Date: 2019-12-26 01:07:44 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 14523 169
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ATC:skmeans | 2 | 0.988 | 0.957 | 0.983 | ** | |
| CV:NMF | 2 | 0.975 | 0.951 | 0.980 | ** | |
| ATC:kmeans | 3 | 0.947 | 0.950 | 0.978 | * | 2 |
| ATC:NMF | 2 | 0.926 | 0.939 | 0.974 | * | |
| ATC:mclust | 2 | 0.915 | 0.947 | 0.975 | * | |
| MAD:skmeans | 4 | 0.855 | 0.833 | 0.933 | ||
| SD:mclust | 2 | 0.799 | 0.913 | 0.960 | ||
| ATC:pam | 3 | 0.756 | 0.823 | 0.917 | ||
| MAD:mclust | 2 | 0.748 | 0.889 | 0.950 | ||
| SD:skmeans | 2 | 0.732 | 0.873 | 0.940 | ||
| MAD:pam | 3 | 0.727 | 0.840 | 0.923 | ||
| CV:mclust | 2 | 0.700 | 0.856 | 0.936 | ||
| CV:skmeans | 2 | 0.690 | 0.869 | 0.943 | ||
| SD:kmeans | 4 | 0.674 | 0.766 | 0.865 | ||
| SD:pam | 3 | 0.674 | 0.837 | 0.915 | ||
| CV:pam | 5 | 0.641 | 0.723 | 0.812 | ||
| MAD:NMF | 2 | 0.547 | 0.757 | 0.901 | ||
| SD:NMF | 3 | 0.514 | 0.729 | 0.822 | ||
| CV:kmeans | 3 | 0.488 | 0.736 | 0.822 | ||
| ATC:hclust | 3 | 0.455 | 0.673 | 0.794 | ||
| MAD:kmeans | 2 | 0.432 | 0.810 | 0.882 | ||
| CV:hclust | 2 | 0.255 | 0.564 | 0.819 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.203 | 0.587 | 0.741 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.174 | 0.697 | 0.811 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.834 0.911 0.961 0.425 0.571 0.571
#> CV:NMF 2 0.975 0.951 0.980 0.410 0.596 0.596
#> MAD:NMF 2 0.547 0.757 0.901 0.469 0.536 0.536
#> ATC:NMF 2 0.926 0.939 0.974 0.347 0.649 0.649
#> SD:skmeans 2 0.732 0.873 0.940 0.487 0.516 0.516
#> CV:skmeans 2 0.690 0.869 0.943 0.472 0.521 0.521
#> MAD:skmeans 2 0.513 0.796 0.910 0.496 0.508 0.508
#> ATC:skmeans 2 0.988 0.957 0.983 0.497 0.505 0.505
#> SD:mclust 2 0.799 0.913 0.960 0.499 0.503 0.503
#> CV:mclust 2 0.700 0.856 0.936 0.480 0.505 0.505
#> MAD:mclust 2 0.748 0.889 0.950 0.491 0.512 0.512
#> ATC:mclust 2 0.915 0.947 0.975 0.459 0.546 0.546
#> SD:kmeans 2 0.499 0.817 0.888 0.422 0.563 0.563
#> CV:kmeans 2 0.761 0.890 0.952 0.412 0.596 0.596
#> MAD:kmeans 2 0.432 0.810 0.882 0.444 0.571 0.571
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.989 0.996 0.478 0.521 0.521
#> SD:pam 2 0.458 0.660 0.800 0.419 0.637 0.637
#> CV:pam 2 0.730 0.885 0.949 0.417 0.591 0.591
#> MAD:pam 2 0.412 0.645 0.812 0.429 0.576 0.576
#> ATC:pam 2 0.595 0.768 0.885 0.465 0.516 0.516
#> SD:hclust 2 0.256 0.715 0.841 0.320 0.790 0.790
#> CV:hclust 2 0.255 0.564 0.819 0.360 0.677 0.677
#> MAD:hclust 2 0.174 0.697 0.811 0.411 0.581 0.581
#> ATC:hclust 2 0.590 0.847 0.920 0.340 0.714 0.714
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.514 0.729 0.822 0.481 0.651 0.451
#> CV:NMF 3 0.839 0.885 0.945 0.292 0.857 0.766
#> MAD:NMF 3 0.583 0.754 0.861 0.375 0.621 0.399
#> ATC:NMF 3 0.374 0.568 0.787 0.509 0.658 0.523
#> SD:skmeans 3 0.696 0.703 0.877 0.373 0.736 0.524
#> CV:skmeans 3 0.713 0.834 0.921 0.377 0.758 0.565
#> MAD:skmeans 3 0.687 0.780 0.904 0.346 0.692 0.462
#> ATC:skmeans 3 0.895 0.878 0.951 0.258 0.808 0.640
#> SD:mclust 3 0.540 0.780 0.842 0.271 0.766 0.578
#> CV:mclust 3 0.455 0.557 0.750 0.303 0.655 0.429
#> MAD:mclust 3 0.516 0.707 0.817 0.276 0.742 0.548
#> ATC:mclust 3 0.887 0.907 0.962 0.416 0.692 0.490
#> SD:kmeans 3 0.438 0.587 0.812 0.444 0.710 0.530
#> CV:kmeans 3 0.488 0.736 0.822 0.416 0.807 0.684
#> MAD:kmeans 3 0.473 0.613 0.775 0.425 0.637 0.431
#> ATC:kmeans 3 0.947 0.950 0.978 0.293 0.686 0.485
#> SD:pam 3 0.674 0.837 0.915 0.554 0.682 0.512
#> CV:pam 3 0.390 0.617 0.744 0.470 0.722 0.540
#> MAD:pam 3 0.727 0.840 0.923 0.514 0.669 0.476
#> ATC:pam 3 0.756 0.823 0.917 0.327 0.611 0.407
#> SD:hclust 3 0.203 0.587 0.741 0.606 0.666 0.580
#> CV:hclust 3 0.235 0.423 0.751 0.210 0.890 0.848
#> MAD:hclust 3 0.298 0.652 0.811 0.298 0.846 0.751
#> ATC:hclust 3 0.455 0.673 0.794 0.619 0.704 0.589
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.613 0.598 0.810 0.146 0.819 0.554
#> CV:NMF 4 0.656 0.738 0.866 0.351 0.735 0.485
#> MAD:NMF 4 0.608 0.619 0.765 0.123 0.815 0.544
#> ATC:NMF 4 0.416 0.570 0.751 0.293 0.672 0.370
#> SD:skmeans 4 0.846 0.826 0.929 0.112 0.847 0.585
#> CV:skmeans 4 0.867 0.861 0.935 0.147 0.834 0.571
#> MAD:skmeans 4 0.855 0.833 0.933 0.104 0.882 0.669
#> ATC:skmeans 4 0.746 0.604 0.816 0.151 0.946 0.859
#> SD:mclust 4 0.515 0.618 0.751 0.122 0.690 0.348
#> CV:mclust 4 0.668 0.761 0.854 0.163 0.782 0.484
#> MAD:mclust 4 0.507 0.656 0.682 0.124 0.754 0.444
#> ATC:mclust 4 0.755 0.795 0.872 0.107 0.882 0.686
#> SD:kmeans 4 0.674 0.766 0.865 0.160 0.706 0.389
#> CV:kmeans 4 0.519 0.553 0.725 0.188 0.719 0.443
#> MAD:kmeans 4 0.694 0.770 0.873 0.126 0.795 0.510
#> ATC:kmeans 4 0.693 0.800 0.872 0.165 0.793 0.520
#> SD:pam 4 0.736 0.789 0.896 0.102 0.865 0.649
#> CV:pam 4 0.529 0.684 0.813 0.137 0.846 0.616
#> MAD:pam 4 0.700 0.787 0.878 0.101 0.919 0.780
#> ATC:pam 4 0.684 0.712 0.863 0.159 0.725 0.429
#> SD:hclust 4 0.280 0.584 0.744 0.163 0.870 0.744
#> CV:hclust 4 0.314 0.551 0.775 0.159 0.788 0.692
#> MAD:hclust 4 0.335 0.562 0.757 0.214 0.842 0.689
#> ATC:hclust 4 0.516 0.533 0.790 0.143 0.859 0.701
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.563 0.550 0.752 0.0645 0.820 0.470
#> CV:NMF 5 0.573 0.503 0.714 0.0921 0.783 0.388
#> MAD:NMF 5 0.584 0.591 0.767 0.0613 0.796 0.424
#> ATC:NMF 5 0.560 0.660 0.790 0.1206 0.838 0.497
#> SD:skmeans 5 0.747 0.559 0.754 0.0661 0.914 0.698
#> CV:skmeans 5 0.697 0.639 0.799 0.0566 0.897 0.640
#> MAD:skmeans 5 0.728 0.675 0.817 0.0716 0.870 0.572
#> ATC:skmeans 5 0.789 0.712 0.842 0.0618 0.885 0.677
#> SD:mclust 5 0.560 0.707 0.766 0.0588 0.759 0.355
#> CV:mclust 5 0.520 0.547 0.732 0.0286 0.937 0.778
#> MAD:mclust 5 0.603 0.763 0.779 0.0610 0.949 0.824
#> ATC:mclust 5 0.715 0.705 0.815 0.0843 0.859 0.553
#> SD:kmeans 5 0.622 0.658 0.803 0.0746 0.937 0.790
#> CV:kmeans 5 0.630 0.674 0.799 0.0966 0.879 0.630
#> MAD:kmeans 5 0.642 0.663 0.807 0.0710 0.934 0.781
#> ATC:kmeans 5 0.653 0.573 0.759 0.0717 0.917 0.713
#> SD:pam 5 0.698 0.765 0.869 0.0323 0.975 0.913
#> CV:pam 5 0.641 0.723 0.812 0.0850 0.904 0.705
#> MAD:pam 5 0.666 0.710 0.816 0.0817 0.899 0.667
#> ATC:pam 5 0.632 0.647 0.837 0.0488 0.942 0.802
#> SD:hclust 5 0.357 0.446 0.657 0.1117 0.787 0.532
#> CV:hclust 5 0.378 0.554 0.768 0.1102 0.911 0.827
#> MAD:hclust 5 0.385 0.566 0.738 0.0700 0.922 0.784
#> ATC:hclust 5 0.511 0.683 0.740 0.0867 0.810 0.539
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.582 0.364 0.684 0.0354 0.843 0.466
#> CV:NMF 6 0.610 0.372 0.682 0.0385 0.862 0.495
#> MAD:NMF 6 0.604 0.417 0.689 0.0405 0.861 0.508
#> ATC:NMF 6 0.589 0.517 0.722 0.0244 0.913 0.654
#> SD:skmeans 6 0.718 0.642 0.773 0.0437 0.887 0.565
#> CV:skmeans 6 0.662 0.368 0.674 0.0453 0.963 0.838
#> MAD:skmeans 6 0.738 0.674 0.792 0.0444 0.910 0.622
#> ATC:skmeans 6 0.775 0.776 0.876 0.0414 0.915 0.687
#> SD:mclust 6 0.548 0.611 0.701 0.0222 0.926 0.699
#> CV:mclust 6 0.519 0.452 0.614 0.0302 0.925 0.730
#> MAD:mclust 6 0.612 0.587 0.713 0.0344 0.920 0.701
#> ATC:mclust 6 0.684 0.683 0.768 0.0242 0.928 0.687
#> SD:kmeans 6 0.638 0.512 0.737 0.0501 0.946 0.793
#> CV:kmeans 6 0.671 0.581 0.755 0.0531 0.940 0.763
#> MAD:kmeans 6 0.654 0.549 0.716 0.0493 0.880 0.581
#> ATC:kmeans 6 0.652 0.518 0.714 0.0491 0.848 0.447
#> SD:pam 6 0.694 0.658 0.797 0.0815 0.907 0.665
#> CV:pam 6 0.702 0.709 0.815 0.0578 0.931 0.735
#> MAD:pam 6 0.732 0.723 0.848 0.0371 0.967 0.851
#> ATC:pam 6 0.694 0.700 0.826 0.0594 0.930 0.736
#> SD:hclust 6 0.377 0.518 0.692 0.0552 0.890 0.681
#> CV:hclust 6 0.395 0.504 0.717 0.1458 0.840 0.657
#> MAD:hclust 6 0.424 0.543 0.723 0.0459 0.990 0.964
#> ATC:hclust 6 0.545 0.657 0.741 0.0418 0.983 0.936
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.256 0.715 0.841 0.3201 0.790 0.790
#> 3 3 0.203 0.587 0.741 0.6057 0.666 0.580
#> 4 4 0.280 0.584 0.744 0.1630 0.870 0.744
#> 5 5 0.357 0.446 0.657 0.1117 0.787 0.532
#> 6 6 0.377 0.518 0.692 0.0552 0.890 0.681
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0376 0.8069 0.004 0.996
#> SRR2052701 2 0.0672 0.8031 0.008 0.992
#> SRR2052700 2 0.2603 0.8018 0.044 0.956
#> SRR2052699 2 0.2423 0.8134 0.040 0.960
#> SRR2052698 2 0.6531 0.7816 0.168 0.832
#> SRR2052708 2 0.7674 0.6303 0.224 0.776
#> SRR2052749 2 0.7674 0.6303 0.224 0.776
#> SRR2052786 2 0.2043 0.8137 0.032 0.968
#> SRR2052825 1 0.9286 0.7103 0.656 0.344
#> SRR2052824 1 0.9286 0.7103 0.656 0.344
#> SRR2052823 2 0.1633 0.8030 0.024 0.976
#> SRR2052822 2 0.5946 0.7909 0.144 0.856
#> SRR2052821 2 0.2603 0.8068 0.044 0.956
#> SRR2052820 2 0.9129 0.6413 0.328 0.672
#> SRR2052819 1 0.9552 0.6478 0.624 0.376
#> SRR2052818 2 0.3114 0.7970 0.056 0.944
#> SRR2052817 2 0.6623 0.7794 0.172 0.828
#> SRR2052816 2 0.4815 0.7963 0.104 0.896
#> SRR2052815 1 0.9286 0.7103 0.656 0.344
#> SRR2052814 2 0.7883 0.5703 0.236 0.764
#> SRR2052813 2 0.4431 0.8070 0.092 0.908
#> SRR2052812 2 0.0376 0.8069 0.004 0.996
#> SRR2052811 2 0.0376 0.8069 0.004 0.996
#> SRR2052810 2 0.4022 0.7844 0.080 0.920
#> SRR2052809 2 0.5059 0.8044 0.112 0.888
#> SRR2052808 2 0.7453 0.7226 0.212 0.788
#> SRR2052807 1 0.4022 0.7907 0.920 0.080
#> SRR2052806 2 0.9933 0.0176 0.452 0.548
#> SRR2052805 2 0.9922 0.0231 0.448 0.552
#> SRR2052804 2 0.9795 0.4109 0.416 0.584
#> SRR2052803 2 0.9922 0.0231 0.448 0.552
#> SRR2052802 1 0.4298 0.7926 0.912 0.088
#> SRR2052801 1 0.2603 0.7839 0.956 0.044
#> SRR2052800 1 0.4298 0.7926 0.912 0.088
#> SRR2052799 1 0.2778 0.7860 0.952 0.048
#> SRR2052798 2 0.7674 0.6303 0.224 0.776
#> SRR2052797 2 0.2778 0.8149 0.048 0.952
#> SRR2052796 1 0.2603 0.7839 0.956 0.044
#> SRR2052795 2 0.7674 0.6303 0.224 0.776
#> SRR2052794 1 0.2603 0.7839 0.956 0.044
#> SRR2052793 1 0.7602 0.7520 0.780 0.220
#> SRR2052792 1 0.4562 0.7621 0.904 0.096
#> SRR2052791 1 0.9896 0.0362 0.560 0.440
#> SRR2052790 2 0.6438 0.7789 0.164 0.836
#> SRR2052789 2 0.7376 0.7521 0.208 0.792
#> SRR2052788 2 0.7376 0.7521 0.208 0.792
#> SRR2052787 2 0.2603 0.8152 0.044 0.956
#> SRR2052785 2 0.6343 0.7816 0.160 0.840
#> SRR2052784 2 0.6148 0.7846 0.152 0.848
#> SRR2052783 2 0.6247 0.7825 0.156 0.844
#> SRR2052782 2 0.4431 0.8070 0.092 0.908
#> SRR2052781 2 0.5519 0.7990 0.128 0.872
#> SRR2052780 2 0.7376 0.7518 0.208 0.792
#> SRR2052777 2 0.3584 0.8115 0.068 0.932
#> SRR2052779 2 0.4431 0.8070 0.092 0.908
#> SRR2052778 2 0.9087 0.6468 0.324 0.676
#> SRR2052776 2 0.6048 0.7866 0.148 0.852
#> SRR2052775 2 0.7219 0.7576 0.200 0.800
#> SRR2052773 2 0.7376 0.7536 0.208 0.792
#> SRR2052772 2 0.8555 0.7005 0.280 0.720
#> SRR2052774 2 0.7376 0.7536 0.208 0.792
#> SRR2052771 1 0.9896 0.0362 0.560 0.440
#> SRR2052769 2 0.8813 0.6798 0.300 0.700
#> SRR2052770 2 0.8861 0.6730 0.304 0.696
#> SRR2052768 2 0.0376 0.8069 0.004 0.996
#> SRR2052767 2 0.0376 0.8069 0.004 0.996
#> SRR2052766 2 0.9977 0.3243 0.472 0.528
#> SRR2052765 2 0.0672 0.8090 0.008 0.992
#> SRR2052763 2 0.9044 0.6525 0.320 0.680
#> SRR2052764 2 0.1414 0.8047 0.020 0.980
#> SRR2052761 2 0.9129 0.6413 0.328 0.672
#> SRR2052760 2 0.1414 0.8126 0.020 0.980
#> SRR2052759 2 0.9044 0.6525 0.320 0.680
#> SRR2052762 2 0.3114 0.8130 0.056 0.944
#> SRR2052758 2 0.7376 0.7590 0.208 0.792
#> SRR2052756 2 0.8661 0.4485 0.288 0.712
#> SRR2052757 2 0.6343 0.7833 0.160 0.840
#> SRR2052755 2 0.7299 0.6493 0.204 0.796
#> SRR2052754 1 0.6247 0.7942 0.844 0.156
#> SRR2052753 2 0.7219 0.6550 0.200 0.800
#> SRR2052752 2 0.9661 0.2721 0.392 0.608
#> SRR2052750 2 0.5842 0.7193 0.140 0.860
#> SRR2052751 2 0.3274 0.8130 0.060 0.940
#> SRR2052748 2 0.9635 0.5348 0.388 0.612
#> SRR2052747 2 0.8661 0.5232 0.288 0.712
#> SRR2052746 2 0.9044 0.6525 0.320 0.680
#> SRR2052745 2 0.9044 0.6525 0.320 0.680
#> SRR2052744 2 0.2948 0.7923 0.052 0.948
#> SRR2052741 2 0.2236 0.8131 0.036 0.964
#> SRR2052743 2 0.2603 0.8134 0.044 0.956
#> SRR2052740 2 0.2236 0.8131 0.036 0.964
#> SRR2052742 2 0.3274 0.8130 0.060 0.940
#> SRR2052739 2 0.0672 0.8090 0.008 0.992
#> SRR2052738 2 0.9129 0.6408 0.328 0.672
#> SRR2052736 2 0.0672 0.8031 0.008 0.992
#> SRR2052735 2 0.0672 0.8031 0.008 0.992
#> SRR2052734 2 0.0672 0.8031 0.008 0.992
#> SRR2052737 2 0.1414 0.8124 0.020 0.980
#> SRR2052733 2 0.8861 0.6730 0.304 0.696
#> SRR2052732 2 0.2603 0.7983 0.044 0.956
#> SRR2052731 2 0.7299 0.7539 0.204 0.796
#> SRR2052729 2 0.7528 0.6308 0.216 0.784
#> SRR2052728 2 0.3431 0.7756 0.064 0.936
#> SRR2052730 2 0.9248 0.5636 0.340 0.660
#> SRR2052727 2 0.6438 0.6944 0.164 0.836
#> SRR2052725 2 0.1184 0.8035 0.016 0.984
#> SRR2052726 2 0.0672 0.8031 0.008 0.992
#> SRR2052724 2 0.7674 0.6303 0.224 0.776
#> SRR2052723 2 0.9686 0.5193 0.396 0.604
#> SRR2052722 2 0.7528 0.7475 0.216 0.784
#> SRR2052721 2 0.5946 0.7173 0.144 0.856
#> SRR2052720 2 0.1843 0.8134 0.028 0.972
#> SRR2052719 2 0.0672 0.8090 0.008 0.992
#> SRR2052718 2 0.2423 0.7946 0.040 0.960
#> SRR2052717 2 0.3114 0.8130 0.056 0.944
#> SRR2052714 2 0.7745 0.6420 0.228 0.772
#> SRR2052716 2 0.9129 0.6413 0.328 0.672
#> SRR2052715 2 0.7528 0.7476 0.216 0.784
#> SRR2052713 2 0.7883 0.5969 0.236 0.764
#> SRR2052712 1 0.9286 0.7103 0.656 0.344
#> SRR2052711 2 0.8555 0.4672 0.280 0.720
#> SRR2052710 2 0.3431 0.7941 0.064 0.936
#> SRR2052707 2 0.8555 0.7011 0.280 0.720
#> SRR2052709 2 0.7528 0.7476 0.216 0.784
#> SRR2052704 2 0.9460 0.5806 0.364 0.636
#> SRR2052705 2 0.2603 0.8134 0.044 0.956
#> SRR2052697 2 0.0376 0.8069 0.004 0.996
#> SRR2052703 2 0.7376 0.7536 0.208 0.792
#> SRR2052696 2 0.7674 0.6304 0.224 0.776
#> SRR2052706 2 0.2603 0.8068 0.044 0.956
#> SRR2052695 2 0.1414 0.8128 0.020 0.980
#> SRR2052694 2 0.1414 0.8126 0.020 0.980
#> SRR2052692 2 0.7376 0.7590 0.208 0.792
#> SRR2052693 2 0.6343 0.7833 0.160 0.840
#> SRR2052691 2 0.2236 0.8131 0.036 0.964
#> SRR2052690 2 0.2236 0.8131 0.036 0.964
#> SRR2052689 2 0.9248 0.5636 0.340 0.660
#> SRR2052687 2 0.7815 0.7081 0.232 0.768
#> SRR2052686 2 0.1633 0.8023 0.024 0.976
#> SRR2052688 2 0.1414 0.8124 0.020 0.980
#> SRR2052684 2 0.9996 0.2775 0.488 0.512
#> SRR2052685 2 0.0938 0.8103 0.012 0.988
#> SRR2052683 1 0.6247 0.7855 0.844 0.156
#> SRR2052681 2 0.4161 0.7816 0.084 0.916
#> SRR2052680 1 0.9286 0.7103 0.656 0.344
#> SRR2052682 2 0.0672 0.8031 0.008 0.992
#> SRR2052679 2 0.6438 0.6944 0.164 0.836
#> SRR2052678 2 0.7299 0.7556 0.204 0.796
#> SRR2052677 2 0.5178 0.7989 0.116 0.884
#> SRR2052675 2 0.0376 0.8069 0.004 0.996
#> SRR2052676 2 0.6048 0.7178 0.148 0.852
#> SRR2052674 2 0.3879 0.7990 0.076 0.924
#> SRR2052672 2 0.7528 0.7481 0.216 0.784
#> SRR2052673 2 0.0672 0.8031 0.008 0.992
#> SRR2052671 2 0.0672 0.8090 0.008 0.992
#> SRR2052670 2 0.7453 0.7503 0.212 0.788
#> SRR2052669 2 0.1843 0.8137 0.028 0.972
#> SRR2052668 2 0.2236 0.8131 0.036 0.964
#> SRR2052667 2 0.2948 0.8073 0.052 0.948
#> SRR2052666 2 0.7602 0.7430 0.220 0.780
#> SRR2052665 2 0.2423 0.8134 0.040 0.960
#> SRR2052664 1 0.6531 0.7922 0.832 0.168
#> SRR2052663 2 0.1414 0.8047 0.020 0.980
#> SRR2052662 2 0.2236 0.8140 0.036 0.964
#> SRR2052661 2 0.2778 0.7876 0.048 0.952
#> SRR2052660 2 0.7674 0.7468 0.224 0.776
#> SRR2052659 2 0.9129 0.6405 0.328 0.672
#> SRR2052658 2 0.2423 0.8134 0.040 0.960
#> SRR2052657 2 0.7674 0.6221 0.224 0.776
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.1267 0.71978 0.004 0.972 0.024
#> SRR2052701 2 0.1170 0.72054 0.008 0.976 0.016
#> SRR2052700 2 0.2689 0.71836 0.036 0.932 0.032
#> SRR2052699 2 0.3941 0.63532 0.000 0.844 0.156
#> SRR2052698 3 0.6520 0.42522 0.004 0.488 0.508
#> SRR2052708 2 0.6168 0.56101 0.224 0.740 0.036
#> SRR2052749 2 0.6168 0.56101 0.224 0.740 0.036
#> SRR2052786 2 0.3752 0.66492 0.000 0.856 0.144
#> SRR2052825 1 0.8455 0.66065 0.584 0.296 0.120
#> SRR2052824 1 0.8455 0.66065 0.584 0.296 0.120
#> SRR2052823 2 0.1774 0.72204 0.016 0.960 0.024
#> SRR2052822 2 0.6500 -0.29303 0.004 0.532 0.464
#> SRR2052821 2 0.3678 0.71004 0.028 0.892 0.080
#> SRR2052820 3 0.5772 0.79485 0.024 0.220 0.756
#> SRR2052819 1 0.8994 0.54003 0.556 0.260 0.184
#> SRR2052818 2 0.2793 0.71204 0.044 0.928 0.028
#> SRR2052817 3 0.6505 0.48758 0.004 0.468 0.528
#> SRR2052816 2 0.6007 0.57617 0.048 0.768 0.184
#> SRR2052815 1 0.8455 0.66065 0.584 0.296 0.120
#> SRR2052814 2 0.7543 0.52066 0.216 0.680 0.104
#> SRR2052813 2 0.5760 0.27684 0.000 0.672 0.328
#> SRR2052812 2 0.1267 0.71978 0.004 0.972 0.024
#> SRR2052811 2 0.1267 0.71978 0.004 0.972 0.024
#> SRR2052810 2 0.3406 0.70497 0.068 0.904 0.028
#> SRR2052809 2 0.6330 0.02680 0.004 0.600 0.396
#> SRR2052808 2 0.7793 0.00471 0.052 0.524 0.424
#> SRR2052807 1 0.4702 0.74965 0.788 0.000 0.212
#> SRR2052806 2 0.7534 0.11145 0.428 0.532 0.040
#> SRR2052805 2 0.7366 0.09648 0.444 0.524 0.032
#> SRR2052804 3 0.7984 0.58358 0.132 0.216 0.652
#> SRR2052803 2 0.7366 0.09648 0.444 0.524 0.032
#> SRR2052802 1 0.5363 0.73691 0.724 0.000 0.276
#> SRR2052801 1 0.3116 0.76591 0.892 0.000 0.108
#> SRR2052800 1 0.5363 0.73691 0.724 0.000 0.276
#> SRR2052799 1 0.3425 0.76633 0.884 0.004 0.112
#> SRR2052798 2 0.6168 0.56101 0.224 0.740 0.036
#> SRR2052797 2 0.3826 0.69045 0.008 0.868 0.124
#> SRR2052796 1 0.3116 0.76591 0.892 0.000 0.108
#> SRR2052795 2 0.6168 0.56101 0.224 0.740 0.036
#> SRR2052794 1 0.3192 0.76517 0.888 0.000 0.112
#> SRR2052793 1 0.6354 0.69607 0.748 0.196 0.056
#> SRR2052792 1 0.6460 0.62014 0.556 0.004 0.440
#> SRR2052791 3 0.7266 0.11059 0.232 0.080 0.688
#> SRR2052790 3 0.6309 0.41529 0.000 0.500 0.500
#> SRR2052789 3 0.6126 0.76571 0.004 0.352 0.644
#> SRR2052788 3 0.6126 0.76571 0.004 0.352 0.644
#> SRR2052787 2 0.4002 0.64900 0.000 0.840 0.160
#> SRR2052785 2 0.6518 -0.39107 0.004 0.512 0.484
#> SRR2052784 2 0.6291 -0.32141 0.000 0.532 0.468
#> SRR2052783 2 0.6295 -0.33672 0.000 0.528 0.472
#> SRR2052782 2 0.5760 0.27684 0.000 0.672 0.328
#> SRR2052781 2 0.6442 -0.16686 0.004 0.564 0.432
#> SRR2052780 3 0.5882 0.77116 0.000 0.348 0.652
#> SRR2052777 2 0.5733 0.28809 0.000 0.676 0.324
#> SRR2052779 2 0.5760 0.27684 0.000 0.672 0.328
#> SRR2052778 3 0.5414 0.79437 0.016 0.212 0.772
#> SRR2052776 2 0.6302 -0.36708 0.000 0.520 0.480
#> SRR2052775 3 0.6247 0.73294 0.004 0.376 0.620
#> SRR2052773 3 0.6209 0.74434 0.004 0.368 0.628
#> SRR2052772 3 0.5848 0.80195 0.012 0.268 0.720
#> SRR2052774 3 0.6209 0.74434 0.004 0.368 0.628
#> SRR2052771 3 0.7266 0.11059 0.232 0.080 0.688
#> SRR2052769 3 0.6702 0.74759 0.024 0.328 0.648
#> SRR2052770 3 0.6016 0.80172 0.020 0.256 0.724
#> SRR2052768 2 0.2772 0.70795 0.004 0.916 0.080
#> SRR2052767 2 0.1267 0.71978 0.004 0.972 0.024
#> SRR2052766 3 0.6981 0.58982 0.136 0.132 0.732
#> SRR2052765 2 0.2878 0.69897 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052763 3 0.5315 0.79613 0.012 0.216 0.772
#> SRR2052764 2 0.1182 0.72023 0.012 0.976 0.012
#> SRR2052761 3 0.5772 0.79485 0.024 0.220 0.756
#> SRR2052760 2 0.2796 0.69955 0.000 0.908 0.092
#> SRR2052759 3 0.5315 0.79613 0.012 0.216 0.772
#> SRR2052762 2 0.4654 0.56638 0.000 0.792 0.208
#> SRR2052758 3 0.5926 0.75807 0.000 0.356 0.644
#> SRR2052756 2 0.7146 0.43039 0.264 0.676 0.060
#> SRR2052757 2 0.6521 -0.42360 0.004 0.500 0.496
#> SRR2052755 2 0.5318 0.59267 0.204 0.780 0.016
#> SRR2052754 1 0.4371 0.75930 0.860 0.108 0.032
#> SRR2052753 2 0.5269 0.59829 0.200 0.784 0.016
#> SRR2052752 2 0.8925 0.16954 0.364 0.504 0.132
#> SRR2052750 2 0.4411 0.65349 0.140 0.844 0.016
#> SRR2052751 2 0.5291 0.45612 0.000 0.732 0.268
#> SRR2052748 3 0.5470 0.73641 0.036 0.168 0.796
#> SRR2052747 2 0.6294 0.45842 0.288 0.692 0.020
#> SRR2052746 3 0.5315 0.79613 0.012 0.216 0.772
#> SRR2052745 3 0.5315 0.79613 0.012 0.216 0.772
#> SRR2052744 2 0.2384 0.70847 0.056 0.936 0.008
#> SRR2052741 2 0.3941 0.63608 0.000 0.844 0.156
#> SRR2052743 2 0.4121 0.62248 0.000 0.832 0.168
#> SRR2052740 2 0.3941 0.63608 0.000 0.844 0.156
#> SRR2052742 2 0.5138 0.48656 0.000 0.748 0.252
#> SRR2052739 2 0.2796 0.69933 0.000 0.908 0.092
#> SRR2052738 3 0.5220 0.79143 0.012 0.208 0.780
#> SRR2052736 2 0.0424 0.71957 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052735 2 0.0424 0.71957 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052734 2 0.0424 0.71957 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052737 2 0.3267 0.68520 0.000 0.884 0.116
#> SRR2052733 3 0.5977 0.80158 0.020 0.252 0.728
#> SRR2052732 2 0.2313 0.71518 0.032 0.944 0.024
#> SRR2052731 3 0.5905 0.76538 0.000 0.352 0.648
#> SRR2052729 2 0.5461 0.57032 0.216 0.768 0.016
#> SRR2052728 2 0.2774 0.69434 0.072 0.920 0.008
#> SRR2052730 3 0.7666 0.62319 0.076 0.288 0.636
#> SRR2052727 2 0.4782 0.63108 0.164 0.820 0.016
#> SRR2052725 2 0.0747 0.71933 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052726 2 0.0424 0.71957 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052724 2 0.6168 0.56101 0.224 0.740 0.036
#> SRR2052723 3 0.5407 0.72166 0.040 0.156 0.804
#> SRR2052722 3 0.6081 0.77045 0.004 0.344 0.652
#> SRR2052721 2 0.4475 0.64934 0.144 0.840 0.016
#> SRR2052720 2 0.3686 0.66810 0.000 0.860 0.140
#> SRR2052719 2 0.2066 0.71163 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052718 2 0.1765 0.71215 0.040 0.956 0.004
#> SRR2052717 2 0.4654 0.56638 0.000 0.792 0.208
#> SRR2052714 2 0.7739 0.54121 0.204 0.672 0.124
#> SRR2052716 3 0.5772 0.79485 0.024 0.220 0.756
#> SRR2052715 3 0.5760 0.78391 0.000 0.328 0.672
#> SRR2052713 2 0.5817 0.53838 0.236 0.744 0.020
#> SRR2052712 1 0.8455 0.66065 0.584 0.296 0.120
#> SRR2052711 2 0.7076 0.45070 0.256 0.684 0.060
#> SRR2052710 2 0.4586 0.70305 0.048 0.856 0.096
#> SRR2052707 3 0.5775 0.80179 0.012 0.260 0.728
#> SRR2052709 3 0.5760 0.78391 0.000 0.328 0.672
#> SRR2052704 3 0.5223 0.76040 0.024 0.176 0.800
#> SRR2052705 2 0.4121 0.62248 0.000 0.832 0.168
#> SRR2052697 2 0.1267 0.71978 0.004 0.972 0.024
#> SRR2052703 3 0.6209 0.74434 0.004 0.368 0.628
#> SRR2052696 2 0.6168 0.56121 0.224 0.740 0.036
#> SRR2052706 2 0.3499 0.71322 0.028 0.900 0.072
#> SRR2052695 2 0.2959 0.69747 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052694 2 0.2796 0.69955 0.000 0.908 0.092
#> SRR2052692 3 0.5948 0.75616 0.000 0.360 0.640
#> SRR2052693 2 0.6521 -0.42360 0.004 0.500 0.496
#> SRR2052691 2 0.4002 0.63290 0.000 0.840 0.160
#> SRR2052690 2 0.3879 0.63885 0.000 0.848 0.152
#> SRR2052689 3 0.7666 0.62319 0.076 0.288 0.636
#> SRR2052687 2 0.8033 -0.07184 0.064 0.512 0.424
#> SRR2052686 2 0.1129 0.71862 0.020 0.976 0.004
#> SRR2052688 2 0.3267 0.68520 0.000 0.884 0.116
#> SRR2052684 3 0.3791 0.49275 0.060 0.048 0.892
#> SRR2052685 2 0.2625 0.70260 0.000 0.916 0.084
#> SRR2052683 1 0.4063 0.75513 0.868 0.112 0.020
#> SRR2052681 2 0.3764 0.70730 0.068 0.892 0.040
#> SRR2052680 1 0.8455 0.66065 0.584 0.296 0.120
#> SRR2052682 2 0.0424 0.71957 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052679 2 0.4782 0.63108 0.164 0.820 0.016
#> SRR2052678 3 0.6045 0.72588 0.000 0.380 0.620
#> SRR2052677 2 0.6079 0.04563 0.000 0.612 0.388
#> SRR2052675 2 0.1267 0.71978 0.004 0.972 0.024
#> SRR2052676 2 0.4453 0.64093 0.152 0.836 0.012
#> SRR2052674 2 0.5267 0.65603 0.044 0.816 0.140
#> SRR2052672 3 0.5785 0.78203 0.000 0.332 0.668
#> SRR2052673 2 0.0424 0.71957 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052671 2 0.1529 0.71689 0.000 0.960 0.040
#> SRR2052670 3 0.6081 0.77160 0.004 0.344 0.652
#> SRR2052669 2 0.3686 0.66811 0.000 0.860 0.140
#> SRR2052668 2 0.4062 0.62832 0.000 0.836 0.164
#> SRR2052667 2 0.4662 0.69411 0.032 0.844 0.124
#> SRR2052666 3 0.5650 0.78753 0.000 0.312 0.688
#> SRR2052665 2 0.4121 0.62229 0.000 0.832 0.168
#> SRR2052664 1 0.4591 0.75740 0.848 0.120 0.032
#> SRR2052663 2 0.1182 0.72023 0.012 0.976 0.012
#> SRR2052662 2 0.3752 0.66068 0.000 0.856 0.144
#> SRR2052661 2 0.2200 0.70442 0.056 0.940 0.004
#> SRR2052660 3 0.6081 0.77237 0.004 0.344 0.652
#> SRR2052659 3 0.5551 0.79249 0.020 0.212 0.768
#> SRR2052658 2 0.3941 0.63532 0.000 0.844 0.156
#> SRR2052657 2 0.6168 0.55377 0.224 0.740 0.036
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.249 0.7251 0.020 0.912 0.068 0.000
#> SRR2052701 2 0.201 0.7244 0.004 0.932 0.060 0.004
#> SRR2052700 2 0.497 0.6758 0.140 0.772 0.088 0.000
#> SRR2052699 2 0.423 0.6439 0.004 0.764 0.228 0.004
#> SRR2052698 3 0.488 0.6070 0.008 0.296 0.692 0.004
#> SRR2052708 2 0.641 0.4883 0.068 0.680 0.032 0.220
#> SRR2052749 2 0.641 0.4883 0.068 0.680 0.032 0.220
#> SRR2052786 2 0.419 0.6460 0.000 0.752 0.244 0.004
#> SRR2052825 1 0.442 0.9133 0.812 0.132 0.052 0.004
#> SRR2052824 1 0.442 0.9133 0.812 0.132 0.052 0.004
#> SRR2052823 2 0.352 0.7242 0.052 0.864 0.084 0.000
#> SRR2052822 3 0.512 0.4488 0.004 0.376 0.616 0.004
#> SRR2052821 2 0.566 0.6774 0.124 0.720 0.156 0.000
#> SRR2052820 3 0.262 0.7177 0.016 0.036 0.920 0.028
#> SRR2052819 1 0.539 0.5912 0.736 0.056 0.200 0.008
#> SRR2052818 2 0.471 0.6508 0.172 0.776 0.052 0.000
#> SRR2052817 3 0.482 0.6236 0.008 0.288 0.700 0.004
#> SRR2052816 2 0.681 0.5120 0.144 0.612 0.240 0.004
#> SRR2052815 1 0.442 0.9133 0.812 0.132 0.052 0.004
#> SRR2052814 2 0.729 0.2488 0.364 0.480 0.156 0.000
#> SRR2052813 2 0.537 0.1400 0.012 0.544 0.444 0.000
#> SRR2052812 2 0.249 0.7251 0.020 0.912 0.068 0.000
#> SRR2052811 2 0.249 0.7251 0.020 0.912 0.068 0.000
#> SRR2052810 2 0.500 0.6271 0.200 0.748 0.052 0.000
#> SRR2052809 3 0.545 0.1602 0.008 0.468 0.520 0.004
#> SRR2052808 3 0.754 0.1932 0.144 0.344 0.500 0.012
#> SRR2052807 4 0.545 0.4624 0.360 0.000 0.024 0.616
#> SRR2052806 4 0.730 -0.1637 0.096 0.444 0.016 0.444
#> SRR2052805 2 0.735 0.0707 0.092 0.448 0.020 0.440
#> SRR2052804 3 0.700 0.5111 0.140 0.064 0.676 0.120
#> SRR2052803 2 0.735 0.0707 0.092 0.448 0.020 0.440
#> SRR2052802 4 0.651 0.3414 0.456 0.000 0.072 0.472
#> SRR2052801 4 0.546 0.4486 0.392 0.000 0.020 0.588
#> SRR2052800 4 0.651 0.3414 0.456 0.000 0.072 0.472
#> SRR2052799 4 0.479 0.5090 0.236 0.004 0.020 0.740
#> SRR2052798 2 0.641 0.4883 0.068 0.680 0.032 0.220
#> SRR2052797 2 0.553 0.6520 0.076 0.712 0.212 0.000
#> SRR2052796 4 0.545 0.4516 0.388 0.000 0.020 0.592
#> SRR2052795 2 0.641 0.4883 0.068 0.680 0.032 0.220
#> SRR2052794 4 0.461 0.5080 0.236 0.000 0.020 0.744
#> SRR2052793 4 0.604 0.3357 0.116 0.140 0.020 0.724
#> SRR2052792 4 0.766 0.1411 0.380 0.000 0.212 0.408
#> SRR2052791 3 0.843 0.1334 0.192 0.060 0.512 0.236
#> SRR2052790 3 0.505 0.5653 0.004 0.328 0.660 0.008
#> SRR2052789 3 0.325 0.7671 0.000 0.140 0.852 0.008
#> SRR2052788 3 0.325 0.7671 0.000 0.140 0.852 0.008
#> SRR2052787 2 0.440 0.6354 0.004 0.744 0.248 0.004
#> SRR2052785 3 0.482 0.5359 0.000 0.344 0.652 0.004
#> SRR2052784 3 0.511 0.4717 0.004 0.372 0.620 0.004
#> SRR2052783 3 0.508 0.4895 0.004 0.364 0.628 0.004
#> SRR2052782 2 0.537 0.1400 0.012 0.544 0.444 0.000
#> SRR2052781 3 0.537 0.3488 0.008 0.412 0.576 0.004
#> SRR2052780 3 0.324 0.7682 0.004 0.136 0.856 0.004
#> SRR2052777 2 0.526 0.1309 0.008 0.548 0.444 0.000
#> SRR2052779 2 0.537 0.1400 0.012 0.544 0.444 0.000
#> SRR2052778 3 0.272 0.7236 0.024 0.040 0.916 0.020
#> SRR2052776 3 0.480 0.5469 0.000 0.340 0.656 0.004
#> SRR2052775 3 0.345 0.7626 0.000 0.156 0.836 0.008
#> SRR2052773 3 0.350 0.7619 0.000 0.160 0.832 0.008
#> SRR2052772 3 0.259 0.7506 0.008 0.068 0.912 0.012
#> SRR2052774 3 0.350 0.7619 0.000 0.160 0.832 0.008
#> SRR2052771 3 0.843 0.1334 0.192 0.060 0.512 0.236
#> SRR2052769 3 0.491 0.7225 0.040 0.152 0.788 0.020
#> SRR2052770 3 0.349 0.7465 0.032 0.068 0.880 0.020
#> SRR2052768 2 0.379 0.7096 0.016 0.820 0.164 0.000
#> SRR2052767 2 0.249 0.7251 0.020 0.912 0.068 0.000
#> SRR2052766 3 0.562 0.5629 0.116 0.012 0.748 0.124
#> SRR2052765 2 0.404 0.6990 0.020 0.804 0.176 0.000
#> SRR2052763 3 0.253 0.7222 0.020 0.032 0.924 0.024
#> SRR2052764 2 0.313 0.7024 0.076 0.884 0.040 0.000
#> SRR2052761 3 0.262 0.7177 0.016 0.036 0.920 0.028
#> SRR2052760 2 0.388 0.6996 0.016 0.812 0.172 0.000
#> SRR2052759 3 0.253 0.7222 0.020 0.032 0.924 0.024
#> SRR2052762 2 0.503 0.5231 0.016 0.672 0.312 0.000
#> SRR2052758 3 0.348 0.7676 0.004 0.144 0.844 0.008
#> SRR2052756 2 0.662 0.0652 0.404 0.532 0.044 0.020
#> SRR2052757 3 0.456 0.6070 0.000 0.296 0.700 0.004
#> SRR2052755 2 0.564 0.5212 0.068 0.720 0.008 0.204
#> SRR2052754 4 0.643 0.3261 0.372 0.076 0.000 0.552
#> SRR2052753 2 0.580 0.5319 0.072 0.716 0.012 0.200
#> SRR2052752 2 0.864 0.1082 0.084 0.432 0.124 0.360
#> SRR2052750 2 0.446 0.5886 0.044 0.792 0.000 0.164
#> SRR2052751 2 0.496 0.3822 0.000 0.616 0.380 0.004
#> SRR2052748 3 0.350 0.6723 0.048 0.016 0.880 0.056
#> SRR2052747 2 0.632 0.4080 0.084 0.632 0.004 0.280
#> SRR2052746 3 0.253 0.7222 0.020 0.032 0.924 0.024
#> SRR2052745 3 0.253 0.7222 0.020 0.032 0.924 0.024
#> SRR2052744 2 0.282 0.6839 0.008 0.904 0.020 0.068
#> SRR2052741 2 0.412 0.6497 0.008 0.772 0.220 0.000
#> SRR2052743 2 0.439 0.6214 0.008 0.740 0.252 0.000
#> SRR2052740 2 0.412 0.6497 0.008 0.772 0.220 0.000
#> SRR2052742 2 0.506 0.4245 0.004 0.632 0.360 0.004
#> SRR2052739 2 0.388 0.6991 0.016 0.812 0.172 0.000
#> SRR2052738 3 0.233 0.7138 0.020 0.024 0.932 0.024
#> SRR2052736 2 0.213 0.7135 0.008 0.936 0.040 0.016
#> SRR2052735 2 0.213 0.7135 0.008 0.936 0.040 0.016
#> SRR2052734 2 0.201 0.7156 0.008 0.940 0.040 0.012
#> SRR2052737 2 0.405 0.6717 0.008 0.780 0.212 0.000
#> SRR2052733 3 0.334 0.7431 0.032 0.060 0.888 0.020
#> SRR2052732 2 0.418 0.6826 0.128 0.820 0.052 0.000
#> SRR2052731 3 0.325 0.7663 0.000 0.140 0.852 0.008
#> SRR2052729 2 0.540 0.5032 0.064 0.716 0.000 0.220
#> SRR2052728 2 0.279 0.6551 0.012 0.896 0.004 0.088
#> SRR2052730 3 0.691 0.5431 0.156 0.116 0.676 0.052
#> SRR2052727 2 0.476 0.5674 0.048 0.768 0.000 0.184
#> SRR2052725 2 0.221 0.7154 0.024 0.932 0.040 0.004
#> SRR2052726 2 0.213 0.7135 0.008 0.936 0.040 0.016
#> SRR2052724 2 0.641 0.4883 0.068 0.680 0.032 0.220
#> SRR2052723 3 0.334 0.6593 0.052 0.008 0.884 0.056
#> SRR2052722 3 0.300 0.7674 0.000 0.132 0.864 0.004
#> SRR2052721 2 0.438 0.5872 0.036 0.792 0.000 0.172
#> SRR2052720 2 0.405 0.6585 0.004 0.768 0.228 0.000
#> SRR2052719 2 0.350 0.7151 0.016 0.844 0.140 0.000
#> SRR2052718 2 0.176 0.7021 0.020 0.952 0.016 0.012
#> SRR2052717 2 0.503 0.5231 0.016 0.672 0.312 0.000
#> SRR2052714 2 0.766 0.4361 0.068 0.612 0.124 0.196
#> SRR2052716 3 0.262 0.7177 0.016 0.036 0.920 0.028
#> SRR2052715 3 0.322 0.7682 0.004 0.124 0.864 0.008
#> SRR2052713 2 0.580 0.4839 0.068 0.688 0.004 0.240
#> SRR2052712 1 0.442 0.9133 0.812 0.132 0.052 0.004
#> SRR2052711 2 0.656 0.0737 0.408 0.528 0.052 0.012
#> SRR2052710 2 0.569 0.6835 0.104 0.712 0.184 0.000
#> SRR2052707 3 0.298 0.7499 0.016 0.076 0.896 0.012
#> SRR2052709 3 0.316 0.7684 0.004 0.120 0.868 0.008
#> SRR2052704 3 0.290 0.6867 0.040 0.016 0.908 0.036
#> SRR2052705 2 0.439 0.6214 0.008 0.740 0.252 0.000
#> SRR2052697 2 0.249 0.7251 0.020 0.912 0.068 0.000
#> SRR2052703 3 0.345 0.7620 0.000 0.156 0.836 0.008
#> SRR2052696 2 0.632 0.4911 0.068 0.684 0.028 0.220
#> SRR2052706 2 0.553 0.6823 0.124 0.732 0.144 0.000
#> SRR2052695 2 0.397 0.6974 0.016 0.804 0.180 0.000
#> SRR2052694 2 0.388 0.6996 0.016 0.812 0.172 0.000
#> SRR2052692 3 0.353 0.7675 0.004 0.148 0.840 0.008
#> SRR2052693 3 0.456 0.6070 0.000 0.296 0.700 0.004
#> SRR2052691 2 0.412 0.6406 0.004 0.760 0.236 0.000
#> SRR2052690 2 0.420 0.6472 0.004 0.768 0.224 0.004
#> SRR2052689 3 0.691 0.5431 0.156 0.116 0.676 0.052
#> SRR2052687 3 0.762 0.2621 0.148 0.324 0.512 0.016
#> SRR2052686 2 0.240 0.7146 0.028 0.928 0.032 0.012
#> SRR2052688 2 0.405 0.6717 0.008 0.780 0.212 0.000
#> SRR2052684 3 0.494 0.4759 0.172 0.000 0.764 0.064
#> SRR2052685 2 0.335 0.7160 0.008 0.844 0.148 0.000
#> SRR2052683 4 0.620 0.3443 0.344 0.056 0.004 0.596
#> SRR2052681 2 0.471 0.6744 0.152 0.784 0.064 0.000
#> SRR2052680 1 0.442 0.9133 0.812 0.132 0.052 0.004
#> SRR2052682 2 0.213 0.7147 0.008 0.936 0.040 0.016
#> SRR2052679 2 0.476 0.5674 0.048 0.768 0.000 0.184
#> SRR2052678 3 0.364 0.7566 0.000 0.172 0.820 0.008
#> SRR2052677 3 0.533 0.1279 0.004 0.476 0.516 0.004
#> SRR2052675 2 0.249 0.7251 0.020 0.912 0.068 0.000
#> SRR2052676 2 0.414 0.6002 0.024 0.800 0.000 0.176
#> SRR2052674 2 0.620 0.5882 0.164 0.672 0.164 0.000
#> SRR2052672 3 0.329 0.7666 0.004 0.120 0.864 0.012
#> SRR2052673 2 0.201 0.7156 0.008 0.940 0.040 0.012
#> SRR2052671 2 0.311 0.7253 0.016 0.872 0.112 0.000
#> SRR2052670 3 0.309 0.7665 0.000 0.128 0.864 0.008
#> SRR2052669 2 0.405 0.6589 0.004 0.768 0.228 0.000
#> SRR2052668 2 0.416 0.6358 0.004 0.756 0.240 0.000
#> SRR2052667 2 0.536 0.6738 0.064 0.720 0.216 0.000
#> SRR2052666 3 0.280 0.7593 0.004 0.096 0.892 0.008
#> SRR2052665 2 0.439 0.6206 0.008 0.740 0.252 0.000
#> SRR2052664 4 0.653 0.3026 0.388 0.080 0.000 0.532
#> SRR2052663 2 0.313 0.7024 0.076 0.884 0.040 0.000
#> SRR2052662 2 0.430 0.6427 0.008 0.752 0.240 0.000
#> SRR2052661 2 0.236 0.6688 0.012 0.920 0.004 0.064
#> SRR2052660 3 0.361 0.7688 0.004 0.144 0.840 0.012
#> SRR2052659 3 0.230 0.7125 0.012 0.028 0.932 0.028
#> SRR2052658 2 0.423 0.6439 0.004 0.764 0.228 0.004
#> SRR2052657 2 0.626 0.4870 0.068 0.684 0.024 0.224
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.5611 0.5303 0.408 0.516 0.076 0.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.5598 0.4514 0.452 0.484 0.060 0.004 0.000
#> SRR2052700 2 0.6508 0.5187 0.280 0.576 0.092 0.052 0.000
#> SRR2052699 2 0.6897 0.5812 0.336 0.388 0.272 0.004 0.000
#> SRR2052698 3 0.4457 0.6189 0.092 0.152 0.756 0.000 0.000
#> SRR2052708 1 0.1041 0.6557 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR2052749 1 0.1041 0.6557 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR2052786 2 0.6778 0.6121 0.340 0.380 0.280 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.6072 0.3850 0.000 0.432 0.004 0.460 0.104
#> SRR2052824 4 0.6072 0.3850 0.000 0.432 0.004 0.460 0.104
#> SRR2052823 2 0.6470 0.5400 0.392 0.488 0.088 0.032 0.000
#> SRR2052822 3 0.5149 0.5007 0.104 0.216 0.680 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.7043 0.5718 0.256 0.528 0.176 0.036 0.004
#> SRR2052820 3 0.3357 0.5950 0.012 0.016 0.836 0.000 0.136
#> SRR2052819 4 0.7880 0.1393 0.000 0.276 0.196 0.428 0.100
#> SRR2052818 2 0.5631 0.4218 0.268 0.640 0.020 0.072 0.000
#> SRR2052817 3 0.4297 0.6294 0.072 0.164 0.764 0.000 0.000
#> SRR2052816 2 0.7767 0.4208 0.204 0.492 0.228 0.056 0.020
#> SRR2052815 4 0.6072 0.3850 0.000 0.432 0.004 0.460 0.104
#> SRR2052814 2 0.6256 0.2976 0.072 0.664 0.160 0.100 0.004
#> SRR2052813 3 0.6321 -0.0402 0.160 0.312 0.524 0.000 0.004
#> SRR2052812 2 0.5605 0.5328 0.404 0.520 0.076 0.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.5605 0.5328 0.404 0.520 0.076 0.000 0.000
#> SRR2052810 2 0.5748 0.3931 0.252 0.640 0.020 0.088 0.000
#> SRR2052809 3 0.5848 0.2675 0.128 0.296 0.576 0.000 0.000
#> SRR2052808 3 0.8714 0.2404 0.156 0.268 0.420 0.064 0.092
#> SRR2052807 4 0.5582 0.0407 0.028 0.012 0.008 0.484 0.468
#> SRR2052806 1 0.4845 0.3644 0.684 0.024 0.012 0.276 0.004
#> SRR2052805 1 0.5047 0.3572 0.692 0.024 0.012 0.256 0.016
#> SRR2052804 3 0.6671 0.2749 0.012 0.120 0.568 0.024 0.276
#> SRR2052803 1 0.5047 0.3572 0.692 0.024 0.012 0.256 0.016
#> SRR2052802 5 0.4235 0.2152 0.004 0.016 0.012 0.212 0.756
#> SRR2052801 4 0.4221 0.3035 0.044 0.000 0.004 0.764 0.188
#> SRR2052800 5 0.4235 0.2152 0.004 0.016 0.012 0.212 0.756
#> SRR2052799 4 0.5166 0.1907 0.044 0.000 0.004 0.604 0.348
#> SRR2052798 1 0.1041 0.6557 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR2052797 2 0.7109 0.5802 0.248 0.480 0.248 0.020 0.004
#> SRR2052796 4 0.4256 0.3018 0.044 0.000 0.004 0.760 0.192
#> SRR2052795 1 0.1041 0.6557 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR2052794 4 0.5099 0.1876 0.040 0.000 0.004 0.608 0.348
#> SRR2052793 4 0.7470 0.1944 0.292 0.024 0.012 0.440 0.232
#> SRR2052792 5 0.1522 0.3314 0.000 0.012 0.044 0.000 0.944
#> SRR2052791 5 0.7391 0.4021 0.068 0.016 0.376 0.088 0.452
#> SRR2052790 3 0.4407 0.5801 0.064 0.172 0.760 0.000 0.004
#> SRR2052789 3 0.1356 0.6793 0.012 0.028 0.956 0.000 0.004
#> SRR2052788 3 0.1356 0.6793 0.012 0.028 0.956 0.000 0.004
#> SRR2052787 2 0.6815 0.6023 0.336 0.356 0.308 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.4373 0.5651 0.080 0.160 0.760 0.000 0.000
#> SRR2052784 3 0.4747 0.5110 0.084 0.196 0.720 0.000 0.000
#> SRR2052783 3 0.4660 0.5251 0.080 0.192 0.728 0.000 0.000
#> SRR2052782 3 0.6321 -0.0402 0.160 0.312 0.524 0.000 0.004
#> SRR2052781 3 0.5491 0.4286 0.116 0.224 0.656 0.004 0.000
#> SRR2052780 3 0.1569 0.6799 0.008 0.032 0.948 0.000 0.012
#> SRR2052777 3 0.6212 -0.0882 0.160 0.324 0.516 0.000 0.000
#> SRR2052779 3 0.6321 -0.0402 0.160 0.312 0.524 0.000 0.004
#> SRR2052778 3 0.3493 0.5895 0.000 0.060 0.832 0.000 0.108
#> SRR2052776 3 0.4376 0.5764 0.092 0.144 0.764 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.1522 0.6817 0.012 0.044 0.944 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.1960 0.6819 0.020 0.048 0.928 0.000 0.004
#> SRR2052772 3 0.2171 0.6438 0.000 0.024 0.912 0.000 0.064
#> SRR2052774 3 0.1960 0.6819 0.020 0.048 0.928 0.000 0.004
#> SRR2052771 5 0.7391 0.4021 0.068 0.016 0.376 0.088 0.452
#> SRR2052769 3 0.4875 0.6207 0.032 0.092 0.776 0.008 0.092
#> SRR2052770 3 0.2845 0.6413 0.000 0.020 0.876 0.008 0.096
#> SRR2052768 2 0.6510 0.6404 0.360 0.444 0.196 0.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.5611 0.5303 0.408 0.516 0.076 0.000 0.000
#> SRR2052766 3 0.5371 0.3390 0.000 0.052 0.624 0.012 0.312
#> SRR2052765 2 0.6685 0.6423 0.332 0.452 0.212 0.004 0.000
#> SRR2052763 3 0.2818 0.6034 0.004 0.008 0.860 0.000 0.128
#> SRR2052764 2 0.5162 0.4514 0.344 0.612 0.032 0.012 0.000
#> SRR2052761 3 0.3357 0.5950 0.012 0.016 0.836 0.000 0.136
#> SRR2052760 2 0.6638 0.6366 0.364 0.412 0.224 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.2818 0.6034 0.004 0.008 0.860 0.000 0.128
#> SRR2052762 3 0.6756 -0.5398 0.264 0.364 0.372 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.1949 0.6805 0.012 0.040 0.932 0.000 0.016
#> SRR2052756 2 0.5517 0.1044 0.112 0.716 0.032 0.136 0.004
#> SRR2052757 3 0.4064 0.6215 0.092 0.116 0.792 0.000 0.000
#> SRR2052755 1 0.1329 0.6542 0.956 0.032 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052754 4 0.4759 0.3497 0.328 0.020 0.000 0.644 0.008
#> SRR2052753 1 0.1788 0.6457 0.932 0.056 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052752 1 0.6334 0.3450 0.652 0.020 0.104 0.192 0.032
#> SRR2052750 1 0.2621 0.6122 0.876 0.112 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052751 3 0.6647 -0.3327 0.252 0.304 0.444 0.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.3764 0.5227 0.008 0.008 0.772 0.000 0.212
#> SRR2052747 1 0.2228 0.6240 0.912 0.012 0.008 0.068 0.000
#> SRR2052746 3 0.2818 0.6034 0.004 0.008 0.860 0.000 0.128
#> SRR2052745 3 0.2818 0.6034 0.004 0.008 0.860 0.000 0.128
#> SRR2052744 1 0.4314 0.3479 0.700 0.280 0.016 0.004 0.000
#> SRR2052741 2 0.6821 0.6004 0.320 0.424 0.252 0.004 0.000
#> SRR2052743 2 0.6918 0.5842 0.300 0.388 0.308 0.004 0.000
#> SRR2052740 2 0.6821 0.6004 0.320 0.424 0.252 0.004 0.000
#> SRR2052742 3 0.6839 -0.3783 0.260 0.316 0.420 0.004 0.000
#> SRR2052739 2 0.6730 0.6393 0.364 0.420 0.212 0.004 0.000
#> SRR2052738 3 0.2911 0.5973 0.004 0.008 0.852 0.000 0.136
#> SRR2052736 1 0.4943 -0.0392 0.556 0.420 0.016 0.008 0.000
#> SRR2052735 1 0.4943 -0.0392 0.556 0.420 0.016 0.008 0.000
#> SRR2052734 1 0.5144 -0.1669 0.520 0.448 0.024 0.008 0.000
#> SRR2052737 2 0.6746 0.6262 0.360 0.380 0.260 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.2645 0.6350 0.000 0.012 0.884 0.008 0.096
#> SRR2052732 2 0.5673 0.4283 0.312 0.608 0.020 0.060 0.000
#> SRR2052731 3 0.1243 0.6787 0.008 0.028 0.960 0.000 0.004
#> SRR2052729 1 0.1059 0.6560 0.968 0.020 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052728 1 0.3937 0.4211 0.736 0.252 0.004 0.008 0.000
#> SRR2052730 3 0.7353 0.3388 0.024 0.172 0.572 0.060 0.172
#> SRR2052727 1 0.2295 0.6326 0.900 0.088 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052725 2 0.5161 0.2842 0.484 0.484 0.024 0.008 0.000
#> SRR2052726 1 0.4943 -0.0392 0.556 0.420 0.016 0.008 0.000
#> SRR2052724 1 0.1041 0.6557 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR2052723 3 0.4404 0.4870 0.008 0.040 0.748 0.000 0.204
#> SRR2052722 3 0.1988 0.6765 0.016 0.048 0.928 0.000 0.008
#> SRR2052721 1 0.2621 0.6121 0.876 0.112 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052720 2 0.6788 0.6184 0.344 0.372 0.284 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.6431 0.6123 0.388 0.436 0.176 0.000 0.000
#> SRR2052718 1 0.4882 -0.1737 0.540 0.440 0.012 0.008 0.000
#> SRR2052717 3 0.6756 -0.5398 0.264 0.364 0.372 0.000 0.000
#> SRR2052714 1 0.2943 0.5719 0.868 0.004 0.108 0.004 0.016
#> SRR2052716 3 0.3357 0.5950 0.012 0.016 0.836 0.000 0.136
#> SRR2052715 3 0.1690 0.6769 0.008 0.024 0.944 0.000 0.024
#> SRR2052713 1 0.1059 0.6541 0.968 0.004 0.008 0.020 0.000
#> SRR2052712 4 0.6179 0.3836 0.000 0.428 0.008 0.460 0.104
#> SRR2052711 2 0.5400 0.1279 0.088 0.732 0.044 0.132 0.004
#> SRR2052710 2 0.7364 0.5586 0.340 0.436 0.172 0.052 0.000
#> SRR2052707 3 0.2992 0.6282 0.000 0.068 0.868 0.000 0.064
#> SRR2052709 3 0.1780 0.6764 0.008 0.028 0.940 0.000 0.024
#> SRR2052704 3 0.4288 0.5372 0.008 0.056 0.776 0.000 0.160
#> SRR2052705 2 0.6924 0.5820 0.304 0.384 0.308 0.004 0.000
#> SRR2052697 2 0.5616 0.5269 0.412 0.512 0.076 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.2032 0.6816 0.020 0.052 0.924 0.000 0.004
#> SRR2052696 1 0.1041 0.6555 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR2052706 2 0.6994 0.5712 0.264 0.532 0.164 0.036 0.004
#> SRR2052695 2 0.6667 0.6389 0.364 0.404 0.232 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.6638 0.6366 0.364 0.412 0.224 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.1869 0.6808 0.012 0.036 0.936 0.000 0.016
#> SRR2052693 3 0.4064 0.6215 0.092 0.116 0.792 0.000 0.000
#> SRR2052691 1 0.6908 -0.5911 0.364 0.360 0.272 0.004 0.000
#> SRR2052690 2 0.6888 0.5796 0.348 0.384 0.264 0.004 0.000
#> SRR2052689 3 0.7322 0.3430 0.024 0.168 0.576 0.060 0.172
#> SRR2052687 3 0.8612 0.2928 0.148 0.232 0.456 0.064 0.100
#> SRR2052686 2 0.5257 0.3066 0.476 0.488 0.024 0.012 0.000
#> SRR2052688 2 0.6746 0.6262 0.360 0.380 0.260 0.000 0.000
#> SRR2052684 3 0.4645 0.1158 0.008 0.008 0.608 0.000 0.376
#> SRR2052685 2 0.6553 0.6171 0.368 0.452 0.176 0.004 0.000
#> SRR2052683 4 0.4262 0.3479 0.288 0.012 0.000 0.696 0.004
#> SRR2052681 2 0.6334 0.4510 0.340 0.552 0.036 0.068 0.004
#> SRR2052680 4 0.6179 0.3836 0.000 0.428 0.008 0.460 0.104
#> SRR2052682 1 0.5057 -0.1186 0.532 0.440 0.020 0.008 0.000
#> SRR2052679 1 0.2295 0.6326 0.900 0.088 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052678 3 0.2158 0.6804 0.020 0.052 0.920 0.000 0.008
#> SRR2052677 3 0.5796 0.2268 0.128 0.284 0.588 0.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.5616 0.5269 0.412 0.512 0.076 0.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.4004 0.5633 0.784 0.172 0.004 0.040 0.000
#> SRR2052674 2 0.6970 0.4156 0.208 0.584 0.128 0.076 0.004
#> SRR2052672 3 0.1503 0.6756 0.008 0.020 0.952 0.000 0.020
#> SRR2052673 1 0.5144 -0.1669 0.520 0.448 0.024 0.008 0.000
#> SRR2052671 2 0.6210 0.5886 0.404 0.456 0.140 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.1329 0.6759 0.008 0.032 0.956 0.000 0.004
#> SRR2052669 2 0.6775 0.6206 0.348 0.376 0.276 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.6921 0.5785 0.336 0.376 0.284 0.004 0.000
#> SRR2052667 2 0.7459 0.5878 0.348 0.396 0.212 0.044 0.000
#> SRR2052666 3 0.1483 0.6538 0.012 0.008 0.952 0.000 0.028
#> SRR2052665 2 0.6929 0.5809 0.308 0.380 0.308 0.004 0.000
#> SRR2052664 4 0.5140 0.3524 0.328 0.040 0.000 0.624 0.008
#> SRR2052663 2 0.5162 0.4514 0.344 0.612 0.032 0.012 0.000
#> SRR2052662 2 0.6805 0.6114 0.344 0.360 0.296 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.4338 0.3301 0.684 0.300 0.008 0.008 0.000
#> SRR2052660 3 0.2339 0.6783 0.008 0.052 0.912 0.000 0.028
#> SRR2052659 3 0.3210 0.5921 0.012 0.012 0.844 0.000 0.132
#> SRR2052658 2 0.6889 0.5872 0.328 0.396 0.272 0.004 0.000
#> SRR2052657 1 0.0865 0.6565 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 2 0.2123 0.6354 0.024 0.912 0.052 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.3220 0.5916 0.064 0.860 0.040 0.024 0.000 0.012
#> SRR2052700 2 0.5786 0.5859 0.084 0.672 0.084 0.140 0.000 0.020
#> SRR2052699 2 0.4622 0.6477 0.048 0.708 0.220 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052698 3 0.4480 0.5535 0.008 0.208 0.724 0.044 0.000 0.016
#> SRR2052708 1 0.4274 0.8566 0.676 0.288 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.4274 0.8566 0.676 0.288 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.4156 0.6454 0.008 0.704 0.256 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.2812 0.8960 0.000 0.104 0.008 0.860 0.028 0.000
#> SRR2052824 4 0.2812 0.8960 0.000 0.104 0.008 0.860 0.028 0.000
#> SRR2052823 2 0.3546 0.6391 0.028 0.828 0.072 0.072 0.000 0.000
#> SRR2052822 3 0.4916 0.4271 0.008 0.284 0.648 0.044 0.000 0.016
#> SRR2052821 2 0.6390 0.6035 0.080 0.604 0.176 0.120 0.000 0.020
#> SRR2052820 3 0.4002 0.4125 0.016 0.008 0.728 0.008 0.000 0.240
#> SRR2052819 4 0.3937 0.5366 0.000 0.008 0.196 0.760 0.028 0.008
#> SRR2052818 2 0.5341 0.5089 0.080 0.668 0.020 0.212 0.000 0.020
#> SRR2052817 3 0.4394 0.5615 0.008 0.196 0.736 0.044 0.000 0.016
#> SRR2052816 2 0.7292 0.4162 0.064 0.532 0.176 0.140 0.000 0.088
#> SRR2052815 4 0.2812 0.8960 0.000 0.104 0.008 0.860 0.028 0.000
#> SRR2052814 2 0.7715 0.1067 0.108 0.392 0.160 0.304 0.000 0.036
#> SRR2052813 3 0.4720 -0.1398 0.008 0.476 0.492 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052812 2 0.2202 0.6366 0.028 0.908 0.052 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.2202 0.6366 0.028 0.908 0.052 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052810 2 0.5460 0.4649 0.076 0.644 0.020 0.240 0.000 0.020
#> SRR2052809 3 0.5250 0.1601 0.008 0.388 0.544 0.044 0.000 0.016
#> SRR2052808 3 0.8188 0.1251 0.064 0.236 0.384 0.164 0.000 0.152
#> SRR2052807 5 0.3155 0.5722 0.000 0.000 0.004 0.088 0.840 0.068
#> SRR2052806 1 0.5997 0.5259 0.572 0.184 0.004 0.016 0.220 0.004
#> SRR2052805 1 0.5977 0.5423 0.600 0.180 0.004 0.028 0.184 0.004
#> SRR2052804 3 0.6564 -0.0446 0.032 0.020 0.484 0.100 0.008 0.356
#> SRR2052803 1 0.5977 0.5423 0.600 0.180 0.004 0.028 0.184 0.004
#> SRR2052802 5 0.6393 0.3121 0.036 0.000 0.008 0.124 0.440 0.392
#> SRR2052801 5 0.2668 0.5745 0.004 0.000 0.000 0.168 0.828 0.000
#> SRR2052800 5 0.6393 0.3121 0.036 0.000 0.008 0.124 0.440 0.392
#> SRR2052799 5 0.0363 0.6161 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052798 1 0.4274 0.8566 0.676 0.288 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.6253 0.5842 0.064 0.592 0.240 0.080 0.000 0.024
#> SRR2052796 5 0.2632 0.5769 0.004 0.000 0.000 0.164 0.832 0.000
#> SRR2052795 1 0.4274 0.8566 0.676 0.288 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052794 5 0.0260 0.6155 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052793 5 0.4332 0.5118 0.352 0.000 0.000 0.032 0.616 0.000
#> SRR2052792 6 0.4498 -0.1011 0.036 0.000 0.016 0.028 0.172 0.748
#> SRR2052791 6 0.6471 0.6215 0.116 0.000 0.240 0.008 0.080 0.556
#> SRR2052790 3 0.3734 0.5287 0.008 0.244 0.736 0.004 0.000 0.008
#> SRR2052789 3 0.1226 0.6158 0.004 0.040 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.1226 0.6158 0.004 0.040 0.952 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.3788 0.6290 0.004 0.704 0.280 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.4050 0.5009 0.008 0.248 0.720 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052784 3 0.4265 0.4373 0.008 0.288 0.680 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052783 3 0.4226 0.4538 0.008 0.280 0.688 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052782 3 0.4720 -0.1398 0.008 0.476 0.492 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052781 3 0.4877 0.3409 0.008 0.320 0.624 0.032 0.000 0.016
#> SRR2052780 3 0.1794 0.6145 0.000 0.040 0.924 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052777 2 0.4708 0.1654 0.004 0.492 0.476 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052779 3 0.4720 -0.1398 0.008 0.476 0.492 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052778 3 0.4220 0.4255 0.004 0.012 0.736 0.040 0.000 0.208
#> SRR2052776 3 0.4026 0.5154 0.008 0.244 0.724 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052775 3 0.1889 0.6216 0.000 0.056 0.920 0.004 0.000 0.020
#> SRR2052773 3 0.1759 0.6189 0.004 0.064 0.924 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052772 3 0.2925 0.5406 0.000 0.016 0.832 0.004 0.000 0.148
#> SRR2052774 3 0.1759 0.6189 0.004 0.064 0.924 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052771 6 0.6471 0.6215 0.116 0.000 0.240 0.008 0.080 0.556
#> SRR2052769 3 0.4894 0.5135 0.032 0.072 0.732 0.016 0.000 0.148
#> SRR2052770 3 0.3386 0.5147 0.000 0.016 0.796 0.012 0.000 0.176
#> SRR2052768 2 0.3546 0.6836 0.020 0.788 0.180 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052767 2 0.2123 0.6354 0.024 0.912 0.052 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052766 3 0.5661 -0.0647 0.008 0.004 0.504 0.064 0.016 0.404
#> SRR2052765 2 0.4492 0.6769 0.048 0.728 0.200 0.012 0.000 0.012
#> SRR2052763 3 0.3602 0.4265 0.008 0.004 0.744 0.004 0.000 0.240
#> SRR2052764 2 0.3569 0.5742 0.080 0.828 0.008 0.072 0.000 0.012
#> SRR2052761 3 0.4002 0.4125 0.016 0.008 0.728 0.008 0.000 0.240
#> SRR2052760 2 0.3311 0.6770 0.012 0.780 0.204 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.3602 0.4265 0.008 0.004 0.744 0.004 0.000 0.240
#> SRR2052762 2 0.4420 0.5401 0.008 0.644 0.324 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052758 3 0.2644 0.6158 0.000 0.060 0.880 0.008 0.000 0.052
#> SRR2052756 2 0.6720 -0.1902 0.152 0.444 0.024 0.352 0.000 0.028
#> SRR2052757 3 0.3884 0.5647 0.008 0.208 0.756 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052755 1 0.3668 0.8470 0.668 0.328 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 5 0.5992 0.4679 0.352 0.000 0.000 0.236 0.412 0.000
#> SRR2052753 1 0.3892 0.8308 0.640 0.352 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.7377 0.5095 0.540 0.172 0.072 0.020 0.156 0.040
#> SRR2052750 1 0.4284 0.7746 0.608 0.372 0.004 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052751 2 0.5110 0.3870 0.016 0.556 0.388 0.024 0.000 0.016
#> SRR2052748 3 0.4365 0.2450 0.012 0.004 0.648 0.004 0.008 0.324
#> SRR2052747 1 0.4218 0.8023 0.716 0.244 0.004 0.024 0.008 0.004
#> SRR2052746 3 0.3602 0.4265 0.008 0.004 0.744 0.004 0.000 0.240
#> SRR2052745 3 0.3602 0.4265 0.008 0.004 0.744 0.004 0.000 0.240
#> SRR2052744 2 0.4635 -0.3207 0.404 0.564 0.004 0.016 0.000 0.012
#> SRR2052741 2 0.3885 0.6629 0.016 0.764 0.196 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052743 2 0.4352 0.6331 0.016 0.704 0.252 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052740 2 0.3885 0.6629 0.016 0.764 0.196 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052742 2 0.5339 0.4275 0.024 0.564 0.364 0.032 0.000 0.016
#> SRR2052739 2 0.3661 0.6779 0.020 0.768 0.200 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.3627 0.4139 0.008 0.004 0.740 0.004 0.000 0.244
#> SRR2052736 2 0.4054 0.3446 0.180 0.760 0.000 0.036 0.000 0.024
#> SRR2052735 2 0.4054 0.3446 0.180 0.760 0.000 0.036 0.000 0.024
#> SRR2052734 2 0.3737 0.4243 0.136 0.800 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR2052737 2 0.4001 0.6641 0.020 0.724 0.244 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052733 3 0.3197 0.5055 0.000 0.008 0.804 0.012 0.000 0.176
#> SRR2052732 2 0.4878 0.5429 0.072 0.712 0.020 0.184 0.000 0.012
#> SRR2052731 3 0.1789 0.6161 0.000 0.044 0.924 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052729 1 0.3738 0.8513 0.680 0.312 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052728 2 0.5124 -0.2953 0.392 0.544 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR2052730 3 0.6925 0.0492 0.036 0.036 0.492 0.168 0.000 0.268
#> SRR2052727 1 0.4211 0.8085 0.632 0.348 0.004 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052725 2 0.3368 0.5166 0.092 0.840 0.008 0.048 0.000 0.012
#> SRR2052726 2 0.4054 0.3446 0.180 0.760 0.000 0.036 0.000 0.024
#> SRR2052724 1 0.4274 0.8566 0.676 0.288 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.4821 0.1835 0.012 0.000 0.620 0.032 0.008 0.328
#> SRR2052722 3 0.1536 0.6135 0.000 0.040 0.940 0.016 0.000 0.004
#> SRR2052721 1 0.4295 0.7673 0.604 0.376 0.004 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052720 2 0.3656 0.6519 0.004 0.728 0.256 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.3428 0.6681 0.024 0.808 0.152 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.4064 0.4401 0.164 0.768 0.004 0.052 0.000 0.012
#> SRR2052717 2 0.4420 0.5401 0.008 0.644 0.324 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052714 1 0.5766 0.7667 0.612 0.256 0.080 0.012 0.000 0.040
#> SRR2052716 3 0.4002 0.4125 0.016 0.008 0.728 0.008 0.000 0.240
#> SRR2052715 3 0.1860 0.6063 0.004 0.028 0.928 0.004 0.000 0.036
#> SRR2052713 1 0.4053 0.8502 0.676 0.300 0.004 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.2812 0.8900 0.000 0.104 0.008 0.860 0.028 0.000
#> SRR2052711 2 0.6597 -0.1568 0.116 0.472 0.032 0.352 0.000 0.028
#> SRR2052710 2 0.5174 0.6216 0.012 0.668 0.168 0.148 0.000 0.004
#> SRR2052707 3 0.3844 0.5175 0.000 0.024 0.788 0.040 0.000 0.148
#> SRR2052709 3 0.1780 0.6053 0.004 0.024 0.932 0.004 0.000 0.036
#> SRR2052704 3 0.4731 0.3072 0.012 0.008 0.664 0.040 0.000 0.276
#> SRR2052705 2 0.4434 0.6332 0.020 0.700 0.252 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052697 2 0.2202 0.6341 0.028 0.908 0.052 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.1699 0.6185 0.004 0.060 0.928 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052696 1 0.3917 0.8558 0.692 0.284 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.6305 0.6042 0.080 0.616 0.164 0.120 0.000 0.020
#> SRR2052695 2 0.3370 0.6780 0.012 0.772 0.212 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.3311 0.6770 0.012 0.780 0.204 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.2532 0.6162 0.000 0.060 0.884 0.004 0.000 0.052
#> SRR2052693 3 0.3884 0.5647 0.008 0.208 0.756 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052691 2 0.5070 0.6410 0.076 0.680 0.216 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052690 2 0.4628 0.6463 0.052 0.712 0.212 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052689 3 0.6901 0.0578 0.036 0.036 0.496 0.164 0.000 0.268
#> SRR2052687 3 0.8081 0.1647 0.064 0.216 0.412 0.144 0.000 0.164
#> SRR2052686 2 0.3289 0.5193 0.100 0.840 0.004 0.044 0.000 0.012
#> SRR2052688 2 0.4001 0.6641 0.020 0.724 0.244 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052684 6 0.4411 0.2386 0.012 0.000 0.476 0.000 0.008 0.504
#> SRR2052685 2 0.3157 0.6795 0.016 0.832 0.136 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052683 5 0.5808 0.4967 0.316 0.000 0.000 0.204 0.480 0.000
#> SRR2052681 2 0.3863 0.5710 0.012 0.768 0.028 0.188 0.000 0.004
#> SRR2052680 4 0.2764 0.8935 0.000 0.100 0.008 0.864 0.028 0.000
#> SRR2052682 2 0.3770 0.4007 0.156 0.788 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR2052679 1 0.4211 0.8085 0.632 0.348 0.004 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052678 3 0.2452 0.6202 0.004 0.084 0.884 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052677 3 0.4896 0.1182 0.008 0.404 0.552 0.020 0.000 0.016
#> SRR2052675 2 0.2202 0.6341 0.028 0.908 0.052 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.5233 0.6014 0.500 0.436 0.000 0.040 0.004 0.020
#> SRR2052674 2 0.6756 0.3981 0.064 0.580 0.088 0.200 0.000 0.068
#> SRR2052672 3 0.1931 0.6038 0.004 0.028 0.924 0.004 0.000 0.040
#> SRR2052673 2 0.3737 0.4243 0.136 0.800 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR2052671 2 0.3062 0.6609 0.024 0.844 0.116 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.1719 0.6128 0.000 0.032 0.932 0.004 0.000 0.032
#> SRR2052669 2 0.3740 0.6546 0.008 0.728 0.252 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.4768 0.6472 0.048 0.696 0.228 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052667 2 0.4738 0.6448 0.004 0.684 0.200 0.112 0.000 0.000
#> SRR2052666 3 0.3168 0.5575 0.036 0.020 0.860 0.004 0.004 0.076
#> SRR2052665 2 0.4434 0.6341 0.020 0.700 0.252 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052664 5 0.6235 0.4513 0.352 0.008 0.000 0.244 0.396 0.000
#> SRR2052663 2 0.3569 0.5742 0.080 0.828 0.008 0.072 0.000 0.012
#> SRR2052662 2 0.3628 0.6412 0.004 0.720 0.268 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052661 2 0.4942 -0.0957 0.324 0.612 0.000 0.036 0.000 0.028
#> SRR2052660 3 0.3296 0.6071 0.000 0.064 0.840 0.016 0.000 0.080
#> SRR2052659 3 0.3962 0.4050 0.012 0.008 0.724 0.008 0.000 0.248
#> SRR2052658 2 0.4432 0.6524 0.036 0.720 0.220 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052657 1 0.4216 0.8568 0.676 0.292 0.020 0.012 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.499 0.817 0.888 0.4223 0.563 0.563
#> 3 3 0.438 0.587 0.812 0.4437 0.710 0.530
#> 4 4 0.674 0.766 0.865 0.1600 0.706 0.389
#> 5 5 0.622 0.658 0.803 0.0746 0.937 0.790
#> 6 6 0.638 0.512 0.737 0.0501 0.946 0.793
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052701 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052700 2 0.7376 0.7799 0.208 0.792
#> SRR2052699 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052698 2 0.2948 0.9044 0.052 0.948
#> SRR2052708 1 0.0672 0.7905 0.992 0.008
#> SRR2052749 1 0.8443 0.7631 0.728 0.272
#> SRR2052786 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052825 1 0.7453 0.6480 0.788 0.212
#> SRR2052824 1 0.9866 0.1202 0.568 0.432
#> SRR2052823 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052822 2 0.1184 0.9083 0.016 0.984
#> SRR2052821 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000
#> SRR2052820 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052819 2 0.8955 0.6037 0.312 0.688
#> SRR2052818 2 0.2423 0.8906 0.040 0.960
#> SRR2052817 2 0.3584 0.9004 0.068 0.932
#> SRR2052816 2 0.4161 0.9016 0.084 0.916
#> SRR2052815 1 0.9866 0.1202 0.568 0.432
#> SRR2052814 2 0.4431 0.8941 0.092 0.908
#> SRR2052813 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052811 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052810 2 0.9209 0.5843 0.336 0.664
#> SRR2052809 2 0.1184 0.9083 0.016 0.984
#> SRR2052808 2 0.2778 0.9051 0.048 0.952
#> SRR2052807 1 0.1184 0.7854 0.984 0.016
#> SRR2052806 1 0.4298 0.7838 0.912 0.088
#> SRR2052805 1 0.1184 0.7904 0.984 0.016
#> SRR2052804 1 0.7674 0.6392 0.776 0.224
#> SRR2052803 1 0.2603 0.7896 0.956 0.044
#> SRR2052802 1 0.2778 0.7788 0.952 0.048
#> SRR2052801 1 0.0376 0.7892 0.996 0.004
#> SRR2052800 1 0.2778 0.7788 0.952 0.048
#> SRR2052799 1 0.0376 0.7892 0.996 0.004
#> SRR2052798 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052797 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.7901 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.7901 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.1414 0.7840 0.980 0.020
#> SRR2052793 1 0.0000 0.7901 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.8386 0.5731 0.732 0.268
#> SRR2052791 1 0.1414 0.7840 0.980 0.020
#> SRR2052790 2 0.1184 0.9083 0.016 0.984
#> SRR2052789 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052788 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052787 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052785 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052784 2 0.1184 0.9083 0.016 0.984
#> SRR2052783 2 0.1184 0.9083 0.016 0.984
#> SRR2052782 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.1184 0.9083 0.016 0.984
#> SRR2052780 2 0.3274 0.9026 0.060 0.940
#> SRR2052777 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052776 2 0.2948 0.9044 0.052 0.948
#> SRR2052775 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052773 2 0.1184 0.9083 0.016 0.984
#> SRR2052772 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052774 2 0.2948 0.9044 0.052 0.948
#> SRR2052771 1 0.1414 0.7840 0.980 0.020
#> SRR2052769 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052770 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052768 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052767 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052766 2 0.9044 0.5900 0.320 0.680
#> SRR2052765 2 0.0938 0.9056 0.012 0.988
#> SRR2052763 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052764 2 0.2603 0.8872 0.044 0.956
#> SRR2052761 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052760 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052759 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052762 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052756 1 0.4431 0.7831 0.908 0.092
#> SRR2052757 2 0.4161 0.8950 0.084 0.916
#> SRR2052755 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052754 1 0.0000 0.7901 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052752 1 0.0000 0.7901 1.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052751 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000
#> SRR2052748 2 0.8813 0.6214 0.300 0.700
#> SRR2052747 1 0.8555 0.7607 0.720 0.280
#> SRR2052746 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052745 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052744 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052741 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052743 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052740 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052742 2 0.0376 0.9063 0.004 0.996
#> SRR2052739 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052738 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052736 2 0.2236 0.8933 0.036 0.964
#> SRR2052735 1 0.8955 0.7383 0.688 0.312
#> SRR2052734 1 0.9044 0.7285 0.680 0.320
#> SRR2052737 2 0.0672 0.9062 0.008 0.992
#> SRR2052733 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052732 2 0.2603 0.8872 0.044 0.956
#> SRR2052731 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052729 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052728 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052730 2 0.9129 0.5776 0.328 0.672
#> SRR2052727 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052725 1 0.9998 0.4061 0.508 0.492
#> SRR2052726 1 0.8861 0.7475 0.696 0.304
#> SRR2052724 1 0.0000 0.7901 1.000 0.000
#> SRR2052723 2 0.8861 0.6154 0.304 0.696
#> SRR2052722 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052721 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052720 2 0.1184 0.9043 0.016 0.984
#> SRR2052719 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052718 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052717 2 0.1184 0.9043 0.016 0.984
#> SRR2052714 1 0.1184 0.7854 0.984 0.016
#> SRR2052716 2 0.8267 0.6872 0.260 0.740
#> SRR2052715 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052713 1 0.4562 0.7820 0.904 0.096
#> SRR2052712 1 0.6712 0.6932 0.824 0.176
#> SRR2052711 1 0.7376 0.6606 0.792 0.208
#> SRR2052710 2 0.1843 0.9086 0.028 0.972
#> SRR2052707 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052709 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052704 2 0.4939 0.8806 0.108 0.892
#> SRR2052705 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052697 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052703 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052696 1 0.8555 0.7607 0.720 0.280
#> SRR2052706 2 0.1184 0.9083 0.016 0.984
#> SRR2052695 2 0.0672 0.9062 0.008 0.992
#> SRR2052694 2 0.1184 0.9043 0.016 0.984
#> SRR2052692 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052693 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052691 2 0.9795 -0.0809 0.416 0.584
#> SRR2052690 2 0.1633 0.9010 0.024 0.976
#> SRR2052689 2 0.8813 0.6214 0.300 0.700
#> SRR2052687 2 0.6247 0.8309 0.156 0.844
#> SRR2052686 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052688 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052684 2 0.9209 0.5642 0.336 0.664
#> SRR2052685 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052683 1 0.1414 0.7906 0.980 0.020
#> SRR2052681 2 0.7376 0.7678 0.208 0.792
#> SRR2052680 1 0.9866 0.1202 0.568 0.432
#> SRR2052682 1 0.9087 0.7234 0.676 0.324
#> SRR2052679 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052678 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052677 2 0.0000 0.9068 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052676 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052674 2 0.3584 0.9052 0.068 0.932
#> SRR2052672 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052673 2 0.2603 0.8871 0.044 0.956
#> SRR2052671 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052670 2 0.3274 0.9026 0.060 0.940
#> SRR2052669 2 0.1184 0.9043 0.016 0.984
#> SRR2052668 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052667 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052666 2 0.3274 0.9026 0.060 0.940
#> SRR2052665 2 0.1184 0.9043 0.016 0.984
#> SRR2052664 1 0.0000 0.7901 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.2603 0.8872 0.044 0.956
#> SRR2052662 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052661 1 0.8813 0.7517 0.700 0.300
#> SRR2052660 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052659 2 0.4562 0.8903 0.096 0.904
#> SRR2052658 2 0.1414 0.9033 0.020 0.980
#> SRR2052657 1 0.8144 0.7653 0.748 0.252
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.5016 0.55108 0.000 0.760 0.240
#> SRR2052701 2 0.3816 0.64473 0.000 0.852 0.148
#> SRR2052700 2 0.8038 0.45219 0.100 0.620 0.280
#> SRR2052699 2 0.3816 0.64512 0.000 0.852 0.148
#> SRR2052698 3 0.0892 0.82136 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052708 1 0.6305 0.14895 0.516 0.484 0.000
#> SRR2052749 2 0.5760 0.38491 0.328 0.672 0.000
#> SRR2052786 3 0.6295 0.28225 0.000 0.472 0.528
#> SRR2052825 1 0.7360 0.57674 0.692 0.096 0.212
#> SRR2052824 1 0.7308 0.56240 0.656 0.060 0.284
#> SRR2052823 2 0.4291 0.62935 0.000 0.820 0.180
#> SRR2052822 3 0.1860 0.81319 0.000 0.052 0.948
#> SRR2052821 3 0.3551 0.77703 0.000 0.132 0.868
#> SRR2052820 3 0.0424 0.81790 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052819 3 0.6286 -0.06074 0.464 0.000 0.536
#> SRR2052818 2 0.6129 0.38151 0.008 0.668 0.324
#> SRR2052817 3 0.0237 0.82209 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052816 2 0.6205 0.42199 0.008 0.656 0.336
#> SRR2052815 1 0.7416 0.56055 0.656 0.068 0.276
#> SRR2052814 3 0.5292 0.69416 0.008 0.228 0.764
#> SRR2052813 3 0.4796 0.70611 0.000 0.220 0.780
#> SRR2052812 3 0.6309 0.21736 0.000 0.496 0.504
#> SRR2052811 2 0.4931 0.56399 0.000 0.768 0.232
#> SRR2052810 1 0.9364 0.20345 0.484 0.184 0.332
#> SRR2052809 3 0.2448 0.80541 0.000 0.076 0.924
#> SRR2052808 3 0.3192 0.78878 0.000 0.112 0.888
#> SRR2052807 1 0.0892 0.69761 0.980 0.000 0.020
#> SRR2052806 1 0.5882 0.40547 0.652 0.348 0.000
#> SRR2052805 1 0.5621 0.46325 0.692 0.308 0.000
#> SRR2052804 1 0.4974 0.63719 0.764 0.000 0.236
#> SRR2052803 1 0.5882 0.40547 0.652 0.348 0.000
#> SRR2052802 1 0.4121 0.67134 0.832 0.000 0.168
#> SRR2052801 1 0.0747 0.69530 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052800 1 0.4121 0.67134 0.832 0.000 0.168
#> SRR2052799 1 0.0424 0.69584 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052798 2 0.5291 0.46991 0.268 0.732 0.000
#> SRR2052797 3 0.3619 0.77447 0.000 0.136 0.864
#> SRR2052796 1 0.0892 0.69464 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052795 1 0.6309 0.11806 0.504 0.496 0.000
#> SRR2052794 1 0.1315 0.69841 0.972 0.008 0.020
#> SRR2052793 1 0.0892 0.69464 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052792 1 0.5254 0.61795 0.736 0.000 0.264
#> SRR2052791 1 0.3896 0.67609 0.864 0.008 0.128
#> SRR2052790 3 0.1860 0.81353 0.000 0.052 0.948
#> SRR2052789 3 0.0237 0.82209 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052788 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052787 3 0.6252 0.34549 0.000 0.444 0.556
#> SRR2052785 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052784 3 0.3340 0.78323 0.000 0.120 0.880
#> SRR2052783 3 0.2356 0.80682 0.000 0.072 0.928
#> SRR2052782 3 0.3816 0.76616 0.000 0.148 0.852
#> SRR2052781 3 0.2356 0.80682 0.000 0.072 0.928
#> SRR2052780 3 0.0424 0.82222 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052777 3 0.4504 0.72932 0.000 0.196 0.804
#> SRR2052779 3 0.3752 0.76885 0.000 0.144 0.856
#> SRR2052778 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052776 3 0.0892 0.82136 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052775 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052773 3 0.1643 0.81539 0.000 0.044 0.956
#> SRR2052772 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052774 3 0.0747 0.82206 0.000 0.016 0.984
#> SRR2052771 1 0.2269 0.69962 0.944 0.016 0.040
#> SRR2052769 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052770 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 3 0.6309 0.21736 0.000 0.496 0.504
#> SRR2052767 2 0.5216 0.51570 0.000 0.740 0.260
#> SRR2052766 1 0.6225 0.33943 0.568 0.000 0.432
#> SRR2052765 3 0.6274 0.32166 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052763 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.4164 0.64342 0.008 0.848 0.144
#> SRR2052761 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052760 3 0.6309 0.21736 0.000 0.496 0.504
#> SRR2052759 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052762 3 0.4504 0.72952 0.000 0.196 0.804
#> SRR2052758 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052756 2 0.6244 0.00896 0.440 0.560 0.000
#> SRR2052757 3 0.0592 0.82234 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052755 2 0.4974 0.50348 0.236 0.764 0.000
#> SRR2052754 1 0.1031 0.69352 0.976 0.024 0.000
#> SRR2052753 2 0.4702 0.52052 0.212 0.788 0.000
#> SRR2052752 1 0.6026 0.35558 0.624 0.376 0.000
#> SRR2052750 2 0.5216 0.48002 0.260 0.740 0.000
#> SRR2052751 3 0.3192 0.78866 0.000 0.112 0.888
#> SRR2052748 3 0.0592 0.81245 0.012 0.000 0.988
#> SRR2052747 2 0.5835 0.36834 0.340 0.660 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052745 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052744 2 0.4887 0.51295 0.228 0.772 0.000
#> SRR2052741 2 0.3816 0.64512 0.000 0.852 0.148
#> SRR2052743 2 0.6267 -0.06325 0.000 0.548 0.452
#> SRR2052740 2 0.3038 0.65613 0.000 0.896 0.104
#> SRR2052742 3 0.4346 0.74060 0.000 0.184 0.816
#> SRR2052739 3 0.6295 0.28225 0.000 0.472 0.528
#> SRR2052738 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.0424 0.64465 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052735 2 0.2878 0.60635 0.096 0.904 0.000
#> SRR2052734 2 0.0592 0.63848 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052737 3 0.5621 0.58798 0.000 0.308 0.692
#> SRR2052733 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052732 2 0.4099 0.64511 0.008 0.852 0.140
#> SRR2052731 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052729 2 0.5216 0.48002 0.260 0.740 0.000
#> SRR2052728 2 0.4887 0.51295 0.228 0.772 0.000
#> SRR2052730 3 0.5835 0.28476 0.340 0.000 0.660
#> SRR2052727 2 0.5216 0.48002 0.260 0.740 0.000
#> SRR2052725 2 0.1170 0.64270 0.016 0.976 0.008
#> SRR2052726 2 0.2959 0.60401 0.100 0.900 0.000
#> SRR2052724 2 0.6307 -0.12789 0.488 0.512 0.000
#> SRR2052723 3 0.1529 0.78684 0.040 0.000 0.960
#> SRR2052722 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052721 2 0.5178 0.48460 0.256 0.744 0.000
#> SRR2052720 3 0.6280 0.31096 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052719 2 0.6309 -0.21649 0.000 0.504 0.496
#> SRR2052718 2 0.3116 0.59873 0.108 0.892 0.000
#> SRR2052717 3 0.6111 0.45852 0.000 0.396 0.604
#> SRR2052714 1 0.6796 0.42127 0.632 0.344 0.024
#> SRR2052716 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052715 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.6291 0.17792 0.532 0.468 0.000
#> SRR2052712 1 0.4521 0.66555 0.816 0.004 0.180
#> SRR2052711 2 0.6489 -0.12924 0.456 0.540 0.004
#> SRR2052710 3 0.5098 0.66015 0.000 0.248 0.752
#> SRR2052707 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052704 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.6309 -0.21649 0.000 0.504 0.496
#> SRR2052697 2 0.3038 0.65613 0.000 0.896 0.104
#> SRR2052703 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052696 2 0.5497 0.43845 0.292 0.708 0.000
#> SRR2052706 3 0.3752 0.76939 0.000 0.144 0.856
#> SRR2052695 3 0.5948 0.51707 0.000 0.360 0.640
#> SRR2052694 3 0.6267 0.33073 0.000 0.452 0.548
#> SRR2052692 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052693 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052691 2 0.0237 0.64098 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052690 2 0.2625 0.65569 0.000 0.916 0.084
#> SRR2052689 3 0.5835 0.28215 0.340 0.000 0.660
#> SRR2052687 3 0.0892 0.81019 0.020 0.000 0.980
#> SRR2052686 2 0.1643 0.62688 0.044 0.956 0.000
#> SRR2052688 3 0.6295 0.28225 0.000 0.472 0.528
#> SRR2052684 3 0.4555 0.57330 0.200 0.000 0.800
#> SRR2052685 2 0.4178 0.63384 0.000 0.828 0.172
#> SRR2052683 1 0.2261 0.67476 0.932 0.068 0.000
#> SRR2052681 2 0.6924 0.21690 0.020 0.580 0.400
#> SRR2052680 1 0.7416 0.56055 0.656 0.068 0.276
#> SRR2052682 2 0.0000 0.64190 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.5216 0.48002 0.260 0.740 0.000
#> SRR2052678 3 0.0237 0.82209 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052677 3 0.3038 0.79298 0.000 0.104 0.896
#> SRR2052675 2 0.3038 0.65613 0.000 0.896 0.104
#> SRR2052676 2 0.5529 0.44002 0.296 0.704 0.000
#> SRR2052674 3 0.6129 0.56340 0.008 0.324 0.668
#> SRR2052672 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.0424 0.64465 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052671 2 0.4750 0.58765 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052670 3 0.0424 0.82222 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052669 3 0.6180 0.41180 0.000 0.416 0.584
#> SRR2052668 2 0.5397 0.46743 0.000 0.720 0.280
#> SRR2052667 3 0.6302 0.26042 0.000 0.480 0.520
#> SRR2052666 3 0.0892 0.82163 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052665 3 0.6309 0.20574 0.000 0.500 0.500
#> SRR2052664 1 0.0592 0.69577 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052663 2 0.3116 0.65557 0.000 0.892 0.108
#> SRR2052662 3 0.6295 0.28225 0.000 0.472 0.528
#> SRR2052661 2 0.3038 0.60113 0.104 0.896 0.000
#> SRR2052660 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052659 3 0.0000 0.82164 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.6045 0.20726 0.000 0.620 0.380
#> SRR2052657 2 0.5882 0.35303 0.348 0.652 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.0895 0.80663 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR2052701 2 0.0895 0.79854 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR2052700 2 0.3755 0.72055 0.012 0.836 0.008 0.144
#> SRR2052699 2 0.2266 0.76119 0.084 0.912 0.000 0.004
#> SRR2052698 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052708 1 0.0524 0.81648 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052749 1 0.1661 0.84211 0.944 0.052 0.000 0.004
#> SRR2052786 2 0.2973 0.80924 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR2052825 4 0.3279 0.74623 0.000 0.096 0.032 0.872
#> SRR2052824 4 0.3721 0.75266 0.008 0.072 0.056 0.864
#> SRR2052823 2 0.0779 0.79880 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR2052822 3 0.4916 -0.04444 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR2052821 2 0.4746 0.59712 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR2052820 3 0.0859 0.91361 0.008 0.008 0.980 0.004
#> SRR2052819 4 0.6069 0.24673 0.008 0.032 0.404 0.556
#> SRR2052818 2 0.4160 0.71439 0.008 0.808 0.016 0.168
#> SRR2052817 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052816 2 0.3676 0.74346 0.012 0.856 0.020 0.112
#> SRR2052815 4 0.3721 0.75266 0.008 0.072 0.056 0.864
#> SRR2052814 2 0.4660 0.78989 0.008 0.804 0.128 0.060
#> SRR2052813 2 0.4040 0.75040 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR2052812 2 0.2216 0.81844 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR2052811 2 0.0779 0.80513 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR2052810 2 0.5171 0.61419 0.008 0.704 0.020 0.268
#> SRR2052809 2 0.5000 0.30099 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR2052808 2 0.6045 0.68204 0.008 0.664 0.264 0.064
#> SRR2052807 4 0.1792 0.78581 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR2052806 1 0.2773 0.71987 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR2052805 1 0.2704 0.70895 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052804 4 0.3572 0.76084 0.024 0.020 0.084 0.872
#> SRR2052803 1 0.2773 0.71987 0.880 0.004 0.000 0.116
#> SRR2052802 4 0.1902 0.78615 0.064 0.000 0.004 0.932
#> SRR2052801 4 0.4040 0.73587 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR2052800 4 0.2088 0.78626 0.064 0.004 0.004 0.928
#> SRR2052799 4 0.4040 0.73587 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR2052798 1 0.1557 0.84379 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.4776 0.58368 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR2052796 4 0.4103 0.72976 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR2052795 1 0.0524 0.81648 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052794 4 0.4188 0.73750 0.244 0.000 0.004 0.752
#> SRR2052793 4 0.4164 0.72261 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR2052792 4 0.4336 0.76638 0.064 0.008 0.100 0.828
#> SRR2052791 3 0.7278 0.10705 0.284 0.000 0.528 0.188
#> SRR2052790 3 0.1022 0.91670 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR2052789 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052788 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052787 2 0.3311 0.79833 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR2052785 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052784 2 0.4933 0.47046 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2052783 2 0.4994 0.35981 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR2052782 2 0.4817 0.56267 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR2052781 2 0.4985 0.39260 0.000 0.532 0.468 0.000
#> SRR2052780 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052777 2 0.4072 0.74555 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR2052779 2 0.4830 0.55521 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR2052778 3 0.0376 0.92182 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052776 3 0.0592 0.93019 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052775 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052773 3 0.0592 0.93019 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052772 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052774 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052771 1 0.7269 0.06643 0.524 0.000 0.296 0.180
#> SRR2052769 3 0.1909 0.88473 0.008 0.004 0.940 0.048
#> SRR2052770 3 0.0000 0.92664 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.2216 0.81846 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR2052767 2 0.0895 0.80663 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR2052766 3 0.4648 0.63963 0.016 0.008 0.760 0.216
#> SRR2052765 2 0.4551 0.79084 0.008 0.812 0.120 0.060
#> SRR2052763 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052764 2 0.1042 0.79269 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR2052761 3 0.0657 0.93102 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR2052760 2 0.2011 0.81815 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR2052759 3 0.0336 0.93113 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052762 2 0.4585 0.64811 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR2052758 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052756 1 0.1807 0.83005 0.940 0.052 0.000 0.008
#> SRR2052757 3 0.1022 0.91563 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR2052755 1 0.3088 0.82548 0.864 0.128 0.000 0.008
#> SRR2052754 4 0.4193 0.72021 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR2052753 1 0.3498 0.80443 0.832 0.160 0.000 0.008
#> SRR2052752 1 0.1716 0.76757 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052750 1 0.2081 0.84636 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2052751 3 0.2081 0.85698 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR2052748 3 0.0564 0.91955 0.004 0.004 0.988 0.004
#> SRR2052747 1 0.1722 0.84034 0.944 0.048 0.000 0.008
#> SRR2052746 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052745 3 0.0188 0.92488 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2052744 1 0.2593 0.83919 0.892 0.104 0.000 0.004
#> SRR2052741 2 0.1211 0.79256 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.1389 0.81329 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR2052740 2 0.1211 0.79256 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052742 3 0.2814 0.79889 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR2052739 2 0.2647 0.81420 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR2052738 3 0.0336 0.93113 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052736 2 0.1890 0.77785 0.056 0.936 0.000 0.008
#> SRR2052735 1 0.4567 0.70852 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR2052734 1 0.4621 0.69829 0.708 0.284 0.000 0.008
#> SRR2052737 2 0.3975 0.75963 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR2052733 3 0.0188 0.92434 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052732 2 0.1042 0.79269 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR2052731 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052729 1 0.2081 0.84636 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.2408 0.84024 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.5484 0.54894 0.008 0.040 0.704 0.248
#> SRR2052727 1 0.2081 0.84636 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.1284 0.78578 0.024 0.964 0.000 0.012
#> SRR2052726 1 0.4539 0.71287 0.720 0.272 0.000 0.008
#> SRR2052724 1 0.0524 0.81648 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052723 3 0.1139 0.90662 0.008 0.008 0.972 0.012
#> SRR2052722 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052721 1 0.2081 0.84636 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.3074 0.80672 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR2052719 2 0.1557 0.81651 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052718 1 0.4567 0.70852 0.716 0.276 0.000 0.008
#> SRR2052717 2 0.2469 0.81721 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR2052714 1 0.0524 0.81648 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052716 3 0.0672 0.91699 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR2052715 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052713 1 0.0524 0.81287 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR2052712 4 0.1833 0.77373 0.000 0.024 0.032 0.944
#> SRR2052711 4 0.6494 0.43961 0.088 0.340 0.000 0.572
#> SRR2052710 2 0.5961 0.71706 0.004 0.704 0.172 0.120
#> SRR2052707 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052709 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052704 3 0.0376 0.92182 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052705 2 0.1637 0.81601 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2052697 2 0.1022 0.79455 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052696 1 0.1637 0.84435 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.5710 0.72610 0.008 0.704 0.228 0.060
#> SRR2052695 2 0.3172 0.80356 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR2052694 2 0.3074 0.80672 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR2052692 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052693 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052691 1 0.4372 0.71875 0.728 0.268 0.000 0.004
#> SRR2052690 2 0.5070 0.00361 0.416 0.580 0.000 0.004
#> SRR2052689 3 0.5484 0.54894 0.008 0.040 0.704 0.248
#> SRR2052687 3 0.7851 0.03677 0.008 0.348 0.444 0.200
#> SRR2052686 1 0.5693 0.33633 0.504 0.472 0.000 0.024
#> SRR2052688 2 0.2704 0.81319 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052684 3 0.1509 0.89634 0.012 0.008 0.960 0.020
#> SRR2052685 2 0.1109 0.79735 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR2052683 4 0.4193 0.72021 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR2052681 2 0.5733 0.62582 0.008 0.696 0.056 0.240
#> SRR2052680 4 0.3721 0.75266 0.008 0.072 0.056 0.864
#> SRR2052682 2 0.4814 0.33737 0.316 0.676 0.000 0.008
#> SRR2052679 1 0.2081 0.84636 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052677 2 0.4916 0.49509 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR2052675 2 0.1211 0.79256 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.2053 0.84551 0.924 0.072 0.000 0.004
#> SRR2052674 2 0.5259 0.72732 0.008 0.764 0.080 0.148
#> SRR2052672 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052673 2 0.1576 0.78425 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR2052671 2 0.0895 0.80663 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR2052670 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052669 2 0.3123 0.80520 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR2052668 2 0.1211 0.79256 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.2053 0.81783 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR2052666 3 0.0592 0.93021 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052665 2 0.1716 0.81667 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052664 4 0.4053 0.74664 0.228 0.004 0.000 0.768
#> SRR2052663 2 0.0895 0.79518 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR2052662 2 0.2973 0.80924 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR2052661 1 0.4328 0.73774 0.748 0.244 0.000 0.008
#> SRR2052660 3 0.0469 0.93278 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052659 3 0.0524 0.92933 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR2052658 2 0.1398 0.81140 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR2052657 1 0.0895 0.82746 0.976 0.020 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.3093 0.649 0.008 0.824 0.000 0.168 0.000
#> SRR2052701 2 0.4150 0.601 0.036 0.748 0.000 0.216 0.000
#> SRR2052700 4 0.4276 0.332 0.000 0.380 0.000 0.616 0.004
#> SRR2052699 2 0.3193 0.657 0.112 0.852 0.004 0.032 0.000
#> SRR2052698 3 0.3496 0.790 0.000 0.200 0.788 0.012 0.000
#> SRR2052708 1 0.3023 0.801 0.872 0.000 0.012 0.028 0.088
#> SRR2052749 1 0.3023 0.801 0.872 0.000 0.012 0.028 0.088
#> SRR2052786 2 0.1892 0.708 0.000 0.916 0.080 0.004 0.000
#> SRR2052825 4 0.4851 0.376 0.000 0.020 0.008 0.620 0.352
#> SRR2052824 4 0.5072 0.399 0.000 0.028 0.012 0.620 0.340
#> SRR2052823 2 0.3132 0.651 0.008 0.820 0.000 0.172 0.000
#> SRR2052822 2 0.4597 0.208 0.000 0.564 0.424 0.012 0.000
#> SRR2052821 2 0.4100 0.655 0.000 0.764 0.192 0.044 0.000
#> SRR2052820 3 0.3035 0.748 0.000 0.000 0.856 0.112 0.032
#> SRR2052819 4 0.5924 0.379 0.000 0.004 0.232 0.608 0.156
#> SRR2052818 4 0.4444 0.324 0.000 0.364 0.012 0.624 0.000
#> SRR2052817 3 0.2707 0.845 0.000 0.132 0.860 0.008 0.000
#> SRR2052816 4 0.4256 0.167 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR2052815 4 0.5072 0.399 0.000 0.028 0.012 0.620 0.340
#> SRR2052814 2 0.5320 0.296 0.000 0.572 0.060 0.368 0.000
#> SRR2052813 2 0.2660 0.694 0.000 0.864 0.128 0.008 0.000
#> SRR2052812 2 0.2932 0.695 0.000 0.864 0.032 0.104 0.000
#> SRR2052811 2 0.3282 0.638 0.008 0.804 0.000 0.188 0.000
#> SRR2052810 4 0.4002 0.547 0.000 0.184 0.008 0.780 0.028
#> SRR2052809 2 0.4505 0.337 0.000 0.604 0.384 0.012 0.000
#> SRR2052808 2 0.5987 0.348 0.000 0.572 0.156 0.272 0.000
#> SRR2052807 5 0.2648 0.632 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR2052806 1 0.4047 0.543 0.676 0.000 0.000 0.004 0.320
#> SRR2052805 1 0.4066 0.539 0.672 0.000 0.000 0.004 0.324
#> SRR2052804 4 0.4951 0.366 0.000 0.000 0.100 0.704 0.196
#> SRR2052803 1 0.3766 0.630 0.728 0.000 0.000 0.004 0.268
#> SRR2052802 5 0.3177 0.579 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR2052801 5 0.1043 0.741 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2052800 5 0.3210 0.574 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR2052799 5 0.1043 0.741 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2052798 1 0.2844 0.804 0.880 0.000 0.012 0.020 0.088
#> SRR2052797 2 0.3519 0.632 0.000 0.776 0.216 0.008 0.000
#> SRR2052796 5 0.1121 0.741 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2052795 1 0.3023 0.801 0.872 0.000 0.012 0.028 0.088
#> SRR2052794 5 0.1124 0.740 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR2052793 5 0.2411 0.707 0.108 0.000 0.000 0.008 0.884
#> SRR2052792 5 0.6286 0.332 0.000 0.000 0.204 0.264 0.532
#> SRR2052791 5 0.7690 0.327 0.148 0.000 0.312 0.100 0.440
#> SRR2052790 3 0.3109 0.792 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.2068 0.865 0.000 0.092 0.904 0.004 0.000
#> SRR2052788 3 0.1851 0.865 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.2411 0.699 0.000 0.884 0.108 0.008 0.000
#> SRR2052785 3 0.3318 0.804 0.000 0.180 0.808 0.012 0.000
#> SRR2052784 2 0.4067 0.546 0.000 0.692 0.300 0.008 0.000
#> SRR2052783 2 0.4470 0.370 0.000 0.616 0.372 0.012 0.000
#> SRR2052782 2 0.3728 0.609 0.000 0.748 0.244 0.008 0.000
#> SRR2052781 2 0.4430 0.399 0.000 0.628 0.360 0.012 0.000
#> SRR2052780 3 0.1965 0.865 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.3203 0.665 0.000 0.820 0.168 0.012 0.000
#> SRR2052779 2 0.3835 0.594 0.000 0.732 0.260 0.008 0.000
#> SRR2052778 3 0.1885 0.827 0.000 0.020 0.932 0.044 0.004
#> SRR2052776 3 0.3779 0.747 0.000 0.236 0.752 0.012 0.000
#> SRR2052775 3 0.2124 0.865 0.000 0.096 0.900 0.004 0.000
#> SRR2052773 3 0.3519 0.776 0.000 0.216 0.776 0.008 0.000
#> SRR2052772 3 0.2124 0.865 0.000 0.096 0.900 0.004 0.000
#> SRR2052774 3 0.2806 0.834 0.000 0.152 0.844 0.004 0.000
#> SRR2052771 5 0.8037 0.322 0.256 0.000 0.252 0.100 0.392
#> SRR2052769 3 0.3180 0.795 0.000 0.076 0.856 0.068 0.000
#> SRR2052770 3 0.1117 0.838 0.000 0.016 0.964 0.020 0.000
#> SRR2052768 2 0.2984 0.693 0.000 0.860 0.032 0.108 0.000
#> SRR2052767 2 0.2848 0.658 0.004 0.840 0.000 0.156 0.000
#> SRR2052766 3 0.4691 0.479 0.000 0.000 0.680 0.276 0.044
#> SRR2052765 2 0.5122 0.494 0.000 0.628 0.060 0.312 0.000
#> SRR2052763 3 0.2124 0.817 0.000 0.012 0.924 0.044 0.020
#> SRR2052764 2 0.4360 0.506 0.020 0.680 0.000 0.300 0.000
#> SRR2052761 3 0.2418 0.822 0.000 0.020 0.912 0.044 0.024
#> SRR2052760 2 0.2793 0.700 0.000 0.876 0.036 0.088 0.000
#> SRR2052759 3 0.2047 0.819 0.000 0.012 0.928 0.040 0.020
#> SRR2052762 2 0.3388 0.650 0.000 0.792 0.200 0.008 0.000
#> SRR2052758 3 0.1851 0.865 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.2457 0.818 0.900 0.008 0.000 0.076 0.016
#> SRR2052757 3 0.3779 0.745 0.000 0.236 0.752 0.012 0.000
#> SRR2052755 1 0.2305 0.803 0.896 0.012 0.000 0.092 0.000
#> SRR2052754 5 0.1608 0.735 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2052753 1 0.2505 0.799 0.888 0.020 0.000 0.092 0.000
#> SRR2052752 1 0.3573 0.748 0.816 0.000 0.012 0.016 0.156
#> SRR2052750 1 0.0671 0.828 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2052751 3 0.4403 0.444 0.000 0.384 0.608 0.008 0.000
#> SRR2052748 3 0.2482 0.776 0.000 0.000 0.892 0.084 0.024
#> SRR2052747 1 0.2068 0.810 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR2052746 3 0.1799 0.825 0.000 0.012 0.940 0.028 0.020
#> SRR2052745 3 0.2362 0.782 0.000 0.000 0.900 0.076 0.024
#> SRR2052744 1 0.1544 0.817 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2052741 2 0.2381 0.692 0.036 0.908 0.004 0.052 0.000
#> SRR2052743 2 0.0898 0.711 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR2052740 2 0.3921 0.630 0.044 0.784 0.000 0.172 0.000
#> SRR2052742 3 0.4504 0.327 0.000 0.428 0.564 0.008 0.000
#> SRR2052739 2 0.3780 0.690 0.000 0.808 0.060 0.132 0.000
#> SRR2052738 3 0.2217 0.814 0.000 0.012 0.920 0.044 0.024
#> SRR2052736 2 0.5423 0.503 0.124 0.652 0.000 0.224 0.000
#> SRR2052735 1 0.4219 0.722 0.780 0.104 0.000 0.116 0.000
#> SRR2052734 1 0.4458 0.702 0.760 0.120 0.000 0.120 0.000
#> SRR2052737 2 0.3203 0.663 0.000 0.820 0.168 0.012 0.000
#> SRR2052733 3 0.2409 0.808 0.000 0.012 0.908 0.060 0.020
#> SRR2052732 2 0.4626 0.409 0.020 0.616 0.000 0.364 0.000
#> SRR2052731 3 0.2011 0.865 0.000 0.088 0.908 0.004 0.000
#> SRR2052729 1 0.1168 0.827 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR2052728 1 0.1851 0.810 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2052730 4 0.4240 0.379 0.000 0.004 0.284 0.700 0.012
#> SRR2052727 1 0.0510 0.827 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052725 2 0.6062 0.175 0.120 0.464 0.000 0.416 0.000
#> SRR2052726 1 0.4219 0.722 0.780 0.104 0.000 0.116 0.000
#> SRR2052724 1 0.3107 0.799 0.868 0.000 0.012 0.032 0.088
#> SRR2052723 3 0.3064 0.745 0.000 0.000 0.856 0.108 0.036
#> SRR2052722 3 0.2179 0.864 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR2052721 1 0.0955 0.827 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR2052720 2 0.1952 0.708 0.000 0.912 0.084 0.004 0.000
#> SRR2052719 2 0.2920 0.678 0.000 0.852 0.016 0.132 0.000
#> SRR2052718 1 0.4262 0.719 0.776 0.100 0.000 0.124 0.000
#> SRR2052717 2 0.2193 0.709 0.000 0.900 0.092 0.008 0.000
#> SRR2052714 1 0.3538 0.788 0.848 0.000 0.020 0.044 0.088
#> SRR2052716 3 0.2795 0.761 0.000 0.000 0.872 0.100 0.028
#> SRR2052715 3 0.2124 0.865 0.000 0.096 0.900 0.004 0.000
#> SRR2052713 1 0.1892 0.814 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR2052712 4 0.4367 0.335 0.000 0.000 0.008 0.620 0.372
#> SRR2052711 4 0.7326 0.344 0.108 0.136 0.000 0.536 0.220
#> SRR2052710 2 0.4944 0.534 0.000 0.700 0.092 0.208 0.000
#> SRR2052707 3 0.2304 0.862 0.000 0.100 0.892 0.008 0.000
#> SRR2052709 3 0.2179 0.864 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR2052704 3 0.2172 0.820 0.000 0.020 0.916 0.060 0.004
#> SRR2052705 2 0.0510 0.711 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052697 2 0.4384 0.586 0.044 0.728 0.000 0.228 0.000
#> SRR2052703 3 0.2179 0.864 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR2052696 1 0.1892 0.814 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR2052706 2 0.5441 0.460 0.000 0.596 0.080 0.324 0.000
#> SRR2052695 2 0.1952 0.710 0.000 0.912 0.084 0.004 0.000
#> SRR2052694 2 0.1851 0.710 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.2295 0.864 0.000 0.088 0.900 0.008 0.004
#> SRR2052693 3 0.3462 0.794 0.000 0.196 0.792 0.012 0.000
#> SRR2052691 1 0.3971 0.741 0.800 0.100 0.000 0.100 0.000
#> SRR2052690 2 0.5071 0.433 0.284 0.660 0.008 0.048 0.000
#> SRR2052689 4 0.4283 0.378 0.000 0.004 0.292 0.692 0.012
#> SRR2052687 4 0.5102 0.510 0.000 0.128 0.176 0.696 0.000
#> SRR2052686 1 0.6428 0.161 0.440 0.176 0.000 0.384 0.000
#> SRR2052688 2 0.4058 0.681 0.000 0.784 0.064 0.152 0.000
#> SRR2052684 3 0.3064 0.745 0.000 0.000 0.856 0.108 0.036
#> SRR2052685 2 0.2753 0.666 0.008 0.856 0.000 0.136 0.000
#> SRR2052683 5 0.2540 0.719 0.088 0.000 0.000 0.024 0.888
#> SRR2052681 4 0.3807 0.544 0.000 0.240 0.012 0.748 0.000
#> SRR2052680 4 0.5072 0.399 0.000 0.028 0.012 0.620 0.340
#> SRR2052682 2 0.6581 0.207 0.324 0.452 0.000 0.224 0.000
#> SRR2052679 1 0.0510 0.827 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052678 3 0.1908 0.865 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.4152 0.534 0.000 0.692 0.296 0.012 0.000
#> SRR2052675 2 0.4233 0.601 0.044 0.748 0.000 0.208 0.000
#> SRR2052676 1 0.1522 0.826 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR2052674 4 0.5000 0.225 0.000 0.388 0.036 0.576 0.000
#> SRR2052672 3 0.1851 0.865 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.5334 0.506 0.104 0.652 0.000 0.244 0.000
#> SRR2052671 2 0.3013 0.653 0.008 0.832 0.000 0.160 0.000
#> SRR2052670 3 0.2179 0.864 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR2052669 2 0.2020 0.705 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.3016 0.692 0.040 0.884 0.032 0.044 0.000
#> SRR2052667 2 0.2504 0.698 0.000 0.896 0.040 0.064 0.000
#> SRR2052666 3 0.2747 0.860 0.000 0.088 0.884 0.012 0.016
#> SRR2052665 2 0.1774 0.712 0.000 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR2052664 5 0.4989 0.588 0.168 0.000 0.000 0.124 0.708
#> SRR2052663 2 0.3961 0.607 0.028 0.760 0.000 0.212 0.000
#> SRR2052662 2 0.1792 0.709 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.3493 0.765 0.832 0.060 0.000 0.108 0.000
#> SRR2052660 3 0.2532 0.863 0.000 0.088 0.892 0.008 0.012
#> SRR2052659 3 0.2473 0.782 0.000 0.000 0.896 0.072 0.032
#> SRR2052658 2 0.0955 0.711 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR2052657 1 0.1892 0.814 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 2 0.5379 -0.1069 0.000 0.516 0.000 0.120 0.000 0.364
#> SRR2052701 6 0.3867 0.2442 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2052700 4 0.5002 0.4163 0.000 0.136 0.000 0.636 0.000 0.228
#> SRR2052699 2 0.4592 0.4541 0.060 0.732 0.020 0.008 0.000 0.180
#> SRR2052698 3 0.3975 0.3866 0.000 0.392 0.600 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052708 1 0.1789 0.7639 0.924 0.000 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR2052749 1 0.1644 0.7666 0.932 0.000 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR2052786 2 0.1152 0.6052 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.3644 0.5347 0.000 0.000 0.008 0.732 0.252 0.008
#> SRR2052824 4 0.3644 0.5347 0.000 0.000 0.008 0.732 0.252 0.008
#> SRR2052823 2 0.5519 -0.0433 0.000 0.512 0.000 0.144 0.000 0.344
#> SRR2052822 2 0.3955 0.2522 0.000 0.608 0.384 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.5854 0.5009 0.000 0.624 0.168 0.144 0.000 0.064
#> SRR2052820 3 0.4998 0.4525 0.000 0.000 0.620 0.092 0.004 0.284
#> SRR2052819 4 0.4965 0.5375 0.000 0.004 0.128 0.704 0.144 0.020
#> SRR2052818 4 0.4871 0.4310 0.000 0.132 0.000 0.656 0.000 0.212
#> SRR2052817 3 0.2980 0.6947 0.000 0.192 0.800 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052816 4 0.5366 0.2956 0.000 0.132 0.000 0.548 0.000 0.320
#> SRR2052815 4 0.3644 0.5347 0.000 0.000 0.008 0.732 0.252 0.008
#> SRR2052814 2 0.4750 0.3261 0.000 0.628 0.016 0.316 0.000 0.040
#> SRR2052813 2 0.1411 0.6074 0.000 0.936 0.060 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052812 2 0.3621 0.4262 0.000 0.788 0.004 0.048 0.000 0.160
#> SRR2052811 2 0.5576 -0.1673 0.000 0.480 0.000 0.144 0.000 0.376
#> SRR2052810 4 0.3348 0.6203 0.000 0.044 0.008 0.836 0.008 0.104
#> SRR2052809 2 0.3911 0.2959 0.000 0.624 0.368 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052808 2 0.6359 0.4345 0.000 0.528 0.196 0.228 0.000 0.048
#> SRR2052807 5 0.2214 0.8028 0.000 0.000 0.000 0.096 0.888 0.016
#> SRR2052806 1 0.3531 0.4710 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR2052805 1 0.3647 0.4290 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR2052804 4 0.5651 0.4102 0.000 0.000 0.072 0.632 0.080 0.216
#> SRR2052803 1 0.3288 0.5536 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR2052802 5 0.3776 0.6863 0.000 0.000 0.000 0.196 0.756 0.048
#> SRR2052801 5 0.0405 0.8544 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR2052800 5 0.3864 0.6713 0.000 0.000 0.000 0.208 0.744 0.048
#> SRR2052799 5 0.0405 0.8544 0.008 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR2052798 1 0.1261 0.7733 0.952 0.000 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2052797 2 0.3357 0.5551 0.000 0.764 0.224 0.004 0.000 0.008
#> SRR2052796 5 0.0363 0.8533 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR2052795 1 0.1789 0.7639 0.924 0.000 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR2052794 5 0.1138 0.8396 0.004 0.000 0.000 0.024 0.960 0.012
#> SRR2052793 5 0.1983 0.7980 0.072 0.000 0.000 0.020 0.908 0.000
#> SRR2052792 6 0.7675 -0.3136 0.000 0.000 0.228 0.212 0.248 0.312
#> SRR2052791 6 0.8644 -0.2972 0.184 0.000 0.164 0.100 0.272 0.280
#> SRR2052790 3 0.3993 0.1821 0.000 0.476 0.520 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052789 3 0.2234 0.7488 0.000 0.124 0.872 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.2092 0.7495 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.1701 0.6045 0.000 0.920 0.072 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.3833 0.4845 0.000 0.344 0.648 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052784 2 0.3489 0.4621 0.000 0.708 0.288 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052783 2 0.3923 0.2867 0.000 0.620 0.372 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.3221 0.5009 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.3899 0.3043 0.000 0.628 0.364 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.2135 0.7474 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.3103 0.5683 0.000 0.784 0.208 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.3266 0.4887 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.1932 0.7200 0.000 0.020 0.924 0.016 0.000 0.040
#> SRR2052776 3 0.4097 0.1271 0.000 0.492 0.500 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.2320 0.7460 0.000 0.132 0.864 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.4076 0.2395 0.000 0.452 0.540 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.2146 0.7516 0.000 0.116 0.880 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.3215 0.6431 0.000 0.240 0.756 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052771 1 0.8251 -0.1016 0.328 0.000 0.084 0.092 0.208 0.288
#> SRR2052769 3 0.4554 0.6579 0.000 0.156 0.732 0.092 0.000 0.020
#> SRR2052770 3 0.1536 0.7272 0.000 0.020 0.944 0.012 0.000 0.024
#> SRR2052768 2 0.3562 0.4218 0.000 0.788 0.004 0.040 0.000 0.168
#> SRR2052767 2 0.4760 0.0794 0.000 0.604 0.000 0.068 0.000 0.328
#> SRR2052766 3 0.6198 0.1575 0.000 0.000 0.460 0.236 0.012 0.292
#> SRR2052765 2 0.6113 0.1559 0.000 0.524 0.024 0.260 0.000 0.192
#> SRR2052763 3 0.2750 0.6567 0.000 0.000 0.844 0.020 0.000 0.136
#> SRR2052764 6 0.5870 0.2367 0.000 0.392 0.000 0.196 0.000 0.412
#> SRR2052761 3 0.2631 0.6700 0.000 0.004 0.856 0.012 0.000 0.128
#> SRR2052760 2 0.3042 0.4720 0.000 0.836 0.004 0.032 0.000 0.128
#> SRR2052759 3 0.2750 0.6567 0.000 0.000 0.844 0.020 0.000 0.136
#> SRR2052762 2 0.3568 0.5826 0.000 0.788 0.172 0.008 0.000 0.032
#> SRR2052758 3 0.2003 0.7512 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.3770 0.7160 0.752 0.000 0.000 0.032 0.004 0.212
#> SRR2052757 3 0.4051 0.2983 0.000 0.432 0.560 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052755 1 0.3266 0.6789 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2052754 5 0.1349 0.8399 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940 0.000
#> SRR2052753 1 0.3244 0.6876 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR2052752 1 0.2290 0.7407 0.892 0.000 0.000 0.004 0.084 0.020
#> SRR2052750 1 0.0632 0.7790 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052751 2 0.4384 0.0144 0.000 0.520 0.460 0.016 0.000 0.004
#> SRR2052748 3 0.4659 0.4924 0.000 0.000 0.656 0.084 0.000 0.260
#> SRR2052747 1 0.0713 0.7759 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2052746 3 0.2039 0.6917 0.000 0.000 0.904 0.020 0.000 0.076
#> SRR2052745 3 0.4059 0.5542 0.000 0.000 0.720 0.052 0.000 0.228
#> SRR2052744 1 0.3023 0.7068 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2052741 2 0.3304 0.4733 0.004 0.804 0.012 0.008 0.000 0.172
#> SRR2052743 2 0.2222 0.5523 0.000 0.896 0.012 0.008 0.000 0.084
#> SRR2052740 2 0.4261 0.0551 0.008 0.620 0.004 0.008 0.000 0.360
#> SRR2052742 2 0.4541 0.1165 0.000 0.544 0.428 0.016 0.000 0.012
#> SRR2052739 2 0.4659 0.3989 0.000 0.720 0.028 0.072 0.000 0.180
#> SRR2052738 3 0.3017 0.6341 0.000 0.000 0.816 0.020 0.000 0.164
#> SRR2052736 6 0.4938 0.4517 0.076 0.356 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2052735 1 0.4246 0.4931 0.580 0.020 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2052734 6 0.4936 -0.2203 0.436 0.064 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR2052737 2 0.2593 0.5893 0.000 0.844 0.148 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.3017 0.6369 0.000 0.000 0.816 0.020 0.000 0.164
#> SRR2052732 6 0.6013 0.3206 0.000 0.292 0.000 0.276 0.000 0.432
#> SRR2052731 3 0.1843 0.7536 0.000 0.080 0.912 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052729 1 0.1863 0.7630 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2052728 1 0.3221 0.6844 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052730 4 0.4203 0.5217 0.000 0.000 0.136 0.740 0.000 0.124
#> SRR2052727 1 0.0146 0.7803 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052725 6 0.5550 0.3821 0.036 0.152 0.000 0.172 0.000 0.640
#> SRR2052726 1 0.4246 0.4931 0.580 0.020 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2052724 1 0.2213 0.7573 0.908 0.000 0.000 0.012 0.032 0.048
#> SRR2052723 3 0.5146 0.4197 0.000 0.000 0.596 0.100 0.004 0.300
#> SRR2052722 3 0.2278 0.7478 0.000 0.128 0.868 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.1910 0.7619 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2052720 2 0.0790 0.6036 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.4202 0.3053 0.000 0.712 0.000 0.064 0.000 0.224
#> SRR2052718 1 0.4250 0.3926 0.528 0.016 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR2052717 2 0.2190 0.5910 0.000 0.908 0.044 0.008 0.000 0.040
#> SRR2052714 1 0.3345 0.7119 0.844 0.000 0.004 0.032 0.032 0.088
#> SRR2052716 3 0.4808 0.4732 0.000 0.000 0.636 0.092 0.000 0.272
#> SRR2052715 3 0.2146 0.7516 0.000 0.116 0.880 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.0935 0.7744 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR2052712 4 0.3644 0.5347 0.000 0.000 0.008 0.732 0.252 0.008
#> SRR2052711 4 0.7367 0.3490 0.052 0.048 0.000 0.452 0.180 0.268
#> SRR2052710 2 0.4828 0.5062 0.000 0.676 0.124 0.196 0.000 0.004
#> SRR2052707 3 0.2513 0.7390 0.000 0.140 0.852 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.2278 0.7478 0.000 0.128 0.868 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.2982 0.6759 0.000 0.016 0.844 0.016 0.000 0.124
#> SRR2052705 2 0.2058 0.5595 0.000 0.908 0.012 0.008 0.000 0.072
#> SRR2052697 6 0.4847 0.2708 0.000 0.444 0.000 0.056 0.000 0.500
#> SRR2052703 3 0.2278 0.7478 0.000 0.128 0.868 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.0632 0.7766 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2052706 2 0.6356 0.1223 0.000 0.472 0.036 0.324 0.000 0.168
#> SRR2052695 2 0.0935 0.6029 0.000 0.964 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052694 2 0.0790 0.6028 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.2207 0.7513 0.000 0.076 0.900 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052693 3 0.3945 0.4212 0.000 0.380 0.612 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052691 1 0.4380 0.5992 0.648 0.020 0.004 0.008 0.000 0.320
#> SRR2052690 2 0.5464 0.3363 0.116 0.644 0.020 0.008 0.000 0.212
#> SRR2052689 4 0.4141 0.5253 0.000 0.000 0.128 0.756 0.004 0.112
#> SRR2052687 4 0.3524 0.6275 0.000 0.040 0.052 0.832 0.000 0.076
#> SRR2052686 6 0.5679 0.3419 0.152 0.068 0.000 0.132 0.000 0.648
#> SRR2052688 2 0.5307 0.3629 0.000 0.664 0.036 0.112 0.000 0.188
#> SRR2052684 3 0.5190 0.4019 0.000 0.000 0.584 0.100 0.004 0.312
#> SRR2052685 2 0.4552 0.2119 0.000 0.648 0.000 0.064 0.000 0.288
#> SRR2052683 5 0.1737 0.8427 0.040 0.000 0.000 0.020 0.932 0.008
#> SRR2052681 4 0.3802 0.6123 0.000 0.116 0.008 0.792 0.000 0.084
#> SRR2052680 4 0.3644 0.5347 0.000 0.000 0.008 0.732 0.252 0.008
#> SRR2052682 6 0.5417 0.4873 0.164 0.268 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2052679 1 0.0146 0.7803 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052678 3 0.2234 0.7503 0.000 0.124 0.872 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052677 2 0.3615 0.4471 0.000 0.700 0.292 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.4217 -0.2315 0.004 0.524 0.000 0.008 0.000 0.464
#> SRR2052676 1 0.2527 0.7394 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2052674 4 0.4965 0.4657 0.000 0.140 0.008 0.672 0.000 0.180
#> SRR2052672 3 0.2100 0.7526 0.000 0.112 0.884 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052673 6 0.4518 0.4598 0.036 0.348 0.000 0.004 0.000 0.612
#> SRR2052671 2 0.4763 0.0434 0.000 0.592 0.000 0.064 0.000 0.344
#> SRR2052670 3 0.2234 0.7485 0.000 0.124 0.872 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.1075 0.6063 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.3778 0.4906 0.004 0.780 0.036 0.008 0.000 0.172
#> SRR2052667 2 0.2704 0.5870 0.000 0.876 0.036 0.076 0.000 0.012
#> SRR2052666 3 0.2604 0.7521 0.000 0.100 0.872 0.008 0.000 0.020
#> SRR2052665 2 0.2492 0.5740 0.000 0.888 0.036 0.008 0.000 0.068
#> SRR2052664 5 0.5749 0.5388 0.180 0.000 0.000 0.180 0.608 0.032
#> SRR2052663 2 0.5611 -0.2701 0.000 0.436 0.000 0.144 0.000 0.420
#> SRR2052662 2 0.0713 0.6028 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.3934 0.5552 0.616 0.008 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2052660 3 0.2174 0.7533 0.000 0.088 0.896 0.008 0.000 0.008
#> SRR2052659 3 0.3516 0.5863 0.000 0.000 0.760 0.016 0.004 0.220
#> SRR2052658 2 0.2652 0.5507 0.000 0.868 0.020 0.008 0.000 0.104
#> SRR2052657 1 0.0632 0.7766 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.732 0.873 0.940 0.4867 0.516 0.516
#> 3 3 0.696 0.703 0.877 0.3725 0.736 0.524
#> 4 4 0.846 0.826 0.929 0.1119 0.847 0.585
#> 5 5 0.747 0.559 0.754 0.0661 0.914 0.698
#> 6 6 0.718 0.642 0.773 0.0437 0.887 0.565
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.4022 0.893 0.080 0.920
#> SRR2052701 2 0.6801 0.778 0.180 0.820
#> SRR2052700 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052699 1 0.5059 0.842 0.888 0.112
#> SRR2052698 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0376 0.931 0.996 0.004
#> SRR2052749 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052825 1 0.4431 0.881 0.908 0.092
#> SRR2052824 1 0.7674 0.740 0.776 0.224
#> SRR2052823 2 0.9286 0.522 0.344 0.656
#> SRR2052822 2 0.0376 0.939 0.004 0.996
#> SRR2052821 2 0.1184 0.937 0.016 0.984
#> SRR2052820 2 0.9754 0.321 0.408 0.592
#> SRR2052819 2 0.5408 0.828 0.124 0.876
#> SRR2052818 1 0.9635 0.389 0.612 0.388
#> SRR2052817 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.1633 0.926 0.976 0.024
#> SRR2052815 1 0.7674 0.740 0.776 0.224
#> SRR2052814 2 0.1843 0.922 0.028 0.972
#> SRR2052813 2 0.1414 0.936 0.020 0.980
#> SRR2052812 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052811 2 0.4022 0.893 0.080 0.920
#> SRR2052810 1 0.9815 0.350 0.580 0.420
#> SRR2052809 2 0.0672 0.938 0.008 0.992
#> SRR2052808 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052807 1 0.1633 0.926 0.976 0.024
#> SRR2052806 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0376 0.931 0.996 0.004
#> SRR2052804 1 0.1633 0.926 0.976 0.024
#> SRR2052803 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.1633 0.926 0.976 0.024
#> SRR2052801 1 0.1414 0.927 0.980 0.020
#> SRR2052800 1 0.1633 0.926 0.976 0.024
#> SRR2052799 1 0.1414 0.927 0.980 0.020
#> SRR2052798 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.1184 0.937 0.016 0.984
#> SRR2052796 1 0.1184 0.929 0.984 0.016
#> SRR2052795 1 0.0938 0.929 0.988 0.012
#> SRR2052794 1 0.1633 0.926 0.976 0.024
#> SRR2052793 1 0.1184 0.929 0.984 0.016
#> SRR2052792 1 0.4815 0.869 0.896 0.104
#> SRR2052791 1 0.1633 0.926 0.976 0.024
#> SRR2052790 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052785 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0376 0.939 0.004 0.996
#> SRR2052783 2 0.0376 0.939 0.004 0.996
#> SRR2052782 2 0.1184 0.937 0.016 0.984
#> SRR2052781 2 0.0376 0.939 0.004 0.996
#> SRR2052780 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.1184 0.937 0.016 0.984
#> SRR2052779 2 0.1184 0.937 0.016 0.984
#> SRR2052778 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.1633 0.926 0.976 0.024
#> SRR2052769 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052770 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052767 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052766 2 0.5294 0.833 0.120 0.880
#> SRR2052765 2 0.1414 0.936 0.020 0.980
#> SRR2052763 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052764 1 0.9209 0.516 0.664 0.336
#> SRR2052761 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052759 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.1184 0.937 0.016 0.984
#> SRR2052758 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.1184 0.929 0.984 0.016
#> SRR2052753 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.1184 0.929 0.984 0.016
#> SRR2052750 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.1184 0.937 0.016 0.984
#> SRR2052748 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052744 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.7602 0.728 0.220 0.780
#> SRR2052743 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052740 2 0.2043 0.931 0.032 0.968
#> SRR2052742 2 0.1184 0.937 0.016 0.984
#> SRR2052739 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052738 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052736 1 0.5059 0.842 0.888 0.112
#> SRR2052735 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.1414 0.936 0.020 0.980
#> SRR2052733 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052732 1 0.8443 0.641 0.728 0.272
#> SRR2052731 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052730 1 0.7674 0.740 0.776 0.224
#> SRR2052727 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052726 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.1184 0.929 0.984 0.016
#> SRR2052723 2 0.9944 0.189 0.456 0.544
#> SRR2052722 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052719 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052718 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052714 1 0.1414 0.927 0.980 0.020
#> SRR2052716 2 0.5178 0.839 0.116 0.884
#> SRR2052715 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.1633 0.926 0.976 0.024
#> SRR2052711 1 0.1184 0.929 0.984 0.016
#> SRR2052710 2 0.0938 0.938 0.012 0.988
#> SRR2052707 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052697 1 0.9661 0.385 0.608 0.392
#> SRR2052703 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052695 2 0.1414 0.936 0.020 0.980
#> SRR2052694 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052692 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052691 1 0.5059 0.842 0.888 0.112
#> SRR2052690 2 0.9998 0.088 0.492 0.508
#> SRR2052689 2 0.5059 0.841 0.112 0.888
#> SRR2052687 2 0.7950 0.667 0.240 0.760
#> SRR2052686 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052684 2 0.9963 0.161 0.464 0.536
#> SRR2052685 2 0.9323 0.516 0.348 0.652
#> SRR2052683 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.7299 0.747 0.796 0.204
#> SRR2052680 1 0.7674 0.740 0.776 0.224
#> SRR2052682 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.1184 0.937 0.016 0.984
#> SRR2052675 2 0.2043 0.931 0.032 0.968
#> SRR2052676 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.9710 0.286 0.400 0.600
#> SRR2052672 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052673 1 0.5059 0.843 0.888 0.112
#> SRR2052671 2 0.4022 0.893 0.080 0.920
#> SRR2052670 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052668 2 0.7674 0.722 0.224 0.776
#> SRR2052667 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052666 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052664 1 0.1184 0.929 0.984 0.016
#> SRR2052663 1 0.8763 0.597 0.704 0.296
#> SRR2052662 2 0.1633 0.935 0.024 0.976
#> SRR2052661 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
#> SRR2052660 2 0.0000 0.939 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.7219 0.731 0.200 0.800
#> SRR2052658 2 0.7674 0.722 0.224 0.776
#> SRR2052657 1 0.0000 0.931 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052700 1 0.0424 0.7742 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052699 1 0.6295 0.3321 0.528 0.472 0.000
#> SRR2052698 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052825 1 0.3532 0.7098 0.884 0.008 0.108
#> SRR2052824 1 0.5178 0.5291 0.744 0.000 0.256
#> SRR2052823 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052822 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.6302 0.1187 0.000 0.520 0.480
#> SRR2052820 3 0.4178 0.7456 0.172 0.000 0.828
#> SRR2052819 3 0.6140 0.3755 0.404 0.000 0.596
#> SRR2052818 2 0.0237 0.8300 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052817 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.4605 0.6004 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052815 1 0.5178 0.5291 0.744 0.000 0.256
#> SRR2052814 2 0.6969 0.2802 0.380 0.596 0.024
#> SRR2052813 2 0.4121 0.7005 0.000 0.832 0.168
#> SRR2052812 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052811 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052810 2 0.7178 0.0792 0.464 0.512 0.024
#> SRR2052809 3 0.2796 0.8295 0.000 0.092 0.908
#> SRR2052808 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052807 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.5138 0.5355 0.748 0.000 0.252
#> SRR2052803 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.5138 0.5355 0.748 0.000 0.252
#> SRR2052801 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.5138 0.5355 0.748 0.000 0.252
#> SRR2052799 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.0237 0.7770 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052797 2 0.6302 0.1187 0.000 0.520 0.480
#> SRR2052796 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 3 0.6180 0.3477 0.416 0.000 0.584
#> SRR2052791 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052790 3 0.4654 0.6724 0.000 0.208 0.792
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0424 0.8301 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052785 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052784 3 0.5465 0.5277 0.000 0.288 0.712
#> SRR2052783 3 0.0237 0.9127 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052782 2 0.6302 0.1187 0.000 0.520 0.480
#> SRR2052781 3 0.0237 0.9127 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052780 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.6140 0.3155 0.000 0.596 0.404
#> SRR2052779 2 0.6302 0.1187 0.000 0.520 0.480
#> SRR2052778 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052776 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052775 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052773 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052769 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052770 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052767 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052766 3 0.6126 0.3841 0.400 0.000 0.600
#> SRR2052765 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052763 3 0.1529 0.8827 0.000 0.040 0.960
#> SRR2052764 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052759 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.6308 0.0787 0.000 0.508 0.492
#> SRR2052758 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0237 0.7770 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052757 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.6154 0.4491 0.592 0.408 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.6126 0.4609 0.600 0.400 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.6126 0.4609 0.600 0.400 0.000
#> SRR2052751 3 0.1289 0.8904 0.000 0.032 0.968
#> SRR2052748 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0237 0.7770 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052745 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052744 1 0.6154 0.4491 0.592 0.408 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 3 0.3340 0.8005 0.000 0.120 0.880
#> SRR2052739 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052738 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.4504 0.5910 0.196 0.804 0.000
#> SRR2052735 1 0.6299 0.3235 0.524 0.476 0.000
#> SRR2052734 2 0.5138 0.4868 0.252 0.748 0.000
#> SRR2052737 2 0.2711 0.7706 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052733 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052732 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.6126 0.4609 0.600 0.400 0.000
#> SRR2052728 1 0.6286 0.3486 0.536 0.464 0.000
#> SRR2052730 3 0.6286 0.2224 0.464 0.000 0.536
#> SRR2052727 1 0.6126 0.4609 0.600 0.400 0.000
#> SRR2052725 1 0.6302 0.3155 0.520 0.480 0.000
#> SRR2052726 1 0.6299 0.3235 0.524 0.476 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.1031 0.8992 0.024 0.000 0.976
#> SRR2052722 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.6154 0.4491 0.592 0.408 0.000
#> SRR2052720 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052719 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052718 1 0.6274 0.3643 0.544 0.456 0.000
#> SRR2052717 2 0.1163 0.8176 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052714 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052716 3 0.4121 0.7569 0.168 0.000 0.832
#> SRR2052715 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0237 0.7770 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052712 1 0.2711 0.7263 0.912 0.000 0.088
#> SRR2052711 1 0.0237 0.7763 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052710 2 0.6095 0.3639 0.000 0.608 0.392
#> SRR2052707 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052704 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052697 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0237 0.7770 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052706 2 0.6299 0.1293 0.000 0.524 0.476
#> SRR2052695 2 0.0592 0.8278 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052694 2 0.0424 0.8300 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052692 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052693 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052691 1 0.6305 0.3031 0.516 0.484 0.000
#> SRR2052690 2 0.5905 0.2282 0.352 0.648 0.000
#> SRR2052689 3 0.6126 0.3841 0.400 0.000 0.600
#> SRR2052687 3 0.6140 0.3755 0.404 0.000 0.596
#> SRR2052686 1 0.6126 0.4609 0.600 0.400 0.000
#> SRR2052688 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052684 3 0.1163 0.8970 0.028 0.000 0.972
#> SRR2052685 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.4575 0.6278 0.812 0.004 0.184
#> SRR2052680 1 0.5178 0.5291 0.744 0.000 0.256
#> SRR2052682 2 0.5138 0.4868 0.252 0.748 0.000
#> SRR2052679 1 0.6126 0.4609 0.600 0.400 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052677 3 0.6309 -0.0761 0.000 0.496 0.504
#> SRR2052675 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.6126 0.4609 0.600 0.400 0.000
#> SRR2052674 2 0.8403 0.1408 0.400 0.512 0.088
#> SRR2052672 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0424 0.8300 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052668 2 0.0424 0.8256 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052667 2 0.2448 0.7733 0.000 0.924 0.076
#> SRR2052666 3 0.2796 0.8303 0.000 0.092 0.908
#> SRR2052665 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052664 1 0.0000 0.7777 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.8310 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0237 0.8316 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052661 1 0.6299 0.3235 0.524 0.476 0.000
#> SRR2052660 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052659 3 0.0000 0.9154 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.1860 0.7846 0.052 0.948 0.000
#> SRR2052657 1 0.0237 0.7770 0.996 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052700 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052699 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052698 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0921 0.9222 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2052825 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052824 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052823 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052822 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.3356 0.7969 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR2052820 3 0.3836 0.7478 0.168 0.000 0.816 0.016
#> SRR2052819 4 0.0707 0.8082 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052818 4 0.5000 -0.1546 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR2052817 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052816 4 0.4017 0.7397 0.044 0.128 0.000 0.828
#> SRR2052815 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052814 4 0.5295 0.1057 0.000 0.488 0.008 0.504
#> SRR2052813 2 0.1474 0.9085 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052810 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052809 2 0.4999 0.1177 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR2052808 4 0.5031 0.6634 0.000 0.092 0.140 0.768
#> SRR2052807 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052803 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052801 4 0.4830 0.4364 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR2052800 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052799 4 0.4543 0.5526 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR2052798 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.2868 0.8386 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR2052796 4 0.4999 0.1942 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR2052795 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 4 0.4585 0.5408 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR2052793 1 0.4994 -0.1477 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR2052792 4 0.2589 0.7520 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR2052791 4 0.5158 0.2461 0.472 0.000 0.004 0.524
#> SRR2052790 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.1716 0.9007 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052785 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052784 3 0.3311 0.7701 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR2052783 3 0.3907 0.6607 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR2052782 2 0.2921 0.8349 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR2052781 3 0.1022 0.9309 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR2052780 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.2011 0.8898 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR2052779 2 0.3024 0.8269 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR2052778 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052776 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052771 4 0.4989 0.2503 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR2052769 3 0.5000 -0.0482 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR2052770 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052766 4 0.2589 0.7520 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR2052765 2 0.0817 0.9235 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2052763 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052762 3 0.4998 0.0593 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR2052758 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 4 0.4999 0.1942 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR2052753 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052744 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052742 3 0.0817 0.9394 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052739 2 0.0817 0.9235 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2052738 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052736 2 0.2973 0.7834 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.2530 0.8085 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.2921 0.8350 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR2052733 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052732 2 0.0921 0.9129 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052727 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.5594 0.6098 0.724 0.112 0.000 0.164
#> SRR2052726 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.1398 0.9229 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR2052722 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0921 0.9221 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052718 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052714 1 0.3610 0.6568 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2052716 3 0.0817 0.9414 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052715 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052711 4 0.4755 0.6787 0.200 0.040 0.000 0.760
#> SRR2052710 2 0.5508 0.1743 0.000 0.508 0.016 0.476
#> SRR2052707 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.2402 0.8863 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR2052695 2 0.0921 0.9221 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2052694 2 0.0817 0.9235 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2052692 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052691 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052690 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052687 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052686 1 0.0336 0.9208 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.0921 0.9221 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2052684 3 0.2222 0.8868 0.060 0.000 0.924 0.016
#> SRR2052685 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052683 1 0.4994 -0.1477 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR2052681 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052680 4 0.0000 0.8167 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052682 1 0.2704 0.7939 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.4250 0.6643 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 4 0.0188 0.8153 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052672 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.0921 0.9221 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2052668 1 0.4999 0.0481 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.3569 0.7577 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR2052666 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052664 4 0.4103 0.6372 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR2052663 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0707 0.9245 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052661 1 0.0336 0.9208 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.0469 0.9488 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2052658 2 0.1022 0.9059 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR2052657 1 0.0000 0.9279 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.5822 0.2808 0.108 0.548 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052701 2 0.6398 0.2583 0.200 0.500 0.000 0.000 0.300
#> SRR2052700 4 0.4455 0.2232 0.008 0.000 0.000 0.588 0.404
#> SRR2052699 1 0.0794 0.7144 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052698 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052708 1 0.6754 0.3270 0.396 0.000 0.000 0.332 0.272
#> SRR2052749 1 0.6486 0.4586 0.492 0.000 0.000 0.236 0.272
#> SRR2052786 2 0.0162 0.6103 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.4114 0.3036 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR2052824 4 0.4114 0.3036 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR2052823 2 0.6506 0.1832 0.200 0.456 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052822 2 0.4256 0.1679 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.4603 0.3947 0.000 0.668 0.032 0.000 0.300
#> SRR2052820 3 0.5176 0.6588 0.040 0.000 0.736 0.148 0.076
#> SRR2052819 4 0.5180 0.2793 0.000 0.000 0.064 0.624 0.312
#> SRR2052818 5 0.4047 0.4982 0.000 0.004 0.000 0.320 0.676
#> SRR2052817 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052816 5 0.5361 0.5285 0.104 0.008 0.000 0.208 0.680
#> SRR2052815 4 0.4114 0.3036 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR2052814 2 0.6693 -0.3463 0.000 0.396 0.000 0.364 0.240
#> SRR2052813 2 0.0000 0.6106 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.3612 0.4443 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2052811 2 0.5822 0.2808 0.108 0.548 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052810 4 0.4268 0.1506 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR2052809 2 0.4015 0.3411 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR2052808 5 0.4147 0.4955 0.000 0.000 0.008 0.316 0.676
#> SRR2052807 4 0.0000 0.5168 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.6762 0.3151 0.388 0.000 0.000 0.340 0.272
#> SRR2052805 1 0.6771 0.2863 0.372 0.000 0.000 0.356 0.272
#> SRR2052804 4 0.0162 0.5163 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052803 1 0.6762 0.3151 0.388 0.000 0.000 0.340 0.272
#> SRR2052802 4 0.0000 0.5168 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052801 4 0.4735 0.4683 0.048 0.000 0.000 0.680 0.272
#> SRR2052800 4 0.0000 0.5168 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052799 4 0.4735 0.4683 0.048 0.000 0.000 0.680 0.272
#> SRR2052798 1 0.3766 0.6903 0.728 0.000 0.000 0.004 0.268
#> SRR2052797 2 0.4114 0.4379 0.000 0.712 0.016 0.000 0.272
#> SRR2052796 4 0.4800 0.4652 0.052 0.000 0.000 0.676 0.272
#> SRR2052795 1 0.6758 0.3208 0.392 0.000 0.000 0.336 0.272
#> SRR2052794 4 0.4758 0.4672 0.048 0.000 0.000 0.676 0.276
#> SRR2052793 4 0.4924 0.4553 0.060 0.000 0.000 0.668 0.272
#> SRR2052792 4 0.2522 0.4877 0.000 0.000 0.108 0.880 0.012
#> SRR2052791 4 0.4713 0.4689 0.044 0.000 0.000 0.676 0.280
#> SRR2052790 2 0.4300 0.0149 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.0510 0.6090 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.0162 0.9426 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052784 2 0.3774 0.3695 0.000 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.4182 0.2785 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.0609 0.6079 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.4297 0.0667 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.0880 0.6039 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.0703 0.6069 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052776 3 0.2605 0.7910 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.2929 0.7510 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052771 4 0.4758 0.4672 0.048 0.000 0.000 0.676 0.276
#> SRR2052769 3 0.6534 -0.1259 0.000 0.000 0.436 0.364 0.200
#> SRR2052770 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.3586 0.4484 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052767 2 0.4213 0.4209 0.012 0.680 0.000 0.000 0.308
#> SRR2052766 4 0.3756 0.3621 0.000 0.000 0.248 0.744 0.008
#> SRR2052765 5 0.4622 0.2589 0.000 0.440 0.000 0.012 0.548
#> SRR2052763 3 0.0290 0.9421 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052764 5 0.5930 0.1537 0.112 0.372 0.000 0.000 0.516
#> SRR2052761 3 0.0290 0.9421 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052760 2 0.0000 0.6106 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0162 0.9437 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052762 2 0.1197 0.5971 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.5396 0.6373 0.656 0.000 0.000 0.124 0.220
#> SRR2052757 3 0.0162 0.9426 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052755 1 0.0794 0.7144 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052754 4 0.4924 0.4579 0.060 0.000 0.000 0.668 0.272
#> SRR2052753 1 0.1965 0.7219 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2052752 4 0.6772 -0.3142 0.364 0.000 0.000 0.364 0.272
#> SRR2052750 1 0.3039 0.7213 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2052751 3 0.1121 0.9090 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.0290 0.9421 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052747 1 0.4114 0.6814 0.712 0.000 0.000 0.016 0.272
#> SRR2052746 3 0.0162 0.9437 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052745 3 0.0290 0.9421 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052744 1 0.2690 0.7243 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2052741 2 0.4908 0.3651 0.320 0.636 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052743 2 0.1818 0.5964 0.024 0.932 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052740 2 0.4495 0.4398 0.244 0.712 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052742 3 0.4114 0.6186 0.024 0.244 0.732 0.000 0.000
#> SRR2052739 2 0.3586 0.4484 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052738 3 0.0162 0.9437 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052736 1 0.4203 0.4654 0.760 0.188 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052735 1 0.0000 0.7027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.1121 0.6693 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052737 2 0.1908 0.5698 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.0290 0.9421 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052732 5 0.4824 0.5337 0.200 0.076 0.000 0.004 0.720
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.3039 0.7213 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2052728 1 0.0000 0.7027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.4126 0.3026 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR2052727 1 0.3210 0.7150 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2052725 1 0.4313 0.2261 0.636 0.000 0.000 0.008 0.356
#> SRR2052726 1 0.0000 0.7027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.6771 0.2589 0.372 0.000 0.000 0.356 0.272
#> SRR2052723 3 0.4058 0.6559 0.000 0.000 0.740 0.236 0.024
#> SRR2052722 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.3003 0.7220 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2052720 2 0.0000 0.6106 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.3586 0.4484 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052718 1 0.0000 0.7027 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.6106 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052714 4 0.5954 0.3061 0.152 0.000 0.000 0.576 0.272
#> SRR2052716 3 0.1628 0.8996 0.000 0.000 0.936 0.056 0.008
#> SRR2052715 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.4374 0.6740 0.700 0.000 0.000 0.028 0.272
#> SRR2052712 4 0.4114 0.3036 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR2052711 4 0.5843 0.2579 0.304 0.000 0.000 0.572 0.124
#> SRR2052710 2 0.6811 -0.3160 0.000 0.388 0.004 0.232 0.376
#> SRR2052707 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.0162 0.9435 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052705 2 0.1121 0.6031 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052697 2 0.6676 0.1288 0.240 0.416 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.3790 0.6884 0.724 0.000 0.000 0.004 0.272
#> SRR2052706 5 0.4617 0.2687 0.000 0.436 0.000 0.012 0.552
#> SRR2052695 2 0.0000 0.6106 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.6106 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0162 0.9437 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052693 3 0.0162 0.9429 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052691 1 0.0963 0.6763 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052690 1 0.2488 0.6057 0.872 0.124 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052689 4 0.4126 0.3026 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR2052687 4 0.4126 0.2970 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR2052686 1 0.3123 0.5409 0.812 0.000 0.000 0.004 0.184
#> SRR2052688 2 0.3796 0.4043 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR2052684 3 0.4987 0.5650 0.000 0.000 0.684 0.236 0.080
#> SRR2052685 2 0.6463 0.1927 0.192 0.464 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052683 4 0.5491 0.4112 0.104 0.000 0.000 0.624 0.272
#> SRR2052681 4 0.4114 0.3036 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR2052680 4 0.4114 0.3036 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR2052682 1 0.1197 0.6663 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052679 1 0.3039 0.7213 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2052678 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.1965 0.5659 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.6491 0.2411 0.220 0.484 0.000 0.000 0.296
#> SRR2052676 1 0.3003 0.7220 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2052674 5 0.3913 0.4918 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR2052672 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.6779 0.1143 0.300 0.392 0.000 0.000 0.308
#> SRR2052671 2 0.5699 0.3350 0.108 0.584 0.000 0.000 0.308
#> SRR2052670 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.6106 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052668 1 0.4925 0.2381 0.632 0.324 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052667 2 0.4732 0.4347 0.024 0.776 0.004 0.112 0.084
#> SRR2052666 3 0.0162 0.9437 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052665 2 0.1522 0.6003 0.012 0.944 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052664 4 0.4395 0.5054 0.064 0.000 0.000 0.748 0.188
#> SRR2052663 2 0.5939 0.2669 0.120 0.536 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052662 2 0.0000 0.6106 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.1121 0.6693 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052660 3 0.0000 0.9447 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.1469 0.9092 0.000 0.000 0.948 0.036 0.016
#> SRR2052658 2 0.4836 0.3836 0.304 0.652 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052657 1 0.4924 0.6506 0.668 0.000 0.000 0.060 0.272
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 6 0.3933 0.7718 0.036 0.248 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2052701 6 0.5697 0.3917 0.356 0.168 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR2052700 4 0.2341 0.7194 0.012 0.000 0.000 0.900 0.032 0.056
#> SRR2052699 1 0.1820 0.7288 0.924 0.012 0.000 0.000 0.056 0.008
#> SRR2052698 3 0.1714 0.7720 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052708 5 0.3101 0.7531 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR2052749 5 0.3266 0.7309 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR2052786 2 0.1462 0.7220 0.000 0.936 0.056 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052825 4 0.0458 0.7348 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052824 4 0.0458 0.7348 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052823 6 0.4117 0.7517 0.112 0.140 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR2052822 2 0.3428 0.6303 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052821 6 0.4787 0.5251 0.000 0.440 0.020 0.020 0.000 0.520
#> SRR2052820 3 0.5034 0.6878 0.000 0.000 0.628 0.000 0.132 0.240
#> SRR2052819 4 0.1823 0.7274 0.000 0.004 0.036 0.932 0.016 0.012
#> SRR2052818 4 0.3864 -0.0396 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR2052817 3 0.0713 0.8200 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052816 6 0.5508 0.2655 0.108 0.008 0.000 0.364 0.000 0.520
#> SRR2052815 4 0.0146 0.7322 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052814 4 0.5019 0.3098 0.000 0.356 0.000 0.580 0.020 0.044
#> SRR2052813 2 0.0725 0.7041 0.000 0.976 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052812 6 0.3717 0.6981 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2052811 6 0.3782 0.7751 0.036 0.224 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2052810 4 0.0937 0.7170 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2052809 2 0.3464 0.6245 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052808 4 0.5091 0.2016 0.000 0.004 0.076 0.556 0.000 0.364
#> SRR2052807 4 0.4012 0.5347 0.000 0.000 0.000 0.640 0.344 0.016
#> SRR2052806 5 0.2631 0.7826 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR2052805 5 0.2597 0.7833 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR2052804 4 0.4139 0.5468 0.000 0.000 0.000 0.640 0.336 0.024
#> SRR2052803 5 0.2664 0.7816 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR2052802 4 0.4139 0.5419 0.000 0.000 0.000 0.640 0.336 0.024
#> SRR2052801 5 0.1982 0.7259 0.004 0.000 0.000 0.068 0.912 0.016
#> SRR2052800 4 0.4139 0.5419 0.000 0.000 0.000 0.640 0.336 0.024
#> SRR2052799 5 0.2255 0.7069 0.004 0.000 0.000 0.088 0.892 0.016
#> SRR2052798 5 0.3706 0.5991 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR2052797 2 0.4742 -0.3452 0.000 0.512 0.048 0.000 0.000 0.440
#> SRR2052796 5 0.2058 0.7582 0.024 0.000 0.000 0.048 0.916 0.012
#> SRR2052795 5 0.3126 0.7502 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR2052794 5 0.1982 0.7259 0.004 0.000 0.000 0.068 0.912 0.016
#> SRR2052793 5 0.1857 0.7694 0.032 0.000 0.000 0.028 0.928 0.012
#> SRR2052792 4 0.6517 0.4006 0.000 0.000 0.024 0.404 0.320 0.252
#> SRR2052791 5 0.1007 0.7174 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052790 2 0.2841 0.7094 0.000 0.824 0.164 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052789 3 0.0146 0.8303 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0146 0.8303 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.1970 0.7271 0.000 0.900 0.092 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052785 3 0.2003 0.7463 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052784 2 0.2260 0.7206 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.3607 0.5864 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.2092 0.7235 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.3592 0.5867 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.0146 0.8303 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.2838 0.7048 0.000 0.808 0.188 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052779 2 0.2092 0.7235 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.2364 0.8256 0.000 0.004 0.892 0.000 0.032 0.072
#> SRR2052776 3 0.3578 0.3516 0.000 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.0146 0.8307 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.3659 0.2628 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.0146 0.8307 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.1714 0.7720 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052771 5 0.0603 0.7451 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR2052769 4 0.6620 0.3287 0.000 0.008 0.228 0.500 0.040 0.224
