562 0.6784 0.700 0.264 0.036
#> SRR2049620 1 0.7640 0.5870 0.592 0.352 0.056
#> SRR2049619 1 0.1860 0.7170 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049618 2 0.4848 0.5849 0.128 0.836 0.036
#> SRR2049617 2 0.2383 0.6346 0.016 0.940 0.044
#> SRR2049616 1 0.3116 0.6874 0.892 0.000 0.108
#> SRR2049615 3 0.6770 0.6950 0.044 0.264 0.692
#> SRR2049614 3 0.4931 0.8277 0.032 0.140 0.828
#> SRR2049613 3 0.4469 0.8271 0.028 0.120 0.852
#> SRR2049612 1 0.0892 0.7229 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049611 1 0.6773 0.5313 0.636 0.024 0.340
#> SRR2049610 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049609 1 0.4056 0.7289 0.876 0.092 0.032
#> SRR2049608 1 0.7467 0.6258 0.624 0.320 0.056
#> SRR2049607 1 0.7736 0.5172 0.548 0.400 0.052
#> SRR2049606 1 0.1315 0.7240 0.972 0.008 0.020
#> SRR2049605 1 0.7600 0.6219 0.600 0.344 0.056
#> SRR2049604 1 0.6589 0.6758 0.688 0.280 0.032
#> SRR2049603 1 0.2356 0.7096 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049602 1 0.0892 0.7229 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049601 1 0.1529 0.7207 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049600 1 0.3116 0.6874 0.892 0.000 0.108
#> SRR2049599 1 0.3038 0.6907 0.896 0.000 0.104
#> SRR2049598 1 0.0424 0.7246 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049597 1 0.7974 0.6587 0.604 0.312 0.084
#> SRR2049596 1 0.1163 0.7232 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049595 1 0.7234 0.6391 0.640 0.312 0.048
#> SRR2049594 1 0.4280 0.6755 0.856 0.020 0.124
#> SRR2049593 1 0.0424 0.7246 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049592 1 0.2878 0.6961 0.904 0.000 0.096
#> SRR2049591 1 0.1753 0.7184 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049590 1 0.1643 0.7196 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049589 1 0.1753 0.7184 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049588 1 0.2918 0.7292 0.924 0.044 0.032
#> SRR2049586 1 0.7442 0.6290 0.628 0.316 0.056
#> SRR2049585 1 0.0892 0.7238 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049584 1 0.1163 0.7232 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049583 1 0.3192 0.6842 0.888 0.000 0.112
#> SRR2049789 3 0.5578 0.7320 0.012 0.240 0.748
#> SRR2049788 2 0.3690 0.6237 0.016 0.884 0.100
#> SRR2049787 2 0.7016 0.5571 0.116 0.728 0.156
#> SRR2049786 3 0.4731 0.8236 0.032 0.128 0.840
#> SRR2049785 2 0.6950 -0.0535 0.016 0.508 0.476
#> SRR2049784 1 0.8487 0.6514 0.584 0.292 0.124
#> SRR2049783 2 0.6062 0.5497 0.148 0.780 0.072
#> SRR2049782 2 0.2152 0.6378 0.016 0.948 0.036
#> SRR2049781 2 0.3690 0.6237 0.016 0.884 0.100
#> SRR2049780 2 0.3846 0.6197 0.016 0.876 0.108
#> SRR2049779 2 0.3987 0.6193 0.020 0.872 0.108
#> SRR2049778 1 0.8941 0.6274 0.548 0.292 0.160
#> SRR2049777 2 0.5267 0.5767 0.140 0.816 0.044
#> SRR2049776 1 0.7433 0.6887 0.660 0.268 0.072
#> SRR2049775 2 0.3690 0.6237 0.016 0.884 0.100
#> SRR2049774 1 0.6224 0.6763 0.688 0.296 0.016
#> SRR2049773 2 0.3610 0.6249 0.016 0.888 0.096
#> SRR2049772 1 0.1031 0.7236 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049771 3 0.4848 0.8233 0.036 0.128 0.836
#> SRR2049770 1 0.8814 0.6218 0.548 0.312 0.140
#> SRR2049769 2 0.2492 0.6341 0.016 0.936 0.048
#> SRR2049768 2 0.2492 0.6341 0.016 0.936 0.048
#> SRR2049767 1 0.8220 0.4628 0.516 0.408 0.076
#> SRR2049766 1 0.6998 0.6555 0.664 0.292 0.044
#> SRR2049765 3 0.6090 0.7042 0.020 0.264 0.716
#> SRR2049764 3 0.4349 0.8293 0.020 0.128 0.852
#> SRR2049763 2 0.6188 0.4263 0.040 0.744 0.216
#> SRR2049762 3 0.5560 0.4570 0.000 0.300 0.700
#> SRR2049761 2 0.2793 0.6388 0.044 0.928 0.028
#> SRR2049760 1 0.3192 0.6842 0.888 0.000 0.112
#> SRR2049759 2 0.2902 0.6321 0.016 0.920 0.064
#> SRR2049758 1 0.2448 0.7076 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049756 1 0.1860 0.7170 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049755 2 0.9296 -0.3732 0.404 0.436 0.160
#> SRR2049757 2 0.6171 0.5502 0.144 0.776 0.080
#> SRR2049754 1 0.6597 0.6702 0.664 0.312 0.024
#> SRR2049752 1 0.7056 0.6676 0.656 0.300 0.044
#> SRR2049751 2 0.4551 0.5907 0.132 0.844 0.024
#> SRR2049749 2 0.3456 0.6164 0.036 0.904 0.060
#> SRR2049753 2 0.5047 0.5799 0.140 0.824 0.036
#> SRR2049750 1 0.7256 0.3938 0.532 0.028 0.440
#> SRR2049748 1 0.9292 0.2729 0.492 0.176 0.332
#> SRR2049744 1 0.1289 0.7224 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049743 3 0.4399 0.7944 0.000 0.188 0.812
#> SRR2049745 1 0.3116 0.6874 0.892 0.000 0.108
#> SRR2049747 1 0.2356 0.7096 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049742 1 0.7027 0.6520 0.660 0.296 0.044
#> SRR2049741 1 0.7056 0.6499 0.656 0.300 0.044
#> SRR2049738 2 0.1878 0.6440 0.044 0.952 0.004
#> SRR2049737 1 0.3983 0.7004 0.852 0.004 0.144
#> SRR2049739 2 0.3694 0.6314 0.052 0.896 0.052
#> SRR2049740 1 0.7442 0.6290 0.628 0.316 0.056
#> SRR2049736 1 0.6828 0.6556 0.656 0.312 0.032
#> SRR2049735 2 0.1878 0.6440 0.044 0.952 0.004
#> SRR2049732 1 0.2711 0.7009 0.912 0.000 0.088
#> SRR2049730 1 0.7174 0.3511 0.516 0.024 0.460
#> SRR2049734 2 0.6091 0.5414 0.092 0.784 0.124
#> SRR2049733 1 0.7553 0.6481 0.620 0.320 0.060
#> SRR2049731 1 0.8228 0.4516 0.512 0.412 0.076
#> SRR2049729 1 0.5455 0.6509 0.776 0.020 0.204
#> SRR2049727 1 0.0892 0.7229 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049728 1 0.5849 0.7104 0.756 0.216 0.028
#> SRR2049725 1 0.7145 0.3972 0.536 0.024 0.440
#> SRR2049726 2 0.3690 0.6237 0.016 0.884 0.100
#> SRR2049724 1 0.2165 0.7133 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049723 1 0.4316 0.7283 0.868 0.088 0.044
#> SRR2049720 1 0.7145 0.3972 0.536 0.024 0.440
#> SRR2049719 1 0.7890 0.5118 0.544 0.396 0.060
#> SRR2049722 1 0.2878 0.6961 0.904 0.000 0.096
#> SRR2049721 1 0.5167 0.7177 0.804 0.172 0.024
#> SRR2049716 1 0.3192 0.6842 0.888 0.000 0.112
#> SRR2049718 3 0.5298 0.6735 0.164 0.032 0.804
#> SRR2049717 2 0.6295 0.5425 0.164 0.764 0.072
#> SRR2049715 2 0.5733 0.2763 0.000 0.676 0.324
#> SRR2049714 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049713 1 0.7163 0.6488 0.628 0.332 0.040
#> SRR2049712 2 0.8149 -0.1445 0.408 0.520 0.072
#> SRR2049711 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049710 2 0.5397 0.4221 0.000 0.720 0.280
#> SRR2049709 1 0.0892 0.7245 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049707 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049708 1 0.2173 0.7263 0.944 0.008 0.048
#> SRR2049706 1 0.1529 0.7206 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049705 1 0.2066 0.7150 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049704 1 0.0747 0.7241 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049702 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049703 1 0.7580 0.6249 0.604 0.340 0.056
#> SRR2049700 1 0.7796 0.5243 0.552 0.392 0.056
#> SRR2049701 1 0.6880 0.6592 0.660 0.304 0.036
#> SRR2049699 1 0.6823 0.6571 0.668 0.296 0.036
#> SRR2049697 2 0.4654 0.5082 0.000 0.792 0.208
#> SRR2049698 1 0.4280 0.6755 0.856 0.020 0.124
#> SRR2049696 1 0.3340 0.6849 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049694 1 0.8134 0.4725 0.584 0.088 0.328
#> SRR2049693 2 0.6008 0.2831 0.000 0.628 0.372
#> SRR2049695 2 0.7129 0.2736 0.028 0.580 0.392
#> SRR2049691 1 0.2625 0.7130 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049692 1 0.7949 0.6455 0.608 0.308 0.084
#> SRR2049689 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049690 1 0.2636 0.7282 0.932 0.020 0.048
#> SRR2049688 1 0.6935 0.6470 0.652 0.312 0.036
#> SRR2049687 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049686 1 0.1411 0.7252 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049685 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049684 1 0.7491 0.6279 0.620 0.324 0.056
#> SRR2049683 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049682 1 0.7580 0.6249 0.604 0.340 0.056
#> SRR2049680 2 0.5514 0.5626 0.156 0.800 0.044
#> SRR2049681 1 0.9850 0.0121 0.412 0.264 0.324
#> SRR2049678 2 0.4062 0.5498 0.000 0.836 0.164
#> SRR2049679 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049676 2 0.3267 0.5843 0.000 0.884 0.116
#> SRR2049675 1 0.7537 0.6274 0.612 0.332 0.056
#> SRR2049677 2 0.5733 0.3791 0.000 0.676 0.324
#> SRR2049674 1 0.7337 0.6411 0.644 0.300 0.056
#> SRR2049672 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049671 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049673 1 0.7364 0.6399 0.640 0.304 0.056
#> SRR2049670 2 0.6111 0.2672 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049668 1 0.7514 0.6282 0.616 0.328 0.056
#> SRR2049669 2 0.6045 0.2929 0.000 0.620 0.380
#> SRR2049667 1 0.7234 0.5240 0.640 0.048 0.312
#> SRR2049666 1 0.7491 0.6215 0.620 0.324 0.056
#> SRR2049665 1 0.8124 0.3201 0.496 0.068 0.436
#> SRR2049664 1 0.1129 0.7236 0.976 0.004 0.020
#> SRR2049661 1 0.7507 0.6774 0.644 0.288 0.068
#> SRR2049663 1 0.2878 0.6961 0.904 0.000 0.096
#> SRR2049660 1 0.7145 0.3972 0.536 0.024 0.440
#> SRR2049662 1 0.3587 0.7097 0.892 0.020 0.088
#> SRR2049659 2 0.3886 0.6190 0.096 0.880 0.024
#> SRR2049657 1 0.1129 0.7236 0.976 0.004 0.020
#> SRR2049658 1 0.7537 0.6274 0.612 0.332 0.056
#> SRR2049655 3 0.5236 0.6694 0.168 0.028 0.804
#> SRR2049656 1 0.1411 0.7216 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049654 1 0.1163 0.7232 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049652 1 0.1964 0.7155 0.944 0.000 0.056
#> SRR2049653 2 0.1878 0.6440 0.044 0.952 0.004
#> SRR2049649 1 0.0424 0.7243 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049650 1 0.7084 0.5122 0.628 0.036 0.336
#> SRR2049651 1 0.8097 0.5046 0.540 0.388 0.072
#> SRR2049647 1 0.8572 0.5119 0.580 0.132 0.288
#> SRR2049648 1 0.7112 0.4261 0.552 0.024 0.424
#> SRR2049646 2 0.4475 0.6210 0.064 0.864 0.072
#> SRR2049644 1 0.7514 0.6172 0.616 0.328 0.056
#> SRR2049645 1 0.2356 0.7098 0.928 0.000 0.072
#> SRR2049643 1 0.7156 0.4600 0.572 0.028 0.400
#> SRR2049641 1 0.7564 0.6739 0.636 0.296 0.068
#> SRR2049639 3 0.4349 0.8293 0.020 0.128 0.852
#> SRR2049638 1 0.6553 0.5550 0.656 0.020 0.324
#> SRR2049640 1 0.5551 0.6445 0.768 0.020 0.212
#> SRR2049636 2 0.1878 0.6440 0.044 0.952 0.004
#> SRR2049635 1 0.0424 0.7243 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049637 2 0.3889 0.6258 0.084 0.884 0.032
#> SRR2049634 1 0.1878 0.7252 0.952 0.004 0.044
#> SRR2049633 2 0.7416 0.3651 0.276 0.656 0.068
#> SRR2049632 2 0.4121 0.6182 0.024 0.868 0.108
#> SRR2049631 2 0.1878 0.6440 0.044 0.952 0.004
#> SRR2049630 2 0.4217 0.6201 0.032 0.868 0.100
#> SRR2049628 1 0.8345 0.4309 0.560 0.096 0.344
#> SRR2049629 2 0.6952 -0.0580 0.016 0.504 0.480
#> SRR2049627 1 0.8109 0.6714 0.628 0.256 0.116
#> SRR2049626 1 0.7587 0.6769 0.640 0.288 0.072
#> SRR2049625 1 0.6935 0.6464 0.652 0.312 0.036
#> SRR2049624 1 0.6597 0.6696 0.664 0.312 0.024
#> SRR2049623 1 0.7467 0.6258 0.624 0.320 0.056
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049621 2 0.2944 0.8261 0.004 0.868 0.000 0.128
#> SRR2049622 1 0.2831 0.8291 0.876 0.120 0.004 0.000
#> SRR2049620 2 0.4401 0.5416 0.272 0.724 0.004 0.000
#> SRR2049619 1 0.0469 0.8690 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049618 2 0.7561 0.3505 0.248 0.516 0.004 0.232
#> SRR2049617 2 0.2773 0.8287 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR2049616 1 0.2345 0.8202 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049615 2 0.5137 0.2568 0.000 0.544 0.452 0.004
#> SRR2049614 3 0.2530 0.6498 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR2049613 3 0.0895 0.7012 0.004 0.020 0.976 0.000
#> SRR2049612 1 0.0188 0.8700 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049611 3 0.2976 0.7995 0.120 0.008 0.872 0.000
#> SRR2049610 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0779 0.8692 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR2049608 1 0.4382 0.6626 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR2049607 2 0.2345 0.7922 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR2049606 1 0.0188 0.8700 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.2888 0.8280 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR2049604 1 0.3217 0.8265 0.860 0.128 0.012 0.000
#> SRR2049603 1 0.2081 0.8318 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR2049602 1 0.0188 0.8700 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0336 0.8690 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049600 1 0.2281 0.8232 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049599 1 0.2281 0.8232 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049598 1 0.1042 0.8705 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR2049597 1 0.0937 0.8706 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR2049596 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049595 1 0.4483 0.6715 0.712 0.284 0.004 0.000
#> SRR2049594 3 0.2999 0.7933 0.132 0.004 0.864 0.000
#> SRR2049593 1 0.2861 0.8421 0.888 0.096 0.016 0.000
#> SRR2049592 1 0.1940 0.8376 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049591 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049590 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049589 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049588 1 0.0376 0.8704 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2049586 1 0.4483 0.6715 0.712 0.284 0.004 0.000
#> SRR2049585 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049584 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049583 1 0.2345 0.8202 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049789 2 0.2081 0.8375 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2049788 2 0.1022 0.8518 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2049787 2 0.1975 0.8549 0.012 0.944 0.028 0.016
#> SRR2049786 3 0.2530 0.6498 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR2049785 2 0.2081 0.8375 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2049784 1 0.2546 0.8288 0.900 0.092 0.008 0.000
#> SRR2049783 2 0.1661 0.8320 0.052 0.944 0.004 0.000
#> SRR2049782 2 0.2999 0.8217 0.000 0.864 0.004 0.132
#> SRR2049781 2 0.1118 0.8515 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2049780 2 0.0469 0.8514 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049779 2 0.0336 0.8509 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049778 1 0.5280 0.7010 0.752 0.124 0.124 0.000
#> SRR2049777 2 0.2530 0.8485 0.008 0.912 0.008 0.072
#> SRR2049776 1 0.0524 0.8705 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR2049775 2 0.1118 0.8515 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2049774 1 0.2530 0.8416 0.896 0.100 0.004 0.000
#> SRR2049773 2 0.0921 0.8520 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2049772 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049771 3 0.4998 -0.1288 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR2049770 2 0.3852 0.7228 0.192 0.800 0.008 0.000
#> SRR2049769 2 0.2944 0.8232 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR2049768 2 0.2831 0.8278 0.000 0.876 0.004 0.120
#> SRR2049767 2 0.2125 0.8134 0.076 0.920 0.004 0.000
#> SRR2049766 1 0.2888 0.8280 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR2049765 2 0.2647 0.8169 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR2049764 3 0.2868 0.6315 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2049763 2 0.2814 0.8223 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.2814 0.8223 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2049760 1 0.2408 0.8168 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049759 2 0.1970 0.8507 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR2049758 1 0.2149 0.8296 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049756 1 0.0336 0.8690 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049755 2 0.0336 0.8509 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049757 2 0.1209 0.8436 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR2049754 1 0.4509 0.6667 0.708 0.288 0.004 0.000
#> SRR2049752 1 0.0336 0.8699 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.6104 0.6700 0.104 0.664 0.000 0.232
#> SRR2049749 2 0.3837 0.7489 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2049753 2 0.3004 0.8390 0.008 0.884 0.008 0.100
#> SRR2049750 3 0.2976 0.7995 0.120 0.008 0.872 0.000
#> SRR2049748 2 0.1452 0.8416 0.036 0.956 0.008 0.000
#> SRR2049744 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049743 2 0.4877 0.4105 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR2049745 1 0.2345 0.8202 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR2049747 1 0.1940 0.8376 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049742 1 0.2831 0.8291 0.876 0.120 0.004 0.000
#> SRR2049741 1 0.3402 0.7998 0.832 0.164 0.004 0.000
#> SRR2049738 2 0.2814 0.8223 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2049737 1 0.2342 0.8349 0.912 0.008 0.080 0.000
#> SRR2049739 2 0.1004 0.8534 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR2049740 1 0.3208 0.8124 0.848 0.148 0.004 0.000
#> SRR2049736 1 0.4800 0.5921 0.656 0.340 0.004 0.000
#> SRR2049735 2 0.2760 0.8253 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR2049732 1 0.2149 0.8299 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049730 3 0.2976 0.7995 0.120 0.008 0.872 0.000
#> SRR2049734 2 0.0336 0.8509 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049733 2 0.3024 0.7530 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR2049731 2 0.2149 0.8043 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR2049729 3 0.4804 0.4916 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.8699 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0672 0.8704 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR2049725 3 0.2976 0.7995 0.120 0.008 0.872 0.000
#> SRR2049726 2 0.1151 0.8535 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR2049724 1 0.1474 0.8520 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049723 1 0.1743 0.8506 0.940 0.004 0.056 0.000
#> SRR2049720 3 0.5257 0.3085 0.444 0.008 0.548 0.000
#> SRR2049719 2 0.1661 0.8308 0.052 0.944 0.004 0.000
#> SRR2049722 1 0.2149 0.8289 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR2049721 1 0.2149 0.8459 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.4164 0.6217 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2049718 3 0.3105 0.7980 0.120 0.012 0.868 0.000
#> SRR2049717 2 0.3400 0.8229 0.076 0.876 0.004 0.044
#> SRR2049715 2 0.2973 0.8156 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR2049714 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.2987 0.8410 0.880 0.104 0.016 0.000
#> SRR2049712 2 0.5110 0.3070 0.372 0.620 0.004 0.004
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.2281 0.8453 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR2049709 1 0.0817 0.8652 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.1940 0.8362 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049706 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049705 1 0.0817 0.8652 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2049704 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.3710 0.7761 0.804 0.192 0.004 0.000
#> SRR2049700 2 0.1867 0.8181 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.2593 0.8386 0.892 0.104 0.004 0.000
#> SRR2049699 1 0.2888 0.8280 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR2049697 4 0.2345 0.8406 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR2049698 3 0.2944 0.7954 0.128 0.004 0.868 0.000
#> SRR2049696 1 0.2408 0.8168 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049694 1 0.2944 0.8292 0.868 0.128 0.004 0.000
#> SRR2049693 4 0.1211 0.9053 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2049695 4 0.0188 0.9380 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049691 1 0.1940 0.8378 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049692 1 0.4222 0.6836 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.1902 0.8459 0.932 0.004 0.064 0.000
#> SRR2049688 1 0.4560 0.6569 0.700 0.296 0.004 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0707 0.8666 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.4509 0.6686 0.708 0.288 0.004 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.2888 0.8280 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR2049680 2 0.5574 0.7018 0.184 0.728 0.004 0.084
#> SRR2049681 2 0.3046 0.8063 0.016 0.884 0.004 0.096
#> SRR2049678 4 0.4948 0.0402 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.3172 0.7589 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR2049675 1 0.2888 0.8280 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR2049677 4 0.0524 0.9320 0.004 0.008 0.000 0.988
#> SRR2049674 1 0.2944 0.8259 0.868 0.128 0.004 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.2888 0.8280 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.2888 0.8280 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR2049669 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.2676 0.8319 0.896 0.012 0.092 0.000
#> SRR2049666 1 0.4741 0.6103 0.668 0.328 0.004 0.000
#> SRR2049665 3 0.3441 0.7938 0.120 0.024 0.856 0.000
#> SRR2049664 1 0.0336 0.8690 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049661 1 0.0336 0.8706 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.2281 0.8232 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR2049660 3 0.3032 0.7978 0.124 0.008 0.868 0.000
#> SRR2049662 1 0.0779 0.8692 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR2049659 2 0.3751 0.7761 0.004 0.800 0.000 0.196
#> SRR2049657 1 0.1474 0.8601 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.2888 0.8280 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR2049655 3 0.2976 0.7995 0.120 0.008 0.872 0.000
#> SRR2049656 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049654 1 0.0592 0.8693 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049652 1 0.0336 0.8690 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049653 2 0.2999 0.8233 0.004 0.864 0.000 0.132
#> SRR2049649 1 0.0188 0.8700 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.3224 0.8005 0.864 0.016 0.120 0.000
#> SRR2049651 1 0.4925 0.4014 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.2888 0.8280 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR2049648 3 0.2976 0.7995 0.120 0.008 0.872 0.000
#> SRR2049646 2 0.1970 0.8509 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR2049644 2 0.4220 0.5856 0.248 0.748 0.004 0.000
#> SRR2049645 1 0.1118 0.8602 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049643 3 0.5220 0.3702 0.424 0.008 0.568 0.000
#> SRR2049641 1 0.0804 0.8708 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR2049639 3 0.2530 0.6498 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR2049638 3 0.4560 0.6411 0.296 0.004 0.700 0.000
#> SRR2049640 1 0.3400 0.7317 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR2049636 2 0.2814 0.8223 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2049635 1 0.0000 0.8699 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.2859 0.8343 0.008 0.880 0.000 0.112
#> SRR2049634 1 0.0524 0.8702 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR2049633 1 0.5565 0.6460 0.692 0.256 0.004 0.048
#> SRR2049632 2 0.0336 0.8509 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049631 2 0.2814 0.8223 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2049630 2 0.0336 0.8509 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049628 1 0.8633 0.3947 0.536 0.128 0.168 0.168
#> SRR2049629 2 0.2081 0.8375 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2049627 1 0.5158 0.2367 0.524 0.472 0.004 0.000
#> SRR2049626 1 0.0376 0.8702 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2049625 1 0.5039 0.4521 0.592 0.404 0.004 0.000
#> SRR2049624 1 0.2081 0.8362 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.3208 0.8132 0.848 0.148 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.1792 0.7271 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.1444 0.8424 0.012 0.948 0.040 0.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.0510 0.7456 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049620 3 0.4564 0.4106 0.016 0.372 0.612 0.000 0.000
#> SRR2049619 3 0.0404 0.7460 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.5374 0.2713 0.016 0.420 0.536 0.028 0.000
#> SRR2049617 2 0.0955 0.8502 0.028 0.968 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049616 1 0.1544 0.7588 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2049615 5 0.4737 0.4495 0.004 0.380 0.000 0.016 0.600
#> SRR2049614 5 0.0693 0.7946 0.008 0.012 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049613 5 0.0451 0.7950 0.004 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049612 3 0.0404 0.7460 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049611 5 0.4262 0.2677 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR2049610 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 3 0.4242 0.0265 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.4435 0.4875 0.016 0.336 0.648 0.000 0.000
#> SRR2049607 2 0.4269 0.5758 0.016 0.684 0.300 0.000 0.000
#> SRR2049606 3 0.0451 0.7474 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049605 3 0.3320 0.6022 0.164 0.000 0.820 0.012 0.004
#> SRR2049604 3 0.1117 0.7470 0.016 0.020 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.1851 0.7618 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR2049602 3 0.0794 0.7442 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049601 3 0.3752 0.5129 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.1544 0.7588 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.1544 0.7588 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2049598 3 0.1478 0.7352 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR2049597 3 0.3143 0.6787 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR2049596 3 0.0703 0.7436 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.3696 0.6602 0.016 0.212 0.772 0.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.4249 0.1055 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR2049593 3 0.0162 0.7482 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.3452 0.6695 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR2049591 3 0.0510 0.7464 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049590 3 0.0290 0.7463 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049589 3 0.0510 0.7464 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049588 3 0.3210 0.5474 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.3596 0.6723 0.016 0.200 0.784 0.000 0.000
#> SRR2049585 3 0.0404 0.7465 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049584 3 0.0404 0.7465 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.1544 0.7588 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.1753 0.8256 0.032 0.936 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049788 2 0.1041 0.8490 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049787 2 0.3239 0.7829 0.012 0.828 0.156 0.004 0.000
#> SRR2049786 5 0.0693 0.7942 0.012 0.008 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049785 2 0.1041 0.8490 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049784 3 0.3579 0.6426 0.004 0.240 0.756 0.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.3304 0.7725 0.016 0.816 0.168 0.000 0.000
#> SRR2049782 2 0.0955 0.8495 0.028 0.968 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049781 2 0.1041 0.8490 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049780 2 0.1041 0.8490 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049779 2 0.1041 0.8490 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049778 3 0.8007 0.3459 0.140 0.216 0.444 0.000 0.200
#> SRR2049777 2 0.3224 0.7795 0.016 0.824 0.160 0.000 0.000
#> SRR2049776 3 0.1894 0.7449 0.008 0.072 0.920 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.1041 0.8490 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049774 3 0.2971 0.7153 0.008 0.156 0.836 0.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0510 0.8524 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 3 0.0290 0.7463 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049771 5 0.4442 0.5917 0.028 0.284 0.000 0.000 0.688
#> SRR2049770 2 0.5768 0.2288 0.036 0.544 0.388 0.000 0.032
#> SRR2049769 2 0.0794 0.8503 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0955 0.8502 0.028 0.968 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049767 2 0.3727 0.7152 0.016 0.768 0.216 0.000 0.000
#> SRR2049766 3 0.1041 0.7439 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR2049765 2 0.1117 0.8453 0.016 0.964 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049764 5 0.1300 0.7849 0.016 0.028 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049763 2 0.0451 0.8527 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.8522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.1544 0.7588 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0865 0.8506 0.024 0.972 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049758 1 0.1732 0.7618 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR2049756 3 0.1671 0.7297 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.1124 0.8500 0.036 0.960 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049757 2 0.3264 0.7766 0.016 0.820 0.164 0.000 0.000
#> SRR2049754 3 0.4309 0.5315 0.016 0.308 0.676 0.000 0.000
#> SRR2049752 3 0.3687 0.7038 0.028 0.180 0.792 0.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.5223 0.7132 0.012 0.708 0.172 0.108 0.000
#> SRR2049749 2 0.2629 0.7837 0.004 0.860 0.000 0.136 0.000
#> SRR2049753 2 0.3224 0.7795 0.016 0.824 0.160 0.000 0.000
#> SRR2049750 5 0.0510 0.7935 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049748 2 0.2464 0.8181 0.016 0.888 0.096 0.000 0.000
#> SRR2049744 3 0.0404 0.7462 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049743 5 0.4134 0.6305 0.032 0.224 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049745 1 0.1608 0.7603 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.3636 0.6230 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.0671 0.7457 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR2049741 3 0.2777 0.7277 0.016 0.120 0.864 0.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.8522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.3132 0.7395 0.820 0.000 0.172 0.000 0.008
#> SRR2049739 2 0.0290 0.8512 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.2189 0.7400 0.012 0.084 0.904 0.000 0.000
#> SRR2049736 3 0.4384 0.5072 0.016 0.324 0.660 0.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.0000 0.8522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.1544 0.7588 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2049730 5 0.0510 0.7935 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049734 2 0.0510 0.8530 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049733 3 0.4803 0.1948 0.020 0.444 0.536 0.000 0.000
#> SRR2049731 2 0.4290 0.5666 0.016 0.680 0.304 0.000 0.000
#> SRR2049729 1 0.4517 0.2431 0.600 0.000 0.012 0.000 0.388
#> SRR2049727 3 0.3003 0.6198 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR2049728 3 0.4256 0.0122 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR2049725 5 0.0510 0.7935 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049726 2 0.1041 0.8490 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049724 1 0.4030 0.5000 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR2049723 3 0.4249 0.0103 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> SRR2049720 5 0.5524 0.2163 0.428 0.036 0.016 0.000 0.520
#> SRR2049719 2 0.4418 0.5074 0.016 0.652 0.332 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.2813 0.7336 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2049721 3 0.0451 0.7465 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR2049716 1 0.2209 0.7372 0.912 0.000 0.056 0.000 0.032
#> SRR2049718 5 0.0510 0.7935 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049717 2 0.3456 0.7549 0.016 0.800 0.184 0.000 0.000
#> SRR2049715 2 0.1668 0.8369 0.028 0.940 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 3 0.4029 0.3510 0.316 0.000 0.680 0.000 0.004
#> SRR2049712 3 0.5315 0.2299 0.016 0.432 0.528 0.024 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0609 0.9640 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049709 3 0.4307 -0.1740 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.3074 0.7153 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR2049706 3 0.0510 0.7464 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049705 3 0.4300 -0.1036 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR2049704 3 0.0404 0.7465 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.1777 0.7461 0.012 0.020 0.944 0.020 0.004
#> SRR2049700 2 0.4658 0.2893 0.016 0.576 0.408 0.000 0.000
#> SRR2049701 3 0.4009 0.4216 0.312 0.000 0.684 0.000 0.004
#> SRR2049699 3 0.1041 0.7500 0.004 0.032 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049697 4 0.1270 0.9195 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR2049698 1 0.4273 0.0505 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR2049696 1 0.1544 0.7588 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2049694 3 0.7539 -0.2565 0.360 0.052 0.384 0.000 0.204
#> SRR2049693 4 0.0609 0.9640 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049695 4 0.0162 0.9786 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049691 1 0.2329 0.7566 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR2049692 3 0.4497 0.4567 0.016 0.352 0.632 0.000 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 3 0.4150 0.1623 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.4290 0.5399 0.016 0.304 0.680 0.000 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.4015 0.4718 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.2519 0.7335 0.016 0.100 0.884 0.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.2429 0.7010 0.072 0.004 0.904 0.016 0.004
#> SRR2049680 2 0.4227 0.5881 0.016 0.692 0.292 0.000 0.000
#> SRR2049681 2 0.3575 0.7448 0.016 0.800 0.004 0.180 0.000
#> SRR2049678 2 0.4304 0.1936 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.2280 0.8069 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049675 3 0.1357 0.7276 0.048 0.000 0.948 0.000 0.004
#> SRR2049677 4 0.0404 0.9716 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049674 3 0.0960 0.7494 0.008 0.016 0.972 0.000 0.004
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.3048 0.5934 0.176 0.000 0.820 0.000 0.004
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.1205 0.7328 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR2049669 4 0.0000 0.9822 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.1732 0.7619 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.4309 0.5330 0.016 0.308 0.676 0.000 0.000
#> SRR2049665 5 0.1774 0.7701 0.016 0.052 0.000 0.000 0.932
#> SRR2049664 3 0.2179 0.6909 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.3381 0.7069 0.016 0.176 0.808 0.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.1671 0.7614 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049660 5 0.4268 0.2571 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR2049662 1 0.3519 0.6959 0.776 0.000 0.216 0.000 0.008
#> SRR2049659 2 0.4544 0.7551 0.012 0.764 0.156 0.068 0.000
#> SRR2049657 3 0.0404 0.7460 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.3160 0.5865 0.188 0.000 0.808 0.000 0.004
#> SRR2049655 5 0.0510 0.7935 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049656 3 0.0510 0.7464 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049654 3 0.0404 0.7465 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.4219 0.3110 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.1522 0.8409 0.012 0.944 0.044 0.000 0.000
#> SRR2049649 3 0.0404 0.7460 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.3875 0.7284 0.792 0.000 0.160 0.000 0.048
#> SRR2049651 3 0.4702 0.2554 0.016 0.432 0.552 0.000 0.000
#> SRR2049647 3 0.7347 0.2087 0.268 0.024 0.520 0.156 0.032
#> SRR2049648 5 0.4171 0.3690 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2049646 2 0.0566 0.8502 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049644 3 0.4599 0.3892 0.016 0.384 0.600 0.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.2773 0.7371 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.4656 -0.0666 0.508 0.000 0.012 0.000 0.480
#> SRR2049641 3 0.3282 0.6954 0.008 0.188 0.804 0.000 0.000
#> SRR2049639 5 0.0579 0.7948 0.008 0.008 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049638 1 0.4709 0.3070 0.612 0.000 0.024 0.000 0.364
#> SRR2049640 1 0.5289 0.3582 0.596 0.000 0.064 0.000 0.340
#> SRR2049636 2 0.0000 0.8522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 3 0.4201 0.2791 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.2293 0.8233 0.016 0.900 0.084 0.000 0.000
#> SRR2049634 3 0.3336 0.5336 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.4620 0.3714 0.016 0.392 0.592 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.1041 0.8490 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049631 2 0.0162 0.8521 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049630 2 0.0609 0.8530 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 1 0.7860 -0.0258 0.396 0.008 0.064 0.192 0.340
#> SRR2049629 2 0.1041 0.8490 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049627 3 0.4886 0.0894 0.016 0.468 0.512 0.000 0.004
#> SRR2049626 3 0.3805 0.7032 0.032 0.184 0.784 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.4348 0.5171 0.016 0.316 0.668 0.000 0.000
#> SRR2049624 3 0.3508 0.6294 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR2049623 3 0.1626 0.7456 0.016 0.044 0.940 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.1863 0.6015 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049621 2 0.3866 0.5559 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.1007 0.6190 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049620 3 0.4504 0.5492 0.368 0.040 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049619 1 0.1204 0.6145 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049618 3 0.2704 0.4316 0.056 0.024 0.888 0.024 0.000 0.008
#> SRR2049617 2 0.1814 0.7256 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 6 0.3867 0.6868 0.296 0.000 0.004 0.000 0.012 0.688
#> SRR2049615 5 0.7345 0.3170 0.000 0.196 0.176 0.000 0.420 0.208
#> SRR2049614 5 0.3725 0.7388 0.000 0.016 0.016 0.000 0.760 0.208
#> SRR2049613 5 0.2854 0.7430 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR2049612 1 0.1010 0.6217 0.960 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049611 6 0.3864 -0.1384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR2049610 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.3769 0.1852 0.640 0.000 0.004 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049608 3 0.4183 0.3900 0.480 0.012 0.508 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049607 3 0.5011 0.5658 0.368 0.080 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049606 1 0.1080 0.6190 0.960 0.004 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049605 1 0.5005 0.3769 0.644 0.000 0.164 0.000 0.000 0.192
#> SRR2049604 1 0.3647 -0.0335 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049603 6 0.3890 0.5397 0.400 0.000 0.000 0.000 0.004 0.596
#> SRR2049602 1 0.1714 0.5981 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049601 1 0.2697 0.5291 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2049600 6 0.3867 0.6868 0.296 0.000 0.004 0.000 0.012 0.688
#> SRR2049599 6 0.3748 0.6849 0.300 0.000 0.000 0.000 0.012 0.688
#> SRR2049598 1 0.2135 0.5829 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2049597 1 0.2062 0.5987 0.900 0.008 0.088 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049596 1 0.1663 0.6016 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049595 1 0.3866 -0.3468 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049594 6 0.3862 0.1452 0.004 0.000 0.000 0.000 0.388 0.608
#> SRR2049593 1 0.0713 0.6198 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.3823 -0.0713 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2049591 1 0.1789 0.6194 0.924 0.032 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049590 1 0.1444 0.6083 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049589 1 0.1418 0.6196 0.944 0.032 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049588 1 0.3565 0.3231 0.692 0.000 0.004 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049586 1 0.3867 -0.3558 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.1194 0.6163 0.956 0.032 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049584 1 0.1194 0.6163 0.956 0.032 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049583 6 0.3867 0.6868 0.296 0.000 0.004 0.000 0.012 0.688
#> SRR2049789 2 0.3907 0.5304 0.000 0.784 0.008 0.000 0.108 0.100
#> SRR2049788 2 0.0865 0.7158 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049787 3 0.4246 -0.3738 0.020 0.400 0.580 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049786 5 0.3738 0.7383 0.000 0.040 0.000 0.000 0.752 0.208
#> SRR2049785 2 0.1863 0.7140 0.000 0.920 0.044 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049784 1 0.1949 0.5990 0.904 0.004 0.088 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049783 3 0.4352 0.0167 0.052 0.280 0.668 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049782 2 0.3076 0.7150 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0865 0.7158 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.0865 0.7158 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049779 2 0.1267 0.7211 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049778 1 0.5178 0.3835 0.692 0.004 0.032 0.000 0.152 0.120
#> SRR2049777 2 0.4338 0.4211 0.020 0.496 0.484 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.1501 0.6069 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0865 0.7158 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 1 0.3619 0.1325 0.680 0.004 0.316 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.2260 0.7264 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.0458 0.6223 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049771 5 0.5667 0.5307 0.000 0.264 0.000 0.000 0.528 0.208
#> SRR2049770 3 0.6600 0.4990 0.320 0.208 0.432 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049769 2 0.2793 0.7237 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.2048 0.7281 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.5360 0.5649 0.308 0.136 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049766 1 0.2311 0.6066 0.880 0.000 0.016 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049765 2 0.6776 0.5425 0.000 0.472 0.292 0.000 0.096 0.140
#> SRR2049764 5 0.3983 0.7330 0.000 0.056 0.000 0.000 0.736 0.208
#> SRR2049763 2 0.3823 0.6204 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0260 0.8827 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049761 2 0.3823 0.6204 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049760 6 0.3898 0.6870 0.296 0.000 0.000 0.000 0.020 0.684
#> SRR2049759 2 0.2003 0.7276 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 6 0.3940 0.6314 0.348 0.000 0.000 0.000 0.012 0.640
#> SRR2049756 1 0.2003 0.5956 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049755 2 0.4116 0.1535 0.012 0.572 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049757 3 0.5260 -0.2500 0.096 0.440 0.464 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049754 1 0.4181 -0.3525 0.512 0.012 0.476 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.2062 0.6028 0.900 0.004 0.088 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049751 3 0.5417 0.1426 0.056 0.068 0.640 0.236 0.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.4988 0.5557 0.000 0.484 0.448 0.068 0.000 0.000
#> SRR2049753 3 0.4333 -0.4175 0.020 0.468 0.512 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049750 5 0.1556 0.7455 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR2049748 3 0.3130 0.3098 0.028 0.144 0.824 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049744 1 0.0790 0.6209 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049743 5 0.5912 0.4423 0.000 0.376 0.000 0.000 0.416 0.208
#> SRR2049745 6 0.3955 0.6724 0.316 0.000 0.004 0.000 0.012 0.668
#> SRR2049747 1 0.3810 -0.0252 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2049742 1 0.1858 0.6025 0.904 0.000 0.004 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049741 1 0.3817 -0.2167 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.3823 0.6204 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049737 6 0.4147 0.4371 0.436 0.000 0.000 0.000 0.012 0.552
#> SRR2049739 2 0.3607 0.6499 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 1 0.3727 -0.0892 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.4184 -0.3811 0.500 0.012 0.488 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.3782 0.6321 0.000 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049732 6 0.3748 0.6842 0.300 0.000 0.000 0.000 0.012 0.688
#> SRR2049730 5 0.1765 0.7393 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR2049734 2 0.4328 0.2199 0.020 0.520 0.460 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049733 3 0.5025 0.4665 0.436 0.072 0.492 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049731 3 0.4640 0.5421 0.212 0.108 0.680 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049729 6 0.3742 0.2514 0.004 0.000 0.000 0.000 0.348 0.648
#> SRR2049727 1 0.2491 0.5385 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049728 1 0.4241 0.1262 0.608 0.000 0.024 0.000 0.000 0.368
#> SRR2049725 5 0.1814 0.7370 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049726 2 0.0865 0.7158 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.3747 0.0899 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR2049723 1 0.3830 0.1189 0.620 0.000 0.004 0.000 0.000 0.376
#> SRR2049720 6 0.5832 0.2829 0.168 0.004 0.000 0.000 0.360 0.468
#> SRR2049719 3 0.5083 0.5847 0.320 0.100 0.580 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049722 6 0.4057 0.4514 0.436 0.000 0.000 0.000 0.008 0.556
#> SRR2049721 1 0.2123 0.6204 0.908 0.020 0.008 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049716 6 0.4066 0.6827 0.272 0.000 0.000 0.000 0.036 0.692
#> SRR2049718 5 0.0790 0.7562 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049717 3 0.4620 0.4953 0.176 0.132 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049715 2 0.4770 0.6582 0.000 0.616 0.328 0.012 0.044 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.5092 0.2821 0.624 0.000 0.144 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049712 3 0.3581 0.5545 0.188 0.024 0.780 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049711 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.2793 0.7755 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.3672 0.1427 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2049707 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.3868 -0.2783 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2049706 1 0.1334 0.6192 0.948 0.032 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049705 1 0.3647 0.1687 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR2049704 1 0.1049 0.6170 0.960 0.032 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049702 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.4762 0.1053 0.472 0.000 0.488 0.008 0.000 0.032
#> SRR2049700 3 0.4917 0.5768 0.348 0.076 0.576 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.5065 0.2935 0.616 0.000 0.124 0.000 0.000 0.260
#> SRR2049699 1 0.3565 0.1687 0.692 0.000 0.304 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049697 4 0.3725 0.6487 0.000 0.008 0.316 0.676 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.3907 0.0849 0.004 0.000 0.000 0.000 0.408 0.588
#> SRR2049696 6 0.3917 0.6870 0.284 0.000 0.000 0.000 0.024 0.692
#> SRR2049694 1 0.6579 0.1007 0.508 0.000 0.164 0.000 0.072 0.256
#> SRR2049693 4 0.2178 0.8269 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0547 0.8796 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2049691 6 0.4161 0.4122 0.448 0.000 0.000 0.000 0.012 0.540
#> SRR2049692 3 0.4264 0.3759 0.488 0.016 0.496 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.3769 0.1851 0.640 0.000 0.004 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049688 1 0.3997 -0.3641 0.508 0.004 0.488 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.3774 0.0798 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049685 4 0.1501 0.8584 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.4292 0.4395 0.388 0.000 0.588 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049683 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.4506 0.4800 0.704 0.000 0.176 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049680 3 0.2737 0.4501 0.084 0.044 0.868 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049681 3 0.3703 0.3144 0.000 0.064 0.796 0.132 0.008 0.000
#> SRR2049678 4 0.5735 0.1895 0.000 0.176 0.352 0.472 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.3652 0.6368 0.000 0.004 0.324 0.672 0.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.4377 0.4947 0.720 0.000 0.160 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049677 4 0.3175 0.7275 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.4278 0.1607 0.632 0.000 0.336 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049672 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.4125 0.4955 0.748 0.000 0.124 0.000 0.000 0.128
#> SRR2049670 4 0.0000 0.8879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.4209 0.5114 0.736 0.000 0.160 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049669 4 0.2048 0.8352 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR2049667 6 0.4570 0.6252 0.340 0.000 0.016 0.000 0.024 0.620
#> SRR2049666 3 0.3998 0.3709 0.492 0.004 0.504 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049665 5 0.2007 0.7402 0.044 0.004 0.000 0.000 0.916 0.036
#> SRR2049664 1 0.2454 0.5439 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049661 1 0.1753 0.6026 0.912 0.004 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049663 6 0.3867 0.6579 0.328 0.000 0.000 0.000 0.012 0.660
#> SRR2049660 5 0.3862 0.1704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR2049662 1 0.4199 -0.0314 0.568 0.000 0.000 0.000 0.016 0.416
#> SRR2049659 3 0.5919 -0.1103 0.020 0.160 0.540 0.280 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0790 0.6214 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049658 1 0.5058 0.3614 0.636 0.000 0.164 0.000 0.000 0.200
#> SRR2049655 5 0.0865 0.7561 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR2049656 1 0.1418 0.6196 0.944 0.032 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049654 1 0.1049 0.6170 0.960 0.032 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049652 1 0.3756 0.1238 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049653 3 0.3860 -0.5245 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.1387 0.6107 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049650 6 0.4180 0.6209 0.348 0.000 0.000 0.000 0.024 0.628
#> SRR2049651 3 0.3364 0.5605 0.196 0.024 0.780 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.6635 0.2126 0.532 0.000 0.168 0.056 0.012 0.232
#> SRR2049648 5 0.3684 0.4240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR2049646 3 0.4109 -0.4224 0.000 0.412 0.576 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.4377 0.4736 0.436 0.024 0.540 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.3862 -0.1895 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR2049643 6 0.3899 0.2230 0.008 0.000 0.000 0.000 0.364 0.628
