Date: 2019-12-26 01:11:07 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 9126 192
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:hclust | 3 | 1.000 | 0.993 | 0.997 | ** | 2 |
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.996 | 0.981 | ** | |
| SD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.996 | 0.998 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.994 | 0.998 | ** | |
| CV:skmeans | 3 | 1.000 | 0.989 | 0.996 | ** | 2 |
| CV:pam | 3 | 1.000 | 0.976 | 0.981 | ** | 2 |
| CV:NMF | 2 | 1.000 | 0.995 | 0.998 | ** | |
| MAD:hclust | 3 | 1.000 | 0.995 | 0.998 | ** | 2 |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.999 | 0.995 | ** | |
| MAD:skmeans | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | |
| MAD:mclust | 4 | 1.000 | 0.966 | 0.983 | ** | 2 |
| MAD:NMF | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:skmeans | 2 | 1.000 | 0.994 | 0.998 | ** | |
| ATC:mclust | 4 | 1.000 | 0.966 | 0.984 | ** | 2 |
| ATC:NMF | 3 | 1.000 | 0.977 | 0.987 | ** | 2 |
| CV:hclust | 3 | 0.985 | 0.985 | 0.978 | ** | 2 |
| ATC:hclust | 4 | 0.980 | 0.964 | 0.980 | ** | 2 |
| MAD:pam | 4 | 0.948 | 0.903 | 0.964 | * | 2 |
| SD:mclust | 5 | 0.947 | 0.916 | 0.948 | * | 2 |
| ATC:pam | 4 | 0.942 | 0.906 | 0.960 | * | 2,3 |
| SD:pam | 4 | 0.938 | 0.890 | 0.959 | * | 2 |
| CV:mclust | 4 | 0.932 | 0.912 | 0.947 | * | 2 |
| SD:NMF | 3 | 0.919 | 0.900 | 0.949 | * | 2 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1 0.994 0.998 0.499 0.502 0.502
#> CV:NMF 2 1 0.995 0.998 0.499 0.502 0.502
#> MAD:NMF 2 1 0.997 0.999 0.499 0.502 0.502
#> ATC:NMF 2 1 0.996 0.998 0.499 0.502 0.502
#> SD:skmeans 2 1 0.996 0.998 0.501 0.499 0.499
#> CV:skmeans 2 1 0.999 1.000 0.503 0.498 0.498
#> MAD:skmeans 2 1 0.997 0.999 0.501 0.499 0.499
#> ATC:skmeans 2 1 0.994 0.998 0.501 0.499 0.499
#> SD:mclust 2 1 0.980 0.990 0.499 0.501 0.501
#> CV:mclust 2 1 0.992 0.996 0.495 0.507 0.507
#> MAD:mclust 2 1 0.988 0.994 0.493 0.507 0.507
#> ATC:mclust 2 1 0.992 0.997 0.493 0.507 0.507
#> SD:kmeans 2 1 0.996 0.981 0.483 0.499 0.499
#> CV:kmeans 2 1 0.994 0.998 0.502 0.498 0.498
#> MAD:kmeans 2 1 0.999 0.995 0.497 0.499 0.499
#> ATC:kmeans 2 1 1.000 1.000 0.501 0.499 0.499
#> SD:pam 2 1 1.000 1.000 0.502 0.499 0.499
#> CV:pam 2 1 0.994 0.998 0.503 0.498 0.498
#> MAD:pam 2 1 1.000 1.000 0.502 0.499 0.499
#> ATC:pam 2 1 0.997 0.999 0.502 0.499 0.499
#> SD:hclust 2 1 0.998 0.999 0.501 0.500 0.500
#> CV:hclust 2 1 0.992 0.997 0.503 0.497 0.497
#> MAD:hclust 2 1 0.998 0.999 0.501 0.500 0.500
#> ATC:hclust 2 1 0.995 0.998 0.501 0.500 0.500
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.919 0.900 0.949 0.0886 0.953 0.906
#> CV:NMF 3 0.814 0.859 0.920 0.1658 0.925 0.852
#> MAD:NMF 3 0.832 0.713 0.916 0.1169 0.984 0.968
#> ATC:NMF 3 1.000 0.977 0.987 0.0578 0.958 0.916
#> SD:skmeans 3 0.856 0.925 0.947 0.1280 0.950 0.900
#> CV:skmeans 3 1.000 0.989 0.996 0.1029 0.942 0.883
#> MAD:skmeans 3 0.841 0.930 0.950 0.1240 0.950 0.900
#> ATC:skmeans 3 0.845 0.919 0.939 0.1121 0.951 0.903
#> SD:mclust 3 0.829 0.820 0.897 0.2016 0.924 0.848
#> CV:mclust 3 0.838 0.896 0.943 0.2076 0.907 0.816
#> MAD:mclust 3 0.881 0.918 0.939 0.2897 0.855 0.713
#> ATC:mclust 3 0.828 0.916 0.917 0.2749 0.838 0.680
#> SD:kmeans 3 0.838 0.904 0.922 0.1712 0.967 0.933
#> CV:kmeans 3 0.844 0.855 0.882 0.1619 0.947 0.894
#> MAD:kmeans 3 0.838 0.893 0.917 0.1440 0.967 0.933
#> ATC:kmeans 3 0.844 0.878 0.911 0.1311 0.967 0.933
#> SD:pam 3 0.825 0.839 0.863 0.1939 0.854 0.709
#> CV:pam 3 1.000 0.976 0.981 0.1080 0.948 0.896
#> MAD:pam 3 0.823 0.884 0.897 0.2211 0.856 0.713
#> ATC:pam 3 0.963 0.923 0.970 0.2765 0.854 0.709
#> SD:hclust 3 1.000 0.993 0.997 0.0520 0.973 0.946
#> CV:hclust 3 0.985 0.985 0.978 0.0746 0.949 0.897
#> MAD:hclust 3 1.000 0.995 0.998 0.0524 0.973 0.946
#> ATC:hclust 3 1.000 0.978 0.985 0.0318 0.977 0.954
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.802 0.881 0.909 0.06348 1.000 1.000
#> CV:NMF 4 0.753 0.882 0.902 0.03195 0.978 0.952
#> MAD:NMF 4 0.760 0.844 0.902 0.04021 0.973 0.946
#> ATC:NMF 4 0.980 0.934 0.963 0.04303 0.990 0.978
#> SD:skmeans 4 0.747 0.764 0.786 0.13949 0.870 0.713
#> CV:skmeans 4 0.974 0.938 0.963 0.04279 0.998 0.996
#> MAD:skmeans 4 0.792 0.889 0.830 0.13625 0.865 0.705
#> ATC:skmeans 4 0.832 0.723 0.866 0.09287 0.973 0.942
#> SD:mclust 4 0.794 0.921 0.887 0.14603 0.864 0.686
#> CV:mclust 4 0.932 0.912 0.947 0.15098 0.883 0.723
#> MAD:mclust 4 1.000 0.966 0.983 0.09113 0.933 0.816
#> ATC:mclust 4 1.000 0.966 0.984 0.09876 0.964 0.895
#> SD:kmeans 4 0.773 0.918 0.864 0.13101 0.867 0.715
#> CV:kmeans 4 0.783 0.920 0.895 0.12522 0.866 0.705
#> MAD:kmeans 4 0.768 0.918 0.860 0.12762 0.867 0.715
#> ATC:kmeans 4 0.764 0.913 0.857 0.12338 0.863 0.709
#> SD:pam 4 0.938 0.890 0.959 0.11573 0.956 0.881
#> CV:pam 4 0.899 0.889 0.943 0.19013 0.891 0.757
#> MAD:pam 4 0.948 0.903 0.964 0.09165 0.914 0.778
#> ATC:pam 4 0.942 0.906 0.960 0.03460 0.977 0.935
#> SD:hclust 4 0.988 0.980 0.992 0.02881 0.984 0.965
#> CV:hclust 4 0.964 0.961 0.976 0.00507 0.999 0.999
#> MAD:hclust 4 1.000 0.975 0.991 0.03328 0.984 0.965
#> ATC:hclust 4 0.980 0.964 0.980 0.03401 0.973 0.944
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.732 0.700 0.857 0.0613 0.956 0.905
#> CV:NMF 5 0.671 0.819 0.863 0.0396 0.999 0.997
#> MAD:NMF 5 0.656 0.677 0.852 0.0563 0.977 0.952
#> ATC:NMF 5 0.963 0.890 0.938 0.0378 1.000 1.000
#> SD:skmeans 5 0.725 0.825 0.810 0.0902 0.871 0.627
#> CV:skmeans 5 0.774 0.879 0.907 0.0635 0.995 0.988
#> MAD:skmeans 5 0.726 0.778 0.762 0.0596 0.967 0.904
#> ATC:skmeans 5 0.821 0.887 0.875 0.0659 0.871 0.709
#> SD:mclust 5 0.947 0.916 0.948 0.1213 0.917 0.725
#> CV:mclust 5 0.731 0.645 0.814 0.0998 0.964 0.884
#> MAD:mclust 5 0.883 0.890 0.921 0.0908 0.924 0.752
#> ATC:mclust 5 0.882 0.913 0.920 0.0441 0.996 0.986
#> SD:kmeans 5 0.757 0.866 0.857 0.0708 0.993 0.979
#> CV:kmeans 5 0.736 0.841 0.865 0.0671 0.994 0.980
#> MAD:kmeans 5 0.749 0.746 0.820 0.0818 0.979 0.938
#> ATC:kmeans 5 0.752 0.809 0.843 0.0864 0.989 0.967
#> SD:pam 5 0.792 0.781 0.893 0.0942 0.923 0.768
#> CV:pam 5 0.722 0.850 0.878 0.0455 0.998 0.994
#> MAD:pam 5 0.761 0.680 0.786 0.0877 0.893 0.681
#> ATC:pam 5 0.774 0.801 0.846 0.1037 0.909 0.728
#> SD:hclust 5 1.000 0.965 0.990 0.0067 1.000 1.000
#> CV:hclust 5 0.964 0.967 0.976 0.0131 0.990 0.977
#> MAD:hclust 5 1.000 0.968 0.988 0.0179 0.984 0.965
#> ATC:hclust 5 1.000 0.969 0.985 0.0124 1.000 0.999
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.716 0.717 0.841 0.04422 0.925 0.830
#> CV:NMF 6 0.687 0.687 0.842 0.02229 0.958 0.905
#> MAD:NMF 6 0.665 0.666 0.821 0.03670 0.953 0.896
#> ATC:NMF 6 0.851 0.870 0.921 0.03350 0.980 0.956
#> SD:skmeans 6 0.696 0.828 0.825 0.04161 0.973 0.893
#> CV:skmeans 6 0.637 0.812 0.840 0.05887 1.000 0.999
#> MAD:skmeans 6 0.669 0.350 0.615 0.03913 0.801 0.508
#> ATC:skmeans 6 0.725 0.857 0.850 0.05096 0.987 0.960
#> SD:mclust 6 0.875 0.862 0.900 0.03073 0.988 0.949
#> CV:mclust 6 0.696 0.593 0.770 0.05028 0.925 0.736
#> MAD:mclust 6 0.781 0.753 0.845 0.03875 0.968 0.863
#> ATC:mclust 6 0.824 0.830 0.880 0.06258 0.927 0.759
#> SD:kmeans 6 0.734 0.893 0.858 0.06104 0.899 0.690
#> CV:kmeans 6 0.802 0.810 0.842 0.04232 0.976 0.928
#> MAD:kmeans 6 0.736 0.880 0.847 0.05393 0.908 0.710
#> ATC:kmeans 6 0.726 0.898 0.857 0.06113 0.894 0.678
#> SD:pam 6 0.799 0.784 0.908 0.01966 0.979 0.918
#> CV:pam 6 0.713 0.820 0.866 0.01132 0.998 0.994
#> MAD:pam 6 0.772 0.760 0.868 0.01579 0.948 0.801
#> ATC:pam 6 0.759 0.759 0.864 0.01731 0.974 0.897
#> SD:hclust 6 1.000 0.964 0.989 0.01762 0.984 0.965
#> CV:hclust 6 0.975 0.973 0.980 0.00425 1.000 0.999
#> MAD:hclust 6 0.994 0.963 0.991 0.01135 0.994 0.988
#> ATC:hclust 6 1.000 0.962 0.990 0.01599 1.000 1.000
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 913, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1826, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2738, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3650, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4563, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 913, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1826, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2738, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3650, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4563, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 913)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1826)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2738)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3650)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4563)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.998 0.999 0.5006 0.500 0.500
#> 3 3 1.000 0.993 0.997 0.0520 0.973 0.946
#> 4 4 0.988 0.980 0.992 0.0288 0.984 0.965
#> 5 5 1.000 0.965 0.990 0.0067 1.000 1.000
#> 6 6 1.000 0.964 0.989 0.0176 0.984 0.965
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.0376 0.995 0.004 0.996
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.3274 0.936 0.060 0.940
#> SRR2074893 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.4815 0.885 0.104 0.896
#> SRR2074744 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.0000 0.933 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074919 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR2074920 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR2074917 3 0.5678 0.542 0.316 0.000 0.684
#> SRR2074918 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074916 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR2074911 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074910 2 0.0237 0.993 0.004 0.996 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.2066 0.918 0.060 0.940 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR2074878 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.1964 0.936 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074859 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.3038 0.852 0.104 0.896 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074741 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.121 0.810 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR2074919 3 0.000 0.828 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.000 0.828 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.448 0.317 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR2074918 4 0.331 0.841 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR2074916 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.000 0.828 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.428 0.731 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR2074910 2 0.281 0.805 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2074909 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.431 0.697 0.056 0.812 0.000 0.132
#> SRR2074893 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.000 0.828 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.156 0.936 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2074859 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.505 0.590 0.100 0.768 0.000 0.132
#> SRR2074744 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 4 0.331 0.841 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR2074741 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.181 0.7284 0.000 0.000 0.928 0.012 0.060
#> SRR2074919 3 0.000 0.7750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.000 0.7750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.386 0.2066 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR2074918 5 0.141 1.0000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2074916 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.000 0.7750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.404 0.0000 0.000 0.276 0.000 0.712 0.012
#> SRR2074910 2 0.366 0.4308 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2074909 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.489 0.2408 0.056 0.668 0.000 0.276 0.000
#> SRR2074893 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.000 0.7750 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.134 0.9362 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.547 0.0593 0.100 0.624 0.000 0.276 0.000
#> SRR2074744 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 5 0.141 1.0000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR2074741 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.000 0.9993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.3752 0.569 0.000 0.000 0.772 0.064 0.000 0.164
#> SRR2074919 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.4493 0.174 0.312 0.000 0.636 0.052 0.000 0.000
#> SRR2074918 5 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074916 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.2527 0.712 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.2562 0.703 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 6 0.2527 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2074910 4 0.2003 -0.218 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 4 0.4672 0.430 0.056 0.348 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.734 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.1285 0.938 0.944 0.000 0.004 0.052 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 4 0.5027 0.448 0.100 0.304 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 5 0.0146 0.998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074741 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.996 0.981 0.4834 0.499 0.499
#> 3 3 0.838 0.904 0.922 0.1712 0.967 0.933
#> 4 4 0.773 0.918 0.864 0.1310 0.867 0.715
#> 5 5 0.757 0.866 0.857 0.0708 0.993 0.979
#> 6 6 0.734 0.893 0.858 0.0610 0.899 0.690
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.000 0.957 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.000 0.957 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.000 0.957 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.000 0.957 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.260 0.954 0.044 0.956