#> SRR2052770 3 0.2436 0.8228 0.000 0.000 0.880 0.000 0.032 0.088
#> SRR2052768 6 0.3717 0.6984 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2052767 6 0.4060 0.7568 0.032 0.284 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR2052766 4 0.7241 0.4369 0.000 0.000 0.144 0.432 0.192 0.232
#> SRR2052765 6 0.5813 0.5988 0.000 0.300 0.004 0.188 0.000 0.508
#> SRR2052763 3 0.4012 0.7690 0.000 0.008 0.728 0.000 0.032 0.232
#> SRR2052764 6 0.4292 0.7748 0.048 0.196 0.000 0.020 0.000 0.736
#> SRR2052761 3 0.3909 0.7630 0.000 0.000 0.720 0.000 0.036 0.244
#> SRR2052760 2 0.2003 0.6009 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052759 3 0.3686 0.7780 0.000 0.000 0.748 0.000 0.032 0.220
#> SRR2052762 2 0.2451 0.7057 0.000 0.884 0.056 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052758 3 0.1556 0.8320 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052756 1 0.5022 0.0604 0.528 0.000 0.000 0.076 0.396 0.000
#> SRR2052757 3 0.2883 0.6127 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052755 1 0.1219 0.7295 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR2052754 5 0.2444 0.7508 0.028 0.000 0.000 0.068 0.892 0.012
#> SRR2052753 1 0.1327 0.7205 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2052752 5 0.2416 0.7865 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR2052750 1 0.2793 0.5834 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR2052751 3 0.2003 0.7486 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.3860 0.7675 0.000 0.000 0.728 0.000 0.036 0.236
#> SRR2052747 5 0.3706 0.5991 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR2052746 3 0.3740 0.7742 0.000 0.000 0.740 0.000 0.032 0.228
#> SRR2052745 3 0.3860 0.7675 0.000 0.000 0.728 0.000 0.036 0.236
#> SRR2052744 1 0.2003 0.6815 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR2052741 1 0.5592 0.2231 0.504 0.340 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2052743 2 0.3563 0.5519 0.072 0.796 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2052740 1 0.5841 0.0510 0.436 0.372 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2052742 3 0.3653 0.4077 0.008 0.300 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052739 2 0.3998 -0.5424 0.000 0.504 0.004 0.000 0.000 0.492
#> SRR2052738 3 0.3860 0.7675 0.000 0.000 0.728 0.000 0.036 0.236
#> SRR2052736 1 0.3585 0.6226 0.780 0.048 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2052735 1 0.1624 0.7367 0.936 0.004 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR2052734 1 0.3101 0.6570 0.820 0.032 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2052737 2 0.2778 0.7117 0.000 0.824 0.168 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052733 3 0.3740 0.7742 0.000 0.000 0.740 0.000 0.032 0.228
#> SRR2052732 6 0.5337 0.6467 0.116 0.056 0.000 0.148 0.000 0.680
#> SRR2052731 3 0.1075 0.8342 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052729 1 0.2454 0.6386 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR2052728 1 0.1219 0.7295 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR2052730 4 0.1524 0.7275 0.000 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR2052727 1 0.3499 0.3211 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR2052725 1 0.4638 0.5697 0.704 0.004 0.000 0.144 0.000 0.148
#> SRR2052726 1 0.1480 0.7358 0.940 0.000 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR2052724 5 0.2738 0.7802 0.176 0.000 0.000 0.004 0.820 0.000
#> SRR2052723 3 0.5277 0.6512 0.000 0.000 0.592 0.000 0.152 0.256
#> SRR2052722 3 0.0146 0.8307 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.2454 0.6386 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR2052720 2 0.0405 0.7034 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052719 6 0.3727 0.6926 0.000 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2052718 1 0.2119 0.7346 0.904 0.000 0.000 0.000 0.036 0.060
#> SRR2052717 2 0.1267 0.6704 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052714 5 0.2664 0.7854 0.136 0.000 0.000 0.016 0.848 0.000
#> SRR2052716 3 0.4992 0.7108 0.000 0.000 0.652 0.016 0.080 0.252
#> SRR2052715 3 0.0291 0.8316 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052713 5 0.3647 0.6275 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR2052712 4 0.0777 0.7349 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR2052711 4 0.6111 0.2820 0.352 0.000 0.000 0.500 0.092 0.056
#> SRR2052710 2 0.5645 0.2582 0.000 0.456 0.152 0.392 0.000 0.000
#> SRR2052707 3 0.0260 0.8295 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0260 0.8295 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.2630 0.8216 0.000 0.004 0.872 0.000 0.032 0.092
#> SRR2052705 2 0.3190 0.5636 0.044 0.820 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2052697 6 0.4603 0.7243 0.156 0.148 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2052703 3 0.0260 0.8295 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 5 0.3695 0.6054 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR2052706 6 0.5940 0.5951 0.000 0.288 0.008 0.200 0.000 0.504
#> SRR2052695 2 0.0547 0.6952 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052694 2 0.0363 0.6983 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052692 3 0.3320 0.7891 0.000 0.000 0.772 0.000 0.016 0.212
#> SRR2052693 3 0.0547 0.8245 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052691 1 0.0508 0.7371 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2052690 1 0.2741 0.7082 0.868 0.092 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR2052689 4 0.1204 0.7279 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052687 4 0.0790 0.7234 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2052686 1 0.3728 0.6566 0.788 0.000 0.000 0.068 0.004 0.140
#> SRR2052688 6 0.3907 0.6340 0.000 0.408 0.004 0.000 0.000 0.588
#> SRR2052684 3 0.5298 0.6519 0.000 0.000 0.592 0.000 0.160 0.248
#> SRR2052685 6 0.4200 0.7671 0.072 0.208 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR2052683 5 0.3419 0.7686 0.088 0.000 0.000 0.088 0.820 0.004
#> SRR2052681 4 0.0547 0.7350 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052680 4 0.0458 0.7348 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052682 1 0.3318 0.6340 0.796 0.032 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2052679 1 0.2996 0.5419 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR2052678 3 0.0603 0.8324 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052677 2 0.2823 0.6956 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052675 6 0.5536 0.5134 0.300 0.164 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR2052676 1 0.2595 0.6438 0.836 0.000 0.000 0.000 0.160 0.004
#> SRR2052674 4 0.3823 0.0942 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR2052672 3 0.0458 0.8329 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052673 1 0.5197 0.2111 0.568 0.112 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR2052671 6 0.4089 0.7638 0.040 0.264 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2052670 3 0.0260 0.8295 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.0405 0.7084 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052668 1 0.4957 0.4842 0.648 0.204 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2052667 2 0.5090 0.6364 0.040 0.732 0.096 0.108 0.000 0.024
#> SRR2052666 3 0.2821 0.8127 0.000 0.016 0.832 0.000 0.000 0.152
#> SRR2052665 2 0.3395 0.5622 0.060 0.808 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2052664 5 0.4832 -0.0116 0.032 0.000 0.000 0.440 0.516 0.012
#> SRR2052663 6 0.3924 0.7761 0.052 0.208 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2052662 2 0.0405 0.7034 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052661 1 0.1007 0.7295 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052660 3 0.2664 0.8063 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2052659 3 0.4181 0.7492 0.000 0.000 0.700 0.000 0.052 0.248
#> SRR2052658 2 0.5411 0.2268 0.336 0.532 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2052657 5 0.3695 0.6054 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.458 0.660 0.800 0.4187 0.637 0.637
#> 3 3 0.674 0.837 0.915 0.5535 0.682 0.512
#> 4 4 0.736 0.789 0.896 0.1017 0.865 0.649
#> 5 5 0.698 0.765 0.869 0.0323 0.975 0.913
#> 6 6 0.694 0.658 0.797 0.0815 0.907 0.665
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052700 2 0.1184 0.731 0.016 0.984
#> SRR2052699 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052698 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052708 1 0.9087 0.837 0.676 0.324
#> SRR2052749 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052786 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052825 2 0.9686 0.630 0.396 0.604
#> SRR2052824 2 0.9209 0.682 0.336 0.664
#> SRR2052823 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052820 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052819 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052818 2 0.1184 0.731 0.016 0.984
#> SRR2052817 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052816 2 0.1184 0.731 0.016 0.984
#> SRR2052815 2 0.9686 0.630 0.396 0.604
#> SRR2052814 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052813 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052810 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052809 2 0.0672 0.736 0.008 0.992
#> SRR2052808 2 0.0376 0.735 0.004 0.996
#> SRR2052807 1 0.9635 -0.263 0.612 0.388
#> SRR2052806 1 0.9000 0.833 0.684 0.316
#> SRR2052805 1 0.9000 0.833 0.684 0.316
#> SRR2052804 2 0.9686 0.630 0.396 0.604
#> SRR2052803 1 0.9044 0.835 0.680 0.320
#> SRR2052802 2 0.9996 0.504 0.488 0.512
#> SRR2052801 1 0.0000 0.576 1.000 0.000
#> SRR2052800 2 0.9963 0.542 0.464 0.536
#> SRR2052799 1 0.0000 0.576 1.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052797 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.576 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052794 1 0.0000 0.576 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.576 1.000 0.000
#> SRR2052792 2 0.9686 0.630 0.396 0.604
#> SRR2052791 1 0.9460 -0.203 0.636 0.364
#> SRR2052790 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052788 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052787 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052784 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052777 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052776 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052773 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052774 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0376 0.573 0.996 0.004
#> SRR2052769 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052770 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052768 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052766 2 0.9686 0.630 0.396 0.604
#> SRR2052765 2 0.1184 0.731 0.016 0.984
#> SRR2052763 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052764 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052761 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052762 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052756 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052757 2 0.9087 0.689 0.324 0.676
#> SRR2052755 1 0.9686 0.775 0.604 0.396
#> SRR2052754 1 0.0000 0.576 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052752 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052750 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052751 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052748 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052747 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052746 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052745 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052744 1 0.9686 0.775 0.604 0.396
#> SRR2052741 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052739 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052738 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052736 2 0.9710 -0.324 0.400 0.600
#> SRR2052735 1 0.9686 0.775 0.604 0.396
#> SRR2052734 2 0.9850 -0.409 0.428 0.572
#> SRR2052737 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052732 2 0.0376 0.735 0.004 0.996
#> SRR2052731 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052729 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052728 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052730 2 0.9686 0.630 0.396 0.604
#> SRR2052727 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052725 2 0.9393 -0.180 0.356 0.644
#> SRR2052726 1 0.9686 0.775 0.604 0.396
#> SRR2052724 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052723 2 0.9686 0.630 0.396 0.604
#> SRR2052722 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052721 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052720 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052718 1 0.9686 0.775 0.604 0.396
#> SRR2052717 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052714 1 0.5408 0.673 0.876 0.124
#> SRR2052716 2 0.8763 0.696 0.296 0.704
#> SRR2052715 2 0.9129 0.687 0.328 0.672
#> SRR2052713 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052712 2 0.9686 0.630 0.396 0.604
#> SRR2052711 2 0.8267 0.249 0.260 0.740
#> SRR2052710 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052707 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052709 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052704 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052705 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052697 2 0.5842 0.521 0.140 0.860
#> SRR2052703 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052696 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052706 2 0.9044 0.691 0.320 0.680
#> SRR2052695 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052693 2 0.1633 0.733 0.024 0.976
#> SRR2052691 2 0.9754 -0.349 0.408 0.592
#> SRR2052690 2 0.4815 0.593 0.104 0.896
#> SRR2052689 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052687 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052686 2 0.9754 -0.349 0.408 0.592
#> SRR2052688 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052684 2 0.9710 0.626 0.400 0.600
#> SRR2052685 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052683 1 0.9000 0.833 0.684 0.316
#> SRR2052681 2 0.1184 0.731 0.016 0.984
#> SRR2052680 2 0.9170 0.685 0.332 0.668
#> SRR2052682 2 0.9732 -0.337 0.404 0.596
#> SRR2052679 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052678 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052677 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.0376 0.732 0.004 0.996
#> SRR2052676 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
#> SRR2052674 2 0.1184 0.731 0.016 0.984
#> SRR2052672 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052673 2 0.9710 -0.324 0.400 0.600
#> SRR2052671 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052669 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052665 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052664 1 0.9000 0.833 0.684 0.316
#> SRR2052663 2 0.8661 0.094 0.288 0.712
#> SRR2052662 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052661 1 0.9686 0.775 0.604 0.396
#> SRR2052660 2 0.8813 0.696 0.300 0.700
#> SRR2052659 2 0.9000 0.692 0.316 0.684
#> SRR2052658 2 0.0000 0.736 0.000 1.000
#> SRR2052657 1 0.9170 0.840 0.668 0.332
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052700 2 0.2537 0.867 0.000 0.920 0.080
#> SRR2052699 2 0.2448 0.868 0.000 0.924 0.076
#> SRR2052698 3 0.2356 0.875 0.000 0.072 0.928
#> SRR2052708 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.4842 0.737 0.000 0.776 0.224
#> SRR2052825 3 0.4452 0.777 0.000 0.192 0.808
#> SRR2052824 3 0.4452 0.777 0.000 0.192 0.808
#> SRR2052823 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052822 2 0.5988 0.583 0.000 0.632 0.368
#> SRR2052821 2 0.5327 0.693 0.000 0.728 0.272
#> SRR2052820 2 0.4750 0.757 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052819 3 0.3879 0.818 0.000 0.152 0.848
#> SRR2052818 2 0.3816 0.817 0.000 0.852 0.148
#> SRR2052817 3 0.2066 0.881 0.000 0.060 0.940
#> SRR2052816 2 0.0747 0.884 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052815 3 0.4452 0.777 0.000 0.192 0.808
#> SRR2052814 2 0.6168 0.145 0.000 0.588 0.412
#> SRR2052813 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052810 3 0.5621 0.645 0.000 0.308 0.692
#> SRR2052809 2 0.6291 0.225 0.000 0.532 0.468
#> SRR2052808 2 0.5216 0.711 0.000 0.740 0.260
#> SRR2052807 3 0.6579 0.510 0.328 0.020 0.652
#> SRR2052806 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 3 0.1964 0.878 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052803 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 3 0.1643 0.874 0.044 0.000 0.956
#> SRR2052801 1 0.0592 0.952 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052800 3 0.3213 0.862 0.060 0.028 0.912
#> SRR2052799 1 0.3941 0.784 0.844 0.000 0.156
#> SRR2052798 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.4702 0.746 0.000 0.788 0.212
#> SRR2052796 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 3 0.6062 0.397 0.384 0.000 0.616
#> SRR2052793 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052791 3 0.5098 0.657 0.248 0.000 0.752
#> SRR2052790 2 0.4887 0.744 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052789 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052788 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052787 2 0.4235 0.784 0.000 0.824 0.176
#> SRR2052785 3 0.3686 0.837 0.000 0.140 0.860
#> SRR2052784 2 0.1860 0.875 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052783 2 0.2165 0.875 0.000 0.936 0.064
#> SRR2052782 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.3686 0.828 0.000 0.860 0.140
#> SRR2052780 3 0.1753 0.887 0.000 0.048 0.952
#> SRR2052777 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.0747 0.886 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052778 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052776 2 0.3619 0.831 0.000 0.864 0.136
#> SRR2052775 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052773 2 0.2448 0.871 0.000 0.924 0.076
#> SRR2052772 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052774 2 0.6168 0.501 0.000 0.588 0.412
#> SRR2052771 1 0.6260 0.109 0.552 0.000 0.448
#> SRR2052769 3 0.3412 0.841 0.000 0.124 0.876
#> SRR2052770 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052766 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052765 2 0.3941 0.810 0.000 0.844 0.156
#> SRR2052763 3 0.4291 0.764 0.000 0.180 0.820
#> SRR2052764 2 0.0592 0.883 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052761 2 0.4702 0.757 0.000 0.788 0.212
#> SRR2052760 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052762 2 0.2261 0.867 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052758 3 0.4291 0.772 0.000 0.180 0.820
#> SRR2052756 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.0892 0.895 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052755 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.4555 0.793 0.000 0.800 0.200
#> SRR2052748 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052745 3 0.3116 0.831 0.000 0.108 0.892
#> SRR2052744 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0424 0.886 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052743 2 0.1753 0.875 0.000 0.952 0.048
#> SRR2052740 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.3752 0.824 0.000 0.856 0.144
#> SRR2052739 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052736 2 0.1289 0.877 0.032 0.968 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.5431 0.602 0.716 0.284 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052732 2 0.0592 0.883 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052731 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052729 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.2448 0.869 0.000 0.076 0.924
#> SRR2052727 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.1753 0.868 0.048 0.952 0.000
#> SRR2052726 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052722 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052721 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.1289 0.881 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052719 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052718 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.2261 0.867 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052714 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052716 3 0.6260 0.188 0.000 0.448 0.552
#> SRR2052715 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052713 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 3 0.4452 0.777 0.000 0.192 0.808
#> SRR2052711 2 0.3921 0.846 0.080 0.884 0.036
#> SRR2052710 2 0.4974 0.732 0.000 0.764 0.236
#> SRR2052707 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052709 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052704 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.1289 0.889 0.000 0.032 0.968
#> SRR2052696 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 3 0.6215 0.418 0.000 0.428 0.572
#> SRR2052695 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0592 0.886 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052692 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052693 2 0.6308 0.314 0.000 0.508 0.492
#> SRR2052691 2 0.6144 0.763 0.132 0.780 0.088
#> SRR2052690 2 0.4370 0.837 0.076 0.868 0.056
#> SRR2052689 3 0.3267 0.845 0.000 0.116 0.884
#> SRR2052687 3 0.3551 0.834 0.000 0.132 0.868
#> SRR2052686 1 0.6079 0.381 0.612 0.388 0.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052684 3 0.0000 0.893 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052685 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052681 2 0.4974 0.732 0.000 0.764 0.236
#> SRR2052680 3 0.4452 0.777 0.000 0.192 0.808
#> SRR2052682 2 0.2878 0.840 0.096 0.904 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052677 2 0.5363 0.690 0.000 0.724 0.276
#> SRR2052675 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.4750 0.756 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052672 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052673 2 0.0592 0.883 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0592 0.895 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052669 2 0.1163 0.885 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052668 2 0.2356 0.865 0.000 0.928 0.072
#> SRR2052667 2 0.4842 0.737 0.000 0.776 0.224
#> SRR2052666 3 0.4235 0.770 0.000 0.176 0.824
#> SRR2052665 2 0.2796 0.854 0.000 0.908 0.092
#> SRR2052664 1 0.0592 0.952 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052663 2 0.0592 0.883 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052662 2 0.0000 0.887 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.1411 0.927 0.964 0.036 0.000
#> SRR2052660 3 0.1643 0.882 0.000 0.044 0.956
#> SRR2052659 3 0.4702 0.721 0.000 0.212 0.788
#> SRR2052658 2 0.2448 0.870 0.000 0.924 0.076
#> SRR2052657 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.0524 0.8676 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052701 2 0.0469 0.8663 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052700 4 0.2216 0.8442 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR2052699 2 0.1994 0.8623 0.008 0.936 0.052 0.004
#> SRR2052698 3 0.2255 0.8356 0.000 0.068 0.920 0.012
#> SRR2052708 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.2706 0.8507 0.000 0.900 0.080 0.020
#> SRR2052825 4 0.1902 0.8524 0.000 0.064 0.004 0.932
#> SRR2052824 4 0.1902 0.8524 0.000 0.064 0.004 0.932
#> SRR2052823 2 0.0188 0.8660 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052822 2 0.5607 0.1298 0.000 0.492 0.488 0.020
#> SRR2052821 2 0.3900 0.7993 0.000 0.816 0.164 0.020
#> SRR2052820 2 0.3791 0.7626 0.000 0.796 0.200 0.004
#> SRR2052819 4 0.2101 0.8519 0.000 0.060 0.012 0.928
#> SRR2052818 4 0.2773 0.8251 0.000 0.116 0.004 0.880
#> SRR2052817 3 0.2101 0.8426 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR2052816 2 0.0657 0.8679 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2052815 4 0.1902 0.8524 0.000 0.064 0.004 0.932
#> SRR2052814 2 0.4103 0.6265 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR2052813 2 0.0937 0.8665 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR2052812 2 0.0657 0.8666 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2052811 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052810 4 0.2149 0.8426 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR2052809 3 0.4936 0.4888 0.000 0.316 0.672 0.012
#> SRR2052808 2 0.3757 0.8130 0.000 0.828 0.152 0.020
#> SRR2052807 4 0.0921 0.8154 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR2052806 1 0.1716 0.8913 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052805 1 0.1557 0.8969 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052804 4 0.5062 0.5870 0.000 0.020 0.300 0.680
#> SRR2052803 1 0.0336 0.9259 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052802 4 0.0592 0.8261 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR2052801 4 0.3764 0.6465 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR2052800 4 0.0592 0.8261 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR2052799 4 0.3311 0.7034 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2052798 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.5310 0.2982 0.000 0.576 0.412 0.012
#> SRR2052796 1 0.2081 0.8771 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2052795 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 4 0.6798 0.5835 0.172 0.000 0.224 0.604
#> SRR2052793 1 0.1716 0.8913 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052792 3 0.2345 0.8071 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052791 3 0.5030 0.6030 0.188 0.000 0.752 0.060
#> SRR2052790 3 0.4584 0.5106 0.000 0.300 0.696 0.004
#> SRR2052789 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052788 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.4453 0.7018 0.000 0.744 0.244 0.012
#> SRR2052785 3 0.3219 0.7877 0.000 0.112 0.868 0.020
#> SRR2052784 2 0.2976 0.8456 0.000 0.872 0.120 0.008
#> SRR2052783 2 0.3625 0.8125 0.000 0.828 0.160 0.012
#> SRR2052782 2 0.5360 0.2545 0.000 0.552 0.436 0.012
#> SRR2052781 2 0.3166 0.8381 0.000 0.868 0.116 0.016
#> SRR2052780 3 0.0376 0.8754 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052777 2 0.4546 0.7035 0.000 0.732 0.256 0.012
#> SRR2052779 3 0.5408 -0.0500 0.000 0.488 0.500 0.012
#> SRR2052778 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052776 2 0.3625 0.8176 0.000 0.828 0.160 0.012
#> SRR2052775 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052773 3 0.5143 0.3561 0.000 0.360 0.628 0.012
#> SRR2052772 3 0.0336 0.8778 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052774 3 0.4391 0.5710 0.000 0.252 0.740 0.008
#> SRR2052771 1 0.4884 0.5438 0.708 0.008 0.276 0.008
#> SRR2052769 3 0.3873 0.6634 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR2052770 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052768 2 0.0937 0.8665 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR2052767 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052766 3 0.4134 0.5748 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR2052765 2 0.1059 0.8668 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR2052763 3 0.1474 0.8479 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR2052764 2 0.0469 0.8663 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052761 2 0.3831 0.7577 0.000 0.792 0.204 0.004
#> SRR2052760 2 0.0937 0.8665 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR2052759 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052762 2 0.2125 0.8578 0.000 0.920 0.076 0.004
#> SRR2052758 3 0.1389 0.8568 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.1854 0.8514 0.000 0.048 0.940 0.012
#> SRR2052755 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.4955 0.2313 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR2052753 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.4175 0.7707 0.000 0.784 0.200 0.016
#> SRR2052748 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052747 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.0336 0.8746 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052744 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0376 0.8671 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2052743 2 0.0779 0.8656 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR2052740 2 0.0188 0.8660 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052742 2 0.5217 0.4495 0.000 0.608 0.380 0.012
#> SRR2052739 2 0.0937 0.8665 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR2052738 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052736 2 0.1661 0.8476 0.052 0.944 0.000 0.004
#> SRR2052735 1 0.0188 0.9277 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052734 1 0.3402 0.7336 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR2052737 2 0.4957 0.5710 0.000 0.668 0.320 0.012
#> SRR2052733 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052732 2 0.0469 0.8663 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052731 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.7688 0.0941 0.000 0.328 0.440 0.232
#> SRR2052727 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.5321 0.5456 0.032 0.672 0.000 0.296
#> SRR2052726 1 0.0376 0.9250 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052724 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052722 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052721 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.1938 0.8621 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR2052719 2 0.0937 0.8665 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR2052718 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.1305 0.8646 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR2052714 1 0.1474 0.8837 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2052716 2 0.4830 0.3921 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR2052715 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.2048 0.8524 0.000 0.064 0.008 0.928
#> SRR2052711 4 0.5557 0.5527 0.040 0.308 0.000 0.652
#> SRR2052710 2 0.6351 0.4454 0.000 0.588 0.080 0.332
#> SRR2052707 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052709 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052705 2 0.0188 0.8675 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052697 2 0.0188 0.8660 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052703 3 0.0188 0.8777 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052696 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.4576 0.6135 0.000 0.728 0.260 0.012
#> SRR2052695 2 0.1576 0.8654 0.000 0.948 0.048 0.004
#> SRR2052694 2 0.1284 0.8675 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR2052692 3 0.0657 0.8774 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR2052693 3 0.5231 0.2735 0.000 0.384 0.604 0.012
#> SRR2052691 2 0.4599 0.7147 0.184 0.780 0.032 0.004
#> SRR2052690 2 0.2727 0.8268 0.084 0.900 0.012 0.004
#> SRR2052689 4 0.5522 0.5983 0.000 0.044 0.288 0.668
#> SRR2052687 4 0.5668 0.5789 0.000 0.048 0.300 0.652
#> SRR2052686 1 0.6187 0.3677 0.596 0.336 0.000 0.068
#> SRR2052688 2 0.1059 0.8675 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR2052684 3 0.0937 0.8736 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR2052685 2 0.0188 0.8660 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052683 1 0.4916 0.2769 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR2052681 4 0.1902 0.8524 0.000 0.064 0.004 0.932
#> SRR2052680 4 0.2048 0.8524 0.000 0.064 0.008 0.928
#> SRR2052682 2 0.2266 0.8262 0.084 0.912 0.000 0.004
#> SRR2052679 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0188 0.8777 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052677 2 0.4123 0.7619 0.000 0.772 0.220 0.008
#> SRR2052675 2 0.0188 0.8660 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.3164 0.8458 0.000 0.884 0.064 0.052
#> SRR2052672 3 0.0000 0.8770 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.0469 0.8663 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052671 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0469 0.8776 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052669 2 0.2473 0.8550 0.000 0.908 0.080 0.012
#> SRR2052668 2 0.1978 0.8562 0.000 0.928 0.068 0.004
#> SRR2052667 2 0.2773 0.8526 0.000 0.900 0.072 0.028
#> SRR2052666 3 0.0336 0.8746 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052665 2 0.1743 0.8602 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR2052664 4 0.3942 0.6616 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR2052663 2 0.0000 0.8663 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.2255 0.8586 0.000 0.920 0.068 0.012
#> SRR2052661 1 0.1305 0.8957 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR2052660 3 0.0937 0.8752 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR2052659 3 0.1118 0.8630 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2052658 2 0.0895 0.8657 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR2052657 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.2116 0.8363 0.000 0.912 0.008 0.076 0.004
#> SRR2052701 2 0.2011 0.8321 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR2052700 4 0.2233 0.7271 0.000 0.104 0.004 0.892 0.000
#> SRR2052699 2 0.3533 0.8044 0.048 0.856 0.072 0.004 0.020
#> SRR2052698 3 0.2069 0.8077 0.000 0.076 0.912 0.012 0.000
#> SRR2052708 1 0.0290 0.9413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052749 1 0.0290 0.9413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052786 2 0.2899 0.8335 0.000 0.872 0.028 0.096 0.004
#> SRR2052825 4 0.0693 0.8071 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR2052824 4 0.0693 0.8071 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR2052823 2 0.0566 0.8304 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2052822 3 0.4747 -0.1306 0.000 0.484 0.500 0.016 0.000
#> SRR2052821 2 0.3433 0.8089 0.000 0.832 0.136 0.024 0.008
#> SRR2052820 2 0.3628 0.7297 0.000 0.772 0.216 0.000 0.012
#> SRR2052819 4 0.0693 0.8071 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR2052818 4 0.1571 0.7707 0.000 0.060 0.004 0.936 0.000
#> SRR2052817 3 0.2006 0.8113 0.000 0.072 0.916 0.012 0.000
#> SRR2052816 2 0.2243 0.8216 0.000 0.916 0.012 0.056 0.016
#> SRR2052815 4 0.0693 0.8071 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR2052814 2 0.4967 0.5793 0.000 0.708 0.220 0.060 0.012
#> SRR2052813 2 0.2577 0.8361 0.000 0.892 0.016 0.084 0.008
#> SRR2052812 2 0.2228 0.8318 0.000 0.900 0.004 0.092 0.004
#> SRR2052811 2 0.0451 0.8309 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2052810 4 0.0880 0.7927 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR2052809 3 0.4318 0.5172 0.000 0.292 0.688 0.020 0.000
#> SRR2052808 2 0.4361 0.8006 0.000 0.768 0.124 0.108 0.000
#> SRR2052807 5 0.0703 0.8611 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR2052806 5 0.4166 0.4933 0.348 0.000 0.000 0.004 0.648
#> SRR2052805 1 0.4138 0.2967 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR2052804 4 0.5086 0.5811 0.000 0.076 0.236 0.684 0.004
#> SRR2052803 1 0.1484 0.8936 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2052802 4 0.4297 0.1810 0.000 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR2052801 5 0.0794 0.8940 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2052800 4 0.2852 0.6554 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR2052799 5 0.0703 0.8922 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2052798 1 0.0290 0.9413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052797 2 0.5766 0.3807 0.000 0.560 0.348 0.088 0.004
#> SRR2052796 5 0.0794 0.8940 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2052795 1 0.0290 0.9413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052794 5 0.0703 0.8922 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2052793 5 0.0794 0.8940 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2052792 3 0.2719 0.7374 0.000 0.000 0.852 0.144 0.004
#> SRR2052791 3 0.5834 0.3993 0.036 0.000 0.616 0.056 0.292
#> SRR2052790 3 0.4449 0.5169 0.000 0.288 0.688 0.020 0.004
#> SRR2052789 3 0.0404 0.8517 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052788 3 0.0324 0.8512 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052787 2 0.4749 0.7428 0.000 0.736 0.172 0.088 0.004
#> SRR2052785 3 0.3862 0.7088 0.000 0.104 0.808 0.088 0.000
#> SRR2052784 2 0.4231 0.8180 0.000 0.792 0.132 0.064 0.012
#> SRR2052783 2 0.4269 0.8045 0.000 0.780 0.140 0.076 0.004
#> SRR2052782 2 0.5775 0.1737 0.000 0.472 0.440 0.088 0.000
#> SRR2052781 2 0.3786 0.8108 0.000 0.816 0.132 0.044 0.008
#> SRR2052780 3 0.0579 0.8498 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR2052777 2 0.4982 0.7253 0.000 0.692 0.220 0.088 0.000
#> SRR2052779 3 0.5757 0.0136 0.000 0.416 0.496 0.088 0.000
#> SRR2052778 3 0.0404 0.8517 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052776 2 0.4465 0.8011 0.000 0.764 0.148 0.084 0.004
#> SRR2052775 3 0.0404 0.8517 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052773 3 0.5420 0.3070 0.000 0.332 0.592 0.076 0.000
#> SRR2052772 3 0.0290 0.8523 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052774 3 0.3521 0.6083 0.000 0.232 0.764 0.004 0.000
#> SRR2052771 1 0.5903 0.3925 0.636 0.004 0.264 0.060 0.036
#> SRR2052769 3 0.5318 0.5783 0.000 0.156 0.696 0.140 0.008
#> SRR2052770 3 0.0404 0.8517 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052768 2 0.2464 0.8309 0.000 0.892 0.012 0.092 0.004
#> SRR2052767 2 0.0579 0.8321 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2052766 3 0.3814 0.5317 0.000 0.000 0.720 0.276 0.004
#> SRR2052765 2 0.2833 0.8239 0.000 0.864 0.012 0.120 0.004
#> SRR2052763 3 0.2577 0.7875 0.000 0.084 0.892 0.008 0.016
#> SRR2052764 2 0.2011 0.8321 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR2052761 2 0.3719 0.7328 0.000 0.776 0.208 0.004 0.012
#> SRR2052760 2 0.2589 0.8333 0.000 0.888 0.012 0.092 0.008
#> SRR2052759 3 0.0404 0.8517 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052762 2 0.2420 0.8257 0.000 0.896 0.088 0.008 0.008
#> SRR2052758 3 0.1082 0.8420 0.000 0.028 0.964 0.000 0.008
#> SRR2052756 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.1740 0.8220 0.000 0.056 0.932 0.012 0.000
#> SRR2052755 1 0.0162 0.9408 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052754 5 0.2707 0.8254 0.132 0.000 0.000 0.008 0.860
#> SRR2052753 1 0.0162 0.9408 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052752 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0162 0.9420 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052751 2 0.3990 0.7294 0.000 0.740 0.244 0.012 0.004
#> SRR2052748 3 0.0404 0.8517 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052747 1 0.0162 0.9420 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052746 3 0.0324 0.8512 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052745 3 0.0324 0.8512 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052744 1 0.0162 0.9408 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052741 2 0.1372 0.8328 0.000 0.956 0.024 0.004 0.016
#> SRR2052743 2 0.1179 0.8289 0.000 0.964 0.016 0.004 0.016
#> SRR2052740 2 0.0798 0.8289 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2052742 2 0.4664 0.3084 0.000 0.552 0.436 0.008 0.004
#> SRR2052739 2 0.2407 0.8312 0.000 0.896 0.012 0.088 0.004
#> SRR2052738 3 0.0324 0.8512 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052736 2 0.2677 0.7808 0.112 0.872 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052735 1 0.0162 0.9408 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052734 1 0.0898 0.9189 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052737 2 0.5607 0.5569 0.000 0.604 0.304 0.088 0.004
#> SRR2052733 3 0.0880 0.8405 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2052732 2 0.2179 0.8309 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR2052731 3 0.0324 0.8512 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0324 0.9415 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2052730 3 0.6787 -0.0966 0.000 0.288 0.380 0.332 0.000
#> SRR2052727 1 0.0290 0.9413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052725 2 0.4904 0.5913 0.036 0.644 0.000 0.316 0.004
#> SRR2052726 1 0.0162 0.9408 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052724 1 0.0290 0.9413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052723 3 0.0794 0.8433 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2052722 3 0.0404 0.8517 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052721 1 0.0162 0.9420 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052720 2 0.2787 0.8308 0.000 0.880 0.028 0.088 0.004
#> SRR2052719 2 0.2464 0.8338 0.000 0.892 0.012 0.092 0.004
#> SRR2052718 1 0.0162 0.9408 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052717 2 0.1914 0.8296 0.000 0.928 0.056 0.008 0.008
#> SRR2052714 1 0.1502 0.8737 0.940 0.000 0.056 0.004 0.000
#> SRR2052716 2 0.5465 0.3326 0.000 0.568 0.376 0.044 0.012
#> SRR2052715 3 0.0404 0.8517 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052713 1 0.0162 0.9420 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052712 4 0.0854 0.8055 0.000 0.012 0.008 0.976 0.004
#> SRR2052711 4 0.5580 0.4348 0.056 0.304 0.000 0.620 0.020
#> SRR2052710 2 0.5696 0.5206 0.000 0.560 0.096 0.344 0.000
#> SRR2052707 3 0.0404 0.8517 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052709 3 0.0324 0.8512 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052704 3 0.0404 0.8517 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052705 2 0.0798 0.8328 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052697 2 0.0807 0.8326 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR2052703 3 0.0000 0.8522 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.0290 0.9413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052706 2 0.5806 0.5430 0.000 0.620 0.236 0.140 0.004
#> SRR2052695 2 0.2452 0.8424 0.000 0.908 0.028 0.052 0.012
#> SRR2052694 2 0.2589 0.8333 0.000 0.888 0.012 0.092 0.008
#> SRR2052692 3 0.0566 0.8517 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2052693 3 0.4746 0.2767 0.000 0.376 0.600 0.024 0.000
#> SRR2052691 2 0.3999 0.6440 0.240 0.740 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052690 2 0.3500 0.7559 0.136 0.832 0.008 0.004 0.020
#> SRR2052689 4 0.3942 0.5897 0.000 0.012 0.260 0.728 0.000
#> SRR2052687 4 0.4114 0.5753 0.000 0.016 0.272 0.712 0.000
#> SRR2052686 1 0.4906 0.4014 0.648 0.316 0.000 0.020 0.016
#> SRR2052688 2 0.2692 0.8357 0.000 0.884 0.016 0.092 0.008
#> SRR2052684 3 0.1202 0.8403 0.000 0.004 0.960 0.032 0.004
#> SRR2052685 2 0.0798 0.8289 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2052683 5 0.2561 0.8213 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2052681 4 0.0693 0.8071 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR2052680 4 0.0693 0.8071 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR2052682 2 0.3213 0.7527 0.144 0.836 0.000 0.004 0.016
#> SRR2052679 1 0.0290 0.9413 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052678 3 0.0162 0.8518 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.4270 0.7725 0.000 0.748 0.204 0.048 0.000
#> SRR2052675 2 0.0693 0.8320 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.4281 0.7954 0.000 0.768 0.056 0.172 0.004
#> SRR2052672 3 0.0324 0.8512 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052673 2 0.1952 0.8332 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR2052671 2 0.0693 0.8294 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR2052670 3 0.0566 0.8522 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR2052669 2 0.3479 0.8291 0.000 0.836 0.080 0.084 0.000
#> SRR2052668 2 0.2550 0.8175 0.000 0.892 0.084 0.004 0.020
#> SRR2052667 2 0.4123 0.8164 0.000 0.796 0.092 0.108 0.004
#> SRR2052666 3 0.0613 0.8496 0.000 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR2052665 2 0.2332 0.8208 0.000 0.904 0.076 0.004 0.016
#> SRR2052664 4 0.3690 0.5653 0.200 0.000 0.000 0.780 0.020
#> SRR2052663 2 0.0693 0.8294 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR2052662 2 0.3512 0.8293 0.000 0.840 0.068 0.088 0.004
#> SRR2052661 1 0.0290 0.9378 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052660 3 0.0693 0.8515 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR2052659 3 0.0771 0.8469 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR2052658 2 0.1278 0.8287 0.000 0.960 0.020 0.004 0.016
#> SRR2052657 1 0.0162 0.9417 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 6 0.0547 0.81543 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2052701 6 0.0260 0.81394 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052700 4 0.1462 0.78900 0.000 0.056 0.008 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052699 2 0.3657 0.66175 0.072 0.824 0.060 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052698 3 0.3445 0.73187 0.000 0.244 0.744 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052708 1 0.2697 0.84422 0.864 0.092 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.2697 0.84422 0.864 0.092 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052786 6 0.3997 0.59005 0.000 0.216 0.044 0.004 0.000 0.736
#> SRR2052825 4 0.1442 0.81461 0.000 0.004 0.012 0.944 0.000 0.040
#> SRR2052824 4 0.1442 0.81461 0.000 0.004 0.012 0.944 0.000 0.040
#> SRR2052823 2 0.3864 0.10557 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR2052822 2 0.4647 -0.12286 0.000 0.508 0.460 0.012 0.000 0.020
#> SRR2052821 6 0.4788 0.52374 0.000 0.248 0.072 0.012 0.000 0.668
#> SRR2052820 2 0.3236 0.62508 0.000 0.820 0.140 0.004 0.000 0.036
#> SRR2052819 4 0.1296 0.81444 0.000 0.004 0.012 0.952 0.000 0.032
#> SRR2052818 6 0.4222 -0.00235 0.000 0.004 0.008 0.472 0.000 0.516
#> SRR2052817 3 0.3445 0.73187 0.000 0.244 0.744 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052816 2 0.5005 0.46520 0.000 0.644 0.192 0.000 0.000 0.164
#> SRR2052815 4 0.1442 0.81461 0.000 0.004 0.012 0.944 0.000 0.040
#> SRR2052814 6 0.5991 0.02211 0.000 0.308 0.256 0.000 0.000 0.436
#> SRR2052813 2 0.4057 0.26557 0.000 0.556 0.008 0.000 0.000 0.436
#> SRR2052812 6 0.1387 0.79661 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2052811 6 0.1327 0.80253 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2052810 4 0.1625 0.79797 0.000 0.012 0.000 0.928 0.000 0.060
#> SRR2052809 3 0.4121 0.65376 0.000 0.308 0.668 0.012 0.000 0.012
#> SRR2052808 2 0.5667 0.46353 0.000 0.456 0.424 0.012 0.000 0.108
#> SRR2052807 5 0.0000 0.91979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052806 5 0.4605 0.46191 0.296 0.016 0.000 0.036 0.652 0.000
#> SRR2052805 1 0.4129 0.27904 0.564 0.012 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR2052804 4 0.4871 0.55402 0.000 0.088 0.296 0.616 0.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.3833 0.78712 0.804 0.044 0.000 0.040 0.112 0.000
#> SRR2052802 4 0.3804 0.32004 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR2052801 5 0.0000 0.91979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052800 4 0.1204 0.78011 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052799 5 0.0000 0.91979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.2595 0.84832 0.872 0.084 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052797 6 0.2875 0.74798 0.000 0.096 0.052 0.000 0.000 0.852
#> SRR2052796 5 0.0000 0.91979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.2697 0.84422 0.864 0.092 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052794 5 0.0000 0.91979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052793 5 0.0000 0.91979 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052792 3 0.3701 0.56129 0.000 0.112 0.788 0.100 0.000 0.000
#> SRR2052791 3 0.6064 0.24967 0.020 0.140 0.584 0.020 0.236 0.000
#> SRR2052790 3 0.5094 0.54145 0.000 0.336 0.568 0.000 0.000 0.096
#> SRR2052789 3 0.2912 0.74592 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.3190 0.74311 0.000 0.220 0.772 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052787 6 0.3352 0.70793 0.000 0.112 0.072 0.000 0.000 0.816
#> SRR2052785 3 0.4117 0.70189 0.000 0.160 0.760 0.012 0.000 0.068
#> SRR2052784 2 0.4125 0.65260 0.000 0.748 0.128 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052783 2 0.4474 0.60720 0.000 0.704 0.188 0.000 0.000 0.108
#> SRR2052782 3 0.5508 0.22871 0.000 0.428 0.444 0.000 0.000 0.128
#> SRR2052781 2 0.4022 0.64689 0.000 0.764 0.144 0.004 0.000 0.088
#> SRR2052780 3 0.3534 0.73131 0.000 0.244 0.740 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052777 2 0.5076 0.48427 0.000 0.620 0.248 0.000 0.000 0.132
#> SRR2052779 3 0.5565 0.36642 0.000 0.368 0.488 0.000 0.000 0.144
#> SRR2052778 3 0.0363 0.72522 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.4687 0.60394 0.000 0.684 0.180 0.000 0.000 0.136
#> SRR2052775 3 0.2915 0.75534 0.000 0.184 0.808 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.4974 0.54469 0.000 0.324 0.588 0.000 0.000 0.088
#> SRR2052772 3 0.2793 0.75171 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.3707 0.65053 0.000 0.312 0.680 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052771 1 0.6375 0.35881 0.516 0.148 0.288 0.044 0.004 0.000
#> SRR2052769 3 0.4605 0.51403 0.000 0.196 0.708 0.012 0.000 0.084
#> SRR2052770 3 0.0363 0.72522 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052768 6 0.0146 0.81328 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052767 6 0.1387 0.80063 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2052766 3 0.4443 0.29855 0.000 0.060 0.664 0.276 0.000 0.000
#> SRR2052765 6 0.0260 0.81285 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052763 3 0.2384 0.67510 0.000 0.084 0.884 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052764 6 0.0260 0.81394 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052761 2 0.3054 0.62862 0.000 0.828 0.136 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052760 6 0.1007 0.81256 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2052759 3 0.0458 0.73353 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.3907 0.65779 0.000 0.764 0.084 0.000 0.000 0.152
#> SRR2052758 3 0.3050 0.74364 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.0363 0.87956 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.1434 0.73110 0.000 0.048 0.940 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052755 1 0.0363 0.87956 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 5 0.1708 0.87916 0.024 0.004 0.000 0.040 0.932 0.000
#> SRR2052753 1 0.0363 0.87956 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.1926 0.86324 0.912 0.068 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0777 0.87878 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.4349 0.52753 0.000 0.684 0.264 0.004 0.000 0.048
#> SRR2052748 3 0.1267 0.69228 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052747 1 0.0891 0.87839 0.968 0.008 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0891 0.72622 0.000 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052745 3 0.1524 0.69634 0.000 0.060 0.932 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052744 1 0.0363 0.87956 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.3078 0.66575 0.000 0.836 0.056 0.000 0.000 0.108
#> SRR2052743 2 0.3672 0.31001 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2052740 2 0.3782 0.23000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR2052742 2 0.4569 0.12045 0.000 0.564 0.396 0.000 0.000 0.040
#> SRR2052739 6 0.0713 0.81105 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2052738 3 0.2778 0.75725 0.000 0.168 0.824 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052736 2 0.4468 0.23485 0.408 0.560 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052735 1 0.0363 0.87956 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0363 0.87956 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052737 6 0.5878 0.00255 0.000 0.224 0.308 0.000 0.000 0.468
#> SRR2052733 3 0.1204 0.69479 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052732 6 0.0363 0.81351 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2052731 3 0.3043 0.75069 0.000 0.200 0.792 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052729 1 0.0363 0.87956 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0777 0.87878 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.7026 -0.14641 0.000 0.300 0.412 0.204 0.000 0.084
#> SRR2052727 1 0.2488 0.85162 0.880 0.076 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052725 6 0.6356 0.39006 0.072 0.152 0.000 0.224 0.000 0.552
#> SRR2052726 1 0.0363 0.87956 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.3229 0.80715 0.816 0.140 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.2445 0.65780 0.000 0.108 0.872 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052722 3 0.3110 0.75168 0.000 0.196 0.792 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.0777 0.87878 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052720 6 0.1957 0.76535 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2052719 6 0.0547 0.81466 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2052718 1 0.0363 0.87956 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.3543 0.61856 0.000 0.768 0.032 0.000 0.000 0.200
#> SRR2052714 1 0.1867 0.85866 0.916 0.064 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052716 2 0.4664 0.44401 0.000 0.584 0.364 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052715 3 0.0000 0.72608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.0146 0.88023 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.1218 0.81260 0.000 0.004 0.012 0.956 0.000 0.028
#> SRR2052711 4 0.5224 0.44027 0.104 0.284 0.000 0.604 0.000 0.008
#> SRR2052710 2 0.6330 0.36697 0.000 0.500 0.144 0.308 0.000 0.048
#> SRR2052707 3 0.0993 0.73491 0.000 0.024 0.964 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.3298 0.73718 0.000 0.236 0.756 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052704 3 0.0508 0.72363 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.4134 0.43588 0.000 0.656 0.028 0.000 0.000 0.316
#> SRR2052697 6 0.1327 0.80337 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2052703 3 0.3073 0.74989 0.000 0.204 0.788 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052696 1 0.2595 0.84832 0.872 0.084 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052706 6 0.0632 0.81320 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2052695 6 0.2416 0.76257 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2052694 6 0.2178 0.76496 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR2052692 3 0.3171 0.75212 0.000 0.204 0.784 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.4366 0.46300 0.000 0.380 0.596 0.012 0.000 0.012
#> SRR2052691 1 0.4183 0.00890 0.508 0.480 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052690 2 0.3671 0.56797 0.208 0.756 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052689 4 0.4840 0.55422 0.000 0.044 0.324 0.616 0.000 0.016
#> SRR2052687 4 0.4238 0.56491 0.000 0.008 0.340 0.636 0.000 0.016
#> SRR2052686 1 0.5156 0.45056 0.624 0.276 0.000 0.016 0.000 0.084
#> SRR2052688 6 0.2170 0.77294 0.000 0.100 0.012 0.000 0.000 0.888
#> SRR2052684 3 0.2830 0.62252 0.000 0.144 0.836 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052685 6 0.2260 0.76870 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2052683 5 0.1444 0.87182 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR2052681 4 0.1442 0.81461 0.000 0.004 0.012 0.944 0.000 0.040
#> SRR2052680 4 0.1296 0.81444 0.000 0.004 0.012 0.952 0.000 0.032
#> SRR2052682 2 0.4720 0.26306 0.388 0.560 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052679 1 0.2003 0.86375 0.912 0.044 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.3298 0.73852 0.000 0.236 0.756 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052677 2 0.4851 0.56288 0.000 0.680 0.212 0.012 0.000 0.096
#> SRR2052675 6 0.1501 0.79963 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2052676 1 0.0363 0.87956 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 6 0.5495 -0.16071 0.000 0.408 0.068 0.024 0.000 0.500
#> SRR2052672 3 0.0717 0.72668 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052673 6 0.1257 0.79783 0.028 0.020 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2052671 6 0.1714 0.78840 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2052670 3 0.2912 0.74592 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.4809 0.61270 0.000 0.652 0.108 0.000 0.000 0.240
#> SRR2052668 2 0.3317 0.67581 0.004 0.828 0.088 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052667 2 0.5696 0.57755 0.000 0.568 0.144 0.016 0.000 0.272
#> SRR2052666 3 0.3494 0.73131 0.000 0.252 0.736 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052665 2 0.3321 0.67133 0.000 0.820 0.100 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052664 4 0.3044 0.64083 0.116 0.048 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR2052663 6 0.1610 0.79339 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR2052662 2 0.5182 0.47777 0.000 0.556 0.104 0.000 0.000 0.340
#> SRR2052661 1 0.0363 0.87956 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.2933 0.75154 0.000 0.200 0.796 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.3887 0.73567 0.000 0.248 0.724 0.020 0.000 0.008
#> SRR2052658 2 0.3940 0.33240 0.000 0.640 0.012 0.000 0.000 0.348
#> SRR2052657 1 0.0790 0.87945 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.799 0.913 0.960 0.4987 0.503 0.503
#> 3 3 0.540 0.780 0.842 0.2712 0.766 0.578
#> 4 4 0.515 0.618 0.751 0.1225 0.690 0.348
#> 5 5 0.560 0.707 0.766 0.0588 0.759 0.355
#> 6 6 0.548 0.611 0.701 0.0222 0.926 0.699
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.2236 0.942 0.036 0.964
#> SRR2052701 1 0.7602 0.733 0.780 0.220
#> SRR2052700 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052699 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052698 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052823 1 0.8608 0.632 0.716 0.284
#> SRR2052822 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052820 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052819 1 0.7453 0.745 0.788 0.212
#> SRR2052818 1 0.4939 0.862 0.892 0.108
#> SRR2052817 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052815 1 0.0376 0.944 0.996 0.004
#> SRR2052814 1 0.9732 0.368 0.596 0.404
#> SRR2052813 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.1414 0.957 0.020 0.980
#> SRR2052810 1 0.6048 0.822 0.852 0.148
#> SRR2052809 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.8909 0.548 0.308 0.692
#> SRR2052807 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052769 2 0.6247 0.804 0.156 0.844
#> SRR2052770 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052766 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052765 1 0.9460 0.472 0.636 0.364
#> SRR2052763 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052764 1 0.0376 0.944 0.996 0.004
#> SRR2052761 1 0.8499 0.648 0.724 0.276
#> SRR2052760 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.0938 0.963 0.012 0.988
#> SRR2052758 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052751 1 0.9896 0.261 0.560 0.440
#> SRR2052748 2 0.8081 0.677 0.248 0.752
#> SRR2052747 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR2052744 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052741 1 0.4298 0.883 0.912 0.088
#> SRR2052743 2 0.9795 0.260 0.416 0.584
#> SRR2052740 1 0.8016 0.701 0.756 0.244
#> SRR2052742 1 0.7139 0.769 0.804 0.196
#> SRR2052739 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052738 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052736 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052732 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052731 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052730 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052727 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052726 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052723 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052722 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052718 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.1184 0.960 0.016 0.984
#> SRR2052714 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052716 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052715 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052710 1 0.8016 0.706 0.756 0.244
#> SRR2052707 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.0376 0.969 0.004 0.996
#> SRR2052705 2 0.6623 0.788 0.172 0.828
#> SRR2052697 1 0.5294 0.854 0.880 0.120
#> SRR2052703 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.2603 0.935 0.044 0.956
#> SRR2052695 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052691 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052690 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052689 1 0.7299 0.755 0.796 0.204
#> SRR2052687 1 0.7376 0.750 0.792 0.208
#> SRR2052686 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052684 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052685 1 0.4298 0.883 0.912 0.088
#> SRR2052683 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052680 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052682 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052675 1 0.5629 0.842 0.868 0.132
#> SRR2052676 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052674 1 0.7453 0.745 0.788 0.212
#> SRR2052672 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052673 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.7883 0.690 0.236 0.764
#> SRR2052670 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052668 1 0.3584 0.898 0.932 0.068
#> SRR2052667 2 0.7299 0.742 0.204 0.796
#> SRR2052666 1 0.9248 0.533 0.660 0.340
#> SRR2052665 2 0.3274 0.920 0.060 0.940
#> SRR2052664 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052663 1 0.0672 0.942 0.992 0.008
#> SRR2052662 2 0.0938 0.963 0.012 0.988
#> SRR2052661 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR2052660 2 0.0938 0.963 0.012 0.988
#> SRR2052659 1 0.1414 0.934 0.980 0.020
#> SRR2052658 1 0.4690 0.872 0.900 0.100
#> SRR2052657 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.2959 0.7098 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052701 2 0.0592 0.6740 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052700 1 0.4399 0.8584 0.812 0.188 0.000
#> SRR2052699 1 0.5785 0.7922 0.668 0.332 0.000
#> SRR2052698 2 0.6192 0.6453 0.000 0.580 0.420
#> SRR2052708 1 0.0424 0.8671 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052749 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052786 2 0.5706 0.7389 0.000 0.680 0.320
#> SRR2052825 1 0.4002 0.8689 0.840 0.160 0.000
#> SRR2052824 1 0.5524 0.8481 0.796 0.164 0.040
#> SRR2052823 2 0.0000 0.6809 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052822 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052821 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052820 1 0.4121 0.8694 0.832 0.168 0.000
#> SRR2052819 1 0.5619 0.6753 0.744 0.012 0.244
#> SRR2052818 1 0.6488 0.8167 0.756 0.160 0.084
#> SRR2052817 3 0.0237 0.9074 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052816 1 0.5760 0.7262 0.672 0.328 0.000
#> SRR2052815 1 0.5734 0.8426 0.788 0.164 0.048
#> SRR2052814 1 0.9877 -0.2338 0.388 0.260 0.352
#> SRR2052813 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052812 2 0.5098 0.7384 0.000 0.752 0.248
#> SRR2052811 2 0.2959 0.7098 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052810 1 0.6363 0.7929 0.768 0.096 0.136
#> SRR2052809 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052808 2 0.7458 0.7160 0.088 0.676 0.236
#> SRR2052807 1 0.3686 0.8729 0.860 0.140 0.000
#> SRR2052806 1 0.0237 0.8666 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052805 1 0.0237 0.8666 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052804 1 0.4002 0.8689 0.840 0.160 0.000
#> SRR2052803 1 0.0424 0.8671 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052802 1 0.3941 0.8701 0.844 0.156 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.4002 0.8689 0.840 0.160 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052797 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052796 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0892 0.8672 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.4002 0.8689 0.840 0.160 0.000
#> SRR2052791 1 0.0424 0.8671 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052790 3 0.0237 0.9064 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.5882 0.7332 0.000 0.652 0.348
#> SRR2052785 3 0.6192 -0.2719 0.000 0.420 0.580
#> SRR2052784 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052783 2 0.5926 0.7295 0.000 0.644 0.356
#> SRR2052782 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052781 2 0.5905 0.7318 0.000 0.648 0.352
#> SRR2052780 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.5882 0.7332 0.000 0.652 0.348
#> SRR2052779 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052778 3 0.0237 0.9074 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052776 2 0.5988 0.7201 0.000 0.632 0.368
#> SRR2052775 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052773 3 0.5397 0.3438 0.000 0.280 0.720
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0424 0.8671 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052769 2 0.8243 0.6377 0.084 0.548 0.368
#> SRR2052770 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.5058 0.7386 0.000 0.756 0.244
#> SRR2052767 2 0.3192 0.7132 0.000 0.888 0.112
#> SRR2052766 1 0.4062 0.8677 0.836 0.164 0.000
#> SRR2052765 2 0.8230 0.6508 0.088 0.564 0.348
#> SRR2052763 3 0.3482 0.7620 0.000 0.128 0.872
#> SRR2052764 1 0.4062 0.8677 0.836 0.164 0.000
#> SRR2052761 3 0.8594 0.4071 0.144 0.268 0.588
#> SRR2052760 2 0.5291 0.7369 0.000 0.732 0.268
#> SRR2052759 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.1643 0.6976 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052758 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0237 0.8666 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052757 2 0.6062 0.6990 0.000 0.616 0.384
#> SRR2052755 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.1031 0.8670 0.976 0.024 0.000
#> SRR2052752 1 0.0424 0.8671 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052750 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.6809 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052748 1 0.7825 0.7345 0.672 0.156 0.172
#> SRR2052747 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052745 3 0.3619 0.7515 0.000 0.136 0.864
#> SRR2052744 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052741 2 0.0892 0.6658 0.020 0.980 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.6809 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.1289 0.6664 0.032 0.968 0.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.6809 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052739 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052738 3 0.3619 0.7541 0.000 0.136 0.864
#> SRR2052736 1 0.5254 0.8395 0.736 0.264 0.000
#> SRR2052735 1 0.5016 0.8478 0.760 0.240 0.000
#> SRR2052734 1 0.5016 0.8478 0.760 0.240 0.000
#> SRR2052737 2 0.5926 0.7295 0.000 0.644 0.356
#> SRR2052733 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052732 1 0.4121 0.8668 0.832 0.168 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052728 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052730 1 0.4002 0.8689 0.840 0.160 0.000
#> SRR2052727 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052725 1 0.4002 0.8689 0.840 0.160 0.000
#> SRR2052726 1 0.4931 0.8497 0.768 0.232 0.000
#> SRR2052724 1 0.0592 0.8673 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052723 1 0.4121 0.8694 0.832 0.168 0.000
#> SRR2052722 3 0.0237 0.9074 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052721 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052720 2 0.5733 0.7382 0.000 0.676 0.324
#> SRR2052719 2 0.5254 0.7376 0.000 0.736 0.264
#> SRR2052718 1 0.3941 0.8753 0.844 0.156 0.000
#> SRR2052717 2 0.0892 0.6896 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052714 1 0.0424 0.8671 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052716 1 0.4178 0.8684 0.828 0.172 0.000
#> SRR2052715 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0424 0.8671 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052712 1 0.4002 0.8689 0.840 0.160 0.000
#> SRR2052711 1 0.4062 0.8684 0.836 0.164 0.000
#> SRR2052710 2 0.8821 0.4391 0.232 0.580 0.188
#> SRR2052707 3 0.0237 0.9074 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052709 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052704 3 0.0661 0.9006 0.008 0.004 0.988
#> SRR2052705 2 0.0237 0.6830 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052697 2 0.0424 0.6761 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052706 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052695 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052694 2 0.5733 0.7382 0.000 0.676 0.324
#> SRR2052692 3 0.3267 0.7815 0.000 0.116 0.884
#> SRR2052693 2 0.5988 0.7190 0.000 0.632 0.368
#> SRR2052691 1 0.5363 0.8329 0.724 0.276 0.000
#> SRR2052690 1 0.5650 0.8096 0.688 0.312 0.000
#> SRR2052689 1 0.5842 0.7362 0.768 0.036 0.196
#> SRR2052687 1 0.5921 0.7145 0.756 0.032 0.212
#> SRR2052686 1 0.4002 0.8689 0.840 0.160 0.000
#> SRR2052688 2 0.5926 0.7295 0.000 0.644 0.356
#> SRR2052684 1 0.4121 0.8694 0.832 0.168 0.000
#> SRR2052685 2 0.0000 0.6809 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.4062 0.8677 0.836 0.164 0.000
#> SRR2052680 1 0.5413 0.8507 0.800 0.164 0.036
#> SRR2052682 1 0.5254 0.8395 0.736 0.264 0.000
#> SRR2052679 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.5948 0.7283 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052675 2 0.3619 0.5548 0.136 0.864 0.000
#> SRR2052676 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052674 2 0.9464 0.4836 0.252 0.500 0.248
#> SRR2052672 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052673 1 0.5254 0.8395 0.736 0.264 0.000
#> SRR2052671 2 0.0237 0.6830 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052670 3 0.0000 0.9098 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.5733 0.7382 0.000 0.676 0.324
#> SRR2052668 2 0.5706 0.0155 0.320 0.680 0.000
#> SRR2052667 2 0.3965 0.7139 0.008 0.860 0.132
#> SRR2052666 1 0.8085 0.6961 0.648 0.148 0.204
#> SRR2052665 2 0.0592 0.6866 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052664 1 0.0000 0.8661 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052663 1 0.5465 0.8124 0.712 0.288 0.000
#> SRR2052662 2 0.3879 0.7157 0.000 0.848 0.152
#> SRR2052661 1 0.3038 0.8515 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052660 3 0.3116 0.7944 0.000 0.108 0.892
#> SRR2052659 1 0.4121 0.8694 0.832 0.168 0.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.6809 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052657 1 0.1163 0.8669 0.972 0.028 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.3828 0.68622 0.008 0.840 0.132 0.020
#> SRR2052701 2 0.2335 0.69326 0.020 0.920 0.060 0.000
#> SRR2052700 2 0.4775 0.40463 0.028 0.740 0.000 0.232
#> SRR2052699 2 0.4713 0.56999 0.112 0.808 0.012 0.068
#> SRR2052698 3 0.4462 0.74032 0.000 0.132 0.804 0.064
#> SRR2052708 1 0.1867 0.77188 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2052749 1 0.1557 0.78082 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052786 2 0.6683 0.04920 0.000 0.496 0.416 0.088
#> SRR2052825 4 0.5887 0.69085 0.016 0.272 0.040 0.672
#> SRR2052824 4 0.6032 0.63347 0.004 0.308 0.056 0.632
#> SRR2052823 2 0.1871 0.67521 0.012 0.948 0.024 0.016
#> SRR2052822 3 0.5646 0.69610 0.000 0.204 0.708 0.088
#> SRR2052821 3 0.5558 0.69850 0.000 0.208 0.712 0.080
#> SRR2052820 2 0.6614 0.34534 0.096 0.656 0.020 0.228
#> SRR2052819 2 0.7678 0.34278 0.008 0.504 0.200 0.288
#> SRR2052818 2 0.5867 0.46781 0.004 0.668 0.060 0.268
#> SRR2052817 3 0.0000 0.78952 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052816 2 0.3601 0.61500 0.024 0.864 0.012 0.100
#> SRR2052815 4 0.5961 0.63746 0.004 0.308 0.052 0.636
#> SRR2052814 2 0.6944 0.53257 0.004 0.596 0.248 0.152
#> SRR2052813 3 0.5681 0.69436 0.000 0.208 0.704 0.088
#> SRR2052812 2 0.6295 0.38138 0.000 0.616 0.296 0.088
#> SRR2052811 2 0.4376 0.65937 0.012 0.796 0.176 0.016
#> SRR2052810 2 0.5935 0.47303 0.004 0.664 0.064 0.268
#> SRR2052809 3 0.5756 0.68474 0.000 0.224 0.692 0.084
#> SRR2052808 2 0.4436 0.66360 0.000 0.800 0.148 0.052
#> SRR2052807 4 0.4274 0.72108 0.072 0.108 0.000 0.820
#> SRR2052806 1 0.4992 0.00208 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR2052805 1 0.4103 0.64696 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2052804 4 0.5393 0.72873 0.044 0.268 0.000 0.688
#> SRR2052803 1 0.3649 0.70195 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2052802 4 0.4636 0.73265 0.068 0.140 0.000 0.792
#> SRR2052801 4 0.4008 0.62383 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR2052800 4 0.4614 0.73367 0.064 0.144 0.000 0.792
#> SRR2052799 4 0.4008 0.62383 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR2052798 1 0.0336 0.79375 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052797 3 0.5620 0.69942 0.000 0.208 0.708 0.084
#> SRR2052796 4 0.4008 0.62383 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR2052795 1 0.1940 0.76986 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052794 4 0.4008 0.62383 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR2052793 4 0.4008 0.62383 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR2052792 4 0.5464 0.73489 0.064 0.228 0.000 0.708
#> SRR2052791 1 0.4799 0.60390 0.744 0.032 0.000 0.224
#> SRR2052790 3 0.1929 0.77502 0.000 0.024 0.940 0.036
#> SRR2052789 3 0.0469 0.78727 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052788 3 0.0707 0.78387 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052787 3 0.6705 0.13803 0.000 0.440 0.472 0.088
#> SRR2052785 3 0.2376 0.77463 0.000 0.068 0.916 0.016
#> SRR2052784 3 0.5681 0.69436 0.000 0.208 0.704 0.088
#> SRR2052783 3 0.6389 0.13699 0.000 0.448 0.488 0.064
#> SRR2052782 3 0.5798 0.69644 0.000 0.208 0.696 0.096
#> SRR2052781 2 0.5990 0.46517 0.000 0.644 0.284 0.072
#> SRR2052780 3 0.0524 0.78903 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2052777 3 0.6494 0.47688 0.000 0.340 0.572 0.088
#> SRR2052779 3 0.5740 0.69563 0.000 0.208 0.700 0.092
#> SRR2052778 3 0.0000 0.78952 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052776 3 0.5609 0.70053 0.000 0.200 0.712 0.088
#> SRR2052775 3 0.0188 0.78929 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052773 3 0.4635 0.74146 0.000 0.124 0.796 0.080
#> SRR2052772 3 0.0000 0.78952 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0188 0.78929 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052771 1 0.3801 0.64540 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2052769 2 0.6942 0.50756 0.004 0.576 0.292 0.128
#> SRR2052770 3 0.0000 0.78952 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.5940 0.48992 0.000 0.672 0.240 0.088
#> SRR2052767 2 0.6193 0.51626 0.012 0.672 0.240 0.076
#> SRR2052766 4 0.6333 0.63571 0.020 0.336 0.040 0.604
#> SRR2052765 2 0.6779 0.54223 0.004 0.612 0.248 0.136
#> SRR2052763 3 0.3667 0.70974 0.000 0.088 0.856 0.056
#> SRR2052764 2 0.5852 0.45207 0.012 0.680 0.048 0.260
#> SRR2052761 2 0.5422 0.57318 0.032 0.748 0.188 0.032
#> SRR2052760 3 0.5940 0.66890 0.000 0.240 0.672 0.088
#> SRR2052759 3 0.1211 0.77357 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR2052762 2 0.4239 0.66572 0.004 0.812 0.152 0.032
#> SRR2052758 3 0.0779 0.78808 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR2052756 4 0.4888 0.40466 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR2052757 3 0.6212 0.34823 0.000 0.380 0.560 0.060
#> SRR2052755 1 0.0336 0.79269 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052754 4 0.4040 0.62023 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR2052753 1 0.1297 0.78514 0.964 0.020 0.000 0.016
#> SRR2052752 1 0.2408 0.75696 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2052750 1 0.0000 0.79295 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.2610 0.70033 0.012 0.900 0.088 0.000
#> SRR2052748 3 0.7668 0.14906 0.004 0.248 0.496 0.252
#> SRR2052747 1 0.1389 0.78229 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052746 3 0.1398 0.77481 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR2052745 3 0.3667 0.70974 0.000 0.088 0.856 0.056
#> SRR2052744 1 0.0336 0.79269 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052741 2 0.2096 0.67699 0.016 0.940 0.028 0.016
#> SRR2052743 2 0.2542 0.69872 0.012 0.904 0.084 0.000
#> SRR2052740 2 0.2210 0.67717 0.020 0.936 0.028 0.016
#> SRR2052742 2 0.2271 0.69057 0.012 0.928 0.052 0.008
#> SRR2052739 2 0.6375 0.39063 0.000 0.600 0.312 0.088
#> SRR2052738 3 0.3612 0.70479 0.000 0.100 0.856 0.044
#> SRR2052736 1 0.7614 0.21510 0.500 0.332 0.012 0.156
#> SRR2052735 1 0.5495 0.61364 0.728 0.176 0.000 0.096
#> SRR2052734 1 0.5857 0.57444 0.696 0.196 0.000 0.108
#> SRR2052737 2 0.6394 0.37421 0.000 0.596 0.316 0.088
#> SRR2052733 3 0.0336 0.78842 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052732 2 0.6215 0.46390 0.024 0.668 0.052 0.256
#> SRR2052731 3 0.1118 0.77579 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR2052729 1 0.0336 0.79269 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052728 1 0.0336 0.79269 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052730 2 0.6009 0.43919 0.028 0.692 0.044 0.236
#> SRR2052727 1 0.0000 0.79295 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 4 0.5404 0.69506 0.028 0.328 0.000 0.644
#> SRR2052726 1 0.5151 0.65517 0.760 0.140 0.000 0.100
#> SRR2052724 1 0.2814 0.73415 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2052723 2 0.6578 0.32427 0.084 0.624 0.012 0.280
#> SRR2052722 3 0.4164 0.43867 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.79295 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 3 0.5750 0.68927 0.000 0.216 0.696 0.088
#> SRR2052719 2 0.6688 -0.01502 0.000 0.492 0.420 0.088
#> SRR2052718 1 0.6198 0.54045 0.672 0.176 0.000 0.152
#> SRR2052717 2 0.3737 0.68332 0.004 0.840 0.136 0.020
#> SRR2052714 1 0.3649 0.66198 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2052716 2 0.5702 0.42064 0.040 0.708 0.020 0.232
#> SRR2052715 3 0.0000 0.78952 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.3266 0.71492 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2052712 4 0.5813 0.73157 0.028 0.232 0.036 0.704
#> SRR2052711 4 0.5423 0.69142 0.028 0.332 0.000 0.640
#> SRR2052710 2 0.4545 0.68242 0.004 0.812 0.088 0.096
#> SRR2052707 3 0.0188 0.78968 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052709 3 0.0336 0.78842 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052704 3 0.0804 0.78580 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR2052705 2 0.3113 0.70007 0.012 0.876 0.108 0.004
#> SRR2052697 2 0.1749 0.66527 0.024 0.952 0.012 0.012
#> SRR2052703 3 0.0000 0.78952 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.79295 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.6694 0.15137 0.000 0.516 0.392 0.092
#> SRR2052695 3 0.5740 0.69563 0.000 0.208 0.700 0.092
#> SRR2052694 3 0.5716 0.69200 0.000 0.212 0.700 0.088
#> SRR2052692 3 0.4957 0.36271 0.000 0.320 0.668 0.012
#> SRR2052693 2 0.6392 0.08794 0.000 0.484 0.452 0.064
#> SRR2052691 1 0.6967 0.36937 0.580 0.280 0.004 0.136
#> SRR2052690 2 0.6455 0.37891 0.176 0.676 0.012 0.136
#> SRR2052689 2 0.6504 0.48522 0.008 0.644 0.104 0.244
#> SRR2052687 2 0.6425 0.52027 0.004 0.656 0.128 0.212
#> SRR2052686 4 0.5578 0.71244 0.040 0.312 0.000 0.648
#> SRR2052688 2 0.6274 0.42806 0.000 0.620 0.292 0.088
#> SRR2052684 4 0.7223 0.64609 0.172 0.224 0.012 0.592
#> SRR2052685 2 0.1526 0.66851 0.012 0.960 0.012 0.016
#> SRR2052683 4 0.4008 0.62383 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR2052681 2 0.5887 0.43315 0.016 0.672 0.040 0.272
#> SRR2052680 4 0.6059 0.60518 0.004 0.328 0.052 0.616
#> SRR2052682 1 0.6868 0.36694 0.584 0.264 0.000 0.152
#> SRR2052679 1 0.0000 0.79295 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0469 0.78727 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052677 3 0.5740 0.69563 0.000 0.208 0.700 0.092
#> SRR2052675 2 0.2605 0.66777 0.040 0.920 0.024 0.016
#> SRR2052676 1 0.0592 0.79042 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052674 2 0.5212 0.66728 0.004 0.764 0.140 0.092
#> SRR2052672 3 0.0469 0.78727 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052673 1 0.7994 0.05344 0.428 0.356 0.012 0.204
#> SRR2052671 2 0.2741 0.70097 0.012 0.892 0.096 0.000
#> SRR2052670 3 0.0188 0.78903 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052669 3 0.5750 0.68927 0.000 0.216 0.696 0.088
#> SRR2052668 2 0.1648 0.66768 0.016 0.956 0.012 0.016
#> SRR2052667 2 0.3895 0.68768 0.000 0.832 0.132 0.036
#> SRR2052666 2 0.6741 0.53378 0.004 0.612 0.128 0.256
#> SRR2052665 2 0.3340 0.68396 0.004 0.848 0.144 0.004
#> SRR2052664 4 0.4072 0.61783 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR2052663 2 0.5076 0.46097 0.036 0.756 0.012 0.196
#> SRR2052662 2 0.5522 0.55788 0.000 0.716 0.204 0.080
#> SRR2052661 1 0.0937 0.79006 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR2052660 2 0.5313 0.50227 0.000 0.608 0.376 0.016
#> SRR2052659 2 0.5546 0.42142 0.040 0.708 0.012 0.240
#> SRR2052658 2 0.1526 0.66851 0.012 0.960 0.012 0.016
#> SRR2052657 1 0.0707 0.79110 0.980 0.000 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.3978 0.67341 0.000 0.796 0.004 0.148 0.052
#> SRR2052701 4 0.6121 0.61272 0.000 0.272 0.016 0.592 0.120
#> SRR2052700 4 0.0798 0.73664 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR2052699 4 0.6125 0.68736 0.036 0.204 0.024 0.668 0.068
#> SRR2052698 2 0.4681 0.56386 0.000 0.696 0.252 0.000 0.052
#> SRR2052708 1 0.2082 0.82867 0.928 0.000 0.024 0.016 0.032
#> SRR2052749 1 0.0613 0.85358 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR2052786 2 0.0880 0.76193 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.3784 0.70415 0.000 0.016 0.064 0.832 0.088
#> SRR2052824 4 0.3410 0.71499 0.000 0.024 0.052 0.860 0.064
#> SRR2052823 4 0.6011 0.37715 0.000 0.412 0.016 0.500 0.072
#> SRR2052822 2 0.3958 0.66708 0.000 0.776 0.184 0.000 0.040
#> SRR2052821 2 0.3922 0.67535 0.000 0.780 0.180 0.000 0.040
#> SRR2052820 4 0.3368 0.74850 0.008 0.060 0.068 0.860 0.004
#> SRR2052819 4 0.4796 0.65427 0.000 0.156 0.072 0.752 0.020
#> SRR2052818 4 0.4063 0.71944 0.000 0.112 0.020 0.812 0.056
#> SRR2052817 3 0.3807 0.92727 0.000 0.240 0.748 0.000 0.012
#> SRR2052816 4 0.2871 0.74884 0.000 0.088 0.004 0.876 0.032
#> SRR2052815 4 0.4276 0.71165 0.000 0.072 0.052 0.812 0.064
#> SRR2052814 2 0.5585 0.16411 0.000 0.504 0.060 0.432 0.004
#> SRR2052813 2 0.2628 0.75082 0.000 0.884 0.088 0.000 0.028
#> SRR2052812 2 0.0912 0.75455 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR2052811 2 0.3607 0.71158 0.000 0.840 0.012 0.092 0.056
#> SRR2052810 4 0.3878 0.71411 0.000 0.120 0.020 0.820 0.040
#> SRR2052809 2 0.4368 0.69607 0.000 0.772 0.164 0.012 0.052
#> SRR2052808 2 0.4147 0.48706 0.000 0.676 0.008 0.316 0.000
#> SRR2052807 5 0.6358 0.45648 0.040 0.000 0.084 0.312 0.564
#> SRR2052806 5 0.4735 0.71058 0.352 0.000 0.020 0.004 0.624
#> SRR2052805 5 0.5658 0.78386 0.284 0.000 0.020 0.068 0.628
#> SRR2052804 4 0.3966 0.68068 0.012 0.000 0.132 0.808 0.048
#> SRR2052803 5 0.4763 0.69660 0.360 0.000 0.020 0.004 0.616
#> SRR2052802 4 0.5831 0.57698 0.028 0.000 0.128 0.668 0.176
#> SRR2052801 5 0.4714 0.85757 0.192 0.000 0.000 0.084 0.724
#> SRR2052800 4 0.5831 0.57698 0.028 0.000 0.128 0.668 0.176
#> SRR2052799 5 0.4714 0.85757 0.192 0.000 0.000 0.084 0.724
#> SRR2052798 1 0.0613 0.85358 0.984 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR2052797 2 0.3885 0.68001 0.000 0.784 0.176 0.000 0.040
#> SRR2052796 5 0.4714 0.85757 0.192 0.000 0.000 0.084 0.724
#> SRR2052795 1 0.1815 0.83614 0.940 0.000 0.024 0.016 0.020
#> SRR2052794 5 0.4768 0.84761 0.180 0.000 0.000 0.096 0.724
#> SRR2052793 5 0.4958 0.84676 0.224 0.000 0.000 0.084 0.692
#> SRR2052792 4 0.4136 0.67570 0.016 0.000 0.132 0.800 0.052
#> SRR2052791 4 0.6680 -0.02506 0.432 0.000 0.100 0.432 0.036
#> SRR2052790 3 0.3826 0.89433 0.000 0.236 0.752 0.008 0.004
#> SRR2052789 3 0.3424 0.92995 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.3274 0.93048 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.1732 0.75655 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR2052785 2 0.4872 0.00422 0.000 0.540 0.436 0.000 0.024
#> SRR2052784 2 0.3810 0.68423 0.000 0.792 0.168 0.000 0.040
#> SRR2052783 2 0.2408 0.75385 0.000 0.892 0.092 0.000 0.016
#> SRR2052782 2 0.3922 0.67239 0.000 0.780 0.180 0.000 0.040
#> SRR2052781 2 0.2506 0.76318 0.000 0.904 0.052 0.036 0.008
#> SRR2052780 3 0.3452 0.92463 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.1764 0.75984 0.000 0.928 0.064 0.000 0.008
#> SRR2052779 2 0.4096 0.64830 0.000 0.760 0.200 0.000 0.040
#> SRR2052778 3 0.3720 0.93030 0.000 0.228 0.760 0.000 0.012
#> SRR2052776 2 0.4028 0.66222 0.000 0.768 0.192 0.000 0.040
#> SRR2052775 3 0.3452 0.92814 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR2052773 2 0.5175 -0.26837 0.000 0.496 0.464 0.000 0.040
#> SRR2052772 3 0.3779 0.92972 0.000 0.236 0.752 0.000 0.012
#> SRR2052774 3 0.3579 0.92762 0.000 0.240 0.756 0.000 0.004
#> SRR2052771 1 0.3871 0.73353 0.824 0.000 0.024 0.112 0.040
#> SRR2052769 2 0.5216 0.58448 0.000 0.660 0.092 0.248 0.000
#> SRR2052770 3 0.3690 0.92862 0.000 0.224 0.764 0.000 0.012
#> SRR2052768 2 0.0771 0.75085 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR2052767 2 0.2878 0.73932 0.000 0.888 0.016 0.048 0.048
#> SRR2052766 4 0.3419 0.73107 0.000 0.084 0.036 0.856 0.024
#> SRR2052765 2 0.5805 0.54285 0.000 0.632 0.056 0.272 0.040
#> SRR2052763 3 0.4110 0.88028 0.000 0.184 0.776 0.028 0.012
#> SRR2052764 4 0.3406 0.73528 0.004 0.040 0.004 0.848 0.104
#> SRR2052761 4 0.5370 0.66903 0.000 0.180 0.136 0.680 0.004
#> SRR2052760 2 0.1901 0.76167 0.000 0.928 0.056 0.004 0.012
#> SRR2052759 3 0.3474 0.90657 0.000 0.192 0.796 0.004 0.008
#> SRR2052762 2 0.3182 0.70999 0.000 0.864 0.016 0.092 0.028
#> SRR2052758 3 0.3636 0.90834 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.4022 0.68113 0.796 0.000 0.000 0.104 0.100
#> SRR2052757 2 0.4305 0.64839 0.000 0.744 0.216 0.004 0.036
#> SRR2052755 1 0.1270 0.83679 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052754 5 0.4747 0.85707 0.196 0.000 0.000 0.084 0.720
#> SRR2052753 1 0.1934 0.84281 0.932 0.000 0.020 0.008 0.040
#> SRR2052752 1 0.2472 0.81065 0.908 0.000 0.020 0.052 0.020
#> SRR2052750 1 0.0162 0.85329 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.5920 -0.24891 0.000 0.476 0.020 0.448 0.056
#> SRR2052748 4 0.5819 0.57585 0.000 0.164 0.176 0.648 0.012
#> SRR2052747 1 0.3983 0.16979 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR2052746 3 0.3474 0.90657 0.000 0.192 0.796 0.004 0.008
#> SRR2052745 3 0.4145 0.87792 0.000 0.188 0.772 0.028 0.012
#> SRR2052744 1 0.0162 0.85276 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052741 4 0.6259 0.61312 0.020 0.280 0.016 0.604 0.080
#> SRR2052743 2 0.5087 0.48279 0.000 0.696 0.016 0.232 0.056
#> SRR2052740 4 0.6516 0.54558 0.004 0.304 0.016 0.544 0.132
#> SRR2052742 4 0.5792 0.49707 0.000 0.364 0.020 0.560 0.056
#> SRR2052739 2 0.2694 0.75652 0.000 0.892 0.068 0.008 0.032
#> SRR2052738 3 0.4268 0.86466 0.000 0.184 0.768 0.036 0.012
#> SRR2052736 4 0.6099 0.69981 0.096 0.076 0.020 0.704 0.104
#> SRR2052735 1 0.5111 0.53537 0.704 0.000 0.012 0.208 0.076
#> SRR2052734 1 0.5846 0.45573 0.644 0.004 0.012 0.228 0.112
#> SRR2052737 2 0.1845 0.76298 0.000 0.928 0.056 0.016 0.000
#> SRR2052733 3 0.3274 0.92982 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR2052732 4 0.3319 0.73646 0.008 0.040 0.000 0.852 0.100
#> SRR2052731 3 0.3196 0.91243 0.000 0.192 0.804 0.000 0.004
#> SRR2052729 1 0.0162 0.85261 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052728 1 0.1357 0.84028 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR2052730 4 0.2095 0.73676 0.000 0.028 0.020 0.928 0.024
#> SRR2052727 1 0.0324 0.85347 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052725 4 0.4319 0.69571 0.028 0.000 0.024 0.772 0.176
#> SRR2052726 1 0.4848 0.59119 0.736 0.000 0.012 0.176 0.076
#> SRR2052724 1 0.2967 0.79309 0.884 0.000 0.024 0.060 0.032
#> SRR2052723 4 0.4082 0.72786 0.008 0.036 0.120 0.816 0.020
#> SRR2052722 3 0.4777 0.87571 0.000 0.240 0.708 0.040 0.012
#> SRR2052721 1 0.0324 0.85347 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052720 2 0.1410 0.75971 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.1605 0.76165 0.000 0.944 0.040 0.004 0.012
#> SRR2052718 4 0.6903 0.10901 0.408 0.000 0.032 0.424 0.136
#> SRR2052717 2 0.3518 0.68619 0.000 0.840 0.008 0.104 0.048
#> SRR2052714 1 0.3361 0.77011 0.860 0.000 0.024 0.080 0.036
#> SRR2052716 4 0.2900 0.74893 0.000 0.064 0.040 0.884 0.012
#> SRR2052715 3 0.3690 0.92862 0.000 0.224 0.764 0.000 0.012
#> SRR2052713 5 0.4763 0.69859 0.360 0.000 0.020 0.004 0.616
#> SRR2052712 4 0.4718 0.66723 0.008 0.008 0.120 0.768 0.096
#> SRR2052711 4 0.3543 0.69229 0.008 0.000 0.036 0.832 0.124
#> SRR2052710 4 0.6336 0.17699 0.000 0.404 0.040 0.492 0.064
#> SRR2052707 3 0.3750 0.93041 0.000 0.232 0.756 0.000 0.012
#> SRR2052709 3 0.3452 0.92814 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.4764 0.89873 0.000 0.228 0.716 0.044 0.012
#> SRR2052705 2 0.4534 0.59466 0.000 0.764 0.016 0.164 0.056
#> SRR2052697 4 0.6469 0.65672 0.020 0.216 0.016 0.616 0.132
#> SRR2052703 3 0.3452 0.92814 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.0324 0.85347 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052706 2 0.4073 0.72216 0.000 0.800 0.104 0.092 0.004
#> SRR2052695 2 0.2740 0.74542 0.000 0.876 0.096 0.000 0.028
#> SRR2052694 2 0.1792 0.75553 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.5532 0.76316 0.000 0.256 0.644 0.092 0.008
#> SRR2052693 2 0.4248 0.70322 0.000 0.784 0.160 0.032 0.024
#> SRR2052691 4 0.5760 0.59769 0.252 0.036 0.016 0.660 0.036
#> SRR2052690 4 0.6255 0.69879 0.064 0.168 0.028 0.680 0.060
#> SRR2052689 4 0.3754 0.70600 0.000 0.124 0.036 0.824 0.016
#> SRR2052687 4 0.3616 0.69534 0.000 0.164 0.032 0.804 0.000
#> SRR2052686 4 0.5434 0.64342 0.104 0.000 0.020 0.696 0.180
#> SRR2052688 2 0.2331 0.76200 0.000 0.908 0.068 0.016 0.008
#> SRR2052684 4 0.4603 0.71623 0.028 0.036 0.116 0.796 0.024
#> SRR2052685 4 0.5954 0.62443 0.012 0.276 0.016 0.624 0.072
#> SRR2052683 5 0.4714 0.85757 0.192 0.000 0.000 0.084 0.724
#> SRR2052681 4 0.1996 0.72891 0.000 0.032 0.004 0.928 0.036
#> SRR2052680 4 0.3319 0.71441 0.000 0.020 0.052 0.864 0.064
#> SRR2052682 4 0.5841 0.63746 0.180 0.008 0.020 0.676 0.116
#> SRR2052679 1 0.0324 0.85347 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052678 3 0.3491 0.93122 0.000 0.228 0.768 0.000 0.004
#> SRR2052677 2 0.3885 0.67543 0.000 0.784 0.176 0.000 0.040
#> SRR2052675 4 0.6342 0.61726 0.004 0.256 0.016 0.588 0.136
#> SRR2052676 1 0.2561 0.75655 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2052674 4 0.4493 0.62415 0.000 0.272 0.016 0.700 0.012
#> SRR2052672 3 0.3336 0.93171 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000
#> SRR2052673 4 0.5413 0.71326 0.084 0.060 0.016 0.752 0.088
#> SRR2052671 2 0.5933 0.32619 0.000 0.612 0.016 0.268 0.104
#> SRR2052670 3 0.3395 0.92785 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.1410 0.76022 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR2052668 4 0.6279 0.66661 0.036 0.228 0.016 0.640 0.080
#> SRR2052667 2 0.4061 0.61759 0.000 0.776 0.012 0.188 0.024
#> SRR2052666 4 0.5229 0.66494 0.000 0.152 0.116 0.716 0.016
#> SRR2052665 2 0.3901 0.67653 0.000 0.820 0.016 0.112 0.052
#> SRR2052664 5 0.5480 0.76528 0.288 0.000 0.000 0.096 0.616
#> SRR2052663 4 0.4194 0.73869 0.004 0.088 0.008 0.804 0.096
#> SRR2052662 2 0.1695 0.73356 0.000 0.940 0.008 0.044 0.008
#> SRR2052661 1 0.2409 0.81477 0.908 0.000 0.008 0.028 0.056
#> SRR2052660 3 0.6747 0.45079 0.000 0.248 0.484 0.260 0.008
#> SRR2052659 4 0.3507 0.74831 0.008 0.088 0.060 0.844 0.000
#> SRR2052658 4 0.5644 0.61793 0.000 0.288 0.016 0.624 0.072
#> SRR2052657 1 0.0324 0.85425 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 2 0.4345 0.5670 0.000 0.724 0.012 0.020 0.020 0.224
#> SRR2052701 6 0.5653 0.5880 0.000 0.132 0.020 0.204 0.012 0.632
#> SRR2052700 4 0.5288 0.4540 0.000 0.012 0.008 0.612 0.076 0.292
#> SRR2052699 6 0.5131 0.6629 0.000 0.152 0.000 0.176 0.012 0.660
#> SRR2052698 2 0.4248 0.4293 0.000 0.748 0.180 0.000 0.024 0.048
#> SRR2052708 1 0.0363 0.7966 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052749 1 0.0363 0.7966 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052786 2 0.1007 0.7529 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052825 4 0.4144 0.5627 0.000 0.016 0.068 0.804 0.040 0.072
#> SRR2052824 4 0.4187 0.5643 0.000 0.024 0.068 0.804 0.036 0.068
#> SRR2052823 6 0.4792 0.6713 0.000 0.208 0.000 0.112 0.004 0.676
#> SRR2052822 2 0.2737 0.6626 0.000 0.868 0.084 0.000 0.044 0.004
#> SRR2052821 2 0.1693 0.7288 0.000 0.932 0.020 0.000 0.044 0.004
#> SRR2052820 4 0.7137 0.2762 0.000 0.076 0.112 0.468 0.036 0.308
#> SRR2052819 4 0.5875 0.4532 0.000 0.192 0.028 0.624 0.016 0.140
#> SRR2052818 4 0.5654 0.4949 0.000 0.160 0.000 0.652 0.076 0.112
#> SRR2052817 3 0.4619 0.9164 0.000 0.348 0.600 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052816 4 0.6251 0.1778 0.000 0.080 0.008 0.488 0.056 0.368
#> SRR2052815 4 0.4224 0.5656 0.000 0.032 0.068 0.804 0.036 0.060
#> SRR2052814 2 0.6634 0.1603 0.000 0.500 0.000 0.276 0.092 0.132
#> SRR2052813 2 0.1167 0.7447 0.000 0.960 0.008 0.000 0.020 0.012
#> SRR2052812 2 0.1897 0.7372 0.000 0.908 0.004 0.004 0.000 0.084
#> SRR2052811 2 0.4521 0.5349 0.000 0.696 0.020 0.016 0.016 0.252
#> SRR2052810 4 0.5455 0.5031 0.000 0.164 0.000 0.668 0.064 0.104
#> SRR2052809 2 0.1636 0.7348 0.000 0.936 0.024 0.004 0.036 0.000
#> SRR2052808 2 0.5931 0.1453 0.000 0.576 0.000 0.148 0.036 0.240
#> SRR2052807 4 0.5457 0.0999 0.004 0.000 0.104 0.544 0.344 0.004
#> SRR2052806 5 0.3852 0.6053 0.384 0.000 0.000 0.004 0.612 0.000
#> SRR2052805 5 0.4330 0.6720 0.332 0.000 0.000 0.036 0.632 0.000
#> SRR2052804 4 0.4225 0.5577 0.012 0.004 0.124 0.788 0.024 0.048
#> SRR2052803 5 0.3830 0.6173 0.376 0.000 0.000 0.004 0.620 0.000
#> SRR2052802 4 0.4419 0.5131 0.000 0.000 0.132 0.728 0.136 0.004
#> SRR2052801 5 0.3796 0.8303 0.084 0.000 0.000 0.140 0.776 0.000
#> SRR2052800 4 0.4419 0.5131 0.000 0.000 0.132 0.728 0.136 0.004
#> SRR2052799 5 0.3796 0.8303 0.084 0.000 0.000 0.140 0.776 0.000
#> SRR2052798 1 0.0146 0.7984 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.1693 0.7288 0.000 0.932 0.020 0.000 0.044 0.004
#> SRR2052796 5 0.3845 0.8307 0.088 0.000 0.000 0.140 0.772 0.000
#> SRR2052795 1 0.0363 0.7966 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052794 5 0.3845 0.8307 0.088 0.000 0.000 0.140 0.772 0.000
#> SRR2052793 5 0.3992 0.8260 0.104 0.000 0.000 0.136 0.760 0.000
#> SRR2052792 4 0.4341 0.5538 0.016 0.000 0.132 0.776 0.032 0.044
#> SRR2052791 1 0.5567 0.2614 0.548 0.000 0.060 0.360 0.020 0.012
#> SRR2052790 3 0.4058 0.9035 0.000 0.372 0.616 0.004 0.000 0.008
#> SRR2052789 3 0.3563 0.9349 0.000 0.336 0.664 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.3668 0.9333 0.000 0.328 0.668 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052787 2 0.0865 0.7517 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052785 2 0.5054 -0.0326 0.000 0.624 0.296 0.000 0.024 0.056
#> SRR2052784 2 0.1480 0.7312 0.000 0.940 0.020 0.000 0.040 0.000
#> SRR2052783 2 0.0870 0.7445 0.000 0.972 0.012 0.000 0.012 0.004
#> SRR2052782 2 0.1933 0.7204 0.000 0.920 0.032 0.000 0.044 0.004
#> SRR2052781 2 0.1858 0.7287 0.000 0.912 0.000 0.012 0.000 0.076
#> SRR2052780 3 0.3607 0.9319 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.0291 0.7500 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052779 2 0.2575 0.6780 0.000 0.880 0.072 0.000 0.044 0.004
#> SRR2052778 3 0.4859 0.9217 0.000 0.332 0.604 0.000 0.008 0.056
#> SRR2052776 2 0.2843 0.6198 0.000 0.848 0.116 0.000 0.036 0.000
#> SRR2052775 3 0.4167 0.9145 0.000 0.368 0.612 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052773 2 0.4681 -0.5177 0.000 0.524 0.432 0.000 0.044 0.000
#> SRR2052772 3 0.3953 0.9350 0.000 0.328 0.656 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052774 3 0.3659 0.9221 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052771 1 0.3082 0.6661 0.828 0.000 0.000 0.144 0.020 0.008
#> SRR2052769 2 0.6591 0.4675 0.000 0.608 0.092 0.136 0.040 0.124
#> SRR2052770 3 0.4672 0.9236 0.000 0.340 0.608 0.000 0.004 0.048
#> SRR2052768 2 0.1918 0.7382 0.000 0.904 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR2052767 2 0.2897 0.7194 0.000 0.852 0.012 0.004 0.012 0.120
#> SRR2052766 4 0.5791 0.5660 0.008 0.080 0.068 0.688 0.024 0.132
#> SRR2052765 2 0.6391 0.3207 0.000 0.564 0.000 0.200 0.096 0.140
#> SRR2052763 3 0.4335 0.9194 0.000 0.324 0.644 0.024 0.000 0.008
#> SRR2052764 4 0.5990 0.4746 0.000 0.052 0.020 0.604 0.072 0.252
#> SRR2052761 4 0.7702 -0.0197 0.000 0.176 0.144 0.364 0.016 0.300
#> SRR2052760 2 0.0935 0.7525 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR2052759 3 0.4000 0.9304 0.000 0.324 0.660 0.000 0.008 0.008
#> SRR2052762 2 0.4260 0.3795 0.000 0.632 0.012 0.012 0.000 0.344
#> SRR2052758 3 0.3769 0.9265 0.000 0.356 0.640 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.3990 0.6738 0.792 0.000 0.032 0.136 0.032 0.008
#> SRR2052757 2 0.3935 0.5585 0.000 0.792 0.124 0.000 0.028 0.056
#> SRR2052755 1 0.3354 0.7523 0.844 0.000 0.032 0.008 0.024 0.092
#> SRR2052754 5 0.3796 0.8303 0.084 0.000 0.000 0.140 0.776 0.000
#> SRR2052753 1 0.3421 0.7521 0.844 0.000 0.048 0.008 0.024 0.076
#> SRR2052752 1 0.0508 0.7956 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052750 1 0.0000 0.7981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 6 0.6039 0.4934 0.000 0.352 0.012 0.116 0.016 0.504
#> SRR2052748 4 0.6677 0.2947 0.000 0.292 0.056 0.520 0.028 0.104
#> SRR2052747 1 0.3899 -0.0635 0.592 0.000 0.004 0.000 0.404 0.000
#> SRR2052746 3 0.3758 0.9311 0.000 0.324 0.668 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052745 3 0.4575 0.9166 0.000 0.324 0.636 0.024 0.008 0.008
#> SRR2052744 1 0.1875 0.7861 0.928 0.000 0.020 0.000 0.020 0.032
#> SRR2052741 6 0.5226 0.6800 0.000 0.168 0.008 0.132 0.016 0.676
#> SRR2052743 6 0.5442 0.4604 0.000 0.372 0.008 0.068 0.012 0.540
#> SRR2052740 6 0.5077 0.6591 0.000 0.128 0.024 0.148 0.004 0.696
#> SRR2052742 6 0.5763 0.6490 0.000 0.208 0.020 0.132 0.016 0.624
#> SRR2052739 2 0.1666 0.7497 0.000 0.936 0.000 0.008 0.020 0.036
#> SRR2052738 3 0.4699 0.9129 0.000 0.320 0.632 0.032 0.008 0.008
#> SRR2052736 6 0.5624 0.0323 0.008 0.040 0.020 0.364 0.016 0.552
#> SRR2052735 1 0.6946 0.4850 0.536 0.000 0.096 0.096 0.036 0.236
#> SRR2052734 1 0.7172 0.4436 0.508 0.008 0.072 0.108 0.036 0.268
#> SRR2052737 2 0.1010 0.7524 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR2052733 3 0.4350 0.9345 0.000 0.328 0.640 0.000 0.008 0.024
#> SRR2052732 4 0.6065 0.4447 0.000 0.040 0.024 0.572 0.072 0.292
#> SRR2052731 3 0.3894 0.9309 0.000 0.324 0.664 0.000 0.004 0.008
#> SRR2052729 1 0.0146 0.7984 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.2346 0.7749 0.892 0.000 0.004 0.004 0.016 0.084
#> SRR2052730 4 0.4374 0.5424 0.000 0.020 0.024 0.736 0.016 0.204
#> SRR2052727 1 0.0000 0.7981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 4 0.5837 0.4896 0.032 0.000 0.056 0.652 0.064 0.196
#> SRR2052726 1 0.6720 0.5139 0.560 0.000 0.096 0.076 0.036 0.232
#> SRR2052724 1 0.1151 0.7831 0.956 0.000 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR2052723 4 0.6210 0.5185 0.008 0.032 0.128 0.636 0.036 0.160
#> SRR2052722 3 0.4897 0.9086 0.000 0.344 0.588 0.004 0.000 0.064
#> SRR2052721 1 0.0146 0.7983 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052720 2 0.1075 0.7532 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052719 2 0.1493 0.7504 0.000 0.936 0.000 0.004 0.004 0.056
#> SRR2052718 1 0.7428 0.3996 0.488 0.000 0.080 0.180 0.048 0.204
#> SRR2052717 2 0.4161 0.3322 0.000 0.612 0.008 0.008 0.000 0.372
#> SRR2052714 1 0.2847 0.6939 0.852 0.000 0.000 0.120 0.016 0.012
#> SRR2052716 4 0.7277 0.2537 0.000 0.104 0.116 0.456 0.028 0.296
#> SRR2052715 3 0.4606 0.9178 0.000 0.344 0.604 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052713 5 0.3915 0.5542 0.412 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000
#> SRR2052712 4 0.2780 0.5523 0.000 0.000 0.092 0.868 0.024 0.016
#> SRR2052711 4 0.4455 0.5399 0.000 0.000 0.032 0.736 0.052 0.180
#> SRR2052710 2 0.6982 -0.1608 0.000 0.396 0.000 0.352 0.100 0.152
#> SRR2052707 3 0.4619 0.9164 0.000 0.348 0.600 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052709 3 0.3607 0.9325 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.5111 0.9114 0.000 0.328 0.604 0.020 0.008 0.040
#> SRR2052705 6 0.4471 0.1576 0.000 0.472 0.000 0.028 0.000 0.500
#> SRR2052697 6 0.4621 0.6263 0.000 0.096 0.016 0.152 0.004 0.732
#> SRR2052703 3 0.4155 0.9190 0.000 0.364 0.616 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052696 1 0.0000 0.7981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.2395 0.7437 0.000 0.908 0.016 0.024 0.036 0.016
#> SRR2052695 2 0.1059 0.7486 0.000 0.964 0.004 0.000 0.016 0.016
#> SRR2052694 2 0.0837 0.7491 0.000 0.972 0.004 0.000 0.004 0.020
#> SRR2052692 3 0.4933 0.8659 0.000 0.304 0.628 0.036 0.000 0.032
#> SRR2052693 2 0.4373 0.5542 0.000 0.756 0.128 0.000 0.024 0.092
#> SRR2052691 6 0.7811 0.0132 0.232 0.028 0.048 0.256 0.028 0.408
#> SRR2052690 6 0.6174 0.5461 0.000 0.136 0.028 0.252 0.016 0.568
#> SRR2052689 4 0.5220 0.4799 0.000 0.192 0.012 0.680 0.020 0.096
#> SRR2052687 4 0.6232 0.4396 0.000 0.192 0.012 0.600 0.060 0.136
#> SRR2052686 4 0.6597 0.4673 0.084 0.000 0.064 0.608 0.076 0.168
#> SRR2052688 2 0.1518 0.7508 0.000 0.944 0.000 0.008 0.024 0.024
#> SRR2052684 4 0.5983 0.5421 0.020 0.032 0.124 0.676 0.032 0.116
#> SRR2052685 6 0.4761 0.6806 0.000 0.156 0.000 0.128 0.012 0.704
#> SRR2052683 5 0.3796 0.8303 0.084 0.000 0.000 0.140 0.776 0.000
#> SRR2052681 4 0.4811 0.5329 0.000 0.016 0.004 0.712 0.104 0.164
#> SRR2052680 4 0.4090 0.5628 0.000 0.020 0.068 0.808 0.032 0.072
#> SRR2052682 4 0.7439 0.2485 0.064 0.012 0.096 0.412 0.048 0.368
#> SRR2052679 1 0.0000 0.7981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.3714 0.9344 0.000 0.340 0.656 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052677 2 0.1933 0.7204 0.000 0.920 0.032 0.000 0.044 0.004
#> SRR2052675 6 0.4826 0.6298 0.000 0.100 0.024 0.152 0.004 0.720
#> SRR2052676 1 0.3472 0.6837 0.812 0.000 0.004 0.004 0.136 0.044
#> SRR2052674 4 0.6709 0.2988 0.000 0.276 0.000 0.488 0.088 0.148
#> SRR2052672 3 0.3774 0.9355 0.000 0.328 0.664 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052673 6 0.5430 -0.2174 0.004 0.036 0.000 0.432 0.036 0.492
#> SRR2052671 6 0.5165 0.3951 0.000 0.404 0.000 0.076 0.004 0.516
#> SRR2052670 3 0.3969 0.9336 0.000 0.344 0.644 0.000 0.008 0.004
#> SRR2052669 2 0.0865 0.7534 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052668 6 0.5204 0.6766 0.000 0.152 0.008 0.144 0.016 0.680
#> SRR2052667 2 0.5071 0.1091 0.000 0.576 0.000 0.080 0.004 0.340
#> SRR2052666 4 0.7568 0.1719 0.000 0.292 0.112 0.416 0.028 0.152
#> SRR2052665 2 0.4597 0.1685 0.000 0.548 0.008 0.012 0.008 0.424
#> SRR2052664 5 0.5875 0.5489 0.256 0.000 0.000 0.264 0.480 0.000
#> SRR2052663 4 0.5304 0.2671 0.000 0.008 0.008 0.484 0.056 0.444
#> SRR2052662 2 0.3437 0.5882 0.000 0.752 0.008 0.004 0.000 0.236
#> SRR2052661 1 0.4836 0.6760 0.728 0.000 0.088 0.008 0.028 0.148
#> SRR2052660 3 0.7391 0.4336 0.000 0.292 0.408 0.132 0.008 0.160
#> SRR2052659 4 0.7273 0.2571 0.000 0.112 0.104 0.484 0.036 0.264
#> SRR2052658 6 0.4921 0.6830 0.000 0.176 0.000 0.128 0.012 0.684
#> SRR2052657 1 0.0146 0.7979 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.834 0.911 0.961 0.4247 0.571 0.571
#> 3 3 0.514 0.729 0.822 0.4812 0.651 0.451
#> 4 4 0.613 0.598 0.810 0.1463 0.819 0.554
#> 5 5 0.563 0.550 0.752 0.0645 0.820 0.470
#> 6 6 0.582 0.364 0.684 0.0354 0.843 0.466
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052700 2 0.7299 0.7369 0.204 0.796
#> SRR2052699 2 0.5842 0.8178 0.140 0.860
#> SRR2052698 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.3733 0.8850 0.928 0.072
#> SRR2052786 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.7219 0.7471 0.800 0.200
#> SRR2052824 1 0.9815 0.3102 0.580 0.420
#> SRR2052823 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052820 2 0.3584 0.9061 0.068 0.932
#> SRR2052819 2 0.3114 0.9194 0.056 0.944
#> SRR2052818 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052817 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052816 2 0.0376 0.9694 0.004 0.996
#> SRR2052815 2 0.9970 0.0708 0.468 0.532
#> SRR2052814 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052810 2 0.6247 0.7986 0.156 0.844
#> SRR2052809 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052807 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0938 0.9196 0.988 0.012
#> SRR2052803 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.6148 0.8227 0.848 0.152
#> SRR2052797 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052792 2 0.9866 0.2118 0.432 0.568
#> SRR2052791 1 0.1843 0.9122 0.972 0.028
#> SRR2052790 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052769 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052770 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052766 2 0.4022 0.8936 0.080 0.920
#> SRR2052765 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052763 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052761 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.0376 0.9234 0.996 0.004
#> SRR2052754 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.7219 0.7734 0.800 0.200
#> SRR2052751 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052748 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052744 1 0.7299 0.7685 0.796 0.204
#> SRR2052741 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052739 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052738 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.7139 0.7355 0.196 0.804
#> SRR2052735 1 0.8713 0.6382 0.708 0.292
#> SRR2052734 1 0.9358 0.5227 0.648 0.352
#> SRR2052737 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052732 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052731 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.4161 0.8770 0.916 0.084
#> SRR2052730 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052727 1 0.0376 0.9234 0.996 0.004
#> SRR2052725 1 0.0672 0.9215 0.992 0.008
#> SRR2052726 1 0.7745 0.7373 0.772 0.228
#> SRR2052724 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052723 2 0.1633 0.9511 0.024 0.976
#> SRR2052722 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.6048 0.8263 0.852 0.148
#> SRR2052720 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052718 1 0.0938 0.9201 0.988 0.012
#> SRR2052717 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052714 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052716 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052715 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0938 0.9196 0.988 0.012
#> SRR2052710 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052707 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052703 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052691 2 0.9661 0.2912 0.392 0.608
#> SRR2052690 2 0.7219 0.7290 0.200 0.800
#> SRR2052689 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052687 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052686 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052684 2 0.7453 0.7091 0.212 0.788
#> SRR2052685 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052681 2 0.6887 0.7598 0.184 0.816
#> SRR2052680 1 0.9954 0.1840 0.540 0.460
#> SRR2052682 1 0.9552 0.4684 0.624 0.376
#> SRR2052679 1 0.7056 0.7826 0.808 0.192
#> SRR2052678 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052672 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.2948 0.9233 0.052 0.948
#> SRR2052671 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052661 1 0.6973 0.7869 0.812 0.188
#> SRR2052660 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.9729 0.000 1.000
#> SRR2052657 1 0.0000 0.9246 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0592 0.80792 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052701 2 0.0424 0.80798 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052700 2 0.4477 0.78808 0.068 0.864 0.068
#> SRR2052699 2 0.3482 0.72143 0.128 0.872 0.000
#> SRR2052698 3 0.3752 0.90444 0.000 0.144 0.856
#> SRR2052708 1 0.0592 0.84657 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052749 1 0.0747 0.84537 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052786 2 0.2959 0.77392 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052825 1 0.4887 0.76850 0.772 0.000 0.228
#> SRR2052824 1 0.6345 0.53296 0.596 0.004 0.400
#> SRR2052823 2 0.0424 0.80798 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052822 3 0.4974 0.83754 0.000 0.236 0.764
#> SRR2052821 2 0.6302 -0.15990 0.000 0.520 0.480
#> SRR2052820 3 0.5505 0.83834 0.088 0.096 0.816
#> SRR2052819 3 0.5276 0.87542 0.052 0.128 0.820
#> SRR2052818 2 0.2066 0.79715 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052817 3 0.3482 0.89993 0.000 0.128 0.872
#> SRR2052816 2 0.1482 0.80935 0.012 0.968 0.020
#> SRR2052815 1 0.6410 0.49891 0.576 0.004 0.420
#> SRR2052814 2 0.4702 0.65246 0.000 0.788 0.212
#> SRR2052813 2 0.4702 0.65265 0.000 0.788 0.212
#> SRR2052812 2 0.1643 0.80239 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052811 2 0.0747 0.80790 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052810 2 0.5378 0.61749 0.008 0.756 0.236
#> SRR2052809 3 0.5363 0.77298 0.000 0.276 0.724
#> SRR2052808 2 0.6309 -0.20097 0.000 0.504 0.496
#> SRR2052807 1 0.4121 0.80410 0.832 0.000 0.168
#> SRR2052806 1 0.0592 0.84666 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.84827 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.5591 0.68938 0.696 0.000 0.304
#> SRR2052803 1 0.0237 0.84777 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052802 1 0.4974 0.75762 0.764 0.000 0.236
#> SRR2052801 1 0.2711 0.83154 0.912 0.000 0.088
#> SRR2052800 1 0.4887 0.76457 0.772 0.000 0.228
#> SRR2052799 1 0.3619 0.81623 0.864 0.000 0.136
#> SRR2052798 1 0.4235 0.69817 0.824 0.176 0.000
#> SRR2052797 2 0.6215 0.06791 0.000 0.572 0.428
#> SRR2052796 1 0.1031 0.84647 0.976 0.000 0.024
#> SRR2052795 1 0.0592 0.84657 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052794 1 0.3941 0.80921 0.844 0.000 0.156
#> SRR2052793 1 0.0237 0.84845 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052792 3 0.2796 0.68128 0.092 0.000 0.908
#> SRR2052791 1 0.4235 0.80282 0.824 0.000 0.176
#> SRR2052790 3 0.4931 0.84372 0.000 0.232 0.768
#> SRR2052789 3 0.4002 0.90283 0.000 0.160 0.840
#> SRR2052788 3 0.3816 0.90492 0.000 0.148 0.852
#> SRR2052787 2 0.3941 0.72399 0.000 0.844 0.156
#> SRR2052785 3 0.3816 0.90492 0.000 0.148 0.852
#> SRR2052784 3 0.5810 0.68604 0.000 0.336 0.664
#> SRR2052783 3 0.6026 0.58790 0.000 0.376 0.624
#> SRR2052782 2 0.6307 -0.19584 0.000 0.512 0.488
#> SRR2052781 3 0.6095 0.54512 0.000 0.392 0.608
#> SRR2052780 3 0.4291 0.89232 0.000 0.180 0.820
#> SRR2052777 2 0.4702 0.65341 0.000 0.788 0.212
#> SRR2052779 3 0.6260 0.40304 0.000 0.448 0.552
#> SRR2052778 3 0.1753 0.84513 0.000 0.048 0.952
#> SRR2052776 3 0.4605 0.87293 0.000 0.204 0.796
#> SRR2052775 3 0.3879 0.90469 0.000 0.152 0.848
#> SRR2052773 3 0.4605 0.87251 0.000 0.204 0.796
#> SRR2052772 3 0.3816 0.90492 0.000 0.148 0.852
#> SRR2052774 3 0.4178 0.89738 0.000 0.172 0.828
#> SRR2052771 1 0.1031 0.84649 0.976 0.000 0.024
#> SRR2052769 3 0.3941 0.90408 0.000 0.156 0.844
#> SRR2052770 3 0.2959 0.88414 0.000 0.100 0.900
#> SRR2052768 2 0.1643 0.80239 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052767 2 0.0747 0.80790 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052766 3 0.1289 0.76097 0.032 0.000 0.968
#> SRR2052765 2 0.3752 0.73657 0.000 0.856 0.144
#> SRR2052763 3 0.4178 0.89782 0.000 0.172 0.828
#> SRR2052764 2 0.0424 0.80798 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052761 3 0.4291 0.89299 0.000 0.180 0.820
#> SRR2052760 2 0.1289 0.80588 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052759 3 0.3752 0.90432 0.000 0.144 0.856
#> SRR2052762 2 0.4346 0.68267 0.000 0.816 0.184
#> SRR2052758 3 0.4291 0.89272 0.000 0.180 0.820
#> SRR2052756 1 0.2356 0.81722 0.928 0.072 0.000
#> SRR2052757 3 0.4002 0.90322 0.000 0.160 0.840
#> SRR2052755 2 0.5327 0.57427 0.272 0.728 0.000
#> SRR2052754 1 0.0424 0.84816 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052753 2 0.5529 0.53251 0.296 0.704 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.84827 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 2 0.6140 0.35015 0.404 0.596 0.000
#> SRR2052751 2 0.6252 -0.01804 0.000 0.556 0.444
#> SRR2052748 3 0.0237 0.79080 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052747 1 0.1964 0.82245 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052746 3 0.3816 0.90492 0.000 0.148 0.852
#> SRR2052745 3 0.3752 0.90432 0.000 0.144 0.856
#> SRR2052744 2 0.5529 0.54708 0.296 0.704 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.80642 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0892 0.80743 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052740 2 0.0000 0.80642 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.4235 0.69777 0.000 0.824 0.176
#> SRR2052739 2 0.2356 0.79117 0.000 0.928 0.072
#> SRR2052738 3 0.2356 0.86411 0.000 0.072 0.928
#> SRR2052736 2 0.4002 0.68873 0.160 0.840 0.000
#> SRR2052735 2 0.4796 0.63684 0.220 0.780 0.000
#> SRR2052734 2 0.4291 0.67194 0.180 0.820 0.000
#> SRR2052737 2 0.4796 0.64069 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052733 3 0.3482 0.89993 0.000 0.128 0.872
#> SRR2052732 2 0.0424 0.80798 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052731 3 0.4002 0.90287 0.000 0.160 0.840
#> SRR2052729 1 0.6299 -0.00909 0.524 0.476 0.000
#> SRR2052728 2 0.4887 0.62505 0.228 0.772 0.000
#> SRR2052730 3 0.0592 0.78299 0.012 0.000 0.988
#> SRR2052727 1 0.6192 0.18018 0.580 0.420 0.000
#> SRR2052725 2 0.4235 0.67540 0.176 0.824 0.000
#> SRR2052726 2 0.5098 0.60931 0.248 0.752 0.000
#> SRR2052724 1 0.0747 0.84548 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052723 3 0.1411 0.75567 0.036 0.000 0.964
#> SRR2052722 3 0.3412 0.89817 0.000 0.124 0.876
#> SRR2052721 2 0.5835 0.47851 0.340 0.660 0.000
#> SRR2052720 2 0.2625 0.78417 0.000 0.916 0.084
#> SRR2052719 2 0.1289 0.80573 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052718 2 0.4887 0.62531 0.228 0.772 0.000
#> SRR2052717 2 0.1860 0.80008 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052714 1 0.0475 0.84837 0.992 0.004 0.004
#> SRR2052716 3 0.3412 0.89803 0.000 0.124 0.876
#> SRR2052715 3 0.3816 0.90492 0.000 0.148 0.852
#> SRR2052713 1 0.0747 0.84537 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052712 1 0.4452 0.78999 0.808 0.000 0.192
#> SRR2052711 1 0.6168 0.32071 0.588 0.412 0.000
#> SRR2052710 2 0.5968 0.45822 0.000 0.636 0.364
#> SRR2052707 3 0.3482 0.89993 0.000 0.128 0.872
#> SRR2052709 3 0.4002 0.90283 0.000 0.160 0.840
#> SRR2052704 3 0.0892 0.81713 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052705 2 0.1163 0.80634 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052697 2 0.0237 0.80481 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052703 3 0.3879 0.90469 0.000 0.152 0.848
#> SRR2052696 1 0.2711 0.79755 0.912 0.088 0.000
#> SRR2052706 2 0.6267 -0.03652 0.000 0.548 0.452
#> SRR2052695 2 0.3619 0.74360 0.000 0.864 0.136
#> SRR2052694 2 0.2711 0.78174 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052692 3 0.4178 0.89765 0.000 0.172 0.828
#> SRR2052693 3 0.3879 0.90469 0.000 0.152 0.848
#> SRR2052691 2 0.4121 0.68274 0.168 0.832 0.000
#> SRR2052690 2 0.4121 0.68274 0.168 0.832 0.000
#> SRR2052689 3 0.0000 0.79527 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052687 3 0.3192 0.88884 0.000 0.112 0.888
#> SRR2052686 2 0.5291 0.57174 0.268 0.732 0.000
#> SRR2052688 2 0.3116 0.76789 0.000 0.892 0.108
#> SRR2052684 3 0.2261 0.71581 0.068 0.000 0.932
#> SRR2052685 2 0.0747 0.79932 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052683 1 0.0592 0.84657 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052681 2 0.4682 0.74808 0.004 0.804 0.192
#> SRR2052680 1 0.6140 0.53782 0.596 0.000 0.404
#> SRR2052682 2 0.4235 0.67540 0.176 0.824 0.000
#> SRR2052679 2 0.6252 0.24845 0.444 0.556 0.000
#> SRR2052678 3 0.4121 0.89945 0.000 0.168 0.832
#> SRR2052677 3 0.6309 0.23260 0.000 0.496 0.504
#> SRR2052675 2 0.0475 0.80663 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052676 1 0.6308 -0.08773 0.508 0.492 0.000
#> SRR2052674 2 0.4605 0.66615 0.000 0.796 0.204
#> SRR2052672 3 0.3816 0.90492 0.000 0.148 0.852
#> SRR2052673 2 0.3340 0.72436 0.120 0.880 0.000
#> SRR2052671 2 0.0747 0.80790 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052670 3 0.4062 0.90136 0.000 0.164 0.836
#> SRR2052669 2 0.2959 0.77382 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052668 2 0.0424 0.80798 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052667 2 0.2261 0.79378 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052666 3 0.4605 0.87309 0.000 0.204 0.796
#> SRR2052665 2 0.1753 0.80155 0.000 0.952 0.048
#> SRR2052664 1 0.0661 0.84849 0.988 0.004 0.008
#> SRR2052663 2 0.0747 0.79893 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052662 2 0.2066 0.79654 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052661 2 0.4291 0.67194 0.180 0.820 0.000
#> SRR2052660 3 0.3879 0.90469 0.000 0.152 0.848
#> SRR2052659 3 0.3412 0.89845 0.000 0.124 0.876
#> SRR2052658 2 0.1031 0.80697 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052657 1 0.0592 0.84666 0.988 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.1716 0.7040 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2052701 2 0.0000 0.7160 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052700 4 0.7484 0.0513 0.140 0.388 0.008 0.464
#> SRR2052699 1 0.5685 0.3407 0.516 0.460 0.024 0.000
#> SRR2052698 3 0.6618 0.4598 0.000 0.124 0.604 0.272
#> SRR2052708 1 0.0707 0.6846 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052749 1 0.0592 0.6929 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.1677 0.7161 0.000 0.948 0.012 0.040
#> SRR2052825 4 0.0336 0.6497 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2052824 4 0.0336 0.6497 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2052823 2 0.0000 0.7160 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052822 3 0.4855 0.4686 0.000 0.352 0.644 0.004
#> SRR2052821 3 0.4134 0.6501 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR2052820 3 0.1637 0.8337 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2052819 4 0.4228 0.5461 0.000 0.008 0.232 0.760
#> SRR2052818 2 0.4933 0.2579 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR2052817 3 0.0376 0.8733 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052816 2 0.7100 0.4896 0.124 0.628 0.028 0.220
#> SRR2052815 4 0.1022 0.6495 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR2052814 2 0.5989 0.2939 0.000 0.556 0.044 0.400
#> SRR2052813 2 0.4925 0.2095 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR2052812 2 0.1004 0.7211 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR2052811 2 0.1302 0.7116 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2052810 4 0.4888 0.1255 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR2052809 2 0.7563 0.1317 0.000 0.440 0.364 0.196
#> SRR2052808 2 0.6483 0.2564 0.000 0.532 0.076 0.392
#> SRR2052807 4 0.4843 0.3125 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR2052806 1 0.0592 0.6866 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052805 1 0.0707 0.6848 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052804 4 0.6299 0.3824 0.320 0.000 0.080 0.600
#> SRR2052803 1 0.0188 0.6899 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052802 4 0.5231 0.3290 0.384 0.000 0.012 0.604
#> SRR2052801 1 0.4713 0.2053 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR2052800 4 0.5024 0.3636 0.360 0.000 0.008 0.632
#> SRR2052799 4 0.4996 0.1398 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR2052798 1 0.1792 0.6889 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR2052797 3 0.4730 0.4550 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR2052796 1 0.4250 0.3754 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR2052795 1 0.0000 0.6906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.4998 -0.1375 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR2052793 1 0.1211 0.6722 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2052792 3 0.5247 0.6115 0.100 0.000 0.752 0.148
#> SRR2052791 1 0.5416 0.3231 0.692 0.000 0.260 0.048
#> SRR2052790 3 0.0817 0.8660 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052789 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.3463 0.6874 0.000 0.864 0.040 0.096
#> SRR2052785 3 0.0336 0.8730 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052784 3 0.2281 0.8251 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2052783 3 0.4564 0.5194 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR2052782 3 0.4250 0.6232 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR2052781 3 0.5387 0.3346 0.000 0.400 0.584 0.016
#> SRR2052780 3 0.0469 0.8722 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052777 2 0.4158 0.5911 0.000 0.768 0.224 0.008
#> SRR2052779 3 0.3356 0.7561 0.000 0.176 0.824 0.000
#> SRR2052778 3 0.1716 0.8411 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2052776 3 0.3837 0.6951 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR2052775 3 0.0469 0.8720 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052773 3 0.3311 0.7578 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0469 0.8722 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052771 1 0.1211 0.6711 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2052769 3 0.2036 0.8466 0.000 0.032 0.936 0.032
#> SRR2052770 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.0657 0.7196 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2052767 2 0.1004 0.7170 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR2052766 3 0.5281 0.1554 0.008 0.000 0.528 0.464
#> SRR2052765 2 0.5756 0.3069 0.000 0.568 0.032 0.400
#> SRR2052763 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.4624 0.4106 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR2052761 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.1109 0.7211 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR2052759 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052762 3 0.3311 0.7453 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR2052758 3 0.0336 0.8730 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052756 1 0.1624 0.6892 0.952 0.028 0.000 0.020
#> SRR2052757 3 0.1576 0.8532 0.000 0.048 0.948 0.004
#> SRR2052755 1 0.4898 0.4670 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.3528 0.5075 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2052753 1 0.4855 0.4932 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0592 0.6867 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052750 1 0.4643 0.5558 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR2052751 3 0.4543 0.5206 0.000 0.324 0.676 0.000
#> SRR2052748 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052747 1 0.1302 0.6926 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052744 1 0.4830 0.5003 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.3836 0.5899 0.168 0.816 0.016 0.000
#> SRR2052743 2 0.2179 0.7108 0.012 0.924 0.064 0.000
#> SRR2052740 2 0.1302 0.7063 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR2052742 3 0.5000 0.0148 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR2052739 2 0.4609 0.5803 0.000 0.752 0.024 0.224
#> SRR2052738 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052736 2 0.1389 0.7046 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR2052735 2 0.4500 0.3009 0.316 0.684 0.000 0.000
#> SRR2052734 2 0.4072 0.4495 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.4786 0.6404 0.000 0.788 0.108 0.104
#> SRR2052733 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052732 2 0.4679 0.3947 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR2052731 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.4222 0.6266 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.4933 0.4373 0.568 0.432 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.4661 0.2889 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR2052727 1 0.3726 0.6473 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.4605 0.4168 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR2052726 2 0.4643 0.2203 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0707 0.6846 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052723 3 0.0921 0.8562 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2052722 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.4761 0.5248 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.1902 0.7135 0.000 0.932 0.064 0.004
#> SRR2052719 2 0.1624 0.7186 0.000 0.952 0.020 0.028
#> SRR2052718 2 0.4972 -0.1773 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.4989 0.0809 0.000 0.528 0.472 0.000
#> SRR2052714 1 0.0817 0.6823 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052716 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052715 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.6906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.0817 0.6395 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2052711 4 0.7008 0.0395 0.116 0.436 0.000 0.448
#> SRR2052710 4 0.4761 0.2015 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR2052707 3 0.2466 0.8178 0.000 0.004 0.900 0.096
#> SRR2052709 3 0.0188 0.8736 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052704 3 0.0336 0.8712 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052705 2 0.1557 0.7161 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052697 2 0.0921 0.7115 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0336 0.8730 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052696 1 0.1389 0.6923 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.7894 0.0240 0.000 0.364 0.292 0.344
#> SRR2052695 2 0.4387 0.6078 0.000 0.776 0.200 0.024
#> SRR2052694 2 0.2868 0.6747 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR2052692 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.5031 0.7086 0.000 0.140 0.768 0.092
#> SRR2052691 1 0.4981 0.3723 0.536 0.464 0.000 0.000
#> SRR2052690 1 0.5229 0.4283 0.564 0.428 0.008 0.000
#> SRR2052689 4 0.1677 0.6472 0.000 0.012 0.040 0.948
#> SRR2052687 4 0.5000 0.5603 0.000 0.100 0.128 0.772
#> SRR2052686 2 0.5013 0.4681 0.020 0.688 0.000 0.292
#> SRR2052688 2 0.5127 0.4045 0.000 0.632 0.012 0.356
#> SRR2052684 3 0.1211 0.8455 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR2052685 2 0.3032 0.6578 0.124 0.868 0.008 0.000
#> SRR2052683 1 0.2530 0.6050 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2052681 4 0.4304 0.4001 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR2052680 4 0.0592 0.6504 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2052682 2 0.2973 0.6267 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.4543 0.5789 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052677 3 0.4967 0.2116 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR2052675 2 0.1302 0.7063 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.4522 0.5868 0.680 0.320 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.5244 0.2490 0.000 0.556 0.008 0.436
#> SRR2052672 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.0817 0.7124 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0524 0.7187 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052670 3 0.0336 0.8732 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052669 2 0.2760 0.6823 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR2052668 2 0.6295 0.4012 0.196 0.660 0.144 0.000
#> SRR2052667 2 0.2149 0.6982 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2052666 3 0.0469 0.8715 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052665 2 0.4164 0.5494 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR2052664 1 0.4697 0.2197 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR2052663 2 0.1118 0.7138 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2052662 2 0.1211 0.7198 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2052661 1 0.4989 0.3526 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.0000 0.8738 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.0188 0.8716 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2052658 2 0.6538 0.4347 0.108 0.600 0.292 0.000
#> SRR2052657 1 0.0469 0.6925 0.988 0.012 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 4 0.4126 0.68432 0.032 0.140 0.000 0.800 0.028
#> SRR2052701 2 0.2295 0.60099 0.008 0.900 0.000 0.088 0.004
#> SRR2052700 4 0.3214 0.60318 0.104 0.008 0.000 0.856 0.032
#> SRR2052699 1 0.5503 0.46858 0.516 0.432 0.004 0.004 0.044
#> SRR2052698 2 0.6296 0.48681 0.000 0.584 0.200 0.012 0.204
#> SRR2052708 1 0.1341 0.70523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052749 1 0.1121 0.71060 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052786 2 0.3482 0.60043 0.000 0.812 0.012 0.168 0.008
#> SRR2052825 4 0.3039 0.54705 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR2052824 4 0.4138 0.20637 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR2052823 4 0.5849 0.60519 0.112 0.164 0.000 0.680 0.044
#> SRR2052822 2 0.5491 0.48895 0.000 0.600 0.312 0.088 0.000
#> SRR2052821 4 0.6805 0.14744 0.028 0.044 0.416 0.468 0.044
#> SRR2052820 3 0.2295 0.71168 0.088 0.004 0.900 0.000 0.008
#> SRR2052819 4 0.6433 0.00613 0.000 0.004 0.160 0.480 0.356
#> SRR2052818 4 0.0404 0.68872 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2052817 3 0.2890 0.71021 0.000 0.160 0.836 0.004 0.000
#> SRR2052816 4 0.4450 0.65266 0.088 0.048 0.008 0.808 0.048
#> SRR2052815 4 0.1671 0.65178 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR2052814 4 0.3420 0.63035 0.000 0.036 0.004 0.836 0.124
#> SRR2052813 2 0.5681 0.57233 0.000 0.644 0.240 0.104 0.012
#> SRR2052812 4 0.6805 0.18445 0.044 0.416 0.028 0.468 0.044
#> SRR2052811 4 0.4507 0.68143 0.048 0.120 0.000 0.788 0.044
#> SRR2052810 4 0.0324 0.68589 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR2052809 2 0.5371 0.61093 0.000 0.700 0.184 0.020 0.096
#> SRR2052808 4 0.4743 0.56520 0.000 0.020 0.120 0.764 0.096
#> SRR2052807 5 0.2264 0.66975 0.060 0.024 0.000 0.004 0.912
#> SRR2052806 1 0.1732 0.68710 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052805 1 0.1851 0.67934 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2052804 5 0.7624 0.45121 0.212 0.000 0.316 0.060 0.412
#> SRR2052803 1 0.1671 0.69063 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052802 5 0.1731 0.67332 0.060 0.000 0.004 0.004 0.932
#> SRR2052801 5 0.4150 0.54510 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2052800 5 0.1830 0.66895 0.052 0.000 0.004 0.012 0.932
#> SRR2052799 5 0.4382 0.63303 0.288 0.024 0.000 0.000 0.688
#> SRR2052798 1 0.3035 0.73921 0.856 0.112 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052797 3 0.6582 0.14836 0.000 0.164 0.464 0.364 0.008
#> SRR2052796 5 0.4227 0.49567 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR2052795 1 0.1341 0.70490 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052794 5 0.4101 0.60493 0.332 0.004 0.000 0.000 0.664
#> SRR2052793 1 0.2488 0.66010 0.872 0.004 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052792 3 0.3647 0.59158 0.132 0.000 0.816 0.000 0.052
#> SRR2052791 1 0.5610 0.23123 0.640 0.000 0.180 0.000 0.180
#> SRR2052790 3 0.4150 0.35336 0.000 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.3534 0.60211 0.000 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.2648 0.71640 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.4264 0.59204 0.000 0.744 0.044 0.212 0.000
#> SRR2052785 3 0.4756 0.57595 0.000 0.240 0.704 0.052 0.004
#> SRR2052784 2 0.5052 0.29548 0.000 0.552 0.412 0.036 0.000
#> SRR2052783 2 0.4225 0.44706 0.000 0.632 0.364 0.004 0.000
#> SRR2052782 2 0.4804 0.48713 0.000 0.636 0.328 0.036 0.000
#> SRR2052781 2 0.5064 0.59376 0.000 0.680 0.232 0.088 0.000
#> SRR2052780 3 0.4171 0.29332 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.4212 0.65584 0.000 0.776 0.144 0.080 0.000
#> SRR2052779 2 0.4599 0.44875 0.000 0.624 0.356 0.020 0.000
#> SRR2052778 3 0.1869 0.76515 0.000 0.016 0.936 0.012 0.036
#> SRR2052776 3 0.5447 -0.01032 0.000 0.440 0.500 0.060 0.000
#> SRR2052775 3 0.2179 0.74718 0.000 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR2052773 2 0.4298 0.45918 0.000 0.640 0.352 0.008 0.000
#> SRR2052772 3 0.2561 0.72070 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR2052774 2 0.4278 0.21286 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000
#> SRR2052771 1 0.3814 0.54831 0.808 0.000 0.124 0.000 0.068
#> SRR2052769 3 0.3992 0.56556 0.000 0.004 0.712 0.280 0.004
#> SRR2052770 3 0.0290 0.77420 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.5162 0.50911 0.024 0.712 0.016 0.220 0.028
#> SRR2052767 4 0.3910 0.62408 0.004 0.248 0.000 0.740 0.008
#> SRR2052766 3 0.4397 0.25060 0.000 0.000 0.564 0.004 0.432
#> SRR2052765 4 0.0703 0.69234 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2052763 3 0.0324 0.77278 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2052764 4 0.1557 0.70001 0.000 0.052 0.000 0.940 0.008
#> SRR2052761 3 0.0162 0.77388 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.4057 0.53243 0.000 0.732 0.008 0.252 0.008
#> SRR2052759 3 0.0162 0.77388 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.4627 0.21916 0.000 0.544 0.444 0.012 0.000
#> SRR2052758 3 0.0794 0.77334 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.3795 0.55620 0.780 0.028 0.000 0.000 0.192
#> SRR2052757 2 0.5047 0.12091 0.000 0.504 0.468 0.024 0.004
#> SRR2052755 1 0.4532 0.64972 0.672 0.304 0.000 0.004 0.020
#> SRR2052754 1 0.4150 -0.02991 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR2052753 1 0.4323 0.70931 0.728 0.240 0.000 0.004 0.028
#> SRR2052752 1 0.1956 0.69841 0.916 0.008 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052750 1 0.3829 0.71667 0.776 0.196 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052751 2 0.3870 0.55579 0.000 0.732 0.260 0.004 0.004
#> SRR2052748 3 0.0510 0.76662 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2052747 1 0.2660 0.73784 0.864 0.128 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052746 3 0.0162 0.77388 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.0404 0.76855 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052744 1 0.4243 0.68414 0.712 0.264 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052741 2 0.2197 0.59820 0.064 0.916 0.012 0.004 0.004
#> SRR2052743 2 0.3514 0.66015 0.012 0.840 0.120 0.024 0.004
#> SRR2052740 2 0.1630 0.60619 0.016 0.944 0.000 0.036 0.004
#> SRR2052742 2 0.2407 0.64562 0.012 0.896 0.088 0.004 0.000
#> SRR2052739 4 0.4268 0.45331 0.000 0.344 0.008 0.648 0.000
#> SRR2052738 3 0.0404 0.76872 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052736 2 0.2721 0.57217 0.068 0.892 0.000 0.028 0.012
#> SRR2052735 2 0.4286 0.29697 0.260 0.716 0.000 0.004 0.020
#> SRR2052734 2 0.4743 0.25958 0.268 0.692 0.000 0.016 0.024
#> SRR2052737 2 0.4707 0.61089 0.000 0.708 0.228 0.064 0.000
#> SRR2052733 3 0.0324 0.77278 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2052732 4 0.2234 0.69905 0.032 0.036 0.000 0.920 0.012
#> SRR2052731 3 0.0703 0.77387 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.3419 0.72492 0.804 0.180 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052728 1 0.4572 0.66213 0.684 0.280 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052730 3 0.6708 0.08919 0.000 0.020 0.532 0.192 0.256
#> SRR2052727 1 0.1082 0.73394 0.964 0.028 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052725 4 0.4791 0.53464 0.008 0.336 0.000 0.636 0.020
#> SRR2052726 2 0.4421 0.27172 0.268 0.704 0.000 0.004 0.024
#> SRR2052724 1 0.1502 0.71016 0.940 0.004 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052723 3 0.3413 0.63039 0.124 0.000 0.832 0.000 0.044
#> SRR2052722 3 0.4402 0.39365 0.000 0.352 0.636 0.000 0.012
#> SRR2052721 1 0.3812 0.71828 0.780 0.196 0.000 0.004 0.020
#> SRR2052720 2 0.4010 0.60412 0.000 0.784 0.032 0.176 0.008
#> SRR2052719 4 0.4574 0.54102 0.004 0.300 0.004 0.676 0.016
#> SRR2052718 1 0.4791 0.63253 0.652 0.316 0.000 0.008 0.024
#> SRR2052717 2 0.4697 0.52615 0.000 0.660 0.304 0.036 0.000
#> SRR2052714 1 0.2790 0.72436 0.880 0.052 0.000 0.000 0.068
#> SRR2052716 3 0.0404 0.76860 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052715 3 0.1043 0.77031 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.2139 0.72283 0.916 0.032 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052712 5 0.4080 0.46881 0.000 0.020 0.000 0.252 0.728
#> SRR2052711 4 0.6598 0.24902 0.060 0.084 0.000 0.560 0.296
#> SRR2052710 5 0.5769 0.22417 0.000 0.340 0.000 0.104 0.556
#> SRR2052707 3 0.5814 0.16932 0.000 0.400 0.528 0.020 0.052
#> SRR2052709 3 0.4256 0.18837 0.000 0.436 0.564 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.0727 0.77459 0.000 0.012 0.980 0.004 0.004
#> SRR2052705 2 0.4709 0.63246 0.004 0.756 0.076 0.156 0.008
#> SRR2052697 2 0.6951 -0.28295 0.112 0.440 0.000 0.400 0.048
#> SRR2052703 3 0.2561 0.72120 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.1800 0.73609 0.932 0.048 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052706 4 0.3153 0.69554 0.016 0.044 0.040 0.884 0.016
#> SRR2052695 4 0.6037 0.05279 0.000 0.392 0.120 0.488 0.000
#> SRR2052694 2 0.4986 0.63498 0.000 0.724 0.168 0.100 0.008
#> SRR2052692 3 0.0162 0.77388 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052693 2 0.5858 0.17216 0.000 0.492 0.436 0.052 0.020
#> SRR2052691 1 0.4927 0.55285 0.584 0.388 0.000 0.004 0.024
#> SRR2052690 2 0.4382 0.27612 0.276 0.700 0.004 0.000 0.020
#> SRR2052689 4 0.6841 0.13454 0.000 0.012 0.228 0.476 0.284
#> SRR2052687 4 0.1780 0.67826 0.000 0.008 0.024 0.940 0.028
#> SRR2052686 4 0.3374 0.63049 0.044 0.108 0.000 0.844 0.004
#> SRR2052688 4 0.2732 0.68160 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR2052684 3 0.1750 0.73117 0.036 0.000 0.936 0.000 0.028
#> SRR2052685 2 0.7867 -0.20127 0.308 0.344 0.008 0.296 0.044
#> SRR2052683 1 0.3804 0.64089 0.796 0.044 0.000 0.000 0.160
#> SRR2052681 5 0.4088 0.40180 0.000 0.008 0.000 0.304 0.688
#> SRR2052680 4 0.4015 0.27542 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR2052682 2 0.5004 0.22611 0.284 0.668 0.000 0.028 0.020
#> SRR2052679 1 0.3885 0.72048 0.784 0.176 0.000 0.000 0.040
#> SRR2052678 3 0.3274 0.65242 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.5033 0.59440 0.000 0.692 0.236 0.064 0.008
#> SRR2052675 2 0.3629 0.54529 0.076 0.848 0.000 0.036 0.040
#> SRR2052676 1 0.4193 0.68495 0.720 0.256 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052674 4 0.0290 0.68793 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2052672 3 0.3242 0.65428 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.5113 0.36346 0.084 0.724 0.000 0.172 0.020
#> SRR2052671 4 0.5087 0.59942 0.036 0.244 0.000 0.692 0.028
#> SRR2052670 3 0.4015 0.42326 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.4331 0.65658 0.000 0.780 0.140 0.072 0.008
#> SRR2052668 2 0.2276 0.59141 0.076 0.908 0.008 0.004 0.004
#> SRR2052667 2 0.3940 0.56430 0.000 0.756 0.000 0.220 0.024
#> SRR2052666 3 0.4074 0.40490 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.4743 0.59664 0.004 0.700 0.248 0.048 0.000
#> SRR2052664 5 0.5344 0.42342 0.448 0.000 0.000 0.052 0.500
#> SRR2052663 4 0.4344 0.68598 0.056 0.096 0.000 0.804 0.044
#> SRR2052662 2 0.3548 0.63922 0.000 0.836 0.044 0.112 0.008
#> SRR2052661 1 0.4759 0.61459 0.636 0.336 0.000 0.004 0.024
#> SRR2052660 3 0.0703 0.77380 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.0162 0.77388 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.5198 0.62399 0.036 0.708 0.208 0.048 0.000
#> SRR2052657 1 0.4324 0.73202 0.760 0.184 0.000 0.004 0.052
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 4 0.6249 -0.5290 0.004 0.340 0.000 0.340 0.000 0.316
#> SRR2052701 2 0.5564 0.1907 0.208 0.588 0.000 0.008 0.000 0.196
#> SRR2052700 4 0.5068 0.4803 0.000 0.032 0.000 0.692 0.116 0.160
#> SRR2052699 1 0.3066 0.5578 0.832 0.044 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052698 2 0.5781 0.4608 0.000 0.608 0.108 0.008 0.032 0.244
#> SRR2052708 1 0.4408 0.0341 0.560 0.000 0.004 0.000 0.416 0.020
#> SRR2052749 5 0.4881 0.2179 0.452 0.000 0.004 0.000 0.496 0.048
#> SRR2052786 2 0.1807 0.5193 0.020 0.920 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052825 4 0.0000 0.5777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052824 4 0.0000 0.5777 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052823 6 0.6984 0.3911 0.320 0.164 0.012 0.064 0.000 0.440
#> SRR2052822 2 0.3000 0.5594 0.000 0.824 0.156 0.016 0.000 0.004
#> SRR2052821 6 0.7206 0.4529 0.004 0.316 0.224 0.080 0.000 0.376
#> SRR2052820 3 0.3560 0.6477 0.008 0.012 0.828 0.000 0.088 0.064
#> SRR2052819 4 0.2145 0.5694 0.000 0.020 0.056 0.912 0.004 0.008
#> SRR2052818 4 0.4814 0.2756 0.000 0.100 0.000 0.644 0.000 0.256
#> SRR2052817 3 0.4439 0.3296 0.000 0.432 0.540 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052816 4 0.7781 0.2059 0.108 0.020 0.228 0.384 0.004 0.256
#> SRR2052815 4 0.0458 0.5773 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2052814 4 0.2688 0.5568 0.000 0.068 0.000 0.868 0.000 0.064
#> SRR2052813 2 0.3797 0.0519 0.000 0.692 0.016 0.000 0.000 0.292
#> SRR2052812 2 0.5589 -0.5164 0.084 0.492 0.000 0.020 0.000 0.404
#> SRR2052811 6 0.6740 0.5304 0.036 0.332 0.000 0.272 0.000 0.360
#> SRR2052810 4 0.2706 0.5216 0.000 0.008 0.000 0.832 0.000 0.160
#> SRR2052809 2 0.0964 0.5536 0.000 0.968 0.012 0.004 0.000 0.016
#> SRR2052808 4 0.6158 0.4297 0.056 0.044 0.084 0.636 0.000 0.180
#> SRR2052807 5 0.3952 0.4145 0.000 0.000 0.000 0.020 0.672 0.308
#> SRR2052806 5 0.4124 0.4844 0.332 0.000 0.000 0.000 0.644 0.024
#> SRR2052805 5 0.4209 0.4053 0.384 0.000 0.000 0.000 0.596 0.020
#> SRR2052804 4 0.5861 0.2083 0.000 0.000 0.412 0.448 0.124 0.016
#> SRR2052803 5 0.4520 0.2529 0.448 0.000 0.000 0.000 0.520 0.032
#> SRR2052802 5 0.5215 0.3502 0.000 0.000 0.020 0.064 0.584 0.332
#> SRR2052801 5 0.2988 0.6398 0.084 0.000 0.000 0.060 0.852 0.004
#> SRR2052800 5 0.6599 0.1602 0.000 0.000 0.036 0.272 0.440 0.252
#> SRR2052799 5 0.1757 0.6181 0.008 0.000 0.000 0.012 0.928 0.052
#> SRR2052798 1 0.3352 0.4888 0.792 0.000 0.000 0.000 0.176 0.032
#> SRR2052797 2 0.6314 -0.3891 0.000 0.496 0.148 0.044 0.000 0.312
#> SRR2052796 5 0.2600 0.6393 0.124 0.000 0.000 0.008 0.860 0.008
#> SRR2052795 1 0.4323 0.1359 0.600 0.000 0.020 0.000 0.376 0.004
#> SRR2052794 5 0.1036 0.6254 0.004 0.000 0.000 0.008 0.964 0.024
#> SRR2052793 5 0.3398 0.5734 0.252 0.000 0.000 0.000 0.740 0.008
#> SRR2052792 3 0.2214 0.6594 0.000 0.000 0.892 0.004 0.092 0.012
#> SRR2052791 5 0.3577 0.6333 0.116 0.000 0.060 0.000 0.812 0.012
#> SRR2052790 2 0.3883 0.2869 0.000 0.656 0.332 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052789 3 0.3860 0.2862 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.3989 0.2880 0.000 0.468 0.528 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052787 2 0.0922 0.5370 0.004 0.968 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR2052785 2 0.4289 0.2489 0.000 0.640 0.332 0.008 0.000 0.020
#> SRR2052784 2 0.3699 0.4733 0.000 0.752 0.212 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052783 2 0.4414 0.3847 0.000 0.676 0.260 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052782 2 0.1989 0.5573 0.000 0.916 0.052 0.004 0.000 0.028
#> SRR2052781 2 0.1226 0.5651 0.000 0.952 0.040 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052780 3 0.3955 0.4738 0.000 0.384 0.608 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052777 2 0.1757 0.5297 0.012 0.928 0.008 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052779 2 0.2170 0.5739 0.000 0.888 0.100 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052778 3 0.3463 0.7321 0.000 0.104 0.828 0.040 0.000 0.028
#> SRR2052776 2 0.3969 0.2530 0.000 0.644 0.344 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052775 3 0.3672 0.5136 0.000 0.368 0.632 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052773 2 0.2805 0.5548 0.000 0.828 0.160 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052772 3 0.3601 0.5802 0.000 0.312 0.684 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052774 2 0.4228 0.0821 0.000 0.588 0.392 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052771 5 0.6440 0.4558 0.168 0.000 0.228 0.000 0.536 0.068
#> SRR2052769 3 0.4624 0.3219 0.000 0.024 0.592 0.372 0.008 0.004
#> SRR2052770 3 0.1765 0.7433 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.5036 -0.3202 0.088 0.568 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052767 2 0.5955 -0.5746 0.000 0.444 0.000 0.240 0.000 0.316
#> SRR2052766 3 0.3185 0.6685 0.000 0.000 0.848 0.076 0.060 0.016
#> SRR2052765 4 0.5708 -0.1043 0.000 0.216 0.000 0.520 0.000 0.264