#> SRR2049641 1 0.1812 0.6031 0.912 0.008 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 5 0.3529 0.7407 0.000 0.028 0.000 0.000 0.764 0.208
#> SRR2049638 6 0.3899 0.1972 0.008 0.000 0.000 0.000 0.364 0.628
#> SRR2049640 6 0.4801 0.3955 0.088 0.000 0.000 0.000 0.280 0.632
#> SRR2049636 2 0.3833 0.6128 0.000 0.556 0.444 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.2996 0.4839 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR2049637 2 0.3864 0.5203 0.000 0.520 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.3508 0.3400 0.704 0.000 0.004 0.000 0.000 0.292
#> SRR2049633 3 0.3546 0.5603 0.196 0.016 0.776 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049632 2 0.0865 0.7158 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049631 2 0.4578 0.5925 0.000 0.520 0.444 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.3482 0.5556 0.000 0.684 0.316 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 1 0.7778 -0.2357 0.420 0.000 0.144 0.060 0.096 0.280
#> SRR2049629 2 0.1863 0.7140 0.000 0.920 0.044 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049627 1 0.5735 -0.4236 0.460 0.040 0.448 0.000 0.040 0.012
#> SRR2049626 1 0.1901 0.6058 0.912 0.008 0.076 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049625 1 0.4097 -0.3816 0.500 0.008 0.492 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.1908 0.5959 0.900 0.004 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.3996 -0.2845 0.512 0.000 0.484 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.844 0.889 0.956 0.4636 0.542 0.542
#> 3 3 0.605 0.699 0.857 0.3117 0.809 0.662
#> 4 4 0.515 0.423 0.646 0.1650 0.803 0.554
#> 5 5 0.735 0.746 0.871 0.0972 0.813 0.466
#> 6 6 0.655 0.482 0.707 0.0489 0.874 0.543
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049620 1 0.9460 0.459946 0.636 0.364
#> SRR2049619 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.6801 0.754103 0.180 0.820
#> SRR2049613 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.7376 0.733684 0.792 0.208
#> SRR2049607 1 0.8909 0.573811 0.692 0.308
#> SRR2049606 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.0376 0.944864 0.996 0.004
#> SRR2049594 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.7139 0.749570 0.804 0.196
#> SRR2049585 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049786 1 0.7299 0.739062 0.796 0.204
#> SRR2049785 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.9393 0.416235 0.356 0.644
#> SRR2049779 2 0.0376 0.955655 0.004 0.996
#> SRR2049778 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049771 1 0.9933 0.219664 0.548 0.452
#> SRR2049770 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049767 1 0.9944 0.206487 0.544 0.456
#> SRR2049766 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.7453 0.705229 0.212 0.788
#> SRR2049763 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049755 1 0.9686 0.382176 0.604 0.396
#> SRR2049757 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049748 1 0.9833 0.305452 0.576 0.424
#> SRR2049744 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.9993 0.000386 0.484 0.516
#> SRR2049745 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.0672 0.941870 0.992 0.008
#> SRR2049738 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.9661 0.320264 0.392 0.608
#> SRR2049733 1 0.0376 0.944864 0.996 0.004
#> SRR2049731 1 0.9970 0.165478 0.532 0.468
#> SRR2049729 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049719 1 0.9522 0.441578 0.628 0.372
#> SRR2049722 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.8327 0.650323 0.736 0.264
#> SRR2049700 1 0.9427 0.468836 0.640 0.360
#> SRR2049701 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.4939 0.851969 0.892 0.108
#> SRR2049689 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.3114 0.902181 0.944 0.056
#> SRR2049687 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.9522 0.441577 0.628 0.372
#> SRR2049683 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.3733 0.887665 0.928 0.072
#> SRR2049680 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.9661 0.320258 0.392 0.608
#> SRR2049678 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.0672 0.941841 0.992 0.008
#> SRR2049672 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.8081 0.675600 0.752 0.248
#> SRR2049665 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049655 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049651 1 0.9323 0.494670 0.652 0.348
#> SRR2049647 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049644 2 0.9983 0.033250 0.476 0.524
#> SRR2049645 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049639 1 0.9580 0.422622 0.620 0.380
#> SRR2049638 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.5519 0.823366 0.128 0.872
#> SRR2049631 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.3879 0.883958 0.924 0.076
#> SRR2049629 2 0.0000 0.959232 0.000 1.000
#> SRR2049627 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.2948 0.905754 0.948 0.052
#> SRR2049624 1 0.0000 0.947755 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.7376 0.733684 0.792 0.208
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0424 0.8786 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049621 2 0.5560 0.7236 0.000 0.700 0.300
#> SRR2049622 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049620 1 0.7004 0.5751 0.728 0.160 0.112
#> SRR2049619 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.1860 0.7601 0.052 0.948 0.000
#> SRR2049617 2 0.6140 0.6324 0.000 0.596 0.404
#> SRR2049616 1 0.1031 0.8732 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049615 3 0.5431 0.3843 0.000 0.284 0.716
#> SRR2049614 3 0.6000 0.6353 0.200 0.040 0.760
#> SRR2049613 3 0.5882 0.5513 0.348 0.000 0.652
#> SRR2049612 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 3 0.6252 0.3797 0.444 0.000 0.556
#> SRR2049610 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.6266 0.6654 0.768 0.156 0.076
#> SRR2049607 1 0.9193 0.0110 0.480 0.156 0.364
#> SRR2049606 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.4702 0.6706 0.788 0.212 0.000
#> SRR2049604 1 0.0424 0.8771 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049603 1 0.1411 0.8671 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049602 1 0.0237 0.8790 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049601 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.1411 0.8671 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049599 1 0.2959 0.8194 0.900 0.000 0.100
#> SRR2049598 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.3038 0.8254 0.896 0.000 0.104
#> SRR2049596 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.0237 0.8781 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049594 1 0.3340 0.7979 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049593 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0424 0.8784 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049591 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.0592 0.8753 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049585 1 0.0237 0.8781 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.1411 0.8671 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049789 3 0.3752 0.3912 0.000 0.144 0.856
#> SRR2049788 3 0.6267 -0.4089 0.000 0.452 0.548
#> SRR2049787 2 0.0424 0.8118 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049786 3 0.0237 0.5746 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049785 3 0.2165 0.5079 0.000 0.064 0.936
#> SRR2049784 1 0.4974 0.6482 0.764 0.000 0.236
#> SRR2049783 2 0.6161 0.7212 0.016 0.696 0.288
#> SRR2049782 2 0.5706 0.7117 0.000 0.680 0.320
#> SRR2049781 3 0.4887 0.2098 0.000 0.228 0.772
#> SRR2049780 3 0.1964 0.5188 0.000 0.056 0.944
#> SRR2049779 3 0.6126 -0.2896 0.000 0.400 0.600
#> SRR2049778 3 0.5882 0.5506 0.348 0.000 0.652
#> SRR2049777 2 0.5098 0.7500 0.000 0.752 0.248
#> SRR2049776 1 0.1411 0.8671 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049775 3 0.6244 -0.3826 0.000 0.440 0.560
#> SRR2049774 1 0.0424 0.8771 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049773 2 0.6252 0.5793 0.000 0.556 0.444
#> SRR2049772 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049771 3 0.0000 0.5719 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049770 3 0.1860 0.6001 0.052 0.000 0.948
#> SRR2049769 2 0.6062 0.6539 0.000 0.616 0.384
#> SRR2049768 2 0.6111 0.6418 0.000 0.604 0.396
#> SRR2049767 2 0.8876 0.4417 0.120 0.468 0.412
#> SRR2049766 1 0.1163 0.8717 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049765 3 0.2356 0.4980 0.000 0.072 0.928
#> SRR2049764 3 0.0000 0.5719 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.4974 0.7553 0.000 0.764 0.236
#> SRR2049762 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049761 2 0.5431 0.7364 0.000 0.716 0.284
#> SRR2049760 1 0.3116 0.8110 0.892 0.000 0.108
#> SRR2049759 2 0.6140 0.6324 0.000 0.596 0.404
#> SRR2049758 1 0.0592 0.8775 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049756 1 0.1163 0.8714 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049755 3 0.0424 0.5665 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049757 2 0.5968 0.6719 0.000 0.636 0.364
#> SRR2049754 1 0.3551 0.7675 0.868 0.000 0.132
#> SRR2049752 1 0.3340 0.8012 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049751 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049749 2 0.0747 0.8110 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049753 2 0.3941 0.7830 0.000 0.844 0.156
#> SRR2049750 3 0.6045 0.5123 0.380 0.000 0.620
#> SRR2049748 3 0.8298 0.5808 0.220 0.152 0.628
#> SRR2049744 1 0.0237 0.8790 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049743 3 0.0000 0.5719 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.0747 0.8764 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049747 1 0.0424 0.8784 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049742 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.4291 0.7783 0.000 0.820 0.180
#> SRR2049737 1 0.3879 0.7597 0.848 0.000 0.152
#> SRR2049739 2 0.6235 0.5917 0.000 0.564 0.436
#> SRR2049740 1 0.0747 0.8732 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049736 1 0.5098 0.6533 0.752 0.000 0.248
#> SRR2049735 2 0.5706 0.7098 0.000 0.680 0.320
#> SRR2049732 1 0.1163 0.8715 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049730 3 0.6111 0.4864 0.396 0.000 0.604
#> SRR2049734 2 0.7634 0.5453 0.044 0.524 0.432
#> SRR2049733 3 0.2165 0.6030 0.064 0.000 0.936
#> SRR2049731 1 0.9507 -0.0923 0.432 0.380 0.188
#> SRR2049729 1 0.5859 0.3656 0.656 0.000 0.344
#> SRR2049727 1 0.0592 0.8775 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049728 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 3 0.6079 0.5004 0.388 0.000 0.612
#> SRR2049726 2 0.6295 0.5349 0.000 0.528 0.472
#> SRR2049724 1 0.0237 0.8790 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049723 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 3 0.6095 0.4936 0.392 0.000 0.608
#> SRR2049719 1 0.8126 0.2005 0.564 0.080 0.356
#> SRR2049722 1 0.0592 0.8775 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049721 1 0.0237 0.8781 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049716 1 0.1860 0.8569 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049718 3 0.6062 0.5067 0.384 0.000 0.616
#> SRR2049717 2 0.5406 0.7569 0.012 0.764 0.224
#> SRR2049715 2 0.5327 0.7430 0.000 0.728 0.272
#> SRR2049714 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049711 2 0.0424 0.8118 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049710 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0237 0.8790 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049706 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0237 0.8781 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.6045 0.4058 0.620 0.380 0.000
#> SRR2049700 1 0.9224 -0.1113 0.440 0.152 0.408
#> SRR2049701 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049698 1 0.4750 0.6608 0.784 0.000 0.216
#> SRR2049696 1 0.3412 0.7936 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049694 1 0.6348 0.6779 0.752 0.188 0.060
#> SRR2049693 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049695 2 0.0424 0.8118 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049691 1 0.3941 0.7548 0.844 0.000 0.156
#> SRR2049692 3 0.5760 0.5687 0.328 0.000 0.672
#> SRR2049689 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049690 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.2448 0.8250 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049687 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049686 1 0.1163 0.8714 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049685 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 1 0.6079 0.3924 0.612 0.388 0.000
#> SRR2049683 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049682 1 0.5678 0.5111 0.684 0.316 0.000
#> SRR2049680 2 0.0237 0.8077 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049681 2 0.7681 0.0447 0.048 0.540 0.412
#> SRR2049678 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049679 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049676 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049675 1 0.4121 0.7266 0.832 0.168 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.3752 0.7564 0.856 0.144 0.000
#> SRR2049672 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049671 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049673 1 0.0237 0.8781 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049670 2 0.0237 0.8119 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049668 1 0.4605 0.6810 0.796 0.204 0.000
#> SRR2049669 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0747 0.8764 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049666 1 0.2902 0.8298 0.920 0.064 0.016
#> SRR2049665 3 0.5465 0.6003 0.288 0.000 0.712
#> SRR2049664 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.4062 0.7461 0.836 0.000 0.164
#> SRR2049663 1 0.0592 0.8775 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049660 3 0.6095 0.4936 0.392 0.000 0.608
#> SRR2049662 1 0.5529 0.4962 0.704 0.000 0.296
#> SRR2049659 2 0.0000 0.8105 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.1860 0.8469 0.948 0.052 0.000
#> SRR2049655 3 0.6204 0.4277 0.424 0.000 0.576
#> SRR2049656 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.2448 0.8388 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049653 2 0.2959 0.7965 0.000 0.900 0.100
#> SRR2049649 1 0.0000 0.8793 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.2625 0.8322 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049651 1 0.5706 0.5220 0.680 0.320 0.000
#> SRR2049647 1 0.4178 0.7221 0.828 0.172 0.000
#> SRR2049648 3 0.6291 0.3127 0.468 0.000 0.532
#> SRR2049646 2 0.5678 0.7120 0.000 0.684 0.316
#> SRR2049644 1 0.8079 0.3853 0.624 0.268 0.108
#> SRR2049645 1 0.1753 0.8596 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049643 1 0.5835 0.3732 0.660 0.000 0.340
#> SRR2049641 1 0.0892 0.8750 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049639 3 0.0000 0.5719 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.6192 0.0864 0.580 0.000 0.420
#> SRR2049640 3 0.6302 0.2763 0.480 0.000 0.520
#> SRR2049636 2 0.5431 0.7360 0.000 0.716 0.284
#> SRR2049635 1 0.0747 0.8764 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049637 2 0.5529 0.7259 0.000 0.704 0.296
#> SRR2049634 1 0.0592 0.8775 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049633 2 0.5178 0.4513 0.256 0.744 0.000
#> SRR2049632 3 0.3340 0.4298 0.000 0.120 0.880
#> SRR2049631 2 0.4605 0.7666 0.000 0.796 0.204
#> SRR2049630 2 0.6180 0.6172 0.000 0.584 0.416
#> SRR2049628 3 0.9541 0.3537 0.348 0.200 0.452
#> SRR2049629 3 0.0237 0.5685 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049627 3 0.5882 0.5479 0.348 0.000 0.652
#> SRR2049626 1 0.0747 0.8764 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049625 1 0.0592 0.8753 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049624 1 0.4178 0.7582 0.828 0.000 0.172
#> SRR2049623 1 0.4235 0.7253 0.824 0.176 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.5193 3.25e-01 0.656 0.020 0.324 0.000
#> SRR2049621 3 0.6746 -9.23e-02 0.000 0.316 0.568 0.116
#> SRR2049622 1 0.4990 2.44e-01 0.640 0.008 0.352 0.000
#> SRR2049620 1 0.8764 -2.22e-01 0.416 0.288 0.248 0.048
#> SRR2049619 1 0.4283 4.49e-01 0.740 0.004 0.256 0.000
#> SRR2049618 4 0.3892 6.03e-01 0.192 0.004 0.004 0.800
#> SRR2049617 3 0.7154 -2.17e-01 0.000 0.428 0.440 0.132
#> SRR2049616 1 0.1398 7.17e-01 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR2049615 4 0.5653 2.87e-01 0.016 0.448 0.004 0.532
#> SRR2049614 2 0.4989 4.17e-01 0.164 0.764 0.000 0.072
#> SRR2049613 2 0.4713 2.16e-01 0.360 0.640 0.000 0.000
#> SRR2049612 1 0.4086 5.12e-01 0.776 0.008 0.216 0.000
#> SRR2049611 1 0.4972 1.66e-01 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR2049610 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.1474 6.92e-01 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049608 1 0.4742 5.65e-01 0.760 0.208 0.004 0.028
#> SRR2049607 3 0.6143 2.21e-01 0.092 0.204 0.692 0.012
#> SRR2049606 1 0.4621 3.83e-01 0.708 0.008 0.284 0.000
#> SRR2049605 1 0.4422 5.34e-01 0.736 0.000 0.008 0.256
#> SRR2049604 3 0.6121 3.25e-01 0.396 0.052 0.552 0.000
#> SRR2049603 1 0.2281 7.00e-01 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0188 7.14e-01 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049601 1 0.2334 6.67e-01 0.908 0.004 0.088 0.000
#> SRR2049600 1 0.1305 7.17e-01 0.960 0.036 0.004 0.000
#> SRR2049599 1 0.4401 5.35e-01 0.724 0.272 0.004 0.000
#> SRR2049598 1 0.5614 3.72e-01 0.652 0.044 0.304 0.000
#> SRR2049597 1 0.3547 6.58e-01 0.864 0.064 0.072 0.000
#> SRR2049596 1 0.5917 -7.52e-02 0.520 0.036 0.444 0.000
#> SRR2049595 3 0.5516 3.28e-01 0.428 0.012 0.556 0.004
#> SRR2049594 1 0.5088 2.40e-01 0.572 0.424 0.004 0.000
#> SRR2049593 3 0.5360 3.18e-01 0.436 0.012 0.552 0.000
#> SRR2049592 1 0.2214 7.10e-01 0.928 0.044 0.028 0.000
#> SRR2049591 3 0.5296 1.91e-01 0.496 0.008 0.496 0.000
#> SRR2049590 1 0.5040 1.96e-01 0.628 0.008 0.364 0.000
#> SRR2049589 3 0.5268 2.97e-01 0.452 0.008 0.540 0.000
#> SRR2049588 1 0.1807 6.94e-01 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR2049586 3 0.5515 3.38e-01 0.420 0.008 0.564 0.008
#> SRR2049585 3 0.5143 2.97e-01 0.456 0.004 0.540 0.000
#> SRR2049584 3 0.5550 3.21e-01 0.428 0.020 0.552 0.000
#> SRR2049583 1 0.2530 7.08e-01 0.896 0.100 0.004 0.000
#> SRR2049789 2 0.5366 2.99e-01 0.000 0.548 0.440 0.012
#> SRR2049788 2 0.5372 2.95e-01 0.000 0.544 0.444 0.012
#> SRR2049787 4 0.0376 8.55e-01 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR2049786 2 0.0524 4.51e-01 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR2049785 2 0.5250 3.01e-01 0.000 0.552 0.440 0.008
#> SRR2049784 1 0.4018 6.22e-01 0.772 0.224 0.004 0.000
#> SRR2049783 3 0.6407 -8.60e-02 0.004 0.348 0.580 0.068
#> SRR2049782 3 0.7688 -9.67e-02 0.000 0.232 0.440 0.328
#> SRR2049781 2 0.5472 2.97e-01 0.000 0.544 0.440 0.016
#> SRR2049780 2 0.6210 2.79e-01 0.008 0.516 0.440 0.036
#> SRR2049779 2 0.5126 3.00e-01 0.000 0.552 0.444 0.004
#> SRR2049778 2 0.4950 2.05e-01 0.376 0.620 0.004 0.000
#> SRR2049777 3 0.1733 2.90e-01 0.000 0.024 0.948 0.028
#> SRR2049776 1 0.4547 6.46e-01 0.804 0.092 0.104 0.000
#> SRR2049775 2 0.5833 2.83e-01 0.000 0.528 0.440 0.032
#> SRR2049774 3 0.5119 3.21e-01 0.440 0.004 0.556 0.000
#> SRR2049773 2 0.5372 2.95e-01 0.000 0.544 0.444 0.012
#> SRR2049772 3 0.5564 3.10e-01 0.436 0.020 0.544 0.000
#> SRR2049771 2 0.2596 4.51e-01 0.024 0.908 0.068 0.000
#> SRR2049770 2 0.3732 4.56e-01 0.056 0.852 0.092 0.000
#> SRR2049769 3 0.7540 -1.64e-01 0.000 0.364 0.444 0.192
#> SRR2049768 3 0.7310 -1.99e-01 0.000 0.408 0.440 0.152
#> SRR2049767 3 0.3946 1.68e-01 0.012 0.172 0.812 0.004
#> SRR2049766 1 0.1576 7.16e-01 0.948 0.048 0.004 0.000
#> SRR2049765 2 0.3427 4.25e-01 0.000 0.860 0.112 0.028
#> SRR2049764 2 0.1022 4.47e-01 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2049763 4 0.6944 2.84e-01 0.000 0.112 0.404 0.484
#> SRR2049762 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 4 0.6971 3.19e-01 0.000 0.120 0.372 0.508
#> SRR2049760 1 0.4699 4.06e-01 0.676 0.320 0.004 0.000
#> SRR2049759 2 0.6929 2.00e-01 0.000 0.448 0.444 0.108
#> SRR2049758 1 0.1004 7.18e-01 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR2049756 1 0.1510 7.09e-01 0.956 0.016 0.028 0.000
#> SRR2049755 3 0.7387 -2.79e-01 0.104 0.440 0.440 0.016
#> SRR2049757 3 0.1697 2.91e-01 0.004 0.028 0.952 0.016
#> SRR2049754 3 0.6270 3.35e-01 0.404 0.060 0.536 0.000
#> SRR2049752 1 0.4088 5.91e-01 0.764 0.232 0.004 0.000
#> SRR2049751 4 0.2814 7.48e-01 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR2049749 4 0.0469 8.50e-01 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049753 3 0.3651 2.48e-01 0.008 0.012 0.844 0.136
#> SRR2049750 2 0.4888 1.12e-01 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.7469 3.95e-02 0.400 0.444 0.004 0.152
#> SRR2049744 1 0.5452 2.12e-01 0.616 0.024 0.360 0.000
#> SRR2049743 2 0.3610 4.03e-01 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR2049745 1 0.1743 7.18e-01 0.940 0.056 0.004 0.000
#> SRR2049747 1 0.0804 7.14e-01 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR2049742 1 0.2940 6.71e-01 0.892 0.012 0.088 0.008
#> SRR2049741 1 0.5987 -7.34e-02 0.520 0.040 0.440 0.000
#> SRR2049738 4 0.6928 2.36e-01 0.000 0.108 0.436 0.456
#> SRR2049737 1 0.5112 2.20e-01 0.560 0.436 0.004 0.000
#> SRR2049739 3 0.7220 -2.10e-01 0.000 0.420 0.440 0.140
#> SRR2049740 3 0.5908 3.10e-01 0.432 0.004 0.536 0.028
#> SRR2049736 1 0.7684 -2.29e-01 0.396 0.388 0.216 0.000
#> SRR2049735 3 0.7537 -1.50e-01 0.000 0.348 0.456 0.196
#> SRR2049732 1 0.1576 7.16e-01 0.948 0.048 0.004 0.000
#> SRR2049730 2 0.5137 2.98e-02 0.452 0.544 0.004 0.000
#> SRR2049734 3 0.5137 -2.08e-01 0.000 0.452 0.544 0.004
#> SRR2049733 2 0.5571 3.20e-01 0.024 0.580 0.396 0.000
#> SRR2049731 3 0.7615 3.85e-01 0.296 0.148 0.536 0.020
#> SRR2049729 1 0.5112 2.05e-01 0.560 0.436 0.004 0.000
#> SRR2049727 1 0.0657 7.17e-01 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR2049728 1 0.0376 7.14e-01 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2049725 2 0.4855 1.42e-01 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.6655 2.30e-01 0.000 0.476 0.440 0.084
#> SRR2049724 1 0.0937 7.13e-01 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR2049723 1 0.0376 7.14e-01 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2049720 2 0.4992 -4.71e-02 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR2049719 3 0.6987 4.20e-01 0.272 0.160 0.568 0.000
#> SRR2049722 1 0.2480 7.07e-01 0.904 0.088 0.008 0.000
#> SRR2049721 1 0.2654 6.46e-01 0.888 0.004 0.108 0.000
#> SRR2049716 1 0.3208 6.45e-01 0.848 0.148 0.004 0.000
#> SRR2049718 2 0.4888 1.19e-01 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR2049717 3 0.6083 4.36e-01 0.216 0.000 0.672 0.112
#> SRR2049715 3 0.7566 -1.94e-01 0.000 0.192 0.416 0.392
#> SRR2049714 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0657 7.17e-01 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR2049712 4 0.4621 5.34e-01 0.008 0.000 0.284 0.708
#> SRR2049711 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0376 7.14e-01 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.1004 7.18e-01 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR2049706 3 0.4989 2.71e-01 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR2049705 1 0.1118 7.02e-01 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049704 3 0.4977 3.00e-01 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.7830 -1.56e-01 0.404 0.000 0.324 0.272
#> SRR2049700 2 0.7796 1.86e-01 0.172 0.460 0.356 0.012
#> SRR2049701 1 0.1624 7.18e-01 0.952 0.028 0.020 0.000
#> SRR2049699 1 0.5047 2.35e-01 0.636 0.004 0.356 0.004
#> SRR2049697 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.5229 2.24e-01 0.564 0.428 0.008 0.000
#> SRR2049696 1 0.4781 3.73e-01 0.660 0.336 0.004 0.000
#> SRR2049694 1 0.7693 1.79e-01 0.488 0.276 0.004 0.232
#> SRR2049693 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049695 4 0.0188 8.56e-01 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049691 1 0.4741 3.86e-01 0.668 0.328 0.004 0.000
#> SRR2049692 2 0.6547 2.94e-01 0.340 0.568 0.092 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0804 7.14e-01 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR2049688 3 0.4776 3.78e-01 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.1302 7.17e-01 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 3 0.6738 3.40e-01 0.352 0.000 0.544 0.104
#> SRR2049683 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.6158 3.77e-01 0.628 0.000 0.080 0.292
#> SRR2049680 3 0.6514 4.28e-02 0.076 0.000 0.516 0.408
#> SRR2049681 4 0.6874 2.97e-01 0.136 0.296 0.000 0.568
#> SRR2049678 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049679 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.0188 8.56e-01 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049675 1 0.3734 6.40e-01 0.856 0.004 0.044 0.096
#> SRR2049677 4 0.0188 8.56e-01 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049674 1 0.6273 -2.05e-01 0.488 0.000 0.456 0.056
#> SRR2049672 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.0804 7.17e-01 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR2049670 4 0.0188 8.56e-01 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049668 1 0.3400 6.43e-01 0.856 0.004 0.012 0.128
#> SRR2049669 4 0.0000 8.58e-01 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.2197 7.03e-01 0.916 0.080 0.004 0.000
#> SRR2049666 3 0.4776 3.78e-01 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR2049665 2 0.4792 2.91e-01 0.312 0.680 0.008 0.000
#> SRR2049664 1 0.0376 7.14e-01 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2049661 1 0.4018 5.60e-01 0.772 0.224 0.004 0.000
#> SRR2049663 1 0.0657 7.17e-01 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR2049660 2 0.5143 -7.23e-05 0.456 0.540 0.004 0.000
#> SRR2049662 1 0.4560 4.41e-01 0.700 0.296 0.004 0.000
#> SRR2049659 4 0.2408 7.86e-01 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR2049657 1 0.2216 6.62e-01 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR2049658 1 0.3945 6.47e-01 0.828 0.004 0.024 0.144
#> SRR2049655 2 0.4981 -1.41e-02 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR2049656 3 0.5277 2.81e-01 0.460 0.008 0.532 0.000
#> SRR2049654 3 0.5132 3.10e-01 0.448 0.004 0.548 0.000
#> SRR2049652 1 0.5664 5.96e-01 0.696 0.228 0.076 0.000
#> SRR2049653 4 0.6652 4.51e-01 0.000 0.108 0.316 0.576
#> SRR2049649 1 0.1722 6.95e-01 0.944 0.008 0.048 0.000
#> SRR2049650 1 0.5349 3.08e-01 0.616 0.368 0.004 0.012
#> SRR2049651 1 0.7340 8.97e-02 0.500 0.000 0.176 0.324
#> SRR2049647 1 0.4054 6.04e-01 0.796 0.000 0.016 0.188
#> SRR2049648 1 0.4992 1.31e-01 0.524 0.476 0.000 0.000
#> SRR2049646 3 0.7196 4.31e-01 0.240 0.120 0.612 0.028
#> SRR2049644 3 0.5310 3.55e-01 0.412 0.000 0.576 0.012
#> SRR2049645 1 0.2466 7.05e-01 0.900 0.096 0.004 0.000
#> SRR2049643 1 0.5126 1.99e-01 0.552 0.444 0.004 0.000
#> SRR2049641 1 0.3731 6.40e-01 0.844 0.036 0.120 0.000
#> SRR2049639 2 0.2466 4.60e-01 0.096 0.900 0.004 0.000
#> SRR2049638 1 0.4800 3.62e-01 0.656 0.340 0.004 0.000
#> SRR2049640 2 0.6055 -3.36e-02 0.436 0.520 0.044 0.000
#> SRR2049636 3 0.7654 -1.48e-01 0.000 0.340 0.440 0.220
#> SRR2049635 1 0.1151 7.19e-01 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR2049637 3 0.3404 2.17e-01 0.000 0.104 0.864 0.032
#> SRR2049634 1 0.2198 7.11e-01 0.920 0.072 0.008 0.000
#> SRR2049633 4 0.4898 4.54e-01 0.260 0.000 0.024 0.716
#> SRR2049632 2 0.5472 2.97e-01 0.000 0.544 0.440 0.016
#> SRR2049631 4 0.7028 3.72e-01 0.000 0.148 0.304 0.548
#> SRR2049630 3 0.5183 -1.48e-01 0.000 0.408 0.584 0.008
#> SRR2049628 1 0.7793 8.76e-02 0.424 0.300 0.000 0.276
#> SRR2049629 2 0.4925 3.10e-01 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR2049627 2 0.5861 2.30e-01 0.060 0.644 0.296 0.000
#> SRR2049626 1 0.0672 7.14e-01 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR2049625 3 0.4916 3.41e-01 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR2049624 1 0.2466 6.91e-01 0.900 0.096 0.004 0.000
#> SRR2049623 1 0.4535 5.40e-01 0.744 0.000 0.016 0.240
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.3608 0.76393 0.040 0.000 0.812 0.000 0.148
#> SRR2049621 2 0.3671 0.64954 0.000 0.756 0.236 0.008 0.000
#> SRR2049622 3 0.1915 0.83707 0.040 0.000 0.928 0.000 0.032
#> SRR2049620 2 0.5792 -0.06577 0.452 0.468 0.076 0.000 0.004
#> SRR2049619 3 0.3061 0.79384 0.136 0.000 0.844 0.000 0.020
#> SRR2049618 4 0.1331 0.86942 0.040 0.000 0.008 0.952 0.000
#> SRR2049617 2 0.0162 0.89219 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.85493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 4 0.3655 0.79008 0.024 0.040 0.004 0.848 0.084
#> SRR2049614 5 0.0775 0.80036 0.004 0.004 0.004 0.008 0.980
#> SRR2049613 5 0.0451 0.80321 0.008 0.004 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049612 3 0.4213 0.55954 0.308 0.000 0.680 0.000 0.012
#> SRR2049611 5 0.4403 0.21791 0.436 0.000 0.004 0.000 0.560
#> SRR2049610 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.1331 0.84816 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR2049608 1 0.0932 0.84883 0.972 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR2049607 3 0.4122 0.52498 0.004 0.304 0.688 0.000 0.004
#> SRR2049606 1 0.4218 0.48776 0.660 0.000 0.332 0.000 0.008
#> SRR2049605 1 0.4514 0.68437 0.728 0.000 0.036 0.228 0.008
#> SRR2049604 3 0.0703 0.82980 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049603 1 0.0865 0.85543 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR2049602 1 0.0324 0.85571 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049601 1 0.2966 0.79227 0.848 0.000 0.136 0.000 0.016
#> SRR2049600 1 0.0162 0.85551 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049599 5 0.1907 0.79498 0.044 0.000 0.028 0.000 0.928
#> SRR2049598 3 0.3535 0.74700 0.028 0.000 0.808 0.000 0.164
#> SRR2049597 1 0.1830 0.84951 0.932 0.000 0.040 0.000 0.028
#> SRR2049596 3 0.3710 0.77024 0.048 0.000 0.808 0.000 0.144
#> SRR2049595 3 0.0486 0.83145 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR2049594 1 0.2929 0.77583 0.840 0.000 0.008 0.000 0.152
#> SRR2049593 3 0.1216 0.83695 0.020 0.000 0.960 0.000 0.020
#> SRR2049592 1 0.5802 0.30692 0.516 0.000 0.096 0.000 0.388
#> SRR2049591 3 0.2011 0.82780 0.088 0.000 0.908 0.000 0.004
#> SRR2049590 3 0.3333 0.71940 0.208 0.000 0.788 0.000 0.004
#> SRR2049589 3 0.1410 0.83624 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.2677 0.80112 0.872 0.000 0.112 0.000 0.016
#> SRR2049586 3 0.0833 0.83618 0.016 0.004 0.976 0.000 0.004
#> SRR2049585 3 0.1851 0.82865 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR2049584 3 0.1012 0.83514 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> SRR2049583 1 0.2740 0.82114 0.876 0.000 0.028 0.000 0.096
#> SRR2049789 2 0.0609 0.88517 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049788 2 0.0000 0.89232 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049787 4 0.1952 0.83617 0.000 0.000 0.004 0.912 0.084
#> SRR2049786 5 0.0794 0.79967 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR2049785 2 0.0000 0.89232 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049784 5 0.5026 0.31917 0.372 0.000 0.040 0.000 0.588
#> SRR2049783 3 0.4457 0.33088 0.000 0.012 0.620 0.000 0.368
#> SRR2049782 2 0.0566 0.88965 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.89232 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.0510 0.88811 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049779 2 0.0000 0.89232 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049778 1 0.4743 0.63438 0.720 0.064 0.004 0.000 0.212
#> SRR2049777 3 0.1357 0.81887 0.000 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR2049776 5 0.4429 0.58599 0.064 0.000 0.192 0.000 0.744
#> SRR2049775 2 0.0000 0.89232 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 3 0.1522 0.83798 0.044 0.000 0.944 0.000 0.012
#> SRR2049773 2 0.0162 0.89219 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049772 3 0.1364 0.83360 0.012 0.000 0.952 0.000 0.036
#> SRR2049771 5 0.4088 0.35670 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2049770 5 0.3814 0.54218 0.000 0.276 0.004 0.000 0.720
#> SRR2049769 2 0.0162 0.89219 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0162 0.89219 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.2753 0.78071 0.000 0.136 0.856 0.000 0.008
#> SRR2049766 1 0.0000 0.85493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.2548 0.80422 0.004 0.876 0.004 0.000 0.116
#> SRR2049764 5 0.1908 0.76547 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR2049763 2 0.0880 0.88231 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.3452 0.66615 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR2049760 1 0.0865 0.84744 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR2049759 2 0.0162 0.89219 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.85493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.4541 0.71496 0.744 0.000 0.084 0.000 0.172
#> SRR2049755 2 0.3211 0.72739 0.164 0.824 0.004 0.000 0.008
#> SRR2049757 3 0.1124 0.82316 0.000 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR2049754 3 0.4732 0.69123 0.076 0.208 0.716 0.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.3596 0.73744 0.784 0.000 0.016 0.000 0.200
#> SRR2049751 4 0.4287 0.12232 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR2049749 4 0.1908 0.81918 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR2049753 2 0.4210 0.23474 0.000 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR2049750 5 0.0865 0.80671 0.024 0.004 0.000 0.000 0.972
#> SRR2049748 5 0.7547 0.44309 0.096 0.164 0.004 0.216 0.520
#> SRR2049744 3 0.2914 0.81996 0.052 0.000 0.872 0.000 0.076
#> SRR2049743 2 0.1518 0.86526 0.004 0.944 0.004 0.000 0.048
#> SRR2049745 1 0.1485 0.85238 0.948 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR2049747 1 0.3420 0.79592 0.840 0.000 0.084 0.000 0.076
#> SRR2049742 1 0.6899 0.09305 0.452 0.000 0.400 0.068 0.080
#> SRR2049741 3 0.4527 0.64695 0.040 0.000 0.700 0.000 0.260
#> SRR2049738 2 0.1197 0.87189 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049737 5 0.4348 0.49053 0.316 0.000 0.016 0.000 0.668
#> SRR2049739 2 0.0162 0.89181 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049740 3 0.0992 0.83275 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> SRR2049736 2 0.5521 0.53402 0.216 0.656 0.124 0.000 0.004
#> SRR2049735 2 0.0404 0.88997 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0324 0.85352 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049730 5 0.3205 0.73610 0.176 0.004 0.004 0.000 0.816
#> SRR2049734 2 0.1671 0.84715 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049733 2 0.0566 0.88893 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049731 3 0.5318 0.53897 0.024 0.032 0.628 0.000 0.316
#> SRR2049729 1 0.4497 0.31561 0.568 0.000 0.008 0.000 0.424
#> SRR2049727 1 0.0162 0.85502 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0290 0.85546 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049725 5 0.0566 0.80440 0.012 0.004 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049726 2 0.0000 0.89232 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.2208 0.82910 0.908 0.000 0.072 0.000 0.020
#> SRR2049723 1 0.0404 0.85543 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.4196 0.51158 0.640 0.004 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049719 3 0.4886 0.23428 0.024 0.448 0.528 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.5313 0.37908 0.556 0.000 0.056 0.000 0.388
#> SRR2049721 1 0.0609 0.85488 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0609 0.85438 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049718 5 0.0404 0.80571 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049717 3 0.2921 0.79813 0.020 0.124 0.856 0.000 0.000
#> SRR2049715 2 0.1043 0.87632 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049714 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.1074 0.85526 0.968 0.000 0.016 0.004 0.012
#> SRR2049712 3 0.4299 0.34300 0.000 0.000 0.608 0.388 0.004
#> SRR2049711 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0290 0.85546 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.1399 0.85313 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR2049706 3 0.2690 0.78591 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.1549 0.84586 0.944 0.000 0.040 0.000 0.016
#> SRR2049704 3 0.1851 0.83030 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.5895 0.26415 0.104 0.000 0.500 0.396 0.000
#> SRR2049700 1 0.3774 0.57646 0.704 0.296 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.0671 0.85585 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR2049699 3 0.3696 0.72483 0.212 0.000 0.772 0.000 0.016
#> SRR2049697 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 5 0.4559 -0.01580 0.480 0.000 0.008 0.000 0.512
#> SRR2049696 1 0.1041 0.84501 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR2049694 1 0.5071 0.55789 0.640 0.000 0.004 0.308 0.048
#> SRR2049693 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0404 0.89621 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2049691 1 0.1041 0.84519 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR2049692 1 0.6204 0.28742 0.524 0.312 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049689 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.1914 0.83681 0.924 0.000 0.060 0.000 0.016
#> SRR2049688 3 0.2153 0.83777 0.044 0.040 0.916 0.000 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0324 0.85586 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049685 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.1661 0.83747 0.036 0.000 0.940 0.024 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.6140 0.30538 0.492 0.000 0.116 0.388 0.004
#> SRR2049680 3 0.1270 0.81660 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR2049681 4 0.4782 0.33861 0.012 0.004 0.004 0.604 0.376
#> SRR2049678 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.0324 0.85500 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2049677 4 0.1121 0.87859 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR2049674 3 0.4547 0.66467 0.252 0.000 0.704 0.044 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.0566 0.85587 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR2049670 4 0.0162 0.89974 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049668 1 0.0613 0.85373 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR2049669 4 0.0000 0.90172 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0162 0.85415 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.1243 0.83326 0.008 0.028 0.960 0.000 0.004
#> SRR2049665 5 0.2423 0.77778 0.024 0.080 0.000 0.000 0.896
#> SRR2049664 1 0.0162 0.85502 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.1124 0.84379 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR2049663 1 0.0000 0.85493 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 5 0.0693 0.80494 0.012 0.000 0.008 0.000 0.980
#> SRR2049662 1 0.0771 0.84814 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR2049659 4 0.4084 0.51730 0.000 0.004 0.328 0.668 0.000
#> SRR2049657 1 0.1331 0.84945 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR2049658 1 0.6204 0.56882 0.612 0.000 0.136 0.228 0.024
#> SRR2049655 5 0.0451 0.80498 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR2049656 3 0.1892 0.83085 0.080 0.000 0.916 0.000 0.004
#> SRR2049654 3 0.1410 0.83624 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR2049652 5 0.2540 0.75709 0.024 0.000 0.088 0.000 0.888
#> SRR2049653 4 0.6554 0.21837 0.000 0.224 0.312 0.464 0.000
#> SRR2049649 1 0.1522 0.84638 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> SRR2049650 1 0.1569 0.83939 0.944 0.000 0.004 0.008 0.044
#> SRR2049651 1 0.5891 0.44837 0.552 0.000 0.120 0.328 0.000
#> SRR2049647 1 0.4317 0.69910 0.748 0.000 0.032 0.212 0.008
#> SRR2049648 5 0.2233 0.78185 0.104 0.000 0.004 0.000 0.892
#> SRR2049646 3 0.3474 0.73132 0.008 0.192 0.796 0.004 0.000
#> SRR2049644 3 0.1965 0.83866 0.052 0.024 0.924 0.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.3326 0.78018 0.824 0.000 0.024 0.000 0.152
#> SRR2049643 5 0.1522 0.80252 0.044 0.000 0.012 0.000 0.944
#> SRR2049641 1 0.5256 0.61402 0.672 0.000 0.212 0.000 0.116
#> SRR2049639 5 0.1205 0.79493 0.004 0.040 0.000 0.000 0.956
#> SRR2049638 1 0.1205 0.83889 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR2049640 5 0.1205 0.79639 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR2049636 2 0.0451 0.89107 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR2049635 1 0.1012 0.85547 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR2049637 3 0.3715 0.64974 0.000 0.260 0.736 0.004 0.000
#> SRR2049634 1 0.3389 0.79660 0.836 0.000 0.048 0.000 0.116
#> SRR2049633 4 0.1357 0.85524 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR2049632 2 0.0510 0.88811 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049631 2 0.4565 0.52982 0.000 0.664 0.028 0.308 0.000
#> SRR2049630 2 0.2329 0.80161 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR2049628 4 0.6686 -0.00293 0.256 0.000 0.000 0.428 0.316
#> SRR2049629 2 0.1704 0.85476 0.000 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR2049627 5 0.3983 0.44860 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR2049626 1 0.0510 0.85515 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.0854 0.83462 0.012 0.004 0.976 0.000 0.008
#> SRR2049624 1 0.0833 0.85072 0.976 0.016 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049623 1 0.5230 0.60797 0.660 0.000 0.064 0.268 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 3 0.3646 0.69139 0.060 0.000 0.800 0.000 0.132 0.008
#> SRR2049621 2 0.0260 0.85233 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.3060 0.74572 0.132 0.000 0.836 0.000 0.012 0.020
#> SRR2049620 2 0.7593 0.15810 0.248 0.440 0.192 0.000 0.052 0.068
#> SRR2049619 1 0.5043 0.03093 0.544 0.000 0.384 0.000 0.004 0.068
#> SRR2049618 4 0.4887 0.58803 0.172 0.040 0.004 0.716 0.000 0.068
#> SRR2049617 2 0.0146 0.85242 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049616 1 0.3860 -0.59769 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR2049615 5 0.6031 0.27129 0.000 0.008 0.000 0.192 0.456 0.344
#> SRR2049614 5 0.1088 0.66856 0.000 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024
#> SRR2049613 5 0.1124 0.67073 0.000 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR2049612 1 0.3960 0.44823 0.752 0.000 0.176 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049611 5 0.3276 0.61011 0.132 0.000 0.000 0.000 0.816 0.052
#> SRR2049610 4 0.0363 0.84917 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049609 1 0.0622 0.45350 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049608 6 0.6136 0.42458 0.240 0.000 0.012 0.004 0.232 0.512
#> SRR2049607 3 0.1218 0.71688 0.000 0.028 0.956 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049606 1 0.3770 0.42564 0.776 0.000 0.148 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049605 1 0.5238 0.31973 0.584 0.000 0.004 0.304 0.000 0.108
#> SRR2049604 3 0.0291 0.72885 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049603 1 0.2250 0.38156 0.888 0.000 0.000 0.000 0.020 0.092
#> SRR2049602 1 0.2762 0.21902 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049601 1 0.2433 0.41968 0.884 0.000 0.072 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049600 1 0.3101 0.08922 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2049599 5 0.5919 0.36116 0.212 0.000 0.000 0.000 0.424 0.364
#> SRR2049598 3 0.5012 0.59710 0.056 0.000 0.712 0.000 0.092 0.140
#> SRR2049597 1 0.5371 -0.30698 0.544 0.000 0.008 0.000 0.096 0.352
#> SRR2049596 1 0.6626 0.05060 0.412 0.000 0.280 0.000 0.032 0.276
#> SRR2049595 3 0.0458 0.73757 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.5871 0.21777 0.468 0.000 0.000 0.000 0.220 0.312
#> SRR2049593 3 0.2006 0.75443 0.104 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049592 1 0.5756 0.34053 0.524 0.000 0.028 0.000 0.096 0.352
#> SRR2049591 3 0.3907 0.45911 0.408 0.000 0.588 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049590 1 0.3770 0.41336 0.728 0.000 0.244 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049589 3 0.3653 0.61787 0.300 0.000 0.692 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049588 1 0.3001 0.48366 0.840 0.000 0.024 0.000 0.008 0.128
#> SRR2049586 3 0.1910 0.75574 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049585 3 0.3930 0.43113 0.420 0.000 0.576 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049584 3 0.2288 0.75312 0.116 0.000 0.876 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049583 1 0.4454 0.43570 0.684 0.000 0.004 0.000 0.060 0.252
#> SRR2049789 2 0.2915 0.70203 0.000 0.808 0.000 0.000 0.184 0.008
#> SRR2049788 2 0.0508 0.85065 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2049787 4 0.3005 0.76748 0.000 0.052 0.000 0.864 0.060 0.024
#> SRR2049786 5 0.0520 0.66775 0.000 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR2049785 2 0.0146 0.85242 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049784 1 0.6111 0.25514 0.476 0.000 0.012 0.000 0.208 0.304
#> SRR2049783 3 0.4540 0.42082 0.000 0.008 0.692 0.004 0.244 0.052
#> SRR2049782 2 0.0260 0.85233 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.1124 0.83398 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR2049780 2 0.4061 0.65427 0.000 0.748 0.000 0.000 0.164 0.088
#> SRR2049779 2 0.0405 0.85124 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049778 5 0.4024 0.53826 0.092 0.008 0.000 0.000 0.772 0.128
#> SRR2049777 3 0.0458 0.73048 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.5932 0.28525 0.476 0.000 0.040 0.000 0.088 0.396
#> SRR2049775 2 0.0405 0.85124 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2049774 3 0.2051 0.75577 0.096 0.000 0.896 0.000 0.004 0.004
#> SRR2049773 2 0.0146 0.85242 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049772 3 0.2518 0.75414 0.092 0.000 0.880 0.000 0.012 0.016
#> SRR2049771 5 0.2019 0.64368 0.000 0.088 0.000 0.000 0.900 0.012
#> SRR2049770 5 0.4554 0.62325 0.020 0.156 0.000 0.000 0.732 0.092
#> SRR2049769 2 0.0146 0.85269 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0146 0.85242 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049767 3 0.1843 0.70999 0.004 0.080 0.912 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049766 1 0.3817 -0.50091 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR2049765 5 0.7684 0.39480 0.000 0.148 0.088 0.144 0.500 0.120
#> SRR2049764 5 0.5095 0.59888 0.000 0.180 0.000 0.000 0.632 0.188
#> SRR2049763 2 0.0790 0.84134 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0146 0.85127 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049761 2 0.1814 0.78811 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.3494 0.02142 0.736 0.000 0.000 0.000 0.012 0.252
#> SRR2049759 2 0.0146 0.85269 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.3499 -0.16482 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR2049756 1 0.4489 0.45057 0.744 0.000 0.052 0.000 0.044 0.160
#> SRR2049755 2 0.1693 0.81529 0.044 0.932 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2049757 3 0.0405 0.72628 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049754 1 0.6759 -0.02251 0.448 0.228 0.268 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049752 1 0.5363 0.36789 0.600 0.004 0.000 0.000 0.156 0.240
#> SRR2049751 4 0.2719 0.77751 0.000 0.040 0.072 0.876 0.000 0.012
#> SRR2049749 4 0.2424 0.80833 0.000 0.024 0.024 0.908 0.024 0.020
#> SRR2049753 2 0.0806 0.84673 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049750 5 0.4938 0.55779 0.076 0.000 0.000 0.000 0.568 0.356
#> SRR2049748 2 0.7792 -0.13376 0.244 0.364 0.000 0.012 0.188 0.192
#> SRR2049744 3 0.6617 0.37329 0.260 0.000 0.460 0.000 0.044 0.236
#> SRR2049743 2 0.4681 0.22338 0.000 0.524 0.000 0.000 0.432 0.044
#> SRR2049745 1 0.2723 0.47957 0.856 0.000 0.004 0.000 0.020 0.120
#> SRR2049747 1 0.3515 0.47238 0.780 0.000 0.012 0.000 0.016 0.192
#> SRR2049742 1 0.4906 0.42565 0.624 0.000 0.056 0.004 0.008 0.308
#> SRR2049741 1 0.7101 0.27562 0.452 0.020 0.128 0.000 0.084 0.316
#> SRR2049738 2 0.0260 0.85233 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.6033 0.14863 0.432 0.000 0.004 0.000 0.212 0.352
#> SRR2049739 2 0.0146 0.85284 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049740 3 0.0508 0.73098 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049736 3 0.7529 0.14381 0.084 0.072 0.432 0.000 0.316 0.096
#> SRR2049735 2 0.0260 0.85233 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049732 6 0.3868 0.59888 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR2049730 5 0.3745 0.50351 0.028 0.000 0.000 0.000 0.732 0.240
#> SRR2049734 2 0.0603 0.84910 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049733 2 0.1321 0.83470 0.024 0.952 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2049731 1 0.7849 0.19751 0.396 0.204 0.068 0.008 0.044 0.280
#> SRR2049729 5 0.5792 -0.00374 0.272 0.000 0.000 0.000 0.500 0.228
#> SRR2049727 1 0.3428 -0.10175 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR2049728 1 0.2969 0.15710 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049725 5 0.1007 0.67136 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2049726 2 0.0146 0.85242 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049724 1 0.2964 0.48090 0.836 0.000 0.012 0.000 0.012 0.140
#> SRR2049723 1 0.1556 0.41949 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049720 5 0.5347 0.29325 0.336 0.000 0.000 0.000 0.540 0.124
#> SRR2049719 2 0.4838 0.50136 0.248 0.672 0.052 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049722 1 0.5416 0.36340 0.548 0.000 0.008 0.000 0.104 0.340
#> SRR2049721 1 0.2482 0.30941 0.848 0.000 0.004 0.000 0.000 0.148
#> SRR2049716 1 0.2912 0.14294 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2049718 5 0.3672 0.63064 0.008 0.000 0.000 0.000 0.688 0.304
#> SRR2049717 3 0.3630 0.62068 0.032 0.212 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049715 2 0.0458 0.85006 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049714 4 0.0146 0.85127 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049713 1 0.1745 0.43483 0.920 0.000 0.000 0.012 0.000 0.068
#> SRR2049712 3 0.4687 0.51239 0.004 0.000 0.688 0.232 0.008 0.068
#> SRR2049711 4 0.0146 0.85121 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049710 4 0.0363 0.84919 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049709 1 0.2854 0.19942 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049707 4 0.0000 0.85169 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.1866 0.47512 0.908 0.000 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR2049706 3 0.4185 0.25076 0.492 0.000 0.496 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049705 1 0.1010 0.45813 0.960 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049704 3 0.2988 0.74492 0.144 0.000 0.828 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049702 4 0.0146 0.85121 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049703 4 0.7138 -0.13620 0.296 0.000 0.276 0.352 0.000 0.076
#> SRR2049700 2 0.6093 0.01870 0.348 0.500 0.000 0.000 0.044 0.108