#> SRR2074916 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074913 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.000 0.957 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074907 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074908 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074904 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074901 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074899 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074894 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074893 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074891 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074890 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074884 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074880 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.000 0.957 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074877 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074875 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074873 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074871 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074869 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074868 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074867 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074864 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074863 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074862 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074861 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074860 1 0.000 0.957 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074858 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074856 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074854 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074853 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074852 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074850 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074849 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074848 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074847 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074846 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074845 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074843 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074842 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074838 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074834 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074832 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074829 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074830 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074828 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074827 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074822 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074815 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074812 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074805 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074803 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074801 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074802 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074798 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074797 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074795 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074791 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074790 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074788 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074787 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074786 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074784 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074783 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074779 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074778 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074774 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074773 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074770 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074769 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074765 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074764 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074762 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074757 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074754 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074753 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074751 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074749 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074748 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074747 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074746 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074744 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.224 0.963 0.036 0.964
#> SRR2074741 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074740 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074738 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074734 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.260 0.996 0.956 0.044
#> SRR2074732 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.260 0.996 0.956 0.044
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.5529 0.900 0.296 0.000 0.704
#> SRR2074919 3 0.5529 0.900 0.296 0.000 0.704
#> SRR2074920 3 0.5529 0.900 0.296 0.000 0.704
#> SRR2074917 3 0.5529 0.900 0.296 0.000 0.704
#> SRR2074918 3 0.5650 0.376 0.000 0.312 0.688
#> SRR2074916 2 0.5397 0.808 0.000 0.720 0.280
#> SRR2074915 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074913 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.5529 0.900 0.296 0.000 0.704
#> SRR2074911 2 0.2878 0.851 0.000 0.904 0.096
#> SRR2074910 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074909 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074907 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074908 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074905 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074904 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074897 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074896 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074894 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074890 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074886 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074885 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074884 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074883 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074882 1 0.0237 0.987 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074880 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074881 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.5529 0.900 0.296 0.000 0.704
#> SRR2074878 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074874 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074872 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074869 1 0.0747 0.985 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074868 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074864 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074863 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074862 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074859 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074857 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0592 0.986 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074852 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074851 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074845 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074840 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074839 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074836 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074837 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074834 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0747 0.985 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074832 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074827 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074824 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074823 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074821 2 0.1031 0.868 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074820 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074819 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074816 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074815 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074813 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074809 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074810 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074808 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074805 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074804 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074803 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074801 1 0.0592 0.986 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074802 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074800 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074797 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074796 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074793 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074791 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074789 1 0.0592 0.985 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074788 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074784 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074783 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074782 1 0.0424 0.986 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074779 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074775 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074774 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074770 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074769 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074768 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074766 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074761 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074757 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074756 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074754 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074753 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074749 2 0.2261 0.859 0.000 0.932 0.068
#> SRR2074750 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074747 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074744 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 2 0.6154 0.374 0.000 0.592 0.408
#> SRR2074741 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074740 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0237 0.987 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074738 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.5058 0.816 0.000 0.756 0.244
#> SRR2074736 2 0.0000 0.872 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074734 2 0.2165 0.860 0.000 0.936 0.064
#> SRR2074733 1 0.1031 0.983 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074732 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074731 2 0.5431 0.807 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074730 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0469 0.9606 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2074919 3 0.0469 0.9606 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2074920 3 0.0469 0.9606 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2074917 3 0.0804 0.9583 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR2074918 3 0.6238 0.7146 0.000 0.084 0.620 0.296
#> SRR2074916 4 0.4776 0.9435 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR2074915 2 0.3444 0.7070 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR2074914 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074913 2 0.3626 0.7062 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR2074912 3 0.0469 0.9606 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2074911 2 0.4624 0.4676 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR2074910 2 0.3668 0.7006 0.000 0.808 0.004 0.188
#> SRR2074909 1 0.4485 0.8494 0.772 0.000 0.028 0.200
#> SRR2074907 1 0.3760 0.8741 0.836 0.000 0.028 0.136
#> SRR2074908 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074906 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074905 1 0.1109 0.9109 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR2074904 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0188 0.9124 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074899 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074897 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074896 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074895 1 0.4010 0.8646 0.816 0.000 0.028 0.156
#> SRR2074894 2 0.3632 0.7339 0.008 0.832 0.004 0.156