#> SRR2052763 3 0.1367 0.7425 0.000 0.044 0.944 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052764 4 0.6053 -0.4008 0.000 0.308 0.000 0.412 0.000 0.280
#> SRR2052761 3 0.2318 0.7398 0.000 0.064 0.892 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052760 2 0.3463 0.1734 0.008 0.748 0.000 0.004 0.000 0.240
#> SRR2052759 3 0.1204 0.7453 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.3982 0.4871 0.000 0.740 0.200 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052758 3 0.2092 0.7356 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.6539 -0.0984 0.440 0.000 0.000 0.208 0.316 0.036
#> SRR2052757 2 0.2692 0.5698 0.000 0.840 0.148 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052755 1 0.1138 0.5828 0.960 0.004 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR2052754 5 0.4880 0.5684 0.232 0.000 0.000 0.096 0.664 0.008
#> SRR2052753 1 0.2052 0.5741 0.912 0.000 0.000 0.004 0.056 0.028
#> SRR2052752 1 0.4499 -0.0264 0.540 0.000 0.000 0.000 0.428 0.032
#> SRR2052750 1 0.1686 0.5709 0.924 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR2052751 2 0.7199 0.2070 0.308 0.388 0.196 0.000 0.000 0.108
#> SRR2052748 3 0.0000 0.7279 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052747 1 0.3671 0.4507 0.756 0.000 0.000 0.000 0.208 0.036
#> SRR2052746 3 0.1843 0.7454 0.000 0.080 0.912 0.000 0.004 0.004
#> SRR2052745 3 0.0665 0.7275 0.000 0.004 0.980 0.000 0.008 0.008
#> SRR2052744 1 0.2643 0.5409 0.856 0.008 0.000 0.000 0.128 0.008
#> SRR2052741 1 0.5105 0.0570 0.488 0.432 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052743 2 0.5022 0.4772 0.188 0.692 0.040 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052740 2 0.4968 0.2558 0.368 0.556 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052742 2 0.6062 0.2894 0.352 0.504 0.052 0.000 0.000 0.092
#> SRR2052739 2 0.4793 -0.1998 0.000 0.628 0.000 0.084 0.000 0.288
#> SRR2052738 3 0.2162 0.7461 0.000 0.088 0.896 0.000 0.004 0.012
#> SRR2052736 1 0.5549 0.1496 0.536 0.296 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2052735 1 0.3992 0.5162 0.760 0.136 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2052734 1 0.4124 0.4920 0.748 0.120 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2052737 2 0.2448 0.5454 0.000 0.884 0.052 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052733 3 0.0858 0.7393 0.000 0.028 0.968 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052732 4 0.6426 -0.0604 0.068 0.116 0.000 0.480 0.000 0.336
#> SRR2052731 3 0.2482 0.7233 0.000 0.148 0.848 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052729 1 0.1714 0.5633 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2052728 1 0.1313 0.5844 0.952 0.004 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR2052730 3 0.5161 0.1890 0.004 0.000 0.592 0.304 0.000 0.100
#> SRR2052727 1 0.3934 0.1564 0.616 0.000 0.000 0.000 0.376 0.008
#> SRR2052725 4 0.6726 0.1461 0.280 0.104 0.000 0.488 0.000 0.128
#> SRR2052726 1 0.4164 0.4937 0.744 0.132 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052724 1 0.5068 0.0239 0.540 0.000 0.020 0.012 0.408 0.020
#> SRR2052723 3 0.4253 0.4236 0.000 0.024 0.664 0.000 0.304 0.008
#> SRR2052722 3 0.4080 0.3130 0.000 0.456 0.536 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052721 1 0.1267 0.5760 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2052720 2 0.0777 0.5452 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052719 2 0.5547 -0.4759 0.000 0.516 0.000 0.152 0.000 0.332
#> SRR2052718 1 0.1957 0.5774 0.912 0.008 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR2052717 2 0.3279 0.5758 0.004 0.828 0.108 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052714 1 0.3837 0.4276 0.744 0.000 0.016 0.000 0.224 0.016
#> SRR2052716 3 0.1232 0.7313 0.000 0.016 0.956 0.000 0.004 0.024
#> SRR2052715 3 0.3126 0.6510 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.3992 0.1973 0.624 0.000 0.000 0.000 0.364 0.012
#> SRR2052712 4 0.3405 0.5292 0.000 0.000 0.000 0.812 0.076 0.112
#> SRR2052711 4 0.4300 0.4732 0.192 0.008 0.000 0.744 0.016 0.040
#> SRR2052710 2 0.5913 0.2194 0.000 0.520 0.000 0.064 0.064 0.352
#> SRR2052707 3 0.5591 0.2282 0.000 0.444 0.456 0.012 0.004 0.084
#> SRR2052709 2 0.4261 0.0315 0.000 0.572 0.408 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052704 3 0.2307 0.7434 0.000 0.048 0.904 0.032 0.000 0.016
#> SRR2052705 2 0.4219 0.5487 0.084 0.800 0.044 0.020 0.000 0.052
#> SRR2052697 1 0.5893 -0.0563 0.532 0.132 0.000 0.024 0.000 0.312
#> SRR2052703 3 0.3659 0.5136 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.3950 0.3549 0.696 0.000 0.000 0.000 0.276 0.028
#> SRR2052706 4 0.6532 -0.3483 0.000 0.260 0.024 0.400 0.000 0.316
#> SRR2052695 2 0.3972 0.1770 0.000 0.732 0.016 0.020 0.000 0.232
#> SRR2052694 2 0.1429 0.5222 0.004 0.940 0.004 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052692 3 0.1080 0.7406 0.000 0.032 0.960 0.000 0.004 0.004
#> SRR2052693 2 0.5248 0.0499 0.000 0.536 0.392 0.040 0.000 0.032
#> SRR2052691 1 0.1983 0.5707 0.908 0.020 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2052690 1 0.5301 0.4347 0.628 0.268 0.000 0.000 0.040 0.064
#> SRR2052689 4 0.5579 0.3155 0.000 0.004 0.352 0.512 0.000 0.132
#> SRR2052687 4 0.3600 0.4929 0.000 0.020 0.012 0.776 0.000 0.192
#> SRR2052686 4 0.3679 0.4985 0.176 0.000 0.000 0.772 0.000 0.052
#> SRR2052688 2 0.6044 -0.6210 0.000 0.416 0.000 0.276 0.000 0.308
#> SRR2052684 3 0.0909 0.7185 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR2052685 6 0.6273 0.5605 0.148 0.380 0.008 0.012 0.004 0.448
#> SRR2052683 1 0.4464 -0.0260 0.544 0.000 0.000 0.012 0.432 0.012
#> SRR2052681 4 0.4196 0.5069 0.000 0.028 0.000 0.756 0.044 0.172
#> SRR2052680 4 0.0291 0.5777 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR2052682 1 0.6508 -0.0281 0.448 0.364 0.000 0.016 0.024 0.148
#> SRR2052679 1 0.2740 0.5421 0.852 0.000 0.000 0.000 0.120 0.028
#> SRR2052678 3 0.3997 0.2332 0.000 0.488 0.508 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052677 2 0.1408 0.5398 0.000 0.944 0.020 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052675 1 0.5882 -0.0836 0.476 0.280 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2052676 1 0.2322 0.5770 0.896 0.008 0.000 0.000 0.024 0.072
#> SRR2052674 4 0.4414 0.3540 0.000 0.064 0.000 0.676 0.000 0.260
#> SRR2052672 2 0.4702 -0.1926 0.000 0.496 0.460 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052673 1 0.6318 -0.4310 0.360 0.288 0.000 0.008 0.000 0.344
#> SRR2052671 2 0.5895 -0.5428 0.008 0.484 0.000 0.168 0.000 0.340
#> SRR2052670 3 0.3872 0.4651 0.000 0.392 0.604 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052669 2 0.1787 0.5581 0.020 0.932 0.016 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052668 1 0.4821 0.2996 0.600 0.336 0.004 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052667 2 0.4925 0.4271 0.072 0.708 0.000 0.172 0.000 0.048
#> SRR2052666 2 0.4806 -0.1803 0.000 0.488 0.460 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052665 2 0.6856 0.2694 0.228 0.472 0.232 0.004 0.000 0.064
#> SRR2052664 4 0.6111 -0.3039 0.144 0.000 0.004 0.444 0.392 0.016
#> SRR2052663 6 0.6742 0.5288 0.036 0.324 0.000 0.276 0.000 0.364
#> SRR2052662 2 0.2030 0.5176 0.028 0.908 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052661 1 0.1409 0.5835 0.948 0.008 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR2052660 3 0.2048 0.7367 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.2390 0.7351 0.000 0.056 0.888 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052658 2 0.4230 0.5229 0.076 0.796 0.028 0.000 0.020 0.080
#> SRR2052657 1 0.1204 0.5770 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.255 0.564 0.819 0.360 0.677 0.677
#> 3 3 0.235 0.423 0.751 0.210 0.890 0.848
#> 4 4 0.314 0.551 0.775 0.159 0.788 0.692
#> 5 5 0.378 0.554 0.768 0.110 0.911 0.827
#> 6 6 0.395 0.504 0.717 0.146 0.840 0.657
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052700 2 0.4431 0.7352 0.092 0.908
#> SRR2052699 2 0.2043 0.7651 0.032 0.968
#> SRR2052698 2 0.1184 0.7650 0.016 0.984
#> SRR2052708 2 0.9983 -0.1258 0.476 0.524
#> SRR2052749 1 0.9998 0.1904 0.508 0.492
#> SRR2052786 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.9209 0.6076 0.664 0.336
#> SRR2052824 1 0.9491 0.5736 0.632 0.368
#> SRR2052823 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.0938 0.7649 0.012 0.988
#> SRR2052821 2 0.0376 0.7650 0.004 0.996
#> SRR2052820 2 0.9129 0.3909 0.328 0.672
#> SRR2052819 2 0.9922 -0.0389 0.448 0.552
#> SRR2052818 2 0.0938 0.7656 0.012 0.988
#> SRR2052817 2 0.4022 0.7394 0.080 0.920
#> SRR2052816 1 0.9522 0.5680 0.628 0.372
#> SRR2052815 1 0.9460 0.5765 0.636 0.364
#> SRR2052814 2 0.5294 0.7105 0.120 0.880
#> SRR2052813 2 0.0938 0.7649 0.012 0.988
#> SRR2052812 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052810 2 0.9209 0.2722 0.336 0.664
#> SRR2052809 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.2778 0.7596 0.048 0.952
#> SRR2052807 1 0.7950 0.6531 0.760 0.240
#> SRR2052806 1 0.8144 0.5916 0.748 0.252
#> SRR2052805 1 0.9044 0.5217 0.680 0.320
#> SRR2052804 1 0.9977 0.3006 0.528 0.472
#> SRR2052803 1 0.9044 0.5217 0.680 0.320
#> SRR2052802 1 0.8327 0.6438 0.736 0.264
#> SRR2052801 1 0.2778 0.6312 0.952 0.048
#> SRR2052800 1 0.8327 0.6438 0.736 0.264
#> SRR2052799 1 0.2236 0.6241 0.964 0.036
#> SRR2052798 2 0.9988 -0.1185 0.480 0.520
#> SRR2052797 2 0.0376 0.7650 0.004 0.996
#> SRR2052796 1 0.3114 0.6337 0.944 0.056
#> SRR2052795 2 0.9983 -0.1072 0.476 0.524
#> SRR2052794 1 0.2236 0.6241 0.964 0.036
#> SRR2052793 1 0.3879 0.6393 0.924 0.076
#> SRR2052792 1 0.8443 0.6364 0.728 0.272
#> SRR2052791 1 0.6973 0.6264 0.812 0.188
#> SRR2052790 2 0.0938 0.7649 0.012 0.988
#> SRR2052789 2 0.4022 0.7397 0.080 0.920
#> SRR2052788 2 0.6247 0.6762 0.156 0.844
#> SRR2052787 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.1414 0.7644 0.020 0.980
#> SRR2052784 2 0.2423 0.7578 0.040 0.960
#> SRR2052783 2 0.3274 0.7502 0.060 0.940
#> SRR2052782 2 0.0938 0.7649 0.012 0.988
#> SRR2052781 2 0.1414 0.7648 0.020 0.980
#> SRR2052780 2 0.7674 0.5977 0.224 0.776
#> SRR2052777 2 0.0938 0.7649 0.012 0.988
#> SRR2052779 2 0.0938 0.7649 0.012 0.988
#> SRR2052778 2 0.9000 0.4217 0.316 0.684
#> SRR2052776 2 0.1843 0.7636 0.028 0.972
#> SRR2052775 2 0.7815 0.5849 0.232 0.768
#> SRR2052773 2 0.3431 0.7479 0.064 0.936
#> SRR2052772 2 0.6623 0.6596 0.172 0.828
#> SRR2052774 2 0.3431 0.7479 0.064 0.936
#> SRR2052771 1 0.8081 0.6616 0.752 0.248
#> SRR2052769 2 0.7745 0.5939 0.228 0.772
#> SRR2052770 2 0.8207 0.5467 0.256 0.744
#> SRR2052768 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052766 2 0.9977 -0.1305 0.472 0.528
#> SRR2052765 2 0.3431 0.7501 0.064 0.936
#> SRR2052763 2 0.8443 0.5216 0.272 0.728
#> SRR2052764 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052761 2 0.9170 0.3823 0.332 0.668
#> SRR2052760 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.8443 0.5216 0.272 0.728
#> SRR2052762 2 0.1414 0.7655 0.020 0.980
#> SRR2052758 2 0.4562 0.7304 0.096 0.904
#> SRR2052756 2 0.9909 0.0335 0.444 0.556
#> SRR2052757 2 0.1184 0.7650 0.016 0.984
#> SRR2052755 2 0.7299 0.5775 0.204 0.796
#> SRR2052754 1 0.4815 0.6448 0.896 0.104
#> SRR2052753 2 0.6973 0.6142 0.188 0.812
#> SRR2052752 1 0.9977 0.2855 0.528 0.472
#> SRR2052750 2 0.9580 0.1529 0.380 0.620
#> SRR2052751 2 0.2236 0.7621 0.036 0.964
#> SRR2052748 2 0.9661 0.2020 0.392 0.608
#> SRR2052747 1 0.9988 0.2481 0.520 0.480
#> SRR2052746 2 0.8443 0.5216 0.272 0.728
#> SRR2052745 2 0.9552 0.2529 0.376 0.624
#> SRR2052744 2 0.9522 0.1601 0.372 0.628
#> SRR2052741 2 0.0672 0.7614 0.008 0.992
#> SRR2052743 2 0.0672 0.7614 0.008 0.992
#> SRR2052740 2 0.0672 0.7614 0.008 0.992
#> SRR2052742 2 0.1843 0.7656 0.028 0.972
#> SRR2052739 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052738 2 0.8499 0.5136 0.276 0.724
#> SRR2052736 2 0.1843 0.7506 0.028 0.972
#> SRR2052735 2 0.9000 0.2959 0.316 0.684
#> SRR2052734 2 0.9460 0.1794 0.364 0.636
#> SRR2052737 2 0.0672 0.7646 0.008 0.992
#> SRR2052733 2 0.8443 0.5216 0.272 0.728
#> SRR2052732 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052731 2 0.7056 0.6368 0.192 0.808
#> SRR2052729 2 0.9732 0.0929 0.404 0.596
#> SRR2052728 2 0.9460 0.1794 0.364 0.636
#> SRR2052730 1 0.9491 0.5711 0.632 0.368
#> SRR2052727 2 0.9710 0.0988 0.400 0.600
#> SRR2052725 2 0.4431 0.7365 0.092 0.908
#> SRR2052726 2 0.8955 0.3049 0.312 0.688
#> SRR2052724 2 0.9795 0.0536 0.416 0.584
#> SRR2052723 2 0.9710 0.1804 0.400 0.600
#> SRR2052722 2 0.6247 0.6762 0.156 0.844
#> SRR2052721 2 0.9732 0.0932 0.404 0.596
#> SRR2052720 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052718 2 0.7299 0.5838 0.204 0.796
#> SRR2052717 2 0.1414 0.7655 0.020 0.980
#> SRR2052714 2 0.9833 0.0515 0.424 0.576
#> SRR2052716 2 0.9170 0.3823 0.332 0.668
#> SRR2052715 2 0.7674 0.5993 0.224 0.776
#> SRR2052713 1 0.9909 0.3164 0.556 0.444
#> SRR2052712 1 0.9248 0.6037 0.660 0.340
#> SRR2052711 2 0.9815 0.0764 0.420 0.580
#> SRR2052710 2 0.1184 0.7650 0.016 0.984
#> SRR2052707 2 0.6801 0.6531 0.180 0.820
#> SRR2052709 2 0.7528 0.6107 0.216 0.784
#> SRR2052704 2 0.9248 0.3640 0.340 0.660
#> SRR2052705 2 0.1184 0.7654 0.016 0.984
#> SRR2052697 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052703 2 0.3584 0.7456 0.068 0.932
#> SRR2052696 2 0.9988 -0.1185 0.480 0.520
#> SRR2052706 2 0.0376 0.7650 0.004 0.996
#> SRR2052695 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.7950 0.5770 0.240 0.760
#> SRR2052693 2 0.8144 0.5635 0.252 0.748
#> SRR2052691 2 0.6148 0.6494 0.152 0.848
#> SRR2052690 2 0.0938 0.7633 0.012 0.988
#> SRR2052689 1 0.9358 0.5916 0.648 0.352
#> SRR2052687 1 0.9993 0.3435 0.516 0.484
#> SRR2052686 2 0.9909 0.0335 0.444 0.556
#> SRR2052688 2 0.0672 0.7646 0.008 0.992
#> SRR2052684 1 0.9954 0.2843 0.540 0.460
#> SRR2052685 2 0.3274 0.7343 0.060 0.940
#> SRR2052683 1 0.5059 0.6456 0.888 0.112
#> SRR2052681 2 1.0000 -0.3151 0.496 0.504
#> SRR2052680 1 0.9732 0.5179 0.596 0.404
#> SRR2052682 2 0.3584 0.7159 0.068 0.932
#> SRR2052679 2 0.9661 0.1208 0.392 0.608
#> SRR2052678 2 0.7453 0.6128 0.212 0.788
#> SRR2052677 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.0376 0.7630 0.004 0.996
#> SRR2052676 1 0.9988 0.2481 0.520 0.480
#> SRR2052674 1 0.9580 0.5616 0.620 0.380
#> SRR2052672 2 0.7453 0.6128 0.212 0.788
#> SRR2052673 2 0.0376 0.7630 0.004 0.996
#> SRR2052671 2 0.0672 0.7615 0.008 0.992
#> SRR2052670 2 0.6438 0.6682 0.164 0.836
#> SRR2052669 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.3274 0.7526 0.060 0.940
#> SRR2052667 2 0.0938 0.7649 0.012 0.988
#> SRR2052666 2 0.2043 0.7424 0.032 0.968
#> SRR2052665 2 0.2236 0.7621 0.036 0.964
#> SRR2052664 1 0.7299 0.6683 0.796 0.204
#> SRR2052663 2 0.2948 0.7290 0.052 0.948
#> SRR2052662 2 0.0000 0.7640 0.000 1.000
#> SRR2052661 2 0.5059 0.6760 0.112 0.888
#> SRR2052660 2 0.6048 0.6888 0.148 0.852
#> SRR2052659 2 0.8661 0.4908 0.288 0.712
#> SRR2052658 2 0.1633 0.7657 0.024 0.976
#> SRR2052657 2 0.9944 -0.0451 0.456 0.544
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0661 0.6649 0.008 0.988 0.004
#> SRR2052701 2 0.1015 0.6621 0.008 0.980 0.012
#> SRR2052700 2 0.4179 0.6298 0.052 0.876 0.072
#> SRR2052699 2 0.1919 0.6655 0.024 0.956 0.020
#> SRR2052698 2 0.0475 0.6681 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052708 1 0.7453 0.1583 0.528 0.436 0.036
#> SRR2052749 1 0.7207 0.2148 0.584 0.384 0.032
#> SRR2052786 2 0.0661 0.6649 0.008 0.988 0.004
#> SRR2052825 1 0.9900 0.2270 0.404 0.304 0.292
#> SRR2052824 1 0.9906 0.2007 0.388 0.340 0.272
#> SRR2052823 2 0.1015 0.6630 0.008 0.980 0.012
#> SRR2052822 2 0.0237 0.6676 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052821 2 0.0829 0.6670 0.012 0.984 0.004
#> SRR2052820 2 0.8649 0.3248 0.204 0.600 0.196
#> SRR2052819 2 0.9528 0.0941 0.288 0.484 0.228
#> SRR2052818 2 0.1129 0.6691 0.020 0.976 0.004
#> SRR2052817 2 0.3253 0.6421 0.052 0.912 0.036
#> SRR2052816 1 0.9897 0.1963 0.388 0.344 0.268
#> SRR2052815 1 0.9892 0.2017 0.392 0.340 0.268
#> SRR2052814 2 0.5138 0.5883 0.052 0.828 0.120
#> SRR2052813 2 0.0237 0.6676 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052812 2 0.0661 0.6649 0.008 0.988 0.004
#> SRR2052811 2 0.0661 0.6649 0.008 0.988 0.004
#> SRR2052810 2 0.8156 0.2792 0.196 0.644 0.160
#> SRR2052809 2 0.0424 0.6660 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052808 2 0.2550 0.6606 0.024 0.936 0.040
#> SRR2052807 1 0.9161 0.2757 0.532 0.188 0.280
#> SRR2052806 1 0.5355 0.3767 0.800 0.168 0.032
#> SRR2052805 1 0.6099 0.3464 0.740 0.228 0.032
#> SRR2052804 2 0.9891 -0.1482 0.316 0.404 0.280
#> SRR2052803 1 0.6099 0.3464 0.740 0.228 0.032
#> SRR2052802 1 0.9437 0.2542 0.492 0.208 0.300
#> SRR2052801 1 0.4293 0.3624 0.832 0.004 0.164
#> SRR2052800 1 0.9437 0.2542 0.492 0.208 0.300
#> SRR2052799 1 0.3816 0.3687 0.852 0.000 0.148
#> SRR2052798 1 0.7581 0.1737 0.548 0.408 0.044
#> SRR2052797 2 0.0829 0.6670 0.012 0.984 0.004
#> SRR2052796 1 0.4345 0.3841 0.848 0.016 0.136
#> SRR2052795 1 0.7671 0.1712 0.544 0.408 0.048
#> SRR2052794 1 0.3941 0.3634 0.844 0.000 0.156
#> SRR2052793 1 0.4015 0.4014 0.876 0.028 0.096
#> SRR2052792 1 0.9627 0.2198 0.428 0.208 0.364
#> SRR2052791 1 0.5519 0.3908 0.812 0.120 0.068
#> SRR2052790 2 0.0424 0.6673 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052789 2 0.3797 0.6294 0.052 0.892 0.056
#> SRR2052788 2 0.5811 0.5623 0.092 0.800 0.108
#> SRR2052787 2 0.0848 0.6634 0.008 0.984 0.008
#> SRR2052785 2 0.0661 0.6678 0.004 0.988 0.008
#> SRR2052784 2 0.2176 0.6539 0.020 0.948 0.032
#> SRR2052783 2 0.2903 0.6450 0.028 0.924 0.048
#> SRR2052782 2 0.0237 0.6676 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052781 2 0.0661 0.6683 0.004 0.988 0.008
#> SRR2052780 2 0.7192 0.4898 0.120 0.716 0.164
#> SRR2052777 2 0.0237 0.6676 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052779 2 0.0237 0.6676 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052778 2 0.8485 0.3512 0.192 0.616 0.192
#> SRR2052776 2 0.1129 0.6666 0.004 0.976 0.020
#> SRR2052775 2 0.7319 0.4791 0.128 0.708 0.164
#> SRR2052773 2 0.3009 0.6427 0.028 0.920 0.052
#> SRR2052772 2 0.6107 0.5482 0.100 0.784 0.116
#> SRR2052774 2 0.3009 0.6427 0.028 0.920 0.052
#> SRR2052771 1 0.7739 0.3693 0.676 0.188 0.136
#> SRR2052769 2 0.6918 0.5085 0.128 0.736 0.136
#> SRR2052770 2 0.7710 0.4483 0.144 0.680 0.176
#> SRR2052768 2 0.1015 0.6630 0.008 0.980 0.012
#> SRR2052767 2 0.0661 0.6649 0.008 0.988 0.004
#> SRR2052766 2 0.9519 0.0767 0.292 0.484 0.224
#> SRR2052765 2 0.2434 0.6566 0.036 0.940 0.024
#> SRR2052763 2 0.7917 0.4290 0.152 0.664 0.184
#> SRR2052764 2 0.0661 0.6649 0.008 0.988 0.004
#> SRR2052761 2 0.8689 0.3194 0.204 0.596 0.200
#> SRR2052760 2 0.0848 0.6634 0.008 0.984 0.008
#> SRR2052759 2 0.7917 0.4290 0.152 0.664 0.184
#> SRR2052762 2 0.1015 0.6674 0.012 0.980 0.008
#> SRR2052758 2 0.4075 0.6334 0.048 0.880 0.072
#> SRR2052756 2 0.9450 0.0857 0.296 0.492 0.212
#> SRR2052757 2 0.0475 0.6681 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052755 2 0.6699 0.3221 0.256 0.700 0.044
#> SRR2052754 1 0.3253 0.4010 0.912 0.036 0.052
#> SRR2052753 2 0.6380 0.4114 0.224 0.732 0.044
#> SRR2052752 1 0.8330 0.2267 0.552 0.356 0.092
#> SRR2052750 2 0.7484 -0.1652 0.460 0.504 0.036
#> SRR2052751 2 0.2031 0.6655 0.016 0.952 0.032
#> SRR2052748 2 0.9175 0.2023 0.244 0.540 0.216
#> SRR2052747 1 0.7050 0.2023 0.600 0.372 0.028
#> SRR2052746 2 0.7917 0.4290 0.152 0.664 0.184
#> SRR2052745 2 0.9017 0.2435 0.228 0.560 0.212
#> SRR2052744 2 0.7566 -0.1579 0.448 0.512 0.040
#> SRR2052741 2 0.1781 0.6491 0.020 0.960 0.020
#> SRR2052743 2 0.1636 0.6520 0.020 0.964 0.016
#> SRR2052740 2 0.1781 0.6491 0.020 0.960 0.020
#> SRR2052742 2 0.1919 0.6656 0.020 0.956 0.024
#> SRR2052739 2 0.0424 0.6660 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052738 2 0.7970 0.4230 0.156 0.660 0.184
#> SRR2052736 2 0.2414 0.6305 0.040 0.940 0.020
#> SRR2052735 2 0.7656 -0.0623 0.376 0.572 0.052
#> SRR2052734 2 0.7814 -0.1582 0.436 0.512 0.052
#> SRR2052737 2 0.0237 0.6667 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052733 2 0.7917 0.4290 0.152 0.664 0.184
#> SRR2052732 2 0.1015 0.6630 0.008 0.980 0.012
#> SRR2052731 2 0.6653 0.5205 0.112 0.752 0.136
#> SRR2052729 2 0.7493 -0.2095 0.480 0.484 0.036
#> SRR2052728 2 0.7814 -0.1582 0.436 0.512 0.052
#> SRR2052730 1 0.9906 0.2015 0.388 0.340 0.272
#> SRR2052727 2 0.7493 -0.2112 0.480 0.484 0.036
#> SRR2052725 2 0.4563 0.5988 0.112 0.852 0.036
#> SRR2052726 2 0.7640 -0.0552 0.372 0.576 0.052
#> SRR2052724 2 0.7755 -0.1812 0.460 0.492 0.048
#> SRR2052723 2 0.9298 0.1708 0.248 0.524 0.228
#> SRR2052722 2 0.5811 0.5623 0.092 0.800 0.108
#> SRR2052721 2 0.7585 -0.2132 0.476 0.484 0.040
#> SRR2052720 2 0.0848 0.6634 0.008 0.984 0.008
#> SRR2052719 2 0.0848 0.6634 0.008 0.984 0.008
#> SRR2052718 2 0.6606 0.3665 0.236 0.716 0.048
#> SRR2052717 2 0.1015 0.6674 0.012 0.980 0.008
#> SRR2052714 2 0.8871 -0.1442 0.408 0.472 0.120
#> SRR2052716 2 0.8689 0.3194 0.204 0.596 0.200
#> SRR2052715 2 0.7192 0.4896 0.120 0.716 0.164
#> SRR2052713 1 0.6404 0.2515 0.644 0.344 0.012
#> SRR2052712 1 0.9910 0.2228 0.400 0.308 0.292
#> SRR2052711 2 0.9351 0.1488 0.256 0.516 0.228
#> SRR2052710 2 0.0475 0.6681 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052707 2 0.6234 0.5434 0.096 0.776 0.128
#> SRR2052709 2 0.7082 0.4978 0.120 0.724 0.156
#> SRR2052704 2 0.8805 0.3017 0.208 0.584 0.208
#> SRR2052705 2 0.1170 0.6680 0.008 0.976 0.016
#> SRR2052697 2 0.1015 0.6630 0.008 0.980 0.012
#> SRR2052703 2 0.3112 0.6416 0.028 0.916 0.056
#> SRR2052696 1 0.7581 0.1737 0.548 0.408 0.044
#> SRR2052706 2 0.0829 0.6670 0.012 0.984 0.004
#> SRR2052695 2 0.0848 0.6634 0.008 0.984 0.008
#> SRR2052694 2 0.0848 0.6634 0.008 0.984 0.008
#> SRR2052692 2 0.7474 0.4709 0.128 0.696 0.176
#> SRR2052693 2 0.7620 0.4589 0.128 0.684 0.188
#> SRR2052691 2 0.5850 0.4539 0.188 0.772 0.040
#> SRR2052690 2 0.1453 0.6610 0.024 0.968 0.008
#> SRR2052689 1 0.9914 0.2120 0.392 0.328 0.280
#> SRR2052687 2 0.9663 -0.0964 0.308 0.456 0.236
#> SRR2052686 2 0.9450 0.0857 0.296 0.492 0.212
#> SRR2052688 2 0.0000 0.6671 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052684 2 0.9963 -0.2127 0.348 0.360 0.292
#> SRR2052685 2 0.2793 0.6196 0.044 0.928 0.028
#> SRR2052683 1 0.3481 0.4020 0.904 0.044 0.052
#> SRR2052681 2 0.9613 -0.0874 0.284 0.472 0.244
#> SRR2052680 2 0.9896 -0.2825 0.360 0.376 0.264
#> SRR2052682 2 0.4137 0.5587 0.096 0.872 0.032
#> SRR2052679 2 0.7583 -0.1910 0.468 0.492 0.040
#> SRR2052678 2 0.6975 0.5051 0.124 0.732 0.144
#> SRR2052677 2 0.0424 0.6660 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052675 2 0.1337 0.6579 0.012 0.972 0.016
#> SRR2052676 1 0.7050 0.2023 0.600 0.372 0.028
#> SRR2052674 1 0.9891 0.1895 0.384 0.352 0.264
#> SRR2052672 2 0.6915 0.5085 0.124 0.736 0.140
#> SRR2052673 2 0.1337 0.6579 0.012 0.972 0.016
#> SRR2052671 2 0.1170 0.6597 0.016 0.976 0.008
#> SRR2052670 2 0.5954 0.5567 0.092 0.792 0.116
#> SRR2052669 2 0.0848 0.6634 0.008 0.984 0.008
#> SRR2052668 2 0.3554 0.6254 0.064 0.900 0.036
#> SRR2052667 2 0.0237 0.6676 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052666 3 0.6688 0.0000 0.012 0.408 0.580
#> SRR2052665 2 0.1905 0.6666 0.016 0.956 0.028
#> SRR2052664 1 0.7223 0.3851 0.716 0.144 0.140
#> SRR2052663 2 0.2879 0.6077 0.052 0.924 0.024
#> SRR2052662 2 0.1015 0.6620 0.008 0.980 0.012
#> SRR2052661 2 0.5235 0.4762 0.152 0.812 0.036
#> SRR2052660 2 0.5608 0.5789 0.072 0.808 0.120
#> SRR2052659 2 0.8118 0.4032 0.164 0.648 0.188
#> SRR2052658 2 0.1482 0.6680 0.020 0.968 0.012
#> SRR2052657 1 0.7777 0.1489 0.532 0.416 0.052
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.0524 0.7716 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2052701 2 0.1510 0.7640 0.028 0.956 0.016 0.000
#> SRR2052700 2 0.3375 0.7201 0.012 0.864 0.008 0.116
#> SRR2052699 2 0.2505 0.7545 0.040 0.920 0.004 0.036
#> SRR2052698 2 0.0336 0.7729 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052708 1 0.6385 0.6095 0.652 0.232 0.004 0.112
#> SRR2052749 1 0.5869 0.6197 0.704 0.196 0.004 0.096
#> SRR2052786 2 0.0524 0.7716 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2052825 4 0.6290 0.7016 0.024 0.292 0.044 0.640
#> SRR2052824 4 0.6393 0.7146 0.020 0.332 0.044 0.604
#> SRR2052823 2 0.1007 0.7701 0.008 0.976 0.008 0.008
#> SRR2052822 2 0.0188 0.7726 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052821 2 0.0859 0.7731 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR2052820 2 0.5670 0.1182 0.008 0.584 0.016 0.392
#> SRR2052819 4 0.5573 0.3574 0.004 0.476 0.012 0.508
#> SRR2052818 2 0.0992 0.7741 0.008 0.976 0.004 0.012
#> SRR2052817 2 0.2473 0.7384 0.000 0.908 0.012 0.080
#> SRR2052816 4 0.6522 0.7097 0.024 0.340 0.044 0.592
#> SRR2052815 4 0.6505 0.7138 0.024 0.336 0.044 0.596
#> SRR2052814 2 0.3774 0.6528 0.004 0.820 0.008 0.168
#> SRR2052813 2 0.0188 0.7726 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052812 2 0.0524 0.7716 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2052811 2 0.0524 0.7716 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2052810 2 0.5628 0.1696 0.004 0.644 0.032 0.320
#> SRR2052809 2 0.0336 0.7724 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052808 2 0.2489 0.7527 0.020 0.912 0.000 0.068
#> SRR2052807 4 0.6217 -0.0822 0.240 0.036 0.044 0.680
#> SRR2052806 1 0.4919 0.4444 0.780 0.032 0.020 0.168
#> SRR2052805 1 0.4615 0.4775 0.816 0.048 0.020 0.116
#> SRR2052804 4 0.5956 0.6279 0.028 0.292 0.024 0.656
#> SRR2052803 1 0.4615 0.4775 0.816 0.048 0.020 0.116
#> SRR2052802 4 0.6118 -0.0256 0.208 0.048 0.040 0.704
#> SRR2052801 1 0.5649 0.1749 0.580 0.000 0.028 0.392
#> SRR2052800 4 0.6118 -0.0256 0.208 0.048 0.040 0.704
#> SRR2052799 1 0.5600 0.2009 0.596 0.000 0.028 0.376
#> SRR2052798 1 0.5153 0.6259 0.732 0.224 0.004 0.040
#> SRR2052797 2 0.0712 0.7731 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR2052796 1 0.5558 0.2265 0.608 0.000 0.028 0.364
#> SRR2052795 1 0.5056 0.6261 0.732 0.224 0.000 0.044
#> SRR2052794 1 0.5613 0.1902 0.592 0.000 0.028 0.380
#> SRR2052793 1 0.5573 0.2721 0.604 0.000 0.028 0.368
#> SRR2052792 4 0.4923 0.0576 0.088 0.048 0.052 0.812
#> SRR2052791 1 0.5634 0.3908 0.712 0.028 0.028 0.232
#> SRR2052790 2 0.0524 0.7739 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052789 2 0.2924 0.7202 0.000 0.884 0.016 0.100
#> SRR2052788 2 0.4204 0.6175 0.000 0.788 0.020 0.192
#> SRR2052787 2 0.0672 0.7711 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR2052785 2 0.0469 0.7723 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052784 2 0.1722 0.7578 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR2052783 2 0.2329 0.7422 0.000 0.916 0.012 0.072
#> SRR2052782 2 0.0188 0.7726 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052781 2 0.0592 0.7727 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2052780 2 0.4804 0.4888 0.000 0.708 0.016 0.276
#> SRR2052777 2 0.0188 0.7726 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052779 2 0.0188 0.7726 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052778 2 0.5500 0.1793 0.004 0.600 0.016 0.380
#> SRR2052776 2 0.0895 0.7710 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR2052775 2 0.5114 0.4657 0.004 0.696 0.020 0.280
#> SRR2052773 2 0.2402 0.7391 0.000 0.912 0.012 0.076
#> SRR2052772 2 0.4253 0.5999 0.000 0.776 0.016 0.208
#> SRR2052774 2 0.2402 0.7391 0.000 0.912 0.012 0.076
#> SRR2052771 1 0.6729 0.2286 0.492 0.060 0.012 0.436
#> SRR2052769 2 0.4839 0.5075 0.004 0.724 0.016 0.256
#> SRR2052770 2 0.5306 0.3908 0.004 0.664 0.020 0.312
#> SRR2052768 2 0.0859 0.7706 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR2052767 2 0.0524 0.7716 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2052766 4 0.6177 0.4925 0.020 0.432 0.020 0.528
#> SRR2052765 2 0.1824 0.7534 0.004 0.936 0.000 0.060
#> SRR2052763 2 0.5389 0.3505 0.004 0.648 0.020 0.328
#> SRR2052764 2 0.0524 0.7716 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2052761 2 0.5670 0.1150 0.008 0.584 0.016 0.392
#> SRR2052760 2 0.0672 0.7711 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR2052759 2 0.5389 0.3505 0.004 0.648 0.020 0.328
#> SRR2052762 2 0.0992 0.7735 0.012 0.976 0.004 0.008
#> SRR2052758 2 0.3403 0.7170 0.020 0.864 0.004 0.112
#> SRR2052756 2 0.7368 -0.3342 0.112 0.444 0.012 0.432
#> SRR2052757 2 0.0336 0.7729 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052755 2 0.6843 -0.0628 0.400 0.520 0.016 0.064
#> SRR2052754 1 0.4963 0.3249 0.696 0.000 0.020 0.284
#> SRR2052753 2 0.6908 0.1296 0.356 0.552 0.016 0.076
#> SRR2052752 1 0.6897 0.5373 0.584 0.160 0.000 0.256
#> SRR2052750 1 0.5889 0.5977 0.640 0.312 0.008 0.040
#> SRR2052751 2 0.2002 0.7634 0.020 0.936 0.000 0.044
#> SRR2052748 2 0.5889 -0.1959 0.008 0.516 0.020 0.456
#> SRR2052747 1 0.5656 0.5807 0.736 0.184 0.020 0.060
#> SRR2052746 2 0.5389 0.3505 0.004 0.648 0.020 0.328
#> SRR2052745 2 0.5852 -0.0794 0.008 0.544 0.020 0.428
#> SRR2052744 1 0.5441 0.5803 0.644 0.332 0.016 0.008
#> SRR2052741 2 0.2392 0.7388 0.052 0.924 0.016 0.008
#> SRR2052743 2 0.2140 0.7452 0.052 0.932 0.008 0.008
#> SRR2052740 2 0.2392 0.7388 0.052 0.924 0.016 0.008
#> SRR2052742 2 0.2674 0.7436 0.068 0.908 0.004 0.020
#> SRR2052739 2 0.0336 0.7724 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052738 2 0.5427 0.3295 0.004 0.640 0.020 0.336
#> SRR2052736 2 0.2365 0.7316 0.064 0.920 0.012 0.004
#> SRR2052735 1 0.6274 0.4605 0.520 0.436 0.020 0.024
#> SRR2052734 1 0.5266 0.5785 0.656 0.324 0.016 0.004
#> SRR2052737 2 0.0188 0.7731 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052733 2 0.5389 0.3505 0.004 0.648 0.020 0.328
#> SRR2052732 2 0.1007 0.7701 0.008 0.976 0.008 0.008
#> SRR2052731 2 0.4535 0.5535 0.000 0.744 0.016 0.240
#> SRR2052729 1 0.5666 0.6092 0.664 0.296 0.012 0.028
#> SRR2052728 1 0.5266 0.5785 0.656 0.324 0.016 0.004
#> SRR2052730 4 0.6435 0.7203 0.024 0.320 0.044 0.612
#> SRR2052727 1 0.5634 0.6090 0.664 0.296 0.008 0.032
#> SRR2052725 2 0.4739 0.6379 0.140 0.796 0.008 0.056
#> SRR2052726 1 0.6279 0.4526 0.516 0.440 0.020 0.024
#> SRR2052724 1 0.7026 0.5712 0.572 0.248 0.000 0.180
#> SRR2052723 4 0.5899 0.3143 0.008 0.472 0.020 0.500
#> SRR2052722 2 0.4204 0.6175 0.000 0.788 0.020 0.192
#> SRR2052721 1 0.5408 0.6099 0.672 0.296 0.004 0.028
#> SRR2052720 2 0.0672 0.7711 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR2052719 2 0.0672 0.7711 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR2052718 2 0.6979 0.0672 0.360 0.540 0.012 0.088
#> SRR2052717 2 0.0992 0.7735 0.012 0.976 0.004 0.008
#> SRR2052714 1 0.7837 0.4028 0.452 0.244 0.004 0.300
#> SRR2052716 2 0.5670 0.1150 0.008 0.584 0.016 0.392
#> SRR2052715 2 0.4804 0.4896 0.000 0.708 0.016 0.276
#> SRR2052713 1 0.6074 0.5876 0.716 0.168 0.020 0.096
#> SRR2052712 4 0.6358 0.6754 0.036 0.272 0.040 0.652
#> SRR2052711 2 0.6268 -0.3314 0.032 0.480 0.012 0.476
#> SRR2052710 2 0.0336 0.7729 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052707 2 0.4364 0.5859 0.000 0.764 0.016 0.220
#> SRR2052709 2 0.4748 0.5053 0.000 0.716 0.016 0.268
#> SRR2052704 2 0.5607 0.0153 0.004 0.560 0.016 0.420
#> SRR2052705 2 0.1082 0.7730 0.004 0.972 0.004 0.020
#> SRR2052697 2 0.0859 0.7706 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR2052703 2 0.2473 0.7367 0.000 0.908 0.012 0.080
#> SRR2052696 1 0.5153 0.6259 0.732 0.224 0.004 0.040
#> SRR2052706 2 0.0712 0.7731 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR2052695 2 0.0672 0.7711 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR2052694 2 0.0672 0.7711 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR2052692 2 0.5328 0.4381 0.008 0.680 0.020 0.292
#> SRR2052693 2 0.5398 0.4140 0.008 0.668 0.020 0.304
#> SRR2052691 2 0.6574 0.2285 0.332 0.592 0.016 0.060
#> SRR2052690 2 0.2039 0.7552 0.036 0.940 0.008 0.016
#> SRR2052689 4 0.6453 0.7182 0.024 0.324 0.044 0.608
#> SRR2052687 4 0.6172 0.5391 0.012 0.448 0.028 0.512
#> SRR2052686 2 0.7368 -0.3342 0.112 0.444 0.012 0.432
#> SRR2052688 2 0.0000 0.7726 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052684 4 0.6700 0.5431 0.088 0.256 0.020 0.636
#> SRR2052685 2 0.2246 0.7380 0.052 0.928 0.004 0.016
#> SRR2052683 1 0.5114 0.3340 0.696 0.004 0.020 0.280
#> SRR2052681 4 0.6006 0.5168 0.012 0.460 0.020 0.508
#> SRR2052680 4 0.6339 0.6808 0.016 0.364 0.040 0.580
#> SRR2052682 2 0.4043 0.6175 0.168 0.812 0.012 0.008
#> SRR2052679 1 0.5497 0.6026 0.664 0.304 0.008 0.024
#> SRR2052678 2 0.4946 0.5149 0.004 0.720 0.020 0.256
#> SRR2052677 2 0.0524 0.7728 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2052675 2 0.1674 0.7616 0.032 0.952 0.012 0.004
#> SRR2052676 1 0.5656 0.5807 0.736 0.184 0.020 0.060
#> SRR2052674 4 0.6553 0.7061 0.024 0.348 0.044 0.584
#> SRR2052672 2 0.4916 0.5217 0.004 0.724 0.020 0.252
#> SRR2052673 2 0.1674 0.7616 0.032 0.952 0.012 0.004
#> SRR2052671 2 0.0927 0.7686 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR2052670 2 0.4175 0.6111 0.000 0.784 0.016 0.200
#> SRR2052669 2 0.0804 0.7725 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR2052668 2 0.4767 0.5609 0.196 0.768 0.008 0.028
#> SRR2052667 2 0.0376 0.7737 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2052666 3 0.2565 0.0000 0.000 0.032 0.912 0.056
#> SRR2052665 2 0.1913 0.7646 0.020 0.940 0.000 0.040
#> SRR2052664 1 0.6506 0.1615 0.468 0.072 0.000 0.460
#> SRR2052663 2 0.2302 0.7284 0.060 0.924 0.008 0.008
#> SRR2052662 2 0.0859 0.7701 0.008 0.980 0.008 0.004
#> SRR2052661 2 0.5764 0.3679 0.292 0.664 0.020 0.024
#> SRR2052660 2 0.4402 0.6363 0.020 0.792 0.008 0.180
#> SRR2052659 2 0.5339 0.2813 0.000 0.624 0.020 0.356
#> SRR2052658 2 0.1510 0.7706 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR2052657 1 0.6276 0.6220 0.676 0.228 0.016 0.080
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.0613 0.7583 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052701 2 0.1752 0.7377 0.052 0.936 0.004 0.004 0.004
#> SRR2052700 2 0.3031 0.6935 0.020 0.856 0.004 0.120 0.000
#> SRR2052699 2 0.2353 0.7324 0.060 0.908 0.000 0.028 0.004
#> SRR2052698 2 0.0290 0.7601 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052708 1 0.5591 0.6022 0.712 0.120 0.000 0.052 0.116
#> SRR2052749 1 0.5053 0.5636 0.728 0.092 0.000 0.016 0.164
#> SRR2052786 2 0.0486 0.7584 0.004 0.988 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052825 4 0.5482 0.7007 0.032 0.240 0.008 0.680 0.040
#> SRR2052824 4 0.5684 0.7529 0.032 0.288 0.008 0.636 0.036
#> SRR2052823 2 0.1026 0.7534 0.024 0.968 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052822 2 0.0162 0.7599 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052821 2 0.0854 0.7609 0.008 0.976 0.004 0.012 0.000
#> SRR2052820 2 0.5309 -0.1496 0.016 0.540 0.012 0.424 0.008
#> SRR2052819 4 0.4670 0.5202 0.000 0.440 0.008 0.548 0.004
#> SRR2052818 2 0.1365 0.7574 0.004 0.952 0.004 0.040 0.000
#> SRR2052817 2 0.2361 0.7116 0.000 0.892 0.012 0.096 0.000
#> SRR2052816 4 0.5951 0.7512 0.040 0.300 0.008 0.612 0.040
#> SRR2052815 4 0.5754 0.7531 0.032 0.288 0.008 0.632 0.040
#> SRR2052814 2 0.3231 0.5860 0.000 0.800 0.004 0.196 0.000
#> SRR2052813 2 0.0162 0.7599 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052812 2 0.0486 0.7584 0.004 0.988 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052811 2 0.0613 0.7583 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052810 2 0.5117 -0.0250 0.020 0.612 0.008 0.352 0.008
#> SRR2052809 2 0.0324 0.7594 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052808 2 0.2491 0.7245 0.036 0.896 0.000 0.068 0.000
#> SRR2052807 5 0.5195 0.2591 0.048 0.000 0.000 0.388 0.564
#> SRR2052806 5 0.4446 0.4975 0.400 0.008 0.000 0.000 0.592
#> SRR2052805 5 0.4821 0.3512 0.464 0.020 0.000 0.000 0.516
#> SRR2052804 4 0.5057 0.5720 0.024 0.212 0.000 0.712 0.052
#> SRR2052803 5 0.4821 0.3512 0.464 0.020 0.000 0.000 0.516
#> SRR2052802 5 0.5230 0.2012 0.044 0.000 0.000 0.452 0.504
#> SRR2052801 5 0.1965 0.5831 0.052 0.000 0.000 0.024 0.924
#> SRR2052800 5 0.5230 0.2012 0.044 0.000 0.000 0.452 0.504
#> SRR2052799 5 0.1942 0.5925 0.068 0.000 0.000 0.012 0.920
#> SRR2052798 1 0.4068 0.6368 0.808 0.100 0.004 0.004 0.084
#> SRR2052797 2 0.0727 0.7607 0.004 0.980 0.004 0.012 0.000
#> SRR2052796 5 0.2304 0.6035 0.100 0.000 0.000 0.008 0.892
#> SRR2052795 1 0.3967 0.6386 0.808 0.100 0.000 0.004 0.088
#> SRR2052794 5 0.1740 0.5877 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932
#> SRR2052793 5 0.2763 0.6128 0.148 0.000 0.000 0.004 0.848
#> SRR2052792 4 0.5009 -0.3761 0.068 0.000 0.008 0.700 0.224
#> SRR2052791 5 0.3968 0.5766 0.276 0.004 0.000 0.004 0.716
#> SRR2052790 2 0.0486 0.7612 0.004 0.988 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052789 2 0.2723 0.6842 0.000 0.864 0.012 0.124 0.000
#> SRR2052788 2 0.3759 0.5481 0.000 0.764 0.016 0.220 0.000
#> SRR2052787 2 0.0613 0.7579 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052785 2 0.0703 0.7573 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2052784 2 0.1764 0.7354 0.000 0.928 0.008 0.064 0.000
#> SRR2052783 2 0.2305 0.7125 0.000 0.896 0.012 0.092 0.000
#> SRR2052782 2 0.0162 0.7599 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052781 2 0.0865 0.7585 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> SRR2052780 2 0.4251 0.3563 0.000 0.672 0.012 0.316 0.000
#> SRR2052777 2 0.0162 0.7599 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052779 2 0.0162 0.7599 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052778 2 0.4597 -0.0514 0.000 0.564 0.012 0.424 0.000
#> SRR2052776 2 0.0955 0.7573 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR2052775 2 0.4384 0.3266 0.000 0.660 0.016 0.324 0.000
#> SRR2052773 2 0.2522 0.6983 0.000 0.880 0.012 0.108 0.000
#> SRR2052772 2 0.3835 0.5132 0.000 0.744 0.012 0.244 0.000
#> SRR2052774 2 0.2522 0.6983 0.000 0.880 0.012 0.108 0.000
#> SRR2052771 5 0.6347 0.5240 0.212 0.008 0.000 0.216 0.564
#> SRR2052769 2 0.4184 0.4005 0.000 0.700 0.016 0.284 0.000
#> SRR2052770 2 0.4511 0.2282 0.000 0.628 0.016 0.356 0.000
#> SRR2052768 2 0.0833 0.7563 0.016 0.976 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052767 2 0.0613 0.7583 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052766 4 0.5643 0.6428 0.020 0.376 0.000 0.560 0.044
#> SRR2052765 2 0.1544 0.7376 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2052763 2 0.4564 0.1726 0.000 0.612 0.016 0.372 0.000
#> SRR2052764 2 0.0486 0.7584 0.004 0.988 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052761 2 0.5224 -0.1536 0.012 0.540 0.012 0.428 0.008
#> SRR2052760 2 0.0613 0.7579 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052759 2 0.4564 0.1726 0.000 0.612 0.016 0.372 0.000
#> SRR2052762 2 0.0898 0.7587 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052758 2 0.3115 0.6881 0.036 0.852 0.000 0.112 0.000
#> SRR2052756 4 0.6589 0.5434 0.156 0.384 0.004 0.452 0.004
#> SRR2052757 2 0.0290 0.7601 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052755 1 0.5184 0.3693 0.556 0.404 0.000 0.036 0.004
#> SRR2052754 5 0.3661 0.6049 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2052753 1 0.5425 0.2390 0.508 0.440 0.000 0.048 0.004
#> SRR2052752 1 0.6951 0.3082 0.568 0.064 0.000 0.168 0.200
#> SRR2052750 1 0.4114 0.6932 0.776 0.176 0.000 0.004 0.044
#> SRR2052751 2 0.1997 0.7418 0.036 0.924 0.000 0.040 0.000
#> SRR2052748 4 0.5269 0.3516 0.000 0.480 0.016 0.484 0.020
#> SRR2052747 1 0.5941 0.3421 0.544 0.124 0.000 0.000 0.332
#> SRR2052746 2 0.4564 0.1726 0.000 0.612 0.016 0.372 0.000
#> SRR2052745 2 0.5260 -0.2861 0.000 0.508 0.016 0.456 0.020
#> SRR2052744 1 0.4109 0.6805 0.768 0.192 0.004 0.000 0.036
#> SRR2052741 2 0.2604 0.6852 0.108 0.880 0.004 0.004 0.004
#> SRR2052743 2 0.2498 0.6942 0.100 0.888 0.004 0.004 0.004
#> SRR2052740 2 0.2604 0.6852 0.108 0.880 0.004 0.004 0.004
#> SRR2052742 2 0.3174 0.6592 0.132 0.844 0.000 0.020 0.004
#> SRR2052739 2 0.0324 0.7594 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052738 2 0.4588 0.1434 0.000 0.604 0.016 0.380 0.000
#> SRR2052736 2 0.2656 0.6756 0.112 0.876 0.004 0.004 0.004
#> SRR2052735 1 0.4442 0.5879 0.676 0.304 0.000 0.004 0.016
#> SRR2052734 1 0.4184 0.6700 0.772 0.176 0.004 0.000 0.048
#> SRR2052737 2 0.0162 0.7602 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052733 2 0.4564 0.1726 0.000 0.612 0.016 0.372 0.000
#> SRR2052732 2 0.1026 0.7534 0.024 0.968 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052731 2 0.4063 0.4437 0.000 0.708 0.012 0.280 0.000
#> SRR2052729 1 0.3887 0.6933 0.796 0.160 0.004 0.000 0.040
#> SRR2052728 1 0.4184 0.6700 0.772 0.176 0.004 0.000 0.048
#> SRR2052730 4 0.5714 0.7525 0.032 0.280 0.008 0.640 0.040
#> SRR2052727 1 0.4010 0.6915 0.784 0.160 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052725 2 0.4890 0.4610 0.224 0.708 0.000 0.060 0.008
#> SRR2052726 1 0.4462 0.5839 0.672 0.308 0.000 0.004 0.016
#> SRR2052724 1 0.6461 0.5549 0.644 0.128 0.000 0.128 0.100
#> SRR2052723 4 0.5225 0.4897 0.000 0.432 0.012 0.532 0.024
#> SRR2052722 2 0.3759 0.5481 0.000 0.764 0.016 0.220 0.000
#> SRR2052721 1 0.3731 0.6931 0.800 0.160 0.000 0.000 0.040
#> SRR2052720 2 0.0613 0.7579 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052719 2 0.0613 0.7579 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052718 1 0.5695 0.2608 0.500 0.432 0.000 0.060 0.008
#> SRR2052717 2 0.0898 0.7587 0.020 0.972 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052714 1 0.7270 0.3782 0.520 0.144 0.000 0.256 0.080
#> SRR2052716 2 0.5224 -0.1536 0.012 0.540 0.012 0.428 0.008
#> SRR2052715 2 0.4251 0.3568 0.000 0.672 0.012 0.316 0.000
#> SRR2052713 1 0.5836 0.2825 0.568 0.100 0.004 0.000 0.328
#> SRR2052712 4 0.5690 0.6334 0.036 0.212 0.008 0.684 0.060
#> SRR2052711 4 0.5624 0.5128 0.052 0.436 0.004 0.504 0.004
#> SRR2052710 2 0.0290 0.7601 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052707 2 0.3916 0.4937 0.000 0.732 0.012 0.256 0.000
#> SRR2052709 2 0.4213 0.3762 0.000 0.680 0.012 0.308 0.000
#> SRR2052704 2 0.4650 -0.2410 0.000 0.520 0.012 0.468 0.000
#> SRR2052705 2 0.1059 0.7604 0.008 0.968 0.004 0.020 0.000
#> SRR2052697 2 0.0932 0.7547 0.020 0.972 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052703 2 0.2574 0.6948 0.000 0.876 0.012 0.112 0.000
#> SRR2052696 1 0.4068 0.6368 0.808 0.100 0.004 0.004 0.084
#> SRR2052706 2 0.0727 0.7607 0.004 0.980 0.004 0.012 0.000
#> SRR2052695 2 0.0613 0.7579 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052694 2 0.0613 0.7579 0.008 0.984 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052692 2 0.4570 0.2918 0.004 0.648 0.016 0.332 0.000
#> SRR2052693 2 0.4618 0.2566 0.004 0.636 0.016 0.344 0.000
#> SRR2052691 2 0.5178 -0.2188 0.476 0.484 0.000 0.040 0.000
#> SRR2052690 2 0.2326 0.7170 0.072 0.908 0.004 0.012 0.004
#> SRR2052689 4 0.5693 0.7468 0.032 0.276 0.008 0.644 0.040
#> SRR2052687 4 0.5550 0.6454 0.020 0.412 0.008 0.540 0.020
#> SRR2052686 4 0.6589 0.5434 0.156 0.384 0.004 0.452 0.004
#> SRR2052688 2 0.0000 0.7598 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052684 4 0.6018 0.5415 0.080 0.204 0.012 0.668 0.036
#> SRR2052685 2 0.1830 0.7186 0.068 0.924 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052683 5 0.3730 0.6013 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2052681 4 0.5099 0.6346 0.012 0.420 0.004 0.552 0.012
#> SRR2052680 4 0.5620 0.7373 0.028 0.324 0.008 0.612 0.028
#> SRR2052682 2 0.3957 0.4288 0.280 0.712 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052679 1 0.3804 0.6911 0.796 0.160 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052678 2 0.4249 0.4004 0.000 0.688 0.016 0.296 0.000
#> SRR2052677 2 0.0451 0.7597 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052675 2 0.1948 0.7328 0.056 0.928 0.004 0.004 0.008
#> SRR2052676 1 0.5941 0.3421 0.544 0.124 0.000 0.000 0.332
#> SRR2052674 4 0.5810 0.7514 0.032 0.300 0.008 0.620 0.040
#> SRR2052672 2 0.4227 0.4097 0.000 0.692 0.016 0.292 0.000
#> SRR2052673 2 0.1948 0.7328 0.056 0.928 0.004 0.004 0.008
#> SRR2052671 2 0.0833 0.7557 0.016 0.976 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052670 2 0.3690 0.5448 0.000 0.764 0.012 0.224 0.000
#> SRR2052669 2 0.0740 0.7595 0.008 0.980 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052668 2 0.4512 0.3577 0.300 0.676 0.000 0.020 0.004
#> SRR2052667 2 0.0324 0.7609 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052666 3 0.0613 0.0000 0.004 0.004 0.984 0.008 0.000
#> SRR2052665 2 0.1918 0.7430 0.036 0.928 0.000 0.036 0.000
#> SRR2052664 5 0.7356 0.3729 0.280 0.036 0.000 0.248 0.436
#> SRR2052663 2 0.1864 0.7133 0.068 0.924 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052662 2 0.0727 0.7571 0.012 0.980 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052661 2 0.4764 -0.0323 0.436 0.548 0.000 0.012 0.004
#> SRR2052660 2 0.3866 0.5856 0.024 0.780 0.004 0.192 0.000
#> SRR2052659 2 0.4874 0.0801 0.000 0.588 0.016 0.388 0.008
#> SRR2052658 2 0.1739 0.7507 0.032 0.940 0.000 0.024 0.004
#> SRR2052657 1 0.3766 0.6482 0.828 0.104 0.000 0.012 0.056
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 2 0.0951 0.7825 0.008 0.968 0.020 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.1773 0.7690 0.036 0.932 0.016 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052700 2 0.4291 0.6227 0.016 0.756 0.160 0.004 0.000 0.064
#> SRR2052699 2 0.3478 0.7266 0.064 0.820 0.108 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052698 2 0.1267 0.7792 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052708 1 0.5544 0.5449 0.708 0.040 0.060 0.044 0.140 0.008
#> SRR2052749 1 0.4741 0.5306 0.724 0.040 0.012 0.036 0.188 0.000
#> SRR2052786 2 0.0603 0.7903 0.004 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052825 3 0.5578 -0.1672 0.000 0.076 0.504 0.012 0.008 0.400
#> SRR2052824 3 0.5573 0.0855 0.000 0.124 0.488 0.000 0.004 0.384
#> SRR2052823 2 0.1377 0.7846 0.016 0.952 0.024 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052822 2 0.1075 0.7823 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.1750 0.7889 0.008 0.928 0.056 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052820 3 0.4438 0.5650 0.012 0.332 0.636 0.000 0.004 0.016
#> SRR2052819 3 0.5395 0.5007 0.000 0.220 0.584 0.000 0.000 0.196
#> SRR2052818 2 0.2990 0.7214 0.004 0.844 0.124 0.004 0.000 0.024
#> SRR2052817 2 0.2854 0.6369 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052816 3 0.6157 0.1499 0.004 0.184 0.428 0.000 0.008 0.376
#> SRR2052815 3 0.5619 0.0383 0.000 0.116 0.484 0.000 0.008 0.392
#> SRR2052814 2 0.3360 0.4824 0.000 0.732 0.264 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052813 2 0.1007 0.7873 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0508 0.7869 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0862 0.7842 0.008 0.972 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052810 2 0.5805 -0.1340 0.000 0.488 0.300 0.000 0.000 0.212
#> SRR2052809 2 0.1010 0.7880 0.004 0.960 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052808 2 0.4013 0.6250 0.040 0.740 0.212 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052807 5 0.6498 -0.2497 0.004 0.000 0.068 0.360 0.464 0.104
#> SRR2052806 5 0.4843 0.5057 0.244 0.004 0.000 0.096 0.656 0.000
#> SRR2052805 5 0.5094 0.3906 0.336 0.000 0.000 0.096 0.568 0.000
#> SRR2052804 3 0.6833 -0.0929 0.004 0.076 0.572 0.200 0.036 0.112
#> SRR2052803 5 0.5094 0.3906 0.336 0.000 0.000 0.096 0.568 0.000
#> SRR2052802 5 0.6712 -0.3879 0.000 0.000 0.092 0.384 0.408 0.116
#> SRR2052801 5 0.2163 0.5353 0.004 0.000 0.000 0.096 0.892 0.008
#> SRR2052800 5 0.6712 -0.3879 0.000 0.000 0.092 0.384 0.408 0.116
#> SRR2052799 5 0.2315 0.5508 0.016 0.000 0.000 0.084 0.892 0.008
#> SRR2052798 1 0.4863 0.5933 0.760 0.048 0.040 0.060 0.092 0.000
#> SRR2052797 2 0.1225 0.7918 0.004 0.956 0.032 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052796 5 0.2476 0.5662 0.032 0.000 0.000 0.072 0.888 0.008
#> SRR2052795 1 0.4853 0.5950 0.760 0.048 0.040 0.056 0.096 0.000
#> SRR2052794 5 0.2174 0.5426 0.008 0.000 0.000 0.088 0.896 0.008
#> SRR2052793 5 0.2532 0.5827 0.060 0.000 0.000 0.052 0.884 0.004
#> SRR2052792 4 0.7272 0.0000 0.000 0.000 0.208 0.416 0.132 0.244
#> SRR2052791 5 0.4430 0.5432 0.132 0.000 0.016 0.108 0.744 0.000
#> SRR2052790 2 0.0713 0.7908 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052789 2 0.3198 0.5502 0.000 0.740 0.260 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 2 0.3717 0.1991 0.000 0.616 0.384 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.0858 0.7910 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052785 2 0.1765 0.7607 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052784 2 0.2527 0.6951 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.2969 0.6184 0.000 0.776 0.224 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.0632 0.7903 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.1858 0.7651 0.000 0.904 0.092 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052780 3 0.3867 0.2855 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.0790 0.7879 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.0632 0.7903 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.3728 0.5584 0.000 0.344 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052776 2 0.1910 0.7561 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.3866 0.3268 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052773 2 0.3076 0.5866 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052772 2 0.3797 0.0657 0.000 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 2 0.3198 0.5545 0.000 0.740 0.260 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052771 5 0.6328 0.4215 0.100 0.000 0.080 0.184 0.612 0.024
#> SRR2052769 2 0.5079 -0.1110 0.000 0.536 0.380 0.000 0.000 0.084
#> SRR2052770 3 0.3804 0.4487 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.1088 0.7799 0.016 0.960 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0951 0.7825 0.008 0.968 0.020 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052766 3 0.6462 0.4154 0.000 0.180 0.604 0.092 0.028 0.096
#> SRR2052765 2 0.2772 0.7447 0.000 0.864 0.092 0.004 0.000 0.040
#> SRR2052763 3 0.3774 0.4791 0.000 0.408 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.1429 0.7818 0.004 0.940 0.052 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.4421 0.5550 0.012 0.352 0.620 0.000 0.004 0.012
#> SRR2052760 2 0.0405 0.7867 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.3765 0.4831 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.1370 0.7888 0.012 0.948 0.036 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052758 2 0.4013 0.5595 0.040 0.728 0.228 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052756 3 0.7318 0.3544 0.148 0.252 0.432 0.004 0.000 0.164
#> SRR2052757 2 0.1267 0.7792 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052755 1 0.5825 0.4996 0.580 0.292 0.096 0.016 0.008 0.008
#> SRR2052754 5 0.3517 0.5751 0.204 0.000 0.000 0.012 0.772 0.012
#> SRR2052753 1 0.6143 0.4298 0.536 0.308 0.124 0.012 0.008 0.012
#> SRR2052752 1 0.6967 0.2778 0.532 0.016 0.108 0.096 0.240 0.008
#> SRR2052750 1 0.3069 0.6504 0.856 0.096 0.012 0.008 0.028 0.000
#> SRR2052751 2 0.3527 0.6771 0.040 0.792 0.164 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052748 3 0.4626 0.5889 0.000 0.288 0.664 0.016 0.016 0.016
#> SRR2052747 1 0.6750 0.1834 0.468 0.072 0.012 0.112 0.336 0.000
#> SRR2052746 3 0.3765 0.4831 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.4113 0.5799 0.000 0.308 0.668 0.000 0.016 0.008
#> SRR2052744 1 0.3315 0.6419 0.836 0.116 0.016 0.024 0.008 0.000
#> SRR2052741 2 0.3269 0.7099 0.104 0.840 0.040 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052743 2 0.3174 0.7223 0.096 0.848 0.040 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052740 2 0.3269 0.7099 0.104 0.840 0.040 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052742 2 0.4104 0.6750 0.132 0.772 0.080 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052739 2 0.0291 0.7890 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.3890 0.4902 0.000 0.400 0.596 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052736 2 0.3150 0.7117 0.112 0.840 0.036 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.4780 0.5519 0.696 0.236 0.020 0.032 0.004 0.012
#> SRR2052734 1 0.4612 0.6221 0.764 0.108 0.028 0.080 0.020 0.000
#> SRR2052737 2 0.0632 0.7916 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.3774 0.4791 0.000 0.408 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052732 2 0.1534 0.7811 0.016 0.944 0.032 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052731 2 0.3847 -0.0985 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.2857 0.6481 0.872 0.084 0.012 0.012 0.020 0.000
#> SRR2052728 1 0.4612 0.6221 0.764 0.108 0.028 0.080 0.020 0.000
#> SRR2052730 3 0.5872 0.1341 0.000 0.136 0.480 0.004 0.008 0.372
#> SRR2052727 1 0.2871 0.6435 0.868 0.080 0.008 0.004 0.040 0.000
#> SRR2052725 2 0.5818 0.4043 0.232 0.624 0.092 0.024 0.000 0.028
#> SRR2052726 1 0.4881 0.5473 0.688 0.240 0.024 0.032 0.004 0.012
#> SRR2052724 1 0.6635 0.4964 0.628 0.044 0.088 0.096 0.132 0.012
#> SRR2052723 3 0.5112 0.5774 0.000 0.244 0.668 0.048 0.020 0.020
#> SRR2052722 2 0.3756 0.1549 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.2918 0.6504 0.868 0.084 0.012 0.008 0.028 0.000
#> SRR2052720 2 0.0603 0.7893 0.004 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.0291 0.7877 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052718 1 0.6284 0.4401 0.536 0.288 0.140 0.016 0.008 0.012
#> SRR2052717 2 0.1370 0.7888 0.012 0.948 0.036 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052714 1 0.7985 0.3425 0.496 0.060 0.176 0.128 0.112 0.028
#> SRR2052716 3 0.4421 0.5550 0.012 0.352 0.620 0.000 0.004 0.012
#> SRR2052715 3 0.3866 0.2954 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.5991 0.1975 0.508 0.056 0.008 0.056 0.372 0.000
#> SRR2052712 3 0.6547 -0.2580 0.000 0.076 0.484 0.060 0.024 0.356
#> SRR2052711 3 0.6526 0.4649 0.052 0.288 0.484 0.000 0.000 0.176
#> SRR2052710 2 0.1204 0.7801 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052707 2 0.3843 -0.0649 0.000 0.548 0.452 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.3868 0.2560 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.3512 0.5949 0.000 0.272 0.720 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052705 2 0.2149 0.7631 0.004 0.888 0.104 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052697 2 0.1232 0.7858 0.016 0.956 0.024 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052703 2 0.3198 0.5547 0.000 0.740 0.260 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.4863 0.5933 0.760 0.048 0.040 0.060 0.092 0.000
#> SRR2052706 2 0.1699 0.7791 0.004 0.928 0.060 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052695 2 0.0405 0.7893 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0405 0.7867 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.3966 0.4046 0.004 0.444 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.3961 0.4172 0.004 0.440 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052691 1 0.5958 0.3664 0.508 0.352 0.116 0.012 0.000 0.012
#> SRR2052690 2 0.3307 0.7353 0.076 0.840 0.072 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052689 3 0.5554 0.0035 0.000 0.108 0.492 0.000 0.008 0.392
#> SRR2052687 3 0.6061 0.3469 0.000 0.284 0.408 0.000 0.000 0.308
#> SRR2052686 3 0.7318 0.3544 0.148 0.252 0.432 0.004 0.000 0.164
#> SRR2052688 2 0.0260 0.7893 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052684 3 0.6567 0.0765 0.076 0.068 0.636 0.156 0.032 0.032
#> SRR2052685 2 0.2568 0.7442 0.036 0.888 0.060 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052683 5 0.3632 0.5692 0.220 0.000 0.000 0.012 0.756 0.012
#> SRR2052681 3 0.6247 0.3044 0.004 0.248 0.472 0.004 0.004 0.268
#> SRR2052680 3 0.5878 0.1968 0.000 0.160 0.492 0.004 0.004 0.340
#> SRR2052682 2 0.5391 0.3851 0.272 0.628 0.056 0.036 0.000 0.008
#> SRR2052679 1 0.2527 0.6474 0.880 0.084 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR2052678 2 0.3862 -0.1951 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.1542 0.7908 0.008 0.936 0.052 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.2183 0.7565 0.040 0.912 0.028 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.6750 0.1834 0.468 0.072 0.012 0.112 0.336 0.000
#> SRR2052674 3 0.5765 0.1244 0.000 0.140 0.484 0.000 0.008 0.368
#> SRR2052672 2 0.3866 -0.2074 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.2183 0.7565 0.040 0.912 0.028 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0806 0.7857 0.008 0.972 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052670 2 0.3737 0.1775 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.0692 0.7908 0.004 0.976 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.5872 0.2183 0.320 0.540 0.116 0.016 0.000 0.008
#> SRR2052667 2 0.1219 0.7843 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052666 6 0.4730 0.0000 0.040 0.000 0.008 0.364 0.000 0.588
#> SRR2052665 2 0.3264 0.7006 0.040 0.820 0.136 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052664 5 0.7655 0.1674 0.236 0.000 0.148 0.076 0.464 0.076
#> SRR2052663 2 0.2313 0.7385 0.036 0.904 0.044 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0717 0.7853 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.5979 0.2855 0.468 0.412 0.084 0.024 0.000 0.012
#> SRR2052660 2 0.4423 0.2073 0.028 0.608 0.360 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052659 3 0.4109 0.5057 0.000 0.392 0.596 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052658 2 0.3010 0.7468 0.032 0.848 0.112 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052657 1 0.4212 0.6138 0.804 0.052 0.024 0.028 0.088 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.761 0.890 0.952 0.4120 0.596 0.596
#> 3 3 0.488 0.736 0.822 0.4164 0.807 0.684
#> 4 4 0.519 0.553 0.725 0.1881 0.719 0.443
#> 5 5 0.630 0.674 0.799 0.0966 0.879 0.630
#> 6 6 0.671 0.581 0.755 0.0531 0.940 0.763
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052700 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052699 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052698 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052825 2 0.9686 0.367 0.396 0.604
#> SRR2052824 2 0.8661 0.604 0.288 0.712
#> SRR2052823 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052820 2 0.7219 0.737 0.200 0.800
#> SRR2052819 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052818 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052817 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052816 2 0.8661 0.604 0.288 0.712
#> SRR2052815 2 0.8661 0.604 0.288 0.712
#> SRR2052814 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052810 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052809 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052807 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> SRR2052803 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> SRR2052791 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052769 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052770 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052766 2 0.9552 0.418 0.376 0.624
#> SRR2052765 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052763 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052761 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> SRR2052757 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.4939 0.848 0.892 0.108
#> SRR2052754 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0376 0.923 0.996 0.004
#> SRR2052751 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052748 2 0.8813 0.582 0.300 0.700
#> SRR2052747 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.7139 0.742 0.196 0.804
#> SRR2052744 1 0.7299 0.752 0.796 0.204
#> SRR2052741 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052739 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052738 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052735 1 0.9460 0.496 0.636 0.364
#> SRR2052734 1 0.9460 0.496 0.636 0.364
#> SRR2052737 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052732 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052731 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.7219 0.756 0.800 0.200
#> SRR2052730 2 0.9998 0.053 0.492 0.508
#> SRR2052727 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052726 1 0.9460 0.496 0.636 0.364
#> SRR2052724 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052723 2 0.9710 0.356 0.400 0.600
#> SRR2052722 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0376 0.923 0.996 0.004
#> SRR2052720 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052718 1 0.8499 0.656 0.724 0.276
#> SRR2052717 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052714 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052716 2 0.8443 0.631 0.272 0.728
#> SRR2052715 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.8443 0.627 0.728 0.272
#> SRR2052711 2 0.8763 0.590 0.296 0.704
#> SRR2052710 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052707 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.7219 0.737 0.200 0.800
#> SRR2052705 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052703 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052691 2 0.2778 0.909 0.048 0.952
#> SRR2052690 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052689 2 0.8661 0.604 0.288 0.712
#> SRR2052687 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052686 2 0.4939 0.850 0.108 0.892
#> SRR2052688 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052684 1 0.7219 0.744 0.800 0.200
#> SRR2052685 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052681 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052680 2 0.8661 0.604 0.288 0.712
#> SRR2052682 2 0.6712 0.747 0.176 0.824
#> SRR2052679 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052676 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052672 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052661 1 0.7376 0.747 0.792 0.208
#> SRR2052660 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.955 0.000 1.000
#> SRR2052657 1 0.0000 0.925 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.1877 0.813 0.012 0.956 0.032
#> SRR2052701 2 0.2339 0.802 0.012 0.940 0.048
#> SRR2052700 2 0.6079 0.362 0.000 0.612 0.388
#> SRR2052699 2 0.5508 0.723 0.028 0.784 0.188
#> SRR2052698 2 0.4842 0.755 0.000 0.776 0.224
#> SRR2052708 1 0.1163 0.830 0.972 0.000 0.028
#> SRR2052749 1 0.1163 0.830 0.972 0.000 0.028
#> SRR2052786 2 0.1015 0.821 0.012 0.980 0.008
#> SRR2052825 3 0.4349 0.786 0.020 0.128 0.852
#> SRR2052824 3 0.4172 0.800 0.004 0.156 0.840
#> SRR2052823 2 0.1999 0.811 0.012 0.952 0.036
#> SRR2052822 2 0.1860 0.824 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052821 2 0.1643 0.825 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052820 3 0.5115 0.762 0.004 0.228 0.768
#> SRR2052819 3 0.5431 0.706 0.000 0.284 0.716
#> SRR2052818 2 0.2261 0.824 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052817 2 0.4796 0.758 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052816 3 0.5115 0.742 0.004 0.228 0.768
#> SRR2052815 3 0.4575 0.797 0.004 0.184 0.812
#> SRR2052814 2 0.3267 0.807 0.000 0.884 0.116
#> SRR2052813 2 0.0747 0.825 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052812 2 0.1751 0.813 0.012 0.960 0.028
#> SRR2052811 2 0.1877 0.813 0.012 0.956 0.032
#> SRR2052810 3 0.5968 0.614 0.000 0.364 0.636
#> SRR2052809 2 0.2796 0.815 0.000 0.908 0.092
#> SRR2052808 2 0.6008 0.516 0.000 0.628 0.372
#> SRR2052807 3 0.5591 0.232 0.304 0.000 0.696
#> SRR2052806 1 0.2625 0.819 0.916 0.000 0.084
#> SRR2052805 1 0.2625 0.819 0.916 0.000 0.084
#> SRR2052804 3 0.5119 0.592 0.160 0.028 0.812
#> SRR2052803 1 0.2625 0.819 0.916 0.000 0.084
#> SRR2052802 3 0.4346 0.524 0.184 0.000 0.816
#> SRR2052801 1 0.5988 0.535 0.632 0.000 0.368
#> SRR2052800 3 0.4521 0.532 0.180 0.004 0.816
#> SRR2052799 1 0.5254 0.684 0.736 0.000 0.264
#> SRR2052798 1 0.0237 0.830 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052797 2 0.1289 0.826 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052796 1 0.4235 0.771 0.824 0.000 0.176
#> SRR2052795 1 0.1163 0.830 0.972 0.000 0.028
#> SRR2052794 1 0.6079 0.500 0.612 0.000 0.388
#> SRR2052793 1 0.4178 0.774 0.828 0.000 0.172
#> SRR2052792 3 0.5355 0.599 0.160 0.036 0.804
#> SRR2052791 1 0.4178 0.773 0.828 0.000 0.172
#> SRR2052790 2 0.1163 0.826 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052789 2 0.4605 0.769 0.000 0.796 0.204
#> SRR2052788 2 0.4750 0.761 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052787 2 0.0848 0.824 0.008 0.984 0.008
#> SRR2052785 2 0.4796 0.758 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052784 2 0.2711 0.815 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052783 2 0.4702 0.764 0.000 0.788 0.212
#> SRR2052782 2 0.0892 0.826 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052781 2 0.4346 0.781 0.000 0.816 0.184
#> SRR2052780 2 0.3551 0.802 0.000 0.868 0.132
#> SRR2052777 2 0.0592 0.825 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052779 2 0.0892 0.826 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052778 3 0.5431 0.705 0.000 0.284 0.716
#> SRR2052776 2 0.3192 0.808 0.000 0.888 0.112
#> SRR2052775 2 0.4842 0.755 0.000 0.776 0.224
#> SRR2052773 2 0.3551 0.803 0.000 0.868 0.132
#> SRR2052772 2 0.4931 0.747 0.000 0.768 0.232
#> SRR2052774 2 0.4750 0.761 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052771 1 0.6168 0.455 0.588 0.000 0.412
#> SRR2052769 2 0.3941 0.796 0.000 0.844 0.156
#> SRR2052770 3 0.5678 0.646 0.000 0.316 0.684
#> SRR2052768 2 0.1751 0.813 0.012 0.960 0.028
#> SRR2052767 2 0.1751 0.813 0.012 0.960 0.028
#> SRR2052766 3 0.4033 0.790 0.008 0.136 0.856
#> SRR2052765 2 0.2878 0.815 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052763 2 0.4178 0.786 0.000 0.828 0.172
#> SRR2052764 2 0.1877 0.813 0.012 0.956 0.032
#> SRR2052761 2 0.4346 0.788 0.000 0.816 0.184
#> SRR2052760 2 0.1482 0.815 0.012 0.968 0.020
#> SRR2052759 2 0.5058 0.734 0.000 0.756 0.244
#> SRR2052762 2 0.1832 0.811 0.008 0.956 0.036
#> SRR2052758 2 0.4750 0.762 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052756 1 0.8168 0.528 0.612 0.108 0.280
#> SRR2052757 2 0.4796 0.759 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052755 1 0.5481 0.768 0.816 0.076 0.108
#> SRR2052754 1 0.3619 0.795 0.864 0.000 0.136
#> SRR2052753 1 0.5042 0.780 0.836 0.060 0.104
#> SRR2052752 1 0.2711 0.819 0.912 0.000 0.088
#> SRR2052750 1 0.5137 0.778 0.832 0.064 0.104
#> SRR2052751 2 0.4291 0.793 0.000 0.820 0.180
#> SRR2052748 3 0.4409 0.800 0.004 0.172 0.824
#> SRR2052747 1 0.1163 0.830 0.972 0.000 0.028
#> SRR2052746 2 0.4931 0.747 0.000 0.768 0.232
#> SRR2052745 3 0.5754 0.690 0.004 0.296 0.700
#> SRR2052744 1 0.4295 0.779 0.864 0.104 0.032
#> SRR2052741 2 0.3310 0.776 0.028 0.908 0.064
#> SRR2052743 2 0.2229 0.804 0.012 0.944 0.044
#> SRR2052740 2 0.3310 0.776 0.028 0.908 0.064
#> SRR2052742 2 0.3846 0.807 0.016 0.876 0.108
#> SRR2052739 2 0.0829 0.824 0.004 0.984 0.012
#> SRR2052738 2 0.5058 0.734 0.000 0.756 0.244
#> SRR2052736 2 0.4094 0.745 0.028 0.872 0.100
#> SRR2052735 1 0.6317 0.730 0.772 0.124 0.104
#> SRR2052734 1 0.5138 0.755 0.828 0.120 0.052
#> SRR2052737 2 0.0661 0.824 0.004 0.988 0.008
#> SRR2052733 3 0.5591 0.672 0.000 0.304 0.696
#> SRR2052732 2 0.1877 0.813 0.012 0.956 0.032
#> SRR2052731 2 0.4796 0.758 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052729 1 0.1015 0.828 0.980 0.012 0.008
#> SRR2052728 1 0.4295 0.779 0.864 0.104 0.032
#> SRR2052730 3 0.4136 0.779 0.020 0.116 0.864
#> SRR2052727 1 0.1337 0.826 0.972 0.012 0.016
#> SRR2052725 2 0.5402 0.678 0.028 0.792 0.180
#> SRR2052726 1 0.6460 0.725 0.764 0.124 0.112
#> SRR2052724 1 0.3038 0.814 0.896 0.000 0.104
#> SRR2052723 3 0.3896 0.787 0.008 0.128 0.864
#> SRR2052722 2 0.4931 0.747 0.000 0.768 0.232
#> SRR2052721 1 0.3337 0.804 0.908 0.060 0.032
#> SRR2052720 2 0.0829 0.820 0.012 0.984 0.004
#> SRR2052719 2 0.1337 0.820 0.012 0.972 0.016
#> SRR2052718 1 0.6597 0.719 0.756 0.124 0.120
#> SRR2052717 2 0.1999 0.809 0.012 0.952 0.036
#> SRR2052714 3 0.6298 0.076 0.388 0.004 0.608
#> SRR2052716 3 0.4883 0.781 0.004 0.208 0.788
#> SRR2052715 2 0.5058 0.734 0.000 0.756 0.244
#> SRR2052713 1 0.1163 0.830 0.972 0.000 0.028
#> SRR2052712 3 0.5117 0.664 0.108 0.060 0.832
#> SRR2052711 3 0.5728 0.698 0.032 0.196 0.772
#> SRR2052710 2 0.4796 0.759 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052707 2 0.4931 0.747 0.000 0.768 0.232
#> SRR2052709 2 0.4750 0.761 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052704 3 0.4978 0.781 0.004 0.216 0.780
#> SRR2052705 2 0.1620 0.815 0.012 0.964 0.024
#> SRR2052697 2 0.3499 0.772 0.028 0.900 0.072
#> SRR2052703 2 0.4796 0.758 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052696 1 0.1163 0.830 0.972 0.000 0.028
#> SRR2052706 2 0.3192 0.810 0.000 0.888 0.112
#> SRR2052695 2 0.0424 0.825 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052694 2 0.0829 0.820 0.012 0.984 0.004
#> SRR2052692 2 0.5016 0.738 0.000 0.760 0.240
#> SRR2052693 2 0.4974 0.744 0.000 0.764 0.236
#> SRR2052691 1 0.8830 0.249 0.468 0.416 0.116
#> SRR2052690 2 0.4249 0.737 0.028 0.864 0.108
#> SRR2052689 3 0.4733 0.791 0.004 0.196 0.800
#> SRR2052687 3 0.5178 0.738 0.000 0.256 0.744
#> SRR2052686 2 0.9999 -0.285 0.328 0.340 0.332
#> SRR2052688 2 0.0829 0.824 0.004 0.984 0.012
#> SRR2052684 3 0.5239 0.595 0.160 0.032 0.808
#> SRR2052685 2 0.3530 0.771 0.032 0.900 0.068
#> SRR2052683 1 0.2261 0.824 0.932 0.000 0.068
#> SRR2052681 2 0.6307 0.156 0.000 0.512 0.488
#> SRR2052680 3 0.4110 0.799 0.004 0.152 0.844
#> SRR2052682 2 0.7044 0.541 0.168 0.724 0.108
#> SRR2052679 1 0.0829 0.829 0.984 0.012 0.004
#> SRR2052678 2 0.4796 0.758 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052677 2 0.0747 0.825 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052675 2 0.3406 0.774 0.028 0.904 0.068
#> SRR2052676 1 0.1015 0.830 0.980 0.012 0.008
#> SRR2052674 2 0.6305 0.123 0.000 0.516 0.484
#> SRR2052672 2 0.4842 0.755 0.000 0.776 0.224
#> SRR2052673 2 0.3406 0.774 0.028 0.904 0.068
#> SRR2052671 2 0.2116 0.807 0.012 0.948 0.040
#> SRR2052670 2 0.4750 0.761 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052669 2 0.0829 0.822 0.012 0.984 0.004
#> SRR2052668 2 0.3678 0.768 0.028 0.892 0.080
#> SRR2052667 2 0.1877 0.826 0.012 0.956 0.032
#> SRR2052666 2 0.4796 0.765 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052665 2 0.2446 0.803 0.012 0.936 0.052
#> SRR2052664 1 0.6307 0.278 0.512 0.000 0.488
#> SRR2052663 2 0.3370 0.776 0.024 0.904 0.072
#> SRR2052662 2 0.1620 0.814 0.012 0.964 0.024
#> SRR2052661 1 0.6949 0.688 0.732 0.156 0.112
#> SRR2052660 2 0.4931 0.747 0.000 0.768 0.232
#> SRR2052659 2 0.5397 0.705 0.000 0.720 0.280
#> SRR2052658 2 0.3120 0.810 0.012 0.908 0.080
#> SRR2052657 1 0.1031 0.830 0.976 0.000 0.024
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.1356 0.8125 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR2052701 2 0.2297 0.8078 0.024 0.932 0.012 0.032
#> SRR2052700 3 0.6640 0.2771 0.000 0.352 0.552 0.096
#> SRR2052699 3 0.8137 0.2898 0.040 0.340 0.476 0.144
#> SRR2052698 3 0.4888 0.5464 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR2052708 1 0.1557 0.7299 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052749 1 0.1389 0.7282 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052786 2 0.1474 0.8172 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR2052825 3 0.4998 -0.3311 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR2052824 3 0.5097 -0.2141 0.000 0.004 0.568 0.428
#> SRR2052823 2 0.1722 0.8051 0.000 0.944 0.048 0.008
#> SRR2052822 2 0.4605 0.2617 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR2052821 2 0.1792 0.8028 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR2052820 3 0.2399 0.5121 0.000 0.048 0.920 0.032
#> SRR2052819 3 0.4635 0.4689 0.000 0.080 0.796 0.124
#> SRR2052818 2 0.3659 0.6998 0.000 0.840 0.136 0.024
#> SRR2052817 3 0.4888 0.5464 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR2052816 3 0.5799 0.1325 0.000 0.068 0.668 0.264
#> SRR2052815 3 0.5105 -0.2233 0.000 0.004 0.564 0.432
#> SRR2052814 2 0.4830 -0.0175 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR2052813 2 0.1867 0.8046 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR2052812 2 0.0188 0.8233 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052811 2 0.1356 0.8125 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR2052810 3 0.6436 0.3324 0.000 0.292 0.608 0.100
#> SRR2052809 2 0.3266 0.6841 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR2052808 3 0.4244 0.6139 0.000 0.168 0.800 0.032
#> SRR2052807 4 0.3793 0.5516 0.044 0.000 0.112 0.844
#> SRR2052806 1 0.4776 0.2364 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR2052805 1 0.4790 0.2262 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR2052804 4 0.5158 0.3525 0.004 0.000 0.472 0.524
#> SRR2052803 1 0.4790 0.2262 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR2052802 4 0.3718 0.5547 0.012 0.000 0.168 0.820
#> SRR2052801 4 0.4973 0.4638 0.348 0.000 0.008 0.644
#> SRR2052800 4 0.4019 0.5516 0.012 0.000 0.196 0.792
#> SRR2052799 4 0.4973 0.4638 0.348 0.000 0.008 0.644
#> SRR2052798 1 0.0707 0.7411 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052797 2 0.1389 0.8116 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR2052796 4 0.4972 0.2800 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR2052795 1 0.1389 0.7282 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052794 4 0.4973 0.4638 0.348 0.000 0.008 0.644
#> SRR2052793 4 0.4972 0.2800 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR2052792 4 0.5268 0.4609 0.012 0.000 0.396 0.592
#> SRR2052791 4 0.4972 0.2800 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR2052790 2 0.2216 0.7866 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR2052789 3 0.4916 0.5299 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR2052788 3 0.4898 0.5420 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR2052787 2 0.1940 0.8025 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR2052785 3 0.4843 0.5688 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR2052784 2 0.4925 -0.1322 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR2052783 3 0.4907 0.5362 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR2052782 2 0.1867 0.8046 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR2052781 3 0.4933 0.5161 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR2052780 3 0.4994 0.4170 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR2052777 2 0.2011 0.7980 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR2052779 2 0.1867 0.8046 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR2052778 3 0.2773 0.5394 0.000 0.072 0.900 0.028
#> SRR2052776 2 0.5000 -0.3617 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR2052775 3 0.4564 0.6228 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR2052773 3 0.4985 0.4393 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR2052772 3 0.4624 0.6168 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR2052774 3 0.4907 0.5362 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR2052771 4 0.5090 0.4791 0.324 0.000 0.016 0.660
#> SRR2052769 3 0.4792 0.5762 0.000 0.312 0.680 0.008
#> SRR2052770 3 0.2973 0.5678 0.000 0.096 0.884 0.020
#> SRR2052768 2 0.0188 0.8233 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052767 2 0.0657 0.8214 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2052766 3 0.5250 -0.2366 0.000 0.008 0.552 0.440
#> SRR2052765 2 0.2179 0.8073 0.000 0.924 0.064 0.012
#> SRR2052763 3 0.4605 0.6081 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR2052764 2 0.1356 0.8125 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR2052761 3 0.4360 0.6292 0.000 0.248 0.744 0.008
#> SRR2052760 2 0.0817 0.8231 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2052759 3 0.4222 0.6347 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR2052762 2 0.2198 0.8142 0.000 0.920 0.072 0.008
#> SRR2052758 3 0.4661 0.6122 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR2052756 1 0.6035 0.6147 0.700 0.028 0.052 0.220
#> SRR2052757 3 0.4888 0.5464 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR2052755 1 0.4931 0.6978 0.792 0.028 0.036 0.144
#> SRR2052754 4 0.4981 0.2609 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR2052753 1 0.4830 0.7020 0.800 0.028 0.036 0.136
#> SRR2052752 1 0.4103 0.4972 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2052750 1 0.4830 0.7020 0.800 0.028 0.036 0.136
#> SRR2052751 3 0.5600 0.5385 0.000 0.376 0.596 0.028
#> SRR2052748 3 0.4706 0.2164 0.000 0.020 0.732 0.248
#> SRR2052747 1 0.2011 0.7071 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052746 3 0.4477 0.6281 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR2052745 3 0.3367 0.5721 0.000 0.108 0.864 0.028
#> SRR2052744 1 0.2060 0.7444 0.932 0.016 0.000 0.052
#> SRR2052741 2 0.5223 0.7267 0.048 0.796 0.068 0.088
#> SRR2052743 2 0.2335 0.8132 0.000 0.920 0.060 0.020
#> SRR2052740 2 0.4844 0.7351 0.040 0.816 0.060 0.084
#> SRR2052742 3 0.6480 0.4794 0.008 0.368 0.564 0.060
#> SRR2052739 2 0.0707 0.8220 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052738 3 0.4431 0.6302 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR2052736 2 0.5570 0.7009 0.052 0.772 0.060 0.116
#> SRR2052735 1 0.5501 0.6806 0.768 0.060 0.036 0.136
#> SRR2052734 1 0.3567 0.7238 0.868 0.052 0.004 0.076
#> SRR2052737 2 0.1474 0.8160 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR2052733 3 0.3099 0.5745 0.000 0.104 0.876 0.020
#> SRR2052732 2 0.3211 0.7749 0.012 0.892 0.056 0.040
#> SRR2052731 3 0.4830 0.5741 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR2052729 1 0.0188 0.7453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052728 1 0.1610 0.7463 0.952 0.016 0.000 0.032
#> SRR2052730 3 0.4992 -0.3047 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR2052727 1 0.0188 0.7453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052725 2 0.7112 0.5568 0.052 0.660 0.140 0.148
#> SRR2052726 1 0.5738 0.6671 0.748 0.060 0.036 0.156
#> SRR2052724 1 0.4370 0.7126 0.800 0.000 0.044 0.156
#> SRR2052723 3 0.5152 0.0948 0.000 0.020 0.664 0.316
#> SRR2052722 3 0.4661 0.6117 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR2052721 1 0.1938 0.7452 0.936 0.012 0.000 0.052
#> SRR2052720 2 0.1474 0.8160 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR2052719 2 0.0469 0.8229 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052718 1 0.5984 0.6531 0.732 0.064 0.040 0.164
#> SRR2052717 2 0.2048 0.8152 0.000 0.928 0.064 0.008
#> SRR2052714 1 0.7586 -0.0320 0.416 0.000 0.196 0.388
#> SRR2052716 3 0.3399 0.4492 0.000 0.040 0.868 0.092
#> SRR2052715 3 0.4222 0.6350 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR2052713 1 0.1637 0.7215 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052712 4 0.5163 0.3371 0.004 0.000 0.480 0.516
#> SRR2052711 3 0.6462 0.2426 0.024 0.060 0.644 0.272
#> SRR2052710 3 0.4866 0.5554 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR2052707 3 0.4679 0.6092 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR2052709 3 0.4907 0.5389 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR2052704 3 0.3205 0.4367 0.000 0.024 0.872 0.104
#> SRR2052705 2 0.1118 0.8207 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2052697 2 0.5064 0.6968 0.048 0.804 0.056 0.092
#> SRR2052703 3 0.4697 0.6065 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR2052696 1 0.1389 0.7282 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052706 2 0.2255 0.8051 0.000 0.920 0.068 0.012
#> SRR2052695 2 0.1557 0.8146 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052694 2 0.1302 0.8190 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2052692 3 0.4222 0.6350 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR2052693 3 0.4431 0.6312 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR2052691 1 0.6791 0.5893 0.688 0.128 0.052 0.132
#> SRR2052690 2 0.5017 0.7277 0.012 0.788 0.076 0.124
#> SRR2052689 3 0.5080 -0.2008 0.000 0.004 0.576 0.420
#> SRR2052687 3 0.3539 0.3300 0.000 0.004 0.820 0.176
#> SRR2052686 1 0.8774 0.3825 0.512 0.140 0.132 0.216
#> SRR2052688 2 0.0707 0.8223 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052684 4 0.5399 0.3640 0.012 0.000 0.468 0.520
#> SRR2052685 2 0.3487 0.7631 0.016 0.880 0.040 0.064
#> SRR2052683 1 0.4406 0.3989 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR2052681 3 0.6071 0.4839 0.000 0.144 0.684 0.172
#> SRR2052680 3 0.4933 -0.2231 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR2052682 2 0.7329 0.3684 0.252 0.604 0.040 0.104
#> SRR2052679 1 0.0188 0.7453 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052678 3 0.4817 0.5786 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR2052677 2 0.2281 0.7832 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR2052675 2 0.4213 0.7313 0.040 0.848 0.036 0.076
#> SRR2052676 1 0.0707 0.7424 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052674 3 0.4673 0.5098 0.000 0.132 0.792 0.076
#> SRR2052672 3 0.4746 0.5965 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR2052673 2 0.4640 0.7145 0.052 0.828 0.044 0.076
#> SRR2052671 2 0.1388 0.8126 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR2052670 3 0.4888 0.5465 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR2052669 2 0.1716 0.8107 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052668 2 0.7797 0.1561 0.048 0.496 0.364 0.092
#> SRR2052667 2 0.3873 0.5749 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR2052666 3 0.5548 0.5639 0.000 0.388 0.588 0.024
#> SRR2052665 2 0.5552 0.5505 0.004 0.700 0.244 0.052
#> SRR2052664 4 0.5742 0.3784 0.300 0.000 0.052 0.648
#> SRR2052663 2 0.3781 0.7520 0.012 0.864 0.064 0.060
#> SRR2052662 2 0.1022 0.8214 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2052661 1 0.5450 0.6833 0.772 0.060 0.036 0.132
#> SRR2052660 3 0.4605 0.6187 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR2052659 3 0.4277 0.6289 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR2052658 3 0.5931 0.3283 0.000 0.460 0.504 0.036
#> SRR2052657 1 0.1211 0.7357 0.960 0.000 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.3120 0.7754 0.000 0.864 0.048 0.084 0.004
#> SRR2052701 2 0.2901 0.7916 0.044 0.888 0.048 0.020 0.000
#> SRR2052700 4 0.5247 0.5758 0.008 0.228 0.072 0.688 0.004
#> SRR2052699 3 0.7612 0.3129 0.224 0.180 0.504 0.088 0.004
#> SRR2052698 3 0.1710 0.8202 0.004 0.040 0.940 0.016 0.000
#> SRR2052708 1 0.3427 0.7720 0.796 0.000 0.000 0.012 0.192
#> SRR2052749 1 0.3388 0.7653 0.792 0.000 0.000 0.008 0.200
#> SRR2052786 2 0.3461 0.7860 0.004 0.772 0.224 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.3905 0.6991 0.000 0.032 0.064 0.832 0.072
#> SRR2052824 4 0.4461 0.7219 0.000 0.032 0.108 0.792 0.068
#> SRR2052823 2 0.2952 0.7723 0.000 0.872 0.036 0.088 0.004
#> SRR2052822 3 0.4165 0.4194 0.000 0.320 0.672 0.008 0.000
#> SRR2052821 2 0.4234 0.7925 0.004 0.792 0.128 0.072 0.004
#> SRR2052820 3 0.4766 0.4312 0.016 0.016 0.688 0.276 0.004
#> SRR2052819 4 0.4856 0.4802 0.000 0.028 0.388 0.584 0.000
#> SRR2052818 2 0.5085 0.4226 0.000 0.612 0.040 0.344 0.004
#> SRR2052817 3 0.1331 0.8190 0.000 0.040 0.952 0.008 0.000
#> SRR2052816 4 0.4726 0.6524 0.052 0.100 0.068 0.780 0.000
#> SRR2052815 4 0.4360 0.7205 0.000 0.032 0.100 0.800 0.068
#> SRR2052814 3 0.4597 0.1104 0.000 0.424 0.564 0.012 0.000
#> SRR2052813 2 0.3388 0.7991 0.000 0.792 0.200 0.008 0.000
#> SRR2052812 2 0.2608 0.8088 0.000 0.888 0.088 0.020 0.004
#> SRR2052811 2 0.3120 0.7754 0.000 0.864 0.048 0.084 0.004
#> SRR2052810 4 0.4995 0.5922 0.000 0.208 0.084 0.704 0.004
#> SRR2052809 2 0.4313 0.6101 0.000 0.636 0.356 0.008 0.000
#> SRR2052808 3 0.5255 0.1617 0.004 0.036 0.584 0.372 0.004
#> SRR2052807 5 0.3975 0.5318 0.008 0.008 0.000 0.240 0.744
#> SRR2052806 5 0.3689 0.5646 0.256 0.000 0.000 0.004 0.740
#> SRR2052805 5 0.3689 0.5664 0.256 0.000 0.000 0.004 0.740
#> SRR2052804 4 0.3971 0.6700 0.008 0.008 0.068 0.824 0.092
#> SRR2052803 5 0.3766 0.5519 0.268 0.000 0.000 0.004 0.728
#> SRR2052802 5 0.4546 0.4598 0.008 0.008 0.008 0.288 0.688
#> SRR2052801 5 0.1568 0.7363 0.020 0.000 0.000 0.036 0.944
#> SRR2052800 5 0.5046 0.1445 0.008 0.008 0.008 0.444 0.532
#> SRR2052799 5 0.1399 0.7388 0.020 0.000 0.000 0.028 0.952
#> SRR2052798 1 0.3209 0.7790 0.812 0.000 0.000 0.008 0.180
#> SRR2052797 2 0.4106 0.7937 0.000 0.792 0.136 0.068 0.004
#> SRR2052796 5 0.1357 0.7398 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR2052795 1 0.3388 0.7653 0.792 0.000 0.000 0.008 0.200
#> SRR2052794 5 0.1568 0.7363 0.020 0.000 0.000 0.036 0.944
#> SRR2052793 5 0.1410 0.7365 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2052792 4 0.5668 0.2649 0.008 0.008 0.048 0.568 0.368
#> SRR2052791 5 0.1502 0.7383 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940
#> SRR2052790 2 0.3906 0.7144 0.000 0.704 0.292 0.004 0.000
#> SRR2052789 3 0.1043 0.8196 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.1043 0.8196 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.3944 0.7399 0.004 0.720 0.272 0.004 0.000
#> SRR2052785 3 0.1522 0.8187 0.000 0.044 0.944 0.012 0.000
#> SRR2052784 3 0.2930 0.7271 0.000 0.164 0.832 0.004 0.000
#> SRR2052783 3 0.1704 0.8071 0.000 0.068 0.928 0.004 0.000
#> SRR2052782 2 0.3612 0.7814 0.000 0.764 0.228 0.008 0.000
#> SRR2052781 3 0.1956 0.8026 0.000 0.076 0.916 0.008 0.000
#> SRR2052780 3 0.1704 0.8056 0.000 0.068 0.928 0.004 0.000
#> SRR2052777 2 0.3662 0.7623 0.000 0.744 0.252 0.004 0.000
#> SRR2052779 2 0.3612 0.7814 0.000 0.764 0.228 0.008 0.000
#> SRR2052778 3 0.3585 0.5662 0.000 0.004 0.772 0.220 0.004
#> SRR2052776 3 0.2886 0.7407 0.000 0.148 0.844 0.008 0.000
#> SRR2052775 3 0.0693 0.8177 0.000 0.012 0.980 0.008 0.000
#> SRR2052773 3 0.2124 0.7875 0.000 0.096 0.900 0.004 0.000
#> SRR2052772 3 0.0324 0.8169 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052774 3 0.1043 0.8196 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052771 5 0.2141 0.7215 0.016 0.004 0.000 0.064 0.916
#> SRR2052769 3 0.5789 0.4414 0.000 0.172 0.632 0.192 0.004
#> SRR2052770 3 0.3280 0.6245 0.000 0.004 0.808 0.184 0.004
#> SRR2052768 2 0.2484 0.8032 0.000 0.900 0.068 0.028 0.004
#> SRR2052767 2 0.2519 0.8000 0.000 0.900 0.060 0.036 0.004
#> SRR2052766 4 0.5104 0.6489 0.000 0.008 0.200 0.704 0.088
#> SRR2052765 2 0.3359 0.7708 0.000 0.848 0.052 0.096 0.004
#> SRR2052763 3 0.1547 0.8132 0.000 0.032 0.948 0.016 0.004
#> SRR2052764 2 0.3234 0.7724 0.000 0.856 0.048 0.092 0.004
#> SRR2052761 3 0.2255 0.7871 0.020 0.024 0.924 0.028 0.004
#> SRR2052760 2 0.2124 0.8127 0.004 0.900 0.096 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0955 0.8001 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR2052762 2 0.4592 0.7266 0.024 0.716 0.244 0.016 0.000
#> SRR2052758 3 0.0833 0.8201 0.000 0.016 0.976 0.004 0.004
#> SRR2052756 1 0.3465 0.6984 0.840 0.052 0.000 0.104 0.004
#> SRR2052757 3 0.2206 0.8089 0.004 0.068 0.912 0.016 0.000
#> SRR2052755 1 0.2153 0.7574 0.916 0.040 0.000 0.044 0.000
#> SRR2052754 5 0.2124 0.7244 0.096 0.000 0.000 0.004 0.900
#> SRR2052753 1 0.2313 0.7595 0.912 0.040 0.000 0.044 0.004
#> SRR2052752 5 0.4650 -0.0242 0.468 0.000 0.000 0.012 0.520
#> SRR2052750 1 0.2157 0.7628 0.920 0.040 0.000 0.036 0.004
#> SRR2052751 3 0.2812 0.7869 0.020 0.052 0.896 0.028 0.004
#> SRR2052748 3 0.5119 0.0921 0.000 0.008 0.576 0.388 0.028
#> SRR2052747 1 0.3689 0.7063 0.740 0.000 0.000 0.004 0.256
#> SRR2052746 3 0.0579 0.8159 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR2052745 3 0.3521 0.5495 0.000 0.000 0.764 0.232 0.004
#> SRR2052744 1 0.2077 0.7950 0.908 0.008 0.000 0.000 0.084
#> SRR2052741 2 0.6063 0.6577 0.188 0.664 0.100 0.044 0.004
#> SRR2052743 2 0.4425 0.7863 0.036 0.764 0.180 0.020 0.000
#> SRR2052740 2 0.4344 0.7491 0.112 0.796 0.068 0.024 0.000
#> SRR2052742 3 0.4019 0.7303 0.072 0.072 0.828 0.024 0.004
#> SRR2052739 2 0.2411 0.8119 0.000 0.884 0.108 0.008 0.000
#> SRR2052738 3 0.0671 0.8091 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR2052736 2 0.5588 0.6581 0.200 0.688 0.068 0.044 0.000
#> SRR2052735 1 0.2153 0.7557 0.916 0.040 0.000 0.044 0.000
#> SRR2052734 1 0.2833 0.7862 0.888 0.024 0.000 0.020 0.068
#> SRR2052737 2 0.3585 0.7866 0.004 0.772 0.220 0.004 0.000
#> SRR2052733 3 0.3266 0.5999 0.000 0.000 0.796 0.200 0.004
#> SRR2052732 2 0.4297 0.5810 0.004 0.724 0.016 0.252 0.004
#> SRR2052731 3 0.0794 0.8209 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.3093 0.7841 0.824 0.000 0.000 0.008 0.168
#> SRR2052728 1 0.2753 0.7903 0.856 0.008 0.000 0.000 0.136
#> SRR2052730 4 0.3577 0.6992 0.000 0.004 0.084 0.836 0.076
#> SRR2052727 1 0.3171 0.7809 0.816 0.000 0.000 0.008 0.176
#> SRR2052725 2 0.6589 0.3370 0.204 0.532 0.012 0.252 0.000
#> SRR2052726 1 0.2376 0.7485 0.904 0.044 0.000 0.052 0.000
#> SRR2052724 1 0.3359 0.7699 0.860 0.016 0.000 0.060 0.064
#> SRR2052723 4 0.5555 0.1970 0.008 0.008 0.472 0.480 0.032
#> SRR2052722 3 0.0566 0.8197 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR2052721 1 0.2017 0.7949 0.912 0.008 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052720 2 0.3300 0.7969 0.004 0.792 0.204 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.2608 0.8086 0.000 0.888 0.088 0.020 0.004
#> SRR2052718 1 0.2520 0.7430 0.896 0.048 0.000 0.056 0.000
#> SRR2052717 2 0.3798 0.7999 0.024 0.804 0.160 0.012 0.000
#> SRR2052714 1 0.6597 0.3250 0.564 0.036 0.016 0.312 0.072
#> SRR2052716 3 0.5260 0.1463 0.020 0.016 0.588 0.372 0.004
#> SRR2052715 3 0.0798 0.8121 0.000 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2052713 1 0.3550 0.7318 0.760 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR2052712 4 0.3635 0.6831 0.000 0.008 0.068 0.836 0.088
#> SRR2052711 4 0.6403 0.5523 0.176 0.080 0.092 0.648 0.004
#> SRR2052710 3 0.2460 0.8043 0.004 0.072 0.900 0.024 0.000
#> SRR2052707 3 0.0798 0.8205 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR2052709 3 0.1121 0.8185 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.3969 0.4136 0.000 0.000 0.692 0.304 0.004
#> SRR2052705 2 0.3511 0.8008 0.004 0.800 0.184 0.012 0.000
#> SRR2052697 2 0.3949 0.7292 0.064 0.824 0.012 0.096 0.004
#> SRR2052703 3 0.0609 0.8212 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.3388 0.7653 0.792 0.000 0.000 0.008 0.200
#> SRR2052706 2 0.4177 0.7090 0.000 0.776 0.052 0.168 0.004
#> SRR2052695 2 0.3196 0.8025 0.000 0.804 0.192 0.004 0.000
#> SRR2052694 2 0.3123 0.8062 0.004 0.812 0.184 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.1116 0.7986 0.004 0.000 0.964 0.028 0.004
#> SRR2052693 3 0.0960 0.8156 0.004 0.008 0.972 0.016 0.000
#> SRR2052691 1 0.3113 0.7227 0.872 0.064 0.004 0.056 0.004
#> SRR2052690 2 0.6410 0.6521 0.180 0.636 0.132 0.048 0.004
#> SRR2052689 4 0.4461 0.7219 0.000 0.032 0.108 0.792 0.068
#> SRR2052687 4 0.3844 0.7040 0.004 0.028 0.180 0.788 0.000
#> SRR2052686 4 0.5867 0.1007 0.404 0.100 0.000 0.496 0.000
#> SRR2052688 2 0.3002 0.8024 0.000 0.872 0.076 0.048 0.004
#> SRR2052684 4 0.6196 0.5283 0.008 0.008 0.168 0.616 0.200
#> SRR2052685 2 0.3957 0.7580 0.068 0.832 0.024 0.072 0.004
#> SRR2052683 5 0.4182 0.3884 0.352 0.000 0.000 0.004 0.644
#> SRR2052681 4 0.5491 0.4977 0.008 0.056 0.356 0.580 0.000
#> SRR2052680 4 0.4411 0.7211 0.000 0.032 0.104 0.796 0.068
#> SRR2052682 2 0.5152 0.4373 0.344 0.608 0.004 0.044 0.000
#> SRR2052679 1 0.3209 0.7790 0.812 0.000 0.000 0.008 0.180
#> SRR2052678 3 0.0880 0.8208 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.3766 0.7461 0.000 0.728 0.268 0.004 0.000
#> SRR2052675 2 0.2950 0.7664 0.056 0.888 0.016 0.036 0.004
#> SRR2052676 1 0.3398 0.7538 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216
#> SRR2052674 4 0.5462 0.6405 0.004 0.100 0.224 0.668 0.004
#> SRR2052672 3 0.0703 0.8211 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.2915 0.7618 0.060 0.888 0.012 0.036 0.004
#> SRR2052671 2 0.2270 0.8045 0.020 0.916 0.052 0.012 0.000
#> SRR2052670 3 0.1043 0.8196 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.3689 0.7588 0.004 0.740 0.256 0.000 0.000
#> SRR2052668 3 0.7596 0.0295 0.188 0.344 0.412 0.052 0.004
#> SRR2052667 2 0.5156 0.2810 0.008 0.504 0.464 0.024 0.000
#> SRR2052666 3 0.1787 0.8193 0.000 0.032 0.940 0.016 0.012
#> SRR2052665 3 0.6450 -0.0963 0.076 0.436 0.456 0.028 0.004
#> SRR2052664 5 0.6889 0.1554 0.200 0.012 0.000 0.388 0.400
#> SRR2052663 2 0.3070 0.7651 0.008 0.872 0.028 0.088 0.004
#> SRR2052662 2 0.3160 0.8039 0.004 0.808 0.188 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.2592 0.7413 0.892 0.056 0.000 0.052 0.000
#> SRR2052660 3 0.0727 0.8138 0.000 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR2052659 3 0.1121 0.8053 0.004 0.008 0.968 0.016 0.004
#> SRR2052658 3 0.5742 0.5822 0.076 0.204 0.680 0.036 0.004
#> SRR2052657 1 0.3209 0.7786 0.812 0.000 0.000 0.008 0.180
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 2 0.2566 0.58334 0.000 0.868 0.012 0.000 0.008 0.112
#> SRR2052701 2 0.3788 0.44172 0.004 0.704 0.012 0.000 0.000 0.280
#> SRR2052700 4 0.4810 0.55107 0.000 0.136 0.004 0.704 0.008 0.148
#> SRR2052699 6 0.6405 0.45117 0.044 0.088 0.304 0.028 0.000 0.536
#> SRR2052698 3 0.2178 0.79040 0.000 0.012 0.912 0.008 0.012 0.056
#> SRR2052708 1 0.0914 0.75145 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR2052749 1 0.0777 0.74365 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2052786 2 0.4859 0.58873 0.000 0.692 0.128 0.000 0.012 0.168
#> SRR2052825 4 0.0436 0.65247 0.000 0.004 0.004 0.988 0.004 0.000
#> SRR2052824 4 0.0653 0.65531 0.000 0.004 0.012 0.980 0.004 0.000
#> SRR2052823 2 0.2257 0.57574 0.000 0.876 0.000 0.000 0.008 0.116
#> SRR2052822 3 0.5516 0.30838 0.000 0.216 0.604 0.000 0.012 0.168
#> SRR2052821 2 0.3567 0.58171 0.000 0.804 0.068 0.000 0.004 0.124
#> SRR2052820 3 0.4768 0.61865 0.000 0.012 0.704 0.136 0.000 0.148
#> SRR2052819 4 0.4992 0.35363 0.000 0.012 0.356 0.584 0.004 0.044
#> SRR2052818 4 0.5836 0.20215 0.000 0.420 0.008 0.452 0.008 0.112
#> SRR2052817 3 0.1921 0.78842 0.000 0.012 0.920 0.000 0.012 0.056
#> SRR2052816 4 0.4055 0.58982 0.000 0.048 0.004 0.748 0.004 0.196
#> SRR2052815 4 0.0696 0.65482 0.000 0.004 0.008 0.980 0.004 0.004
#> SRR2052814 3 0.5820 0.00470 0.000 0.376 0.484 0.004 0.008 0.128
#> SRR2052813 2 0.4585 0.61099 0.000 0.724 0.096 0.000 0.016 0.164
#> SRR2052812 2 0.0603 0.63282 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052811 2 0.2708 0.58261 0.000 0.864 0.012 0.004 0.008 0.112
#> SRR2052810 4 0.4647 0.56086 0.000 0.144 0.008 0.728 0.008 0.112
#> SRR2052809 2 0.5942 0.24645 0.000 0.492 0.332 0.000 0.012 0.164
#> SRR2052808 4 0.5518 0.12651 0.000 0.008 0.432 0.460 0.000 0.100
#> SRR2052807 5 0.4865 0.47161 0.004 0.000 0.000 0.196 0.672 0.128
#> SRR2052806 5 0.4058 0.53050 0.372 0.000 0.000 0.004 0.616 0.008
#> SRR2052805 5 0.3934 0.52914 0.376 0.000 0.000 0.000 0.616 0.008
#> SRR2052804 4 0.4732 0.48689 0.004 0.000 0.012 0.696 0.072 0.216
#> SRR2052803 5 0.3934 0.52914 0.376 0.000 0.000 0.000 0.616 0.008
#> SRR2052802 5 0.5513 0.32243 0.004 0.000 0.000 0.280 0.564 0.152
#> SRR2052801 5 0.1074 0.73585 0.028 0.000 0.000 0.012 0.960 0.000
#> SRR2052800 5 0.5788 0.22749 0.004 0.000 0.004 0.324 0.516 0.152
#> SRR2052799 5 0.1074 0.73585 0.028 0.000 0.000 0.012 0.960 0.000
#> SRR2052798 1 0.0603 0.74795 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2052797 2 0.3579 0.58109 0.000 0.804 0.072 0.000 0.004 0.120
#> SRR2052796 5 0.1411 0.74213 0.060 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004
#> SRR2052795 1 0.0692 0.74600 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2052794 5 0.1074 0.73585 0.028 0.000 0.000 0.012 0.960 0.000
#> SRR2052793 5 0.2165 0.73735 0.108 0.000 0.000 0.000 0.884 0.008
#> SRR2052792 4 0.6451 -0.01510 0.000 0.000 0.024 0.384 0.376 0.216
#> SRR2052791 5 0.1387 0.74268 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR2052790 2 0.5390 0.49602 0.000 0.624 0.200 0.000 0.012 0.164
#> SRR2052789 3 0.1921 0.78842 0.000 0.012 0.920 0.000 0.012 0.056
#> SRR2052788 3 0.1757 0.79230 0.000 0.008 0.928 0.000 0.012 0.052
#> SRR2052787 2 0.5469 0.48652 0.000 0.612 0.208 0.000 0.012 0.168
#> SRR2052785 3 0.2799 0.73805 0.000 0.012 0.852 0.000 0.012 0.124
#> SRR2052784 3 0.4761 0.54872 0.000 0.128 0.704 0.000 0.012 0.156
#> SRR2052783 3 0.3339 0.70104 0.000 0.028 0.816 0.000 0.012 0.144
#> SRR2052782 2 0.4757 0.59961 0.000 0.708 0.112 0.000 0.016 0.164
#> SRR2052781 3 0.3525 0.68386 0.000 0.032 0.800 0.000 0.012 0.156
#> SRR2052780 3 0.0935 0.80667 0.000 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052777 2 0.5073 0.56460 0.000 0.668 0.156 0.000 0.012 0.164
#> SRR2052779 2 0.4715 0.60297 0.000 0.712 0.108 0.000 0.016 0.164
#> SRR2052778 3 0.3172 0.73400 0.000 0.000 0.832 0.092 0.000 0.076
#> SRR2052776 3 0.3971 0.65230 0.000 0.060 0.772 0.000 0.012 0.156
#> SRR2052775 3 0.0653 0.80997 0.000 0.004 0.980 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052773 3 0.3364 0.70827 0.000 0.036 0.820 0.000 0.012 0.132
#> SRR2052772 3 0.0405 0.80907 0.000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052774 3 0.1793 0.79241 0.000 0.012 0.928 0.000 0.012 0.048
#> SRR2052771 5 0.2137 0.71319 0.028 0.000 0.000 0.012 0.912 0.048
#> SRR2052769 3 0.5867 0.54479 0.000 0.148 0.640 0.136 0.004 0.072
#> SRR2052770 3 0.3020 0.74435 0.000 0.000 0.844 0.080 0.000 0.076
#> SRR2052768 2 0.0984 0.62773 0.000 0.968 0.012 0.000 0.008 0.012
#> SRR2052767 2 0.0984 0.62773 0.000 0.968 0.012 0.000 0.008 0.012
#> SRR2052766 4 0.6069 0.41500 0.000 0.000 0.156 0.568 0.044 0.232
#> SRR2052765 2 0.3795 0.57150 0.000 0.808 0.032 0.028 0.008 0.124
#> SRR2052763 3 0.2463 0.79047 0.000 0.024 0.888 0.004 0.004 0.080
#> SRR2052764 2 0.2820 0.58157 0.000 0.860 0.012 0.008 0.008 0.112
#> SRR2052761 3 0.3053 0.74312 0.000 0.024 0.828 0.004 0.000 0.144
#> SRR2052760 2 0.3260 0.63015 0.000 0.824 0.028 0.000 0.012 0.136
#> SRR2052759 3 0.2044 0.79169 0.000 0.004 0.908 0.008 0.004 0.076
#> SRR2052762 2 0.5125 0.39664 0.000 0.632 0.096 0.000 0.012 0.260
#> SRR2052758 3 0.1511 0.80256 0.000 0.012 0.940 0.004 0.000 0.044
#> SRR2052756 1 0.4786 0.46846 0.516 0.016 0.000 0.024 0.000 0.444
#> SRR2052757 3 0.3441 0.70390 0.000 0.024 0.812 0.004 0.012 0.148
#> SRR2052755 1 0.3652 0.67008 0.672 0.000 0.000 0.004 0.000 0.324
#> SRR2052754 5 0.2848 0.71845 0.176 0.000 0.000 0.000 0.816 0.008
#> SRR2052753 1 0.3528 0.69009 0.700 0.000 0.000 0.004 0.000 0.296
#> SRR2052752 1 0.4101 -0.01446 0.580 0.000 0.000 0.000 0.408 0.012
#> SRR2052750 1 0.3409 0.68964 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR2052751 3 0.3037 0.69493 0.000 0.016 0.808 0.000 0.000 0.176
#> SRR2052748 3 0.5878 0.34120 0.000 0.000 0.564 0.224 0.020 0.192
#> SRR2052747 1 0.2445 0.64569 0.868 0.000 0.000 0.004 0.120 0.008
#> SRR2052746 3 0.1573 0.80118 0.000 0.004 0.936 0.004 0.004 0.052
#> SRR2052745 3 0.3704 0.71669 0.000 0.004 0.804 0.088 0.004 0.100
#> SRR2052744 1 0.2333 0.75115 0.872 0.000 0.000 0.004 0.004 0.120
#> SRR2052741 6 0.4623 0.47098 0.008 0.400 0.028 0.000 0.000 0.564
#> SRR2052743 2 0.5381 0.18811 0.000 0.548 0.088 0.000 0.012 0.352
#> SRR2052740 2 0.4351 -0.00299 0.008 0.564 0.012 0.000 0.000 0.416
#> SRR2052742 3 0.4054 0.47965 0.004 0.024 0.688 0.000 0.000 0.284
#> SRR2052739 2 0.3441 0.63967 0.000 0.820 0.040 0.000 0.016 0.124
#> SRR2052738 3 0.1750 0.79904 0.000 0.004 0.928 0.008 0.004 0.056
#> SRR2052736 6 0.4344 0.45455 0.012 0.412 0.008 0.000 0.000 0.568
#> SRR2052735 1 0.3592 0.65557 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052734 1 0.2913 0.73805 0.812 0.000 0.000 0.004 0.004 0.180
#> SRR2052737 2 0.5038 0.56870 0.000 0.672 0.148 0.000 0.012 0.168
#> SRR2052733 3 0.3356 0.73866 0.000 0.004 0.832 0.080 0.004 0.080
#> SRR2052732 2 0.5566 0.04295 0.000 0.528 0.000 0.344 0.008 0.120
#> SRR2052731 3 0.0436 0.80956 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052729 1 0.0405 0.75306 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2052728 1 0.1946 0.75625 0.912 0.000 0.000 0.004 0.012 0.072
#> SRR2052730 4 0.0862 0.65005 0.000 0.000 0.008 0.972 0.004 0.016
#> SRR2052727 1 0.0458 0.74925 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052725 6 0.6031 0.46111 0.016 0.224 0.000 0.236 0.000 0.524
#> SRR2052726 1 0.3892 0.64040 0.640 0.004 0.000 0.004 0.000 0.352
#> SRR2052724 1 0.3296 0.72206 0.792 0.000 0.000 0.008 0.012 0.188
#> SRR2052723 3 0.6444 0.07012 0.000 0.000 0.456 0.284 0.028 0.232
#> SRR2052722 3 0.0291 0.80965 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.1471 0.75854 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2052720 2 0.4617 0.60452 0.000 0.716 0.104 0.000 0.012 0.168
#> SRR2052719 2 0.0777 0.63665 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052718 1 0.4076 0.54125 0.564 0.004 0.000 0.004 0.000 0.428
#> SRR2052717 2 0.4599 0.46978 0.000 0.680 0.056 0.000 0.012 0.252
#> SRR2052714 1 0.6251 0.38624 0.444 0.000 0.008 0.140 0.020 0.388
#> SRR2052716 3 0.5270 0.55726 0.000 0.020 0.656 0.156 0.000 0.168
#> SRR2052715 3 0.0508 0.80864 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052713 1 0.1333 0.72428 0.944 0.000 0.000 0.000 0.048 0.008
#> SRR2052712 4 0.1194 0.64006 0.000 0.000 0.004 0.956 0.008 0.032
#> SRR2052711 4 0.5655 0.11942 0.036 0.024 0.024 0.476 0.000 0.440
#> SRR2052710 3 0.4339 0.66860 0.000 0.028 0.764 0.040 0.012 0.156
#> SRR2052707 3 0.0436 0.80959 0.000 0.004 0.988 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052709 3 0.1334 0.80187 0.000 0.020 0.948 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052704 3 0.3667 0.69284 0.000 0.000 0.788 0.132 0.000 0.080
#> SRR2052705 2 0.4858 0.44989 0.000 0.660 0.076 0.000 0.012 0.252
#> SRR2052697 2 0.3584 0.31186 0.000 0.688 0.000 0.000 0.004 0.308
#> SRR2052703 3 0.0146 0.80941 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.0891 0.74149 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR2052706 2 0.5039 0.44800 0.000 0.708 0.024 0.136 0.008 0.124
#> SRR2052695 2 0.4307 0.61794 0.000 0.744 0.080 0.000 0.012 0.164
#> SRR2052694 2 0.4238 0.61855 0.000 0.748 0.072 0.000 0.012 0.168
#> SRR2052692 3 0.2044 0.79189 0.000 0.004 0.908 0.008 0.004 0.076
#> SRR2052693 3 0.0508 0.81016 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052691 1 0.4374 0.48868 0.532 0.016 0.000 0.004 0.000 0.448
#> SRR2052690 6 0.4870 0.50135 0.012 0.380 0.032 0.000 0.004 0.572
#> SRR2052689 4 0.0748 0.65556 0.000 0.004 0.016 0.976 0.004 0.000
#> SRR2052687 4 0.2866 0.64419 0.000 0.004 0.052 0.860 0.000 0.084
#> SRR2052686 6 0.5785 -0.04889 0.072 0.048 0.000 0.344 0.000 0.536
#> SRR2052688 2 0.2101 0.62622 0.000 0.912 0.028 0.000 0.008 0.052
#> SRR2052684 4 0.7284 0.21329 0.000 0.000 0.128 0.404 0.204 0.264
#> SRR2052685 2 0.2871 0.51111 0.000 0.804 0.000 0.000 0.004 0.192
#> SRR2052683 5 0.4095 0.33255 0.480 0.000 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR2052681 4 0.5164 0.47072 0.004 0.004 0.176 0.652 0.000 0.164
#> SRR2052680 4 0.0508 0.65457 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR2052682 6 0.5195 0.49777 0.100 0.360 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR2052679 1 0.0458 0.74925 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052678 3 0.0909 0.80769 0.000 0.012 0.968 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052677 2 0.5227 0.53589 0.000 0.648 0.176 0.000 0.012 0.164
#> SRR2052675 2 0.2100 0.55362 0.000 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR2052676 1 0.1410 0.72776 0.944 0.000 0.000 0.004 0.044 0.008
#> SRR2052674 4 0.5100 0.58526 0.000 0.076 0.072 0.716 0.004 0.132
#> SRR2052672 3 0.0622 0.80828 0.000 0.008 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052673 2 0.2100 0.55362 0.000 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR2052671 2 0.1501 0.61468 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052670 3 0.0551 0.80901 0.000 0.004 0.984 0.000 0.004 0.008
#> SRR2052669 2 0.5286 0.52395 0.000 0.640 0.180 0.000 0.012 0.168
#> SRR2052668 6 0.5773 0.58186 0.016 0.244 0.172 0.000 0.000 0.568
#> SRR2052667 3 0.7276 -0.32424 0.000 0.316 0.352 0.060 0.012 0.260
#> SRR2052666 3 0.2401 0.80040 0.000 0.016 0.892 0.000 0.016 0.076
#> SRR2052665 6 0.6253 0.42228 0.004 0.328 0.248 0.000 0.004 0.416
#> SRR2052664 4 0.7432 -0.03866 0.160 0.000 0.000 0.372 0.280 0.188
#> SRR2052663 2 0.2513 0.55912 0.000 0.852 0.000 0.000 0.008 0.140
#> SRR2052662 2 0.4151 0.60661 0.000 0.756 0.068 0.000 0.012 0.164
#> SRR2052661 1 0.4009 0.63307 0.632 0.008 0.000 0.004 0.000 0.356
#> SRR2052660 3 0.1340 0.80434 0.000 0.000 0.948 0.008 0.004 0.040
#> SRR2052659 3 0.2205 0.78794 0.000 0.008 0.896 0.004 0.004 0.088
#> SRR2052658 6 0.6068 0.41830 0.000 0.200 0.344 0.000 0.008 0.448
#> SRR2052657 1 0.0508 0.75095 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.690 0.869 0.943 0.4720 0.521 0.521
#> 3 3 0.713 0.834 0.921 0.3774 0.758 0.565
#> 4 4 0.867 0.861 0.935 0.1468 0.834 0.571
#> 5 5 0.697 0.639 0.799 0.0566 0.897 0.640
#> 6 6 0.662 0.368 0.674 0.0453 0.963 0.838
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052700 2 0.7219 0.738 0.200 0.800
#> SRR2052699 1 0.6343 0.779 0.840 0.160
#> SRR2052698 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.7883 0.696 0.764 0.236
#> SRR2052824 1 0.9754 0.376 0.592 0.408
#> SRR2052823 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052820 1 0.9686 0.407 0.604 0.396
#> SRR2052819 2 0.7219 0.738 0.200 0.800
#> SRR2052818 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052817 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.7219 0.739 0.800 0.200
#> SRR2052815 1 0.9866 0.308 0.568 0.432
#> SRR2052814 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052810 2 0.7219 0.738 0.200 0.800
#> SRR2052809 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052807 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.7139 0.743 0.196 0.804
#> SRR2052776 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052769 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052770 2 0.6973 0.754 0.188 0.812
#> SRR2052768 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052766 1 0.8081 0.679 0.752 0.248
#> SRR2052765 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052763 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052761 2 0.7528 0.714 0.216 0.784
#> SRR2052760 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.0938 0.947 0.012 0.988
#> SRR2052762 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052748 1 0.9686 0.407 0.604 0.396
#> SRR2052747 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.9248 0.462 0.340 0.660
#> SRR2052744 1 0.2043 0.883 0.968 0.032
#> SRR2052741 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052739 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052738 2 0.0938 0.947 0.012 0.988
#> SRR2052736 2 0.6623 0.759 0.172 0.828
#> SRR2052735 1 0.7219 0.735 0.800 0.200
#> SRR2052734 1 0.7219 0.735 0.800 0.200
#> SRR2052737 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.6973 0.754 0.188 0.812
#> SRR2052732 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052731 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.2948 0.870 0.948 0.052
#> SRR2052730 1 0.5842 0.801 0.860 0.140
#> SRR2052727 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.9608 0.483 0.616 0.384
#> SRR2052726 1 0.6973 0.749 0.812 0.188
#> SRR2052724 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052723 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052722 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052718 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052714 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052716 1 0.9522 0.461 0.628 0.372
#> SRR2052715 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.7219 0.739 0.800 0.200
#> SRR2052710 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052707 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.9754 0.266 0.408 0.592
#> SRR2052705 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052703 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.2236 0.926 0.036 0.964
#> SRR2052693 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052691 1 0.6973 0.749 0.812 0.188
#> SRR2052690 2 0.6531 0.764 0.168 0.832
#> SRR2052689 1 0.9866 0.308 0.568 0.432
#> SRR2052687 2 0.7602 0.708 0.220 0.780
#> SRR2052686 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052684 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052685 2 0.9087 0.471 0.324 0.676
#> SRR2052683 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052681 2 0.7745 0.696 0.228 0.772
#> SRR2052680 1 0.9710 0.397 0.600 0.400
#> SRR2052682 1 0.9815 0.332 0.580 0.420
#> SRR2052679 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052676 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.7219 0.738 0.200 0.800
#> SRR2052672 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.5178 0.836 0.116 0.884
#> SRR2052667 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.6887 0.740 0.184 0.816
#> SRR2052662 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052661 1 0.0938 0.895 0.988 0.012
#> SRR2052660 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052659 1 0.6247 0.784 0.844 0.156
#> SRR2052658 2 0.0000 0.957 0.000 1.000
#> SRR2052657 1 0.0000 0.902 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052700 3 0.5397 0.641 0.000 0.280 0.720
#> SRR2052699 1 0.0237 0.959 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052698 2 0.5058 0.746 0.000 0.756 0.244
#> SRR2052708 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052825 3 0.0237 0.877 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052824 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052823 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052822 2 0.3551 0.831 0.000 0.868 0.132
#> SRR2052821 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052820 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052819 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052818 2 0.1031 0.881 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052817 2 0.5016 0.748 0.000 0.760 0.240
#> SRR2052816 3 0.5798 0.728 0.040 0.184 0.776
#> SRR2052815 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052814 2 0.4399 0.706 0.000 0.812 0.188
#> SRR2052813 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052810 3 0.4750 0.714 0.000 0.216 0.784
#> SRR2052809 2 0.4121 0.806 0.000 0.832 0.168
#> SRR2052808 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052807 3 0.5859 0.452 0.344 0.000 0.656
#> SRR2052806 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 3 0.4750 0.672 0.216 0.000 0.784
#> SRR2052803 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 3 0.4750 0.672 0.216 0.000 0.784
#> SRR2052801 1 0.0424 0.957 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052800 3 0.4750 0.672 0.216 0.000 0.784
#> SRR2052799 1 0.0424 0.957 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052798 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0237 0.894 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052796 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.5016 0.650 0.760 0.000 0.240
#> SRR2052793 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 3 0.0747 0.871 0.016 0.000 0.984
#> SRR2052791 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052789 2 0.4887 0.758 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052788 2 0.4887 0.758 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052787 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052785 2 0.5016 0.748 0.000 0.760 0.240
#> SRR2052784 2 0.0592 0.891 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052783 2 0.4887 0.758 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052782 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.4605 0.779 0.000 0.796 0.204
#> SRR2052780 2 0.2448 0.863 0.000 0.924 0.076
#> SRR2052777 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.2878 0.852 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052775 3 0.5098 0.624 0.000 0.248 0.752
#> SRR2052773 2 0.4702 0.773 0.000 0.788 0.212
#> SRR2052772 3 0.5497 0.519 0.000 0.292 0.708
#> SRR2052774 2 0.4887 0.758 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052771 1 0.5835 0.447 0.660 0.000 0.340
#> SRR2052769 3 0.4931 0.715 0.000 0.232 0.768
#> SRR2052770 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052766 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052765 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.4702 0.743 0.000 0.212 0.788
#> SRR2052764 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.1411 0.870 0.000 0.036 0.964
#> SRR2052760 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0892 0.874 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052762 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052758 2 0.6308 0.188 0.000 0.508 0.492
#> SRR2052756 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.5058 0.746 0.000 0.756 0.244
#> SRR2052755 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.5431 0.690 0.000 0.716 0.284
#> SRR2052748 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.4291 0.726 0.000 0.180 0.820
#> SRR2052745 3 0.0747 0.875 0.000 0.016 0.984
#> SRR2052744 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.4750 0.769 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052739 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.1031 0.872 0.000 0.024 0.976
#> SRR2052736 2 0.0592 0.889 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.0237 0.877 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052732 2 0.0424 0.891 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052731 2 0.5988 0.533 0.000 0.632 0.368
#> SRR2052729 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.0237 0.877 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052727 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.5891 0.701 0.764 0.200 0.036
#> SRR2052726 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.0424 0.875 0.008 0.000 0.992
#> SRR2052722 3 0.6215 0.105 0.000 0.428 0.572
#> SRR2052721 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052718 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052714 1 0.0424 0.957 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052716 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052715 3 0.1529 0.863 0.000 0.040 0.960
#> SRR2052713 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 3 0.4002 0.744 0.160 0.000 0.840
#> SRR2052711 1 0.9417 0.098 0.456 0.180 0.364
#> SRR2052710 2 0.5058 0.746 0.000 0.756 0.244
#> SRR2052707 3 0.6140 0.192 0.000 0.404 0.596
#> SRR2052709 2 0.4887 0.758 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052704 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052703 2 0.6111 0.476 0.000 0.604 0.396
#> SRR2052696 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0747 0.875 0.000 0.016 0.984
#> SRR2052693 3 0.3192 0.801 0.000 0.112 0.888
#> SRR2052691 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.0892 0.884 0.020 0.980 0.000
#> SRR2052689 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052687 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052686 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052684 3 0.5058 0.633 0.244 0.000 0.756
#> SRR2052685 2 0.5178 0.658 0.256 0.744 0.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052681 3 0.1031 0.871 0.000 0.024 0.976
#> SRR2052680 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052682 1 0.4291 0.747 0.820 0.180 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.5988 0.533 0.000 0.632 0.368
#> SRR2052677 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052672 2 0.6244 0.355 0.000 0.560 0.440
#> SRR2052673 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052670 2 0.4887 0.758 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052669 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.3482 0.780 0.128 0.872 0.000
#> SRR2052667 2 0.3482 0.837 0.000 0.872 0.128
#> SRR2052666 2 0.4842 0.762 0.000 0.776 0.224
#> SRR2052665 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052664 1 0.0424 0.957 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052663 2 0.0237 0.893 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.4842 0.655 0.000 0.224 0.776
#> SRR2052659 3 0.1751 0.868 0.028 0.012 0.960
#> SRR2052658 2 0.1031 0.887 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052657 1 0.0000 0.963 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.0188 0.9292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052700 4 0.1940 0.8694 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR2052699 1 0.1059 0.9205 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR2052698 3 0.0469 0.9385 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052708 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.2011 0.9000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR2052825 4 0.0188 0.9010 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052824 4 0.0336 0.9019 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052823 2 0.0188 0.9275 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052822 3 0.3257 0.7856 0.000 0.152 0.844 0.004
#> SRR2052821 2 0.1302 0.9201 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2052820 4 0.1743 0.8876 0.000 0.004 0.056 0.940
#> SRR2052819 4 0.2216 0.8651 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR2052818 2 0.2737 0.8586 0.000 0.888 0.008 0.104
#> SRR2052817 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052816 4 0.0707 0.8968 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR2052815 4 0.0336 0.9019 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052814 2 0.5244 0.3700 0.000 0.600 0.388 0.012
#> SRR2052813 2 0.1211 0.9230 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2052812 2 0.0188 0.9292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052811 2 0.0188 0.9292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052810 4 0.2053 0.8703 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR2052809 2 0.4522 0.5931 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR2052808 4 0.1637 0.8839 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR2052807 4 0.2589 0.8220 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR2052806 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 4 0.1022 0.8915 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR2052803 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 4 0.1022 0.8915 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR2052801 1 0.4040 0.6752 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052800 4 0.1022 0.8915 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR2052799 1 0.3801 0.7145 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2052798 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.1557 0.9136 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052796 1 0.0469 0.9324 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052795 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.4643 0.4995 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052793 1 0.0336 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052792 4 0.1059 0.9002 0.012 0.000 0.016 0.972
#> SRR2052791 1 0.0469 0.9324 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052790 2 0.4605 0.5452 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.3528 0.7914 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR2052785 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052784 3 0.3764 0.7062 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR2052783 3 0.0336 0.9405 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052782 2 0.0817 0.9285 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2052781 3 0.1209 0.9213 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR2052780 3 0.0817 0.9304 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052777 2 0.2081 0.8975 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2052779 2 0.0817 0.9285 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2052778 4 0.4985 0.2296 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR2052776 3 0.3751 0.7313 0.000 0.196 0.800 0.004
#> SRR2052775 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.0188 0.9421 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052771 1 0.4804 0.4052 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR2052769 4 0.5995 0.6337 0.000 0.232 0.096 0.672
#> SRR2052770 4 0.4994 0.1952 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR2052768 2 0.0188 0.9292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052767 2 0.0188 0.9292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052766 4 0.0707 0.9010 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052765 2 0.0469 0.9294 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052763 3 0.1256 0.9247 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR2052764 2 0.0188 0.9292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052761 3 0.1733 0.9163 0.000 0.028 0.948 0.024
#> SRR2052760 2 0.0188 0.9292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052759 3 0.0336 0.9402 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052762 2 0.0469 0.9297 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052758 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.0188 0.9361 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052757 3 0.1284 0.9268 0.000 0.024 0.964 0.012
#> SRR2052755 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0336 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052753 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 3 0.1004 0.9323 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR2052748 4 0.4331 0.6375 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR2052747 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.4981 -0.0409 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR2052744 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0524 0.9290 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052743 2 0.0895 0.9291 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR2052740 2 0.0376 0.9286 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2052742 3 0.0524 0.9395 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2052739 2 0.0817 0.9278 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2052738 3 0.0336 0.9400 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052736 2 0.1114 0.9244 0.016 0.972 0.008 0.004
#> SRR2052735 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.1302 0.9216 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2052733 3 0.4981 -0.0360 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR2052732 2 0.1211 0.9101 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.0188 0.9010 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052727 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.7980 0.1075 0.404 0.324 0.004 0.268
#> SRR2052726 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0336 0.9344 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052723 4 0.2999 0.8272 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR2052722 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.1022 0.9263 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2052719 2 0.0188 0.9292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052718 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0336 0.9295 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052714 1 0.3975 0.6867 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2052716 4 0.1118 0.8979 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR2052715 3 0.0188 0.9419 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.0188 0.9000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052711 4 0.2411 0.8697 0.040 0.040 0.000 0.920
#> SRR2052710 3 0.2413 0.8903 0.000 0.020 0.916 0.064
#> SRR2052707 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052704 4 0.4454 0.6010 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR2052705 2 0.0188 0.9292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052697 2 0.0188 0.9275 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0469 0.9294 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052695 2 0.1118 0.9247 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2052694 2 0.0707 0.9293 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052692 3 0.0817 0.9290 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052693 3 0.1022 0.9269 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052691 1 0.0376 0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052690 2 0.1543 0.9147 0.032 0.956 0.008 0.004
#> SRR2052689 4 0.0336 0.9019 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052687 4 0.0336 0.9019 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052686 1 0.2281 0.8611 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2052688 2 0.0336 0.9294 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052684 4 0.2760 0.8090 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR2052685 2 0.3266 0.7827 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052681 4 0.0336 0.9019 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052680 4 0.0336 0.9019 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052682 2 0.4977 0.1645 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0188 0.9425 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052677 2 0.2530 0.8755 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR2052675 2 0.0188 0.9275 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 4 0.1151 0.8995 0.000 0.008 0.024 0.968
#> SRR2052672 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.0188 0.9275 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052671 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.2530 0.8746 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR2052668 2 0.2384 0.8808 0.072 0.916 0.008 0.004
#> SRR2052667 2 0.5489 0.6717 0.000 0.700 0.240 0.060
#> SRR2052666 3 0.0000 0.9437 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.0895 0.9280 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR2052664 1 0.4356 0.6050 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR2052663 2 0.0000 0.9281 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0469 0.9298 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052661 1 0.0376 0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052660 3 0.0188 0.9422 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052659 3 0.0524 0.9386 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2052658 2 0.4018 0.7400 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR2052657 1 0.0000 0.9382 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.2061 0.8479 0.004 0.924 0.004 0.056 0.012
#> SRR2052701 2 0.2612 0.8268 0.124 0.868 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052700 4 0.2635 0.7554 0.008 0.088 0.000 0.888 0.016
#> SRR2052699 1 0.1571 0.6264 0.936 0.004 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052698 3 0.1082 0.8311 0.000 0.008 0.964 0.028 0.000
#> SRR2052708 5 0.3983 0.4370 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR2052749 5 0.3999 0.4285 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR2052786 2 0.2124 0.8434 0.004 0.900 0.096 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.1341 0.8017 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2052824 4 0.1502 0.8020 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056
#> SRR2052823 2 0.2275 0.8439 0.012 0.912 0.000 0.064 0.012
#> SRR2052822 3 0.4718 0.1540 0.000 0.444 0.540 0.016 0.000
#> SRR2052821 2 0.3572 0.8309 0.000 0.844 0.068 0.076 0.012
#> SRR2052820 4 0.7033 0.5164 0.040 0.004 0.220 0.544 0.192
#> SRR2052819 4 0.3858 0.7653 0.000 0.020 0.096 0.828 0.056
#> SRR2052818 4 0.4416 0.3334 0.000 0.356 0.000 0.632 0.012
#> SRR2052817 3 0.0579 0.8351 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR2052816 4 0.1717 0.7892 0.052 0.004 0.000 0.936 0.008
#> SRR2052815 4 0.1357 0.8035 0.000 0.000 0.004 0.948 0.048
#> SRR2052814 2 0.5546 0.5856 0.000 0.656 0.208 0.132 0.004
#> SRR2052813 2 0.1121 0.8625 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0727 0.8625 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR2052811 2 0.2130 0.8460 0.004 0.920 0.004 0.060 0.012
#> SRR2052810 4 0.1877 0.7709 0.000 0.064 0.000 0.924 0.012
#> SRR2052809 2 0.3715 0.6681 0.000 0.736 0.260 0.004 0.000
#> SRR2052808 4 0.0794 0.7948 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052807 5 0.5162 0.3166 0.064 0.000 0.000 0.308 0.628
#> SRR2052806 5 0.3796 0.5090 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR2052805 5 0.3730 0.5274 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2052804 5 0.4138 0.0503 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR2052803 5 0.3730 0.5274 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2052802 5 0.4088 0.0927 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR2052801 5 0.2329 0.6335 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR2052800 5 0.4126 0.0609 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR2052799 5 0.2471 0.6347 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2052798 1 0.4227 0.3105 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR2052797 2 0.3383 0.8383 0.000 0.856 0.072 0.060 0.012
#> SRR2052796 5 0.2773 0.6298 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR2052795 5 0.4138 0.3270 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2052794 5 0.2230 0.6315 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2052793 5 0.2966 0.6223 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR2052792 5 0.4576 0.0285 0.000 0.000 0.016 0.376 0.608
#> SRR2052791 5 0.2813 0.6290 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2052790 2 0.2852 0.7822 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.0290 0.8357 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0290 0.8357 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.2773 0.7921 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.1549 0.8234 0.000 0.040 0.944 0.016 0.000
#> SRR2052784 3 0.4305 0.0147 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR2052783 3 0.2230 0.7751 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.1043 0.8630 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2052781 3 0.3642 0.6574 0.000 0.232 0.760 0.008 0.000
#> SRR2052780 3 0.1270 0.8219 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.1965 0.8452 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.0963 0.8636 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.4907 0.5014 0.000 0.000 0.656 0.292 0.052
#> SRR2052776 3 0.4644 0.0964 0.000 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR2052775 3 0.0324 0.8365 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052773 3 0.1410 0.8161 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.0162 0.8353 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052774 3 0.0162 0.8359 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052771 5 0.2020 0.6249 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2052769 4 0.5147 0.6320 0.000 0.200 0.076 0.708 0.016
#> SRR2052770 3 0.5009 0.5046 0.000 0.000 0.652 0.288 0.060
#> SRR2052768 2 0.1130 0.8616 0.004 0.968 0.004 0.012 0.012
#> SRR2052767 2 0.1130 0.8616 0.004 0.968 0.004 0.012 0.012
#> SRR2052766 4 0.4817 0.4363 0.000 0.000 0.024 0.572 0.404
#> SRR2052765 2 0.4189 0.6636 0.000 0.736 0.012 0.240 0.012
#> SRR2052763 3 0.2910 0.8051 0.004 0.052 0.884 0.004 0.056
#> SRR2052764 2 0.2197 0.8449 0.004 0.916 0.004 0.064 0.012
#> SRR2052761 3 0.4502 0.7545 0.052 0.024 0.808 0.024 0.092
#> SRR2052760 2 0.0324 0.8627 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.1768 0.8148 0.000 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR2052762 2 0.1410 0.8562 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.0968 0.8332 0.012 0.004 0.972 0.000 0.012
#> SRR2052756 1 0.3003 0.6186 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2052757 3 0.4104 0.6641 0.000 0.220 0.748 0.032 0.000
#> SRR2052755 1 0.2471 0.6632 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2052754 5 0.3305 0.5947 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR2052753 1 0.2773 0.6574 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2052752 5 0.2929 0.6240 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR2052750 1 0.2773 0.6576 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2052751 3 0.4453 0.6923 0.192 0.032 0.756 0.000 0.020
#> SRR2052748 3 0.6406 0.1839 0.000 0.000 0.484 0.328 0.188
#> SRR2052747 1 0.4268 0.2464 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR2052746 3 0.0671 0.8336 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR2052745 3 0.5312 0.5518 0.000 0.000 0.668 0.208 0.124
#> SRR2052744 1 0.3336 0.6113 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR2052741 2 0.4297 0.3281 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.2971 0.8074 0.156 0.836 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.3274 0.7547 0.220 0.780 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052742 3 0.5333 0.4090 0.384 0.048 0.564 0.000 0.004
#> SRR2052739 2 0.0963 0.8639 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.1768 0.8152 0.000 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR2052736 1 0.4440 -0.2029 0.528 0.468 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.1908 0.6635 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2052734 1 0.1908 0.6635 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2052737 2 0.1704 0.8578 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR2052733 3 0.4678 0.5936 0.000 0.000 0.712 0.224 0.064
#> SRR2052732 4 0.4964 0.1038 0.012 0.428 0.000 0.548 0.012
#> SRR2052731 3 0.0000 0.8356 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.3913 0.5031 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2052728 1 0.2813 0.6565 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2052730 4 0.2329 0.7700 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR2052727 1 0.3966 0.4835 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR2052725 1 0.5001 0.1688 0.616 0.020 0.004 0.352 0.008
#> SRR2052726 1 0.1908 0.6635 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2052724 5 0.3752 0.5186 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2052723 5 0.5107 0.0128 0.000 0.000 0.048 0.356 0.596
#> SRR2052722 3 0.0162 0.8353 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052721 1 0.2852 0.6541 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2052720 2 0.1124 0.8634 0.004 0.960 0.036 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.0727 0.8625 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR2052718 1 0.2074 0.6649 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2052717 2 0.1410 0.8562 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052714 5 0.2690 0.6232 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2052716 4 0.6495 0.5552 0.036 0.004 0.104 0.584 0.272
#> SRR2052715 3 0.0162 0.8358 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052713 1 0.4287 0.1936 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR2052712 4 0.2561 0.7555 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR2052711 4 0.5590 0.5634 0.308 0.008 0.000 0.608 0.076
#> SRR2052710 3 0.5493 0.5421 0.000 0.256 0.632 0.112 0.000
#> SRR2052707 3 0.0451 0.8356 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR2052709 3 0.0404 0.8357 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.5583 0.3341 0.000 0.000 0.564 0.352 0.084
#> SRR2052705 2 0.0963 0.8624 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.5288 0.6719 0.260 0.664 0.000 0.064 0.012
#> SRR2052703 3 0.0162 0.8353 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052696 1 0.4273 0.2341 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR2052706 2 0.4305 0.5681 0.000 0.688 0.004 0.296 0.012
#> SRR2052695 2 0.1043 0.8632 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0771 0.8641 0.004 0.976 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.2069 0.8093 0.000 0.000 0.912 0.012 0.076
#> SRR2052693 3 0.1808 0.8242 0.000 0.012 0.936 0.044 0.008
#> SRR2052691 1 0.0794 0.6377 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052690 1 0.4446 -0.2351 0.520 0.476 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052689 4 0.1410 0.8010 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052687 4 0.1197 0.8037 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR2052686 1 0.5274 0.3095 0.600 0.000 0.000 0.336 0.064
#> SRR2052688 2 0.1869 0.8586 0.000 0.936 0.016 0.036 0.012
#> SRR2052684 5 0.4135 0.1461 0.000 0.000 0.004 0.340 0.656
#> SRR2052685 2 0.5134 0.7182 0.160 0.736 0.000 0.052 0.052
#> SRR2052683 5 0.3816 0.5077 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2052681 4 0.1518 0.8039 0.000 0.004 0.004 0.944 0.048
#> SRR2052680 4 0.1341 0.8017 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2052682 1 0.3359 0.6006 0.844 0.084 0.000 0.000 0.072
#> SRR2052679 1 0.3913 0.5031 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2052678 3 0.0404 0.8354 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.2230 0.8318 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.3277 0.8081 0.148 0.832 0.000 0.008 0.012
#> SRR2052676 1 0.3876 0.5139 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR2052674 4 0.1612 0.7874 0.000 0.016 0.024 0.948 0.012
#> SRR2052672 3 0.0162 0.8359 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.3320 0.8054 0.152 0.828 0.000 0.008 0.012
#> SRR2052671 2 0.1153 0.8629 0.024 0.964 0.000 0.008 0.004
#> SRR2052670 3 0.0324 0.8361 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2052669 2 0.2286 0.8369 0.004 0.888 0.108 0.000 0.000
#> SRR2052668 1 0.3838 0.3460 0.716 0.280 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.5854 0.6142 0.020 0.652 0.200 0.128 0.000
#> SRR2052666 3 0.1604 0.8251 0.004 0.004 0.944 0.004 0.044
#> SRR2052665 2 0.4088 0.6493 0.304 0.688 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052664 5 0.2629 0.6349 0.136 0.000 0.000 0.004 0.860
#> SRR2052663 2 0.2656 0.8417 0.028 0.896 0.000 0.064 0.012
#> SRR2052662 2 0.0798 0.8635 0.016 0.976 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.0880 0.6399 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052660 3 0.1591 0.8222 0.000 0.004 0.940 0.004 0.052
#> SRR2052659 3 0.2976 0.7776 0.012 0.000 0.852 0.004 0.132
#> SRR2052658 2 0.6298 0.6035 0.232 0.612 0.120 0.000 0.036
#> SRR2052657 5 0.4305 -0.0724 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 2 0.4010 -0.464071 0.000 0.584 0.000 0.008 0.000 0.408
#> SRR2052701 2 0.5081 -0.187058 0.124 0.660 0.012 0.000 0.000 0.204
#> SRR2052700 4 0.3473 0.678344 0.004 0.024 0.000 0.780 0.000 0.192
#> SRR2052699 1 0.2968 0.598100 0.852 0.004 0.000 0.000 0.052 0.092
#> SRR2052698 3 0.4875 0.576277 0.004 0.172 0.704 0.016 0.000 0.104
#> SRR2052708 5 0.3390 0.446986 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR2052749 5 0.3288 0.475521 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR2052786 2 0.2740 0.412790 0.000 0.852 0.120 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052825 4 0.0260 0.766051 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052824 4 0.0508 0.764687 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2052823 2 0.4344 -0.491741 0.008 0.568 0.000 0.012 0.000 0.412
#> SRR2052822 2 0.5404 0.018946 0.000 0.488 0.408 0.004 0.000 0.100
#> SRR2052821 2 0.5127 -0.357850 0.000 0.528 0.044 0.020 0.000 0.408
#> SRR2052820 4 0.7620 0.257874 0.044 0.000 0.176 0.384 0.072 0.324
#> SRR2052819 4 0.3660 0.729342 0.000 0.032 0.044 0.832 0.012 0.080
#> SRR2052818 4 0.5230 0.242551 0.000 0.108 0.000 0.548 0.000 0.344
#> SRR2052817 3 0.4396 0.553698 0.000 0.208 0.704 0.000 0.000 0.088
#> SRR2052816 4 0.2765 0.741559 0.024 0.004 0.000 0.864 0.004 0.104
#> SRR2052815 4 0.0260 0.766051 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052814 2 0.6142 0.228314 0.000 0.592 0.200 0.120 0.000 0.088
#> SRR2052813 2 0.1745 0.405729 0.000 0.924 0.056 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052812 2 0.3756 -0.278120 0.004 0.676 0.004 0.000 0.000 0.316
#> SRR2052811 2 0.4093 -0.459517 0.000 0.584 0.000 0.012 0.000 0.404
#> SRR2052810 4 0.3023 0.695085 0.000 0.032 0.000 0.828 0.000 0.140
#> SRR2052809 2 0.4970 0.252627 0.000 0.580 0.336 0.000 0.000 0.084
#> SRR2052808 4 0.2225 0.747953 0.008 0.000 0.008 0.892 0.000 0.092
#> SRR2052807 5 0.4466 0.341389 0.000 0.000 0.000 0.260 0.672 0.068
#> SRR2052806 5 0.2912 0.543490 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR2052805 5 0.2883 0.546984 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR2052804 5 0.5471 0.101628 0.000 0.000 0.000 0.336 0.524 0.140
#> SRR2052803 5 0.2912 0.543647 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR2052802 5 0.5273 0.212263 0.000 0.000 0.000 0.284 0.580 0.136
#> SRR2052801 5 0.1851 0.614344 0.036 0.000 0.000 0.024 0.928 0.012
#> SRR2052800 5 0.5364 0.177486 0.000 0.000 0.000 0.300 0.560 0.140
#> SRR2052799 5 0.1820 0.616499 0.044 0.000 0.000 0.016 0.928 0.012
#> SRR2052798 1 0.3789 0.306652 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR2052797 2 0.4835 -0.332927 0.000 0.584 0.048 0.008 0.000 0.360
#> SRR2052796 5 0.1531 0.614908 0.068 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004
#> SRR2052795 5 0.3563 0.368992 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000
#> SRR2052794 5 0.1882 0.608859 0.024 0.000 0.000 0.028 0.928 0.020
#> SRR2052793 5 0.2100 0.605121 0.112 0.000 0.000 0.000 0.884 0.004
#> SRR2052792 5 0.6146 0.000128 0.000 0.000 0.004 0.272 0.424 0.300
#> SRR2052791 5 0.1398 0.616383 0.052 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR2052790 2 0.3248 0.404808 0.000 0.804 0.164 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052789 3 0.3551 0.631800 0.000 0.148 0.792 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052788 3 0.2595 0.685290 0.000 0.084 0.872 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052787 2 0.4067 0.381433 0.000 0.728 0.212 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052785 3 0.5292 0.361856 0.000 0.324 0.572 0.008 0.000 0.096
#> SRR2052784 2 0.4886 0.133402 0.000 0.540 0.396 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052783 3 0.4532 0.434924 0.000 0.308 0.636 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052782 2 0.1926 0.412267 0.000 0.912 0.068 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052781 3 0.5246 0.164390 0.000 0.416 0.488 0.000 0.000 0.096
#> SRR2052780 3 0.2311 0.695701 0.000 0.104 0.880 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052777 2 0.2988 0.415198 0.000 0.824 0.152 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052779 2 0.1616 0.402744 0.000 0.932 0.048 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052778 3 0.5941 0.499609 0.000 0.004 0.588 0.176 0.028 0.204
#> SRR2052776 2 0.5045 0.065356 0.000 0.512 0.412 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052775 3 0.2586 0.723339 0.000 0.032 0.868 0.000 0.000 0.100
#> SRR2052773 3 0.4249 0.512197 0.000 0.260 0.688 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052772 3 0.0713 0.719496 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052774 3 0.3107 0.660803 0.000 0.116 0.832 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052771 5 0.2042 0.606486 0.024 0.000 0.000 0.032 0.920 0.024
#> SRR2052769 4 0.6293 0.379175 0.000 0.208 0.060 0.556 0.000 0.176
#> SRR2052770 3 0.6008 0.498992 0.000 0.004 0.580 0.160 0.032 0.224
#> SRR2052768 2 0.3592 -0.337231 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052767 2 0.3578 -0.326814 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR2052766 4 0.6514 0.302897 0.000 0.000 0.028 0.432 0.244 0.296
#> SRR2052765 2 0.5694 -0.411752 0.000 0.496 0.004 0.148 0.000 0.352
#> SRR2052763 3 0.5050 0.603756 0.000 0.048 0.644 0.012 0.016 0.280
#> SRR2052764 2 0.4159 -0.445097 0.000 0.588 0.000 0.016 0.000 0.396
#> SRR2052761 3 0.5480 0.521595 0.052 0.000 0.552 0.016 0.016 0.364
#> SRR2052760 2 0.1901 0.301505 0.004 0.912 0.008 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052759 3 0.3555 0.638911 0.000 0.000 0.712 0.000 0.008 0.280
#> SRR2052762 2 0.3339 0.265699 0.048 0.824 0.008 0.000 0.000 0.120
#> SRR2052758 3 0.3354 0.682018 0.016 0.000 0.792 0.008 0.000 0.184
#> SRR2052756 1 0.3877 0.563327 0.748 0.000 0.000 0.004 0.208 0.040
#> SRR2052757 3 0.5683 0.299225 0.000 0.348 0.528 0.020 0.000 0.104
#> SRR2052755 1 0.2416 0.639679 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR2052754 5 0.2562 0.574645 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR2052753 1 0.2730 0.624069 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR2052752 5 0.2006 0.607684 0.104 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004
#> SRR2052750 1 0.2631 0.630586 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR2052751 3 0.6434 0.508052 0.172 0.048 0.560 0.012 0.000 0.208
#> SRR2052748 3 0.6567 0.372190 0.000 0.000 0.468 0.164 0.056 0.312
#> SRR2052747 1 0.3868 0.064774 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR2052746 3 0.3398 0.674559 0.000 0.012 0.768 0.000 0.004 0.216
#> SRR2052745 3 0.5703 0.494702 0.000 0.000 0.552 0.108 0.024 0.316
#> SRR2052744 1 0.2969 0.594214 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR2052741 1 0.5701 -0.270757 0.460 0.376 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2052743 2 0.5085 0.223860 0.132 0.688 0.028 0.000 0.000 0.152
#> SRR2052740 2 0.5364 -0.092783 0.276 0.572 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2052742 3 0.6282 0.311307 0.348 0.060 0.496 0.004 0.000 0.092
#> SRR2052739 2 0.2445 0.269133 0.000 0.872 0.020 0.000 0.000 0.108
#> SRR2052738 3 0.2980 0.685534 0.000 0.000 0.800 0.000 0.008 0.192