#> SRR2049701 1 0.3337 0.03601 0.736 0.000 0.004 0.000 0.000 0.260
#> SRR2049699 3 0.5491 0.36545 0.420 0.000 0.484 0.000 0.016 0.080
#> SRR2049697 4 0.0260 0.84993 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.6082 -0.40642 0.272 0.000 0.000 0.000 0.360 0.368
#> SRR2049696 6 0.4646 0.61545 0.460 0.000 0.000 0.000 0.040 0.500
#> SRR2049694 4 0.6043 0.23658 0.332 0.000 0.000 0.524 0.064 0.080
#> SRR2049693 4 0.0547 0.84612 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049695 4 0.0260 0.84993 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049691 6 0.4185 0.60999 0.492 0.000 0.000 0.000 0.012 0.496
#> SRR2049692 5 0.5259 0.40193 0.060 0.284 0.000 0.000 0.620 0.036
#> SRR2049689 4 0.0146 0.85121 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.2473 0.47905 0.876 0.000 0.012 0.000 0.008 0.104
#> SRR2049688 3 0.3947 0.71866 0.188 0.032 0.764 0.000 0.008 0.008
#> SRR2049687 4 0.0000 0.85169 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.2048 0.33810 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049685 4 0.0146 0.85127 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049684 3 0.5158 0.67733 0.180 0.000 0.688 0.072 0.000 0.060
#> SRR2049683 4 0.0000 0.85169 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 4 0.5951 -0.00527 0.436 0.000 0.052 0.440 0.000 0.072
#> SRR2049680 3 0.0891 0.72516 0.000 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR2049681 4 0.7790 0.07418 0.168 0.024 0.000 0.408 0.176 0.224
#> SRR2049678 4 0.0713 0.84323 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049679 4 0.0000 0.85169 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 4 0.0713 0.83821 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.4705 -0.56692 0.520 0.000 0.004 0.036 0.000 0.440
#> SRR2049677 4 0.3758 0.50730 0.000 0.000 0.324 0.668 0.000 0.008
#> SRR2049674 3 0.5968 0.27873 0.436 0.000 0.436 0.044 0.000 0.084
#> SRR2049672 4 0.0260 0.85000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049671 4 0.0146 0.85127 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049673 1 0.6194 -0.24031 0.532 0.000 0.080 0.060 0.008 0.320
#> SRR2049670 4 0.0260 0.84993 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049668 6 0.3997 0.60776 0.488 0.000 0.000 0.004 0.000 0.508
#> SRR2049669 4 0.0146 0.85121 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.3868 -0.63719 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR2049666 3 0.1003 0.72274 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR2049665 5 0.2729 0.67393 0.016 0.024 0.000 0.000 0.872 0.088
#> SRR2049664 1 0.3288 0.00408 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2049661 5 0.5483 0.04074 0.096 0.000 0.008 0.000 0.464 0.432
#> SRR2049663 1 0.3838 -0.53443 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR2049660 5 0.4769 0.56495 0.060 0.000 0.000 0.000 0.576 0.364
#> SRR2049662 1 0.3991 -0.61003 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004 0.472
#> SRR2049659 3 0.3887 0.31284 0.000 0.008 0.632 0.360 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.3053 0.26187 0.812 0.000 0.012 0.000 0.004 0.172
#> SRR2049658 1 0.5935 0.38457 0.572 0.000 0.028 0.196 0.000 0.204
#> SRR2049655 5 0.3742 0.61093 0.004 0.000 0.000 0.000 0.648 0.348
#> SRR2049656 3 0.3927 0.55822 0.344 0.000 0.644 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049654 3 0.2848 0.73228 0.176 0.000 0.816 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049652 5 0.4573 0.63278 0.000 0.000 0.084 0.000 0.672 0.244
#> SRR2049653 3 0.5880 0.06716 0.000 0.376 0.424 0.200 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.1382 0.46367 0.948 0.000 0.008 0.000 0.008 0.036
#> SRR2049650 1 0.5404 -0.43923 0.540 0.000 0.000 0.072 0.020 0.368
#> SRR2049651 1 0.5533 0.32174 0.588 0.000 0.124 0.272 0.000 0.016
#> SRR2049647 1 0.4423 0.35472 0.668 0.000 0.000 0.272 0.000 0.060
#> SRR2049648 5 0.4368 0.62093 0.088 0.000 0.000 0.000 0.708 0.204
#> SRR2049646 2 0.4908 0.57841 0.116 0.688 0.184 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049644 3 0.1699 0.72770 0.012 0.008 0.936 0.000 0.004 0.040
#> SRR2049645 1 0.4305 0.43671 0.708 0.000 0.000 0.000 0.076 0.216
#> SRR2049643 5 0.5611 0.46093 0.152 0.000 0.000 0.000 0.484 0.364
#> SRR2049641 1 0.4795 0.43337 0.628 0.000 0.044 0.000 0.016 0.312
#> SRR2049639 5 0.0964 0.66709 0.000 0.004 0.012 0.000 0.968 0.016
#> SRR2049638 6 0.4531 0.62063 0.464 0.000 0.000 0.000 0.032 0.504
#> SRR2049640 5 0.3645 0.65425 0.000 0.000 0.024 0.000 0.740 0.236
#> SRR2049636 2 0.0363 0.85154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.1913 0.38748 0.908 0.000 0.012 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049637 2 0.1049 0.83850 0.000 0.960 0.032 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.4035 0.45956 0.700 0.000 0.012 0.000 0.016 0.272
#> SRR2049633 4 0.4006 0.65434 0.164 0.008 0.016 0.776 0.000 0.036
#> SRR2049632 2 0.5837 0.27051 0.000 0.516 0.068 0.000 0.364 0.052
#> SRR2049631 2 0.4595 0.57068 0.000 0.668 0.248 0.084 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.0458 0.84985 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 4 0.5901 0.08739 0.040 0.000 0.000 0.472 0.404 0.084
#> SRR2049629 5 0.5516 0.28499 0.000 0.308 0.068 0.000 0.584 0.040
#> SRR2049627 5 0.4569 0.24364 0.000 0.000 0.396 0.000 0.564 0.040
#> SRR2049626 1 0.2092 0.38499 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049625 3 0.1753 0.75458 0.084 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049624 1 0.4884 -0.61485 0.488 0.048 0.000 0.000 0.004 0.460
#> SRR2049623 1 0.5294 0.42384 0.676 0.028 0.004 0.152 0.000 0.140
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.880 0.892 0.952 0.4787 0.512 0.512
#> 3 3 0.675 0.760 0.849 0.2259 0.869 0.750
#> 4 4 0.694 0.693 0.840 0.0192 0.998 0.994
#> 5 5 0.588 0.561 0.737 0.1012 0.808 0.577
#> 6 6 0.631 0.635 0.805 0.0507 0.918 0.760
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.0376 0.9582 0.996 0.004
#> SRR2049621 2 0.0376 0.9319 0.004 0.996
#> SRR2049622 1 0.1633 0.9485 0.976 0.024
#> SRR2049620 1 0.9970 0.0658 0.532 0.468
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.2423 0.9240 0.040 0.960
#> SRR2049617 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.1843 0.9286 0.028 0.972
#> SRR2049613 2 0.1843 0.9286 0.028 0.972
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.9491 0.4728 0.368 0.632
#> SRR2049607 2 0.9661 0.4110 0.392 0.608
#> SRR2049606 1 0.0376 0.9582 0.996 0.004
#> SRR2049605 1 0.1414 0.9506 0.980 0.020
#> SRR2049604 1 0.2603 0.9357 0.956 0.044
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0376 0.9582 0.996 0.004
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.9850 0.2127 0.572 0.428
#> SRR2049594 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0376 0.9582 0.996 0.004
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.9850 0.2127 0.572 0.428
#> SRR2049585 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0376 0.9582 0.996 0.004
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.2423 0.9240 0.040 0.960
#> SRR2049787 2 0.1843 0.9285 0.028 0.972
#> SRR2049786 2 0.7815 0.7171 0.232 0.768
#> SRR2049785 2 0.2236 0.9259 0.036 0.964
#> SRR2049784 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.1843 0.9285 0.028 0.972
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.2236 0.9259 0.036 0.964
#> SRR2049780 2 0.9491 0.4728 0.368 0.632
#> SRR2049779 2 0.3879 0.8970 0.076 0.924
#> SRR2049778 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.1633 0.9295 0.024 0.976
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.2236 0.9259 0.036 0.964
#> SRR2049774 1 0.1633 0.9485 0.976 0.024
#> SRR2049773 2 0.1633 0.9295 0.024 0.976
#> SRR2049772 1 0.0376 0.9582 0.996 0.004
#> SRR2049771 2 0.5294 0.8532 0.120 0.880
#> SRR2049770 1 0.3879 0.9068 0.924 0.076
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.9710 0.3891 0.400 0.600
#> SRR2049766 1 0.2236 0.9413 0.964 0.036
#> SRR2049765 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.2236 0.9259 0.036 0.964
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0938 0.9313 0.012 0.988
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.9491 0.4728 0.368 0.632
#> SRR2049757 2 0.1633 0.9295 0.024 0.976
#> SRR2049754 1 0.1414 0.9507 0.980 0.020
#> SRR2049752 1 0.2236 0.9413 0.964 0.036
#> SRR2049751 2 0.1184 0.9308 0.016 0.984
#> SRR2049749 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.2236 0.9259 0.036 0.964
#> SRR2049750 1 0.0672 0.9567 0.992 0.008
#> SRR2049748 2 0.2948 0.9165 0.052 0.948
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.2236 0.9259 0.036 0.964
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.2236 0.9413 0.964 0.036
#> SRR2049741 1 0.2948 0.9293 0.948 0.052
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.2778 0.9192 0.048 0.952
#> SRR2049740 1 0.9866 0.1990 0.568 0.432
#> SRR2049736 1 0.2778 0.9324 0.952 0.048
#> SRR2049735 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0376 0.9581 0.996 0.004
#> SRR2049734 2 0.2423 0.9240 0.040 0.960
#> SRR2049733 1 0.3733 0.9110 0.928 0.072
#> SRR2049731 2 0.2948 0.9165 0.052 0.948
#> SRR2049729 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0672 0.9567 0.992 0.008
#> SRR2049726 2 0.0672 0.9316 0.008 0.992
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049719 1 0.3274 0.9221 0.940 0.060
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049718 2 0.9963 0.1945 0.464 0.536
#> SRR2049717 2 0.2423 0.9240 0.040 0.960
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.9552 0.4512 0.376 0.624
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.2423 0.9385 0.960 0.040
#> SRR2049700 1 0.7219 0.7418 0.800 0.200
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.1414 0.9506 0.980 0.020
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.3879 0.9071 0.924 0.076
#> SRR2049693 2 0.2778 0.9192 0.048 0.952
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.3879 0.9068 0.924 0.076
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.2423 0.9385 0.960 0.040
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.2778 0.9327 0.952 0.048
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.2423 0.9385 0.960 0.040
#> SRR2049680 2 0.2423 0.9240 0.040 0.960
#> SRR2049681 2 0.2948 0.9165 0.052 0.948
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.0376 0.9582 0.996 0.004
#> SRR2049677 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.2423 0.9385 0.960 0.040
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.2236 0.9414 0.964 0.036
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.2043 0.9438 0.968 0.032
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.9850 0.2127 0.572 0.428
#> SRR2049665 1 0.3879 0.9068 0.924 0.076
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.2778 0.9324 0.952 0.048
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0376 0.9582 0.996 0.004
#> SRR2049658 1 0.2043 0.9437 0.968 0.032
#> SRR2049655 2 0.8081 0.6946 0.248 0.752
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0672 0.9566 0.992 0.008
#> SRR2049651 2 0.7950 0.7064 0.240 0.760
#> SRR2049647 1 0.2423 0.9385 0.960 0.040
#> SRR2049648 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049644 1 0.9963 0.0819 0.536 0.464
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.0376 0.9581 0.996 0.004
#> SRR2049640 1 0.0672 0.9567 0.992 0.008
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.1184 0.9308 0.016 0.984
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.2778 0.9195 0.048 0.952
#> SRR2049632 2 0.9491 0.4728 0.368 0.632
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9321 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.3114 0.9136 0.056 0.944
#> SRR2049628 1 0.3879 0.9068 0.924 0.076
#> SRR2049629 2 0.2236 0.9259 0.036 0.964
#> SRR2049627 2 0.8955 0.5918 0.312 0.688
#> SRR2049626 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.2948 0.9293 0.948 0.052
#> SRR2049624 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.7299 0.7359 0.796 0.204
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.1753 0.913 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049621 2 0.5706 0.531 0.000 0.680 0.320
#> SRR2049622 1 0.2625 0.895 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049620 3 0.5497 0.429 0.292 0.000 0.708
#> SRR2049619 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.5678 0.587 0.000 0.316 0.684
#> SRR2049617 2 0.5497 0.604 0.000 0.708 0.292
#> SRR2049616 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.5497 0.604 0.000 0.708 0.292
#> SRR2049614 3 0.6260 0.334 0.000 0.448 0.552
#> SRR2049613 3 0.6260 0.334 0.000 0.448 0.552
#> SRR2049612 1 0.0424 0.925 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049611 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.5178 0.660 0.000 0.744 0.256
#> SRR2049609 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.4418 0.560 0.132 0.020 0.848
#> SRR2049607 3 0.4291 0.548 0.152 0.008 0.840
#> SRR2049606 1 0.0747 0.924 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049605 1 0.2625 0.895 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049604 1 0.5291 0.751 0.732 0.000 0.268
#> SRR2049603 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0747 0.924 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049601 1 0.0424 0.925 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049600 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.1753 0.913 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049597 1 0.0237 0.925 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049596 1 0.0237 0.925 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049595 3 0.5785 0.334 0.332 0.000 0.668
#> SRR2049594 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0747 0.924 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049592 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.5785 0.334 0.332 0.000 0.668
#> SRR2049585 1 0.0424 0.925 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049584 1 0.0747 0.924 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049583 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.5138 0.656 0.000 0.748 0.252
#> SRR2049788 3 0.5835 0.568 0.000 0.340 0.660
#> SRR2049787 3 0.6126 0.481 0.000 0.400 0.600
#> SRR2049786 3 0.0747 0.543 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049785 3 0.5988 0.536 0.000 0.368 0.632
#> SRR2049784 1 0.0592 0.925 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049783 3 0.6126 0.481 0.000 0.400 0.600
#> SRR2049782 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 3 0.5988 0.536 0.000 0.368 0.632
#> SRR2049780 3 0.4418 0.560 0.132 0.020 0.848
#> SRR2049779 3 0.5656 0.596 0.004 0.284 0.712
#> SRR2049778 1 0.1163 0.921 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049777 3 0.6126 0.477 0.000 0.400 0.600
#> SRR2049776 1 0.0424 0.925 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049775 3 0.5988 0.536 0.000 0.368 0.632
#> SRR2049774 1 0.2625 0.895 0.916 0.000 0.084
#> SRR2049773 3 0.6126 0.477 0.000 0.400 0.600
#> SRR2049772 1 0.1753 0.913 0.952 0.000 0.048
#> SRR2049771 3 0.4178 0.562 0.000 0.172 0.828
#> SRR2049770 1 0.5529 0.713 0.704 0.000 0.296
#> SRR2049769 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.5497 0.604 0.000 0.708 0.292
#> SRR2049767 3 0.4002 0.543 0.160 0.000 0.840
#> SRR2049766 1 0.4235 0.833 0.824 0.000 0.176
#> SRR2049765 2 0.5497 0.604 0.000 0.708 0.292
#> SRR2049764 3 0.5926 0.550 0.000 0.356 0.644
#> SRR2049763 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.6252 0.100 0.000 0.556 0.444
#> SRR2049758 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0424 0.925 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049755 3 0.4418 0.560 0.132 0.020 0.848
#> SRR2049757 3 0.6126 0.477 0.000 0.400 0.600
#> SRR2049754 1 0.4974 0.784 0.764 0.000 0.236
#> SRR2049752 1 0.4235 0.833 0.824 0.000 0.176
#> SRR2049751 3 0.6215 0.407 0.000 0.428 0.572
#> SRR2049749 2 0.5178 0.660 0.000 0.744 0.256
#> SRR2049753 3 0.5905 0.557 0.000 0.352 0.648
#> SRR2049750 1 0.2537 0.899 0.920 0.000 0.080
#> SRR2049748 3 0.5591 0.593 0.000 0.304 0.696
#> SRR2049744 1 0.0424 0.925 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049743 3 0.5948 0.546 0.000 0.360 0.640
#> SRR2049745 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.4235 0.834 0.824 0.000 0.176
#> SRR2049741 1 0.5363 0.742 0.724 0.000 0.276
#> SRR2049738 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.1031 0.922 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049739 3 0.5706 0.586 0.000 0.320 0.680
#> SRR2049740 3 0.5760 0.344 0.328 0.000 0.672
#> SRR2049736 1 0.5216 0.758 0.740 0.000 0.260
#> SRR2049735 2 0.5216 0.655 0.000 0.740 0.260
#> SRR2049732 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.2448 0.901 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049734 3 0.5733 0.581 0.000 0.324 0.676
#> SRR2049733 1 0.5465 0.724 0.712 0.000 0.288
#> SRR2049731 3 0.5591 0.593 0.000 0.304 0.696
#> SRR2049729 1 0.0892 0.923 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049727 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.2448 0.901 0.924 0.000 0.076
#> SRR2049726 2 0.6180 0.235 0.000 0.584 0.416
#> SRR2049724 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0892 0.923 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049719 1 0.5431 0.732 0.716 0.000 0.284
#> SRR2049722 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 3 0.4842 0.447 0.224 0.000 0.776
#> SRR2049717 3 0.5678 0.587 0.000 0.316 0.684
#> SRR2049715 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.3941 0.749 0.000 0.844 0.156
#> SRR2049713 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 3 0.4164 0.555 0.144 0.008 0.848
#> SRR2049711 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.5178 0.660 0.000 0.744 0.256
#> SRR2049709 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.4002 0.746 0.000 0.840 0.160
#> SRR2049708 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.5216 0.759 0.740 0.000 0.260
#> SRR2049700 1 0.6235 0.445 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049701 1 0.1643 0.915 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049699 1 0.2796 0.891 0.908 0.000 0.092
#> SRR2049697 2 0.2261 0.797 0.000 0.932 0.068
#> SRR2049698 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.5529 0.713 0.704 0.000 0.296
#> SRR2049693 3 0.5650 0.591 0.000 0.312 0.688
#> SRR2049695 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.0892 0.923 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049692 1 0.5465 0.724 0.712 0.000 0.288
#> SRR2049689 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.5216 0.759 0.740 0.000 0.260
#> SRR2049687 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0237 0.815 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049684 1 0.5327 0.747 0.728 0.000 0.272
#> SRR2049683 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.5216 0.759 0.740 0.000 0.260
#> SRR2049680 3 0.5678 0.587 0.000 0.316 0.684
#> SRR2049681 3 0.5591 0.593 0.000 0.304 0.696
#> SRR2049678 2 0.5216 0.655 0.000 0.740 0.260
#> SRR2049679 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.5363 0.632 0.000 0.724 0.276
#> SRR2049675 1 0.0747 0.924 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049677 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.5216 0.759 0.740 0.000 0.260
#> SRR2049672 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.3941 0.849 0.844 0.000 0.156
#> SRR2049670 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.4974 0.784 0.764 0.000 0.236
#> SRR2049669 2 0.5178 0.660 0.000 0.744 0.256
#> SRR2049667 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.5785 0.334 0.332 0.000 0.668
#> SRR2049665 1 0.5397 0.732 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049664 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.5216 0.758 0.740 0.000 0.260
#> SRR2049663 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0237 0.925 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049662 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.2261 0.797 0.000 0.932 0.068
#> SRR2049657 1 0.0747 0.924 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049658 1 0.4062 0.843 0.836 0.000 0.164
#> SRR2049655 3 0.0424 0.543 0.008 0.000 0.992
#> SRR2049656 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.1643 0.915 0.956 0.000 0.044
#> SRR2049653 2 0.2261 0.797 0.000 0.932 0.068
#> SRR2049649 1 0.0237 0.925 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049650 1 0.3038 0.885 0.896 0.000 0.104
#> SRR2049651 3 0.0000 0.542 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.5216 0.759 0.740 0.000 0.260
#> SRR2049648 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.5098 0.669 0.000 0.752 0.248
#> SRR2049644 3 0.5529 0.421 0.296 0.000 0.704
#> SRR2049645 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0237 0.925 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049641 1 0.0424 0.925 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049639 2 0.0592 0.812 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049638 1 0.2066 0.908 0.940 0.000 0.060
#> SRR2049640 1 0.2261 0.904 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049636 2 0.0747 0.813 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049635 1 0.0424 0.925 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049637 3 0.6204 0.414 0.000 0.424 0.576
#> SRR2049634 1 0.0424 0.925 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049633 3 0.5873 0.592 0.004 0.312 0.684
#> SRR2049632 3 0.4418 0.560 0.132 0.020 0.848
#> SRR2049631 2 0.0000 0.815 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 3 0.5560 0.594 0.000 0.300 0.700
#> SRR2049628 1 0.5497 0.718 0.708 0.000 0.292
#> SRR2049629 3 0.5926 0.550 0.000 0.356 0.644
#> SRR2049627 3 0.5961 0.517 0.136 0.076 0.788
#> SRR2049626 1 0.0237 0.925 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049625 1 0.5363 0.742 0.724 0.000 0.276
#> SRR2049624 1 0.0000 0.925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.6244 0.435 0.560 0.000 0.440
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.1767 0.90566 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR2049621 4 0.4522 0.54737 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR2049622 1 0.2739 0.88643 0.904 0.060 0.036 0.000
#> SRR2049620 2 0.5697 -0.05484 0.280 0.664 0.056 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.4500 0.53416 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR2049617 4 0.4356 0.61598 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR2049616 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 4 0.4356 0.61598 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR2049614 2 0.5581 0.25915 0.000 0.532 0.020 0.448
#> SRR2049613 2 0.5581 0.25915 0.000 0.532 0.020 0.448
#> SRR2049612 1 0.0672 0.91710 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049610 4 0.4103 0.66869 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2049609 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.4979 -0.04153 0.120 0.796 0.064 0.020
#> SRR2049607 2 0.3677 -0.00458 0.148 0.836 0.008 0.008
#> SRR2049606 1 0.0937 0.91601 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR2049605 1 0.2739 0.88668 0.904 0.060 0.036 0.000
#> SRR2049604 1 0.5203 0.73660 0.720 0.232 0.048 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0927 0.91598 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR2049601 1 0.0524 0.91773 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.1767 0.90566 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR2049597 1 0.0188 0.91827 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0376 0.91820 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2049595 2 0.5847 -0.05563 0.320 0.628 0.052 0.000
#> SRR2049594 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0937 0.91601 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 2 0.5847 -0.05563 0.320 0.628 0.052 0.000
#> SRR2049585 1 0.0672 0.91710 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR2049584 1 0.0937 0.91601 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 4 0.4072 0.65817 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR2049788 2 0.4624 0.51979 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR2049787 2 0.4855 0.43584 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR2049786 2 0.5452 -0.45791 0.000 0.556 0.428 0.016
#> SRR2049785 2 0.4746 0.48698 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR2049784 1 0.0469 0.91819 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.4855 0.43584 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR2049782 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.4746 0.48698 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR2049780 2 0.4979 -0.04153 0.120 0.796 0.064 0.020
#> SRR2049779 2 0.4661 0.50212 0.004 0.708 0.004 0.284
#> SRR2049778 1 0.1406 0.91227 0.960 0.024 0.016 0.000
#> SRR2049777 2 0.4855 0.43141 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR2049776 1 0.0336 0.91809 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.4746 0.48698 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR2049774 1 0.2739 0.88643 0.904 0.060 0.036 0.000
#> SRR2049773 2 0.4855 0.43141 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR2049772 1 0.1767 0.90566 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR2049771 2 0.5783 0.21767 0.000 0.708 0.120 0.172
#> SRR2049770 1 0.5590 0.70227 0.692 0.244 0.064 0.000
#> SRR2049769 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049768 4 0.4356 0.61598 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR2049767 2 0.3958 -0.02906 0.160 0.816 0.024 0.000
#> SRR2049766 1 0.4149 0.82208 0.812 0.152 0.036 0.000
#> SRR2049765 4 0.4356 0.61598 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR2049764 2 0.5436 0.49423 0.000 0.620 0.024 0.356
#> SRR2049763 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 4 0.4955 0.14988 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR2049758 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0524 0.91773 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR2049755 2 0.4979 -0.04153 0.120 0.796 0.064 0.020
#> SRR2049757 2 0.4855 0.43141 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR2049754 1 0.4671 0.76825 0.752 0.220 0.028 0.000
#> SRR2049752 1 0.4149 0.82208 0.812 0.152 0.036 0.000
#> SRR2049751 2 0.4925 0.35955 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR2049749 4 0.4103 0.66869 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2049753 2 0.4679 0.50748 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR2049750 1 0.2660 0.89062 0.908 0.056 0.036 0.000
#> SRR2049748 2 0.5367 0.51904 0.000 0.664 0.032 0.304
#> SRR2049744 1 0.0672 0.91710 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR2049743 2 0.5253 0.49057 0.000 0.624 0.016 0.360
#> SRR2049745 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.4188 0.82302 0.812 0.148 0.040 0.000
#> SRR2049741 1 0.5267 0.72727 0.712 0.240 0.048 0.000
#> SRR2049738 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.1297 0.91309 0.964 0.020 0.016 0.000
#> SRR2049739 2 0.4699 0.53500 0.000 0.676 0.004 0.320
#> SRR2049740 2 0.5827 -0.05542 0.316 0.632 0.052 0.000
#> SRR2049736 1 0.5136 0.74476 0.728 0.224 0.048 0.000
#> SRR2049735 4 0.4134 0.66370 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR2049732 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.2578 0.89291 0.912 0.052 0.036 0.000
#> SRR2049734 2 0.4543 0.53264 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR2049733 1 0.5489 0.71228 0.700 0.240 0.060 0.000
#> SRR2049731 2 0.4608 0.52563 0.000 0.692 0.004 0.304
#> SRR2049729 1 0.1182 0.91417 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.2565 0.89205 0.912 0.056 0.032 0.000
#> SRR2049726 4 0.4898 0.27652 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR2049724 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.1182 0.91421 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR2049719 1 0.5374 0.71703 0.704 0.244 0.052 0.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 2 0.7665 -0.33559 0.212 0.404 0.384 0.000
#> SRR2049717 2 0.4500 0.53416 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR2049715 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049714 4 0.3123 0.75220 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR2049713 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.3873 -0.00495 0.144 0.832 0.016 0.008
#> SRR2049711 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 4 0.4103 0.66869 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2049709 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.3172 0.74965 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR2049708 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.5136 0.74507 0.728 0.224 0.048 0.000
#> SRR2049700 1 0.6179 0.42476 0.552 0.392 0.056 0.000
#> SRR2049701 1 0.1635 0.90723 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR2049699 1 0.2908 0.88253 0.896 0.064 0.040 0.000
#> SRR2049697 4 0.1792 0.79813 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR2049698 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.5590 0.70206 0.692 0.244 0.064 0.000
#> SRR2049693 2 0.4655 0.53150 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR2049695 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.1182 0.91421 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR2049692 1 0.5489 0.71245 0.700 0.240 0.060 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.5136 0.74507 0.728 0.224 0.048 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0188 0.81426 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049684 1 0.5235 0.73190 0.716 0.236 0.048 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.5136 0.74507 0.728 0.224 0.048 0.000
#> SRR2049680 2 0.4500 0.53416 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR2049681 2 0.5367 0.51904 0.000 0.664 0.032 0.304
#> SRR2049678 4 0.4134 0.66370 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR2049679 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 4 0.4250 0.64227 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR2049675 1 0.0937 0.91601 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR2049677 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.5136 0.74507 0.728 0.224 0.048 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.3962 0.83870 0.832 0.124 0.044 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.4831 0.76984 0.752 0.208 0.040 0.000
#> SRR2049669 4 0.4103 0.66869 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2049667 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 2 0.5773 -0.05378 0.320 0.632 0.048 0.000
#> SRR2049665 1 0.5464 0.72206 0.708 0.228 0.064 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.5136 0.74476 0.728 0.224 0.048 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0188 0.91827 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 4 0.1792 0.79813 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR2049657 1 0.0937 0.91601 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR2049658 1 0.3999 0.83226 0.824 0.140 0.036 0.000
#> SRR2049655 2 0.4972 -0.46771 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.1635 0.90723 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR2049653 4 0.1792 0.79813 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR2049649 1 0.0188 0.91827 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.3015 0.87474 0.884 0.092 0.024 0.000
#> SRR2049651 3 0.4977 0.00000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR2049647 1 0.5136 0.74507 0.728 0.224 0.048 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049646 4 0.4040 0.67717 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR2049644 2 0.5574 -0.05126 0.284 0.668 0.048 0.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0188 0.91827 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0336 0.91809 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049639 4 0.0469 0.81088 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049638 1 0.2174 0.89842 0.928 0.052 0.020 0.000
#> SRR2049640 1 0.2363 0.89505 0.920 0.056 0.024 0.000
#> SRR2049636 4 0.0592 0.81251 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049635 1 0.0524 0.91778 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR2049637 2 0.4916 0.36570 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR2049634 1 0.0336 0.91809 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.4792 0.53068 0.000 0.680 0.008 0.312
#> SRR2049632 2 0.4979 -0.04153 0.120 0.796 0.064 0.020
#> SRR2049631 4 0.0000 0.81459 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.4406 0.52389 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR2049628 1 0.5520 0.70672 0.696 0.244 0.060 0.000
#> SRR2049629 2 0.5436 0.49423 0.000 0.620 0.024 0.356
#> SRR2049627 2 0.8379 -0.32849 0.128 0.508 0.288 0.076
#> SRR2049626 1 0.0188 0.91827 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.5267 0.72727 0.712 0.240 0.048 0.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.91823 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.6243 0.41661 0.548 0.392 0.060 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 1 0.3561 0.6269 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.2293 0.4832 0.000 0.900 0.016 0.084 0.000
#> SRR2049622 1 0.3895 0.4989 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR2049620 3 0.6512 0.2114 0.108 0.200 0.620 0.072 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.5941 0.6432 0.000 0.592 0.180 0.228 0.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.4659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.4659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049614 2 0.4747 0.6647 0.000 0.720 0.084 0.196 0.000
#> SRR2049613 2 0.4747 0.6647 0.000 0.720 0.084 0.196 0.000
#> SRR2049612 1 0.2230 0.8119 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0290 0.8413 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.1341 0.3872 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.6274 -0.0526 0.012 0.244 0.580 0.164 0.000
#> SRR2049607 3 0.7470 -0.0119 0.068 0.260 0.480 0.192 0.000
#> SRR2049606 1 0.2471 0.7982 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.3913 0.4883 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR2049604 3 0.4287 0.3495 0.460 0.000 0.540 0.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.2424 0.8014 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.1908 0.8263 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.3586 0.6202 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.1410 0.8380 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.1671 0.8336 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.6444 0.2649 0.132 0.188 0.624 0.056 0.000
#> SRR2049594 1 0.0162 0.8423 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.2516 0.7952 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0404 0.8431 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.6444 0.2649 0.132 0.188 0.624 0.056 0.000
#> SRR2049585 1 0.2280 0.8100 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.2471 0.7982 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.1270 0.3944 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049788 2 0.5750 0.6525 0.000 0.616 0.156 0.228 0.000
#> SRR2049787 2 0.5450 0.6764 0.000 0.648 0.124 0.228 0.000
#> SRR2049786 4 0.7336 -0.5548 0.000 0.044 0.336 0.432 0.188
#> SRR2049785 2 0.5547 0.6648 0.000 0.644 0.148 0.208 0.000
#> SRR2049784 1 0.2230 0.8133 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.5450 0.6764 0.000 0.648 0.124 0.228 0.000
#> SRR2049782 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049781 2 0.5547 0.6648 0.000 0.644 0.148 0.208 0.000
#> SRR2049780 3 0.6274 -0.0526 0.012 0.244 0.580 0.164 0.000
#> SRR2049779 2 0.6281 0.6094 0.004 0.560 0.216 0.220 0.000
#> SRR2049778 1 0.3210 0.7118 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.5504 0.6754 0.000 0.644 0.132 0.224 0.000
#> SRR2049776 1 0.1671 0.8333 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.5547 0.6648 0.000 0.644 0.148 0.208 0.000
#> SRR2049774 1 0.3895 0.4989 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.5504 0.6754 0.000 0.644 0.132 0.224 0.000
#> SRR2049772 1 0.3561 0.6269 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.7671 0.3984 0.000 0.412 0.188 0.328 0.072
#> SRR2049770 3 0.4670 0.3807 0.440 0.000 0.548 0.008 0.004
#> SRR2049769 4 0.4304 0.8780 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.4659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.7392 0.0214 0.072 0.236 0.504 0.188 0.000
#> SRR2049766 1 0.4256 0.0708 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.4659 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049764 2 0.5793 0.6556 0.000 0.620 0.136 0.240 0.004
#> SRR2049763 4 0.4304 0.8780 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049762 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049761 4 0.4304 0.8780 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.3389 0.6070 0.000 0.836 0.048 0.116 0.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.1908 0.8263 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR2049755 3 0.6274 -0.0526 0.012 0.244 0.580 0.164 0.000
#> SRR2049757 2 0.5504 0.6754 0.000 0.644 0.132 0.224 0.000
#> SRR2049754 1 0.4304 -0.1867 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.4256 0.0708 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.5227 0.6695 0.000 0.676 0.116 0.208 0.000
#> SRR2049749 2 0.1270 0.3945 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049753 2 0.5687 0.6610 0.000 0.628 0.164 0.208 0.000
#> SRR2049750 1 0.3779 0.6645 0.752 0.000 0.236 0.000 0.012
#> SRR2049748 2 0.6098 0.6262 0.000 0.568 0.196 0.236 0.000
#> SRR2049744 1 0.2329 0.8062 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.5569 0.6623 0.000 0.636 0.136 0.228 0.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.4249 0.0944 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR2049741 3 0.4278 0.3668 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR2049738 4 0.4304 0.8780 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049737 1 0.3074 0.7292 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.5946 0.6421 0.000 0.592 0.184 0.224 0.000
#> SRR2049740 3 0.6503 0.2612 0.132 0.188 0.620 0.060 0.000
#> SRR2049736 3 0.4294 0.3301 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.1197 0.4017 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.3878 0.6589 0.748 0.000 0.236 0.000 0.016
#> SRR2049734 2 0.5880 0.6491 0.000 0.600 0.172 0.228 0.000
#> SRR2049733 3 0.4528 0.3785 0.444 0.000 0.548 0.008 0.000
#> SRR2049731 2 0.6057 0.6309 0.000 0.576 0.200 0.224 0.000
#> SRR2049729 1 0.2648 0.7847 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.3671 0.6690 0.756 0.000 0.236 0.000 0.008
#> SRR2049726 2 0.2574 0.5807 0.000 0.876 0.012 0.112 0.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.2852 0.7590 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR2049719 3 0.4268 0.3798 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 3 0.7943 -0.3819 0.124 0.000 0.432 0.272 0.172
#> SRR2049717 2 0.5941 0.6432 0.000 0.592 0.180 0.228 0.000
#> SRR2049715 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049714 2 0.2852 0.0231 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR2049713 1 0.1270 0.8396 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049712 3 0.7414 -0.0458 0.060 0.260 0.480 0.200 0.000
#> SRR2049711 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049710 2 0.1270 0.3945 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.2852 0.0245 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.1341 0.8389 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049703 3 0.4294 0.3299 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR2049700 3 0.5521 0.4805 0.336 0.020 0.600 0.044 0.000
#> SRR2049701 1 0.3508 0.6397 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.3949 0.4665 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.4201 -0.6912 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049698 1 0.0162 0.8423 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 3 0.4517 0.3893 0.436 0.000 0.556 0.008 0.000
#> SRR2049693 2 0.6026 0.6395 0.000 0.580 0.192 0.228 0.000
#> SRR2049695 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049691 1 0.2561 0.7915 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR2049692 3 0.4415 0.3767 0.444 0.000 0.552 0.004 0.000
#> SRR2049689 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.4294 0.3299 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR2049687 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049686 1 0.0609 0.8427 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.4242 -0.7183 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR2049684 3 0.4283 0.3584 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.4304 0.8780 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049682 3 0.4294 0.3299 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.5941 0.6432 0.000 0.592 0.180 0.228 0.000
#> SRR2049681 2 0.6098 0.6262 0.000 0.568 0.196 0.236 0.000
#> SRR2049678 2 0.1197 0.4017 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049679 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049676 2 0.0794 0.4298 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2049675 1 0.2471 0.7982 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR2049677 4 0.4304 0.8765 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049674 3 0.4294 0.3299 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR2049672 4 0.4304 0.8780 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR2049671 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049673 1 0.4182 0.2256 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR2049670 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049668 3 0.4307 0.2268 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.1270 0.3945 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.6503 0.2631 0.132 0.188 0.620 0.060 0.000
#> SRR2049665 3 0.4695 0.3235 0.464 0.000 0.524 0.008 0.004
#> SRR2049664 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.4294 0.3301 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.1671 0.8347 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.4201 -0.6912 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049657 1 0.2471 0.7982 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.4219 0.1668 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR2049655 4 0.6486 -0.5924 0.000 0.000 0.376 0.436 0.188
#> SRR2049656 1 0.0404 0.8431 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.1341 0.8389 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.3508 0.6397 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.4201 -0.6912 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR2049649 1 0.1410 0.8380 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.3966 0.4426 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR2049651 5 0.3697 0.0000 0.000 0.016 0.180 0.008 0.796
#> SRR2049647 3 0.4294 0.3299 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0290 0.8413 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.1410 0.3767 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049644 3 0.6567 0.2068 0.108 0.208 0.612 0.072 0.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.1671 0.8347 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.1608 0.8343 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.4570 -0.4508 0.000 0.648 0.004 0.332 0.016
#> SRR2049638 1 0.3395 0.6784 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.3424 0.6736 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.4305 -0.8411 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR2049635 1 0.1908 0.8275 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.5016 0.6748 0.000 0.704 0.120 0.176 0.000
#> SRR2049634 1 0.1671 0.8328 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.6006 0.6365 0.000 0.584 0.196 0.220 0.000
#> SRR2049632 3 0.6274 -0.0526 0.012 0.244 0.580 0.164 0.000
#> SRR2049631 4 0.4302 0.8805 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2049630 2 0.6033 0.6345 0.000 0.580 0.200 0.220 0.000
#> SRR2049628 3 0.4522 0.3812 0.440 0.000 0.552 0.008 0.000
#> SRR2049629 2 0.5793 0.6556 0.000 0.620 0.136 0.240 0.004
#> SRR2049627 3 0.8718 -0.4452 0.064 0.132 0.396 0.308 0.100
#> SRR2049626 1 0.1544 0.8359 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.4278 0.3668 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.8425 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049623 3 0.5507 0.4829 0.332 0.020 0.604 0.044 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.3547 0.45987 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000 0
#> SRR2049621 2 0.4748 0.51462 0.000 0.644 0.040 0.296 0.020 0
#> SRR2049622 1 0.3817 0.08798 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0
#> SRR2049620 3 0.4957 0.08402 0.044 0.400 0.544 0.000 0.012 0
#> SRR2049619 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049618 2 0.1257 0.68801 0.000 0.952 0.028 0.000 0.020 0
#> SRR2049617 2 0.4933 0.48671 0.000 0.624 0.044 0.308 0.024 0
#> SRR2049616 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049615 2 0.4949 0.48340 0.000 0.620 0.044 0.312 0.024 0
#> SRR2049614 2 0.2484 0.67496 0.000 0.896 0.044 0.024 0.036 0
#> SRR2049613 2 0.2484 0.67496 0.000 0.896 0.044 0.024 0.036 0
#> SRR2049612 1 0.2340 0.76841 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0
#> SRR2049611 1 0.1204 0.80579 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0
#> SRR2049610 2 0.5132 0.38110 0.000 0.560 0.044 0.372 0.024 0
#> SRR2049609 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049608 2 0.4666 0.13200 0.000 0.536 0.420 0.000 0.044 0
#> SRR2049607 2 0.5044 0.19378 0.040 0.576 0.360 0.000 0.024 0
#> SRR2049606 1 0.2631 0.73987 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000 0
#> SRR2049605 1 0.3817 0.08570 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0
#> SRR2049604 3 0.3446 0.75174 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000 0
#> SRR2049603 1 0.0632 0.81727 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0
#> SRR2049602 1 0.2664 0.73625 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0
#> SRR2049601 1 0.2092 0.78754 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000 0
#> SRR2049600 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049599 1 0.0632 0.81727 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0
#> SRR2049598 1 0.3563 0.44964 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000 0
#> SRR2049597 1 0.1501 0.80965 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0
#> SRR2049596 1 0.1814 0.80043 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0
#> SRR2049595 3 0.4573 0.14916 0.044 0.372 0.584 0.000 0.000 0
#> SRR2049594 1 0.1141 0.80805 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0
#> SRR2049593 1 0.2793 0.72002 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0
#> SRR2049592 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049591 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049590 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049589 1 0.0363 0.81991 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049588 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049586 3 0.4573 0.14916 0.044 0.372 0.584 0.000 0.000 0
#> SRR2049585 1 0.2378 0.76582 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000 0
#> SRR2049584 1 0.2762 0.72448 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000 0
#> SRR2049583 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049789 2 0.4900 0.40198 0.000 0.572 0.044 0.372 0.012 0
#> SRR2049788 2 0.0725 0.69472 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0
#> SRR2049787 2 0.1531 0.70027 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000 0
#> SRR2049786 5 0.3376 0.30601 0.000 0.220 0.016 0.000 0.764 0
#> SRR2049785 2 0.0881 0.70002 0.000 0.972 0.012 0.008 0.008 0
#> SRR2049784 1 0.2491 0.75930 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000 0
#> SRR2049783 2 0.1531 0.70027 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000 0
#> SRR2049782 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049781 2 0.0881 0.70002 0.000 0.972 0.012 0.008 0.008 0
#> SRR2049780 2 0.4666 0.13200 0.000 0.536 0.420 0.000 0.044 0
#> SRR2049779 2 0.2069 0.66460 0.004 0.908 0.068 0.000 0.020 0
#> SRR2049778 1 0.3288 0.59646 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000 0
#> SRR2049777 2 0.1951 0.69849 0.000 0.908 0.016 0.076 0.000 0
#> SRR2049776 1 0.1863 0.80037 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0
#> SRR2049775 2 0.0881 0.70002 0.000 0.972 0.012 0.008 0.008 0
#> SRR2049774 1 0.3817 0.08798 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000 0
#> SRR2049773 2 0.1951 0.69849 0.000 0.908 0.016 0.076 0.000 0
#> SRR2049772 1 0.3547 0.45987 0.668 0.000 0.332 0.000 0.000 0
#> SRR2049771 2 0.3271 0.46263 0.000 0.760 0.008 0.000 0.232 0
#> SRR2049770 3 0.4101 0.74458 0.308 0.000 0.664 0.000 0.028 0
#> SRR2049769 4 0.0146 0.87487 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR2049768 2 0.4949 0.48340 0.000 0.620 0.044 0.312 0.024 0
#> SRR2049767 2 0.5217 0.14485 0.044 0.548 0.380 0.000 0.028 0
#> SRR2049766 3 0.3828 0.48842 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000 0
#> SRR2049765 2 0.4949 0.48340 0.000 0.620 0.044 0.312 0.024 0
#> SRR2049764 2 0.0858 0.69074 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028 0
#> SRR2049763 4 0.0146 0.87487 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR2049762 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049761 4 0.0146 0.87487 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR2049760 1 0.0632 0.81727 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0
#> SRR2049759 2 0.3841 0.63371 0.000 0.780 0.036 0.164 0.020 0
#> SRR2049758 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049756 1 0.2092 0.78754 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000 0
#> SRR2049755 2 0.4666 0.13200 0.000 0.536 0.420 0.000 0.044 0
#> SRR2049757 2 0.1951 0.69849 0.000 0.908 0.016 0.076 0.000 0
#> SRR2049754 3 0.3684 0.66066 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000 0
#> SRR2049752 3 0.3828 0.48842 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000 0
#> SRR2049751 2 0.2356 0.69147 0.000 0.884 0.016 0.096 0.004 0
#> SRR2049749 2 0.5123 0.38937 0.000 0.564 0.044 0.368 0.024 0
#> SRR2049753 2 0.1230 0.69898 0.000 0.956 0.028 0.008 0.008 0
#> SRR2049750 1 0.4015 0.32771 0.616 0.000 0.372 0.000 0.012 0
#> SRR2049748 2 0.1930 0.67287 0.000 0.916 0.048 0.000 0.036 0
#> SRR2049744 1 0.2491 0.75398 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000 0
#> SRR2049743 2 0.0837 0.69632 0.000 0.972 0.004 0.004 0.020 0
#> SRR2049745 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049747 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049742 3 0.3823 0.49170 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000 0
#> SRR2049741 3 0.3565 0.75389 0.304 0.004 0.692 0.000 0.000 0
#> SRR2049738 4 0.0146 0.87487 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR2049737 1 0.3198 0.62148 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000 0
#> SRR2049739 2 0.1320 0.68806 0.000 0.948 0.036 0.000 0.016 0
#> SRR2049740 3 0.4583 0.14163 0.044 0.376 0.580 0.000 0.000 0
#> SRR2049736 3 0.3482 0.74688 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000 0
#> SRR2049735 2 0.5070 0.42562 0.000 0.584 0.044 0.348 0.024 0