#> SRR2074893 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0592 0.9105 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074891 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074890 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074887 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074889 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074886 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074885 1 0.0895 0.9123 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR2074884 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074883 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074882 1 0.0376 0.9130 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074880 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074881 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0469 0.9606 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2074878 1 0.0188 0.9122 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074877 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074874 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074872 1 0.0188 0.9122 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074871 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074870 1 0.0921 0.9116 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074869 1 0.2142 0.9022 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR2074868 1 0.0188 0.9122 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074867 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074864 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074863 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074862 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.4104 0.8625 0.808 0.000 0.028 0.164
#> SRR2074859 1 0.0188 0.9122 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074858 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074857 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0188 0.9122 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074854 1 0.0188 0.9123 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074853 1 0.2060 0.9030 0.932 0.000 0.016 0.052
#> SRR2074852 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074851 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0817 0.9075 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074849 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0188 0.9134 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074846 1 0.0188 0.9124 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074845 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0817 0.9075 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074842 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074840 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074839 1 0.0817 0.9075 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074838 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074836 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074837 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074834 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074833 1 0.2861 0.8931 0.888 0.000 0.016 0.096
#> SRR2074832 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0707 0.9068 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074829 1 0.0188 0.9124 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074830 1 0.0188 0.9122 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074828 1 0.4307 0.8538 0.784 0.000 0.024 0.192
#> SRR2074827 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074825 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074824 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074823 1 0.0817 0.9075 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074822 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074821 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074819 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074818 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074816 1 0.4485 0.8494 0.772 0.000 0.028 0.200
#> SRR2074815 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074813 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074809 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074810 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074811 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074808 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074805 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074804 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074803 1 0.1389 0.9079 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074801 1 0.2271 0.9011 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR2074802 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074799 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074800 1 0.0817 0.9075 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074798 1 0.4524 0.8478 0.768 0.000 0.028 0.204
#> SRR2074797 1 0.0817 0.9075 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074795 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074796 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074793 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074791 1 0.0707 0.9068 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074790 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074789 1 0.0927 0.9123 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR2074788 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074784 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074783 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074782 1 0.0469 0.9137 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074779 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074776 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074775 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074774 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074771 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074772 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074770 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074769 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074768 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074766 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0592 0.9105 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074765 1 0.0188 0.9122 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074764 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074763 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074761 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.4365 0.8526 0.784 0.000 0.028 0.188
#> SRR2074757 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074756 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074755 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074754 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074753 2 0.2888 0.7867 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR2074752 1 0.0188 0.9134 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074751 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074749 2 0.0817 0.9165 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074750 1 0.0592 0.9105 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074748 1 0.4485 0.8494 0.772 0.000 0.028 0.200
#> SRR2074747 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.4485 0.8515 0.772 0.000 0.028 0.200
#> SRR2074744 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074743 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074742 2 0.7782 -0.0713 0.000 0.428 0.276 0.296
#> SRR2074741 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074740 2 0.0188 0.9507 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074739 1 0.0469 0.9117 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074738 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 4 0.4972 0.9113 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR2074736 2 0.0000 0.9514 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074734 2 0.1792 0.8366 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2074733 1 0.4406 0.8519 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR2074732 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074731 4 0.4877 0.9965 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074730 1 0.0000 0.9130 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0609 0.980 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074919 3 0.0162 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074920 3 0.0162 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074917 3 0.1282 0.962 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR2074918 5 0.7365 0.413 0.000 0.096 0.232 0.148 0.524
#> SRR2074916 2 0.1522 0.908 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> SRR2074915 4 0.4795 0.153 0.000 0.072 0.000 0.704 0.224
#> SRR2074914 1 0.4182 0.711 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2074913 4 0.4676 0.208 0.000 0.072 0.000 0.720 0.208
#> SRR2074912 3 0.0162 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074911 5 0.6188 0.627 0.000 0.160 0.000 0.316 0.524
#> SRR2074910 4 0.5500 -0.393 0.000 0.072 0.000 0.552 0.376
#> SRR2074909 1 0.4547 0.708 0.588 0.000 0.000 0.012 0.400
#> SRR2074907 1 0.4165 0.743 0.672 0.000 0.000 0.008 0.320
#> SRR2074908 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074906 2 0.0609 0.982 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074905 1 0.1877 0.828 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR2074904 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074903 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074902 1 0.0162 0.832 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074901 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074900 1 0.0992 0.829 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR2074899 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074895 1 0.4060 0.726 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR2074894 4 0.2189 0.692 0.000 0.084 0.000 0.904 0.012
#> SRR2074893 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074892 1 0.1469 0.824 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR2074891 1 0.4182 0.711 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2074890 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074887 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074889 2 0.0162 0.988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074886 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.1597 0.830 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR2074884 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0324 0.833 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074880 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074879 3 0.0162 0.989 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074878 1 0.0162 0.831 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074877 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074876 1 0.0703 0.831 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.831 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0566 0.828 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074871 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074870 1 0.2153 0.826 0.916 0.000 0.000 0.044 0.040
#> SRR2074869 1 0.2707 0.809 0.860 0.000 0.000 0.008 0.132
#> SRR2074868 1 0.0566 0.828 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074867 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074866 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074865 1 0.4182 0.711 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2074864 1 0.4425 0.711 0.600 0.000 0.000 0.008 0.392
#> SRR2074863 1 0.4182 0.711 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2074862 1 0.0162 0.831 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.831 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.4088 0.713 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074859 1 0.0566 0.832 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074858 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074855 2 0.0510 0.984 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074857 1 0.0290 0.831 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.831 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0833 0.831 0.976 0.000 0.004 0.016 0.004
#> SRR2074853 1 0.2905 0.818 0.868 0.000 0.000 0.036 0.096
#> SRR2074852 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0566 0.832 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR2074850 1 0.1774 0.820 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> SRR2074849 1 0.0671 0.831 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2074848 1 0.0162 0.832 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074847 1 0.0854 0.832 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008
#> SRR2074846 1 0.0880 0.832 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.831 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.2005 0.819 0.924 0.000 0.004 0.056 0.016
#> SRR2074842 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074844 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074841 2 0.0290 0.987 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074840 2 0.0609 0.982 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074839 1 0.2005 0.819 0.924 0.000 0.004 0.056 0.016
#> SRR2074838 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.4182 0.711 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2074834 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074833 1 0.3595 0.806 0.816 0.000 0.000 0.044 0.140
#> SRR2074832 4 0.4080 0.941 0.000 0.252 0.000 0.728 0.020
#> SRR2074831 1 0.1845 0.819 0.928 0.000 0.000 0.056 0.016
#> SRR2074829 1 0.0898 0.829 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR2074830 1 0.0000 0.831 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.4425 0.711 0.600 0.000 0.000 0.008 0.392
#> SRR2074827 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074826 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0510 0.984 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074823 1 0.2005 0.819 0.924 0.000 0.004 0.056 0.016
#> SRR2074822 2 0.0609 0.982 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074821 4 0.4080 0.941 0.000 0.252 0.000 0.728 0.020
#> SRR2074820 2 0.0609 0.982 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074819 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074817 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074818 2 0.0609 0.982 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074816 1 0.4547 0.707 0.588 0.000 0.000 0.012 0.400