#> SRR2052736 1 0.5547 -0.142525 0.516 0.332 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2052735 1 0.1958 0.647306 0.896 0.000 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR2052734 1 0.2006 0.647498 0.892 0.000 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR2052737 2 0.2887 0.416282 0.000 0.844 0.120 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052733 3 0.5799 0.520483 0.000 0.004 0.584 0.116 0.028 0.268
#> SRR2052732 4 0.5925 -0.189048 0.000 0.212 0.000 0.416 0.000 0.372
#> SRR2052731 3 0.0865 0.719090 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052729 1 0.3659 0.415673 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR2052728 1 0.2562 0.634846 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR2052730 4 0.2263 0.734178 0.000 0.000 0.000 0.896 0.056 0.048
#> SRR2052727 1 0.3695 0.394454 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR2052725 1 0.4840 0.045179 0.552 0.012 0.000 0.400 0.000 0.036
#> SRR2052726 1 0.1958 0.647306 0.896 0.000 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR2052724 5 0.3244 0.487824 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR2052723 5 0.6787 -0.007509 0.000 0.000 0.048 0.240 0.408 0.304
#> SRR2052722 3 0.1003 0.719515 0.000 0.020 0.964 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052721 1 0.2697 0.626444 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR2052720 2 0.2308 0.417412 0.000 0.892 0.068 0.000 0.000 0.040
#> SRR2052719 2 0.3351 -0.215919 0.000 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2052718 1 0.2346 0.646475 0.868 0.000 0.000 0.000 0.124 0.008
#> SRR2052717 2 0.3066 0.247413 0.044 0.832 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052714 5 0.3129 0.605693 0.088 0.000 0.000 0.028 0.852 0.032
#> SRR2052716 4 0.7204 0.347344 0.032 0.000 0.128 0.436 0.072 0.332
#> SRR2052715 3 0.1364 0.721363 0.000 0.004 0.944 0.000 0.004 0.048
#> SRR2052713 5 0.3862 -0.034284 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR2052712 4 0.2537 0.719077 0.000 0.000 0.000 0.872 0.096 0.032
#> SRR2052711 4 0.5499 0.450867 0.308 0.004 0.000 0.584 0.020 0.084
#> SRR2052710 3 0.6379 0.190781 0.004 0.372 0.464 0.056 0.000 0.104
#> SRR2052707 3 0.1649 0.715035 0.000 0.032 0.932 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052709 3 0.1625 0.709049 0.000 0.060 0.928 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052704 3 0.6078 0.466238 0.000 0.000 0.560 0.184 0.036 0.220
#> SRR2052705 2 0.3098 0.153879 0.024 0.812 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2052697 6 0.5731 0.620688 0.128 0.428 0.000 0.008 0.000 0.436
#> SRR2052703 3 0.0632 0.720726 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052696 5 0.3869 -0.116528 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR2052706 2 0.5837 -0.419232 0.000 0.452 0.000 0.196 0.000 0.352
#> SRR2052695 2 0.1720 0.386508 0.000 0.928 0.040 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052694 2 0.1053 0.376680 0.004 0.964 0.020 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052692 3 0.3921 0.627275 0.000 0.000 0.676 0.004 0.012 0.308
#> SRR2052693 3 0.4249 0.677610 0.000 0.056 0.780 0.064 0.000 0.100
#> SRR2052691 1 0.1865 0.619275 0.920 0.000 0.000 0.000 0.040 0.040
#> SRR2052690 1 0.5772 -0.192092 0.468 0.348 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR2052689 4 0.1092 0.759260 0.000 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR2052687 4 0.0622 0.767016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR2052686 1 0.5857 0.065576 0.472 0.000 0.000 0.412 0.064 0.052
#> SRR2052688 2 0.3940 -0.318135 0.000 0.652 0.008 0.004 0.000 0.336
#> SRR2052684 5 0.6361 0.056325 0.000 0.000 0.020 0.232 0.444 0.304
#> SRR2052685 6 0.6283 0.631029 0.124 0.408 0.000 0.000 0.044 0.424
#> SRR2052683 5 0.3244 0.487001 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR2052681 4 0.0982 0.767041 0.004 0.004 0.000 0.968 0.004 0.020
#> SRR2052680 4 0.0363 0.765303 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052682 1 0.3858 0.611690 0.808 0.048 0.000 0.000 0.092 0.052
#> SRR2052679 1 0.3672 0.409201 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR2052678 3 0.2554 0.704296 0.000 0.076 0.876 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052677 2 0.3717 0.402868 0.000 0.780 0.148 0.000 0.000 0.072
#> SRR2052675 2 0.5509 -0.537983 0.164 0.544 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2052676 1 0.3684 0.401562 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR2052674 4 0.2632 0.695873 0.000 0.004 0.000 0.832 0.000 0.164
#> SRR2052672 3 0.1564 0.718902 0.000 0.040 0.936 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052673 2 0.5573 -0.536910 0.176 0.536 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2052671 2 0.4117 -0.275779 0.032 0.672 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2052670 3 0.0820 0.720621 0.000 0.012 0.972 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052669 2 0.3473 0.410622 0.004 0.804 0.144 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052668 1 0.4753 0.334907 0.708 0.116 0.008 0.004 0.000 0.164
#> SRR2052667 2 0.6419 0.303729 0.012 0.564 0.244 0.072 0.000 0.108
#> SRR2052666 3 0.2669 0.700895 0.000 0.008 0.836 0.000 0.000 0.156
#> SRR2052665 2 0.6703 -0.179425 0.268 0.444 0.036 0.004 0.000 0.248
#> SRR2052664 5 0.3139 0.600020 0.056 0.000 0.000 0.084 0.848 0.012
#> SRR2052663 2 0.4370 -0.525019 0.012 0.552 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR2052662 2 0.2375 0.345208 0.020 0.896 0.016 0.000 0.000 0.068
#> SRR2052661 1 0.1865 0.620457 0.920 0.000 0.000 0.000 0.040 0.040
#> SRR2052660 3 0.3076 0.664841 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2052659 3 0.4153 0.588279 0.000 0.000 0.636 0.000 0.024 0.340
#> SRR2052658 2 0.6464 0.202021 0.140 0.552 0.076 0.000 0.004 0.228
#> SRR2052657 5 0.3828 0.088109 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.730 0.885 0.949 0.4171 0.591 0.591
#> 3 3 0.390 0.617 0.744 0.4698 0.722 0.540
#> 4 4 0.529 0.684 0.813 0.1373 0.846 0.616
#> 5 5 0.641 0.723 0.812 0.0850 0.904 0.705
#> 6 6 0.702 0.709 0.815 0.0578 0.931 0.735
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052701 2 0.3584 0.90072 0.068 0.932
#> SRR2052700 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052699 2 0.6247 0.81366 0.156 0.844
#> SRR2052698 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052825 2 0.7453 0.70252 0.212 0.788
#> SRR2052824 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052823 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052820 2 0.6247 0.79273 0.156 0.844
#> SRR2052819 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052818 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052817 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052816 2 0.6973 0.76790 0.188 0.812
#> SRR2052815 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052814 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052810 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052809 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052807 1 0.4690 0.85935 0.900 0.100
#> SRR2052806 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.9087 0.58016 0.676 0.324
#> SRR2052803 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.9000 0.59917 0.684 0.316
#> SRR2052801 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.8713 0.63653 0.708 0.292
#> SRR2052799 1 0.0376 0.92097 0.996 0.004
#> SRR2052798 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.3274 0.88792 0.940 0.060
#> SRR2052793 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.9608 0.46558 0.616 0.384
#> SRR2052791 1 0.5178 0.84618 0.884 0.116
#> SRR2052790 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.2948 0.89327 0.948 0.052
#> SRR2052769 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052770 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052766 2 0.9635 0.28719 0.388 0.612
#> SRR2052765 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052763 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052761 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.1184 0.91554 0.984 0.016
#> SRR2052757 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052748 2 0.9963 0.00397 0.464 0.536
#> SRR2052747 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052744 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.5178 0.85701 0.116 0.884
#> SRR2052743 2 0.3584 0.90020 0.068 0.932
#> SRR2052740 2 0.4431 0.87983 0.092 0.908
#> SRR2052742 2 0.2778 0.91865 0.048 0.952
#> SRR2052739 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052738 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.7299 0.75266 0.204 0.796
#> SRR2052735 1 0.5946 0.80230 0.856 0.144
#> SRR2052734 1 0.7453 0.71240 0.788 0.212
#> SRR2052737 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052732 2 0.1184 0.94195 0.016 0.984
#> SRR2052731 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052730 1 0.9909 0.30103 0.556 0.444
#> SRR2052727 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.6247 0.81565 0.156 0.844
#> SRR2052726 1 0.1843 0.90892 0.972 0.028
#> SRR2052724 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052723 1 0.9850 0.35645 0.572 0.428
#> SRR2052722 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052718 2 0.9710 0.36023 0.400 0.600
#> SRR2052717 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052714 1 0.0672 0.91924 0.992 0.008
#> SRR2052716 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052715 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.9044 0.59063 0.680 0.320
#> SRR2052711 2 0.6712 0.79082 0.176 0.824
#> SRR2052710 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052707 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052697 2 0.5294 0.85410 0.120 0.880
#> SRR2052703 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052691 2 0.9286 0.49820 0.344 0.656
#> SRR2052690 2 0.6531 0.80046 0.168 0.832
#> SRR2052689 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052687 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052686 2 0.8207 0.67210 0.256 0.744
#> SRR2052688 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052684 1 0.6623 0.79428 0.828 0.172
#> SRR2052685 2 0.5629 0.83861 0.132 0.868
#> SRR2052683 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052681 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052680 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052682 2 0.9833 0.29240 0.424 0.576
#> SRR2052679 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.4431 0.87973 0.092 0.908
#> SRR2052676 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052672 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.5946 0.82841 0.144 0.856
#> SRR2052671 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.4690 0.87283 0.100 0.900
#> SRR2052667 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0376 0.95007 0.004 0.996
#> SRR2052664 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.5408 0.84628 0.124 0.876
#> SRR2052662 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052661 1 0.1184 0.91553 0.984 0.016
#> SRR2052660 2 0.0000 0.95285 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.8661 0.55666 0.288 0.712
#> SRR2052658 2 0.2423 0.92336 0.040 0.960
#> SRR2052657 1 0.0000 0.92251 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.1529 0.6886 0.000 0.960 0.040
#> SRR2052701 2 0.6083 0.5919 0.060 0.772 0.168
#> SRR2052700 2 0.5254 0.3662 0.000 0.736 0.264
#> SRR2052699 3 0.8525 0.2937 0.252 0.148 0.600
#> SRR2052698 3 0.6045 0.6862 0.000 0.380 0.620
#> SRR2052708 1 0.0661 0.8233 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052749 1 0.0000 0.8246 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.5835 0.2543 0.000 0.660 0.340
#> SRR2052825 2 0.7232 -0.1491 0.028 0.544 0.428
#> SRR2052824 3 0.6062 0.6215 0.000 0.384 0.616
#> SRR2052823 2 0.2066 0.6867 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052822 3 0.6095 0.6527 0.000 0.392 0.608
#> SRR2052821 2 0.4504 0.5277 0.000 0.804 0.196
#> SRR2052820 3 0.9460 0.2569 0.180 0.396 0.424
#> SRR2052819 3 0.6111 0.6474 0.000 0.396 0.604
#> SRR2052818 2 0.1411 0.6826 0.000 0.964 0.036
#> SRR2052817 3 0.5291 0.7905 0.000 0.268 0.732
#> SRR2052816 2 0.8048 0.4922 0.108 0.628 0.264
#> SRR2052815 2 0.6126 0.0417 0.000 0.600 0.400
#> SRR2052814 2 0.5733 0.2640 0.000 0.676 0.324
#> SRR2052813 2 0.2356 0.6832 0.000 0.928 0.072
#> SRR2052812 2 0.4062 0.6085 0.000 0.836 0.164
#> SRR2052811 2 0.1289 0.6871 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052810 2 0.4555 0.5798 0.000 0.800 0.200
#> SRR2052809 3 0.6280 0.5850 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052808 3 0.5968 0.6873 0.000 0.364 0.636
#> SRR2052807 1 0.7044 0.7046 0.620 0.032 0.348
#> SRR2052806 1 0.4654 0.7886 0.792 0.000 0.208
#> SRR2052805 1 0.4654 0.7886 0.792 0.000 0.208
#> SRR2052804 1 0.8628 0.3902 0.544 0.116 0.340
#> SRR2052803 1 0.4750 0.7883 0.784 0.000 0.216
#> SRR2052802 1 0.7394 0.5495 0.496 0.032 0.472
#> SRR2052801 1 0.4974 0.7827 0.764 0.000 0.236
#> SRR2052800 1 0.7453 0.6023 0.528 0.036 0.436
#> SRR2052799 1 0.5138 0.7751 0.748 0.000 0.252
#> SRR2052798 1 0.0000 0.8246 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.2537 0.6833 0.000 0.920 0.080
#> SRR2052796 1 0.4887 0.7835 0.772 0.000 0.228
#> SRR2052795 1 0.1643 0.8253 0.956 0.000 0.044
#> SRR2052794 1 0.5650 0.7430 0.688 0.000 0.312
#> SRR2052793 1 0.4887 0.7835 0.772 0.000 0.228
#> SRR2052792 1 0.8865 0.3346 0.476 0.120 0.404
#> SRR2052791 1 0.6081 0.7177 0.652 0.004 0.344
#> SRR2052790 3 0.6291 0.5856 0.000 0.468 0.532
#> SRR2052789 3 0.5397 0.7849 0.000 0.280 0.720
#> SRR2052788 3 0.5363 0.7860 0.000 0.276 0.724
#> SRR2052787 3 0.6308 0.5338 0.000 0.492 0.508
#> SRR2052785 3 0.6140 0.6523 0.000 0.404 0.596
#> SRR2052784 3 0.6225 0.5773 0.000 0.432 0.568
#> SRR2052783 3 0.5650 0.7650 0.000 0.312 0.688
#> SRR2052782 2 0.2878 0.6663 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052781 3 0.6225 0.6340 0.000 0.432 0.568
#> SRR2052780 3 0.5178 0.7893 0.000 0.256 0.744
#> SRR2052777 2 0.3340 0.6642 0.000 0.880 0.120
#> SRR2052779 2 0.2959 0.6634 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052778 3 0.5016 0.7861 0.000 0.240 0.760
#> SRR2052776 3 0.6286 0.4838 0.000 0.464 0.536
#> SRR2052775 3 0.5254 0.7878 0.000 0.264 0.736
#> SRR2052773 3 0.5497 0.7748 0.000 0.292 0.708
#> SRR2052772 3 0.5098 0.7880 0.000 0.248 0.752
#> SRR2052774 3 0.5529 0.7758 0.000 0.296 0.704
#> SRR2052771 1 0.5061 0.7928 0.784 0.008 0.208
#> SRR2052769 2 0.6244 -0.1688 0.000 0.560 0.440
#> SRR2052770 3 0.5968 0.6875 0.000 0.364 0.636
#> SRR2052768 2 0.1643 0.6895 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052767 2 0.1643 0.6890 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052766 3 0.5874 0.7460 0.032 0.208 0.760
#> SRR2052765 2 0.3116 0.6607 0.000 0.892 0.108
#> SRR2052763 3 0.5016 0.7861 0.000 0.240 0.760
#> SRR2052764 2 0.0237 0.6834 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052761 3 0.5621 0.7613 0.000 0.308 0.692
#> SRR2052760 2 0.1860 0.6878 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052759 3 0.5098 0.7883 0.000 0.248 0.752
#> SRR2052762 3 0.5948 0.7277 0.000 0.360 0.640
#> SRR2052758 3 0.5254 0.7855 0.000 0.264 0.736
#> SRR2052756 1 0.3213 0.7982 0.912 0.060 0.028
#> SRR2052757 3 0.5926 0.7157 0.000 0.356 0.644
#> SRR2052755 1 0.1877 0.8162 0.956 0.032 0.012
#> SRR2052754 1 0.4931 0.7820 0.768 0.000 0.232
#> SRR2052753 1 0.1525 0.8175 0.964 0.032 0.004
#> SRR2052752 1 0.0848 0.8231 0.984 0.008 0.008
#> SRR2052750 1 0.1877 0.8162 0.956 0.032 0.012
#> SRR2052751 3 0.5835 0.7248 0.000 0.340 0.660
#> SRR2052748 3 0.5551 0.7607 0.020 0.212 0.768
#> SRR2052747 1 0.1529 0.8235 0.960 0.000 0.040
#> SRR2052746 3 0.5327 0.7888 0.000 0.272 0.728
#> SRR2052745 3 0.4974 0.7768 0.000 0.236 0.764
#> SRR2052744 1 0.0000 0.8246 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.7692 0.5368 0.108 0.668 0.224
#> SRR2052743 2 0.7012 0.4417 0.040 0.652 0.308
#> SRR2052740 2 0.5371 0.6065 0.048 0.812 0.140
#> SRR2052742 3 0.7190 0.6872 0.044 0.320 0.636
#> SRR2052739 2 0.2356 0.6791 0.000 0.928 0.072
#> SRR2052738 3 0.5016 0.7861 0.000 0.240 0.760
#> SRR2052736 2 0.9150 0.3712 0.272 0.536 0.192
#> SRR2052735 1 0.6662 0.5761 0.716 0.052 0.232
#> SRR2052734 1 0.7368 0.3517 0.604 0.352 0.044
#> SRR2052737 2 0.4887 0.4788 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052733 3 0.5098 0.7880 0.000 0.248 0.752
#> SRR2052732 2 0.3715 0.6609 0.004 0.868 0.128
#> SRR2052731 3 0.5098 0.7880 0.000 0.248 0.752
#> SRR2052729 1 0.0000 0.8246 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.5610 0.6693 0.776 0.196 0.028
#> SRR2052730 3 0.9596 0.2382 0.336 0.212 0.452
#> SRR2052727 1 0.0000 0.8246 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.8399 0.4956 0.220 0.620 0.160
#> SRR2052726 1 0.5036 0.7333 0.832 0.048 0.120
#> SRR2052724 1 0.1877 0.8162 0.956 0.032 0.012
#> SRR2052723 3 0.9601 0.3051 0.312 0.224 0.464
#> SRR2052722 3 0.5016 0.7861 0.000 0.240 0.760
#> SRR2052721 1 0.0000 0.8246 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.2878 0.6714 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052719 2 0.1289 0.6871 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052718 1 0.9713 0.0400 0.444 0.240 0.316
#> SRR2052717 2 0.6215 -0.1079 0.000 0.572 0.428
#> SRR2052714 1 0.3237 0.8034 0.912 0.032 0.056
#> SRR2052716 3 0.5763 0.7439 0.016 0.244 0.740
#> SRR2052715 3 0.5760 0.7415 0.000 0.328 0.672
#> SRR2052713 1 0.1529 0.8235 0.960 0.000 0.040
#> SRR2052712 1 0.8862 0.4453 0.564 0.164 0.272
#> SRR2052711 3 0.8462 0.2738 0.288 0.124 0.588
#> SRR2052710 3 0.6168 0.6519 0.000 0.412 0.588
#> SRR2052707 3 0.5138 0.7884 0.000 0.252 0.748
#> SRR2052709 3 0.5397 0.7879 0.000 0.280 0.720
#> SRR2052704 3 0.4974 0.7851 0.000 0.236 0.764
#> SRR2052705 2 0.6302 -0.3166 0.000 0.520 0.480
#> SRR2052697 2 0.7585 0.5686 0.132 0.688 0.180
#> SRR2052703 3 0.5016 0.7861 0.000 0.240 0.760
#> SRR2052696 1 0.1163 0.8239 0.972 0.000 0.028
#> SRR2052706 2 0.2711 0.6751 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052695 2 0.5016 0.4140 0.000 0.760 0.240
#> SRR2052694 2 0.5988 0.0391 0.000 0.632 0.368
#> SRR2052692 3 0.5138 0.7896 0.000 0.252 0.748
#> SRR2052693 3 0.5397 0.7848 0.000 0.280 0.720
#> SRR2052691 3 0.9649 -0.0743 0.388 0.208 0.404
#> SRR2052690 2 0.9201 0.2872 0.160 0.488 0.352
#> SRR2052689 3 0.6111 0.5959 0.000 0.396 0.604
#> SRR2052687 3 0.5968 0.6576 0.000 0.364 0.636
#> SRR2052686 2 0.7138 0.3104 0.312 0.644 0.044
#> SRR2052688 2 0.1289 0.6871 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052684 1 0.7453 0.5620 0.644 0.064 0.292
#> SRR2052685 2 0.5746 0.5466 0.180 0.780 0.040
#> SRR2052683 1 0.3482 0.8112 0.872 0.000 0.128
#> SRR2052681 3 0.6180 0.6732 0.000 0.416 0.584
#> SRR2052680 3 0.6062 0.6219 0.000 0.384 0.616
#> SRR2052682 2 0.6205 0.2645 0.336 0.656 0.008
#> SRR2052679 1 0.0000 0.8246 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.5363 0.7856 0.000 0.276 0.724
#> SRR2052677 2 0.6267 -0.3863 0.000 0.548 0.452
#> SRR2052675 2 0.5174 0.6317 0.048 0.824 0.128
#> SRR2052676 1 0.1529 0.8235 0.960 0.000 0.040
#> SRR2052674 2 0.6079 0.1163 0.000 0.612 0.388
#> SRR2052672 3 0.5098 0.7880 0.000 0.248 0.752
#> SRR2052673 2 0.3425 0.6179 0.112 0.884 0.004
#> SRR2052671 2 0.0424 0.6850 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052670 3 0.5327 0.7858 0.000 0.272 0.728
#> SRR2052669 3 0.5905 0.7282 0.000 0.352 0.648
#> SRR2052668 3 0.8602 0.2696 0.100 0.408 0.492
#> SRR2052667 3 0.6168 0.6478 0.000 0.412 0.588
#> SRR2052666 3 0.5497 0.7791 0.000 0.292 0.708
#> SRR2052665 3 0.6813 0.4507 0.012 0.468 0.520
#> SRR2052664 1 0.3337 0.8197 0.908 0.032 0.060
#> SRR2052663 2 0.2945 0.6296 0.088 0.908 0.004
#> SRR2052662 2 0.3686 0.6280 0.000 0.860 0.140
#> SRR2052661 1 0.8693 0.1803 0.496 0.396 0.108
#> SRR2052660 3 0.5098 0.7881 0.000 0.248 0.752
#> SRR2052659 3 0.9045 0.4984 0.208 0.236 0.556
#> SRR2052658 3 0.7421 0.6722 0.084 0.240 0.676
#> SRR2052657 1 0.0237 0.8243 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.1557 0.76219 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052701 2 0.4595 0.72044 0.044 0.780 0.176 0.000
#> SRR2052700 2 0.5055 0.35330 0.008 0.624 0.368 0.000
#> SRR2052699 1 0.2773 0.80136 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR2052698 3 0.2814 0.72918 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR2052708 1 0.0188 0.92406 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052749 1 0.0779 0.92231 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2052786 2 0.4250 0.62196 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR2052825 3 0.5820 0.36233 0.008 0.352 0.612 0.028
#> SRR2052824 3 0.4381 0.67465 0.008 0.160 0.804 0.028
#> SRR2052823 2 0.2530 0.75791 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR2052822 3 0.4661 0.41471 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR2052821 2 0.4250 0.58303 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR2052820 3 0.4726 0.64659 0.048 0.164 0.784 0.004
#> SRR2052819 3 0.3528 0.66524 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR2052818 2 0.2973 0.68060 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR2052817 3 0.3311 0.69753 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR2052816 2 0.7576 0.26307 0.132 0.492 0.360 0.016
#> SRR2052815 2 0.6075 0.01495 0.008 0.488 0.476 0.028
#> SRR2052814 3 0.5000 -0.13586 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR2052813 2 0.2647 0.76293 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR2052812 2 0.3610 0.71115 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR2052811 2 0.1557 0.76256 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052810 2 0.4790 0.34494 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR2052809 3 0.4817 0.39993 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR2052808 3 0.3157 0.69770 0.000 0.144 0.852 0.004
#> SRR2052807 4 0.2684 0.89831 0.060 0.012 0.016 0.912
#> SRR2052806 4 0.1305 0.91814 0.036 0.004 0.000 0.960
#> SRR2052805 4 0.1305 0.91814 0.036 0.004 0.000 0.960
#> SRR2052804 3 0.6472 0.36516 0.344 0.036 0.592 0.028
#> SRR2052803 4 0.2831 0.85565 0.120 0.004 0.000 0.876
#> SRR2052802 4 0.3025 0.87448 0.024 0.016 0.060 0.900
#> SRR2052801 4 0.0188 0.92679 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052800 4 0.3960 0.87117 0.072 0.036 0.032 0.860
#> SRR2052799 4 0.0000 0.92641 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052798 1 0.0779 0.92231 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2052797 2 0.3356 0.73620 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR2052796 4 0.0336 0.92763 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052795 1 0.2345 0.87866 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2052794 4 0.0000 0.92641 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052793 4 0.0376 0.92730 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR2052792 3 0.6071 0.09867 0.004 0.036 0.528 0.432
#> SRR2052791 4 0.0469 0.92376 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052790 3 0.4955 0.30035 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR2052789 3 0.3764 0.63330 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR2052788 3 0.3569 0.65062 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR2052787 3 0.4948 0.30904 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR2052785 3 0.3649 0.68431 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR2052784 3 0.4999 0.00262 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR2052783 3 0.4193 0.58264 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR2052782 2 0.2704 0.75062 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052781 3 0.4277 0.59559 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR2052780 3 0.1302 0.75258 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR2052777 2 0.4222 0.65540 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR2052779 2 0.2973 0.74654 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR2052778 3 0.0707 0.74301 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2052776 3 0.4999 -0.09602 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR2052775 3 0.1557 0.75136 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR2052773 3 0.3726 0.63168 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR2052772 3 0.0188 0.74837 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052774 3 0.3801 0.62831 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR2052771 4 0.2814 0.85433 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR2052769 3 0.4933 0.05427 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR2052770 3 0.2408 0.71999 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR2052768 2 0.2469 0.76206 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR2052767 2 0.2081 0.76314 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2052766 3 0.2400 0.72603 0.004 0.044 0.924 0.028
#> SRR2052765 2 0.3569 0.68623 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR2052763 3 0.0817 0.75206 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052764 2 0.1211 0.75878 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2052761 3 0.2081 0.73936 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR2052760 2 0.1792 0.76609 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR2052759 3 0.0336 0.75013 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052762 3 0.4967 0.18163 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR2052758 3 0.0592 0.75100 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.92382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.2704 0.73231 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.92382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 4 0.0657 0.92721 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR2052753 1 0.0000 0.92382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0188 0.92406 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052750 1 0.0000 0.92382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 3 0.2814 0.71864 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR2052748 3 0.1929 0.72890 0.000 0.036 0.940 0.024
#> SRR2052747 1 0.2714 0.86195 0.884 0.004 0.000 0.112
#> SRR2052746 3 0.1637 0.74949 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR2052745 3 0.1792 0.74962 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR2052744 1 0.0779 0.92231 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2052741 2 0.7558 0.34160 0.360 0.444 0.196 0.000
#> SRR2052743 2 0.4907 0.41640 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR2052740 2 0.2888 0.74860 0.004 0.872 0.124 0.000
#> SRR2052742 3 0.6477 0.41995 0.264 0.116 0.620 0.000
#> SRR2052739 2 0.2589 0.75442 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR2052738 3 0.0188 0.74837 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052736 1 0.2412 0.84831 0.908 0.084 0.008 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.92382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0779 0.92231 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR2052737 2 0.4933 0.21555 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2052733 3 0.0921 0.75128 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052732 2 0.3842 0.74014 0.036 0.836 0.128 0.000
#> SRR2052731 3 0.1302 0.75173 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR2052729 1 0.0469 0.92354 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052728 1 0.2125 0.88986 0.920 0.004 0.000 0.076
#> SRR2052730 3 0.3823 0.68975 0.012 0.108 0.852 0.028
#> SRR2052727 1 0.0469 0.92354 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052725 1 0.4440 0.73924 0.804 0.136 0.060 0.000
#> SRR2052726 1 0.0000 0.92382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.92382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.2089 0.74486 0.012 0.020 0.940 0.028
#> SRR2052722 3 0.0336 0.74989 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052721 1 0.0469 0.92354 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052720 2 0.2868 0.74990 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR2052719 2 0.1211 0.75835 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2052718 1 0.0188 0.92275 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052717 2 0.4776 0.42575 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR2052714 1 0.1022 0.90397 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2052716 3 0.2825 0.72859 0.012 0.056 0.908 0.024
#> SRR2052715 3 0.1211 0.74782 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR2052713 1 0.2593 0.86904 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR2052712 3 0.6589 0.56276 0.128 0.128 0.700 0.044
#> SRR2052711 1 0.1890 0.87745 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR2052710 3 0.3801 0.66132 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR2052707 3 0.0592 0.75042 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052709 3 0.2081 0.73950 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR2052704 3 0.1118 0.73649 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2052705 2 0.4888 0.33254 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR2052697 2 0.6756 0.52909 0.252 0.600 0.148 0.000
#> SRR2052703 3 0.0188 0.74837 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052696 1 0.2125 0.88986 0.920 0.004 0.000 0.076
#> SRR2052706 2 0.4406 0.49753 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR2052695 2 0.3311 0.72370 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR2052694 2 0.4564 0.50815 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR2052692 3 0.1302 0.75048 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR2052693 3 0.2345 0.74133 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR2052691 1 0.0336 0.92109 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052690 1 0.6323 0.47676 0.640 0.248 0.112 0.000
#> SRR2052689 3 0.4446 0.63616 0.000 0.196 0.776 0.028
#> SRR2052687 3 0.4186 0.67210 0.004 0.164 0.808 0.024
#> SRR2052686 1 0.0921 0.91090 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.1557 0.76360 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052684 3 0.4562 0.65766 0.116 0.036 0.820 0.028
#> SRR2052685 2 0.3160 0.71944 0.108 0.872 0.020 0.000
#> SRR2052683 4 0.4632 0.55547 0.308 0.004 0.000 0.688
#> SRR2052681 3 0.3853 0.68688 0.020 0.160 0.820 0.000
#> SRR2052680 3 0.4188 0.67713 0.008 0.144 0.820 0.028
#> SRR2052682 1 0.0921 0.91243 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.0707 0.92215 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052678 3 0.2149 0.74201 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR2052677 3 0.4992 0.15220 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR2052675 2 0.2675 0.75796 0.008 0.892 0.100 0.000
#> SRR2052676 1 0.2593 0.86904 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR2052674 3 0.4994 0.00488 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR2052672 3 0.0921 0.75269 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052673 2 0.2892 0.74416 0.068 0.896 0.036 0.000
#> SRR2052671 2 0.1970 0.76549 0.008 0.932 0.060 0.000
#> SRR2052670 3 0.2081 0.73455 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR2052669 3 0.4746 0.40694 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR2052668 1 0.6796 0.37311 0.596 0.152 0.252 0.000
#> SRR2052667 3 0.4905 0.40486 0.004 0.364 0.632 0.000
#> SRR2052666 3 0.4222 0.57245 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR2052665 3 0.7121 0.25379 0.164 0.292 0.544 0.000
#> SRR2052664 1 0.3610 0.72414 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2052663 2 0.1174 0.74734 0.012 0.968 0.020 0.000
#> SRR2052662 2 0.4103 0.64268 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR2052661 1 0.0000 0.92382 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.0469 0.75023 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052659 3 0.1174 0.75265 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR2052658 3 0.5798 0.58841 0.112 0.184 0.704 0.000
#> SRR2052657 1 0.0336 0.92385 0.992 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.1493 0.7361 0.000 0.948 0.028 0.024 0.000
#> SRR2052701 2 0.5794 0.6597 0.100 0.704 0.100 0.096 0.000
#> SRR2052700 2 0.5114 0.3313 0.008 0.600 0.032 0.360 0.000
#> SRR2052699 1 0.2067 0.8835 0.924 0.004 0.044 0.028 0.000
#> SRR2052698 3 0.1195 0.8136 0.000 0.012 0.960 0.028 0.000
#> SRR2052708 1 0.0880 0.9074 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2052749 1 0.1444 0.9052 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR2052786 2 0.4104 0.7087 0.000 0.788 0.124 0.088 0.000
#> SRR2052825 4 0.3319 0.8221 0.008 0.040 0.100 0.852 0.000
#> SRR2052824 4 0.3124 0.8346 0.008 0.008 0.144 0.840 0.000
#> SRR2052823 2 0.3134 0.6988 0.000 0.848 0.120 0.032 0.000
#> SRR2052822 3 0.3242 0.7708 0.000 0.072 0.852 0.076 0.000
#> SRR2052821 2 0.4104 0.6372 0.000 0.748 0.220 0.032 0.000
#> SRR2052820 3 0.6421 0.1827 0.008 0.328 0.512 0.152 0.000
#> SRR2052819 3 0.4317 0.7427 0.000 0.116 0.772 0.112 0.000
#> SRR2052818 2 0.3519 0.5843 0.000 0.776 0.008 0.216 0.000
#> SRR2052817 3 0.1082 0.8152 0.000 0.008 0.964 0.028 0.000
#> SRR2052816 4 0.4400 0.6702 0.032 0.176 0.024 0.768 0.000
#> SRR2052815 4 0.3463 0.7926 0.008 0.072 0.072 0.848 0.000
#> SRR2052814 3 0.4599 0.5701 0.000 0.272 0.688 0.040 0.000
#> SRR2052813 2 0.4718 0.6764 0.000 0.728 0.180 0.092 0.000
#> SRR2052812 2 0.2358 0.7245 0.000 0.888 0.104 0.008 0.000
#> SRR2052811 2 0.1403 0.7359 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000
#> SRR2052810 4 0.4385 0.7203 0.000 0.180 0.068 0.752 0.000
#> SRR2052809 3 0.3697 0.7651 0.000 0.080 0.820 0.100 0.000
#> SRR2052808 3 0.4880 0.3576 0.000 0.348 0.616 0.036 0.000
#> SRR2052807 5 0.2193 0.8170 0.008 0.000 0.000 0.092 0.900
#> SRR2052806 5 0.0703 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR2052805 5 0.0162 0.8696 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052804 4 0.3159 0.7809 0.056 0.000 0.088 0.856 0.000
#> SRR2052803 5 0.3946 0.7557 0.120 0.000 0.000 0.080 0.800
#> SRR2052802 5 0.2763 0.7800 0.004 0.000 0.000 0.148 0.848
#> SRR2052801 5 0.0404 0.8649 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052800 5 0.4884 0.4073 0.008 0.000 0.016 0.392 0.584
#> SRR2052799 5 0.0000 0.8698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052798 1 0.1195 0.9047 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR2052797 2 0.4193 0.6574 0.000 0.748 0.212 0.040 0.000
#> SRR2052796 5 0.0000 0.8698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052795 1 0.2797 0.8614 0.880 0.000 0.000 0.060 0.060
#> SRR2052794 5 0.0000 0.8698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052793 5 0.0162 0.8696 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052792 4 0.3309 0.8132 0.000 0.000 0.128 0.836 0.036
#> SRR2052791 5 0.0000 0.8698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052790 3 0.4982 0.6263 0.000 0.220 0.692 0.088 0.000
#> SRR2052789 3 0.2221 0.8076 0.000 0.036 0.912 0.052 0.000
#> SRR2052788 3 0.0798 0.8134 0.000 0.008 0.976 0.016 0.000
#> SRR2052787 3 0.4982 0.6228 0.000 0.220 0.692 0.088 0.000
#> SRR2052785 3 0.1300 0.8144 0.000 0.016 0.956 0.028 0.000
#> SRR2052784 3 0.4558 0.6580 0.000 0.216 0.724 0.060 0.000
#> SRR2052783 3 0.1956 0.8061 0.000 0.076 0.916 0.008 0.000
#> SRR2052782 2 0.5843 0.2328 0.000 0.512 0.388 0.100 0.000
#> SRR2052781 3 0.1493 0.8148 0.000 0.024 0.948 0.028 0.000
#> SRR2052780 3 0.3003 0.8017 0.000 0.092 0.864 0.044 0.000
#> SRR2052777 3 0.5302 0.3053 0.000 0.344 0.592 0.064 0.000
#> SRR2052779 2 0.5766 0.2532 0.000 0.516 0.392 0.092 0.000
#> SRR2052778 3 0.2732 0.7353 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR2052776 3 0.3596 0.6845 0.000 0.212 0.776 0.012 0.000
#> SRR2052775 3 0.2514 0.8088 0.000 0.060 0.896 0.044 0.000
#> SRR2052773 3 0.1117 0.8147 0.000 0.016 0.964 0.020 0.000
#> SRR2052772 3 0.0609 0.8073 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052774 3 0.0912 0.8136 0.000 0.012 0.972 0.016 0.000
#> SRR2052771 5 0.6127 0.2350 0.128 0.000 0.000 0.416 0.456
#> SRR2052769 3 0.5527 0.1685 0.000 0.388 0.540 0.072 0.000
#> SRR2052770 3 0.3487 0.6816 0.000 0.008 0.780 0.212 0.000
#> SRR2052768 2 0.2595 0.7328 0.000 0.888 0.080 0.032 0.000
#> SRR2052767 2 0.2423 0.7236 0.000 0.896 0.080 0.024 0.000
#> SRR2052766 4 0.2852 0.8251 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR2052765 2 0.4364 0.6647 0.000 0.768 0.120 0.112 0.000
#> SRR2052763 3 0.1626 0.8081 0.000 0.016 0.940 0.044 0.000
#> SRR2052764 2 0.0703 0.7330 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2052761 3 0.3940 0.6063 0.000 0.220 0.756 0.024 0.000
#> SRR2052760 2 0.2712 0.7262 0.000 0.880 0.032 0.088 0.000
#> SRR2052759 3 0.1701 0.8062 0.000 0.016 0.936 0.048 0.000
#> SRR2052762 3 0.5422 0.4957 0.000 0.296 0.616 0.088 0.000
#> SRR2052758 3 0.0671 0.8097 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR2052756 1 0.0771 0.9094 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR2052757 3 0.1168 0.8129 0.000 0.008 0.960 0.032 0.000
#> SRR2052755 1 0.0510 0.9102 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052754 5 0.1399 0.8553 0.020 0.000 0.000 0.028 0.952
#> SRR2052753 1 0.0404 0.9107 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0290 0.9104 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052751 3 0.2390 0.7932 0.000 0.084 0.896 0.020 0.000
#> SRR2052748 4 0.4219 0.4891 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR2052747 1 0.2951 0.8414 0.860 0.000 0.000 0.028 0.112
#> SRR2052746 3 0.4238 0.7587 0.000 0.136 0.776 0.088 0.000
#> SRR2052745 3 0.4199 0.7263 0.000 0.068 0.772 0.160 0.000
#> SRR2052744 1 0.1195 0.9047 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR2052741 1 0.6677 0.3482 0.540 0.244 0.196 0.020 0.000
#> SRR2052743 3 0.5086 0.1498 0.000 0.396 0.564 0.040 0.000
#> SRR2052740 2 0.2189 0.7302 0.000 0.904 0.012 0.084 0.000
#> SRR2052742 3 0.2171 0.7890 0.064 0.024 0.912 0.000 0.000
#> SRR2052739 2 0.5472 0.5278 0.000 0.632 0.260 0.108 0.000
#> SRR2052738 3 0.0510 0.8097 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052736 1 0.2359 0.8705 0.904 0.036 0.000 0.060 0.000
#> SRR2052735 1 0.0609 0.9102 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2052734 1 0.1195 0.9047 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR2052737 3 0.3876 0.7035 0.000 0.192 0.776 0.032 0.000
#> SRR2052733 3 0.2516 0.7558 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR2052732 2 0.3647 0.6546 0.000 0.816 0.052 0.132 0.000
#> SRR2052731 3 0.0451 0.8098 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR2052729 1 0.0290 0.9104 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052728 1 0.2193 0.8811 0.912 0.000 0.000 0.028 0.060
#> SRR2052730 4 0.3196 0.8192 0.000 0.004 0.192 0.804 0.000
#> SRR2052727 1 0.0290 0.9104 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052725 1 0.3532 0.8250 0.848 0.092 0.024 0.036 0.000
#> SRR2052726 1 0.0609 0.9102 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2052724 1 0.0963 0.9057 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2052723 3 0.4015 0.5746 0.004 0.004 0.708 0.284 0.000
#> SRR2052722 3 0.0510 0.8087 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052721 1 0.0290 0.9104 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052720 2 0.5507 0.4446 0.000 0.596 0.316 0.088 0.000
#> SRR2052719 2 0.2293 0.7274 0.000 0.900 0.016 0.084 0.000
#> SRR2052718 1 0.0794 0.9085 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2052717 2 0.5736 0.0164 0.000 0.468 0.448 0.084 0.000
#> SRR2052714 1 0.1478 0.9014 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2052716 4 0.4892 0.2635 0.004 0.016 0.484 0.496 0.000
#> SRR2052715 3 0.1410 0.8018 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2052713 1 0.2900 0.8450 0.864 0.000 0.000 0.028 0.108
#> SRR2052712 4 0.2824 0.8255 0.020 0.000 0.116 0.864 0.000
#> SRR2052711 1 0.1948 0.8911 0.932 0.008 0.036 0.024 0.000
#> SRR2052710 3 0.0992 0.8141 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> SRR2052707 3 0.1205 0.8032 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR2052709 3 0.0912 0.8134 0.000 0.012 0.972 0.016 0.000
#> SRR2052704 3 0.2424 0.7495 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR2052705 2 0.4321 0.3356 0.000 0.600 0.396 0.004 0.000
#> SRR2052697 2 0.3919 0.6709 0.076 0.816 0.100 0.008 0.000
#> SRR2052703 3 0.0510 0.8079 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052696 1 0.2193 0.8811 0.912 0.000 0.000 0.028 0.060
#> SRR2052706 2 0.3612 0.6355 0.000 0.800 0.028 0.172 0.000
#> SRR2052695 2 0.4832 0.6521 0.000 0.712 0.200 0.088 0.000
#> SRR2052694 2 0.5491 0.4412 0.000 0.600 0.312 0.088 0.000
#> SRR2052692 3 0.2450 0.8067 0.000 0.052 0.900 0.048 0.000
#> SRR2052693 3 0.4010 0.7676 0.000 0.088 0.796 0.116 0.000
#> SRR2052691 1 0.1243 0.9053 0.960 0.004 0.008 0.028 0.000
#> SRR2052690 1 0.5710 0.2575 0.536 0.400 0.040 0.024 0.000
#> SRR2052689 4 0.3053 0.8314 0.000 0.008 0.164 0.828 0.000
#> SRR2052687 4 0.3128 0.8300 0.004 0.004 0.168 0.824 0.000
#> SRR2052686 1 0.1195 0.9046 0.960 0.012 0.000 0.028 0.000
#> SRR2052688 2 0.1915 0.7417 0.000 0.928 0.040 0.032 0.000
#> SRR2052684 4 0.3764 0.8018 0.044 0.000 0.156 0.800 0.000
#> SRR2052685 2 0.2434 0.7182 0.048 0.908 0.008 0.036 0.000
#> SRR2052683 5 0.4276 0.5935 0.256 0.000 0.000 0.028 0.716
#> SRR2052681 3 0.5771 0.5264 0.028 0.100 0.664 0.208 0.000
#> SRR2052680 4 0.3035 0.8337 0.008 0.008 0.136 0.848 0.000
#> SRR2052682 1 0.0865 0.9091 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR2052679 1 0.0807 0.9089 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2052678 3 0.3184 0.7961 0.000 0.100 0.852 0.048 0.000
#> SRR2052677 3 0.5010 0.6227 0.000 0.224 0.688 0.088 0.000
#> SRR2052675 2 0.0451 0.7357 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052676 1 0.2900 0.8450 0.864 0.000 0.000 0.028 0.108
#> SRR2052674 4 0.4901 0.6697 0.000 0.216 0.084 0.700 0.000
#> SRR2052672 3 0.0880 0.8059 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2052673 2 0.0451 0.7336 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052671 2 0.2932 0.7249 0.004 0.864 0.020 0.112 0.000
#> SRR2052670 3 0.0510 0.8086 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052669 3 0.5142 0.5853 0.000 0.244 0.668 0.088 0.000
#> SRR2052668 1 0.5566 0.5821 0.672 0.092 0.216 0.020 0.000
#> SRR2052667 3 0.4583 0.6663 0.004 0.192 0.740 0.064 0.000
#> SRR2052666 3 0.3798 0.7462 0.000 0.128 0.808 0.064 0.000
#> SRR2052665 3 0.5284 0.0793 0.040 0.424 0.532 0.004 0.000
#> SRR2052664 1 0.4357 0.7255 0.768 0.000 0.000 0.104 0.128
#> SRR2052663 2 0.1502 0.7360 0.004 0.940 0.000 0.056 0.000
#> SRR2052662 2 0.5552 0.4354 0.000 0.584 0.328 0.088 0.000
#> SRR2052661 1 0.0703 0.9092 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2052660 3 0.0510 0.8086 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052659 3 0.1569 0.8080 0.004 0.008 0.944 0.044 0.000
#> SRR2052658 3 0.5380 0.6922 0.032 0.152 0.716 0.100 0.000
#> SRR2052657 1 0.0290 0.9104 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 6 0.1528 0.8177 0.000 0.048 0.016 0.000 0.000 0.936
#> SRR2052701 2 0.4591 0.7424 0.008 0.724 0.068 0.012 0.000 0.188
#> SRR2052700 6 0.4360 0.6073 0.004 0.028 0.016 0.248 0.000 0.704
#> SRR2052699 1 0.2629 0.8151 0.892 0.040 0.040 0.024 0.000 0.004
#> SRR2052698 3 0.0508 0.8187 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052708 1 0.2136 0.8419 0.904 0.048 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.3939 0.8034 0.796 0.112 0.000 0.060 0.000 0.032
#> SRR2052786 2 0.3276 0.7751 0.000 0.816 0.052 0.000 0.000 0.132
#> SRR2052825 4 0.2321 0.7931 0.004 0.008 0.032 0.904 0.000 0.052
#> SRR2052824 4 0.2154 0.8050 0.004 0.004 0.064 0.908 0.000 0.020
#> SRR2052823 6 0.1411 0.8142 0.000 0.000 0.060 0.004 0.000 0.936
#> SRR2052822 3 0.2743 0.7388 0.000 0.164 0.828 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052821 6 0.3907 0.7338 0.000 0.088 0.132 0.004 0.000 0.776
#> SRR2052820 3 0.6320 0.1260 0.004 0.056 0.464 0.096 0.000 0.380
#> SRR2052819 3 0.4788 0.7078 0.000 0.084 0.740 0.080 0.000 0.096
#> SRR2052818 6 0.2340 0.7480 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR2052817 3 0.1176 0.8216 0.000 0.020 0.956 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052816 4 0.3608 0.6752 0.012 0.008 0.008 0.776 0.000 0.196
#> SRR2052815 4 0.2245 0.7908 0.004 0.008 0.028 0.908 0.000 0.052
#> SRR2052814 3 0.4418 0.4272 0.000 0.012 0.604 0.016 0.000 0.368
#> SRR2052813 2 0.5015 0.5275 0.000 0.564 0.084 0.000 0.000 0.352
#> SRR2052812 6 0.3916 0.7125 0.000 0.184 0.064 0.000 0.000 0.752
#> SRR2052811 6 0.1528 0.8182 0.000 0.048 0.016 0.000 0.000 0.936
#> SRR2052810 4 0.3409 0.7066 0.000 0.000 0.028 0.780 0.000 0.192
#> SRR2052809 3 0.4242 0.1426 0.000 0.412 0.572 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052808 3 0.5369 0.2976 0.000 0.040 0.552 0.044 0.000 0.364
#> SRR2052807 5 0.0865 0.8346 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2052806 5 0.3369 0.8176 0.000 0.108 0.000 0.028 0.832 0.032
#> SRR2052805 5 0.2570 0.8382 0.000 0.064 0.000 0.024 0.888 0.024
#> SRR2052804 4 0.1542 0.7816 0.016 0.016 0.024 0.944 0.000 0.000
#> SRR2052803 5 0.6935 0.6485 0.116 0.132 0.000 0.104 0.584 0.064
#> SRR2052802 5 0.1814 0.7986 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR2052801 5 0.0000 0.8497 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052800 5 0.4339 0.2097 0.004 0.004 0.008 0.452 0.532 0.000
#> SRR2052799 5 0.0000 0.8497 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.4300 0.7753 0.768 0.128 0.000 0.040 0.000 0.064
#> SRR2052797 6 0.4666 0.6694 0.000 0.128 0.156 0.008 0.000 0.708
#> SRR2052796 5 0.0000 0.8497 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.4272 0.7873 0.788 0.088 0.000 0.084 0.024 0.016
#> SRR2052794 5 0.0000 0.8497 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052793 5 0.1644 0.8472 0.000 0.052 0.000 0.004 0.932 0.012
#> SRR2052792 4 0.1757 0.7937 0.000 0.012 0.052 0.928 0.008 0.000
#> SRR2052791 5 0.1007 0.8487 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR2052790 2 0.3065 0.7634 0.000 0.820 0.152 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052789 3 0.1349 0.8118 0.000 0.056 0.940 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0508 0.8188 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.2912 0.7518 0.000 0.816 0.172 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052785 3 0.1332 0.8194 0.000 0.028 0.952 0.008 0.000 0.012
#> SRR2052784 3 0.3825 0.6836 0.000 0.160 0.768 0.000 0.000 0.072
#> SRR2052783 3 0.1863 0.7873 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.5788 0.4782 0.000 0.484 0.316 0.000 0.000 0.200
#> SRR2052781 3 0.1528 0.8196 0.000 0.028 0.944 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052780 3 0.2505 0.7953 0.000 0.092 0.880 0.020 0.000 0.008
#> SRR2052777 3 0.5571 0.2658 0.000 0.220 0.552 0.000 0.000 0.228
#> SRR2052779 2 0.6040 0.4056 0.000 0.420 0.288 0.000 0.000 0.292
#> SRR2052778 3 0.2902 0.7104 0.000 0.004 0.800 0.196 0.000 0.000
#> SRR2052776 3 0.4008 0.5436 0.000 0.016 0.672 0.004 0.000 0.308
#> SRR2052775 3 0.2405 0.8052 0.000 0.100 0.880 0.016 0.000 0.004
#> SRR2052773 3 0.0777 0.8200 0.000 0.024 0.972 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052772 3 0.0458 0.8186 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0713 0.8174 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052771 4 0.5773 -0.1340 0.112 0.016 0.000 0.456 0.416 0.000
#> SRR2052769 6 0.4576 0.1025 0.000 0.004 0.436 0.028 0.000 0.532
#> SRR2052770 3 0.3541 0.6212 0.000 0.000 0.728 0.260 0.000 0.012
#> SRR2052768 6 0.1933 0.8233 0.000 0.032 0.044 0.004 0.000 0.920
#> SRR2052767 6 0.1549 0.8205 0.000 0.020 0.044 0.000 0.000 0.936
#> SRR2052766 4 0.2006 0.7993 0.000 0.016 0.080 0.904 0.000 0.000
#> SRR2052765 6 0.3103 0.7936 0.000 0.020 0.064 0.060 0.000 0.856
#> SRR2052763 3 0.2287 0.8132 0.000 0.048 0.904 0.036 0.000 0.012
#> SRR2052764 6 0.1501 0.8079 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2052761 3 0.4244 0.6493 0.000 0.040 0.740 0.024 0.000 0.196
#> SRR2052760 2 0.3053 0.7588 0.000 0.812 0.020 0.000 0.000 0.168
#> SRR2052759 3 0.0993 0.8219 0.000 0.024 0.964 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.3660 0.7672 0.000 0.800 0.100 0.004 0.000 0.096
#> SRR2052758 3 0.1155 0.8144 0.000 0.036 0.956 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052756 1 0.0692 0.8554 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.1151 0.8223 0.000 0.032 0.956 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052755 1 0.0603 0.8563 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052754 5 0.4119 0.7920 0.016 0.084 0.000 0.036 0.804 0.060
#> SRR2052753 1 0.0603 0.8563 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.1219 0.8502 0.948 0.048 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052750 1 0.0291 0.8570 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052751 3 0.2174 0.8095 0.000 0.036 0.912 0.016 0.000 0.036
#> SRR2052748 4 0.4305 0.2419 0.000 0.020 0.436 0.544 0.000 0.000
#> SRR2052747 1 0.5216 0.7406 0.724 0.132 0.000 0.040 0.040 0.064
#> SRR2052746 3 0.3670 0.6448 0.000 0.240 0.736 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.4572 0.6894 0.000 0.116 0.708 0.172 0.000 0.004
#> SRR2052744 1 0.3805 0.7954 0.812 0.084 0.000 0.040 0.000 0.064
#> SRR2052741 1 0.7624 -0.0276 0.372 0.236 0.180 0.004 0.000 0.208
#> SRR2052743 2 0.5835 0.4608 0.000 0.484 0.336 0.004 0.000 0.176
#> SRR2052740 2 0.3266 0.6757 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2052742 3 0.1950 0.8083 0.032 0.028 0.924 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052739 2 0.3432 0.7806 0.000 0.800 0.052 0.000 0.000 0.148
#> SRR2052738 3 0.0520 0.8203 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052736 1 0.4335 0.0882 0.508 0.472 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.0508 0.8567 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.3737 0.7974 0.816 0.084 0.000 0.036 0.000 0.064
#> SRR2052737 3 0.3377 0.7165 0.000 0.028 0.784 0.000 0.000 0.188
#> SRR2052733 3 0.3424 0.6945 0.000 0.024 0.772 0.204 0.000 0.000
#> SRR2052732 6 0.1633 0.8151 0.000 0.000 0.024 0.044 0.000 0.932
#> SRR2052731 3 0.0146 0.8191 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.0146 0.8566 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.4409 0.7807 0.788 0.084 0.000 0.040 0.024 0.064
#> SRR2052730 4 0.2121 0.8020 0.000 0.000 0.096 0.892 0.000 0.012
#> SRR2052727 1 0.1075 0.8507 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.3268 0.7965 0.848 0.012 0.020 0.024 0.000 0.096
#> SRR2052726 1 0.0508 0.8567 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.2119 0.8386 0.904 0.036 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.4253 0.5629 0.004 0.032 0.668 0.296 0.000 0.000
#> SRR2052722 3 0.0291 0.8190 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.0146 0.8566 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.3325 0.7863 0.000 0.820 0.084 0.000 0.000 0.096
#> SRR2052719 2 0.3360 0.6872 0.000 0.732 0.004 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052718 1 0.0692 0.8554 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.3108 0.7753 0.000 0.828 0.044 0.000 0.000 0.128
#> SRR2052714 1 0.1858 0.8377 0.912 0.012 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2052716 4 0.5288 0.0746 0.000 0.048 0.452 0.476 0.000 0.024
#> SRR2052715 3 0.1340 0.8178 0.000 0.004 0.948 0.040 0.000 0.008
#> SRR2052713 1 0.4839 0.7640 0.760 0.096 0.000 0.040 0.040 0.064
#> SRR2052712 4 0.1686 0.8005 0.004 0.004 0.052 0.932 0.000 0.008
#> SRR2052711 1 0.1760 0.8459 0.936 0.012 0.028 0.020 0.000 0.004
#> SRR2052710 3 0.1148 0.8218 0.000 0.016 0.960 0.020 0.000 0.004
#> SRR2052707 3 0.0806 0.8196 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0363 0.8198 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.3017 0.7364 0.000 0.020 0.816 0.164 0.000 0.000
#> SRR2052705 6 0.3773 0.6544 0.000 0.044 0.204 0.000 0.000 0.752
#> SRR2052697 6 0.1801 0.8155 0.016 0.004 0.056 0.000 0.000 0.924
#> SRR2052703 3 0.0000 0.8185 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.4935 0.7544 0.740 0.132 0.000 0.040 0.024 0.064
#> SRR2052706 6 0.2220 0.8169 0.000 0.020 0.020 0.052 0.000 0.908
#> SRR2052695 2 0.3372 0.7858 0.000 0.816 0.084 0.000 0.000 0.100
#> SRR2052694 2 0.3202 0.7760 0.000 0.816 0.040 0.000 0.000 0.144
#> SRR2052692 3 0.2199 0.8090 0.000 0.088 0.892 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.4527 0.6564 0.000 0.236 0.680 0.084 0.000 0.000
#> SRR2052691 1 0.0806 0.8549 0.972 0.008 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052690 6 0.6007 0.5193 0.240 0.140 0.020 0.016 0.000 0.584
#> SRR2052689 4 0.2170 0.7989 0.000 0.000 0.100 0.888 0.000 0.012
#> SRR2052687 4 0.2400 0.7857 0.000 0.008 0.116 0.872 0.000 0.004
#> SRR2052686 1 0.1148 0.8518 0.960 0.004 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR2052688 6 0.2605 0.7947 0.000 0.108 0.028 0.000 0.000 0.864
#> SRR2052684 4 0.3023 0.7690 0.036 0.036 0.064 0.864 0.000 0.000
#> SRR2052685 6 0.3633 0.7704 0.048 0.124 0.008 0.008 0.000 0.812
#> SRR2052683 5 0.6791 0.5452 0.200 0.132 0.000 0.040 0.564 0.064
#> SRR2052681 3 0.6213 0.4889 0.040 0.036 0.596 0.240 0.000 0.088
#> SRR2052680 4 0.2058 0.8035 0.004 0.008 0.056 0.916 0.000 0.016
#> SRR2052682 1 0.0951 0.8541 0.968 0.004 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR2052679 1 0.2883 0.8298 0.868 0.076 0.000 0.020 0.000 0.036
#> SRR2052678 3 0.2833 0.7535 0.000 0.148 0.836 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052677 2 0.2738 0.7464 0.000 0.820 0.176 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052675 6 0.1588 0.8085 0.000 0.072 0.004 0.000 0.000 0.924
#> SRR2052676 1 0.5177 0.7435 0.728 0.128 0.000 0.040 0.040 0.064
#> SRR2052674 4 0.4199 0.6090 0.000 0.004 0.044 0.704 0.000 0.248
#> SRR2052672 3 0.0363 0.8199 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052673 6 0.2902 0.6845 0.004 0.196 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2052671 2 0.3206 0.7679 0.000 0.816 0.028 0.004 0.000 0.152
#> SRR2052670 3 0.0405 0.8195 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.3065 0.7635 0.000 0.820 0.152 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052668 1 0.6217 0.4826 0.596 0.044 0.216 0.020 0.000 0.124
#> SRR2052667 3 0.5510 -0.1639 0.004 0.436 0.472 0.012 0.000 0.076
#> SRR2052666 3 0.3273 0.7128 0.000 0.212 0.776 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052665 3 0.4866 0.1734 0.012 0.036 0.536 0.000 0.000 0.416
#> SRR2052664 1 0.4697 0.6508 0.712 0.012 0.000 0.136 0.140 0.000
#> SRR2052663 6 0.2300 0.7581 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2052662 2 0.3652 0.7587 0.000 0.768 0.044 0.000 0.000 0.188
#> SRR2052661 1 0.0603 0.8563 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.1010 0.8143 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.2290 0.8075 0.004 0.044 0.904 0.044 0.000 0.004
#> SRR2052658 2 0.4444 -0.1372 0.004 0.492 0.488 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052657 1 0.0146 0.8566 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.700 0.856 0.936 0.4799 0.505 0.505
#> 3 3 0.455 0.557 0.750 0.3033 0.655 0.429
#> 4 4 0.668 0.761 0.854 0.1634 0.782 0.484
#> 5 5 0.520 0.547 0.732 0.0286 0.937 0.778
#> 6 6 0.519 0.452 0.614 0.0302 0.925 0.730
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.9998 -0.1793 0.492 0.508
#> SRR2052701 2 0.3431 0.8942 0.064 0.936
#> SRR2052700 1 0.9358 0.5790 0.648 0.352
#> SRR2052699 1 0.6148 0.8127 0.848 0.152
#> SRR2052698 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.8081 0.7261 0.752 0.248
#> SRR2052824 1 0.8443 0.6982 0.728 0.272
#> SRR2052823 2 0.9815 0.1254 0.420 0.580
#> SRR2052822 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052820 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052819 2 0.2948 0.9083 0.052 0.948
#> SRR2052818 1 0.9087 0.6264 0.676 0.324
#> SRR2052817 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.8081 0.7261 0.752 0.248
#> SRR2052815 1 0.8144 0.7216 0.748 0.252
#> SRR2052814 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052811 1 0.9580 0.5227 0.620 0.380
#> SRR2052810 1 0.8499 0.6932 0.724 0.276
#> SRR2052809 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.0938 0.9466 0.012 0.988
#> SRR2052807 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0376 0.8904 0.996 0.004
#> SRR2052803 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052769 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052770 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0672 0.9500 0.008 0.992
#> SRR2052766 2 0.9993 -0.0494 0.484 0.516
#> SRR2052765 2 0.9323 0.3541 0.348 0.652
#> SRR2052763 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052764 1 0.9323 0.5867 0.652 0.348
#> SRR2052761 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052748 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052744 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.4815 0.8501 0.104 0.896
#> SRR2052743 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052740 2 0.1414 0.9392 0.020 0.980
#> SRR2052742 2 0.0672 0.9500 0.008 0.992
#> SRR2052739 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052738 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052736 1 0.9866 0.3443 0.568 0.432
#> SRR2052735 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052732 1 0.9323 0.5867 0.652 0.348
#> SRR2052731 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052730 1 0.6048 0.8140 0.852 0.148
#> SRR2052727 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.9044 0.6327 0.680 0.320
#> SRR2052726 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052723 2 0.8386 0.6028 0.268 0.732
#> SRR2052722 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052718 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052714 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052716 2 0.4298 0.8669 0.088 0.912
#> SRR2052715 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.6048 0.8140 0.852 0.148
#> SRR2052711 1 0.7745 0.7462 0.772 0.228
#> SRR2052710 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052707 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052697 1 0.9286 0.5938 0.656 0.344
#> SRR2052703 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052706 1 0.9954 0.3090 0.540 0.460
#> SRR2052695 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052691 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.5178 0.8390 0.116 0.884
#> SRR2052689 1 0.9286 0.5939 0.656 0.344
#> SRR2052687 2 0.9963 -0.0502 0.464 0.536
#> SRR2052686 1 0.6048 0.8140 0.852 0.148
#> SRR2052688 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052684 1 0.1184 0.8854 0.984 0.016
#> SRR2052685 1 0.6048 0.8140 0.852 0.148
#> SRR2052683 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.9286 0.5940 0.656 0.344
#> SRR2052680 1 0.8955 0.6444 0.688 0.312
#> SRR2052682 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.9552 0.2867 0.376 0.624
#> SRR2052676 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052674 1 0.9323 0.5867 0.652 0.348
#> SRR2052672 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052673 1 0.6531 0.7990 0.832 0.168
#> SRR2052671 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.5178 0.8345 0.116 0.884
#> SRR2052667 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052663 1 0.6048 0.8140 0.852 0.148
#> SRR2052662 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052661 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
#> SRR2052660 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.3274 0.8981 0.060 0.940
#> SRR2052658 2 0.0000 0.9567 0.000 1.000
#> SRR2052657 1 0.0000 0.8920 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.5860 0.5014 0.024 0.748 0.228
#> SRR2052701 2 0.5775 0.5480 0.012 0.728 0.260
#> SRR2052700 2 0.7756 0.5284 0.128 0.672 0.200
#> SRR2052699 2 0.9513 0.3741 0.256 0.492 0.252
#> SRR2052698 2 0.6252 -0.7056 0.000 0.556 0.444
#> SRR2052708 1 0.0237 0.9386 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052749 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 3 0.6274 0.8907 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052825 2 0.8643 0.5030 0.188 0.600 0.212
#> SRR2052824 2 0.8231 0.5192 0.156 0.636 0.208
#> SRR2052823 2 0.6208 0.5283 0.052 0.756 0.192
#> SRR2052822 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052821 2 0.6308 -0.8225 0.000 0.508 0.492
#> SRR2052820 2 0.3637 0.5199 0.024 0.892 0.084
#> SRR2052819 2 0.6423 0.0289 0.044 0.728 0.228
#> SRR2052818 2 0.8231 0.5191 0.156 0.636 0.208
#> SRR2052817 3 0.6305 0.8621 0.000 0.484 0.516
#> SRR2052816 2 0.9412 0.4040 0.188 0.476 0.336
#> SRR2052815 2 0.8331 0.5162 0.164 0.628 0.208
#> SRR2052814 2 0.6095 -0.6072 0.000 0.608 0.392
#> SRR2052813 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052812 2 0.5058 -0.0139 0.000 0.756 0.244
#> SRR2052811 2 0.6606 0.5098 0.048 0.716 0.236
#> SRR2052810 2 0.8190 0.5199 0.156 0.640 0.204
#> SRR2052809 3 0.6274 0.8984 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052808 2 0.1315 0.4604 0.020 0.972 0.008
#> SRR2052807 1 0.0983 0.9352 0.980 0.004 0.016
#> SRR2052806 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.9091 0.1686 0.504 0.344 0.152
#> SRR2052803 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.8052 0.5074 0.652 0.196 0.152
#> SRR2052801 1 0.0592 0.9363 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052800 1 0.8138 0.4983 0.644 0.204 0.152
#> SRR2052799 1 0.0592 0.9363 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052798 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 3 0.6286 0.8975 0.000 0.464 0.536
#> SRR2052796 1 0.0424 0.9377 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052795 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0592 0.9363 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052793 1 0.0592 0.9363 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052792 1 0.8298 0.4753 0.628 0.220 0.152
#> SRR2052791 1 0.0237 0.9386 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052790 3 0.6286 0.8975 0.000 0.464 0.536
#> SRR2052789 3 0.6280 0.8967 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052788 2 0.5948 -0.4898 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052787 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052785 3 0.6274 0.8984 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052784 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052783 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052782 3 0.6286 0.8975 0.000 0.464 0.536
#> SRR2052781 3 0.6308 0.8459 0.000 0.492 0.508
#> SRR2052780 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052777 3 0.6274 0.8971 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052779 3 0.6286 0.8975 0.000 0.464 0.536
#> SRR2052778 2 0.6008 -0.5400 0.000 0.628 0.372
#> SRR2052776 2 0.6309 -0.8508 0.000 0.500 0.500
#> SRR2052775 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052773 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052772 3 0.6274 0.8984 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052774 3 0.6274 0.8984 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052771 1 0.0592 0.9363 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052769 2 0.3412 0.2857 0.000 0.876 0.124
#> SRR2052770 2 0.6180 -0.6378 0.000 0.584 0.416
#> SRR2052768 2 0.2878 0.4405 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052767 2 0.2165 0.3930 0.000 0.936 0.064
#> SRR2052766 2 0.4418 0.5149 0.132 0.848 0.020
#> SRR2052765 2 0.6294 0.4532 0.020 0.692 0.288
#> SRR2052763 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052764 2 0.7821 0.5240 0.116 0.660 0.224
#> SRR2052761 2 0.4733 0.5492 0.004 0.800 0.196
#> SRR2052760 3 0.6111 0.6938 0.000 0.396 0.604
#> SRR2052759 2 0.6126 -0.5997 0.000 0.600 0.400
#> SRR2052762 2 0.5580 0.5488 0.008 0.736 0.256
#> SRR2052758 2 0.5882 -0.4729 0.000 0.652 0.348
#> SRR2052756 1 0.1877 0.9183 0.956 0.032 0.012
#> SRR2052757 2 0.6008 -0.5165 0.000 0.628 0.372
#> SRR2052755 1 0.1182 0.9317 0.976 0.012 0.012
#> SRR2052754 1 0.0592 0.9363 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052753 1 0.0829 0.9357 0.984 0.004 0.012
#> SRR2052752 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.1015 0.9338 0.980 0.008 0.012
#> SRR2052751 2 0.5659 0.5502 0.012 0.740 0.248
#> SRR2052748 2 0.3038 0.3343 0.000 0.896 0.104
#> SRR2052747 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.6274 0.8984 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052745 2 0.5905 -0.4596 0.000 0.648 0.352
#> SRR2052744 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.5659 0.5495 0.012 0.740 0.248
#> SRR2052743 2 0.5502 0.5506 0.008 0.744 0.248
#> SRR2052740 2 0.5619 0.5507 0.012 0.744 0.244
#> SRR2052742 2 0.5775 0.5479 0.012 0.728 0.260
#> SRR2052739 2 0.6305 -0.8202 0.000 0.516 0.484
#> SRR2052738 2 0.5291 -0.1934 0.000 0.732 0.268
#> SRR2052736 2 0.7814 0.5152 0.104 0.652 0.244
#> SRR2052735 1 0.0829 0.9356 0.984 0.004 0.012
#> SRR2052734 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.6267 -0.7359 0.000 0.548 0.452
#> SRR2052733 3 0.6280 0.8964 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052732 2 0.7932 0.5259 0.140 0.660 0.200
#> SRR2052731 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052729 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 2 0.9642 0.3561 0.216 0.440 0.344
#> SRR2052727 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.8842 0.4802 0.144 0.548 0.308
#> SRR2052726 1 0.1877 0.9183 0.956 0.032 0.012
#> SRR2052724 1 0.0829 0.9355 0.984 0.004 0.012
#> SRR2052723 2 0.8052 0.4864 0.196 0.652 0.152
#> SRR2052722 3 0.6307 0.8582 0.000 0.488 0.512
#> SRR2052721 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 3 0.6299 0.8845 0.000 0.476 0.524
#> SRR2052719 2 0.6168 -0.6278 0.000 0.588 0.412
#> SRR2052718 1 0.1905 0.9205 0.956 0.028 0.016
#> SRR2052717 2 0.5461 0.5513 0.008 0.748 0.244
#> SRR2052714 1 0.1877 0.9183 0.956 0.032 0.012
#> SRR2052716 2 0.3370 0.5183 0.024 0.904 0.072
#> SRR2052715 3 0.6274 0.8984 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 3 0.9994 -0.4212 0.316 0.340 0.344
#> SRR2052711 2 0.8042 0.5264 0.200 0.652 0.148
#> SRR2052710 2 0.6252 -0.7056 0.000 0.556 0.444
#> SRR2052707 3 0.6295 0.8815 0.000 0.472 0.528
#> SRR2052709 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052704 2 0.5497 -0.2839 0.000 0.708 0.292
#> SRR2052705 2 0.0237 0.4564 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052697 2 0.8858 0.4625 0.136 0.532 0.332
#> SRR2052703 3 0.6274 0.8984 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052696 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.6905 0.4789 0.044 0.676 0.280
#> SRR2052695 3 0.6299 0.8846 0.000 0.476 0.524
#> SRR2052694 3 0.6225 0.8533 0.000 0.432 0.568
#> SRR2052692 2 0.2261 0.3891 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052693 2 0.6235 -0.6879 0.000 0.564 0.436
#> SRR2052691 1 0.4519 0.8369 0.852 0.032 0.116
#> SRR2052690 2 0.5843 0.5482 0.016 0.732 0.252
#> SRR2052689 2 0.8190 0.5199 0.156 0.640 0.204
#> SRR2052687 2 0.6183 0.5056 0.032 0.732 0.236
#> SRR2052686 3 0.9996 -0.4189 0.320 0.336 0.344
#> SRR2052688 2 0.3686 0.2564 0.000 0.860 0.140
#> SRR2052684 1 0.8776 0.3057 0.560 0.296 0.144
#> SRR2052685 2 0.8926 0.4787 0.192 0.568 0.240
#> SRR2052683 1 0.0829 0.9361 0.984 0.004 0.012
#> SRR2052681 2 0.6144 0.5547 0.132 0.780 0.088
#> SRR2052680 2 0.8148 0.5204 0.156 0.644 0.200
#> SRR2052682 1 0.4892 0.8264 0.840 0.048 0.112
#> SRR2052679 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052677 3 0.6280 0.9000 0.000 0.460 0.540
#> SRR2052675 2 0.5578 0.5512 0.012 0.748 0.240
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.7344 0.5298 0.100 0.696 0.204
#> SRR2052672 3 0.6274 0.8984 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052673 2 0.7562 0.5494 0.148 0.692 0.160
#> SRR2052671 2 0.4504 0.5412 0.000 0.804 0.196
#> SRR2052670 3 0.6305 0.8666 0.000 0.484 0.516
#> SRR2052669 3 0.6291 0.8947 0.000 0.468 0.532
#> SRR2052668 2 0.5619 0.5505 0.012 0.744 0.244
#> SRR2052667 2 0.2537 0.3731 0.000 0.920 0.080
#> SRR2052666 2 0.1860 0.4108 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052665 2 0.4963 0.5517 0.008 0.792 0.200
#> SRR2052664 1 0.1267 0.9335 0.972 0.004 0.024
#> SRR2052663 2 0.9887 0.2556 0.268 0.396 0.336
#> SRR2052662 2 0.5728 0.5443 0.008 0.720 0.272
#> SRR2052661 1 0.1620 0.9239 0.964 0.024 0.012
#> SRR2052660 2 0.3038 0.3324 0.000 0.896 0.104
#> SRR2052659 2 0.4615 0.5480 0.020 0.836 0.144
#> SRR2052658 2 0.5578 0.5512 0.012 0.748 0.240
#> SRR2052657 1 0.0000 0.9395 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 4 0.2329 0.7417 0.000 0.072 0.012 0.916
#> SRR2052701 2 0.4228 0.8228 0.000 0.760 0.008 0.232
#> SRR2052700 4 0.0336 0.7603 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2052699 2 0.7733 0.2518 0.304 0.440 0.000 0.256
#> SRR2052698 3 0.2111 0.8648 0.000 0.024 0.932 0.044
#> SRR2052708 1 0.1118 0.9161 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.9178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 3 0.4624 0.5741 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR2052825 4 0.1398 0.7598 0.004 0.040 0.000 0.956
#> SRR2052824 4 0.0657 0.7644 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR2052823 4 0.0921 0.7540 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR2052822 3 0.2011 0.8724 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR2052821 3 0.5021 0.7348 0.000 0.180 0.756 0.064
#> SRR2052820 4 0.4865 0.6169 0.184 0.032 0.012 0.772
#> SRR2052819 4 0.5408 -0.1089 0.000 0.012 0.488 0.500
#> SRR2052818 4 0.1284 0.7595 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR2052817 3 0.1406 0.8703 0.000 0.024 0.960 0.016
#> SRR2052816 4 0.1888 0.7600 0.016 0.044 0.000 0.940
#> SRR2052815 4 0.0967 0.7651 0.004 0.016 0.004 0.976
#> SRR2052814 3 0.4636 0.7894 0.000 0.068 0.792 0.140
#> SRR2052813 3 0.2216 0.8695 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR2052812 2 0.6084 0.6248 0.000 0.676 0.204 0.120
#> SRR2052811 4 0.2179 0.7455 0.000 0.064 0.012 0.924
#> SRR2052810 4 0.0188 0.7620 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052809 3 0.1474 0.8785 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR2052808 4 0.0657 0.7615 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR2052807 1 0.4072 0.8639 0.828 0.120 0.000 0.052
#> SRR2052806 1 0.0188 0.9179 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0188 0.9178 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052804 4 0.6785 0.0686 0.420 0.096 0.000 0.484
#> SRR2052803 1 0.0469 0.9173 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.5823 0.7039 0.704 0.120 0.000 0.176
#> SRR2052801 1 0.0592 0.9169 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.6216 0.6303 0.660 0.120 0.000 0.220
#> SRR2052799 1 0.0592 0.9169 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.0188 0.9177 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052797 3 0.2402 0.8731 0.000 0.076 0.912 0.012
#> SRR2052796 1 0.0592 0.9169 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.9178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0592 0.9169 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0592 0.9169 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.6785 0.3211 0.540 0.108 0.000 0.352
#> SRR2052791 1 0.1297 0.9125 0.964 0.020 0.000 0.016
#> SRR2052790 3 0.2149 0.8707 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR2052789 3 0.0336 0.8770 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052788 3 0.4057 0.7784 0.000 0.028 0.812 0.160
#> SRR2052787 3 0.2469 0.8638 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR2052785 3 0.0707 0.8726 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2052784 3 0.2101 0.8764 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR2052783 3 0.0336 0.8765 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052782 3 0.2281 0.8691 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR2052781 3 0.0937 0.8766 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR2052780 3 0.1302 0.8757 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR2052777 3 0.3801 0.7600 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR2052779 3 0.2216 0.8695 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR2052778 3 0.3907 0.7225 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR2052776 3 0.3037 0.8660 0.000 0.076 0.888 0.036
#> SRR2052775 3 0.0469 0.8759 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052773 3 0.1557 0.8753 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR2052772 3 0.0817 0.8716 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.8760 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052771 1 0.2412 0.9031 0.908 0.084 0.000 0.008
#> SRR2052769 3 0.5257 0.2851 0.000 0.008 0.548 0.444
#> SRR2052770 3 0.3384 0.8278 0.000 0.024 0.860 0.116
#> SRR2052768 2 0.5646 0.7547 0.000 0.708 0.088 0.204
#> SRR2052767 4 0.6084 0.4074 0.000 0.244 0.096 0.660
#> SRR2052766 4 0.5100 0.6149 0.192 0.052 0.004 0.752
#> SRR2052765 4 0.3611 0.6988 0.000 0.060 0.080 0.860
#> SRR2052763 3 0.1820 0.8786 0.000 0.036 0.944 0.020
#> SRR2052764 4 0.1545 0.7578 0.000 0.040 0.008 0.952
#> SRR2052761 4 0.6498 0.3656 0.068 0.272 0.020 0.640
#> SRR2052760 2 0.5861 -0.1556 0.000 0.488 0.480 0.032
#> SRR2052759 3 0.2662 0.8530 0.000 0.016 0.900 0.084
#> SRR2052762 2 0.3925 0.8339 0.000 0.808 0.016 0.176
#> SRR2052758 3 0.5874 0.6517 0.000 0.124 0.700 0.176
#> SRR2052756 1 0.4181 0.8583 0.820 0.128 0.000 0.052
#> SRR2052757 3 0.2909 0.8429 0.000 0.020 0.888 0.092
#> SRR2052755 1 0.3160 0.8860 0.872 0.108 0.000 0.020
#> SRR2052754 1 0.0592 0.9169 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.2928 0.8901 0.880 0.108 0.000 0.012
#> SRR2052752 1 0.1118 0.9147 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.2805 0.8927 0.888 0.100 0.000 0.012
#> SRR2052751 2 0.4319 0.8257 0.000 0.760 0.012 0.228
#> SRR2052748 4 0.5885 0.0642 0.008 0.020 0.452 0.520
#> SRR2052747 1 0.0188 0.9177 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0336 0.8751 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052745 3 0.3047 0.8356 0.000 0.012 0.872 0.116
#> SRR2052744 1 0.0188 0.9177 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.3528 0.8341 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR2052743 2 0.3725 0.8332 0.000 0.812 0.008 0.180
#> SRR2052740 2 0.3569 0.8347 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR2052742 2 0.4535 0.8333 0.016 0.788 0.016 0.180
#> SRR2052739 3 0.4250 0.7018 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR2052738 3 0.4831 0.6263 0.000 0.016 0.704 0.280
#> SRR2052736 2 0.5327 0.8005 0.056 0.732 0.004 0.208
#> SRR2052735 1 0.2675 0.8941 0.892 0.100 0.000 0.008
#> SRR2052734 1 0.0188 0.9177 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052737 3 0.5000 0.1443 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR2052733 3 0.1913 0.8706 0.000 0.020 0.940 0.040
#> SRR2052732 4 0.0592 0.7602 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2052731 3 0.1302 0.8768 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR2052729 1 0.0188 0.9177 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0188 0.9177 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.2060 0.7558 0.016 0.052 0.000 0.932
#> SRR2052727 1 0.0188 0.9177 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052725 4 0.1706 0.7549 0.016 0.036 0.000 0.948
#> SRR2052726 1 0.3266 0.8837 0.868 0.108 0.000 0.024
#> SRR2052724 1 0.2988 0.8867 0.876 0.112 0.000 0.012
#> SRR2052723 4 0.6708 0.3552 0.352 0.088 0.004 0.556
#> SRR2052722 3 0.1406 0.8693 0.000 0.024 0.960 0.016
#> SRR2052721 1 0.0188 0.9177 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052720 3 0.2469 0.8649 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR2052719 3 0.5848 0.5320 0.000 0.336 0.616 0.048
#> SRR2052718 1 0.4673 0.8395 0.792 0.132 0.000 0.076
#> SRR2052717 2 0.3852 0.8357 0.000 0.808 0.012 0.180
#> SRR2052714 1 0.3842 0.8704 0.836 0.128 0.000 0.036
#> SRR2052716 4 0.3945 0.6692 0.144 0.024 0.004 0.828
#> SRR2052715 3 0.0817 0.8716 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.3810 0.6969 0.092 0.060 0.000 0.848
#> SRR2052711 4 0.2578 0.7525 0.036 0.052 0.000 0.912
#> SRR2052710 3 0.3286 0.8505 0.000 0.044 0.876 0.080
#> SRR2052707 3 0.1004 0.8712 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR2052709 3 0.1118 0.8772 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2052704 3 0.4304 0.6470 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR2052705 2 0.5511 0.7052 0.000 0.636 0.032 0.332
#> SRR2052697 4 0.3390 0.6621 0.016 0.132 0.000 0.852
#> SRR2052703 3 0.0336 0.8748 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052696 1 0.0188 0.9177 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052706 4 0.2521 0.7380 0.000 0.064 0.024 0.912
#> SRR2052695 3 0.2408 0.8665 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR2052694 3 0.3610 0.7939 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR2052692 4 0.7721 0.3946 0.052 0.152 0.200 0.596
#> SRR2052693 3 0.2214 0.8656 0.000 0.028 0.928 0.044
#> SRR2052691 1 0.3856 0.8636 0.832 0.136 0.000 0.032
#> SRR2052690 2 0.3649 0.8308 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR2052689 4 0.0188 0.7620 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052687 4 0.1297 0.7604 0.000 0.016 0.020 0.964
#> SRR2052686 4 0.5280 0.6264 0.128 0.120 0.000 0.752
#> SRR2052688 4 0.7534 0.1228 0.000 0.240 0.268 0.492
#> SRR2052684 1 0.6946 0.2267 0.504 0.116 0.000 0.380
#> SRR2052685 2 0.5820 0.5669 0.108 0.700 0.000 0.192
#> SRR2052683 1 0.0927 0.9157 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR2052681 4 0.0336 0.7610 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2052680 4 0.0188 0.7628 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052682 1 0.5473 0.7631 0.724 0.192 0.000 0.084
#> SRR2052679 1 0.0188 0.9177 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0707 0.8771 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2052677 3 0.2081 0.8704 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR2052675 2 0.4134 0.8013 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2052676 1 0.0188 0.9177 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052674 4 0.0188 0.7620 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052672 3 0.0592 0.8775 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052673 4 0.4322 0.6499 0.152 0.044 0.000 0.804
#> SRR2052671 2 0.4642 0.8145 0.000 0.740 0.020 0.240
#> SRR2052670 3 0.0188 0.8769 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052669 3 0.2469 0.8622 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR2052668 2 0.4579 0.8159 0.032 0.768 0.000 0.200
#> SRR2052667 2 0.6634 0.6472 0.000 0.580 0.108 0.312
#> SRR2052666 4 0.5473 0.3940 0.000 0.032 0.324 0.644
#> SRR2052665 2 0.3972 0.8336 0.000 0.788 0.008 0.204
#> SRR2052664 1 0.3876 0.8711 0.836 0.124 0.000 0.040
#> SRR2052663 4 0.4805 0.6452 0.132 0.084 0.000 0.784
#> SRR2052662 2 0.4257 0.8123 0.000 0.812 0.048 0.140
#> SRR2052661 1 0.3266 0.8837 0.868 0.108 0.000 0.024
#> SRR2052660 3 0.5901 0.1423 0.000 0.036 0.532 0.432
#> SRR2052659 4 0.6219 0.5157 0.224 0.104 0.004 0.668
#> SRR2052658 2 0.3945 0.8304 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR2052657 1 0.0000 0.9178 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 4 0.3642 0.7098 0.000 0.124 0.048 0.824 0.004
#> SRR2052701 2 0.5500 0.6364 0.000 0.668 0.056 0.244 0.032
#> SRR2052700 4 0.0963 0.7446 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR2052699 2 0.7364 0.2867 0.020 0.428 0.080 0.408 0.064
#> SRR2052698 3 0.2450 0.6860 0.000 0.048 0.900 0.052 0.000
#> SRR2052708 1 0.3863 0.5429 0.740 0.012 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052749 1 0.0290 0.7187 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052786 3 0.4953 0.4900 0.000 0.440 0.532 0.000 0.028
#> SRR2052825 4 0.1408 0.7296 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044
#> SRR2052824 4 0.0693 0.7440 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR2052823 4 0.3400 0.7154 0.000 0.116 0.040 0.840 0.004
#> SRR2052822 3 0.4654 0.6134 0.000 0.348 0.628 0.000 0.024
#> SRR2052821 3 0.5099 0.5763 0.000 0.368 0.596 0.016 0.020
#> SRR2052820 4 0.6047 0.4371 0.000 0.120 0.136 0.676 0.068
#> SRR2052819 4 0.5831 -0.0509 0.000 0.084 0.396 0.516 0.004
#> SRR2052818 4 0.0771 0.7463 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR2052817 3 0.0865 0.6950 0.000 0.024 0.972 0.004 0.000
#> SRR2052816 4 0.0880 0.7423 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052815 4 0.0854 0.7436 0.000 0.008 0.004 0.976 0.012
#> SRR2052814 3 0.6043 0.4092 0.000 0.320 0.540 0.140 0.000
#> SRR2052813 3 0.4761 0.6052 0.000 0.356 0.616 0.000 0.028
#> SRR2052812 2 0.6049 0.5005 0.000 0.596 0.212 0.188 0.004
#> SRR2052811 4 0.3299 0.7202 0.000 0.108 0.040 0.848 0.004
#> SRR2052810 4 0.0740 0.7444 0.000 0.008 0.004 0.980 0.008
#> SRR2052809 3 0.3561 0.6545 0.000 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052808 4 0.4378 0.6766 0.000 0.120 0.064 0.792 0.024
#> SRR2052807 5 0.3134 0.5281 0.120 0.000 0.000 0.032 0.848
#> SRR2052806 1 0.3616 0.5972 0.804 0.032 0.000 0.000 0.164
#> SRR2052805 1 0.3452 0.6282 0.820 0.032 0.000 0.000 0.148
#> SRR2052804 5 0.3949 0.4134 0.004 0.000 0.000 0.300 0.696
#> SRR2052803 1 0.4623 0.4176 0.664 0.032 0.000 0.000 0.304
#> SRR2052802 5 0.1408 0.5638 0.008 0.000 0.000 0.044 0.948
#> SRR2052801 1 0.5049 0.0178 0.484 0.032 0.000 0.000 0.484
#> SRR2052800 5 0.1408 0.5638 0.008 0.000 0.000 0.044 0.948
#> SRR2052799 5 0.5048 -0.0989 0.476 0.032 0.000 0.000 0.492
#> SRR2052798 1 0.0290 0.7174 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 3 0.4654 0.6124 0.000 0.348 0.628 0.000 0.024
#> SRR2052796 1 0.4808 0.3445 0.620 0.032 0.000 0.000 0.348
#> SRR2052795 1 0.0162 0.7183 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052794 5 0.5024 -0.0060 0.440 0.032 0.000 0.000 0.528
#> SRR2052793 1 0.4836 0.3249 0.612 0.032 0.000 0.000 0.356
#> SRR2052792 5 0.1430 0.5640 0.004 0.000 0.000 0.052 0.944
#> SRR2052791 1 0.4086 0.5057 0.704 0.012 0.000 0.000 0.284
#> SRR2052790 3 0.4326 0.6513 0.000 0.264 0.708 0.000 0.028
#> SRR2052789 3 0.0960 0.7015 0.000 0.016 0.972 0.008 0.004
#> SRR2052788 3 0.5998 0.4147 0.000 0.028 0.616 0.268 0.088
#> SRR2052787 3 0.4703 0.6162 0.000 0.340 0.632 0.000 0.028
#> SRR2052785 3 0.1281 0.7080 0.000 0.032 0.956 0.012 0.000
#> SRR2052784 3 0.4834 0.6327 0.000 0.308 0.656 0.008 0.028
#> SRR2052783 3 0.1281 0.7094 0.000 0.032 0.956 0.012 0.000
#> SRR2052782 3 0.4774 0.6015 0.000 0.360 0.612 0.000 0.028
#> SRR2052781 3 0.2124 0.7056 0.000 0.056 0.916 0.028 0.000
#> SRR2052780 3 0.2900 0.7020 0.000 0.108 0.864 0.000 0.028
#> SRR2052777 3 0.4902 0.5374 0.000 0.408 0.564 0.000 0.028
#> SRR2052779 3 0.4787 0.5981 0.000 0.364 0.608 0.000 0.028
#> SRR2052778 3 0.5170 0.3761 0.000 0.052 0.628 0.316 0.004
#> SRR2052776 3 0.5545 0.5090 0.000 0.340 0.584 0.072 0.004
#> SRR2052775 3 0.0290 0.7019 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.2740 0.7019 0.000 0.096 0.876 0.000 0.028
#> SRR2052772 3 0.0703 0.6941 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.7013 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052771 5 0.3999 0.2582 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR2052769 4 0.6118 0.0798 0.000 0.164 0.288 0.548 0.000
#> SRR2052770 3 0.4959 0.4861 0.000 0.076 0.684 0.240 0.000
#> SRR2052768 2 0.6181 0.4490 0.000 0.524 0.132 0.340 0.004
#> SRR2052767 4 0.5206 0.4934 0.000 0.216 0.096 0.684 0.004
#> SRR2052766 4 0.5848 0.5298 0.004 0.012 0.140 0.656 0.188
#> SRR2052765 4 0.2929 0.7233 0.000 0.076 0.044 0.876 0.004
#> SRR2052763 3 0.3126 0.7075 0.000 0.060 0.876 0.040 0.024
#> SRR2052764 4 0.1443 0.7406 0.000 0.044 0.004 0.948 0.004
#> SRR2052761 4 0.6837 0.2351 0.000 0.216 0.148 0.576 0.060
#> SRR2052760 2 0.5782 -0.2506 0.000 0.488 0.444 0.052 0.016
#> SRR2052759 3 0.4727 0.6043 0.000 0.028 0.764 0.144 0.064
#> SRR2052762 2 0.5303 0.7114 0.000 0.728 0.104 0.132 0.036
#> SRR2052758 3 0.5673 0.5104 0.000 0.204 0.652 0.136 0.008
#> SRR2052756 5 0.7408 0.4048 0.272 0.036 0.000 0.272 0.420
#> SRR2052757 3 0.4038 0.6629 0.000 0.128 0.792 0.080 0.000
#> SRR2052755 1 0.4237 0.5707 0.784 0.020 0.000 0.036 0.160
#> SRR2052754 1 0.5036 0.1140 0.516 0.032 0.000 0.000 0.452
#> SRR2052753 1 0.4543 0.5208 0.732 0.020 0.000 0.024 0.224
#> SRR2052752 1 0.2690 0.6608 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2052750 1 0.4037 0.5861 0.800 0.020 0.000 0.032 0.148
#> SRR2052751 2 0.6102 0.6916 0.000 0.632 0.104 0.228 0.036
#> SRR2052748 3 0.6696 0.0521 0.000 0.012 0.444 0.380 0.164
#> SRR2052747 1 0.1041 0.7124 0.964 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052746 3 0.0162 0.7021 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.2733 0.6610 0.000 0.012 0.872 0.112 0.004
#> SRR2052744 1 0.0671 0.7145 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052741 2 0.5864 0.7052 0.000 0.664 0.100 0.200 0.036
#> SRR2052743 2 0.5260 0.7083 0.000 0.732 0.104 0.128 0.036
#> SRR2052740 2 0.5806 0.7089 0.000 0.668 0.104 0.196 0.032
#> SRR2052742 2 0.6199 0.6670 0.000 0.616 0.104 0.244 0.036
#> SRR2052739 3 0.4769 0.5268 0.000 0.440 0.544 0.004 0.012
#> SRR2052738 3 0.6629 0.2771 0.000 0.028 0.536 0.300 0.136
#> SRR2052736 2 0.6290 0.5325 0.004 0.576 0.072 0.312 0.036
#> SRR2052735 1 0.4106 0.5836 0.800 0.020 0.000 0.040 0.140
#> SRR2052734 1 0.1300 0.7053 0.956 0.016 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052737 2 0.5167 -0.3142 0.000 0.516 0.452 0.012 0.020
#> SRR2052733 3 0.2390 0.6817 0.000 0.020 0.896 0.084 0.000
#> SRR2052732 4 0.1124 0.7397 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR2052731 3 0.1914 0.7058 0.000 0.060 0.924 0.000 0.016
#> SRR2052729 1 0.0290 0.7184 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052728 1 0.0290 0.7174 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.2020 0.7274 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052727 1 0.0162 0.7183 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052725 4 0.3704 0.7176 0.000 0.092 0.000 0.820 0.088
#> SRR2052726 1 0.5603 0.3846 0.684 0.020 0.000 0.132 0.164
#> SRR2052724 1 0.5977 0.3009 0.612 0.020 0.000 0.100 0.268
#> SRR2052723 4 0.6314 0.4745 0.004 0.008 0.136 0.560 0.292
#> SRR2052722 3 0.1082 0.6935 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR2052721 1 0.0162 0.7183 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052720 3 0.5075 0.5890 0.000 0.360 0.604 0.016 0.020
#> SRR2052719 3 0.5418 0.4547 0.000 0.452 0.504 0.020 0.024
#> SRR2052718 5 0.7393 0.4163 0.272 0.040 0.000 0.248 0.440
#> SRR2052717 2 0.5426 0.7115 0.000 0.716 0.104 0.144 0.036
#> SRR2052714 5 0.7058 0.3709 0.316 0.020 0.000 0.220 0.444
#> SRR2052716 4 0.6071 0.4289 0.000 0.124 0.140 0.672 0.064
#> SRR2052715 3 0.0693 0.7018 0.000 0.012 0.980 0.008 0.000
#> SRR2052713 1 0.0880 0.7130 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.2891 0.6272 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR2052711 4 0.3297 0.7205 0.000 0.068 0.000 0.848 0.084
#> SRR2052710 3 0.4334 0.6448 0.000 0.156 0.764 0.080 0.000
#> SRR2052707 3 0.0955 0.6962 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR2052709 3 0.1205 0.7069 0.000 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR2052704 3 0.5935 0.3490 0.000 0.024 0.588 0.316 0.072
#> SRR2052705 2 0.6138 0.5983 0.000 0.556 0.144 0.296 0.004
#> SRR2052697 4 0.3551 0.7150 0.000 0.136 0.000 0.820 0.044
#> SRR2052703 3 0.0693 0.7057 0.000 0.012 0.980 0.008 0.000
#> SRR2052696 1 0.0609 0.7146 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 4 0.2853 0.7239 0.000 0.076 0.040 0.880 0.004
#> SRR2052695 3 0.4812 0.5900 0.000 0.372 0.600 0.000 0.028
#> SRR2052694 3 0.4900 0.5390 0.000 0.412 0.564 0.004 0.020
#> SRR2052692 3 0.6476 -0.1830 0.000 0.052 0.468 0.420 0.060
#> SRR2052693 3 0.3309 0.6860 0.000 0.128 0.836 0.036 0.000
#> SRR2052691 1 0.7727 -0.0382 0.488 0.124 0.000 0.212 0.176
#> SRR2052690 2 0.6147 0.6972 0.004 0.644 0.104 0.212 0.036
#> SRR2052689 4 0.0451 0.7463 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2052687 4 0.2381 0.7391 0.000 0.036 0.052 0.908 0.004
#> SRR2052686 4 0.4850 0.5449 0.000 0.072 0.000 0.696 0.232
#> SRR2052688 4 0.6244 0.0281 0.000 0.352 0.136 0.508 0.004
#> SRR2052684 5 0.5836 -0.0952 0.036 0.004 0.024 0.432 0.504
#> SRR2052685 4 0.7022 0.3771 0.012 0.264 0.020 0.524 0.180
#> SRR2052683 1 0.5036 0.1081 0.516 0.032 0.000 0.000 0.452
#> SRR2052681 4 0.2791 0.7420 0.000 0.056 0.016 0.892 0.036
#> SRR2052680 4 0.0404 0.7460 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052682 1 0.8403 -0.2100 0.356 0.248 0.000 0.220 0.176
#> SRR2052679 1 0.0000 0.7179 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0703 0.7054 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052677 3 0.4718 0.6131 0.000 0.344 0.628 0.000 0.028
#> SRR2052675 2 0.6021 0.2947 0.004 0.512 0.040 0.412 0.032
#> SRR2052676 1 0.0880 0.7130 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 4 0.1197 0.7405 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR2052672 3 0.0451 0.7041 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2052673 4 0.5391 0.6574 0.004 0.140 0.036 0.728 0.092
#> SRR2052671 2 0.6253 0.4866 0.000 0.544 0.084 0.344 0.028
#> SRR2052670 3 0.0451 0.6999 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR2052669 3 0.4800 0.5942 0.000 0.368 0.604 0.000 0.028
#> SRR2052668 2 0.6304 0.5802 0.000 0.580 0.092 0.292 0.036
#> SRR2052667 2 0.6101 0.6173 0.000 0.580 0.164 0.252 0.004
#> SRR2052666 4 0.6136 0.4603 0.000 0.016 0.184 0.616 0.184
#> SRR2052665 2 0.5260 0.7083 0.000 0.732 0.104 0.128 0.036
#> SRR2052664 5 0.5387 0.4589 0.228 0.020 0.000 0.072 0.680
#> SRR2052663 4 0.2866 0.7160 0.004 0.024 0.000 0.872 0.100
#> SRR2052662 2 0.5351 0.7115 0.000 0.724 0.108 0.132 0.036
#> SRR2052661 1 0.4676 0.5323 0.760 0.020 0.000 0.064 0.156
#> SRR2052660 3 0.5706 0.1191 0.000 0.020 0.588 0.336 0.056
#> SRR2052659 4 0.6207 0.5156 0.000 0.052 0.104 0.640 0.204
#> SRR2052658 2 0.6468 0.5814 0.000 0.560 0.104 0.300 0.036
#> SRR2052657 1 0.0609 0.7187 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 4 0.6365 0.47456 0.000 0.220 0.092 0.560 0.000 NA
#> SRR2052701 2 0.4819 0.67448 0.000 0.728 0.116 0.128 0.016 NA
#> SRR2052700 4 0.1901 0.70184 0.000 0.076 0.008 0.912 0.000 NA
#> SRR2052699 2 0.5774 0.59023 0.000 0.680 0.080 0.144 0.044 NA
#> SRR2052698 3 0.4439 0.57635 0.000 0.084 0.760 0.040 0.000 NA
#> SRR2052708 1 0.1708 0.65451 0.932 0.024 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2052749 1 0.0632 0.66034 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2052786 3 0.6100 0.29748 0.000 0.304 0.384 0.000 0.000 NA
#> SRR2052825 4 0.2078 0.67414 0.000 0.004 0.000 0.912 0.040 NA
#> SRR2052824 4 0.0717 0.69404 0.000 0.000 0.008 0.976 0.000 NA
#> SRR2052823 4 0.5510 0.59177 0.000 0.188 0.052 0.652 0.000 NA
#> SRR2052822 3 0.5764 0.46909 0.000 0.160 0.488 0.004 0.000 NA
#> SRR2052821 3 0.7203 0.28662 0.000 0.276 0.404 0.084 0.004 NA
#> SRR2052820 2 0.8067 0.19741 0.000 0.312 0.288 0.236 0.128 NA
#> SRR2052819 4 0.6379 0.00112 0.000 0.156 0.296 0.508 0.008 NA
#> SRR2052818 4 0.3788 0.70113 0.000 0.036 0.020 0.828 0.040 NA
#> SRR2052817 3 0.1464 0.58656 0.000 0.016 0.944 0.004 0.000 NA
#> SRR2052816 4 0.1857 0.70485 0.000 0.044 0.004 0.924 0.000 NA
#> SRR2052815 4 0.2190 0.67552 0.000 0.000 0.008 0.908 0.040 NA
#> SRR2052814 3 0.7487 -0.01612 0.000 0.320 0.328 0.168 0.000 NA
#> SRR2052813 3 0.5847 0.42621 0.000 0.196 0.444 0.000 0.000 NA
#> SRR2052812 2 0.6507 0.10303 0.000 0.440 0.264 0.028 0.000 NA
#> SRR2052811 4 0.5926 0.59101 0.000 0.148 0.092 0.628 0.000 NA
#> SRR2052810 4 0.2245 0.68621 0.000 0.000 0.016 0.908 0.040 NA
#> SRR2052809 3 0.5246 0.51416 0.000 0.148 0.596 0.000 0.000 NA
#> SRR2052808 4 0.6459 0.18429 0.000 0.220 0.180 0.544 0.008 NA
#> SRR2052807 5 0.6179 0.50018 0.036 0.096 0.000 0.044 0.616 NA
#> SRR2052806 1 0.3531 0.46973 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 NA
#> SRR2052805 1 0.3647 0.42476 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360 NA
#> SRR2052804 5 0.7202 0.29259 0.004 0.100 0.000 0.268 0.428 NA
#> SRR2052803 1 0.3647 0.42562 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360 NA
#> SRR2052802 5 0.5402 0.50653 0.000 0.096 0.000 0.044 0.652 NA
#> SRR2052801 5 0.4169 -0.04606 0.456 0.000 0.000 0.000 0.532 NA
#> SRR2052800 5 0.5518 0.50528 0.000 0.096 0.000 0.052 0.644 NA
#> SRR2052799 5 0.3854 -0.06358 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536 NA
#> SRR2052798 1 0.1531 0.65307 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068 NA
#> SRR2052797 3 0.6988 0.32344 0.000 0.272 0.396 0.052 0.004 NA
#> SRR2052796 1 0.3706 0.39752 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 NA
#> SRR2052795 1 0.0547 0.66084 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2052794 5 0.4165 -0.03492 0.452 0.000 0.000 0.000 0.536 NA
#> SRR2052793 1 0.3684 0.40620 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372 NA
#> SRR2052792 5 0.5693 0.49864 0.000 0.100 0.000 0.060 0.628 NA
#> SRR2052791 1 0.4407 0.50023 0.720 0.036 0.000 0.020 0.220 NA
#> SRR2052790 3 0.4220 0.57509 0.000 0.096 0.732 0.000 0.000 NA
#> SRR2052789 3 0.0458 0.58485 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2052788 3 0.7125 0.36603 0.000 0.088 0.568 0.124 0.092 NA
#> SRR2052787 3 0.5598 0.47201 0.000 0.152 0.492 0.000 0.000 NA
#> SRR2052785 3 0.2794 0.60120 0.000 0.060 0.860 0.000 0.000 NA
#> SRR2052784 3 0.5422 0.51503 0.000 0.160 0.564 0.000 0.000 NA
#> SRR2052783 3 0.3395 0.59505 0.000 0.060 0.808 0.000 0.000 NA
#> SRR2052782 3 0.5883 0.41693 0.000 0.204 0.436 0.000 0.000 NA
#> SRR2052781 3 0.4802 0.55132 0.000 0.152 0.700 0.012 0.000 NA
#> SRR2052780 3 0.2740 0.59483 0.000 0.028 0.852 0.000 0.000 NA
#> SRR2052777 3 0.5956 0.39316 0.000 0.224 0.420 0.000 0.000 NA
#> SRR2052779 3 0.5956 0.39300 0.000 0.224 0.420 0.000 0.000 NA
#> SRR2052778 3 0.5865 0.42295 0.000 0.132 0.620 0.196 0.004 NA
#> SRR2052776 3 0.6670 0.29314 0.000 0.280 0.388 0.032 0.000 NA
#> SRR2052775 3 0.1341 0.59530 0.000 0.028 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2052773 3 0.2218 0.59458 0.000 0.012 0.884 0.000 0.000 NA
#> SRR2052772 3 0.0713 0.57833 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2052774 3 0.0508 0.58733 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2052771 1 0.6896 -0.06288 0.456 0.076 0.000 0.008 0.316 NA
#> SRR2052769 4 0.7274 -0.24249 0.000 0.244 0.300 0.356 0.000 NA
#> SRR2052770 3 0.5511 0.48126 0.000 0.196 0.660 0.076 0.004 NA
#> SRR2052768 2 0.7064 0.22670 0.000 0.432 0.264 0.096 0.000 NA
#> SRR2052767 4 0.6857 0.04508 0.000 0.252 0.244 0.440 0.000 NA
#> SRR2052766 3 0.8478 -0.08558 0.000 0.172 0.292 0.248 0.224 NA
#> SRR2052765 4 0.4211 0.65028 0.000 0.124 0.076 0.772 0.000 NA
#> SRR2052763 3 0.2637 0.59640 0.000 0.024 0.876 0.012 0.000 NA
#> SRR2052764 4 0.5686 0.65900 0.000 0.112 0.036 0.676 0.032 NA
#> SRR2052761 2 0.7585 0.31367 0.000 0.416 0.304 0.132 0.112 NA
#> SRR2052760 2 0.6700 -0.12128 0.000 0.372 0.344 0.036 0.000 NA
#> SRR2052759 3 0.5503 0.49127 0.000 0.060 0.712 0.060 0.056 NA
#> SRR2052762 2 0.4006 0.67953 0.000 0.772 0.136 0.084 0.000 NA
#> SRR2052758 3 0.5189 0.45614 0.000 0.208 0.668 0.088 0.000 NA
#> SRR2052756 1 0.8452 -0.02243 0.312 0.288 0.000 0.132 0.092 NA
#> SRR2052757 3 0.6540 0.41667 0.000 0.196 0.516 0.064 0.000 NA
#> SRR2052755 1 0.4567 0.56347 0.756 0.128 0.000 0.004 0.048 NA
#> SRR2052754 5 0.3862 -0.09944 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 NA
#> SRR2052753 1 0.4567 0.56347 0.756 0.128 0.000 0.004 0.048 NA
#> SRR2052752 1 0.2416 0.60174 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 NA
#> SRR2052750 1 0.4527 0.56566 0.760 0.124 0.000 0.004 0.048 NA
#> SRR2052751 2 0.4499 0.66754 0.000 0.724 0.160 0.108 0.000 NA
#> SRR2052748 3 0.8179 0.17211 0.000 0.096 0.412 0.164 0.212 NA
#> SRR2052747 1 0.3288 0.51908 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 NA
#> SRR2052746 3 0.0000 0.58709 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2052745 3 0.3430 0.56455 0.000 0.036 0.844 0.064 0.004 NA
#> SRR2052744 1 0.0692 0.65604 0.976 0.020 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2052741 2 0.3450 0.66381 0.000 0.824 0.072 0.096 0.004 NA
#> SRR2052743 2 0.4225 0.67411 0.000 0.752 0.144 0.096 0.000 NA
#> SRR2052740 2 0.3578 0.67688 0.000 0.812 0.088 0.092 0.000 NA
#> SRR2052742 2 0.4380 0.68112 0.000 0.744 0.136 0.108 0.000 NA
#> SRR2052739 3 0.7332 0.23425 0.000 0.288 0.356 0.088 0.004 NA
#> SRR2052738 3 0.8144 0.19921 0.000 0.100 0.428 0.144 0.196 NA
#> SRR2052736 2 0.4372 0.64320 0.000 0.768 0.072 0.128 0.024 NA
#> SRR2052735 1 0.4424 0.56910 0.768 0.120 0.000 0.004 0.044 NA
#> SRR2052734 1 0.1003 0.65613 0.964 0.028 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2052737 3 0.6113 0.27481 0.000 0.312 0.372 0.000 0.000 NA
#> SRR2052733 3 0.3302 0.58262 0.000 0.044 0.856 0.040 0.008 NA
#> SRR2052732 4 0.4401 0.66986 0.000 0.112 0.008 0.736 0.000 NA
#> SRR2052731 3 0.1444 0.59429 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 NA
#> SRR2052729 1 0.1471 0.65740 0.932 0.004 0.000 0.000 0.064 NA
#> SRR2052728 1 0.1663 0.64989 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 NA
#> SRR2052730 4 0.3078 0.67393 0.000 0.048 0.000 0.860 0.064 NA
#> SRR2052727 1 0.0632 0.66064 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2052725 4 0.6132 0.47655 0.000 0.304 0.004 0.528 0.032 NA
#> SRR2052726 1 0.5097 0.54742 0.732 0.128 0.000 0.028 0.048 NA
#> SRR2052724 1 0.5658 0.47041 0.672 0.164 0.000 0.016 0.084 NA
#> SRR2052723 3 0.8472 0.04058 0.000 0.148 0.340 0.148 0.260 NA
#> SRR2052722 3 0.1937 0.57079 0.000 0.036 0.924 0.004 0.004 NA
#> SRR2052721 1 0.0713 0.66032 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2052720 3 0.5936 0.39905 0.000 0.256 0.460 0.000 0.000 NA
#> SRR2052719 3 0.7273 0.17979 0.000 0.320 0.344 0.080 0.004 NA
#> SRR2052718 1 0.8259 0.02807 0.352 0.264 0.000 0.120 0.072 NA
#> SRR2052717 2 0.3826 0.68602 0.000 0.784 0.124 0.088 0.000 NA
#> SRR2052714 1 0.7266 0.23563 0.520 0.164 0.000 0.084 0.184 NA
#> SRR2052716 3 0.8112 -0.20258 0.000 0.296 0.300 0.228 0.140 NA
#> SRR2052715 3 0.2344 0.59432 0.000 0.048 0.896 0.000 0.004 NA
#> SRR2052713 1 0.3244 0.53274 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268 NA
#> SRR2052712 4 0.4267 0.54717 0.000 0.052 0.000 0.776 0.112 NA
#> SRR2052711 4 0.4553 0.57467 0.000 0.224 0.008 0.712 0.028 NA
#> SRR2052710 3 0.6005 0.41776 0.000 0.240 0.516 0.012 0.000 NA
#> SRR2052707 3 0.1168 0.58787 0.000 0.016 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR2052709 3 0.1152 0.59438 0.000 0.004 0.952 0.000 0.000 NA
#> SRR2052704 3 0.6152 0.44107 0.000 0.076 0.636 0.184 0.056 NA
#> SRR2052705 2 0.7028 0.35422 0.000 0.472 0.208 0.124 0.000 NA
#> SRR2052697 4 0.5916 0.53423 0.000 0.280 0.004 0.560 0.024 NA
#> SRR2052703 3 0.0914 0.59003 0.000 0.016 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2052696 1 0.2762 0.57891 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 NA
#> SRR2052706 4 0.4195 0.65833 0.000 0.132 0.064 0.776 0.004 NA
#> SRR2052695 3 0.6007 0.36806 0.000 0.240 0.404 0.000 0.000 NA
#> SRR2052694 3 0.6077 0.31040 0.000 0.304 0.400 0.000 0.000 NA
#> SRR2052692 3 0.5468 0.42505 0.000 0.176 0.680 0.084 0.016 NA
#> SRR2052693 3 0.5791 0.45972 0.000 0.216 0.560 0.012 0.000 NA
#> SRR2052691 1 0.6774 0.22717 0.480 0.344 0.000 0.040 0.068 NA
#> SRR2052690 2 0.3520 0.66611 0.000 0.816 0.076 0.100 0.000 NA
#> SRR2052689 4 0.1078 0.70102 0.000 0.016 0.008 0.964 0.000 NA
#> SRR2052687 4 0.2361 0.69426 0.000 0.032 0.064 0.896 0.000 NA
#> SRR2052686 4 0.6815 0.39224 0.000 0.288 0.000 0.456 0.076 NA
#> SRR2052688 4 0.7590 -0.25048 0.000 0.296 0.264 0.308 0.004 NA
#> SRR2052684 5 0.8326 0.41937 0.060 0.140 0.044 0.092 0.448 NA
#> SRR2052685 2 0.6839 0.21400 0.008 0.588 0.036 0.144 0.072 NA
#> SRR2052683 5 0.3862 -0.09720 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 NA
#> SRR2052681 4 0.3040 0.69741 0.000 0.080 0.012 0.864 0.012 NA
#> SRR2052680 4 0.0909 0.70028 0.000 0.020 0.000 0.968 0.000 NA
#> SRR2052682 2 0.7541 -0.23260 0.300 0.452 0.004 0.076 0.068 NA
#> SRR2052679 1 0.1204 0.65551 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 NA
#> SRR2052678 3 0.1333 0.59538 0.000 0.008 0.944 0.000 0.000 NA
#> SRR2052677 3 0.5769 0.44305 0.000 0.180 0.460 0.000 0.000 NA
#> SRR2052675 2 0.4333 0.63895 0.000 0.768 0.072 0.132 0.020 NA
#> SRR2052676 1 0.2883 0.56972 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 NA
#> SRR2052674 4 0.1801 0.70492 0.000 0.056 0.016 0.924 0.000 NA
#> SRR2052672 3 0.0547 0.59002 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2052673 2 0.5859 0.12954 0.000 0.548 0.044 0.344 0.044 NA
#> SRR2052671 2 0.6049 0.61814 0.000 0.632 0.140 0.148 0.012 NA
#> SRR2052670 3 0.2791 0.57036 0.000 0.052 0.872 0.004 0.004 NA
#> SRR2052669 3 0.5816 0.44908 0.000 0.212 0.484 0.000 0.000 NA
#> SRR2052668 2 0.3558 0.65744 0.000 0.812 0.072 0.108 0.000 NA
#> SRR2052667 2 0.6997 0.33902 0.000 0.464 0.212 0.104 0.000 NA
#> SRR2052666 3 0.8559 0.08613 0.000 0.120 0.344 0.168 0.228 NA
#> SRR2052665 2 0.4492 0.66899 0.000 0.736 0.148 0.100 0.000 NA
#> SRR2052664 5 0.7966 0.11625 0.340 0.132 0.000 0.064 0.348 NA
#> SRR2052663 4 0.5814 0.60834 0.000 0.208 0.000 0.596 0.032 NA
#> SRR2052662 2 0.4103 0.67894 0.000 0.768 0.136 0.084 0.000 NA
#> SRR2052661 1 0.4676 0.56050 0.752 0.128 0.000 0.008 0.048 NA
#> SRR2052660 3 0.4634 0.48104 0.000 0.108 0.764 0.072 0.016 NA
#> SRR2052659 2 0.8807 0.17095 0.000 0.240 0.232 0.188 0.228 NA
#> SRR2052658 2 0.4334 0.67602 0.000 0.736 0.144 0.116 0.000 NA
#> SRR2052657 1 0.1444 0.65389 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.975 0.951 0.980 0.4097 0.596 0.596
#> 3 3 0.839 0.885 0.945 0.2921 0.857 0.766
#> 4 4 0.656 0.738 0.866 0.3512 0.735 0.485
#> 5 5 0.573 0.503 0.714 0.0921 0.783 0.388
#> 6 6 0.610 0.372 0.682 0.0385 0.862 0.495
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052700 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052699 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052698 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052825 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052824 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052823 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052820 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052819 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052818 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052817 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052816 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052815 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052814 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052810 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052809 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052807 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052769 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052770 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052766 2 0.7528 0.716 0.216 0.784
#> SRR2052765 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052763 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052761 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR2052751 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052748 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052744 1 0.1414 0.958 0.980 0.020
#> SRR2052741 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052739 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052738 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052735 1 0.8016 0.694 0.756 0.244
#> SRR2052734 1 0.8327 0.659 0.736 0.264
#> SRR2052737 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052732 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052731 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052730 2 0.9963 0.131 0.464 0.536
#> SRR2052727 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052726 1 0.7376 0.749 0.792 0.208
#> SRR2052724 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052723 2 0.9427 0.439 0.360 0.640
#> SRR2052722 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052718 1 0.7602 0.732 0.780 0.220
#> SRR2052717 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052714 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052716 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052715 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052711 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052710 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052707 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052703 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052691 2 0.9635 0.352 0.388 0.612
#> SRR2052690 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052689 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052687 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052686 2 0.9580 0.373 0.380 0.620
#> SRR2052688 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052684 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052685 2 0.4431 0.884 0.092 0.908
#> SRR2052683 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052681 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052680 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052682 2 0.8909 0.543 0.308 0.692
#> SRR2052679 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052676 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052672 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR2052662 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052661 1 0.6712 0.792 0.824 0.176
#> SRR2052660 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR2052657 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052701 2 0.0892 0.948 0.020 0.980 0.000
#> SRR2052700 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052699 2 0.2356 0.907 0.072 0.928 0.000
#> SRR2052698 2 0.2711 0.910 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052708 1 0.0424 0.926 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052749 1 0.0592 0.925 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052786 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052825 3 0.3412 0.768 0.000 0.124 0.876
#> SRR2052824 3 0.5882 0.486 0.000 0.348 0.652
#> SRR2052823 2 0.0424 0.954 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052822 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052821 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052820 2 0.2165 0.925 0.000 0.936 0.064
#> SRR2052819 2 0.3412 0.870 0.000 0.876 0.124
#> SRR2052818 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052817 2 0.0592 0.954 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052816 2 0.1031 0.946 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052815 2 0.5178 0.683 0.000 0.744 0.256
#> SRR2052814 2 0.0747 0.953 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052813 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052811 2 0.0424 0.954 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052810 2 0.0592 0.954 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052809 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052808 2 0.0424 0.955 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052807 3 0.1964 0.784 0.056 0.000 0.944
#> SRR2052806 1 0.0747 0.924 0.984 0.000 0.016
#> SRR2052805 1 0.1289 0.916 0.968 0.000 0.032
#> SRR2052804 3 0.0237 0.824 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052803 1 0.1289 0.916 0.968 0.000 0.032
#> SRR2052802 3 0.0237 0.824 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052801 3 0.6140 0.214 0.404 0.000 0.596
#> SRR2052800 3 0.0237 0.824 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052799 1 0.6095 0.403 0.608 0.000 0.392
#> SRR2052798 1 0.0237 0.926 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052797 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052796 1 0.5098 0.689 0.752 0.000 0.248
#> SRR2052795 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> SRR2052794 3 0.3879 0.694 0.152 0.000 0.848
#> SRR2052793 1 0.3192 0.854 0.888 0.000 0.112
#> SRR2052792 3 0.0237 0.824 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052791 3 0.6244 0.100 0.440 0.000 0.560
#> SRR2052790 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052789 2 0.0747 0.953 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052788 2 0.2261 0.923 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052787 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052785 2 0.2165 0.925 0.000 0.936 0.064
#> SRR2052784 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052783 2 0.0424 0.955 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052782 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052780 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052777 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052778 2 0.4452 0.787 0.000 0.808 0.192
#> SRR2052776 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052775 2 0.2066 0.928 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052773 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052772 2 0.2066 0.929 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052774 2 0.0892 0.951 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052771 1 0.6192 0.329 0.580 0.000 0.420
#> SRR2052769 2 0.1031 0.949 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052770 2 0.3116 0.887 0.000 0.892 0.108
#> SRR2052768 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052767 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052766 3 0.0237 0.824 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052765 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052763 2 0.1860 0.933 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052764 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052761 2 0.0424 0.955 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052760 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052759 2 0.4887 0.735 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052762 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052758 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052756 1 0.0237 0.926 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052757 2 0.1163 0.950 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052755 1 0.0237 0.925 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052754 1 0.3038 0.862 0.896 0.000 0.104
#> SRR2052753 1 0.0237 0.925 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052752 1 0.2066 0.898 0.940 0.000 0.060
#> SRR2052750 1 0.0237 0.925 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052751 2 0.0424 0.954 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052748 3 0.0892 0.820 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052747 1 0.0237 0.926 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052746 2 0.2261 0.922 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052745 2 0.4121 0.818 0.000 0.832 0.168
#> SRR2052744 1 0.0424 0.923 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052741 2 0.1964 0.921 0.056 0.944 0.000
#> SRR2052743 2 0.0424 0.954 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052740 2 0.1289 0.940 0.032 0.968 0.000
#> SRR2052742 2 0.0424 0.954 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052739 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052738 3 0.5178 0.648 0.000 0.256 0.744
#> SRR2052736 2 0.3038 0.872 0.104 0.896 0.000
#> SRR2052735 1 0.1753 0.891 0.952 0.048 0.000
#> SRR2052734 1 0.2165 0.872 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052733 2 0.3879 0.838 0.000 0.848 0.152
#> SRR2052732 2 0.0747 0.950 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052731 2 0.1529 0.941 0.000 0.960 0.040
#> SRR2052729 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0592 0.921 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052730 3 0.0000 0.824 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052727 1 0.0237 0.926 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052725 2 0.2356 0.906 0.072 0.928 0.000
#> SRR2052726 1 0.0892 0.915 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052724 1 0.0592 0.925 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052723 3 0.0237 0.824 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052722 2 0.2711 0.907 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052721 1 0.0237 0.925 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052720 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052719 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052718 1 0.1753 0.890 0.952 0.048 0.000
#> SRR2052717 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052714 1 0.1031 0.920 0.976 0.000 0.024
#> SRR2052716 2 0.5810 0.514 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052715 2 0.2878 0.899 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052713 1 0.0237 0.926 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052712 3 0.0424 0.822 0.008 0.000 0.992
#> SRR2052711 2 0.2261 0.910 0.068 0.932 0.000
#> SRR2052710 2 0.1163 0.948 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052707 2 0.1964 0.931 0.000 0.944 0.056
#> SRR2052709 2 0.0892 0.951 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052704 3 0.4062 0.737 0.000 0.164 0.836
#> SRR2052705 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052697 2 0.2711 0.890 0.088 0.912 0.000
#> SRR2052703 2 0.1529 0.941 0.000 0.960 0.040
#> SRR2052696 1 0.0237 0.926 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052706 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052692 2 0.0892 0.951 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052693 2 0.1289 0.947 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052691 1 0.2448 0.856 0.924 0.076 0.000
#> SRR2052690 2 0.1163 0.943 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052689 3 0.5098 0.658 0.000 0.248 0.752
#> SRR2052687 2 0.5216 0.683 0.000 0.740 0.260
#> SRR2052686 1 0.2796 0.833 0.908 0.092 0.000
#> SRR2052688 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052684 3 0.0237 0.824 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052685 2 0.5016 0.667 0.240 0.760 0.000
#> SRR2052683 1 0.1031 0.921 0.976 0.000 0.024
#> SRR2052681 2 0.0237 0.956 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052680 3 0.3752 0.755 0.000 0.144 0.856
#> SRR2052682 1 0.4291 0.677 0.820 0.180 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.1031 0.949 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052677 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.1860 0.924 0.052 0.948 0.000
#> SRR2052676 1 0.0000 0.926 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.0424 0.955 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052672 2 0.2165 0.925 0.000 0.936 0.064
#> SRR2052673 2 0.2878 0.881 0.096 0.904 0.000
#> SRR2052671 2 0.0424 0.954 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052670 2 0.0424 0.955 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052669 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052668 2 0.1163 0.943 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052666 2 0.0000 0.956 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052664 1 0.4654 0.745 0.792 0.000 0.208
#> SRR2052663 2 0.4452 0.752 0.192 0.808 0.000
#> SRR2052662 2 0.0237 0.955 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052661 1 0.2066 0.877 0.940 0.060 0.000
#> SRR2052660 2 0.0747 0.953 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052659 2 0.2261 0.924 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052658 2 0.0424 0.954 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052657 1 0.0424 0.926 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.0469 0.851827 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052701 2 0.6782 0.198883 0.068 0.528 0.392 0.012
#> SRR2052700 2 0.0000 0.851505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052699 1 0.5973 0.474887 0.676 0.056 0.256 0.012
#> SRR2052698 3 0.7901 0.087517 0.000 0.296 0.356 0.348
#> SRR2052708 1 0.1022 0.877103 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052749 1 0.0707 0.882924 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052786 2 0.4843 0.297611 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR2052825 2 0.0469 0.847248 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052824 2 0.0817 0.844844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2052823 2 0.0376 0.852175 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052822 3 0.4477 0.629804 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR2052821 2 0.0469 0.851827 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052820 3 0.4010 0.809219 0.000 0.100 0.836 0.064
#> SRR2052819 2 0.5058 0.690895 0.000 0.768 0.104 0.128
#> SRR2052818 2 0.0000 0.851505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.3266 0.834068 0.000 0.084 0.876 0.040
#> SRR2052816 2 0.0336 0.848839 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052815 2 0.0336 0.848590 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052814 2 0.1398 0.841186 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR2052813 3 0.4454 0.634131 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR2052812 2 0.2081 0.817969 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.851505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052810 2 0.0000 0.851505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052809 3 0.4500 0.619543 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR2052808 2 0.0469 0.847350 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052807 4 0.1302 0.787266 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR2052806 1 0.2408 0.824554 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2052805 1 0.2589 0.813306 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052804 4 0.0804 0.797239 0.008 0.000 0.012 0.980
#> SRR2052803 1 0.2530 0.816943 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2052802 4 0.0469 0.798251 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052801 4 0.3311 0.707417 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR2052800 4 0.0469 0.798251 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052799 4 0.4431 0.537747 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR2052798 1 0.0336 0.885098 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052797 2 0.1389 0.838376 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR2052796 4 0.4992 0.090562 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2052795 1 0.1118 0.874916 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052794 4 0.2216 0.765997 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR2052793 1 0.3942 0.656028 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2052792 4 0.0592 0.797941 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR2052791 4 0.3764 0.666077 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR2052790 3 0.1637 0.838781 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR2052789 3 0.1388 0.835864 0.000 0.028 0.960 0.012
#> SRR2052788 3 0.1256 0.826292 0.000 0.008 0.964 0.028
#> SRR2052787 3 0.3688 0.761843 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR2052785 3 0.6362 0.605102 0.000 0.288 0.616 0.096
#> SRR2052784 3 0.1109 0.835136 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR2052783 3 0.2610 0.836607 0.000 0.088 0.900 0.012
#> SRR2052782 3 0.3400 0.786497 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR2052781 3 0.4220 0.717688 0.000 0.248 0.748 0.004
#> SRR2052780 3 0.2271 0.836822 0.000 0.076 0.916 0.008
#> SRR2052777 3 0.3649 0.767269 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR2052779 3 0.4454 0.630837 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR2052778 3 0.7714 0.318209 0.000 0.244 0.440 0.316
#> SRR2052776 2 0.4454 0.511466 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR2052775 3 0.3421 0.830964 0.000 0.088 0.868 0.044
#> SRR2052773 3 0.1474 0.839394 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR2052772 3 0.1022 0.824568 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052774 3 0.0927 0.829073 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR2052771 4 0.4585 0.488299 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR2052769 2 0.0188 0.851724 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052770 3 0.7763 0.277125 0.000 0.332 0.420 0.248
#> SRR2052768 2 0.0779 0.851549 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR2052767 2 0.0592 0.851191 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052766 4 0.0817 0.796738 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR2052765 2 0.0000 0.851505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.1256 0.825859 0.000 0.008 0.964 0.028
#> SRR2052764 2 0.0000 0.851505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0336 0.830136 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052760 3 0.4855 0.405670 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR2052759 3 0.2704 0.768719 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR2052762 3 0.3651 0.812423 0.008 0.136 0.844 0.012
#> SRR2052758 3 0.1174 0.834725 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR2052756 1 0.0336 0.885098 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052757 2 0.7062 0.445781 0.000 0.564 0.260 0.176
#> SRR2052755 1 0.0937 0.880556 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR2052754 1 0.4008 0.642148 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2052753 1 0.0336 0.885098 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052752 1 0.2868 0.791330 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2052750 1 0.1059 0.878824 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR2052751 3 0.1124 0.826432 0.012 0.004 0.972 0.012
#> SRR2052748 4 0.4277 0.574758 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR2052747 1 0.0336 0.885017 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052746 3 0.1677 0.822119 0.000 0.012 0.948 0.040
#> SRR2052745 3 0.3161 0.762543 0.000 0.012 0.864 0.124
#> SRR2052744 1 0.0336 0.885066 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052741 3 0.4129 0.770775 0.116 0.036 0.836 0.012
#> SRR2052743 3 0.2552 0.832964 0.020 0.048 0.920 0.012
#> SRR2052740 3 0.6868 0.611439 0.168 0.184 0.636 0.012
#> SRR2052742 3 0.1059 0.823638 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR2052739 2 0.0817 0.849259 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2052738 3 0.4155 0.621936 0.000 0.004 0.756 0.240
#> SRR2052736 3 0.7385 0.247921 0.400 0.116 0.472 0.012
#> SRR2052735 1 0.1677 0.862890 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR2052734 1 0.2021 0.847507 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR2052737 2 0.4477 0.509355 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR2052733 3 0.3881 0.714216 0.000 0.016 0.812 0.172
#> SRR2052732 2 0.0000 0.851505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.1059 0.829523 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR2052729 1 0.0188 0.885397 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052728 1 0.0804 0.881408 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR2052730 4 0.4319 0.641041 0.000 0.228 0.012 0.760
#> SRR2052727 1 0.0376 0.885688 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2052725 2 0.1792 0.819582 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR2052726 1 0.1388 0.872481 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR2052724 1 0.0921 0.879486 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052723 4 0.1940 0.774422 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR2052722 3 0.2216 0.793944 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR2052721 1 0.1059 0.878824 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR2052720 3 0.3266 0.795833 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR2052719 2 0.1022 0.846560 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2052718 1 0.0336 0.885098 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052717 3 0.3981 0.819718 0.040 0.100 0.848 0.012
#> SRR2052714 1 0.1488 0.879913 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR2052716 4 0.7081 0.224614 0.000 0.136 0.352 0.512
#> SRR2052715 3 0.5950 0.726198 0.000 0.148 0.696 0.156
#> SRR2052713 1 0.0707 0.882037 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052712 4 0.3015 0.764475 0.024 0.092 0.000 0.884
#> SRR2052711 1 0.7848 -0.031295 0.440 0.372 0.176 0.012
#> SRR2052710 2 0.1389 0.835002 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2052707 3 0.3679 0.827778 0.000 0.084 0.856 0.060
#> SRR2052709 3 0.1059 0.829523 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR2052704 4 0.5206 0.437579 0.000 0.024 0.308 0.668
#> SRR2052705 2 0.5296 -0.104106 0.008 0.496 0.496 0.000
#> SRR2052697 2 0.3366 0.781995 0.096 0.872 0.028 0.004
#> SRR2052703 3 0.2363 0.839310 0.000 0.056 0.920 0.024
#> SRR2052696 1 0.0336 0.885156 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052706 2 0.0000 0.851505 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.4277 0.567380 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR2052694 3 0.2999 0.819479 0.000 0.132 0.864 0.004
#> SRR2052692 3 0.0921 0.825679 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052693 2 0.6544 0.445595 0.000 0.604 0.284 0.112
#> SRR2052691 1 0.2805 0.795172 0.888 0.000 0.100 0.012
#> SRR2052690 3 0.5007 0.680973 0.208 0.028 0.752 0.012
#> SRR2052689 2 0.0707 0.845625 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2052687 2 0.1302 0.824980 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2052686 2 0.5244 0.350920 0.372 0.616 0.008 0.004
#> SRR2052688 2 0.0336 0.852220 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052684 4 0.1302 0.790754 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR2052685 1 0.5119 0.230585 0.556 0.440 0.000 0.004
#> SRR2052683 1 0.1716 0.856491 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052681 2 0.0469 0.847350 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052680 2 0.1211 0.832880 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2052682 1 0.1388 0.869821 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR2052679 1 0.0000 0.885519 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.1059 0.829523 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR2052677 3 0.3569 0.773419 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR2052675 2 0.8036 0.000586 0.208 0.396 0.384 0.012
#> SRR2052676 1 0.0188 0.885397 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052674 2 0.0188 0.850410 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052672 3 0.1545 0.822089 0.000 0.008 0.952 0.040
#> SRR2052673 2 0.5654 0.657002 0.192 0.728 0.068 0.012
#> SRR2052671 2 0.1209 0.846084 0.004 0.964 0.032 0.000
#> SRR2052670 3 0.0376 0.829684 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052669 3 0.1863 0.837820 0.004 0.040 0.944 0.012
#> SRR2052668 3 0.5774 0.729245 0.132 0.120 0.736 0.012
#> SRR2052667 2 0.4594 0.575342 0.000 0.712 0.280 0.008
#> SRR2052666 3 0.0804 0.829605 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR2052665 3 0.2797 0.832510 0.020 0.060 0.908 0.012
#> SRR2052664 1 0.4761 0.366391 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR2052663 2 0.2345 0.783402 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR2052662 3 0.4700 0.750366 0.016 0.208 0.764 0.012
#> SRR2052661 1 0.1854 0.856664 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR2052660 3 0.0469 0.828550 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052659 3 0.0707 0.826551 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052658 3 0.1526 0.831202 0.012 0.016 0.960 0.012
#> SRR2052657 1 0.1256 0.882936 0.964 0.000 0.008 0.028
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.3752 0.3303 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR2052701 2 0.5678 0.4222 0.228 0.668 0.048 0.056 0.000
#> SRR2052700 2 0.4273 -0.0538 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR2052699 1 0.1932 0.7140 0.936 0.020 0.008 0.032 0.004
#> SRR2052698 3 0.7893 0.2128 0.000 0.316 0.332 0.284 0.068
#> SRR2052708 1 0.4074 0.3945 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR2052749 5 0.3932 0.5194 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2052786 2 0.3936 0.5883 0.004 0.800 0.144 0.052 0.000
#> SRR2052825 4 0.2929 0.6177 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR2052824 4 0.1518 0.6412 0.004 0.048 0.000 0.944 0.004
#> SRR2052823 2 0.4297 -0.1312 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR2052822 2 0.5694 -0.1808 0.000 0.464 0.456 0.080 0.000
#> SRR2052821 2 0.3305 0.4256 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR2052820 3 0.6100 0.2662 0.100 0.000 0.568 0.316 0.016
#> SRR2052819 4 0.5273 0.5736 0.004 0.164 0.140 0.692 0.000
#> SRR2052818 4 0.4291 0.2495 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR2052817 3 0.5431 0.1868 0.000 0.472 0.480 0.040 0.008
#> SRR2052816 4 0.4777 0.5420 0.052 0.268 0.000 0.680 0.000
#> SRR2052815 4 0.3039 0.6110 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR2052814 2 0.6000 -0.1100 0.004 0.456 0.096 0.444 0.000
#> SRR2052813 2 0.3093 0.5750 0.000 0.824 0.168 0.008 0.000
#> SRR2052812 2 0.2723 0.5240 0.000 0.864 0.012 0.124 0.000
#> SRR2052811 2 0.3949 0.2447 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR2052810 4 0.4074 0.4451 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR2052809 2 0.4167 0.4706 0.000 0.724 0.252 0.024 0.000
#> SRR2052808 4 0.2234 0.6394 0.036 0.032 0.012 0.920 0.000
#> SRR2052807 5 0.3075 0.7286 0.012 0.004 0.012 0.108 0.864
#> SRR2052806 5 0.2338 0.7849 0.112 0.004 0.000 0.000 0.884
#> SRR2052805 5 0.2891 0.7425 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2052804 4 0.6402 0.1259 0.000 0.000 0.216 0.508 0.276
#> SRR2052803 5 0.3452 0.6703 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR2052802 5 0.4254 0.5683 0.000 0.000 0.040 0.220 0.740
#> SRR2052801 5 0.0703 0.7987 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2052800 5 0.4777 0.4936 0.000 0.000 0.052 0.268 0.680
#> SRR2052799 5 0.0880 0.8001 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR2052798 1 0.2329 0.6957 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052797 2 0.2824 0.5436 0.000 0.864 0.020 0.116 0.000
#> SRR2052796 5 0.1121 0.8008 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2052795 1 0.4305 0.0185 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR2052794 5 0.0324 0.7925 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052793 5 0.1792 0.7944 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR2052792 5 0.6712 0.1346 0.000 0.000 0.356 0.248 0.396
#> SRR2052791 5 0.0290 0.7940 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052790 2 0.4126 0.2246 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.3906 0.5923 0.004 0.292 0.704 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.2852 0.6997 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.3586 0.4703 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.5058 0.4285 0.000 0.384 0.576 0.040 0.000
#> SRR2052784 3 0.4147 0.5542 0.008 0.316 0.676 0.000 0.000
#> SRR2052783 3 0.3196 0.6931 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.3366 0.5136 0.000 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.4893 0.0713 0.000 0.568 0.404 0.028 0.000
#> SRR2052780 3 0.4288 0.4595 0.004 0.384 0.612 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.3508 0.4868 0.000 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.3109 0.5451 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.5182 0.0419 0.000 0.016 0.504 0.464 0.016
#> SRR2052776 4 0.6952 -0.0482 0.004 0.316 0.324 0.356 0.000
#> SRR2052775 3 0.3480 0.6482 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.3884 0.6007 0.004 0.288 0.708 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.1952 0.7255 0.000 0.084 0.912 0.000 0.004
#> SRR2052774 3 0.2890 0.7055 0.004 0.160 0.836 0.000 0.000
#> SRR2052771 5 0.1205 0.7997 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
#> SRR2052769 4 0.4242 0.3147 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR2052770 3 0.5563 0.5104 0.000 0.208 0.672 0.104 0.016
#> SRR2052768 2 0.2471 0.5196 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR2052767 2 0.3074 0.4616 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052766 4 0.6257 0.0962 0.000 0.000 0.392 0.460 0.148
#> SRR2052765 2 0.4171 0.0968 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR2052763 3 0.1205 0.7214 0.004 0.040 0.956 0.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.3661 0.3566 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2052761 3 0.1235 0.7172 0.004 0.016 0.964 0.004 0.012
#> SRR2052760 2 0.2286 0.6071 0.000 0.888 0.108 0.004 0.000
#> SRR2052759 3 0.0451 0.7158 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR2052762 2 0.4437 -0.0664 0.004 0.532 0.464 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.2234 0.7149 0.036 0.012 0.920 0.032 0.000
#> SRR2052756 1 0.2006 0.7129 0.916 0.000 0.000 0.012 0.072
#> SRR2052757 2 0.5310 0.5245 0.000 0.704 0.204 0.048 0.044
#> SRR2052755 1 0.0404 0.7331 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052754 5 0.2329 0.7784 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR2052753 1 0.0290 0.7331 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052752 5 0.3424 0.6772 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2052750 1 0.0566 0.7332 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052751 1 0.5760 0.0646 0.512 0.052 0.420 0.016 0.000
#> SRR2052748 3 0.4134 0.4933 0.000 0.000 0.760 0.196 0.044
#> SRR2052747 1 0.4264 0.3696 0.620 0.004 0.000 0.000 0.376
#> SRR2052746 3 0.2127 0.7201 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.1117 0.7154 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020
#> SRR2052744 1 0.4101 0.4609 0.664 0.004 0.000 0.000 0.332
#> SRR2052741 1 0.4679 0.5635 0.740 0.136 0.124 0.000 0.000
#> SRR2052743 3 0.6458 0.4106 0.200 0.276 0.520 0.004 0.000
#> SRR2052740 1 0.5410 0.3009 0.584 0.344 0.072 0.000 0.000
#> SRR2052742 3 0.6161 0.2025 0.424 0.132 0.444 0.000 0.000
#> SRR2052739 2 0.1830 0.5633 0.000 0.924 0.008 0.068 0.000
#> SRR2052738 3 0.1106 0.7123 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR2052736 1 0.4402 0.4088 0.636 0.352 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.0955 0.7298 0.968 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052734 1 0.2012 0.7286 0.920 0.020 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052737 2 0.2625 0.6063 0.000 0.876 0.108 0.016 0.000
#> SRR2052733 3 0.1074 0.7158 0.000 0.012 0.968 0.016 0.004
#> SRR2052732 4 0.4101 0.4343 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR2052731 3 0.1124 0.7231 0.004 0.036 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.1851 0.7145 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2052728 1 0.2389 0.7013 0.880 0.004 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052730 4 0.2585 0.5885 0.000 0.008 0.072 0.896 0.024
#> SRR2052727 1 0.3177 0.6276 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2052725 4 0.4731 0.4238 0.328 0.032 0.000 0.640 0.000
#> SRR2052726 1 0.0798 0.7311 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052724 1 0.3774 0.5157 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2052723 3 0.5697 0.3228 0.000 0.000 0.596 0.116 0.288
#> SRR2052722 3 0.2828 0.7241 0.000 0.104 0.872 0.020 0.004
#> SRR2052721 1 0.1043 0.7310 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2052720 2 0.3661 0.4517 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.2719 0.5189 0.000 0.852 0.004 0.144 0.000
#> SRR2052718 1 0.0771 0.7336 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2052717 2 0.4135 0.3194 0.004 0.656 0.340 0.000 0.000
#> SRR2052714 1 0.0404 0.7333 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052716 3 0.5212 0.0797 0.000 0.016 0.548 0.416 0.020
#> SRR2052715 3 0.4404 0.6730 0.000 0.152 0.760 0.088 0.000
#> SRR2052713 1 0.4249 0.2360 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR2052712 4 0.2674 0.5331 0.000 0.004 0.000 0.856 0.140
#> SRR2052711 1 0.5431 0.4584 0.656 0.044 0.008 0.276 0.016
#> SRR2052710 4 0.4592 0.5223 0.000 0.224 0.012 0.728 0.036
#> SRR2052707 3 0.5683 0.6362 0.000 0.140 0.652 0.200 0.008
#> SRR2052709 3 0.3336 0.6623 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000
#> SRR2052704 4 0.5123 -0.0276 0.000 0.004 0.476 0.492 0.028
#> SRR2052705 2 0.8046 0.0878 0.100 0.384 0.236 0.280 0.000
#> SRR2052697 1 0.4525 0.5126 0.724 0.056 0.000 0.220 0.000
#> SRR2052703 3 0.1830 0.7192 0.000 0.028 0.932 0.040 0.000
#> SRR2052696 1 0.3661 0.5488 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2052706 2 0.3966 0.2466 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR2052695 2 0.2669 0.6068 0.000 0.876 0.104 0.020 0.000
#> SRR2052694 2 0.3508 0.4891 0.000 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0727 0.7192 0.004 0.012 0.980 0.000 0.004
#> SRR2052693 4 0.5971 0.1444 0.000 0.076 0.364 0.544 0.016
#> SRR2052691 1 0.0865 0.7277 0.972 0.024 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052690 1 0.4408 0.6081 0.784 0.104 0.100 0.012 0.000
#> SRR2052689 4 0.2798 0.6313 0.000 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR2052687 4 0.4800 0.5486 0.000 0.272 0.000 0.676 0.052
#> SRR2052686 4 0.4965 0.2698 0.404 0.024 0.000 0.568 0.004
#> SRR2052688 2 0.3837 0.3078 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR2052684 3 0.5953 0.1276 0.000 0.000 0.540 0.124 0.336
#> SRR2052685 2 0.6386 0.3156 0.152 0.648 0.000 0.104 0.096
#> SRR2052683 5 0.3707 0.5903 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2052681 4 0.1444 0.6409 0.012 0.040 0.000 0.948 0.000
#> SRR2052680 4 0.2052 0.6417 0.004 0.080 0.000 0.912 0.004
#> SRR2052682 1 0.6308 0.2988 0.456 0.388 0.000 0.000 0.156
#> SRR2052679 1 0.2773 0.6672 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2052678 3 0.3177 0.6782 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.3521 0.5168 0.000 0.764 0.232 0.004 0.000
#> SRR2052675 2 0.4567 0.0638 0.448 0.544 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052676 1 0.3861 0.5390 0.712 0.004 0.000 0.000 0.284
#> SRR2052674 4 0.3274 0.5951 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR2052672 3 0.2732 0.7050 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.4044 0.4337 0.252 0.732 0.004 0.012 0.000
#> SRR2052671 2 0.2798 0.5247 0.000 0.852 0.008 0.140 0.000
#> SRR2052670 3 0.2563 0.7179 0.008 0.120 0.872 0.000 0.000
#> SRR2052669 3 0.4555 0.2180 0.008 0.472 0.520 0.000 0.000
#> SRR2052668 1 0.3969 0.6468 0.828 0.048 0.084 0.040 0.000
#> SRR2052667 4 0.5938 0.4088 0.048 0.224 0.076 0.652 0.000
#> SRR2052666 3 0.3496 0.6800 0.012 0.200 0.788 0.000 0.000
#> SRR2052665 1 0.6808 0.3830 0.584 0.064 0.208 0.144 0.000
#> SRR2052664 5 0.3527 0.7784 0.116 0.000 0.000 0.056 0.828
#> SRR2052663 2 0.3530 0.4454 0.000 0.784 0.000 0.204 0.012
#> SRR2052662 2 0.3333 0.5351 0.004 0.788 0.208 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.0290 0.7322 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.0486 0.7184 0.004 0.004 0.988 0.004 0.000
#> SRR2052659 3 0.0912 0.7142 0.000 0.012 0.972 0.000 0.016
#> SRR2052658 3 0.4547 0.3861 0.012 0.400 0.588 0.000 0.000
#> SRR2052657 1 0.1043 0.7316 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 4 0.4072 0.13819 0.000 0.448 0.000 0.544 0.000 0.008
#> SRR2052701 2 0.6387 -0.00140 0.336 0.488 0.020 0.020 0.000 0.136
#> SRR2052700 4 0.3717 0.40991 0.000 0.276 0.000 0.708 0.000 0.016
#> SRR2052699 1 0.3123 0.59915 0.868 0.000 0.028 0.060 0.024 0.020
#> SRR2052698 6 0.6504 0.17084 0.000 0.416 0.084 0.072 0.008 0.420
#> SRR2052708 5 0.4439 0.07725 0.468 0.000 0.004 0.004 0.512 0.012
#> SRR2052749 5 0.3629 0.51614 0.260 0.000 0.000 0.000 0.724 0.016
#> SRR2052786 2 0.3245 0.55803 0.036 0.864 0.024 0.048 0.000 0.028
#> SRR2052825 4 0.3093 0.43842 0.000 0.012 0.008 0.816 0.000 0.164
#> SRR2052824 4 0.3967 0.29903 0.000 0.008 0.008 0.668 0.000 0.316
#> SRR2052823 4 0.3972 0.42724 0.016 0.232 0.000 0.732 0.000 0.020
#> SRR2052822 2 0.5275 0.43212 0.012 0.696 0.156 0.100 0.000 0.036
#> SRR2052821 2 0.4471 -0.00316 0.000 0.500 0.000 0.472 0.000 0.028
#> SRR2052820 3 0.5510 0.37555 0.072 0.012 0.680 0.168 0.000 0.068
#> SRR2052819 4 0.5805 0.12437 0.000 0.040 0.080 0.516 0.000 0.364
#> SRR2052818 4 0.2793 0.45686 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR2052817 2 0.2958 0.55174 0.004 0.864 0.088 0.020 0.000 0.024
#> SRR2052816 4 0.3282 0.44135 0.096 0.020 0.000 0.844 0.004 0.036
#> SRR2052815 4 0.3082 0.45723 0.000 0.020 0.008 0.828 0.000 0.144
#> SRR2052814 4 0.6533 -0.10876 0.000 0.268 0.024 0.404 0.000 0.304
#> SRR2052813 2 0.2420 0.55407 0.000 0.876 0.008 0.108 0.000 0.008
#> SRR2052812 2 0.5298 0.25364 0.044 0.560 0.012 0.368 0.000 0.016
#> SRR2052811 4 0.4136 0.18257 0.000 0.428 0.000 0.560 0.000 0.012
#> SRR2052810 4 0.1983 0.50017 0.000 0.072 0.000 0.908 0.000 0.020
#> SRR2052809 2 0.2296 0.56455 0.008 0.908 0.020 0.012 0.000 0.052
#> SRR2052808 4 0.4260 0.38762 0.044 0.004 0.040 0.772 0.000 0.140
#> SRR2052807 5 0.3937 0.30971 0.000 0.000 0.004 0.000 0.572 0.424
#> SRR2052806 5 0.0837 0.71187 0.020 0.000 0.000 0.004 0.972 0.004
#> SRR2052805 5 0.1444 0.69767 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR2052804 3 0.7505 -0.21861 0.000 0.000 0.352 0.284 0.172 0.192
#> SRR2052803 5 0.2631 0.64950 0.152 0.000 0.000 0.000 0.840 0.008
#> SRR2052802 5 0.4446 0.25037 0.000 0.000 0.020 0.004 0.532 0.444
#> SRR2052801 5 0.1988 0.70102 0.008 0.000 0.004 0.004 0.912 0.072
#> SRR2052800 5 0.5498 0.16773 0.000 0.000 0.088 0.012 0.464 0.436
#> SRR2052799 5 0.1584 0.70543 0.008 0.000 0.000 0.000 0.928 0.064
#> SRR2052798 1 0.4093 0.18568 0.584 0.000 0.000 0.000 0.404 0.012
#> SRR2052797 2 0.3738 0.40100 0.000 0.704 0.000 0.280 0.000 0.016
#> SRR2052796 5 0.1542 0.70825 0.008 0.000 0.000 0.004 0.936 0.052
#> SRR2052795 5 0.4084 0.25464 0.400 0.000 0.000 0.000 0.588 0.012
#> SRR2052794 5 0.2504 0.65052 0.000 0.000 0.004 0.004 0.856 0.136
#> SRR2052793 5 0.0972 0.71179 0.028 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008
#> SRR2052792 3 0.4852 0.38125 0.000 0.000 0.696 0.016 0.112 0.176
#> SRR2052791 5 0.1477 0.70630 0.000 0.000 0.008 0.004 0.940 0.048
#> SRR2052790 2 0.1686 0.57417 0.000 0.924 0.064 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052789 2 0.4315 0.39074 0.012 0.704 0.244 0.000 0.000 0.040
#> SRR2052788 3 0.4665 0.39043 0.012 0.412 0.552 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052787 2 0.1938 0.56345 0.008 0.920 0.020 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052785 2 0.5139 0.43172 0.000 0.704 0.136 0.092 0.000 0.068
#> SRR2052784 2 0.5239 -0.12231 0.012 0.504 0.420 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052783 3 0.5999 0.25882 0.024 0.412 0.440 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052782 2 0.1297 0.57904 0.000 0.948 0.012 0.040 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.4500 0.49982 0.024 0.784 0.072 0.052 0.000 0.068
#> SRR2052780 2 0.4918 0.27031 0.012 0.636 0.284 0.000 0.000 0.068
#> SRR2052777 2 0.1448 0.57882 0.016 0.948 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.1462 0.57492 0.000 0.936 0.008 0.056 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.6406 0.07977 0.000 0.036 0.484 0.196 0.000 0.284
#> SRR2052776 4 0.6205 -0.01823 0.008 0.360 0.112 0.488 0.000 0.032
#> SRR2052775 3 0.4787 0.29823 0.004 0.456 0.504 0.004 0.000 0.032
#> SRR2052773 2 0.4695 0.39444 0.028 0.696 0.224 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052772 3 0.4123 0.57839 0.016 0.272 0.696 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052774 3 0.5446 0.38317 0.016 0.384 0.520 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052771 5 0.1655 0.71152 0.012 0.000 0.012 0.004 0.940 0.032
#> SRR2052769 4 0.4004 0.47254 0.000 0.120 0.000 0.760 0.000 0.120
#> SRR2052770 3 0.4594 0.45093 0.000 0.236 0.692 0.056 0.000 0.016
#> SRR2052768 2 0.3912 0.31966 0.000 0.648 0.000 0.340 0.000 0.012
#> SRR2052767 2 0.3847 0.09195 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR2052766 3 0.5669 -0.01633 0.000 0.000 0.448 0.108 0.012 0.432
#> SRR2052765 4 0.4032 0.20862 0.000 0.420 0.000 0.572 0.000 0.008
#> SRR2052763 3 0.1801 0.64809 0.000 0.056 0.924 0.004 0.000 0.016
#> SRR2052764 2 0.4089 0.02306 0.000 0.524 0.000 0.468 0.000 0.008
#> SRR2052761 3 0.1838 0.64443 0.012 0.040 0.928 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052760 2 0.2243 0.55248 0.000 0.880 0.004 0.112 0.000 0.004
#> SRR2052759 3 0.1500 0.64821 0.000 0.052 0.936 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052762 2 0.6426 0.28015 0.020 0.564 0.200 0.036 0.000 0.180
#> SRR2052758 3 0.4926 0.60361 0.068 0.136 0.732 0.008 0.000 0.056
#> SRR2052756 1 0.6624 0.31408 0.516 0.000 0.008 0.104 0.088 0.284
#> SRR2052757 2 0.2810 0.56305 0.000 0.876 0.016 0.080 0.012 0.016
#> SRR2052755 1 0.1793 0.61011 0.928 0.004 0.000 0.000 0.036 0.032
#> SRR2052754 5 0.1080 0.71182 0.032 0.000 0.000 0.004 0.960 0.004
#> SRR2052753 1 0.3265 0.59436 0.836 0.000 0.000 0.008 0.088 0.068
#> SRR2052752 5 0.2946 0.65359 0.160 0.000 0.000 0.004 0.824 0.012
#> SRR2052750 1 0.1531 0.60200 0.928 0.004 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2052751 1 0.5510 0.31095 0.668 0.056 0.204 0.020 0.000 0.052
#> SRR2052748 3 0.1413 0.60832 0.000 0.008 0.948 0.004 0.004 0.036
#> SRR2052747 5 0.4264 -0.00275 0.492 0.000 0.000 0.000 0.492 0.016
#> SRR2052746 3 0.2768 0.64467 0.000 0.156 0.832 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052745 3 0.1528 0.64586 0.000 0.048 0.936 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052744 1 0.4181 0.00361 0.512 0.000 0.000 0.000 0.476 0.012