#> SRR2049732 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049730 1 0.4131 0.26886 0.600 0.000 0.384 0.000 0.016 0
#> SRR2049734 2 0.1434 0.69204 0.000 0.948 0.024 0.008 0.020 0
#> SRR2049733 3 0.3853 0.74984 0.304 0.000 0.680 0.000 0.016 0
#> SRR2049731 2 0.1616 0.67911 0.000 0.932 0.048 0.000 0.020 0
#> SRR2049729 1 0.2996 0.68698 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000 0
#> SRR2049727 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049728 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049725 1 0.3911 0.35118 0.624 0.000 0.368 0.000 0.008 0
#> SRR2049726 2 0.4232 0.61183 0.000 0.744 0.048 0.188 0.020 0
#> SRR2049724 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049723 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049720 1 0.3023 0.67033 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000 0
#> SRR2049719 3 0.3528 0.75330 0.296 0.004 0.700 0.000 0.000 0
#> SRR2049722 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049721 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049716 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049718 5 0.4731 0.31981 0.028 0.032 0.288 0.000 0.652 0
#> SRR2049717 2 0.1257 0.68801 0.000 0.952 0.028 0.000 0.020 0
#> SRR2049715 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049714 4 0.5230 -0.03272 0.000 0.440 0.044 0.492 0.024 0
#> SRR2049713 1 0.1387 0.81202 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0
#> SRR2049712 2 0.5019 0.21114 0.036 0.588 0.348 0.000 0.028 0
#> SRR2049711 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049710 2 0.5103 0.40433 0.000 0.572 0.044 0.360 0.024 0
#> SRR2049709 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049707 4 0.5230 -0.03401 0.000 0.440 0.044 0.492 0.024 0
#> SRR2049708 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049706 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049705 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049704 1 0.1444 0.81092 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0
#> SRR2049702 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049703 3 0.3482 0.74697 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000 0
#> SRR2049700 3 0.4910 0.58658 0.192 0.136 0.668 0.000 0.004 0
#> SRR2049701 1 0.3515 0.47892 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000 0
#> SRR2049699 1 0.3838 0.00422 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000 0
#> SRR2049697 4 0.3181 0.75129 0.000 0.112 0.028 0.840 0.020 0
#> SRR2049698 1 0.1141 0.80805 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0
#> SRR2049696 1 0.0547 0.81701 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0
#> SRR2049694 3 0.3916 0.74871 0.300 0.000 0.680 0.000 0.020 0
#> SRR2049693 2 0.1605 0.68597 0.000 0.936 0.044 0.004 0.016 0
#> SRR2049695 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049691 1 0.2823 0.71469 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000 0
#> SRR2049692 3 0.4045 0.74639 0.312 0.000 0.664 0.000 0.024 0
#> SRR2049689 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049690 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049688 3 0.3499 0.74333 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000 0
#> SRR2049687 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049686 1 0.0547 0.81964 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0
#> SRR2049685 4 0.2378 0.72381 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0
#> SRR2049684 3 0.3584 0.75295 0.308 0.004 0.688 0.000 0.000 0
#> SRR2049683 4 0.0146 0.87487 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR2049682 3 0.3482 0.74697 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000 0
#> SRR2049680 2 0.1257 0.68801 0.000 0.952 0.028 0.000 0.020 0
#> SRR2049681 2 0.1930 0.67287 0.000 0.916 0.048 0.000 0.036 0
#> SRR2049678 2 0.5081 0.41877 0.000 0.580 0.044 0.352 0.024 0
#> SRR2049679 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049676 2 0.5033 0.44553 0.000 0.596 0.044 0.336 0.024 0
#> SRR2049675 1 0.2631 0.73987 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000 0
#> SRR2049677 4 0.0146 0.87405 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR2049674 3 0.3482 0.74697 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000 0
#> SRR2049672 4 0.0146 0.87487 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0
#> SRR2049671 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049673 1 0.3868 -0.25023 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000 0
#> SRR2049670 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049668 3 0.3592 0.70760 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000 0
#> SRR2049669 2 0.5103 0.40433 0.000 0.572 0.044 0.360 0.024 0
#> SRR2049667 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049666 3 0.4583 0.14423 0.044 0.376 0.580 0.000 0.000 0
#> SRR2049665 3 0.4196 0.72215 0.332 0.000 0.640 0.000 0.028 0
#> SRR2049664 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049661 3 0.3482 0.74688 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000 0
#> SRR2049663 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049660 1 0.2300 0.77560 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000 0
#> SRR2049662 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049659 4 0.3181 0.75129 0.000 0.112 0.028 0.840 0.020 0
#> SRR2049657 1 0.2631 0.73987 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000 0
#> SRR2049658 3 0.3862 0.35625 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000 0
#> SRR2049655 5 0.1408 0.16549 0.000 0.036 0.020 0.000 0.944 0
#> SRR2049656 1 0.0363 0.81991 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0
#> SRR2049654 1 0.1444 0.81092 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0
#> SRR2049652 1 0.3515 0.47892 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000 0
#> SRR2049653 4 0.3181 0.75129 0.000 0.112 0.028 0.840 0.020 0
#> SRR2049649 1 0.1501 0.80965 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0
#> SRR2049650 1 0.3804 0.10198 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000 0
#> SRR2049651 6 0.0000 0.00000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR2049647 3 0.3482 0.74697 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000 0
#> SRR2049648 1 0.1204 0.80579 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0
#> SRR2049646 2 0.5123 0.38687 0.000 0.564 0.044 0.368 0.024 0
#> SRR2049644 3 0.4970 0.07297 0.044 0.408 0.536 0.000 0.012 0
#> SRR2049645 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049643 1 0.2300 0.77560 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000 0
#> SRR2049641 1 0.1814 0.80184 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0
#> SRR2049639 4 0.6844 0.13422 0.000 0.296 0.268 0.388 0.048 0
#> SRR2049638 1 0.3717 0.31150 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000 0
#> SRR2049640 1 0.3684 0.35857 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000 0
#> SRR2049636 4 0.1750 0.83215 0.000 0.040 0.016 0.932 0.012 0
#> SRR2049635 1 0.2135 0.78781 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000 0
#> SRR2049637 2 0.2367 0.69504 0.000 0.888 0.016 0.088 0.008 0
#> SRR2049634 1 0.1863 0.79996 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0
#> SRR2049633 2 0.1564 0.68415 0.000 0.936 0.040 0.000 0.024 0
#> SRR2049632 2 0.4666 0.13200 0.000 0.536 0.420 0.000 0.044 0
#> SRR2049631 4 0.0000 0.87492 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR2049630 2 0.1616 0.68268 0.000 0.932 0.048 0.000 0.020 0
#> SRR2049628 3 0.4028 0.74597 0.308 0.000 0.668 0.000 0.024 0
#> SRR2049629 2 0.0858 0.69074 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028 0
#> SRR2049627 5 0.5570 0.42128 0.000 0.232 0.216 0.000 0.552 0
#> SRR2049626 1 0.1765 0.80411 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0
#> SRR2049625 3 0.3565 0.75389 0.304 0.004 0.692 0.000 0.000 0
#> SRR2049624 1 0.0000 0.81872 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR2049623 3 0.5016 0.58318 0.192 0.136 0.664 0.000 0.008 0
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.4850 0.516 0.516
#> 3 3 0.786 0.784 0.914 0.3276 0.751 0.551
#> 4 4 0.885 0.837 0.931 0.1417 0.785 0.480
#> 5 5 0.722 0.583 0.780 0.0632 0.947 0.812
#> 6 6 0.721 0.559 0.751 0.0451 0.841 0.455
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049620 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049619 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049613 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049612 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.662 0.792 0.172 0.828
#> SRR2049607 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049785 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049770 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049766 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049755 1 0.921 0.491 0.664 0.336
#> SRR2049757 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049731 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049719 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049700 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049689 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049687 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049683 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049665 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049655 2 0.224 0.962 0.036 0.964
#> SRR2049656 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049644 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049629 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2049627 2 0.141 0.978 0.020 0.980
#> SRR2049626 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0237 0.8586 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049622 1 0.4931 0.6629 0.768 0.000 0.232
#> SRR2049620 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049614 2 0.2165 0.8221 0.000 0.936 0.064
#> SRR2049613 2 0.6309 0.3556 0.000 0.504 0.496
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049607 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.6309 -0.1037 0.504 0.000 0.496
#> SRR2049604 3 0.1289 0.7900 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.3879 0.7896 0.848 0.000 0.152
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049594 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0747 0.9488 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049585 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049788 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049786 3 0.4842 0.4752 0.000 0.224 0.776
#> SRR2049785 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049784 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.6309 0.3557 0.000 0.504 0.496
#> SRR2049782 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049780 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049779 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049774 3 0.6308 0.1215 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049773 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049772 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049771 3 0.0592 0.7966 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049770 3 0.5327 0.5941 0.272 0.000 0.728
#> SRR2049769 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049766 3 0.6309 0.0927 0.500 0.000 0.500
#> SRR2049765 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049764 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049763 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.3941 0.7549 0.000 0.844 0.156
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049757 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049754 1 0.0892 0.9452 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049752 3 0.6308 0.1215 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049751 2 0.5497 0.6275 0.000 0.708 0.292
#> SRR2049749 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049753 3 0.6274 -0.2512 0.000 0.456 0.544
#> SRR2049750 1 0.4931 0.6629 0.768 0.000 0.232
#> SRR2049748 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.5678 0.4862 0.684 0.000 0.316
#> SRR2049741 3 0.1860 0.7770 0.052 0.000 0.948
#> SRR2049738 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049739 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049740 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049736 3 0.4974 0.6446 0.236 0.000 0.764
#> SRR2049735 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.5431 0.5596 0.716 0.000 0.284
#> SRR2049734 3 0.2711 0.7070 0.000 0.088 0.912
#> SRR2049733 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049731 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.4346 0.7426 0.816 0.000 0.184
#> SRR2049726 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049719 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049717 3 0.1753 0.7578 0.000 0.048 0.952
#> SRR2049715 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.6308 0.1215 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049700 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.6309 -0.1036 0.504 0.000 0.496
#> SRR2049697 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 3 0.4931 0.6497 0.232 0.000 0.768
#> SRR2049693 3 0.3941 0.6003 0.000 0.156 0.844
#> SRR2049695 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049692 3 0.0237 0.8063 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049689 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.6308 0.1215 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049687 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049683 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.6308 0.1215 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049680 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049681 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.6308 0.1215 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049672 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.6308 0.1215 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049670 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.6308 0.1215 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049669 2 0.0237 0.8586 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049665 3 0.0237 0.8063 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.6308 0.1215 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.4974 0.6558 0.764 0.000 0.236
#> SRR2049655 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.1163 0.9372 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049651 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049647 3 0.6308 0.1215 0.492 0.000 0.508
#> SRR2049648 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049638 1 0.2261 0.8951 0.932 0.000 0.068
#> SRR2049640 1 0.0747 0.9488 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049636 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049632 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.8606 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049628 3 0.4605 0.6706 0.204 0.000 0.796
#> SRR2049629 2 0.6308 0.3652 0.000 0.508 0.492
#> SRR2049627 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.9631 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049623 3 0.0000 0.8081 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.4998 0.0762 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR2049621 2 0.1716 0.8493 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049622 3 0.0895 0.9044 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR2049620 3 0.2081 0.8544 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049617 2 0.4996 0.1725 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.4967 0.2473 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR2049614 2 0.1661 0.8541 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR2049613 2 0.0376 0.8795 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049612 1 0.0336 0.9441 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049611 1 0.1637 0.9115 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049610 4 0.2973 0.8185 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.4996 0.0124 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR2049607 2 0.3486 0.7101 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR2049606 1 0.0707 0.9373 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049605 3 0.0895 0.9044 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR2049604 3 0.0469 0.9022 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.4103 0.6648 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 3 0.0707 0.9032 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049597 1 0.3726 0.7335 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.0707 0.8987 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2049594 1 0.0469 0.9427 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049593 3 0.0817 0.9023 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.2011 0.8570 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR2049585 1 0.0336 0.9441 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049584 1 0.4972 0.1859 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 4 0.0469 0.9721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049788 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049787 2 0.0188 0.8806 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049786 2 0.0376 0.8795 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049785 2 0.0188 0.8806 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049784 1 0.1211 0.9248 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2049783 2 0.0188 0.8806 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049782 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049780 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049779 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049778 3 0.2469 0.8278 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR2049777 2 0.0657 0.8832 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049776 1 0.4331 0.6083 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR2049775 2 0.0657 0.8832 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049774 3 0.0895 0.9044 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR2049773 2 0.0657 0.8832 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049772 3 0.4605 0.4570 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR2049771 2 0.0188 0.8802 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049770 3 0.0188 0.9039 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049769 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.4992 0.1975 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR2049767 2 0.4713 0.3887 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR2049766 3 0.0895 0.9044 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR2049765 2 0.4967 0.2473 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR2049764 2 0.0376 0.8795 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049763 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0592 0.8792 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 3 0.4977 0.1538 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR2049757 2 0.0657 0.8832 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049754 3 0.0817 0.9023 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2049752 3 0.0524 0.9049 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR2049751 2 0.0707 0.8773 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049749 2 0.5000 0.1189 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR2049753 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049750 3 0.0592 0.9036 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049748 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049744 3 0.5000 -0.0600 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR2049743 2 0.0376 0.8795 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.0895 0.9044 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR2049741 3 0.0469 0.9022 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2049738 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049737 3 0.2469 0.8278 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR2049739 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049740 3 0.2011 0.8570 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR2049736 3 0.0524 0.9038 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR2049735 2 0.2408 0.8206 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 3 0.0592 0.9036 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049734 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049733 3 0.0469 0.9022 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2049731 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049729 1 0.4776 0.4231 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 3 0.0592 0.9036 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049726 2 0.0657 0.8832 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.1867 0.9019 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049719 3 0.1389 0.8818 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 3 0.2011 0.8610 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR2049717 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049715 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049714 4 0.2760 0.8408 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.3801 0.6978 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.2921 0.8244 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 3 0.0524 0.9049 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR2049700 3 0.1474 0.8790 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR2049701 3 0.4972 0.1102 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR2049699 3 0.0895 0.9044 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR2049697 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0188 0.9455 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049696 1 0.0188 0.9455 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049694 3 0.0524 0.9038 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR2049693 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.1867 0.9019 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049692 3 0.0469 0.9022 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.0895 0.9044 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049684 3 0.0469 0.9022 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 3 0.0524 0.9049 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR2049680 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049681 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049678 2 0.3266 0.7588 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.4277 0.6155 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR2049675 3 0.4998 -0.0104 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR2049677 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049674 3 0.0895 0.9044 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 3 0.0895 0.9044 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 3 0.0524 0.9049 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR2049669 2 0.2216 0.8280 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.2081 0.8534 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR2049665 3 0.0188 0.9025 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.0524 0.9049 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.3024 0.8240 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR2049662 1 0.0336 0.9441 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049659 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.4972 0.1859 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR2049658 3 0.0895 0.9044 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR2049655 3 0.4994 0.1000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0188 0.9459 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049652 3 0.3311 0.7527 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR2049653 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0336 0.9441 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049650 3 0.0707 0.9032 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049651 2 0.0592 0.8828 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049647 3 0.0524 0.9049 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR2049648 1 0.0469 0.9427 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049646 2 0.4916 0.3370 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR2049644 3 0.1474 0.8790 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.1867 0.9019 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR2049641 1 0.0188 0.9459 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049639 2 0.4989 0.1908 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR2049638 3 0.0707 0.9032 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049640 3 0.0707 0.9032 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2049636 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.1792 0.9035 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049637 2 0.0657 0.8832 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049632 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049631 4 0.0000 0.9819 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.0469 0.8833 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049628 3 0.0188 0.9039 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049629 2 0.0376 0.8795 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2049627 3 0.4989 0.1041 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR2049626 1 0.1118 0.9273 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049625 3 0.0469 0.9022 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2049624 1 0.1792 0.9035 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2049623 3 0.0469 0.9022 0.000 0.012 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.5904 0.01402 0.172 0.000 0.596 0.000 0.232
#> SRR2049621 2 0.2046 0.80601 0.000 0.916 0.000 0.016 0.068
#> SRR2049622 3 0.1502 0.53236 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR2049620 3 0.5235 0.37643 0.000 0.068 0.620 0.000 0.312
#> SRR2049619 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.3300 0.74700 0.000 0.792 0.004 0.000 0.204
#> SRR2049617 2 0.4017 0.69489 0.000 0.788 0.000 0.148 0.064
#> SRR2049616 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.4569 0.69768 0.000 0.748 0.000 0.104 0.148
#> SRR2049614 2 0.2648 0.78625 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049613 2 0.2280 0.80848 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2049612 1 0.5904 0.42981 0.600 0.000 0.204 0.000 0.196
#> SRR2049611 5 0.6498 0.23196 0.352 0.000 0.196 0.000 0.452
#> SRR2049610 4 0.5467 0.26657 0.000 0.412 0.000 0.524 0.064
#> SRR2049609 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.6812 0.00150 0.000 0.312 0.364 0.000 0.324
#> SRR2049607 2 0.6705 0.25491 0.000 0.420 0.260 0.000 0.320
#> SRR2049606 1 0.6203 0.29434 0.544 0.000 0.268 0.000 0.188
#> SRR2049605 3 0.0451 0.55888 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR2049604 3 0.3109 0.50910 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR2049603 1 0.3630 0.64830 0.780 0.000 0.016 0.000 0.204
#> SRR2049602 1 0.6570 -0.01153 0.440 0.000 0.348 0.000 0.212
#> SRR2049601 1 0.5496 0.51559 0.652 0.000 0.152 0.000 0.196
#> SRR2049600 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.1341 0.75301 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2049598 3 0.3196 0.39643 0.004 0.000 0.804 0.000 0.192
#> SRR2049597 1 0.6530 -0.01518 0.440 0.000 0.360 0.000 0.200
#> SRR2049596 1 0.4946 0.58257 0.712 0.000 0.120 0.000 0.168
#> SRR2049595 3 0.4213 0.43634 0.000 0.012 0.680 0.000 0.308
#> SRR2049594 1 0.5153 0.20057 0.524 0.000 0.040 0.000 0.436
#> SRR2049593 3 0.3318 0.39598 0.008 0.000 0.800 0.000 0.192
#> SRR2049592 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0290 0.77283 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049590 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0290 0.77283 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049588 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.4584 0.41843 0.000 0.028 0.660 0.000 0.312
#> SRR2049585 1 0.5664 0.47373 0.632 0.000 0.200 0.000 0.168
#> SRR2049584 3 0.5979 -0.01028 0.220 0.000 0.588 0.000 0.192
#> SRR2049583 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 4 0.4247 0.76179 0.000 0.132 0.000 0.776 0.092
#> SRR2049788 2 0.2674 0.78602 0.000 0.856 0.004 0.000 0.140
#> SRR2049787 2 0.0290 0.82485 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049786 2 0.2329 0.80398 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2049785 2 0.0404 0.82503 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049784 1 0.6222 0.32187 0.548 0.000 0.236 0.000 0.216
#> SRR2049783 2 0.0609 0.82470 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049782 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0671 0.82435 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2049780 2 0.5825 0.51126 0.000 0.564 0.116 0.000 0.320
#> SRR2049779 2 0.5097 0.59318 0.000 0.624 0.056 0.000 0.320
#> SRR2049778 3 0.4811 -0.01717 0.020 0.000 0.528 0.000 0.452
#> SRR2049777 2 0.0566 0.82465 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2049776 3 0.6224 -0.12423 0.232 0.000 0.548 0.000 0.220
#> SRR2049775 2 0.0451 0.82494 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR2049774 3 0.0162 0.56059 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0671 0.82435 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2049772 3 0.5004 0.23429 0.092 0.000 0.692 0.000 0.216
#> SRR2049771 2 0.2424 0.80696 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2049770 3 0.3857 0.32840 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR2049769 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.3932 0.70430 0.000 0.796 0.000 0.140 0.064
#> SRR2049767 2 0.6738 0.22403 0.000 0.408 0.272 0.000 0.320
#> SRR2049766 3 0.0566 0.55730 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR2049765 2 0.4569 0.69768 0.000 0.748 0.000 0.104 0.148
#> SRR2049764 2 0.2127 0.80901 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049763 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.1792 0.73948 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2049759 2 0.1638 0.81159 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR2049758 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.5180 0.55697 0.684 0.000 0.120 0.000 0.196
#> SRR2049755 3 0.6786 0.06106 0.000 0.292 0.384 0.000 0.324
#> SRR2049757 2 0.0162 0.82503 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049754 3 0.1894 0.52101 0.008 0.000 0.920 0.000 0.072
#> SRR2049752 3 0.0290 0.56224 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049751 2 0.1502 0.81433 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR2049749 2 0.4788 0.55130 0.000 0.696 0.000 0.240 0.064
#> SRR2049753 2 0.0671 0.82541 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2049750 3 0.4446 0.00479 0.004 0.000 0.520 0.000 0.476
#> SRR2049748 2 0.4288 0.65082 0.000 0.664 0.012 0.000 0.324
#> SRR2049744 3 0.5477 0.14292 0.132 0.000 0.648 0.000 0.220
#> SRR2049743 2 0.2127 0.80901 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049745 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.1357 0.53765 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR2049741 3 0.2966 0.51651 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR2049738 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 3 0.4811 -0.01717 0.020 0.000 0.528 0.000 0.452
#> SRR2049739 2 0.1638 0.81658 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR2049740 3 0.4734 0.41067 0.000 0.036 0.652 0.000 0.312
#> SRR2049736 3 0.2329 0.53997 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2049735 2 0.1981 0.80714 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR2049732 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 3 0.4446 0.00479 0.004 0.000 0.520 0.000 0.476
#> SRR2049734 2 0.1704 0.81537 0.000 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR2049733 3 0.3707 0.46292 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR2049731 2 0.4009 0.66153 0.000 0.684 0.004 0.000 0.312
#> SRR2049729 5 0.6326 0.35555 0.160 0.000 0.380 0.000 0.460
#> SRR2049727 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 3 0.4446 0.00479 0.004 0.000 0.520 0.000 0.476
#> SRR2049726 2 0.1638 0.81305 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR2049724 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 5 0.6638 0.42367 0.272 0.000 0.276 0.000 0.452
#> SRR2049719 3 0.4400 0.42937 0.000 0.020 0.672 0.000 0.308
#> SRR2049722 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0290 0.77283 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049716 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 5 0.4327 -0.18016 0.000 0.008 0.360 0.000 0.632
#> SRR2049717 2 0.2068 0.80724 0.000 0.904 0.004 0.000 0.092
#> SRR2049715 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 4 0.5353 0.39840 0.000 0.360 0.000 0.576 0.064
#> SRR2049713 1 0.5093 0.56797 0.696 0.000 0.124 0.000 0.180
#> SRR2049712 2 0.5974 0.48735 0.000 0.548 0.132 0.000 0.320
#> SRR2049711 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.2580 0.79121 0.000 0.892 0.000 0.044 0.064
#> SRR2049709 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 4 0.5423 0.33205 0.000 0.388 0.000 0.548 0.064
#> SRR2049708 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0290 0.77283 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049705 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.5544 0.50012 0.648 0.000 0.184 0.000 0.168
#> SRR2049702 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.2127 0.54834 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR2049700 3 0.4213 0.43616 0.000 0.012 0.680 0.000 0.308
#> SRR2049701 3 0.5355 0.17144 0.120 0.000 0.660 0.000 0.220
#> SRR2049699 3 0.0451 0.55888 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR2049697 4 0.0162 0.92748 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049698 1 0.3715 0.52183 0.736 0.000 0.004 0.000 0.260
#> SRR2049696 1 0.4682 0.42900 0.620 0.000 0.024 0.000 0.356
#> SRR2049694 3 0.2280 0.54055 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2049693 2 0.1571 0.81753 0.000 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR2049695 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 5 0.6555 0.45970 0.220 0.000 0.320 0.000 0.460
#> SRR2049692 3 0.2929 0.51752 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR2049689 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.0771 0.55965 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR2049687 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.1197 0.75721 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049685 4 0.0162 0.92748 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049684 3 0.3534 0.47951 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR2049683 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.0703 0.56219 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2049680 2 0.2338 0.79963 0.000 0.884 0.004 0.000 0.112
#> SRR2049681 2 0.3906 0.67845 0.000 0.704 0.004 0.000 0.292
#> SRR2049678 2 0.2260 0.80081 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR2049679 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.2580 0.79121 0.000 0.892 0.000 0.044 0.064
#> SRR2049675 3 0.5104 0.23428 0.116 0.000 0.692 0.000 0.192
#> SRR2049677 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.0771 0.55775 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR2049672 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.0451 0.55888 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR2049670 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.0404 0.56275 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049669 2 0.2079 0.80497 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> SRR2049667 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.5268 0.36734 0.000 0.068 0.612 0.000 0.320
#> SRR2049665 3 0.4256 0.30050 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049664 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.0609 0.56204 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2049663 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 5 0.6534 0.45199 0.212 0.000 0.328 0.000 0.460
#> SRR2049662 1 0.4096 0.63171 0.760 0.000 0.040 0.000 0.200
#> SRR2049659 4 0.1478 0.89366 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2049657 3 0.6279 -0.14428 0.280 0.000 0.528 0.000 0.192
#> SRR2049658 3 0.1571 0.52907 0.004 0.000 0.936 0.000 0.060
#> SRR2049655 5 0.5452 -0.00576 0.000 0.144 0.200 0.000 0.656
#> SRR2049656 1 0.0290 0.77283 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049654 1 0.5605 0.48745 0.640 0.000 0.192 0.000 0.168
#> SRR2049652 3 0.4818 -0.03136 0.020 0.000 0.520 0.000 0.460
#> SRR2049653 4 0.2344 0.87359 0.000 0.032 0.000 0.904 0.064
#> SRR2049649 1 0.5956 0.41321 0.592 0.000 0.212 0.000 0.196
#> SRR2049650 3 0.4425 0.02882 0.004 0.000 0.544 0.000 0.452
#> SRR2049651 2 0.4045 0.63948 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2049647 3 0.0404 0.56275 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049648 1 0.5344 0.12641 0.500 0.000 0.052 0.000 0.448
#> SRR2049646 2 0.3234 0.76072 0.000 0.852 0.000 0.084 0.064
#> SRR2049644 3 0.5063 0.38966 0.000 0.056 0.632 0.000 0.312
#> SRR2049645 1 0.0000 0.77503 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 5 0.6612 0.47366 0.240 0.000 0.308 0.000 0.452
#> SRR2049641 1 0.5877 0.43772 0.604 0.000 0.200 0.000 0.196
#> SRR2049639 2 0.4887 0.66277 0.000 0.720 0.000 0.132 0.148
#> SRR2049638 3 0.4440 0.00567 0.004 0.000 0.528 0.000 0.468
#> SRR2049640 3 0.4440 0.00567 0.004 0.000 0.528 0.000 0.468
#> SRR2049636 4 0.2344 0.87349 0.000 0.032 0.000 0.904 0.064
#> SRR2049635 1 0.6423 0.19886 0.504 0.000 0.276 0.000 0.220
#> SRR2049637 2 0.0162 0.82503 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.5761 0.46681 0.620 0.000 0.184 0.000 0.196
#> SRR2049633 2 0.4009 0.66153 0.000 0.684 0.004 0.000 0.312
#> SRR2049632 2 0.4009 0.66153 0.000 0.684 0.004 0.000 0.312
#> SRR2049631 4 0.0000 0.92918 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.4009 0.66153 0.000 0.684 0.004 0.000 0.312
#> SRR2049628 3 0.3707 0.45012 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR2049629 2 0.2074 0.80913 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2049627 5 0.6733 -0.18574 0.000 0.288 0.296 0.000 0.416
#> SRR2049626 1 0.6254 0.27661 0.536 0.000 0.268 0.000 0.196
#> SRR2049625 3 0.3612 0.47234 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR2049624 1 0.6010 0.40055 0.584 0.000 0.204 0.000 0.212
#> SRR2049623 3 0.3586 0.47475 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.4277 0.12358 0.616 0.000 0.000 0.000 0.028 0.356
#> SRR2049621 2 0.1007 0.76442 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049622 1 0.1856 0.45486 0.920 0.000 0.048 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049620 3 0.3448 0.58619 0.280 0.004 0.716 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049619 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.3868 0.01797 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.2318 0.73850 0.000 0.892 0.000 0.064 0.000 0.044
#> SRR2049616 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.4991 0.67676 0.000 0.712 0.104 0.048 0.000 0.136
#> SRR2049614 2 0.4402 0.68303 0.000 0.716 0.116 0.000 0.000 0.168
#> SRR2049613 2 0.4937 0.66040 0.000 0.652 0.196 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049612 1 0.6062 0.04087 0.408 0.000 0.000 0.000 0.304 0.288
#> SRR2049611 6 0.4121 0.68206 0.116 0.000 0.000 0.000 0.136 0.748
#> SRR2049610 2 0.3989 0.56249 0.000 0.720 0.000 0.236 0.000 0.044
#> SRR2049609 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.3416 0.65710 0.140 0.056 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049607 3 0.3644 0.63765 0.088 0.120 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049606 1 0.5839 0.10165 0.488 0.000 0.000 0.000 0.236 0.276
#> SRR2049605 1 0.1908 0.47147 0.900 0.000 0.096 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049604 1 0.3409 0.24598 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049603 5 0.5368 0.02236 0.112 0.000 0.000 0.000 0.488 0.400
#> SRR2049602 1 0.4926 0.11190 0.584 0.000 0.000 0.000 0.080 0.336
#> SRR2049601 5 0.5878 0.00468 0.224 0.000 0.000 0.000 0.468 0.308
#> SRR2049600 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049599 5 0.2494 0.76348 0.016 0.000 0.000 0.000 0.864 0.120
#> SRR2049598 1 0.2945 0.35031 0.824 0.000 0.020 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049597 1 0.5133 0.15705 0.592 0.000 0.000 0.000 0.116 0.292
#> SRR2049596 5 0.5826 0.06569 0.236 0.000 0.000 0.000 0.492 0.272
#> SRR2049595 3 0.3592 0.52495 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049594 6 0.4098 0.55440 0.032 0.000 0.000 0.000 0.292 0.676
#> SRR2049593 1 0.2597 0.33976 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2049592 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049591 5 0.0260 0.88508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049590 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049589 5 0.2094 0.81164 0.080 0.000 0.000 0.000 0.900 0.020
#> SRR2049588 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.3684 0.54099 0.332 0.004 0.664 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.6053 0.04658 0.408 0.000 0.000 0.000 0.320 0.272
#> SRR2049584 1 0.4808 0.23082 0.636 0.000 0.000 0.000 0.092 0.272
#> SRR2049583 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049789 4 0.6111 0.15436 0.000 0.380 0.044 0.472 0.000 0.104
#> SRR2049788 3 0.3843 0.14456 0.000 0.452 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049787 2 0.2164 0.75522 0.000 0.900 0.068 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049786 2 0.5252 0.60763 0.000 0.592 0.264 0.000 0.000 0.144
#> SRR2049785 2 0.2412 0.74663 0.000 0.880 0.092 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049784 1 0.5834 -0.09496 0.424 0.000 0.000 0.000 0.188 0.388
#> SRR2049783 2 0.2680 0.73644 0.000 0.860 0.108 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049782 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.2445 0.73984 0.000 0.872 0.108 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049780 3 0.3835 0.59278 0.048 0.204 0.748 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049779 3 0.3558 0.55561 0.016 0.248 0.736 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049778 6 0.3198 0.67509 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2049777 2 0.1686 0.75684 0.000 0.924 0.064 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049776 1 0.4392 0.15394 0.628 0.000 0.000 0.000 0.040 0.332
#> SRR2049775 2 0.2163 0.74709 0.000 0.892 0.092 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049774 1 0.2146 0.47029 0.880 0.000 0.116 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049773 2 0.2398 0.74025 0.000 0.876 0.104 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049772 1 0.3351 0.24812 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2049771 2 0.5536 0.48603 0.000 0.504 0.352 0.000 0.000 0.144
#> SRR2049770 1 0.5684 0.04309 0.520 0.000 0.200 0.000 0.000 0.280
#> SRR2049769 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.2197 0.74301 0.000 0.900 0.000 0.056 0.000 0.044
#> SRR2049767 3 0.3698 0.64728 0.116 0.096 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049766 1 0.2312 0.46958 0.876 0.000 0.112 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049765 2 0.4991 0.67676 0.000 0.712 0.104 0.048 0.000 0.136
#> SRR2049764 2 0.4941 0.65387 0.000 0.648 0.212 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049763 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049760 5 0.3566 0.60446 0.020 0.000 0.000 0.000 0.744 0.236
#> SRR2049759 2 0.0935 0.76550 0.000 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049758 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049756 5 0.5841 0.03741 0.220 0.000 0.000 0.000 0.480 0.300
#> SRR2049755 3 0.3370 0.65783 0.148 0.048 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049757 2 0.1838 0.75517 0.000 0.916 0.068 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049754 1 0.1285 0.43302 0.944 0.000 0.004 0.000 0.000 0.052
#> SRR2049752 1 0.2191 0.46750 0.876 0.000 0.120 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049751 2 0.0405 0.76703 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049749 2 0.2647 0.72553 0.000 0.868 0.000 0.088 0.000 0.044
#> SRR2049753 2 0.2996 0.61154 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049750 6 0.4406 0.59934 0.336 0.000 0.040 0.000 0.000 0.624
#> SRR2049748 3 0.3595 0.48751 0.008 0.288 0.704 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049744 1 0.4049 0.17184 0.648 0.000 0.000 0.000 0.020 0.332
#> SRR2049743 2 0.4941 0.65387 0.000 0.648 0.212 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049745 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049747 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.1908 0.45870 0.916 0.000 0.056 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049741 1 0.3244 0.30891 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049738 4 0.0458 0.93597 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049737 6 0.3175 0.67619 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2049739 2 0.3835 0.48214 0.000 0.668 0.320 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049740 3 0.3489 0.57967 0.288 0.004 0.708 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.3126 0.33989 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.1152 0.76413 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR2049732 5 0.0363 0.88214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049730 6 0.4378 0.61043 0.328 0.000 0.040 0.000 0.000 0.632
#> SRR2049734 2 0.3634 0.51430 0.000 0.696 0.296 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049733 3 0.4091 0.31033 0.472 0.000 0.520 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049731 3 0.3592 0.42802 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049729 6 0.3834 0.66298 0.268 0.000 0.000 0.000 0.024 0.708
#> SRR2049727 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049728 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049725 6 0.4406 0.59934 0.336 0.000 0.040 0.000 0.000 0.624
#> SRR2049726 2 0.1003 0.76653 0.000 0.964 0.020 0.000 0.000 0.016
#> SRR2049724 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049723 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049720 6 0.4253 0.69601 0.160 0.000 0.000 0.000 0.108 0.732
#> SRR2049719 3 0.3592 0.52495 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049722 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049721 5 0.2214 0.79942 0.096 0.000 0.000 0.000 0.888 0.016
#> SRR2049716 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049718 3 0.6004 0.06012 0.240 0.000 0.408 0.000 0.000 0.352
#> SRR2049717 2 0.3838 0.12133 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049715 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.4751 0.21405 0.000 0.560 0.004 0.392 0.000 0.044
#> SRR2049713 1 0.6105 -0.01762 0.360 0.000 0.000 0.000 0.352 0.288
#> SRR2049712 3 0.3834 0.57019 0.036 0.232 0.732 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.1265 0.76373 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR2049709 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.4393 0.40841 0.000 0.640 0.000 0.316 0.000 0.044
#> SRR2049708 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049706 5 0.0260 0.88508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2049705 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.6063 0.02566 0.388 0.000 0.000 0.000 0.348 0.264
#> SRR2049702 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.2703 0.45343 0.824 0.000 0.172 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049700 3 0.3930 0.42194 0.420 0.004 0.576 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.3969 0.17459 0.652 0.000 0.000 0.000 0.016 0.332
#> SRR2049699 1 0.1806 0.47151 0.908 0.000 0.088 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049697 4 0.0777 0.92875 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR2049698 5 0.3695 0.33710 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR2049696 6 0.4445 0.33312 0.032 0.000 0.000 0.000 0.396 0.572
#> SRR2049694 1 0.4022 0.29474 0.708 0.000 0.252 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049693 2 0.3428 0.50487 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 6 0.4271 0.66368 0.244 0.000 0.000 0.000 0.060 0.696
#> SRR2049692 1 0.4067 0.28476 0.700 0.000 0.260 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049689 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.1970 0.47358 0.900 0.000 0.092 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049687 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 5 0.3053 0.68862 0.020 0.000 0.000 0.000 0.812 0.168
#> SRR2049685 4 0.0891 0.92630 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> SRR2049684 1 0.3737 -0.00195 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.2219 0.46315 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.3866 -0.00793 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049681 3 0.3659 0.38880 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049678 2 0.1265 0.76373 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR2049679 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.1265 0.76373 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR2049675 1 0.3512 0.26760 0.720 0.000 0.000 0.000 0.008 0.272
#> SRR2049677 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.2070 0.47311 0.896 0.000 0.092 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049672 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.2146 0.47029 0.880 0.000 0.116 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049670 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.2278 0.46984 0.868 0.000 0.128 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049669 2 0.1265 0.76373 0.000 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR2049667 5 0.0363 0.88214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2049666 3 0.3405 0.59228 0.272 0.004 0.724 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049665 1 0.5718 0.03648 0.512 0.000 0.204 0.000 0.000 0.284
#> SRR2049664 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.2980 0.43140 0.808 0.000 0.180 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049663 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049660 6 0.4095 0.70502 0.152 0.000 0.000 0.000 0.100 0.748
#> SRR2049662 6 0.5127 0.33357 0.088 0.000 0.000 0.000 0.384 0.528
#> SRR2049659 4 0.2595 0.84694 0.000 0.084 0.000 0.872 0.000 0.044
#> SRR2049657 1 0.4892 0.22404 0.628 0.000 0.000 0.000 0.100 0.272
#> SRR2049658 1 0.1789 0.45333 0.924 0.000 0.044 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049655 3 0.5372 0.22832 0.048 0.032 0.520 0.000 0.000 0.400
#> SRR2049656 5 0.2094 0.81164 0.080 0.000 0.000 0.000 0.900 0.020
#> SRR2049654 1 0.6049 0.04671 0.408 0.000 0.000 0.000 0.324 0.268
#> SRR2049652 1 0.3774 0.02144 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2049653 4 0.4291 0.57070 0.000 0.292 0.000 0.664 0.000 0.044
#> SRR2049649 1 0.6040 0.04762 0.420 0.000 0.000 0.000 0.292 0.288