#> SRR2074815 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074814 1 0.0162 0.832 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074812 2 0.0609 0.982 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074813 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0510 0.984 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074810 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074811 2 0.0609 0.982 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074808 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074807 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074806 1 0.4182 0.711 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2074805 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.4321 0.711 0.600 0.000 0.000 0.004 0.396
#> SRR2074803 1 0.2304 0.825 0.908 0.000 0.000 0.044 0.048
#> SRR2074801 1 0.3460 0.809 0.828 0.000 0.000 0.044 0.128
#> SRR2074802 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.2005 0.819 0.924 0.000 0.004 0.056 0.016
#> SRR2074798 1 0.4350 0.707 0.588 0.000 0.000 0.004 0.408
#> SRR2074797 1 0.2005 0.819 0.924 0.000 0.004 0.056 0.016
#> SRR2074795 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074792 1 0.4425 0.711 0.600 0.000 0.000 0.008 0.392
#> SRR2074791 1 0.1774 0.820 0.932 0.000 0.000 0.052 0.016
#> SRR2074790 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.1168 0.831 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR2074788 1 0.0162 0.831 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.831 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074785 1 0.4182 0.711 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2074784 1 0.4321 0.711 0.600 0.000 0.000 0.004 0.396
#> SRR2074783 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.1195 0.833 0.960 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR2074779 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074781 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074780 1 0.0671 0.832 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR2074778 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074777 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.4425 0.711 0.600 0.000 0.000 0.008 0.392
#> SRR2074774 1 0.0865 0.832 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR2074773 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074771 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074772 1 0.4182 0.711 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2074770 1 0.4425 0.711 0.600 0.000 0.000 0.008 0.392
#> SRR2074769 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074767 1 0.1787 0.828 0.936 0.000 0.004 0.044 0.016
#> SRR2074765 1 0.0162 0.831 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074764 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0771 0.830 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074762 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074760 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074759 1 0.4403 0.715 0.608 0.000 0.000 0.008 0.384
#> SRR2074757 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074755 1 0.4425 0.711 0.600 0.000 0.000 0.008 0.392
#> SRR2074754 1 0.4182 0.711 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2074753 4 0.2329 0.766 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR2074752 1 0.0968 0.833 0.972 0.000 0.004 0.012 0.012
#> SRR2074751 1 0.4182 0.711 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR2074749 4 0.4132 0.932 0.000 0.260 0.000 0.720 0.020
#> SRR2074750 1 0.1364 0.826 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR2074748 1 0.4547 0.707 0.588 0.000 0.000 0.012 0.400
#> SRR2074747 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.831 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.5291 0.715 0.596 0.000 0.004 0.052 0.348
#> SRR2074744 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074743 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074742 5 0.7344 0.691 0.000 0.124 0.108 0.244 0.524
#> SRR2074741 1 0.4321 0.711 0.600 0.000 0.000 0.004 0.396
#> SRR2074740 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074739 1 0.1364 0.826 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR2074738 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074737 2 0.1568 0.928 0.000 0.944 0.000 0.036 0.020
#> SRR2074736 4 0.3508 0.962 0.000 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR2074735 1 0.4517 0.711 0.600 0.000 0.000 0.012 0.388
#> SRR2074734 4 0.3861 0.918 0.000 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR2074733 1 0.4425 0.711 0.600 0.000 0.000 0.008 0.392
#> SRR2074732 2 0.0609 0.982 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074731 2 0.0510 0.984 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074730 1 0.0162 0.832 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.1088 0.961 0.016 0.000 0.960 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.2032 0.940 0.024 0.036 0.920 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074918 5 0.5052 0.236 0.220 0.024 0.076 0.004 0.676 0.000
#> SRR2074916 2 0.4461 0.700 0.000 0.704 0.000 0.104 0.192 0.000
#> SRR2074915 5 0.4609 0.508 0.000 0.040 0.000 0.420 0.540 0.000
#> SRR2074914 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074913 5 0.4760 0.465 0.004 0.040 0.000 0.436 0.520 0.000
#> SRR2074912 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 5 0.3516 0.429 0.056 0.036 0.000 0.076 0.832 0.000
#> SRR2074910 5 0.4448 0.531 0.016 0.040 0.000 0.252 0.692 0.000
#> SRR2074909 6 0.0767 0.895 0.004 0.012 0.000 0.000 0.008 0.976
#> SRR2074907 6 0.2766 0.677 0.140 0.008 0.000 0.000 0.008 0.844
#> SRR2074908 4 0.0547 0.961 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2074906 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074905 1 0.4172 0.836 0.564 0.004 0.000 0.000 0.008 0.424
#> SRR2074904 4 0.0547 0.961 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2074903 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.4139 0.931 0.644 0.012 0.000 0.000 0.008 0.336
#> SRR2074901 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.4610 0.921 0.620 0.032 0.000 0.000 0.012 0.336
#> SRR2074899 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.2778 0.979 0.008 0.824 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0146 0.968 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074895 6 0.2468 0.768 0.096 0.008 0.000 0.000 0.016 0.880
#> SRR2074894 4 0.4117 0.582 0.020 0.056 0.000 0.776 0.144 0.004
#> SRR2074893 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.4894 0.901 0.600 0.044 0.000 0.000 0.016 0.340
#> SRR2074891 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074890 4 0.0146 0.968 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074887 4 0.0458 0.964 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2074889 2 0.2968 0.977 0.016 0.816 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074886 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.2668 0.980 0.004 0.828 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.4510 0.890 0.588 0.008 0.000 0.000 0.024 0.380
#> SRR2074884 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.4641 0.922 0.616 0.016 0.000 0.000 0.028 0.340
#> SRR2074880 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.982 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.4457 0.925 0.632 0.012 0.000 0.000 0.024 0.332
#> SRR2074877 4 0.0260 0.969 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.4450 0.924 0.628 0.028 0.000 0.000 0.008 0.336
#> SRR2074875 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.3898 0.930 0.652 0.012 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR2074873 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.4457 0.923 0.632 0.012 0.000 0.000 0.024 0.332
#> SRR2074871 4 0.0146 0.968 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074870 1 0.5141 0.850 0.548 0.048 0.000 0.000 0.020 0.384
#> SRR2074869 6 0.4553 -0.569 0.452 0.008 0.000 0.000 0.020 0.520
#> SRR2074868 1 0.4610 0.923 0.620 0.012 0.000 0.000 0.032 0.336
#> SRR2074867 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 4 0.0146 0.968 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074865 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074864 6 0.0291 0.902 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2074863 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074862 1 0.4034 0.929 0.648 0.004 0.000 0.000 0.012 0.336
#> SRR2074861 1 0.4224 0.927 0.640 0.008 0.000 0.000 0.016 0.336
#> SRR2074860 6 0.3996 0.664 0.148 0.036 0.000 0.000 0.036 0.780
#> SRR2074859 1 0.4637 0.920 0.612 0.012 0.000 0.000 0.032 0.344
#> SRR2074858 4 0.0363 0.968 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074857 1 0.4379 0.927 0.632 0.008 0.000 0.000 0.024 0.336
#> SRR2074856 1 0.4304 0.927 0.636 0.008 0.000 0.000 0.020 0.336
#> SRR2074854 1 0.4710 0.922 0.620 0.012 0.000 0.000 0.040 0.328
#> SRR2074853 1 0.4559 0.737 0.512 0.020 0.000 0.000 0.008 0.460
#> SRR2074852 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.4569 0.926 0.624 0.008 0.000 0.000 0.036 0.332
#> SRR2074850 1 0.5294 0.883 0.580 0.044 0.000 0.000 0.040 0.336
#> SRR2074849 1 0.4139 0.927 0.640 0.024 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR2074848 1 0.4034 0.931 0.648 0.012 0.000 0.000 0.004 0.336
#> SRR2074847 1 0.4558 0.921 0.612 0.008 0.000 0.000 0.032 0.348
#> SRR2074846 1 0.4695 0.924 0.616 0.032 0.000 0.000 0.016 0.336
#> SRR2074845 1 0.4199 0.929 0.640 0.004 0.000 0.000 0.020 0.336
#> SRR2074843 1 0.5488 0.873 0.560 0.048 0.000 0.000 0.048 0.344
#> SRR2074842 4 0.0547 0.961 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2074844 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.3053 0.976 0.020 0.812 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074839 1 0.5465 0.881 0.568 0.048 0.000 0.000 0.048 0.336
#> SRR2074838 2 0.2668 0.980 0.004 0.828 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0547 0.967 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.2668 0.980 0.004 0.828 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074837 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074834 4 0.0508 0.969 0.012 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR2074833 6 0.4991 -0.460 0.396 0.036 0.000 0.000 0.020 0.548
#> SRR2074832 4 0.1007 0.953 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.5313 0.897 0.588 0.040 0.000 0.000 0.048 0.324
#> SRR2074829 1 0.4274 0.926 0.636 0.024 0.000 0.000 0.004 0.336
#> SRR2074830 1 0.4224 0.928 0.640 0.008 0.000 0.000 0.016 0.336
#> SRR2074828 6 0.0291 0.902 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2074827 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 4 0.0547 0.961 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2074825 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074823 1 0.5477 0.877 0.564 0.048 0.000 0.000 0.048 0.340
#> SRR2074822 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074821 4 0.1007 0.953 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074819 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074817 4 0.0458 0.964 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2074818 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074816 6 0.0436 0.900 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR2074815 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.3804 0.931 0.656 0.000 0.000 0.000 0.008 0.336
#> SRR2074812 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074813 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074810 4 0.0692 0.963 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000
#> SRR2074811 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074808 4 0.0547 0.967 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2074807 4 0.0632 0.966 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2074806 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074805 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074804 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074803 1 0.5161 0.745 0.496 0.044 0.000 0.000 0.020 0.440
#> SRR2074801 6 0.5162 -0.573 0.424 0.040 0.000 0.000 0.024 0.512
#> SRR2074802 4 0.0458 0.964 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2074799 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.5465 0.881 0.568 0.048 0.000 0.000 0.048 0.336
#> SRR2074798 6 0.0146 0.901 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2074797 1 0.5488 0.873 0.560 0.048 0.000 0.000 0.048 0.344
#> SRR2074795 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074793 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074792 6 0.0291 0.902 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2074791 1 0.5071 0.901 0.604 0.040 0.000 0.000 0.032 0.324
#> SRR2074790 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.4674 0.910 0.600 0.012 0.000 0.000 0.032 0.356
#> SRR2074788 1 0.3940 0.931 0.652 0.004 0.000 0.000 0.008 0.336
#> SRR2074787 1 0.3804 0.930 0.656 0.000 0.000 0.000 0.008 0.336
#> SRR2074786 4 0.0363 0.969 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2074785 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074784 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074783 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.4685 0.906 0.596 0.012 0.000 0.000 0.032 0.360
#> SRR2074779 4 0.0547 0.967 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2074781 4 0.0146 0.968 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074780 1 0.4224 0.932 0.640 0.008 0.000 0.000 0.016 0.336
#> SRR2074778 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074777 4 0.0547 0.961 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2074776 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074775 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074774 1 0.4556 0.929 0.624 0.024 0.000 0.000 0.016 0.336