#> SRR2052741 1 0.6141 0.20712 0.596 0.188 0.048 0.008 0.000 0.160
#> SRR2052743 2 0.7375 -0.08633 0.340 0.384 0.124 0.012 0.000 0.140
#> SRR2052740 1 0.5833 -0.11237 0.448 0.416 0.016 0.000 0.000 0.120
#> SRR2052742 1 0.6299 0.11677 0.576 0.188 0.148 0.000 0.000 0.088
#> SRR2052739 2 0.2340 0.53056 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.1890 0.64885 0.000 0.060 0.916 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052736 1 0.5408 0.06531 0.560 0.344 0.012 0.000 0.004 0.080
#> SRR2052735 1 0.2411 0.60668 0.900 0.024 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR2052734 1 0.1913 0.60424 0.920 0.004 0.000 0.004 0.060 0.012
#> SRR2052737 2 0.2701 0.56989 0.028 0.892 0.012 0.040 0.000 0.028
#> SRR2052733 3 0.2030 0.65034 0.000 0.064 0.908 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052732 4 0.2890 0.48625 0.016 0.108 0.000 0.856 0.000 0.020
#> SRR2052731 3 0.2572 0.64811 0.012 0.136 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.3606 0.40885 0.708 0.000 0.000 0.004 0.284 0.004
#> SRR2052728 1 0.4009 0.29034 0.632 0.000 0.000 0.004 0.356 0.008
#> SRR2052730 4 0.4985 0.27156 0.028 0.000 0.068 0.668 0.000 0.236
#> SRR2052727 1 0.4147 0.10906 0.552 0.000 0.000 0.000 0.436 0.012
#> SRR2052725 1 0.6410 -0.28837 0.392 0.016 0.000 0.256 0.000 0.336
#> SRR2052726 1 0.1370 0.60053 0.948 0.004 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR2052724 1 0.5393 0.03341 0.484 0.000 0.008 0.008 0.436 0.064
#> SRR2052723 3 0.5923 0.38106 0.000 0.044 0.584 0.000 0.132 0.240
#> SRR2052722 3 0.5148 0.54078 0.016 0.256 0.636 0.000 0.000 0.092
#> SRR2052721 1 0.2278 0.57266 0.868 0.000 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR2052720 2 0.1957 0.56406 0.008 0.920 0.024 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052719 2 0.3789 0.33938 0.000 0.660 0.000 0.332 0.000 0.008
#> SRR2052718 1 0.2973 0.59842 0.864 0.004 0.000 0.016 0.084 0.032
#> SRR2052717 2 0.4517 0.50241 0.008 0.764 0.104 0.032 0.000 0.092
#> SRR2052714 1 0.4572 0.54906 0.748 0.000 0.008 0.020 0.136 0.088
#> SRR2052716 3 0.4056 0.37769 0.012 0.000 0.732 0.224 0.000 0.032
#> SRR2052715 3 0.5271 0.49060 0.004 0.328 0.580 0.008 0.000 0.080
#> SRR2052713 5 0.4355 0.17781 0.420 0.000 0.000 0.000 0.556 0.024
#> SRR2052712 4 0.5448 0.05734 0.000 0.000 0.036 0.504 0.048 0.412
#> SRR2052711 6 0.6658 0.03018 0.224 0.004 0.020 0.364 0.004 0.384
#> SRR2052710 6 0.5997 0.34673 0.000 0.184 0.020 0.196 0.012 0.588
#> SRR2052707 2 0.7261 -0.21728 0.028 0.348 0.252 0.036 0.000 0.336
#> SRR2052709 2 0.5365 -0.04507 0.012 0.524 0.384 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052704 3 0.5568 0.12384 0.000 0.000 0.492 0.124 0.004 0.380
#> SRR2052705 4 0.7553 -0.27405 0.100 0.316 0.032 0.404 0.000 0.148
#> SRR2052697 1 0.4495 0.20741 0.624 0.020 0.000 0.340 0.000 0.016
#> SRR2052703 3 0.3685 0.63263 0.012 0.160 0.796 0.016 0.000 0.016
#> SRR2052696 1 0.4331 0.01538 0.516 0.000 0.000 0.000 0.464 0.020
#> SRR2052706 4 0.4076 0.25174 0.000 0.396 0.000 0.592 0.000 0.012
#> SRR2052695 2 0.2573 0.54762 0.000 0.856 0.008 0.132 0.000 0.004
#> SRR2052694 2 0.0909 0.58027 0.000 0.968 0.020 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.1926 0.65262 0.000 0.068 0.912 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052693 4 0.7508 -0.26077 0.000 0.140 0.252 0.324 0.000 0.284
#> SRR2052691 1 0.1003 0.60374 0.964 0.004 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR2052690 1 0.5313 0.39029 0.700 0.136 0.044 0.012 0.000 0.108
#> SRR2052689 4 0.3451 0.46294 0.000 0.024 0.044 0.836 0.004 0.092
#> SRR2052687 4 0.2271 0.49729 0.000 0.056 0.012 0.908 0.008 0.016
#> SRR2052686 4 0.5485 0.08569 0.236 0.000 0.000 0.584 0.004 0.176
#> SRR2052688 2 0.3847 0.08221 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR2052684 3 0.2823 0.55036 0.000 0.000 0.872 0.016 0.068 0.044
#> SRR2052685 2 0.7640 -0.01508 0.080 0.352 0.000 0.316 0.224 0.028
#> SRR2052683 5 0.2743 0.63992 0.164 0.000 0.000 0.000 0.828 0.008
#> SRR2052681 4 0.4370 0.21453 0.020 0.008 0.000 0.616 0.000 0.356
#> SRR2052680 4 0.3916 0.34351 0.000 0.008 0.008 0.704 0.004 0.276
#> SRR2052682 2 0.6295 0.11315 0.188 0.540 0.000 0.048 0.224 0.000
#> SRR2052679 1 0.3992 0.26983 0.624 0.000 0.000 0.000 0.364 0.012
#> SRR2052678 3 0.5217 0.32453 0.004 0.412 0.504 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052677 2 0.1672 0.57724 0.000 0.932 0.016 0.048 0.000 0.004
#> SRR2052675 1 0.5212 0.02621 0.548 0.380 0.004 0.056 0.000 0.012
#> SRR2052676 1 0.4057 0.22180 0.600 0.000 0.000 0.000 0.388 0.012
#> SRR2052674 4 0.2478 0.48088 0.000 0.024 0.012 0.888 0.000 0.076
#> SRR2052672 3 0.5713 0.40717 0.004 0.336 0.504 0.000 0.000 0.156
#> SRR2052673 2 0.5401 0.18750 0.332 0.548 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2052671 2 0.3835 0.35266 0.000 0.668 0.000 0.320 0.000 0.012
#> SRR2052670 3 0.4564 0.57070 0.028 0.268 0.676 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052669 2 0.4284 0.47018 0.032 0.768 0.124 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052668 1 0.2973 0.55009 0.872 0.048 0.012 0.012 0.000 0.056
#> SRR2052667 6 0.7647 0.31011 0.124 0.212 0.012 0.304 0.000 0.348
#> SRR2052666 3 0.5239 0.47131 0.008 0.320 0.580 0.000 0.000 0.092
#> SRR2052665 1 0.6040 0.31929 0.652 0.068 0.028 0.112 0.000 0.140
#> SRR2052664 5 0.5350 0.54769 0.052 0.000 0.016 0.032 0.648 0.252
#> SRR2052663 2 0.4727 0.16072 0.000 0.560 0.000 0.400 0.024 0.016
#> SRR2052662 2 0.1533 0.57755 0.016 0.948 0.008 0.016 0.000 0.012
#> SRR2052661 1 0.1636 0.61029 0.936 0.004 0.000 0.000 0.024 0.036
#> SRR2052660 3 0.2110 0.65272 0.012 0.084 0.900 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052659 3 0.1707 0.65117 0.004 0.056 0.928 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052658 2 0.6302 0.19323 0.036 0.552 0.244 0.004 0.004 0.160
#> SRR2052657 1 0.2572 0.56371 0.852 0.000 0.000 0.000 0.136 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.174 0.697 0.811 0.4105 0.581 0.581
#> 3 3 0.298 0.652 0.811 0.2977 0.846 0.751
#> 4 4 0.335 0.562 0.757 0.2137 0.842 0.689
#> 5 5 0.385 0.566 0.738 0.0700 0.922 0.784
#> 6 6 0.424 0.543 0.723 0.0459 0.990 0.964
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0672 0.7926 0.008 0.992
#> SRR2052701 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR2052700 2 0.3114 0.7973 0.056 0.944
#> SRR2052699 2 0.5059 0.7701 0.112 0.888
#> SRR2052698 2 0.9996 -0.2129 0.488 0.512
#> SRR2052708 2 0.7139 0.7081 0.196 0.804
#> SRR2052749 2 0.7139 0.7081 0.196 0.804
#> SRR2052786 2 0.5629 0.7644 0.132 0.868
#> SRR2052825 2 0.7815 0.6608 0.232 0.768
#> SRR2052824 2 0.8081 0.6552 0.248 0.752
#> SRR2052823 2 0.0938 0.7941 0.012 0.988
#> SRR2052822 2 0.9358 0.3723 0.352 0.648
#> SRR2052821 2 0.5178 0.7848 0.116 0.884
#> SRR2052820 1 0.7745 0.8543 0.772 0.228
#> SRR2052819 2 0.8813 0.6158 0.300 0.700
#> SRR2052818 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR2052817 2 0.9954 -0.0782 0.460 0.540
#> SRR2052816 2 0.5178 0.7747 0.116 0.884
#> SRR2052815 2 0.7815 0.6608 0.232 0.768
#> SRR2052814 2 0.4022 0.7923 0.080 0.920
#> SRR2052813 2 0.8499 0.5642 0.276 0.724
#> SRR2052812 2 0.0376 0.7914 0.004 0.996
#> SRR2052811 2 0.0376 0.7914 0.004 0.996
#> SRR2052810 2 0.4690 0.7746 0.100 0.900
#> SRR2052809 2 0.9087 0.4561 0.324 0.676
#> SRR2052808 2 0.8443 0.6402 0.272 0.728
#> SRR2052807 1 0.0376 0.6896 0.996 0.004
#> SRR2052806 2 0.8955 0.5896 0.312 0.688
#> SRR2052805 2 0.8763 0.6112 0.296 0.704
#> SRR2052804 1 0.9944 0.0285 0.544 0.456
#> SRR2052803 2 0.8763 0.6112 0.296 0.704
#> SRR2052802 1 0.0672 0.6982 0.992 0.008
#> SRR2052801 1 0.6887 0.6194 0.816 0.184
#> SRR2052800 1 0.0672 0.6982 0.992 0.008
#> SRR2052799 1 0.0376 0.6896 0.996 0.004
#> SRR2052798 2 0.7139 0.7081 0.196 0.804
#> SRR2052797 2 0.6343 0.7407 0.160 0.840
#> SRR2052796 1 0.6887 0.6194 0.816 0.184
#> SRR2052795 2 0.7139 0.7081 0.196 0.804
#> SRR2052794 1 0.0000 0.6903 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.8763 0.4620 0.704 0.296
#> SRR2052792 1 0.1633 0.7119 0.976 0.024
#> SRR2052791 1 0.6048 0.7419 0.852 0.148
#> SRR2052790 2 0.9963 -0.0793 0.464 0.536
#> SRR2052789 1 0.8327 0.8462 0.736 0.264
#> SRR2052788 1 0.8327 0.8462 0.736 0.264
#> SRR2052787 2 0.5842 0.7574 0.140 0.860
#> SRR2052785 2 0.9866 0.0694 0.432 0.568
#> SRR2052784 2 0.9358 0.3688 0.352 0.648
#> SRR2052783 2 0.9661 0.2354 0.392 0.608
#> SRR2052782 2 0.8499 0.5642 0.276 0.724
#> SRR2052781 2 0.9635 0.2520 0.388 0.612
#> SRR2052780 1 0.8144 0.8522 0.748 0.252
#> SRR2052777 2 0.7745 0.6497 0.228 0.772
#> SRR2052779 2 0.8499 0.5642 0.276 0.724
#> SRR2052778 1 0.8016 0.8559 0.756 0.244
#> SRR2052776 2 0.9933 -0.0359 0.452 0.548
#> SRR2052775 1 0.8555 0.8318 0.720 0.280
#> SRR2052773 1 0.9000 0.7817 0.684 0.316
#> SRR2052772 1 0.8144 0.8531 0.748 0.252
#> SRR2052774 1 0.9000 0.7817 0.684 0.316
#> SRR2052771 1 0.6048 0.7419 0.852 0.148
#> SRR2052769 1 0.8661 0.8216 0.712 0.288
#> SRR2052770 1 0.8081 0.8546 0.752 0.248
#> SRR2052768 2 0.3114 0.7958 0.056 0.944
#> SRR2052767 2 0.0672 0.7926 0.008 0.992
#> SRR2052766 1 0.7056 0.8368 0.808 0.192
#> SRR2052765 2 0.4161 0.7880 0.084 0.916
#> SRR2052763 1 0.7745 0.8565 0.772 0.228
#> SRR2052764 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR2052761 1 0.7745 0.8543 0.772 0.228
#> SRR2052760 2 0.4431 0.7855 0.092 0.908
#> SRR2052759 1 0.7745 0.8565 0.772 0.228
#> SRR2052762 2 0.6801 0.7104 0.180 0.820
#> SRR2052758 1 0.8861 0.8020 0.696 0.304
#> SRR2052756 2 0.1843 0.7964 0.028 0.972
#> SRR2052757 2 0.9970 -0.1245 0.468 0.532
#> SRR2052755 2 0.3733 0.7794 0.072 0.928
#> SRR2052754 2 0.9580 0.4499 0.380 0.620
#> SRR2052753 2 0.3431 0.7823 0.064 0.936
#> SRR2052752 2 0.8861 0.6022 0.304 0.696
#> SRR2052750 2 0.2603 0.7832 0.044 0.956
#> SRR2052751 2 0.8555 0.5566 0.280 0.720
#> SRR2052748 1 0.7056 0.8396 0.808 0.192
#> SRR2052747 2 0.7139 0.7091 0.196 0.804
#> SRR2052746 1 0.7745 0.8565 0.772 0.228
#> SRR2052745 1 0.7745 0.8565 0.772 0.228
#> SRR2052744 2 0.1414 0.7921 0.020 0.980
#> SRR2052741 2 0.4298 0.7797 0.088 0.912
#> SRR2052743 2 0.5408 0.7639 0.124 0.876
#> SRR2052740 2 0.4298 0.7797 0.088 0.912
#> SRR2052742 2 0.8661 0.5356 0.288 0.712
#> SRR2052739 2 0.4161 0.7880 0.084 0.916
#> SRR2052738 1 0.7745 0.8565 0.772 0.228
#> SRR2052736 2 0.0376 0.7899 0.004 0.996
#> SRR2052735 2 0.0376 0.7899 0.004 0.996
#> SRR2052734 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR2052737 2 0.4815 0.7810 0.104 0.896
#> SRR2052733 1 0.8081 0.8546 0.752 0.248
#> SRR2052732 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR2052731 1 0.8267 0.8487 0.740 0.260
#> SRR2052729 2 0.3879 0.7777 0.076 0.924
#> SRR2052728 2 0.1414 0.7880 0.020 0.980
#> SRR2052730 2 0.9552 0.4392 0.376 0.624
#> SRR2052727 2 0.5059 0.7576 0.112 0.888
#> SRR2052725 2 0.0376 0.7899 0.004 0.996
#> SRR2052726 2 0.0376 0.7899 0.004 0.996
#> SRR2052724 2 0.7139 0.7081 0.196 0.804
#> SRR2052723 1 0.6973 0.8368 0.812 0.188
#> SRR2052722 1 0.8861 0.8001 0.696 0.304
#> SRR2052721 2 0.3431 0.7811 0.064 0.936
#> SRR2052720 2 0.5737 0.7608 0.136 0.864
#> SRR2052719 2 0.2948 0.7949 0.052 0.948
#> SRR2052718 2 0.0672 0.7893 0.008 0.992
#> SRR2052717 2 0.6801 0.7104 0.180 0.820
#> SRR2052714 2 0.7219 0.7077 0.200 0.800
#> SRR2052716 1 0.7745 0.8543 0.772 0.228
#> SRR2052715 1 0.8207 0.8511 0.744 0.256
#> SRR2052713 2 0.4562 0.7687 0.096 0.904
#> SRR2052712 2 0.7528 0.6855 0.216 0.784
#> SRR2052711 2 0.1843 0.7964 0.028 0.972
#> SRR2052710 2 0.4431 0.7888 0.092 0.908
#> SRR2052707 1 0.8144 0.8541 0.748 0.252
#> SRR2052709 1 0.8207 0.8511 0.744 0.256
#> SRR2052704 1 0.7139 0.8401 0.804 0.196
#> SRR2052705 2 0.5629 0.7578 0.132 0.868
#> SRR2052697 2 0.0376 0.7914 0.004 0.996
#> SRR2052703 1 0.9000 0.7817 0.684 0.316
#> SRR2052696 2 0.5519 0.7499 0.128 0.872
#> SRR2052706 2 0.5059 0.7868 0.112 0.888
#> SRR2052695 2 0.5059 0.7785 0.112 0.888
#> SRR2052694 2 0.4431 0.7855 0.092 0.908
#> SRR2052692 1 0.8861 0.8020 0.696 0.304
#> SRR2052693 2 1.0000 -0.2490 0.496 0.504
#> SRR2052691 2 0.5059 0.7755 0.112 0.888
#> SRR2052690 2 0.4562 0.7762 0.096 0.904
#> SRR2052689 2 0.9522 0.4511 0.372 0.628
#> SRR2052687 2 0.8608 0.6100 0.284 0.716
#> SRR2052686 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR2052688 2 0.4815 0.7810 0.104 0.896
#> SRR2052684 1 0.4562 0.7694 0.904 0.096
#> SRR2052685 2 0.2778 0.7965 0.048 0.952
#> SRR2052683 2 0.9850 0.3685 0.428 0.572
#> SRR2052681 2 0.2603 0.7968 0.044 0.956
#> SRR2052680 2 0.7815 0.6608 0.232 0.768
#> SRR2052682 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR2052679 2 0.5059 0.7576 0.112 0.888
#> SRR2052678 1 0.8499 0.8352 0.724 0.276
#> SRR2052677 2 0.9248 0.4094 0.340 0.660
#> SRR2052675 2 0.0376 0.7914 0.004 0.996
#> SRR2052676 2 0.2603 0.7861 0.044 0.956
#> SRR2052674 2 0.6148 0.7570 0.152 0.848
#> SRR2052672 1 0.8386 0.8428 0.732 0.268
#> SRR2052673 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR2052671 2 0.2603 0.7956 0.044 0.956
#> SRR2052670 1 0.8267 0.8487 0.740 0.260
#> SRR2052669 2 0.5519 0.7667 0.128 0.872
#> SRR2052668 2 0.5178 0.7735 0.116 0.884
#> SRR2052667 2 0.5059 0.7792 0.112 0.888
#> SRR2052666 1 0.8608 0.8249 0.716 0.284
#> SRR2052665 2 0.5946 0.7526 0.144 0.856
#> SRR2052664 2 0.9580 0.4499 0.380 0.620
#> SRR2052663 2 0.0000 0.7904 0.000 1.000
#> SRR2052662 2 0.5519 0.7672 0.128 0.872
#> SRR2052661 2 0.1414 0.7880 0.020 0.980
#> SRR2052660 1 0.8861 0.8020 0.696 0.304
#> SRR2052659 1 0.7745 0.8563 0.772 0.228
#> SRR2052658 2 0.5178 0.7689 0.116 0.884
#> SRR2052657 2 0.6973 0.7158 0.188 0.812
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.2165 0.7987 0.000 0.936 0.064
#> SRR2052701 2 0.1031 0.7943 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052700 2 0.3499 0.7986 0.028 0.900 0.072
#> SRR2052699 2 0.4782 0.7564 0.016 0.820 0.164
#> SRR2052698 3 0.6422 0.4654 0.016 0.324 0.660
#> SRR2052708 2 0.5092 0.6852 0.176 0.804 0.020
#> SRR2052749 2 0.5092 0.6852 0.176 0.804 0.020
#> SRR2052786 2 0.5201 0.7106 0.004 0.760 0.236
#> SRR2052825 2 0.6276 0.6563 0.224 0.736 0.040
#> SRR2052824 2 0.6853 0.6505 0.224 0.712 0.064
#> SRR2052823 2 0.2165 0.7993 0.000 0.936 0.064
#> SRR2052822 3 0.6950 -0.0463 0.016 0.476 0.508
#> SRR2052821 2 0.5305 0.7506 0.020 0.788 0.192
#> SRR2052820 3 0.5119 0.6404 0.152 0.032 0.816
#> SRR2052819 2 0.8532 0.5892 0.224 0.608 0.168
#> SRR2052818 2 0.1267 0.7943 0.004 0.972 0.024
#> SRR2052817 3 0.6473 0.4420 0.016 0.332 0.652
#> SRR2052816 2 0.4925 0.7742 0.080 0.844 0.076
#> SRR2052815 2 0.6276 0.6563 0.224 0.736 0.040
#> SRR2052814 2 0.4473 0.7681 0.008 0.828 0.164
#> SRR2052813 2 0.6859 0.3446 0.016 0.564 0.420
#> SRR2052812 2 0.1964 0.7981 0.000 0.944 0.056
#> SRR2052811 2 0.1964 0.7981 0.000 0.944 0.056
#> SRR2052810 2 0.4045 0.7698 0.104 0.872 0.024
#> SRR2052809 2 0.6944 0.1857 0.016 0.516 0.468
#> SRR2052808 2 0.7851 0.6114 0.100 0.644 0.256
#> SRR2052807 1 0.1765 0.7317 0.956 0.004 0.040
#> SRR2052806 2 0.5958 0.5590 0.300 0.692 0.008
#> SRR2052805 2 0.5986 0.5774 0.284 0.704 0.012
#> SRR2052804 2 0.9853 -0.1191 0.344 0.400 0.256
#> SRR2052803 2 0.5986 0.5774 0.284 0.704 0.012
#> SRR2052802 1 0.4178 0.7030 0.828 0.000 0.172
#> SRR2052801 1 0.5455 0.6654 0.788 0.184 0.028
#> SRR2052800 1 0.4178 0.7030 0.828 0.000 0.172
#> SRR2052799 1 0.1765 0.7317 0.956 0.004 0.040
#> SRR2052798 2 0.5092 0.6852 0.176 0.804 0.020
#> SRR2052797 2 0.5580 0.6887 0.008 0.736 0.256
#> SRR2052796 1 0.5455 0.6654 0.788 0.184 0.028
#> SRR2052795 2 0.5092 0.6852 0.176 0.804 0.020
#> SRR2052794 1 0.1411 0.7300 0.964 0.000 0.036
#> SRR2052793 1 0.6852 0.4923 0.664 0.300 0.036
#> SRR2052792 1 0.6140 0.4260 0.596 0.000 0.404
#> SRR2052791 1 0.8608 0.4251 0.512 0.104 0.384
#> SRR2052790 3 0.6448 0.3889 0.012 0.352 0.636
#> SRR2052789 3 0.1877 0.7355 0.012 0.032 0.956
#> SRR2052788 3 0.1877 0.7355 0.012 0.032 0.956
#> SRR2052787 2 0.5285 0.7022 0.004 0.752 0.244
#> SRR2052785 3 0.6704 0.3198 0.016 0.376 0.608
#> SRR2052784 3 0.6952 -0.0549 0.016 0.480 0.504
#> SRR2052783 3 0.6888 0.1404 0.016 0.432 0.552
#> SRR2052782 2 0.6859 0.3446 0.016 0.564 0.420
#> SRR2052781 3 0.6919 0.0756 0.016 0.448 0.536
#> SRR2052780 3 0.1620 0.7320 0.012 0.024 0.964
#> SRR2052777 2 0.6548 0.4747 0.012 0.616 0.372
#> SRR2052779 2 0.6859 0.3446 0.016 0.564 0.420
#> SRR2052778 3 0.3370 0.7108 0.072 0.024 0.904
#> SRR2052776 3 0.6667 0.3495 0.016 0.368 0.616
#> SRR2052775 3 0.2446 0.7368 0.012 0.052 0.936
#> SRR2052773 3 0.3771 0.7024 0.012 0.112 0.876
#> SRR2052772 3 0.2793 0.7272 0.044 0.028 0.928
#> SRR2052774 3 0.3771 0.7024 0.012 0.112 0.876
#> SRR2052771 1 0.8608 0.4251 0.512 0.104 0.384
#> SRR2052769 3 0.3742 0.7250 0.036 0.072 0.892
#> SRR2052770 3 0.2793 0.7271 0.044 0.028 0.928
#> SRR2052768 2 0.3551 0.7864 0.000 0.868 0.132
#> SRR2052767 2 0.2165 0.7987 0.000 0.936 0.064
#> SRR2052766 3 0.5763 0.5074 0.244 0.016 0.740
#> SRR2052765 2 0.4291 0.7579 0.000 0.820 0.180
#> SRR2052763 3 0.3445 0.6969 0.088 0.016 0.896
#> SRR2052764 2 0.1267 0.7943 0.004 0.972 0.024
#> SRR2052761 3 0.5119 0.6404 0.152 0.032 0.816
#> SRR2052760 2 0.4399 0.7527 0.000 0.812 0.188
#> SRR2052759 3 0.3445 0.6969 0.088 0.016 0.896
#> SRR2052762 2 0.6062 0.6396 0.016 0.708 0.276
#> SRR2052758 3 0.2866 0.7248 0.008 0.076 0.916
#> SRR2052756 2 0.1999 0.7985 0.012 0.952 0.036
#> SRR2052757 3 0.6521 0.4248 0.016 0.340 0.644
#> SRR2052755 2 0.2261 0.7628 0.068 0.932 0.000
#> SRR2052754 2 0.6629 0.4218 0.360 0.624 0.016
#> SRR2052753 2 0.2066 0.7662 0.060 0.940 0.000
#> SRR2052752 2 0.6161 0.5700 0.288 0.696 0.016
#> SRR2052750 2 0.1647 0.7753 0.036 0.960 0.004
#> SRR2052751 2 0.6704 0.4388 0.016 0.608 0.376
#> SRR2052748 3 0.5171 0.5696 0.204 0.012 0.784
#> SRR2052747 2 0.4808 0.6805 0.188 0.804 0.008
#> SRR2052746 3 0.3445 0.6969 0.088 0.016 0.896
#> SRR2052745 3 0.3445 0.6969 0.088 0.016 0.896
#> SRR2052744 2 0.1337 0.7934 0.012 0.972 0.016
#> SRR2052741 2 0.4209 0.7746 0.016 0.856 0.128
#> SRR2052743 2 0.5269 0.7346 0.016 0.784 0.200
#> SRR2052740 2 0.4209 0.7746 0.016 0.856 0.128
#> SRR2052742 2 0.6769 0.4003 0.016 0.592 0.392
#> SRR2052739 2 0.4291 0.7579 0.000 0.820 0.180
#> SRR2052738 3 0.3769 0.6856 0.104 0.016 0.880
#> SRR2052736 2 0.0747 0.7923 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052735 2 0.0747 0.7923 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052734 2 0.0892 0.7934 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052737 2 0.4555 0.7450 0.000 0.800 0.200
#> SRR2052733 3 0.2793 0.7271 0.044 0.028 0.928
#> SRR2052732 2 0.1267 0.7943 0.004 0.972 0.024
#> SRR2052731 3 0.1751 0.7336 0.012 0.028 0.960
#> SRR2052729 2 0.2356 0.7606 0.072 0.928 0.000
#> SRR2052728 2 0.1182 0.7841 0.012 0.976 0.012
#> SRR2052730 2 0.9173 0.3670 0.176 0.520 0.304
#> SRR2052727 2 0.3272 0.7403 0.104 0.892 0.004
#> SRR2052725 2 0.0592 0.7913 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052726 2 0.0747 0.7923 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052724 2 0.5092 0.6852 0.176 0.804 0.020
#> SRR2052723 3 0.5268 0.5527 0.212 0.012 0.776
#> SRR2052722 3 0.3295 0.7153 0.008 0.096 0.896
#> SRR2052721 2 0.2200 0.7658 0.056 0.940 0.004
#> SRR2052720 2 0.5244 0.7061 0.004 0.756 0.240
#> SRR2052719 2 0.3816 0.7749 0.000 0.852 0.148
#> SRR2052718 2 0.0983 0.7929 0.004 0.980 0.016
#> SRR2052717 2 0.6062 0.6396 0.016 0.708 0.276
#> SRR2052714 2 0.5223 0.6868 0.176 0.800 0.024
#> SRR2052716 3 0.5119 0.6404 0.152 0.032 0.816
#> SRR2052715 3 0.1751 0.7339 0.012 0.028 0.960
#> SRR2052713 2 0.2945 0.7494 0.088 0.908 0.004
#> SRR2052712 2 0.6154 0.6791 0.204 0.752 0.044
#> SRR2052711 2 0.2116 0.7988 0.012 0.948 0.040
#> SRR2052710 2 0.4346 0.7599 0.000 0.816 0.184
#> SRR2052707 3 0.3213 0.7240 0.060 0.028 0.912
#> SRR2052709 3 0.1751 0.7339 0.012 0.028 0.960
#> SRR2052704 3 0.5147 0.6088 0.180 0.020 0.800
#> SRR2052705 2 0.5414 0.7235 0.016 0.772 0.212
#> SRR2052697 2 0.1289 0.7952 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052703 3 0.3695 0.7054 0.012 0.108 0.880
#> SRR2052696 2 0.3755 0.7280 0.120 0.872 0.008
#> SRR2052706 2 0.5253 0.7540 0.020 0.792 0.188
#> SRR2052695 2 0.4654 0.7403 0.000 0.792 0.208
#> SRR2052694 2 0.4399 0.7527 0.000 0.812 0.188
#> SRR2052692 3 0.2866 0.7248 0.008 0.076 0.916
#> SRR2052693 3 0.6313 0.4979 0.016 0.308 0.676
#> SRR2052691 2 0.4663 0.7609 0.016 0.828 0.156
#> SRR2052690 2 0.4539 0.7641 0.016 0.836 0.148
#> SRR2052689 2 0.9171 0.3611 0.172 0.516 0.312
#> SRR2052687 2 0.8094 0.5573 0.100 0.612 0.288
#> SRR2052686 2 0.0892 0.7936 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052688 2 0.4555 0.7450 0.000 0.800 0.200
#> SRR2052684 3 0.5621 0.2809 0.308 0.000 0.692
#> SRR2052685 2 0.3116 0.7949 0.000 0.892 0.108
#> SRR2052683 2 0.6701 0.3308 0.412 0.576 0.012
#> SRR2052681 2 0.2590 0.8007 0.004 0.924 0.072
#> SRR2052680 2 0.6276 0.6563 0.224 0.736 0.040
#> SRR2052682 2 0.1031 0.7941 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052679 2 0.3272 0.7403 0.104 0.892 0.004
#> SRR2052678 3 0.2446 0.7372 0.012 0.052 0.936
#> SRR2052677 2 0.6955 0.1032 0.016 0.496 0.488
#> SRR2052675 2 0.1289 0.7952 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052676 2 0.1832 0.7789 0.036 0.956 0.008
#> SRR2052674 2 0.5393 0.7571 0.072 0.820 0.108
#> SRR2052672 3 0.2116 0.7370 0.012 0.040 0.948
#> SRR2052673 2 0.0892 0.7934 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052671 2 0.3267 0.7898 0.000 0.884 0.116
#> SRR2052670 3 0.1751 0.7336 0.012 0.028 0.960
#> SRR2052669 2 0.5158 0.7142 0.004 0.764 0.232
#> SRR2052668 2 0.4723 0.7587 0.016 0.824 0.160
#> SRR2052667 2 0.4931 0.7361 0.004 0.784 0.212
#> SRR2052666 3 0.2903 0.7194 0.028 0.048 0.924
#> SRR2052665 2 0.5551 0.7149 0.016 0.760 0.224
#> SRR2052664 2 0.6629 0.4218 0.360 0.624 0.016
#> SRR2052663 2 0.1267 0.7943 0.004 0.972 0.024
#> SRR2052662 2 0.5115 0.7192 0.004 0.768 0.228
#> SRR2052661 2 0.1182 0.7841 0.012 0.976 0.012
#> SRR2052660 3 0.3031 0.7249 0.012 0.076 0.912
#> SRR2052659 3 0.4551 0.6532 0.140 0.020 0.840
#> SRR2052658 2 0.4953 0.7505 0.016 0.808 0.176
#> SRR2052657 2 0.4979 0.6938 0.168 0.812 0.020
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.1488 0.6922 0.012 0.956 0.032 0.000
#> SRR2052701 2 0.1635 0.6670 0.044 0.948 0.008 0.000
#> SRR2052700 2 0.4994 0.6377 0.088 0.808 0.044 0.060
#> SRR2052699 2 0.4278 0.6928 0.016 0.824 0.132 0.028
#> SRR2052698 3 0.5322 0.4264 0.000 0.312 0.660 0.028
#> SRR2052708 1 0.4631 0.7900 0.728 0.260 0.008 0.004
#> SRR2052749 1 0.4631 0.7900 0.728 0.260 0.008 0.004
#> SRR2052786 2 0.4323 0.6888 0.000 0.776 0.204 0.020
#> SRR2052825 2 0.7393 0.1135 0.352 0.492 0.004 0.152
#> SRR2052824 2 0.8081 0.1167 0.352 0.464 0.032 0.152
#> SRR2052823 2 0.1796 0.6930 0.016 0.948 0.032 0.004
#> SRR2052822 3 0.5856 -0.0545 0.000 0.464 0.504 0.032
#> SRR2052821 2 0.6687 0.6432 0.080 0.684 0.184 0.052
#> SRR2052820 3 0.4035 0.6293 0.000 0.020 0.804 0.176
#> SRR2052819 2 0.9450 0.1306 0.336 0.356 0.160 0.148
#> SRR2052818 2 0.3421 0.6370 0.088 0.868 0.000 0.044
#> SRR2052817 3 0.5384 0.3992 0.000 0.324 0.648 0.028
#> SRR2052816 2 0.6353 0.5276 0.144 0.716 0.044 0.096
#> SRR2052815 2 0.7393 0.1135 0.352 0.492 0.004 0.152
#> SRR2052814 2 0.5819 0.6805 0.084 0.748 0.136 0.032
#> SRR2052813 2 0.5691 0.3481 0.000 0.564 0.408 0.028
#> SRR2052812 2 0.1284 0.6879 0.012 0.964 0.024 0.000
#> SRR2052811 2 0.1284 0.6879 0.012 0.964 0.024 0.000
#> SRR2052810 2 0.5839 0.4331 0.200 0.696 0.000 0.104
#> SRR2052809 2 0.5853 0.1905 0.000 0.508 0.460 0.032
#> SRR2052808 2 0.8784 0.4007 0.144 0.504 0.232 0.120
#> SRR2052807 4 0.4840 0.6924 0.240 0.000 0.028 0.732
#> SRR2052806 1 0.5977 0.7095 0.680 0.216 0.000 0.104
#> SRR2052805 1 0.5589 0.7086 0.724 0.192 0.004 0.080
#> SRR2052804 4 0.9762 0.2304 0.184 0.232 0.224 0.360
#> SRR2052803 1 0.5589 0.7086 0.724 0.192 0.004 0.080
#> SRR2052802 4 0.4235 0.7104 0.092 0.000 0.084 0.824
#> SRR2052801 4 0.6012 0.5500 0.472 0.012 0.020 0.496
#> SRR2052800 4 0.4235 0.7104 0.092 0.000 0.084 0.824
#> SRR2052799 4 0.4840 0.6924 0.240 0.000 0.028 0.732
#> SRR2052798 1 0.4631 0.7900 0.728 0.260 0.008 0.004
#> SRR2052797 2 0.6566 0.6385 0.060 0.664 0.236 0.040
#> SRR2052796 4 0.6012 0.5500 0.472 0.012 0.020 0.496
#> SRR2052795 1 0.4631 0.7900 0.728 0.260 0.008 0.004
#> SRR2052794 4 0.4964 0.6866 0.256 0.000 0.028 0.716
#> SRR2052793 1 0.6207 -0.2521 0.552 0.016 0.028 0.404
#> SRR2052792 4 0.5161 0.5303 0.024 0.000 0.300 0.676
#> SRR2052791 4 0.7923 0.5749 0.180 0.024 0.284 0.512
#> SRR2052790 3 0.5386 0.3485 0.000 0.344 0.632 0.024
#> SRR2052789 3 0.0927 0.7295 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR2052788 3 0.0927 0.7295 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR2052787 2 0.4399 0.6848 0.000 0.768 0.212 0.020
#> SRR2052785 3 0.5527 0.3124 0.000 0.356 0.616 0.028
#> SRR2052784 3 0.5856 -0.0557 0.000 0.464 0.504 0.032
#> SRR2052783 3 0.5716 0.1205 0.000 0.420 0.552 0.028
#> SRR2052782 2 0.5691 0.3481 0.000 0.564 0.408 0.028
#> SRR2052781 3 0.5827 0.0554 0.000 0.436 0.532 0.032
#> SRR2052780 3 0.0804 0.7253 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR2052777 2 0.5403 0.4850 0.000 0.628 0.348 0.024
#> SRR2052779 2 0.5691 0.3481 0.000 0.564 0.408 0.028
#> SRR2052778 3 0.2402 0.7063 0.000 0.012 0.912 0.076
#> SRR2052776 3 0.5511 0.3254 0.000 0.352 0.620 0.028
#> SRR2052775 3 0.1584 0.7320 0.000 0.036 0.952 0.012
#> SRR2052773 3 0.2675 0.7020 0.000 0.100 0.892 0.008
#> SRR2052772 3 0.1584 0.7222 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR2052774 3 0.2675 0.7020 0.000 0.100 0.892 0.008
#> SRR2052771 4 0.7923 0.5749 0.180 0.024 0.284 0.512
#> SRR2052769 3 0.3160 0.7212 0.008 0.060 0.892 0.040
#> SRR2052770 3 0.2076 0.7193 0.004 0.008 0.932 0.056
#> SRR2052768 2 0.3134 0.7104 0.008 0.880 0.100 0.012
#> SRR2052767 2 0.1488 0.6922 0.012 0.956 0.032 0.000
#> SRR2052766 3 0.4687 0.4713 0.004 0.004 0.704 0.288
#> SRR2052765 2 0.3534 0.7038 0.004 0.840 0.148 0.008
#> SRR2052763 3 0.2469 0.6816 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR2052764 2 0.1833 0.6658 0.032 0.944 0.000 0.024
#> SRR2052761 3 0.4035 0.6293 0.000 0.020 0.804 0.176
#> SRR2052760 2 0.3760 0.7037 0.004 0.828 0.156 0.012
#> SRR2052759 3 0.2469 0.6816 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR2052762 2 0.5313 0.6364 0.012 0.716 0.244 0.028
#> SRR2052758 3 0.2101 0.7225 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR2052756 2 0.3997 0.6414 0.120 0.840 0.012 0.028
#> SRR2052757 3 0.5384 0.3996 0.000 0.324 0.648 0.028
#> SRR2052755 1 0.4898 0.6594 0.584 0.416 0.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.2319 0.3978 0.924 0.036 0.000 0.040
#> SRR2052753 1 0.4981 0.5930 0.536 0.464 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.5828 0.7075 0.712 0.196 0.008 0.084
#> SRR2052750 2 0.5000 -0.4742 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.6063 0.4461 0.016 0.600 0.356 0.028
#> SRR2052748 3 0.3873 0.5597 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052747 1 0.4869 0.7819 0.720 0.260 0.004 0.016
#> SRR2052746 3 0.2469 0.6816 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR2052745 3 0.2469 0.6816 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR2052744 2 0.4655 0.2084 0.312 0.684 0.004 0.000
#> SRR2052741 2 0.3720 0.6965 0.016 0.860 0.100 0.024
#> SRR2052743 2 0.4599 0.6892 0.012 0.792 0.168 0.028
#> SRR2052740 2 0.3720 0.6965 0.016 0.860 0.100 0.024
#> SRR2052742 2 0.6132 0.4046 0.016 0.580 0.376 0.028
#> SRR2052739 2 0.3534 0.7038 0.004 0.840 0.148 0.008
#> SRR2052738 3 0.2704 0.6697 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR2052736 2 0.2530 0.6305 0.100 0.896 0.004 0.000
#> SRR2052735 2 0.3052 0.5841 0.136 0.860 0.004 0.000
#> SRR2052734 2 0.1824 0.6554 0.060 0.936 0.004 0.000
#> SRR2052737 2 0.3946 0.6990 0.004 0.812 0.172 0.012
#> SRR2052733 3 0.2076 0.7193 0.004 0.008 0.932 0.056
#> SRR2052732 2 0.2227 0.6658 0.036 0.928 0.000 0.036
#> SRR2052731 3 0.0937 0.7273 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR2052729 1 0.4888 0.6675 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR2052728 2 0.4978 -0.0934 0.384 0.612 0.004 0.000
#> SRR2052730 2 0.9672 0.0829 0.168 0.352 0.292 0.188
#> SRR2052727 1 0.4697 0.7507 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.2281 0.6329 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR2052726 2 0.3052 0.5841 0.136 0.860 0.004 0.000
#> SRR2052724 1 0.4631 0.7900 0.728 0.260 0.008 0.004
#> SRR2052723 3 0.4155 0.5433 0.000 0.004 0.756 0.240
#> SRR2052722 3 0.2266 0.7134 0.000 0.084 0.912 0.004
#> SRR2052721 1 0.4996 0.5018 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.4361 0.6864 0.000 0.772 0.208 0.020
#> SRR2052719 2 0.3289 0.7058 0.012 0.864 0.120 0.004
#> SRR2052718 2 0.2281 0.6367 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.5313 0.6364 0.012 0.716 0.244 0.028
#> SRR2052714 1 0.4952 0.7866 0.712 0.268 0.012 0.008
#> SRR2052716 3 0.4035 0.6293 0.000 0.020 0.804 0.176
#> SRR2052715 3 0.0937 0.7276 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR2052713 1 0.4790 0.7158 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR2052712 2 0.7381 0.2033 0.276 0.548 0.008 0.168
#> SRR2052711 2 0.3823 0.6482 0.108 0.852 0.012 0.028
#> SRR2052710 2 0.4359 0.7032 0.016 0.804 0.164 0.016
#> SRR2052707 3 0.2300 0.7185 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR2052709 3 0.0937 0.7276 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR2052704 3 0.4059 0.5973 0.000 0.012 0.788 0.200
#> SRR2052705 2 0.4813 0.6836 0.012 0.772 0.188 0.028
#> SRR2052697 2 0.1151 0.6740 0.024 0.968 0.008 0.000
#> SRR2052703 3 0.2546 0.7065 0.000 0.092 0.900 0.008
#> SRR2052696 1 0.4741 0.7743 0.668 0.328 0.004 0.000
#> SRR2052706 2 0.6649 0.6461 0.080 0.688 0.180 0.052
#> SRR2052695 2 0.3990 0.7022 0.004 0.808 0.176 0.012
#> SRR2052694 2 0.3760 0.7037 0.004 0.828 0.156 0.012
#> SRR2052692 3 0.2101 0.7225 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR2052693 3 0.5207 0.4662 0.000 0.292 0.680 0.028
#> SRR2052691 2 0.5194 0.6782 0.056 0.780 0.140 0.024
#> SRR2052690 2 0.4126 0.6930 0.020 0.836 0.120 0.024
#> SRR2052689 2 0.9645 0.0926 0.168 0.352 0.300 0.180
#> SRR2052687 2 0.9011 0.3569 0.144 0.460 0.272 0.124
#> SRR2052686 2 0.1940 0.6478 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.3946 0.6990 0.004 0.812 0.172 0.012
#> SRR2052684 3 0.5349 0.2641 0.024 0.000 0.640 0.336
#> SRR2052685 2 0.2587 0.7075 0.012 0.908 0.076 0.004
#> SRR2052683 1 0.3037 0.3147 0.880 0.020 0.000 0.100
#> SRR2052681 2 0.2418 0.6971 0.016 0.928 0.032 0.024
#> SRR2052680 2 0.7393 0.1135 0.352 0.492 0.004 0.152
#> SRR2052682 2 0.2125 0.6485 0.076 0.920 0.004 0.000
#> SRR2052679 1 0.4697 0.7507 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.1584 0.7325 0.000 0.036 0.952 0.012
#> SRR2052677 3 0.5862 -0.1344 0.000 0.484 0.484 0.032
#> SRR2052675 2 0.1151 0.6740 0.024 0.968 0.008 0.000
#> SRR2052676 2 0.5070 -0.1878 0.416 0.580 0.004 0.000
#> SRR2052674 2 0.6801 0.5031 0.144 0.692 0.072 0.092
#> SRR2052672 3 0.1284 0.7314 0.000 0.024 0.964 0.012
#> SRR2052673 2 0.1824 0.6554 0.060 0.936 0.004 0.000
#> SRR2052671 2 0.2542 0.7068 0.012 0.904 0.084 0.000
#> SRR2052670 3 0.0804 0.7278 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR2052669 2 0.4175 0.6899 0.000 0.784 0.200 0.016
#> SRR2052668 2 0.4691 0.6900 0.032 0.804 0.140 0.024
#> SRR2052667 2 0.4527 0.6961 0.008 0.780 0.192 0.020
#> SRR2052666 3 0.2124 0.7082 0.000 0.008 0.924 0.068
#> SRR2052665 2 0.5047 0.6777 0.016 0.756 0.200 0.028
#> SRR2052664 1 0.2319 0.3978 0.924 0.036 0.000 0.040
#> SRR2052663 2 0.1833 0.6658 0.032 0.944 0.000 0.024
#> SRR2052662 2 0.4175 0.6909 0.000 0.784 0.200 0.016
#> SRR2052661 2 0.5028 -0.1496 0.400 0.596 0.004 0.000
#> SRR2052660 3 0.2300 0.7217 0.000 0.064 0.920 0.016
#> SRR2052659 3 0.3355 0.6373 0.000 0.004 0.836 0.160
#> SRR2052658 2 0.4264 0.6942 0.012 0.820 0.140 0.028
#> SRR2052657 1 0.4690 0.7898 0.720 0.268 0.008 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.1997 0.6838 0.024 0.932 0.028 0.016 0.000
#> SRR2052701 2 0.2061 0.6574 0.056 0.924 0.004 0.012 0.004
#> SRR2052700 2 0.5545 0.2451 0.036 0.648 0.044 0.272 0.000
#> SRR2052699 2 0.3896 0.6774 0.024 0.820 0.128 0.004 0.024
#> SRR2052698 3 0.4985 0.4229 0.000 0.296 0.660 0.020 0.024
#> SRR2052708 1 0.4047 0.7614 0.788 0.176 0.008 0.012 0.016
#> SRR2052749 1 0.4047 0.7614 0.788 0.176 0.008 0.012 0.016
#> SRR2052786 2 0.3967 0.6705 0.000 0.772 0.200 0.020 0.008
#> SRR2052825 4 0.5426 0.6116 0.084 0.276 0.004 0.636 0.000
#> SRR2052824 4 0.5914 0.6166 0.084 0.248 0.032 0.636 0.000
#> SRR2052823 2 0.2444 0.6773 0.036 0.912 0.028 0.024 0.000
#> SRR2052822 3 0.5493 -0.0745 0.000 0.448 0.504 0.024 0.024
#> SRR2052821 2 0.6754 0.3177 0.028 0.544 0.184 0.244 0.000
#> SRR2052820 3 0.4000 0.6382 0.000 0.012 0.788 0.028 0.172
#> SRR2052819 4 0.6716 0.5608 0.084 0.144 0.160 0.612 0.000
#> SRR2052818 2 0.4428 0.3172 0.032 0.700 0.000 0.268 0.000
#> SRR2052817 3 0.5043 0.3894 0.000 0.308 0.648 0.020 0.024
#> SRR2052816 2 0.6191 -0.2074 0.036 0.540 0.044 0.372 0.008
#> SRR2052815 4 0.5426 0.6116 0.084 0.276 0.004 0.636 0.000
#> SRR2052814 2 0.5779 0.5460 0.020 0.664 0.136 0.180 0.000
#> SRR2052813 2 0.5363 0.3693 0.000 0.548 0.408 0.024 0.020
#> SRR2052812 2 0.1904 0.6797 0.028 0.936 0.020 0.016 0.000
#> SRR2052811 2 0.1904 0.6797 0.028 0.936 0.020 0.016 0.000
#> SRR2052810 4 0.5049 0.3644 0.032 0.484 0.000 0.484 0.000
#> SRR2052809 2 0.5500 0.2136 0.000 0.492 0.460 0.024 0.024
#> SRR2052808 4 0.7821 0.4499 0.032 0.320 0.232 0.396 0.020
#> SRR2052807 5 0.5986 0.6976 0.148 0.000 0.020 0.192 0.640
#> SRR2052806 1 0.5582 0.6845 0.708 0.152 0.000 0.052 0.088
#> SRR2052805 1 0.5364 0.6802 0.736 0.136 0.004 0.056 0.068
#> SRR2052804 4 0.8329 0.1781 0.032 0.072 0.204 0.424 0.268
#> SRR2052803 1 0.5364 0.6802 0.736 0.136 0.004 0.056 0.068
#> SRR2052802 5 0.3279 0.6714 0.040 0.000 0.064 0.028 0.868
#> SRR2052801 5 0.7150 0.5860 0.308 0.000 0.016 0.276 0.400
#> SRR2052800 5 0.3279 0.6714 0.040 0.000 0.064 0.028 0.868
#> SRR2052799 5 0.5986 0.6976 0.148 0.000 0.020 0.192 0.640
#> SRR2052798 1 0.4047 0.7614 0.788 0.176 0.008 0.012 0.016
#> SRR2052797 2 0.6972 0.3848 0.028 0.544 0.236 0.184 0.008
#> SRR2052796 5 0.7150 0.5860 0.308 0.000 0.016 0.276 0.400
#> SRR2052795 1 0.4047 0.7614 0.788 0.176 0.008 0.012 0.016
#> SRR2052794 5 0.6115 0.6942 0.156 0.000 0.020 0.200 0.624
#> SRR2052793 1 0.6243 -0.2300 0.504 0.000 0.020 0.088 0.388
#> SRR2052792 5 0.5201 0.5265 0.008 0.000 0.220 0.084 0.688
#> SRR2052791 5 0.7661 0.5175 0.152 0.024 0.228 0.068 0.528
#> SRR2052790 3 0.4895 0.3350 0.000 0.336 0.632 0.012 0.020
#> SRR2052789 3 0.0798 0.7337 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR2052788 3 0.0798 0.7337 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR2052787 2 0.4033 0.6657 0.000 0.764 0.208 0.020 0.008
#> SRR2052785 3 0.5023 0.2886 0.000 0.348 0.616 0.012 0.024
#> SRR2052784 3 0.5418 -0.0785 0.000 0.452 0.504 0.020 0.024
#> SRR2052783 3 0.5278 0.0995 0.000 0.408 0.552 0.016 0.024
#> SRR2052782 2 0.5363 0.3693 0.000 0.548 0.408 0.024 0.020
#> SRR2052781 3 0.5462 0.0387 0.000 0.420 0.532 0.024 0.024
#> SRR2052780 3 0.0798 0.7318 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR2052777 2 0.5117 0.4970 0.000 0.612 0.348 0.024 0.016
#> SRR2052779 2 0.5363 0.3693 0.000 0.548 0.408 0.024 0.020
#> SRR2052778 3 0.2521 0.7145 0.000 0.008 0.900 0.024 0.068
#> SRR2052776 3 0.5008 0.3065 0.000 0.344 0.620 0.012 0.024
#> SRR2052775 3 0.1469 0.7337 0.000 0.036 0.948 0.000 0.016
#> SRR2052773 3 0.2477 0.6914 0.000 0.092 0.892 0.008 0.008
#> SRR2052772 3 0.1492 0.7293 0.000 0.008 0.948 0.004 0.040
#> SRR2052774 3 0.2477 0.6914 0.000 0.092 0.892 0.008 0.008
#> SRR2052771 5 0.7661 0.5175 0.152 0.024 0.228 0.068 0.528
#> SRR2052769 3 0.2956 0.7220 0.000 0.060 0.884 0.020 0.036
#> SRR2052770 3 0.2069 0.7279 0.000 0.012 0.924 0.012 0.052
#> SRR2052768 2 0.3095 0.7019 0.008 0.868 0.096 0.024 0.004
#> SRR2052767 2 0.1997 0.6838 0.024 0.932 0.028 0.016 0.000
#> SRR2052766 3 0.4541 0.4832 0.000 0.000 0.680 0.032 0.288
#> SRR2052765 2 0.3484 0.6901 0.004 0.824 0.144 0.028 0.000
#> SRR2052763 3 0.2677 0.6881 0.000 0.000 0.872 0.016 0.112
#> SRR2052764 2 0.2843 0.6313 0.048 0.876 0.000 0.076 0.000
#> SRR2052761 3 0.4000 0.6382 0.000 0.012 0.788 0.028 0.172
#> SRR2052760 2 0.3551 0.6909 0.004 0.820 0.152 0.020 0.004
#> SRR2052759 3 0.2677 0.6881 0.000 0.000 0.872 0.016 0.112
#> SRR2052762 2 0.4847 0.6069 0.012 0.712 0.240 0.012 0.024
#> SRR2052758 3 0.2234 0.7204 0.004 0.060 0.916 0.004 0.016
#> SRR2052756 2 0.4636 0.5179 0.064 0.752 0.012 0.172 0.000
#> SRR2052757 3 0.4895 0.3824 0.000 0.316 0.648 0.012 0.024
#> SRR2052755 1 0.4339 0.7197 0.684 0.296 0.000 0.020 0.000
#> SRR2052754 1 0.3846 0.3731 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR2052753 1 0.4675 0.6525 0.600 0.380 0.000 0.020 0.000
#> SRR2052752 1 0.5583 0.6784 0.724 0.140 0.008 0.056 0.072
#> SRR2052750 1 0.4576 0.6114 0.608 0.376 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052751 2 0.5510 0.4226 0.016 0.592 0.356 0.012 0.024
#> SRR2052748 3 0.4029 0.5603 0.000 0.000 0.744 0.024 0.232
#> SRR2052747 1 0.4019 0.7560 0.788 0.176 0.004 0.020 0.012
#> SRR2052746 3 0.2677 0.6881 0.000 0.000 0.872 0.016 0.112
#> SRR2052745 3 0.2677 0.6881 0.000 0.000 0.872 0.016 0.112
#> SRR2052744 2 0.4585 0.0121 0.396 0.592 0.004 0.008 0.000
#> SRR2052741 2 0.3729 0.6837 0.024 0.844 0.096 0.012 0.024
#> SRR2052743 2 0.4116 0.6719 0.012 0.792 0.164 0.008 0.024
#> SRR2052740 2 0.3729 0.6837 0.024 0.844 0.096 0.012 0.024
#> SRR2052742 2 0.5568 0.4005 0.016 0.572 0.376 0.012 0.024
#> SRR2052739 2 0.3484 0.6901 0.004 0.824 0.144 0.028 0.000
#> SRR2052738 3 0.2873 0.6764 0.000 0.000 0.856 0.016 0.128
#> SRR2052736 2 0.3611 0.5925 0.156 0.812 0.000 0.028 0.004
#> SRR2052735 2 0.4116 0.5127 0.212 0.756 0.000 0.028 0.004
#> SRR2052734 2 0.2582 0.6365 0.080 0.892 0.000 0.024 0.004
#> SRR2052737 2 0.3802 0.6835 0.004 0.800 0.168 0.024 0.004
#> SRR2052733 3 0.2173 0.7271 0.000 0.012 0.920 0.016 0.052
#> SRR2052732 2 0.3317 0.6086 0.044 0.840 0.000 0.116 0.000
#> SRR2052731 3 0.0912 0.7331 0.000 0.012 0.972 0.000 0.016
#> SRR2052729 1 0.4206 0.7227 0.696 0.288 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052728 2 0.5051 -0.3329 0.480 0.492 0.000 0.024 0.004
#> SRR2052730 4 0.7957 0.4999 0.028 0.156 0.288 0.464 0.064
#> SRR2052727 1 0.3819 0.7525 0.756 0.228 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052725 2 0.3546 0.6210 0.116 0.832 0.000 0.048 0.004
#> SRR2052726 2 0.4116 0.5127 0.212 0.756 0.000 0.028 0.004
#> SRR2052724 1 0.4047 0.7614 0.788 0.176 0.008 0.012 0.016
#> SRR2052723 3 0.4114 0.5474 0.000 0.000 0.732 0.024 0.244
#> SRR2052722 3 0.2052 0.7061 0.000 0.080 0.912 0.004 0.004
#> SRR2052721 1 0.4511 0.6474 0.628 0.356 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052720 2 0.4001 0.6678 0.000 0.768 0.204 0.020 0.008
#> SRR2052719 2 0.3595 0.6943 0.024 0.836 0.116 0.024 0.000
#> SRR2052718 2 0.3449 0.6271 0.120 0.836 0.000 0.040 0.004
#> SRR2052717 2 0.4847 0.6069 0.012 0.712 0.240 0.012 0.024
#> SRR2052714 1 0.4386 0.7589 0.772 0.180 0.012 0.016 0.020
#> SRR2052716 3 0.4000 0.6382 0.000 0.012 0.788 0.028 0.172
#> SRR2052715 3 0.0798 0.7325 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR2052713 1 0.4065 0.7373 0.720 0.264 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052712 4 0.5834 0.6230 0.068 0.304 0.008 0.608 0.012
#> SRR2052711 2 0.4306 0.5247 0.044 0.772 0.012 0.172 0.000
#> SRR2052710 2 0.4510 0.6672 0.004 0.756 0.164 0.076 0.000
#> SRR2052707 3 0.2409 0.7255 0.000 0.012 0.908 0.020 0.060
#> SRR2052709 3 0.0798 0.7325 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR2052704 3 0.4056 0.6046 0.000 0.008 0.768 0.024 0.200
#> SRR2052705 2 0.4303 0.6646 0.012 0.772 0.184 0.008 0.024
#> SRR2052697 2 0.1787 0.6643 0.044 0.936 0.004 0.016 0.000
#> SRR2052703 3 0.2295 0.6968 0.000 0.088 0.900 0.004 0.008
#> SRR2052696 1 0.3786 0.7596 0.776 0.204 0.004 0.016 0.000
#> SRR2052706 2 0.6726 0.3253 0.028 0.548 0.180 0.244 0.000
#> SRR2052695 2 0.3751 0.6869 0.004 0.800 0.172 0.020 0.004
#> SRR2052694 2 0.3551 0.6909 0.004 0.820 0.152 0.020 0.004
#> SRR2052692 3 0.2234 0.7204 0.004 0.060 0.916 0.004 0.016
#> SRR2052693 3 0.4811 0.4577 0.000 0.280 0.680 0.016 0.024
#> SRR2052691 2 0.4943 0.6615 0.064 0.764 0.136 0.012 0.024
#> SRR2052690 2 0.4001 0.6781 0.036 0.820 0.116 0.004 0.024
#> SRR2052689 4 0.7930 0.5026 0.028 0.156 0.296 0.460 0.060
#> SRR2052687 4 0.7713 0.4935 0.028 0.280 0.268 0.408 0.016
#> SRR2052686 2 0.3117 0.6368 0.100 0.860 0.000 0.036 0.004
#> SRR2052688 2 0.3802 0.6835 0.004 0.800 0.168 0.024 0.004
#> SRR2052684 3 0.5489 0.1707 0.004 0.000 0.576 0.064 0.356
#> SRR2052685 2 0.2707 0.7006 0.028 0.892 0.072 0.004 0.004
#> SRR2052683 1 0.4612 0.2880 0.736 0.000 0.000 0.180 0.084
#> SRR2052681 2 0.3387 0.6374 0.004 0.836 0.032 0.128 0.000
#> SRR2052680 4 0.5426 0.6116 0.084 0.276 0.004 0.636 0.000
#> SRR2052682 2 0.3122 0.6225 0.120 0.852 0.000 0.024 0.004
#> SRR2052679 1 0.3819 0.7525 0.756 0.228 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052678 3 0.1364 0.7332 0.000 0.036 0.952 0.000 0.012
#> SRR2052677 3 0.5574 -0.1489 0.000 0.464 0.484 0.028 0.024
#> SRR2052675 2 0.1787 0.6643 0.044 0.936 0.004 0.016 0.000
#> SRR2052676 1 0.4794 0.3686 0.520 0.464 0.000 0.012 0.004
#> SRR2052674 2 0.6188 -0.2759 0.028 0.524 0.072 0.376 0.000
#> SRR2052672 3 0.1106 0.7340 0.000 0.024 0.964 0.000 0.012
#> SRR2052673 2 0.2582 0.6365 0.080 0.892 0.000 0.024 0.004
#> SRR2052671 2 0.3018 0.6995 0.024 0.876 0.080 0.020 0.000
#> SRR2052670 3 0.0807 0.7334 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR2052669 2 0.3812 0.6731 0.000 0.780 0.196 0.020 0.004
#> SRR2052668 2 0.4538 0.6731 0.040 0.788 0.136 0.012 0.024
#> SRR2052667 2 0.4203 0.6683 0.000 0.760 0.188 0.052 0.000
#> SRR2052666 3 0.2381 0.7068 0.008 0.008 0.912 0.012 0.060
#> SRR2052665 2 0.4599 0.6568 0.020 0.752 0.196 0.008 0.024
#> SRR2052664 1 0.3846 0.3731 0.800 0.000 0.000 0.144 0.056
#> SRR2052663 2 0.2843 0.6313 0.048 0.876 0.000 0.076 0.000
#> SRR2052662 2 0.3901 0.6724 0.000 0.776 0.196 0.024 0.004
#> SRR2052661 1 0.5050 0.3479 0.496 0.476 0.000 0.024 0.004
#> SRR2052660 3 0.2398 0.7190 0.004 0.064 0.908 0.004 0.020
#> SRR2052659 3 0.3409 0.6439 0.000 0.000 0.816 0.024 0.160
#> SRR2052658 2 0.3896 0.6779 0.020 0.816 0.136 0.004 0.024
#> SRR2052657 1 0.4184 0.7609 0.780 0.180 0.008 0.016 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 2 0.2215 0.6863 0.008 0.916 0.024 0.020 0.000 0.032
#> SRR2052701 2 0.3083 0.6424 0.024 0.864 0.004 0.048 0.000 0.060
#> SRR2052700 2 0.5541 0.2997 0.024 0.604 0.044 0.300 0.000 0.028
#> SRR2052699 2 0.3967 0.6816 0.020 0.804 0.112 0.016 0.000 0.048
#> SRR2052698 3 0.5000 0.4057 0.000 0.280 0.640 0.028 0.000 0.052
#> SRR2052708 1 0.3087 0.7380 0.844 0.120 0.008 0.020 0.000 0.008
#> SRR2052749 1 0.3087 0.7380 0.844 0.120 0.008 0.020 0.000 0.008
#> SRR2052786 2 0.3961 0.6800 0.004 0.764 0.188 0.024 0.000 0.020
#> SRR2052825 4 0.4282 0.5674 0.064 0.152 0.004 0.764 0.008 0.008
#> SRR2052824 4 0.4528 0.5678 0.064 0.120 0.024 0.772 0.008 0.012
#> SRR2052823 2 0.3041 0.6760 0.024 0.876 0.028 0.036 0.000 0.036
#> SRR2052822 3 0.5459 -0.0745 0.000 0.436 0.480 0.032 0.000 0.052
#> SRR2052821 2 0.6454 0.3834 0.012 0.524 0.176 0.256 0.000 0.032
#> SRR2052820 3 0.3836 0.5522 0.000 0.004 0.760 0.016 0.016 0.204
#> SRR2052819 4 0.5133 0.5180 0.064 0.048 0.140 0.728 0.008 0.012
#> SRR2052818 2 0.4538 0.3302 0.016 0.644 0.000 0.312 0.000 0.028
#> SRR2052817 3 0.4963 0.3734 0.000 0.296 0.632 0.032 0.000 0.040
#> SRR2052816 2 0.5858 -0.1341 0.020 0.496 0.040 0.404 0.000 0.040
#> SRR2052815 4 0.4282 0.5674 0.064 0.152 0.004 0.764 0.008 0.008
#> SRR2052814 2 0.5502 0.5721 0.000 0.648 0.132 0.180 0.000 0.040
#> SRR2052813 2 0.5337 0.3697 0.000 0.540 0.380 0.032 0.000 0.048
#> SRR2052812 2 0.2312 0.6799 0.016 0.912 0.016 0.020 0.000 0.036
#> SRR2052811 2 0.2312 0.6799 0.016 0.912 0.016 0.020 0.000 0.036
#> SRR2052810 4 0.4693 0.3233 0.016 0.424 0.000 0.540 0.000 0.020
#> SRR2052809 2 0.5518 0.2103 0.000 0.476 0.436 0.036 0.000 0.052
#> SRR2052808 4 0.6990 0.4715 0.012 0.244 0.216 0.468 0.000 0.060
#> SRR2052807 5 0.1092 0.6008 0.000 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR2052806 1 0.4388 0.6480 0.748 0.084 0.000 0.000 0.148 0.020
#> SRR2052805 1 0.3708 0.6422 0.808 0.064 0.004 0.004 0.116 0.004
#> SRR2052804 4 0.7609 0.1229 0.012 0.048 0.180 0.436 0.044 0.280
#> SRR2052803 1 0.3708 0.6422 0.808 0.064 0.004 0.004 0.116 0.004
#> SRR2052802 5 0.5333 -0.1758 0.000 0.000 0.064 0.016 0.480 0.440
#> SRR2052801 5 0.4064 0.5556 0.132 0.000 0.000 0.084 0.772 0.012
#> SRR2052800 5 0.5333 -0.1758 0.000 0.000 0.064 0.016 0.480 0.440
#> SRR2052799 5 0.1092 0.6008 0.000 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR2052798 1 0.3087 0.7380 0.844 0.120 0.008 0.020 0.000 0.008
#> SRR2052797 2 0.6546 0.4417 0.012 0.528 0.228 0.192 0.000 0.040
#> SRR2052796 5 0.4064 0.5556 0.132 0.000 0.000 0.084 0.772 0.012
#> SRR2052795 1 0.3087 0.7380 0.844 0.120 0.008 0.020 0.000 0.008
#> SRR2052794 5 0.0146 0.6008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052793 5 0.4118 0.2428 0.396 0.000 0.000 0.004 0.592 0.008
#> SRR2052792 6 0.4286 0.6166 0.000 0.000 0.108 0.000 0.164 0.728
#> SRR2052791 6 0.6457 0.8206 0.160 0.000 0.136 0.004 0.120 0.580
#> SRR2052790 3 0.5031 0.3125 0.000 0.332 0.600 0.028 0.000 0.040
#> SRR2052789 3 0.1078 0.6932 0.000 0.016 0.964 0.012 0.000 0.008
#> SRR2052788 3 0.1078 0.6932 0.000 0.016 0.964 0.012 0.000 0.008
#> SRR2052787 2 0.3913 0.6771 0.004 0.764 0.192 0.020 0.000 0.020
#> SRR2052785 3 0.5042 0.2649 0.000 0.344 0.588 0.020 0.000 0.048
#> SRR2052784 3 0.5353 -0.0933 0.000 0.452 0.472 0.028 0.000 0.048
#> SRR2052783 3 0.5176 0.0814 0.000 0.404 0.528 0.020 0.000 0.048
#> SRR2052782 2 0.5337 0.3697 0.000 0.540 0.380 0.032 0.000 0.048
#> SRR2052781 3 0.5387 0.0282 0.000 0.412 0.508 0.032 0.000 0.048
#> SRR2052780 3 0.0862 0.6894 0.000 0.004 0.972 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052777 2 0.5063 0.5000 0.000 0.604 0.324 0.028 0.000 0.044
#> SRR2052779 2 0.5337 0.3697 0.000 0.540 0.380 0.032 0.000 0.048
#> SRR2052778 3 0.2320 0.6602 0.000 0.000 0.892 0.024 0.004 0.080
#> SRR2052776 3 0.4867 0.2826 0.000 0.340 0.600 0.012 0.000 0.048
#> SRR2052775 3 0.1605 0.6976 0.000 0.032 0.940 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052773 3 0.2586 0.6706 0.000 0.080 0.880 0.008 0.000 0.032
#> SRR2052772 3 0.1464 0.6819 0.000 0.000 0.944 0.016 0.004 0.036
#> SRR2052774 3 0.2586 0.6706 0.000 0.080 0.880 0.008 0.000 0.032
#> SRR2052771 6 0.6457 0.8206 0.160 0.000 0.136 0.004 0.120 0.580
#> SRR2052769 3 0.2775 0.6882 0.000 0.056 0.876 0.016 0.000 0.052
#> SRR2052770 3 0.2026 0.6809 0.000 0.008 0.916 0.012 0.004 0.060
#> SRR2052768 2 0.3272 0.7049 0.008 0.848 0.092 0.032 0.000 0.020
#> SRR2052767 2 0.2215 0.6863 0.008 0.916 0.024 0.020 0.000 0.032
#> SRR2052766 3 0.4513 0.3401 0.000 0.000 0.636 0.016 0.024 0.324
#> SRR2052765 2 0.3695 0.6941 0.008 0.804 0.140 0.036 0.000 0.012
#> SRR2052763 3 0.3416 0.5998 0.000 0.004 0.816 0.032 0.008 0.140
#> SRR2052764 2 0.3663 0.6234 0.024 0.816 0.000 0.096 0.000 0.064
#> SRR2052761 3 0.3836 0.5522 0.000 0.004 0.760 0.016 0.016 0.204
#> SRR2052760 2 0.3628 0.6950 0.008 0.804 0.148 0.028 0.000 0.012
#> SRR2052759 3 0.3416 0.5998 0.000 0.004 0.816 0.032 0.008 0.140
#> SRR2052762 2 0.4629 0.6284 0.012 0.708 0.220 0.012 0.000 0.048
#> SRR2052758 3 0.2341 0.6905 0.000 0.056 0.900 0.012 0.000 0.032
#> SRR2052756 2 0.4733 0.5554 0.036 0.728 0.016 0.184 0.000 0.036
#> SRR2052757 3 0.4853 0.3564 0.000 0.312 0.624 0.016 0.000 0.048
#> SRR2052755 1 0.4877 0.7032 0.684 0.224 0.000 0.060 0.000 0.032
#> SRR2052754 1 0.4931 0.3229 0.700 0.000 0.000 0.120 0.156 0.024
#> SRR2052753 1 0.5277 0.6513 0.604 0.304 0.000 0.060 0.000 0.032
#> SRR2052752 1 0.4121 0.6427 0.784 0.076 0.004 0.004 0.120 0.012
#> SRR2052750 1 0.5209 0.6333 0.616 0.296 0.000 0.048 0.000 0.040
#> SRR2052751 2 0.5548 0.4326 0.008 0.564 0.344 0.036 0.000 0.048
#> SRR2052748 3 0.4471 0.4214 0.000 0.000 0.684 0.028 0.024 0.264
#> SRR2052747 1 0.3049 0.7241 0.856 0.100 0.004 0.004 0.028 0.008
#> SRR2052746 3 0.3416 0.5998 0.000 0.004 0.816 0.032 0.008 0.140
#> SRR2052745 3 0.3416 0.5998 0.000 0.004 0.816 0.032 0.008 0.140
#> SRR2052744 2 0.5678 -0.1479 0.404 0.500 0.004 0.052 0.000 0.040
#> SRR2052741 2 0.3716 0.6882 0.016 0.828 0.084 0.024 0.000 0.048
#> SRR2052743 2 0.3892 0.6787 0.012 0.792 0.140 0.008 0.000 0.048
#> SRR2052740 2 0.3716 0.6882 0.016 0.828 0.084 0.024 0.000 0.048
#> SRR2052742 2 0.5598 0.3943 0.008 0.544 0.364 0.036 0.000 0.048
#> SRR2052739 2 0.3695 0.6941 0.008 0.804 0.140 0.036 0.000 0.012
#> SRR2052738 3 0.3377 0.5914 0.000 0.000 0.812 0.028 0.012 0.148
#> SRR2052736 2 0.5062 0.5279 0.100 0.716 0.000 0.080 0.000 0.104
#> SRR2052735 2 0.5742 0.3841 0.176 0.640 0.000 0.080 0.000 0.104
#> SRR2052734 2 0.3999 0.5925 0.040 0.796 0.000 0.064 0.000 0.100
#> SRR2052737 2 0.3936 0.6887 0.008 0.780 0.164 0.032 0.000 0.016
#> SRR2052733 3 0.2545 0.6711 0.000 0.012 0.892 0.032 0.004 0.060
#> SRR2052732 2 0.4235 0.5790 0.020 0.756 0.000 0.160 0.000 0.064
#> SRR2052731 3 0.1180 0.6904 0.000 0.012 0.960 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052729 1 0.4781 0.7077 0.696 0.216 0.000 0.052 0.000 0.036
#> SRR2052728 1 0.6310 0.4302 0.452 0.384 0.000 0.060 0.000 0.104
#> SRR2052730 4 0.6898 0.4350 0.012 0.080 0.268 0.532 0.020 0.088
#> SRR2052727 1 0.4137 0.7342 0.756 0.176 0.000 0.048 0.000 0.020
#> SRR2052725 2 0.4613 0.5877 0.076 0.752 0.000 0.108 0.000 0.064
#> SRR2052726 2 0.5742 0.3841 0.176 0.640 0.000 0.080 0.000 0.104
#> SRR2052724 1 0.3087 0.7380 0.844 0.120 0.008 0.020 0.000 0.008
#> SRR2052723 3 0.4215 0.4314 0.000 0.000 0.688 0.012 0.024 0.276
#> SRR2052722 3 0.2285 0.6802 0.000 0.064 0.900 0.008 0.000 0.028
#> SRR2052721 1 0.5257 0.6490 0.624 0.280 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR2052720 2 0.3882 0.6788 0.004 0.768 0.188 0.020 0.000 0.020
#> SRR2052719 2 0.3766 0.6970 0.008 0.816 0.108 0.032 0.000 0.036
#> SRR2052718 2 0.4581 0.5949 0.088 0.756 0.000 0.092 0.000 0.064
#> SRR2052717 2 0.4629 0.6284 0.012 0.708 0.220 0.012 0.000 0.048
#> SRR2052714 1 0.3534 0.7329 0.828 0.116 0.008 0.028 0.004 0.016
#> SRR2052716 3 0.3836 0.5522 0.000 0.004 0.760 0.016 0.016 0.204
#> SRR2052715 3 0.0862 0.6910 0.000 0.004 0.972 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052713 1 0.4348 0.7227 0.732 0.200 0.000 0.040 0.000 0.028
#> SRR2052712 4 0.4206 0.5851 0.040 0.180 0.008 0.756 0.016 0.000
#> SRR2052711 2 0.4357 0.5615 0.016 0.748 0.016 0.184 0.000 0.036
#> SRR2052710 2 0.5104 0.6522 0.016 0.696 0.160 0.116 0.000 0.012
#> SRR2052707 3 0.2296 0.6744 0.000 0.004 0.900 0.024 0.004 0.068
#> SRR2052709 3 0.0862 0.6910 0.000 0.004 0.972 0.008 0.000 0.016
#> SRR2052704 3 0.4180 0.5109 0.000 0.000 0.732 0.028 0.024 0.216
#> SRR2052705 2 0.4077 0.6738 0.012 0.772 0.160 0.008 0.000 0.048
#> SRR2052697 2 0.2488 0.6629 0.024 0.900 0.004 0.036 0.000 0.036
#> SRR2052703 3 0.2632 0.6746 0.000 0.076 0.880 0.012 0.000 0.032
#> SRR2052696 1 0.3821 0.7377 0.792 0.144 0.004 0.048 0.000 0.012
#> SRR2052706 2 0.6430 0.3895 0.012 0.528 0.172 0.256 0.000 0.032
#> SRR2052695 2 0.3808 0.6919 0.008 0.784 0.168 0.028 0.000 0.012
#> SRR2052694 2 0.3628 0.6950 0.008 0.804 0.148 0.028 0.000 0.012
#> SRR2052692 3 0.2341 0.6905 0.000 0.056 0.900 0.012 0.000 0.032
#> SRR2052693 3 0.4777 0.4311 0.000 0.276 0.656 0.020 0.000 0.048
#> SRR2052691 2 0.5054 0.6649 0.048 0.740 0.120 0.040 0.000 0.052
#> SRR2052690 2 0.4050 0.6818 0.028 0.804 0.100 0.016 0.000 0.052
#> SRR2052689 4 0.6758 0.4333 0.012 0.072 0.276 0.540 0.020 0.080
#> SRR2052687 4 0.6884 0.4764 0.012 0.200 0.248 0.484 0.000 0.056
#> SRR2052686 2 0.4282 0.6040 0.072 0.780 0.000 0.084 0.000 0.064
#> SRR2052688 2 0.3936 0.6887 0.008 0.780 0.164 0.032 0.000 0.016
#> SRR2052684 3 0.4393 -0.1168 0.000 0.000 0.524 0.000 0.024 0.452
#> SRR2052685 2 0.2792 0.7030 0.016 0.880 0.068 0.008 0.000 0.028
#> SRR2052683 1 0.5229 0.2136 0.636 0.000 0.000 0.108 0.240 0.016
#> SRR2052681 2 0.4233 0.6025 0.016 0.748 0.036 0.192 0.000 0.008
#> SRR2052680 4 0.4282 0.5674 0.064 0.152 0.004 0.764 0.008 0.008
#> SRR2052682 2 0.4623 0.5684 0.076 0.752 0.000 0.068 0.000 0.104
#> SRR2052679 1 0.4074 0.7350 0.760 0.176 0.000 0.044 0.000 0.020
#> SRR2052678 3 0.1861 0.6945 0.000 0.036 0.928 0.020 0.000 0.016
#> SRR2052677 3 0.5465 -0.1553 0.000 0.456 0.460 0.032 0.000 0.052
#> SRR2052675 2 0.2488 0.6629 0.024 0.900 0.004 0.036 0.000 0.036
#> SRR2052676 1 0.5801 0.5015 0.516 0.356 0.000 0.028 0.000 0.100
#> SRR2052674 2 0.5953 -0.2679 0.012 0.456 0.068 0.432 0.000 0.032
#> SRR2052672 3 0.1630 0.6925 0.000 0.024 0.940 0.020 0.000 0.016
#> SRR2052673 2 0.3999 0.5925 0.040 0.796 0.000 0.064 0.000 0.100
#> SRR2052671 2 0.3147 0.7011 0.008 0.860 0.076 0.024 0.000 0.032
#> SRR2052670 3 0.0984 0.6907 0.000 0.008 0.968 0.012 0.000 0.012
#> SRR2052669 2 0.3733 0.6832 0.004 0.780 0.180 0.020 0.000 0.016
#> SRR2052668 2 0.4644 0.6757 0.024 0.764 0.120 0.040 0.000 0.052
#> SRR2052667 2 0.4496 0.6642 0.004 0.728 0.176 0.084 0.000 0.008
#> SRR2052666 3 0.3421 0.6424 0.012 0.020 0.840 0.032 0.000 0.096
#> SRR2052665 2 0.4365 0.6671 0.016 0.752 0.172 0.012 0.000 0.048
#> SRR2052664 1 0.4931 0.3229 0.700 0.000 0.000 0.120 0.156 0.024
#> SRR2052663 2 0.3663 0.6234 0.024 0.816 0.000 0.096 0.000 0.064
#> SRR2052662 2 0.3889 0.6816 0.004 0.772 0.180 0.028 0.000 0.016
#> SRR2052661 1 0.6292 0.4701 0.468 0.368 0.000 0.060 0.000 0.104
#> SRR2052660 3 0.2507 0.6895 0.000 0.056 0.892 0.016 0.000 0.036
#> SRR2052659 3 0.3457 0.5631 0.000 0.000 0.780 0.012 0.012 0.196
#> SRR2052658 2 0.3712 0.6831 0.020 0.812 0.116 0.004 0.000 0.048
#> SRR2052657 1 0.3237 0.7354 0.836 0.116 0.008 0.036 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.432 0.810 0.882 0.4442 0.571 0.571
#> 3 3 0.473 0.613 0.775 0.4245 0.637 0.431
#> 4 4 0.694 0.770 0.873 0.1262 0.795 0.510
#> 5 5 0.642 0.663 0.807 0.0710 0.934 0.781
#> 6 6 0.654 0.549 0.716 0.0493 0.880 0.581
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.7815 0.793 0.232 0.768
#> SRR2052701 2 0.8555 0.740 0.280 0.720
#> SRR2052700 2 0.9635 0.623 0.388 0.612
#> SRR2052699 2 0.8327 0.761 0.264 0.736
#> SRR2052698 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0376 0.869 0.996 0.004
#> SRR2052749 1 0.1414 0.873 0.980 0.020
#> SRR2052786 2 0.6801 0.833 0.180 0.820
#> SRR2052825 1 0.9896 0.203 0.560 0.440
#> SRR2052824 2 0.8713 0.658 0.292 0.708
#> SRR2052823 2 0.8144 0.773 0.252 0.748
#> SRR2052822 2 0.3584 0.864 0.068 0.932
#> SRR2052821 2 0.4431 0.862 0.092 0.908
#> SRR2052820 2 0.3733 0.818 0.072 0.928
#> SRR2052819 2 0.3733 0.818 0.072 0.928
#> SRR2052818 2 0.8813 0.714 0.300 0.700
#> SRR2052817 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052816 2 0.8955 0.726 0.312 0.688
#> SRR2052815 2 0.8713 0.658 0.292 0.708
#> SRR2052814 2 0.5178 0.859 0.116 0.884
#> SRR2052813 2 0.5408 0.855 0.124 0.876
#> SRR2052812 2 0.6973 0.828 0.188 0.812
#> SRR2052811 2 0.8144 0.773 0.252 0.748
#> SRR2052810 2 0.8499 0.771 0.276 0.724
#> SRR2052809 2 0.3879 0.864 0.076 0.924
#> SRR2052808 2 0.5408 0.856 0.124 0.876
#> SRR2052807 1 0.7299 0.748 0.796 0.204
#> SRR2052806 1 0.0000 0.869 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.2043 0.863 0.968 0.032
#> SRR2052804 2 0.8661 0.534 0.288 0.712
#> SRR2052803 1 0.0000 0.869 1.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.9993 0.251 0.516 0.484
#> SRR2052801 1 0.5059 0.823 0.888 0.112
#> SRR2052800 1 0.9988 0.261 0.520 0.480
#> SRR2052799 1 0.5059 0.823 0.888 0.112
#> SRR2052798 1 0.1414 0.873 0.980 0.020
#> SRR2052797 2 0.4298 0.863 0.088 0.912
#> SRR2052796 1 0.3431 0.850 0.936 0.064
#> SRR2052795 1 0.2603 0.858 0.956 0.044
#> SRR2052794 1 0.7376 0.745 0.792 0.208
#> SRR2052793 1 0.5059 0.823 0.888 0.112
#> SRR2052792 2 0.6148 0.746 0.152 0.848
#> SRR2052791 1 0.9710 0.483 0.600 0.400
#> SRR2052790 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.6801 0.833 0.180 0.820
#> SRR2052785 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.3733 0.864 0.072 0.928
#> SRR2052783 2 0.4298 0.863 0.088 0.912
#> SRR2052782 2 0.4022 0.863 0.080 0.920
#> SRR2052781 2 0.3584 0.864 0.068 0.932
#> SRR2052780 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.4298 0.863 0.088 0.912
#> SRR2052779 2 0.4022 0.863 0.080 0.920
#> SRR2052778 2 0.3584 0.821 0.068 0.932
#> SRR2052776 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.7376 0.745 0.792 0.208
#> SRR2052769 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052770 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.6973 0.828 0.188 0.812
#> SRR2052767 2 0.7453 0.810 0.212 0.788
#> SRR2052766 2 0.3879 0.815 0.076 0.924
#> SRR2052765 2 0.6801 0.834 0.180 0.820
#> SRR2052763 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.9286 0.642 0.344 0.656
#> SRR2052761 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.6973 0.828 0.188 0.812
#> SRR2052759 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.4298 0.863 0.088 0.912
#> SRR2052758 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0672 0.871 0.992 0.008
#> SRR2052757 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052754 1 0.3431 0.850 0.936 0.064
#> SRR2052753 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052752 1 0.5059 0.823 0.888 0.112
#> SRR2052750 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052751 2 0.3431 0.864 0.064 0.936
#> SRR2052748 2 0.3733 0.818 0.072 0.928
#> SRR2052747 1 0.1184 0.872 0.984 0.016
#> SRR2052746 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.3733 0.818 0.072 0.928
#> SRR2052744 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052741 2 0.7453 0.809 0.212 0.788
#> SRR2052743 2 0.6973 0.828 0.188 0.812
#> SRR2052740 2 0.8081 0.776 0.248 0.752
#> SRR2052742 2 0.3733 0.864 0.072 0.928
#> SRR2052739 2 0.6973 0.828 0.188 0.812
#> SRR2052738 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052736 1 0.6623 0.762 0.828 0.172
#> SRR2052735 1 0.3879 0.865 0.924 0.076
#> SRR2052734 1 0.3879 0.865 0.924 0.076
#> SRR2052737 2 0.6148 0.846 0.152 0.848
#> SRR2052733 2 0.3733 0.818 0.072 0.928
#> SRR2052732 2 0.9286 0.642 0.344 0.656
#> SRR2052731 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052728 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052730 2 0.3879 0.815 0.076 0.924
#> SRR2052727 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052725 1 0.4815 0.844 0.896 0.104
#> SRR2052726 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052724 1 0.3431 0.850 0.936 0.064
#> SRR2052723 2 0.3879 0.815 0.076 0.924
#> SRR2052722 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052720 2 0.6712 0.835 0.176 0.824
#> SRR2052719 2 0.6973 0.828 0.188 0.812
#> SRR2052718 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052717 2 0.5842 0.850 0.140 0.860
#> SRR2052714 1 0.6438 0.783 0.836 0.164
#> SRR2052716 2 0.3733 0.818 0.072 0.928
#> SRR2052715 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.869 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.9635 0.472 0.612 0.388
#> SRR2052711 1 0.0672 0.870 0.992 0.008
#> SRR2052710 2 0.5629 0.853 0.132 0.868
#> SRR2052707 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.3733 0.818 0.072 0.928
#> SRR2052705 2 0.6801 0.833 0.180 0.820
#> SRR2052697 2 0.9209 0.656 0.336 0.664
#> SRR2052703 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.1184 0.872 0.984 0.016
#> SRR2052706 2 0.4298 0.863 0.088 0.912
#> SRR2052695 2 0.6247 0.844 0.156 0.844
#> SRR2052694 2 0.6712 0.835 0.176 0.824
#> SRR2052692 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052691 1 0.5629 0.812 0.868 0.132
#> SRR2052690 2 0.9833 0.444 0.424 0.576
#> SRR2052689 2 0.3733 0.818 0.072 0.928
#> SRR2052687 2 0.3733 0.818 0.072 0.928
#> SRR2052686 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052688 2 0.6887 0.830 0.184 0.816
#> SRR2052684 2 0.5737 0.766 0.136 0.864
#> SRR2052685 2 0.8144 0.773 0.252 0.748
#> SRR2052683 1 0.0000 0.869 1.000 0.000
#> SRR2052681 2 0.8861 0.710 0.304 0.696
#> SRR2052680 2 0.8713 0.658 0.292 0.708
#> SRR2052682 1 0.4431 0.853 0.908 0.092
#> SRR2052679 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052678 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.4022 0.863 0.080 0.920
#> SRR2052675 2 0.8081 0.776 0.248 0.752
#> SRR2052676 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052674 2 0.6048 0.850 0.148 0.852
#> SRR2052672 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052673 1 0.7528 0.694 0.784 0.216
#> SRR2052671 2 0.8144 0.773 0.252 0.748
#> SRR2052670 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.6048 0.847 0.148 0.852
#> SRR2052668 2 0.7056 0.825 0.192 0.808
#> SRR2052667 2 0.6973 0.828 0.188 0.812
#> SRR2052666 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.6712 0.835 0.176 0.824
#> SRR2052664 1 0.3274 0.851 0.940 0.060
#> SRR2052663 2 0.9286 0.642 0.344 0.656
#> SRR2052662 2 0.6801 0.833 0.180 0.820
#> SRR2052661 1 0.3733 0.868 0.928 0.072
#> SRR2052660 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.0000 0.861 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.7139 0.822 0.196 0.804
#> SRR2052657 1 0.1184 0.872 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.3192 0.72778 0.000 0.888 0.112
#> SRR2052701 2 0.2066 0.70463 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052700 2 0.5744 0.70217 0.072 0.800 0.128
#> SRR2052699 2 0.2261 0.70926 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052698 3 0.1289 0.85304 0.000 0.032 0.968
#> SRR2052708 1 0.4452 0.68253 0.808 0.192 0.000
#> SRR2052749 1 0.5397 0.63746 0.720 0.280 0.000
#> SRR2052786 2 0.5431 0.66969 0.000 0.716 0.284
#> SRR2052825 1 0.7979 -0.00202 0.500 0.440 0.060
#> SRR2052824 1 0.9311 -0.07571 0.452 0.384 0.164
#> SRR2052823 2 0.2448 0.71308 0.000 0.924 0.076
#> SRR2052822 3 0.5178 0.61389 0.000 0.256 0.744
#> SRR2052821 3 0.5785 0.46661 0.000 0.332 0.668
#> SRR2052820 3 0.0747 0.85048 0.016 0.000 0.984
#> SRR2052819 3 0.4605 0.66000 0.204 0.000 0.796
#> SRR2052818 2 0.4062 0.73219 0.000 0.836 0.164
#> SRR2052817 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052816 2 0.5179 0.67196 0.080 0.832 0.088
#> SRR2052815 1 0.9280 -0.08062 0.452 0.388 0.160
#> SRR2052814 2 0.6192 0.38864 0.000 0.580 0.420
#> SRR2052813 2 0.6154 0.42667 0.000 0.592 0.408
#> SRR2052812 2 0.5397 0.67361 0.000 0.720 0.280
#> SRR2052811 2 0.3192 0.72778 0.000 0.888 0.112
#> SRR2052810 2 0.8716 0.55288 0.172 0.588 0.240
#> SRR2052809 3 0.5254 0.60154 0.000 0.264 0.736
#> SRR2052808 2 0.6307 0.16134 0.000 0.512 0.488
#> SRR2052807 1 0.2261 0.67204 0.932 0.000 0.068
#> SRR2052806 1 0.3551 0.69607 0.868 0.132 0.000
#> SRR2052805 1 0.2625 0.70127 0.916 0.084 0.000
#> SRR2052804 1 0.6095 0.28841 0.608 0.000 0.392
#> SRR2052803 1 0.3192 0.69897 0.888 0.112 0.000
#> SRR2052802 1 0.5988 0.33925 0.632 0.000 0.368
#> SRR2052801 1 0.0237 0.69332 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052800 1 0.5988 0.33925 0.632 0.000 0.368
#> SRR2052799 1 0.0000 0.69225 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.5497 0.62934 0.708 0.292 0.000
#> SRR2052797 3 0.5733 0.48616 0.000 0.324 0.676
#> SRR2052796 1 0.0747 0.69580 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052795 1 0.4605 0.67799 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052794 1 0.2711 0.66463 0.912 0.000 0.088
#> SRR2052793 1 0.0747 0.69580 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052792 1 0.6295 0.08670 0.528 0.000 0.472
#> SRR2052791 1 0.5760 0.41067 0.672 0.000 0.328
#> SRR2052790 3 0.1964 0.83826 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052789 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052788 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052787 2 0.5465 0.66466 0.000 0.712 0.288
#> SRR2052785 3 0.1163 0.85491 0.000 0.028 0.972
#> SRR2052784 3 0.5678 0.50308 0.000 0.316 0.684
#> SRR2052783 3 0.5327 0.58832 0.000 0.272 0.728
#> SRR2052782 3 0.5810 0.45844 0.000 0.336 0.664
#> SRR2052781 3 0.5327 0.58827 0.000 0.272 0.728
#> SRR2052780 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052777 3 0.6260 0.09615 0.000 0.448 0.552
#> SRR2052779 3 0.5785 0.46787 0.000 0.332 0.668
#> SRR2052778 3 0.0424 0.85557 0.008 0.000 0.992
#> SRR2052776 3 0.2878 0.80770 0.000 0.096 0.904
#> SRR2052775 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052773 3 0.1529 0.84910 0.000 0.040 0.960
#> SRR2052772 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052774 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052771 1 0.2945 0.66631 0.908 0.004 0.088
#> SRR2052769 3 0.1411 0.85093 0.000 0.036 0.964
#> SRR2052770 3 0.0000 0.85994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.5431 0.66969 0.000 0.716 0.284
#> SRR2052767 2 0.3192 0.72778 0.000 0.888 0.112
#> SRR2052766 3 0.4178 0.69404 0.172 0.000 0.828
#> SRR2052765 2 0.5431 0.66969 0.000 0.716 0.284
#> SRR2052763 3 0.0237 0.86152 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052764 2 0.2066 0.70463 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052761 3 0.0237 0.86152 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052760 2 0.5397 0.67361 0.000 0.720 0.280
#> SRR2052759 3 0.0000 0.85994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052762 3 0.6026 0.35007 0.000 0.376 0.624
#> SRR2052758 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052756 1 0.6291 0.42599 0.532 0.468 0.000
#> SRR2052757 3 0.2625 0.81712 0.000 0.084 0.916
#> SRR2052755 2 0.6215 -0.22845 0.428 0.572 0.000
#> SRR2052754 1 0.0747 0.69580 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052753 2 0.6244 -0.26021 0.440 0.560 0.000
#> SRR2052752 1 0.2537 0.70131 0.920 0.080 0.000
#> SRR2052750 1 0.6307 0.37310 0.512 0.488 0.000
#> SRR2052751 3 0.3412 0.78214 0.000 0.124 0.876
#> SRR2052748 3 0.2625 0.78577 0.084 0.000 0.916
#> SRR2052747 1 0.5465 0.63206 0.712 0.288 0.000
#> SRR2052746 3 0.0237 0.86152 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052745 3 0.0237 0.85796 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052744 2 0.6180 -0.19590 0.416 0.584 0.000
#> SRR2052741 2 0.2537 0.71507 0.000 0.920 0.080
#> SRR2052743 2 0.4346 0.73048 0.000 0.816 0.184
#> SRR2052740 2 0.1031 0.67861 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052742 3 0.4931 0.65141 0.000 0.232 0.768
#> SRR2052739 2 0.5431 0.66969 0.000 0.716 0.284
#> SRR2052738 3 0.0000 0.85994 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.0424 0.64521 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052735 2 0.5560 0.12897 0.300 0.700 0.000
#> SRR2052734 2 0.2959 0.53431 0.100 0.900 0.000
#> SRR2052737 2 0.5529 0.65387 0.000 0.704 0.296
#> SRR2052733 3 0.0237 0.85796 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052732 2 0.1031 0.67861 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052731 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052729 1 0.6307 0.37310 0.512 0.488 0.000
#> SRR2052728 2 0.6180 -0.19590 0.416 0.584 0.000
#> SRR2052730 3 0.5560 0.50080 0.300 0.000 0.700
#> SRR2052727 1 0.6307 0.37310 0.512 0.488 0.000
#> SRR2052725 2 0.0592 0.64163 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052726 2 0.5859 0.00810 0.344 0.656 0.000
#> SRR2052724 1 0.4452 0.68285 0.808 0.192 0.000
#> SRR2052723 3 0.3752 0.71720 0.144 0.000 0.856
#> SRR2052722 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052721 1 0.6307 0.37310 0.512 0.488 0.000
#> SRR2052720 2 0.5465 0.66466 0.000 0.712 0.288
#> SRR2052719 2 0.5178 0.69209 0.000 0.744 0.256
#> SRR2052718 2 0.5621 0.10816 0.308 0.692 0.000
#> SRR2052717 2 0.5948 0.53566 0.000 0.640 0.360
#> SRR2052714 1 0.3116 0.70011 0.892 0.108 0.000
#> SRR2052716 3 0.0892 0.84741 0.020 0.000 0.980
#> SRR2052715 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052713 1 0.5363 0.64128 0.724 0.276 0.000
#> SRR2052712 1 0.5891 0.57098 0.764 0.036 0.200
#> SRR2052711 2 0.5363 0.26090 0.276 0.724 0.000
#> SRR2052710 2 0.5678 0.62861 0.000 0.684 0.316
#> SRR2052707 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052709 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052704 3 0.0747 0.85009 0.016 0.000 0.984
#> SRR2052705 2 0.4796 0.71337 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052697 2 0.0892 0.67460 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052703 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052696 1 0.5465 0.63206 0.712 0.288 0.000
#> SRR2052706 3 0.6140 0.26083 0.000 0.404 0.596
#> SRR2052695 2 0.5497 0.65894 0.000 0.708 0.292
#> SRR2052694 2 0.5465 0.66466 0.000 0.712 0.288
#> SRR2052692 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052693 3 0.1289 0.85304 0.000 0.032 0.968
#> SRR2052691 2 0.5529 0.13977 0.296 0.704 0.000
#> SRR2052690 2 0.1643 0.69368 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052689 3 0.4452 0.67485 0.192 0.000 0.808
#> SRR2052687 3 0.6470 0.69591 0.092 0.148 0.760
#> SRR2052686 2 0.3038 0.52888 0.104 0.896 0.000
#> SRR2052688 2 0.5431 0.66969 0.000 0.716 0.284
#> SRR2052684 3 0.5178 0.53660 0.256 0.000 0.744
#> SRR2052685 2 0.3192 0.72778 0.000 0.888 0.112
#> SRR2052683 1 0.2711 0.70109 0.912 0.088 0.000
#> SRR2052681 2 0.4750 0.71773 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052680 1 0.9280 -0.08062 0.452 0.388 0.160
#> SRR2052682 2 0.0424 0.64521 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052679 1 0.6305 0.37846 0.516 0.484 0.000
#> SRR2052678 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052677 3 0.5529 0.54363 0.000 0.296 0.704
#> SRR2052675 2 0.1031 0.67861 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052676 1 0.6305 0.37846 0.516 0.484 0.000
#> SRR2052674 2 0.5465 0.66488 0.000 0.712 0.288
#> SRR2052672 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052673 2 0.0424 0.64521 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052671 2 0.3192 0.72778 0.000 0.888 0.112
#> SRR2052670 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052669 2 0.5465 0.66466 0.000 0.712 0.288
#> SRR2052668 2 0.3192 0.72567 0.000 0.888 0.112
#> SRR2052667 2 0.5098 0.69800 0.000 0.752 0.248
#> SRR2052666 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052665 2 0.4887 0.70933 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052664 1 0.0424 0.69425 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052663 2 0.1031 0.67861 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052662 2 0.5431 0.66969 0.000 0.716 0.284
#> SRR2052661 2 0.5968 -0.05381 0.364 0.636 0.000
#> SRR2052660 3 0.0424 0.86268 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052659 3 0.0237 0.85807 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052658 2 0.3752 0.73112 0.000 0.856 0.144
#> SRR2052657 1 0.5327 0.64226 0.728 0.272 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.0927 0.8386 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR2052701 2 0.1406 0.8334 0.016 0.960 0.000 0.024
#> SRR2052700 2 0.3684 0.7737 0.020 0.844 0.004 0.132
#> SRR2052699 2 0.3812 0.7517 0.116 0.848 0.008 0.028
#> SRR2052698 3 0.1209 0.9024 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR2052708 1 0.0804 0.8033 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR2052749 1 0.0937 0.8062 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR2052786 2 0.1557 0.8489 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052825 4 0.4351 0.6835 0.020 0.164 0.012 0.804
#> SRR2052824 4 0.4996 0.6430 0.020 0.216 0.016 0.748
#> SRR2052823 2 0.1545 0.8302 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR2052822 2 0.5132 0.3693 0.000 0.548 0.448 0.004
#> SRR2052821 2 0.4560 0.6696 0.000 0.700 0.296 0.004
#> SRR2052820 3 0.1398 0.8982 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR2052819 3 0.6370 0.0352 0.016 0.032 0.476 0.476
#> SRR2052818 2 0.3432 0.7901 0.008 0.860 0.012 0.120
#> SRR2052817 3 0.0336 0.9176 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052816 2 0.4036 0.7639 0.020 0.816 0.004 0.160
#> SRR2052815 4 0.4952 0.6373 0.020 0.224 0.012 0.744
#> SRR2052814 2 0.2751 0.8373 0.000 0.904 0.056 0.040
#> SRR2052813 2 0.3355 0.7953 0.000 0.836 0.160 0.004
#> SRR2052812 2 0.1211 0.8500 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2052811 2 0.0927 0.8386 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR2052810 2 0.4768 0.7220 0.020 0.772 0.016 0.192
#> SRR2052809 2 0.4991 0.5179 0.000 0.608 0.388 0.004
#> SRR2052808 2 0.4224 0.8001 0.000 0.824 0.100 0.076
#> SRR2052807 4 0.2466 0.7532 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR2052806 1 0.2868 0.6887 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR2052805 1 0.3266 0.6490 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2052804 4 0.3099 0.7123 0.020 0.000 0.104 0.876
#> SRR2052803 1 0.2704 0.7000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052802 4 0.2500 0.7492 0.040 0.000 0.044 0.916
#> SRR2052801 4 0.4222 0.7047 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR2052800 4 0.2500 0.7492 0.040 0.000 0.044 0.916
#> SRR2052799 4 0.4072 0.7178 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR2052798 1 0.1059 0.8082 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR2052797 2 0.4535 0.6749 0.000 0.704 0.292 0.004
#> SRR2052796 4 0.4356 0.6889 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR2052795 1 0.0804 0.8033 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR2052794 4 0.4155 0.7227 0.240 0.000 0.004 0.756
#> SRR2052793 4 0.4331 0.6897 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR2052792 3 0.5950 0.2336 0.040 0.000 0.544 0.416
#> SRR2052791 3 0.7302 0.0725 0.168 0.000 0.500 0.332
#> SRR2052790 3 0.1637 0.8818 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR2052789 3 0.0336 0.9176 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052788 3 0.0188 0.9184 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052787 2 0.1792 0.8471 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR2052785 3 0.1398 0.8967 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR2052784 2 0.5050 0.4663 0.000 0.588 0.408 0.004
#> SRR2052783 2 0.4855 0.5877 0.000 0.644 0.352 0.004
#> SRR2052782 2 0.4741 0.6265 0.000 0.668 0.328 0.004
#> SRR2052781 2 0.4950 0.5411 0.000 0.620 0.376 0.004
#> SRR2052780 3 0.0336 0.9176 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052777 2 0.3583 0.7794 0.000 0.816 0.180 0.004
#> SRR2052779 2 0.4781 0.6136 0.000 0.660 0.336 0.004
#> SRR2052778 3 0.0921 0.9079 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052776 3 0.2266 0.8535 0.000 0.084 0.912 0.004
#> SRR2052775 3 0.0188 0.9184 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052773 3 0.1637 0.8817 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR2052772 3 0.0188 0.9184 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052774 3 0.0469 0.9159 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052771 4 0.7421 0.4169 0.372 0.000 0.172 0.456
#> SRR2052769 3 0.1545 0.8961 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR2052770 3 0.0469 0.9155 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052768 2 0.1211 0.8500 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2052767 2 0.0657 0.8403 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR2052766 3 0.2999 0.8210 0.004 0.000 0.864 0.132
#> SRR2052765 2 0.2589 0.8391 0.000 0.912 0.044 0.044
#> SRR2052763 3 0.0524 0.9174 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2052764 2 0.1042 0.8362 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR2052761 3 0.0779 0.9155 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR2052760 2 0.1211 0.8500 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2052759 3 0.0592 0.9139 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052762 2 0.4193 0.6995 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR2052758 3 0.0188 0.9184 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052756 1 0.2623 0.8151 0.908 0.064 0.000 0.028
#> SRR2052757 3 0.3539 0.7223 0.000 0.176 0.820 0.004
#> SRR2052755 1 0.3149 0.8084 0.880 0.088 0.000 0.032
#> SRR2052754 4 0.4661 0.6329 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR2052753 1 0.3372 0.8021 0.868 0.096 0.000 0.036
#> SRR2052752 1 0.2704 0.6960 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052750 1 0.1637 0.8226 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR2052751 3 0.1557 0.8852 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR2052748 3 0.1661 0.8892 0.004 0.000 0.944 0.052
#> SRR2052747 1 0.1059 0.8082 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR2052746 3 0.0524 0.9174 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2052745 3 0.0921 0.9081 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052744 1 0.3149 0.8084 0.880 0.088 0.000 0.032
#> SRR2052741 2 0.1917 0.8324 0.012 0.944 0.008 0.036
#> SRR2052743 2 0.0895 0.8477 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR2052740 2 0.1584 0.8301 0.012 0.952 0.000 0.036
#> SRR2052742 3 0.3219 0.7587 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR2052739 2 0.1489 0.8498 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR2052738 3 0.0779 0.9155 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR2052736 2 0.3333 0.7690 0.088 0.872 0.000 0.040
#> SRR2052735 1 0.4423 0.7474 0.792 0.168 0.000 0.040
#> SRR2052734 1 0.5008 0.6781 0.732 0.228 0.000 0.040
#> SRR2052737 2 0.2654 0.8287 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR2052733 3 0.0921 0.9081 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052732 2 0.1635 0.8271 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR2052731 3 0.0188 0.9184 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052729 1 0.1637 0.8226 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.3082 0.8100 0.884 0.084 0.000 0.032
#> SRR2052730 3 0.5496 0.4774 0.016 0.008 0.632 0.344
#> SRR2052727 1 0.1824 0.8222 0.936 0.060 0.000 0.004
#> SRR2052725 2 0.2214 0.8177 0.028 0.928 0.000 0.044
#> SRR2052726 1 0.4285 0.7579 0.804 0.156 0.000 0.040
#> SRR2052724 1 0.0804 0.8033 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR2052723 3 0.2053 0.8746 0.004 0.000 0.924 0.072
#> SRR2052722 3 0.0657 0.9167 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR2052721 1 0.1824 0.8223 0.936 0.060 0.000 0.004
#> SRR2052720 2 0.1716 0.8480 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052719 2 0.1022 0.8496 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2052718 1 0.4511 0.7405 0.784 0.176 0.000 0.040
#> SRR2052717 2 0.1792 0.8475 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR2052714 1 0.1913 0.7648 0.940 0.000 0.040 0.020
#> SRR2052716 3 0.1398 0.8982 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR2052715 3 0.0188 0.9184 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052713 1 0.0937 0.8057 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR2052712 4 0.2519 0.7403 0.020 0.020 0.036 0.924
#> SRR2052711 1 0.7816 0.1108 0.412 0.272 0.000 0.316
#> SRR2052710 2 0.3796 0.8177 0.000 0.848 0.096 0.056
#> SRR2052707 3 0.0188 0.9184 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052709 3 0.0336 0.9176 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052704 3 0.1302 0.8981 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052705 2 0.1004 0.8488 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR2052697 2 0.1913 0.8242 0.020 0.940 0.000 0.040
#> SRR2052703 3 0.0336 0.9176 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052696 1 0.1059 0.8082 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR2052706 2 0.4387 0.7840 0.000 0.804 0.144 0.052
#> SRR2052695 2 0.1902 0.8475 0.000 0.932 0.064 0.004
#> SRR2052694 2 0.1716 0.8480 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052692 3 0.0524 0.9174 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2052693 3 0.1209 0.9024 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR2052691 1 0.4466 0.7412 0.784 0.180 0.000 0.036
#> SRR2052690 1 0.6256 0.4210 0.552 0.400 0.012 0.036
#> SRR2052689 3 0.5283 0.4872 0.008 0.008 0.636 0.348
#> SRR2052687 2 0.7544 0.4880 0.016 0.560 0.236 0.188
#> SRR2052686 1 0.5807 0.5127 0.612 0.344 0.000 0.044
#> SRR2052688 2 0.1722 0.8496 0.000 0.944 0.048 0.008
#> SRR2052684 3 0.2737 0.8417 0.008 0.000 0.888 0.104
#> SRR2052685 2 0.0376 0.8419 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2052683 1 0.4989 -0.2482 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR2052681 2 0.4205 0.7507 0.016 0.804 0.008 0.172
#> SRR2052680 4 0.4952 0.6373 0.020 0.224 0.012 0.744
#> SRR2052682 2 0.5008 0.5552 0.228 0.732 0.000 0.040
#> SRR2052679 1 0.1824 0.8222 0.936 0.060 0.000 0.004
#> SRR2052678 3 0.0336 0.9176 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052677 2 0.4872 0.5796 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR2052675 2 0.1706 0.8276 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR2052676 1 0.1637 0.8226 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.4278 0.7640 0.020 0.816 0.016 0.148
#> SRR2052672 3 0.0188 0.9184 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052673 2 0.2214 0.8177 0.028 0.928 0.000 0.044
#> SRR2052671 2 0.0657 0.8403 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR2052670 3 0.0336 0.9176 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052669 2 0.1716 0.8480 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052668 2 0.3396 0.7985 0.064 0.884 0.016 0.036
#> SRR2052667 2 0.0779 0.8469 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR2052666 3 0.0524 0.9180 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2052665 2 0.1109 0.8493 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR2052664 4 0.4699 0.6618 0.320 0.004 0.000 0.676
#> SRR2052663 2 0.1174 0.8357 0.012 0.968 0.000 0.020
#> SRR2052662 2 0.1637 0.8485 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2052661 1 0.4197 0.7607 0.808 0.156 0.000 0.036
#> SRR2052660 3 0.0779 0.9155 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR2052659 3 0.0779 0.9155 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR2052658 2 0.0895 0.8477 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR2052657 1 0.1059 0.8082 0.972 0.016 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.3439 0.6796 0.008 0.800 0.000 0.188 0.004
#> SRR2052701 2 0.5191 0.5780 0.080 0.672 0.000 0.244 0.004
#> SRR2052700 4 0.4302 0.4477 0.004 0.344 0.000 0.648 0.004
#> SRR2052699 2 0.5309 0.5278 0.248 0.676 0.012 0.060 0.004
#> SRR2052698 3 0.3835 0.6631 0.000 0.260 0.732 0.008 0.000
#> SRR2052708 1 0.2753 0.7766 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR2052749 1 0.2753 0.7766 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR2052786 2 0.1282 0.7324 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> SRR2052825 4 0.5247 0.4953 0.000 0.072 0.004 0.652 0.272
#> SRR2052824 4 0.5564 0.5080 0.000 0.056 0.028 0.648 0.268
#> SRR2052823 2 0.3795 0.6779 0.024 0.788 0.000 0.184 0.004
#> SRR2052822 2 0.4283 0.4065 0.000 0.644 0.348 0.008 0.000
#> SRR2052821 2 0.3944 0.6771 0.000 0.788 0.160 0.052 0.000
#> SRR2052820 3 0.2669 0.7867 0.000 0.000 0.876 0.104 0.020
#> SRR2052819 4 0.6997 0.4292 0.000 0.048 0.232 0.540 0.180
#> SRR2052818 4 0.4009 0.5046 0.000 0.312 0.000 0.684 0.004
#> SRR2052817 3 0.2462 0.7997 0.000 0.112 0.880 0.008 0.000
#> SRR2052816 4 0.4442 0.4597 0.016 0.304 0.000 0.676 0.004
#> SRR2052815 4 0.5564 0.5080 0.000 0.056 0.028 0.648 0.268
#> SRR2052814 2 0.1300 0.7338 0.000 0.956 0.028 0.016 0.000
#> SRR2052813 2 0.1768 0.7241 0.000 0.924 0.072 0.004 0.000
#> SRR2052812 2 0.2497 0.7137 0.000 0.880 0.004 0.112 0.004
#> SRR2052811 2 0.3439 0.6796 0.008 0.800 0.000 0.188 0.004
#> SRR2052810 4 0.4505 0.5877 0.000 0.220 0.016 0.736 0.028
#> SRR2052809 2 0.3885 0.5504 0.000 0.724 0.268 0.008 0.000
#> SRR2052808 2 0.5429 0.1250 0.000 0.564 0.068 0.368 0.000
#> SRR2052807 5 0.2648 0.6263 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR2052806 1 0.4150 0.4151 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR2052805 1 0.4341 0.3812 0.592 0.000 0.000 0.004 0.404
#> SRR2052804 4 0.5171 0.3288 0.000 0.000 0.076 0.648 0.276
#> SRR2052803 1 0.4101 0.5267 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> SRR2052802 5 0.3266 0.5915 0.000 0.000 0.004 0.200 0.796
#> SRR2052801 5 0.1661 0.7374 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR2052800 5 0.3300 0.5894 0.000 0.000 0.004 0.204 0.792
#> SRR2052799 5 0.1300 0.7321 0.016 0.000 0.000 0.028 0.956
#> SRR2052798 1 0.2660 0.7814 0.864 0.000 0.000 0.008 0.128
#> SRR2052797 2 0.2806 0.6751 0.000 0.844 0.152 0.004 0.000
#> SRR2052796 5 0.1732 0.7352 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2052795 1 0.2753 0.7766 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR2052794 5 0.1364 0.7317 0.012 0.000 0.000 0.036 0.952
#> SRR2052793 5 0.2513 0.7220 0.116 0.000 0.000 0.008 0.876
#> SRR2052792 3 0.6056 0.2139 0.000 0.000 0.536 0.140 0.324
#> SRR2052791 5 0.6141 0.5195 0.064 0.000 0.172 0.104 0.660
#> SRR2052790 3 0.3837 0.6234 0.000 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.1121 0.8466 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.1043 0.8475 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.1341 0.7299 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.3885 0.6577 0.000 0.268 0.724 0.008 0.000
#> SRR2052784 2 0.3684 0.5324 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.3861 0.5563 0.000 0.728 0.264 0.008 0.000
#> SRR2052782 2 0.2966 0.6485 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.3885 0.5495 0.000 0.724 0.268 0.008 0.000
#> SRR2052780 3 0.1121 0.8468 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.2377 0.6948 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.3003 0.6447 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.1651 0.8370 0.000 0.012 0.944 0.036 0.008
#> SRR2052776 3 0.4201 0.5794 0.000 0.328 0.664 0.008 0.000
#> SRR2052775 3 0.1205 0.8470 0.000 0.040 0.956 0.004 0.000
#> SRR2052773 3 0.4025 0.6312 0.000 0.292 0.700 0.008 0.000
#> SRR2052772 3 0.0794 0.8480 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.2763 0.7764 0.000 0.148 0.848 0.004 0.000
#> SRR2052771 5 0.6314 0.5790 0.160 0.000 0.100 0.088 0.652
#> SRR2052769 3 0.3857 0.6038 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR2052770 3 0.0693 0.8457 0.000 0.012 0.980 0.008 0.000
#> SRR2052768 2 0.2681 0.7182 0.000 0.876 0.012 0.108 0.004
#> SRR2052767 2 0.3402 0.6813 0.008 0.804 0.000 0.184 0.004
#> SRR2052766 3 0.3532 0.7407 0.000 0.000 0.824 0.128 0.048
#> SRR2052765 2 0.3236 0.6966 0.000 0.828 0.020 0.152 0.000
#> SRR2052763 3 0.1924 0.8224 0.000 0.004 0.924 0.064 0.008
#> SRR2052764 2 0.4930 0.5768 0.052 0.676 0.000 0.268 0.004
#> SRR2052761 3 0.1830 0.8191 0.000 0.000 0.924 0.068 0.008
#> SRR2052760 2 0.1202 0.7352 0.000 0.960 0.004 0.032 0.004
#> SRR2052759 3 0.1670 0.8237 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR2052762 2 0.2674 0.6885 0.000 0.856 0.140 0.004 0.000
#> SRR2052758 3 0.0880 0.8480 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.1704 0.7894 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR2052757 3 0.4201 0.5713 0.000 0.328 0.664 0.008 0.000
#> SRR2052755 1 0.1894 0.7844 0.920 0.008 0.000 0.072 0.000
#> SRR2052754 5 0.2338 0.7249 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884
#> SRR2052753 1 0.1892 0.7830 0.916 0.004 0.000 0.080 0.000
#> SRR2052752 1 0.4046 0.5821 0.696 0.000 0.000 0.008 0.296
#> SRR2052750 1 0.0963 0.8038 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052751 3 0.3861 0.6590 0.000 0.264 0.728 0.008 0.000
#> SRR2052748 3 0.2761 0.7830 0.000 0.000 0.872 0.104 0.024
#> SRR2052747 1 0.2424 0.7829 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2052746 3 0.0932 0.8403 0.000 0.004 0.972 0.020 0.004
#> SRR2052745 3 0.2332 0.8111 0.000 0.004 0.904 0.076 0.016
#> SRR2052744 1 0.2017 0.7815 0.912 0.008 0.000 0.080 0.000
#> SRR2052741 2 0.4019 0.6915 0.072 0.820 0.012 0.092 0.004
#> SRR2052743 2 0.1990 0.7326 0.004 0.928 0.012 0.052 0.004
#> SRR2052740 2 0.4801 0.6185 0.092 0.732 0.000 0.172 0.004
#> SRR2052742 3 0.4356 0.5316 0.000 0.340 0.648 0.012 0.000
#> SRR2052739 2 0.2722 0.7168 0.000 0.872 0.020 0.108 0.000
#> SRR2052738 3 0.2006 0.8134 0.000 0.000 0.916 0.072 0.012
#> SRR2052736 2 0.6529 0.3644 0.256 0.512 0.000 0.228 0.004
#> SRR2052735 1 0.3264 0.7335 0.840 0.024 0.000 0.132 0.004
#> SRR2052734 1 0.4332 0.6575 0.768 0.064 0.000 0.164 0.004
#> SRR2052737 2 0.1952 0.7183 0.000 0.912 0.084 0.004 0.000
#> SRR2052733 3 0.1740 0.8221 0.000 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR2052732 2 0.5409 0.4985 0.064 0.600 0.000 0.332 0.004
#> SRR2052731 3 0.0290 0.8462 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.1579 0.8034 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032
#> SRR2052728 1 0.2077 0.7800 0.908 0.008 0.000 0.084 0.000
#> SRR2052730 4 0.4526 0.3750 0.000 0.000 0.300 0.672 0.028
#> SRR2052727 1 0.1410 0.8019 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052725 2 0.6717 0.2587 0.216 0.440 0.000 0.340 0.004
#> SRR2052726 1 0.2818 0.7511 0.860 0.008 0.000 0.128 0.004
#> SRR2052724 1 0.2753 0.7766 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR2052723 3 0.3090 0.7695 0.000 0.000 0.856 0.104 0.040
#> SRR2052722 3 0.1043 0.8472 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.1668 0.8031 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032
#> SRR2052720 2 0.1197 0.7318 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.2488 0.7071 0.000 0.872 0.000 0.124 0.004
#> SRR2052718 1 0.3527 0.7151 0.820 0.028 0.000 0.148 0.004
#> SRR2052717 2 0.1697 0.7321 0.000 0.932 0.060 0.008 0.000
#> SRR2052714 1 0.4151 0.7311 0.800 0.000 0.040 0.024 0.136
#> SRR2052716 3 0.2519 0.7924 0.000 0.000 0.884 0.100 0.016
#> SRR2052715 3 0.1043 0.8475 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.2439 0.7878 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR2052712 4 0.4473 0.3960 0.000 0.000 0.020 0.656 0.324
#> SRR2052711 4 0.7411 0.1094 0.352 0.060 0.000 0.428 0.160
#> SRR2052710 2 0.4373 0.6092 0.000 0.760 0.080 0.160 0.000
#> SRR2052707 3 0.1331 0.8451 0.000 0.040 0.952 0.008 0.000
#> SRR2052709 3 0.1121 0.8466 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.1697 0.8228 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR2052705 2 0.1843 0.7334 0.004 0.936 0.012 0.044 0.004
#> SRR2052697 2 0.5509 0.5537 0.104 0.644 0.000 0.248 0.004
#> SRR2052703 3 0.1205 0.8464 0.000 0.040 0.956 0.004 0.000
#> SRR2052696 1 0.2536 0.7826 0.868 0.000 0.000 0.004 0.128
#> SRR2052706 2 0.5114 0.3854 0.000 0.608 0.052 0.340 0.000
#> SRR2052695 2 0.1357 0.7314 0.000 0.948 0.048 0.004 0.000
#> SRR2052694 2 0.1197 0.7318 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0854 0.8453 0.000 0.012 0.976 0.008 0.004
#> SRR2052693 3 0.3861 0.6590 0.000 0.264 0.728 0.008 0.000
#> SRR2052691 1 0.2972 0.7508 0.864 0.024 0.000 0.108 0.004
#> SRR2052690 2 0.6127 0.2122 0.424 0.484 0.012 0.076 0.004
#> SRR2052689 4 0.4679 0.3711 0.000 0.000 0.316 0.652 0.032
#> SRR2052687 4 0.5487 0.5547 0.000 0.200 0.132 0.664 0.004
#> SRR2052686 1 0.5929 0.3777 0.572 0.116 0.000 0.308 0.004
#> SRR2052688 2 0.2773 0.7162 0.000 0.868 0.020 0.112 0.000
#> SRR2052684 3 0.3216 0.7628 0.000 0.000 0.848 0.108 0.044
#> SRR2052685 2 0.3128 0.6927 0.004 0.824 0.000 0.168 0.004
#> SRR2052683 5 0.4242 0.0789 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2052681 4 0.4944 0.5733 0.000 0.288 0.024 0.668 0.020
#> SRR2052680 4 0.5564 0.5080 0.000 0.056 0.028 0.648 0.268
#> SRR2052682 2 0.6635 0.3169 0.284 0.484 0.000 0.228 0.004
#> SRR2052679 1 0.1410 0.8019 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052678 3 0.1270 0.8440 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.3612 0.5969 0.000 0.764 0.228 0.008 0.000
#> SRR2052675 2 0.5509 0.5537 0.104 0.644 0.000 0.248 0.004
#> SRR2052676 1 0.2519 0.7985 0.900 0.004 0.000 0.060 0.036
#> SRR2052674 4 0.4425 0.5266 0.000 0.296 0.024 0.680 0.000
#> SRR2052672 3 0.1043 0.8475 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.5976 0.4913 0.144 0.592 0.000 0.260 0.004
#> SRR2052671 2 0.3439 0.6796 0.008 0.800 0.000 0.188 0.004
#> SRR2052670 3 0.0963 0.8477 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.1608 0.7252 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.4853 0.6740 0.092 0.776 0.040 0.088 0.004
#> SRR2052667 2 0.2670 0.7170 0.000 0.888 0.028 0.080 0.004
#> SRR2052666 3 0.1471 0.8453 0.000 0.024 0.952 0.020 0.004
#> SRR2052665 2 0.2386 0.7346 0.004 0.912 0.032 0.048 0.004
#> SRR2052664 5 0.6366 0.3423 0.204 0.000 0.000 0.284 0.512
#> SRR2052663 2 0.4820 0.6019 0.056 0.700 0.000 0.240 0.004
#> SRR2052662 2 0.1121 0.7324 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.3080 0.7431 0.852 0.020 0.000 0.124 0.004
#> SRR2052660 3 0.1074 0.8439 0.000 0.012 0.968 0.016 0.004
#> SRR2052659 3 0.2448 0.7974 0.000 0.000 0.892 0.088 0.020
#> SRR2052658 2 0.1990 0.7326 0.004 0.928 0.012 0.052 0.004
#> SRR2052657 1 0.2583 0.7805 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 6 0.4855 0.480203 0.000 0.380 0.000 0.064 0.000 0.556
#> SRR2052701 6 0.3534 0.629239 0.000 0.276 0.000 0.008 0.000 0.716
#> SRR2052700 4 0.5107 0.593308 0.004 0.144 0.000 0.668 0.008 0.176
#> SRR2052699 2 0.6164 0.218488 0.200 0.560 0.000 0.020 0.012 0.208
#> SRR2052698 2 0.4076 0.066618 0.000 0.564 0.428 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052708 1 0.2100 0.718868 0.916 0.000 0.000 0.016 0.036 0.032
#> SRR2052749 1 0.2188 0.717561 0.912 0.000 0.000 0.020 0.032 0.036
#> SRR2052786 2 0.2809 0.509972 0.000 0.824 0.004 0.000 0.004 0.168
#> SRR2052825 4 0.3402 0.690318 0.000 0.020 0.000 0.800 0.168 0.012
#> SRR2052824 4 0.3367 0.693973 0.000 0.020 0.000 0.804 0.164 0.012
#> SRR2052823 6 0.5395 0.309332 0.000 0.404 0.000 0.080 0.012 0.504
#> SRR2052822 2 0.3134 0.541418 0.000 0.784 0.208 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052821 2 0.4282 0.555332 0.000 0.780 0.084 0.072 0.000 0.064
#> SRR2052820 3 0.5029 0.568598 0.008 0.008 0.740 0.100 0.048 0.096
#> SRR2052819 4 0.6072 0.547620 0.000 0.088 0.176 0.624 0.104 0.008
#> SRR2052818 4 0.4295 0.647415 0.000 0.112 0.000 0.728 0.000 0.160
#> SRR2052817 3 0.3892 0.566273 0.000 0.352 0.640 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052816 4 0.5046 0.576596 0.004 0.088 0.000 0.660 0.012 0.236
#> SRR2052815 4 0.3331 0.695806 0.000 0.020 0.000 0.808 0.160 0.012
#> SRR2052814 2 0.3290 0.524193 0.000 0.820 0.004 0.044 0.000 0.132
#> SRR2052813 2 0.2573 0.556335 0.000 0.864 0.024 0.000 0.000 0.112
#> SRR2052812 2 0.4806 0.096176 0.000 0.592 0.004 0.056 0.000 0.348
#> SRR2052811 6 0.4876 0.498335 0.000 0.368 0.000 0.068 0.000 0.564
#> SRR2052810 4 0.3674 0.711517 0.000 0.096 0.000 0.808 0.012 0.084
#> SRR2052809 2 0.3011 0.558728 0.000 0.800 0.192 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052808 2 0.5317 0.201498 0.000 0.556 0.028 0.372 0.008 0.036
#> SRR2052807 5 0.2278 0.680081 0.000 0.000 0.000 0.128 0.868 0.004
#> SRR2052806 1 0.3221 0.485416 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR2052805 1 0.3330 0.452524 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR2052804 4 0.4675 0.537944 0.000 0.000 0.064 0.748 0.092 0.096
#> SRR2052803 1 0.2941 0.559676 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR2052802 5 0.3561 0.647238 0.000 0.000 0.012 0.160 0.796 0.032
#> SRR2052801 5 0.1866 0.761815 0.084 0.000 0.000 0.008 0.908 0.000
#> SRR2052800 5 0.3525 0.647280 0.000 0.000 0.012 0.156 0.800 0.032
#> SRR2052799 5 0.1838 0.759070 0.068 0.000 0.000 0.016 0.916 0.000
#> SRR2052798 1 0.2024 0.721034 0.920 0.000 0.000 0.016 0.028 0.036
#> SRR2052797 2 0.2163 0.597652 0.000 0.892 0.096 0.004 0.000 0.008
#> SRR2052796 5 0.2118 0.761223 0.104 0.000 0.000 0.008 0.888 0.000
#> SRR2052795 1 0.2259 0.716342 0.908 0.000 0.000 0.020 0.032 0.040
#> SRR2052794 5 0.2697 0.749328 0.068 0.000 0.000 0.048 0.876 0.008
#> SRR2052793 5 0.2896 0.736050 0.160 0.000 0.000 0.016 0.824 0.000
#> SRR2052792 3 0.6432 0.205049 0.000 0.000 0.548 0.124 0.232 0.096
#> SRR2052791 5 0.8121 0.318445 0.120 0.000 0.272 0.120 0.392 0.096
#> SRR2052790 2 0.3547 0.341660 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.2883 0.789946 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.2793 0.797281 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.2700 0.520119 0.000 0.836 0.004 0.000 0.004 0.156
#> SRR2052785 2 0.3986 0.193844 0.000 0.608 0.384 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052784 2 0.2234 0.596037 0.000 0.872 0.124 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.2809 0.581771 0.000 0.824 0.168 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052782 2 0.2135 0.595255 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.3104 0.544974 0.000 0.788 0.204 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052780 3 0.2823 0.795440 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.1806 0.597672 0.000 0.908 0.088 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052779 2 0.2178 0.594558 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.2350 0.790173 0.000 0.100 0.880 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.3684 0.393387 0.000 0.692 0.300 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052775 3 0.3023 0.788146 0.000 0.212 0.784 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052773 2 0.3918 0.271862 0.000 0.632 0.360 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052772 3 0.2793 0.797281 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.3899 0.452161 0.000 0.404 0.592 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052771 1 0.8375 -0.334582 0.328 0.000 0.176 0.104 0.288 0.104
#> SRR2052769 2 0.3874 0.286651 0.000 0.636 0.356 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052770 3 0.2697 0.800399 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.4134 0.199827 0.000 0.640 0.004 0.016 0.000 0.340
#> SRR2052767 6 0.4872 0.472411 0.000 0.388 0.000 0.064 0.000 0.548
#> SRR2052766 3 0.4569 0.575293 0.000 0.000 0.756 0.104 0.064 0.076
#> SRR2052765 2 0.5446 0.008543 0.000 0.540 0.004 0.120 0.000 0.336
#> SRR2052763 3 0.1777 0.741846 0.000 0.012 0.932 0.024 0.032 0.000
#> SRR2052764 6 0.4934 0.600962 0.000 0.264 0.000 0.108 0.000 0.628
#> SRR2052761 3 0.4398 0.678024 0.004 0.036 0.800 0.056 0.044 0.060
#> SRR2052760 2 0.3741 0.257843 0.000 0.672 0.000 0.008 0.000 0.320
#> SRR2052759 3 0.1718 0.752236 0.000 0.020 0.936 0.020 0.024 0.000
#> SRR2052762 2 0.3180 0.584196 0.000 0.852 0.072 0.004 0.012 0.060
#> SRR2052758 3 0.2730 0.798942 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.3583 0.670954 0.728 0.000 0.000 0.004 0.008 0.260
#> SRR2052757 2 0.3864 0.305380 0.000 0.648 0.344 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052755 1 0.3665 0.651904 0.696 0.000 0.000 0.004 0.004 0.296
#> SRR2052754 5 0.3250 0.720663 0.196 0.000 0.000 0.012 0.788 0.004
#> SRR2052753 1 0.3646 0.653835 0.700 0.000 0.000 0.004 0.004 0.292
#> SRR2052752 1 0.2847 0.665568 0.852 0.000 0.000 0.012 0.120 0.016
#> SRR2052750 1 0.0790 0.742352 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052751 2 0.4840 0.240921 0.004 0.600 0.356 0.008 0.016 0.016
#> SRR2052748 3 0.4008 0.621854 0.000 0.000 0.796 0.096 0.040 0.068
#> SRR2052747 1 0.1082 0.734308 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR2052746 3 0.2492 0.792494 0.000 0.100 0.876 0.004 0.020 0.000
#> SRR2052745 3 0.3116 0.686212 0.000 0.004 0.864 0.056 0.040 0.036
#> SRR2052744 1 0.3646 0.654668 0.700 0.000 0.000 0.004 0.004 0.292
#> SRR2052741 2 0.4150 0.291933 0.000 0.612 0.000 0.004 0.012 0.372
#> SRR2052743 2 0.3764 0.418396 0.000 0.724 0.000 0.008 0.012 0.256
#> SRR2052740 6 0.3746 0.577283 0.000 0.272 0.000 0.004 0.012 0.712
#> SRR2052742 2 0.4551 0.373343 0.000 0.656 0.300 0.004 0.016 0.024
#> SRR2052739 2 0.4884 0.081956 0.000 0.592 0.004 0.064 0.000 0.340
#> SRR2052738 3 0.1592 0.729465 0.000 0.000 0.940 0.020 0.032 0.008
#> SRR2052736 6 0.3579 0.621740 0.068 0.112 0.000 0.004 0.004 0.812
#> SRR2052735 1 0.4235 0.448050 0.540 0.004 0.000 0.004 0.004 0.448
#> SRR2052734 6 0.4151 0.272583 0.276 0.024 0.000 0.004 0.004 0.692
#> SRR2052737 2 0.3121 0.563491 0.000 0.836 0.044 0.000 0.004 0.116
#> SRR2052733 3 0.2042 0.757234 0.000 0.032 0.920 0.024 0.024 0.000
#> SRR2052732 6 0.4792 0.557962 0.000 0.132 0.000 0.200 0.000 0.668
#> SRR2052731 3 0.2491 0.803631 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.1910 0.730022 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2052728 1 0.3830 0.571467 0.620 0.000 0.000 0.000 0.004 0.376
#> SRR2052730 4 0.3350 0.619602 0.000 0.008 0.120 0.828 0.004 0.040
#> SRR2052727 1 0.0692 0.742669 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2052725 6 0.3900 0.565852 0.048 0.052 0.000 0.084 0.004 0.812
#> SRR2052726 1 0.4230 0.455760 0.544 0.004 0.000 0.004 0.004 0.444
#> SRR2052724 1 0.2259 0.716342 0.908 0.000 0.000 0.020 0.032 0.040
#> SRR2052723 3 0.4798 0.552507 0.000 0.000 0.736 0.108 0.060 0.096
#> SRR2052722 3 0.2854 0.792880 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.1957 0.729180 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2052720 2 0.2845 0.505955 0.000 0.820 0.004 0.000 0.004 0.172
#> SRR2052719 2 0.4864 -0.041022 0.000 0.552 0.000 0.064 0.000 0.384
#> SRR2052718 6 0.4242 -0.302386 0.456 0.004 0.000 0.004 0.004 0.532
#> SRR2052717 2 0.3100 0.559487 0.000 0.848 0.028 0.004 0.012 0.108
#> SRR2052714 1 0.2993 0.691746 0.876 0.000 0.012 0.032 0.036 0.044
#> SRR2052716 3 0.4875 0.579504 0.004 0.008 0.748 0.100 0.048 0.092
#> SRR2052715 3 0.2823 0.795440 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.1225 0.737812 0.952 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR2052712 4 0.3121 0.653013 0.000 0.004 0.000 0.796 0.192 0.008
#> SRR2052711 6 0.7611 -0.167016 0.212 0.020 0.000 0.316 0.096 0.356
#> SRR2052710 2 0.5097 0.489445 0.000 0.688 0.028 0.188 0.004 0.092
#> SRR2052707 3 0.3023 0.787268 0.000 0.212 0.784 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052709 3 0.2883 0.789946 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.2574 0.758830 0.000 0.048 0.896 0.020 0.008 0.028
#> SRR2052705 2 0.3642 0.438782 0.000 0.744 0.000 0.008 0.012 0.236
#> SRR2052697 6 0.3776 0.650655 0.000 0.196 0.000 0.048 0.000 0.756
#> SRR2052703 3 0.2994 0.790794 0.000 0.208 0.788 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052696 1 0.0790 0.735122 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2052706 2 0.5885 0.000745 0.000 0.472 0.020 0.388 0.000 0.120
#> SRR2052695 2 0.2738 0.501595 0.000 0.820 0.004 0.000 0.000 0.176
#> SRR2052694 2 0.2738 0.501595 0.000 0.820 0.004 0.000 0.000 0.176
#> SRR2052692 3 0.2632 0.803464 0.000 0.164 0.832 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052693 2 0.3996 0.187392 0.000 0.604 0.388 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052691 1 0.4214 0.621788 0.656 0.008 0.000 0.004 0.012 0.320
#> SRR2052690 2 0.6616 0.069782 0.272 0.476 0.008 0.012 0.012 0.220
#> SRR2052689 4 0.3264 0.618773 0.000 0.004 0.136 0.820 0.000 0.040
#> SRR2052687 4 0.4559 0.689781 0.000 0.088 0.088 0.764 0.004 0.056
#> SRR2052686 6 0.4268 0.469533 0.148 0.020 0.000 0.064 0.004 0.764
#> SRR2052688 2 0.4867 0.142126 0.000 0.608 0.004 0.068 0.000 0.320
#> SRR2052684 3 0.5129 0.527105 0.004 0.000 0.716 0.116 0.068 0.096
#> SRR2052685 2 0.5291 -0.151229 0.000 0.492 0.000 0.068 0.012 0.428
#> SRR2052683 5 0.4321 0.375455 0.400 0.000 0.000 0.012 0.580 0.008
#> SRR2052681 4 0.3450 0.672818 0.000 0.188 0.000 0.780 0.000 0.032
#> SRR2052680 4 0.3367 0.693973 0.000 0.020 0.000 0.804 0.164 0.012
#> SRR2052682 6 0.3607 0.613307 0.084 0.096 0.000 0.004 0.004 0.812
#> SRR2052679 1 0.0692 0.742669 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2052678 3 0.2883 0.787806 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.2662 0.589238 0.000 0.840 0.152 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052675 6 0.3394 0.641225 0.000 0.236 0.000 0.012 0.000 0.752
#> SRR2052676 1 0.2838 0.704016 0.808 0.000 0.000 0.000 0.004 0.188
#> SRR2052674 4 0.4240 0.686818 0.000 0.112 0.004 0.756 0.004 0.124
#> SRR2052672 3 0.2793 0.796239 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052673 6 0.3121 0.634592 0.044 0.116 0.000 0.000 0.004 0.836
#> SRR2052671 6 0.4872 0.472411 0.000 0.388 0.000 0.064 0.000 0.548
#> SRR2052670 3 0.2793 0.797281 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.3122 0.528888 0.000 0.816 0.020 0.000 0.004 0.160
#> SRR2052668 2 0.4465 0.414034 0.012 0.680 0.012 0.004 0.012 0.280
#> SRR2052667 2 0.4856 0.459090 0.000 0.696 0.008 0.120 0.004 0.172
#> SRR2052666 3 0.3053 0.802238 0.000 0.168 0.812 0.000 0.020 0.000
#> SRR2052665 2 0.3766 0.518509 0.000 0.784 0.024 0.008 0.012 0.172
#> SRR2052664 5 0.5919 0.462183 0.264 0.000 0.000 0.212 0.516 0.008
#> SRR2052663 6 0.4738 0.602929 0.000 0.276 0.000 0.084 0.000 0.640
#> SRR2052662 2 0.2879 0.503999 0.000 0.816 0.004 0.000 0.004 0.176
#> SRR2052661 1 0.4070 0.496946 0.568 0.000 0.000 0.004 0.004 0.424
#> SRR2052660 3 0.2454 0.803451 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.3924 0.639106 0.004 0.008 0.820 0.056 0.040 0.072
#> SRR2052658 2 0.4040 0.428613 0.004 0.716 0.004 0.008 0.012 0.256
#> SRR2052657 1 0.0790 0.735122 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.513 0.796 0.910 0.4963 0.508 0.508
#> 3 3 0.687 0.780 0.904 0.3458 0.692 0.462
#> 4 4 0.855 0.833 0.933 0.1038 0.882 0.669
#> 5 5 0.728 0.675 0.817 0.0716 0.870 0.572
#> 6 6 0.738 0.674 0.792 0.0444 0.910 0.622
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 1 0.8267 0.6267 0.740 0.260
#> SRR2052701 1 0.7219 0.7213 0.800 0.200
#> SRR2052700 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052699 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052698 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.7745 0.7157 0.228 0.772
#> SRR2052825 1 0.7674 0.7176 0.776 0.224
#> SRR2052824 2 0.9977 -0.0233 0.472 0.528
#> SRR2052823 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052822 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052820 2 0.7602 0.6666 0.220 0.780
#> SRR2052819 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052818 1 0.8443 0.6045 0.728 0.272
#> SRR2052817 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.5946 0.7916 0.856 0.144
#> SRR2052815 2 0.9933 0.0601 0.452 0.548
#> SRR2052814 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052813 2 0.7056 0.7497 0.192 0.808
#> SRR2052812 2 0.8016 0.6980 0.244 0.756
#> SRR2052811 1 0.8207 0.6339 0.744 0.256
#> SRR2052810 2 0.9866 0.1769 0.432 0.568
#> SRR2052809 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052807 1 0.7950 0.6809 0.760 0.240
#> SRR2052806 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.9775 0.3363 0.588 0.412
#> SRR2052803 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052802 2 0.9087 0.4928 0.324 0.676
#> SRR2052801 1 0.7056 0.7405 0.808 0.192
#> SRR2052800 1 0.9896 0.2522 0.560 0.440
#> SRR2052799 1 0.7056 0.7405 0.808 0.192
#> SRR2052798 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.8016 0.6754 0.756 0.244
#> SRR2052793 1 0.7056 0.7405 0.808 0.192
#> SRR2052792 2 0.6973 0.7090 0.188 0.812
#> SRR2052791 2 0.9970 0.0736 0.468 0.532
#> SRR2052790 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.7674 0.7199 0.224 0.776
#> SRR2052785 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.8016 0.6754 0.756 0.244
#> SRR2052769 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052770 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.8016 0.6980 0.244 0.756
#> SRR2052767 2 0.9922 0.2692 0.448 0.552
#> SRR2052766 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052765 2 0.8016 0.6980 0.244 0.756
#> SRR2052763 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052764 1 0.7219 0.7213 0.800 0.200
#> SRR2052761 2 0.0938 0.8743 0.012 0.988
#> SRR2052760 2 0.8016 0.6980 0.244 0.756
#> SRR2052759 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.1633 0.8886 0.976 0.024
#> SRR2052750 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052748 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052744 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052741 1 0.3733 0.8540 0.928 0.072
#> SRR2052743 2 0.8144 0.6875 0.252 0.748
#> SRR2052740 1 0.7602 0.7005 0.780 0.220
#> SRR2052742 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052739 2 0.8016 0.6980 0.244 0.756
#> SRR2052738 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052736 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.7219 0.7431 0.200 0.800
#> SRR2052733 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052732 1 0.7056 0.7322 0.808 0.192
#> SRR2052731 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052730 2 0.7745 0.6662 0.228 0.772
#> SRR2052727 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052726 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052723 2 0.7219 0.6937 0.200 0.800
#> SRR2052722 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.7376 0.7355 0.208 0.792
#> SRR2052719 2 0.8016 0.6980 0.244 0.756
#> SRR2052718 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.7056 0.7497 0.192 0.808
#> SRR2052714 1 0.7219 0.7313 0.800 0.200
#> SRR2052716 2 0.4022 0.8238 0.080 0.920
#> SRR2052715 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.7376 0.7215 0.792 0.208
#> SRR2052711 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052710 2 0.2043 0.8653 0.032 0.968
#> SRR2052707 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.8016 0.6980 0.244 0.756
#> SRR2052697 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052703 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052695 2 0.7219 0.7431 0.200 0.800
#> SRR2052694 2 0.7299 0.7394 0.204 0.796
#> SRR2052692 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052691 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052690 1 0.2948 0.8694 0.948 0.052
#> SRR2052689 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052687 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052686 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.8016 0.6980 0.244 0.756
#> SRR2052684 2 0.7219 0.6937 0.200 0.800
#> SRR2052685 1 0.4298 0.8432 0.912 0.088
#> SRR2052683 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.7139 0.7270 0.804 0.196
#> SRR2052680 2 0.9963 0.0108 0.464 0.536
#> SRR2052682 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052675 1 0.4939 0.8253 0.892 0.108
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.7883 0.6664 0.236 0.764
#> SRR2052672 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052673 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052671 1 0.8081 0.6478 0.752 0.248
#> SRR2052670 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.7139 0.7465 0.196 0.804
#> SRR2052668 1 0.5737 0.7895 0.864 0.136
#> SRR2052667 2 0.9815 0.3522 0.420 0.580
#> SRR2052666 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.7376 0.7355 0.208 0.792
#> SRR2052664 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052663 1 0.7056 0.7322 0.808 0.192
#> SRR2052662 2 0.7883 0.7070 0.236 0.764
#> SRR2052661 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
#> SRR2052660 2 0.0000 0.8815 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.7219 0.6937 0.200 0.800
#> SRR2052658 1 0.3733 0.8540 0.928 0.072
#> SRR2052657 1 0.0000 0.9017 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052700 1 0.5098 0.5904 0.752 0.248 0.000
#> SRR2052699 1 0.4654 0.7383 0.792 0.208 0.000
#> SRR2052698 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052825 1 0.3816 0.7280 0.852 0.148 0.000
#> SRR2052824 1 0.7850 0.3933 0.608 0.076 0.316
#> SRR2052823 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052822 3 0.1860 0.8935 0.000 0.052 0.948
#> SRR2052821 2 0.6008 0.4213 0.000 0.628 0.372
#> SRR2052820 3 0.4002 0.7636 0.160 0.000 0.840
#> SRR2052819 3 0.4605 0.7331 0.204 0.000 0.796
#> SRR2052818 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052815 1 0.9066 0.3253 0.540 0.284 0.176
#> SRR2052814 2 0.4605 0.6973 0.000 0.796 0.204
#> SRR2052813 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052810 2 0.4605 0.6710 0.204 0.796 0.000
#> SRR2052809 3 0.6215 0.1694 0.000 0.428 0.572
#> SRR2052808 3 0.3889 0.8493 0.084 0.032 0.884
#> SRR2052807 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.6274 0.0892 0.544 0.000 0.456
#> SRR2052803 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 3 0.5905 0.4714 0.352 0.000 0.648
#> SRR2052801 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.6267 0.1028 0.548 0.000 0.452
#> SRR2052799 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.5882 0.4697 0.000 0.652 0.348
#> SRR2052796 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 3 0.4605 0.7331 0.204 0.000 0.796
#> SRR2052791 1 0.6126 0.2560 0.600 0.000 0.400
#> SRR2052790 3 0.3482 0.8125 0.000 0.128 0.872
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052784 3 0.5291 0.6055 0.000 0.268 0.732
#> SRR2052783 3 0.5216 0.6058 0.000 0.260 0.740
#> SRR2052782 2 0.5882 0.4697 0.000 0.652 0.348
#> SRR2052781 3 0.2878 0.8492 0.000 0.096 0.904
#> SRR2052780 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.4887 0.6670 0.000 0.772 0.228
#> SRR2052779 2 0.5882 0.4697 0.000 0.652 0.348
#> SRR2052778 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052776 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052775 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052773 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052769 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052770 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052766 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052765 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052762 3 0.6274 0.1128 0.000 0.456 0.544
#> SRR2052758 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.4605 0.7417 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.4605 0.7417 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.4605 0.7417 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052751 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052748 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052745 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052744 1 0.4605 0.7417 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 3 0.0892 0.9210 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052739 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.4399 0.6665 0.188 0.812 0.000
#> SRR2052735 1 0.5591 0.6309 0.696 0.304 0.000
#> SRR2052734 2 0.6154 0.1653 0.408 0.592 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052732 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.4605 0.7417 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052728 1 0.5497 0.6489 0.708 0.292 0.000
#> SRR2052730 3 0.5291 0.6361 0.268 0.000 0.732
#> SRR2052727 1 0.4605 0.7417 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052725 2 0.5678 0.4222 0.316 0.684 0.000
#> SRR2052726 1 0.5529 0.6431 0.704 0.296 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052722 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.4605 0.7417 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052718 1 0.5497 0.6489 0.708 0.292 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052714 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052716 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052715 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.0424 0.8305 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052711 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052710 2 0.4555 0.6912 0.000 0.800 0.200
#> SRR2052707 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052704 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.5465 0.5766 0.000 0.712 0.288
#> SRR2052695 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052693 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052691 1 0.5497 0.6489 0.708 0.292 0.000
#> SRR2052690 1 0.5948 0.5305 0.640 0.360 0.000
#> SRR2052689 3 0.4605 0.7331 0.204 0.000 0.796
#> SRR2052687 3 0.4605 0.7331 0.204 0.000 0.796
#> SRR2052686 1 0.5497 0.6489 0.708 0.292 0.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052684 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052685 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052681 2 0.7777 0.2131 0.416 0.532 0.052
#> SRR2052680 1 0.9119 0.3722 0.548 0.228 0.224
#> SRR2052682 2 0.5591 0.4514 0.304 0.696 0.000
#> SRR2052679 1 0.4605 0.7417 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.6168 0.3278 0.000 0.588 0.412
#> SRR2052675 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.4605 0.7417 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052674 2 0.4605 0.6710 0.204 0.796 0.000
#> SRR2052672 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.6192 0.1276 0.420 0.580 0.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052666 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.8747 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.5497 0.6489 0.708 0.292 0.000
#> SRR2052660 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052659 3 0.0000 0.9353 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.3482 0.7492 0.128 0.872 0.000
#> SRR2052657 1 0.0000 0.8352 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052700 4 0.2401 0.8133 0.092 0.004 0.000 0.904
#> SRR2052699 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052698 3 0.0188 0.9441 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052708 1 0.0336 0.9058 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052749 1 0.0336 0.9058 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052786 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052825 4 0.0188 0.8790 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052824 4 0.0188 0.8790 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052823 2 0.0188 0.9235 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052822 3 0.0524 0.9386 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2052821 2 0.4018 0.6990 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR2052820 3 0.3910 0.7493 0.156 0.000 0.820 0.024
#> SRR2052819 4 0.3569 0.7077 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR2052818 4 0.4985 -0.0283 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR2052817 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052816 4 0.3751 0.6967 0.196 0.004 0.000 0.800
#> SRR2052815 4 0.0188 0.8790 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052814 2 0.3610 0.6998 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR2052813 2 0.0376 0.9234 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2052812 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052811 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052810 4 0.1118 0.8621 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR2052809 2 0.5112 0.2662 0.000 0.560 0.436 0.004
#> SRR2052808 4 0.1004 0.8680 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR2052807 4 0.0188 0.8780 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052806 1 0.0336 0.9058 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052805 1 0.0336 0.9058 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052804 4 0.0188 0.8788 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052803 1 0.0336 0.9058 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052802 4 0.0188 0.8788 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052801 1 0.5000 0.0205 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR2052800 4 0.0188 0.8788 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052799 4 0.4746 0.3806 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR2052798 1 0.0188 0.9069 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052797 2 0.2530 0.8402 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR2052796 1 0.4661 0.4641 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2052795 1 0.0336 0.9058 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052794 4 0.4761 0.3710 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2052793 1 0.4661 0.4641 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2052792 3 0.4331 0.5922 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR2052791 3 0.7685 0.0469 0.256 0.000 0.456 0.288
#> SRR2052790 3 0.0188 0.9441 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052785 3 0.0188 0.9441 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052784 3 0.3791 0.7236 0.000 0.200 0.796 0.004
#> SRR2052783 3 0.5163 -0.0186 0.000 0.480 0.516 0.004
#> SRR2052782 2 0.2714 0.8271 0.000 0.884 0.112 0.004
#> SRR2052781 3 0.1004 0.9245 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR2052780 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.0524 0.9211 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052779 2 0.3105 0.7978 0.000 0.856 0.140 0.004
#> SRR2052778 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052776 3 0.0188 0.9441 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052775 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.0188 0.9441 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052771 1 0.4992 0.0961 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR2052769 3 0.1557 0.9007 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2052770 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052767 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052766 3 0.3444 0.7596 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR2052765 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052763 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052759 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052762 3 0.4925 0.2552 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR2052758 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.0188 0.9441 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052755 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.4679 0.4553 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR2052753 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0336 0.9058 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052750 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052747 1 0.0188 0.9069 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052746 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052744 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0469 0.9193 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0336 0.9217 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052742 3 0.0524 0.9388 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR2052739 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052738 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052736 2 0.3400 0.7385 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.2469 0.7980 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0524 0.9211 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052733 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052732 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.0188 0.8788 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052727 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.7307 0.0487 0.404 0.444 0.000 0.152
#> SRR2052726 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0336 0.9058 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052723 3 0.1211 0.9187 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR2052722 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052719 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052718 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052714 1 0.0817 0.8949 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052716 3 0.1637 0.9013 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052715 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.0188 0.9069 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052712 4 0.0188 0.8780 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052711 1 0.4741 0.4993 0.668 0.004 0.000 0.328
#> SRR2052710 2 0.5268 0.3867 0.000 0.592 0.012 0.396
#> SRR2052707 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0336 0.9217 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.0188 0.9069 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052706 2 0.1510 0.9016 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR2052695 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052694 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052692 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.0188 0.9441 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052691 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052690 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 4 0.0469 0.8763 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052687 4 0.0336 0.8774 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052686 1 0.0188 0.9052 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052684 3 0.1118 0.9218 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR2052685 2 0.0188 0.9235 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052683 1 0.3837 0.6778 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2052681 4 0.0188 0.8790 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052680 4 0.0188 0.8790 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052682 1 0.4877 0.3008 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.4741 0.5369 0.000 0.668 0.328 0.004
#> SRR2052675 2 0.0336 0.9217 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9076 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 4 0.1302 0.8564 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR2052672 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.0336 0.9217 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052668 1 0.2530 0.7929 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.3219 0.7845 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR2052666 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052664 4 0.4817 0.3291 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR2052663 2 0.0000 0.9247 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0188 0.9246 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052661 1 0.0188 0.9052 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.0000 0.9459 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.0188 0.9434 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052658 2 0.2704 0.8089 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR2052657 1 0.0188 0.9069 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.4306 0.27538 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR2052701 5 0.3932 0.22671 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2052700 4 0.4451 0.73392 0.036 0.004 0.000 0.724 0.236
#> SRR2052699 5 0.4304 0.00541 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2052698 3 0.0671 0.94433 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR2052708 1 0.0609 0.74278 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052749 1 0.0290 0.74380 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052786 2 0.0000 0.76392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.0000 0.85879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052824 4 0.0000 0.85879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052823 5 0.4404 0.32136 0.000 0.264 0.000 0.032 0.704
#> SRR2052822 2 0.3424 0.59554 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.5155 0.65562 0.000 0.700 0.068 0.016 0.216
#> SRR2052820 3 0.3810 0.76903 0.168 0.000 0.792 0.000 0.040
#> SRR2052819 4 0.3242 0.71179 0.000 0.012 0.172 0.816 0.000
#> SRR2052818 4 0.3242 0.70899 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052817 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052816 4 0.4734 0.59930 0.036 0.000 0.000 0.652 0.312
#> SRR2052815 4 0.0000 0.85879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052814 2 0.3266 0.66280 0.000 0.796 0.000 0.200 0.004
#> SRR2052813 2 0.0000 0.76392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.3561 0.64423 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2052811 2 0.4451 0.26911 0.000 0.504 0.000 0.004 0.492
#> SRR2052810 4 0.2424 0.78870 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR2052809 2 0.2648 0.68385 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR2052808 4 0.2813 0.76063 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR2052807 4 0.4119 0.69165 0.212 0.000 0.000 0.752 0.036
#> SRR2052806 1 0.0404 0.74393 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052805 1 0.0000 0.74259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 4 0.3919 0.71854 0.188 0.000 0.000 0.776 0.036
#> SRR2052803 1 0.0290 0.74381 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052802 4 0.4119 0.69165 0.212 0.000 0.000 0.752 0.036
#> SRR2052801 1 0.4073 0.58600 0.752 0.000 0.000 0.216 0.032
#> SRR2052800 4 0.3988 0.71030 0.196 0.000 0.000 0.768 0.036
#> SRR2052799 1 0.4180 0.57521 0.744 0.000 0.000 0.220 0.036
#> SRR2052798 1 0.2377 0.70328 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2052797 2 0.3134 0.73404 0.000 0.848 0.032 0.000 0.120
#> SRR2052796 1 0.2966 0.65651 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR2052795 1 0.0290 0.74381 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052794 1 0.4150 0.58105 0.748 0.000 0.000 0.216 0.036
#> SRR2052793 1 0.2966 0.65651 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR2052792 3 0.5475 0.66016 0.124 0.000 0.716 0.120 0.040
#> SRR2052791 1 0.5183 0.57231 0.740 0.000 0.092 0.128 0.040
#> SRR2052790 2 0.3999 0.43966 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.0162 0.76379 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.1478 0.90896 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052784 2 0.2852 0.65714 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.2690 0.68047 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.0290 0.76373 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.3424 0.59566 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.0510 0.76284 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.0703 0.76084 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052776 3 0.3109 0.74436 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.3109 0.74368 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052771 1 0.3919 0.61742 0.776 0.000 0.000 0.188 0.036
#> SRR2052769 3 0.3752 0.73655 0.000 0.016 0.780 0.200 0.004
#> SRR2052770 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.3508 0.64991 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2052767 2 0.4242 0.41373 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR2052766 3 0.3191 0.85696 0.016 0.000 0.868 0.076 0.040
#> SRR2052765 2 0.5149 0.60852 0.000 0.680 0.000 0.104 0.216
#> SRR2052763 3 0.0162 0.95070 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052764 5 0.5071 -0.11545 0.000 0.424 0.000 0.036 0.540
#> SRR2052761 3 0.1205 0.92735 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> SRR2052760 2 0.0290 0.76272 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052759 3 0.0162 0.95070 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052762 2 0.1704 0.74114 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR2052758 3 0.0000 0.95138 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.4030 0.43525 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2052757 3 0.2773 0.79985 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR2052755 5 0.4283 0.09975 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR2052754 1 0.3246 0.66180 0.808 0.000 0.000 0.184 0.008
#> SRR2052753 5 0.4300 0.03082 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR2052752 1 0.0000 0.74259 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.3932 0.47783 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR2052751 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.0290 0.94915 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052747 1 0.2377 0.70328 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2052746 3 0.0162 0.95070 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052745 3 0.0162 0.95070 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052744 1 0.4297 0.10462 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR2052741 5 0.3932 0.44804 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2052743 2 0.3480 0.55604 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052740 5 0.4138 0.36172 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR2052742 3 0.1251 0.92793 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036
#> SRR2052739 2 0.3210 0.67509 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2052738 3 0.0162 0.95070 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052736 5 0.3236 0.57224 0.152 0.020 0.000 0.000 0.828
#> SRR2052735 5 0.3895 0.43829 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR2052734 5 0.3143 0.54594 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR2052737 2 0.0609 0.76196 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.0162 0.95070 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052732 5 0.5141 0.34431 0.000 0.092 0.000 0.236 0.672
#> SRR2052731 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.4030 0.43478 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2052728 5 0.3983 0.40682 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR2052730 4 0.0000 0.85879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052727 1 0.3612 0.56554 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR2052725 5 0.1831 0.57132 0.004 0.000 0.000 0.076 0.920
#> SRR2052726 5 0.3932 0.42660 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2052724 1 0.0794 0.74120 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052723 3 0.2694 0.86911 0.076 0.000 0.884 0.000 0.040
#> SRR2052722 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.4138 0.36476 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR2052720 2 0.0000 0.76392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.3395 0.66214 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2052718 5 0.3707 0.47708 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2052717 2 0.0290 0.76189 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052714 1 0.2848 0.72267 0.868 0.000 0.000 0.104 0.028
#> SRR2052716 3 0.1915 0.90783 0.032 0.000 0.928 0.000 0.040
#> SRR2052715 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.2377 0.70328 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2052712 4 0.0000 0.85879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052711 5 0.5364 0.22104 0.064 0.000 0.000 0.364 0.572
#> SRR2052710 2 0.3999 0.44925 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR2052707 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.0000 0.95138 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.3039 0.62605 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2052697 5 0.2605 0.51901 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2052703 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.2377 0.70328 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2052706 2 0.5896 0.52367 0.000 0.600 0.000 0.184 0.216
#> SRR2052695 2 0.0000 0.76392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.76392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0162 0.95070 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052693 3 0.0579 0.94750 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR2052691 5 0.3966 0.41412 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2052690 5 0.4511 0.36382 0.356 0.016 0.000 0.000 0.628
#> SRR2052689 4 0.0000 0.85879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052687 4 0.0162 0.85720 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052686 5 0.1478 0.58171 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2052688 2 0.3242 0.67296 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2052684 3 0.3192 0.83329 0.112 0.000 0.848 0.000 0.040
#> SRR2052685 5 0.4262 -0.11429 0.000 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR2052683 1 0.4017 0.70896 0.788 0.000 0.000 0.148 0.064
#> SRR2052681 4 0.0000 0.85879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052680 4 0.0000 0.85879 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052682 5 0.2813 0.56375 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2052679 1 0.3612 0.56554 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR2052678 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.1908 0.72718 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR2052675 5 0.3177 0.45492 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR2052676 1 0.4161 0.34504 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2052674 4 0.2852 0.75682 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR2052672 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052673 5 0.2605 0.52205 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2052671 2 0.4305 0.27954 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR2052670 3 0.0162 0.95204 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.76392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052668 5 0.4400 0.55180 0.060 0.196 0.000 0.000 0.744
#> SRR2052667 2 0.5668 0.47566 0.000 0.632 0.000 0.196 0.172
#> SRR2052666 3 0.0162 0.95070 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052665 2 0.3949 0.40662 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR2052664 1 0.4415 0.33289 0.604 0.000 0.000 0.388 0.008
#> SRR2052663 5 0.5028 -0.03669 0.000 0.400 0.000 0.036 0.564
#> SRR2052662 2 0.0000 0.76392 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 5 0.3612 0.49747 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2052660 3 0.0162 0.95070 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052659 3 0.2077 0.90176 0.040 0.000 0.920 0.000 0.040
#> SRR2052658 5 0.4949 0.32085 0.032 0.396 0.000 0.000 0.572
#> SRR2052657 1 0.1965 0.71867 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 6 0.1918 0.7931 0.008 0.088 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2052701 6 0.3189 0.6813 0.184 0.020 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR2052700 4 0.4019 0.7675 0.036 0.008 0.000 0.804 0.056 0.096
#> SRR2052699 1 0.0922 0.7328 0.968 0.004 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2052698 3 0.3428 0.6369 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052708 5 0.3244 0.7840 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR2052749 5 0.3151 0.7945 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR2052786 2 0.2558 0.6542 0.004 0.840 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2052825 4 0.0405 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052824 4 0.0405 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052823 6 0.2333 0.7311 0.120 0.004 0.000 0.004 0.000 0.872
#> SRR2052822 2 0.2003 0.6549 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052821 6 0.4404 0.4094 0.000 0.400 0.008 0.016 0.000 0.576
#> SRR2052820 3 0.4549 0.6720 0.000 0.004 0.708 0.004 0.204 0.080
#> SRR2052819 4 0.3223 0.7263 0.000 0.020 0.144 0.824 0.008 0.004
#> SRR2052818 4 0.3923 0.2253 0.000 0.004 0.000 0.580 0.000 0.416
#> SRR2052817 3 0.2454 0.8291 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052816 4 0.5047 0.6056 0.104 0.004 0.000 0.672 0.012 0.208
#> SRR2052815 4 0.0146 0.8320 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052814 2 0.5587 0.3461 0.000 0.564 0.000 0.252 0.004 0.180
#> SRR2052813 2 0.2219 0.6673 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2052812 6 0.2793 0.7331 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2052811 6 0.1913 0.7937 0.012 0.080 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2052810 4 0.0937 0.8194 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2052809 2 0.2003 0.6551 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052808 4 0.1714 0.7884 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2052807 4 0.4666 0.4607 0.000 0.000 0.000 0.536 0.420 0.044
#> SRR2052806 5 0.2793 0.8124 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR2052805 5 0.2762 0.8130 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR2052804 4 0.4709 0.5657 0.000 0.000 0.004 0.596 0.352 0.048
#> SRR2052803 5 0.2854 0.8109 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR2052802 4 0.4841 0.4692 0.000 0.000 0.004 0.536 0.412 0.048
#> SRR2052801 5 0.1794 0.7492 0.040 0.000 0.000 0.036 0.924 0.000
#> SRR2052800 4 0.4753 0.5387 0.000 0.000 0.004 0.580 0.368 0.048
#> SRR2052799 5 0.1938 0.7118 0.020 0.000 0.000 0.052 0.920 0.008
#> SRR2052798 5 0.3756 0.6270 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR2052797 2 0.3975 -0.0672 0.000 0.544 0.004 0.000 0.000 0.452
#> SRR2052796 5 0.2214 0.7954 0.096 0.000 0.000 0.016 0.888 0.000
#> SRR2052795 5 0.3221 0.7871 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR2052794 5 0.2164 0.6825 0.016 0.000 0.000 0.028 0.912 0.044
#> SRR2052793 5 0.1908 0.7952 0.096 0.000 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR2052792 3 0.5277 0.5727 0.000 0.004 0.636 0.024 0.260 0.076
#> SRR2052791 5 0.2520 0.6167 0.000 0.004 0.024 0.008 0.888 0.076
#> SRR2052790 2 0.1549 0.6916 0.000 0.936 0.044 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052789 3 0.2135 0.8494 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.2135 0.8494 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.2402 0.6658 0.004 0.856 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2052785 2 0.3774 0.1826 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052784 2 0.1245 0.6973 0.000 0.952 0.016 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052783 2 0.2135 0.6480 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.1049 0.6963 0.000 0.960 0.008 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052781 2 0.2219 0.6427 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.2048 0.8527 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.0405 0.6941 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052779 2 0.1049 0.6963 0.000 0.960 0.008 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052778 3 0.1075 0.8622 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.3737 0.2212 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.1814 0.8578 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052773 2 0.3864 -0.0890 0.000 0.520 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.1814 0.8576 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.3076 0.7374 0.000 0.240 0.760 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052771 5 0.1718 0.6995 0.016 0.000 0.000 0.008 0.932 0.044
#> SRR2052769 3 0.5027 0.3852 0.000 0.024 0.608 0.332 0.012 0.024
#> SRR2052770 3 0.1141 0.8620 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052768 6 0.2854 0.7289 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR2052767 6 0.2053 0.7869 0.004 0.108 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR2052766 3 0.4848 0.6730 0.000 0.004 0.712 0.028 0.180 0.076
#> SRR2052765 6 0.4880 0.5667 0.000 0.288 0.000 0.092 0.000 0.620
#> SRR2052763 3 0.1426 0.8484 0.000 0.008 0.948 0.000 0.016 0.028
#> SRR2052764 6 0.1951 0.7937 0.016 0.076 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2052761 3 0.3107 0.7882 0.000 0.004 0.844 0.000 0.072 0.080
#> SRR2052760 2 0.3971 0.0489 0.004 0.548 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR2052759 3 0.0909 0.8519 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR2052762 2 0.2890 0.6718 0.024 0.844 0.004 0.000 0.000 0.128
#> SRR2052758 3 0.0547 0.8606 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.2006 0.6818 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104 0.000
#> SRR2052757 2 0.3684 0.2902 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052755 1 0.1219 0.7240 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR2052754 5 0.2536 0.8025 0.116 0.000 0.000 0.020 0.864 0.000
#> SRR2052753 1 0.1204 0.7194 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2052752 5 0.2378 0.8114 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR2052750 1 0.2762 0.5528 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052751 3 0.2652 0.8522 0.020 0.104 0.868 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052748 3 0.2451 0.8161 0.000 0.004 0.888 0.000 0.040 0.068
#> SRR2052747 5 0.3765 0.6216 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR2052746 3 0.1053 0.8526 0.000 0.004 0.964 0.000 0.012 0.020
#> SRR2052745 3 0.1478 0.8440 0.000 0.004 0.944 0.000 0.020 0.032
#> SRR2052744 1 0.1387 0.7112 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2052741 1 0.5394 0.3810 0.568 0.156 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2052743 2 0.5127 0.3070 0.092 0.544 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR2052740 1 0.5595 0.0998 0.464 0.144 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2052742 3 0.3433 0.8301 0.040 0.132 0.816 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052739 6 0.3578 0.5588 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR2052738 3 0.1390 0.8453 0.000 0.004 0.948 0.000 0.016 0.032
#> SRR2052736 1 0.3266 0.6074 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2052735 1 0.1657 0.7438 0.928 0.000 0.000 0.000 0.016 0.056
#> SRR2052734 1 0.3126 0.6384 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052737 2 0.1757 0.6916 0.000 0.916 0.008 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052733 3 0.0909 0.8519 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR2052732 6 0.3123 0.7189 0.088 0.000 0.000 0.076 0.000 0.836
#> SRR2052731 3 0.0790 0.8614 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.2378 0.6234 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR2052728 1 0.1088 0.7362 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR2052730 4 0.0777 0.8297 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> SRR2052727 1 0.3371 0.3310 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR2052725 1 0.4291 0.5435 0.664 0.000 0.000 0.044 0.000 0.292
#> SRR2052726 1 0.1829 0.7436 0.920 0.000 0.000 0.000 0.024 0.056