#> SRR2049650 6 0.3810 0.47018 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2049651 3 0.4247 0.45565 0.000 0.296 0.664 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049647 1 0.2003 0.46964 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049648 6 0.4215 0.61323 0.056 0.000 0.000 0.000 0.244 0.700
#> SRR2049646 2 0.1633 0.75833 0.000 0.932 0.000 0.024 0.000 0.044
#> SRR2049644 3 0.3351 0.57951 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049645 5 0.0000 0.89012 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049643 6 0.4085 0.70674 0.156 0.000 0.000 0.000 0.096 0.748
#> SRR2049641 1 0.6069 0.03587 0.404 0.000 0.000 0.000 0.308 0.288
#> SRR2049639 2 0.5200 0.66639 0.000 0.696 0.104 0.060 0.000 0.140
#> SRR2049638 6 0.3707 0.64364 0.312 0.000 0.008 0.000 0.000 0.680
#> SRR2049640 6 0.3867 0.62665 0.328 0.000 0.012 0.000 0.000 0.660
#> SRR2049636 4 0.4038 0.65213 0.000 0.244 0.000 0.712 0.000 0.044
#> SRR2049635 1 0.5585 -0.02495 0.488 0.000 0.000 0.000 0.148 0.364
#> SRR2049637 2 0.1802 0.75473 0.000 0.916 0.072 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049634 1 0.6093 0.01625 0.384 0.000 0.000 0.000 0.328 0.288
#> SRR2049633 3 0.3592 0.43815 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049632 3 0.3607 0.42476 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049631 4 0.0000 0.94456 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049630 3 0.3592 0.43449 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 1 0.5579 0.16495 0.548 0.000 0.248 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049629 2 0.4941 0.65387 0.000 0.648 0.212 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049627 3 0.2693 0.60478 0.052 0.028 0.884 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049626 1 0.5794 0.07035 0.492 0.000 0.000 0.000 0.212 0.296
#> SRR2049625 1 0.3868 -0.28742 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.5803 -0.05904 0.444 0.000 0.000 0.000 0.184 0.372
#> SRR2049623 3 0.3868 0.27682 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.983 0.994 0.4962 0.505 0.505
#> 3 3 0.953 0.969 0.980 0.2287 0.867 0.739
#> 4 4 0.954 0.908 0.963 0.0543 0.922 0.807
#> 5 5 0.869 0.862 0.934 0.0809 0.930 0.805
#> 6 6 0.798 0.779 0.894 0.0401 0.983 0.945
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049620 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049613 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049607 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.4022 0.9070 0.920 0.080
#> SRR2049594 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049586 2 0.0376 0.9928 0.004 0.996
#> SRR2049585 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049770 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049766 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049757 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049740 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049736 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049731 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049719 2 0.8555 0.6046 0.280 0.720
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 1.0000 0.0171 0.504 0.496
#> SRR2049717 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049700 1 0.9754 0.3105 0.592 0.408
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049666 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049665 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049655 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049644 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049629 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049627 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049620 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049614 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049613 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 3 0.1411 0.903 0.036 0.000 0.964
#> SRR2049610 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049607 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.0747 0.975 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049603 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.0747 0.975 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049594 3 0.4346 0.863 0.184 0.000 0.816
#> SRR2049593 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 2 0.1491 0.967 0.016 0.968 0.016
#> SRR2049585 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049786 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049779 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049778 3 0.4346 0.863 0.184 0.000 0.816
#> SRR2049777 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049774 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049770 3 0.0747 0.903 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049769 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049767 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049766 1 0.6111 0.208 0.604 0.000 0.396
#> SRR2049765 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0592 0.977 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049759 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049757 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049754 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049752 3 0.4399 0.859 0.188 0.000 0.812
#> SRR2049751 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049750 3 0.0747 0.903 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049748 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.0747 0.975 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049738 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 3 0.4346 0.863 0.184 0.000 0.816
#> SRR2049739 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049740 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049736 3 0.4346 0.863 0.184 0.000 0.816
#> SRR2049735 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 3 0.0747 0.903 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049734 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049733 3 0.0747 0.903 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049731 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049729 1 0.4452 0.726 0.808 0.000 0.192
#> SRR2049727 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 3 0.0747 0.903 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049726 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 3 0.4346 0.863 0.184 0.000 0.816
#> SRR2049719 1 0.3445 0.854 0.896 0.088 0.016
#> SRR2049722 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 3 0.0747 0.903 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049717 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.0747 0.975 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049700 3 0.5864 0.552 0.008 0.288 0.704
#> SRR2049701 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 3 0.4346 0.863 0.184 0.000 0.816
#> SRR2049696 3 0.4346 0.863 0.184 0.000 0.816
#> SRR2049694 3 0.0747 0.903 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049693 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 3 0.4399 0.859 0.188 0.000 0.812
#> SRR2049692 3 0.0747 0.903 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049689 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.0592 0.978 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049687 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 1 0.0747 0.975 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049683 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.0424 0.982 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049680 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049681 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.0424 0.982 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049672 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 2 0.0747 0.985 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049665 3 0.0747 0.903 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049664 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.4346 0.863 0.184 0.000 0.816
#> SRR2049663 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 3 0.0892 0.903 0.020 0.000 0.980
#> SRR2049662 3 0.5650 0.674 0.312 0.000 0.688
#> SRR2049659 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049655 3 0.1411 0.880 0.000 0.036 0.964
#> SRR2049656 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 3 0.4504 0.850 0.196 0.000 0.804
#> SRR2049651 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049648 3 0.1163 0.904 0.028 0.000 0.972
#> SRR2049646 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049644 2 0.1170 0.977 0.008 0.976 0.016
#> SRR2049645 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 3 0.1411 0.903 0.036 0.000 0.964
#> SRR2049641 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049638 3 0.3482 0.883 0.128 0.000 0.872
#> SRR2049640 3 0.0747 0.903 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049636 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049628 3 0.0747 0.903 0.016 0.000 0.984
#> SRR2049629 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049627 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.0747 0.975 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049624 1 0.0000 0.989 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.1163 0.965 0.972 0.000 0.028
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049620 3 0.4843 0.3267 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0817 0.9769 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049614 2 0.0817 0.9769 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049613 2 0.0817 0.9769 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 4 0.3219 0.6986 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.0817 0.9769 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049607 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049604 3 0.1022 0.7906 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.1022 0.7906 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR2049594 4 0.4776 0.5540 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR2049593 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.0817 0.7750 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2049585 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0707 0.9797 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2049788 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049786 2 0.1022 0.9708 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2049785 2 0.0336 0.9875 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049780 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049779 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049778 4 0.4776 0.5540 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR2049777 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.1022 0.9708 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2049770 4 0.0000 0.7154 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049766 1 0.1022 0.9446 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049765 2 0.0817 0.9769 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049764 2 0.0817 0.9769 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0817 0.9534 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049759 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.0336 0.9875 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049757 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049754 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049752 4 0.4933 0.4569 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR2049751 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049750 4 0.0000 0.7154 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049748 2 0.1022 0.9708 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0817 0.9769 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049741 3 0.1474 0.7740 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049737 4 0.4585 0.5884 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR2049739 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 2 0.1637 0.9369 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2049736 4 0.4746 0.5618 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2049735 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 4 0.0000 0.7154 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049734 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049733 4 0.0188 0.7133 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049731 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049729 1 0.0817 0.9534 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049727 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 4 0.0000 0.7154 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.5000 -0.2719 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR2049719 3 0.1174 0.7832 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 4 0.1022 0.6946 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR2049717 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.1022 0.7906 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR2049700 3 0.5586 0.2730 0.000 0.020 0.528 0.452
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 4 0.4776 0.5540 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR2049696 1 0.3649 0.6842 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049694 4 0.0000 0.7154 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049693 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.1389 0.9268 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2049692 4 0.0000 0.7154 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.5000 0.0364 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.1022 0.7906 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.4454 0.5121 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR2049680 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049681 2 0.0592 0.9823 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.4072 0.6293 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.1118 0.7697 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2049665 4 0.0000 0.7154 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 4 0.4730 0.5653 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR2049663 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 4 0.1792 0.7192 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR2049662 1 0.1118 0.9404 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049655 4 0.1209 0.6913 0.000 0.004 0.032 0.964
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.1940 0.8923 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2049651 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049648 4 0.2973 0.7049 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2049646 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.1022 0.7728 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 4 0.3266 0.6967 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0707 0.9797 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2049638 4 0.3649 0.6749 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR2049640 4 0.1211 0.7206 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.0000 0.9925 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 4 0.0000 0.7154 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049629 2 0.0817 0.9769 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049627 2 0.4289 0.7504 0.000 0.796 0.032 0.172
#> SRR2049626 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.1022 0.7906 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049623 3 0.5206 0.3845 0.308 0.000 0.668 0.024
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 1 0.1121 0.9449 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2049621 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.0451 0.9539 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049620 3 0.5420 0.1221 0.000 0.332 0.592 0.076 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0162 0.9551 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049617 2 0.0290 0.9529 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049616 1 0.1608 0.9294 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049615 2 0.3913 0.2726 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR2049614 4 0.4300 0.5054 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR2049613 4 0.4291 0.5302 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 5 0.1197 0.8369 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.4211 0.1777 0.000 0.636 0.004 0.360 0.000
#> SRR2049607 2 0.0290 0.9532 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.0451 0.9539 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049604 3 0.0609 0.8381 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.1851 0.9181 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049602 1 0.1478 0.9341 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049601 1 0.1410 0.9360 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049600 1 0.1478 0.9341 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049599 1 0.1851 0.9181 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049598 1 0.1478 0.9358 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049597 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.0671 0.8388 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR2049594 5 0.1965 0.8371 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2049593 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.1628 0.8238 0.000 0.008 0.936 0.056 0.000
#> SRR2049585 1 0.0290 0.9548 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0290 0.9548 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0162 0.9573 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049789 2 0.3143 0.6381 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049788 2 0.0566 0.9483 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR2049787 2 0.0290 0.9515 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049786 4 0.2179 0.5140 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2049785 2 0.1121 0.9174 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049784 1 0.0703 0.9515 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049783 2 0.0162 0.9544 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0865 0.9380 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR2049780 2 0.1892 0.8746 0.000 0.916 0.004 0.080 0.000
#> SRR2049779 2 0.0671 0.9453 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR2049778 5 0.2074 0.8339 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2049777 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0566 0.9483 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR2049774 1 0.0451 0.9539 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049773 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.0451 0.9539 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049771 4 0.2813 0.5630 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR2049770 5 0.1908 0.7852 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0451 0.9508 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR2049767 2 0.0510 0.9463 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049766 5 0.4161 0.4025 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2049765 2 0.3816 0.3479 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR2049764 4 0.4291 0.5302 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.2020 0.9074 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049759 2 0.0290 0.9529 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049758 1 0.1608 0.9294 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049756 1 0.1410 0.9360 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2049755 2 0.2389 0.8297 0.000 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR2049757 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049754 1 0.0290 0.9548 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049752 5 0.2127 0.8311 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2049751 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.0290 0.9529 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049750 5 0.1908 0.7852 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2049748 4 0.2852 0.5635 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR2049744 1 0.1043 0.9450 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2049743 4 0.4294 0.5183 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR2049745 1 0.0162 0.9573 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049747 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0451 0.9539 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2049741 3 0.2536 0.7435 0.128 0.000 0.868 0.000 0.004
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049737 5 0.1671 0.8386 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2049739 2 0.0404 0.9487 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049740 2 0.4450 0.5706 0.000 0.760 0.132 0.108 0.000
#> SRR2049736 5 0.2020 0.8360 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2049735 2 0.0162 0.9551 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049732 1 0.1851 0.9181 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049730 5 0.1908 0.7852 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2049734 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049733 5 0.3210 0.6978 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR2049731 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049729 1 0.2648 0.8474 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049727 1 0.0609 0.9528 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049728 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 5 0.1908 0.7852 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2049726 2 0.0451 0.9508 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 5 0.2074 0.8339 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2049719 3 0.0290 0.8367 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0290 0.9548 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.1851 0.9181 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049718 4 0.2329 0.3118 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR2049717 2 0.0162 0.9551 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.0162 0.9569 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049712 2 0.0162 0.9551 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0290 0.9548 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0290 0.9548 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.1478 0.8096 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR2049700 5 0.6449 0.0652 0.000 0.008 0.352 0.148 0.492
#> SRR2049701 1 0.1544 0.9318 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049699 1 0.0671 0.9493 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 5 0.2020 0.8360 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2049696 5 0.2179 0.8269 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2049694 5 0.1892 0.7920 0.004 0.000 0.000 0.080 0.916
#> SRR2049693 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 5 0.2471 0.7997 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2049692 5 0.1908 0.7852 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.4256 0.1856 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.1608 0.9294 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.0290 0.8409 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.3752 0.5687 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.0162 0.9551 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049681 2 0.2377 0.7862 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.3177 0.7244 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.1478 0.9341 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.1478 0.9341 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.1851 0.9181 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049666 3 0.4199 0.7098 0.000 0.056 0.764 0.180 0.000
#> SRR2049665 5 0.1908 0.7852 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2049664 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 5 0.2127 0.8319 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2049663 1 0.1478 0.9341 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049660 5 0.0609 0.8266 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2049662 5 0.3003 0.7305 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049655 4 0.2011 0.3329 0.000 0.004 0.000 0.908 0.088
#> SRR2049656 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0290 0.9548 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.1851 0.9181 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049653 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 5 0.3395 0.6576 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR2049651 2 0.0609 0.9418 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049647 1 0.0290 0.9548 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049648 5 0.0880 0.8317 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2049646 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.1704 0.8239 0.000 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR2049645 1 0.1544 0.9321 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2049643 5 0.1197 0.8369 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2049641 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.3143 0.6324 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2049638 5 0.2020 0.8366 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2049640 5 0.0510 0.8242 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.1732 0.9240 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049637 2 0.0162 0.9551 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.1197 0.9115 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049632 2 0.1571 0.9004 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9569 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.0451 0.9508 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR2049628 5 0.1908 0.7852 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2049629 4 0.4306 0.4604 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR2049627 4 0.1792 0.4765 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.9580 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.0162 0.8398 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.1851 0.9181 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049623 3 0.5442 0.5222 0.240 0.000 0.644 0.000 0.116
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.1194 0.9128 0.956 0.000 0.008 0.004 0.000 0.032
#> SRR2049621 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.1265 0.8976 0.948 0.000 0.044 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049620 4 0.4525 0.0478 0.000 0.088 0.228 0.684 0.000 0.000
#> SRR2049619 1 0.0146 0.9178 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0146 0.9130 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.0632 0.9003 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.2912 0.8580 0.852 0.000 0.000 0.076 0.000 0.072
#> SRR2049615 2 0.4029 0.4136 0.000 0.680 0.000 0.028 0.292 0.000
#> SRR2049614 5 0.4372 0.3169 0.000 0.432 0.000 0.024 0.544 0.000
#> SRR2049613 5 0.4326 0.3507 0.000 0.404 0.000 0.024 0.572 0.000
#> SRR2049612 1 0.0146 0.9178 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 6 0.0363 0.7978 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049610 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 4 0.5296 0.4149 0.000 0.260 0.000 0.588 0.152 0.000
#> SRR2049607 2 0.1007 0.8873 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2049606 1 0.0146 0.9182 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.1333 0.8952 0.944 0.000 0.048 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049604 3 0.0713 0.7077 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.3175 0.8445 0.832 0.000 0.000 0.080 0.000 0.088
#> SRR2049602 1 0.2733 0.8675 0.864 0.000 0.000 0.080 0.000 0.056
#> SRR2049601 1 0.2554 0.8743 0.876 0.000 0.000 0.076 0.000 0.048
#> SRR2049600 1 0.2618 0.8719 0.872 0.000 0.000 0.076 0.000 0.052
#> SRR2049599 1 0.3068 0.8486 0.840 0.000 0.000 0.072 0.000 0.088
#> SRR2049598 1 0.1863 0.8996 0.920 0.000 0.004 0.016 0.000 0.060
#> SRR2049597 1 0.0146 0.9186 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049596 1 0.0146 0.9182 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.3432 0.6327 0.000 0.000 0.764 0.216 0.020 0.000
#> SRR2049594 6 0.2733 0.7942 0.080 0.000 0.000 0.056 0.000 0.864
#> SRR2049593 1 0.0146 0.9182 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0146 0.9186 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049591 1 0.0146 0.9178 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0146 0.9178 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0291 0.9177 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0146 0.9178 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.4374 0.6059 0.000 0.012 0.712 0.224 0.052 0.000
#> SRR2049585 1 0.0858 0.9090 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0935 0.9070 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0260 0.9187 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049789 2 0.3938 0.5559 0.000 0.728 0.000 0.044 0.228 0.000
#> SRR2049788 2 0.3189 0.6340 0.000 0.760 0.000 0.236 0.004 0.000
#> SRR2049787 2 0.0790 0.8921 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049786 5 0.1124 0.4668 0.000 0.036 0.000 0.008 0.956 0.000
#> SRR2049785 2 0.4065 0.5684 0.000 0.724 0.000 0.220 0.056 0.000
#> SRR2049784 1 0.0858 0.9144 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR2049783 2 0.0790 0.8921 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049782 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.3619 0.6053 0.000 0.744 0.000 0.232 0.024 0.000
#> SRR2049780 4 0.4443 0.4322 0.000 0.368 0.000 0.596 0.036 0.000
#> SRR2049779 2 0.3081 0.6616 0.000 0.776 0.000 0.220 0.004 0.000
#> SRR2049778 6 0.3068 0.7846 0.088 0.000 0.000 0.072 0.000 0.840
#> SRR2049777 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.0146 0.9178 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.3052 0.6686 0.000 0.780 0.000 0.216 0.004 0.000
#> SRR2049774 1 0.1584 0.8831 0.928 0.000 0.064 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049773 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.1196 0.8999 0.952 0.000 0.040 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049771 5 0.1584 0.4757 0.000 0.064 0.000 0.008 0.928 0.000
#> SRR2049770 6 0.2134 0.7602 0.000 0.000 0.000 0.044 0.052 0.904
#> SRR2049769 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.2527 0.7518 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2049767 2 0.3158 0.6925 0.000 0.812 0.020 0.164 0.004 0.000
#> SRR2049766 6 0.5040 0.2351 0.408 0.000 0.000 0.076 0.000 0.516
#> SRR2049765 2 0.3956 0.4860 0.000 0.704 0.000 0.032 0.264 0.000
#> SRR2049764 5 0.4428 0.3574 0.000 0.388 0.000 0.032 0.580 0.000
#> SRR2049763 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.3405 0.8229 0.812 0.000 0.000 0.076 0.000 0.112
#> SRR2049759 2 0.0632 0.9003 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.2910 0.8597 0.852 0.000 0.000 0.080 0.000 0.068
#> SRR2049756 1 0.2488 0.8766 0.880 0.000 0.000 0.076 0.000 0.044
#> SRR2049755 4 0.4828 0.4706 0.000 0.320 0.000 0.604 0.076 0.000
#> SRR2049757 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049754 1 0.1349 0.8940 0.940 0.000 0.056 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049752 6 0.2812 0.7894 0.096 0.000 0.000 0.048 0.000 0.856
#> SRR2049751 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.0865 0.8923 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049750 6 0.2134 0.7602 0.000 0.000 0.000 0.044 0.052 0.904
#> SRR2049748 5 0.1958 0.4718 0.000 0.100 0.000 0.004 0.896 0.000
#> SRR2049744 1 0.2190 0.8870 0.900 0.000 0.000 0.060 0.000 0.040
#> SRR2049743 5 0.5574 0.2449 0.000 0.344 0.000 0.152 0.504 0.000
#> SRR2049745 1 0.0260 0.9187 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049747 1 0.0146 0.9186 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049742 1 0.1265 0.8976 0.948 0.000 0.044 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049741 3 0.1814 0.6742 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049737 6 0.0937 0.8023 0.040 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2049739 2 0.1908 0.8497 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028 0.000
#> SRR2049740 2 0.6709 -0.1523 0.000 0.516 0.132 0.232 0.120 0.000
#> SRR2049736 6 0.2910 0.7952 0.080 0.000 0.000 0.068 0.000 0.852
#> SRR2049735 2 0.0146 0.9130 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.3172 0.8422 0.832 0.000 0.000 0.076 0.000 0.092
#> SRR2049730 6 0.2201 0.7622 0.000 0.000 0.000 0.048 0.052 0.900
#> SRR2049734 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049733 6 0.4273 0.6012 0.000 0.000 0.000 0.080 0.204 0.716
#> SRR2049731 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049729 1 0.3912 0.7622 0.760 0.000 0.000 0.076 0.000 0.164
#> SRR2049727 1 0.2294 0.8831 0.892 0.000 0.000 0.072 0.000 0.036
#> SRR2049728 1 0.0291 0.9186 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049725 6 0.2134 0.7602 0.000 0.000 0.000 0.044 0.052 0.904
#> SRR2049726 2 0.3136 0.6483 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004 0.000
#> SRR2049724 1 0.0146 0.9186 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049723 1 0.0000 0.9182 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 6 0.3215 0.7756 0.100 0.000 0.000 0.072 0.000 0.828
#> SRR2049719 3 0.1411 0.6923 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000
#> SRR2049722 1 0.0291 0.9185 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049721 1 0.0865 0.9050 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.3068 0.8486 0.840 0.000 0.000 0.072 0.000 0.088
#> SRR2049718 5 0.2647 0.3661 0.000 0.000 0.000 0.044 0.868 0.088
#> SRR2049717 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049715 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.0603 0.9137 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049712 2 0.1951 0.8334 0.000 0.908 0.016 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0291 0.9186 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049707 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0146 0.9186 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049706 1 0.0865 0.9050 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0146 0.9178 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0937 0.9027 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.2147 0.6879 0.084 0.000 0.896 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049700 4 0.6822 -0.0387 0.000 0.004 0.144 0.448 0.076 0.328
#> SRR2049701 1 0.2554 0.8743 0.876 0.000 0.000 0.076 0.000 0.048
#> SRR2049699 1 0.3152 0.7190 0.792 0.000 0.196 0.004 0.000 0.008
#> SRR2049697 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049698 6 0.2672 0.7953 0.080 0.000 0.000 0.052 0.000 0.868
#> SRR2049696 6 0.3361 0.7657 0.108 0.000 0.000 0.076 0.000 0.816
#> SRR2049694 6 0.2376 0.7536 0.000 0.000 0.000 0.068 0.044 0.888
#> SRR2049693 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049695 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 6 0.3534 0.7487 0.124 0.000 0.000 0.076 0.000 0.800
#> SRR2049692 6 0.2563 0.7471 0.000 0.000 0.000 0.072 0.052 0.876
#> SRR2049689 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0146 0.9178 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.4282 0.2875 0.420 0.000 0.560 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049687 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.2801 0.8631 0.860 0.000 0.000 0.072 0.000 0.068
#> SRR2049685 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.0993 0.7077 0.012 0.000 0.964 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049683 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.4262 -0.0619 0.508 0.000 0.476 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.0547 0.9016 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049681 2 0.2092 0.7967 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.0458 0.9180 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.4258 -0.0287 0.516 0.000 0.468 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.2733 0.8675 0.864 0.000 0.000 0.080 0.000 0.056
#> SRR2049670 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.3672 0.7951 0.776 0.000 0.000 0.168 0.000 0.056
#> SRR2049669 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.3172 0.8422 0.832 0.000 0.000 0.076 0.000 0.092
#> SRR2049666 3 0.7121 0.2598 0.000 0.140 0.460 0.208 0.192 0.000
#> SRR2049665 6 0.2201 0.7583 0.000 0.000 0.000 0.048 0.052 0.900
#> SRR2049664 1 0.0291 0.9186 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049661 6 0.3175 0.7812 0.088 0.000 0.000 0.080 0.000 0.832
#> SRR2049663 1 0.2672 0.8700 0.868 0.000 0.000 0.080 0.000 0.052
#> SRR2049660 6 0.1275 0.7912 0.012 0.000 0.000 0.016 0.016 0.956
#> SRR2049662 6 0.4305 0.6206 0.216 0.000 0.000 0.076 0.000 0.708
#> SRR2049659 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0146 0.9182 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.0363 0.9156 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049655 5 0.1934 0.3992 0.000 0.000 0.000 0.044 0.916 0.040
#> SRR2049656 1 0.0146 0.9182 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0937 0.9027 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.3112 0.8459 0.836 0.000 0.000 0.068 0.000 0.096
#> SRR2049653 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.0146 0.9178 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 6 0.4431 0.5982 0.228 0.000 0.000 0.080 0.000 0.692
#> SRR2049651 2 0.2135 0.7978 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR2049647 1 0.1387 0.8841 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049648 6 0.0653 0.7969 0.012 0.000 0.000 0.004 0.004 0.980
#> SRR2049646 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.3838 0.4745 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.2046 0.8905 0.908 0.000 0.000 0.032 0.000 0.060
#> SRR2049643 6 0.0458 0.7991 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049641 1 0.0146 0.9178 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.2562 0.7270 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR2049638 6 0.3073 0.7863 0.080 0.000 0.000 0.080 0.000 0.840
#> SRR2049640 6 0.0820 0.7847 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR2049636 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.2744 0.8657 0.864 0.000 0.000 0.072 0.000 0.064
#> SRR2049637 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.0146 0.9186 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049633 2 0.2048 0.8042 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.4463 0.1336 0.000 0.588 0.000 0.376 0.036 0.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.1444 0.8629 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR2049628 6 0.2563 0.7471 0.000 0.000 0.000 0.072 0.052 0.876
#> SRR2049629 5 0.4570 0.2996 0.000 0.436 0.000 0.036 0.528 0.000
#> SRR2049627 5 0.1036 0.4538 0.000 0.024 0.000 0.008 0.964 0.004
#> SRR2049626 1 0.0146 0.9186 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049625 3 0.0363 0.7020 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.3172 0.8422 0.832 0.000 0.000 0.076 0.000 0.092
#> SRR2049623 3 0.5211 0.5460 0.152 0.000 0.684 0.040 0.000 0.124
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.989 0.996 0.4863 0.514 0.514
#> 3 3 0.978 0.929 0.970 0.3541 0.735 0.528
#> 4 4 1.000 0.954 0.982 0.0759 0.873 0.666
#> 5 5 0.750 0.765 0.838 0.0914 0.897 0.663
#> 6 6 0.926 0.895 0.951 0.0526 0.935 0.724
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049622 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049620 1 0.311 0.938 0.944 0.056
#> SRR2049619 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049617 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049616 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049614 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049613 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049612 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049609 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049607 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049605 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049597 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049788 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049787 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049786 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049785 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049784 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049782 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049780 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049779 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049776 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049774 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049772 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049771 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049770 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049769 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049768 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049767 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049766 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049764 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049762 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049761 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049758 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.996 0.128 0.464 0.536
#> SRR2049757 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049754 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049749 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049753 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049750 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049748 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049738 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049737 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049740 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049732 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049734 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049733 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049731 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049726 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049724 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049719 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049718 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049715 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049713 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049709 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049708 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049703 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049700 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049698 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049694 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049695 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049692 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049689 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049687 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049684 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049683 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049682 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049681 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049678 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049679 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049675 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049674 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049671 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049673 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049670 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049668 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049667 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049666 1 0.895 0.543 0.688 0.312
#> SRR2049665 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049657 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049655 2 0.184 0.966 0.028 0.972
#> SRR2049656 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049649 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049651 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049647 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049644 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049638 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049640 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049636 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049635 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049634 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049632 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049630 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049628 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049629 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049627 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2049626 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2049623 1 0.000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.1289 0.930 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049620 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.0592 0.940 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049617 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049614 2 0.0237 0.991 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049613 3 0.6154 0.323 0.000 0.408 0.592
#> SRR2049612 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049607 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 3 0.1289 0.930 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049604 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 1 0.6062 0.405 0.616 0.000 0.384
#> SRR2049597 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049594 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.5650 0.559 0.688 0.000 0.312
#> SRR2049592 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049585 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.2959 0.871 0.900 0.000 0.100
#> SRR2049583 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049788 3 0.0424 0.942 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049787 2 0.1289 0.974 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049786 3 0.6252 0.219 0.000 0.444 0.556
#> SRR2049785 2 0.1163 0.976 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049784 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 3 0.6215 0.269 0.000 0.428 0.572
#> SRR2049782 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.1289 0.974 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049780 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049779 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.1289 0.974 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049776 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.1289 0.974 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049774 3 0.1289 0.930 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049773 3 0.6154 0.323 0.000 0.408 0.592
#> SRR2049772 1 0.1163 0.945 0.972 0.000 0.028
#> SRR2049771 3 0.0892 0.934 0.000 0.020 0.980
#> SRR2049770 3 0.1289 0.930 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049769 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049766 3 0.1289 0.930 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049765 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049764 2 0.1289 0.974 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049763 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049762 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049757 2 0.1289 0.974 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049754 1 0.6111 0.376 0.604 0.000 0.396
#> SRR2049752 3 0.1289 0.930 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049751 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049753 3 0.5948 0.440 0.000 0.360 0.640
#> SRR2049750 1 0.1529 0.935 0.960 0.000 0.040
#> SRR2049748 3 0.0237 0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049744 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.1289 0.974 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049745 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.1289 0.930 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049741 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049739 3 0.0592 0.940 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049740 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049736 3 0.0237 0.944 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049735 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0747 0.956 0.984 0.000 0.016
#> SRR2049734 3 0.0592 0.940 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049733 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049731 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.1411 0.939 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049726 2 0.1163 0.976 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049724 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049719 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049717 3 0.0592 0.940 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049715 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049711 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049700 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049701 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.1289 0.930 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049697 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049698 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 3 0.1163 0.932 0.028 0.000 0.972
#> SRR2049693 3 0.0592 0.940 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049695 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049692 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049689 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.5431 0.580 0.284 0.000 0.716
#> SRR2049687 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049684 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049683 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 3 0.1289 0.930 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049680 3 0.0592 0.940 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049681 3 0.0237 0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049678 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049679 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049677 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.5016 0.663 0.240 0.000 0.760
#> SRR2049672 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.6225 0.277 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049670 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 1 0.6180 0.323 0.584 0.000 0.416
#> SRR2049669 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049665 3 0.1031 0.934 0.024 0.000 0.976
#> SRR2049664 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.1289 0.930 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049663 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049657 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.6126 0.366 0.600 0.000 0.400