#> SRR2074773 4 0.0458 0.964 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR2074771 4 0.0146 0.968 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074772 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074770 6 0.0508 0.898 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012 0.984
#> SRR2074769 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0146 0.968 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074767 1 0.4807 0.922 0.604 0.028 0.000 0.000 0.024 0.344
#> SRR2074765 1 0.4543 0.924 0.624 0.012 0.000 0.000 0.028 0.336
#> SRR2074764 4 0.0547 0.961 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2074763 2 0.2527 0.980 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.4274 0.926 0.636 0.024 0.000 0.000 0.004 0.336
#> SRR2074762 4 0.0547 0.961 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2074760 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074759 6 0.0665 0.896 0.008 0.004 0.000 0.000 0.008 0.980
#> SRR2074757 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.2668 0.980 0.004 0.828 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.0692 0.963 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000
#> SRR2074755 6 0.0291 0.902 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2074754 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074753 4 0.3343 0.669 0.004 0.040 0.000 0.812 0.144 0.000
#> SRR2074752 1 0.4558 0.921 0.612 0.008 0.000 0.000 0.032 0.348
#> SRR2074751 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074749 4 0.1349 0.935 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004 0.000
#> SRR2074750 1 0.4906 0.903 0.596 0.044 0.000 0.000 0.016 0.344
#> SRR2074748 6 0.0436 0.900 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR2074747 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.3984 0.930 0.648 0.000 0.000 0.000 0.016 0.336
#> SRR2074746 6 0.2645 0.812 0.056 0.044 0.000 0.000 0.016 0.884
#> SRR2074744 4 0.0806 0.964 0.008 0.000 0.000 0.972 0.020 0.000
#> SRR2074743 4 0.0603 0.968 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000
#> SRR2074742 5 0.5264 0.360 0.220 0.024 0.032 0.048 0.676 0.000
#> SRR2074741 6 0.0000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074740 4 0.0363 0.966 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074739 1 0.4985 0.901 0.592 0.044 0.000 0.000 0.020 0.344
#> SRR2074738 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.4230 0.868 0.056 0.716 0.000 0.224 0.004 0.000
#> SRR2074736 4 0.0713 0.965 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074735 6 0.0291 0.902 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2074734 4 0.1074 0.956 0.028 0.012 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR2074733 6 0.0291 0.902 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR2074732 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074731 2 0.3351 0.972 0.028 0.800 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR2074730 1 0.4260 0.931 0.640 0.004 0.000 0.000 0.024 0.332
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.996 0.998 0.5013 0.499 0.499
#> 3 3 0.856 0.925 0.947 0.1280 0.950 0.900
#> 4 4 0.747 0.764 0.786 0.1395 0.870 0.713
#> 5 5 0.725 0.825 0.810 0.0902 0.871 0.627
#> 6 6 0.696 0.828 0.825 0.0416 0.973 0.893
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.9 0.538 0.316 0.684
#> SRR2074893 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.0 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.0 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.4452 0.835 0.192 0.000 0.808
#> SRR2074919 3 0.4504 0.834 0.196 0.000 0.804
#> SRR2074920 3 0.4504 0.834 0.196 0.000 0.804
#> SRR2074917 3 0.5058 0.777 0.244 0.000 0.756
#> SRR2074918 3 0.0237 0.765 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074916 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074915 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074914 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074913 2 0.4062 0.869 0.000 0.836 0.164
#> SRR2074912 3 0.4504 0.834 0.196 0.000 0.804
#> SRR2074911 3 0.3619 0.638 0.000 0.136 0.864
#> SRR2074910 3 0.5785 0.557 0.000 0.332 0.668
#> SRR2074909 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074907 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074908 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074905 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074897 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074896 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074894 2 0.6318 0.202 0.356 0.636 0.008
#> SRR2074893 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074890 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074886 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074885 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074883 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074882 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074881 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.4504 0.834 0.196 0.000 0.804
#> SRR2074878 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.1031 0.898 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074876 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074874 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074872 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074868 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074864 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074863 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074862 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074859 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074857 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074852 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074851 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074840 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074839 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074836 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074837 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074834 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074832 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074827 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074824 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074823 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074821 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074819 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074816 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074815 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074813 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074809 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074810 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074808 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074805 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074804 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074803 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074800 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074797 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074796 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074793 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074791 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074789 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074788 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074784 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074783 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074782 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074779 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074775 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074774 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074770 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074769 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074768 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074766 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074761 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074757 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074756 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074754 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074753 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074749 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074747 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074744 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 3 0.0237 0.765 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074741 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074740 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074734 2 0.0000 0.902 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0237 0.997 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074732 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074731 2 0.4504 0.862 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074730 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0707 0.872 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2074918 3 0.4163 0.803 0.000 0.188 0.792 0.020
#> SRR2074916 2 0.1867 0.700 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2074915 2 0.3569 0.542 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR2074914 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074913 2 0.3873 0.528 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR2074912 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 3 0.7363 0.583 0.000 0.356 0.476 0.168
#> SRR2074910 3 0.7026 0.593 0.000 0.120 0.476 0.404
#> SRR2074909 1 0.4764 0.826 0.748 0.000 0.032 0.220
#> SRR2074907 1 0.3581 0.870 0.852 0.000 0.032 0.116
#> SRR2074908 4 0.4996 0.919 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR2074906 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.1510 0.903 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR2074904 4 0.4989 0.928 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR2074903 4 0.5000 0.885 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR2074902 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074901 4 0.4967 0.936 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2074900 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.4877 -0.632 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR2074898 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.4972 0.936 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR2074895 1 0.3749 0.865 0.840 0.000 0.032 0.128
#> SRR2074894 4 0.3504 0.256 0.024 0.080 0.020 0.876
#> SRR2074893 2 0.4994 -0.845 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR2074892 1 0.0188 0.907 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074891 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074890 4 0.4967 0.935 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2074887 4 0.4985 0.933 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR2074889 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.4941 -0.723 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR2074888 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0469 0.907 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0657 0.907 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074880 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.4992 0.929 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR2074879 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074877 2 0.3400 0.432 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR2074876 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074875 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074873 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074871 4 0.4985 0.934 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR2074870 1 0.1118 0.903 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074869 1 0.2021 0.897 0.936 0.000 0.024 0.040
#> SRR2074868 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074867 4 0.4981 0.935 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR2074866 2 0.3873 0.262 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR2074865 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074864 1 0.4764 0.826 0.748 0.000 0.032 0.220
#> SRR2074863 1 0.4764 0.826 0.748 0.000 0.032 0.220
#> SRR2074862 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074861 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074860 1 0.3793 0.867 0.844 0.000 0.044 0.112
#> SRR2074859 1 0.0524 0.907 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074858 2 0.4925 -0.688 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR2074855 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074856 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074854 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074853 1 0.0707 0.906 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074850 1 0.0188 0.907 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074849 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074848 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074847 1 0.0336 0.907 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074846 1 0.0376 0.907 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074845 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074843 1 0.0817 0.905 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074842 4 0.4985 0.934 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR2074844 2 0.4999 -0.875 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2074841 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0188 0.907 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074838 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.4967 0.935 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2074835 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074834 4 0.4961 0.932 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR2074833 1 0.2124 0.896 0.932 0.000 0.028 0.040