#> SRR2052724 5 0.3050 0.8012 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR2052723 3 0.4499 0.6740 0.000 0.004 0.712 0.004 0.204 0.076
#> SRR2052722 3 0.1957 0.8554 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.2219 0.6444 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2052720 2 0.2482 0.6596 0.004 0.848 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2052719 6 0.2883 0.7253 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2052718 1 0.1866 0.7403 0.908 0.000 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR2052717 2 0.3168 0.6416 0.024 0.804 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2052714 5 0.2631 0.8124 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR2052716 3 0.4241 0.7095 0.000 0.004 0.748 0.004 0.164 0.080
#> SRR2052715 3 0.2048 0.8528 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052713 5 0.3810 0.5741 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR2052712 4 0.0260 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052711 1 0.5817 0.3705 0.564 0.004 0.000 0.304 0.032 0.096
#> SRR2052710 2 0.3163 0.5760 0.000 0.764 0.004 0.232 0.000 0.000
#> SRR2052707 3 0.2178 0.8476 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.2135 0.8494 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.0632 0.8610 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.4565 0.2148 0.036 0.532 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR2052697 6 0.2320 0.7282 0.132 0.004 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2052703 3 0.2135 0.8494 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 5 0.3747 0.6337 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR2052706 6 0.5667 0.4600 0.000 0.288 0.000 0.192 0.000 0.520
#> SRR2052695 2 0.2527 0.6468 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2052694 2 0.2520 0.6581 0.004 0.844 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2052692 3 0.0909 0.8519 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR2052693 3 0.2527 0.8222 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052691 1 0.0520 0.7384 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2052690 1 0.1036 0.7370 0.964 0.024 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2052689 4 0.0603 0.8308 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR2052687 4 0.0291 0.8325 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2052686 1 0.3290 0.6350 0.744 0.000 0.000 0.004 0.000 0.252
#> SRR2052688 6 0.3499 0.5907 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR2052684 3 0.4499 0.6740 0.000 0.004 0.712 0.004 0.204 0.076
#> SRR2052685 6 0.2106 0.7880 0.032 0.064 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2052683 5 0.3284 0.8088 0.196 0.000 0.000 0.020 0.784 0.000
#> SRR2052681 4 0.0405 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052680 4 0.0405 0.8334 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052682 1 0.3221 0.6196 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052679 1 0.3221 0.4078 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR2052678 3 0.2219 0.8449 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.0865 0.6878 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052675 6 0.3201 0.6472 0.208 0.012 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR2052676 1 0.2219 0.6444 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR2052674 4 0.2135 0.7585 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR2052672 3 0.2003 0.8542 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052673 6 0.3489 0.5010 0.288 0.004 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2052671 6 0.2070 0.7917 0.012 0.092 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2052670 3 0.2048 0.8527 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.2362 0.6666 0.004 0.860 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2052668 1 0.3532 0.6782 0.796 0.064 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2052667 2 0.5916 0.4799 0.036 0.588 0.000 0.196 0.000 0.180
#> SRR2052666 3 0.1700 0.8575 0.000 0.028 0.936 0.000 0.012 0.024
#> SRR2052665 2 0.5383 0.1582 0.112 0.472 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR2052664 5 0.5324 0.3649 0.120 0.000 0.000 0.340 0.540 0.000
#> SRR2052663 6 0.1951 0.7937 0.016 0.076 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2052662 2 0.2520 0.6570 0.004 0.844 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2052661 1 0.1967 0.7388 0.904 0.000 0.000 0.000 0.012 0.084
#> SRR2052660 3 0.0909 0.8519 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR2052659 3 0.3410 0.7710 0.000 0.004 0.820 0.000 0.100 0.076
#> SRR2052658 1 0.5846 0.2277 0.488 0.248 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052657 5 0.3620 0.6971 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.412 0.645 0.812 0.4291 0.576 0.576
#> 3 3 0.727 0.840 0.923 0.5144 0.669 0.476
#> 4 4 0.700 0.787 0.878 0.1007 0.919 0.780
#> 5 5 0.666 0.710 0.816 0.0817 0.899 0.667
#> 6 6 0.732 0.723 0.848 0.0371 0.967 0.851
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052701 2 0.9896 0.554 0.440 0.560
#> SRR2052700 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052699 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052698 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052825 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052824 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052823 2 0.9866 0.572 0.432 0.568
#> SRR2052822 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052821 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052820 2 0.9248 0.630 0.340 0.660
#> SRR2052819 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052818 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052817 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052816 2 0.9732 0.623 0.404 0.596
#> SRR2052815 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052814 2 0.9661 0.630 0.392 0.608
#> SRR2052813 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052812 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052811 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052810 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> SRR2052809 2 0.9608 0.631 0.384 0.616
#> SRR2052808 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052807 2 0.7745 0.369 0.228 0.772
#> SRR2052806 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052804 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052803 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052802 2 0.2043 0.643 0.032 0.968
#> SRR2052801 1 0.9710 0.365 0.600 0.400
#> SRR2052800 2 0.5519 0.530 0.128 0.872
#> SRR2052799 1 0.9710 0.365 0.600 0.400
#> SRR2052798 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052796 1 0.7056 0.635 0.808 0.192
#> SRR2052795 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052794 2 0.9998 -0.233 0.492 0.508
#> SRR2052793 1 0.8608 0.515 0.716 0.284
#> SRR2052792 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052791 2 0.7528 0.391 0.216 0.784
#> SRR2052790 2 0.4939 0.661 0.108 0.892
#> SRR2052789 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052785 2 0.3733 0.666 0.072 0.928
#> SRR2052784 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052783 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052782 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052781 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052780 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052779 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052778 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052775 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052772 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.9686 0.630 0.396 0.604
#> SRR2052771 1 0.9881 0.323 0.564 0.436
#> SRR2052769 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052770 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052767 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052766 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052765 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052763 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.9896 0.554 0.440 0.560
#> SRR2052761 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052760 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052759 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052758 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0376 0.672 0.004 0.996
#> SRR2052755 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.1843 0.814 0.972 0.028
#> SRR2052753 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052748 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052744 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052741 1 0.9963 -0.310 0.536 0.464
#> SRR2052743 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052740 1 0.9996 -0.385 0.512 0.488
#> SRR2052742 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052739 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052738 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052736 1 0.6148 0.677 0.848 0.152
#> SRR2052735 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.4939 0.735 0.892 0.108
#> SRR2052737 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052733 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052732 2 0.9896 0.554 0.440 0.560
#> SRR2052731 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052730 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052727 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.7950 0.513 0.760 0.240
#> SRR2052726 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052723 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052722 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052719 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052718 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052714 1 0.7219 0.625 0.800 0.200
#> SRR2052716 2 0.2423 0.669 0.040 0.960
#> SRR2052715 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052712 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052711 1 0.8207 0.472 0.744 0.256
#> SRR2052710 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052707 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052697 1 0.8016 0.502 0.756 0.244
#> SRR2052703 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.2043 0.671 0.032 0.968
#> SRR2052695 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052694 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052692 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052691 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052690 1 0.7299 0.578 0.796 0.204
#> SRR2052689 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052687 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052686 1 0.5629 0.705 0.868 0.132
#> SRR2052688 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052684 2 0.5946 0.507 0.144 0.856
#> SRR2052685 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052683 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052681 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052680 2 0.1414 0.671 0.020 0.980
#> SRR2052682 1 0.6887 0.625 0.816 0.184
#> SRR2052679 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052675 1 0.9866 -0.198 0.568 0.432
#> SRR2052676 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052672 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052673 1 0.7376 0.580 0.792 0.208
#> SRR2052671 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052670 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052668 2 0.9732 0.623 0.404 0.596
#> SRR2052667 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052666 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052664 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052663 1 0.8443 0.428 0.728 0.272
#> SRR2052662 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052661 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
#> SRR2052660 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.0000 0.672 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.9710 0.630 0.400 0.600
#> SRR2052657 1 0.0000 0.838 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052700 2 0.1529 0.8802 0.000 0.960 0.040
#> SRR2052699 2 0.1643 0.8800 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052698 3 0.1031 0.9094 0.000 0.024 0.976
#> SRR2052708 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.2356 0.8682 0.000 0.928 0.072
#> SRR2052825 3 0.6168 0.3161 0.000 0.412 0.588
#> SRR2052824 2 0.2959 0.8553 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052823 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052822 2 0.5733 0.6320 0.000 0.676 0.324
#> SRR2052821 2 0.4702 0.7700 0.000 0.788 0.212
#> SRR2052820 2 0.6225 0.3681 0.000 0.568 0.432
#> SRR2052819 3 0.4931 0.6986 0.000 0.232 0.768
#> SRR2052818 2 0.0237 0.8859 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052817 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052816 2 0.1163 0.8834 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052815 3 0.5926 0.4613 0.000 0.356 0.644
#> SRR2052814 2 0.2066 0.8730 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052813 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052810 2 0.6235 0.1453 0.000 0.564 0.436
#> SRR2052809 2 0.5327 0.6635 0.000 0.728 0.272
#> SRR2052808 2 0.4452 0.7908 0.000 0.808 0.192
#> SRR2052807 3 0.6045 0.3938 0.380 0.000 0.620
#> SRR2052806 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 3 0.1529 0.8995 0.000 0.040 0.960
#> SRR2052803 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052800 3 0.1163 0.9047 0.028 0.000 0.972
#> SRR2052799 1 0.2796 0.8726 0.908 0.000 0.092
#> SRR2052798 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.3116 0.8457 0.000 0.892 0.108
#> SRR2052796 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 3 0.6244 0.2283 0.440 0.000 0.560
#> SRR2052793 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052791 3 0.1643 0.8930 0.044 0.000 0.956
#> SRR2052790 3 0.5178 0.6645 0.000 0.256 0.744
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.1643 0.8784 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052785 3 0.3816 0.7992 0.000 0.148 0.852
#> SRR2052784 2 0.2448 0.8654 0.000 0.924 0.076
#> SRR2052783 2 0.4062 0.8122 0.000 0.836 0.164
#> SRR2052782 2 0.0237 0.8859 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052781 2 0.3038 0.8546 0.000 0.896 0.104
#> SRR2052780 3 0.1031 0.9093 0.000 0.024 0.976
#> SRR2052777 2 0.0747 0.8863 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052779 2 0.1753 0.8775 0.000 0.952 0.048
#> SRR2052778 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.4002 0.8240 0.000 0.840 0.160
#> SRR2052775 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.4796 0.7631 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.6280 0.3455 0.000 0.540 0.460
#> SRR2052771 1 0.6848 0.2047 0.568 0.016 0.416
#> SRR2052769 3 0.4346 0.7584 0.000 0.184 0.816
#> SRR2052770 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052766 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052765 2 0.1411 0.8802 0.000 0.964 0.036
#> SRR2052763 3 0.1643 0.8942 0.000 0.044 0.956
#> SRR2052764 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052761 2 0.5988 0.5172 0.000 0.632 0.368
#> SRR2052760 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.2959 0.8508 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052758 3 0.1529 0.8974 0.000 0.040 0.960
#> SRR2052756 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.0747 0.9145 0.000 0.016 0.984
#> SRR2052755 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.5138 0.7216 0.000 0.748 0.252
#> SRR2052748 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052745 3 0.1163 0.9058 0.000 0.028 0.972
#> SRR2052744 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.4654 0.7651 0.000 0.792 0.208
#> SRR2052739 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.2356 0.8561 0.072 0.928 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.5138 0.6617 0.748 0.252 0.000
#> SRR2052737 2 0.0592 0.8863 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052733 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052732 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.0592 0.9165 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052727 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.1163 0.8774 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052726 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052722 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0424 0.8858 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052719 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052718 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.2356 0.8655 0.000 0.928 0.072
#> SRR2052714 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052716 3 0.5397 0.5739 0.000 0.280 0.720
#> SRR2052715 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 3 0.5465 0.6002 0.000 0.288 0.712
#> SRR2052711 2 0.5244 0.6786 0.240 0.756 0.004
#> SRR2052710 2 0.3116 0.8522 0.000 0.892 0.108
#> SRR2052707 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052704 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.6267 0.0499 0.000 0.548 0.452
#> SRR2052695 2 0.0424 0.8860 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052694 2 0.1411 0.8800 0.000 0.964 0.036
#> SRR2052692 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.6260 0.3756 0.000 0.552 0.448
#> SRR2052691 2 0.6215 0.2932 0.428 0.572 0.000
#> SRR2052690 2 0.5743 0.7605 0.172 0.784 0.044
#> SRR2052689 3 0.3267 0.8306 0.000 0.116 0.884
#> SRR2052687 3 0.4842 0.7043 0.000 0.224 0.776
#> SRR2052686 1 0.5216 0.6381 0.740 0.260 0.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052684 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052685 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052681 2 0.2878 0.8573 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052680 2 0.6291 0.1185 0.000 0.532 0.468
#> SRR2052682 2 0.2711 0.8461 0.088 0.912 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.4555 0.7893 0.000 0.800 0.200
#> SRR2052675 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.2878 0.8579 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052672 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.2448 0.8492 0.076 0.924 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.1643 0.8782 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052668 2 0.3695 0.8468 0.012 0.880 0.108
#> SRR2052667 2 0.2878 0.8573 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052666 3 0.1753 0.8913 0.000 0.048 0.952
#> SRR2052665 2 0.4121 0.7936 0.000 0.832 0.168
#> SRR2052664 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.8858 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.0000 0.9207 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052659 3 0.1860 0.8879 0.000 0.052 0.948
#> SRR2052658 2 0.1289 0.8842 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052657 1 0.0000 0.9703 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.1022 0.8315 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2052701 2 0.0817 0.8325 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2052700 4 0.1637 0.7582 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR2052699 2 0.3716 0.8214 0.000 0.852 0.052 0.096
#> SRR2052698 3 0.2101 0.8428 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR2052708 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.1624 0.8315 0.000 0.952 0.028 0.020
#> SRR2052825 4 0.3099 0.8250 0.000 0.104 0.020 0.876
#> SRR2052824 4 0.3099 0.8250 0.000 0.104 0.020 0.876
#> SRR2052823 2 0.2281 0.8239 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2052822 2 0.5659 0.5398 0.000 0.600 0.368 0.032
#> SRR2052821 2 0.3803 0.8089 0.000 0.836 0.132 0.032
#> SRR2052820 2 0.6262 0.6285 0.000 0.628 0.280 0.092
#> SRR2052819 4 0.3421 0.8212 0.000 0.088 0.044 0.868
#> SRR2052818 4 0.3074 0.8031 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR2052817 3 0.1557 0.8559 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR2052816 2 0.2281 0.8239 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2052815 4 0.3099 0.8250 0.000 0.104 0.020 0.876
#> SRR2052814 2 0.1209 0.8380 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR2052813 2 0.1211 0.8319 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2052812 2 0.0592 0.8326 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2052811 2 0.0817 0.8325 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2052810 4 0.2921 0.8077 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR2052809 2 0.5607 0.2015 0.000 0.496 0.484 0.020
#> SRR2052808 2 0.4019 0.7693 0.000 0.792 0.196 0.012
#> SRR2052807 4 0.2814 0.7373 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR2052806 1 0.0469 0.9394 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052805 1 0.0336 0.9421 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052804 4 0.5163 0.0853 0.000 0.004 0.480 0.516
#> SRR2052803 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 4 0.3837 0.6798 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR2052801 4 0.4866 0.3419 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR2052800 4 0.2814 0.7634 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR2052799 4 0.4661 0.4678 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR2052798 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.4888 0.6696 0.000 0.740 0.224 0.036
#> SRR2052796 1 0.0469 0.9394 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052795 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 3 0.7483 -0.0197 0.360 0.000 0.456 0.184
#> SRR2052793 1 0.0469 0.9394 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052792 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052791 3 0.1059 0.8881 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR2052790 3 0.3392 0.7785 0.000 0.124 0.856 0.020
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0592 0.8993 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052787 2 0.1929 0.8304 0.000 0.940 0.024 0.036
#> SRR2052785 3 0.4105 0.7185 0.000 0.156 0.812 0.032
#> SRR2052784 2 0.4171 0.8109 0.000 0.824 0.116 0.060
#> SRR2052783 2 0.3450 0.7903 0.000 0.836 0.156 0.008
#> SRR2052782 2 0.4590 0.7197 0.000 0.772 0.192 0.036
#> SRR2052781 2 0.3577 0.7905 0.000 0.832 0.156 0.012
#> SRR2052780 3 0.0779 0.8981 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR2052777 2 0.4904 0.7242 0.000 0.744 0.216 0.040
#> SRR2052779 2 0.5052 0.6741 0.000 0.720 0.244 0.036
#> SRR2052778 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.3401 0.7897 0.000 0.840 0.152 0.008
#> SRR2052775 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052773 2 0.5860 0.4668 0.000 0.580 0.380 0.040
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.5300 0.0679 0.000 0.408 0.580 0.012
#> SRR2052771 1 0.5582 0.2769 0.576 0.024 0.400 0.000
#> SRR2052769 3 0.5289 0.4438 0.000 0.344 0.636 0.020
#> SRR2052770 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.1118 0.8310 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2052767 2 0.0707 0.8352 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2052766 3 0.1022 0.8792 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052765 2 0.1118 0.8310 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2052763 3 0.0707 0.8976 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052764 2 0.1022 0.8306 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2052761 2 0.5998 0.6861 0.000 0.668 0.240 0.092
#> SRR2052760 2 0.1118 0.8310 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2052759 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.3570 0.8214 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR2052758 3 0.1388 0.8795 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR2052756 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.2011 0.8315 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.3486 0.7177 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2052753 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.4675 0.7182 0.000 0.736 0.244 0.020
#> SRR2052748 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0592 0.8993 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052745 3 0.0707 0.8976 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052744 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.2466 0.8245 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR2052743 2 0.2281 0.8239 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2052740 2 0.2281 0.8239 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2052742 2 0.5742 0.6271 0.000 0.648 0.300 0.052
#> SRR2052739 2 0.1118 0.8310 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2052738 3 0.0336 0.9017 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052736 2 0.3716 0.8066 0.052 0.852 0.000 0.096
#> SRR2052735 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.5964 0.4890 0.676 0.228 0.000 0.096
#> SRR2052737 2 0.2892 0.8202 0.000 0.896 0.068 0.036
#> SRR2052733 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052732 2 0.0707 0.8315 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2052731 3 0.0592 0.8993 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052729 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.3893 0.6668 0.000 0.196 0.796 0.008
#> SRR2052727 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.5423 0.4594 0.028 0.640 0.000 0.332
#> SRR2052726 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052722 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.1452 0.8310 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR2052719 2 0.1022 0.8314 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2052718 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.2401 0.8253 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR2052714 1 0.1637 0.8786 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2052716 3 0.6635 0.0865 0.000 0.388 0.524 0.088
#> SRR2052715 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.3215 0.8241 0.000 0.092 0.032 0.876
#> SRR2052711 2 0.5353 0.4199 0.012 0.556 0.000 0.432
#> SRR2052710 2 0.5905 0.5240 0.000 0.636 0.060 0.304
#> SRR2052707 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0592 0.8993 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052704 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.2546 0.8265 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR2052697 2 0.2216 0.8243 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.5698 0.3402 0.000 0.608 0.356 0.036
#> SRR2052695 2 0.2805 0.8387 0.000 0.888 0.012 0.100
#> SRR2052694 2 0.1118 0.8310 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2052692 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052693 2 0.5167 0.2648 0.000 0.508 0.488 0.004
#> SRR2052691 2 0.6084 0.6153 0.244 0.660 0.000 0.096
#> SRR2052690 2 0.5313 0.7476 0.132 0.764 0.008 0.096
#> SRR2052689 3 0.6179 0.1005 0.000 0.056 0.552 0.392
#> SRR2052687 4 0.5624 0.5918 0.000 0.052 0.280 0.668
#> SRR2052686 1 0.6714 0.4015 0.616 0.208 0.000 0.176
#> SRR2052688 2 0.1022 0.8314 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2052684 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052685 2 0.2281 0.8239 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2052683 1 0.0336 0.9412 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052681 4 0.3099 0.8250 0.000 0.104 0.020 0.876
#> SRR2052680 4 0.3099 0.8250 0.000 0.104 0.020 0.876
#> SRR2052682 2 0.4093 0.7947 0.072 0.832 0.000 0.096
#> SRR2052679 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0336 0.9018 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052677 2 0.4903 0.7083 0.000 0.724 0.248 0.028
#> SRR2052675 2 0.2216 0.8243 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.2500 0.8250 0.000 0.916 0.040 0.044
#> SRR2052672 3 0.0592 0.8993 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052673 2 0.2563 0.8004 0.072 0.908 0.000 0.020
#> SRR2052671 2 0.2149 0.8253 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2052670 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.1929 0.8320 0.000 0.940 0.036 0.024
#> SRR2052668 2 0.4549 0.7993 0.000 0.804 0.100 0.096
#> SRR2052667 2 0.3279 0.8242 0.000 0.872 0.032 0.096
#> SRR2052666 3 0.0779 0.8973 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR2052665 2 0.4163 0.8100 0.000 0.828 0.076 0.096
#> SRR2052664 4 0.4713 0.4541 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR2052663 2 0.1792 0.8342 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2052662 2 0.1820 0.8340 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR2052661 1 0.0336 0.9406 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052660 3 0.0000 0.9031 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.0779 0.8975 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR2052658 2 0.2466 0.8242 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR2052657 1 0.0000 0.9471 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 5 0.2516 0.8767 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR2052701 5 0.2648 0.8766 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2052700 4 0.4062 0.6717 0.000 0.196 0.000 0.764 0.040
#> SRR2052699 2 0.3146 0.6857 0.040 0.876 0.056 0.000 0.028
#> SRR2052698 3 0.2249 0.8218 0.000 0.096 0.896 0.000 0.008
#> SRR2052708 1 0.0162 0.9120 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0162 0.9120 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 5 0.4329 0.6007 0.000 0.312 0.016 0.000 0.672
#> SRR2052825 4 0.4255 0.7556 0.000 0.032 0.016 0.772 0.180
#> SRR2052824 4 0.4255 0.7556 0.000 0.032 0.016 0.772 0.180
#> SRR2052823 2 0.2813 0.6063 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2052822 2 0.4161 0.4386 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.5854 0.0986 0.000 0.468 0.096 0.000 0.436
#> SRR2052820 2 0.3003 0.6521 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR2052819 4 0.4564 0.7578 0.000 0.040 0.036 0.772 0.152
#> SRR2052818 4 0.5296 0.2951 0.000 0.048 0.000 0.484 0.468
#> SRR2052817 3 0.1908 0.8310 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR2052816 2 0.3037 0.6377 0.000 0.860 0.040 0.000 0.100
#> SRR2052815 4 0.4255 0.7556 0.000 0.032 0.016 0.772 0.180
#> SRR2052814 5 0.5201 0.1609 0.000 0.424 0.044 0.000 0.532
#> SRR2052813 2 0.3999 0.4685 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052812 5 0.2732 0.8763 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR2052811 5 0.2732 0.8764 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR2052810 4 0.4136 0.7438 0.000 0.048 0.000 0.764 0.188
#> SRR2052809 3 0.6154 -0.0383 0.000 0.348 0.508 0.000 0.144
#> SRR2052808 2 0.5592 0.6302 0.000 0.636 0.220 0.000 0.144
#> SRR2052807 4 0.3058 0.6721 0.000 0.044 0.000 0.860 0.096
#> SRR2052806 1 0.5029 0.7089 0.744 0.048 0.000 0.156 0.052
#> SRR2052805 1 0.3427 0.7954 0.836 0.028 0.000 0.128 0.008
#> SRR2052804 4 0.7152 0.2391 0.000 0.156 0.392 0.412 0.040
#> SRR2052803 1 0.0324 0.9106 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052802 4 0.2740 0.6961 0.000 0.004 0.064 0.888 0.044
#> SRR2052801 4 0.6188 0.4116 0.224 0.048 0.000 0.632 0.096
#> SRR2052800 4 0.0000 0.7158 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052799 4 0.6080 0.4386 0.208 0.048 0.000 0.648 0.096
#> SRR2052798 1 0.0162 0.9113 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 5 0.3812 0.7708 0.000 0.096 0.092 0.000 0.812
#> SRR2052796 1 0.6188 0.5738 0.632 0.048 0.000 0.224 0.096
#> SRR2052795 1 0.0162 0.9120 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 3 0.9152 -0.2105 0.208 0.076 0.324 0.296 0.096
#> SRR2052793 1 0.6188 0.5738 0.632 0.048 0.000 0.224 0.096
#> SRR2052792 3 0.1731 0.8219 0.000 0.060 0.932 0.004 0.004
#> SRR2052791 3 0.4723 0.6686 0.004 0.084 0.764 0.136 0.012
#> SRR2052790 3 0.4022 0.7424 0.000 0.104 0.796 0.000 0.100
#> SRR2052789 3 0.1121 0.8638 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.1549 0.8626 0.000 0.040 0.944 0.000 0.016
#> SRR2052787 5 0.2953 0.8685 0.000 0.144 0.012 0.000 0.844
#> SRR2052785 3 0.4947 0.6574 0.000 0.160 0.744 0.028 0.068
#> SRR2052784 2 0.4364 0.6879 0.000 0.768 0.120 0.000 0.112
#> SRR2052783 2 0.4630 0.6739 0.000 0.744 0.140 0.000 0.116
#> SRR2052782 2 0.6354 0.5113 0.000 0.520 0.216 0.000 0.264
#> SRR2052781 2 0.4636 0.6731 0.000 0.744 0.132 0.000 0.124
#> SRR2052780 3 0.1741 0.8608 0.000 0.040 0.936 0.000 0.024
#> SRR2052777 2 0.5784 0.6066 0.000 0.616 0.208 0.000 0.176
#> SRR2052779 2 0.6689 0.3415 0.000 0.412 0.244 0.000 0.344
#> SRR2052778 3 0.0000 0.8647 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.4971 0.6575 0.000 0.712 0.144 0.000 0.144
#> SRR2052775 3 0.1043 0.8646 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052773 2 0.6247 0.2791 0.000 0.436 0.420 0.000 0.144
#> SRR2052772 3 0.1043 0.8646 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.4430 0.2942 0.000 0.360 0.628 0.000 0.012
#> SRR2052771 1 0.6913 0.2517 0.524 0.104 0.308 0.000 0.064
#> SRR2052769 3 0.6269 0.2381 0.000 0.284 0.528 0.000 0.188
#> SRR2052770 3 0.0000 0.8647 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052768 5 0.2471 0.8754 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR2052767 5 0.2966 0.8659 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR2052766 3 0.2353 0.8033 0.000 0.060 0.908 0.028 0.004
#> SRR2052765 5 0.1965 0.8485 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR2052763 3 0.0510 0.8638 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2052764 5 0.2648 0.8766 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2052761 2 0.3074 0.6540 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR2052760 5 0.2516 0.8763 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR2052759 3 0.0000 0.8647 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.2793 0.6937 0.000 0.876 0.088 0.000 0.036
#> SRR2052758 3 0.1270 0.8629 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.0162 0.9115 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.2124 0.8105 0.000 0.096 0.900 0.000 0.004
#> SRR2052755 1 0.0162 0.9115 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.5832 0.6070 0.676 0.044 0.000 0.184 0.096
#> SRR2052753 1 0.0162 0.9115 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0162 0.9120 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.4371 0.5355 0.000 0.644 0.344 0.000 0.012
#> SRR2052748 3 0.0794 0.8520 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052747 1 0.0162 0.9120 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0510 0.8638 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2052745 3 0.1300 0.8512 0.000 0.028 0.956 0.000 0.016
#> SRR2052744 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.2843 0.6784 0.000 0.876 0.048 0.000 0.076
#> SRR2052743 2 0.2690 0.6130 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2052740 2 0.2732 0.6094 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2052742 2 0.4331 0.4087 0.000 0.596 0.400 0.000 0.004
#> SRR2052739 5 0.2471 0.8754 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR2052738 3 0.1251 0.8659 0.000 0.036 0.956 0.000 0.008
#> SRR2052736 2 0.2997 0.6220 0.148 0.840 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052735 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.4138 0.6822 0.780 0.072 0.000 0.000 0.148
#> SRR2052737 5 0.3732 0.8363 0.000 0.176 0.032 0.000 0.792
#> SRR2052733 3 0.0880 0.8502 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR2052732 5 0.2471 0.8632 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR2052731 3 0.1549 0.8626 0.000 0.040 0.944 0.000 0.016
#> SRR2052729 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.4461 0.6095 0.000 0.220 0.728 0.000 0.052
#> SRR2052727 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 5 0.6069 0.5846 0.020 0.128 0.000 0.232 0.620
#> SRR2052726 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0794 0.8944 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.0794 0.8520 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052722 3 0.1043 0.8646 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 5 0.2605 0.8727 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2052719 5 0.2561 0.8776 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR2052718 1 0.0162 0.9115 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.2927 0.6859 0.000 0.872 0.060 0.000 0.068
#> SRR2052714 1 0.2124 0.8452 0.916 0.028 0.056 0.000 0.000
#> SRR2052716 2 0.4354 0.3393 0.000 0.624 0.368 0.000 0.008
#> SRR2052715 3 0.0000 0.8647 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.4371 0.7581 0.000 0.032 0.028 0.776 0.164
#> SRR2052711 2 0.3909 0.5364 0.024 0.760 0.000 0.216 0.000
#> SRR2052710 2 0.7511 0.4068 0.000 0.484 0.092 0.276 0.148
#> SRR2052707 3 0.0000 0.8647 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.1701 0.8600 0.000 0.048 0.936 0.000 0.016
#> SRR2052704 3 0.0000 0.8647 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.2732 0.6126 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2052697 5 0.3774 0.7445 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR2052703 3 0.1043 0.8646 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.0162 0.9120 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 5 0.2761 0.7969 0.000 0.104 0.024 0.000 0.872
#> SRR2052695 5 0.3395 0.8190 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR2052694 5 0.2605 0.8748 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR2052692 3 0.0162 0.8654 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.4449 -0.1244 0.000 0.484 0.512 0.000 0.004
#> SRR2052691 2 0.4138 0.3883 0.384 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.2605 0.6231 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 3 0.7258 -0.1291 0.000 0.060 0.460 0.340 0.140
#> SRR2052687 4 0.6329 0.6408 0.000 0.032 0.212 0.612 0.144
#> SRR2052686 1 0.4735 0.4069 0.608 0.372 0.000 0.012 0.008
#> SRR2052688 5 0.2966 0.8601 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR2052684 3 0.0880 0.8508 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR2052685 5 0.4101 0.6448 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR2052683 1 0.2900 0.8394 0.884 0.040 0.000 0.012 0.064
#> SRR2052681 4 0.4540 0.7228 0.000 0.072 0.016 0.772 0.140
#> SRR2052680 4 0.4255 0.7556 0.000 0.032 0.016 0.772 0.180
#> SRR2052682 2 0.3197 0.6232 0.140 0.836 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052679 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.1331 0.8644 0.000 0.040 0.952 0.000 0.008
#> SRR2052677 2 0.5581 0.6186 0.000 0.636 0.224 0.000 0.140
#> SRR2052675 5 0.3752 0.7505 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.4834 0.5336 0.000 0.656 0.028 0.008 0.308
#> SRR2052672 3 0.0510 0.8638 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2052673 5 0.3055 0.8710 0.016 0.144 0.000 0.000 0.840
#> SRR2052671 5 0.3796 0.7407 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR2052670 3 0.1043 0.8646 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.5510 0.3509 0.000 0.548 0.072 0.000 0.380
#> SRR2052668 2 0.2233 0.6922 0.000 0.892 0.104 0.000 0.004
#> SRR2052667 2 0.4953 0.5799 0.000 0.708 0.020 0.044 0.228
#> SRR2052666 3 0.1626 0.8622 0.000 0.044 0.940 0.000 0.016
#> SRR2052665 2 0.2505 0.6932 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR2052664 4 0.5725 0.3594 0.372 0.028 0.000 0.560 0.040
#> SRR2052663 5 0.3305 0.8303 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR2052662 2 0.4232 0.5127 0.000 0.676 0.012 0.000 0.312
#> SRR2052661 1 0.0290 0.9094 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.1043 0.8646 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.1522 0.8630 0.000 0.044 0.944 0.000 0.012
#> SRR2052658 2 0.2648 0.6153 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2052657 1 0.0000 0.9127 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 6 0.0146 0.89458 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052701 6 0.0363 0.89481 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2052700 4 0.1908 0.72375 0.000 0.096 0.000 0.900 0.000 0.004
#> SRR2052699 2 0.1972 0.72341 0.056 0.916 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052698 3 0.2994 0.77254 0.000 0.164 0.820 0.008 0.000 0.008
#> SRR2052708 1 0.2449 0.84394 0.896 0.024 0.000 0.056 0.024 0.000
#> SRR2052749 1 0.2449 0.84394 0.896 0.024 0.000 0.056 0.024 0.000
#> SRR2052786 6 0.3724 0.51675 0.000 0.268 0.012 0.004 0.000 0.716
#> SRR2052825 4 0.1531 0.79114 0.000 0.004 0.000 0.928 0.000 0.068
#> SRR2052824 4 0.1787 0.79510 0.000 0.004 0.008 0.920 0.000 0.068
#> SRR2052823 2 0.2491 0.70124 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2052822 2 0.3923 0.41269 0.000 0.620 0.372 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.5601 0.22724 0.000 0.464 0.064 0.032 0.000 0.440
#> SRR2052820 2 0.2730 0.65179 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052819 4 0.1857 0.78299 0.000 0.012 0.032 0.928 0.000 0.028
#> SRR2052818 4 0.4177 0.17308 0.000 0.012 0.000 0.520 0.000 0.468
#> SRR2052817 3 0.2558 0.78914 0.000 0.156 0.840 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052816 2 0.2895 0.70550 0.004 0.876 0.052 0.024 0.000 0.044
#> SRR2052815 4 0.1787 0.79510 0.000 0.004 0.008 0.920 0.000 0.068
#> SRR2052814 6 0.4735 0.11869 0.000 0.384 0.044 0.004 0.000 0.568
#> SRR2052813 2 0.3266 0.65333 0.000 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2052812 6 0.0632 0.89544 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR2052811 6 0.0458 0.89501 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR2052810 4 0.2312 0.76045 0.000 0.012 0.000 0.876 0.000 0.112
#> SRR2052809 3 0.5277 0.26527 0.000 0.340 0.556 0.004 0.000 0.100
#> SRR2052808 2 0.5269 0.68724 0.000 0.648 0.232 0.032 0.000 0.088
#> SRR2052807 5 0.0632 0.80959 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052806 5 0.4808 0.09578 0.408 0.000 0.000 0.056 0.536 0.000
#> SRR2052805 1 0.3934 0.39799 0.616 0.000 0.000 0.008 0.376 0.000
#> SRR2052804 4 0.4655 0.48466 0.000 0.068 0.300 0.632 0.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.2765 0.82580 0.872 0.008 0.000 0.056 0.064 0.000
#> SRR2052802 5 0.3823 0.08217 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR2052801 5 0.0146 0.82842 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2052800 4 0.1863 0.71289 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR2052799 5 0.0146 0.82842 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2052798 1 0.1801 0.85508 0.924 0.016 0.000 0.056 0.004 0.000
#> SRR2052797 6 0.2134 0.84186 0.000 0.044 0.052 0.000 0.000 0.904
#> SRR2052796 5 0.0146 0.82842 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2052795 1 0.2449 0.84394 0.896 0.024 0.000 0.056 0.024 0.000
#> SRR2052794 5 0.0146 0.82842 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2052793 5 0.0146 0.82842 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2052792 3 0.1909 0.81970 0.000 0.052 0.920 0.024 0.004 0.000
#> SRR2052791 3 0.4906 0.49740 0.000 0.056 0.656 0.024 0.264 0.000
#> SRR2052790 3 0.3962 0.72960 0.000 0.116 0.764 0.000 0.000 0.120
#> SRR2052789 3 0.1267 0.86550 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.1398 0.86655 0.000 0.052 0.940 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052787 6 0.1391 0.87494 0.000 0.040 0.016 0.000 0.000 0.944
#> SRR2052785 3 0.4619 0.66161 0.000 0.204 0.712 0.056 0.000 0.028
#> SRR2052784 2 0.2962 0.75034 0.000 0.848 0.084 0.000 0.000 0.068
#> SRR2052783 2 0.3718 0.73097 0.000 0.784 0.132 0.000 0.000 0.084
#> SRR2052782 2 0.5725 0.46733 0.000 0.512 0.280 0.000 0.000 0.208
#> SRR2052781 2 0.3427 0.74048 0.000 0.824 0.088 0.008 0.000 0.080
#> SRR2052780 3 0.1462 0.86637 0.000 0.056 0.936 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052777 2 0.4860 0.64307 0.000 0.656 0.216 0.000 0.000 0.128
#> SRR2052779 2 0.6097 0.31893 0.000 0.384 0.296 0.000 0.000 0.320
#> SRR2052778 3 0.0146 0.86446 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.3782 0.72794 0.000 0.780 0.124 0.000 0.000 0.096
#> SRR2052775 3 0.1285 0.86726 0.000 0.052 0.944 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.5347 -0.00915 0.000 0.412 0.480 0.000 0.000 0.108
#> SRR2052772 3 0.1141 0.86700 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.3615 0.55620 0.000 0.292 0.700 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052771 1 0.7824 0.04987 0.388 0.072 0.316 0.080 0.144 0.000
#> SRR2052769 3 0.5890 0.04803 0.000 0.396 0.476 0.032 0.000 0.096
#> SRR2052770 3 0.0146 0.86446 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052768 6 0.0146 0.89399 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052767 6 0.1007 0.88677 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR2052766 3 0.2179 0.80544 0.000 0.036 0.900 0.064 0.000 0.000
#> SRR2052765 6 0.0260 0.89310 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052763 3 0.0405 0.86472 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052764 6 0.0405 0.89383 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988
#> SRR2052761 2 0.2969 0.63097 0.000 0.776 0.224 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052760 6 0.0000 0.89408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052759 3 0.0000 0.86465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.2058 0.75046 0.000 0.908 0.036 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052758 3 0.1444 0.86409 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.0914 0.85820 0.968 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.2695 0.76844 0.000 0.144 0.844 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052755 1 0.0914 0.85820 0.968 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052754 5 0.3419 0.70403 0.116 0.008 0.000 0.056 0.820 0.000
#> SRR2052753 1 0.0914 0.85820 0.968 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.2001 0.85820 0.920 0.016 0.000 0.044 0.020 0.000
#> SRR2052750 1 0.1204 0.85932 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.3819 0.55116 0.000 0.672 0.316 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052748 3 0.0865 0.84603 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052747 1 0.1745 0.85356 0.924 0.000 0.000 0.056 0.020 0.000
#> SRR2052746 3 0.0508 0.86451 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052745 3 0.1196 0.84588 0.000 0.040 0.952 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052744 1 0.0914 0.85820 0.968 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.1856 0.74843 0.000 0.920 0.032 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052743 2 0.2135 0.72074 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2052740 2 0.2454 0.70418 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2052742 2 0.3915 0.31458 0.000 0.584 0.412 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052739 6 0.0146 0.89369 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052738 3 0.1082 0.86938 0.000 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052736 2 0.3309 0.62846 0.192 0.788 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR2052735 1 0.0914 0.85820 0.968 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.1426 0.84913 0.948 0.028 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR2052737 6 0.2752 0.82113 0.000 0.108 0.036 0.000 0.000 0.856
#> SRR2052733 3 0.1010 0.84568 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052732 6 0.0806 0.89349 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.972
#> SRR2052731 3 0.1398 0.86655 0.000 0.052 0.940 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052729 1 0.0622 0.85980 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.1204 0.85932 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.4289 0.51113 0.000 0.268 0.688 0.036 0.000 0.008
#> SRR2052727 1 0.1707 0.85627 0.928 0.012 0.000 0.056 0.004 0.000
#> SRR2052725 6 0.4918 0.43774 0.068 0.012 0.000 0.284 0.000 0.636
#> SRR2052726 1 0.0914 0.85820 0.968 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.2533 0.83520 0.884 0.056 0.000 0.056 0.004 0.000
#> SRR2052723 3 0.1340 0.84112 0.000 0.040 0.948 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052722 3 0.1285 0.86716 0.000 0.052 0.944 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.1204 0.85932 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2052720 6 0.1075 0.87844 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2052719 6 0.0000 0.89408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052718 1 0.1059 0.85646 0.964 0.016 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR2052717 2 0.2119 0.75082 0.000 0.904 0.036 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052714 1 0.3533 0.71693 0.816 0.060 0.112 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052716 2 0.3954 0.43512 0.000 0.636 0.352 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052715 3 0.0000 0.86465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.0363 0.86097 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.1657 0.79434 0.000 0.000 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR2052711 2 0.4296 0.52567 0.052 0.700 0.000 0.244 0.000 0.004
#> SRR2052710 2 0.5759 0.31557 0.000 0.516 0.052 0.372 0.000 0.060
#> SRR2052707 3 0.0508 0.86748 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.1866 0.85111 0.000 0.084 0.908 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052704 3 0.0000 0.86465 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.2135 0.72098 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2052697 6 0.2048 0.82868 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR2052703 3 0.1141 0.86700 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.2279 0.84700 0.904 0.016 0.000 0.056 0.024 0.000
#> SRR2052706 6 0.0993 0.88527 0.000 0.012 0.000 0.024 0.000 0.964
#> SRR2052695 6 0.1814 0.86640 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2052694 6 0.0937 0.88382 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2052692 3 0.0806 0.86859 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.4238 0.09238 0.000 0.444 0.540 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052691 1 0.4062 0.09466 0.552 0.440 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.2100 0.69114 0.112 0.884 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 4 0.5108 0.43109 0.000 0.036 0.356 0.576 0.000 0.032
#> SRR2052687 4 0.3387 0.68870 0.000 0.000 0.164 0.796 0.000 0.040
#> SRR2052686 1 0.4505 0.51136 0.676 0.272 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR2052688 6 0.1556 0.86867 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2052684 3 0.1429 0.83373 0.004 0.052 0.940 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052685 6 0.2969 0.73426 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR2052683 1 0.4566 0.04783 0.520 0.012 0.000 0.016 0.452 0.000
#> SRR2052681 4 0.2344 0.78325 0.000 0.028 0.008 0.896 0.000 0.068
#> SRR2052680 4 0.1668 0.79513 0.000 0.004 0.008 0.928 0.000 0.060
#> SRR2052682 2 0.3757 0.64346 0.164 0.784 0.000 0.016 0.000 0.036
#> SRR2052679 1 0.1349 0.85863 0.940 0.004 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.1267 0.86717 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.4747 0.66931 0.000 0.688 0.204 0.008 0.000 0.100
#> SRR2052675 6 0.2003 0.83260 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2052676 1 0.0622 0.85980 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.4815 0.66534 0.000 0.676 0.028 0.052 0.000 0.244
#> SRR2052672 3 0.0520 0.86471 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052673 6 0.0870 0.89112 0.004 0.012 0.000 0.012 0.000 0.972
#> SRR2052671 6 0.2048 0.82724 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR2052670 3 0.1141 0.86700 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.4696 0.50769 0.000 0.588 0.056 0.000 0.000 0.356
#> SRR2052668 2 0.1719 0.74472 0.000 0.924 0.060 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052667 2 0.4467 0.69654 0.000 0.724 0.012 0.080 0.000 0.184
#> SRR2052666 3 0.1462 0.86627 0.000 0.056 0.936 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052665 2 0.1856 0.74665 0.000 0.920 0.048 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052664 4 0.2869 0.56215 0.148 0.020 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR2052663 6 0.1265 0.88035 0.000 0.044 0.000 0.008 0.000 0.948
#> SRR2052662 2 0.3394 0.68256 0.000 0.752 0.012 0.000 0.000 0.236
#> SRR2052661 1 0.0914 0.85820 0.968 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.1285 0.86726 0.000 0.052 0.944 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.1606 0.86701 0.000 0.056 0.932 0.000 0.004 0.008
#> SRR2052658 2 0.2092 0.72174 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052657 1 0.0891 0.86058 0.968 0.024 0.000 0.008 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.748 0.889 0.950 0.4912 0.512 0.512
#> 3 3 0.516 0.707 0.817 0.2758 0.742 0.548
#> 4 4 0.507 0.656 0.682 0.1237 0.754 0.444
#> 5 5 0.603 0.763 0.779 0.0610 0.949 0.824
#> 6 6 0.612 0.587 0.713 0.0344 0.920 0.701
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.9393 0.478 0.356 0.644
#> SRR2052701 1 0.5294 0.851 0.880 0.120
#> SRR2052700 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052699 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052698 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052823 1 0.5178 0.854 0.884 0.116
#> SRR2052822 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052820 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052819 1 0.7376 0.728 0.792 0.208
#> SRR2052818 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> SRR2052817 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052815 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052814 2 0.9427 0.470 0.360 0.640
#> SRR2052813 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.9209 0.521 0.336 0.664
#> SRR2052810 1 0.4161 0.876 0.916 0.084
#> SRR2052809 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052808 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052807 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.1184 0.940 0.016 0.984
#> SRR2052789 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052769 2 0.7528 0.722 0.216 0.784
#> SRR2052770 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.1633 0.934 0.024 0.976
#> SRR2052766 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052765 1 0.9393 0.434 0.644 0.356
#> SRR2052763 2 0.1843 0.930 0.028 0.972
#> SRR2052764 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052761 1 0.7674 0.729 0.776 0.224
#> SRR2052760 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.3114 0.906 0.056 0.944
#> SRR2052758 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052751 1 0.8499 0.657 0.724 0.276
#> SRR2052748 2 0.9754 0.347 0.408 0.592
#> SRR2052747 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.5737 0.817 0.136 0.864
#> SRR2052744 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052741 1 0.8327 0.676 0.736 0.264
#> SRR2052743 1 0.9000 0.587 0.684 0.316
#> SRR2052740 1 0.8499 0.657 0.724 0.276
#> SRR2052742 1 0.8386 0.670 0.732 0.268
#> SRR2052739 2 0.6973 0.758 0.188 0.812
#> SRR2052738 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052736 1 0.3879 0.887 0.924 0.076
#> SRR2052735 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052732 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052731 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052730 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052727 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052726 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052723 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052722 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052718 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.3431 0.899 0.064 0.936
#> SRR2052714 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052716 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052715 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052710 1 0.1843 0.922 0.972 0.028
#> SRR2052707 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.3584 0.894 0.068 0.932
#> SRR2052705 1 0.9427 0.495 0.640 0.360
#> SRR2052697 1 0.4298 0.878 0.912 0.088
#> SRR2052703 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.9170 0.522 0.332 0.668
#> SRR2052695 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052691 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052690 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052689 1 0.7139 0.746 0.804 0.196
#> SRR2052687 1 0.7139 0.746 0.804 0.196
#> SRR2052686 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.6712 0.773 0.176 0.824
#> SRR2052684 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052685 1 0.4815 0.865 0.896 0.104
#> SRR2052683 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052680 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052682 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052675 1 0.8443 0.664 0.728 0.272
#> SRR2052676 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052674 1 0.5294 0.840 0.880 0.120
#> SRR2052672 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052673 1 0.3114 0.903 0.944 0.056
#> SRR2052671 1 0.9087 0.567 0.676 0.324
#> SRR2052670 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.951 0.000 1.000
#> SRR2052668 1 0.5059 0.858 0.888 0.112
#> SRR2052667 1 0.8813 0.617 0.700 0.300
#> SRR2052666 1 0.0376 0.939 0.996 0.004
#> SRR2052665 1 0.9427 0.500 0.640 0.360
#> SRR2052664 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052663 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.1843 0.930 0.028 0.972
#> SRR2052661 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052660 2 0.9286 0.431 0.344 0.656
#> SRR2052659 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
#> SRR2052658 1 0.7745 0.727 0.772 0.228
#> SRR2052657 1 0.0000 0.941 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.3412 0.6372 0.000 0.876 0.124
#> SRR2052701 2 0.5497 0.1462 0.292 0.708 0.000
#> SRR2052700 1 0.4605 0.8426 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052699 1 0.5968 0.7632 0.636 0.364 0.000
#> SRR2052698 3 0.6291 -0.3177 0.000 0.468 0.532
#> SRR2052708 1 0.1964 0.8427 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052749 1 0.3412 0.8233 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052786 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052825 1 0.4399 0.8461 0.812 0.188 0.000
#> SRR2052824 1 0.5298 0.8404 0.804 0.164 0.032
#> SRR2052823 2 0.1163 0.5873 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052822 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052821 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052820 1 0.4504 0.8449 0.804 0.196 0.000
#> SRR2052819 1 0.5109 0.7132 0.780 0.008 0.212
#> SRR2052818 1 0.5791 0.8293 0.792 0.148 0.060
#> SRR2052817 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.4750 0.8393 0.784 0.216 0.000
#> SRR2052815 1 0.5618 0.8342 0.796 0.156 0.048
#> SRR2052814 2 0.9509 0.4071 0.200 0.464 0.336
#> SRR2052813 2 0.5785 0.6771 0.000 0.668 0.332
#> SRR2052812 2 0.5291 0.6709 0.000 0.732 0.268
#> SRR2052811 2 0.6063 0.5996 0.084 0.784 0.132
#> SRR2052810 1 0.6157 0.7826 0.780 0.092 0.128
#> SRR2052809 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052808 2 0.5267 0.5830 0.140 0.816 0.044
#> SRR2052807 1 0.3412 0.8567 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.4399 0.8461 0.812 0.188 0.000
#> SRR2052803 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.4399 0.8461 0.812 0.188 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.4399 0.8461 0.812 0.188 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.3412 0.8233 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052797 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052796 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.1964 0.8427 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.4504 0.8449 0.804 0.196 0.000
#> SRR2052791 1 0.4002 0.8535 0.840 0.160 0.000
#> SRR2052790 3 0.5254 0.3915 0.000 0.264 0.736
#> SRR2052789 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052785 3 0.6008 0.0120 0.000 0.372 0.628
#> SRR2052784 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052783 2 0.5835 0.6729 0.000 0.660 0.340
#> SRR2052782 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052781 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052780 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052779 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052778 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052775 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052773 3 0.5905 0.1584 0.000 0.352 0.648
#> SRR2052772 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0424 0.8447 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052769 1 0.9235 0.0500 0.460 0.156 0.384
#> SRR2052770 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.5529 0.6760 0.000 0.704 0.296
#> SRR2052767 2 0.3816 0.6455 0.000 0.852 0.148
#> SRR2052766 1 0.4808 0.8445 0.804 0.188 0.008
#> SRR2052765 1 0.9653 -0.0462 0.448 0.224 0.328
#> SRR2052763 3 0.3682 0.7243 0.008 0.116 0.876
#> SRR2052764 1 0.4897 0.8455 0.812 0.172 0.016
#> SRR2052761 3 0.9638 0.0860 0.232 0.308 0.460
#> SRR2052760 2 0.5760 0.6773 0.000 0.672 0.328
#> SRR2052759 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.3412 0.6428 0.000 0.876 0.124
#> SRR2052758 3 0.0237 0.8402 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052756 1 0.0747 0.8450 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052757 2 0.6111 0.5951 0.000 0.604 0.396
#> SRR2052755 1 0.3267 0.8239 0.884 0.116 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.2261 0.8388 0.932 0.068 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.3412 0.8233 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052751 2 0.0424 0.6002 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052748 1 0.6158 0.8255 0.760 0.188 0.052
#> SRR2052747 1 0.3267 0.8239 0.884 0.116 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052745 3 0.4164 0.6884 0.008 0.144 0.848
#> SRR2052744 1 0.3267 0.8239 0.884 0.116 0.000
#> SRR2052741 2 0.5497 0.1430 0.292 0.708 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.6036 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.5529 0.1297 0.296 0.704 0.000
#> SRR2052742 2 0.4887 0.3203 0.228 0.772 0.000
#> SRR2052739 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052738 3 0.3349 0.7361 0.004 0.108 0.888
#> SRR2052736 1 0.5591 0.8120 0.696 0.304 0.000
#> SRR2052735 1 0.4887 0.8309 0.772 0.228 0.000
#> SRR2052734 1 0.5138 0.8279 0.748 0.252 0.000
#> SRR2052737 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052733 3 0.1753 0.7951 0.048 0.000 0.952
#> SRR2052732 1 0.4399 0.8461 0.812 0.188 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.3267 0.8239 0.884 0.116 0.000
#> SRR2052728 1 0.3267 0.8239 0.884 0.116 0.000
#> SRR2052730 1 0.4399 0.8461 0.812 0.188 0.000
#> SRR2052727 1 0.3412 0.8233 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052725 1 0.4399 0.8461 0.812 0.188 0.000
#> SRR2052726 1 0.4796 0.8313 0.780 0.220 0.000
#> SRR2052724 1 0.1964 0.8427 0.944 0.056 0.000
#> SRR2052723 1 0.4504 0.8449 0.804 0.196 0.000
#> SRR2052722 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.3412 0.8233 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052720 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052719 2 0.5678 0.6762 0.000 0.684 0.316
#> SRR2052718 1 0.3482 0.8581 0.872 0.128 0.000
#> SRR2052717 2 0.2261 0.6265 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052714 1 0.1529 0.8446 0.960 0.040 0.000
#> SRR2052716 1 0.4504 0.8449 0.804 0.196 0.000
#> SRR2052715 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.4399 0.8461 0.812 0.188 0.000
#> SRR2052711 1 0.4504 0.8449 0.804 0.196 0.000
#> SRR2052710 2 0.7605 0.5253 0.192 0.684 0.124
#> SRR2052707 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052704 3 0.6308 -0.1124 0.492 0.000 0.508
#> SRR2052705 2 0.0000 0.6036 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.5560 0.1156 0.300 0.700 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.3412 0.8233 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052706 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052695 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052694 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052692 3 0.3482 0.7255 0.000 0.128 0.872
#> SRR2052693 2 0.5988 0.6378 0.000 0.632 0.368
#> SRR2052691 1 0.5560 0.8137 0.700 0.300 0.000
#> SRR2052690 1 0.5760 0.7987 0.672 0.328 0.000
#> SRR2052689 1 0.5816 0.7680 0.788 0.056 0.156
#> SRR2052687 1 0.5689 0.7424 0.780 0.036 0.184
#> SRR2052686 1 0.4346 0.8475 0.816 0.184 0.000
#> SRR2052688 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052684 1 0.4504 0.8449 0.804 0.196 0.000
#> SRR2052685 2 0.0747 0.5951 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.4399 0.8461 0.812 0.188 0.000
#> SRR2052680 1 0.5466 0.8373 0.800 0.160 0.040
#> SRR2052682 1 0.5650 0.8085 0.688 0.312 0.000
#> SRR2052679 1 0.3412 0.8233 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.5810 0.6772 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052675 2 0.5560 0.1191 0.300 0.700 0.000
#> SRR2052676 1 0.3267 0.8239 0.884 0.116 0.000
#> SRR2052674 1 0.7595 0.6562 0.688 0.176 0.136
#> SRR2052672 3 0.0000 0.8428 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052673 1 0.5621 0.8104 0.692 0.308 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.6036 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0237 0.8402 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052669 2 0.5785 0.6771 0.000 0.668 0.332
#> SRR2052668 2 0.6111 -0.2540 0.396 0.604 0.000
#> SRR2052667 2 0.4479 0.6075 0.096 0.860 0.044
#> SRR2052666 1 0.5875 0.8308 0.784 0.160 0.056
#> SRR2052665 2 0.0000 0.6036 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.8438 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052663 1 0.5216 0.8328 0.740 0.260 0.000
#> SRR2052662 2 0.5058 0.6645 0.000 0.756 0.244
#> SRR2052661 1 0.3412 0.8233 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052660 3 0.4968 0.6391 0.012 0.188 0.800
#> SRR2052659 1 0.4555 0.8451 0.800 0.200 0.000
#> SRR2052658 2 0.1411 0.5816 0.036 0.964 0.000
#> SRR2052657 1 0.3192 0.8257 0.888 0.112 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 4 0.7766 0.4063 0.016 0.284 0.184 0.516
#> SRR2052701 4 0.7461 0.5927 0.040 0.284 0.100 0.576
#> SRR2052700 4 0.1247 0.6979 0.012 0.016 0.004 0.968
#> SRR2052699 4 0.5930 0.7044 0.040 0.196 0.044 0.720
#> SRR2052698 3 0.5158 -0.7516 0.004 0.472 0.524 0.000
#> SRR2052708 1 0.3718 0.7964 0.820 0.012 0.000 0.168
#> SRR2052749 1 0.1940 0.8044 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052786 2 0.4972 0.8136 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR2052825 4 0.5033 0.6647 0.020 0.124 0.064 0.792
#> SRR2052824 4 0.3687 0.7111 0.012 0.048 0.072 0.868
#> SRR2052823 4 0.5755 0.5909 0.000 0.332 0.044 0.624
#> SRR2052822 2 0.5167 0.8088 0.004 0.508 0.488 0.000
#> SRR2052821 2 0.5167 0.8088 0.004 0.508 0.488 0.000
#> SRR2052820 4 0.2807 0.7106 0.032 0.016 0.040 0.912
#> SRR2052819 4 0.3649 0.6738 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR2052818 4 0.3367 0.7171 0.000 0.028 0.108 0.864
#> SRR2052817 3 0.0000 0.8118 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052816 4 0.1968 0.7026 0.008 0.044 0.008 0.940
#> SRR2052815 4 0.3758 0.7116 0.012 0.048 0.076 0.864
#> SRR2052814 2 0.7526 0.6185 0.000 0.468 0.332 0.200
#> SRR2052813 2 0.4992 0.8183 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR2052812 2 0.5070 0.7379 0.000 0.620 0.372 0.008
#> SRR2052811 4 0.7685 0.4674 0.020 0.280 0.164 0.536
#> SRR2052810 4 0.3653 0.7147 0.000 0.028 0.128 0.844
#> SRR2052809 2 0.5168 0.7981 0.004 0.500 0.496 0.000
#> SRR2052808 4 0.6690 0.5275 0.000 0.248 0.144 0.608
#> SRR2052807 4 0.6654 0.3178 0.116 0.296 0.000 0.588
#> SRR2052806 1 0.5923 0.7679 0.696 0.176 0.000 0.128
#> SRR2052805 1 0.6690 0.7336 0.620 0.192 0.000 0.188
#> SRR2052804 4 0.4204 0.5898 0.020 0.192 0.000 0.788
#> SRR2052803 1 0.6058 0.7636 0.684 0.136 0.000 0.180
#> SRR2052802 4 0.4993 0.5550 0.028 0.260 0.000 0.712
#> SRR2052801 1 0.7636 0.6281 0.468 0.248 0.000 0.284
#> SRR2052800 4 0.4993 0.5550 0.028 0.260 0.000 0.712
#> SRR2052799 1 0.7636 0.6281 0.468 0.248 0.000 0.284
#> SRR2052798 1 0.2011 0.8040 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052797 2 0.5165 0.8122 0.004 0.512 0.484 0.000
#> SRR2052796 1 0.7636 0.6281 0.468 0.248 0.000 0.284
#> SRR2052795 1 0.3351 0.8005 0.844 0.008 0.000 0.148
#> SRR2052794 1 0.7636 0.6281 0.468 0.248 0.000 0.284
#> SRR2052793 1 0.7618 0.6307 0.472 0.244 0.000 0.284
#> SRR2052792 4 0.5279 0.5670 0.072 0.192 0.000 0.736
#> SRR2052791 4 0.5855 0.4647 0.208 0.100 0.000 0.692
#> SRR2052790 3 0.2859 0.6913 0.008 0.112 0.880 0.000
#> SRR2052789 3 0.0000 0.8118 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0336 0.8104 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2052787 2 0.4992 0.8183 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR2052785 3 0.4661 -0.3970 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR2052784 2 0.5163 0.8141 0.004 0.516 0.480 0.000
#> SRR2052783 2 0.5168 0.8036 0.004 0.504 0.492 0.000
#> SRR2052782 2 0.5165 0.8122 0.004 0.512 0.484 0.000
#> SRR2052781 2 0.5669 0.8136 0.004 0.516 0.464 0.016
#> SRR2052780 3 0.0336 0.8104 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2052777 2 0.5317 0.8166 0.004 0.532 0.460 0.004
#> SRR2052779 2 0.5165 0.8122 0.004 0.512 0.484 0.000
#> SRR2052778 3 0.0188 0.8096 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052776 2 0.5168 0.8031 0.004 0.504 0.492 0.000
#> SRR2052775 3 0.0000 0.8118 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.3908 0.3363 0.004 0.212 0.784 0.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.8118 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.8118 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052771 1 0.6726 0.6762 0.584 0.124 0.000 0.292
#> SRR2052769 2 0.7429 0.6568 0.004 0.496 0.340 0.160
#> SRR2052770 3 0.0000 0.8118 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.5244 0.7575 0.000 0.600 0.388 0.012
#> SRR2052767 2 0.8148 0.4715 0.016 0.416 0.352 0.216
#> SRR2052766 4 0.4287 0.7204 0.024 0.036 0.104 0.836
#> SRR2052765 4 0.8093 -0.2281 0.008 0.312 0.272 0.408
#> SRR2052763 3 0.3000 0.7326 0.008 0.052 0.900 0.040
#> SRR2052764 4 0.3852 0.7176 0.040 0.024 0.072 0.864
#> SRR2052761 4 0.5459 0.6991 0.024 0.060 0.156 0.760
#> SRR2052760 2 0.4981 0.8172 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR2052759 3 0.1256 0.7943 0.008 0.028 0.964 0.000
#> SRR2052762 2 0.7738 0.1993 0.000 0.424 0.240 0.336
#> SRR2052758 3 0.1377 0.7950 0.008 0.020 0.964 0.008
#> SRR2052756 1 0.5484 0.7781 0.732 0.104 0.000 0.164
#> SRR2052757 3 0.5168 -0.7980 0.004 0.492 0.504 0.000
#> SRR2052755 1 0.1022 0.8029 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052754 1 0.7636 0.6281 0.468 0.248 0.000 0.284
#> SRR2052753 1 0.1118 0.8025 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052752 1 0.3539 0.7961 0.820 0.004 0.000 0.176
#> SRR2052750 1 0.1118 0.7994 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052751 4 0.6840 0.5636 0.008 0.324 0.096 0.572
#> SRR2052748 4 0.5226 0.6073 0.008 0.020 0.276 0.696
#> SRR2052747 1 0.2399 0.8024 0.920 0.048 0.000 0.032
#> SRR2052746 3 0.1256 0.7943 0.008 0.028 0.964 0.000
#> SRR2052745 3 0.3000 0.7326 0.008 0.052 0.900 0.040
#> SRR2052744 1 0.1302 0.8018 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052741 4 0.6175 0.6833 0.040 0.224 0.044 0.692
#> SRR2052743 4 0.5898 0.5764 0.000 0.348 0.048 0.604
#> SRR2052740 4 0.6646 0.6313 0.044 0.280 0.044 0.632
#> SRR2052742 4 0.5968 0.6148 0.008 0.312 0.044 0.636
#> SRR2052739 2 0.6292 0.7758 0.000 0.524 0.416 0.060
#> SRR2052738 3 0.2353 0.7621 0.008 0.040 0.928 0.024
#> SRR2052736 4 0.6274 0.6961 0.104 0.128 0.044 0.724
#> SRR2052735 1 0.3545 0.7303 0.828 0.008 0.000 0.164
#> SRR2052734 1 0.5632 0.5433 0.620 0.008 0.020 0.352
#> SRR2052737 2 0.5454 0.8197 0.004 0.520 0.468 0.008
#> SRR2052733 3 0.1042 0.7981 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR2052732 4 0.3959 0.7187 0.052 0.024 0.064 0.860
#> SRR2052731 3 0.1151 0.7974 0.008 0.024 0.968 0.000
#> SRR2052729 1 0.1022 0.8029 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052728 1 0.1302 0.8028 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052730 4 0.2317 0.7124 0.012 0.012 0.048 0.928
#> SRR2052727 1 0.1118 0.7994 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052725 4 0.2722 0.6797 0.064 0.032 0.000 0.904
#> SRR2052726 1 0.3032 0.7553 0.868 0.008 0.000 0.124
#> SRR2052724 1 0.4011 0.7833 0.784 0.008 0.000 0.208
#> SRR2052723 4 0.4010 0.6939 0.044 0.076 0.024 0.856
#> SRR2052722 3 0.0524 0.8063 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2052721 1 0.1118 0.7994 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052720 2 0.4992 0.8183 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR2052719 2 0.4961 0.8096 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR2052718 1 0.5253 0.6124 0.624 0.016 0.000 0.360
#> SRR2052717 2 0.7588 0.2561 0.000 0.464 0.216 0.320
#> SRR2052714 1 0.4697 0.7255 0.696 0.008 0.000 0.296
#> SRR2052716 4 0.2573 0.7168 0.024 0.012 0.044 0.920
#> SRR2052715 3 0.0000 0.8118 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.4591 0.7984 0.800 0.084 0.000 0.116
#> SRR2052712 4 0.5053 0.6137 0.020 0.172 0.036 0.772
#> SRR2052711 4 0.3108 0.6384 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR2052710 4 0.7641 -0.0148 0.000 0.376 0.208 0.416
#> SRR2052707 3 0.0188 0.8092 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.8118 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.2408 0.6724 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR2052705 4 0.6819 0.5147 0.000 0.348 0.112 0.540
#> SRR2052697 4 0.6561 0.6621 0.052 0.244 0.044 0.660
#> SRR2052703 3 0.0000 0.8118 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.1118 0.7994 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052706 2 0.7405 0.6556 0.004 0.516 0.312 0.168
#> SRR2052695 2 0.4992 0.8183 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR2052694 2 0.4992 0.8183 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR2052692 3 0.4419 0.6023 0.008 0.072 0.824 0.096
#> SRR2052693 3 0.5336 -0.8026 0.004 0.492 0.500 0.004
#> SRR2052691 4 0.6843 0.4374 0.336 0.040 0.044 0.580
#> SRR2052690 4 0.5948 0.7021 0.076 0.136 0.044 0.744
#> SRR2052689 4 0.3498 0.7032 0.000 0.008 0.160 0.832
#> SRR2052687 4 0.3853 0.7015 0.000 0.020 0.160 0.820
#> SRR2052686 4 0.5883 0.4305 0.172 0.128 0.000 0.700
#> SRR2052688 2 0.6941 0.7089 0.000 0.520 0.360 0.120
#> SRR2052684 4 0.5352 0.5964 0.060 0.176 0.012 0.752
#> SRR2052685 4 0.5773 0.5855 0.000 0.336 0.044 0.620
#> SRR2052683 1 0.7636 0.6281 0.468 0.248 0.000 0.284
#> SRR2052681 4 0.3257 0.7142 0.012 0.032 0.068 0.888
#> SRR2052680 4 0.3515 0.7136 0.012 0.040 0.072 0.876
#> SRR2052682 4 0.6590 0.5754 0.220 0.064 0.044 0.672
#> SRR2052679 1 0.1022 0.8002 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052678 3 0.0336 0.8104 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2052677 2 0.5167 0.8088 0.004 0.508 0.488 0.000
#> SRR2052675 4 0.6190 0.6849 0.044 0.216 0.044 0.696
#> SRR2052676 1 0.1488 0.8040 0.956 0.012 0.000 0.032
#> SRR2052674 4 0.5382 0.6611 0.000 0.124 0.132 0.744
#> SRR2052672 3 0.0188 0.8113 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2052673 4 0.5141 0.7012 0.088 0.068 0.044 0.800
#> SRR2052671 4 0.7194 0.5457 0.016 0.332 0.104 0.548
#> SRR2052670 3 0.0000 0.8118 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.4977 0.8161 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR2052668 4 0.6161 0.7039 0.060 0.180 0.044 0.716
#> SRR2052667 4 0.7098 0.4647 0.000 0.312 0.152 0.536
#> SRR2052666 4 0.5002 0.7152 0.016 0.052 0.148 0.784
#> SRR2052665 4 0.6979 0.4837 0.000 0.344 0.128 0.528
#> SRR2052664 1 0.7636 0.6281 0.468 0.248 0.000 0.284
#> SRR2052663 4 0.3716 0.7158 0.044 0.060 0.024 0.872
#> SRR2052662 2 0.6477 0.6618 0.000 0.600 0.300 0.100
#> SRR2052661 1 0.1118 0.8026 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052660 3 0.6699 0.0365 0.008 0.076 0.556 0.360
#> SRR2052659 4 0.4580 0.7224 0.024 0.112 0.044 0.820
#> SRR2052658 4 0.6064 0.5899 0.008 0.332 0.044 0.616
#> SRR2052657 1 0.1867 0.8089 0.928 0.000 0.000 0.072
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.6732 0.694 0.000 0.600 0.184 0.068 NA
#> SRR2052701 4 0.5987 0.661 0.000 0.068 0.092 0.676 NA
#> SRR2052700 4 0.2095 0.721 0.000 0.008 0.012 0.920 NA
#> SRR2052699 4 0.6649 0.609 0.008 0.088 0.052 0.588 NA
#> SRR2052698 2 0.5365 0.829 0.000 0.628 0.284 0.000 NA
#> SRR2052708 1 0.0703 0.887 0.976 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2052749 1 0.0404 0.887 0.988 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2052786 2 0.3779 0.864 0.000 0.752 0.236 0.000 NA
#> SRR2052825 4 0.6148 0.618 0.000 0.044 0.096 0.632 NA
#> SRR2052824 4 0.6148 0.614 0.000 0.044 0.096 0.632 NA
#> SRR2052823 4 0.6475 0.582 0.000 0.108 0.040 0.576 NA
#> SRR2052822 2 0.5116 0.860 0.000 0.668 0.248 0.000 NA
#> SRR2052821 2 0.5116 0.860 0.000 0.668 0.248 0.000 NA
#> SRR2052820 4 0.3291 0.727 0.008 0.044 0.044 0.876 NA
#> SRR2052819 4 0.6526 0.523 0.000 0.024 0.188 0.576 NA
#> SRR2052818 4 0.6234 0.563 0.000 0.016 0.156 0.596 NA
#> SRR2052817 3 0.1082 0.950 0.000 0.028 0.964 0.000 NA
#> SRR2052816 4 0.1602 0.728 0.008 0.012 0.012 0.952 NA
#> SRR2052815 4 0.6497 0.580 0.000 0.040 0.136 0.596 NA
#> SRR2052814 2 0.4438 0.849 0.000 0.732 0.224 0.040 NA
#> SRR2052813 2 0.4904 0.865 0.000 0.688 0.240 0.000 NA
#> SRR2052812 2 0.4141 0.858 0.000 0.736 0.236 0.000 NA
#> SRR2052811 2 0.7869 0.496 0.000 0.476 0.188 0.176 NA
#> SRR2052810 4 0.6380 0.557 0.000 0.024 0.156 0.592 NA
#> SRR2052809 2 0.5066 0.863 0.000 0.676 0.240 0.000 NA
#> SRR2052808 4 0.5872 0.540 0.000 0.184 0.152 0.648 NA
#> SRR2052807 4 0.4918 0.682 0.008 0.072 0.000 0.716 NA
#> SRR2052806 1 0.4264 0.836 0.760 0.008 0.000 0.036 NA
#> SRR2052805 1 0.4952 0.816 0.708 0.008 0.000 0.068 NA
#> SRR2052804 4 0.4661 0.706 0.012 0.148 0.012 0.772 NA
#> SRR2052803 1 0.4297 0.836 0.756 0.008 0.000 0.036 NA
#> SRR2052802 4 0.4937 0.687 0.004 0.100 0.000 0.720 NA
#> SRR2052801 1 0.5405 0.779 0.640 0.004 0.000 0.084 NA
#> SRR2052800 4 0.4972 0.686 0.004 0.100 0.000 0.716 NA
#> SRR2052799 1 0.5405 0.779 0.640 0.004 0.000 0.084 NA
#> SRR2052798 1 0.0404 0.887 0.988 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2052797 2 0.5116 0.860 0.000 0.668 0.248 0.000 NA
#> SRR2052796 1 0.5405 0.779 0.640 0.004 0.000 0.084 NA
#> SRR2052795 1 0.1043 0.884 0.960 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2052794 1 0.5405 0.779 0.640 0.004 0.000 0.084 NA
#> SRR2052793 1 0.5332 0.785 0.648 0.004 0.000 0.080 NA
#> SRR2052792 4 0.4137 0.702 0.028 0.176 0.000 0.780 NA
#> SRR2052791 4 0.4848 0.646 0.132 0.144 0.000 0.724 NA
#> SRR2052790 3 0.1830 0.881 0.000 0.068 0.924 0.000 NA
#> SRR2052789 3 0.0510 0.953 0.000 0.016 0.984 0.000 NA
#> SRR2052788 3 0.0510 0.953 0.000 0.016 0.984 0.000 NA
#> SRR2052787 2 0.3395 0.867 0.000 0.764 0.236 0.000 NA
#> SRR2052785 2 0.5848 0.739 0.000 0.560 0.352 0.012 NA
#> SRR2052784 2 0.5091 0.860 0.000 0.672 0.244 0.000 NA
#> SRR2052783 2 0.4815 0.866 0.000 0.692 0.244 0.000 NA
#> SRR2052782 2 0.5091 0.860 0.000 0.672 0.244 0.000 NA
#> SRR2052781 2 0.3779 0.868 0.000 0.752 0.236 0.000 NA
#> SRR2052780 3 0.0510 0.953 0.000 0.016 0.984 0.000 NA
#> SRR2052777 2 0.4575 0.869 0.000 0.712 0.236 0.000 NA
#> SRR2052779 2 0.5116 0.860 0.000 0.668 0.248 0.000 NA
#> SRR2052778 3 0.1018 0.952 0.000 0.016 0.968 0.000 NA
#> SRR2052776 2 0.5116 0.860 0.000 0.668 0.248 0.000 NA
#> SRR2052775 3 0.0771 0.954 0.000 0.020 0.976 0.000 NA
#> SRR2052773 3 0.4593 0.567 0.000 0.184 0.736 0.000 NA
#> SRR2052772 3 0.0609 0.953 0.000 0.020 0.980 0.000 NA
#> SRR2052774 3 0.0771 0.953 0.000 0.020 0.976 0.000 NA
#> SRR2052771 1 0.1792 0.870 0.916 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR2052769 2 0.3962 0.866 0.000 0.744 0.240 0.012 NA
#> SRR2052770 3 0.1117 0.952 0.000 0.020 0.964 0.000 NA
#> SRR2052768 2 0.4441 0.850 0.000 0.720 0.236 0.000 NA
#> SRR2052767 2 0.6070 0.766 0.000 0.624 0.220 0.020 NA
#> SRR2052766 4 0.4865 0.676 0.008 0.048 0.148 0.764 NA
#> SRR2052765 2 0.8513 0.261 0.000 0.324 0.216 0.252 NA
#> SRR2052763 3 0.0960 0.930 0.000 0.016 0.972 0.004 NA
#> SRR2052764 4 0.5655 0.624 0.000 0.016 0.084 0.640 NA
#> SRR2052761 4 0.3525 0.714 0.000 0.012 0.120 0.836 NA
#> SRR2052760 2 0.3878 0.864 0.000 0.748 0.236 0.000 NA
#> SRR2052759 3 0.0451 0.943 0.000 0.008 0.988 0.000 NA
#> SRR2052762 2 0.8024 0.271 0.000 0.368 0.224 0.312 NA
#> SRR2052758 3 0.0794 0.951 0.000 0.028 0.972 0.000 NA
#> SRR2052756 1 0.1124 0.885 0.960 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR2052757 2 0.5215 0.854 0.000 0.656 0.256 0.000 NA
#> SRR2052755 1 0.0162 0.885 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2052754 1 0.5433 0.786 0.652 0.008 0.000 0.084 NA
#> SRR2052753 1 0.0162 0.885 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2052752 1 0.1357 0.883 0.948 0.004 0.000 0.048 NA
#> SRR2052750 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2052751 4 0.6912 0.584 0.000 0.084 0.092 0.548 NA
#> SRR2052748 4 0.5453 0.659 0.008 0.044 0.180 0.716 NA
#> SRR2052747 1 0.2719 0.862 0.852 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR2052746 3 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.988 0.000 NA
#> SRR2052745 3 0.1179 0.929 0.000 0.016 0.964 0.004 NA
#> SRR2052744 1 0.0162 0.885 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2052741 4 0.6408 0.588 0.000 0.100 0.040 0.580 NA
#> SRR2052743 4 0.6704 0.577 0.000 0.112 0.052 0.560 NA
#> SRR2052740 4 0.6157 0.600 0.000 0.068 0.040 0.580 NA
#> SRR2052742 4 0.6638 0.604 0.008 0.076 0.056 0.580 NA
#> SRR2052739 2 0.4169 0.860 0.000 0.732 0.240 0.000 NA
#> SRR2052738 3 0.0968 0.934 0.000 0.012 0.972 0.004 NA
#> SRR2052736 4 0.4088 0.712 0.008 0.060 0.040 0.832 NA
#> SRR2052735 1 0.2846 0.817 0.864 0.008 0.000 0.120 NA
#> SRR2052734 1 0.4389 0.733 0.772 0.004 0.012 0.172 NA
#> SRR2052737 2 0.3395 0.867 0.000 0.764 0.236 0.000 NA
#> SRR2052733 3 0.1904 0.932 0.000 0.020 0.936 0.016 NA
#> SRR2052732 4 0.4412 0.702 0.000 0.012 0.076 0.780 NA
#> SRR2052731 3 0.0162 0.946 0.000 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR2052729 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2052728 1 0.0162 0.885 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2052730 4 0.3152 0.721 0.008 0.032 0.072 0.876 NA
#> SRR2052727 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2052725 4 0.2720 0.717 0.004 0.020 0.000 0.880 NA
#> SRR2052726 1 0.2392 0.831 0.888 0.004 0.000 0.104 NA
#> SRR2052724 1 0.1197 0.882 0.952 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR2052723 4 0.4616 0.714 0.012 0.176 0.020 0.764 NA
#> SRR2052722 3 0.0865 0.953 0.000 0.024 0.972 0.000 NA
#> SRR2052721 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2052720 2 0.3395 0.867 0.000 0.764 0.236 0.000 NA
#> SRR2052719 2 0.3779 0.864 0.000 0.752 0.236 0.000 NA
#> SRR2052718 1 0.4935 0.428 0.616 0.000 0.000 0.344 NA
#> SRR2052717 2 0.8152 0.305 0.000 0.392 0.212 0.268 NA
#> SRR2052714 1 0.1478 0.878 0.936 0.000 0.000 0.064 NA
#> SRR2052716 4 0.2807 0.726 0.008 0.028 0.040 0.900 NA
#> SRR2052715 3 0.1282 0.930 0.000 0.044 0.952 0.000 NA
#> SRR2052713 1 0.3211 0.854 0.824 0.008 0.000 0.004 NA
#> SRR2052712 4 0.4557 0.694 0.004 0.104 0.000 0.760 NA
#> SRR2052711 4 0.1808 0.719 0.012 0.008 0.000 0.936 NA
#> SRR2052710 2 0.6421 0.573 0.000 0.560 0.184 0.244 NA
#> SRR2052707 3 0.0771 0.953 0.000 0.020 0.976 0.000 NA
#> SRR2052709 3 0.0865 0.953 0.000 0.024 0.972 0.000 NA
#> SRR2052704 3 0.2653 0.888 0.000 0.020 0.900 0.052 NA
#> SRR2052705 4 0.7576 0.515 0.000 0.136 0.108 0.480 NA
#> SRR2052697 4 0.6141 0.603 0.000 0.068 0.040 0.584 NA
#> SRR2052703 3 0.0865 0.953 0.000 0.024 0.972 0.000 NA
#> SRR2052696 1 0.0162 0.886 0.996 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2052706 2 0.5706 0.826 0.000 0.656 0.244 0.040 NA
#> SRR2052695 2 0.4398 0.869 0.000 0.720 0.240 0.000 NA
#> SRR2052694 2 0.3579 0.868 0.000 0.756 0.240 0.000 NA
#> SRR2052692 3 0.3767 0.704 0.000 0.024 0.800 0.168 NA
#> SRR2052693 2 0.4948 0.863 0.000 0.676 0.256 0.000 NA
#> SRR2052691 4 0.5277 0.212 0.436 0.008 0.032 0.524 NA
#> SRR2052690 4 0.4795 0.697 0.008 0.032 0.044 0.768 NA
#> SRR2052689 4 0.6590 0.525 0.000 0.032 0.176 0.580 NA
#> SRR2052687 4 0.6844 0.510 0.000 0.064 0.172 0.584 NA
#> SRR2052686 4 0.5176 0.615 0.172 0.016 0.000 0.716 NA
#> SRR2052688 2 0.3807 0.865 0.000 0.748 0.240 0.000 NA
#> SRR2052684 4 0.4659 0.711 0.020 0.172 0.012 0.764 NA
#> SRR2052685 4 0.6540 0.582 0.000 0.108 0.044 0.572 NA
#> SRR2052683 1 0.5339 0.786 0.652 0.004 0.000 0.084 NA
#> SRR2052681 4 0.4024 0.696 0.000 0.024 0.092 0.820 NA
#> SRR2052680 4 0.6148 0.614 0.000 0.044 0.096 0.632 NA
#> SRR2052682 4 0.4525 0.706 0.088 0.020 0.032 0.808 NA
#> SRR2052679 1 0.0000 0.885 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2052678 3 0.0771 0.953 0.000 0.020 0.976 0.000 NA
#> SRR2052677 2 0.5140 0.858 0.000 0.664 0.252 0.000 NA
#> SRR2052675 4 0.6157 0.600 0.000 0.068 0.040 0.580 NA
#> SRR2052676 1 0.2068 0.874 0.904 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR2052674 4 0.7381 0.425 0.000 0.156 0.168 0.544 NA
#> SRR2052672 3 0.0771 0.954 0.000 0.020 0.976 0.000 NA
#> SRR2052673 4 0.3245 0.723 0.016 0.020 0.036 0.880 NA
#> SRR2052671 4 0.6530 0.631 0.000 0.084 0.128 0.632 NA
#> SRR2052670 3 0.0912 0.952 0.000 0.016 0.972 0.000 NA
#> SRR2052669 2 0.3395 0.867 0.000 0.764 0.236 0.000 NA
#> SRR2052668 4 0.6438 0.606 0.008 0.080 0.040 0.592 NA
#> SRR2052667 4 0.8023 0.255 0.000 0.296 0.140 0.408 NA
#> SRR2052666 4 0.5055 0.632 0.008 0.020 0.224 0.712 NA
#> SRR2052665 4 0.7923 0.442 0.000 0.112 0.184 0.428 NA
#> SRR2052664 1 0.5008 0.810 0.724 0.008 0.000 0.108 NA
#> SRR2052663 4 0.2856 0.726 0.000 0.008 0.016 0.872 NA
#> SRR2052662 2 0.6374 0.736 0.000 0.608 0.236 0.112 NA
#> SRR2052661 1 0.0451 0.884 0.988 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2052660 4 0.5480 0.397 0.000 0.036 0.400 0.548 NA
#> SRR2052659 4 0.4696 0.722 0.012 0.136 0.044 0.780 NA
#> SRR2052658 4 0.6663 0.580 0.000 0.108 0.052 0.564 NA
#> SRR2052657 1 0.0566 0.887 0.984 0.004 0.000 0.012 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 2 0.3857 0.6314 0.000 0.772 0.004 0.064 0.000 0.160
#> SRR2052701 6 0.4431 0.4415 0.000 0.096 0.004 0.164 0.004 0.732
#> SRR2052700 6 0.3789 0.1156 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR2052699 6 0.2465 0.5185 0.000 0.064 0.004 0.036 0.004 0.892
#> SRR2052698 2 0.4093 0.7216 0.000 0.764 0.088 0.008 0.140 0.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.7530 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.7530 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0603 0.7988 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR2052825 4 0.4412 0.5522 0.000 0.040 0.056 0.780 0.016 0.108
#> SRR2052824 4 0.4153 0.5553 0.000 0.040 0.048 0.800 0.016 0.096
#> SRR2052823 6 0.3862 0.5095 0.000 0.072 0.012 0.008 0.104 0.804
#> SRR2052822 2 0.3293 0.7660 0.000 0.812 0.048 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052821 2 0.2402 0.7887 0.000 0.856 0.004 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052820 6 0.6867 0.3580 0.000 0.016 0.132 0.156 0.144 0.552
#> SRR2052819 4 0.4374 0.5118 0.000 0.224 0.012 0.712 0.000 0.052
#> SRR2052818 4 0.3982 0.5602 0.000 0.156 0.000 0.764 0.004 0.076
#> SRR2052817 3 0.3921 0.9651 0.000 0.308 0.676 0.004 0.012 0.000
#> SRR2052816 6 0.4170 0.2648 0.000 0.020 0.000 0.328 0.004 0.648
#> SRR2052815 4 0.4218 0.5650 0.000 0.072 0.048 0.800 0.016 0.064
#> SRR2052814 2 0.1261 0.7896 0.000 0.952 0.000 0.024 0.000 0.024
#> SRR2052813 2 0.2513 0.7872 0.000 0.852 0.008 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052812 2 0.0692 0.7981 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR2052811 2 0.4490 0.5644 0.000 0.720 0.004 0.128 0.000 0.148
#> SRR2052810 4 0.4024 0.5504 0.000 0.180 0.000 0.752 0.004 0.064
#> SRR2052809 2 0.3013 0.7831 0.000 0.832 0.024 0.004 0.140 0.000
#> SRR2052808 2 0.5461 0.0227 0.000 0.520 0.000 0.136 0.000 0.344
#> SRR2052807 4 0.6955 0.2902 0.032 0.000 0.068 0.512 0.124 0.264
#> SRR2052806 1 0.3810 -0.7211 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR2052805 1 0.3851 -0.8132 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR2052804 4 0.5897 0.1575 0.000 0.000 0.136 0.484 0.016 0.364
#> SRR2052803 1 0.3843 -0.7912 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR2052802 4 0.6358 0.2922 0.000 0.000 0.092 0.540 0.104 0.264
#> SRR2052801 5 0.3857 0.9901 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR2052800 4 0.6358 0.2922 0.000 0.000 0.092 0.540 0.104 0.264
#> SRR2052799 5 0.3860 0.9854 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR2052798 1 0.0146 0.7518 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052797 2 0.2613 0.7857 0.000 0.848 0.012 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052796 5 0.3860 0.9872 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.7530 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 5 0.3857 0.9901 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR2052793 5 0.3862 0.9842 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR2052792 6 0.7377 0.0442 0.004 0.000 0.160 0.284 0.148 0.404
#> SRR2052791 6 0.7840 0.1537 0.240 0.000 0.156 0.176 0.028 0.400
#> SRR2052790 3 0.3668 0.9514 0.000 0.328 0.668 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.3428 0.9701 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.3547 0.9681 0.000 0.300 0.696 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.0508 0.7994 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052785 2 0.4243 0.6882 0.000 0.744 0.104 0.004 0.148 0.000
#> SRR2052784 2 0.3023 0.7739 0.000 0.828 0.032 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052783 2 0.2402 0.7885 0.000 0.856 0.004 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052782 2 0.2872 0.7806 0.000 0.836 0.024 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052781 2 0.0551 0.8006 0.000 0.984 0.008 0.000 0.004 0.004
#> SRR2052780 3 0.3428 0.9690 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.2257 0.7950 0.000 0.876 0.008 0.000 0.116 0.000
#> SRR2052779 2 0.3416 0.7536 0.000 0.804 0.056 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052778 3 0.3964 0.9667 0.000 0.308 0.676 0.004 0.008 0.004
#> SRR2052776 2 0.3356 0.7617 0.000 0.808 0.052 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052775 3 0.3827 0.9671 0.000 0.308 0.680 0.004 0.008 0.000
#> SRR2052773 3 0.5568 0.5936 0.000 0.392 0.468 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052772 3 0.3428 0.9701 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.3428 0.9701 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052771 1 0.0291 0.7489 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2052769 2 0.1862 0.7897 0.000 0.932 0.032 0.012 0.008 0.016
#> SRR2052770 3 0.3964 0.9667 0.000 0.308 0.676 0.004 0.008 0.004
#> SRR2052768 2 0.1010 0.7934 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR2052767 2 0.1983 0.7675 0.000 0.908 0.000 0.020 0.000 0.072
#> SRR2052766 6 0.7761 -0.0157 0.000 0.200 0.024 0.216 0.148 0.412
#> SRR2052765 2 0.4084 0.3164 0.000 0.588 0.000 0.400 0.000 0.012
#> SRR2052763 3 0.3791 0.9639 0.000 0.300 0.688 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052764 4 0.4199 0.5055 0.000 0.052 0.008 0.728 0.000 0.212
#> SRR2052761 6 0.6578 0.4114 0.000 0.088 0.040 0.120 0.144 0.608
#> SRR2052760 2 0.0547 0.7987 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052759 3 0.3547 0.9681 0.000 0.300 0.696 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.6043 0.1309 0.000 0.476 0.032 0.008 0.088 0.396
#> SRR2052758 3 0.3464 0.9638 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.0767 0.7417 0.976 0.000 0.008 0.000 0.012 0.004
#> SRR2052757 2 0.3434 0.7642 0.000 0.808 0.048 0.004 0.140 0.000
#> SRR2052755 1 0.0972 0.7329 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028 0.000
#> SRR2052754 5 0.3860 0.9905 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR2052753 1 0.1606 0.7071 0.932 0.000 0.008 0.004 0.056 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.7530 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.7530 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 6 0.4520 0.5003 0.000 0.052 0.048 0.020 0.104 0.776
#> SRR2052748 6 0.7799 0.1115 0.000 0.268 0.040 0.136 0.144 0.412
#> SRR2052747 1 0.3288 -0.0440 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR2052746 3 0.3547 0.9681 0.000 0.300 0.696 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.3928 0.9628 0.000 0.300 0.684 0.008 0.004 0.004
#> SRR2052744 1 0.1606 0.7070 0.932 0.000 0.008 0.004 0.056 0.000
#> SRR2052741 6 0.3653 0.5106 0.000 0.060 0.024 0.000 0.100 0.816
#> SRR2052743 6 0.4387 0.4970 0.000 0.092 0.020 0.012 0.104 0.772
#> SRR2052740 6 0.3517 0.5108 0.000 0.072 0.012 0.000 0.096 0.820
#> SRR2052742 6 0.3880 0.5041 0.000 0.036 0.048 0.004 0.104 0.808
#> SRR2052739 2 0.0820 0.7967 0.000 0.972 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR2052738 3 0.3791 0.9639 0.000 0.300 0.688 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052736 6 0.5512 0.4662 0.024 0.064 0.052 0.128 0.016 0.716
#> SRR2052735 1 0.4205 0.5445 0.796 0.000 0.056 0.008 0.064 0.076
#> SRR2052734 1 0.4800 0.4995 0.768 0.012 0.056 0.012 0.064 0.088
#> SRR2052737 2 0.0363 0.7990 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052733 3 0.3721 0.9688 0.000 0.308 0.684 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052732 4 0.4848 0.0925 0.000 0.032 0.012 0.488 0.000 0.468
#> SRR2052731 3 0.3684 0.9679 0.000 0.300 0.692 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052729 1 0.0146 0.7518 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052728 1 0.0291 0.7520 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052730 6 0.4647 0.0867 0.000 0.008 0.012 0.400 0.012 0.568
#> SRR2052727 1 0.0146 0.7518 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052725 6 0.5437 0.0696 0.012 0.000 0.056 0.400 0.012 0.520
#> SRR2052726 1 0.3367 0.6170 0.848 0.000 0.036 0.004 0.064 0.048
#> SRR2052724 1 0.0000 0.7530 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 6 0.7100 0.2435 0.000 0.008 0.164 0.184 0.144 0.500
#> SRR2052722 3 0.3921 0.9651 0.000 0.308 0.676 0.004 0.012 0.000
#> SRR2052721 1 0.0146 0.7518 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052720 2 0.0912 0.8003 0.000 0.972 0.008 0.004 0.004 0.012
#> SRR2052719 2 0.0547 0.7987 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052718 1 0.5801 0.1715 0.580 0.000 0.052 0.020 0.040 0.308
#> SRR2052717 2 0.5690 0.2121 0.000 0.508 0.016 0.004 0.092 0.380
#> SRR2052714 1 0.0146 0.7507 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052716 6 0.5996 0.3921 0.000 0.024 0.044 0.148 0.144 0.640
#> SRR2052715 3 0.3964 0.9667 0.000 0.308 0.676 0.004 0.008 0.004
#> SRR2052713 1 0.3634 -0.4693 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR2052712 4 0.5317 0.3276 0.000 0.000 0.088 0.620 0.024 0.268
#> SRR2052711 6 0.5459 0.1276 0.012 0.000 0.056 0.368 0.016 0.548
#> SRR2052710 2 0.4278 0.5316 0.000 0.712 0.000 0.212 0.000 0.076
#> SRR2052707 3 0.3921 0.9651 0.000 0.308 0.676 0.004 0.012 0.000
#> SRR2052709 3 0.3446 0.9693 0.000 0.308 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.3672 0.9683 0.000 0.304 0.688 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052705 6 0.4753 0.4608 0.000 0.144 0.012 0.012 0.104 0.728
#> SRR2052697 6 0.4122 0.5115 0.000 0.072 0.012 0.024 0.096 0.796
#> SRR2052703 3 0.3827 0.9671 0.000 0.308 0.680 0.004 0.008 0.000
#> SRR2052696 1 0.0146 0.7518 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052706 2 0.2093 0.7861 0.000 0.900 0.004 0.088 0.004 0.004
#> SRR2052695 2 0.1814 0.8006 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR2052694 2 0.1668 0.8037 0.000 0.928 0.008 0.000 0.060 0.004
#> SRR2052692 3 0.5216 0.8297 0.000 0.300 0.604 0.008 0.004 0.084
#> SRR2052693 2 0.3434 0.7648 0.000 0.808 0.048 0.004 0.140 0.000
#> SRR2052691 6 0.6445 0.2352 0.344 0.020 0.044 0.052 0.020 0.520
#> SRR2052690 6 0.3430 0.5069 0.000 0.028 0.060 0.076 0.000 0.836
#> SRR2052689 4 0.4713 0.5152 0.000 0.220 0.008 0.692 0.004 0.076
#> SRR2052687 4 0.5275 0.4403 0.000 0.304 0.004 0.580 0.000 0.112
#> SRR2052686 6 0.7189 -0.0252 0.140 0.000 0.056 0.348 0.036 0.420
#> SRR2052688 2 0.1003 0.7945 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR2052684 6 0.6978 0.2467 0.000 0.004 0.164 0.180 0.144 0.508
#> SRR2052685 6 0.3752 0.5091 0.000 0.072 0.012 0.004 0.104 0.808
#> SRR2052683 5 0.3860 0.9905 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR2052681 4 0.4619 0.2511 0.000 0.044 0.000 0.564 0.000 0.392
#> SRR2052680 4 0.4089 0.5560 0.000 0.040 0.044 0.804 0.016 0.096
#> SRR2052682 6 0.6936 0.3741 0.144 0.052 0.056 0.120 0.024 0.604
#> SRR2052679 1 0.0146 0.7518 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052678 3 0.3584 0.9694 0.000 0.308 0.688 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.3293 0.7632 0.000 0.812 0.048 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052675 6 0.3517 0.5108 0.000 0.072 0.012 0.000 0.096 0.820
#> SRR2052676 1 0.2597 0.4081 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR2052674 4 0.5533 0.3301 0.000 0.420 0.000 0.448 0.000 0.132
#> SRR2052672 3 0.3565 0.9697 0.000 0.304 0.692 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052673 6 0.6034 0.3671 0.020 0.060 0.040 0.228 0.020 0.632
#> SRR2052671 6 0.6046 0.0806 0.000 0.396 0.004 0.160 0.008 0.432
#> SRR2052670 3 0.3547 0.9686 0.000 0.300 0.696 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052669 2 0.1483 0.8052 0.000 0.944 0.008 0.000 0.036 0.012
#> SRR2052668 6 0.2847 0.5209 0.000 0.036 0.048 0.004 0.032 0.880
#> SRR2052667 2 0.5029 0.2560 0.000 0.580 0.000 0.092 0.000 0.328
#> SRR2052666 6 0.7764 0.1261 0.000 0.288 0.036 0.132 0.144 0.400
#> SRR2052665 6 0.5602 0.3306 0.000 0.248 0.020 0.012 0.100 0.620
#> SRR2052664 1 0.4928 -0.4513 0.572 0.000 0.000 0.000 0.352 0.076
#> SRR2052663 6 0.4450 0.2621 0.000 0.036 0.004 0.328 0.000 0.632
#> SRR2052662 2 0.2207 0.7813 0.000 0.908 0.008 0.004 0.020 0.060
#> SRR2052661 1 0.1799 0.7049 0.928 0.000 0.008 0.004 0.052 0.008
#> SRR2052660 6 0.7926 0.1148 0.000 0.296 0.108 0.072 0.128 0.396
#> SRR2052659 6 0.7513 0.3206 0.000 0.032 0.184 0.160 0.144 0.480
#> SRR2052658 6 0.3611 0.5096 0.000 0.072 0.012 0.000 0.104 0.812
#> SRR2052657 1 0.0000 0.7530 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.547 0.757 0.901 0.4687 0.536 0.536
#> 3 3 0.583 0.754 0.861 0.3745 0.621 0.399
#> 4 4 0.608 0.619 0.765 0.1229 0.815 0.544
#> 5 5 0.584 0.591 0.767 0.0613 0.796 0.424
#> 6 6 0.604 0.417 0.689 0.0405 0.861 0.508
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.9710 0.4063 0.400 0.600
#> SRR2052701 1 0.9993 -0.0453 0.516 0.484
#> SRR2052700 1 0.9833 0.1857 0.576 0.424
#> SRR2052699 1 0.7745 0.6346 0.772 0.228
#> SRR2052698 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.6973 0.7437 0.188 0.812
#> SRR2052825 1 0.7219 0.6763 0.800 0.200
#> SRR2052824 1 0.9983 -0.0122 0.524 0.476
#> SRR2052823 2 0.9881 0.3089 0.436 0.564
#> SRR2052822 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052820 2 0.6438 0.7132 0.164 0.836
#> SRR2052819 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052818 2 0.9833 0.3436 0.424 0.576
#> SRR2052817 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.9323 0.3934 0.652 0.348
#> SRR2052815 2 0.9710 0.4063 0.400 0.600
#> SRR2052814 2 0.5842 0.7862 0.140 0.860
#> SRR2052813 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.7376 0.7231 0.208 0.792
#> SRR2052811 2 0.9710 0.4063 0.400 0.600
#> SRR2052810 2 0.9710 0.4063 0.400 0.600
#> SRR2052809 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.4690 0.8163 0.100 0.900
#> SRR2052807 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052804 2 0.9427 0.3505 0.360 0.640
#> SRR2052803 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052802 2 0.9866 0.1540 0.432 0.568
#> SRR2052801 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.9795 0.2799 0.584 0.416
#> SRR2052799 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052798 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.7299 0.6661 0.796 0.204
#> SRR2052793 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052792 2 0.2603 0.8414 0.044 0.956
#> SRR2052791 2 1.0000 -0.0538 0.496 0.504
#> SRR2052790 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.7056 0.7398 0.192 0.808
#> SRR2052785 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.7745 0.6340 0.772 0.228
#> SRR2052769 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052770 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.7299 0.7274 0.204 0.796
#> SRR2052767 2 0.9686 0.4155 0.396 0.604
#> SRR2052766 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052765 2 0.8327 0.6542 0.264 0.736
#> SRR2052763 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052764 1 0.9710 0.2621 0.600 0.400
#> SRR2052761 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.7453 0.7186 0.212 0.788
#> SRR2052759 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052748 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052747 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052746 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052744 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.8909 0.5881 0.308 0.692
#> SRR2052743 2 0.7299 0.7275 0.204 0.796
#> SRR2052740 2 0.9775 0.3761 0.412 0.588
#> SRR2052742 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052739 2 0.8955 0.5817 0.312 0.688
#> SRR2052738 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052736 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.3733 0.8348 0.072 0.928
#> SRR2052733 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052732 1 0.9635 0.2963 0.612 0.388
#> SRR2052731 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052730 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052727 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052726 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052723 2 0.1843 0.8538 0.028 0.972
#> SRR2052722 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.2603 0.8513 0.044 0.956
#> SRR2052719 2 0.8499 0.6373 0.276 0.724
#> SRR2052718 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052714 1 0.0376 0.8863 0.996 0.004
#> SRR2052716 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052715 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052710 2 0.7056 0.7398 0.192 0.808
#> SRR2052707 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.6973 0.7437 0.188 0.812
#> SRR2052697 1 0.9795 0.2129 0.584 0.416
#> SRR2052703 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052696 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0376 0.8704 0.004 0.996
#> SRR2052695 2 0.2236 0.8555 0.036 0.964
#> SRR2052694 2 0.0938 0.8671 0.012 0.988
#> SRR2052692 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052691 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052690 1 0.7674 0.6498 0.776 0.224
#> SRR2052689 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052687 2 0.3114 0.8446 0.056 0.944
#> SRR2052686 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.8081 0.6753 0.248 0.752
#> SRR2052684 2 0.7219 0.6619 0.200 0.800
#> SRR2052685 2 0.9775 0.3761 0.412 0.588
#> SRR2052683 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.9922 0.1017 0.552 0.448
#> SRR2052680 2 0.9866 0.3211 0.432 0.568
#> SRR2052682 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.9963 0.2195 0.464 0.536
#> SRR2052676 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.8661 0.6198 0.288 0.712
#> SRR2052672 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052673 1 0.4022 0.8207 0.920 0.080
#> SRR2052671 2 0.9710 0.4063 0.400 0.600
#> SRR2052670 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.5178 0.8112 0.116 0.884
#> SRR2052667 2 0.9427 0.4926 0.360 0.640
#> SRR2052666 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.1184 0.8653 0.016 0.984
#> SRR2052664 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052663 1 0.9710 0.2621 0.600 0.400
#> SRR2052662 2 0.6247 0.7729 0.156 0.844
#> SRR2052661 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
#> SRR2052660 2 0.0000 0.8719 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.0672 0.8673 0.008 0.992
#> SRR2052658 2 0.8909 0.5884 0.308 0.692
#> SRR2052657 1 0.0000 0.8896 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0237 0.8303 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052701 2 0.0424 0.8318 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052700 2 0.3572 0.8231 0.060 0.900 0.040
#> SRR2052699 2 0.4121 0.7027 0.168 0.832 0.000
#> SRR2052698 3 0.1964 0.9137 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052708 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.2448 0.8334 0.000 0.924 0.076
#> SRR2052825 1 0.5573 0.7405 0.796 0.044 0.160
#> SRR2052824 1 0.6881 0.3936 0.592 0.020 0.388
#> SRR2052823 2 0.0424 0.8245 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052822 3 0.5016 0.7465 0.000 0.240 0.760
#> SRR2052821 2 0.5835 0.4955 0.000 0.660 0.340
#> SRR2052820 3 0.3192 0.7998 0.112 0.000 0.888
#> SRR2052819 3 0.2066 0.9146 0.000 0.060 0.940
#> SRR2052818 2 0.1529 0.8379 0.000 0.960 0.040
#> SRR2052817 3 0.1031 0.9053 0.000 0.024 0.976
#> SRR2052816 2 0.3192 0.7528 0.112 0.888 0.000
#> SRR2052815 1 0.9840 0.1796 0.416 0.264 0.320
#> SRR2052814 2 0.2711 0.8291 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052813 2 0.3941 0.7761 0.000 0.844 0.156
#> SRR2052812 2 0.1860 0.8377 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052811 2 0.0747 0.8341 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052810 2 0.2261 0.8358 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052809 3 0.5397 0.6637 0.000 0.280 0.720
#> SRR2052808 2 0.5859 0.4982 0.000 0.656 0.344
#> SRR2052807 1 0.3482 0.7791 0.872 0.000 0.128
#> SRR2052806 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.5560 0.5966 0.700 0.000 0.300
#> SRR2052803 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.5706 0.5660 0.680 0.000 0.320
#> SRR2052801 1 0.0592 0.8344 0.988 0.000 0.012
#> SRR2052800 1 0.5363 0.6302 0.724 0.000 0.276
#> SRR2052799 1 0.1860 0.8213 0.948 0.000 0.052
#> SRR2052798 1 0.0892 0.8303 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052797 2 0.5138 0.6575 0.000 0.748 0.252
#> SRR2052796 1 0.0237 0.8363 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052795 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.3116 0.7945 0.892 0.000 0.108
#> SRR2052793 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 3 0.2711 0.8064 0.088 0.000 0.912
#> SRR2052791 1 0.5497 0.6129 0.708 0.000 0.292
#> SRR2052790 3 0.4796 0.7751 0.000 0.220 0.780
#> SRR2052789 3 0.2165 0.9145 0.000 0.064 0.936
#> SRR2052788 3 0.1860 0.9137 0.000 0.052 0.948
#> SRR2052787 2 0.2625 0.8306 0.000 0.916 0.084
#> SRR2052785 3 0.2165 0.9145 0.000 0.064 0.936
#> SRR2052784 3 0.6008 0.4828 0.000 0.372 0.628
#> SRR2052783 2 0.6309 -0.0298 0.000 0.504 0.496
#> SRR2052782 2 0.5529 0.5820 0.000 0.704 0.296
#> SRR2052781 3 0.6126 0.3777 0.000 0.400 0.600
#> SRR2052780 3 0.3192 0.8900 0.000 0.112 0.888
#> SRR2052777 2 0.4346 0.7460 0.000 0.816 0.184
#> SRR2052779 2 0.6026 0.3997 0.000 0.624 0.376
#> SRR2052778 3 0.0237 0.8941 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052776 3 0.4605 0.7962 0.000 0.204 0.796
#> SRR2052775 3 0.2165 0.9145 0.000 0.064 0.936
#> SRR2052773 3 0.4452 0.8105 0.000 0.192 0.808
#> SRR2052772 3 0.1411 0.9099 0.000 0.036 0.964
#> SRR2052774 3 0.3038 0.8958 0.000 0.104 0.896
#> SRR2052771 1 0.1031 0.8316 0.976 0.000 0.024
#> SRR2052769 3 0.3192 0.8901 0.000 0.112 0.888
#> SRR2052770 3 0.0592 0.8990 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052768 2 0.1860 0.8377 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052767 2 0.0592 0.8330 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052766 3 0.0892 0.8767 0.020 0.000 0.980
#> SRR2052765 2 0.2261 0.8358 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052763 3 0.2261 0.9137 0.000 0.068 0.932
#> SRR2052764 2 0.0237 0.8303 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052761 3 0.2165 0.9145 0.000 0.064 0.936
#> SRR2052760 2 0.1860 0.8377 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052759 3 0.1031 0.9053 0.000 0.024 0.976
#> SRR2052762 2 0.5138 0.6542 0.000 0.748 0.252
#> SRR2052758 3 0.3412 0.8798 0.000 0.124 0.876
#> SRR2052756 1 0.2796 0.7917 0.908 0.092 0.000
#> SRR2052757 3 0.2625 0.9077 0.000 0.084 0.916
#> SRR2052755 2 0.6309 -0.0507 0.500 0.500 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.6291 0.1438 0.532 0.468 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.5882 0.4438 0.652 0.348 0.000
#> SRR2052751 3 0.5560 0.6420 0.000 0.300 0.700
#> SRR2052748 3 0.0237 0.8882 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052747 1 0.0237 0.8362 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052746 3 0.2066 0.9146 0.000 0.060 0.940
#> SRR2052745 3 0.1411 0.9099 0.000 0.036 0.964
#> SRR2052744 1 0.6307 0.0555 0.512 0.488 0.000
#> SRR2052741 2 0.0237 0.8267 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052743 2 0.1163 0.8365 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052740 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.5926 0.4503 0.000 0.644 0.356
#> SRR2052739 2 0.2066 0.8371 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052738 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.3686 0.7249 0.140 0.860 0.000
#> SRR2052735 2 0.5216 0.5778 0.260 0.740 0.000
#> SRR2052734 2 0.4062 0.7016 0.164 0.836 0.000
#> SRR2052737 2 0.3551 0.7988 0.000 0.868 0.132
#> SRR2052733 3 0.0424 0.8966 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052732 2 0.0237 0.8303 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052731 3 0.2066 0.9146 0.000 0.060 0.940
#> SRR2052729 1 0.5016 0.6345 0.760 0.240 0.000
#> SRR2052728 2 0.5621 0.4971 0.308 0.692 0.000
#> SRR2052730 3 0.2625 0.8282 0.084 0.000 0.916
#> SRR2052727 1 0.4235 0.7152 0.824 0.176 0.000
#> SRR2052725 2 0.4346 0.6792 0.184 0.816 0.000
#> SRR2052726 2 0.5810 0.4505 0.336 0.664 0.000
#> SRR2052724 1 0.0237 0.8362 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052723 3 0.1753 0.8476 0.048 0.000 0.952
#> SRR2052722 3 0.1163 0.9070 0.000 0.028 0.972
#> SRR2052721 1 0.6180 0.2862 0.584 0.416 0.000
#> SRR2052720 2 0.2625 0.8305 0.000 0.916 0.084
#> SRR2052719 2 0.1529 0.8379 0.000 0.960 0.040
#> SRR2052718 2 0.5560 0.5108 0.300 0.700 0.000
#> SRR2052717 2 0.2711 0.8289 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052714 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052716 3 0.0237 0.8942 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052715 3 0.2066 0.9147 0.000 0.060 0.940
#> SRR2052713 1 0.0237 0.8362 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052712 1 0.3752 0.7667 0.856 0.000 0.144
#> SRR2052711 2 0.6308 -0.0829 0.492 0.508 0.000
#> SRR2052710 2 0.5216 0.6740 0.000 0.740 0.260
#> SRR2052707 3 0.1163 0.9070 0.000 0.028 0.972
#> SRR2052709 3 0.2356 0.9124 0.000 0.072 0.928
#> SRR2052704 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.1411 0.8376 0.000 0.964 0.036
#> SRR2052697 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.2165 0.9145 0.000 0.064 0.936
#> SRR2052696 1 0.0892 0.8303 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052706 2 0.4842 0.6981 0.000 0.776 0.224
#> SRR2052695 2 0.2796 0.8270 0.000 0.908 0.092
#> SRR2052694 2 0.2711 0.8288 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052692 3 0.2448 0.9109 0.000 0.076 0.924
#> SRR2052693 3 0.2448 0.9110 0.000 0.076 0.924
#> SRR2052691 2 0.4750 0.6401 0.216 0.784 0.000
#> SRR2052690 2 0.4291 0.6870 0.180 0.820 0.000
#> SRR2052689 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052687 3 0.4121 0.7943 0.000 0.168 0.832
#> SRR2052686 2 0.5529 0.5155 0.296 0.704 0.000
#> SRR2052688 2 0.2261 0.8358 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052684 3 0.2448 0.8171 0.076 0.000 0.924
#> SRR2052685 2 0.0424 0.8318 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052683 1 0.0237 0.8362 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052681 2 0.2301 0.8381 0.004 0.936 0.060
#> SRR2052680 1 0.9130 0.2965 0.492 0.152 0.356
#> SRR2052682 2 0.4121 0.6974 0.168 0.832 0.000
#> SRR2052679 1 0.5254 0.5909 0.736 0.264 0.000
#> SRR2052678 3 0.2537 0.9093 0.000 0.080 0.920
#> SRR2052677 2 0.5988 0.4251 0.000 0.632 0.368
#> SRR2052675 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.5968 0.4049 0.636 0.364 0.000
#> SRR2052674 2 0.2796 0.8273 0.000 0.908 0.092
#> SRR2052672 3 0.2165 0.9145 0.000 0.064 0.936
#> SRR2052673 2 0.1643 0.7997 0.044 0.956 0.000
#> SRR2052671 2 0.0747 0.8341 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052670 3 0.2165 0.9145 0.000 0.064 0.936
#> SRR2052669 2 0.2878 0.8249 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052668 2 0.0747 0.8197 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052667 2 0.2066 0.8371 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052666 3 0.3619 0.8689 0.000 0.136 0.864
#> SRR2052665 2 0.2066 0.8375 0.000 0.940 0.060
#> SRR2052664 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.8285 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.2356 0.8346 0.000 0.928 0.072
#> SRR2052661 2 0.4887 0.6234 0.228 0.772 0.000
#> SRR2052660 3 0.1753 0.9129 0.000 0.048 0.952
#> SRR2052659 3 0.1163 0.8681 0.028 0.000 0.972
#> SRR2052658 2 0.1525 0.8372 0.004 0.964 0.032
#> SRR2052657 1 0.0000 0.8370 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.2647 0.69550 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2052701 2 0.1716 0.69388 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052700 2 0.5473 0.52286 0.032 0.644 0.000 0.324
#> SRR2052699 1 0.4647 0.65488 0.704 0.288 0.008 0.000
#> SRR2052698 3 0.6229 0.57964 0.000 0.204 0.664 0.132
#> SRR2052708 1 0.2281 0.66173 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2052749 1 0.1302 0.68909 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052786 2 0.1639 0.71631 0.004 0.952 0.036 0.008
#> SRR2052825 4 0.2868 0.62171 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR2052824 4 0.2704 0.63101 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2052823 2 0.2198 0.69203 0.072 0.920 0.000 0.008
#> SRR2052822 3 0.4888 0.26203 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR2052821 3 0.5938 -0.03642 0.000 0.476 0.488 0.036
#> SRR2052820 3 0.1004 0.84208 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR2052819 4 0.6751 0.42337 0.000 0.136 0.272 0.592
#> SRR2052818 2 0.4331 0.59145 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR2052817 3 0.0469 0.85582 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052816 1 0.7735 0.08854 0.444 0.280 0.000 0.276
#> SRR2052815 4 0.3569 0.54611 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR2052814 2 0.4594 0.60144 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR2052813 2 0.4222 0.56778 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR2052812 2 0.1118 0.71671 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2052811 2 0.2760 0.69234 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR2052810 2 0.4781 0.53502 0.000 0.660 0.004 0.336
#> SRR2052809 2 0.5127 0.43180 0.000 0.632 0.356 0.012
#> SRR2052808 2 0.4690 0.60357 0.000 0.712 0.012 0.276
#> SRR2052807 4 0.4343 0.58770 0.264 0.000 0.004 0.732
#> SRR2052806 1 0.2530 0.64992 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2052805 1 0.2704 0.63906 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052804 4 0.5109 0.61749 0.212 0.000 0.052 0.736
#> SRR2052803 1 0.2081 0.66952 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2052802 4 0.5235 0.60172 0.236 0.000 0.048 0.716
#> SRR2052801 4 0.4992 0.19063 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2052800 4 0.4833 0.61353 0.228 0.000 0.032 0.740
#> SRR2052799 4 0.4406 0.55014 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR2052798 1 0.1022 0.70750 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.5807 0.44511 0.000 0.612 0.344 0.044
#> SRR2052796 1 0.4955 -0.01500 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR2052795 1 0.1792 0.67821 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2052794 4 0.4770 0.56387 0.288 0.000 0.012 0.700
#> SRR2052793 1 0.3356 0.58384 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2052792 3 0.4136 0.63222 0.016 0.000 0.788 0.196
#> SRR2052791 3 0.7506 -0.03817 0.308 0.000 0.484 0.208
#> SRR2052790 3 0.1389 0.83819 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR2052789 3 0.0469 0.85562 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052788 3 0.0188 0.85612 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052787 2 0.2255 0.71328 0.000 0.920 0.012 0.068
#> SRR2052785 3 0.1545 0.84517 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR2052784 3 0.4222 0.59800 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR2052783 2 0.4948 0.23817 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR2052782 3 0.4977 0.14102 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR2052781 2 0.5105 0.24621 0.000 0.564 0.432 0.004
#> SRR2052780 3 0.0592 0.85479 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052777 2 0.4103 0.59115 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR2052779 3 0.4697 0.44205 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR2052778 3 0.0336 0.85297 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052776 3 0.4406 0.53696 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR2052775 3 0.0707 0.85312 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2052773 3 0.4040 0.63215 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR2052772 3 0.0188 0.85612 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052774 3 0.1211 0.84435 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR2052771 1 0.3751 0.55219 0.800 0.000 0.004 0.196
#> SRR2052769 3 0.4636 0.69373 0.000 0.140 0.792 0.068
#> SRR2052770 3 0.0336 0.85297 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052768 2 0.1209 0.71544 0.004 0.964 0.032 0.000
#> SRR2052767 2 0.1474 0.71190 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2052766 3 0.5039 0.24266 0.004 0.000 0.592 0.404
#> SRR2052765 2 0.4621 0.59725 0.000 0.708 0.008 0.284
#> SRR2052763 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.4277 0.59935 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR2052761 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.0804 0.71164 0.012 0.980 0.008 0.000
#> SRR2052759 3 0.0188 0.85426 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052762 3 0.4222 0.60760 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR2052758 3 0.0188 0.85612 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052756 1 0.1767 0.69376 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR2052757 3 0.3545 0.74532 0.000 0.164 0.828 0.008
#> SRR2052755 1 0.3873 0.69868 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.4477 0.35615 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR2052753 1 0.3400 0.71449 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.2530 0.65009 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2052750 1 0.3486 0.71207 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR2052751 3 0.4697 0.46184 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR2052748 3 0.0469 0.85078 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052747 1 0.0657 0.70324 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052746 3 0.0000 0.85522 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.0188 0.85426 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052744 1 0.3837 0.70039 0.776 0.224 0.000 0.000
#> SRR2052741 1 0.5586 0.34816 0.528 0.452 0.020 0.000
#> SRR2052743 2 0.4931 0.63535 0.092 0.776 0.132 0.000
#> SRR2052740 2 0.3768 0.59560 0.184 0.808 0.008 0.000
#> SRR2052742 3 0.5392 0.16592 0.012 0.460 0.528 0.000
#> SRR2052739 2 0.3852 0.66332 0.000 0.800 0.008 0.192
#> SRR2052738 3 0.0188 0.85426 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052736 2 0.3444 0.59834 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.4522 0.63299 0.680 0.320 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.4981 0.35598 0.536 0.464 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.3372 0.70710 0.000 0.868 0.036 0.096
#> SRR2052733 3 0.0336 0.85297 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052732 2 0.4304 0.59548 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR2052731 3 0.0188 0.85612 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052729 1 0.2814 0.71741 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.4072 0.68674 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.4560 0.44683 0.004 0.000 0.296 0.700
#> SRR2052727 1 0.2704 0.71729 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.4304 0.59444 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR2052726 1 0.4222 0.67520 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.2149 0.66758 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2052723 3 0.2021 0.80786 0.012 0.000 0.932 0.056
#> SRR2052722 3 0.0376 0.85575 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052721 1 0.3569 0.70974 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.2140 0.71353 0.008 0.932 0.052 0.008
#> SRR2052719 2 0.2198 0.71121 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR2052718 1 0.4103 0.68475 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.5406 -0.02992 0.012 0.508 0.480 0.000
#> SRR2052714 1 0.2704 0.63937 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052716 3 0.0592 0.84855 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052715 3 0.0376 0.85557 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052713 1 0.1557 0.68414 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052712 4 0.0779 0.66581 0.016 0.004 0.000 0.980
#> SRR2052711 1 0.7392 0.13935 0.472 0.172 0.000 0.356
#> SRR2052710 2 0.4661 0.52622 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR2052707 3 0.2413 0.82167 0.000 0.020 0.916 0.064
#> SRR2052709 3 0.0592 0.85461 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052704 3 0.0336 0.85297 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052705 2 0.3734 0.67984 0.044 0.848 0.108 0.000
#> SRR2052697 2 0.3074 0.63394 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0469 0.85563 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052696 1 0.0657 0.70324 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052706 2 0.5810 0.56820 0.000 0.660 0.064 0.276
#> SRR2052695 2 0.3400 0.71243 0.000 0.872 0.064 0.064
#> SRR2052694 2 0.2473 0.70617 0.012 0.908 0.080 0.000
#> SRR2052692 3 0.0188 0.85612 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052693 3 0.4844 0.53921 0.000 0.300 0.688 0.012
#> SRR2052691 1 0.4250 0.67159 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR2052690 1 0.4621 0.65818 0.708 0.284 0.008 0.000
#> SRR2052689 4 0.3149 0.65736 0.000 0.088 0.032 0.880
#> SRR2052687 4 0.5793 0.06812 0.000 0.384 0.036 0.580
#> SRR2052686 2 0.6522 0.47872 0.112 0.608 0.000 0.280
#> SRR2052688 2 0.4482 0.61426 0.000 0.728 0.008 0.264
#> SRR2052684 3 0.1284 0.83406 0.012 0.000 0.964 0.024
#> SRR2052685 2 0.3790 0.62489 0.164 0.820 0.016 0.000
#> SRR2052683 1 0.3444 0.57331 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2052681 2 0.4955 0.34504 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR2052680 4 0.2868 0.62092 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR2052682 2 0.4331 0.41411 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.3172 0.71630 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0336 0.85599 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052677 2 0.4898 0.27126 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR2052675 2 0.3810 0.59007 0.188 0.804 0.008 0.000
#> SRR2052676 1 0.3356 0.71504 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.4509 0.59267 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR2052672 3 0.0188 0.85612 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052673 2 0.2704 0.66070 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0937 0.71092 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR2052670 3 0.0336 0.85599 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052669 2 0.3681 0.65422 0.008 0.816 0.176 0.000
#> SRR2052668 1 0.5649 0.56221 0.620 0.344 0.036 0.000
#> SRR2052667 2 0.1211 0.71397 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2052666 3 0.0817 0.85082 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052665 2 0.5833 0.08932 0.032 0.528 0.440 0.000
#> SRR2052664 1 0.5000 -0.18470 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR2052663 2 0.2976 0.69585 0.008 0.872 0.000 0.120
#> SRR2052662 2 0.3279 0.69122 0.032 0.872 0.096 0.000
#> SRR2052661 1 0.4222 0.67489 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.0188 0.85612 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052659 3 0.0188 0.85383 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2052658 2 0.7261 0.00596 0.368 0.480 0.152 0.000
#> SRR2052657 1 0.1211 0.69080 0.960 0.000 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 4 0.3796 0.69452 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR2052701 2 0.2863 0.62777 0.060 0.876 0.000 0.064 0.000
#> SRR2052700 4 0.3858 0.56464 0.024 0.016 0.000 0.804 0.156
#> SRR2052699 1 0.2677 0.77191 0.872 0.112 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052698 2 0.6100 0.60230 0.000 0.660 0.144 0.148 0.048
#> SRR2052708 1 0.2690 0.76881 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2052749 1 0.2773 0.76350 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2052786 2 0.1628 0.65815 0.000 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR2052825 4 0.2426 0.59936 0.000 0.036 0.000 0.900 0.064
#> SRR2052824 4 0.4955 0.11946 0.000 0.036 0.004 0.632 0.328
#> SRR2052823 4 0.5654 0.60870 0.224 0.148 0.000 0.628 0.000
#> SRR2052822 2 0.2891 0.67337 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR2052821 4 0.6434 0.51693 0.012 0.172 0.264 0.552 0.000
#> SRR2052820 3 0.2819 0.70716 0.032 0.008 0.884 0.000 0.076
#> SRR2052819 4 0.7183 0.26786 0.000 0.136 0.060 0.484 0.320
#> SRR2052818 4 0.2930 0.71039 0.000 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR2052817 3 0.3715 0.62176 0.000 0.260 0.736 0.004 0.000
#> SRR2052816 4 0.3789 0.56787 0.224 0.016 0.000 0.760 0.000
#> SRR2052815 4 0.1997 0.61736 0.000 0.036 0.000 0.924 0.040
#> SRR2052814 4 0.4147 0.70414 0.004 0.172 0.000 0.776 0.048
#> SRR2052813 2 0.3791 0.66987 0.000 0.812 0.112 0.076 0.000
#> SRR2052812 2 0.4855 -0.29822 0.016 0.544 0.004 0.436 0.000
#> SRR2052811 4 0.3910 0.70868 0.008 0.272 0.000 0.720 0.000
#> SRR2052810 4 0.2929 0.70837 0.000 0.152 0.000 0.840 0.008
#> SRR2052809 2 0.2907 0.70180 0.000 0.864 0.116 0.012 0.008
#> SRR2052808 4 0.2708 0.58139 0.000 0.016 0.072 0.892 0.020
#> SRR2052807 5 0.3005 0.69948 0.008 0.012 0.000 0.124 0.856
#> SRR2052806 1 0.3074 0.74593 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2052805 1 0.3074 0.74580 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2052804 5 0.7741 0.42168 0.080 0.000 0.356 0.180 0.384
#> SRR2052803 1 0.2732 0.76659 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2052802 5 0.2853 0.69895 0.004 0.004 0.004 0.128 0.860
#> SRR2052801 5 0.2561 0.67469 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2052800 5 0.2753 0.69496 0.000 0.000 0.008 0.136 0.856
#> SRR2052799 5 0.2054 0.71308 0.072 0.008 0.000 0.004 0.916
#> SRR2052798 1 0.0865 0.80551 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052797 4 0.6299 0.34216 0.000 0.380 0.156 0.464 0.000
#> SRR2052796 5 0.2891 0.64340 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2052795 1 0.2773 0.76836 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2052794 5 0.2127 0.69934 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR2052793 1 0.4314 0.63443 0.700 0.004 0.000 0.016 0.280
#> SRR2052792 3 0.2844 0.66616 0.028 0.000 0.876 0.004 0.092
#> SRR2052791 5 0.6849 0.29407 0.248 0.000 0.352 0.004 0.396
#> SRR2052790 2 0.4304 0.04712 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.4310 0.33166 0.000 0.392 0.604 0.000 0.004
#> SRR2052788 3 0.3766 0.59532 0.000 0.268 0.728 0.000 0.004
#> SRR2052787 2 0.2074 0.63228 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR2052785 3 0.4630 0.30571 0.000 0.416 0.572 0.004 0.008
#> SRR2052784 2 0.3730 0.54128 0.000 0.712 0.288 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.3838 0.57477 0.000 0.716 0.280 0.000 0.004
#> SRR2052782 2 0.2605 0.68924 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.2548 0.70013 0.000 0.876 0.116 0.004 0.004
#> SRR2052780 2 0.4307 0.02944 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.2020 0.70600 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.2648 0.68732 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.2278 0.78985 0.000 0.044 0.916 0.032 0.008
#> SRR2052776 2 0.3906 0.55162 0.000 0.704 0.292 0.004 0.000
#> SRR2052775 3 0.2488 0.75828 0.000 0.124 0.872 0.000 0.004
#> SRR2052773 2 0.3333 0.65100 0.000 0.788 0.208 0.000 0.004
#> SRR2052772 3 0.3550 0.64174 0.000 0.236 0.760 0.000 0.004
#> SRR2052774 2 0.4288 0.38753 0.000 0.612 0.384 0.000 0.004
#> SRR2052771 1 0.5410 0.56478 0.676 0.000 0.140 0.004 0.180
#> SRR2052769 3 0.4921 0.42235 0.000 0.036 0.640 0.320 0.004
#> SRR2052770 3 0.0955 0.79566 0.000 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR2052768 2 0.2230 0.60214 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR2052767 4 0.4114 0.61512 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR2052766 3 0.4114 0.50432 0.000 0.000 0.712 0.016 0.272
#> SRR2052765 4 0.3231 0.71520 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR2052763 3 0.0404 0.79050 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052764 4 0.3305 0.71739 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR2052761 3 0.0609 0.79396 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.2377 0.60464 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR2052759 3 0.0510 0.79258 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.4015 0.42640 0.000 0.652 0.348 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.1341 0.79594 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.3815 0.73738 0.764 0.012 0.000 0.004 0.220
#> SRR2052757 2 0.4499 0.52297 0.000 0.684 0.292 0.016 0.008
#> SRR2052755 1 0.2519 0.77623 0.884 0.100 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052754 1 0.4307 0.13619 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2052753 1 0.2289 0.78928 0.904 0.080 0.000 0.012 0.004
#> SRR2052752 1 0.3003 0.75273 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2052750 1 0.1768 0.79605 0.924 0.072 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052751 2 0.5556 0.48102 0.076 0.616 0.300 0.008 0.000
#> SRR2052748 3 0.0451 0.77838 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2052747 1 0.2260 0.80633 0.908 0.028 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052746 3 0.0609 0.79396 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.0162 0.78117 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052744 1 0.2972 0.80387 0.872 0.084 0.000 0.004 0.040
#> SRR2052741 2 0.3421 0.58986 0.204 0.788 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052743 2 0.2251 0.69492 0.024 0.916 0.052 0.008 0.000
#> SRR2052740 2 0.3327 0.61137 0.144 0.828 0.000 0.028 0.000
#> SRR2052742 2 0.4275 0.64752 0.120 0.792 0.076 0.012 0.000
#> SRR2052739 4 0.4420 0.49364 0.000 0.448 0.000 0.548 0.004
#> SRR2052738 3 0.0727 0.78985 0.000 0.012 0.980 0.004 0.004
#> SRR2052736 2 0.3929 0.55738 0.208 0.764 0.000 0.028 0.000
#> SRR2052735 2 0.4650 0.02904 0.468 0.520 0.000 0.012 0.000
#> SRR2052734 2 0.4743 0.00469 0.472 0.512 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052737 2 0.2989 0.68280 0.000 0.868 0.072 0.060 0.000
#> SRR2052733 3 0.0566 0.79068 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR2052732 4 0.3445 0.71205 0.036 0.140 0.000 0.824 0.000
#> SRR2052731 3 0.1410 0.79543 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.1731 0.79926 0.932 0.060 0.000 0.004 0.004
#> SRR2052728 1 0.2361 0.78218 0.892 0.096 0.000 0.012 0.000
#> SRR2052730 3 0.5370 0.32983 0.004 0.008 0.664 0.256 0.068
#> SRR2052727 1 0.2727 0.79097 0.868 0.016 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052725 4 0.5769 0.61737 0.124 0.220 0.000 0.644 0.012
#> SRR2052726 1 0.4551 0.41589 0.616 0.368 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052724 1 0.2852 0.76322 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2052723 3 0.3340 0.62676 0.016 0.004 0.824 0.000 0.156
#> SRR2052722 3 0.4449 -0.02533 0.000 0.484 0.512 0.000 0.004
#> SRR2052721 1 0.1768 0.79547 0.924 0.072 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052720 2 0.1740 0.66204 0.000 0.932 0.012 0.056 0.000
#> SRR2052719 4 0.4192 0.57980 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR2052718 1 0.2616 0.77419 0.880 0.100 0.000 0.020 0.000
#> SRR2052717 2 0.2773 0.68185 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR2052714 1 0.2179 0.79018 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2052716 3 0.0324 0.77987 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2052715 3 0.1768 0.79046 0.000 0.072 0.924 0.000 0.004
#> SRR2052713 1 0.3304 0.77493 0.816 0.016 0.000 0.000 0.168
#> SRR2052712 5 0.4505 0.51470 0.000 0.012 0.000 0.384 0.604
#> SRR2052711 4 0.7396 -0.13206 0.228 0.036 0.000 0.396 0.340
#> SRR2052710 2 0.6394 0.14404 0.000 0.476 0.000 0.180 0.344
#> SRR2052707 2 0.5894 0.12231 0.000 0.488 0.432 0.068 0.012
#> SRR2052709 2 0.4443 0.12013 0.000 0.524 0.472 0.000 0.004
#> SRR2052704 3 0.1356 0.79502 0.000 0.028 0.956 0.012 0.004
#> SRR2052705 2 0.2605 0.67838 0.004 0.896 0.044 0.056 0.000
#> SRR2052697 4 0.6581 0.42045 0.240 0.296 0.000 0.464 0.000
#> SRR2052703 3 0.3010 0.71450 0.000 0.172 0.824 0.000 0.004
#> SRR2052696 1 0.1892 0.79917 0.916 0.004 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052706 4 0.3318 0.71328 0.000 0.180 0.012 0.808 0.000
#> SRR2052695 2 0.4610 -0.20939 0.000 0.556 0.012 0.432 0.000
#> SRR2052694 2 0.2388 0.69230 0.000 0.900 0.072 0.028 0.000
#> SRR2052692 3 0.0703 0.79504 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052693 2 0.5602 0.46067 0.000 0.608 0.316 0.060 0.016
#> SRR2052691 1 0.2727 0.76637 0.868 0.116 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052690 1 0.5145 0.49992 0.612 0.332 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052689 4 0.4993 0.30075 0.000 0.012 0.180 0.724 0.084
#> SRR2052687 4 0.3732 0.70201 0.000 0.144 0.016 0.816 0.024
#> SRR2052686 4 0.3801 0.62776 0.140 0.040 0.000 0.812 0.008
#> SRR2052688 4 0.4166 0.65043 0.000 0.348 0.000 0.648 0.004
#> SRR2052684 3 0.1630 0.73956 0.016 0.000 0.944 0.004 0.036
#> SRR2052685 4 0.6864 0.45918 0.196 0.372 0.012 0.420 0.000
#> SRR2052683 1 0.3086 0.74521 0.816 0.000 0.000 0.004 0.180
#> SRR2052681 5 0.4637 0.38262 0.000 0.012 0.000 0.452 0.536
#> SRR2052680 4 0.5546 0.21898 0.000 0.084 0.000 0.576 0.340
#> SRR2052682 2 0.4761 0.19054 0.356 0.616 0.000 0.028 0.000
#> SRR2052679 1 0.1872 0.80540 0.928 0.052 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052678 3 0.3816 0.53743 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.2674 0.69279 0.000 0.856 0.140 0.004 0.000
#> SRR2052675 2 0.3977 0.56323 0.204 0.764 0.000 0.032 0.000
#> SRR2052676 1 0.2352 0.78616 0.896 0.092 0.000 0.008 0.004
#> SRR2052674 4 0.2074 0.68970 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR2052672 3 0.3990 0.52896 0.000 0.308 0.688 0.000 0.004
#> SRR2052673 2 0.6131 0.06319 0.168 0.548 0.000 0.284 0.000
#> SRR2052671 4 0.4276 0.61523 0.004 0.380 0.000 0.616 0.000
#> SRR2052670 3 0.4242 0.20648 0.000 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.2017 0.70161 0.000 0.912 0.080 0.008 0.000
#> SRR2052668 2 0.4323 0.42129 0.332 0.656 0.000 0.012 0.000
#> SRR2052667 2 0.2612 0.64102 0.008 0.868 0.000 0.124 0.000
#> SRR2052666 3 0.4235 0.24290 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.5101 0.54802 0.032 0.672 0.272 0.024 0.000
#> SRR2052664 5 0.5303 0.55859 0.232 0.000 0.000 0.108 0.660
#> SRR2052663 4 0.4054 0.71512 0.020 0.248 0.000 0.732 0.000
#> SRR2052662 2 0.1399 0.68225 0.000 0.952 0.028 0.020 0.000
#> SRR2052661 1 0.2519 0.77623 0.884 0.100 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052660 3 0.1341 0.79594 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.0451 0.78839 0.004 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.3886 0.68447 0.084 0.828 0.068 0.000 0.020
#> SRR2052657 1 0.2562 0.79970 0.900 0.060 0.000 0.008 0.032
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 4 0.3703 0.484679 0.004 0.304 0.000 0.688 0.000 0.004
#> SRR2052701 2 0.4994 0.465278 0.180 0.660 0.000 0.156 0.000 0.004
#> SRR2052700 4 0.4510 0.476665 0.000 0.016 0.000 0.728 0.084 0.172
#> SRR2052699 1 0.2200 0.535958 0.900 0.004 0.004 0.000 0.080 0.012
#> SRR2052698 2 0.6417 0.510545 0.012 0.572 0.088 0.064 0.008 0.256
#> SRR2052708 5 0.4282 0.417076 0.420 0.000 0.000 0.000 0.560 0.020
#> SRR2052749 5 0.4167 0.533475 0.344 0.000 0.000 0.000 0.632 0.024
#> SRR2052786 2 0.1820 0.651639 0.012 0.924 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR2052825 4 0.3221 0.463729 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR2052824 4 0.3555 0.447406 0.000 0.000 0.008 0.712 0.000 0.280
#> SRR2052823 4 0.7058 0.099199 0.404 0.072 0.012 0.416 0.044 0.052
#> SRR2052822 2 0.2695 0.628090 0.000 0.844 0.144 0.004 0.000 0.008
#> SRR2052821 4 0.6997 0.264271 0.024 0.120 0.304 0.492 0.012 0.048
#> SRR2052820 3 0.3979 0.446677 0.004 0.000 0.720 0.000 0.244 0.032
#> SRR2052819 4 0.4577 0.435748 0.000 0.008 0.028 0.680 0.016 0.268
#> SRR2052818 4 0.1461 0.545041 0.000 0.044 0.000 0.940 0.000 0.016
#> SRR2052817 3 0.4264 0.032549 0.000 0.492 0.492 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052816 4 0.6381 0.384344 0.080 0.004 0.156 0.636 0.048 0.076
#> SRR2052815 4 0.3314 0.473481 0.000 0.004 0.000 0.740 0.000 0.256
#> SRR2052814 4 0.4663 0.463626 0.012 0.064 0.000 0.680 0.000 0.244
#> SRR2052813 2 0.3986 0.435682 0.012 0.720 0.008 0.252 0.000 0.008
#> SRR2052812 2 0.6350 0.001813 0.152 0.476 0.012 0.340 0.000 0.020
#> SRR2052811 4 0.4201 0.502384 0.036 0.236 0.000 0.716 0.000 0.012
#> SRR2052810 4 0.2482 0.522493 0.000 0.004 0.000 0.848 0.000 0.148
#> SRR2052809 2 0.0909 0.681687 0.000 0.968 0.012 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052808 4 0.6323 0.361580 0.072 0.004 0.168 0.580 0.000 0.176
#> SRR2052807 6 0.4072 0.754197 0.000 0.000 0.000 0.008 0.448 0.544
#> SRR2052806 5 0.3342 0.616207 0.228 0.000 0.000 0.000 0.760 0.012
#> SRR2052805 5 0.3337 0.613502 0.260 0.000 0.000 0.000 0.736 0.004
#> SRR2052804 3 0.6985 -0.228895 0.000 0.000 0.372 0.288 0.060 0.280
#> SRR2052803 5 0.3953 0.557332 0.328 0.000 0.000 0.000 0.656 0.016
#> SRR2052802 6 0.4403 0.794480 0.000 0.000 0.012 0.012 0.396 0.580
#> SRR2052801 5 0.2915 0.301693 0.024 0.000 0.000 0.008 0.848 0.120
#> SRR2052800 6 0.4759 0.673202 0.000 0.000 0.024 0.060 0.228 0.688
#> SRR2052799 5 0.2805 -0.019662 0.000 0.000 0.000 0.004 0.812 0.184
#> SRR2052798 1 0.3468 0.409139 0.728 0.000 0.000 0.000 0.264 0.008
#> SRR2052797 2 0.5470 -0.034432 0.008 0.484 0.096 0.412 0.000 0.000
#> SRR2052796 5 0.2772 0.346378 0.040 0.000 0.000 0.004 0.864 0.092
#> SRR2052795 1 0.4627 -0.318759 0.512 0.000 0.024 0.008 0.456 0.000
#> SRR2052794 5 0.2632 0.008543 0.000 0.000 0.000 0.004 0.832 0.164
#> SRR2052793 5 0.4392 0.392245 0.136 0.000 0.000 0.000 0.720 0.144
#> SRR2052792 3 0.2182 0.658289 0.000 0.000 0.904 0.008 0.068 0.020
#> SRR2052791 5 0.2213 0.353285 0.012 0.000 0.048 0.000 0.908 0.032
#> SRR2052790 2 0.2632 0.632386 0.000 0.832 0.164 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052789 2 0.3993 0.009510 0.000 0.520 0.476 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052788 2 0.4083 0.067871 0.000 0.532 0.460 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052787 2 0.0713 0.669667 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2052785 2 0.3645 0.522843 0.000 0.740 0.236 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052784 2 0.3202 0.586982 0.000 0.800 0.176 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052783 2 0.3925 0.501755 0.000 0.724 0.236 0.000 0.000 0.040
#> SRR2052782 2 0.1616 0.671298 0.000 0.932 0.020 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.0508 0.679910 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.3995 0.083595 0.000 0.480 0.516 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052777 2 0.1639 0.667730 0.008 0.940 0.008 0.036 0.000 0.008
#> SRR2052779 2 0.1442 0.678370 0.000 0.944 0.040 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052778 3 0.3285 0.704830 0.000 0.116 0.820 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052776 2 0.4348 0.261175 0.000 0.600 0.376 0.016 0.000 0.008
#> SRR2052775 3 0.3898 0.447938 0.000 0.336 0.652 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052773 2 0.2760 0.640920 0.004 0.856 0.116 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052772 3 0.4039 0.414026 0.000 0.352 0.632 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052774 2 0.4178 0.270930 0.000 0.608 0.372 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052771 5 0.5517 0.381519 0.116 0.000 0.204 0.000 0.640 0.040
#> SRR2052769 3 0.6176 0.189495 0.000 0.040 0.504 0.324 0.000 0.132
#> SRR2052770 3 0.1141 0.736452 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.5322 0.302358 0.120 0.624 0.004 0.244 0.000 0.008
#> SRR2052767 4 0.4063 0.295188 0.004 0.420 0.000 0.572 0.000 0.004
#> SRR2052766 3 0.2445 0.678643 0.000 0.000 0.892 0.008 0.040 0.060
#> SRR2052765 4 0.2946 0.533602 0.000 0.176 0.000 0.812 0.000 0.012
#> SRR2052763 3 0.1082 0.734530 0.000 0.040 0.956 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052764 4 0.3547 0.489263 0.000 0.300 0.000 0.696 0.000 0.004
#> SRR2052761 3 0.1933 0.727186 0.004 0.044 0.920 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052760 2 0.3536 0.439019 0.008 0.736 0.000 0.252 0.000 0.004
#> SRR2052759 3 0.0458 0.728484 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.3933 0.522850 0.000 0.716 0.248 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052758 3 0.1958 0.723485 0.000 0.100 0.896 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052756 5 0.5905 0.358462 0.404 0.000 0.000 0.024 0.460 0.112
#> SRR2052757 2 0.2326 0.663018 0.000 0.888 0.092 0.012 0.000 0.008
#> SRR2052755 1 0.1714 0.540558 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2052754 5 0.5038 0.546660 0.208 0.000 0.000 0.016 0.668 0.108
#> SRR2052753 1 0.2048 0.523256 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR2052752 5 0.3684 0.557410 0.332 0.000 0.000 0.000 0.664 0.004
#> SRR2052750 1 0.2955 0.502492 0.816 0.004 0.000 0.000 0.172 0.008
#> SRR2052751 1 0.6762 -0.150435 0.388 0.332 0.236 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052748 3 0.0508 0.717571 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2052747 1 0.3710 0.347464 0.696 0.000 0.000 0.000 0.292 0.012
#> SRR2052746 3 0.1007 0.735855 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.0603 0.718471 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052744 1 0.3684 0.300906 0.692 0.004 0.000 0.000 0.300 0.004
#> SRR2052741 1 0.4601 0.030433 0.496 0.472 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052743 2 0.3600 0.640433 0.088 0.824 0.056 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052740 2 0.4536 0.172673 0.408 0.560 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR2052742 2 0.5619 0.232745 0.392 0.508 0.064 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052739 2 0.4015 0.133388 0.004 0.596 0.000 0.396 0.000 0.004
#> SRR2052738 3 0.1745 0.735764 0.000 0.056 0.924 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052736 1 0.5207 0.315478 0.588 0.324 0.000 0.072 0.000 0.016
#> SRR2052735 1 0.1818 0.545178 0.920 0.068 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR2052734 1 0.1957 0.538640 0.912 0.072 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR2052737 2 0.2456 0.626328 0.004 0.880 0.012 0.100 0.000 0.004
#> SRR2052733 3 0.0405 0.721115 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052732 4 0.2883 0.531754 0.068 0.060 0.000 0.864 0.000 0.008
#> SRR2052731 3 0.2092 0.708773 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.2260 0.516053 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2052728 1 0.0935 0.555412 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2052730 3 0.5016 0.491305 0.012 0.000 0.724 0.096 0.036 0.132
#> SRR2052727 5 0.3866 0.262077 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR2052725 4 0.6530 0.251637 0.368 0.060 0.000 0.436 0.000 0.136
#> SRR2052726 1 0.1945 0.544467 0.920 0.056 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2052724 5 0.3979 0.380582 0.456 0.000 0.000 0.000 0.540 0.004
#> SRR2052723 3 0.4550 0.043718 0.000 0.008 0.524 0.000 0.448 0.020
#> SRR2052722 3 0.4592 0.103157 0.000 0.468 0.496 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052721 1 0.2092 0.526449 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR2052720 2 0.0436 0.677244 0.000 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052719 4 0.4127 0.159001 0.004 0.484 0.000 0.508 0.000 0.004
#> SRR2052718 1 0.1196 0.555332 0.952 0.008 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2052717 2 0.2728 0.658299 0.000 0.864 0.100 0.004 0.000 0.032
#> SRR2052714 1 0.3482 0.230882 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR2052716 3 0.1363 0.712414 0.000 0.004 0.952 0.004 0.028 0.012