#> SRR2049655 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049651 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049647 3 0.1289 0.930 0.032 0.000 0.968
#> SRR2049648 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049638 1 0.0424 0.962 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049640 1 0.1411 0.939 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049636 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.1289 0.974 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049634 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049632 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049631 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049628 3 0.1163 0.932 0.028 0.000 0.972
#> SRR2049629 2 0.1289 0.974 0.000 0.968 0.032
#> SRR2049627 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049623 3 0.0000 0.945 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049621 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049620 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049619 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.2081 0.874 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2049617 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049615 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049614 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049613 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049610 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049609 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049607 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049606 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049605 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049604 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049599 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049598 3 0.0592 0.958 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2049597 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.4564 0.513 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.2408 0.869 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.4830 0.341 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049786 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049784 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049782 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049780 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049779 3 0.0188 0.973 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049778 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049777 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 3 0.4817 0.366 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR2049771 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049770 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049769 4 0.4222 0.652 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR2049768 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049766 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049765 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049763 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049761 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049760 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049759 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049756 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049757 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049754 3 0.0469 0.962 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2049752 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049751 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049750 1 0.1389 0.940 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2049748 3 0.4907 0.262 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049741 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049738 4 0.4134 0.668 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR2049737 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049736 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049730 1 0.0707 0.971 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049734 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049733 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049731 3 0.1302 0.930 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 1 0.1302 0.945 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049726 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049719 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049718 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049717 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049715 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049714 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049713 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049710 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049708 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049703 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049700 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049697 4 0.4925 0.334 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR2049698 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049696 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049693 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049691 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049692 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 4 0.4972 0.253 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR2049684 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049682 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.0817 0.956 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049681 2 0.1118 0.941 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2049678 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049676 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049675 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049677 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049674 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049673 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049668 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049665 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049663 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049660 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 2 0.1118 0.948 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2049657 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049655 3 0.0188 0.973 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049649 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049651 3 0.0336 0.969 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2049647 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049646 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049641 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049638 1 0.0469 0.979 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2049640 1 0.1118 0.954 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049636 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049635 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049632 3 0.2704 0.830 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR2049631 4 0.0000 0.928 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049630 3 0.0188 0.973 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049628 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049629 2 0.0000 0.983 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049627 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049623 3 0.0000 0.976 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 5 0.0162 0.8448 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049621 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049622 5 0.3661 0.5471 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR2049620 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049619 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049618 2 0.4287 0.1213 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049616 1 0.3395 0.9753 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049615 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049614 2 0.3003 0.7863 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049613 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049612 5 0.1270 0.8353 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049611 5 0.1270 0.8333 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049610 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049608 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049607 3 0.1043 0.7932 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2049606 5 0.2852 0.6788 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR2049605 3 0.4278 0.2492 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR2049604 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049603 5 0.1270 0.8333 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049602 5 0.0162 0.8448 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049601 5 0.1270 0.8333 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049600 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049599 5 0.2561 0.7432 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2049598 5 0.3395 0.6116 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR2049597 5 0.0162 0.8448 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049596 5 0.3242 0.6241 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR2049595 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049594 5 0.1270 0.8333 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049593 5 0.3424 0.6060 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR2049592 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049591 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049590 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049589 1 0.3752 0.9029 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2049588 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049586 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049585 5 0.3109 0.6475 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2049584 5 0.4922 0.6505 0.156 0.000 0.128 0.000 0.716
#> SRR2049583 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049789 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049788 2 0.4287 0.1204 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000
#> SRR2049787 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049786 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049785 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049784 5 0.1270 0.8333 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049783 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049782 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049780 3 0.1197 0.7900 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049779 3 0.3366 0.6456 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049778 5 0.1908 0.7942 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049777 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049776 5 0.0324 0.8449 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR2049775 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049774 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049773 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049772 5 0.2648 0.7452 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR2049771 2 0.1197 0.8084 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR2049770 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049769 4 0.6482 0.3930 0.232 0.276 0.000 0.492 0.000
#> SRR2049768 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049767 3 0.1908 0.7607 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049766 5 0.3636 0.5549 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR2049765 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049764 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049763 4 0.3366 0.7677 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 4 0.3366 0.7677 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR2049760 5 0.1270 0.8333 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049759 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049758 1 0.3395 0.9753 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049756 5 0.1270 0.8333 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049755 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049757 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049754 3 0.4305 0.1333 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR2049752 3 0.4278 0.2492 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR2049751 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049750 5 0.2471 0.7591 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR2049748 3 0.3561 0.6066 0.000 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2049744 5 0.0162 0.8448 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049743 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049745 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049747 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049742 5 0.4297 -0.0166 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR2049741 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049738 4 0.6436 0.4160 0.232 0.264 0.000 0.504 0.000
#> SRR2049737 5 0.0162 0.8448 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049739 2 0.1270 0.8055 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049736 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049735 2 0.1197 0.8277 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.4161 0.7205 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2049730 5 0.1908 0.7942 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049734 2 0.0963 0.8165 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049733 3 0.0880 0.8127 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2049731 3 0.3366 0.6456 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049729 5 0.0162 0.8448 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049727 1 0.3424 0.9709 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR2049728 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049725 5 0.2471 0.7591 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR2049726 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049724 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049723 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049720 5 0.1124 0.8416 0.036 0.000 0.004 0.000 0.960
#> SRR2049719 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049721 1 0.3508 0.9576 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2049716 1 0.3395 0.9753 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049718 3 0.0404 0.8121 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049717 2 0.1671 0.7849 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049715 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 5 0.3109 0.6537 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2049712 3 0.3210 0.6674 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.3109 0.7826 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049707 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049706 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049705 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049704 5 0.3210 0.6310 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2049702 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049700 3 0.0404 0.8121 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049701 5 0.0162 0.8448 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049699 3 0.4278 0.2492 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR2049697 4 0.6598 0.3004 0.232 0.316 0.000 0.452 0.000
#> SRR2049698 5 0.2732 0.7190 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR2049696 5 0.1270 0.8333 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049694 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049693 2 0.1270 0.8055 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 5 0.0324 0.8451 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR2049692 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049689 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049688 3 0.4278 0.2492 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR2049687 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 5 0.2127 0.7858 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2049685 4 0.6615 0.2797 0.232 0.324 0.000 0.444 0.000
#> SRR2049684 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049683 4 0.3366 0.7677 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR2049682 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049680 2 0.4283 0.1341 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR2049681 2 0.4305 0.0232 0.000 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR2049678 2 0.3177 0.7794 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049675 5 0.0324 0.8449 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR2049677 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 3 0.4278 0.2492 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR2049672 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.4278 0.2492 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR2049670 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.4283 0.2373 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR2049669 2 0.0162 0.8368 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.4161 0.7205 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2049666 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049665 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049664 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049661 3 0.4268 0.2692 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR2049663 1 0.3366 0.9781 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2049660 5 0.0865 0.8443 0.024 0.000 0.004 0.000 0.972
#> SRR2049662 5 0.1270 0.8333 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049659 2 0.4192 0.7382 0.232 0.736 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049657 5 0.0324 0.8449 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR2049658 5 0.3837 0.4836 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR2049655 3 0.3210 0.6678 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR2049656 1 0.3534 0.9528 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049654 5 0.3210 0.6310 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2049652 5 0.0162 0.8448 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049653 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049649 5 0.1341 0.8319 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR2049650 5 0.1908 0.7942 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049651 3 0.3074 0.6816 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR2049647 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049648 5 0.1270 0.8333 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR2049646 2 0.3210 0.7775 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049644 3 0.0000 0.8102 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049645 1 0.3395 0.9753 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049643 5 0.0510 0.8445 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2049641 5 0.2074 0.7908 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2049639 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049638 5 0.1908 0.7942 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2049640 5 0.2471 0.7591 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR2049636 2 0.3366 0.7674 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049635 5 0.1124 0.8414 0.036 0.000 0.004 0.000 0.960
#> SRR2049637 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049634 5 0.3210 0.6310 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2049633 3 0.2377 0.7350 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR2049632 3 0.3857 0.5178 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR2049631 4 0.0000 0.8723 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 3 0.3366 0.6456 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049628 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2049629 2 0.0000 0.8373 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049627 3 0.1732 0.7690 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR2049626 5 0.0955 0.8440 0.028 0.000 0.004 0.000 0.968
#> SRR2049625 3 0.0404 0.8122 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049624 5 0.1357 0.8373 0.048 0.000 0.004 0.000 0.948
#> SRR2049623 3 0.1270 0.8119 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.0146 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049621 2 0.3126 0.6894 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR2049622 1 0.3647 0.4916 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049620 3 0.0547 0.9611 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049619 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049618 2 0.0000 0.9395 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049617 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049616 6 0.1714 0.8740 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2049615 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049614 2 0.3499 0.5561 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR2049613 2 0.0547 0.9435 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049612 1 0.1814 0.8841 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2049611 1 0.0260 0.9215 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049610 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049609 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049608 3 0.0865 0.9511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049607 3 0.0547 0.9611 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049606 1 0.2454 0.8421 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049605 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049604 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049603 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049602 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049601 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049599 1 0.2762 0.7294 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2049598 1 0.2006 0.8576 0.892 0.000 0.104 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049597 1 0.0260 0.9211 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2049596 1 0.2491 0.8386 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2049595 3 0.0260 0.9657 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049594 1 0.0146 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049593 1 0.1765 0.8642 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049592 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049591 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049590 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049589 6 0.2883 0.7016 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2049588 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049586 3 0.0260 0.9657 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.2454 0.8421 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049584 1 0.2416 0.8453 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049583 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049789 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049788 2 0.0260 0.9350 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049787 2 0.0865 0.9389 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049786 2 0.0547 0.9435 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049785 2 0.0547 0.9435 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049784 1 0.0146 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049783 2 0.0865 0.9389 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049782 4 0.1714 0.8673 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR2049781 2 0.0547 0.9435 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049780 3 0.1204 0.9336 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049779 2 0.0260 0.9350 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049778 1 0.0146 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049777 2 0.0865 0.9389 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049776 1 0.1858 0.8883 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR2049775 2 0.0547 0.9435 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049774 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0865 0.9389 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049772 1 0.1858 0.8665 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049771 2 0.0146 0.9407 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049770 3 0.0260 0.9641 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049769 5 0.0806 0.9217 0.000 0.008 0.000 0.020 0.972 0.000
#> SRR2049768 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049767 3 0.0547 0.9611 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049766 1 0.2442 0.8200 0.852 0.000 0.144 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049765 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049764 2 0.0547 0.9435 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049763 5 0.1007 0.8990 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR2049762 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049761 5 0.1007 0.8990 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR2049760 1 0.0146 0.9215 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049759 2 0.0865 0.9389 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049758 6 0.1765 0.8729 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2049756 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 3 0.0865 0.9511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049757 2 0.0865 0.9389 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049754 3 0.0865 0.9352 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049752 3 0.1349 0.9105 0.056 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049751 2 0.0865 0.9389 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049749 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049753 2 0.0547 0.9435 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049750 1 0.0260 0.9215 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049748 2 0.0713 0.9232 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 2 0.0547 0.9435 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049745 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049747 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049742 3 0.3619 0.5004 0.316 0.000 0.680 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049741 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049738 5 0.0806 0.9217 0.000 0.008 0.000 0.020 0.972 0.000
#> SRR2049737 1 0.0146 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049739 2 0.0000 0.9395 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049740 3 0.0458 0.9629 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049736 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049735 2 0.1910 0.8797 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR2049732 6 0.2454 0.8025 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR2049730 1 0.0520 0.9185 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049734 2 0.0547 0.9409 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049733 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049731 2 0.1663 0.8623 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049729 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049727 6 0.1387 0.8883 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2049728 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049725 1 0.0405 0.9203 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049726 2 0.0547 0.9435 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049724 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049723 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049720 1 0.0146 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049719 3 0.0260 0.9657 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049722 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049721 6 0.1556 0.8734 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2049716 6 0.1714 0.8740 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2049718 3 0.0717 0.9575 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049717 2 0.0000 0.9395 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049715 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049714 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049713 1 0.2340 0.8525 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2049712 3 0.3659 0.4507 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049711 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049710 5 0.1007 0.9064 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049709 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049707 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049708 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049706 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049705 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049704 1 0.2454 0.8421 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049702 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049703 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049700 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049701 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049697 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049698 1 0.3852 0.3253 0.612 0.000 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR2049696 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049694 3 0.0146 0.9657 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049693 2 0.0000 0.9395 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.0146 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049692 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049689 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049688 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049687 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0363 0.9196 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2049685 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049684 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.3810 0.2122 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR2049682 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.0000 0.9395 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049681 2 0.0000 0.9395 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049678 5 0.1007 0.9062 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2049679 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049676 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049675 1 0.1913 0.8906 0.908 0.000 0.012 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049677 5 0.3854 0.0971 0.000 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR2049674 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049672 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049673 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049670 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.0790 0.9425 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049669 2 0.3868 0.0483 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR2049667 6 0.2454 0.8025 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR2049666 3 0.0458 0.9629 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049665 3 0.0405 0.9620 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049664 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049661 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049663 6 0.0000 0.9435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049660 1 0.0260 0.9215 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049662 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049659 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049657 1 0.1714 0.8880 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049658 1 0.3578 0.5296 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049655 2 0.1398 0.8959 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049656 6 0.2793 0.7193 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2049654 1 0.2454 0.8421 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049652 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049649 1 0.1714 0.8880 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049650 1 0.0146 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049651 2 0.2340 0.7826 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049647 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049648 1 0.0260 0.9215 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049646 5 0.3578 0.4563 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR2049644 3 0.0547 0.9611 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049645 6 0.1714 0.8740 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2049643 1 0.0146 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049641 1 0.1910 0.8797 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049639 5 0.2664 0.7318 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR2049638 1 0.0146 0.9219 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049640 1 0.0260 0.9215 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049636 5 0.0260 0.9368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR2049635 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0865 0.9389 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049634 1 0.2454 0.8421 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2049633 3 0.0865 0.9511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.0260 0.9350 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049631 4 0.0000 0.9570 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.0260 0.9350 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049628 3 0.0260 0.9641 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049629 2 0.0547 0.9435 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049627 3 0.0547 0.9611 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049626 1 0.1714 0.8880 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2049625 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049624 1 0.0000 0.9221 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049623 3 0.0000 0.9673 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.193 0.297 0.623 0.4216 0.514 0.514
#> 3 3 0.818 0.826 0.924 0.5112 0.593 0.370
#> 4 4 0.526 0.658 0.751 0.0639 0.924 0.817
#> 5 5 0.599 0.661 0.766 0.0454 0.894 0.742
#> 6 6 0.659 0.649 0.797 0.0891 0.828 0.529
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.671 0.53778 0.824 0.176
#> SRR2049621 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049622 1 0.939 0.31495 0.644 0.356
#> SRR2049620 1 0.992 0.33031 0.552 0.448
#> SRR2049619 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049618 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049617 2 0.958 0.05176 0.380 0.620
#> SRR2049616 1 0.634 0.53963 0.840 0.160
#> SRR2049615 1 0.980 0.21844 0.584 0.416
#> SRR2049614 1 0.981 0.21688 0.580 0.420
#> SRR2049613 1 0.981 0.21688 0.580 0.420
#> SRR2049612 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049611 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049610 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049609 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049608 1 0.881 0.53713 0.700 0.300
#> SRR2049607 1 0.995 0.31949 0.540 0.460
#> SRR2049606 1 0.662 0.52928 0.828 0.172
#> SRR2049605 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049604 1 0.981 0.38061 0.580 0.420
#> SRR2049603 1 0.615 0.54275 0.848 0.152
#> SRR2049602 1 0.615 0.54275 0.848 0.152
#> SRR2049601 1 0.775 0.45587 0.772 0.228
#> SRR2049600 1 0.634 0.53956 0.840 0.160
#> SRR2049599 1 0.615 0.54275 0.848 0.152
#> SRR2049598 1 0.921 0.39802 0.664 0.336
#> SRR2049597 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049596 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049595 2 0.900 0.08427 0.316 0.684
#> SRR2049594 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049593 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049592 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049591 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049590 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049589 2 0.978 0.24121 0.412 0.588
#> SRR2049588 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049586 1 0.992 0.32992 0.552 0.448
#> SRR2049585 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049584 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049583 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049789 1 0.981 0.21688 0.580 0.420
#> SRR2049788 2 0.855 0.23805 0.280 0.720
#> SRR2049787 2 0.981 -0.03424 0.420 0.580
#> SRR2049786 1 0.975 0.22141 0.592 0.408
#> SRR2049785 2 0.981 -0.03424 0.420 0.580
#> SRR2049784 1 0.827 0.36668 0.740 0.260
#> SRR2049783 2 0.981 -0.03424 0.420 0.580
#> SRR2049782 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049781 2 0.900 0.17663 0.316 0.684
#> SRR2049780 1 0.995 0.27027 0.540 0.460
#> SRR2049779 2 0.909 0.15753 0.324 0.676
#> SRR2049778 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049777 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049776 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049775 2 0.895 0.18380 0.312 0.688
#> SRR2049774 2 0.958 0.17613 0.380 0.620
#> SRR2049773 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049772 1 0.925 0.24077 0.660 0.340
#> SRR2049771 1 0.978 0.21985 0.588 0.412
#> SRR2049770 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049769 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049768 2 0.981 -0.03424 0.420 0.580
#> SRR2049767 1 0.995 0.31949 0.540 0.460
#> SRR2049766 1 0.808 0.42099 0.752 0.248
#> SRR2049765 1 0.981 0.21688 0.580 0.420
#> SRR2049764 1 0.980 0.21844 0.584 0.416
#> SRR2049763 2 0.946 0.08411 0.364 0.636
#> SRR2049762 2 0.939 0.10016 0.356 0.644
#> SRR2049761 2 0.980 -0.02550 0.416 0.584
#> SRR2049760 1 0.615 0.54275 0.848 0.152
#> SRR2049759 2 0.895 0.18380 0.312 0.688
#> SRR2049758 1 0.625 0.54184 0.844 0.156
#> SRR2049756 1 0.775 0.45587 0.772 0.228
#> SRR2049755 1 0.881 0.53713 0.700 0.300
#> SRR2049757 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049754 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049752 1 0.895 0.52211 0.688 0.312
#> SRR2049751 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049749 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049753 2 0.980 -0.02550 0.416 0.584
#> SRR2049750 1 0.563 0.55797 0.868 0.132
#> SRR2049748 1 0.981 0.22561 0.580 0.420
#> SRR2049744 2 0.980 0.23820 0.416 0.584
#> SRR2049743 1 0.978 0.21985 0.588 0.412
#> SRR2049745 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049747 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049742 1 0.987 0.11840 0.568 0.432
#> SRR2049741 2 0.900 0.08427 0.316 0.684
#> SRR2049738 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049737 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049739 2 0.971 0.00888 0.400 0.600
#> SRR2049740 1 0.991 0.33279 0.556 0.444
#> SRR2049736 1 0.975 0.39541 0.592 0.408
#> SRR2049735 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049732 1 0.615 0.54275 0.848 0.152
#> SRR2049730 1 0.595 0.55035 0.856 0.144
#> SRR2049734 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049733 1 0.871 0.54045 0.708 0.292
#> SRR2049731 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049729 1 0.563 0.56125 0.868 0.132
#> SRR2049727 1 0.722 0.49592 0.800 0.200
#> SRR2049728 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049725 1 0.595 0.55035 0.856 0.144
#> SRR2049726 2 0.958 0.05172 0.380 0.620
#> SRR2049724 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049723 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049720 1 0.358 0.53889 0.932 0.068
#> SRR2049719 2 0.917 0.05397 0.332 0.668
#> SRR2049722 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049721 2 0.997 0.15689 0.468 0.532
#> SRR2049716 1 0.634 0.53963 0.840 0.160
#> SRR2049718 1 0.595 0.55035 0.856 0.144
#> SRR2049717 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049715 2 0.939 0.10016 0.356 0.644
#> SRR2049714 2 0.936 0.10933 0.352 0.648
#> SRR2049713 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049712 2 0.861 0.23223 0.284 0.716
#> SRR2049711 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049710 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049709 1 0.917 0.26187 0.668 0.332
#> SRR2049707 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049708 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049706 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049705 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049704 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049702 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049703 2 0.855 0.13845 0.280 0.720
#> SRR2049700 1 0.991 0.33279 0.556 0.444
#> SRR2049701 1 0.995 -0.04866 0.540 0.460
#> SRR2049699 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049697 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049698 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049696 1 0.373 0.54129 0.928 0.072
#> SRR2049694 1 0.876 0.53703 0.704 0.296
#> SRR2049693 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049695 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049691 1 0.644 0.56033 0.836 0.164
#> SRR2049692 1 0.861 0.54693 0.716 0.284
#> SRR2049689 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049690 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049688 2 0.876 0.11681 0.296 0.704
#> SRR2049687 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049686 2 0.987 0.21437 0.432 0.568
#> SRR2049685 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049684 2 0.855 0.13845 0.280 0.720
#> SRR2049683 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049682 2 0.971 0.24096 0.400 0.600
#> SRR2049680 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049681 2 0.971 0.00908 0.400 0.600
#> SRR2049678 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049679 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049676 2 0.980 -0.02550 0.416 0.584
#> SRR2049675 1 0.662 0.52928 0.828 0.172
#> SRR2049677 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049674 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049672 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049671 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049673 1 0.767 0.46199 0.776 0.224
#> SRR2049670 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049668 1 0.876 0.53991 0.704 0.296
#> SRR2049669 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049667 1 0.615 0.54275 0.848 0.152
#> SRR2049666 1 0.996 0.31775 0.536 0.464
#> SRR2049665 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049664 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049661 1 0.861 0.54693 0.716 0.284
#> SRR2049663 1 0.634 0.53963 0.840 0.160
#> SRR2049660 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049662 1 0.605 0.54243 0.852 0.148
#> SRR2049659 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049657 1 0.662 0.52928 0.828 0.172
#> SRR2049658 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049655 1 0.595 0.55035 0.856 0.144
#> SRR2049656 2 1.000 0.10995 0.492 0.508
#> SRR2049654 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049652 1 0.625 0.54184 0.844 0.156
#> SRR2049653 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049649 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049650 1 0.855 0.54938 0.720 0.280
#> SRR2049651 2 0.913 0.15528 0.328 0.672
#> SRR2049647 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049648 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049646 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049644 1 0.992 0.33018 0.552 0.448
#> SRR2049645 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049643 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049641 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049639 2 0.991 -0.07173 0.444 0.556
#> SRR2049638 1 0.595 0.55035 0.856 0.144
#> SRR2049640 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049636 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049635 2 1.000 0.12155 0.496 0.504
#> SRR2049637 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049634 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049633 2 0.961 0.04368 0.384 0.616
#> SRR2049632 2 0.981 -0.03424 0.420 0.580
#> SRR2049631 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049630 2 0.850 0.24451 0.276 0.724
#> SRR2049628 1 0.552 0.56009 0.872 0.128
#> SRR2049629 1 0.980 0.21844 0.584 0.416
#> SRR2049627 1 0.595 0.55035 0.856 0.144
#> SRR2049626 2 0.975 0.24682 0.408 0.592
#> SRR2049625 2 0.861 0.13339 0.284 0.716
#> SRR2049624 1 0.625 0.54184 0.844 0.156
#> SRR2049623 2 0.929 0.02893 0.344 0.656
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 1 0.0424 0.895 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049621 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049622 1 0.0592 0.894 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049620 1 0.2945 0.844 0.908 0.088 0.004
#> SRR2049619 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049617 2 0.3267 0.863 0.000 0.884 0.116
#> SRR2049616 1 0.6008 0.434 0.628 0.000 0.372
#> SRR2049615 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049614 3 0.0237 0.893 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049613 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049612 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049611 3 0.2537 0.859 0.080 0.000 0.920
#> SRR2049610 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049609 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049608 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049607 1 0.7192 0.682 0.716 0.120 0.164
#> SRR2049606 1 0.0237 0.896 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049605 1 0.0892 0.890 0.980 0.020 0.000
#> SRR2049604 1 0.2711 0.846 0.912 0.088 0.000
#> SRR2049603 1 0.5785 0.515 0.668 0.000 0.332
#> SRR2049602 1 0.5926 0.468 0.644 0.000 0.356
#> SRR2049601 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.5810 0.508 0.664 0.000 0.336
#> SRR2049599 1 0.4750 0.694 0.784 0.000 0.216
#> SRR2049598 1 0.0424 0.895 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049597 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049596 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049595 1 0.2945 0.844 0.908 0.088 0.004
#> SRR2049594 3 0.2537 0.859 0.080 0.000 0.920
#> SRR2049593 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.2945 0.844 0.908 0.088 0.004
#> SRR2049585 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049789 3 0.0237 0.893 0.000 0.004 0.996
#> SRR2049788 2 0.1753 0.919 0.000 0.952 0.048
#> SRR2049787 3 0.2165 0.853 0.000 0.064 0.936
#> SRR2049786 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049785 3 0.6225 0.220 0.000 0.432 0.568
#> SRR2049784 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049783 3 0.4796 0.675 0.000 0.220 0.780
#> SRR2049782 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> SRR2049780 3 0.1832 0.880 0.036 0.008 0.956
#> SRR2049779 1 0.9922 -0.032 0.380 0.276 0.344
#> SRR2049778 3 0.5760 0.490 0.328 0.000 0.672
#> SRR2049777 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049776 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049774 1 0.0892 0.890 0.980 0.020 0.000
#> SRR2049773 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049772 1 0.0592 0.894 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049771 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049770 3 0.0237 0.894 0.004 0.000 0.996
#> SRR2049769 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049768 2 0.6291 0.105 0.000 0.532 0.468
#> SRR2049767 1 0.3030 0.840 0.904 0.092 0.004
#> SRR2049766 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049765 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049764 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049763 2 0.1163 0.938 0.000 0.972 0.028
#> SRR2049762 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049761 2 0.2711 0.888 0.000 0.912 0.088
#> SRR2049760 1 0.6045 0.415 0.620 0.000 0.380
#> SRR2049759 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049758 1 0.5835 0.500 0.660 0.000 0.340
#> SRR2049756 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049755 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049757 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049754 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049752 1 0.0592 0.893 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049751 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049749 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049753 2 0.3551 0.847 0.000 0.868 0.132
#> SRR2049750 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049748 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049744 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049743 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049745 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.0592 0.894 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049741 1 0.2711 0.846 0.912 0.088 0.000
#> SRR2049738 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049737 3 0.6204 0.216 0.424 0.000 0.576
#> SRR2049739 2 0.5621 0.543 0.000 0.692 0.308
#> SRR2049740 1 0.2945 0.844 0.908 0.088 0.004
#> SRR2049736 1 0.1315 0.889 0.972 0.008 0.020
#> SRR2049735 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049732 1 0.6235 0.264 0.564 0.000 0.436
#> SRR2049730 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049734 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049733 3 0.3267 0.818 0.116 0.000 0.884
#> SRR2049731 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049729 3 0.1163 0.887 0.028 0.000 0.972
#> SRR2049727 1 0.2165 0.855 0.936 0.000 0.064
#> SRR2049728 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049725 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049726 2 0.4605 0.744 0.000 0.796 0.204
#> SRR2049724 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049720 3 0.6299 0.035 0.476 0.000 0.524
#> SRR2049719 1 0.2945 0.844 0.908 0.088 0.004
#> SRR2049722 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049721 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 1 0.5859 0.493 0.656 0.000 0.344
#> SRR2049718 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049717 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049715 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.2356 0.902 0.000 0.928 0.072
#> SRR2049713 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049712 2 0.5722 0.578 0.292 0.704 0.004
#> SRR2049711 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049709 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.1860 0.919 0.000 0.948 0.052
#> SRR2049708 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049702 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.1289 0.883 0.968 0.032 0.000
#> SRR2049700 1 0.5263 0.800 0.828 0.088 0.084