#> SRR2074832 4 0.4989 0.933 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR2074831 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074830 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074828 1 0.4764 0.826 0.748 0.000 0.032 0.220
#> SRR2074827 4 0.4977 0.938 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR2074826 4 0.4948 0.921 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR2074825 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0469 0.907 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074822 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.4996 -0.853 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074820 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.4992 0.929 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR2074817 4 0.4967 0.935 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2074818 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074815 4 0.4967 0.936 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2074814 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074812 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0188 0.789 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074809 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.4961 0.932 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR2074811 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.4989 0.932 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR2074807 2 0.4981 -0.805 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR2074806 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074805 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074803 1 0.2149 0.888 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074801 1 0.1576 0.900 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR2074802 4 0.4967 0.936 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2074799 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0188 0.907 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074798 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074797 1 0.0469 0.907 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074795 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.4985 0.935 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR2074794 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.4817 -0.547 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR2074792 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074791 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.1004 0.905 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074788 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074787 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074786 4 0.4989 0.933 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR2074785 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074784 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074783 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0895 0.906 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074779 4 0.4985 0.936 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR2074781 4 0.4961 0.925 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR2074780 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074778 4 0.4998 0.912 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR2074777 4 0.4996 0.903 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR2074776 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074774 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074773 4 0.4972 0.937 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR2074771 4 0.4981 0.936 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR2074772 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074770 1 0.4617 0.833 0.764 0.000 0.032 0.204
#> SRR2074769 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.4992 -0.832 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR2074767 1 0.0469 0.907 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074765 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074764 4 0.4967 0.931 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2074763 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 4 0.4977 0.936 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR2074760 4 0.4985 0.935 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR2074759 1 0.4289 0.846 0.796 0.000 0.032 0.172
#> SRR2074757 4 0.5000 0.897 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR2074758 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.4961 0.932 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR2074755 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074754 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074753 4 0.4955 0.358 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR2074752 1 0.0524 0.907 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074751 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074749 4 0.4981 0.936 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR2074750 1 0.0188 0.907 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074748 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074747 4 0.4985 0.933 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR2074745 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074746 1 0.4764 0.828 0.748 0.000 0.032 0.220
#> SRR2074744 4 0.4989 0.932 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR2074743 4 0.4967 0.935 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2074742 3 0.5073 0.790 0.000 0.200 0.744 0.056
#> SRR2074741 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074740 4 0.4955 0.927 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR2074739 1 0.0000 0.906 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 4 0.4967 0.935 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2074737 2 0.4999 -0.872 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR2074736 4 0.4977 0.938 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR2074735 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074734 2 0.3942 0.183 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR2074733 1 0.4799 0.824 0.744 0.000 0.032 0.224
#> SRR2074732 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.794 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0188 0.906 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0290 0.886 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.5290 0.801 0.000 0.156 0.724 0.036 0.084
#> SRR2074916 2 0.2409 0.814 0.000 0.900 0.000 0.068 0.032
#> SRR2074915 2 0.5684 0.349 0.000 0.644 0.004 0.196 0.156
#> SRR2074914 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074913 2 0.5787 0.349 0.000 0.616 0.000 0.204 0.180
#> SRR2074912 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 3 0.8122 0.469 0.000 0.344 0.352 0.148 0.156
#> SRR2074910 4 0.7823 -0.560 0.000 0.068 0.288 0.384 0.260
#> SRR2074909 5 0.4227 0.929 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR2074907 1 0.4192 -0.438 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2074908 4 0.3906 0.906 0.000 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR2074906 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.2813 0.646 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2074904 4 0.4147 0.903 0.000 0.316 0.000 0.676 0.008
#> SRR2074903 4 0.4310 0.834 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR2074902 1 0.0290 0.890 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074901 4 0.3884 0.905 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> SRR2074900 1 0.0290 0.890 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074899 4 0.4307 0.622 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.3906 0.906 0.000 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR2074895 1 0.4242 -0.546 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR2074894 4 0.4602 0.111 0.000 0.016 0.004 0.640 0.340
#> SRR2074893 4 0.4074 0.868 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR2074892 1 0.0771 0.884 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2074891 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074890 4 0.3990 0.905 0.000 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR2074887 4 0.4088 0.907 0.000 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR2074889 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 4 0.4302 0.671 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.1732 0.807 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2074884 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0703 0.881 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074880 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.3969 0.907 0.000 0.304 0.000 0.692 0.004
#> SRR2074879 3 0.0000 0.891 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.2471 0.713 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR2074876 1 0.0290 0.890 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074875 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 4 0.4009 0.906 0.000 0.312 0.000 0.684 0.004
#> SRR2074870 1 0.2124 0.796 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR2074869 1 0.3210 0.516 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2074868 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 4 0.4183 0.899 0.000 0.324 0.000 0.668 0.008
#> SRR2074866 2 0.3395 0.452 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR2074865 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074864 5 0.4161 0.972 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074863 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074862 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.5646 -0.563 0.520 0.000 0.080 0.000 0.400
#> SRR2074859 1 0.0290 0.889 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074858 4 0.4302 0.672 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0162 0.888 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074853 1 0.2891 0.621 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2074852 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0955 0.879 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2074849 1 0.0162 0.890 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074848 1 0.0162 0.890 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074847 1 0.0510 0.887 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074846 1 0.0510 0.887 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074845 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.1571 0.850 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR2074842 4 0.4108 0.906 0.000 0.308 0.000 0.684 0.008
#> SRR2074844 4 0.4196 0.875 0.000 0.356 0.000 0.640 0.004
#> SRR2074841 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.1282 0.867 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2074838 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.3684 0.901 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074834 4 0.3790 0.897 0.000 0.272 0.000 0.724 0.004
#> SRR2074833 1 0.3684 0.277 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2074832 4 0.3752 0.904 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR2074831 1 0.0566 0.887 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074829 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 5 0.4219 0.936 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR2074827 4 0.3906 0.906 0.000 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR2074826 4 0.3992 0.892 0.000 0.268 0.000 0.720 0.012
#> SRR2074825 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.1124 0.875 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2074822 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 4 0.4126 0.833 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.3876 0.904 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR2074817 4 0.3884 0.904 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> SRR2074818 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 5 0.4288 0.978 0.384 0.000 0.000 0.004 0.612
#> SRR2074815 4 0.3814 0.899 0.000 0.276 0.000 0.720 0.004
#> SRR2074814 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.3814 0.900 0.000 0.276 0.000 0.720 0.004
#> SRR2074811 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.3774 0.906 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR2074807 4 0.4171 0.823 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR2074806 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074805 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074803 1 0.2930 0.664 0.832 0.000 0.000 0.004 0.164
#> SRR2074801 1 0.3461 0.502 0.772 0.000 0.000 0.004 0.224
#> SRR2074802 4 0.3814 0.901 0.000 0.276 0.000 0.720 0.004
#> SRR2074799 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0955 0.880 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2074798 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074797 1 0.1571 0.850 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR2074795 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.3990 0.907 0.000 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR2074794 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.4287 -0.534 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR2074792 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074791 1 0.0451 0.889 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074790 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0703 0.878 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074788 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 4 0.4066 0.901 0.000 0.324 0.000 0.672 0.004
#> SRR2074785 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074784 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074783 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0880 0.870 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074779 4 0.4009 0.905 0.000 0.312 0.000 0.684 0.004
#> SRR2074781 4 0.3990 0.906 0.000 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR2074780 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 4 0.4084 0.897 0.000 0.328 0.000 0.668 0.004