#> SRR2052715 3 0.3582 0.572654 0.000 0.252 0.732 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052713 1 0.3817 -0.180855 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR2052712 4 0.4314 0.179622 0.000 0.000 0.004 0.500 0.012 0.484
#> SRR2052711 4 0.7183 0.138249 0.196 0.004 0.000 0.440 0.104 0.256
#> SRR2052710 2 0.4535 0.281926 0.000 0.548 0.000 0.012 0.016 0.424
#> SRR2052707 2 0.5249 0.002232 0.000 0.484 0.420 0.000 0.000 0.096
#> SRR2052709 2 0.4312 0.267486 0.000 0.604 0.368 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052704 3 0.1972 0.723645 0.000 0.024 0.916 0.000 0.004 0.056
#> SRR2052705 2 0.3602 0.668373 0.052 0.844 0.040 0.036 0.000 0.028
#> SRR2052697 1 0.5207 0.321620 0.640 0.096 0.000 0.244 0.000 0.020
#> SRR2052703 3 0.4015 0.376393 0.000 0.372 0.616 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052696 1 0.4045 -0.026805 0.564 0.000 0.000 0.000 0.428 0.008
#> SRR2052706 4 0.3777 0.516408 0.000 0.208 0.008 0.756 0.000 0.028
#> SRR2052695 2 0.3390 0.376230 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.1429 0.655817 0.004 0.940 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR2052692 3 0.0806 0.729286 0.000 0.020 0.972 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052693 3 0.5258 0.053144 0.000 0.448 0.472 0.008 0.000 0.072
#> SRR2052691 1 0.0260 0.553226 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052690 1 0.5672 0.282191 0.580 0.220 0.000 0.000 0.188 0.012
#> SRR2052689 4 0.5334 0.183261 0.000 0.000 0.376 0.512 0.000 0.112
#> SRR2052687 4 0.3060 0.516469 0.000 0.000 0.020 0.836 0.012 0.132
#> SRR2052686 4 0.4887 0.420424 0.156 0.000 0.000 0.660 0.000 0.184
#> SRR2052688 4 0.3976 0.380528 0.004 0.380 0.000 0.612 0.000 0.004
#> SRR2052684 3 0.1418 0.697147 0.000 0.000 0.944 0.000 0.032 0.024
#> SRR2052685 2 0.7188 -0.049274 0.160 0.444 0.000 0.308 0.056 0.032
#> SRR2052683 1 0.4497 -0.025706 0.600 0.000 0.000 0.012 0.368 0.020
#> SRR2052681 4 0.4437 0.260100 0.004 0.012 0.000 0.516 0.004 0.464
#> SRR2052680 4 0.3288 0.455690 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR2052682 1 0.5243 0.084598 0.464 0.452 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR2052679 1 0.3398 0.425439 0.740 0.000 0.000 0.000 0.252 0.008
#> SRR2052678 2 0.4045 0.160241 0.000 0.564 0.428 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052677 2 0.0725 0.678190 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052675 1 0.6052 0.251797 0.548 0.248 0.000 0.180 0.004 0.020
#> SRR2052676 1 0.1226 0.553488 0.952 0.004 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR2052674 4 0.2680 0.539148 0.004 0.028 0.016 0.884 0.000 0.068
#> SRR2052672 2 0.4739 0.044599 0.000 0.516 0.436 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052673 1 0.6190 -0.003745 0.440 0.296 0.000 0.256 0.000 0.008
#> SRR2052671 4 0.4381 0.218656 0.016 0.456 0.000 0.524 0.000 0.004
#> SRR2052670 3 0.4250 0.164150 0.000 0.456 0.528 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052669 2 0.0951 0.679484 0.004 0.968 0.008 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052668 1 0.4140 0.411710 0.688 0.280 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052667 2 0.4272 0.574759 0.020 0.756 0.000 0.152 0.000 0.072
#> SRR2052666 2 0.4517 0.076832 0.000 0.524 0.444 0.000 0.000 0.032
#> SRR2052665 1 0.7030 -0.186558 0.356 0.340 0.256 0.016 0.000 0.032
#> SRR2052664 5 0.6791 0.000751 0.068 0.000 0.000 0.196 0.456 0.280
#> SRR2052663 4 0.4391 0.470187 0.020 0.312 0.000 0.652 0.000 0.016
#> SRR2052662 2 0.1680 0.663309 0.016 0.936 0.004 0.040 0.000 0.004
#> SRR2052661 1 0.1897 0.545525 0.908 0.004 0.000 0.000 0.084 0.004
#> SRR2052660 3 0.1327 0.736671 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.2699 0.716367 0.000 0.048 0.884 0.000 0.040 0.028
#> SRR2052658 2 0.3943 0.624942 0.088 0.820 0.004 0.024 0.040 0.024
#> SRR2052657 1 0.2048 0.535762 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.590 0.847 0.920 0.3398 0.714 0.714
#> 3 3 0.455 0.673 0.794 0.6189 0.704 0.589
#> 4 4 0.516 0.533 0.790 0.1427 0.859 0.701
#> 5 5 0.511 0.683 0.740 0.0867 0.810 0.539
#> 6 6 0.545 0.657 0.741 0.0418 0.983 0.936
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052700 2 0.6247 0.83963 0.156 0.844
#> SRR2052699 2 0.1184 0.90829 0.016 0.984
#> SRR2052698 2 0.1633 0.90752 0.024 0.976
#> SRR2052708 2 0.5408 0.86406 0.124 0.876
#> SRR2052749 2 0.2603 0.90240 0.044 0.956
#> SRR2052786 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052823 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.1633 0.90738 0.024 0.976
#> SRR2052821 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052820 2 0.9795 0.43632 0.416 0.584
#> SRR2052819 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052818 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052817 2 0.3431 0.89566 0.064 0.936
#> SRR2052816 2 0.3431 0.89513 0.064 0.936
#> SRR2052815 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052814 1 0.9922 -0.00384 0.552 0.448
#> SRR2052813 2 0.0376 0.90886 0.004 0.996
#> SRR2052812 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052810 2 0.6438 0.83373 0.164 0.836
#> SRR2052809 2 0.1414 0.90790 0.020 0.980
#> SRR2052808 2 0.2948 0.89977 0.052 0.948
#> SRR2052807 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052806 2 0.3114 0.89904 0.056 0.944
#> SRR2052805 2 0.5178 0.86877 0.116 0.884
#> SRR2052804 1 0.5519 0.82267 0.872 0.128
#> SRR2052803 2 0.3114 0.89904 0.056 0.944
#> SRR2052802 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052798 2 0.2603 0.90240 0.044 0.956
#> SRR2052797 2 0.0938 0.90873 0.012 0.988
#> SRR2052796 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052795 2 0.5408 0.86406 0.124 0.876
#> SRR2052794 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.3114 0.90159 0.944 0.056
#> SRR2052790 2 0.1633 0.90738 0.024 0.976
#> SRR2052789 2 0.6247 0.83829 0.156 0.844
#> SRR2052788 2 0.6343 0.83479 0.160 0.840
#> SRR2052787 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.5178 0.86973 0.116 0.884
#> SRR2052784 2 0.1633 0.90738 0.024 0.976
#> SRR2052783 2 0.2043 0.90651 0.032 0.968
#> SRR2052782 2 0.1184 0.90845 0.016 0.984
#> SRR2052781 2 0.1843 0.90660 0.028 0.972
#> SRR2052780 2 0.4161 0.88683 0.084 0.916
#> SRR2052777 2 0.1184 0.90845 0.016 0.984
#> SRR2052779 2 0.1184 0.90845 0.016 0.984
#> SRR2052778 2 0.9896 0.37500 0.440 0.560
#> SRR2052776 2 0.2236 0.90471 0.036 0.964
#> SRR2052775 2 0.9000 0.63657 0.316 0.684
#> SRR2052773 2 0.3879 0.89064 0.076 0.924
#> SRR2052772 2 0.6438 0.83146 0.164 0.836
#> SRR2052774 2 0.3879 0.89064 0.076 0.924
#> SRR2052771 1 0.0672 0.93979 0.992 0.008
#> SRR2052769 2 0.7815 0.75977 0.232 0.768
#> SRR2052770 2 0.9460 0.55051 0.364 0.636
#> SRR2052768 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052766 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052765 2 0.0938 0.90873 0.012 0.988
#> SRR2052763 2 0.8499 0.69719 0.276 0.724
#> SRR2052764 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052761 2 0.5737 0.85435 0.136 0.864
#> SRR2052760 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.9896 0.37500 0.440 0.560
#> SRR2052762 2 0.1184 0.90829 0.016 0.984
#> SRR2052758 2 0.6148 0.84169 0.152 0.848
#> SRR2052756 2 0.9129 0.61340 0.328 0.672
#> SRR2052757 2 0.4431 0.88325 0.092 0.908
#> SRR2052755 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052753 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052752 2 0.5178 0.86877 0.116 0.884
#> SRR2052750 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052751 2 0.0938 0.90862 0.012 0.988
#> SRR2052748 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052747 2 0.0938 0.90905 0.012 0.988
#> SRR2052746 2 0.9815 0.42658 0.420 0.580
#> SRR2052745 2 0.9896 0.37500 0.440 0.560
#> SRR2052744 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052741 2 0.0376 0.90886 0.004 0.996
#> SRR2052743 2 0.0376 0.90886 0.004 0.996
#> SRR2052740 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.0938 0.90862 0.012 0.988
#> SRR2052739 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052738 2 0.9815 0.42658 0.420 0.580
#> SRR2052736 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.9896 0.37500 0.440 0.560
#> SRR2052732 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052731 2 0.5737 0.85435 0.136 0.864
#> SRR2052729 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052728 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052730 1 0.5519 0.82267 0.872 0.128
#> SRR2052727 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052725 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052726 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052724 2 0.9427 0.55362 0.360 0.640
#> SRR2052723 2 0.9896 0.37500 0.440 0.560
#> SRR2052722 2 0.6623 0.82400 0.172 0.828
#> SRR2052721 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052718 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052717 2 0.0938 0.90862 0.012 0.988
#> SRR2052714 2 0.9795 0.43891 0.416 0.584
#> SRR2052716 2 0.9896 0.37500 0.440 0.560
#> SRR2052715 2 0.9460 0.55051 0.364 0.636
#> SRR2052713 2 0.6623 0.82747 0.172 0.828
#> SRR2052712 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.9358 0.35310 0.648 0.352
#> SRR2052710 2 0.4690 0.87976 0.100 0.900
#> SRR2052707 2 0.6438 0.83146 0.164 0.836
#> SRR2052709 2 0.6343 0.83479 0.160 0.840
#> SRR2052704 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.0376 0.90886 0.004 0.996
#> SRR2052697 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052703 2 0.6148 0.84169 0.152 0.848
#> SRR2052696 2 0.2603 0.90240 0.044 0.956
#> SRR2052706 2 0.2236 0.90488 0.036 0.964
#> SRR2052695 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.6343 0.83479 0.160 0.840
#> SRR2052693 2 0.5178 0.86973 0.116 0.884
#> SRR2052691 2 0.0376 0.90886 0.004 0.996
#> SRR2052690 2 0.0376 0.90886 0.004 0.996
#> SRR2052689 1 0.5519 0.82267 0.872 0.128
#> SRR2052687 2 0.7056 0.80599 0.192 0.808
#> SRR2052686 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052684 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052685 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052683 1 0.2423 0.91626 0.960 0.040
#> SRR2052681 2 0.7139 0.80195 0.196 0.804
#> SRR2052680 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052682 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052679 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052678 2 0.6531 0.82807 0.168 0.832
#> SRR2052677 2 0.0376 0.90886 0.004 0.996
#> SRR2052675 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052676 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052674 2 0.3274 0.89687 0.060 0.940
#> SRR2052672 2 0.9754 0.45616 0.408 0.592
#> SRR2052673 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.4161 0.88683 0.084 0.916
#> SRR2052669 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.0672 0.90885 0.008 0.992
#> SRR2052667 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.3879 0.88888 0.076 0.924
#> SRR2052665 2 0.0376 0.90886 0.004 0.996
#> SRR2052664 1 0.0000 0.94495 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052661 2 0.0000 0.90862 0.000 1.000
#> SRR2052660 2 0.4161 0.88683 0.084 0.916
#> SRR2052659 2 0.5737 0.85435 0.136 0.864
#> SRR2052658 2 0.0938 0.90862 0.012 0.988
#> SRR2052657 2 0.5178 0.86957 0.116 0.884
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052700 3 0.7075 -0.1063 0.020 0.484 0.496
#> SRR2052699 2 0.4750 0.7218 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052698 2 0.5733 0.5935 0.000 0.676 0.324
#> SRR2052708 2 0.6779 0.2985 0.012 0.544 0.444
#> SRR2052749 2 0.5678 0.5999 0.000 0.684 0.316
#> SRR2052786 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052823 2 0.2448 0.7995 0.000 0.924 0.076
#> SRR2052822 2 0.5216 0.6824 0.000 0.740 0.260
#> SRR2052821 2 0.2448 0.7995 0.000 0.924 0.076
#> SRR2052820 3 0.3816 0.5620 0.148 0.000 0.852
#> SRR2052819 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052818 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.6286 0.0928 0.000 0.464 0.536
#> SRR2052816 2 0.6204 0.3688 0.000 0.576 0.424
#> SRR2052815 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052814 3 0.4974 0.3330 0.236 0.000 0.764
#> SRR2052813 2 0.3551 0.7758 0.000 0.868 0.132
#> SRR2052812 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052810 3 0.7295 -0.0928 0.028 0.480 0.492
#> SRR2052809 2 0.5178 0.6864 0.000 0.744 0.256
#> SRR2052808 2 0.6168 0.3991 0.000 0.588 0.412
#> SRR2052807 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052806 2 0.5902 0.5864 0.004 0.680 0.316
#> SRR2052805 2 0.6468 0.3199 0.004 0.552 0.444
#> SRR2052804 1 0.5859 0.6241 0.656 0.000 0.344
#> SRR2052803 2 0.6209 0.5005 0.004 0.628 0.368
#> SRR2052802 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052798 2 0.5678 0.5999 0.000 0.684 0.316
#> SRR2052797 2 0.4291 0.7496 0.000 0.820 0.180
#> SRR2052796 1 0.0747 0.8995 0.984 0.000 0.016
#> SRR2052795 2 0.6779 0.2985 0.012 0.544 0.444
#> SRR2052794 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.4399 0.8307 0.812 0.000 0.188
#> SRR2052792 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.5560 0.7260 0.700 0.000 0.300
#> SRR2052790 2 0.5216 0.6824 0.000 0.740 0.260
#> SRR2052789 3 0.4654 0.7066 0.000 0.208 0.792
#> SRR2052788 3 0.4605 0.7091 0.000 0.204 0.796
#> SRR2052787 2 0.0237 0.8001 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052785 2 0.6280 0.2847 0.000 0.540 0.460
#> SRR2052784 2 0.5216 0.6824 0.000 0.740 0.260
#> SRR2052783 2 0.5363 0.6680 0.000 0.724 0.276
#> SRR2052782 2 0.4931 0.7110 0.000 0.768 0.232
#> SRR2052781 2 0.5465 0.6448 0.000 0.712 0.288
#> SRR2052780 3 0.5465 0.6132 0.000 0.288 0.712
#> SRR2052777 2 0.4931 0.7110 0.000 0.768 0.232
#> SRR2052779 2 0.4931 0.7110 0.000 0.768 0.232
#> SRR2052778 3 0.4346 0.5169 0.184 0.000 0.816
#> SRR2052776 2 0.5988 0.5057 0.000 0.632 0.368
#> SRR2052775 3 0.4189 0.6663 0.056 0.068 0.876
#> SRR2052773 3 0.5706 0.5578 0.000 0.320 0.680
#> SRR2052772 3 0.4834 0.7101 0.004 0.204 0.792
#> SRR2052774 3 0.5706 0.5578 0.000 0.320 0.680
#> SRR2052771 1 0.4842 0.8075 0.776 0.000 0.224
#> SRR2052769 3 0.7962 0.0959 0.060 0.428 0.512
#> SRR2052770 3 0.4137 0.6254 0.096 0.032 0.872
#> SRR2052768 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052766 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052765 2 0.3619 0.7748 0.000 0.864 0.136
#> SRR2052763 3 0.3587 0.6890 0.020 0.088 0.892
#> SRR2052764 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.4887 0.6892 0.000 0.228 0.772
#> SRR2052760 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.4346 0.5169 0.184 0.000 0.816
#> SRR2052762 2 0.5016 0.7021 0.000 0.760 0.240
#> SRR2052758 3 0.4702 0.7036 0.000 0.212 0.788
#> SRR2052756 3 0.8394 0.4009 0.108 0.316 0.576
#> SRR2052757 2 0.6215 0.3802 0.000 0.572 0.428
#> SRR2052755 2 0.1529 0.8036 0.000 0.960 0.040
#> SRR2052754 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 2 0.1643 0.8036 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052752 2 0.6468 0.3199 0.004 0.552 0.444
#> SRR2052750 2 0.3267 0.7873 0.000 0.884 0.116
#> SRR2052751 2 0.4796 0.7202 0.000 0.780 0.220
#> SRR2052748 1 0.4702 0.8167 0.788 0.000 0.212
#> SRR2052747 2 0.4654 0.7294 0.000 0.792 0.208
#> SRR2052746 3 0.3816 0.5587 0.148 0.000 0.852
#> SRR2052745 3 0.4346 0.5169 0.184 0.000 0.816
#> SRR2052744 2 0.1031 0.8031 0.000 0.976 0.024
#> SRR2052741 2 0.1860 0.8030 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052743 2 0.1860 0.8030 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052740 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.4842 0.7170 0.000 0.776 0.224
#> SRR2052739 2 0.0892 0.8031 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052738 3 0.3816 0.5587 0.148 0.000 0.852
#> SRR2052736 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.2959 0.7928 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052733 3 0.4452 0.5087 0.192 0.000 0.808
#> SRR2052732 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.4887 0.6892 0.000 0.228 0.772
#> SRR2052729 2 0.0892 0.8015 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052728 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052730 1 0.5859 0.6241 0.656 0.000 0.344
#> SRR2052727 2 0.0592 0.7995 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052725 2 0.1643 0.8036 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052726 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052724 3 0.7529 0.3822 0.060 0.316 0.624
#> SRR2052723 3 0.4452 0.5087 0.192 0.000 0.808
#> SRR2052722 3 0.4861 0.7128 0.008 0.192 0.800
#> SRR2052721 2 0.0592 0.7995 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052720 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.1529 0.8036 0.000 0.960 0.040
#> SRR2052717 2 0.4974 0.7061 0.000 0.764 0.236
#> SRR2052714 3 0.3038 0.5765 0.104 0.000 0.896
#> SRR2052716 3 0.4452 0.5087 0.192 0.000 0.808
#> SRR2052715 3 0.4137 0.6254 0.096 0.032 0.872
#> SRR2052713 2 0.7665 0.1630 0.044 0.500 0.456
#> SRR2052712 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052711 3 0.6079 -0.0466 0.388 0.000 0.612
#> SRR2052710 2 0.6373 0.4288 0.004 0.588 0.408
#> SRR2052707 3 0.4834 0.7101 0.004 0.204 0.792
#> SRR2052709 3 0.4605 0.7091 0.000 0.204 0.796
#> SRR2052704 1 0.4702 0.8167 0.788 0.000 0.212
#> SRR2052705 2 0.2356 0.7997 0.000 0.928 0.072
#> SRR2052697 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.4842 0.6953 0.000 0.224 0.776
#> SRR2052696 2 0.5465 0.6410 0.000 0.712 0.288
#> SRR2052706 2 0.5621 0.6029 0.000 0.692 0.308
#> SRR2052695 2 0.1163 0.8040 0.000 0.972 0.028
#> SRR2052694 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.4605 0.7091 0.000 0.204 0.796
#> SRR2052693 2 0.6291 0.2605 0.000 0.532 0.468
#> SRR2052691 2 0.2165 0.8012 0.000 0.936 0.064
#> SRR2052690 2 0.2959 0.7903 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052689 1 0.5859 0.6241 0.656 0.000 0.344
#> SRR2052687 3 0.7841 -0.0867 0.052 0.472 0.476
#> SRR2052686 2 0.1643 0.8036 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052688 2 0.2796 0.7956 0.000 0.908 0.092
#> SRR2052684 1 0.4702 0.8167 0.788 0.000 0.212
#> SRR2052685 2 0.2261 0.8014 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052683 1 0.4178 0.8251 0.828 0.000 0.172
#> SRR2052681 2 0.7920 0.0753 0.056 0.476 0.468
#> SRR2052680 1 0.0000 0.9037 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052682 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.0592 0.7995 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052678 3 0.5012 0.7107 0.008 0.204 0.788
#> SRR2052677 2 0.3879 0.7650 0.000 0.848 0.152
#> SRR2052675 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052676 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.6192 0.3795 0.000 0.580 0.420
#> SRR2052672 3 0.2878 0.5809 0.096 0.000 0.904
#> SRR2052673 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.5465 0.6132 0.000 0.288 0.712
#> SRR2052669 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.3412 0.7816 0.000 0.876 0.124
#> SRR2052667 2 0.1643 0.8043 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052666 3 0.5835 0.5374 0.000 0.340 0.660
#> SRR2052665 2 0.2261 0.8006 0.000 0.932 0.068
#> SRR2052664 1 0.0237 0.9024 0.996 0.000 0.004
#> SRR2052663 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052661 2 0.0000 0.7991 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.5431 0.6193 0.000 0.284 0.716
#> SRR2052659 3 0.4887 0.6892 0.000 0.228 0.772
#> SRR2052658 2 0.4974 0.7061 0.000 0.764 0.236
#> SRR2052657 2 0.6754 0.3351 0.012 0.556 0.432
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.0336 0.7866 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052701 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052700 3 0.7641 -0.0118 0.224 0.324 0.452 0.000
#> SRR2052699 2 0.6450 0.5261 0.108 0.616 0.276 0.000
#> SRR2052698 2 0.6889 0.2854 0.108 0.496 0.396 0.000
#> SRR2052708 3 0.7630 0.0234 0.208 0.364 0.428 0.000
#> SRR2052749 2 0.7341 0.2361 0.164 0.476 0.360 0.000
#> SRR2052786 2 0.0524 0.7860 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR2052825 4 0.1637 0.8582 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2052824 4 0.1637 0.8582 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2052823 2 0.2928 0.7747 0.052 0.896 0.052 0.000
#> SRR2052822 2 0.6867 0.4321 0.124 0.552 0.324 0.000
#> SRR2052821 2 0.2928 0.7747 0.052 0.896 0.052 0.000
#> SRR2052820 3 0.5578 0.2390 0.128 0.000 0.728 0.144
#> SRR2052819 4 0.1637 0.8582 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2052818 2 0.0524 0.7860 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR2052817 3 0.6025 0.1255 0.096 0.236 0.668 0.000
#> SRR2052816 3 0.7469 0.0499 0.180 0.368 0.452 0.000
#> SRR2052815 4 0.1637 0.8582 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2052814 1 0.3991 0.3773 0.808 0.000 0.172 0.020
#> SRR2052813 2 0.4039 0.7412 0.084 0.836 0.080 0.000
#> SRR2052812 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052810 3 0.7921 -0.0248 0.224 0.320 0.448 0.008
#> SRR2052809 2 0.6819 0.4547 0.124 0.564 0.312 0.000
#> SRR2052808 3 0.7463 0.0397 0.176 0.384 0.440 0.000
#> SRR2052807 4 0.0000 0.8551 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052806 2 0.7248 0.1867 0.148 0.472 0.380 0.000
#> SRR2052805 3 0.7595 0.0286 0.200 0.372 0.428 0.000
#> SRR2052804 4 0.6373 0.5750 0.248 0.000 0.116 0.636
#> SRR2052803 2 0.7521 0.0598 0.184 0.420 0.396 0.000
#> SRR2052802 4 0.0000 0.8551 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052801 4 0.1637 0.8582 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2052800 4 0.0000 0.8551 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052799 4 0.1637 0.8582 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2052798 2 0.7341 0.2361 0.164 0.476 0.360 0.000
#> SRR2052797 2 0.5857 0.6257 0.108 0.696 0.196 0.000
#> SRR2052796 4 0.1940 0.8578 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR2052795 3 0.7630 0.0234 0.208 0.364 0.428 0.000
#> SRR2052794 4 0.0000 0.8551 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052793 4 0.4444 0.7694 0.120 0.000 0.072 0.808
#> SRR2052792 4 0.0000 0.8551 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052791 4 0.5923 0.6342 0.128 0.000 0.176 0.696
#> SRR2052790 2 0.6852 0.4395 0.124 0.556 0.320 0.000
#> SRR2052789 3 0.0188 0.4037 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2052788 3 0.0336 0.4034 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2052787 2 0.0524 0.7856 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR2052785 3 0.7323 0.0477 0.164 0.352 0.484 0.000
#> SRR2052784 2 0.6852 0.4395 0.124 0.556 0.320 0.000
#> SRR2052783 2 0.6936 0.4228 0.132 0.548 0.320 0.000
#> SRR2052782 2 0.6323 0.5676 0.112 0.640 0.248 0.000
#> SRR2052781 2 0.7053 0.3439 0.132 0.512 0.356 0.000
#> SRR2052780 3 0.2385 0.3772 0.028 0.052 0.920 0.000
#> SRR2052777 2 0.6323 0.5676 0.112 0.640 0.248 0.000
#> SRR2052779 2 0.6323 0.5676 0.112 0.640 0.248 0.000
#> SRR2052778 3 0.5962 0.2038 0.128 0.000 0.692 0.180
#> SRR2052776 3 0.7006 -0.0813 0.116 0.428 0.456 0.000
#> SRR2052775 3 0.4037 0.3155 0.112 0.000 0.832 0.056
#> SRR2052773 3 0.3399 0.3369 0.040 0.092 0.868 0.000
#> SRR2052772 3 0.0524 0.4029 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR2052774 3 0.3399 0.3369 0.040 0.092 0.868 0.000
#> SRR2052771 4 0.5000 0.7401 0.128 0.000 0.100 0.772
#> SRR2052769 3 0.8067 -0.1278 0.272 0.300 0.420 0.008
#> SRR2052770 3 0.4834 0.2831 0.120 0.000 0.784 0.096
#> SRR2052768 2 0.0336 0.7866 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.7844 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052766 4 0.0000 0.8551 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052765 2 0.5021 0.6759 0.064 0.756 0.180 0.000
#> SRR2052763 3 0.3160 0.3365 0.108 0.000 0.872 0.020
#> SRR2052764 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0779 0.4010 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR2052760 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.5962 0.2038 0.128 0.000 0.692 0.180
#> SRR2052762 2 0.6720 0.4777 0.120 0.580 0.300 0.000
#> SRR2052758 3 0.0376 0.4040 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR2052756 1 0.7678 0.2006 0.440 0.228 0.332 0.000
#> SRR2052757 3 0.7332 0.0548 0.160 0.372 0.468 0.000
#> SRR2052755 2 0.2300 0.7812 0.016 0.920 0.064 0.000
#> SRR2052754 4 0.2011 0.8503 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR2052753 2 0.2593 0.7767 0.016 0.904 0.080 0.000
#> SRR2052752 3 0.7595 0.0286 0.200 0.372 0.428 0.000
#> SRR2052750 2 0.4724 0.7144 0.076 0.788 0.136 0.000
#> SRR2052751 2 0.6220 0.5741 0.104 0.648 0.248 0.000
#> SRR2052748 4 0.4834 0.7524 0.120 0.000 0.096 0.784
#> SRR2052747 2 0.6251 0.5892 0.140 0.664 0.196 0.000
#> SRR2052746 3 0.5578 0.2370 0.128 0.000 0.728 0.144
#> SRR2052745 3 0.5962 0.2038 0.128 0.000 0.692 0.180
#> SRR2052744 2 0.1356 0.7883 0.008 0.960 0.032 0.000
#> SRR2052741 2 0.2131 0.7833 0.036 0.932 0.032 0.000
#> SRR2052743 2 0.2131 0.7833 0.036 0.932 0.032 0.000
#> SRR2052740 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.6275 0.5642 0.104 0.640 0.256 0.000
#> SRR2052739 2 0.0895 0.7867 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR2052738 3 0.5578 0.2370 0.128 0.000 0.728 0.144
#> SRR2052736 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052735 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052734 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.3842 0.7441 0.036 0.836 0.128 0.000
#> SRR2052733 3 0.6039 0.1973 0.128 0.000 0.684 0.188
#> SRR2052732 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.0779 0.4010 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR2052729 2 0.1398 0.7864 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR2052728 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.6373 0.5750 0.248 0.000 0.116 0.636
#> SRR2052727 2 0.0921 0.7862 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2052725 2 0.2593 0.7767 0.016 0.904 0.080 0.000
#> SRR2052726 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.8685 0.1625 0.344 0.308 0.316 0.032
#> SRR2052723 3 0.6039 0.1973 0.128 0.000 0.684 0.188
#> SRR2052722 3 0.0804 0.3983 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR2052721 2 0.1004 0.7850 0.004 0.972 0.024 0.000
#> SRR2052720 2 0.0376 0.7847 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052719 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.2376 0.7801 0.016 0.916 0.068 0.000
#> SRR2052717 2 0.6402 0.5426 0.108 0.624 0.268 0.000
#> SRR2052714 3 0.5661 0.2045 0.220 0.000 0.700 0.080
#> SRR2052716 3 0.6039 0.1973 0.128 0.000 0.684 0.188
#> SRR2052715 3 0.4834 0.2831 0.120 0.000 0.784 0.096
#> SRR2052713 3 0.7792 -0.0383 0.260 0.324 0.416 0.000
#> SRR2052712 4 0.1637 0.8582 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2052711 1 0.5850 0.1622 0.700 0.000 0.116 0.184
#> SRR2052710 3 0.7567 0.0154 0.192 0.396 0.412 0.000
#> SRR2052707 3 0.0524 0.4029 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR2052709 3 0.0336 0.4034 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2052704 4 0.4834 0.7524 0.120 0.000 0.096 0.784
#> SRR2052705 2 0.3505 0.7611 0.048 0.864 0.088 0.000
#> SRR2052697 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.1182 0.3973 0.016 0.016 0.968 0.000
#> SRR2052696 2 0.7198 0.3417 0.160 0.520 0.320 0.000
#> SRR2052706 2 0.6972 0.3043 0.124 0.520 0.356 0.000
#> SRR2052695 2 0.1624 0.7872 0.020 0.952 0.028 0.000
#> SRR2052694 2 0.0376 0.7847 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052692 3 0.0336 0.4034 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2052693 3 0.7205 0.0517 0.152 0.344 0.504 0.000
#> SRR2052691 2 0.2589 0.7812 0.044 0.912 0.044 0.000
#> SRR2052690 2 0.3471 0.7620 0.072 0.868 0.060 0.000
#> SRR2052689 4 0.6373 0.5750 0.248 0.000 0.116 0.636
#> SRR2052687 3 0.7768 -0.0517 0.260 0.312 0.428 0.000
#> SRR2052686 2 0.2593 0.7767 0.016 0.904 0.080 0.000
#> SRR2052688 2 0.3308 0.7649 0.036 0.872 0.092 0.000
#> SRR2052684 4 0.4834 0.7524 0.120 0.000 0.096 0.784
#> SRR2052685 2 0.2759 0.7779 0.044 0.904 0.052 0.000
#> SRR2052683 4 0.5318 0.7349 0.196 0.000 0.072 0.732
#> SRR2052681 3 0.7790 -0.0563 0.264 0.316 0.420 0.000
#> SRR2052680 4 0.1637 0.8582 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2052682 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.0895 0.7842 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR2052678 3 0.0672 0.4017 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR2052677 2 0.5174 0.6825 0.092 0.756 0.152 0.000
#> SRR2052675 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052676 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052674 3 0.7475 0.0480 0.180 0.372 0.448 0.000
#> SRR2052672 3 0.5558 0.2167 0.208 0.000 0.712 0.080
#> SRR2052673 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.2385 0.3772 0.028 0.052 0.920 0.000
#> SRR2052669 2 0.0376 0.7847 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052668 2 0.4798 0.6892 0.052 0.768 0.180 0.000
#> SRR2052667 2 0.2882 0.7744 0.024 0.892 0.084 0.000
#> SRR2052666 3 0.3790 0.2779 0.164 0.016 0.820 0.000
#> SRR2052665 2 0.3421 0.7630 0.044 0.868 0.088 0.000
#> SRR2052664 4 0.2197 0.8505 0.080 0.000 0.004 0.916
#> SRR2052663 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0376 0.7847 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR2052661 2 0.0188 0.7833 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.2300 0.3794 0.028 0.048 0.924 0.000
#> SRR2052659 3 0.0779 0.4010 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR2052658 2 0.6402 0.5426 0.108 0.624 0.268 0.000
#> SRR2052657 3 0.7641 0.0244 0.208 0.376 0.416 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.1608 0.8472 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052700 1 0.3757 0.6201 0.828 0.088 0.076 0.008 0.000
#> SRR2052699 1 0.4867 0.4719 0.544 0.432 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052698 1 0.5446 0.6838 0.628 0.272 0.100 0.000 0.000
#> SRR2052708 1 0.3131 0.6883 0.860 0.104 0.028 0.008 0.000
#> SRR2052749 1 0.3398 0.7413 0.780 0.216 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052786 2 0.1544 0.8478 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052825 5 0.0865 0.7221 0.004 0.000 0.024 0.000 0.972
#> SRR2052824 5 0.0865 0.7221 0.004 0.000 0.024 0.000 0.972
#> SRR2052823 2 0.3508 0.6679 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052822 1 0.4770 0.6574 0.644 0.320 0.036 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.3508 0.6679 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052820 3 0.4994 0.6622 0.184 0.000 0.704 0.000 0.112
#> SRR2052819 5 0.0955 0.7222 0.004 0.000 0.028 0.000 0.968
#> SRR2052818 2 0.0290 0.8367 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052817 1 0.5697 0.2228 0.596 0.116 0.288 0.000 0.000
#> SRR2052816 1 0.3351 0.6963 0.836 0.132 0.028 0.004 0.000
#> SRR2052815 5 0.0865 0.7221 0.004 0.000 0.024 0.000 0.972
#> SRR2052814 4 0.3229 0.7199 0.128 0.000 0.032 0.840 0.000
#> SRR2052813 2 0.4151 0.4283 0.344 0.652 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0703 0.8426 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052810 1 0.3917 0.6137 0.824 0.084 0.080 0.008 0.004
#> SRR2052809 1 0.4731 0.6453 0.640 0.328 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052808 1 0.3527 0.7073 0.820 0.148 0.028 0.004 0.000
#> SRR2052807 5 0.4412 0.7131 0.076 0.000 0.012 0.132 0.780
#> SRR2052806 1 0.3366 0.7396 0.784 0.212 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052805 1 0.3233 0.6960 0.852 0.112 0.028 0.008 0.000
#> SRR2052804 5 0.6453 0.4616 0.224 0.000 0.244 0.004 0.528
#> SRR2052803 1 0.2890 0.7334 0.836 0.160 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052802 5 0.4412 0.7131 0.076 0.000 0.012 0.132 0.780
#> SRR2052801 5 0.0290 0.7141 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052800 5 0.4412 0.7131 0.076 0.000 0.012 0.132 0.780
#> SRR2052799 5 0.0290 0.7141 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052798 1 0.3398 0.7413 0.780 0.216 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052797 1 0.4450 0.2336 0.508 0.488 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052796 5 0.0798 0.7209 0.008 0.000 0.016 0.000 0.976
#> SRR2052795 1 0.3131 0.6883 0.860 0.104 0.028 0.008 0.000
#> SRR2052794 5 0.4412 0.7131 0.076 0.000 0.012 0.132 0.780
#> SRR2052793 5 0.7053 0.6197 0.088 0.000 0.216 0.132 0.564
#> SRR2052792 5 0.4412 0.7131 0.076 0.000 0.012 0.132 0.780
#> SRR2052791 5 0.7841 0.4666 0.152 0.000 0.260 0.132 0.456
#> SRR2052790 1 0.4787 0.6526 0.640 0.324 0.036 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.4201 0.7711 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.4192 0.7729 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.1544 0.8478 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052785 1 0.4314 0.6615 0.780 0.124 0.092 0.004 0.000
#> SRR2052784 1 0.4787 0.6526 0.640 0.324 0.036 0.000 0.000
#> SRR2052783 1 0.4346 0.6817 0.680 0.304 0.012 0.004 0.000
#> SRR2052782 1 0.4974 0.4977 0.560 0.408 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052781 1 0.4622 0.7008 0.684 0.276 0.040 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.4811 0.6933 0.452 0.020 0.528 0.000 0.000
#> SRR2052777 1 0.4974 0.4977 0.560 0.408 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052779 1 0.4974 0.4977 0.560 0.408 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.5048 0.6218 0.152 0.000 0.704 0.000 0.144
#> SRR2052776 1 0.4914 0.6936 0.704 0.204 0.092 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.4268 0.7332 0.268 0.000 0.708 0.000 0.024
#> SRR2052773 3 0.5295 0.5788 0.464 0.048 0.488 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.4182 0.7737 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.5295 0.5788 0.464 0.048 0.488 0.000 0.000
#> SRR2052771 5 0.7249 0.5885 0.092 0.000 0.244 0.132 0.532
#> SRR2052769 1 0.5044 0.5611 0.764 0.084 0.100 0.048 0.004
#> SRR2052770 3 0.4855 0.7091 0.236 0.000 0.700 0.004 0.060
#> SRR2052768 2 0.1608 0.8472 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.1478 0.8478 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052766 5 0.4412 0.7131 0.076 0.000 0.012 0.132 0.780
#> SRR2052765 2 0.4249 0.1255 0.432 0.568 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.3730 0.7431 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.4249 0.7552 0.432 0.000 0.568 0.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.1410 0.8477 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.5048 0.6218 0.152 0.000 0.704 0.000 0.144
#> SRR2052762 1 0.4822 0.6171 0.616 0.352 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.4210 0.7691 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.6028 0.2517 0.656 0.032 0.088 0.216 0.008
#> SRR2052757 1 0.4269 0.6912 0.780 0.140 0.076 0.004 0.000
#> SRR2052755 2 0.3109 0.7497 0.200 0.800 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 5 0.1202 0.6928 0.004 0.000 0.004 0.032 0.960
#> SRR2052753 2 0.3242 0.7268 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.3233 0.6960 0.852 0.112 0.028 0.008 0.000
#> SRR2052750 2 0.4288 0.3529 0.384 0.612 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052751 1 0.4930 0.4722 0.548 0.424 0.028 0.000 0.000
#> SRR2052748 5 0.7104 0.6044 0.084 0.000 0.240 0.128 0.548
#> SRR2052747 1 0.4359 0.4341 0.584 0.412 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052746 3 0.4981 0.6617 0.188 0.000 0.704 0.000 0.108
#> SRR2052745 3 0.5048 0.6218 0.152 0.000 0.704 0.000 0.144
#> SRR2052744 2 0.1410 0.8375 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.2674 0.8042 0.140 0.856 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.2674 0.8042 0.140 0.856 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0963 0.8448 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052742 1 0.4917 0.4944 0.556 0.416 0.028 0.000 0.000
#> SRR2052739 2 0.2020 0.8363 0.100 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.4981 0.6617 0.188 0.000 0.704 0.000 0.108
#> SRR2052736 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.4015 0.4389 0.348 0.652 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.5126 0.6135 0.152 0.000 0.696 0.000 0.152
#> SRR2052732 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.4242 0.7572 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR2052729 2 0.1908 0.8358 0.092 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 5 0.6453 0.4616 0.224 0.000 0.244 0.004 0.528
#> SRR2052727 2 0.1608 0.8434 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.3242 0.7268 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052726 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.7668 0.3104 0.556 0.100 0.188 0.128 0.028
#> SRR2052723 3 0.5126 0.6135 0.152 0.000 0.696 0.000 0.152
#> SRR2052722 3 0.4425 0.7731 0.392 0.000 0.600 0.000 0.008
#> SRR2052721 2 0.1478 0.8446 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.1478 0.8482 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.1410 0.8477 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.3143 0.7432 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 1 0.4949 0.5382 0.572 0.396 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052714 3 0.6540 0.6220 0.196 0.000 0.616 0.124 0.064
#> SRR2052716 3 0.5126 0.6135 0.152 0.000 0.696 0.000 0.152
#> SRR2052715 3 0.4855 0.7091 0.236 0.000 0.700 0.004 0.060
#> SRR2052713 1 0.4564 0.6592 0.796 0.104 0.032 0.060 0.008
#> SRR2052712 5 0.0865 0.7221 0.004 0.000 0.024 0.000 0.972
#> SRR2052711 4 0.7103 0.6501 0.144 0.000 0.116 0.576 0.164
#> SRR2052710 1 0.3541 0.7251 0.824 0.144 0.020 0.012 0.000
#> SRR2052707 3 0.4182 0.7737 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.4192 0.7729 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR2052704 5 0.7104 0.6044 0.084 0.000 0.240 0.128 0.548
#> SRR2052705 2 0.3550 0.6893 0.236 0.760 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.4504 0.7535 0.428 0.008 0.564 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.3715 0.7102 0.736 0.260 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052706 1 0.4109 0.6992 0.700 0.288 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.2471 0.8135 0.136 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.1478 0.8482 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.4192 0.7729 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR2052693 1 0.4473 0.6317 0.768 0.116 0.112 0.004 0.000
#> SRR2052691 2 0.3048 0.7720 0.176 0.820 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.3424 0.6905 0.240 0.760 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 5 0.6453 0.4616 0.224 0.000 0.244 0.004 0.528
#> SRR2052687 1 0.4169 0.6294 0.816 0.088 0.052 0.044 0.000
#> SRR2052686 2 0.3242 0.7268 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.3857 0.5424 0.312 0.688 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052684 5 0.7104 0.6044 0.084 0.000 0.240 0.128 0.548
#> SRR2052685 2 0.3424 0.6898 0.240 0.760 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052683 5 0.4903 0.5531 0.080 0.000 0.124 0.036 0.760
#> SRR2052681 1 0.4311 0.6361 0.812 0.092 0.048 0.044 0.004
#> SRR2052680 5 0.0865 0.7221 0.004 0.000 0.024 0.000 0.972
#> SRR2052682 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.1410 0.8450 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.4171 0.7737 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.4590 0.0985 0.420 0.568 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052676 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 1 0.3396 0.7004 0.832 0.136 0.028 0.004 0.000
#> SRR2052672 3 0.6452 0.6340 0.184 0.000 0.628 0.124 0.064
#> SRR2052673 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.1410 0.8477 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.4811 0.6933 0.452 0.020 0.528 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.1478 0.8482 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.4401 0.4286 0.328 0.656 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.3333 0.7327 0.208 0.788 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052666 3 0.3795 0.4295 0.192 0.000 0.780 0.028 0.000
#> SRR2052665 2 0.3521 0.6957 0.232 0.764 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052664 5 0.1564 0.7084 0.004 0.000 0.024 0.024 0.948
#> SRR2052663 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.1478 0.8482 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 2 0.0000 0.8346 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.4807 0.6999 0.448 0.020 0.532 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.4242 0.7572 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR2052658 1 0.4949 0.5382 0.572 0.396 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052657 1 0.3283 0.7019 0.848 0.116 0.028 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 2 0.1812 0.8306 0.080 0.912 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052700 1 0.4870 0.6038 0.580 0.008 0.376 0.024 0.004 0.008
#> SRR2052699 1 0.6146 0.4845 0.392 0.360 0.244 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052698 1 0.5975 0.6839 0.440 0.196 0.360 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052708 1 0.4772 0.6672 0.604 0.016 0.352 0.020 0.000 0.008
#> SRR2052749 1 0.5352 0.7312 0.576 0.124 0.296 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.1700 0.8313 0.080 0.916 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052825 5 0.2595 0.6372 0.004 0.000 0.000 0.160 0.836 0.000
#> SRR2052824 5 0.2632 0.6348 0.004 0.000 0.000 0.164 0.832 0.000
#> SRR2052823 2 0.4191 0.5887 0.284 0.676 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052822 1 0.5988 0.6810 0.476 0.232 0.288 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.4191 0.5887 0.284 0.676 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052820 3 0.3817 0.6065 0.000 0.000 0.720 0.252 0.028 0.000
#> SRR2052819 5 0.2703 0.6265 0.004 0.000 0.000 0.172 0.824 0.000
#> SRR2052818 2 0.0405 0.8211 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.4970 -0.2249 0.300 0.060 0.624 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052816 1 0.4625 0.6702 0.572 0.036 0.388 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052815 5 0.2595 0.6372 0.004 0.000 0.000 0.160 0.836 0.000
#> SRR2052814 6 0.0692 0.7820 0.004 0.000 0.020 0.000 0.000 0.976
#> SRR2052813 2 0.4788 0.3033 0.372 0.568 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0777 0.8240 0.024 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052811 2 0.0000 0.8176 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052810 1 0.5063 0.6013 0.572 0.008 0.376 0.024 0.012 0.008
#> SRR2052809 1 0.5984 0.6708 0.480 0.240 0.276 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052808 1 0.4827 0.6825 0.568 0.052 0.376 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052807 5 0.3852 0.3754 0.004 0.000 0.000 0.384 0.612 0.000
#> SRR2052806 1 0.5387 0.7233 0.560 0.120 0.316 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.4468 0.6736 0.612 0.016 0.356 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052804 4 0.6230 0.7569 0.112 0.000 0.104 0.612 0.164 0.008
#> SRR2052803 1 0.4845 0.7145 0.604 0.064 0.328 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052802 5 0.3852 0.3754 0.004 0.000 0.000 0.384 0.612 0.000
#> SRR2052801 5 0.0713 0.6358 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052800 5 0.3852 0.3754 0.004 0.000 0.000 0.384 0.612 0.000
#> SRR2052799 5 0.0865 0.6372 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2052798 1 0.5352 0.7312 0.576 0.124 0.296 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052797 1 0.5735 0.3684 0.444 0.388 0.168 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052796 5 0.1556 0.6320 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR2052795 1 0.4706 0.6684 0.604 0.016 0.356 0.016 0.000 0.008
#> SRR2052794 5 0.3852 0.3754 0.004 0.000 0.000 0.384 0.612 0.000
#> SRR2052793 4 0.4091 0.7673 0.000 0.000 0.068 0.732 0.200 0.000
#> SRR2052792 5 0.3852 0.3754 0.004 0.000 0.000 0.384 0.612 0.000
#> SRR2052791 4 0.4595 0.7619 0.000 0.000 0.168 0.696 0.136 0.000
#> SRR2052790 1 0.5992 0.6768 0.476 0.236 0.284 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.0146 0.7561 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.7590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.1753 0.8308 0.084 0.912 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052785 1 0.4953 0.6501 0.524 0.048 0.420 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052784 1 0.5992 0.6768 0.476 0.236 0.284 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052783 1 0.5907 0.7034 0.496 0.216 0.284 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052782 1 0.5982 0.5505 0.464 0.320 0.212 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052781 1 0.5746 0.7172 0.488 0.188 0.324 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.2317 0.6655 0.064 0.020 0.900 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052777 1 0.5982 0.5505 0.464 0.320 0.212 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052779 1 0.5982 0.5505 0.464 0.320 0.212 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.4029 0.5518 0.000 0.000 0.680 0.292 0.028 0.000
#> SRR2052776 1 0.5507 0.6685 0.448 0.128 0.424 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.2527 0.7080 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.3286 0.5575 0.116 0.036 0.832 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.0146 0.7603 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.3286 0.5575 0.116 0.036 0.832 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052771 4 0.3991 0.8240 0.000 0.000 0.088 0.756 0.156 0.000
#> SRR2052769 1 0.5883 0.5410 0.536 0.008 0.344 0.088 0.004 0.020
#> SRR2052770 3 0.3243 0.6714 0.000 0.000 0.780 0.208 0.008 0.004
#> SRR2052768 2 0.1812 0.8306 0.080 0.912 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.1556 0.8314 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052766 5 0.3852 0.3754 0.004 0.000 0.000 0.384 0.612 0.000
#> SRR2052765 2 0.5510 0.1314 0.340 0.516 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.2178 0.7249 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.8176 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.1088 0.7311 0.024 0.000 0.960 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.1387 0.8314 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.4029 0.5518 0.000 0.000 0.680 0.292 0.028 0.000
#> SRR2052762 1 0.6056 0.6421 0.460 0.268 0.268 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.0260 0.7531 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.7651 0.1381 0.344 0.008 0.248 0.092 0.008 0.300
#> SRR2052757 1 0.5042 0.6755 0.520 0.064 0.412 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052755 2 0.3649 0.7291 0.196 0.764 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 5 0.3062 0.5021 0.000 0.000 0.000 0.160 0.816 0.024
#> SRR2052753 2 0.3896 0.7081 0.196 0.748 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.4468 0.6736 0.612 0.016 0.356 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052750 2 0.5456 0.2409 0.340 0.536 0.120 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052751 1 0.6028 0.5277 0.444 0.336 0.216 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052748 4 0.4174 0.8251 0.000 0.000 0.092 0.736 0.172 0.000
#> SRR2052747 1 0.5674 0.5127 0.520 0.320 0.156 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.3841 0.6027 0.000 0.000 0.716 0.256 0.028 0.000
#> SRR2052745 3 0.4029 0.5518 0.000 0.000 0.680 0.292 0.028 0.000
#> SRR2052744 2 0.2052 0.8198 0.056 0.912 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052741 2 0.3027 0.7819 0.148 0.824 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.3027 0.7819 0.148 0.824 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.1007 0.8290 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052742 1 0.6046 0.5462 0.444 0.328 0.224 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052739 2 0.2234 0.8150 0.124 0.872 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.3841 0.6027 0.000 0.000 0.716 0.256 0.028 0.000
#> SRR2052736 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052735 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052734 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052737 2 0.5058 0.4142 0.292 0.600 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.4065 0.5426 0.000 0.000 0.672 0.300 0.028 0.000
#> SRR2052732 2 0.0000 0.8176 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.1176 0.7337 0.024 0.000 0.956 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052729 2 0.2221 0.8202 0.072 0.896 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052730 4 0.6230 0.7569 0.112 0.000 0.104 0.612 0.164 0.008
#> SRR2052727 2 0.1908 0.8271 0.056 0.916 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.3896 0.7081 0.196 0.748 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052726 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052724 1 0.7201 0.3199 0.468 0.016 0.288 0.096 0.004 0.128
#> SRR2052723 3 0.4065 0.5426 0.000 0.000 0.672 0.300 0.028 0.000
#> SRR2052722 3 0.0363 0.7621 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052721 2 0.1765 0.8283 0.052 0.924 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.1644 0.8316 0.076 0.920 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.1501 0.8317 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.3714 0.7232 0.196 0.760 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 1 0.6061 0.5737 0.448 0.312 0.236 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052714 3 0.5329 0.6025 0.032 0.000 0.696 0.128 0.016 0.128
#> SRR2052716 3 0.4065 0.5426 0.000 0.000 0.672 0.300 0.028 0.000
#> SRR2052715 3 0.3243 0.6714 0.000 0.000 0.780 0.208 0.008 0.004
#> SRR2052713 1 0.5843 0.6350 0.560 0.016 0.336 0.056 0.008 0.024
#> SRR2052712 5 0.2595 0.6372 0.004 0.000 0.000 0.160 0.836 0.000
#> SRR2052711 6 0.5335 0.7649 0.032 0.000 0.056 0.192 0.032 0.688
#> SRR2052710 1 0.4990 0.7058 0.588 0.052 0.348 0.004 0.000 0.008
#> SRR2052707 3 0.0146 0.7603 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.7590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052704 4 0.4174 0.8251 0.000 0.000 0.092 0.736 0.172 0.000
#> SRR2052705 2 0.4328 0.6527 0.212 0.708 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052703 3 0.0858 0.7322 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.5544 0.7274 0.568 0.168 0.260 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052706 1 0.5823 0.7129 0.508 0.192 0.296 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.2988 0.7848 0.152 0.824 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.1588 0.8319 0.072 0.924 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0000 0.7590 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052693 1 0.4922 0.6199 0.504 0.044 0.444 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052691 2 0.3612 0.7284 0.200 0.764 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.4227 0.6263 0.256 0.692 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 4 0.6230 0.7569 0.112 0.000 0.104 0.612 0.164 0.008
#> SRR2052687 1 0.5463 0.6105 0.564 0.008 0.352 0.056 0.004 0.016
#> SRR2052686 2 0.3896 0.7081 0.196 0.748 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.4670 0.5088 0.292 0.636 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052684 4 0.4174 0.8251 0.000 0.000 0.092 0.736 0.172 0.000
#> SRR2052685 2 0.4067 0.6330 0.260 0.700 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052683 5 0.5911 0.2224 0.056 0.000 0.056 0.384 0.500 0.004
#> SRR2052681 1 0.5633 0.6166 0.564 0.012 0.344 0.056 0.008 0.016
#> SRR2052680 5 0.2632 0.6348 0.004 0.000 0.000 0.164 0.832 0.000
#> SRR2052682 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052679 2 0.1682 0.8287 0.052 0.928 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0260 0.7609 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.5552 -0.0444 0.392 0.484 0.120 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052676 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052674 1 0.4676 0.6747 0.572 0.040 0.384 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052672 3 0.5181 0.6130 0.028 0.000 0.708 0.128 0.016 0.120
#> SRR2052673 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052671 2 0.1501 0.8317 0.076 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.2317 0.6655 0.064 0.020 0.900 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.1644 0.8316 0.076 0.920 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.5249 0.3995 0.244 0.600 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.4044 0.7044 0.180 0.744 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052666 3 0.5565 0.1016 0.364 0.000 0.528 0.088 0.000 0.020
#> SRR2052665 2 0.4328 0.6526 0.212 0.708 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052664 5 0.2964 0.6168 0.004 0.000 0.000 0.204 0.792 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.8176 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.1644 0.8316 0.076 0.920 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 2 0.0146 0.8157 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052660 3 0.2257 0.6720 0.060 0.020 0.904 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.1176 0.7337 0.024 0.000 0.956 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052658 1 0.6061 0.5737 0.448 0.312 0.236 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052657 1 0.4892 0.6824 0.604 0.028 0.344 0.016 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.989 0.996 0.4783 0.521 0.521
#> 3 3 0.947 0.950 0.978 0.2930 0.686 0.485
#> 4 4 0.693 0.800 0.872 0.1648 0.793 0.520
#> 5 5 0.653 0.573 0.759 0.0717 0.917 0.713
#> 6 6 0.652 0.518 0.714 0.0491 0.848 0.447
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052700 2 0.0672 0.991 0.008 0.992
#> SRR2052699 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052698 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052749 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052823 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052820 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052819 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052818 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052817 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052816 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052815 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052814 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052810 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052809 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052807 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052806 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052803 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052802 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052798 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052789 1 0.9993 0.058 0.516 0.484
#> SRR2052788 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052785 1 0.3114 0.934 0.944 0.056
#> SRR2052784 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.2603 0.954 0.044 0.956
#> SRR2052777 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052778 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052775 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052772 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052769 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052770 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052766 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052765 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052763 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052761 2 0.3584 0.928 0.068 0.932
#> SRR2052760 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052759 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052758 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.0376 0.988 0.996 0.004
#> SRR2052757 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052755 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052753 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052750 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052748 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052747 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052746 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052745 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052744 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052739 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052738 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052736 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052733 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052732 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052731 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052729 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052728 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052730 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052727 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052725 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052726 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052723 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052722 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052721 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052718 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052714 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052716 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052715 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052713 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052712 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052710 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052707 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052709 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052704 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052703 2 0.2236 0.963 0.036 0.964
#> SRR2052696 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052692 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052693 2 0.0938 0.987 0.012 0.988
#> SRR2052691 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052690 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052689 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052687 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052686 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052684 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052685 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052680 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052682 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052679 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052678 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052676 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052674 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052672 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052661 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052660 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052659 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2052657 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052700 3 0.1529 0.9354 0.000 0.040 0.960
#> SRR2052699 2 0.0592 0.9680 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052698 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052708 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052749 3 0.5138 0.6566 0.000 0.252 0.748
#> SRR2052786 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052823 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052822 3 0.1529 0.9354 0.000 0.040 0.960
#> SRR2052821 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052820 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052819 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052818 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052816 3 0.1411 0.9385 0.000 0.036 0.964
#> SRR2052815 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052814 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052810 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052809 3 0.1643 0.9319 0.000 0.044 0.956
#> SRR2052808 3 0.1529 0.9354 0.000 0.040 0.960
#> SRR2052807 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052806 2 0.0237 0.9758 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052805 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052804 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052803 3 0.1753 0.9283 0.000 0.048 0.952
#> SRR2052802 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052798 3 0.1860 0.9242 0.000 0.052 0.948
#> SRR2052797 2 0.0747 0.9639 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052796 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052791 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052790 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052784 3 0.0892 0.9502 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052783 3 0.1753 0.9283 0.000 0.048 0.952
#> SRR2052782 2 0.2959 0.8711 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052781 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052780 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.3879 0.8071 0.000 0.848 0.152
#> SRR2052779 2 0.3879 0.8071 0.000 0.848 0.152
#> SRR2052778 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052776 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052775 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052773 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052771 3 0.5363 0.6261 0.276 0.000 0.724
#> SRR2052769 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052770 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052766 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052765 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052762 3 0.1753 0.9283 0.000 0.048 0.952
#> SRR2052758 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052756 3 0.1753 0.9283 0.000 0.048 0.952
#> SRR2052757 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052755 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052752 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052750 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.3879 0.8071 0.000 0.848 0.152
#> SRR2052748 1 0.1753 0.9556 0.952 0.000 0.048
#> SRR2052747 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052745 3 0.4504 0.7550 0.196 0.000 0.804
#> SRR2052744 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.5678 0.5420 0.000 0.684 0.316
#> SRR2052739 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.2796 0.8828 0.092 0.000 0.908
#> SRR2052732 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052729 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052728 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052727 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052726 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052724 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052723 3 0.4504 0.7550 0.196 0.000 0.804
#> SRR2052722 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052721 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052714 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052716 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052715 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052713 3 0.4931 0.6900 0.000 0.232 0.768
#> SRR2052712 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052710 3 0.1753 0.9283 0.000 0.048 0.952
#> SRR2052707 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052704 3 0.6307 0.0662 0.488 0.000 0.512
#> SRR2052705 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052696 2 0.3752 0.8134 0.000 0.856 0.144
#> SRR2052706 2 0.4002 0.7969 0.000 0.840 0.160
#> SRR2052695 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052693 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052691 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052689 1 0.1753 0.9556 0.952 0.000 0.048
#> SRR2052687 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052686 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052684 1 0.1753 0.9556 0.952 0.000 0.048
#> SRR2052685 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052681 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052680 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052682 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052676 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052674 3 0.1529 0.9354 0.000 0.040 0.960
#> SRR2052672 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052666 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.9939 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052661 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052659 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.9795 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052657 3 0.0000 0.9638 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052700 1 0.2647 0.6899 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR2052699 1 0.3801 0.7191 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR2052698 1 0.3569 0.7744 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052708 3 0.4916 0.5109 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR2052749 1 0.2101 0.7595 0.928 0.060 0.012 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.1520 0.9440 0.024 0.000 0.020 0.956
#> SRR2052824 4 0.1833 0.9410 0.024 0.000 0.032 0.944
#> SRR2052823 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052822 1 0.4095 0.7841 0.804 0.024 0.172 0.000
#> SRR2052821 2 0.1792 0.9137 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR2052820 3 0.0921 0.7902 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2052819 4 0.1833 0.9410 0.024 0.000 0.032 0.944
#> SRR2052818 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052817 1 0.3569 0.7744 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052816 1 0.1824 0.7415 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR2052815 4 0.1733 0.9423 0.024 0.000 0.028 0.948
#> SRR2052814 3 0.4250 0.6786 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR2052813 2 0.0336 0.9598 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052810 3 0.4855 0.5526 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR2052809 1 0.4095 0.7841 0.804 0.024 0.172 0.000
#> SRR2052808 1 0.1209 0.7581 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR2052807 4 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052806 1 0.2814 0.6970 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR2052805 3 0.4916 0.5109 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR2052804 3 0.6138 0.4813 0.092 0.000 0.648 0.260
#> SRR2052803 1 0.2469 0.7026 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR2052802 4 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052801 4 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052800 4 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052799 4 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052798 1 0.1936 0.7646 0.940 0.032 0.028 0.000
#> SRR2052797 1 0.3688 0.7211 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR2052796 4 0.1733 0.9423 0.024 0.000 0.028 0.948
#> SRR2052795 3 0.4916 0.5109 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR2052794 4 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052793 4 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052792 4 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052791 3 0.0817 0.7899 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2052790 1 0.3569 0.7744 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052789 1 0.4888 0.4904 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR2052788 3 0.3219 0.7039 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052785 1 0.5000 0.0618 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR2052784 1 0.3569 0.7744 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052783 1 0.3581 0.7909 0.852 0.032 0.116 0.000
#> SRR2052782 1 0.4387 0.7691 0.804 0.144 0.052 0.000
#> SRR2052781 1 0.3569 0.7744 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052780 1 0.4843 0.5235 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR2052777 1 0.4462 0.7741 0.804 0.132 0.064 0.000
#> SRR2052779 1 0.4440 0.7726 0.804 0.136 0.060 0.000
#> SRR2052778 3 0.0817 0.7899 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2052776 1 0.3569 0.7744 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052775 3 0.1302 0.7845 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2052773 1 0.3569 0.7744 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052772 3 0.2345 0.7577 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR2052774 1 0.3569 0.7744 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052771 3 0.2675 0.7555 0.044 0.000 0.908 0.048
#> SRR2052769 3 0.4134 0.6838 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR2052770 3 0.0921 0.7902 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2052768 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052766 4 0.0000 0.9476 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052765 1 0.3123 0.7131 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.2281 0.7607 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR2052764 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052761 1 0.4643 0.6151 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0921 0.7902 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2052762 1 0.4199 0.7863 0.804 0.032 0.164 0.000
#> SRR2052758 3 0.4193 0.5405 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR2052756 3 0.4898 0.5264 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR2052757 1 0.3486 0.7764 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR2052755 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 4 0.1733 0.9423 0.024 0.000 0.028 0.948
#> SRR2052753 2 0.3123 0.7985 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR2052752 3 0.4746 0.6129 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR2052750 2 0.4164 0.6184 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR2052751 1 0.4485 0.7644 0.796 0.152 0.052 0.000
#> SRR2052748 4 0.4134 0.6530 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR2052747 2 0.3266 0.7828 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0921 0.7902 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2052745 3 0.1151 0.7888 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR2052744 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052742 1 0.4513 0.7869 0.804 0.076 0.120 0.000
#> SRR2052739 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.0921 0.7902 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2052736 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052737 1 0.4382 0.6366 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.1151 0.7888 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR2052732 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.3486 0.6749 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR2052729 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.3219 0.7224 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR2052727 2 0.0188 0.9627 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.3219 0.8025 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR2052726 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 3 0.4193 0.6777 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR2052723 3 0.1151 0.7888 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR2052722 3 0.2530 0.7542 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2052721 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052717 1 0.3942 0.7041 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR2052714 3 0.2149 0.7626 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR2052716 3 0.1302 0.7801 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR2052715 3 0.0921 0.7902 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2052713 1 0.3080 0.7004 0.880 0.024 0.096 0.000
#> SRR2052712 4 0.0895 0.9459 0.020 0.000 0.004 0.976
#> SRR2052711 3 0.7149 0.4171 0.184 0.000 0.552 0.264
#> SRR2052710 1 0.1209 0.7581 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR2052707 3 0.3356 0.6906 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR2052709 3 0.3444 0.6840 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR2052704 3 0.1406 0.7866 0.024 0.000 0.960 0.016
#> SRR2052705 2 0.4624 0.4407 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052703 1 0.4661 0.6093 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR2052696 1 0.2480 0.7473 0.904 0.088 0.008 0.000
#> SRR2052706 1 0.1637 0.7614 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.0592 0.9602 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.2589 0.7479 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR2052693 1 0.3610 0.7714 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2052691 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.0469 0.9575 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052689 3 0.4144 0.6807 0.068 0.000 0.828 0.104
#> SRR2052687 3 0.4661 0.5996 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR2052686 2 0.4277 0.6683 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.2973 0.8326 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR2052684 4 0.4134 0.6530 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR2052685 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052683 3 0.7442 0.2468 0.184 0.000 0.476 0.340
#> SRR2052681 3 0.4967 0.4623 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR2052680 4 0.3307 0.8744 0.028 0.000 0.104 0.868
#> SRR2052682 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.3444 0.6840 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR2052677 1 0.4164 0.6755 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052676 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 1 0.1824 0.7415 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR2052672 3 0.0921 0.7902 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2052673 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052670 1 0.4543 0.6426 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052668 1 0.3975 0.7002 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.0188 0.9627 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052666 1 0.4843 0.5235 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR2052665 2 0.0188 0.9627 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052664 4 0.1733 0.9423 0.024 0.000 0.028 0.948
#> SRR2052663 2 0.0469 0.9612 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 2 0.0000 0.9644 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052660 1 0.4605 0.6267 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR2052659 3 0.3356 0.6906 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR2052658 1 0.3801 0.7191 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR2052657 1 0.1118 0.7570 0.964 0.000 0.036 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 1 0.3402 0.8112 0.804 0.008 0.004 0.184 0.000
#> SRR2052701 1 0.0000 0.8177 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052700 4 0.5202 0.5276 0.000 0.348 0.056 0.596 0.000
#> SRR2052699 2 0.4548 0.5125 0.052 0.716 0.000 0.232 0.000
#> SRR2052698 2 0.0912 0.6121 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR2052708 4 0.5957 0.5526 0.000 0.236 0.176 0.588 0.000
#> SRR2052749 2 0.4626 0.1811 0.020 0.616 0.000 0.364 0.000
#> SRR2052786 1 0.3966 0.8053 0.796 0.072 0.000 0.132 0.000
#> SRR2052825 5 0.2624 0.8628 0.000 0.000 0.012 0.116 0.872
#> SRR2052824 5 0.3055 0.8514 0.000 0.000 0.016 0.144 0.840
#> SRR2052823 1 0.4158 0.7955 0.748 0.020 0.008 0.224 0.000
#> SRR2052822 2 0.0981 0.6136 0.008 0.972 0.008 0.012 0.000
#> SRR2052821 1 0.6848 0.4094 0.444 0.316 0.008 0.232 0.000
#> SRR2052820 3 0.1725 0.6955 0.000 0.044 0.936 0.020 0.000
#> SRR2052819 5 0.2966 0.8549 0.000 0.000 0.016 0.136 0.848
#> SRR2052818 1 0.3935 0.7973 0.760 0.012 0.008 0.220 0.000
#> SRR2052817 2 0.1836 0.5957 0.000 0.932 0.036 0.032 0.000
#> SRR2052816 4 0.4555 0.3077 0.000 0.472 0.008 0.520 0.000
#> SRR2052815 5 0.3055 0.8514 0.000 0.000 0.016 0.144 0.840
#> SRR2052814 4 0.4403 0.2458 0.000 0.004 0.436 0.560 0.000
#> SRR2052813 1 0.6569 0.4803 0.496 0.288 0.004 0.212 0.000
#> SRR2052812 1 0.0324 0.8170 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR2052811 1 0.1153 0.8113 0.964 0.008 0.004 0.024 0.000
#> SRR2052810 4 0.4638 0.4373 0.000 0.028 0.324 0.648 0.000
#> SRR2052809 2 0.1087 0.6136 0.008 0.968 0.008 0.016 0.000
#> SRR2052808 2 0.4264 0.0764 0.000 0.620 0.004 0.376 0.000
#> SRR2052807 5 0.0162 0.8699 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052806 4 0.4382 0.2949 0.024 0.288 0.000 0.688 0.000
#> SRR2052805 4 0.5964 0.5496 0.000 0.232 0.180 0.588 0.000
#> SRR2052804 3 0.4890 -0.0212 0.000 0.000 0.524 0.452 0.024
#> SRR2052803 4 0.4415 0.4493 0.000 0.388 0.008 0.604 0.000
#> SRR2052802 5 0.0162 0.8699 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052801 5 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052800 5 0.0162 0.8699 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052799 5 0.0000 0.8699 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052798 2 0.4400 0.2422 0.020 0.672 0.000 0.308 0.000
#> SRR2052797 2 0.4443 0.5106 0.028 0.724 0.008 0.240 0.000
#> SRR2052796 5 0.2723 0.8612 0.000 0.000 0.012 0.124 0.864
#> SRR2052795 4 0.6009 0.5483 0.000 0.240 0.180 0.580 0.000
#> SRR2052794 5 0.0290 0.8691 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2052793 5 0.1364 0.8684 0.000 0.000 0.012 0.036 0.952
#> SRR2052792 5 0.0290 0.8691 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2052791 3 0.1668 0.6854 0.000 0.028 0.940 0.032 0.000
#> SRR2052790 2 0.1106 0.6113 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> SRR2052789 2 0.4909 -0.0760 0.000 0.560 0.412 0.028 0.000
#> SRR2052788 3 0.4953 0.3775 0.000 0.440 0.532 0.028 0.000
#> SRR2052787 1 0.4718 0.7742 0.728 0.092 0.000 0.180 0.000
#> SRR2052785 2 0.4199 0.4694 0.000 0.772 0.160 0.068 0.000
#> SRR2052784 2 0.1087 0.6121 0.008 0.968 0.008 0.016 0.000
#> SRR2052783 2 0.1538 0.6083 0.008 0.948 0.008 0.036 0.000
#> SRR2052782 2 0.3621 0.5654 0.020 0.788 0.000 0.192 0.000
#> SRR2052781 2 0.0798 0.6106 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR2052780 2 0.4733 0.1415 0.000 0.624 0.348 0.028 0.000
#> SRR2052777 2 0.3621 0.5654 0.020 0.788 0.000 0.192 0.000
#> SRR2052779 2 0.3621 0.5654 0.020 0.788 0.000 0.192 0.000
#> SRR2052778 3 0.1830 0.6925 0.000 0.040 0.932 0.028 0.000
#> SRR2052776 2 0.0798 0.6106 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR2052775 3 0.3454 0.6519 0.000 0.156 0.816 0.028 0.000
#> SRR2052773 2 0.1907 0.5936 0.000 0.928 0.044 0.028 0.000
#> SRR2052772 3 0.4276 0.5947 0.000 0.256 0.716 0.028 0.000
#> SRR2052774 2 0.2139 0.5872 0.000 0.916 0.052 0.032 0.000
#> SRR2052771 3 0.2037 0.6515 0.000 0.012 0.920 0.064 0.004
#> SRR2052769 3 0.4559 -0.1683 0.000 0.008 0.512 0.480 0.000
#> SRR2052770 3 0.1774 0.6966 0.000 0.052 0.932 0.016 0.000
#> SRR2052768 1 0.4941 0.7781 0.708 0.080 0.004 0.208 0.000
#> SRR2052767 1 0.1059 0.8122 0.968 0.008 0.004 0.020 0.000
#> SRR2052766 5 0.0290 0.8691 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2052765 4 0.5140 -0.0537 0.024 0.444 0.008 0.524 0.000
#> SRR2052763 3 0.4276 0.5947 0.000 0.256 0.716 0.028 0.000
#> SRR2052764 1 0.1153 0.8113 0.964 0.008 0.004 0.024 0.000
#> SRR2052761 2 0.4718 0.1534 0.000 0.628 0.344 0.028 0.000
#> SRR2052760 1 0.0000 0.8177 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.1484 0.6978 0.000 0.048 0.944 0.008 0.000
#> SRR2052762 2 0.0981 0.6136 0.008 0.972 0.008 0.012 0.000
#> SRR2052758 2 0.4978 -0.2780 0.000 0.496 0.476 0.028 0.000
#> SRR2052756 4 0.4734 0.4514 0.000 0.036 0.312 0.652 0.000
#> SRR2052757 2 0.1469 0.6000 0.000 0.948 0.016 0.036 0.000
#> SRR2052755 1 0.3196 0.8054 0.804 0.004 0.000 0.192 0.000
#> SRR2052754 5 0.2574 0.8633 0.000 0.000 0.012 0.112 0.876
#> SRR2052753 1 0.5594 0.6723 0.632 0.136 0.000 0.232 0.000
#> SRR2052752 4 0.6284 0.3968 0.000 0.188 0.288 0.524 0.000
#> SRR2052750 1 0.6653 0.2435 0.408 0.364 0.000 0.228 0.000
#> SRR2052751 2 0.3812 0.5560 0.024 0.772 0.000 0.204 0.000
#> SRR2052748 5 0.4841 0.3131 0.000 0.000 0.416 0.024 0.560
#> SRR2052747 1 0.6200 0.5498 0.548 0.196 0.000 0.256 0.000
#> SRR2052746 3 0.1341 0.6974 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.1915 0.6917 0.000 0.040 0.928 0.032 0.000
#> SRR2052744 1 0.2763 0.8171 0.848 0.004 0.000 0.148 0.000
#> SRR2052741 1 0.4712 0.7753 0.732 0.100 0.000 0.168 0.000
#> SRR2052743 1 0.4748 0.7728 0.728 0.100 0.000 0.172 0.000
#> SRR2052740 1 0.0000 0.8177 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.3548 0.5686 0.012 0.796 0.004 0.188 0.000
#> SRR2052739 1 0.3652 0.8072 0.784 0.012 0.004 0.200 0.000
#> SRR2052738 3 0.1341 0.6974 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR2052736 1 0.0000 0.8177 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.8177 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.8177 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.6131 0.3232 0.208 0.564 0.000 0.228 0.000
#> SRR2052733 3 0.1836 0.6898 0.000 0.036 0.932 0.032 0.000
#> SRR2052732 1 0.1393 0.8077 0.956 0.012 0.008 0.024 0.000
#> SRR2052731 3 0.4937 0.3975 0.000 0.428 0.544 0.028 0.000
#> SRR2052729 1 0.4333 0.7759 0.740 0.048 0.000 0.212 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.8177 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.4166 0.2010 0.000 0.004 0.648 0.348 0.000
#> SRR2052727 1 0.4958 0.7402 0.692 0.084 0.000 0.224 0.000
#> SRR2052725 1 0.5726 0.6686 0.612 0.140 0.000 0.248 0.000
#> SRR2052726 1 0.0000 0.8177 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 4 0.4375 0.3050 0.000 0.004 0.420 0.576 0.000
#> SRR2052723 3 0.1753 0.6872 0.000 0.032 0.936 0.032 0.000
#> SRR2052722 3 0.4924 0.4144 0.000 0.420 0.552 0.028 0.000
#> SRR2052721 1 0.2763 0.8171 0.848 0.004 0.000 0.148 0.000
#> SRR2052720 1 0.1894 0.8080 0.920 0.072 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052719 1 0.1059 0.8122 0.968 0.008 0.004 0.020 0.000
#> SRR2052718 1 0.3353 0.8084 0.796 0.008 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052717 2 0.4555 0.5246 0.068 0.732 0.000 0.200 0.000
#> SRR2052714 3 0.3835 0.3858 0.000 0.008 0.732 0.260 0.000
#> SRR2052716 3 0.2909 0.5831 0.000 0.012 0.848 0.140 0.000
#> SRR2052715 3 0.1502 0.6977 0.000 0.056 0.940 0.004 0.000
#> SRR2052713 4 0.4371 0.5029 0.000 0.344 0.012 0.644 0.000
#> SRR2052712 5 0.2522 0.8643 0.000 0.000 0.012 0.108 0.880
#> SRR2052711 4 0.5772 0.3064 0.000 0.000 0.328 0.564 0.108
#> SRR2052710 2 0.3123 0.4320 0.004 0.812 0.000 0.184 0.000
#> SRR2052707 3 0.4953 0.3775 0.000 0.440 0.532 0.028 0.000
#> SRR2052709 3 0.4974 0.3231 0.000 0.464 0.508 0.028 0.000
#> SRR2052704 3 0.1997 0.6903 0.000 0.040 0.924 0.036 0.000
#> SRR2052705 2 0.6531 -0.0255 0.336 0.456 0.000 0.208 0.000
#> SRR2052697 1 0.1059 0.8122 0.968 0.008 0.004 0.020 0.000
#> SRR2052703 2 0.4718 0.1482 0.000 0.628 0.344 0.028 0.000
#> SRR2052696 4 0.4979 -0.1348 0.028 0.480 0.000 0.492 0.000
#> SRR2052706 2 0.4630 0.2564 0.004 0.572 0.008 0.416 0.000
#> SRR2052695 1 0.6409 0.5706 0.536 0.244 0.004 0.216 0.000
#> SRR2052694 1 0.1894 0.8080 0.920 0.072 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052692 3 0.4885 0.4446 0.000 0.400 0.572 0.028 0.000
#> SRR2052693 2 0.3336 0.5366 0.000 0.844 0.096 0.060 0.000
#> SRR2052691 1 0.4489 0.7853 0.740 0.068 0.000 0.192 0.000
#> SRR2052690 1 0.6422 0.4323 0.488 0.316 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052689 3 0.3906 0.4399 0.000 0.000 0.744 0.240 0.016
#> SRR2052687 4 0.5143 0.4206 0.000 0.048 0.368 0.584 0.000
#> SRR2052686 4 0.6245 -0.1989 0.368 0.132 0.004 0.496 0.000
#> SRR2052688 2 0.6835 -0.2611 0.372 0.384 0.004 0.240 0.000
#> SRR2052684 5 0.4841 0.3131 0.000 0.000 0.416 0.024 0.560
#> SRR2052685 1 0.3944 0.7979 0.756 0.016 0.004 0.224 0.000
#> SRR2052683 4 0.4863 0.4091 0.000 0.000 0.296 0.656 0.048
#> SRR2052681 4 0.5909 0.5567 0.000 0.244 0.164 0.592 0.000
#> SRR2052680 5 0.6442 0.4065 0.000 0.000 0.252 0.244 0.504
#> SRR2052682 1 0.0000 0.8177 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052679 1 0.3209 0.8088 0.812 0.008 0.000 0.180 0.000
#> SRR2052678 3 0.4974 0.3231 0.000 0.464 0.508 0.028 0.000
#> SRR2052677 2 0.4433 0.5342 0.060 0.740 0.000 0.200 0.000
#> SRR2052675 1 0.0000 0.8177 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.0162 0.8170 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052674 4 0.4546 0.3329 0.000 0.460 0.008 0.532 0.000
#> SRR2052672 3 0.1628 0.6978 0.000 0.056 0.936 0.008 0.000
#> SRR2052673 1 0.0000 0.8177 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052671 1 0.1059 0.8122 0.968 0.008 0.004 0.020 0.000
#> SRR2052670 2 0.4301 0.3456 0.000 0.712 0.260 0.028 0.000
#> SRR2052669 1 0.3413 0.7877 0.832 0.124 0.000 0.044 0.000
#> SRR2052668 2 0.4558 0.5221 0.064 0.728 0.000 0.208 0.000
#> SRR2052667 1 0.5567 0.6986 0.644 0.160 0.000 0.196 0.000
#> SRR2052666 2 0.4963 0.1313 0.000 0.608 0.352 0.040 0.000
#> SRR2052665 1 0.6003 0.6159 0.584 0.224 0.000 0.192 0.000
#> SRR2052664 5 0.3011 0.8533 0.000 0.000 0.016 0.140 0.844
#> SRR2052663 1 0.1153 0.8113 0.964 0.008 0.004 0.024 0.000
#> SRR2052662 1 0.1894 0.8080 0.920 0.072 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052661 1 0.0162 0.8170 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052660 2 0.4602 0.2248 0.000 0.656 0.316 0.028 0.000
#> SRR2052659 3 0.4824 0.4746 0.000 0.376 0.596 0.028 0.000
#> SRR2052658 2 0.4525 0.5197 0.056 0.724 0.000 0.220 0.000
#> SRR2052657 4 0.4451 0.3169 0.000 0.492 0.004 0.504 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 6 0.4580 0.49083 0.052 0.336 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2052701 6 0.0260 0.73591 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052700 1 0.4008 0.71004 0.768 0.100 0.128 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052699 2 0.4697 0.32315 0.028 0.500 0.464 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052698 3 0.3101 0.55916 0.032 0.148 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052708 1 0.4040 0.70544 0.792 0.044 0.108 0.056 0.000 0.000
#> SRR2052749 1 0.6169 0.27346 0.392 0.348 0.256 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052786 6 0.4584 0.14781 0.000 0.404 0.040 0.000 0.000 0.556
#> SRR2052825 5 0.1732 0.83917 0.072 0.004 0.000 0.004 0.920 0.000
#> SRR2052824 5 0.3265 0.80682 0.112 0.004 0.000 0.056 0.828 0.000
#> SRR2052823 2 0.4845 -0.10446 0.060 0.540 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2052822 3 0.3345 0.49038 0.020 0.204 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.5551 0.42313 0.060 0.652 0.104 0.000 0.000 0.184
#> SRR2052820 4 0.1686 0.77991 0.012 0.000 0.064 0.924 0.000 0.000
#> SRR2052819 5 0.3138 0.81434 0.096 0.004 0.000 0.060 0.840 0.000
#> SRR2052818 6 0.5071 0.38751 0.084 0.376 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR2052817 3 0.1219 0.64893 0.004 0.048 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052816 1 0.5190 0.58370 0.592 0.280 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052815 5 0.2868 0.81773 0.112 0.004 0.000 0.032 0.852 0.000
#> SRR2052814 1 0.5124 0.39012 0.620 0.008 0.012 0.300 0.060 0.000
#> SRR2052813 2 0.5446 0.44448 0.008 0.600 0.156 0.000 0.000 0.236
#> SRR2052812 6 0.2212 0.71717 0.008 0.112 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR2052811 6 0.2473 0.70409 0.008 0.136 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2052810 1 0.3931 0.63244 0.788 0.048 0.008 0.144 0.012 0.000
#> SRR2052809 3 0.3454 0.48091 0.024 0.208 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052808 1 0.5737 0.48652 0.512 0.216 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052807 5 0.2833 0.84807 0.004 0.148 0.000 0.012 0.836 0.000
#> SRR2052806 1 0.4660 0.54676 0.636 0.308 0.048 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052805 1 0.4104 0.70601 0.788 0.048 0.108 0.056 0.000 0.000
#> SRR2052804 4 0.5164 0.34277 0.288 0.016 0.000 0.616 0.080 0.000
#> SRR2052803 1 0.4352 0.69456 0.724 0.148 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 5 0.2833 0.84807 0.004 0.148 0.000 0.012 0.836 0.000
#> SRR2052801 5 0.2833 0.84807 0.004 0.148 0.000 0.012 0.836 0.000
#> SRR2052800 5 0.2833 0.84807 0.004 0.148 0.000 0.012 0.836 0.000
#> SRR2052799 5 0.2692 0.84826 0.000 0.148 0.000 0.012 0.840 0.000
#> SRR2052798 1 0.6207 0.27578 0.384 0.332 0.280 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052797 2 0.4891 0.44834 0.060 0.576 0.360 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052796 5 0.2331 0.83274 0.080 0.000 0.000 0.032 0.888 0.000
#> SRR2052795 1 0.3934 0.70344 0.796 0.036 0.116 0.052 0.000 0.000
#> SRR2052794 5 0.2833 0.84807 0.004 0.148 0.000 0.012 0.836 0.000
#> SRR2052793 5 0.4882 0.77404 0.016 0.128 0.000 0.160 0.696 0.000
#> SRR2052792 5 0.2833 0.84807 0.004 0.148 0.000 0.012 0.836 0.000
#> SRR2052791 4 0.0692 0.78911 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052790 3 0.2358 0.60220 0.016 0.108 0.876 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.2877 0.64005 0.012 0.000 0.820 0.168 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.3710 0.51653 0.012 0.000 0.696 0.292 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.4808 0.09033 0.000 0.476 0.052 0.000 0.000 0.472
#> SRR2052785 3 0.2471 0.66238 0.044 0.020 0.896 0.040 0.000 0.000
#> SRR2052784 3 0.3481 0.50013 0.032 0.192 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052783 3 0.3630 0.46604 0.032 0.212 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.4127 0.32309 0.004 0.508 0.484 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052781 3 0.2949 0.57025 0.028 0.140 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.2632 0.64660 0.004 0.000 0.832 0.164 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.4315 0.29805 0.012 0.492 0.492 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052779 2 0.4315 0.30624 0.012 0.496 0.488 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052778 4 0.0547 0.78941 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2052776 3 0.3062 0.56405 0.032 0.144 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052775 4 0.4147 0.17627 0.012 0.000 0.436 0.552 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.0713 0.66052 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.4184 0.01716 0.012 0.000 0.504 0.484 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0547 0.66352 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052771 4 0.1265 0.76719 0.044 0.008 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR2052769 1 0.4445 0.24814 0.572 0.000 0.032 0.396 0.000 0.000
#> SRR2052770 4 0.2841 0.72861 0.012 0.000 0.164 0.824 0.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.5458 0.06923 0.048 0.532 0.040 0.000 0.000 0.380
#> SRR2052767 6 0.2489 0.70794 0.012 0.128 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2052766 5 0.2833 0.84807 0.004 0.148 0.000 0.012 0.836 0.000
#> SRR2052765 2 0.5430 -0.12278 0.408 0.492 0.092 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052763 3 0.4184 0.01645 0.012 0.000 0.504 0.484 0.000 0.000
#> SRR2052764 6 0.2431 0.70246 0.008 0.132 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2052761 3 0.2631 0.65168 0.008 0.000 0.840 0.152 0.000 0.000
#> SRR2052760 6 0.0865 0.73336 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR2052759 4 0.1802 0.77806 0.012 0.000 0.072 0.916 0.000 0.000
#> SRR2052762 3 0.3454 0.48073 0.024 0.208 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.3287 0.59737 0.012 0.000 0.768 0.220 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.2976 0.65321 0.844 0.012 0.020 0.124 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.3172 0.57066 0.048 0.128 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052755 6 0.3965 0.26340 0.008 0.388 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2052754 5 0.1588 0.83932 0.072 0.000 0.000 0.004 0.924 0.000
#> SRR2052753 2 0.4874 0.10552 0.040 0.496 0.008 0.000 0.000 0.456
#> SRR2052752 1 0.4747 0.65126 0.724 0.028 0.136 0.112 0.000 0.000
#> SRR2052750 2 0.5058 0.45604 0.020 0.640 0.072 0.000 0.000 0.268
#> SRR2052751 2 0.4120 0.35010 0.004 0.524 0.468 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052748 4 0.5105 0.21797 0.008 0.076 0.000 0.584 0.332 0.000
#> SRR2052747 2 0.5413 0.32255 0.092 0.572 0.016 0.000 0.000 0.320
#> SRR2052746 4 0.3201 0.68544 0.012 0.000 0.208 0.780 0.000 0.000
#> SRR2052745 4 0.0692 0.78922 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052744 6 0.3647 0.33835 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR2052741 2 0.4808 0.07153 0.000 0.476 0.052 0.000 0.000 0.472
#> SRR2052743 2 0.4808 0.08485 0.000 0.480 0.052 0.000 0.000 0.468
#> SRR2052740 6 0.0260 0.73552 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052742 3 0.4226 -0.31432 0.008 0.484 0.504 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052739 6 0.4787 0.30436 0.052 0.432 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2052738 4 0.2912 0.72245 0.012 0.000 0.172 0.816 0.000 0.000
#> SRR2052736 6 0.0146 0.73549 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052735 6 0.0260 0.73270 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052734 6 0.0000 0.73514 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052737 2 0.5348 0.55164 0.016 0.608 0.272 0.000 0.000 0.104
#> SRR2052733 4 0.0692 0.78922 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052732 6 0.3440 0.64209 0.028 0.196 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR2052731 3 0.3967 0.39796 0.012 0.000 0.632 0.356 0.000 0.000
#> SRR2052729 2 0.4338 0.00851 0.020 0.492 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR2052728 6 0.0146 0.73387 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052730 4 0.3509 0.52951 0.240 0.016 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR2052727 2 0.4310 0.14270 0.020 0.540 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR2052725 2 0.5361 0.09757 0.084 0.492 0.008 0.000 0.000 0.416
#> SRR2052726 6 0.0260 0.73270 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052724 1 0.3888 0.45358 0.672 0.000 0.016 0.312 0.000 0.000
#> SRR2052723 4 0.0692 0.78922 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052722 3 0.3690 0.52217 0.012 0.000 0.700 0.288 0.000 0.000
#> SRR2052721 6 0.3782 0.33861 0.004 0.360 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR2052720 6 0.3950 0.50072 0.000 0.240 0.040 0.000 0.000 0.720
#> SRR2052719 6 0.2389 0.70885 0.008 0.128 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2052718 6 0.4515 0.45881 0.056 0.304 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR2052717 2 0.4268 0.40770 0.004 0.556 0.428 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052714 4 0.2793 0.62582 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR2052716 4 0.1701 0.74745 0.072 0.000 0.008 0.920 0.000 0.000
#> SRR2052715 4 0.3230 0.68064 0.012 0.000 0.212 0.776 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.3842 0.71064 0.784 0.100 0.112 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052712 5 0.1901 0.83834 0.076 0.004 0.000 0.008 0.912 0.000
#> SRR2052711 1 0.5582 0.33680 0.576 0.008 0.000 0.252 0.164 0.000
#> SRR2052710 3 0.5595 -0.03515 0.360 0.132 0.504 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052707 3 0.3710 0.51653 0.012 0.000 0.696 0.292 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.3564 0.55426 0.012 0.000 0.724 0.264 0.000 0.000
#> SRR2052704 4 0.0806 0.78843 0.008 0.000 0.020 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.5351 0.52226 0.000 0.592 0.208 0.000 0.000 0.200
#> SRR2052697 6 0.2212 0.71352 0.008 0.112 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR2052703 3 0.2692 0.65258 0.012 0.000 0.840 0.148 0.000 0.000
#> SRR2052696 2 0.6106 -0.23523 0.416 0.420 0.140 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052706 2 0.5351 0.13428 0.288 0.568 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.5884 0.41516 0.040 0.584 0.132 0.000 0.000 0.244
#> SRR2052694 6 0.3900 0.51214 0.000 0.232 0.040 0.000 0.000 0.728
#> SRR2052692 3 0.3967 0.39796 0.012 0.000 0.632 0.356 0.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.2172 0.66036 0.044 0.020 0.912 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052691 6 0.4407 -0.05699 0.000 0.480 0.024 0.000 0.000 0.496
#> SRR2052690 2 0.5400 0.47826 0.000 0.572 0.164 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052689 4 0.3603 0.64126 0.140 0.016 0.000 0.804 0.040 0.000
#> SRR2052687 1 0.3769 0.63228 0.780 0.040 0.012 0.168 0.000 0.000
#> SRR2052686 2 0.5965 -0.04837 0.404 0.420 0.008 0.000 0.000 0.168
#> SRR2052688 2 0.4997 0.48005 0.048 0.712 0.108 0.000 0.000 0.132
#> SRR2052684 4 0.5105 0.21797 0.008 0.076 0.000 0.584 0.332 0.000
#> SRR2052685 2 0.4778 -0.13383 0.052 0.524 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR2052683 1 0.4982 0.45591 0.648 0.000 0.000 0.180 0.172 0.000
#> SRR2052681 1 0.3482 0.70442 0.824 0.020 0.108 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052680 5 0.5683 0.43159 0.224 0.004 0.000 0.220 0.552 0.000
#> SRR2052682 6 0.0000 0.73514 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052679 6 0.3944 0.17329 0.004 0.428 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR2052678 3 0.3541 0.55914 0.012 0.000 0.728 0.260 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.4450 0.38485 0.004 0.528 0.448 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052675 6 0.0713 0.73391 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2052676 6 0.0547 0.72686 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR2052674 1 0.5172 0.58832 0.600 0.268 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052672 4 0.3171 0.68926 0.012 0.000 0.204 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052673 6 0.0000 0.73514 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052671 6 0.2389 0.70885 0.008 0.128 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR2052670 3 0.2006 0.67597 0.000 0.016 0.904 0.080 0.000 0.000
#> SRR2052669 6 0.4838 0.09644 0.000 0.396 0.060 0.000 0.000 0.544
#> SRR2052668 2 0.4268 0.40770 0.004 0.556 0.428 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052667 2 0.5086 0.29974 0.000 0.532 0.084 0.000 0.000 0.384
#> SRR2052666 3 0.2700 0.64958 0.004 0.004 0.836 0.156 0.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.5386 0.41799 0.000 0.548 0.136 0.000 0.000 0.316
#> SRR2052664 5 0.2726 0.81938 0.112 0.000 0.000 0.032 0.856 0.000
#> SRR2052663 6 0.2431 0.70246 0.008 0.132 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR2052662 6 0.3900 0.51214 0.000 0.232 0.040 0.000 0.000 0.728
#> SRR2052661 6 0.0713 0.72286 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR2052660 3 0.2442 0.65563 0.004 0.000 0.852 0.144 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.4123 0.23376 0.012 0.000 0.568 0.420 0.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.4482 0.37547 0.012 0.528 0.448 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052657 1 0.5060 0.63178 0.648 0.144 0.204 0.004 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.988 0.957 0.983 0.4970 0.505 0.505
#> 3 3 0.895 0.878 0.951 0.2576 0.808 0.640
#> 4 4 0.746 0.604 0.816 0.1506 0.946 0.859
#> 5 5 0.789 0.712 0.842 0.0618 0.885 0.677
#> 6 6 0.775 0.776 0.876 0.0414 0.915 0.687
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052700 1 0.5842 0.827 0.860 0.140
#> SRR2052699 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052698 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052749 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052823 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052820 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052819 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052818 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052817 2 0.7376 0.740 0.208 0.792
#> SRR2052816 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052815 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052814 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052810 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052809 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052807 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052806 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.9881 0.224 0.564 0.436
#> SRR2052802 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052798 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052789 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052788 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052785 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052780 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052778 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052775 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052773 2 0.7453 0.734 0.212 0.788
#> SRR2052772 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052774 2 0.7528 0.728 0.216 0.784
#> SRR2052771 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052769 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052770 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052766 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052765 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052763 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052761 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052759 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052758 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.6887 0.775 0.184 0.816
#> SRR2052755 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052753 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052750 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052748 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052747 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052746 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052745 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052744 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052739 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052738 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052736 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052733 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052732 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052731 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052729 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052728 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052730 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052727 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052725 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052726 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052723 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052722 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052721 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052718 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052714 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052716 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052715 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052713 2 0.9944 0.157 0.456 0.544
#> SRR2052712 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052710 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052707 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052709 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052704 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052703 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052696 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052692 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052693 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052691 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052690 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052689 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052687 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052686 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052684 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052685 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052680 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052682 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052679 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052678 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052676 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052674 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052672 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.7815 0.703 0.232 0.768
#> SRR2052669 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052666 1 0.9522 0.388 0.628 0.372
#> SRR2052665 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052661 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052660 1 0.0672 0.979 0.992 0.008
#> SRR2052659 1 0.0000 0.987 1.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.979 0.000 1.000
#> SRR2052657 2 0.9909 0.216 0.444 0.556
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052700 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052699 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052698 3 0.5216 0.6042 0.000 0.260 0.740
#> SRR2052708 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052823 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052822 2 0.2356 0.9139 0.000 0.928 0.072
#> SRR2052821 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052820 3 0.6126 0.4842 0.400 0.000 0.600
#> SRR2052819 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052818 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052816 2 0.5733 0.5227 0.324 0.676 0.000
#> SRR2052815 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052814 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052810 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052809 2 0.3267 0.8599 0.000 0.884 0.116
#> SRR2052808 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052807 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052806 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.1411 0.8679 0.964 0.036 0.000
#> SRR2052802 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052798 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052790 3 0.1753 0.8247 0.000 0.048 0.952
#> SRR2052789 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.6126 0.4842 0.400 0.000 0.600
#> SRR2052784 2 0.4605 0.7315 0.000 0.796 0.204
#> SRR2052783 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052781 3 0.0892 0.8463 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052780 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.6126 0.4842 0.400 0.000 0.600
#> SRR2052776 3 0.0592 0.8516 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052775 3 0.3816 0.7797 0.148 0.000 0.852
#> SRR2052773 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052769 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052770 1 0.6291 -0.1119 0.532 0.000 0.468
#> SRR2052768 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052766 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052765 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.5138 0.6925 0.252 0.000 0.748
#> SRR2052762 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052755 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052750 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052748 1 0.6192 0.0823 0.580 0.000 0.420
#> SRR2052747 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.6111 0.4915 0.396 0.000 0.604
#> SRR2052745 3 0.6126 0.4842 0.400 0.000 0.600
#> SRR2052744 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052739 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.5138 0.6925 0.252 0.000 0.748
#> SRR2052736 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052733 1 0.6168 0.1124 0.588 0.000 0.412
#> SRR2052732 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052729 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052728 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052730 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052727 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052726 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 1 0.6126 0.1544 0.600 0.000 0.400
#> SRR2052722 3 0.5138 0.6925 0.252 0.000 0.748
#> SRR2052721 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052714 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052716 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052715 3 0.6126 0.4842 0.400 0.000 0.600
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052710 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052707 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052704 3 0.6126 0.4842 0.400 0.000 0.600
#> SRR2052705 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052696 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052693 3 0.4002 0.7715 0.160 0.000 0.840
#> SRR2052691 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052689 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052687 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052686 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052684 1 0.6140 0.1409 0.596 0.000 0.404
#> SRR2052685 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052680 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052682 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052676 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052674 1 0.6235 0.1818 0.564 0.436 0.000
#> SRR2052672 3 0.6111 0.4915 0.396 0.000 0.604
#> SRR2052673 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052666 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.9151 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052661 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052659 3 0.0000 0.8586 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.9907 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052657 1 0.6095 0.3096 0.608 0.392 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.4804 0.5818 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.4624 0.5869 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR2052700 4 0.0707 0.9594 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2052699 2 0.0817 0.4410 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052698 1 0.7002 0.4545 0.492 0.388 0.120 0.000
#> SRR2052708 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052749 2 0.4992 0.4867 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052824 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052823 2 0.4804 0.5818 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR2052822 2 0.4999 -0.3825 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.4713 0.5847 0.360 0.640 0.000 0.000
#> SRR2052820 3 0.2345 0.8616 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052819 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052818 2 0.4941 0.5453 0.436 0.564 0.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.5409 0.3169 0.492 0.012 0.496 0.000
#> SRR2052816 1 0.5408 -0.5148 0.500 0.488 0.000 0.012
#> SRR2052815 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052814 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052813 2 0.0336 0.4319 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.4605 0.5861 0.336 0.664 0.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.4804 0.5818 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR2052810 4 0.0707 0.9594 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2052809 2 0.4999 -0.3825 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR2052808 2 0.5000 0.4608 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR2052807 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052806 1 0.4999 -0.5209 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR2052805 4 0.0469 0.9652 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR2052804 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052803 4 0.3539 0.8096 0.176 0.004 0.000 0.820
#> SRR2052802 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052801 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052800 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052799 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052798 2 0.4989 0.4906 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0921 0.4332 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052796 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052795 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052794 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052793 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052792 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052791 4 0.2704 0.8294 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR2052790 1 0.7068 0.4543 0.492 0.380 0.128 0.000
#> SRR2052789 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.2704 0.8481 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR2052784 2 0.4999 -0.3825 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.4830 -0.2533 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.4999 -0.3825 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR2052781 1 0.7068 0.4539 0.492 0.380 0.128 0.000
#> SRR2052780 3 0.2973 0.7764 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR2052777 2 0.4999 -0.3825 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.4999 -0.3825 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.2345 0.8616 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052776 1 0.7184 0.4379 0.492 0.364 0.144 0.000
#> SRR2052775 3 0.1022 0.8665 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052773 3 0.5409 0.3160 0.492 0.012 0.496 0.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.5168 0.3327 0.492 0.004 0.504 0.000
#> SRR2052771 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052769 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052770 3 0.2868 0.8397 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR2052768 2 0.4643 0.5855 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.4661 0.5861 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR2052766 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052765 2 0.4866 0.5692 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.4843 0.5780 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.0336 0.4451 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.2149 0.8642 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052762 2 0.4999 -0.3825 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052756 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052757 1 0.7345 0.3947 0.492 0.336 0.172 0.000
#> SRR2052755 2 0.4866 0.5715 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR2052754 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052753 2 0.4866 0.5715 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR2052752 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052750 2 0.4866 0.5715 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.4331 -0.0724 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.2868 0.8397 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR2052747 2 0.4992 0.4867 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.2345 0.8616 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052745 3 0.2345 0.8616 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052744 2 0.4790 0.5837 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.4961 -0.3332 0.448 0.552 0.000 0.000
#> SRR2052739 2 0.4661 0.5861 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.2149 0.8642 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052736 2 0.4585 0.5854 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR2052735 2 0.4790 0.5837 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR2052734 2 0.4761 0.5857 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.2868 0.8397 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR2052732 2 0.4898 0.5649 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052729 2 0.4866 0.5715 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR2052728 2 0.4790 0.5837 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052727 2 0.4866 0.5715 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.4907 0.5624 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR2052726 2 0.4790 0.5837 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR2052724 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052723 3 0.3266 0.8098 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR2052722 3 0.2149 0.8642 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR2052721 2 0.4866 0.5715 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0188 0.4364 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.4661 0.5861 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.4907 0.5624 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.4585 -0.1535 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR2052714 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052716 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052715 3 0.2345 0.8616 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052713 4 0.3074 0.8405 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR2052712 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052711 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052710 2 0.4624 -0.1677 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR2052707 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.2345 0.8616 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052705 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.4843 0.5780 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052696 2 0.4992 0.4867 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.4877 0.5660 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.0707 0.4465 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.1302 0.8668 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2052691 2 0.4679 0.5865 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052687 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052686 2 0.4955 0.5387 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.4679 0.5855 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR2052684 3 0.2868 0.8397 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR2052685 2 0.4804 0.5818 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR2052683 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052681 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052680 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052682 2 0.4790 0.5837 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.4843 0.5758 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.4999 -0.3825 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR2052675 2 0.4585 0.5854 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR2052676 2 0.4866 0.5715 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR2052674 1 0.6434 -0.4575 0.500 0.432 0.000 0.068
#> SRR2052672 3 0.2345 0.8616 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2052673 2 0.4713 0.5872 0.360 0.640 0.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.4679 0.5865 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.4994 0.3591 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2052669 2 0.0336 0.4319 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052666 3 0.4992 0.3644 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052664 4 0.0000 0.9745 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052663 2 0.4843 0.5780 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 2 0.4843 0.5758 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.2973 0.7764 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR2052659 3 0.0000 0.8634 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.4408 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052657 4 0.7198 0.2517 0.180 0.280 0.000 0.540
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 2 0.4182 0.4244 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.3810 0.6539 0.176 0.788 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052700 4 0.3730 0.6251 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR2052699 2 0.3141 0.6788 0.016 0.832 0.000 0.000 0.152
#> SRR2052698 5 0.2248 0.7264 0.000 0.012 0.088 0.000 0.900
#> SRR2052708 4 0.1282 0.9302 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR2052749 2 0.4599 0.1009 0.356 0.624 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052786 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052825 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052824 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052823 2 0.4201 0.4082 0.408 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052822 5 0.0703 0.7521 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2052821 2 0.4201 0.4082 0.408 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052820 3 0.1478 0.9318 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052819 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052818 1 0.4015 0.3691 0.652 0.348 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052817 5 0.3636 0.5584 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR2052816 1 0.0579 0.6306 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052815 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052814 4 0.0162 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052813 2 0.4455 0.6448 0.036 0.704 0.000 0.000 0.260
#> SRR2052812 2 0.3988 0.6078 0.252 0.732 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052811 2 0.4161 0.4389 0.392 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052810 4 0.3074 0.7627 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR2052809 5 0.0703 0.7521 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2052808 1 0.1544 0.6497 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052807 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.3882 0.5068 0.756 0.224 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052805 4 0.3368 0.7946 0.156 0.000 0.000 0.820 0.024
#> SRR2052804 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.6096 0.4118 0.620 0.224 0.000 0.136 0.020
#> SRR2052802 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052801 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052800 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052799 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052798 2 0.4570 0.1193 0.348 0.632 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052797 2 0.5221 0.3800 0.400 0.552 0.000 0.000 0.048
#> SRR2052796 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052795 4 0.1725 0.9165 0.044 0.000 0.000 0.936 0.020
#> SRR2052794 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052793 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052792 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052791 4 0.1732 0.8798 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR2052790 5 0.1281 0.7477 0.000 0.012 0.032 0.000 0.956
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052785 3 0.1792 0.9184 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2052784 5 0.0703 0.7521 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2052783 5 0.2966 0.6073 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR2052782 5 0.1341 0.7412 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR2052781 5 0.1012 0.7496 0.000 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR2052780 3 0.3305 0.6863 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2052777 5 0.1732 0.7246 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR2052779 5 0.0963 0.7494 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR2052778 3 0.1478 0.9318 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052776 5 0.1894 0.7345 0.000 0.008 0.072 0.000 0.920
#> SRR2052775 3 0.0162 0.9425 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052773 5 0.3636 0.5584 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 5 0.3636 0.5584 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR2052771 4 0.0510 0.9490 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052769 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052770 3 0.1792 0.9179 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2052768 2 0.4269 0.5640 0.300 0.684 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052767 2 0.4193 0.5607 0.304 0.684 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052766 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052765 1 0.4015 0.3691 0.652 0.348 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.4182 0.4244 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.3424 0.6687 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2052759 3 0.0510 0.9426 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052762 5 0.0703 0.7521 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR2052758 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 4 0.0162 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052757 5 0.1792 0.7273 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR2052755 2 0.0880 0.6566 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 4 0.0162 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052753 2 0.0963 0.6540 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 4 0.1043 0.9349 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR2052750 2 0.0880 0.6566 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 5 0.4235 0.0442 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR2052748 3 0.1792 0.9179 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2052747 2 0.4570 0.1193 0.348 0.632 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052746 3 0.1410 0.9332 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR2052745 3 0.1478 0.9318 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052744 2 0.0609 0.6629 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052743 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052740 2 0.3336 0.6722 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2052742 5 0.3003 0.6184 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR2052739 2 0.4213 0.5561 0.308 0.680 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052738 3 0.0510 0.9426 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2052736 2 0.2329 0.6871 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR2052735 2 0.0798 0.6676 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052734 2 0.0290 0.6726 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052737 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052733 3 0.1908 0.9107 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR2052732 2 0.4242 0.3623 0.428 0.572 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 2 0.0963 0.6540 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 2 0.0609 0.6629 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052727 2 0.0963 0.6540 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.1732 0.6366 0.080 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052726 2 0.0609 0.6629 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 4 0.0162 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052723 3 0.2424 0.8656 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR2052722 3 0.0609 0.9422 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052721 2 0.0880 0.6566 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052719 2 0.4193 0.5607 0.304 0.684 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052718 2 0.1965 0.6281 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 5 0.4304 -0.1803 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR2052714 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052716 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052715 3 0.1478 0.9318 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052713 4 0.6967 0.1858 0.256 0.224 0.000 0.496 0.024
#> SRR2052712 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052711 4 0.0162 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052710 5 0.4390 0.0180 0.000 0.428 0.000 0.004 0.568
#> SRR2052707 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.1478 0.9318 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052705 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052697 2 0.3876 0.5504 0.316 0.684 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 2 0.4570 0.1193 0.348 0.632 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052706 1 0.3949 0.4012 0.668 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.5066 0.6054 0.240 0.676 0.000 0.000 0.084
#> SRR2052694 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052692 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.0404 0.9431 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052691 2 0.0798 0.6676 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052690 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052689 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052687 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052686 2 0.4291 -0.2518 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.4182 0.4244 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052684 3 0.1908 0.9107 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR2052685 2 0.4182 0.4244 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052683 4 0.0162 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052681 4 0.0162 0.9602 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052680 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052682 2 0.0290 0.6726 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052679 2 0.0880 0.6566 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052677 5 0.1608 0.7311 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR2052675 2 0.4088 0.6564 0.168 0.776 0.000 0.000 0.056
#> SRR2052676 2 0.0880 0.6566 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 1 0.1579 0.6380 0.944 0.024 0.000 0.032 0.000
#> SRR2052672 3 0.1478 0.9318 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052673 2 0.3319 0.6592 0.160 0.820 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052671 2 0.4193 0.5607 0.304 0.684 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052670 5 0.3730 0.5404 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR2052669 2 0.3508 0.6633 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2052668 2 0.3561 0.6590 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR2052667 2 0.3366 0.6711 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2052666 5 0.3895 0.4987 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR2052665 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052664 4 0.0000 0.9619 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.4182 0.4244 0.400 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052661 2 0.0794 0.6589 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.3366 0.6735 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR2052659 3 0.0000 0.9420 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.3480 0.6656 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR2052657 2 0.7014 -0.2620 0.348 0.444 0.000 0.184 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 6 0.3950 0.5504 0.432 0.000 0.000 0.000 0.004 0.564
#> SRR2052701 1 0.0935 0.8180 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2052700 6 0.3991 -0.2113 0.000 0.000 0.000 0.472 0.004 0.524
#> SRR2052699 1 0.1713 0.8240 0.928 0.028 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2052698 2 0.0748 0.8432 0.004 0.976 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052708 4 0.3101 0.6719 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR2052749 5 0.2122 0.8365 0.076 0.000 0.000 0.000 0.900 0.024
#> SRR2052786 1 0.1204 0.8172 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.0000 0.9141 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052824 4 0.0000 0.9141 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052823 6 0.3756 0.6453 0.352 0.000 0.000 0.000 0.004 0.644
#> SRR2052822 2 0.1141 0.8435 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052821 6 0.3684 0.6540 0.332 0.000 0.000 0.000 0.004 0.664
#> SRR2052820 3 0.1594 0.8910 0.000 0.016 0.932 0.052 0.000 0.000
#> SRR2052819 4 0.1082 0.9123 0.000 0.004 0.040 0.956 0.000 0.000
#> SRR2052818 6 0.1471 0.5518 0.064 0.000 0.000 0.000 0.004 0.932
#> SRR2052817 2 0.2164 0.8044 0.000 0.908 0.056 0.000 0.008 0.028
#> SRR2052816 6 0.1387 0.4455 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR2052815 4 0.0000 0.9141 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052814 4 0.1610 0.8734 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2052813 1 0.3020 0.7551 0.844 0.080 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052812 1 0.2320 0.7425 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR2052811 6 0.3937 0.5674 0.424 0.000 0.000 0.000 0.004 0.572
#> SRR2052810 4 0.3240 0.6719 0.000 0.000 0.000 0.752 0.004 0.244
#> SRR2052809 2 0.1444 0.8407 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052808 6 0.1285 0.4704 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052 0.944
#> SRR2052807 4 0.1528 0.9081 0.000 0.016 0.048 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052806 5 0.2003 0.8107 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR2052805 5 0.3843 0.0841 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR2052804 4 0.0820 0.9146 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052803 5 0.1858 0.8187 0.000 0.000 0.000 0.004 0.904 0.092
#> SRR2052802 4 0.1528 0.9081 0.000 0.016 0.048 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052801 4 0.0363 0.9152 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052800 4 0.1461 0.9092 0.000 0.016 0.044 0.940 0.000 0.000
#> SRR2052799 4 0.0000 0.9141 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052798 5 0.2122 0.8365 0.076 0.000 0.000 0.000 0.900 0.024
#> SRR2052797 6 0.4446 0.6160 0.348 0.040 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2052796 4 0.0000 0.9141 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 4 0.3862 0.1352 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR2052794 4 0.1528 0.9081 0.000 0.016 0.048 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052793 4 0.1528 0.9081 0.000 0.016 0.048 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052792 4 0.1528 0.9081 0.000 0.016 0.048 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052791 4 0.3431 0.6970 0.000 0.016 0.228 0.756 0.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.0458 0.8433 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.2358 0.8850 0.000 0.040 0.900 0.000 0.012 0.048
#> SRR2052788 3 0.1334 0.9022 0.000 0.032 0.948 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052787 1 0.1349 0.8165 0.940 0.056 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052785 3 0.1610 0.8794 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR2052784 2 0.1141 0.8435 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.3390 0.6041 0.296 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.2003 0.8175 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.0458 0.8433 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.4438 0.6597 0.000 0.244 0.696 0.000 0.012 0.048
#> SRR2052777 2 0.2260 0.7965 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.1610 0.8361 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.1594 0.8910 0.000 0.016 0.932 0.052 0.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.0820 0.8386 0.000 0.972 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052775 3 0.0547 0.9063 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052773 2 0.1972 0.8071 0.000 0.916 0.056 0.000 0.004 0.024
#> SRR2052772 3 0.1245 0.9031 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052774 2 0.2265 0.8027 0.000 0.904 0.056 0.000 0.012 0.028
#> SRR2052771 4 0.2581 0.8333 0.000 0.016 0.128 0.856 0.000 0.000
#> SRR2052769 4 0.0146 0.9146 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052770 3 0.2214 0.8590 0.000 0.016 0.888 0.096 0.000 0.000
#> SRR2052768 1 0.3163 0.6255 0.780 0.004 0.000 0.000 0.004 0.212
#> SRR2052767 1 0.3023 0.6254 0.784 0.000 0.000 0.000 0.004 0.212
#> SRR2052766 4 0.1528 0.9081 0.000 0.016 0.048 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052765 6 0.1444 0.5605 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2052763 3 0.1245 0.9031 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052764 6 0.3915 0.5886 0.412 0.000 0.000 0.000 0.004 0.584
#> SRR2052761 3 0.2287 0.8872 0.000 0.036 0.904 0.000 0.012 0.048
#> SRR2052760 1 0.0806 0.8240 0.972 0.020 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052759 3 0.0260 0.9049 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.1387 0.8416 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.1977 0.8937 0.000 0.032 0.920 0.000 0.008 0.040
#> SRR2052756 4 0.1610 0.8734 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2052757 2 0.1552 0.8353 0.000 0.940 0.020 0.000 0.004 0.036
#> SRR2052755 1 0.3457 0.6897 0.752 0.000 0.000 0.000 0.232 0.016
#> SRR2052754 4 0.0547 0.9068 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052753 1 0.3457 0.6897 0.752 0.000 0.000 0.000 0.232 0.016
#> SRR2052752 4 0.4238 0.7123 0.000 0.016 0.048 0.736 0.200 0.000
#> SRR2052750 1 0.3457 0.6897 0.752 0.000 0.000 0.000 0.232 0.016
#> SRR2052751 2 0.3833 0.2386 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.2163 0.8625 0.000 0.016 0.892 0.092 0.000 0.000
#> SRR2052747 5 0.2230 0.8254 0.084 0.000 0.000 0.000 0.892 0.024
#> SRR2052746 3 0.1141 0.8970 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.1594 0.8910 0.000 0.016 0.932 0.052 0.000 0.000
#> SRR2052744 1 0.1779 0.8129 0.920 0.000 0.000 0.000 0.064 0.016
#> SRR2052741 1 0.1141 0.8187 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052743 1 0.1204 0.8172 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052740 1 0.0260 0.8245 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.3175 0.6577 0.256 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052739 1 0.3081 0.6103 0.776 0.000 0.000 0.000 0.004 0.220
#> SRR2052738 3 0.0260 0.9049 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052736 1 0.0508 0.8224 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2052735 1 0.1528 0.8165 0.936 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR2052734 1 0.1320 0.8176 0.948 0.000 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR2052737 1 0.1349 0.8165 0.940 0.056 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052733 3 0.2358 0.8470 0.000 0.016 0.876 0.108 0.000 0.000
#> SRR2052732 6 0.3728 0.6496 0.344 0.000 0.000 0.000 0.004 0.652
#> SRR2052731 3 0.2287 0.8872 0.000 0.036 0.904 0.000 0.012 0.048
#> SRR2052729 1 0.3457 0.6897 0.752 0.000 0.000 0.000 0.232 0.016
#> SRR2052728 1 0.1719 0.8132 0.924 0.000 0.000 0.000 0.060 0.016
#> SRR2052730 4 0.1528 0.9081 0.000 0.016 0.048 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052727 1 0.3457 0.6897 0.752 0.000 0.000 0.000 0.232 0.016
#> SRR2052725 1 0.4590 0.6061 0.680 0.000 0.000 0.000 0.224 0.096
#> SRR2052726 1 0.1594 0.8155 0.932 0.000 0.000 0.000 0.052 0.016
#> SRR2052724 4 0.0632 0.9056 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2052723 3 0.2821 0.7947 0.000 0.016 0.832 0.152 0.000 0.000
#> SRR2052722 3 0.0820 0.9067 0.000 0.012 0.972 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.3457 0.6897 0.752 0.000 0.000 0.000 0.232 0.016
#> SRR2052720 1 0.1204 0.8172 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052719 1 0.3023 0.6254 0.784 0.000 0.000 0.000 0.004 0.212
#> SRR2052718 1 0.4908 0.5551 0.648 0.000 0.000 0.000 0.224 0.128
#> SRR2052717 1 0.2416 0.7182 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052714 4 0.1528 0.9081 0.000 0.016 0.048 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052716 4 0.1528 0.9081 0.000 0.016 0.048 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052715 3 0.1398 0.8944 0.000 0.008 0.940 0.052 0.000 0.000
#> SRR2052713 5 0.1327 0.7953 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR2052712 4 0.0000 0.9141 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052711 4 0.1556 0.8758 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR2052710 1 0.4786 0.5693 0.724 0.164 0.000 0.016 0.084 0.012
#> SRR2052707 3 0.1245 0.9031 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052709 3 0.1245 0.9031 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052704 3 0.1594 0.8910 0.000 0.016 0.932 0.052 0.000 0.000
#> SRR2052705 1 0.1141 0.8187 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052697 1 0.3290 0.5534 0.744 0.000 0.000 0.000 0.004 0.252
#> SRR2052703 3 0.2358 0.8850 0.000 0.040 0.900 0.000 0.012 0.048
#> SRR2052696 5 0.2122 0.8365 0.076 0.000 0.000 0.000 0.900 0.024
#> SRR2052706 6 0.1265 0.5294 0.044 0.000 0.000 0.000 0.008 0.948
#> SRR2052695 1 0.2981 0.6823 0.820 0.020 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2052694 1 0.1204 0.8172 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.1245 0.9031 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052693 3 0.1194 0.9068 0.000 0.032 0.956 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052691 1 0.1500 0.8179 0.936 0.000 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR2052690 1 0.1204 0.8172 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 4 0.1528 0.9081 0.000 0.016 0.048 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052687 4 0.0603 0.9094 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR2052686 6 0.5191 0.4299 0.172 0.000 0.000 0.000 0.212 0.616
#> SRR2052688 6 0.3907 0.5925 0.408 0.000 0.000 0.000 0.004 0.588
#> SRR2052684 3 0.2311 0.8513 0.000 0.016 0.880 0.104 0.000 0.000
#> SRR2052685 6 0.3930 0.5748 0.420 0.000 0.000 0.000 0.004 0.576
#> SRR2052683 4 0.0547 0.9068 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052681 4 0.1610 0.8734 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR2052680 4 0.0000 0.9141 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052682 1 0.1320 0.8176 0.948 0.000 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR2052679 1 0.3457 0.6897 0.752 0.000 0.000 0.000 0.232 0.016
#> SRR2052678 3 0.1245 0.9031 0.000 0.032 0.952 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052677 2 0.2178 0.8045 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052675 1 0.0603 0.8218 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2052676 1 0.3457 0.6897 0.752 0.000 0.000 0.000 0.232 0.016
#> SRR2052674 6 0.1285 0.4704 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052 0.944
#> SRR2052672 3 0.1141 0.8970 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR2052673 1 0.1261 0.8184 0.952 0.000 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2052671 1 0.3023 0.6254 0.784 0.000 0.000 0.000 0.004 0.212
#> SRR2052670 2 0.3115 0.7634 0.000 0.848 0.092 0.000 0.012 0.048
#> SRR2052669 1 0.1204 0.8172 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052668 1 0.1204 0.8172 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052667 1 0.0547 0.8242 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052666 2 0.3480 0.7335 0.000 0.816 0.124 0.000 0.012 0.048
#> SRR2052665 1 0.1075 0.8199 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052664 4 0.0146 0.9132 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052663 6 0.3915 0.5886 0.412 0.000 0.000 0.000 0.004 0.584
#> SRR2052662 1 0.1204 0.8172 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.3290 0.7122 0.776 0.000 0.000 0.000 0.208 0.016
#> SRR2052660 3 0.4528 0.6327 0.000 0.260 0.680 0.000 0.012 0.048
#> SRR2052659 3 0.2287 0.8872 0.000 0.036 0.904 0.000 0.012 0.048
#> SRR2052658 1 0.1204 0.8172 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052657 5 0.0458 0.8287 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.595 0.768 0.885 0.4652 0.516 0.516
#> 3 3 0.756 0.823 0.917 0.3266 0.611 0.407
#> 4 4 0.684 0.712 0.863 0.1588 0.725 0.429
#> 5 5 0.632 0.647 0.837 0.0488 0.942 0.802
#> 6 6 0.694 0.700 0.826 0.0594 0.930 0.736
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052700 1 0.9954 -0.1876 0.540 0.460
#> SRR2052699 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052698 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052708 1 0.7602 0.6081 0.780 0.220
#> SRR2052749 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052786 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052823 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052821 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052820 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052819 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052818 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052817 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052816 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052815 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052814 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052810 1 0.0938 0.9287 0.988 0.012
#> SRR2052809 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052808 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052807 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052806 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052803 2 0.9552 0.6111 0.376 0.624
#> SRR2052802 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052798 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052797 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052796 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0376 0.9374 0.996 0.004
#> SRR2052794 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052789 1 0.9993 -0.2753 0.516 0.484