#> SRR2049701 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049699 1 0.0592 0.894 0.988 0.012 0.000
#> SRR2049697 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049698 3 0.2537 0.859 0.080 0.000 0.920
#> SRR2049696 3 0.5058 0.660 0.244 0.000 0.756
#> SRR2049694 1 0.6280 0.221 0.540 0.000 0.460
#> SRR2049693 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049695 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049691 1 0.5968 0.451 0.636 0.000 0.364
#> SRR2049692 1 0.6225 0.320 0.568 0.000 0.432
#> SRR2049689 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.0424 0.895 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049687 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049684 1 0.2711 0.846 0.912 0.088 0.000
#> SRR2049683 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.2356 0.858 0.928 0.072 0.000
#> SRR2049680 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049681 3 0.3482 0.800 0.000 0.128 0.872
#> SRR2049678 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049679 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049676 2 0.2878 0.881 0.000 0.904 0.096
#> SRR2049675 1 0.4002 0.762 0.840 0.000 0.160
#> SRR2049677 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.0747 0.892 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049672 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049671 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049673 1 0.0592 0.892 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049670 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.0592 0.892 0.012 0.000 0.988
#> SRR2049669 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049667 1 0.6140 0.355 0.596 0.000 0.404
#> SRR2049666 1 0.2945 0.844 0.908 0.088 0.004
#> SRR2049665 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049664 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049661 1 0.5988 0.450 0.632 0.000 0.368
#> SRR2049663 1 0.5859 0.493 0.656 0.000 0.344
#> SRR2049660 3 0.1031 0.888 0.024 0.000 0.976
#> SRR2049662 1 0.5968 0.451 0.636 0.000 0.364
#> SRR2049659 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049657 1 0.0424 0.894 0.992 0.000 0.008
#> SRR2049658 1 0.0892 0.890 0.980 0.020 0.000
#> SRR2049655 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049656 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049654 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049652 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049653 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049649 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049650 3 0.4399 0.748 0.188 0.000 0.812
#> SRR2049651 2 0.4654 0.746 0.000 0.792 0.208
#> SRR2049647 1 0.1964 0.869 0.944 0.056 0.000
#> SRR2049648 3 0.1753 0.877 0.048 0.000 0.952
#> SRR2049646 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049644 1 0.2945 0.844 0.908 0.088 0.004
#> SRR2049645 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049643 3 0.2537 0.859 0.080 0.000 0.920
#> SRR2049641 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 3 0.6274 0.140 0.000 0.456 0.544
#> SRR2049638 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049640 3 0.2448 0.862 0.076 0.000 0.924
#> SRR2049636 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049635 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049637 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049634 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.5216 0.657 0.000 0.740 0.260
#> SRR2049632 3 0.5968 0.402 0.000 0.364 0.636
#> SRR2049631 2 0.0000 0.953 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR2049628 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049629 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049627 3 0.0000 0.895 0.000 0.000 1.000
#> SRR2049626 1 0.0000 0.897 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049625 1 0.2711 0.846 0.912 0.088 0.000
#> SRR2049624 1 0.5859 0.493 0.656 0.000 0.344
#> SRR2049623 1 0.2711 0.846 0.912 0.088 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.2644 0.73981 0.908 0.000 0.060 NA
#> SRR2049621 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049622 1 0.5226 0.69480 0.756 0.128 0.000 NA
#> SRR2049620 1 0.6403 0.59460 0.640 0.232 0.000 NA
#> SRR2049619 1 0.0188 0.75356 0.996 0.004 0.000 NA
#> SRR2049618 2 0.0188 0.79585 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR2049617 2 0.5330 0.69327 0.000 0.748 0.132 NA
#> SRR2049616 1 0.6384 0.40812 0.532 0.000 0.068 NA
#> SRR2049615 3 0.5833 0.71477 0.000 0.096 0.692 NA
#> SRR2049614 3 0.5535 0.72666 0.000 0.088 0.720 NA
#> SRR2049613 3 0.4737 0.75000 0.000 0.020 0.728 NA
#> SRR2049612 1 0.0524 0.75374 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR2049611 3 0.3907 0.68470 0.232 0.000 0.768 NA
#> SRR2049610 2 0.3749 0.74197 0.000 0.840 0.128 NA
#> SRR2049609 1 0.1389 0.74927 0.952 0.000 0.000 NA
#> SRR2049608 3 0.7112 0.65930 0.024 0.076 0.540 NA
#> SRR2049607 2 0.7215 -0.01020 0.348 0.500 0.000 NA
#> SRR2049606 1 0.4252 0.63035 0.744 0.000 0.004 NA
#> SRR2049605 1 0.5496 0.68030 0.732 0.160 0.000 NA
#> SRR2049604 1 0.5758 0.67003 0.712 0.160 0.000 NA
#> SRR2049603 1 0.6326 0.44088 0.556 0.000 0.068 NA
#> SRR2049602 1 0.6592 0.38589 0.524 0.000 0.084 NA
#> SRR2049601 1 0.3610 0.67834 0.800 0.000 0.000 NA
#> SRR2049600 1 0.6315 0.42020 0.540 0.000 0.064 NA
#> SRR2049599 1 0.5883 0.55103 0.648 0.000 0.064 NA
#> SRR2049598 1 0.4448 0.73130 0.832 0.076 0.020 NA
#> SRR2049597 1 0.0592 0.75295 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2049596 1 0.1940 0.74297 0.924 0.000 0.000 NA
#> SRR2049595 1 0.5758 0.67003 0.712 0.160 0.000 NA
#> SRR2049594 3 0.4103 0.65688 0.256 0.000 0.744 NA
#> SRR2049593 1 0.1211 0.75047 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2049592 1 0.1389 0.74927 0.952 0.000 0.000 NA
#> SRR2049591 1 0.0524 0.75374 0.988 0.004 0.000 NA
#> SRR2049590 1 0.0657 0.75371 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049589 1 0.1118 0.75114 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR2049588 1 0.0779 0.75369 0.980 0.004 0.000 NA
#> SRR2049586 1 0.5758 0.67003 0.712 0.160 0.000 NA
#> SRR2049585 1 0.0895 0.75232 0.976 0.004 0.000 NA
#> SRR2049584 1 0.3749 0.72037 0.840 0.128 0.000 NA
#> SRR2049583 1 0.1743 0.74956 0.940 0.004 0.000 NA
#> SRR2049789 3 0.5594 0.71857 0.000 0.100 0.720 NA
#> SRR2049788 2 0.2730 0.76068 0.000 0.896 0.016 NA
#> SRR2049787 2 0.6552 0.08004 0.076 0.484 0.440 NA
#> SRR2049786 3 0.0592 0.75009 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049785 2 0.6346 0.55471 0.000 0.640 0.244 NA
#> SRR2049784 1 0.2399 0.74454 0.920 0.000 0.048 NA
#> SRR2049783 2 0.6443 0.23843 0.076 0.548 0.376 NA
#> SRR2049782 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049781 2 0.3301 0.76859 0.000 0.876 0.048 NA
#> SRR2049780 3 0.7993 0.58769 0.032 0.156 0.504 NA
#> SRR2049779 2 0.7475 -0.07013 0.380 0.480 0.012 NA
#> SRR2049778 1 0.7667 -0.04453 0.440 0.000 0.336 NA
#> SRR2049777 2 0.0188 0.79468 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR2049776 1 0.2644 0.74322 0.908 0.060 0.000 NA
#> SRR2049775 2 0.1940 0.77474 0.000 0.924 0.000 NA
#> SRR2049774 1 0.5708 0.67189 0.716 0.160 0.000 NA
#> SRR2049773 2 0.1792 0.74759 0.068 0.932 0.000 NA
#> SRR2049772 1 0.4837 0.71381 0.796 0.120 0.008 NA
#> SRR2049771 3 0.0000 0.75381 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049770 3 0.2149 0.77279 0.088 0.000 0.912 NA
#> SRR2049769 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049768 2 0.6308 0.56953 0.000 0.648 0.232 NA
#> SRR2049767 1 0.6750 0.52496 0.584 0.288 0.000 NA
#> SRR2049766 1 0.3417 0.73380 0.880 0.008 0.060 NA
#> SRR2049765 3 0.5727 0.71817 0.000 0.096 0.704 NA
#> SRR2049764 3 0.5395 0.72618 0.000 0.092 0.736 NA
#> SRR2049763 2 0.4477 0.72419 0.000 0.688 0.000 NA
#> SRR2049762 2 0.4008 0.74940 0.000 0.756 0.000 NA
#> SRR2049761 2 0.5594 0.72135 0.000 0.716 0.092 NA
#> SRR2049760 1 0.7149 0.35103 0.528 0.000 0.156 NA
#> SRR2049759 2 0.4261 0.74322 0.000 0.820 0.112 NA
#> SRR2049758 1 0.6324 0.41421 0.536 0.000 0.064 NA
#> SRR2049756 1 0.3569 0.68137 0.804 0.000 0.000 NA
#> SRR2049755 3 0.7112 0.65930 0.024 0.076 0.540 NA
#> SRR2049757 2 0.0188 0.79468 0.004 0.996 0.000 NA
#> SRR2049754 1 0.4152 0.70495 0.808 0.160 0.000 NA
#> SRR2049752 1 0.4578 0.72956 0.832 0.056 0.068 NA
#> SRR2049751 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049749 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049753 2 0.5330 0.69215 0.000 0.748 0.132 NA
#> SRR2049750 3 0.1022 0.76601 0.032 0.000 0.968 NA
#> SRR2049748 3 0.6197 0.71407 0.092 0.112 0.736 NA
#> SRR2049744 1 0.1940 0.74297 0.924 0.000 0.000 NA
#> SRR2049743 3 0.5410 0.73176 0.000 0.080 0.728 NA
#> SRR2049745 1 0.2644 0.75137 0.908 0.032 0.000 NA
#> SRR2049747 1 0.2124 0.75403 0.932 0.028 0.000 NA
#> SRR2049742 1 0.5531 0.68265 0.732 0.140 0.000 NA
#> SRR2049741 1 0.5758 0.67003 0.712 0.160 0.000 NA
#> SRR2049738 2 0.3601 0.77900 0.000 0.860 0.056 NA
#> SRR2049737 3 0.5604 0.12028 0.476 0.000 0.504 NA
#> SRR2049739 2 0.5910 0.61738 0.000 0.688 0.208 NA
#> SRR2049740 1 0.5800 0.66675 0.708 0.164 0.000 NA
#> SRR2049736 1 0.6284 0.68886 0.720 0.156 0.060 NA
#> SRR2049735 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049732 1 0.6709 0.35821 0.508 0.000 0.092 NA
#> SRR2049730 3 0.4900 0.76777 0.032 0.000 0.732 NA
#> SRR2049734 2 0.3144 0.71966 0.072 0.884 0.000 NA
#> SRR2049733 3 0.7711 0.54467 0.216 0.088 0.604 NA
#> SRR2049731 2 0.2965 0.73965 0.036 0.892 0.000 NA
#> SRR2049729 3 0.7526 0.57174 0.200 0.000 0.468 NA
#> SRR2049727 1 0.4889 0.52485 0.636 0.000 0.004 NA
#> SRR2049728 1 0.1867 0.74403 0.928 0.000 0.000 NA
#> SRR2049725 3 0.1022 0.76601 0.032 0.000 0.968 NA
#> SRR2049726 2 0.5428 0.68456 0.000 0.740 0.140 NA
#> SRR2049724 1 0.1635 0.75232 0.948 0.008 0.000 NA
#> SRR2049723 1 0.1637 0.74703 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR2049720 1 0.7460 0.01710 0.468 0.000 0.348 NA
#> SRR2049719 1 0.5758 0.67003 0.712 0.160 0.000 NA
#> SRR2049722 1 0.1940 0.74297 0.924 0.000 0.000 NA
#> SRR2049721 1 0.0376 0.75347 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR2049716 1 0.6221 0.50049 0.608 0.000 0.076 NA
#> SRR2049718 3 0.0000 0.75381 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049717 2 0.1890 0.77080 0.008 0.936 0.000 NA
#> SRR2049715 2 0.4331 0.73926 0.000 0.712 0.000 NA
#> SRR2049714 2 0.1022 0.79408 0.000 0.968 0.032 NA
#> SRR2049713 1 0.1936 0.74905 0.940 0.028 0.000 NA
#> SRR2049712 2 0.6344 0.44740 0.224 0.648 0.000 NA
#> SRR2049711 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049710 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049709 1 0.3074 0.70845 0.848 0.000 0.000 NA
#> SRR2049707 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049708 1 0.2319 0.75385 0.924 0.036 0.000 NA
#> SRR2049706 1 0.1209 0.75074 0.964 0.004 0.000 NA
#> SRR2049705 1 0.2647 0.73346 0.880 0.120 0.000 NA
#> SRR2049704 1 0.3694 0.72170 0.844 0.124 0.000 NA
#> SRR2049702 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049703 1 0.5496 0.67912 0.732 0.160 0.000 NA
#> SRR2049700 1 0.6214 0.66631 0.684 0.160 0.004 NA
#> SRR2049701 1 0.2011 0.74223 0.920 0.000 0.000 NA
#> SRR2049699 1 0.5440 0.68181 0.736 0.160 0.000 NA
#> SRR2049697 2 0.0188 0.79613 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR2049698 3 0.3837 0.68947 0.224 0.000 0.776 NA
#> SRR2049696 1 0.7572 0.11091 0.480 0.000 0.288 NA
#> SRR2049694 1 0.7785 0.32844 0.508 0.088 0.352 NA
#> SRR2049693 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049695 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049691 1 0.7061 0.37476 0.540 0.000 0.148 NA
#> SRR2049692 3 0.7660 0.20871 0.356 0.000 0.428 NA
#> SRR2049689 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049690 1 0.1118 0.75309 0.964 0.036 0.000 NA
#> SRR2049688 1 0.3907 0.71521 0.828 0.140 0.000 NA
#> SRR2049687 2 0.3942 0.75152 0.000 0.764 0.000 NA
#> SRR2049686 1 0.2149 0.73937 0.912 0.000 0.000 NA
#> SRR2049685 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049684 1 0.5758 0.67003 0.712 0.160 0.000 NA
#> SRR2049683 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049682 1 0.5077 0.69009 0.760 0.160 0.000 NA
#> SRR2049680 2 0.4100 0.67811 0.076 0.832 0.000 NA
#> SRR2049681 2 0.7650 0.25783 0.076 0.580 0.268 NA
#> SRR2049678 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049679 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049676 2 0.5380 0.69074 0.000 0.744 0.136 NA
#> SRR2049675 1 0.6033 0.51772 0.620 0.000 0.064 NA
#> SRR2049677 2 0.3801 0.75704 0.000 0.780 0.000 NA
#> SRR2049674 1 0.4152 0.70495 0.808 0.160 0.000 NA
#> SRR2049672 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049671 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049673 1 0.5697 0.55670 0.656 0.000 0.052 NA
#> SRR2049670 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049668 3 0.7773 0.66354 0.068 0.076 0.536 NA
#> SRR2049669 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049667 1 0.6607 0.37568 0.516 0.000 0.084 NA
#> SRR2049666 1 0.6403 0.59442 0.640 0.232 0.000 NA
#> SRR2049665 3 0.3931 0.77107 0.128 0.000 0.832 NA
#> SRR2049664 1 0.1940 0.74297 0.924 0.000 0.000 NA
#> SRR2049661 1 0.7066 0.39610 0.544 0.000 0.152 NA
#> SRR2049663 1 0.6384 0.40812 0.532 0.000 0.068 NA
#> SRR2049660 3 0.2589 0.75747 0.116 0.000 0.884 NA
#> SRR2049662 1 0.7001 0.38710 0.544 0.000 0.140 NA
#> SRR2049659 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049657 1 0.4609 0.64225 0.752 0.000 0.024 NA
#> SRR2049658 1 0.5011 0.69445 0.764 0.160 0.000 NA
#> SRR2049655 3 0.0592 0.75009 0.000 0.000 0.984 NA
#> SRR2049656 1 0.1637 0.74716 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR2049654 1 0.3342 0.73121 0.868 0.100 0.000 NA
#> SRR2049652 1 0.3547 0.72281 0.864 0.000 0.064 NA
#> SRR2049653 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049649 1 0.0657 0.75303 0.984 0.004 0.000 NA
#> SRR2049650 1 0.7782 -0.00472 0.428 0.000 0.296 NA
#> SRR2049651 2 0.5940 0.62761 0.000 0.692 0.188 NA
#> SRR2049647 1 0.5758 0.67003 0.712 0.160 0.000 NA
#> SRR2049648 3 0.3172 0.73067 0.160 0.000 0.840 NA
#> SRR2049646 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049644 1 0.6797 0.64695 0.664 0.184 0.028 NA
#> SRR2049645 1 0.1557 0.74883 0.944 0.000 0.000 NA
#> SRR2049643 3 0.4134 0.65073 0.260 0.000 0.740 NA
#> SRR2049641 1 0.1004 0.75188 0.972 0.004 0.000 NA
#> SRR2049639 2 0.6477 0.50213 0.000 0.600 0.300 NA
#> SRR2049638 3 0.5473 0.75090 0.032 0.000 0.644 NA
#> SRR2049640 3 0.4040 0.66706 0.248 0.000 0.752 NA
#> SRR2049636 2 0.3529 0.77502 0.000 0.836 0.012 NA
#> SRR2049635 1 0.2081 0.74073 0.916 0.000 0.000 NA
#> SRR2049637 2 0.0000 0.79606 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2049634 1 0.1118 0.75114 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR2049633 2 0.6013 0.61551 0.000 0.684 0.196 NA
#> SRR2049632 2 0.6907 0.31139 0.000 0.532 0.348 NA
#> SRR2049631 2 0.3975 0.74986 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2049630 2 0.2924 0.75400 0.016 0.884 0.000 NA
#> SRR2049628 3 0.4100 0.74562 0.148 0.000 0.816 NA
#> SRR2049629 3 0.5619 0.70005 0.000 0.124 0.724 NA
#> SRR2049627 3 0.0000 0.75381 0.000 0.000 1.000 NA
#> SRR2049626 1 0.1118 0.75114 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR2049625 1 0.5758 0.67003 0.712 0.160 0.000 NA
#> SRR2049624 1 0.6376 0.41401 0.536 0.000 0.068 NA
#> SRR2049623 1 0.5758 0.67003 0.712 0.160 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.4256 0.7097 0.004 0.004 0.780 0.160 0.052
#> SRR2049621 2 0.2377 0.7946 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049622 3 0.4490 0.7003 0.004 0.072 0.756 0.168 0.000
#> SRR2049620 3 0.7505 0.4661 0.168 0.168 0.528 0.136 0.000
#> SRR2049619 3 0.0290 0.7299 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049618 2 0.3183 0.7833 0.156 0.828 0.000 0.016 0.000
#> SRR2049617 2 0.4347 0.6954 0.040 0.744 0.000 0.212 0.004
#> SRR2049616 1 0.3774 0.7641 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR2049615 4 0.5706 0.8066 0.040 0.060 0.000 0.656 0.244
#> SRR2049614 4 0.5612 0.8093 0.044 0.048 0.000 0.660 0.248
#> SRR2049613 4 0.5430 0.8023 0.044 0.036 0.000 0.668 0.252
#> SRR2049612 3 0.0290 0.7294 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049611 5 0.1774 0.8285 0.016 0.000 0.052 0.000 0.932
#> SRR2049610 2 0.3218 0.7700 0.024 0.844 0.000 0.128 0.004
#> SRR2049609 3 0.1197 0.7165 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049608 1 0.6570 -0.2974 0.452 0.020 0.000 0.408 0.120
#> SRR2049607 3 0.7800 0.3504 0.140 0.264 0.460 0.136 0.000
#> SRR2049606 3 0.3579 0.6042 0.240 0.000 0.756 0.000 0.004
#> SRR2049605 3 0.4155 0.7094 0.000 0.076 0.780 0.144 0.000
#> SRR2049604 3 0.4936 0.6846 0.008 0.096 0.728 0.168 0.000
#> SRR2049603 1 0.4365 0.7472 0.676 0.000 0.308 0.012 0.004
#> SRR2049602 1 0.4776 0.7580 0.668 0.000 0.296 0.028 0.008
#> SRR2049601 3 0.3816 0.5111 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR2049600 1 0.3796 0.7593 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR2049599 3 0.4199 0.5130 0.296 0.000 0.692 0.008 0.004
#> SRR2049598 3 0.5065 0.7028 0.016 0.048 0.748 0.164 0.024
#> SRR2049597 3 0.0566 0.7305 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049596 3 0.1792 0.6975 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR2049595 3 0.7117 0.5232 0.136 0.128 0.576 0.160 0.000
#> SRR2049594 5 0.1943 0.8233 0.020 0.000 0.056 0.000 0.924
#> SRR2049593 3 0.2392 0.7051 0.104 0.000 0.888 0.004 0.004
#> SRR2049592 3 0.1197 0.7165 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2049591 3 0.0290 0.7306 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049590 3 0.0404 0.7291 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2049589 3 0.1043 0.7215 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR2049588 3 0.0510 0.7282 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.5788 0.6437 0.036 0.116 0.680 0.168 0.000
#> SRR2049585 3 0.0162 0.7311 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049584 3 0.1928 0.7278 0.004 0.072 0.920 0.004 0.000
#> SRR2049583 3 0.1341 0.7166 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR2049789 4 0.6354 0.7530 0.040 0.112 0.000 0.604 0.244
#> SRR2049788 2 0.3734 0.7743 0.168 0.796 0.000 0.036 0.000
#> SRR2049787 2 0.5521 0.7458 0.164 0.720 0.012 0.036 0.068
#> SRR2049786 5 0.1281 0.7530 0.032 0.000 0.000 0.012 0.956
#> SRR2049785 2 0.6855 0.6262 0.164 0.600 0.000 0.140 0.096
#> SRR2049784 3 0.2694 0.7310 0.004 0.004 0.864 0.128 0.000
#> SRR2049783 2 0.4980 0.7429 0.168 0.752 0.020 0.036 0.024
#> SRR2049782 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049781 2 0.3656 0.7839 0.168 0.800 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049780 1 0.6860 -0.2025 0.556 0.072 0.000 0.268 0.104
#> SRR2049779 3 0.7720 0.3831 0.140 0.236 0.484 0.140 0.000
#> SRR2049778 3 0.6952 -0.0468 0.344 0.000 0.484 0.044 0.128
#> SRR2049777 2 0.3229 0.7844 0.128 0.840 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049776 3 0.3035 0.7323 0.000 0.032 0.856 0.112 0.000
#> SRR2049775 2 0.3013 0.7875 0.160 0.832 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049774 3 0.4548 0.6984 0.004 0.076 0.752 0.168 0.000
#> SRR2049773 2 0.3513 0.7780 0.132 0.828 0.004 0.036 0.000
#> SRR2049772 3 0.4335 0.7022 0.000 0.072 0.760 0.168 0.000
#> SRR2049771 5 0.1740 0.7480 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932
#> SRR2049770 5 0.2381 0.8113 0.036 0.000 0.052 0.004 0.908
#> SRR2049769 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049768 2 0.5331 0.6128 0.040 0.684 0.000 0.236 0.040
#> SRR2049767 3 0.7589 0.4460 0.140 0.184 0.516 0.160 0.000
#> SRR2049766 3 0.4904 0.7007 0.108 0.032 0.760 0.100 0.000
#> SRR2049765 4 0.5583 0.8096 0.040 0.052 0.000 0.664 0.244
#> SRR2049764 4 0.6290 0.6152 0.060 0.040 0.000 0.492 0.408
#> SRR2049763 2 0.4774 0.7352 0.112 0.748 0.000 0.132 0.008
#> SRR2049762 2 0.3527 0.7748 0.116 0.828 0.000 0.056 0.000
#> SRR2049761 2 0.4268 0.7366 0.044 0.776 0.000 0.168 0.012
#> SRR2049760 1 0.5755 0.6656 0.588 0.000 0.336 0.044 0.032
#> SRR2049759 2 0.2835 0.7908 0.036 0.880 0.000 0.080 0.004
#> SRR2049758 1 0.3774 0.7641 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR2049756 3 0.3816 0.5111 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR2049755 1 0.6713 -0.2868 0.448 0.028 0.000 0.404 0.120
#> SRR2049757 2 0.3229 0.7844 0.128 0.840 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049754 3 0.3274 0.7238 0.004 0.076 0.856 0.064 0.000
#> SRR2049752 3 0.5678 0.6811 0.048 0.012 0.716 0.152 0.072
#> SRR2049751 2 0.2377 0.7946 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.0579 0.8123 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049753 2 0.4763 0.7034 0.068 0.732 0.000 0.192 0.008
#> SRR2049750 5 0.1043 0.8308 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2049748 5 0.9112 -0.0385 0.196 0.120 0.256 0.064 0.364
#> SRR2049744 3 0.3086 0.6589 0.180 0.000 0.816 0.000 0.004
#> SRR2049743 4 0.5332 0.7934 0.036 0.032 0.000 0.660 0.272
#> SRR2049745 3 0.1341 0.7166 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR2049747 3 0.1121 0.7206 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR2049742 3 0.4548 0.6984 0.004 0.076 0.752 0.168 0.000
#> SRR2049741 3 0.5082 0.6754 0.008 0.108 0.716 0.168 0.000
#> SRR2049738 2 0.3059 0.7867 0.028 0.860 0.000 0.108 0.004
#> SRR2049737 3 0.5951 0.3102 0.076 0.000 0.552 0.016 0.356
#> SRR2049739 2 0.5718 0.7159 0.168 0.672 0.000 0.140 0.020
#> SRR2049740 3 0.7454 0.4792 0.144 0.160 0.536 0.160 0.000
#> SRR2049736 3 0.5504 0.6915 0.084 0.072 0.724 0.120 0.000
#> SRR2049735 2 0.2020 0.8034 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049732 1 0.3774 0.7641 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR2049730 4 0.5080 0.7070 0.056 0.000 0.000 0.628 0.316
#> SRR2049734 2 0.3634 0.7726 0.136 0.820 0.004 0.040 0.000
#> SRR2049733 3 0.7362 0.4686 0.080 0.016 0.560 0.124 0.220
#> SRR2049731 2 0.3647 0.7700 0.132 0.816 0.000 0.052 0.000
#> SRR2049729 1 0.6648 0.5467 0.620 0.000 0.168 0.120 0.092
#> SRR2049727 3 0.4306 -0.1653 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR2049728 3 0.1544 0.7060 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR2049725 5 0.1043 0.8308 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2049726 2 0.4347 0.6954 0.040 0.744 0.000 0.212 0.004
#> SRR2049724 3 0.1121 0.7184 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR2049723 3 0.1341 0.7127 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR2049720 3 0.6364 0.3463 0.256 0.000 0.588 0.028 0.128
#> SRR2049719 3 0.6968 0.5314 0.136 0.116 0.592 0.156 0.000
#> SRR2049722 3 0.1908 0.6982 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2049721 3 0.0162 0.7311 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049716 3 0.4595 0.5064 0.284 0.000 0.684 0.004 0.028
#> SRR2049718 5 0.0912 0.7959 0.000 0.000 0.016 0.012 0.972
#> SRR2049717 2 0.3663 0.7724 0.132 0.820 0.004 0.044 0.000
#> SRR2049715 2 0.4025 0.7659 0.132 0.792 0.000 0.076 0.000
#> SRR2049714 2 0.2179 0.8042 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049713 3 0.0693 0.7345 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR2049712 3 0.7851 0.3233 0.136 0.280 0.444 0.140 0.000
#> SRR2049711 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049710 2 0.0162 0.8122 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049709 3 0.3039 0.6431 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR2049707 2 0.0290 0.8126 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049708 3 0.0880 0.7230 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR2049706 3 0.0162 0.7315 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049705 3 0.0324 0.7316 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049704 3 0.1717 0.7313 0.004 0.052 0.936 0.008 0.000
#> SRR2049702 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049703 3 0.4213 0.7116 0.008 0.076 0.792 0.124 0.000
#> SRR2049700 3 0.6077 0.6582 0.076 0.120 0.676 0.128 0.000
#> SRR2049701 3 0.3366 0.6329 0.212 0.000 0.784 0.000 0.004
#> SRR2049699 3 0.4277 0.7053 0.000 0.076 0.768 0.156 0.000
#> SRR2049697 2 0.0290 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049698 5 0.1701 0.8302 0.016 0.000 0.048 0.000 0.936
#> SRR2049696 3 0.6868 -0.3085 0.420 0.000 0.428 0.044 0.108
#> SRR2049694 3 0.6280 0.6318 0.048 0.008 0.660 0.160 0.124
#> SRR2049693 2 0.3229 0.7844 0.128 0.840 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049695 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049691 3 0.6468 0.1944 0.324 0.000 0.544 0.036 0.096
#> SRR2049692 3 0.6387 0.4824 0.128 0.000 0.616 0.044 0.212
#> SRR2049689 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049690 3 0.0162 0.7306 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.3400 0.7231 0.004 0.076 0.848 0.072 0.000
#> SRR2049687 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049686 3 0.3109 0.6409 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR2049685 2 0.0290 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049684 3 0.4932 0.6870 0.016 0.108 0.744 0.132 0.000
#> SRR2049683 2 0.3291 0.7796 0.088 0.848 0.000 0.064 0.000
#> SRR2049682 3 0.4267 0.7082 0.004 0.092 0.784 0.120 0.000
#> SRR2049680 2 0.4958 0.7062 0.136 0.756 0.052 0.056 0.000
#> SRR2049681 2 0.5206 0.7200 0.160 0.740 0.008 0.044 0.048
#> SRR2049678 2 0.2068 0.8060 0.092 0.904 0.000 0.004 0.000
#> SRR2049679 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049676 2 0.4644 0.6617 0.040 0.716 0.000 0.236 0.008
#> SRR2049675 3 0.5083 0.2428 0.364 0.000 0.596 0.036 0.004
#> SRR2049677 2 0.2770 0.7916 0.076 0.880 0.000 0.044 0.000
#> SRR2049674 3 0.3400 0.7231 0.004 0.076 0.848 0.072 0.000
#> SRR2049672 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049671 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049673 3 0.3662 0.5890 0.252 0.000 0.744 0.000 0.004
#> SRR2049670 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049668 1 0.7073 -0.0365 0.572 0.032 0.032 0.244 0.120
#> SRR2049669 2 0.0162 0.8122 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049667 1 0.3774 0.7641 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR2049666 3 0.5956 0.6299 0.036 0.132 0.664 0.168 0.000
#> SRR2049665 5 0.3319 0.7288 0.052 0.000 0.064 0.020 0.864
#> SRR2049664 3 0.1965 0.6996 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR2049661 3 0.5852 0.3567 0.296 0.000 0.608 0.024 0.072
#> SRR2049663 1 0.3774 0.7641 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR2049660 5 0.1205 0.8325 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR2049662 3 0.6036 -0.2874 0.460 0.000 0.460 0.044 0.036
#> SRR2049659 2 0.0290 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049657 3 0.3550 0.6080 0.236 0.000 0.760 0.000 0.004
#> SRR2049658 3 0.4069 0.7119 0.000 0.076 0.788 0.136 0.000
#> SRR2049655 5 0.1281 0.7530 0.032 0.000 0.000 0.012 0.956
#> SRR2049656 3 0.1768 0.7095 0.072 0.000 0.924 0.000 0.004
#> SRR2049654 3 0.1682 0.7330 0.004 0.044 0.940 0.012 0.000
#> SRR2049652 3 0.4088 0.6602 0.176 0.000 0.780 0.036 0.008
#> SRR2049653 2 0.0290 0.8110 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2049649 3 0.0162 0.7302 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049650 1 0.5155 0.7507 0.660 0.000 0.284 0.036 0.020
#> SRR2049651 2 0.5682 0.7099 0.168 0.664 0.000 0.156 0.012
#> SRR2049647 3 0.4796 0.6920 0.008 0.088 0.740 0.164 0.000
#> SRR2049648 5 0.1205 0.8325 0.004 0.000 0.040 0.000 0.956
#> SRR2049646 2 0.3229 0.7844 0.128 0.840 0.000 0.032 0.000
#> SRR2049644 3 0.7475 0.4628 0.180 0.172 0.528 0.120 0.000
#> SRR2049645 3 0.2329 0.6953 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049643 5 0.1774 0.8283 0.016 0.000 0.052 0.000 0.932
#> SRR2049641 3 0.0162 0.7321 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049639 2 0.6601 0.6211 0.108 0.624 0.000 0.172 0.096
#> SRR2049638 4 0.6796 0.4687 0.352 0.000 0.000 0.360 0.288
#> SRR2049640 5 0.2291 0.8089 0.036 0.000 0.056 0.000 0.908
#> SRR2049636 2 0.2727 0.7883 0.016 0.868 0.000 0.116 0.000
#> SRR2049635 3 0.3422 0.6409 0.200 0.000 0.792 0.004 0.004
#> SRR2049637 2 0.2921 0.7908 0.124 0.856 0.000 0.020 0.000
#> SRR2049634 3 0.0609 0.7261 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2049633 2 0.5909 0.6771 0.160 0.636 0.000 0.192 0.012
#> SRR2049632 2 0.6696 0.5968 0.168 0.568 0.000 0.228 0.036
#> SRR2049631 2 0.3442 0.7737 0.104 0.836 0.000 0.060 0.000
#> SRR2049630 2 0.3607 0.7778 0.144 0.820 0.008 0.028 0.000
#> SRR2049628 5 0.4199 0.5322 0.068 0.000 0.160 0.000 0.772
#> SRR2049629 4 0.7766 0.5013 0.072 0.256 0.000 0.420 0.252
#> SRR2049627 5 0.2095 0.7399 0.060 0.008 0.000 0.012 0.920
#> SRR2049626 3 0.0963 0.7208 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR2049625 3 0.5587 0.6574 0.032 0.108 0.696 0.164 0.000
#> SRR2049624 1 0.4220 0.7586 0.688 0.000 0.300 0.008 0.004
#> SRR2049623 3 0.5045 0.6772 0.008 0.108 0.720 0.164 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.1167 0.7461 0.960 0.008 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR2049621 2 0.0865 0.7567 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049622 1 0.1296 0.7409 0.952 0.012 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049620 2 0.4928 0.3275 0.396 0.556 0.020 0.024 0.004 0.000
#> SRR2049619 1 0.3466 0.7603 0.816 0.000 0.096 0.004 0.000 0.084
#> SRR2049618 2 0.0458 0.7609 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049617 3 0.6213 0.1897 0.000 0.212 0.424 0.352 0.012 0.000
#> SRR2049616 6 0.1555 0.7809 0.060 0.000 0.004 0.004 0.000 0.932
#> SRR2049615 3 0.3662 0.6530 0.000 0.060 0.804 0.012 0.124 0.000
#> SRR2049614 3 0.3642 0.6430 0.000 0.048 0.800 0.012 0.140 0.000
#> SRR2049613 3 0.3485 0.6310 0.000 0.044 0.800 0.004 0.152 0.000
#> SRR2049612 1 0.3516 0.7592 0.812 0.000 0.096 0.004 0.000 0.088
#> SRR2049611 5 0.1461 0.9021 0.016 0.000 0.000 0.000 0.940 0.044
#> SRR2049610 2 0.5934 -0.1984 0.000 0.444 0.228 0.328 0.000 0.000
#> SRR2049609 1 0.4002 0.7333 0.768 0.000 0.096 0.004 0.000 0.132
#> SRR2049608 3 0.4977 0.6011 0.000 0.000 0.700 0.032 0.104 0.164
#> SRR2049607 2 0.2627 0.6856 0.084 0.880 0.008 0.024 0.004 0.000
#> SRR2049606 6 0.4181 0.4708 0.384 0.000 0.012 0.004 0.000 0.600
#> SRR2049605 1 0.1194 0.7426 0.956 0.008 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049604 1 0.1719 0.7277 0.932 0.032 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049603 6 0.1753 0.7954 0.084 0.000 0.004 0.000 0.000 0.912
#> SRR2049602 6 0.3079 0.6971 0.052 0.000 0.092 0.008 0.000 0.848
#> SRR2049601 6 0.3489 0.6670 0.288 0.000 0.000 0.004 0.000 0.708
#> SRR2049600 6 0.1555 0.7809 0.060 0.000 0.004 0.004 0.000 0.932
#> SRR2049599 6 0.3741 0.6125 0.320 0.000 0.000 0.008 0.000 0.672
#> SRR2049598 1 0.1036 0.7455 0.964 0.008 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR2049597 1 0.3395 0.7514 0.812 0.000 0.048 0.004 0.000 0.136
#> SRR2049596 1 0.4989 0.4432 0.592 0.000 0.076 0.004 0.000 0.328
#> SRR2049595 1 0.4697 0.1709 0.568 0.392 0.012 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049594 5 0.2136 0.8584 0.048 0.000 0.000 0.000 0.904 0.048
#> SRR2049593 1 0.3636 0.4949 0.676 0.000 0.000 0.004 0.000 0.320
#> SRR2049592 1 0.3875 0.7413 0.780 0.000 0.092 0.004 0.000 0.124
#> SRR2049591 1 0.3516 0.7592 0.812 0.000 0.096 0.004 0.000 0.088
#> SRR2049590 1 0.3516 0.7592 0.812 0.000 0.096 0.004 0.000 0.088
#> SRR2049589 1 0.3706 0.7523 0.796 0.000 0.096 0.004 0.000 0.104
#> SRR2049588 1 0.3516 0.7592 0.812 0.000 0.096 0.004 0.000 0.088
#> SRR2049586 1 0.3352 0.6070 0.812 0.148 0.008 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049585 1 0.3513 0.7610 0.812 0.000 0.100 0.004 0.000 0.084
#> SRR2049584 1 0.2471 0.7668 0.888 0.000 0.056 0.004 0.000 0.052
#> SRR2049583 1 0.3982 0.7259 0.764 0.000 0.076 0.004 0.000 0.156
#> SRR2049789 3 0.3935 0.6570 0.000 0.044 0.800 0.052 0.104 0.000
#> SRR2049788 2 0.1297 0.7574 0.000 0.948 0.040 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049787 2 0.0696 0.7630 0.004 0.980 0.004 0.008 0.004 0.000
#> SRR2049786 5 0.0951 0.8857 0.000 0.000 0.008 0.020 0.968 0.004
#> SRR2049785 2 0.3778 0.6358 0.000 0.784 0.164 0.024 0.028 0.000
#> SRR2049784 1 0.2290 0.7590 0.892 0.004 0.000 0.020 0.000 0.084
#> SRR2049783 2 0.0622 0.7603 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049782 4 0.2092 0.8561 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049781 2 0.1549 0.7522 0.000 0.936 0.044 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049780 3 0.5999 0.6441 0.000 0.128 0.664 0.048 0.052 0.108
#> SRR2049779 2 0.2604 0.6715 0.096 0.872 0.004 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049778 6 0.3704 0.7954 0.132 0.000 0.004 0.012 0.048 0.804
#> SRR2049777 2 0.0291 0.7603 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049776 1 0.2030 0.7607 0.908 0.000 0.000 0.028 0.000 0.064
#> SRR2049775 2 0.1794 0.7485 0.000 0.924 0.040 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049774 1 0.1296 0.7409 0.952 0.012 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049773 2 0.0551 0.7605 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR2049772 1 0.1296 0.7409 0.952 0.012 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049771 5 0.1049 0.8840 0.000 0.032 0.008 0.000 0.960 0.000
#> SRR2049770 5 0.1531 0.9239 0.068 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004
#> SRR2049769 4 0.2941 0.8343 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR2049768 3 0.6034 0.2329 0.000 0.156 0.460 0.368 0.016 0.000
#> SRR2049767 2 0.3906 0.5357 0.216 0.744 0.008 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049766 1 0.4346 0.1339 0.612 0.004 0.004 0.016 0.000 0.364
#> SRR2049765 3 0.3787 0.6621 0.000 0.072 0.804 0.020 0.104 0.000
#> SRR2049764 3 0.4333 0.5927 0.000 0.076 0.720 0.004 0.200 0.000
#> SRR2049763 3 0.6188 0.0197 0.000 0.200 0.404 0.384 0.012 0.000
#> SRR2049762 4 0.4183 0.7534 0.000 0.152 0.108 0.740 0.000 0.000
#> SRR2049761 3 0.6265 0.0575 0.000 0.204 0.420 0.360 0.016 0.000
#> SRR2049760 6 0.2162 0.7969 0.088 0.000 0.004 0.012 0.000 0.896
#> SRR2049759 2 0.4747 0.3128 0.000 0.632 0.080 0.288 0.000 0.000
#> SRR2049758 6 0.1555 0.7809 0.060 0.000 0.004 0.004 0.000 0.932
#> SRR2049756 6 0.3508 0.6614 0.292 0.000 0.000 0.004 0.000 0.704
#> SRR2049755 3 0.5058 0.5937 0.000 0.000 0.688 0.032 0.100 0.180
#> SRR2049757 2 0.0405 0.7604 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049754 1 0.0951 0.7580 0.968 0.000 0.008 0.004 0.000 0.020
#> SRR2049752 1 0.1659 0.7420 0.940 0.008 0.000 0.020 0.004 0.028
#> SRR2049751 2 0.0865 0.7563 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2049749 2 0.2772 0.6273 0.000 0.816 0.004 0.180 0.000 0.000
#> SRR2049753 2 0.5451 0.4226 0.000 0.616 0.196 0.176 0.012 0.000
#> SRR2049750 5 0.1267 0.9281 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR2049748 2 0.4961 0.1234 0.024 0.536 0.020 0.000 0.416 0.004
#> SRR2049744 1 0.4091 0.0722 0.520 0.000 0.000 0.008 0.000 0.472
#> SRR2049743 3 0.3447 0.6343 0.000 0.044 0.804 0.004 0.148 0.000
#> SRR2049745 1 0.3894 0.7317 0.772 0.000 0.072 0.004 0.000 0.152
#> SRR2049747 1 0.3703 0.7535 0.796 0.000 0.092 0.004 0.000 0.108
#> SRR2049742 1 0.1296 0.7409 0.952 0.012 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049741 1 0.1296 0.7409 0.952 0.012 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049738 4 0.4880 0.6526 0.000 0.288 0.092 0.620 0.000 0.000
#> SRR2049737 1 0.4353 0.3546 0.588 0.000 0.000 0.000 0.384 0.028
#> SRR2049739 2 0.3438 0.6224 0.000 0.788 0.184 0.020 0.008 0.000
#> SRR2049740 2 0.4815 0.2125 0.444 0.516 0.008 0.028 0.000 0.004
#> SRR2049736 1 0.4172 0.3125 0.676 0.004 0.004 0.020 0.000 0.296
#> SRR2049735 2 0.1644 0.7345 0.000 0.920 0.004 0.076 0.000 0.000
#> SRR2049732 6 0.1555 0.7809 0.060 0.000 0.004 0.004 0.000 0.932
#> SRR2049730 3 0.4067 0.5722 0.000 0.000 0.752 0.004 0.172 0.072
#> SRR2049734 2 0.0405 0.7603 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049733 1 0.5396 0.4036 0.628 0.040 0.004 0.016 0.284 0.028
#> SRR2049731 2 0.0862 0.7584 0.004 0.972 0.008 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049729 6 0.4384 0.1853 0.008 0.000 0.280 0.008 0.024 0.680
#> SRR2049727 6 0.2632 0.7900 0.164 0.000 0.004 0.000 0.000 0.832
#> SRR2049728 1 0.4524 0.6597 0.704 0.000 0.092 0.004 0.000 0.200
#> SRR2049725 5 0.1267 0.9281 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR2049726 3 0.6115 0.2171 0.000 0.248 0.428 0.320 0.004 0.000
#> SRR2049724 1 0.3748 0.7491 0.792 0.000 0.092 0.004 0.000 0.112
#> SRR2049723 1 0.4032 0.7259 0.764 0.000 0.092 0.004 0.000 0.140
#> SRR2049720 6 0.4757 0.7201 0.228 0.000 0.004 0.012 0.068 0.688
#> SRR2049719 1 0.2666 0.6709 0.872 0.092 0.008 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.4948 0.4778 0.604 0.000 0.076 0.004 0.000 0.316
#> SRR2049721 1 0.3466 0.7603 0.816 0.000 0.096 0.004 0.000 0.084
#> SRR2049716 1 0.4034 0.4563 0.624 0.000 0.000 0.004 0.008 0.364
#> SRR2049718 5 0.1333 0.9187 0.048 0.000 0.008 0.000 0.944 0.000
#> SRR2049717 2 0.0603 0.7583 0.016 0.980 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049715 4 0.5270 0.5504 0.000 0.180 0.216 0.604 0.000 0.000
#> SRR2049714 2 0.1958 0.7197 0.000 0.896 0.004 0.100 0.000 0.000
#> SRR2049713 1 0.2912 0.7659 0.852 0.000 0.076 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049712 2 0.2882 0.6502 0.120 0.848 0.004 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049711 4 0.2092 0.8561 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049710 2 0.2006 0.7144 0.000 0.892 0.004 0.104 0.000 0.000
#> SRR2049709 1 0.3986 0.1155 0.532 0.000 0.000 0.004 0.000 0.464
#> SRR2049707 2 0.2053 0.7114 0.000 0.888 0.004 0.108 0.000 0.000
#> SRR2049708 1 0.3658 0.7535 0.800 0.000 0.092 0.004 0.000 0.104
#> SRR2049706 1 0.3466 0.7603 0.816 0.000 0.096 0.004 0.000 0.084
#> SRR2049705 1 0.3418 0.7603 0.820 0.000 0.092 0.004 0.000 0.084
#> SRR2049704 1 0.3155 0.7651 0.840 0.000 0.088 0.004 0.000 0.068
#> SRR2049702 4 0.2912 0.8378 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.1262 0.7428 0.956 0.016 0.008 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049700 1 0.5422 0.2585 0.580 0.332 0.008 0.024 0.000 0.056
#> SRR2049701 6 0.3774 0.4030 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR2049699 1 0.1296 0.7409 0.952 0.012 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049697 2 0.3634 0.2457 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR2049698 5 0.1461 0.9021 0.016 0.000 0.000 0.000 0.940 0.044
#> SRR2049696 6 0.3505 0.7984 0.132 0.000 0.004 0.012 0.036 0.816
#> SRR2049694 1 0.1794 0.7364 0.936 0.012 0.000 0.020 0.024 0.008
#> SRR2049693 2 0.0692 0.7599 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.2092 0.8561 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049691 6 0.3402 0.7832 0.172 0.000 0.004 0.012 0.012 0.800
#> SRR2049692 1 0.6089 -0.2015 0.484 0.004 0.016 0.008 0.112 0.376
#> SRR2049689 4 0.2092 0.8561 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.3466 0.7603 0.816 0.000 0.096 0.004 0.000 0.084
#> SRR2049688 1 0.0696 0.7540 0.980 0.004 0.008 0.004 0.000 0.004
#> SRR2049687 4 0.2092 0.8561 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049686 1 0.3905 0.4712 0.636 0.000 0.004 0.004 0.000 0.356
#> SRR2049685 2 0.3872 0.0755 0.000 0.604 0.004 0.392 0.000 0.000
#> SRR2049684 1 0.1232 0.7418 0.956 0.016 0.004 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049683 4 0.2340 0.8588 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR2049682 1 0.0922 0.7460 0.968 0.004 0.004 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049680 2 0.1313 0.7435 0.028 0.952 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049681 2 0.1396 0.7487 0.024 0.952 0.008 0.012 0.000 0.004
#> SRR2049678 2 0.1908 0.7212 0.000 0.900 0.004 0.096 0.000 0.000
#> SRR2049679 4 0.2092 0.8561 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049676 3 0.6236 0.2534 0.000 0.204 0.444 0.336 0.016 0.000
#> SRR2049675 6 0.4204 0.6804 0.272 0.000 0.036 0.004 0.000 0.688
#> SRR2049677 4 0.3446 0.7302 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.0260 0.7524 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2049672 4 0.2340 0.8588 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR2049671 4 0.2912 0.8378 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR2049673 6 0.3911 0.5816 0.368 0.000 0.008 0.000 0.000 0.624
#> SRR2049670 4 0.2092 0.8561 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049668 3 0.5153 0.5878 0.000 0.000 0.676 0.036 0.092 0.196
#> SRR2049669 2 0.3189 0.5169 0.000 0.760 0.004 0.236 0.000 0.000
#> SRR2049667 6 0.1555 0.7809 0.060 0.000 0.004 0.004 0.000 0.932
#> SRR2049666 1 0.3986 0.5012 0.732 0.228 0.008 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049665 5 0.4199 0.7120 0.060 0.000 0.008 0.000 0.736 0.196
#> SRR2049664 1 0.4568 0.6302 0.688 0.000 0.080 0.004 0.000 0.228
#> SRR2049661 6 0.4176 0.7336 0.252 0.000 0.020 0.000 0.020 0.708
#> SRR2049663 6 0.1555 0.7809 0.060 0.000 0.004 0.004 0.000 0.932
#> SRR2049660 5 0.1267 0.9281 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR2049662 6 0.2588 0.8031 0.124 0.000 0.004 0.012 0.000 0.860
#> SRR2049659 2 0.2902 0.6043 0.000 0.800 0.004 0.196 0.000 0.000
#> SRR2049657 6 0.4513 0.4109 0.396 0.000 0.028 0.004 0.000 0.572
#> SRR2049658 1 0.1338 0.7444 0.952 0.008 0.004 0.032 0.000 0.004
#> SRR2049655 5 0.0951 0.8857 0.000 0.000 0.008 0.020 0.968 0.004
#> SRR2049656 1 0.4382 0.6693 0.716 0.000 0.080 0.004 0.000 0.200
#> SRR2049654 1 0.3104 0.7656 0.844 0.000 0.084 0.004 0.000 0.068
#> SRR2049652 1 0.4076 0.4643 0.636 0.004 0.000 0.012 0.000 0.348
#> SRR2049653 2 0.3975 0.0678 0.000 0.600 0.008 0.392 0.000 0.000
#> SRR2049649 1 0.3418 0.7603 0.820 0.000 0.092 0.004 0.000 0.084
#> SRR2049650 6 0.3422 0.6301 0.036 0.000 0.124 0.012 0.004 0.824
#> SRR2049651 2 0.3263 0.6533 0.000 0.816 0.152 0.016 0.016 0.000
#> SRR2049647 1 0.1296 0.7409 0.952 0.012 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049648 5 0.1461 0.9021 0.016 0.000 0.000 0.000 0.940 0.044
#> SRR2049646 2 0.0937 0.7547 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2049644 2 0.4916 0.1322 0.472 0.484 0.028 0.012 0.004 0.000
#> SRR2049645 1 0.3834 0.7345 0.776 0.000 0.044 0.012 0.000 0.168
#> SRR2049643 5 0.1500 0.9284 0.052 0.000 0.000 0.000 0.936 0.012
#> SRR2049641 1 0.3227 0.7633 0.828 0.000 0.084 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049639 3 0.6336 0.2264 0.000 0.384 0.416 0.172 0.028 0.000
#> SRR2049638 3 0.5091 0.5734 0.000 0.000 0.656 0.008 0.148 0.188
#> SRR2049640 5 0.1411 0.9276 0.060 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004
#> SRR2049636 4 0.4467 0.3526 0.000 0.464 0.028 0.508 0.000 0.000
#> SRR2049635 1 0.4045 0.2553 0.564 0.000 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR2049637 2 0.0632 0.7593 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2049634 1 0.3612 0.7554 0.804 0.000 0.092 0.004 0.000 0.100
#> SRR2049633 2 0.4637 0.4043 0.000 0.664 0.276 0.044 0.016 0.000
#> SRR2049632 3 0.5108 0.2619 0.000 0.444 0.496 0.040 0.020 0.000
#> SRR2049631 4 0.2912 0.8378 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR2049630 2 0.1078 0.7574 0.012 0.964 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049628 5 0.2006 0.9085 0.080 0.000 0.000 0.000 0.904 0.016
#> SRR2049629 3 0.4679 0.6281 0.000 0.172 0.704 0.008 0.116 0.000
#> SRR2049627 5 0.1929 0.9128 0.048 0.016 0.008 0.000 0.924 0.004
#> SRR2049626 1 0.3685 0.7504 0.796 0.000 0.080 0.004 0.000 0.120
#> SRR2049625 1 0.1933 0.7181 0.920 0.044 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR2049624 6 0.1829 0.7826 0.064 0.000 0.012 0.004 0.000 0.920
#> SRR2049623 1 0.1832 0.7257 0.928 0.032 0.008 0.032 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14389 rows and 205 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.482 0.829 0.889 0.3159 0.735 0.735
#> 3 3 0.733 0.840 0.907 0.8163 0.642 0.533
#> 4 4 0.557 0.708 0.822 0.1965 0.830 0.632
#> 5 5 0.497 0.576 0.746 0.0575 0.912 0.745
#> 6 6 0.473 0.518 0.715 0.0383 0.937 0.795
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2049587 1 0.6247 0.8221 0.844 0.156
#> SRR2049621 1 0.9983 0.2416 0.524 0.476
#> SRR2049622 1 0.2603 0.8734 0.956 0.044
#> SRR2049620 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049619 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049618 1 0.3114 0.8660 0.944 0.056
#> SRR2049617 2 0.7745 0.8609 0.228 0.772
#> SRR2049616 1 0.0938 0.8794 0.988 0.012
#> SRR2049615 1 0.7883 0.7624 0.764 0.236
#> SRR2049614 1 0.7745 0.7700 0.772 0.228
#> SRR2049613 1 0.7602 0.7773 0.780 0.220
#> SRR2049612 1 0.2236 0.8753 0.964 0.036
#> SRR2049611 1 0.7453 0.7841 0.788 0.212
#> SRR2049610 2 0.9944 0.4901 0.456 0.544
#> SRR2049609 1 0.2423 0.8741 0.960 0.040
#> SRR2049608 1 0.3879 0.8626 0.924 0.076
#> SRR2049607 1 0.1633 0.8783 0.976 0.024
#> SRR2049606 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049605 1 0.0938 0.8798 0.988 0.012
#> SRR2049604 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049603 1 0.3274 0.8680 0.940 0.060
#> SRR2049602 1 0.0672 0.8800 0.992 0.008
#> SRR2049601 1 0.0938 0.8794 0.988 0.012
#> SRR2049600 1 0.0938 0.8794 0.988 0.012
#> SRR2049599 1 0.4022 0.8606 0.920 0.080
#> SRR2049598 1 0.5737 0.8333 0.864 0.136
#> SRR2049597 1 0.1843 0.8773 0.972 0.028
#> SRR2049596 1 0.2236 0.8753 0.964 0.036
#> SRR2049595 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049594 1 0.7376 0.7874 0.792 0.208
#> SRR2049593 1 0.2603 0.8727 0.956 0.044
#> SRR2049592 1 0.0672 0.8800 0.992 0.008
#> SRR2049591 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049590 1 0.2236 0.8753 0.964 0.036
#> SRR2049589 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049588 1 0.2423 0.8741 0.960 0.040
#> SRR2049586 1 0.1633 0.8783 0.976 0.024
#> SRR2049585 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049584 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049583 1 0.1184 0.8789 0.984 0.016
#> SRR2049789 2 0.3114 0.7564 0.056 0.944
#> SRR2049788 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049787 1 0.7745 0.7700 0.772 0.228
#> SRR2049786 1 0.7883 0.7624 0.764 0.236
#> SRR2049785 1 0.7950 0.7584 0.760 0.240
#> SRR2049784 1 0.5178 0.8436 0.884 0.116
#> SRR2049783 1 0.7528 0.7809 0.784 0.216
#> SRR2049782 2 0.5842 0.8718 0.140 0.860
#> SRR2049781 1 0.6531 0.8186 0.832 0.168
#> SRR2049780 1 0.2236 0.8753 0.964 0.036
#> SRR2049779 1 0.3879 0.8627 0.924 0.076
#> SRR2049778 1 0.7219 0.7933 0.800 0.200
#> SRR2049777 1 0.3114 0.8660 0.944 0.056
#> SRR2049776 1 0.1184 0.8789 0.984 0.016
#> SRR2049775 1 0.2603 0.8729 0.956 0.044
#> SRR2049774 1 0.0672 0.8804 0.992 0.008
#> SRR2049773 1 0.6048 0.8273 0.852 0.148
#> SRR2049772 1 0.1184 0.8789 0.984 0.016
#> SRR2049771 1 0.7745 0.7700 0.772 0.228
#> SRR2049770 1 0.7453 0.7841 0.788 0.212
#> SRR2049769 2 0.6048 0.8744 0.148 0.852
#> SRR2049768 2 0.7745 0.8609 0.228 0.772
#> SRR2049767 1 0.2423 0.8790 0.960 0.040
#> SRR2049766 1 0.2423 0.8741 0.960 0.040
#> SRR2049765 1 0.8909 0.6756 0.692 0.308
#> SRR2049764 1 0.7745 0.7700 0.772 0.228
#> SRR2049763 2 0.5946 0.8725 0.144 0.856
#> SRR2049762 2 0.3274 0.8088 0.060 0.940
#> SRR2049761 2 0.2948 0.7576 0.052 0.948
#> SRR2049760 1 0.5519 0.8376 0.872 0.128
#> SRR2049759 1 0.7528 0.6444 0.784 0.216
#> SRR2049758 1 0.0938 0.8794 0.988 0.012
#> SRR2049756 1 0.0938 0.8794 0.988 0.012
#> SRR2049755 1 0.0938 0.8794 0.988 0.012
#> SRR2049757 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049754 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049752 1 0.6438 0.8172 0.836 0.164
#> SRR2049751 1 0.2948 0.8692 0.948 0.052
#> SRR2049749 2 0.6343 0.8639 0.160 0.840
#> SRR2049753 1 0.3114 0.8660 0.944 0.056
#> SRR2049750 1 0.7453 0.7841 0.788 0.212
#> SRR2049748 1 0.7453 0.7841 0.788 0.212
#> SRR2049744 1 0.0938 0.8794 0.988 0.012
#> SRR2049743 1 0.7950 0.7584 0.760 0.240
#> SRR2049745 1 0.0938 0.8794 0.988 0.012
#> SRR2049747 1 0.0938 0.8794 0.988 0.012
#> SRR2049742 1 0.0376 0.8805 0.996 0.004
#> SRR2049741 1 0.2423 0.8741 0.960 0.040
#> SRR2049738 2 0.7453 0.8688 0.212 0.788
#> SRR2049737 1 0.7299 0.7904 0.796 0.204
#> SRR2049739 1 0.6148 0.8249 0.848 0.152
#> SRR2049740 1 0.0376 0.8800 0.996 0.004
#> SRR2049736 1 0.3431 0.8666 0.936 0.064
#> SRR2049735 2 0.9000 0.7733 0.316 0.684
#> SRR2049732 1 0.2778 0.8718 0.952 0.048
#> SRR2049730 1 0.7528 0.7808 0.784 0.216
#> SRR2049734 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049733 1 0.7376 0.7874 0.792 0.208
#> SRR2049731 1 0.2603 0.8727 0.956 0.044
#> SRR2049729 1 0.6712 0.8097 0.824 0.176
#> SRR2049727 1 0.1633 0.8781 0.976 0.024
#> SRR2049728 1 0.2236 0.8753 0.964 0.036
#> SRR2049725 1 0.7453 0.7841 0.788 0.212
#> SRR2049726 1 0.7745 0.6237 0.772 0.228
#> SRR2049724 1 0.0376 0.8799 0.996 0.004
#> SRR2049723 1 0.2423 0.8741 0.960 0.040
#> SRR2049720 1 0.7219 0.7933 0.800 0.200
#> SRR2049719 1 0.2948 0.8687 0.948 0.052
#> SRR2049722 1 0.0672 0.8800 0.992 0.008
#> SRR2049721 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049716 1 0.3431 0.8666 0.936 0.064
#> SRR2049718 1 0.7602 0.7773 0.780 0.220
#> SRR2049717 1 0.3114 0.8660 0.944 0.056
#> SRR2049715 2 0.2778 0.7588 0.048 0.952
#> SRR2049714 1 0.9323 0.6082 0.652 0.348
#> SRR2049713 1 0.1184 0.8794 0.984 0.016
#> SRR2049712 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049711 2 0.1843 0.8027 0.028 0.972
#> SRR2049710 1 0.7299 0.6679 0.796 0.204
#> SRR2049709 1 0.1633 0.8781 0.976 0.024
#> SRR2049707 1 0.8443 0.5151 0.728 0.272
#> SRR2049708 1 0.0672 0.8797 0.992 0.008
#> SRR2049706 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049705 1 0.1414 0.8787 0.980 0.020
#> SRR2049704 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049702 2 0.7453 0.8688 0.212 0.788
#> SRR2049703 1 0.2948 0.8687 0.948 0.052
#> SRR2049700 1 0.3274 0.8680 0.940 0.060
#> SRR2049701 1 0.0938 0.8794 0.988 0.012
#> SRR2049699 1 0.0672 0.8806 0.992 0.008
#> SRR2049697 2 0.7528 0.8674 0.216 0.784
#> SRR2049698 1 0.7376 0.7874 0.792 0.208
#> SRR2049696 1 0.7219 0.7933 0.800 0.200
#> SRR2049694 1 0.7299 0.7904 0.796 0.204
#> SRR2049693 1 0.2948 0.8687 0.948 0.052
#> SRR2049695 2 0.5059 0.8593 0.112 0.888
#> SRR2049691 1 0.7219 0.7933 0.800 0.200
#> SRR2049692 1 0.7299 0.7904 0.796 0.204
#> SRR2049689 2 0.5946 0.8724 0.144 0.856
#> SRR2049690 1 0.2043 0.8764 0.968 0.032
#> SRR2049688 1 0.2948 0.8687 0.948 0.052
#> SRR2049687 2 0.7453 0.8688 0.212 0.788
#> SRR2049686 1 0.2603 0.8730 0.956 0.044
#> SRR2049685 2 0.7745 0.8609 0.228 0.772
#> SRR2049684 1 0.2948 0.8687 0.948 0.052
#> SRR2049683 2 0.5629 0.8679 0.132 0.868
#> SRR2049682 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049680 1 0.3114 0.8660 0.944 0.056
#> SRR2049681 1 0.7299 0.7904 0.796 0.204
#> SRR2049678 2 0.9608 0.6542 0.384 0.616
#> SRR2049679 2 0.7453 0.8688 0.212 0.788
#> SRR2049676 2 0.9954 0.4785 0.460 0.540
#> SRR2049675 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049677 2 0.7528 0.8674 0.216 0.784
#> SRR2049674 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049672 2 0.0938 0.7864 0.012 0.988
#> SRR2049671 2 0.6712 0.8733 0.176 0.824
#> SRR2049673 1 0.1184 0.8794 0.984 0.016
#> SRR2049670 2 0.5946 0.8724 0.144 0.856
#> SRR2049668 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049669 1 0.9661 0.0952 0.608 0.392
#> SRR2049667 1 0.2423 0.8742 0.960 0.040
#> SRR2049666 1 0.1843 0.8794 0.972 0.028
#> SRR2049665 1 0.7453 0.7841 0.788 0.212
#> SRR2049664 1 0.1843 0.8773 0.972 0.028
#> SRR2049661 1 0.3431 0.8666 0.936 0.064
#> SRR2049663 1 0.0376 0.8801 0.996 0.004
#> SRR2049660 1 0.7453 0.7841 0.788 0.212
#> SRR2049662 1 0.6531 0.8147 0.832 0.168
#> SRR2049659 2 0.8443 0.8253 0.272 0.728