#> SRR2074777 4 0.4045 0.875 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074774 1 0.0609 0.885 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074773 4 0.3884 0.905 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> SRR2074771 4 0.4047 0.902 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> SRR2074772 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074770 5 0.4278 0.868 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR2074769 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.4380 0.849 0.000 0.376 0.000 0.616 0.008
#> SRR2074767 1 0.1121 0.870 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074765 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 4 0.4109 0.891 0.000 0.288 0.000 0.700 0.012
#> SRR2074763 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0162 0.890 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074762 4 0.4046 0.907 0.000 0.296 0.000 0.696 0.008
#> SRR2074760 4 0.3816 0.906 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR2074759 1 0.4304 -0.723 0.516 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR2074757 4 0.4166 0.885 0.000 0.348 0.000 0.648 0.004
#> SRR2074758 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.3741 0.891 0.000 0.264 0.000 0.732 0.004
#> SRR2074755 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074754 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074753 4 0.5895 0.376 0.000 0.260 0.000 0.588 0.152
#> SRR2074752 1 0.0510 0.884 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074751 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074749 4 0.3861 0.902 0.000 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR2074750 1 0.1124 0.872 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2074748 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074747 4 0.3913 0.900 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 5 0.4262 0.802 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR2074744 4 0.3949 0.907 0.000 0.300 0.000 0.696 0.004
#> SRR2074743 4 0.3790 0.895 0.000 0.272 0.000 0.724 0.004
#> SRR2074742 3 0.5861 0.777 0.000 0.176 0.676 0.044 0.104
#> SRR2074741 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074740 4 0.3715 0.887 0.000 0.260 0.000 0.736 0.004
#> SRR2074739 1 0.0955 0.879 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2074738 4 0.3790 0.897 0.000 0.272 0.000 0.724 0.004
#> SRR2074737 4 0.4201 0.806 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR2074736 4 0.3752 0.905 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR2074735 5 0.4138 0.981 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074734 2 0.3612 0.314 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR2074733 5 0.4161 0.972 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074732 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.936 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.890 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0000 0.859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0713 0.814 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.4789 0.560 0.000 0.104 0.684 0.000 0.204 0.008
#> SRR2074916 2 0.2537 0.762 0.000 0.872 0.000 0.096 0.032 0.000
#> SRR2074915 2 0.4130 0.065 0.000 0.700 0.000 0.028 0.264 0.008
#> SRR2074914 6 0.2793 0.939 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2074913 2 0.5670 -0.299 0.000 0.536 0.004 0.088 0.352 0.020
#> SRR2074912 3 0.0000 0.859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.6269 -0.549 0.000 0.408 0.296 0.000 0.288 0.008
#> SRR2074910 5 0.6626 0.287 0.000 0.148 0.196 0.076 0.564 0.016
#> SRR2074909 6 0.3076 0.899 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2074907 1 0.3999 -0.377 0.500 0.000 0.000 0.000 0.004 0.496
#> SRR2074908 4 0.2230 0.903 0.000 0.084 0.000 0.892 0.024 0.000
#> SRR2074906 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.3290 0.588 0.744 0.000 0.000 0.000 0.004 0.252
#> SRR2074904 4 0.2163 0.903 0.000 0.092 0.000 0.892 0.016 0.000
#> SRR2074903 4 0.2933 0.809 0.000 0.200 0.000 0.796 0.000 0.004
#> SRR2074902 1 0.0692 0.910 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2074901 4 0.1843 0.907 0.000 0.080 0.000 0.912 0.004 0.004
#> SRR2074900 1 0.0260 0.911 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074899 4 0.3371 0.654 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.1624 0.875 0.000 0.040 0.000 0.936 0.020 0.004
#> SRR2074895 6 0.3991 0.462 0.472 0.000 0.000 0.000 0.004 0.524
#> SRR2074894 5 0.5146 0.466 0.000 0.004 0.000 0.172 0.640 0.184
#> SRR2074893 4 0.2631 0.848 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.1196 0.899 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR2074891 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074890 4 0.1787 0.896 0.000 0.068 0.000 0.920 0.008 0.004
#> SRR2074887 4 0.1757 0.905 0.000 0.076 0.000 0.916 0.008 0.000
#> SRR2074889 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074886 4 0.3468 0.718 0.000 0.264 0.000 0.728 0.008 0.000
#> SRR2074888 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.2738 0.741 0.820 0.000 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR2074884 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.1524 0.878 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR2074880 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.2006 0.905 0.000 0.104 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.859 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0146 0.910 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074877 2 0.3833 0.660 0.000 0.648 0.000 0.344 0.008 0.000
#> SRR2074876 1 0.0692 0.909 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2074875 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0291 0.910 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074871 4 0.2020 0.906 0.000 0.096 0.000 0.896 0.008 0.000
#> SRR2074870 1 0.2706 0.768 0.832 0.000 0.000 0.000 0.008 0.160
#> SRR2074869 1 0.3499 0.383 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR2074868 1 0.0291 0.910 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074867 4 0.2408 0.900 0.000 0.108 0.000 0.876 0.012 0.004
#> SRR2074866 2 0.4172 0.302 0.000 0.528 0.000 0.460 0.012 0.000
#> SRR2074865 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074864 6 0.2793 0.940 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR2074863 6 0.2730 0.939 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR2074862 1 0.0146 0.910 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074861 1 0.0146 0.910 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074860 6 0.5097 0.547 0.420 0.000 0.068 0.000 0.004 0.508
#> SRR2074859 1 0.0405 0.910 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074858 4 0.3126 0.744 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0146 0.911 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074856 1 0.0291 0.910 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074854 1 0.0291 0.910 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074853 1 0.3175 0.574 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2074852 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0405 0.909 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074850 1 0.1124 0.902 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR2074849 1 0.0146 0.911 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0935 0.903 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2074846 1 0.1501 0.869 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074845 1 0.0146 0.911 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074843 1 0.2062 0.864 0.900 0.004 0.000 0.000 0.008 0.088
#> SRR2074842 4 0.1757 0.907 0.000 0.076 0.000 0.916 0.008 0.000
#> SRR2074844 4 0.2520 0.882 0.000 0.152 0.000 0.844 0.004 0.000
#> SRR2074841 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.1668 0.887 0.928 0.004 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR2074838 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.1644 0.905 0.000 0.076 0.000 0.920 0.004 0.000
#> SRR2074835 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074837 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074834 4 0.0806 0.856 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020 0.000
#> SRR2074833 1 0.3852 0.184 0.612 0.000 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR2074832 4 0.1845 0.897 0.000 0.072 0.000 0.916 0.008 0.004
#> SRR2074831 1 0.0748 0.908 0.976 0.004 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2074829 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 6 0.2969 0.918 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR2074827 4 0.1471 0.898 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004 0.000
#> SRR2074826 4 0.1850 0.876 0.000 0.052 0.000 0.924 0.016 0.008
#> SRR2074825 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.1410 0.897 0.944 0.004 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR2074822 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074821 4 0.2964 0.806 0.000 0.204 0.000 0.792 0.004 0.000
#> SRR2074820 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.2149 0.906 0.000 0.104 0.000 0.888 0.004 0.004
#> SRR2074817 4 0.1285 0.888 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004 0.000
#> SRR2074818 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074816 6 0.2730 0.939 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR2074815 4 0.1049 0.874 0.000 0.032 0.000 0.960 0.008 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.2631 0.914 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.1890 0.879 0.000 0.060 0.000 0.916 0.024 0.000
#> SRR2074811 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.1610 0.906 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR2074807 4 0.2838 0.837 0.000 0.188 0.000 0.808 0.004 0.000
#> SRR2074806 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074805 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074804 6 0.2730 0.939 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR2074803 1 0.3490 0.554 0.724 0.000 0.000 0.000 0.008 0.268
#> SRR2074801 1 0.3619 0.422 0.680 0.000 0.000 0.000 0.004 0.316
#> SRR2074802 4 0.1334 0.882 0.000 0.032 0.000 0.948 0.020 0.000
#> SRR2074799 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.1194 0.901 0.956 0.004 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR2074798 6 0.2697 0.935 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR2074797 1 0.1901 0.876 0.912 0.004 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR2074795 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.1970 0.906 0.000 0.092 0.000 0.900 0.008 0.000
#> SRR2074794 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074793 4 0.3684 0.539 0.000 0.332 0.000 0.664 0.004 0.000
#> SRR2074792 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074791 1 0.0458 0.910 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074790 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.1082 0.893 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2074788 1 0.0146 0.910 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074787 1 0.0000 0.911 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 4 0.1918 0.906 0.000 0.088 0.000 0.904 0.008 0.000
#> SRR2074785 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074784 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074783 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.1700 0.857 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR2074779 4 0.2191 0.898 0.000 0.120 0.000 0.876 0.004 0.000
#> SRR2074781 4 0.1897 0.903 0.000 0.084 0.000 0.908 0.004 0.004
#> SRR2074780 1 0.0146 0.911 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074778 4 0.2053 0.901 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004 0.000
#> SRR2074777 4 0.2588 0.887 0.000 0.124 0.000 0.860 0.004 0.012
#> SRR2074776 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074775 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074774 1 0.0632 0.908 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074773 4 0.1866 0.907 0.000 0.084 0.000 0.908 0.008 0.000
#> SRR2074771 4 0.1946 0.901 0.000 0.072 0.000 0.912 0.012 0.004
#> SRR2074772 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074770 6 0.3390 0.840 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR2074769 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.2743 0.860 0.000 0.164 0.000 0.828 0.008 0.000
#> SRR2074767 1 0.1588 0.880 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR2074765 1 0.0146 0.911 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074764 4 0.2696 0.870 0.000 0.076 0.000 0.872 0.048 0.004
#> SRR2074763 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0260 0.911 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074762 4 0.1707 0.899 0.000 0.056 0.000 0.928 0.012 0.004
#> SRR2074760 4 0.2006 0.904 0.000 0.104 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR2074759 6 0.3659 0.739 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR2074757 4 0.2234 0.897 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004 0.000
#> SRR2074758 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.1572 0.835 0.000 0.028 0.000 0.936 0.036 0.000
#> SRR2074755 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074754 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074753 4 0.6657 -0.227 0.000 0.292 0.000 0.396 0.280 0.032
#> SRR2074752 1 0.1285 0.887 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR2074751 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074749 4 0.1584 0.896 0.000 0.064 0.000 0.928 0.008 0.000
#> SRR2074750 1 0.1411 0.887 0.936 0.000 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR2074748 6 0.2730 0.939 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR2074747 4 0.2146 0.902 0.000 0.116 0.000 0.880 0.000 0.004
#> SRR2074745 1 0.0146 0.911 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074746 6 0.4996 0.719 0.296 0.000 0.000 0.000 0.100 0.604