#> SRR2052788 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052785 1 0.9710 0.0610 0.600 0.400
#> SRR2052784 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052783 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052782 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052781 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052780 2 0.9993 0.3591 0.484 0.516
#> SRR2052777 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052779 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052778 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052775 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052773 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052772 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052774 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052771 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052769 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052770 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052766 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052765 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052763 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052764 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052761 1 0.9896 -0.1095 0.560 0.440
#> SRR2052760 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052759 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052758 1 0.8207 0.5251 0.744 0.256
#> SRR2052756 1 0.7602 0.6084 0.780 0.220
#> SRR2052757 2 0.9522 0.6178 0.372 0.628
#> SRR2052755 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052753 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052752 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052750 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052751 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052748 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052747 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052746 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052745 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052744 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052739 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052738 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052736 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052737 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052733 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052732 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052731 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052729 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052728 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052730 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052727 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052725 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052726 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052723 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052722 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052721 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052718 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052717 2 0.8327 0.6860 0.264 0.736
#> SRR2052714 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052716 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052715 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052713 2 0.9795 0.5319 0.416 0.584
#> SRR2052712 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052710 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052707 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052709 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052704 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052703 2 0.9993 0.3591 0.484 0.516
#> SRR2052696 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052706 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052695 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052692 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052693 2 0.9998 0.3348 0.492 0.508
#> SRR2052691 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052690 2 0.8608 0.6751 0.284 0.716
#> SRR2052689 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052687 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052686 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052684 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052685 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.9881 -0.0932 0.564 0.436
#> SRR2052680 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052682 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052679 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052678 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052675 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052676 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052674 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052672 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052669 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052667 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.9608 0.5964 0.384 0.616
#> SRR2052665 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052661 2 0.0000 0.8001 0.000 1.000
#> SRR2052660 2 0.9522 0.6178 0.372 0.628
#> SRR2052659 1 0.0000 0.9416 1.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.9491 0.6243 0.368 0.632
#> SRR2052657 2 0.9522 0.6178 0.372 0.628
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052700 3 0.1163 0.840 0.000 0.028 0.972
#> SRR2052699 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052698 3 0.1753 0.836 0.000 0.048 0.952
#> SRR2052708 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052749 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052786 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.2625 0.886 0.916 0.000 0.084
#> SRR2052823 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052822 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052821 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052820 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052819 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052818 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.0237 0.841 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052816 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052815 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052814 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052813 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052810 3 0.0592 0.839 0.012 0.000 0.988
#> SRR2052809 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052808 3 0.1860 0.834 0.000 0.052 0.948
#> SRR2052807 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052806 2 0.5760 0.542 0.000 0.672 0.328
#> SRR2052805 3 0.0747 0.836 0.016 0.000 0.984
#> SRR2052804 1 0.4178 0.792 0.828 0.000 0.172
#> SRR2052803 3 0.1529 0.838 0.000 0.040 0.960
#> SRR2052802 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052798 3 0.1643 0.837 0.000 0.044 0.956
#> SRR2052797 3 0.3686 0.761 0.000 0.140 0.860
#> SRR2052796 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052791 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052790 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052789 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052784 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052783 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052782 3 0.2066 0.830 0.000 0.060 0.940
#> SRR2052781 3 0.1643 0.837 0.000 0.044 0.956
#> SRR2052780 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052777 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052779 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052778 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052776 3 0.1643 0.837 0.000 0.044 0.956
#> SRR2052775 3 0.5968 0.499 0.364 0.000 0.636
#> SRR2052773 3 0.0237 0.841 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052772 3 0.2165 0.812 0.064 0.000 0.936
#> SRR2052774 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052771 3 0.6062 0.463 0.384 0.000 0.616
#> SRR2052769 3 0.5968 0.499 0.364 0.000 0.636
#> SRR2052770 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052768 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052766 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052765 2 0.6215 0.312 0.000 0.572 0.428
#> SRR2052763 3 0.3038 0.784 0.104 0.000 0.896
#> SRR2052764 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052762 3 0.1643 0.837 0.000 0.044 0.956
#> SRR2052758 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052756 3 0.3043 0.802 0.084 0.008 0.908
#> SRR2052757 3 0.1163 0.840 0.000 0.028 0.972
#> SRR2052755 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 2 0.2356 0.891 0.000 0.928 0.072
#> SRR2052752 3 0.3038 0.785 0.104 0.000 0.896
#> SRR2052750 3 0.3686 0.761 0.000 0.140 0.860
#> SRR2052751 3 0.3412 0.777 0.000 0.124 0.876
#> SRR2052748 1 0.0424 0.953 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052747 2 0.5560 0.594 0.000 0.700 0.300
#> SRR2052746 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052745 3 0.6026 0.479 0.376 0.000 0.624
#> SRR2052744 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052739 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052736 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052737 3 0.3038 0.796 0.000 0.104 0.896
#> SRR2052733 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052732 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052729 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052728 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052727 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.1753 0.916 0.000 0.952 0.048
#> SRR2052726 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052724 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052723 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052722 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052721 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052717 3 0.5926 0.410 0.000 0.356 0.644
#> SRR2052714 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052716 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052715 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052713 3 0.1163 0.840 0.000 0.028 0.972
#> SRR2052712 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052711 3 0.6154 0.435 0.408 0.000 0.592
#> SRR2052710 3 0.1529 0.838 0.000 0.040 0.960
#> SRR2052707 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052704 3 0.6140 0.420 0.404 0.000 0.596
#> SRR2052705 2 0.5905 0.494 0.000 0.648 0.352
#> SRR2052697 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052696 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052706 3 0.2356 0.822 0.000 0.072 0.928
#> SRR2052695 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052693 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052691 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052690 3 0.5968 0.401 0.000 0.364 0.636
#> SRR2052689 1 0.4178 0.792 0.828 0.000 0.172
#> SRR2052687 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052686 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.4291 0.763 0.000 0.820 0.180
#> SRR2052684 1 0.0424 0.953 0.992 0.000 0.008
#> SRR2052685 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052683 1 0.4178 0.792 0.828 0.000 0.172
#> SRR2052681 3 0.0424 0.841 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052680 1 0.4178 0.792 0.828 0.000 0.172
#> SRR2052682 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052677 3 0.4750 0.672 0.000 0.216 0.784
#> SRR2052675 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052676 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052674 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052672 3 0.5988 0.493 0.368 0.000 0.632
#> SRR2052673 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052668 3 0.3619 0.765 0.000 0.136 0.864
#> SRR2052667 2 0.1860 0.911 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052666 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0237 0.958 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052664 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052661 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052659 3 0.0000 0.840 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052658 3 0.1964 0.833 0.000 0.056 0.944
#> SRR2052657 3 0.0237 0.841 0.000 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 1 0.1211 0.9375 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2052701 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052700 2 0.2281 0.7271 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR2052699 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052698 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052708 3 0.0921 0.7523 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052749 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.4967 0.3623 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.0000 0.7882 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052824 4 0.4933 0.5934 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR2052823 1 0.1211 0.9375 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2052822 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.4998 0.2742 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR2052820 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052819 4 0.3074 0.7540 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR2052818 1 0.1211 0.9375 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.4977 0.4555 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR2052816 2 0.0336 0.8104 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052815 4 0.4925 0.5979 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR2052814 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052813 2 0.4830 0.4820 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR2052812 1 0.0188 0.9587 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052811 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052810 3 0.5483 -0.3606 0.000 0.016 0.536 0.448
#> SRR2052809 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052808 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052807 4 0.0000 0.7882 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052806 1 0.4967 0.1100 0.548 0.452 0.000 0.000
#> SRR2052805 3 0.3266 0.7132 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR2052804 4 0.4994 0.5257 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR2052803 2 0.0336 0.8090 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052802 4 0.0000 0.7882 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052801 4 0.0000 0.7882 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052800 4 0.0000 0.7882 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052799 4 0.0000 0.7882 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052798 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052796 4 0.4500 0.6810 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR2052795 3 0.1118 0.7539 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2052794 4 0.0000 0.7882 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052793 4 0.4907 0.6052 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR2052792 4 0.0000 0.7882 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052791 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.2149 0.7256 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR2052789 3 0.4304 0.6683 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR2052788 3 0.2647 0.7479 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR2052787 2 0.4304 0.6344 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.4222 0.6755 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.4907 0.5297 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.0188 0.7534 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052773 3 0.4955 0.4874 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR2052772 3 0.2530 0.7491 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR2052774 3 0.4948 0.4949 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR2052771 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052769 3 0.0188 0.7534 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052770 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052768 1 0.1302 0.9338 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR2052767 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052766 4 0.0000 0.7882 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052765 2 0.1940 0.7752 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.2408 0.7507 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR2052764 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.4304 0.6683 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR2052760 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.4304 0.6683 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR2052756 3 0.4941 0.1499 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR2052757 2 0.1118 0.7831 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2052755 2 0.4331 0.6315 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR2052754 4 0.0000 0.7882 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052753 2 0.4304 0.6360 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR2052752 3 0.0592 0.7548 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052750 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.4985 -0.0297 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR2052747 2 0.1389 0.8008 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052744 2 0.4948 0.3912 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.4304 0.6344 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.4304 0.6344 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR2052740 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052739 1 0.1211 0.9375 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052736 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052732 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.4277 0.6710 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR2052729 2 0.4331 0.6315 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052727 2 0.4304 0.6344 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.4643 0.5629 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR2052726 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052722 3 0.2647 0.7479 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR2052721 2 0.5000 0.2425 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.4998 0.2982 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR2052719 1 0.0188 0.9587 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052718 1 0.1118 0.9391 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052714 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052716 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052715 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052713 2 0.1118 0.7831 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2052712 4 0.0000 0.7882 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052711 4 0.4994 0.5257 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR2052710 2 0.0336 0.8091 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052707 3 0.4277 0.6710 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR2052709 3 0.2647 0.7479 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR2052704 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052697 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.4304 0.6683 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR2052696 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.4888 0.4466 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.4998 0.2982 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.2647 0.7479 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR2052693 3 0.4888 0.5433 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR2052691 2 0.4304 0.6344 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 4 0.4994 0.5257 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR2052687 3 0.0592 0.7548 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052686 1 0.3486 0.7170 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.2868 0.7519 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR2052684 3 0.4985 -0.0297 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR2052685 1 0.1211 0.9375 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2052683 4 0.4994 0.5257 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR2052681 2 0.4730 0.2677 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR2052680 4 0.4994 0.5257 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR2052682 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.4898 0.4378 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.2647 0.7479 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052675 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.0336 0.8104 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052672 3 0.0000 0.7525 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052673 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052671 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.4925 0.5171 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR2052669 2 0.4998 0.2982 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.3942 0.6785 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR2052666 3 0.4925 0.5171 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR2052665 2 0.4277 0.6386 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR2052664 4 0.2647 0.7626 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR2052663 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.4998 0.2982 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.0000 0.9610 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.4925 0.5171 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR2052659 3 0.3123 0.7340 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.8148 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052657 2 0.4643 0.1485 0.000 0.656 0.344 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 1 0.2690 0.81155 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052701 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052700 4 0.6513 0.26037 0.000 0.384 0.192 0.424 0.000
#> SRR2052699 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052698 2 0.1965 0.74953 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR2052708 3 0.4542 0.02379 0.000 0.008 0.536 0.456 0.000
#> SRR2052749 2 0.0000 0.80394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.3752 0.63136 0.292 0.708 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052825 5 0.4242 0.50036 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR2052824 4 0.0703 0.53719 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052823 1 0.2690 0.81155 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052822 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.4060 0.52846 0.360 0.640 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052820 3 0.2280 0.64972 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR2052819 4 0.3109 0.40092 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR2052818 1 0.2690 0.81155 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.3796 0.56598 0.000 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR2052816 2 0.2654 0.74255 0.000 0.884 0.084 0.032 0.000
#> SRR2052815 4 0.0162 0.54396 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052814 4 0.4262 0.07776 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR2052813 2 0.3561 0.67328 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052812 1 0.0162 0.91219 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052811 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052810 4 0.2424 0.52058 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR2052809 2 0.0609 0.79961 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2052808 2 0.2280 0.72707 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR2052807 5 0.0000 0.86256 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052806 1 0.5039 0.18471 0.512 0.456 0.000 0.032 0.000
#> SRR2052805 3 0.5171 -0.01699 0.000 0.040 0.504 0.456 0.000
#> SRR2052804 4 0.0609 0.54764 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2052803 4 0.6069 0.11792 0.000 0.432 0.120 0.448 0.000
#> SRR2052802 5 0.0000 0.86256 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052801 5 0.0000 0.86256 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052800 5 0.0000 0.86256 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052799 5 0.0000 0.86256 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052798 2 0.0000 0.80394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052796 4 0.0955 0.52260 0.000 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR2052795 3 0.4249 0.11030 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR2052794 5 0.0000 0.86256 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052793 5 0.6553 0.24117 0.000 0.000 0.216 0.328 0.456
#> SRR2052792 5 0.0000 0.86256 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052791 3 0.2471 0.63915 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR2052790 2 0.2891 0.64999 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.3242 0.66770 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0703 0.70437 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.3305 0.70870 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.3242 0.66770 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052784 2 0.2127 0.73787 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.0794 0.79589 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.3109 0.64272 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.3242 0.66770 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.2329 0.64721 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052776 2 0.2280 0.72707 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.0290 0.69401 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052773 3 0.3707 0.58876 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.0609 0.70357 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.3661 0.59863 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR2052771 3 0.3424 0.52461 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR2052769 3 0.4283 0.04201 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR2052770 3 0.2020 0.67533 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR2052768 1 0.2813 0.80053 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052767 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052766 5 0.0000 0.86256 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052765 2 0.2054 0.77361 0.072 0.916 0.008 0.004 0.000
#> SRR2052763 3 0.0510 0.70251 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR2052764 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.3242 0.66770 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052760 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.2280 0.64972 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR2052762 2 0.2127 0.73787 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.3242 0.66770 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052756 4 0.3835 0.53004 0.000 0.012 0.244 0.744 0.000
#> SRR2052757 2 0.3508 0.55875 0.000 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR2052755 2 0.3274 0.70920 0.220 0.780 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052754 4 0.4219 -0.13668 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR2052753 2 0.3274 0.70920 0.220 0.780 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052752 3 0.4242 0.12093 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR2052750 2 0.0000 0.80394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.5720 0.34438 0.000 0.000 0.600 0.124 0.276
#> SRR2052747 2 0.1043 0.79972 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.1478 0.67874 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052745 3 0.2329 0.64721 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052744 2 0.3684 0.64389 0.280 0.720 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.3242 0.71118 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.3305 0.70870 0.224 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052740 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052739 1 0.2773 0.80464 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.2280 0.64972 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR2052736 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.0162 0.91257 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.2561 0.63266 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR2052732 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.1043 0.70436 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052729 2 0.3274 0.70920 0.220 0.780 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 3 0.4287 0.20779 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR2052727 2 0.3242 0.71118 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052725 2 0.3707 0.64015 0.284 0.716 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052726 1 0.0290 0.91039 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 4 0.4268 0.07307 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR2052723 3 0.3143 0.56786 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052722 3 0.0963 0.70527 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR2052721 2 0.4114 0.49071 0.376 0.624 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.4268 0.41767 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052719 1 0.0162 0.91219 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052718 1 0.2732 0.80957 0.840 0.160 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052714 4 0.4287 0.00403 0.000 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR2052716 4 0.4307 -0.06107 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR2052715 3 0.0290 0.69401 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052713 4 0.6360 0.23765 0.000 0.388 0.164 0.448 0.000
#> SRR2052712 5 0.4242 0.50036 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR2052711 4 0.0404 0.54673 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052710 2 0.2648 0.69504 0.000 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR2052707 3 0.3242 0.66770 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.3109 0.67266 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.2329 0.64721 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR2052705 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052697 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.3242 0.66770 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052696 2 0.0000 0.80394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.1082 0.79259 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR2052695 2 0.3612 0.66404 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.4273 0.40954 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0703 0.70437 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.3242 0.66770 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052691 2 0.3242 0.71118 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052689 4 0.3949 0.30091 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR2052687 4 0.4126 0.34922 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR2052686 1 0.3508 0.68208 0.748 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.2230 0.77833 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052684 3 0.5720 0.34438 0.000 0.000 0.600 0.124 0.276
#> SRR2052685 1 0.2773 0.80464 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052683 4 0.0794 0.54589 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052681 4 0.6773 0.24060 0.000 0.344 0.276 0.380 0.000
#> SRR2052680 4 0.0162 0.54396 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052682 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.3612 0.65794 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.3109 0.67266 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052675 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052676 1 0.0290 0.91039 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052674 2 0.3051 0.70634 0.000 0.852 0.120 0.028 0.000
#> SRR2052672 3 0.2280 0.64972 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR2052673 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052671 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.3242 0.66770 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.4268 0.41767 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.80394 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.2929 0.73765 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052666 3 0.3242 0.66770 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.3210 0.71461 0.212 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052664 4 0.0162 0.54396 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052663 1 0.0000 0.91433 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052662 2 0.4268 0.41767 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.0290 0.91039 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052660 3 0.3242 0.66770 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.0794 0.70479 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.0290 0.80421 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052657 2 0.6754 -0.28291 0.000 0.396 0.332 0.272 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 6 0.3076 0.694 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2052701 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052700 1 0.5014 0.542 0.720 0.108 0.080 0.092 0.000 0.000
#> SRR2052699 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052698 2 0.3920 0.649 0.120 0.768 0.112 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052708 1 0.4320 0.608 0.704 0.008 0.240 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052749 2 0.3804 0.285 0.424 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.1957 0.769 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2052825 4 0.2823 0.700 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052824 4 0.0000 0.823 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052823 6 0.3101 0.691 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR2052822 2 0.2257 0.743 0.116 0.876 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052821 2 0.3050 0.656 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2052820 3 0.3352 0.753 0.072 0.000 0.816 0.112 0.000 0.000
#> SRR2052819 4 0.1075 0.787 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR2052818 6 0.3101 0.691 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR2052817 3 0.3920 0.643 0.120 0.112 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052816 1 0.4653 0.406 0.588 0.360 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052815 4 0.0547 0.829 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2052814 1 0.4414 0.555 0.676 0.000 0.260 0.064 0.000 0.000
#> SRR2052813 2 0.1556 0.783 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2052812 6 0.0146 0.851 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052811 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052810 4 0.3888 0.588 0.312 0.000 0.016 0.672 0.000 0.000
#> SRR2052809 2 0.2494 0.736 0.120 0.864 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052808 2 0.3947 0.642 0.136 0.764 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052807 5 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.3348 0.456 0.768 0.216 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052805 1 0.3778 0.622 0.796 0.020 0.136 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.4136 0.109 0.560 0.000 0.012 0.428 0.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.1701 0.585 0.920 0.008 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 5 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052801 5 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052800 5 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052799 5 0.0260 0.927 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052798 1 0.3620 0.268 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052796 4 0.2092 0.766 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.4587 0.592 0.632 0.004 0.316 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052794 5 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052793 5 0.6392 0.232 0.140 0.000 0.056 0.304 0.500 0.000
#> SRR2052792 5 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052791 3 0.4302 0.694 0.116 0.000 0.728 0.156 0.000 0.000
#> SRR2052790 2 0.5254 0.339 0.120 0.564 0.316 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.1327 0.796 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.1957 0.769 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2052785 3 0.3396 0.694 0.116 0.072 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052784 2 0.3876 0.651 0.120 0.772 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.2581 0.731 0.120 0.860 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.5228 0.357 0.120 0.572 0.308 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.1387 0.795 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.3842 0.727 0.076 0.000 0.768 0.156 0.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.4004 0.637 0.120 0.760 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.1349 0.803 0.056 0.000 0.940 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.3876 0.648 0.120 0.108 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.1075 0.806 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.3876 0.648 0.120 0.108 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052771 1 0.5438 0.394 0.560 0.000 0.280 0.160 0.000 0.000
#> SRR2052769 1 0.4452 0.532 0.636 0.000 0.316 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052770 3 0.1387 0.802 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052768 6 0.3244 0.669 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2052767 6 0.0146 0.852 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052766 5 0.0000 0.933 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052765 2 0.3448 0.729 0.108 0.816 0.004 0.000 0.000 0.072
#> SRR2052763 3 0.1204 0.804 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052764 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052761 3 0.1444 0.792 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052760 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052759 3 0.3396 0.751 0.072 0.000 0.812 0.116 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.3876 0.651 0.120 0.772 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.1444 0.792 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 1 0.2971 0.608 0.844 0.000 0.104 0.052 0.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.5254 0.341 0.120 0.564 0.316 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052755 2 0.3012 0.725 0.196 0.796 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052754 4 0.3101 0.661 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR2052753 2 0.3012 0.725 0.196 0.796 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052752 1 0.4575 0.567 0.600 0.000 0.352 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052750 2 0.2762 0.728 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052751 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.6119 0.232 0.020 0.000 0.460 0.160 0.360 0.000
#> SRR2052747 2 0.2902 0.727 0.196 0.800 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052746 3 0.2384 0.789 0.064 0.000 0.888 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.3842 0.727 0.076 0.000 0.768 0.156 0.000 0.000
#> SRR2052744 2 0.3110 0.724 0.196 0.792 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052741 2 0.1908 0.780 0.096 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052743 2 0.2066 0.783 0.024 0.904 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2052740 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052739 6 0.3221 0.673 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2052738 3 0.2499 0.785 0.072 0.000 0.880 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052736 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052735 6 0.2048 0.784 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR2052734 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052737 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.4459 0.677 0.132 0.000 0.712 0.156 0.000 0.000
#> SRR2052732 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052731 3 0.0363 0.807 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 2 0.3012 0.725 0.196 0.796 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052728 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052730 1 0.4549 0.543 0.680 0.000 0.232 0.088 0.000 0.000
#> SRR2052727 2 0.2902 0.727 0.196 0.800 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052725 2 0.3837 0.691 0.196 0.752 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2052726 6 0.2871 0.722 0.192 0.004 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2052724 1 0.4487 0.557 0.668 0.000 0.264 0.068 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.4996 0.588 0.200 0.000 0.644 0.156 0.000 0.000
#> SRR2052722 3 0.0260 0.807 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052721 2 0.5062 0.573 0.196 0.636 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2052720 2 0.3620 0.538 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2052719 6 0.0363 0.849 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2052718 6 0.5492 0.526 0.192 0.244 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR2052717 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052714 3 0.5413 0.513 0.228 0.000 0.580 0.192 0.000 0.000
#> SRR2052716 3 0.5374 0.530 0.212 0.000 0.588 0.200 0.000 0.000
#> SRR2052715 3 0.1349 0.803 0.056 0.000 0.940 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.2554 0.597 0.876 0.000 0.076 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052712 4 0.2823 0.700 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR2052711 4 0.2996 0.700 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR2052710 2 0.4926 0.473 0.120 0.640 0.240 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052707 3 0.1327 0.796 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.1141 0.800 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.3912 0.722 0.076 0.000 0.760 0.164 0.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052697 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052703 3 0.1444 0.792 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.3868 -0.157 0.504 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052706 2 0.1908 0.758 0.096 0.900 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.1957 0.769 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2052694 2 0.3684 0.502 0.000 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR2052692 3 0.0000 0.806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.3492 0.686 0.120 0.076 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052691 2 0.2006 0.777 0.104 0.892 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052690 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 4 0.2897 0.734 0.088 0.000 0.060 0.852 0.000 0.000
#> SRR2052687 1 0.3854 0.553 0.772 0.000 0.092 0.136 0.000 0.000
#> SRR2052686 6 0.5856 0.249 0.196 0.368 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2052688 2 0.1152 0.795 0.000 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052684 3 0.6125 0.221 0.020 0.000 0.456 0.160 0.364 0.000
#> SRR2052685 6 0.3221 0.673 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2052683 4 0.2048 0.784 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.4743 0.570 0.724 0.152 0.092 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052680 4 0.0547 0.829 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2052682 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052679 2 0.2902 0.727 0.196 0.800 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052678 3 0.1141 0.800 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052675 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052676 6 0.2772 0.733 0.180 0.004 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR2052674 1 0.4893 0.436 0.584 0.340 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052672 3 0.2499 0.785 0.072 0.000 0.880 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052673 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052671 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052670 3 0.1757 0.785 0.008 0.076 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.3592 0.550 0.000 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR2052668 2 0.1387 0.790 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.1644 0.787 0.076 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052666 3 0.1387 0.795 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.1643 0.789 0.068 0.924 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052664 4 0.0363 0.827 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052663 6 0.0000 0.854 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052662 2 0.3634 0.531 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2052661 6 0.2902 0.718 0.196 0.004 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2052660 3 0.1588 0.790 0.004 0.072 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.1349 0.806 0.056 0.004 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.0146 0.800 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052657 1 0.2726 0.595 0.856 0.032 0.112 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.915 0.947 0.975 0.4593 0.546 0.546
#> 3 3 0.887 0.907 0.962 0.4156 0.692 0.490
#> 4 4 0.755 0.795 0.872 0.1073 0.882 0.686
#> 5 5 0.715 0.705 0.815 0.0843 0.859 0.553
#> 6 6 0.684 0.683 0.768 0.0242 0.928 0.687
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.3274 0.928 0.060 0.940
#> SRR2052701 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052700 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052699 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052698 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052749 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052823 1 0.5519 0.854 0.872 0.128
#> SRR2052822 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052821 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052820 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052819 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052818 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052817 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052815 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052814 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052813 2 0.2236 0.948 0.036 0.964
#> SRR2052812 2 0.5178 0.872 0.116 0.884
#> SRR2052811 1 0.6973 0.779 0.812 0.188
#> SRR2052810 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052809 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.4815 0.885 0.104 0.896
#> SRR2052807 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052798 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052797 2 0.5519 0.859 0.128 0.872
#> SRR2052796 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.0376 0.975 0.996 0.004
#> SRR2052794 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052791 2 0.4022 0.909 0.080 0.920
#> SRR2052790 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052769 1 0.0376 0.975 0.996 0.004
#> SRR2052770 2 0.1633 0.956 0.024 0.976
#> SRR2052768 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052766 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052765 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052763 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052764 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052761 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052755 1 0.5842 0.842 0.860 0.140
#> SRR2052754 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052752 2 0.2423 0.947 0.040 0.960
#> SRR2052750 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052748 2 0.3879 0.913 0.076 0.924
#> SRR2052747 2 0.5842 0.846 0.140 0.860
#> SRR2052746 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.4431 0.897 0.092 0.908
#> SRR2052744 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052739 2 0.0672 0.967 0.008 0.992
#> SRR2052738 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.3879 0.913 0.076 0.924
#> SRR2052732 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052731 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052729 2 0.1843 0.953 0.028 0.972
#> SRR2052728 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052730 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052727 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052725 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052726 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052723 2 0.3879 0.913 0.076 0.924
#> SRR2052722 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052721 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.2236 0.948 0.036 0.964
#> SRR2052718 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052714 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052716 2 0.8661 0.638 0.288 0.712
#> SRR2052715 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052710 2 0.8763 0.622 0.296 0.704
#> SRR2052707 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.3431 0.923 0.064 0.936
#> SRR2052705 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052697 1 0.7453 0.744 0.788 0.212
#> SRR2052703 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052696 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052706 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052691 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052690 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052689 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052687 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052686 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.9044 0.547 0.320 0.680
#> SRR2052684 2 0.4022 0.909 0.080 0.920
#> SRR2052685 1 0.7139 0.768 0.804 0.196
#> SRR2052683 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052680 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052682 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052679 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.2778 0.938 0.048 0.952
#> SRR2052676 2 0.3114 0.932 0.056 0.944
#> SRR2052674 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052672 2 0.9580 0.442 0.380 0.620
#> SRR2052673 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052671 2 0.2043 0.951 0.032 0.968
#> SRR2052670 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.8555 0.652 0.280 0.720
#> SRR2052665 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.978 1.000 0.000
#> SRR2052663 1 0.1414 0.961 0.980 0.020
#> SRR2052662 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052661 1 0.9170 0.510 0.668 0.332
#> SRR2052660 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.972 0.000 1.000
#> SRR2052657 2 0.4939 0.881 0.108 0.892
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052701 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052700 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052699 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052698 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052749 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052823 1 0.4931 0.7225 0.768 0.232 0.000
#> SRR2052822 3 0.1031 0.9474 0.000 0.024 0.976
#> SRR2052821 1 0.3879 0.8183 0.848 0.152 0.000
#> SRR2052820 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052819 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052818 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052816 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052815 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052814 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052811 1 0.5397 0.6467 0.720 0.280 0.000
#> SRR2052810 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052809 2 0.0747 0.9460 0.000 0.984 0.016
#> SRR2052808 2 0.0892 0.9415 0.020 0.980 0.000
#> SRR2052807 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052805 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052804 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052803 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052802 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052798 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052797 1 0.6045 0.4419 0.620 0.380 0.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052795 1 0.1753 0.9112 0.952 0.048 0.000
#> SRR2052794 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052793 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052792 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052791 1 0.6302 0.1073 0.520 0.000 0.480
#> SRR2052790 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052789 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052785 2 0.5254 0.6339 0.000 0.736 0.264
#> SRR2052784 2 0.5733 0.5264 0.000 0.676 0.324
#> SRR2052783 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.1860 0.9142 0.000 0.948 0.052
#> SRR2052781 2 0.5835 0.4893 0.000 0.660 0.340
#> SRR2052780 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0237 0.9559 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052779 2 0.5431 0.6091 0.000 0.716 0.284
#> SRR2052778 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052776 3 0.3752 0.8125 0.000 0.144 0.856
#> SRR2052775 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052773 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052771 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052769 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052770 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052766 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052765 1 0.4452 0.7760 0.808 0.192 0.000
#> SRR2052763 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052764 1 0.3686 0.8303 0.860 0.140 0.000
#> SRR2052761 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.0424 0.9527 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052758 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052755 2 0.1163 0.9333 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052754 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.3551 0.8380 0.868 0.132 0.000
#> SRR2052752 1 0.4629 0.7593 0.808 0.004 0.188
#> SRR2052750 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052751 3 0.6079 0.3479 0.000 0.388 0.612
#> SRR2052748 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052747 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052746 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052745 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052744 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.6305 0.0635 0.000 0.516 0.484
#> SRR2052739 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052732 1 0.0892 0.9348 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052729 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052728 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052730 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052727 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052725 1 0.2165 0.8994 0.936 0.064 0.000
#> SRR2052726 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052724 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052723 3 0.0237 0.9654 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052722 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052721 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.5327 0.5937 0.272 0.728 0.000
#> SRR2052717 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052714 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052716 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052715 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052710 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052707 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052704 1 0.0892 0.9341 0.980 0.000 0.020
#> SRR2052705 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052703 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052696 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052706 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.5706 0.5329 0.000 0.680 0.320
#> SRR2052691 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052689 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052687 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052686 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052684 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052685 2 0.3879 0.7923 0.152 0.848 0.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052680 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052682 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052677 3 0.6291 0.0972 0.000 0.468 0.532
#> SRR2052675 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052676 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052674 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052672 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052673 2 0.1031 0.9370 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052671 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052666 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.9493 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052663 1 0.4555 0.7670 0.800 0.200 0.000
#> SRR2052662 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.5835 0.5335 0.660 0.340 0.000
#> SRR2052660 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052659 3 0.0000 0.9689 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052657 2 0.0000 0.9588 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 2 0.4399 0.83264 0.224 0.760 0.000 0.016
#> SRR2052701 2 0.4134 0.82827 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052700 1 0.4164 0.75067 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052699 2 0.0188 0.81573 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052698 3 0.4103 0.72517 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR2052708 4 0.1576 0.87135 0.004 0.048 0.000 0.948
#> SRR2052749 2 0.4086 0.83877 0.216 0.776 0.000 0.008
#> SRR2052786 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052825 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052824 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052823 1 0.1637 0.73146 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052822 3 0.4134 0.72158 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR2052821 1 0.3311 0.76563 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR2052820 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052819 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052818 1 0.4164 0.75067 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052817 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052816 1 0.4164 0.75067 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052815 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052814 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052813 2 0.1940 0.82932 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR2052812 2 0.3982 0.83904 0.220 0.776 0.000 0.004
#> SRR2052811 1 0.2521 0.72344 0.912 0.024 0.000 0.064
#> SRR2052810 1 0.4522 0.69932 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2052809 2 0.0469 0.80745 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2052808 2 0.5072 0.80588 0.208 0.740 0.000 0.052
#> SRR2052807 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052806 1 0.4277 0.74107 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR2052805 4 0.3123 0.72682 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR2052804 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052803 1 0.4699 0.69890 0.676 0.004 0.000 0.320
#> SRR2052802 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052801 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052800 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052799 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052798 2 0.0524 0.81268 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR2052797 1 0.2593 0.75316 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR2052796 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052795 2 0.4746 0.40165 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR2052794 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052793 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052792 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052791 3 0.3219 0.73177 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR2052790 3 0.2973 0.81522 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR2052789 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.3801 0.83932 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR2052785 3 0.4609 0.72390 0.000 0.224 0.752 0.024
#> SRR2052784 2 0.4948 -0.07547 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.1792 0.76298 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR2052781 2 0.4907 0.00526 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR2052780 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.0188 0.81248 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2052779 2 0.3610 0.60331 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR2052778 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052776 3 0.4134 0.72158 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR2052775 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.0592 0.90071 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052772 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052771 4 0.4996 -0.32687 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR2052769 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052770 3 0.0469 0.90038 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052768 2 0.3649 0.84115 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR2052767 2 0.3942 0.83629 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR2052766 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052765 1 0.6350 0.27986 0.612 0.296 0.000 0.092
#> SRR2052763 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052764 1 0.2469 0.75525 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2052761 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.3764 0.83987 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.0336 0.80995 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2052758 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052756 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052757 2 0.1389 0.78149 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR2052755 2 0.4134 0.82827 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052754 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052753 4 0.6831 0.08548 0.112 0.352 0.000 0.536
#> SRR2052752 3 0.7658 0.13524 0.000 0.236 0.456 0.308
#> SRR2052750 2 0.3801 0.83932 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR2052751 3 0.4304 0.69858 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR2052748 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052747 2 0.4883 0.78700 0.288 0.696 0.000 0.016
#> SRR2052746 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052745 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052744 2 0.3907 0.83717 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.3801 0.83932 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.3569 0.61144 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR2052739 2 0.3837 0.83882 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR2052738 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052736 2 0.4134 0.82827 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052735 2 0.4134 0.82827 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052734 2 0.4134 0.82827 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.0707 0.82004 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052732 1 0.3123 0.76488 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR2052731 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052729 2 0.4134 0.82827 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052728 2 0.4134 0.82827 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052730 1 0.4941 0.49936 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR2052727 2 0.3942 0.83626 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR2052725 4 0.3266 0.75815 0.084 0.040 0.000 0.876
#> SRR2052726 2 0.4134 0.82827 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052724 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052723 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052722 3 0.0336 0.90363 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052721 2 0.4134 0.82827 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052719 2 0.3837 0.83935 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR2052718 2 0.4516 0.82488 0.252 0.736 0.000 0.012
#> SRR2052717 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052714 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052716 4 0.0469 0.92772 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052715 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052713 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052712 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052711 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052710 2 0.4894 0.79128 0.120 0.780 0.000 0.100
#> SRR2052707 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.4967 0.18241 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR2052705 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052697 2 0.6016 0.55693 0.412 0.544 0.000 0.044
#> SRR2052703 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052696 2 0.3982 0.83859 0.220 0.776 0.000 0.004
#> SRR2052706 1 0.4164 0.75067 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052695 2 0.3610 0.84128 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.4356 0.68720 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR2052691 2 0.0188 0.81585 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 1 0.4992 0.40028 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR2052687 1 0.4382 0.72570 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR2052686 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052688 1 0.5846 -0.35673 0.516 0.452 0.000 0.032
#> SRR2052684 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052685 1 0.1854 0.71766 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR2052683 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052681 4 0.3486 0.61613 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR2052680 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052682 2 0.4134 0.82827 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.0707 0.81946 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052677 3 0.4605 0.63094 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR2052675 2 0.3945 0.83907 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR2052676 2 0.4164 0.82656 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR2052674 1 0.4164 0.75067 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR2052672 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.4134 0.82827 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR2052671 2 0.3837 0.83882 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR2052670 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052667 2 0.3356 0.84161 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR2052666 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052664 4 0.0000 0.94256 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052663 1 0.1940 0.74067 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2052662 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 2 0.4313 0.82655 0.260 0.736 0.000 0.004
#> SRR2052660 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.0000 0.90928 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.81442 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052657 2 0.4834 0.79126 0.120 0.784 0.000 0.096
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 1 0.6351 0.1778 0.508 0.192 0.000 0.300 0.000
#> SRR2052701 1 0.0000 0.7623 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052700 4 0.0955 0.8237 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR2052699 2 0.3999 0.6523 0.344 0.656 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052698 2 0.3949 0.4138 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000
#> SRR2052708 5 0.3578 0.7580 0.048 0.000 0.000 0.132 0.820
#> SRR2052749 2 0.6510 -0.0963 0.224 0.480 0.000 0.296 0.000
#> SRR2052786 2 0.3983 0.6558 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052825 5 0.0162 0.8842 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052824 5 0.0162 0.8842 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052823 4 0.1877 0.8175 0.012 0.064 0.000 0.924 0.000
#> SRR2052822 2 0.3395 0.5950 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR2052821 4 0.0960 0.8234 0.008 0.004 0.000 0.972 0.016
#> SRR2052820 3 0.0404 0.8946 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052819 5 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052818 4 0.0955 0.8237 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR2052817 3 0.2074 0.9197 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR2052816 4 0.1041 0.8223 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR2052815 5 0.0290 0.8835 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052814 5 0.0290 0.8844 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052813 2 0.3300 0.5306 0.204 0.792 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052812 1 0.6589 0.1524 0.456 0.232 0.000 0.312 0.000
#> SRR2052811 4 0.4106 0.7461 0.136 0.068 0.000 0.792 0.004
#> SRR2052810 4 0.4331 0.1823 0.000 0.004 0.000 0.596 0.400
#> SRR2052809 2 0.3841 0.6551 0.188 0.780 0.032 0.000 0.000
#> SRR2052808 4 0.5375 0.6498 0.136 0.200 0.000 0.664 0.000
#> SRR2052807 5 0.0162 0.8845 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052806 4 0.3867 0.7765 0.004 0.048 0.000 0.804 0.144
#> SRR2052805 5 0.4114 0.4078 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR2052804 5 0.2280 0.8126 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR2052803 4 0.4365 0.7511 0.008 0.056 0.000 0.768 0.168
#> SRR2052802 5 0.0162 0.8845 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052801 5 0.0162 0.8844 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052800 5 0.0162 0.8845 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052799 5 0.0162 0.8844 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052798 2 0.4251 0.6718 0.316 0.672 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052797 4 0.3583 0.7832 0.012 0.192 0.000 0.792 0.004
#> SRR2052796 5 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052795 5 0.2806 0.7525 0.152 0.000 0.000 0.004 0.844
#> SRR2052794 5 0.0162 0.8845 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052793 5 0.0162 0.8841 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052792 5 0.0162 0.8845 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052791 3 0.3209 0.7058 0.000 0.008 0.812 0.000 0.180
#> SRR2052790 3 0.4235 0.3848 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052787 1 0.2690 0.6456 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052785 2 0.4511 0.4070 0.016 0.628 0.356 0.000 0.000
#> SRR2052784 2 0.3430 0.6133 0.004 0.776 0.220 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.3932 0.6695 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.3596 0.6242 0.012 0.776 0.212 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.3430 0.6132 0.004 0.776 0.220 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.4049 0.6415 0.056 0.780 0.164 0.000 0.000
#> SRR2052779 2 0.3596 0.6242 0.012 0.776 0.212 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.0404 0.8946 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052776 2 0.3561 0.5639 0.000 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.3003 0.8410 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.0290 0.9036 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052771 5 0.4321 0.4256 0.000 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR2052769 5 0.0671 0.8768 0.016 0.004 0.000 0.000 0.980
#> SRR2052770 3 0.0404 0.9046 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052768 1 0.4300 0.2062 0.524 0.476 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052767 1 0.1121 0.7469 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052766 5 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052765 4 0.5208 0.7587 0.068 0.180 0.000 0.720 0.032
#> SRR2052763 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052764 4 0.3001 0.8235 0.032 0.052 0.000 0.884 0.032
#> SRR2052761 3 0.2020 0.9194 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR2052760 1 0.3210 0.5597 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052759 3 0.0404 0.8946 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.4213 0.6717 0.308 0.680 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052756 5 0.0290 0.8844 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052757 2 0.5082 0.6382 0.096 0.684 0.220 0.000 0.000
#> SRR2052755 1 0.0162 0.7613 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052754 5 0.0162 0.8844 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR2052753 5 0.5696 0.3883 0.344 0.000 0.000 0.096 0.560
#> SRR2052752 5 0.7176 0.2795 0.088 0.040 0.340 0.028 0.504
#> SRR2052750 1 0.6133 0.2601 0.544 0.292 0.000 0.164 0.000
#> SRR2052751 2 0.3835 0.5914 0.012 0.744 0.244 0.000 0.000
#> SRR2052748 5 0.3427 0.7553 0.000 0.012 0.192 0.000 0.796
#> SRR2052747 4 0.6323 0.3622 0.252 0.220 0.000 0.528 0.000
#> SRR2052746 3 0.0290 0.9035 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052745 5 0.3462 0.7511 0.000 0.012 0.196 0.000 0.792
#> SRR2052744 1 0.1522 0.7475 0.944 0.044 0.000 0.012 0.000
#> SRR2052741 2 0.3932 0.6695 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.3932 0.6695 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052740 1 0.2074 0.7049 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.3630 0.6311 0.016 0.780 0.204 0.000 0.000
#> SRR2052739 1 0.1768 0.7289 0.924 0.072 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052738 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052736 1 0.0000 0.7623 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.0000 0.7623 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.0000 0.7623 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.3983 0.6573 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052733 3 0.0566 0.8922 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR2052732 4 0.0992 0.8251 0.008 0.000 0.000 0.968 0.024
#> SRR2052731 3 0.0000 0.9006 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.0000 0.7623 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052728 1 0.0000 0.7623 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 5 0.4434 0.2619 0.000 0.004 0.000 0.460 0.536
#> SRR2052727 1 0.0912 0.7599 0.972 0.012 0.000 0.016 0.000
#> SRR2052725 5 0.4002 0.7298 0.084 0.000 0.000 0.120 0.796
#> SRR2052726 1 0.0000 0.7623 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 5 0.0162 0.8841 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052723 3 0.0404 0.8946 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052722 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.0000 0.7623 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.4088 0.6119 0.368 0.632 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052719 1 0.6231 0.3963 0.544 0.252 0.000 0.204 0.000
#> SRR2052718 1 0.2966 0.6823 0.848 0.000 0.000 0.136 0.016
#> SRR2052717 2 0.3913 0.6706 0.324 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052714 5 0.0162 0.8841 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2052716 5 0.3530 0.6961 0.000 0.000 0.204 0.012 0.784
#> SRR2052715 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052713 5 0.0451 0.8811 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR2052712 5 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052711 5 0.0290 0.8844 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2052710 1 0.7671 0.1422 0.428 0.240 0.000 0.064 0.268
#> SRR2052707 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.3992 0.5515 0.000 0.012 0.720 0.000 0.268
#> SRR2052705 2 0.3932 0.6695 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052697 4 0.6411 0.3716 0.312 0.196 0.000 0.492 0.000
#> SRR2052703 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.6671 0.2258 0.440 0.292 0.000 0.268 0.000
#> SRR2052706 4 0.0955 0.8237 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR2052695 2 0.4648 -0.1138 0.464 0.524 0.000 0.012 0.000
#> SRR2052694 2 0.3932 0.6695 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052693 2 0.3452 0.5856 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR2052691 2 0.4030 0.6379 0.352 0.648 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052690 2 0.3932 0.6695 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052689 5 0.4331 0.4171 0.000 0.004 0.000 0.400 0.596
#> SRR2052687 4 0.2488 0.7646 0.000 0.004 0.000 0.872 0.124
#> SRR2052686 5 0.2068 0.8232 0.004 0.000 0.000 0.092 0.904
#> SRR2052688 4 0.5104 0.6897 0.116 0.192 0.000 0.692 0.000
#> SRR2052684 5 0.3427 0.7553 0.000 0.012 0.192 0.000 0.796
#> SRR2052685 4 0.3954 0.7722 0.036 0.192 0.000 0.772 0.000
#> SRR2052683 5 0.0162 0.8842 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052681 5 0.3055 0.7994 0.064 0.000 0.000 0.072 0.864
#> SRR2052680 5 0.0162 0.8842 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052682 1 0.0000 0.7623 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.4201 0.5389 0.408 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052677 2 0.3967 0.5634 0.012 0.724 0.264 0.000 0.000
#> SRR2052675 1 0.5904 0.5292 0.596 0.232 0.000 0.172 0.000
#> SRR2052676 1 0.3055 0.7019 0.864 0.072 0.000 0.064 0.000
#> SRR2052674 4 0.0955 0.8237 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR2052672 5 0.1768 0.8457 0.000 0.004 0.072 0.000 0.924
#> SRR2052673 1 0.0000 0.7623 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052671 1 0.3530 0.6777 0.784 0.204 0.000 0.012 0.000
#> SRR2052670 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.3932 0.6695 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.3932 0.6695 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052667 1 0.4287 -0.1924 0.540 0.460 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052666 5 0.1831 0.8430 0.000 0.004 0.076 0.000 0.920
#> SRR2052665 2 0.3932 0.6695 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052664 5 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052663 4 0.1934 0.8232 0.020 0.040 0.000 0.932 0.008
#> SRR2052662 2 0.3932 0.6695 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.1410 0.7260 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052660 3 0.2127 0.9199 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.0290 0.8966 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.3932 0.6695 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052657 1 0.6711 -0.2096 0.420 0.404 0.000 0.012 0.164
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 6 0.5796 0.7423 0.136 0.096 0.000 0.124 0.000 0.644
#> SRR2052701 1 0.1714 0.8315 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052700 4 0.1768 0.7742 0.044 0.000 0.004 0.932 0.008 0.012
#> SRR2052699 2 0.3908 0.6619 0.132 0.768 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2052698 2 0.3851 -0.1657 0.000 0.540 0.460 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052708 5 0.4664 0.6810 0.016 0.088 0.004 0.168 0.724 0.000
#> SRR2052749 6 0.5164 0.6985 0.044 0.240 0.000 0.060 0.000 0.656
#> SRR2052786 2 0.2945 0.7167 0.156 0.824 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052825 5 0.2030 0.8347 0.064 0.000 0.000 0.028 0.908 0.000
#> SRR2052824 5 0.2799 0.8127 0.064 0.000 0.000 0.076 0.860 0.000
#> SRR2052823 4 0.4581 0.2848 0.020 0.016 0.000 0.596 0.000 0.368
#> SRR2052822 2 0.3101 0.4808 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052821 4 0.1293 0.7634 0.020 0.004 0.000 0.956 0.004 0.016
#> SRR2052820 3 0.0458 0.8259 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052819 5 0.1204 0.8434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2052818 4 0.0551 0.7764 0.004 0.000 0.000 0.984 0.008 0.004
#> SRR2052817 3 0.1863 0.8498 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052816 4 0.0405 0.7772 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR2052815 5 0.2318 0.8295 0.064 0.000 0.000 0.044 0.892 0.000
#> SRR2052814 5 0.1194 0.8427 0.008 0.000 0.000 0.004 0.956 0.032
#> SRR2052813 2 0.4742 -0.1348 0.048 0.512 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR2052812 6 0.5393 0.7629 0.084 0.104 0.000 0.128 0.000 0.684
#> SRR2052811 4 0.4780 0.2631 0.036 0.012 0.000 0.580 0.000 0.372
#> SRR2052810 4 0.2653 0.7637 0.064 0.000 0.004 0.876 0.056 0.000
#> SRR2052809 2 0.0260 0.6898 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052808 6 0.5837 0.6907 0.036 0.116 0.004 0.248 0.000 0.596
#> SRR2052807 5 0.1956 0.8371 0.008 0.000 0.000 0.004 0.908 0.080
#> SRR2052806 4 0.6377 0.3417 0.012 0.068 0.000 0.520 0.320 0.080
#> SRR2052805 5 0.6057 0.2196 0.012 0.052 0.004 0.372 0.512 0.048
#> SRR2052804 5 0.4515 0.5482 0.064 0.000 0.000 0.280 0.656 0.000
#> SRR2052803 4 0.6071 0.4380 0.000 0.056 0.004 0.592 0.224 0.124
#> SRR2052802 5 0.1956 0.8371 0.008 0.000 0.000 0.004 0.908 0.080
#> SRR2052801 5 0.0146 0.8450 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052800 5 0.1956 0.8371 0.008 0.000 0.000 0.004 0.908 0.080
#> SRR2052799 5 0.0000 0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052798 2 0.2135 0.7281 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052797 6 0.4875 0.6394 0.008 0.080 0.000 0.264 0.000 0.648
#> SRR2052796 5 0.0000 0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052795 5 0.2710 0.8007 0.008 0.100 0.012 0.004 0.872 0.004
#> SRR2052794 5 0.1956 0.8371 0.008 0.000 0.000 0.004 0.908 0.080
#> SRR2052793 5 0.2046 0.8438 0.000 0.000 0.032 0.000 0.908 0.060
#> SRR2052792 5 0.1956 0.8371 0.008 0.000 0.000 0.004 0.908 0.080
#> SRR2052791 3 0.0820 0.8202 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR2052790 3 0.5197 0.6080 0.000 0.332 0.560 0.000 0.000 0.108
#> SRR2052789 3 0.4159 0.8358 0.000 0.140 0.744 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052788 3 0.3435 0.8470 0.000 0.136 0.804 0.000 0.000 0.060
#> SRR2052787 1 0.3807 0.4848 0.628 0.368 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052785 2 0.3665 0.3781 0.004 0.696 0.296 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052784 2 0.2053 0.6404 0.000 0.888 0.108 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052783 2 0.2260 0.7269 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052782 2 0.2020 0.6508 0.000 0.896 0.096 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052781 2 0.2135 0.6240 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.2790 0.8496 0.000 0.140 0.840 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052777 2 0.0405 0.6893 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052779 2 0.1610 0.6597 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.0458 0.8259 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052776 2 0.3923 0.1607 0.000 0.620 0.372 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052775 3 0.4159 0.8358 0.000 0.140 0.744 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052773 3 0.4721 0.7770 0.000 0.212 0.672 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052772 3 0.0692 0.8371 0.000 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052774 3 0.4232 0.8323 0.000 0.148 0.736 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052771 4 0.4456 0.5887 0.064 0.000 0.000 0.668 0.268 0.000
#> SRR2052769 5 0.2231 0.8269 0.000 0.028 0.068 0.004 0.900 0.000
#> SRR2052770 3 0.1124 0.8405 0.000 0.036 0.956 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052768 2 0.6039 -0.1785 0.264 0.412 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2052767 1 0.3962 0.7036 0.764 0.120 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052766 5 0.1204 0.8434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR2052765 6 0.7256 0.3844 0.040 0.076 0.000 0.324 0.116 0.444
#> SRR2052763 3 0.0603 0.8281 0.000 0.004 0.980 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052764 4 0.5089 0.6177 0.024 0.024 0.000 0.720 0.136 0.096
#> SRR2052761 3 0.2219 0.8500 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.5011 0.0837 0.420 0.508 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2052759 3 0.0458 0.8259 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052762 2 0.2572 0.7273 0.136 0.852 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.4159 0.8358 0.000 0.140 0.744 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052756 5 0.1080 0.8443 0.004 0.000 0.004 0.000 0.960 0.032
#> SRR2052757 2 0.3268 0.5936 0.008 0.808 0.164 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052755 1 0.2841 0.8073 0.864 0.092 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR2052754 5 0.0146 0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052753 5 0.5387 0.5637 0.228 0.076 0.000 0.016 0.656 0.024
#> SRR2052752 5 0.6389 0.4784 0.012 0.148 0.232 0.032 0.568 0.008
#> SRR2052750 6 0.5517 0.5693 0.148 0.244 0.000 0.012 0.000 0.596
#> SRR2052751 2 0.3619 0.3404 0.000 0.680 0.316 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052748 5 0.4788 0.3960 0.008 0.000 0.424 0.000 0.532 0.036
#> SRR2052747 6 0.5206 0.7558 0.056 0.100 0.000 0.152 0.000 0.692
#> SRR2052746 3 0.0935 0.8401 0.000 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052745 3 0.4434 -0.1177 0.000 0.000 0.544 0.000 0.428 0.028
#> SRR2052744 1 0.4506 0.6593 0.704 0.120 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2052741 2 0.2653 0.7249 0.144 0.844 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052743 2 0.2653 0.7249 0.144 0.844 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052740 1 0.3636 0.5675 0.676 0.320 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052742 2 0.1267 0.6647 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052739 1 0.5121 0.3920 0.604 0.124 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2052738 3 0.0291 0.8316 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052736 1 0.1714 0.8315 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052735 1 0.1714 0.8315 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.1714 0.8315 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.3283 0.7038 0.160 0.804 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2052733 3 0.0717 0.8223 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2052732 4 0.1096 0.7661 0.020 0.004 0.000 0.964 0.004 0.008
#> SRR2052731 3 0.0458 0.8263 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052729 1 0.1858 0.8297 0.904 0.092 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052728 1 0.1714 0.8315 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052730 4 0.2773 0.7609 0.064 0.000 0.004 0.868 0.064 0.000
#> SRR2052727 1 0.3103 0.7931 0.836 0.100 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2052725 5 0.3925 0.7729 0.028 0.072 0.000 0.056 0.820 0.024
#> SRR2052726 1 0.1714 0.8315 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052724 5 0.2006 0.8201 0.000 0.080 0.016 0.000 0.904 0.000
#> SRR2052723 3 0.0717 0.8223 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2052722 3 0.3482 0.6796 0.000 0.316 0.684 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.1858 0.8297 0.904 0.092 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052720 2 0.2730 0.7202 0.152 0.836 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052719 6 0.5700 0.7222 0.156 0.120 0.000 0.076 0.000 0.648
#> SRR2052718 1 0.6498 0.5281 0.608 0.092 0.000 0.128 0.144 0.028
#> SRR2052717 2 0.2362 0.7280 0.136 0.860 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052714 5 0.1765 0.8170 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR2052716 5 0.3062 0.7744 0.000 0.000 0.160 0.024 0.816 0.000
#> SRR2052715 3 0.2260 0.8497 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052713 5 0.1961 0.8375 0.020 0.016 0.004 0.016 0.932 0.012
#> SRR2052712 5 0.1524 0.8404 0.060 0.000 0.000 0.008 0.932 0.000
#> SRR2052711 5 0.1194 0.8427 0.008 0.000 0.000 0.004 0.956 0.032
#> SRR2052710 5 0.5944 0.2767 0.168 0.268 0.004 0.004 0.548 0.008
#> SRR2052707 3 0.4074 0.8379 0.000 0.140 0.752 0.000 0.000 0.108
#> SRR2052709 3 0.4159 0.8358 0.000 0.140 0.744 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052704 3 0.2251 0.7698 0.008 0.000 0.904 0.000 0.052 0.036
#> SRR2052705 2 0.2821 0.7204 0.152 0.832 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052697 6 0.5046 0.7200 0.052 0.072 0.000 0.180 0.000 0.696
#> SRR2052703 3 0.4159 0.8358 0.000 0.140 0.744 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052696 6 0.5357 0.6494 0.088 0.248 0.000 0.032 0.000 0.632
#> SRR2052706 4 0.0405 0.7769 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2052695 6 0.5488 0.3334 0.128 0.396 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR2052694 2 0.2821 0.7206 0.152 0.832 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2052692 3 0.4159 0.8358 0.000 0.140 0.744 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052693 2 0.3380 0.4818 0.004 0.748 0.244 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052691 2 0.2730 0.7207 0.152 0.836 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052690 2 0.2442 0.7258 0.144 0.852 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052689 4 0.3453 0.7162 0.064 0.000 0.000 0.804 0.132 0.000
#> SRR2052687 4 0.2973 0.7631 0.064 0.000 0.004 0.860 0.068 0.004
#> SRR2052686 5 0.3624 0.7856 0.020 0.072 0.000 0.052 0.836 0.020
#> SRR2052688 6 0.5157 0.7422 0.056 0.084 0.000 0.168 0.000 0.692
#> SRR2052684 5 0.4805 0.3555 0.008 0.000 0.440 0.000 0.516 0.036
#> SRR2052685 6 0.4734 0.6677 0.024 0.060 0.000 0.224 0.000 0.692
#> SRR2052683 5 0.1757 0.8265 0.008 0.000 0.000 0.076 0.916 0.000
#> SRR2052681 5 0.3441 0.7814 0.012 0.092 0.004 0.060 0.832 0.000
#> SRR2052680 5 0.2799 0.8127 0.064 0.000 0.000 0.076 0.860 0.000
#> SRR2052682 1 0.1714 0.8315 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052679 2 0.2814 0.7064 0.172 0.820 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052678 3 0.4159 0.8358 0.000 0.140 0.744 0.000 0.000 0.116
#> SRR2052677 3 0.4072 0.3949 0.000 0.448 0.544 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052675 6 0.5705 0.6834 0.160 0.160 0.000 0.048 0.000 0.632
#> SRR2052676 1 0.5345 -0.0901 0.464 0.072 0.000 0.012 0.000 0.452
#> SRR2052674 4 0.0405 0.7772 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR2052672 5 0.2100 0.8088 0.000 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR2052673 1 0.1714 0.8315 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052671 6 0.5458 0.2596 0.396 0.124 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR2052670 3 0.2750 0.8503 0.000 0.136 0.844 0.000 0.000 0.020
#> SRR2052669 2 0.2653 0.7249 0.144 0.844 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052668 2 0.2402 0.7268 0.140 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052667 2 0.2838 0.6923 0.188 0.808 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052666 5 0.2346 0.7996 0.000 0.000 0.124 0.000 0.868 0.008
#> SRR2052665 2 0.2653 0.7249 0.144 0.844 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052664 5 0.0000 0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052663 4 0.2265 0.7294 0.024 0.008 0.000 0.900 0.000 0.068
#> SRR2052662 2 0.2730 0.7201 0.152 0.836 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052661 1 0.4514 0.6135 0.716 0.092 0.000 0.000 0.184 0.008
#> SRR2052660 3 0.4074 0.8379 0.000 0.140 0.752 0.000 0.000 0.108
#> SRR2052659 3 0.0363 0.8271 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052658 2 0.2260 0.7269 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052657 2 0.5971 0.1834 0.168 0.456 0.004 0.000 0.368 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 14523 rows and 169 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.926 0.939 0.974 0.3467 0.649 0.649
#> 3 3 0.374 0.568 0.787 0.5089 0.658 0.523
#> 4 4 0.416 0.570 0.751 0.2930 0.672 0.370
#> 5 5 0.560 0.660 0.790 0.1206 0.838 0.497
#> 6 6 0.589 0.517 0.722 0.0244 0.913 0.654
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2052702 2 0.0672 0.9770 0.008 0.992
#> SRR2052701 2 0.0376 0.9804 0.004 0.996
#> SRR2052700 1 0.2778 0.9099 0.952 0.048
#> SRR2052699 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052698 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052708 1 0.7950 0.7216 0.760 0.240
#> SRR2052749 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052786 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052825 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052824 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052823 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052822 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052821 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052820 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052819 1 0.9522 0.4774 0.628 0.372
#> SRR2052818 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052817 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052816 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052815 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052814 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052813 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052812 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052811 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052810 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052809 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052808 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052807 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052806 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052805 2 0.9983 -0.0148 0.476 0.524
#> SRR2052804 1 0.1843 0.9210 0.972 0.028
#> SRR2052803 1 0.8909 0.6108 0.692 0.308
#> SRR2052802 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052801 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052800 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052799 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052798 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052797 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052796 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052795 2 0.6343 0.7942 0.160 0.840
#> SRR2052794 1 0.7056 0.7843 0.808 0.192
#> SRR2052793 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052792 1 0.8327 0.6723 0.736 0.264
#> SRR2052791 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052790 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052789 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052788 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052787 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052785 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052784 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052783 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052782 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052781 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052780 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052777 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052779 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052778 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052776 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052775 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052773 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052772 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052774 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052771 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052769 2 0.6973 0.7536 0.188 0.812
#> SRR2052770 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052768 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052767 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052766 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052765 1 0.2236 0.9153 0.964 0.036
#> SRR2052763 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052764 1 0.0672 0.9293 0.992 0.008
#> SRR2052761 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052760 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052759 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052762 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052758 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052756 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052757 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052755 2 0.9993 -0.0446 0.484 0.516
#> SRR2052754 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052753 1 0.1184 0.9264 0.984 0.016
#> SRR2052752 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052750 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052751 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052748 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052747 2 0.0376 0.9804 0.004 0.996
#> SRR2052746 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052745 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052744 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052741 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052743 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052740 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052742 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052739 2 0.0938 0.9735 0.012 0.988
#> SRR2052738 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052735 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052734 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052737 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052733 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052732 1 0.9866 0.3154 0.568 0.432
#> SRR2052731 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052729 2 0.5946 0.8173 0.144 0.856
#> SRR2052728 2 0.0672 0.9770 0.008 0.992
#> SRR2052730 2 0.1633 0.9619 0.024 0.976
#> SRR2052727 2 0.0376 0.9804 0.004 0.996
#> SRR2052725 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052726 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052724 1 0.6801 0.7969 0.820 0.180
#> SRR2052723 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052722 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052721 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052720 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052719 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052718 1 0.2423 0.9146 0.960 0.040
#> SRR2052717 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052714 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052716 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052715 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052713 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052712 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052711 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052710 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052707 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052709 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052704 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052705 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052697 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052703 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052696 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052706 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052695 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052694 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052692 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052693 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052691 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052690 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052689 2 0.1414 0.9652 0.020 0.980
#> SRR2052687 1 0.7299 0.7700 0.796 0.204
#> SRR2052686 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052688 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052684 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052685 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052683 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052681 1 0.4022 0.8870 0.920 0.080
#> SRR2052680 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052682 2 0.0376 0.9804 0.004 0.996
#> SRR2052679 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052678 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052677 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052675 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052676 2 0.5294 0.8497 0.120 0.880
#> SRR2052674 2 0.3879 0.9060 0.076 0.924
#> SRR2052672 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052673 2 0.0376 0.9804 0.004 0.996
#> SRR2052671 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052670 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052669 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052668 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052667 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052666 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052665 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052664 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000
#> SRR2052663 2 0.2043 0.9538 0.032 0.968
#> SRR2052662 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052661 2 0.6801 0.7647 0.180 0.820
#> SRR2052660 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052659 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052658 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
#> SRR2052657 2 0.0000 0.9837 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2052702 2 0.2625 0.7007 0.000 0.916 0.084
#> SRR2052701 2 0.4504 0.6247 0.000 0.804 0.196
#> SRR2052700 2 0.0592 0.6571 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052699 3 0.6079 0.6167 0.000 0.388 0.612
#> SRR2052698 3 0.5621 0.6563 0.000 0.308 0.692
#> SRR2052708 2 0.0983 0.6781 0.004 0.980 0.016
#> SRR2052749 3 0.6244 0.5195 0.000 0.440 0.560
#> SRR2052786 3 0.6079 0.6159 0.000 0.388 0.612
#> SRR2052825 2 0.6026 -0.1722 0.376 0.624 0.000
#> SRR2052824 2 0.5948 -0.1345 0.360 0.640 0.000
#> SRR2052823 2 0.5706 0.3691 0.000 0.680 0.320
#> SRR2052822 3 0.5650 0.6571 0.000 0.312 0.688
#> SRR2052821 3 0.6168 0.5750 0.000 0.412 0.588
#> SRR2052820 3 0.0237 0.6737 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052819 1 0.7599 0.5081 0.656 0.084 0.260
#> SRR2052818 2 0.0237 0.6641 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052817 3 0.1163 0.6795 0.000 0.028 0.972
#> SRR2052816 2 0.2860 0.6999 0.004 0.912 0.084
#> SRR2052815 2 0.6026 -0.1693 0.376 0.624 0.000
#> SRR2052814 1 0.5327 0.6895 0.728 0.272 0.000
#> SRR2052813 3 0.6079 0.6167 0.000 0.388 0.612
#> SRR2052812 3 0.6204 0.5560 0.000 0.424 0.576
#> SRR2052811 2 0.3412 0.6820 0.000 0.876 0.124
#> SRR2052810 2 0.4121 0.4151 0.168 0.832 0.000
#> SRR2052809 3 0.5948 0.6425 0.000 0.360 0.640
#> SRR2052808 3 0.6267 0.4985 0.000 0.452 0.548
#> SRR2052807 1 0.0892 0.8370 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052806 2 0.0000 0.6676 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052805 2 0.1289 0.6875 0.000 0.968 0.032
#> SRR2052804 2 0.6330 -0.1995 0.396 0.600 0.004
#> SRR2052803 2 0.0592 0.6771 0.000 0.988 0.012
#> SRR2052802 1 0.0892 0.8370 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052801 1 0.0892 0.8345 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052800 1 0.0892 0.8370 0.980 0.020 0.000
#> SRR2052799 1 0.2448 0.8299 0.924 0.076 0.000
#> SRR2052798 3 0.6062 0.6212 0.000 0.384 0.616
#> SRR2052797 3 0.6180 0.5741 0.000 0.416 0.584
#> SRR2052796 1 0.5178 0.7176 0.744 0.256 0.000
#> SRR2052795 2 0.6204 0.0195 0.000 0.576 0.424
#> SRR2052794 1 0.3539 0.7927 0.888 0.012 0.100
#> SRR2052793 3 0.6168 0.5745 0.000 0.412 0.588
#> SRR2052792 1 0.3370 0.8180 0.904 0.024 0.072
#> SRR2052791 3 0.0892 0.6760 0.000 0.020 0.980
#> SRR2052790 3 0.1860 0.6794 0.000 0.052 0.948
#> SRR2052789 3 0.0592 0.6785 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052788 3 0.0237 0.6754 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052787 3 0.6215 0.5331 0.000 0.428 0.572
#> SRR2052785 3 0.5397 0.6601 0.000 0.280 0.720
#> SRR2052784 3 0.5948 0.6425 0.000 0.360 0.640
#> SRR2052783 3 0.5988 0.6361 0.000 0.368 0.632
#> SRR2052782 3 0.5926 0.6444 0.000 0.356 0.644
#> SRR2052781 3 0.5948 0.6425 0.000 0.360 0.640
#> SRR2052780 3 0.0424 0.6773 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052777 3 0.5948 0.6425 0.000 0.360 0.640
#> SRR2052779 3 0.5859 0.6491 0.000 0.344 0.656
#> SRR2052778 3 0.0000 0.6735 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052776 3 0.5706 0.6558 0.000 0.320 0.680
#> SRR2052775 3 0.0424 0.6773 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052773 3 0.2066 0.6789 0.000 0.060 0.940
#> SRR2052772 3 0.0237 0.6754 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052774 3 0.1163 0.6798 0.000 0.028 0.972
#> SRR2052771 3 0.3276 0.6106 0.024 0.068 0.908
#> SRR2052769 2 0.8631 0.4451 0.180 0.600 0.220
#> SRR2052770 3 0.0000 0.6735 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052768 3 0.6168 0.5788 0.000 0.412 0.588
#> SRR2052767 2 0.4733 0.6246 0.004 0.800 0.196
#> SRR2052766 1 0.4235 0.7498 0.824 0.000 0.176
#> SRR2052765 2 0.0661 0.6664 0.008 0.988 0.004
#> SRR2052763 3 0.0000 0.6735 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052764 2 0.0237 0.6710 0.000 0.996 0.004
#> SRR2052761 3 0.0747 0.6783 0.000 0.016 0.984
#> SRR2052760 3 0.6095 0.6100 0.000 0.392 0.608
#> SRR2052759 3 0.0000 0.6735 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052762 3 0.5926 0.6446 0.000 0.356 0.644
#> SRR2052758 3 0.0424 0.6773 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052756 2 0.5678 0.3333 0.316 0.684 0.000
#> SRR2052757 3 0.6008 0.6340 0.000 0.372 0.628
#> SRR2052755 2 0.3607 0.6906 0.008 0.880 0.112
#> SRR2052754 1 0.4504 0.7780 0.804 0.196 0.000
#> SRR2052753 2 0.2860 0.6421 0.084 0.912 0.004
#> SRR2052752 3 0.6045 0.6261 0.000 0.380 0.620
#> SRR2052750 2 0.5785 0.3440 0.000 0.668 0.332
#> SRR2052751 3 0.5968 0.6409 0.000 0.364 0.636
#> SRR2052748 3 0.1163 0.6511 0.028 0.000 0.972
#> SRR2052747 2 0.4062 0.6543 0.000 0.836 0.164
#> SRR2052746 3 0.0000 0.6735 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052745 3 0.1129 0.6587 0.020 0.004 0.976
#> SRR2052744 2 0.5810 0.3431 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052741 3 0.5988 0.6361 0.000 0.368 0.632
#> SRR2052743 3 0.5988 0.6361 0.000 0.368 0.632
#> SRR2052740 3 0.6045 0.6226 0.000 0.380 0.620
#> SRR2052742 3 0.5706 0.6558 0.000 0.320 0.680
#> SRR2052739 2 0.2945 0.7006 0.004 0.908 0.088
#> SRR2052738 3 0.0000 0.6735 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052736 2 0.6180 0.0316 0.000 0.584 0.416
#> SRR2052735 2 0.5706 0.3998 0.000 0.680 0.320
#> SRR2052734 2 0.4750 0.5984 0.000 0.784 0.216
#> SRR2052737 3 0.6111 0.6045 0.000 0.396 0.604
#> SRR2052733 3 0.0892 0.6581 0.020 0.000 0.980
#> SRR2052732 2 0.1129 0.6796 0.004 0.976 0.020
#> SRR2052731 3 0.0000 0.6735 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052729 2 0.4346 0.6378 0.000 0.816 0.184
#> SRR2052728 2 0.4121 0.6520 0.000 0.832 0.168
#> SRR2052730 2 0.8109 0.2384 0.272 0.620 0.108
#> SRR2052727 2 0.5016 0.5621 0.000 0.760 0.240
#> SRR2052725 2 0.0424 0.6644 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052726 2 0.5254 0.5212 0.000 0.736 0.264
#> SRR2052724 2 0.8277 -0.1401 0.456 0.468 0.076
#> SRR2052723 3 0.0892 0.6581 0.020 0.000 0.980
#> SRR2052722 3 0.0592 0.6785 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052721 2 0.5905 0.3008 0.000 0.648 0.352
#> SRR2052720 3 0.5988 0.6361 0.000 0.368 0.632
#> SRR2052719 2 0.5560 0.4362 0.000 0.700 0.300
#> SRR2052718 2 0.0475 0.6695 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052717 3 0.5948 0.6425 0.000 0.360 0.640
#> SRR2052714 3 0.2804 0.6576 0.060 0.016 0.924
#> SRR2052716 3 0.1620 0.6602 0.012 0.024 0.964
#> SRR2052715 3 0.0000 0.6735 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052713 2 0.2625 0.6259 0.084 0.916 0.000
#> SRR2052712 2 0.6095 -0.1924 0.392 0.608 0.000
#> SRR2052711 1 0.5621 0.6395 0.692 0.308 0.000
#> SRR2052710 2 0.6754 -0.0520 0.012 0.556 0.432
#> SRR2052707 3 0.0592 0.6785 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052709 3 0.0592 0.6785 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052704 3 0.1031 0.6546 0.024 0.000 0.976
#> SRR2052705 3 0.6062 0.6212 0.000 0.384 0.616
#> SRR2052697 2 0.2878 0.6964 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052703 3 0.0592 0.6785 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052696 2 0.5835 0.3295 0.000 0.660 0.340
#> SRR2052706 2 0.6111 0.0374 0.000 0.604 0.396
#> SRR2052695 3 0.6180 0.5718 0.000 0.416 0.584
#> SRR2052694 3 0.6026 0.6297 0.000 0.376 0.624
#> SRR2052692 3 0.0424 0.6773 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052693 3 0.5785 0.6526 0.000 0.332 0.668
#> SRR2052691 3 0.6079 0.6159 0.000 0.388 0.612
#> SRR2052690 3 0.6062 0.6212 0.000 0.384 0.616
#> SRR2052689 3 0.8792 -0.0729 0.116 0.392 0.492
#> SRR2052687 2 0.1170 0.6625 0.016 0.976 0.008
#> SRR2052686 2 0.0747 0.6608 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052688 2 0.5431 0.4622 0.000 0.716 0.284
#> SRR2052684 3 0.1163 0.6511 0.028 0.000 0.972
#> SRR2052685 2 0.5810 0.3208 0.000 0.664 0.336
#> SRR2052683 2 0.5948 -0.1292 0.360 0.640 0.000
#> SRR2052681 2 0.0475 0.6695 0.004 0.992 0.004
#> SRR2052680 2 0.5968 -0.1408 0.364 0.636 0.000
#> SRR2052682 2 0.4235 0.6454 0.000 0.824 0.176
#> SRR2052679 3 0.6111 0.6040 0.000 0.396 0.604
#> SRR2052678 3 0.0592 0.6785 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052677 3 0.5926 0.6453 0.000 0.356 0.644
#> SRR2052675 3 0.6180 0.5718 0.000 0.416 0.584
#> SRR2052676 2 0.2878 0.6967 0.000 0.904 0.096
#> SRR2052674 2 0.0892 0.6777 0.000 0.980 0.020
#> SRR2052672 3 0.1989 0.6347 0.048 0.004 0.948
#> SRR2052673 2 0.4504 0.6243 0.000 0.804 0.196
#> SRR2052671 2 0.5058 0.5541 0.000 0.756 0.244
#> SRR2052670 3 0.0424 0.6773 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052669 3 0.5948 0.6425 0.000 0.360 0.640
#> SRR2052668 3 0.5948 0.6425 0.000 0.360 0.640
#> SRR2052667 3 0.6168 0.5696 0.000 0.412 0.588
#> SRR2052666 3 0.0237 0.6754 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052665 3 0.5988 0.6361 0.000 0.368 0.632
#> SRR2052664 2 0.6244 -0.3017 0.440 0.560 0.000
#> SRR2052663 2 0.1753 0.6936 0.000 0.952 0.048
#> SRR2052662 3 0.6008 0.6326 0.000 0.372 0.628
#> SRR2052661 2 0.5167 0.6464 0.024 0.804 0.172
#> SRR2052660 3 0.0424 0.6773 0.000 0.008 0.992
#> SRR2052659 3 0.0000 0.6735 0.000 0.000 1.000
#> SRR2052658 3 0.5988 0.6361 0.000 0.368 0.632
#> SRR2052657 3 0.6305 0.3590 0.000 0.484 0.516
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2052702 1 0.1297 0.76340 0.964 0.020 0.016 0.000
#> SRR2052701 1 0.6350 0.34318 0.564 0.364 0.072 0.000
#> SRR2052700 1 0.0188 0.73978 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052699 1 0.7752 -0.06080 0.436 0.264 0.300 0.000
#> SRR2052698 3 0.4988 0.48172 0.036 0.236 0.728 0.000
#> SRR2052708 1 0.2570 0.75085 0.916 0.052 0.004 0.028
#> SRR2052749 1 0.5148 0.67247 0.736 0.056 0.208 0.000
#> SRR2052786 2 0.7563 0.52906 0.220 0.476 0.304 0.000
#> SRR2052825 4 0.5599 0.71308 0.316 0.040 0.000 0.644
#> SRR2052824 4 0.5284 0.65715 0.368 0.016 0.000 0.616
#> SRR2052823 1 0.2706 0.77518 0.900 0.020 0.080 0.000
#> SRR2052822 3 0.4916 0.05080 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR2052821 1 0.4434 0.66326 0.756 0.016 0.228 0.000
#> SRR2052820 3 0.0336 0.76394 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052819 4 0.4750 0.72360 0.052 0.016 0.128 0.804
#> SRR2052818 1 0.0000 0.73998 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.0817 0.76479 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052816 1 0.1821 0.75874 0.948 0.012 0.032 0.008
#> SRR2052815 4 0.5289 0.68477 0.344 0.020 0.000 0.636
#> SRR2052814 2 0.4961 -0.54491 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR2052813 1 0.7069 0.24568 0.532 0.144 0.324 0.000
#> SRR2052812 1 0.4842 0.68728 0.760 0.048 0.192 0.000
#> SRR2052811 1 0.2319 0.77444 0.924 0.040 0.036 0.000
#> SRR2052810 1 0.0657 0.72956 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052809 2 0.5055 0.51302 0.008 0.624 0.368 0.000
#> SRR2052808 1 0.3718 0.72588 0.820 0.012 0.168 0.000
#> SRR2052807 4 0.0469 0.79824 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2052806 1 0.1798 0.75215 0.944 0.040 0.000 0.016
#> SRR2052805 1 0.2275 0.76136 0.928 0.048 0.020 0.004
#> SRR2052804 1 0.5780 -0.35967 0.496 0.000 0.028 0.476
#> SRR2052803 1 0.2275 0.76065 0.928 0.048 0.020 0.004
#> SRR2052802 4 0.0376 0.79704 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR2052801 4 0.1716 0.80004 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR2052800 4 0.0188 0.79771 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2052799 4 0.3400 0.79695 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR2052798 2 0.7844 0.44482 0.288 0.404 0.308 0.000
#> SRR2052797 1 0.4422 0.62918 0.736 0.008 0.256 0.000
#> SRR2052796 4 0.5249 0.78531 0.044 0.248 0.000 0.708
#> SRR2052795 2 0.7638 0.26806 0.044 0.584 0.128 0.244
#> SRR2052794 4 0.2197 0.77758 0.000 0.004 0.080 0.916
#> SRR2052793 1 0.6309 0.46958 0.588 0.076 0.336 0.000
#> SRR2052792 4 0.3982 0.65880 0.000 0.004 0.220 0.776
#> SRR2052791 3 0.2124 0.72222 0.028 0.040 0.932 0.000
#> SRR2052790 3 0.4830 0.18105 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR2052789 3 0.4277 0.46399 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR2052788 3 0.1389 0.75511 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR2052787 2 0.4356 0.61009 0.048 0.804 0.148 0.000
#> SRR2052785 3 0.5138 0.16724 0.008 0.392 0.600 0.000
#> SRR2052784 2 0.5285 0.31141 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR2052783 2 0.4882 0.59939 0.020 0.708 0.272 0.000
#> SRR2052782 3 0.5296 -0.23013 0.008 0.492 0.500 0.000
#> SRR2052781 2 0.4925 0.39998 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR2052780 3 0.0921 0.76347 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052777 2 0.5398 0.45814 0.016 0.580 0.404 0.000
#> SRR2052779 2 0.4996 0.25277 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR2052778 3 0.0336 0.75918 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2052776 3 0.4388 0.62965 0.060 0.132 0.808 0.000
#> SRR2052775 3 0.0707 0.76467 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2052773 3 0.4888 0.10457 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR2052772 3 0.0592 0.76633 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052774 3 0.4643 0.31497 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR2052771 3 0.4612 0.49926 0.188 0.020 0.780 0.012
#> SRR2052769 2 0.5928 -0.17484 0.012 0.640 0.036 0.312
#> SRR2052770 3 0.1059 0.75758 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR2052768 1 0.7088 0.39770 0.568 0.228 0.204 0.000
#> SRR2052767 1 0.5934 0.61208 0.680 0.248 0.064 0.008
#> SRR2052766 4 0.2722 0.78751 0.000 0.064 0.032 0.904
#> SRR2052765 1 0.0817 0.73800 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052763 3 0.0188 0.76529 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052764 1 0.0336 0.74439 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052761 3 0.0817 0.76031 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2052760 2 0.7366 0.56505 0.224 0.524 0.252 0.000
#> SRR2052759 3 0.0000 0.76394 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.4643 0.53348 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR2052758 3 0.0336 0.76609 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052756 4 0.5295 0.62226 0.008 0.488 0.000 0.504
#> SRR2052757 3 0.7344 -0.29794 0.160 0.380 0.460 0.000
#> SRR2052755 2 0.4885 0.42883 0.248 0.728 0.020 0.004
#> SRR2052754 4 0.3749 0.80676 0.032 0.128 0.000 0.840
#> SRR2052753 2 0.4256 0.48880 0.132 0.824 0.012 0.032
#> SRR2052752 1 0.5619 0.51892 0.640 0.040 0.320 0.000
#> SRR2052750 1 0.4205 0.75013 0.820 0.056 0.124 0.000
#> SRR2052751 3 0.6677 -0.12709 0.092 0.384 0.524 0.000
#> SRR2052748 3 0.0895 0.74697 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR2052747 1 0.3400 0.77731 0.872 0.064 0.064 0.000
#> SRR2052746 3 0.0469 0.76523 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2052745 3 0.1114 0.74460 0.008 0.004 0.972 0.016
#> SRR2052744 1 0.6461 0.53013 0.640 0.216 0.144 0.000
#> SRR2052741 2 0.5200 0.62223 0.036 0.700 0.264 0.000
#> SRR2052743 2 0.5272 0.60623 0.032 0.680 0.288 0.000
#> SRR2052740 2 0.4919 0.63308 0.048 0.752 0.200 0.000
#> SRR2052742 2 0.4999 0.24033 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR2052739 1 0.3435 0.76363 0.864 0.100 0.036 0.000
#> SRR2052738 3 0.0336 0.76583 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2052736 2 0.6862 0.59110 0.228 0.596 0.176 0.000
#> SRR2052735 2 0.5906 0.61922 0.152 0.700 0.148 0.000
#> SRR2052734 1 0.6574 0.29621 0.548 0.364 0.088 0.000
#> SRR2052737 2 0.7796 0.49094 0.288 0.424 0.288 0.000
#> SRR2052733 3 0.0804 0.75273 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR2052732 1 0.0336 0.74425 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052731 3 0.0188 0.76529 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052729 1 0.6171 0.24005 0.500 0.456 0.040 0.004
#> SRR2052728 1 0.5031 0.68261 0.740 0.212 0.048 0.000
#> SRR2052730 1 0.3695 0.69058 0.828 0.000 0.156 0.016
#> SRR2052727 1 0.5839 0.63385 0.696 0.200 0.104 0.000
#> SRR2052725 1 0.3208 0.69830 0.848 0.148 0.000 0.004
#> SRR2052726 2 0.6187 0.52850 0.236 0.656 0.108 0.000
#> SRR2052724 4 0.5388 0.67042 0.012 0.456 0.000 0.532
#> SRR2052723 3 0.0524 0.75687 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2052722 3 0.4643 0.32444 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR2052721 2 0.5222 0.61686 0.112 0.756 0.132 0.000
#> SRR2052720 2 0.5200 0.61826 0.036 0.700 0.264 0.000
#> SRR2052719 1 0.3015 0.77448 0.884 0.024 0.092 0.000
#> SRR2052718 1 0.2675 0.75667 0.892 0.100 0.008 0.000
#> SRR2052717 2 0.5189 0.51687 0.012 0.616 0.372 0.000
#> SRR2052714 2 0.7841 0.23251 0.000 0.404 0.284 0.312
#> SRR2052716 3 0.1124 0.74472 0.012 0.004 0.972 0.012
#> SRR2052715 3 0.0707 0.76313 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR2052713 2 0.7554 -0.31103 0.212 0.472 0.000 0.316
#> SRR2052712 4 0.5026 0.71546 0.312 0.016 0.000 0.672
#> SRR2052711 4 0.4855 0.73821 0.004 0.352 0.000 0.644
#> SRR2052710 2 0.4070 0.59780 0.044 0.824 0.132 0.000
#> SRR2052707 3 0.0921 0.76448 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR2052709 3 0.2868 0.68334 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR2052704 3 0.0657 0.75315 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR2052705 2 0.7811 0.45444 0.260 0.404 0.336 0.000
#> SRR2052697 1 0.1833 0.76959 0.944 0.032 0.024 0.000
#> SRR2052703 3 0.2921 0.67522 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR2052696 1 0.4428 0.74945 0.808 0.068 0.124 0.000
#> SRR2052706 1 0.1389 0.75849 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2052695 1 0.6469 0.47639 0.628 0.124 0.248 0.000
#> SRR2052694 2 0.6634 0.56188 0.100 0.564 0.336 0.000
#> SRR2052692 3 0.0592 0.76649 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052693 3 0.4948 0.00225 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR2052691 2 0.6855 0.59615 0.144 0.580 0.276 0.000
#> SRR2052690 2 0.7620 0.49647 0.220 0.456 0.324 0.000
#> SRR2052689 1 0.5167 0.47733 0.644 0.000 0.340 0.016
#> SRR2052687 1 0.0524 0.73943 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2052686 1 0.2149 0.71860 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR2052688 1 0.2048 0.77417 0.928 0.008 0.064 0.000
#> SRR2052684 3 0.0895 0.74697 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR2052685 1 0.3435 0.77116 0.864 0.036 0.100 0.000
#> SRR2052683 4 0.6242 0.69410 0.308 0.080 0.000 0.612
#> SRR2052681 1 0.4741 0.53485 0.668 0.328 0.000 0.004
#> SRR2052680 4 0.5548 0.68733 0.340 0.032 0.000 0.628
#> SRR2052682 2 0.6148 -0.10693 0.468 0.484 0.048 0.000
#> SRR2052679 2 0.7780 0.44464 0.300 0.428 0.272 0.000
#> SRR2052678 3 0.3649 0.59774 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR2052677 3 0.6016 -0.07090 0.044 0.412 0.544 0.000
#> SRR2052675 1 0.7064 0.39979 0.572 0.220 0.208 0.000
#> SRR2052676 1 0.3013 0.77268 0.888 0.080 0.032 0.000
#> SRR2052674 1 0.0188 0.74135 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052672 2 0.6079 0.04490 0.000 0.492 0.464 0.044
#> SRR2052673 1 0.4388 0.74432 0.808 0.132 0.060 0.000
#> SRR2052671 1 0.3679 0.76857 0.856 0.060 0.084 0.000
#> SRR2052670 3 0.1637 0.74574 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR2052669 2 0.5420 0.54606 0.024 0.624 0.352 0.000
#> SRR2052668 2 0.4999 0.56941 0.012 0.660 0.328 0.000
#> SRR2052667 2 0.5694 0.63729 0.080 0.696 0.224 0.000
#> SRR2052666 3 0.4624 0.32381 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR2052665 2 0.5865 0.56794 0.048 0.612 0.340 0.000
#> SRR2052664 4 0.5624 0.78081 0.172 0.108 0.000 0.720
#> SRR2052663 1 0.1488 0.76190 0.956 0.032 0.012 0.000
#> SRR2052662 2 0.6141 0.59309 0.072 0.616 0.312 0.000
#> SRR2052661 2 0.2907 0.54706 0.064 0.900 0.032 0.004
#> SRR2052660 3 0.0592 0.76580 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2052659 3 0.0188 0.76529 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2052658 2 0.5141 0.61508 0.032 0.700 0.268 0.000
#> SRR2052657 2 0.5139 0.63144 0.052 0.748 0.196 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2052702 4 0.1484 0.7801 0.048 0.008 0.000 0.944 0.000
#> SRR2052701 2 0.6518 0.4567 0.292 0.560 0.036 0.112 0.000
#> SRR2052700 4 0.0609 0.7722 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2052699 1 0.2845 0.8334 0.876 0.020 0.096 0.008 0.000
#> SRR2052698 3 0.3484 0.7027 0.028 0.144 0.824 0.004 0.000
#> SRR2052708 1 0.2424 0.8694 0.912 0.012 0.008 0.056 0.012
#> SRR2052749 1 0.2387 0.8739 0.908 0.004 0.048 0.040 0.000
#> SRR2052786 2 0.5869 0.7175 0.164 0.656 0.160 0.020 0.000
#> SRR2052825 4 0.3430 0.5696 0.004 0.000 0.000 0.776 0.220
#> SRR2052824 4 0.3169 0.6636 0.004 0.016 0.000 0.840 0.140
#> SRR2052823 4 0.4354 0.6608 0.252 0.008 0.020 0.720 0.000
#> SRR2052822 3 0.4252 0.4499 0.008 0.340 0.652 0.000 0.000
#> SRR2052821 4 0.6079 0.5602 0.180 0.008 0.208 0.604 0.000
#> SRR2052820 3 0.1124 0.7355 0.036 0.004 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052819 5 0.7281 0.5025 0.008 0.064 0.136 0.260 0.532
#> SRR2052818 4 0.1041 0.7772 0.032 0.004 0.000 0.964 0.000
#> SRR2052817 3 0.1444 0.7659 0.012 0.040 0.948 0.000 0.000
#> SRR2052816 4 0.4677 0.6524 0.252 0.008 0.036 0.704 0.000
#> SRR2052815 4 0.2488 0.6860 0.004 0.000 0.000 0.872 0.124
#> SRR2052814 2 0.3793 0.2175 0.016 0.800 0.000 0.016 0.168
#> SRR2052813 3 0.8304 -0.2978 0.124 0.276 0.304 0.296 0.000
#> SRR2052812 1 0.5116 0.7146 0.724 0.016 0.100 0.160 0.000
#> SRR2052811 4 0.4608 0.5213 0.336 0.012 0.008 0.644 0.000
#> SRR2052810 4 0.0579 0.7634 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR2052809 2 0.4033 0.6315 0.016 0.744 0.236 0.004 0.000
#> SRR2052808 4 0.4816 0.6915 0.172 0.008 0.084 0.736 0.000
#> SRR2052807 5 0.0404 0.7848 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052806 1 0.2172 0.8570 0.908 0.016 0.000 0.076 0.000
#> SRR2052805 1 0.1365 0.8753 0.952 0.004 0.004 0.040 0.000
#> SRR2052804 5 0.6658 0.3884 0.096 0.008 0.036 0.304 0.556
#> SRR2052803 1 0.1857 0.8679 0.928 0.008 0.004 0.060 0.000
#> SRR2052802 5 0.0404 0.7848 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052801 5 0.0833 0.7870 0.004 0.016 0.000 0.004 0.976
#> SRR2052800 5 0.0404 0.7848 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR2052799 5 0.3532 0.7836 0.076 0.092 0.000 0.000 0.832
#> SRR2052798 1 0.1357 0.8754 0.948 0.004 0.048 0.000 0.000
#> SRR2052797 4 0.4855 0.5551 0.032 0.016 0.260 0.692 0.000
#> SRR2052796 5 0.4351 0.7627 0.132 0.100 0.000 0.000 0.768
#> SRR2052795 1 0.2754 0.8288 0.884 0.080 0.004 0.000 0.032
#> SRR2052794 5 0.2017 0.7697 0.000 0.000 0.080 0.008 0.912
#> SRR2052793 1 0.2304 0.8514 0.892 0.008 0.100 0.000 0.000
#> SRR2052792 5 0.2909 0.7229 0.000 0.000 0.140 0.012 0.848
#> SRR2052791 3 0.4446 0.2263 0.400 0.008 0.592 0.000 0.000
#> SRR2052790 3 0.4196 0.4340 0.004 0.356 0.640 0.000 0.000
#> SRR2052789 3 0.3816 0.5438 0.000 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR2052788 3 0.2424 0.7346 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.3654 0.6858 0.036 0.836 0.108 0.020 0.000
#> SRR2052785 3 0.6154 0.3580 0.016 0.308 0.568 0.108 0.000
#> SRR2052784 2 0.4817 0.3513 0.024 0.572 0.404 0.000 0.000
#> SRR2052783 2 0.3685 0.6724 0.020 0.816 0.148 0.016 0.000
#> SRR2052782 3 0.4830 -0.0634 0.020 0.488 0.492 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.4465 0.5594 0.024 0.672 0.304 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.1671 0.7588 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.4843 0.6096 0.036 0.676 0.280 0.008 0.000
#> SRR2052779 2 0.4760 0.3061 0.020 0.564 0.416 0.000 0.000
#> SRR2052778 3 0.0162 0.7626 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052776 3 0.3368 0.7225 0.016 0.120 0.844 0.020 0.000
#> SRR2052775 3 0.1965 0.7514 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.4392 0.3484 0.008 0.380 0.612 0.000 0.000
#> SRR2052772 3 0.1043 0.7663 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.4118 0.4664 0.004 0.336 0.660 0.000 0.000
#> SRR2052771 3 0.4911 0.3423 0.308 0.008 0.652 0.032 0.000
#> SRR2052769 4 0.6923 0.2544 0.016 0.380 0.056 0.488 0.060
#> SRR2052770 3 0.0955 0.7652 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR2052768 2 0.7725 0.2693 0.368 0.392 0.112 0.128 0.000
#> SRR2052767 2 0.5400 0.1121 0.056 0.576 0.004 0.364 0.000
#> SRR2052766 5 0.3180 0.7636 0.000 0.076 0.068 0.000 0.856
#> SRR2052765 4 0.0703 0.7739 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR2052763 3 0.0579 0.7593 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000
#> SRR2052764 4 0.1043 0.7783 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR2052761 3 0.2130 0.7023 0.080 0.012 0.908 0.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.5969 0.7148 0.152 0.664 0.148 0.036 0.000
#> SRR2052759 3 0.0162 0.7626 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.4193 0.6694 0.040 0.748 0.212 0.000 0.000
#> SRR2052758 3 0.0703 0.7676 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052756 2 0.6264 -0.4625 0.080 0.484 0.000 0.024 0.412
#> SRR2052757 3 0.6512 0.3022 0.020 0.284 0.548 0.148 0.000
#> SRR2052755 1 0.2124 0.8422 0.900 0.096 0.000 0.004 0.000
#> SRR2052754 5 0.3847 0.7856 0.068 0.088 0.000 0.016 0.828
#> SRR2052753 1 0.3044 0.7927 0.840 0.148 0.000 0.008 0.004
#> SRR2052752 1 0.2621 0.8397 0.876 0.008 0.112 0.004 0.000
#> SRR2052750 1 0.2430 0.8783 0.912 0.020 0.040 0.028 0.000
#> SRR2052751 1 0.4369 0.6295 0.740 0.052 0.208 0.000 0.000
#> SRR2052748 3 0.0566 0.7551 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR2052747 1 0.1492 0.8768 0.948 0.004 0.008 0.040 0.000
#> SRR2052746 3 0.1270 0.7644 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.0771 0.7490 0.020 0.004 0.976 0.000 0.000
#> SRR2052744 1 0.1701 0.8799 0.944 0.016 0.028 0.012 0.000
#> SRR2052741 2 0.6086 0.6244 0.304 0.544 0.152 0.000 0.000
#> SRR2052743 2 0.4872 0.7219 0.120 0.720 0.160 0.000 0.000
#> SRR2052740 2 0.5470 0.6612 0.268 0.628 0.104 0.000 0.000
#> SRR2052742 2 0.6797 0.4500 0.356 0.356 0.288 0.000 0.000
#> SRR2052739 4 0.2905 0.7456 0.036 0.096 0.000 0.868 0.000
#> SRR2052738 3 0.0609 0.7663 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2052736 1 0.3698 0.7907 0.832 0.104 0.052 0.012 0.000
#> SRR2052735 1 0.2249 0.8558 0.896 0.096 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052734 1 0.2758 0.8796 0.896 0.032 0.024 0.048 0.000
#> SRR2052737 2 0.6645 0.6040 0.044 0.584 0.148 0.224 0.000
#> SRR2052733 3 0.0404 0.7631 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR2052732 4 0.2439 0.7574 0.120 0.004 0.000 0.876 0.000
#> SRR2052731 3 0.0290 0.7645 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.1668 0.8707 0.940 0.032 0.000 0.028 0.000
#> SRR2052728 1 0.1772 0.8803 0.940 0.020 0.008 0.032 0.000
#> SRR2052730 3 0.6761 -0.3003 0.192 0.008 0.412 0.388 0.000
#> SRR2052727 1 0.1243 0.8777 0.960 0.008 0.004 0.028 0.000
#> SRR2052725 4 0.5072 0.6096 0.188 0.116 0.000 0.696 0.000
#> SRR2052726 1 0.1843 0.8726 0.932 0.052 0.008 0.008 0.000
#> SRR2052724 5 0.6190 0.6534 0.236 0.148 0.000 0.016 0.600
#> SRR2052723 3 0.0000 0.7611 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2052722 3 0.4182 0.4652 0.004 0.352 0.644 0.000 0.000
#> SRR2052721 1 0.1331 0.8720 0.952 0.040 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052720 2 0.4664 0.7188 0.096 0.748 0.152 0.004 0.000
#> SRR2052719 4 0.1901 0.7793 0.040 0.024 0.004 0.932 0.000
#> SRR2052718 1 0.3459 0.8286 0.832 0.052 0.000 0.116 0.000
#> SRR2052717 2 0.5082 0.6958 0.096 0.684 0.220 0.000 0.000
#> SRR2052714 5 0.7602 0.4306 0.124 0.292 0.116 0.000 0.468
#> SRR2052716 3 0.0727 0.7524 0.012 0.004 0.980 0.004 0.000
#> SRR2052715 3 0.2074 0.7511 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR2052713 1 0.4342 0.7380 0.788 0.116 0.000 0.012 0.084
#> SRR2052712 5 0.4397 0.3350 0.004 0.000 0.000 0.432 0.564
#> SRR2052711 5 0.5324 0.7006 0.040 0.304 0.000 0.020 0.636
#> SRR2052710 2 0.3344 0.6766 0.028 0.852 0.104 0.016 0.000
#> SRR2052707 3 0.1478 0.7629 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.3177 0.6765 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR2052704 3 0.0162 0.7599 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.6649 0.6536 0.236 0.536 0.212 0.016 0.000
#> SRR2052697 1 0.4236 0.6549 0.728 0.008 0.016 0.248 0.000
#> SRR2052703 3 0.2605 0.7193 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR2052696 1 0.1412 0.8775 0.952 0.004 0.008 0.036 0.000
#> SRR2052706 4 0.1412 0.7787 0.036 0.008 0.004 0.952 0.000
#> SRR2052695 4 0.5582 0.5452 0.032 0.132 0.136 0.700 0.000
#> SRR2052694 2 0.5460 0.7140 0.120 0.684 0.184 0.012 0.000
#> SRR2052692 3 0.0794 0.7673 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052693 3 0.4701 0.3817 0.016 0.368 0.612 0.004 0.000
#> SRR2052691 1 0.2270 0.8556 0.908 0.016 0.072 0.004 0.000
#> SRR2052690 1 0.5083 0.5384 0.700 0.140 0.160 0.000 0.000
#> SRR2052689 4 0.4341 0.6720 0.048 0.008 0.180 0.764 0.000
#> SRR2052687 4 0.1329 0.7781 0.032 0.008 0.004 0.956 0.000
#> SRR2052686 4 0.3354 0.7429 0.088 0.068 0.000 0.844 0.000
#> SRR2052688 4 0.1372 0.7757 0.024 0.016 0.004 0.956 0.000
#> SRR2052684 3 0.0932 0.7470 0.020 0.004 0.972 0.000 0.004
#> SRR2052685 1 0.4841 0.6686 0.716 0.012 0.052 0.220 0.000
#> SRR2052683 5 0.5927 0.7165 0.144 0.052 0.000 0.124 0.680
#> SRR2052681 4 0.4375 0.6805 0.064 0.136 0.000 0.784 0.016
#> SRR2052680 4 0.3006 0.6532 0.004 0.004 0.000 0.836 0.156
#> SRR2052682 1 0.3004 0.8525 0.864 0.108 0.008 0.020 0.000
#> SRR2052679 1 0.1638 0.8686 0.932 0.004 0.064 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.3366 0.6451 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR2052677 3 0.5442 0.1589 0.056 0.380 0.560 0.004 0.000
#> SRR2052675 1 0.3940 0.8152 0.828 0.032 0.088 0.052 0.000
#> SRR2052676 1 0.1569 0.8766 0.944 0.008 0.004 0.044 0.000
#> SRR2052674 4 0.1569 0.7789 0.044 0.008 0.004 0.944 0.000
#> SRR2052672 2 0.4689 0.3188 0.008 0.592 0.392 0.000 0.008
#> SRR2052673 1 0.3281 0.8589 0.864 0.024 0.032 0.080 0.000
#> SRR2052671 4 0.5749 0.2627 0.412 0.052 0.016 0.520 0.000
#> SRR2052670 3 0.2006 0.7582 0.012 0.072 0.916 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.5076 0.7077 0.108 0.692 0.200 0.000 0.000
#> SRR2052668 2 0.6447 0.6363 0.284 0.532 0.176 0.008 0.000
#> SRR2052667 2 0.4835 0.7238 0.128 0.736 0.132 0.004 0.000
#> SRR2052666 3 0.3929 0.6444 0.028 0.208 0.764 0.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.6362 0.6433 0.284 0.532 0.180 0.004 0.000
#> SRR2052664 5 0.4613 0.7688 0.064 0.052 0.000 0.096 0.788
#> SRR2052663 4 0.4183 0.5560 0.324 0.008 0.000 0.668 0.000
#> SRR2052662 2 0.5799 0.6996 0.220 0.612 0.168 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.3013 0.7913 0.832 0.160 0.000 0.008 0.000
#> SRR2052660 3 0.1310 0.7641 0.020 0.024 0.956 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.1041 0.7427 0.032 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.4970 0.7234 0.140 0.712 0.148 0.000 0.000
#> SRR2052657 1 0.1282 0.8618 0.952 0.044 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2052702 4 0.1738 0.6612 0.052 0.004 0.000 0.928 0.000 0.016
#> SRR2052701 2 0.6413 0.1118 0.216 0.572 0.020 0.148 0.000 0.044
#> SRR2052700 4 0.2401 0.6145 0.000 0.044 0.000 0.892 0.004 0.060
#> SRR2052699 1 0.4496 0.5470 0.704 0.180 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052698 3 0.4751 0.2160 0.000 0.392 0.560 0.044 0.000 0.004
#> SRR2052708 1 0.2506 0.7623 0.896 0.008 0.008 0.036 0.000 0.052
#> SRR2052749 1 0.1180 0.7725 0.960 0.012 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052786 2 0.3881 0.6859 0.036 0.784 0.160 0.012 0.000 0.008
#> SRR2052825 4 0.6260 0.2700 0.000 0.080 0.000 0.568 0.224 0.128
#> SRR2052824 4 0.6807 0.1655 0.000 0.140 0.000 0.508 0.220 0.132
#> SRR2052823 4 0.4225 0.5644 0.240 0.012 0.028 0.716 0.000 0.004
#> SRR2052822 3 0.4457 0.1287 0.000 0.432 0.544 0.016 0.000 0.008
#> SRR2052821 4 0.5020 0.5390 0.204 0.012 0.104 0.676 0.000 0.004
#> SRR2052820 3 0.0653 0.6496 0.012 0.004 0.980 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052819 2 0.7750 -0.2769 0.004 0.460 0.040 0.128 0.216 0.152
#> SRR2052818 4 0.0713 0.6631 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2052817 3 0.4395 0.4715 0.016 0.300 0.664 0.016 0.000 0.004
#> SRR2052816 4 0.4757 0.5354 0.264 0.016 0.040 0.672 0.000 0.008
#> SRR2052815 4 0.4593 0.4982 0.000 0.052 0.000 0.752 0.104 0.092
#> SRR2052814 6 0.3558 0.3719 0.000 0.184 0.000 0.004 0.032 0.780
#> SRR2052813 2 0.7374 0.2389 0.096 0.336 0.240 0.324 0.000 0.004
#> SRR2052812 1 0.6015 0.1106 0.512 0.048 0.068 0.364 0.000 0.008
#> SRR2052811 4 0.4059 0.5760 0.224 0.016 0.020 0.736 0.000 0.004
#> SRR2052810 4 0.1074 0.6484 0.000 0.012 0.000 0.960 0.000 0.028
#> SRR2052809 2 0.4572 0.6205 0.000 0.672 0.272 0.020 0.000 0.036
#> SRR2052808 4 0.5159 0.5484 0.196 0.016 0.104 0.676 0.000 0.008
#> SRR2052807 5 0.0146 0.6566 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR2052806 1 0.1956 0.7357 0.908 0.008 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR2052805 1 0.0696 0.7779 0.980 0.008 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052804 4 0.6852 0.4531 0.184 0.012 0.084 0.564 0.144 0.012
#> SRR2052803 1 0.1870 0.7593 0.928 0.012 0.012 0.044 0.000 0.004
#> SRR2052802 5 0.0436 0.6548 0.000 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR2052801 5 0.1155 0.6531 0.004 0.004 0.000 0.000 0.956 0.036
#> SRR2052800 5 0.0291 0.6566 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR2052799 5 0.3834 0.5883 0.044 0.024 0.000 0.000 0.792 0.140
#> SRR2052798 1 0.0984 0.7774 0.968 0.008 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052797 4 0.3046 0.6112 0.028 0.008 0.112 0.848 0.000 0.004
#> SRR2052796 5 0.5396 0.4270 0.196 0.052 0.000 0.000 0.660 0.092
#> SRR2052795 1 0.4253 0.6801 0.776 0.072 0.008 0.000 0.020 0.124
#> SRR2052794 5 0.2213 0.6017 0.000 0.008 0.100 0.000 0.888 0.004
#> SRR2052793 1 0.1655 0.7678 0.940 0.012 0.032 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052792 5 0.2308 0.5957 0.000 0.008 0.108 0.000 0.880 0.004
#> SRR2052791 1 0.4713 0.4831 0.672 0.044 0.264 0.016 0.000 0.004
#> SRR2052790 2 0.4306 0.1882 0.000 0.520 0.464 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052789 3 0.3819 0.4840 0.000 0.316 0.672 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052788 3 0.3659 0.4068 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052787 2 0.2892 0.6720 0.000 0.840 0.136 0.004 0.000 0.020
#> SRR2052785 2 0.5007 0.5046 0.000 0.592 0.340 0.052 0.000 0.016
#> SRR2052784 2 0.3942 0.4907 0.000 0.624 0.368 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052783 2 0.5593 0.5672 0.000 0.580 0.180 0.008 0.000 0.232
#> SRR2052782 2 0.4251 0.5225 0.000 0.624 0.348 0.028 0.000 0.000
#> SRR2052781 2 0.3337 0.6423 0.000 0.736 0.260 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052780 3 0.3337 0.5685 0.000 0.260 0.736 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052777 2 0.4357 0.5970 0.000 0.660 0.304 0.020 0.000 0.016
#> SRR2052779 2 0.4048 0.5408 0.000 0.644 0.340 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052778 3 0.2003 0.6793 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052776 3 0.4334 0.2139 0.000 0.408 0.568 0.024 0.000 0.000
#> SRR2052775 3 0.2454 0.6616 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052773 3 0.4380 0.1288 0.000 0.436 0.544 0.012 0.000 0.008
#> SRR2052772 3 0.2912 0.6182 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052774 3 0.3975 0.3058 0.000 0.392 0.600 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052771 3 0.6039 -0.2216 0.420 0.020 0.444 0.108 0.000 0.008
#> SRR2052769 6 0.5784 0.2065 0.000 0.068 0.020 0.380 0.016 0.516
#> SRR2052770 3 0.2597 0.5408 0.000 0.004 0.868 0.112 0.004 0.012
#> SRR2052768 4 0.8394 0.0514 0.260 0.124 0.088 0.340 0.000 0.188
#> SRR2052767 6 0.5458 0.1978 0.004 0.112 0.000 0.372 0.000 0.512
#> SRR2052766 5 0.5512 0.1237 0.000 0.008 0.420 0.000 0.472 0.100
#> SRR2052765 4 0.1088 0.6496 0.000 0.016 0.000 0.960 0.000 0.024
#> SRR2052763 3 0.0665 0.6595 0.004 0.008 0.980 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052764 4 0.1275 0.6576 0.012 0.016 0.000 0.956 0.000 0.016
#> SRR2052761 3 0.2685 0.5977 0.068 0.036 0.880 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052760 2 0.7128 0.5260 0.096 0.560 0.168 0.088 0.000 0.088
#> SRR2052759 3 0.0865 0.6773 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052762 2 0.3271 0.6618 0.000 0.760 0.232 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052758 3 0.1387 0.6845 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052756 6 0.5273 0.2403 0.044 0.124 0.000 0.000 0.152 0.680
#> SRR2052757 3 0.5791 -0.1036 0.000 0.380 0.440 0.180 0.000 0.000
#> SRR2052755 1 0.3878 0.6817 0.772 0.116 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2052754 5 0.5515 0.5064 0.072 0.084 0.000 0.008 0.680 0.156
#> SRR2052753 1 0.5065 0.5568 0.664 0.128 0.000 0.000 0.012 0.196
#> SRR2052752 1 0.1194 0.7746 0.956 0.008 0.032 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052750 1 0.3531 0.7229 0.804 0.152 0.008 0.004 0.000 0.032
#> SRR2052751 1 0.5823 0.2553 0.568 0.172 0.244 0.012 0.000 0.004
#> SRR2052748 3 0.0363 0.6561 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052747 1 0.0924 0.7749 0.972 0.008 0.008 0.008 0.000 0.004
#> SRR2052746 3 0.2520 0.6658 0.000 0.152 0.844 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052745 3 0.0508 0.6459 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052744 1 0.2698 0.7593 0.872 0.096 0.008 0.004 0.000 0.020
#> SRR2052741 2 0.5131 0.5713 0.200 0.640 0.156 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052743 2 0.3523 0.6841 0.028 0.796 0.164 0.000 0.000 0.012
#> SRR2052740 2 0.5397 0.5280 0.216 0.652 0.096 0.004 0.000 0.032
#> SRR2052742 2 0.5894 0.3882 0.216 0.452 0.332 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052739 4 0.2882 0.6078 0.004 0.076 0.000 0.860 0.000 0.060
#> SRR2052738 3 0.1444 0.6846 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052736 1 0.3988 0.6470 0.756 0.200 0.024 0.012 0.000 0.008
#> SRR2052735 1 0.3239 0.7246 0.816 0.152 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052734 1 0.1750 0.7784 0.932 0.040 0.012 0.016 0.000 0.000
#> SRR2052737 2 0.4467 0.6621 0.000 0.724 0.184 0.080 0.000 0.012
#> SRR2052733 3 0.0837 0.6713 0.000 0.020 0.972 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052732 4 0.2553 0.6362 0.144 0.000 0.000 0.848 0.000 0.008
#> SRR2052731 3 0.1444 0.6852 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052729 1 0.1934 0.7629 0.916 0.040 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052728 1 0.1375 0.7794 0.952 0.028 0.004 0.008 0.000 0.008
#> SRR2052730 4 0.6034 0.3519 0.184 0.016 0.292 0.508 0.000 0.000
#> SRR2052727 1 0.0862 0.7783 0.972 0.016 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052725 4 0.7373 -0.0643 0.156 0.180 0.000 0.388 0.000 0.276
#> SRR2052726 1 0.1845 0.7708 0.916 0.072 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052724 1 0.6967 0.0247 0.440 0.080 0.000 0.000 0.244 0.236
#> SRR2052723 3 0.0713 0.6745 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052722 2 0.4080 0.2229 0.000 0.536 0.456 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052721 1 0.2078 0.7655 0.912 0.040 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR2052720 2 0.3099 0.6825 0.008 0.820 0.160 0.004 0.000 0.008
#> SRR2052719 4 0.1078 0.6610 0.016 0.012 0.000 0.964 0.000 0.008
#> SRR2052718 1 0.2781 0.7372 0.868 0.008 0.000 0.084 0.000 0.040
#> SRR2052717 2 0.4066 0.6416 0.004 0.696 0.272 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052714 6 0.8737 0.0467 0.224 0.184 0.100 0.000 0.228 0.264
#> SRR2052716 3 0.0692 0.6714 0.000 0.020 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052715 3 0.2794 0.6665 0.000 0.144 0.840 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052713 1 0.4978 0.5976 0.704 0.104 0.000 0.000 0.036 0.156
#> SRR2052712 4 0.5682 0.1280 0.000 0.040 0.000 0.500 0.396 0.064
#> SRR2052711 6 0.5502 0.0491 0.008 0.116 0.000 0.000 0.332 0.544
#> SRR2052710 2 0.4627 0.6037 0.000 0.716 0.108 0.012 0.000 0.164
#> SRR2052707 3 0.3765 0.2869 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052709 3 0.4039 0.2229 0.000 0.424 0.568 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052704 3 0.0458 0.6638 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052705 2 0.4766 0.6558 0.084 0.684 0.220 0.012 0.000 0.000
#> SRR2052697 1 0.4830 0.0043 0.532 0.016 0.020 0.428 0.000 0.004
#> SRR2052703 3 0.3265 0.5859 0.000 0.248 0.748 0.000 0.000 0.004
#> SRR2052696 1 0.1230 0.7766 0.956 0.008 0.008 0.000 0.000 0.028
#> SRR2052706 4 0.1080 0.6632 0.032 0.004 0.004 0.960 0.000 0.000
#> SRR2052695 4 0.4830 0.3935 0.008 0.128 0.136 0.716 0.000 0.012
#> SRR2052694 2 0.3183 0.6805 0.004 0.788 0.200 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052692 3 0.1610 0.6840 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052693 2 0.4079 0.4619 0.000 0.608 0.380 0.004 0.000 0.008
#> SRR2052691 1 0.2867 0.7632 0.872 0.064 0.040 0.000 0.000 0.024
#> SRR2052690 2 0.5548 0.5322 0.248 0.596 0.144 0.004 0.000 0.008
#> SRR2052689 4 0.3380 0.6265 0.040 0.012 0.104 0.836 0.000 0.008
#> SRR2052687 4 0.0603 0.6545 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR2052686 4 0.5457 0.4583 0.068 0.072 0.000 0.652 0.000 0.208
#> SRR2052688 4 0.1340 0.6494 0.008 0.040 0.000 0.948 0.000 0.004
#> SRR2052684 3 0.0260 0.6530 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052685 1 0.5341 0.0759 0.532 0.020 0.052 0.392 0.000 0.004
#> SRR2052683 5 0.7954 0.2422 0.140 0.128 0.000 0.068 0.428 0.236
#> SRR2052681 4 0.6142 0.0248 0.004 0.384 0.000 0.464 0.028 0.120
#> SRR2052680 4 0.5933 0.3431 0.000 0.080 0.000 0.620 0.176 0.124
#> SRR2052682 1 0.3304 0.7253 0.804 0.172 0.004 0.008 0.000 0.012
#> SRR2052679 1 0.0993 0.7755 0.964 0.012 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052678 3 0.3833 0.4456 0.000 0.344 0.648 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052677 2 0.5536 0.3804 0.028 0.516 0.396 0.056 0.000 0.004
#> SRR2052675 1 0.4674 0.6392 0.760 0.072 0.064 0.096 0.000 0.008
#> SRR2052676 1 0.0810 0.7787 0.976 0.008 0.004 0.004 0.000 0.008
#> SRR2052674 4 0.1410 0.6632 0.044 0.004 0.000 0.944 0.000 0.008
#> SRR2052672 3 0.5983 -0.1622 0.000 0.400 0.432 0.000 0.012 0.156
#> SRR2052673 1 0.3052 0.7474 0.868 0.048 0.020 0.056 0.000 0.008
#> SRR2052671 4 0.4731 0.5234 0.264 0.020 0.028 0.676 0.000 0.012
#> SRR2052670 3 0.2912 0.6191 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052669 2 0.3323 0.6828 0.008 0.784 0.200 0.004 0.000 0.004
#> SRR2052668 1 0.7110 -0.2248 0.368 0.344 0.196 0.000 0.000 0.092
#> SRR2052667 2 0.3197 0.6777 0.016 0.828 0.140 0.004 0.000 0.012
#> SRR2052666 3 0.4294 0.3022 0.012 0.388 0.592 0.008 0.000 0.000
#> SRR2052665 2 0.6379 0.3931 0.316 0.448 0.216 0.004 0.000 0.016
#> SRR2052664 5 0.6994 0.3729 0.068 0.136 0.000 0.044 0.540 0.212
#> SRR2052663 4 0.3614 0.5608 0.260 0.004 0.004 0.728 0.000 0.004
#> SRR2052662 2 0.3903 0.6822 0.060 0.764 0.172 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052661 1 0.4243 0.6489 0.736 0.132 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2052660 3 0.2454 0.6599 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR2052659 3 0.1606 0.6780 0.008 0.056 0.932 0.004 0.000 0.000
#> SRR2052658 2 0.3601 0.6840 0.040 0.792 0.160 0.000 0.000 0.008
#> SRR2052657 1 0.2588 0.7576 0.888 0.040 0.008 0.000 0.004 0.060
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0