#> SRR2049657 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049658 1 0.0672 0.8800 0.992 0.008
#> SRR2049655 1 0.7745 0.7700 0.772 0.228
#> SRR2049656 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049654 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049652 1 0.4815 0.8497 0.896 0.104
#> SRR2049653 2 0.9044 0.7685 0.320 0.680
#> SRR2049649 1 0.2423 0.8741 0.960 0.040
#> SRR2049650 1 0.3879 0.8623 0.924 0.076
#> SRR2049651 1 0.2948 0.8687 0.948 0.052
#> SRR2049647 1 0.2603 0.8727 0.956 0.044
#> SRR2049648 1 0.7453 0.7841 0.788 0.212
#> SRR2049646 1 0.3114 0.8660 0.944 0.056
#> SRR2049644 1 0.2948 0.8687 0.948 0.052
#> SRR2049645 1 0.2948 0.8707 0.948 0.052
#> SRR2049643 1 0.7376 0.7874 0.792 0.208
#> SRR2049641 1 0.0000 0.8800 1.000 0.000
#> SRR2049639 1 0.7674 0.7737 0.776 0.224
#> SRR2049638 1 0.7376 0.7874 0.792 0.208
#> SRR2049640 1 0.7453 0.7841 0.788 0.212
#> SRR2049636 2 0.3733 0.8344 0.072 0.928
#> SRR2049635 1 0.2236 0.8750 0.964 0.036
#> SRR2049637 1 0.3274 0.8631 0.940 0.060
#> SRR2049634 1 0.1184 0.8793 0.984 0.016
#> SRR2049633 1 0.2948 0.8687 0.948 0.052
#> SRR2049632 1 0.4431 0.8553 0.908 0.092
#> SRR2049631 2 0.7376 0.8697 0.208 0.792
#> SRR2049630 1 0.2948 0.8687 0.948 0.052
#> SRR2049628 1 0.7453 0.7841 0.788 0.212
#> SRR2049629 1 0.7815 0.7663 0.768 0.232
#> SRR2049627 1 0.7602 0.7773 0.780 0.220
#> SRR2049626 1 0.1633 0.8781 0.976 0.024
#> SRR2049625 1 0.2778 0.8710 0.952 0.048
#> SRR2049624 1 0.1843 0.8768 0.972 0.028
#> SRR2049623 1 0.1184 0.8805 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2049587 3 0.7223 0.223 0.424 0.028 0.548
#> SRR2049621 2 0.8144 0.419 0.084 0.572 0.344
#> SRR2049622 1 0.2918 0.888 0.924 0.032 0.044
#> SRR2049620 1 0.1878 0.908 0.952 0.044 0.004
#> SRR2049619 1 0.0237 0.914 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049618 1 0.1031 0.908 0.976 0.024 0.000
#> SRR2049617 2 0.2496 0.874 0.068 0.928 0.004
#> SRR2049616 1 0.2703 0.901 0.928 0.056 0.016
#> SRR2049615 3 0.0747 0.891 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049614 3 0.2356 0.868 0.000 0.072 0.928
#> SRR2049613 3 0.1964 0.876 0.000 0.056 0.944
#> SRR2049612 1 0.0237 0.914 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049611 3 0.0661 0.892 0.004 0.008 0.988
#> SRR2049610 1 0.4883 0.767 0.788 0.208 0.004
#> SRR2049609 1 0.1399 0.912 0.968 0.028 0.004
#> SRR2049608 3 0.5505 0.774 0.096 0.088 0.816
#> SRR2049607 1 0.1525 0.911 0.964 0.032 0.004
#> SRR2049606 1 0.2496 0.898 0.928 0.068 0.004
#> SRR2049605 1 0.0829 0.911 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049604 1 0.1525 0.904 0.964 0.032 0.004
#> SRR2049603 1 0.7962 0.160 0.512 0.060 0.428
#> SRR2049602 1 0.2955 0.890 0.912 0.080 0.008
#> SRR2049601 1 0.3083 0.896 0.916 0.060 0.024
#> SRR2049600 1 0.2384 0.903 0.936 0.056 0.008
#> SRR2049599 3 0.5406 0.689 0.200 0.020 0.780
#> SRR2049598 3 0.6937 0.300 0.404 0.020 0.576
#> SRR2049597 1 0.1399 0.912 0.968 0.028 0.004
#> SRR2049596 1 0.2096 0.905 0.944 0.052 0.004
#> SRR2049595 1 0.0000 0.914 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049594 3 0.0475 0.893 0.004 0.004 0.992
#> SRR2049593 1 0.2301 0.902 0.936 0.060 0.004
#> SRR2049592 1 0.1267 0.913 0.972 0.024 0.004
#> SRR2049591 1 0.0237 0.914 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049590 1 0.0237 0.914 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049589 1 0.1267 0.913 0.972 0.024 0.004
#> SRR2049588 1 0.0661 0.914 0.988 0.008 0.004
#> SRR2049586 1 0.1877 0.901 0.956 0.032 0.012
#> SRR2049585 1 0.0237 0.914 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049584 1 0.0237 0.914 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049583 1 0.1919 0.912 0.956 0.020 0.024
#> SRR2049789 3 0.5098 0.647 0.000 0.248 0.752
#> SRR2049788 1 0.2860 0.891 0.912 0.084 0.004
#> SRR2049787 3 0.1163 0.889 0.000 0.028 0.972
#> SRR2049786 3 0.0892 0.890 0.000 0.020 0.980
#> SRR2049785 3 0.2448 0.863 0.000 0.076 0.924
#> SRR2049784 1 0.7268 0.149 0.524 0.028 0.448
#> SRR2049783 3 0.1999 0.878 0.012 0.036 0.952
#> SRR2049782 2 0.1832 0.892 0.036 0.956 0.008
#> SRR2049781 3 0.6936 0.663 0.064 0.232 0.704
#> SRR2049780 1 0.3769 0.871 0.880 0.104 0.016
#> SRR2049779 1 0.4371 0.831 0.860 0.032 0.108
#> SRR2049778 3 0.1015 0.891 0.008 0.012 0.980
#> SRR2049777 1 0.1525 0.904 0.964 0.032 0.004
#> SRR2049776 1 0.0592 0.914 0.988 0.000 0.012
#> SRR2049775 1 0.4068 0.857 0.864 0.120 0.016
#> SRR2049774 1 0.1751 0.903 0.960 0.028 0.012
#> SRR2049773 1 0.7487 0.243 0.552 0.040 0.408
#> SRR2049772 1 0.1905 0.902 0.956 0.028 0.016
#> SRR2049771 3 0.0747 0.891 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049770 3 0.0661 0.892 0.004 0.008 0.988
#> SRR2049769 2 0.3120 0.882 0.080 0.908 0.012
#> SRR2049768 2 0.2680 0.873 0.068 0.924 0.008
#> SRR2049767 1 0.1905 0.903 0.956 0.028 0.016
#> SRR2049766 1 0.6047 0.532 0.680 0.008 0.312
#> SRR2049765 3 0.1411 0.885 0.000 0.036 0.964
#> SRR2049764 3 0.0747 0.891 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049763 2 0.1905 0.880 0.028 0.956 0.016
#> SRR2049762 2 0.1832 0.876 0.008 0.956 0.036
#> SRR2049761 2 0.2152 0.878 0.016 0.948 0.036
#> SRR2049760 3 0.4146 0.820 0.080 0.044 0.876
#> SRR2049759 1 0.3030 0.885 0.904 0.092 0.004
#> SRR2049758 1 0.2998 0.894 0.916 0.068 0.016
#> SRR2049756 1 0.2703 0.901 0.928 0.056 0.016
#> SRR2049755 1 0.7971 0.515 0.624 0.096 0.280
#> SRR2049757 1 0.2116 0.898 0.948 0.040 0.012
#> SRR2049754 1 0.1267 0.913 0.972 0.024 0.004
#> SRR2049752 3 0.2959 0.820 0.100 0.000 0.900
#> SRR2049751 1 0.2301 0.890 0.936 0.060 0.004
#> SRR2049749 2 0.3234 0.883 0.072 0.908 0.020
#> SRR2049753 1 0.2590 0.896 0.924 0.072 0.004
#> SRR2049750 3 0.0592 0.891 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049748 3 0.0661 0.892 0.004 0.008 0.988
#> SRR2049744 1 0.1999 0.910 0.952 0.036 0.012
#> SRR2049743 3 0.1860 0.876 0.000 0.052 0.948
#> SRR2049745 1 0.1491 0.914 0.968 0.016 0.016
#> SRR2049747 1 0.1170 0.915 0.976 0.016 0.008
#> SRR2049742 1 0.1877 0.901 0.956 0.032 0.012
#> SRR2049741 1 0.1399 0.905 0.968 0.028 0.004
#> SRR2049738 2 0.1989 0.880 0.048 0.948 0.004
#> SRR2049737 3 0.0475 0.893 0.004 0.004 0.992
#> SRR2049739 3 0.4087 0.833 0.052 0.068 0.880
#> SRR2049740 1 0.0848 0.914 0.984 0.008 0.008
#> SRR2049736 1 0.7223 0.239 0.548 0.028 0.424
#> SRR2049735 1 0.5178 0.633 0.744 0.256 0.000
#> SRR2049732 1 0.8211 0.208 0.520 0.076 0.404
#> SRR2049730 3 0.1031 0.889 0.000 0.024 0.976
#> SRR2049734 1 0.1832 0.900 0.956 0.036 0.008
#> SRR2049733 3 0.0829 0.892 0.004 0.012 0.984
#> SRR2049731 1 0.1129 0.908 0.976 0.020 0.004
#> SRR2049729 3 0.4092 0.832 0.036 0.088 0.876
#> SRR2049727 1 0.2496 0.898 0.928 0.068 0.004
#> SRR2049728 1 0.1525 0.911 0.964 0.032 0.004
#> SRR2049725 3 0.0592 0.892 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049726 1 0.6379 0.479 0.624 0.368 0.008
#> SRR2049724 1 0.0829 0.915 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049723 1 0.1399 0.912 0.968 0.028 0.004
#> SRR2049720 3 0.1170 0.888 0.016 0.008 0.976
#> SRR2049719 1 0.1267 0.907 0.972 0.024 0.004
#> SRR2049722 1 0.1765 0.909 0.956 0.040 0.004
#> SRR2049721 1 0.0000 0.914 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049716 3 0.6420 0.548 0.288 0.024 0.688
#> SRR2049718 3 0.0592 0.892 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049717 1 0.1399 0.905 0.968 0.028 0.004
#> SRR2049715 2 0.1989 0.872 0.004 0.948 0.048
#> SRR2049714 3 0.5517 0.606 0.004 0.268 0.728
#> SRR2049713 1 0.1315 0.908 0.972 0.020 0.008
#> SRR2049712 1 0.0747 0.911 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049711 2 0.2796 0.846 0.000 0.908 0.092
#> SRR2049710 1 0.0424 0.913 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049709 1 0.1878 0.908 0.952 0.044 0.004
#> SRR2049707 1 0.1399 0.905 0.968 0.028 0.004
#> SRR2049708 1 0.0661 0.915 0.988 0.004 0.008
#> SRR2049706 1 0.1129 0.908 0.976 0.020 0.004
#> SRR2049705 1 0.0848 0.912 0.984 0.008 0.008
#> SRR2049704 1 0.1267 0.907 0.972 0.024 0.004
#> SRR2049702 2 0.4033 0.855 0.136 0.856 0.008
#> SRR2049703 1 0.0747 0.911 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049700 1 0.4979 0.779 0.812 0.020 0.168
#> SRR2049701 1 0.2636 0.904 0.932 0.048 0.020
#> SRR2049699 1 0.1585 0.904 0.964 0.028 0.008
#> SRR2049697 2 0.4755 0.806 0.184 0.808 0.008
#> SRR2049698 3 0.0475 0.893 0.004 0.004 0.992
#> SRR2049696 3 0.0661 0.892 0.008 0.004 0.988
#> SRR2049694 3 0.1636 0.883 0.020 0.016 0.964
#> SRR2049693 1 0.0237 0.914 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049695 2 0.2636 0.883 0.048 0.932 0.020
#> SRR2049691 3 0.0661 0.892 0.008 0.004 0.988
#> SRR2049692 3 0.0661 0.892 0.004 0.008 0.988
#> SRR2049689 2 0.2339 0.891 0.048 0.940 0.012
#> SRR2049690 1 0.0000 0.914 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049688 1 0.0747 0.915 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049687 2 0.2356 0.891 0.072 0.928 0.000
#> SRR2049686 1 0.3434 0.883 0.904 0.032 0.064
#> SRR2049685 2 0.5929 0.614 0.320 0.676 0.004
#> SRR2049684 1 0.0237 0.914 0.996 0.004 0.000
#> SRR2049683 2 0.2031 0.882 0.032 0.952 0.016
#> SRR2049682 1 0.0000 0.914 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049680 1 0.1525 0.904 0.964 0.032 0.004
#> SRR2049681 3 0.0829 0.892 0.004 0.012 0.984
#> SRR2049678 2 0.3349 0.880 0.108 0.888 0.004
#> SRR2049679 2 0.3116 0.887 0.108 0.892 0.000
#> SRR2049676 1 0.3272 0.880 0.892 0.104 0.004
#> SRR2049675 1 0.2496 0.898 0.928 0.068 0.004
#> SRR2049677 2 0.3983 0.852 0.144 0.852 0.004
#> SRR2049674 1 0.0000 0.914 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049672 2 0.3116 0.834 0.000 0.892 0.108
#> SRR2049671 2 0.3375 0.874 0.100 0.892 0.008
#> SRR2049673 1 0.2400 0.900 0.932 0.064 0.004
#> SRR2049670 2 0.2229 0.889 0.044 0.944 0.012
#> SRR2049668 1 0.2772 0.892 0.916 0.080 0.004
#> SRR2049669 1 0.0747 0.915 0.984 0.016 0.000
#> SRR2049667 1 0.5831 0.783 0.796 0.076 0.128
#> SRR2049666 1 0.2031 0.900 0.952 0.032 0.016
#> SRR2049665 3 0.0592 0.891 0.000 0.012 0.988
#> SRR2049664 1 0.1525 0.911 0.964 0.032 0.004
#> SRR2049661 3 0.5631 0.746 0.132 0.064 0.804
#> SRR2049663 1 0.2200 0.904 0.940 0.056 0.004
#> SRR2049660 3 0.0661 0.892 0.004 0.008 0.988
#> SRR2049662 3 0.1999 0.876 0.036 0.012 0.952
#> SRR2049659 1 0.6421 0.181 0.572 0.424 0.004
#> SRR2049657 1 0.2301 0.902 0.936 0.060 0.004
#> SRR2049658 1 0.0848 0.912 0.984 0.008 0.008
#> SRR2049655 3 0.0892 0.891 0.000 0.020 0.980
#> SRR2049656 1 0.1647 0.911 0.960 0.036 0.004
#> SRR2049654 1 0.1399 0.905 0.968 0.028 0.004
#> SRR2049652 3 0.4473 0.749 0.164 0.008 0.828
#> SRR2049653 1 0.4842 0.678 0.776 0.224 0.000
#> SRR2049649 1 0.0237 0.914 0.996 0.000 0.004
#> SRR2049650 3 0.6191 0.723 0.140 0.084 0.776
#> SRR2049651 1 0.2400 0.900 0.932 0.064 0.004
#> SRR2049647 1 0.0829 0.911 0.984 0.012 0.004
#> SRR2049648 3 0.0424 0.892 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049646 1 0.1999 0.899 0.952 0.036 0.012
#> SRR2049644 1 0.1878 0.908 0.952 0.044 0.004
#> SRR2049645 1 0.4555 0.735 0.800 0.000 0.200
#> SRR2049643 3 0.0661 0.892 0.004 0.008 0.988
#> SRR2049641 1 0.0000 0.914 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049639 3 0.1163 0.890 0.000 0.028 0.972
#> SRR2049638 3 0.3502 0.845 0.020 0.084 0.896
#> SRR2049640 3 0.0661 0.893 0.004 0.008 0.988
#> SRR2049636 2 0.2031 0.880 0.016 0.952 0.032
#> SRR2049635 1 0.6490 0.632 0.708 0.036 0.256
#> SRR2049637 1 0.0424 0.914 0.992 0.008 0.000
#> SRR2049634 1 0.1399 0.912 0.968 0.028 0.004
#> SRR2049633 1 0.2496 0.898 0.928 0.068 0.004
#> SRR2049632 3 0.8425 0.373 0.348 0.100 0.552
#> SRR2049631 2 0.3965 0.858 0.132 0.860 0.008
#> SRR2049630 1 0.0892 0.914 0.980 0.020 0.000
#> SRR2049628 3 0.0424 0.892 0.000 0.008 0.992
#> SRR2049629 3 0.0747 0.891 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049627 3 0.0747 0.891 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049626 1 0.1525 0.911 0.964 0.032 0.004
#> SRR2049625 1 0.1399 0.905 0.968 0.028 0.004
#> SRR2049624 1 0.3530 0.886 0.900 0.068 0.032
#> SRR2049623 1 0.1399 0.905 0.968 0.028 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2049587 1 0.6160 0.3346 0.616 0.060 0.320 0.004
#> SRR2049621 4 0.8357 0.4570 0.248 0.036 0.236 0.480
#> SRR2049622 1 0.3798 0.6576 0.860 0.072 0.060 0.008
#> SRR2049620 1 0.5220 0.3436 0.568 0.424 0.000 0.008
#> SRR2049619 1 0.2760 0.7618 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR2049618 1 0.2345 0.7646 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.4804 0.7064 0.072 0.780 0.000 0.148
#> SRR2049616 2 0.2888 0.7917 0.124 0.872 0.000 0.004
#> SRR2049615 3 0.3390 0.8298 0.000 0.132 0.852 0.016
#> SRR2049614 3 0.4567 0.7391 0.000 0.244 0.740 0.016
#> SRR2049613 3 0.4453 0.7412 0.000 0.244 0.744 0.012
#> SRR2049612 1 0.3074 0.7566 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR2049611 3 0.0469 0.8868 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2049610 2 0.4017 0.7899 0.128 0.828 0.000 0.044
#> SRR2049609 1 0.4072 0.6899 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR2049608 2 0.3313 0.7227 0.028 0.880 0.084 0.008
#> SRR2049607 1 0.4567 0.6548 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR2049606 2 0.4770 0.6347 0.288 0.700 0.000 0.012
#> SRR2049605 1 0.1042 0.7590 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR2049604 1 0.2310 0.7088 0.920 0.068 0.004 0.008
#> SRR2049603 2 0.4378 0.7659 0.164 0.796 0.040 0.000
#> SRR2049602 2 0.2466 0.7916 0.096 0.900 0.000 0.004
#> SRR2049601 2 0.5004 0.3413 0.392 0.604 0.000 0.004
#> SRR2049600 2 0.3801 0.7263 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR2049599 3 0.4992 0.6698 0.132 0.096 0.772 0.000
#> SRR2049598 1 0.6529 0.0700 0.512 0.064 0.420 0.004
#> SRR2049597 1 0.4647 0.6399 0.704 0.288 0.000 0.008
#> SRR2049596 1 0.4964 0.4951 0.616 0.380 0.000 0.004
#> SRR2049595 1 0.3591 0.7492 0.824 0.168 0.000 0.008
#> SRR2049594 3 0.0000 0.8875 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2049593 1 0.4948 0.3217 0.560 0.440 0.000 0.000
#> SRR2049592 1 0.3837 0.7163 0.776 0.224 0.000 0.000
#> SRR2049591 1 0.3356 0.7481 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR2049590 1 0.2281 0.7650 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR2049589 1 0.3907 0.7144 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR2049588 1 0.3569 0.7369 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR2049586 1 0.2456 0.7053 0.916 0.068 0.008 0.008
#> SRR2049585 1 0.2921 0.7592 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR2049584 1 0.1637 0.7639 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR2049583 1 0.3610 0.7338 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR2049789 3 0.5279 0.6737 0.000 0.052 0.716 0.232
#> SRR2049788 2 0.5696 0.7076 0.232 0.692 0.000 0.076
#> SRR2049787 3 0.3256 0.8378 0.044 0.068 0.884 0.004
#> SRR2049786 3 0.0188 0.8874 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049785 3 0.5452 0.7164 0.000 0.108 0.736 0.156
#> SRR2049784 1 0.5552 0.4787 0.700 0.052 0.244 0.004
#> SRR2049783 3 0.5079 0.7207 0.156 0.072 0.768 0.004
#> SRR2049782 4 0.1114 0.8672 0.008 0.016 0.004 0.972
#> SRR2049781 2 0.6684 0.4773 0.012 0.652 0.140 0.196
#> SRR2049780 2 0.3640 0.7688 0.060 0.876 0.028 0.036
#> SRR2049779 1 0.4664 0.6593 0.824 0.060 0.084 0.032
#> SRR2049778 3 0.1396 0.8837 0.004 0.032 0.960 0.004
#> SRR2049777 1 0.2380 0.7082 0.920 0.064 0.008 0.008
#> SRR2049776 1 0.2081 0.7636 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2049775 2 0.6009 0.7119 0.120 0.716 0.012 0.152
#> SRR2049774 1 0.2302 0.7107 0.924 0.060 0.008 0.008
#> SRR2049773 1 0.6077 0.4902 0.708 0.064 0.200 0.028
#> SRR2049772 1 0.2631 0.7025 0.912 0.064 0.016 0.008
#> SRR2049771 3 0.1109 0.8840 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR2049770 3 0.0895 0.8854 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR2049769 4 0.1443 0.8707 0.028 0.004 0.008 0.960
#> SRR2049768 2 0.4586 0.7122 0.068 0.796 0.000 0.136
#> SRR2049767 1 0.1398 0.7302 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR2049766 1 0.6844 0.4348 0.588 0.152 0.260 0.000
#> SRR2049765 3 0.3443 0.8234 0.000 0.136 0.848 0.016
#> SRR2049764 3 0.0524 0.8872 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2049763 4 0.2651 0.8305 0.004 0.096 0.004 0.896
#> SRR2049762 4 0.1940 0.8447 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR2049761 4 0.4472 0.7154 0.000 0.220 0.020 0.760
#> SRR2049760 3 0.5411 0.5526 0.032 0.312 0.656 0.000
#> SRR2049759 2 0.5128 0.7710 0.148 0.760 0.000 0.092
#> SRR2049758 2 0.3157 0.7847 0.144 0.852 0.000 0.004
#> SRR2049756 2 0.4804 0.3923 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR2049755 2 0.3167 0.7631 0.048 0.896 0.040 0.016
#> SRR2049757 1 0.2781 0.6963 0.904 0.072 0.016 0.008
#> SRR2049754 1 0.4123 0.7150 0.772 0.220 0.000 0.008
#> SRR2049752 3 0.2623 0.8515 0.064 0.028 0.908 0.000
#> SRR2049751 1 0.2499 0.7166 0.920 0.044 0.004 0.032
#> SRR2049749 4 0.1911 0.8668 0.020 0.004 0.032 0.944
#> SRR2049753 2 0.5093 0.5004 0.348 0.640 0.000 0.012
#> SRR2049750 3 0.0336 0.8871 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2049748 3 0.1545 0.8773 0.008 0.040 0.952 0.000
#> SRR2049744 1 0.4866 0.4212 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR2049743 3 0.4282 0.8038 0.000 0.124 0.816 0.060
#> SRR2049745 1 0.3486 0.7417 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR2049747 1 0.3444 0.7450 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR2049742 1 0.2380 0.7080 0.920 0.064 0.008 0.008
#> SRR2049741 1 0.1762 0.7236 0.944 0.048 0.004 0.004
#> SRR2049738 4 0.1677 0.8582 0.012 0.040 0.000 0.948
#> SRR2049737 3 0.1396 0.8814 0.004 0.032 0.960 0.004
#> SRR2049739 2 0.6179 0.2894 0.028 0.612 0.336 0.024
#> SRR2049740 1 0.2011 0.7656 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR2049736 1 0.8383 -0.2469 0.340 0.336 0.308 0.016
#> SRR2049735 1 0.6247 0.2538 0.516 0.056 0.000 0.428
#> SRR2049732 2 0.3257 0.7794 0.068 0.888 0.032 0.012
#> SRR2049730 3 0.3810 0.7880 0.000 0.188 0.804 0.008
#> SRR2049734 1 0.2586 0.7026 0.912 0.068 0.012 0.008
#> SRR2049733 3 0.1256 0.8827 0.008 0.028 0.964 0.000
#> SRR2049731 1 0.2081 0.7654 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2049729 3 0.5576 0.2383 0.004 0.488 0.496 0.012
#> SRR2049727 2 0.4222 0.6597 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR2049728 1 0.4837 0.5479 0.648 0.348 0.000 0.004
#> SRR2049725 3 0.0188 0.8874 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049726 2 0.4966 0.7002 0.076 0.768 0.000 0.156
#> SRR2049724 1 0.3649 0.7318 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR2049723 1 0.4313 0.6789 0.736 0.260 0.000 0.004
#> SRR2049720 3 0.0967 0.8870 0.004 0.016 0.976 0.004
#> SRR2049719 1 0.0921 0.7591 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.4855 0.5485 0.644 0.352 0.000 0.004
#> SRR2049721 1 0.3219 0.7534 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR2049716 3 0.6346 0.4130 0.244 0.116 0.640 0.000
#> SRR2049718 3 0.0188 0.8874 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049717 1 0.1109 0.7366 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR2049715 4 0.0804 0.8660 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR2049714 3 0.6305 0.6491 0.184 0.076 0.704 0.036
#> SRR2049713 1 0.0592 0.7540 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049712 1 0.1452 0.7621 0.956 0.036 0.000 0.008
#> SRR2049711 4 0.0817 0.8628 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR2049710 1 0.3907 0.7544 0.828 0.140 0.000 0.032
#> SRR2049709 1 0.4981 0.2287 0.536 0.464 0.000 0.000
#> SRR2049707 1 0.1356 0.7453 0.960 0.032 0.000 0.008
#> SRR2049708 1 0.2973 0.7597 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR2049706 1 0.0469 0.7547 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049705 1 0.0921 0.7599 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2049704 1 0.0592 0.7560 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.4426 0.7627 0.204 0.024 0.000 0.772
#> SRR2049703 1 0.2675 0.7643 0.892 0.100 0.000 0.008
#> SRR2049700 1 0.6290 0.5750 0.644 0.272 0.076 0.008
#> SRR2049701 1 0.4950 0.4981 0.620 0.376 0.000 0.004
#> SRR2049699 1 0.1004 0.7415 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR2049697 4 0.5660 0.4783 0.396 0.028 0.000 0.576
#> SRR2049698 3 0.0336 0.8869 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2049696 3 0.0967 0.8870 0.004 0.016 0.976 0.004
#> SRR2049694 3 0.3349 0.8351 0.064 0.052 0.880 0.004
#> SRR2049693 1 0.3681 0.7453 0.816 0.176 0.000 0.008
#> SRR2049695 4 0.1004 0.8682 0.024 0.004 0.000 0.972
#> SRR2049691 3 0.1296 0.8847 0.004 0.028 0.964 0.004
#> SRR2049692 3 0.0859 0.8877 0.004 0.008 0.980 0.008
#> SRR2049689 4 0.0469 0.8684 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049690 1 0.2944 0.7618 0.868 0.128 0.000 0.004
#> SRR2049688 1 0.3831 0.7311 0.792 0.204 0.000 0.004
#> SRR2049687 4 0.1151 0.8661 0.008 0.024 0.000 0.968
#> SRR2049686 1 0.5112 0.5921 0.668 0.316 0.012 0.004
#> SRR2049685 4 0.4456 0.6499 0.280 0.004 0.000 0.716
#> SRR2049684 1 0.3852 0.7357 0.800 0.192 0.000 0.008
#> SRR2049683 4 0.1492 0.8638 0.004 0.036 0.004 0.956
#> SRR2049682 1 0.3591 0.7487 0.824 0.168 0.000 0.008
#> SRR2049680 1 0.1890 0.7188 0.936 0.056 0.000 0.008
#> SRR2049681 3 0.2115 0.8735 0.024 0.036 0.936 0.004
#> SRR2049678 4 0.3540 0.8177 0.064 0.048 0.012 0.876
#> SRR2049679 4 0.1305 0.8689 0.036 0.004 0.000 0.960
#> SRR2049676 2 0.2988 0.7944 0.112 0.876 0.000 0.012
#> SRR2049675 2 0.4304 0.6415 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR2049677 4 0.4574 0.7454 0.220 0.024 0.000 0.756
#> SRR2049674 1 0.3498 0.7521 0.832 0.160 0.000 0.008
#> SRR2049672 4 0.0592 0.8651 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR2049671 4 0.3862 0.8034 0.152 0.024 0.000 0.824
#> SRR2049673 2 0.4485 0.6957 0.248 0.740 0.000 0.012
#> SRR2049670 4 0.0469 0.8684 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2049668 2 0.2530 0.7932 0.100 0.896 0.000 0.004
#> SRR2049669 1 0.4891 0.6072 0.680 0.308 0.000 0.012
#> SRR2049667 2 0.2805 0.7936 0.100 0.888 0.000 0.012
#> SRR2049666 1 0.2761 0.7036 0.908 0.064 0.016 0.012
#> SRR2049665 3 0.0657 0.8866 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR2049664 1 0.5050 0.4036 0.588 0.408 0.000 0.004
#> SRR2049661 2 0.5692 0.4806 0.036 0.680 0.272 0.012
#> SRR2049663 2 0.3266 0.7712 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR2049660 3 0.1489 0.8768 0.004 0.044 0.952 0.000
#> SRR2049662 3 0.3774 0.8214 0.020 0.128 0.844 0.008
#> SRR2049659 1 0.4553 0.5699 0.780 0.040 0.000 0.180
#> SRR2049657 2 0.4907 0.2633 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR2049658 1 0.1661 0.7577 0.944 0.052 0.000 0.004
#> SRR2049655 3 0.0921 0.8834 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR2049656 1 0.4720 0.5994 0.672 0.324 0.000 0.004
#> SRR2049654 1 0.0592 0.7560 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2049652 3 0.4068 0.7966 0.092 0.064 0.840 0.004
#> SRR2049653 1 0.5334 0.5096 0.680 0.036 0.000 0.284
#> SRR2049649 1 0.3668 0.7409 0.808 0.188 0.000 0.004
#> SRR2049650 2 0.3571 0.7274 0.036 0.868 0.088 0.008
#> SRR2049651 2 0.4343 0.6629 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR2049647 1 0.1209 0.7471 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR2049648 3 0.0188 0.8874 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2049646 1 0.2732 0.6965 0.904 0.076 0.008 0.012
#> SRR2049644 1 0.5408 0.0653 0.500 0.488 0.000 0.012
#> SRR2049645 1 0.5051 0.6944 0.768 0.100 0.132 0.000
#> SRR2049643 3 0.1305 0.8797 0.004 0.036 0.960 0.000
#> SRR2049641 1 0.3498 0.7522 0.832 0.160 0.000 0.008
#> SRR2049639 3 0.3279 0.8553 0.000 0.096 0.872 0.032
#> SRR2049638 2 0.4785 0.4196 0.004 0.720 0.264 0.012
#> SRR2049640 3 0.0592 0.8871 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2049636 4 0.1388 0.8647 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR2049635 1 0.6350 0.5548 0.636 0.252 0.112 0.000
#> SRR2049637 1 0.3498 0.7521 0.832 0.160 0.000 0.008
#> SRR2049634 1 0.4220 0.6916 0.748 0.248 0.000 0.004
#> SRR2049633 2 0.4677 0.5788 0.316 0.680 0.000 0.004
#> SRR2049632 2 0.3565 0.7462 0.032 0.880 0.056 0.032
#> SRR2049631 4 0.4139 0.7857 0.176 0.024 0.000 0.800
#> SRR2049630 1 0.4567 0.6550 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR2049628 3 0.0657 0.8876 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR2049629 3 0.0657 0.8866 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR2049627 3 0.1762 0.8737 0.004 0.048 0.944 0.004
#> SRR2049626 1 0.4792 0.6026 0.680 0.312 0.000 0.008
#> SRR2049625 1 0.0469 0.7492 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2049624 2 0.2988 0.7937 0.112 0.876 0.000 0.012
#> SRR2049623 1 0.1004 0.7553 0.972 0.024 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2049587 3 0.5785 0.0537 0.080 0.004 0.520 0.000 0.396
#> SRR2049621 5 0.7243 0.5684 0.076 0.076 0.168 0.064 0.616
#> SRR2049622 3 0.2834 0.6593 0.060 0.012 0.892 0.004 0.032
#> SRR2049620 3 0.5702 0.4237 0.072 0.404 0.520 0.004 0.000
#> SRR2049619 3 0.2969 0.7345 0.020 0.128 0.852 0.000 0.000
#> SRR2049618 3 0.3326 0.7334 0.024 0.152 0.824 0.000 0.000
#> SRR2049617 2 0.2417 0.5334 0.032 0.912 0.016 0.040 0.000
#> SRR2049616 2 0.6355 0.2719 0.352 0.504 0.136 0.000 0.008
#> SRR2049615 1 0.4973 0.2614 0.592 0.028 0.000 0.004 0.376
#> SRR2049614 1 0.3783 0.5165 0.768 0.012 0.000 0.004 0.216
#> SRR2049613 1 0.3242 0.5132 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2049612 3 0.3872 0.7243 0.060 0.116 0.816 0.008 0.000
#> SRR2049611 5 0.1571 0.7768 0.060 0.004 0.000 0.000 0.936
#> SRR2049610 2 0.5002 0.5254 0.112 0.752 0.104 0.032 0.000
#> SRR2049609 3 0.5243 0.6458 0.084 0.244 0.668 0.000 0.004
#> SRR2049608 1 0.5746 0.2826 0.552 0.372 0.012 0.000 0.064
#> SRR2049607 3 0.5122 0.6113 0.044 0.308 0.640 0.000 0.008
#> SRR2049606 2 0.5406 0.4764 0.100 0.676 0.216 0.004 0.004
#> SRR2049605 3 0.3612 0.7210 0.064 0.100 0.832 0.000 0.004
#> SRR2049604 3 0.2199 0.6732 0.060 0.008 0.916 0.000 0.016
#> SRR2049603 1 0.6526 0.2526 0.536 0.336 0.076 0.000 0.052
#> SRR2049602 1 0.5733 0.2340 0.580 0.324 0.092 0.000 0.004
#> SRR2049601 1 0.6285 0.2244 0.588 0.232 0.168 0.004 0.008
#> SRR2049600 1 0.6385 0.1143 0.524 0.316 0.152 0.000 0.008
#> SRR2049599 1 0.8341 0.3460 0.368 0.140 0.192 0.004 0.296
#> SRR2049598 3 0.4154 0.5965 0.024 0.012 0.788 0.008 0.168
#> SRR2049597 3 0.5281 0.5585 0.044 0.348 0.600 0.000 0.008
#> SRR2049596 3 0.6630 0.3098 0.316 0.188 0.488 0.008 0.000
#> SRR2049595 3 0.3696 0.7135 0.016 0.212 0.772 0.000 0.000
#> SRR2049594 5 0.1928 0.7719 0.072 0.004 0.004 0.000 0.920
#> SRR2049593 3 0.6484 0.3700 0.184 0.312 0.500 0.004 0.000
#> SRR2049592 3 0.4468 0.6966 0.068 0.172 0.756 0.000 0.004
#> SRR2049591 3 0.3966 0.7206 0.072 0.132 0.796 0.000 0.000
#> SRR2049590 3 0.2830 0.7332 0.044 0.080 0.876 0.000 0.000
#> SRR2049589 3 0.4986 0.6780 0.104 0.176 0.716 0.004 0.000
#> SRR2049588 3 0.4270 0.7033 0.048 0.204 0.748 0.000 0.000
#> SRR2049586 3 0.2199 0.6732 0.060 0.008 0.916 0.000 0.016
#> SRR2049585 3 0.3868 0.7275 0.060 0.140 0.800 0.000 0.000
#> SRR2049584 3 0.2679 0.7307 0.048 0.056 0.892 0.004 0.000
#> SRR2049583 3 0.4596 0.7052 0.064 0.148 0.768 0.000 0.020
#> SRR2049789 5 0.5020 0.6902 0.036 0.120 0.000 0.092 0.752
#> SRR2049788 2 0.3622 0.5289 0.040 0.860 0.060 0.024 0.016
#> SRR2049787 5 0.3459 0.7348 0.080 0.000 0.072 0.004 0.844
#> SRR2049786 5 0.1200 0.7858 0.016 0.012 0.000 0.008 0.964
#> SRR2049785 5 0.5571 0.5419 0.044 0.308 0.000 0.028 0.620
#> SRR2049784 5 0.6307 0.2959 0.088 0.024 0.380 0.000 0.508
#> SRR2049783 5 0.5148 0.5952 0.080 0.008 0.220 0.000 0.692
#> SRR2049782 4 0.1991 0.8007 0.000 0.076 0.004 0.916 0.004
#> SRR2049781 2 0.5172 0.3477 0.040 0.728 0.016 0.024 0.192
#> SRR2049780 2 0.1966 0.5351 0.028 0.936 0.016 0.004 0.016
#> SRR2049779 5 0.6657 0.5235 0.068 0.260 0.072 0.008 0.592
#> SRR2049778 5 0.2797 0.7541 0.060 0.060 0.000 0.000 0.880
#> SRR2049777 3 0.4165 0.6433 0.088 0.056 0.820 0.004 0.032
#> SRR2049776 3 0.2795 0.7304 0.028 0.080 0.884 0.000 0.008
#> SRR2049775 2 0.4228 0.4864 0.040 0.832 0.036 0.032 0.060
#> SRR2049774 3 0.2784 0.6657 0.072 0.012 0.888 0.000 0.028
#> SRR2049773 5 0.7045 0.5539 0.100 0.124 0.168 0.008 0.600
#> SRR2049772 3 0.2775 0.6617 0.068 0.008 0.888 0.000 0.036
#> SRR2049771 5 0.1990 0.7822 0.052 0.012 0.004 0.004 0.928
#> SRR2049770 5 0.0727 0.7876 0.012 0.004 0.004 0.000 0.980
#> SRR2049769 4 0.2457 0.8000 0.000 0.076 0.016 0.900 0.008
#> SRR2049768 2 0.2938 0.5258 0.064 0.880 0.008 0.048 0.000
#> SRR2049767 3 0.3393 0.6777 0.072 0.044 0.860 0.000 0.024
#> SRR2049766 3 0.6347 0.6138 0.036 0.216 0.624 0.004 0.120
#> SRR2049765 5 0.4326 0.6898 0.140 0.080 0.000 0.004 0.776
#> SRR2049764 5 0.2270 0.7754 0.072 0.016 0.000 0.004 0.908
#> SRR2049763 4 0.4153 0.7012 0.048 0.160 0.000 0.784 0.008
#> SRR2049762 4 0.2230 0.7822 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR2049761 4 0.5269 0.5793 0.240 0.088 0.000 0.668 0.004
#> SRR2049760 1 0.7089 0.4399 0.428 0.272 0.016 0.000 0.284
#> SRR2049759 2 0.1989 0.5475 0.016 0.932 0.032 0.020 0.000
#> SRR2049758 2 0.6310 0.1136 0.412 0.460 0.120 0.000 0.008
#> SRR2049756 1 0.6678 0.0472 0.496 0.276 0.220 0.000 0.008
#> SRR2049755 2 0.3930 0.4530 0.200 0.776 0.008 0.004 0.012
#> SRR2049757 3 0.2582 0.6694 0.060 0.008 0.904 0.008 0.020
#> SRR2049754 3 0.4929 0.6300 0.032 0.312 0.648 0.008 0.000
#> SRR2049752 5 0.4828 0.5135 0.036 0.016 0.244 0.000 0.704
#> SRR2049751 3 0.3425 0.6932 0.064 0.024 0.864 0.044 0.004
#> SRR2049749 4 0.9021 0.1312 0.056 0.268 0.092 0.308 0.276
#> SRR2049753 2 0.5216 0.4939 0.092 0.692 0.208 0.008 0.000
#> SRR2049750 5 0.1410 0.7776 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2049748 5 0.1106 0.7870 0.012 0.000 0.024 0.000 0.964
#> SRR2049744 3 0.6462 0.4635 0.160 0.280 0.548 0.004 0.008
#> SRR2049743 5 0.4339 0.6837 0.040 0.196 0.000 0.008 0.756
#> SRR2049745 3 0.3725 0.7247 0.036 0.140 0.816 0.000 0.008
#> SRR2049747 3 0.3563 0.7268 0.028 0.140 0.824 0.000 0.008
#> SRR2049742 3 0.2476 0.6695 0.064 0.012 0.904 0.000 0.020
#> SRR2049741 3 0.2378 0.6804 0.064 0.016 0.908 0.000 0.012
#> SRR2049738 2 0.4645 0.2510 0.012 0.672 0.016 0.300 0.000
#> SRR2049737 5 0.1787 0.7846 0.032 0.012 0.016 0.000 0.940
#> SRR2049739 2 0.3850 0.3792 0.032 0.792 0.000 0.004 0.172
#> SRR2049740 3 0.2779 0.7220 0.056 0.032 0.896 0.008 0.008
#> SRR2049736 2 0.6948 0.0693 0.036 0.448 0.116 0.004 0.396
#> SRR2049735 2 0.5828 0.4148 0.048 0.660 0.224 0.068 0.000
#> SRR2049732 2 0.5637 0.3451 0.312 0.612 0.052 0.000 0.024
#> SRR2049730 5 0.5498 -0.0493 0.440 0.064 0.000 0.000 0.496
#> SRR2049734 3 0.2538 0.6702 0.064 0.012 0.904 0.004 0.016
#> SRR2049733 5 0.2868 0.7622 0.072 0.012 0.032 0.000 0.884
#> SRR2049731 3 0.2513 0.7251 0.048 0.040 0.904 0.008 0.000
#> SRR2049729 1 0.4407 0.5467 0.760 0.064 0.004 0.000 0.172
#> SRR2049727 2 0.6724 0.2864 0.280 0.464 0.252 0.000 0.004
#> SRR2049728 3 0.5555 0.5743 0.072 0.312 0.608 0.000 0.008
#> SRR2049725 5 0.1341 0.7789 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR2049726 2 0.2542 0.5239 0.032 0.912 0.016 0.032 0.008
#> SRR2049724 3 0.4214 0.7101 0.064 0.152 0.780 0.000 0.004
#> SRR2049723 3 0.5275 0.6173 0.068 0.288 0.640 0.000 0.004
#> SRR2049720 5 0.1753 0.7797 0.032 0.032 0.000 0.000 0.936
#> SRR2049719 3 0.1704 0.7284 0.004 0.068 0.928 0.000 0.000
#> SRR2049722 3 0.6295 0.5008 0.228 0.188 0.576 0.004 0.004
#> SRR2049721 3 0.4254 0.7009 0.040 0.220 0.740 0.000 0.000
#> SRR2049716 3 0.7661 0.3319 0.132 0.148 0.496 0.000 0.224
#> SRR2049718 5 0.1638 0.7784 0.064 0.000 0.004 0.000 0.932
#> SRR2049717 3 0.1605 0.6927 0.040 0.012 0.944 0.004 0.000
#> SRR2049715 4 0.2228 0.7950 0.004 0.092 0.000 0.900 0.004
#> SRR2049714 5 0.6929 0.4212 0.056 0.012 0.280 0.092 0.560
#> SRR2049713 3 0.3449 0.7190 0.064 0.088 0.844 0.000 0.004
#> SRR2049712 3 0.4793 0.6591 0.056 0.236 0.704 0.004 0.000
#> SRR2049711 4 0.0510 0.8095 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2049710 3 0.4804 0.6075 0.000 0.328 0.636 0.036 0.000
#> SRR2049709 3 0.6541 0.3297 0.188 0.324 0.484 0.000 0.004
#> SRR2049707 3 0.1978 0.7207 0.044 0.024 0.928 0.004 0.000
#> SRR2049708 3 0.3380 0.7305 0.028 0.124 0.840 0.000 0.008
#> SRR2049706 3 0.0794 0.7242 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2049705 3 0.1731 0.7317 0.004 0.060 0.932 0.000 0.004
#> SRR2049704 3 0.2233 0.7310 0.016 0.080 0.904 0.000 0.000
#> SRR2049702 4 0.3266 0.7103 0.000 0.004 0.200 0.796 0.000
#> SRR2049703 3 0.3906 0.6876 0.016 0.240 0.744 0.000 0.000
#> SRR2049700 3 0.5428 0.4531 0.004 0.400 0.544 0.000 0.052
#> SRR2049701 3 0.7117 0.1853 0.352 0.176 0.444 0.004 0.024
#> SRR2049699 3 0.5971 0.6066 0.088 0.120 0.688 0.000 0.104
#> SRR2049697 3 0.4695 -0.1337 0.004 0.008 0.524 0.464 0.000
#> SRR2049698 5 0.1924 0.7758 0.064 0.004 0.008 0.000 0.924
#> SRR2049696 5 0.3085 0.7285 0.116 0.032 0.000 0.000 0.852
#> SRR2049694 5 0.4140 0.6984 0.064 0.012 0.124 0.000 0.800
#> SRR2049693 3 0.4323 0.6224 0.012 0.332 0.656 0.000 0.000
#> SRR2049695 4 0.0324 0.8110 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2049691 5 0.3359 0.7195 0.108 0.052 0.000 0.000 0.840
#> SRR2049692 5 0.3327 0.7307 0.028 0.144 0.000 0.000 0.828
#> SRR2049689 4 0.0162 0.8118 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049690 3 0.2561 0.7325 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR2049688 3 0.4442 0.6656 0.028 0.284 0.688 0.000 0.000
#> SRR2049687 4 0.0865 0.8130 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000
#> SRR2049686 3 0.5698 0.5877 0.052 0.308 0.612 0.000 0.028
#> SRR2049685 4 0.5598 0.3105 0.000 0.080 0.376 0.544 0.000
#> SRR2049684 3 0.4438 0.5626 0.004 0.384 0.608 0.004 0.000
#> SRR2049683 4 0.1282 0.8069 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR2049682 3 0.3863 0.6950 0.012 0.248 0.740 0.000 0.000
#> SRR2049680 3 0.2868 0.6748 0.072 0.032 0.884 0.000 0.012
#> SRR2049681 5 0.3566 0.7470 0.080 0.020 0.052 0.000 0.848
#> SRR2049678 2 0.5942 0.4051 0.048 0.720 0.052 0.056 0.124
#> SRR2049679 4 0.0798 0.8113 0.000 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR2049676 2 0.4848 0.5082 0.164 0.736 0.092 0.008 0.000
#> SRR2049675 2 0.6231 0.3829 0.176 0.560 0.260 0.000 0.004
#> SRR2049677 4 0.3928 0.5612 0.000 0.004 0.296 0.700 0.000
#> SRR2049674 3 0.4260 0.6463 0.008 0.308 0.680 0.004 0.000
#> SRR2049672 4 0.2369 0.7974 0.000 0.032 0.004 0.908 0.056
#> SRR2049671 4 0.2719 0.7582 0.000 0.004 0.144 0.852 0.000
#> SRR2049673 2 0.5042 0.5051 0.096 0.716 0.180 0.000 0.008
#> SRR2049670 4 0.0162 0.8118 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2049668 2 0.5193 0.4086 0.272 0.660 0.060 0.000 0.008
#> SRR2049669 3 0.5482 0.3794 0.044 0.448 0.500 0.008 0.000
#> SRR2049667 2 0.5495 0.3865 0.292 0.632 0.060 0.000 0.016
#> SRR2049666 3 0.4375 0.6220 0.084 0.024 0.796 0.000 0.096
#> SRR2049665 5 0.1668 0.7841 0.032 0.028 0.000 0.000 0.940
#> SRR2049664 3 0.5731 0.4865 0.072 0.364 0.556 0.000 0.008
#> SRR2049661 2 0.5934 0.2844 0.156 0.648 0.020 0.000 0.176
#> SRR2049663 2 0.6523 0.1907 0.380 0.460 0.152 0.000 0.008
#> SRR2049660 5 0.1195 0.7849 0.028 0.000 0.012 0.000 0.960
#> SRR2049662 5 0.6177 0.3258 0.144 0.240 0.016 0.000 0.600
#> SRR2049659 3 0.3356 0.6281 0.024 0.012 0.844 0.120 0.000
#> SRR2049657 3 0.6772 -0.0758 0.272 0.364 0.364 0.000 0.000
#> SRR2049658 3 0.1721 0.7209 0.028 0.020 0.944 0.004 0.004
#> SRR2049655 5 0.1282 0.7837 0.044 0.000 0.000 0.004 0.952
#> SRR2049656 3 0.6046 0.5539 0.184 0.216 0.596 0.004 0.000
#> SRR2049654 3 0.1341 0.7297 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR2049652 5 0.8117 -0.3116 0.264 0.080 0.320 0.004 0.332
#> SRR2049653 3 0.6141 0.3859 0.080 0.032 0.584 0.304 0.000
#> SRR2049649 3 0.3944 0.7132 0.032 0.200 0.768 0.000 0.000
#> SRR2049650 2 0.5745 0.1396 0.368 0.560 0.020 0.000 0.052
#> SRR2049651 2 0.6687 0.2675 0.344 0.444 0.208 0.004 0.000
#> SRR2049647 3 0.1582 0.7233 0.028 0.028 0.944 0.000 0.000
#> SRR2049648 5 0.1341 0.7789 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR2049646 3 0.3155 0.6605 0.064 0.012 0.880 0.028 0.016
#> SRR2049644 2 0.4044 0.4569 0.012 0.732 0.252 0.004 0.000
#> SRR2049645 3 0.3854 0.7208 0.004 0.100 0.816 0.000 0.080
#> SRR2049643 5 0.0671 0.7868 0.004 0.000 0.016 0.000 0.980
#> SRR2049641 3 0.3196 0.7205 0.000 0.192 0.804 0.000 0.004
#> SRR2049639 1 0.4541 0.4703 0.728 0.008 0.004 0.028 0.232
#> SRR2049638 1 0.5844 0.5213 0.608 0.184 0.000 0.000 0.208
#> SRR2049640 5 0.2424 0.7464 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR2049636 4 0.4774 0.5888 0.012 0.308 0.000 0.660 0.020
#> SRR2049635 3 0.7046 0.5140 0.192 0.168 0.572 0.004 0.064
#> SRR2049637 3 0.4885 0.6028 0.016 0.332 0.636 0.016 0.000
#> SRR2049634 3 0.5015 0.6571 0.056 0.252 0.684 0.000 0.008
#> SRR2049633 2 0.6002 0.3096 0.140 0.552 0.308 0.000 0.000
#> SRR2049632 2 0.2749 0.5164 0.032 0.900 0.012 0.008 0.048
#> SRR2049631 4 0.2806 0.7525 0.000 0.004 0.152 0.844 0.000
#> SRR2049630 3 0.5329 0.4550 0.044 0.412 0.540 0.004 0.000
#> SRR2049628 5 0.3439 0.7483 0.060 0.092 0.004 0.000 0.844
#> SRR2049629 5 0.2103 0.7784 0.020 0.056 0.000 0.004 0.920
#> SRR2049627 5 0.1412 0.7844 0.036 0.000 0.008 0.004 0.952
#> SRR2049626 3 0.5150 0.5370 0.032 0.372 0.588 0.000 0.008
#> SRR2049625 3 0.3213 0.7078 0.064 0.072 0.860 0.000 0.004
#> SRR2049624 2 0.5006 0.4649 0.232 0.696 0.064 0.000 0.008
#> SRR2049623 3 0.3120 0.7151 0.052 0.064 0.872 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2049587 1 0.5418 -0.10960 0.468 0.024 0.048 0.000 0.456 0.004
#> SRR2049621 5 0.6813 0.40835 0.148 0.192 0.028 0.064 0.564 0.004
#> SRR2049622 1 0.3641 0.67727 0.836 0.064 0.040 0.004 0.052 0.004
#> SRR2049620 1 0.6905 0.41103 0.488 0.200 0.084 0.004 0.000 0.224
#> SRR2049619 1 0.2422 0.72034 0.892 0.012 0.024 0.000 0.000 0.072
#> SRR2049618 1 0.3630 0.69720 0.796 0.024 0.024 0.000 0.000 0.156
#> SRR2049617 2 0.4948 0.57616 0.048 0.612 0.004 0.012 0.000 0.324
#> SRR2049616 6 0.2979 0.59636 0.112 0.032 0.008 0.000 0.000 0.848
#> SRR2049615 5 0.5989 -0.32092 0.000 0.012 0.160 0.000 0.452 0.376
#> SRR2049614 3 0.5795 0.84030 0.000 0.008 0.544 0.000 0.204 0.244
#> SRR2049613 3 0.5801 0.82118 0.000 0.008 0.532 0.000 0.180 0.280
#> SRR2049612 1 0.4162 0.71059 0.792 0.040 0.080 0.004 0.000 0.084
#> SRR2049611 5 0.1716 0.66465 0.000 0.004 0.036 0.000 0.932 0.028
#> SRR2049610 6 0.5958 0.44888 0.104 0.104 0.024 0.104 0.000 0.664
#> SRR2049609 1 0.4810 0.63361 0.696 0.024 0.076 0.000 0.000 0.204
#> SRR2049608 6 0.2605 0.42245 0.000 0.012 0.064 0.000 0.040 0.884
#> SRR2049607 1 0.4503 0.66375 0.736 0.044 0.032 0.004 0.000 0.184
#> SRR2049606 6 0.7056 0.14764 0.216 0.244 0.084 0.004 0.000 0.452
#> SRR2049605 1 0.3243 0.70897 0.856 0.020 0.024 0.000 0.020 0.080
#> SRR2049604 1 0.3577 0.69083 0.840 0.068 0.056 0.008 0.024 0.004
#> SRR2049603 6 0.3406 0.54289 0.064 0.008 0.048 0.000 0.032 0.848
#> SRR2049602 6 0.3349 0.51290 0.048 0.008 0.096 0.004 0.004 0.840
#> SRR2049601 6 0.5441 0.46829 0.156 0.016 0.152 0.004 0.008 0.664
#> SRR2049600 6 0.3654 0.57221 0.104 0.008 0.072 0.000 0.004 0.812
#> SRR2049599 5 0.7637 -0.25108 0.260 0.008 0.124 0.000 0.336 0.272
#> SRR2049598 1 0.4919 0.57655 0.692 0.052 0.036 0.004 0.216 0.000
#> SRR2049597 1 0.4691 0.59010 0.676 0.044 0.024 0.000 0.000 0.256
#> SRR2049596 1 0.6807 0.13507 0.416 0.044 0.184 0.008 0.000 0.348
#> SRR2049595 1 0.5149 0.67938 0.720 0.116 0.084 0.008 0.000 0.072
#> SRR2049594 5 0.3245 0.63723 0.024 0.004 0.020 0.000 0.840 0.112
#> SRR2049593 1 0.7176 0.20166 0.420 0.128 0.120 0.008 0.000 0.324
#> SRR2049592 1 0.3988 0.69417 0.776 0.012 0.072 0.000 0.000 0.140
#> SRR2049591 1 0.4201 0.70104 0.792 0.036 0.088 0.008 0.000 0.076
#> SRR2049590 1 0.3610 0.71704 0.836 0.040 0.064 0.008 0.000 0.052
#> SRR2049589 1 0.5230 0.65748 0.700 0.044 0.096 0.008 0.000 0.152
#> SRR2049588 1 0.4273 0.70047 0.784 0.044 0.076 0.004 0.000 0.092
#> SRR2049586 1 0.3159 0.68996 0.864 0.072 0.028 0.008 0.024 0.004
#> SRR2049585 1 0.4158 0.70496 0.800 0.052 0.088 0.012 0.000 0.048
#> SRR2049584 1 0.4136 0.70039 0.796 0.064 0.100 0.012 0.000 0.028
#> SRR2049583 1 0.3742 0.69559 0.788 0.008 0.040 0.000 0.004 0.160
#> SRR2049789 5 0.5056 0.53241 0.000 0.212 0.008 0.056 0.688 0.036
#> SRR2049788 2 0.4470 0.65229 0.052 0.732 0.004 0.008 0.008 0.196
#> SRR2049787 5 0.2727 0.66319 0.064 0.028 0.028 0.000 0.880 0.000
#> SRR2049786 5 0.0748 0.68056 0.000 0.016 0.004 0.000 0.976 0.004
#> SRR2049785 5 0.5281 0.19205 0.008 0.444 0.004 0.008 0.492 0.044
#> SRR2049784 5 0.5589 0.26301 0.404 0.036 0.036 0.000 0.512 0.012
#> SRR2049783 5 0.4790 0.52643 0.180 0.056 0.032 0.004 0.724 0.004
#> SRR2049782 4 0.3348 0.59407 0.000 0.216 0.000 0.768 0.000 0.016
#> SRR2049781 2 0.5611 0.61656 0.040 0.664 0.004 0.008 0.104 0.180
#> SRR2049780 2 0.5127 0.55867 0.040 0.588 0.004 0.004 0.016 0.348
#> SRR2049779 2 0.6137 -0.04111 0.068 0.456 0.012 0.004 0.424 0.036
#> SRR2049778 5 0.4732 0.52633 0.016 0.040 0.024 0.000 0.716 0.204
#> SRR2049777 1 0.5518 0.49139 0.624 0.276 0.056 0.016 0.024 0.004
#> SRR2049776 1 0.4191 0.72528 0.808 0.060 0.056 0.000 0.036 0.040
#> SRR2049775 2 0.4615 0.65377 0.036 0.732 0.000 0.008 0.040 0.184
#> SRR2049774 1 0.3620 0.68161 0.840 0.048 0.040 0.000 0.056 0.016
#> SRR2049773 5 0.6241 0.30136 0.108 0.336 0.020 0.012 0.516 0.008
#> SRR2049772 1 0.3925 0.66478 0.816 0.052 0.044 0.004 0.080 0.004
#> SRR2049771 5 0.1844 0.68113 0.000 0.048 0.024 0.000 0.924 0.004
#> SRR2049770 5 0.0964 0.68267 0.000 0.016 0.012 0.000 0.968 0.004
#> SRR2049769 4 0.3776 0.62257 0.012 0.176 0.016 0.784 0.008 0.004
#> SRR2049768 2 0.6129 0.50360 0.032 0.544 0.044 0.052 0.000 0.328
#> SRR2049767 1 0.5200 0.61083 0.720 0.128 0.044 0.012 0.092 0.004
#> SRR2049766 1 0.6198 0.32952 0.520 0.024 0.024 0.000 0.096 0.336
#> SRR2049765 5 0.5254 0.36966 0.000 0.064 0.048 0.000 0.652 0.236
#> SRR2049764 5 0.2386 0.65203 0.000 0.028 0.064 0.000 0.896 0.012
#> SRR2049763 4 0.4507 0.41449 0.000 0.052 0.000 0.660 0.004 0.284
#> SRR2049762 4 0.2383 0.66558 0.000 0.000 0.096 0.880 0.000 0.024
#> SRR2049761 4 0.5952 0.19541 0.000 0.024 0.060 0.544 0.032 0.340
#> SRR2049760 6 0.5074 0.24597 0.044 0.008 0.056 0.000 0.196 0.696
#> SRR2049759 2 0.5034 0.61554 0.076 0.664 0.012 0.008 0.000 0.240
#> SRR2049758 6 0.2256 0.60415 0.092 0.008 0.004 0.000 0.004 0.892
#> SRR2049756 6 0.5182 0.50908 0.176 0.016 0.132 0.004 0.000 0.672
#> SRR2049755 6 0.3413 0.41864 0.012 0.172 0.008 0.000 0.008 0.800
#> SRR2049757 1 0.5040 0.63712 0.736 0.120 0.080 0.012 0.048 0.004
#> SRR2049754 1 0.6381 0.54942 0.580 0.212 0.092 0.008 0.000 0.108
#> SRR2049752 5 0.5261 0.37362 0.336 0.024 0.016 0.000 0.592 0.032
#> SRR2049751 1 0.6149 0.61077 0.664 0.080 0.116 0.104 0.012 0.024
#> SRR2049749 2 0.8244 0.13992 0.112 0.324 0.016 0.256 0.264 0.028
#> SRR2049753 2 0.7147 0.25656 0.140 0.432 0.096 0.012 0.000 0.320
#> SRR2049750 5 0.1649 0.66425 0.000 0.008 0.040 0.000 0.936 0.016
#> SRR2049748 5 0.2494 0.67571 0.032 0.028 0.036 0.000 0.900 0.004
#> SRR2049744 1 0.5986 0.25048 0.476 0.028 0.088 0.008 0.000 0.400
#> SRR2049743 5 0.4908 0.48384 0.000 0.296 0.004 0.004 0.628 0.068
#> SRR2049745 1 0.3037 0.70486 0.840 0.008 0.012 0.000 0.008 0.132
#> SRR2049747 1 0.2729 0.71877 0.872 0.016 0.024 0.000 0.000 0.088
#> SRR2049742 1 0.3693 0.67851 0.828 0.076 0.064 0.004 0.024 0.004
#> SRR2049741 1 0.2952 0.70312 0.876 0.064 0.032 0.008 0.016 0.004
#> SRR2049738 2 0.5747 0.52557 0.020 0.628 0.016 0.200 0.000 0.136
#> SRR2049737 5 0.2122 0.68180 0.032 0.028 0.024 0.000 0.916 0.000
#> SRR2049739 2 0.6431 0.31457 0.012 0.408 0.004 0.000 0.248 0.328
#> SRR2049740 1 0.4596 0.69964 0.788 0.048 0.084 0.016 0.020 0.044
#> SRR2049736 5 0.7362 0.13762 0.128 0.228 0.020 0.000 0.472 0.152
#> SRR2049735 2 0.5409 0.57745 0.176 0.684 0.020 0.020 0.004 0.096
#> SRR2049732 6 0.3560 0.54669 0.068 0.076 0.012 0.000 0.012 0.832
#> SRR2049730 6 0.5806 -0.39574 0.000 0.016 0.116 0.000 0.424 0.444
#> SRR2049734 1 0.4086 0.67652 0.804 0.072 0.088 0.012 0.020 0.004
#> SRR2049733 5 0.3451 0.64958 0.100 0.024 0.032 0.000 0.836 0.008
#> SRR2049731 1 0.4812 0.67555 0.752 0.072 0.120 0.012 0.004 0.040
#> SRR2049729 6 0.5836 -0.50052 0.000 0.008 0.324 0.000 0.164 0.504
#> SRR2049727 6 0.3885 0.56958 0.188 0.032 0.016 0.000 0.000 0.764
#> SRR2049728 1 0.4459 0.42207 0.588 0.012 0.016 0.000 0.000 0.384
#> SRR2049725 5 0.1245 0.66923 0.000 0.000 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR2049726 2 0.4219 0.64568 0.048 0.720 0.000 0.008 0.000 0.224
#> SRR2049724 1 0.3897 0.70379 0.804 0.024 0.064 0.004 0.000 0.104
#> SRR2049723 1 0.4433 0.57307 0.668 0.016 0.028 0.000 0.000 0.288
#> SRR2049720 5 0.2710 0.66222 0.016 0.016 0.008 0.000 0.880 0.080
#> SRR2049719 1 0.3967 0.67967 0.776 0.132 0.084 0.008 0.000 0.000
#> SRR2049722 1 0.5861 0.26958 0.492 0.016 0.112 0.004 0.000 0.376
#> SRR2049721 1 0.3663 0.69435 0.796 0.020 0.032 0.000 0.000 0.152
#> SRR2049716 1 0.6424 0.23813 0.484 0.012 0.020 0.000 0.176 0.308
#> SRR2049718 5 0.1624 0.66408 0.000 0.004 0.040 0.000 0.936 0.020
#> SRR2049717 1 0.2065 0.70564 0.916 0.056 0.012 0.012 0.004 0.000
#> SRR2049715 4 0.3277 0.63422 0.000 0.156 0.000 0.812 0.008 0.024
#> SRR2049714 5 0.7173 0.22421 0.300 0.060 0.028 0.128 0.476 0.008
#> SRR2049713 1 0.3083 0.71007 0.872 0.024 0.028 0.000 0.024 0.052
#> SRR2049712 1 0.5534 0.48978 0.616 0.284 0.044 0.004 0.008 0.044
#> SRR2049711 4 0.0405 0.70372 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR2049710 1 0.6015 0.60072 0.636 0.084 0.020 0.072 0.000 0.188
#> SRR2049709 6 0.4289 0.00840 0.444 0.004 0.012 0.000 0.000 0.540
#> SRR2049707 1 0.3703 0.71212 0.832 0.056 0.068 0.016 0.000 0.028
#> SRR2049708 1 0.3031 0.70881 0.848 0.012 0.020 0.000 0.004 0.116
#> SRR2049706 1 0.0653 0.71945 0.980 0.012 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2049705 1 0.1167 0.72027 0.960 0.008 0.012 0.000 0.000 0.020
#> SRR2049704 1 0.2295 0.71539 0.908 0.016 0.024 0.000 0.004 0.048
#> SRR2049702 4 0.3481 0.60847 0.160 0.048 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR2049703 1 0.4661 0.66808 0.724 0.148 0.020 0.000 0.000 0.108
#> SRR2049700 1 0.7131 0.33740 0.500 0.088 0.028 0.000 0.136 0.248
#> SRR2049701 6 0.5451 0.25179 0.356 0.008 0.080 0.000 0.008 0.548
#> SRR2049699 1 0.5746 0.49085 0.644 0.084 0.036 0.000 0.212 0.024
#> SRR2049697 4 0.4971 0.17747 0.436 0.056 0.000 0.504 0.004 0.000
#> SRR2049698 5 0.2233 0.66835 0.008 0.008 0.032 0.000 0.912 0.040
#> SRR2049696 5 0.5360 0.28435 0.028 0.024 0.020 0.000 0.560 0.368
#> SRR2049694 5 0.4882 0.53063 0.224 0.024 0.036 0.000 0.696 0.020
#> SRR2049693 1 0.4822 0.59217 0.668 0.060 0.020 0.000 0.000 0.252
#> SRR2049695 4 0.0146 0.70674 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2049691 5 0.5277 0.33525 0.028 0.028 0.016 0.000 0.588 0.340
#> SRR2049692 5 0.3715 0.64149 0.016 0.140 0.008 0.000 0.804 0.032
#> SRR2049689 4 0.0000 0.70684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049690 1 0.2169 0.71760 0.900 0.012 0.008 0.000 0.000 0.080
#> SRR2049688 1 0.6102 0.58564 0.608 0.192 0.080 0.004 0.000 0.116
#> SRR2049687 4 0.0436 0.70737 0.004 0.004 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR2049686 1 0.4734 0.49611 0.620 0.012 0.016 0.000 0.016 0.336
#> SRR2049685 4 0.5214 0.19165 0.408 0.036 0.004 0.528 0.000 0.024
#> SRR2049684 1 0.6351 0.43513 0.528 0.268 0.060 0.000 0.000 0.144
#> SRR2049683 4 0.2288 0.65308 0.000 0.004 0.004 0.876 0.000 0.116
#> SRR2049682 1 0.4014 0.68782 0.776 0.056 0.020 0.000 0.000 0.148
#> SRR2049680 1 0.3578 0.69546 0.840 0.084 0.040 0.012 0.016 0.008
#> SRR2049681 5 0.4413 0.62748 0.112 0.052 0.036 0.000 0.780 0.020
#> SRR2049678 2 0.6167 0.62942 0.088 0.652 0.012 0.016 0.088 0.144
#> SRR2049679 4 0.0260 0.70828 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2049676 6 0.6408 0.17820 0.080 0.256 0.092 0.012 0.000 0.560
#> SRR2049675 6 0.4267 0.53858 0.208 0.052 0.012 0.000 0.000 0.728
#> SRR2049677 4 0.3707 0.44730 0.312 0.008 0.000 0.680 0.000 0.000
#> SRR2049674 1 0.5362 0.60429 0.652 0.200 0.032 0.000 0.000 0.116
#> SRR2049672 4 0.2775 0.66103 0.008 0.024 0.004 0.880 0.076 0.008
#> SRR2049671 4 0.2331 0.67692 0.080 0.032 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR2049673 6 0.5160 0.45840 0.192 0.132 0.016 0.000 0.000 0.660
#> SRR2049670 4 0.0000 0.70684 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2049668 6 0.2706 0.57519 0.060 0.056 0.008 0.000 0.000 0.876
#> SRR2049669 1 0.6866 0.39394 0.504 0.120 0.020 0.076 0.000 0.280
#> SRR2049667 6 0.3512 0.54475 0.076 0.080 0.012 0.000 0.004 0.828
#> SRR2049666 1 0.4113 0.66183 0.804 0.032 0.052 0.000 0.092 0.020
#> SRR2049665 5 0.2027 0.67667 0.000 0.032 0.016 0.000 0.920 0.032
#> SRR2049664 1 0.4788 0.37049 0.560 0.028 0.016 0.000 0.000 0.396
#> SRR2049661 6 0.5396 0.37907 0.048 0.116 0.008 0.000 0.140 0.688
#> SRR2049663 6 0.3019 0.60433 0.124 0.020 0.008 0.000 0.004 0.844
#> SRR2049660 5 0.1078 0.68171 0.008 0.016 0.012 0.000 0.964 0.000
#> SRR2049662 6 0.6028 0.00366 0.052 0.044 0.020 0.000 0.372 0.512
#> SRR2049659 1 0.4957 0.54075 0.684 0.072 0.032 0.212 0.000 0.000
#> SRR2049657 6 0.5349 0.19131 0.376 0.012 0.068 0.004 0.000 0.540
#> SRR2049658 1 0.2287 0.71608 0.912 0.048 0.016 0.008 0.004 0.012
#> SRR2049655 5 0.1340 0.67089 0.000 0.004 0.040 0.000 0.948 0.008
#> SRR2049656 1 0.6061 0.45681 0.560 0.040 0.104 0.008 0.000 0.288
#> SRR2049654 1 0.1296 0.72138 0.952 0.012 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR2049652 5 0.7326 -0.13192 0.316 0.008 0.108 0.000 0.396 0.172
#> SRR2049653 1 0.7577 0.34397 0.480 0.112 0.112 0.232 0.000 0.064
#> SRR2049649 1 0.3300 0.70096 0.816 0.012 0.024 0.000 0.000 0.148
#> SRR2049650 6 0.2786 0.53972 0.020 0.052 0.008 0.000 0.036 0.884
#> SRR2049651 2 0.6962 0.00489 0.092 0.444 0.328 0.008 0.000 0.128
#> SRR2049647 1 0.2042 0.71785 0.920 0.032 0.024 0.000 0.000 0.024
#> SRR2049648 5 0.1401 0.66881 0.000 0.004 0.028 0.000 0.948 0.020
#> SRR2049646 1 0.4140 0.66436 0.796 0.080 0.088 0.028 0.004 0.004
#> SRR2049644 2 0.6705 0.26977 0.256 0.456 0.052 0.000 0.000 0.236
#> SRR2049645 1 0.4017 0.69610 0.800 0.012 0.016 0.000 0.088 0.084
#> SRR2049643 5 0.1495 0.68526 0.020 0.020 0.004 0.000 0.948 0.008
#> SRR2049641 1 0.2867 0.72452 0.872 0.040 0.024 0.000 0.000 0.064
#> SRR2049639 3 0.5282 0.72345 0.012 0.032 0.716 0.012 0.136 0.092
#> SRR2049638 6 0.4178 0.13854 0.000 0.004 0.156 0.000 0.092 0.748
#> SRR2049640 5 0.2841 0.61549 0.000 0.012 0.092 0.000 0.864 0.032
#> SRR2049636 4 0.5883 0.02868 0.008 0.432 0.000 0.460 0.036 0.064
#> SRR2049635 1 0.6672 0.22428 0.480 0.008 0.072 0.000 0.116 0.324
#> SRR2049637 1 0.6969 0.07431 0.408 0.384 0.104 0.016 0.000 0.088
#> SRR2049634 1 0.4403 0.63730 0.712 0.016 0.048 0.000 0.000 0.224
#> SRR2049633 6 0.5784 0.34359 0.312 0.064 0.052 0.004 0.000 0.568
#> SRR2049632 2 0.5197 0.54089 0.024 0.572 0.004 0.004 0.032 0.364
#> SRR2049631 4 0.3544 0.64668 0.108 0.052 0.020 0.820 0.000 0.000
#> SRR2049630 1 0.7022 0.06090 0.388 0.384 0.100 0.008 0.000 0.120
#> SRR2049628 5 0.4510 0.63541 0.032 0.124 0.036 0.000 0.772 0.036
#> SRR2049629 5 0.2544 0.65109 0.000 0.120 0.004 0.000 0.864 0.012
#> SRR2049627 5 0.0984 0.68137 0.008 0.012 0.012 0.000 0.968 0.000
#> SRR2049626 1 0.5001 0.58963 0.660 0.064 0.028 0.000 0.000 0.248
#> SRR2049625 1 0.3143 0.70069 0.848 0.108 0.028 0.008 0.004 0.004
#> SRR2049624 6 0.3419 0.54447 0.072 0.088 0.012 0.000 0.000 0.828
#> SRR2049623 1 0.2666 0.71340 0.896 0.028 0.024 0.000 0.028 0.024
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0