#> SRR2074744 4 0.1866 0.906 0.000 0.084 0.000 0.908 0.008 0.000
#> SRR2074743 4 0.1088 0.864 0.000 0.024 0.000 0.960 0.016 0.000
#> SRR2074742 3 0.5645 0.396 0.000 0.144 0.580 0.000 0.260 0.016
#> SRR2074741 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074740 4 0.1401 0.866 0.000 0.028 0.000 0.948 0.020 0.004
#> SRR2074739 1 0.1152 0.899 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2074738 4 0.1398 0.892 0.000 0.052 0.000 0.940 0.008 0.000
#> SRR2074737 4 0.2631 0.845 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR2074736 4 0.1866 0.902 0.000 0.084 0.000 0.908 0.008 0.000
#> SRR2074735 6 0.2762 0.942 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074734 2 0.3868 0.153 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR2074733 6 0.2883 0.932 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR2074732 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.2697 0.923 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0291 0.910 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.825 0.839 0.863 0.1939 0.854 0.709
#> 4 4 0.938 0.890 0.959 0.1157 0.956 0.881
#> 5 5 0.792 0.781 0.893 0.0942 0.923 0.768
#> 6 6 0.799 0.784 0.908 0.0197 0.979 0.918
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.163 0.975 0.976 0.024
#> SRR2074893 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 1 0.611 0.622 0.604 0.000 0.396
#> SRR2074919 1 0.611 0.622 0.604 0.000 0.396
#> SRR2074920 1 0.611 0.622 0.604 0.000 0.396
#> SRR2074917 1 0.611 0.622 0.604 0.000 0.396
#> SRR2074918 3 0.593 -0.162 0.000 0.356 0.644
#> SRR2074916 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074915 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074914 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074912 1 0.611 0.622 0.604 0.000 0.396
#> SRR2074911 2 0.484 0.420 0.000 0.776 0.224
#> SRR2074910 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074909 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074906 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074903 2 0.601 -0.213 0.000 0.628 0.372
#> SRR2074902 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074900 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.550 0.175 0.000 0.708 0.292
#> SRR2074898 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074896 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074895 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 3 0.611 0.238 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074893 2 0.614 -0.353 0.000 0.596 0.404
#> SRR2074892 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074887 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074889 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.604 -0.248 0.000 0.620 0.380
#> SRR2074888 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074881 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074879 1 0.611 0.622 0.604 0.000 0.396
#> SRR2074878 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.627 -0.542 0.000 0.548 0.452
#> SRR2074876 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074870 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074866 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074865 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 3 0.613 0.937 0.000 0.400 0.600
#> SRR2074855 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074844 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074841 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074836 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074835 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074833 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.613 -0.335 0.000 0.600 0.400
#> SRR2074831 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074826 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074825 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.603 -0.232 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074820 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074819 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074817 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074818 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074814 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074810 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074811 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074808 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074807 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074806 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074799 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074796 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074794 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.630 -0.653 0.000 0.516 0.484
#> SRR2074792 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074785 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074781 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074780 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 3 0.613 0.938 0.000 0.400 0.600
#> SRR2074777 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074776 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074771 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074772 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074766 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074767 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074763 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074760 2 0.610 -0.301 0.000 0.608 0.392
#> SRR2074759 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 3 0.627 0.830 0.000 0.452 0.548
#> SRR2074758 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074756 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074755 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074752 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.597 -0.177 0.000 0.636 0.364
#> SRR2074750 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074745 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074743 3 0.614 0.930 0.000 0.404 0.596
#> SRR2074742 2 0.506 0.362 0.000 0.756 0.244
#> SRR2074741 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 3 0.611 0.944 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074739 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.613 -0.335 0.000 0.600 0.400
#> SRR2074737 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074736 3 0.630 0.764 0.000 0.476 0.524
#> SRR2074735 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.245 0.740 0.000 0.924 0.076
#> SRR2074733 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.000 0.841 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.000 0.978 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0000 1.0000 0 0.000 1 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 1.0000 0 0.000 1 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 1.0000 0 0.000 1 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 1.0000 0 0.000 1 0.000
#> SRR2074918 4 0.4697 0.4188 0 0.356 0 0.644
#> SRR2074916 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074915 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074913 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074912 3 0.0000 1.0000 0 0.000 1 0.000
#> SRR2074911 4 0.4790 0.3774 0 0.380 0 0.620
#> SRR2074910 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074909 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074908 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074904 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074903 2 0.4761 0.4295 0 0.628 0 0.372
#> SRR2074902 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074901 4 0.0469 0.8879 0 0.012 0 0.988
#> SRR2074900 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074899 2 0.4382 0.5680 0 0.704 0 0.296
#> SRR2074898 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074894 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074893 2 0.4866 0.3546 0 0.596 0 0.404
#> SRR2074892 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074890 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074886 2 0.4790 0.4124 0 0.620 0 0.380
#> SRR2074888 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074881 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074879 3 0.0000 1.0000 0 0.000 1 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074877 4 0.4522 0.5451 0 0.320 0 0.680
#> SRR2074876 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074871 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074867 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074866 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074858 4 0.0592 0.8862 0 0.016 0 0.984
#> SRR2074855 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074842 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074844 4 0.0336 0.8901 0 0.008 0 0.992
#> SRR2074841 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074836 4 0.1022 0.8743 0 0.032 0 0.968
#> SRR2074835 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074834 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074832 2 0.4855 0.3654 0 0.600 0 0.400
#> SRR2074831 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074827 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074826 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074821 2 0.4776 0.4209 0 0.624 0 0.376
#> SRR2074820 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074819 4 0.3726 0.6974 0 0.212 0 0.788
#> SRR2074817 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074815 4 0.2921 0.7798 0 0.140 0 0.860
#> SRR2074814 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074810 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074808 4 0.1940 0.8407 0 0.076 0 0.924
#> SRR2074807 4 0.2345 0.8196 0 0.100 0 0.900
#> SRR2074806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074802 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074796 4 0.2973 0.7751 0 0.144 0 0.856
#> SRR2074794 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074793 2 0.4998 0.0805 0 0.512 0 0.488
#> SRR2074792 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074786 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074785 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074779 4 0.0188 0.8923 0 0.004 0 0.996
#> SRR2074781 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074778 4 0.4843 0.3113 0 0.396 0 0.604
#> SRR2074777 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074773 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074771 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074766 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074764 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074762 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074760 2 0.4830 0.3848 0 0.608 0 0.392
#> SRR2074759 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074757 4 0.4967 0.1320 0 0.452 0 0.548
#> SRR2074758 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074756 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074753 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074749 2 0.4730 0.4453 0 0.636 0 0.364
#> SRR2074750 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074747 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074744 4 0.2149 0.8305 0 0.088 0 0.912
#> SRR2074743 4 0.4643 0.4486 0 0.344 0 0.656
#> SRR2074742 4 0.4713 0.4116 0 0.360 0 0.640
#> SRR2074741 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074740 4 0.0000 0.8944 0 0.000 0 1.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074738 2 0.4855 0.3650 0 0.600 0 0.400
#> SRR2074737 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074736 4 0.4992 0.0336 0 0.476 0 0.524
#> SRR2074735 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074734 2 0.1940 0.8227 0 0.924 0 0.076
#> SRR2074733 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.8921 0 1.000 0 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2074918 4 0.6687 0.0652 0.000 0.332 0 0.420 0.248
#> SRR2074916 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074915 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074914 5 0.4150 0.7752 0.388 0.000 0 0.000 0.612
#> SRR2074913 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.4161 0.3429 0.000 0.392 0 0.608 0.000
#> SRR2074910 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074909 5 0.4287 0.6204 0.460 0.000 0 0.000 0.540
#> SRR2074907 1 0.4278 -0.3353 0.548 0.000 0 0.000 0.452
#> SRR2074908 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.2377 0.7618 0.872 0.000 0 0.000 0.128
#> SRR2074904 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.4114 0.4145 0.000 0.624 0 0.376 0.000
#> SRR2074902 1 0.0880 0.8735 0.968 0.000 0 0.000 0.032
#> SRR2074901 4 0.0404 0.8846 0.000 0.012 0 0.988 0.000
#> SRR2074900 1 0.0880 0.8723 0.968 0.000 0 0.000 0.032
#> SRR2074899 2 0.3774 0.5631 0.000 0.704 0 0.296 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.4045 0.0765 0.644 0.000 0 0.000 0.356
#> SRR2074894 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.4192 0.3499 0.000 0.596 0 0.404 0.000
#> SRR2074892 1 0.2020 0.8165 0.900 0.000 0 0.000 0.100
#> SRR2074891 5 0.3684 0.8777 0.280 0.000 0 0.000 0.720
#> SRR2074890 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.4171 0.3697 0.000 0.604 0 0.396 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.1478 0.8386 0.936 0.000 0 0.000 0.064
#> SRR2074884 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.2329 0.7518 0.876 0.000 0 0.000 0.124
#> SRR2074880 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 1.0000 0.000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074877 4 0.3949 0.5161 0.000 0.332 0 0.668 0.000
#> SRR2074876 1 0.0290 0.8762 0.992 0.000 0 0.000 0.008
#> SRR2074875 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074871 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.4171 -0.1169 0.604 0.000 0 0.000 0.396
#> SRR2074869 1 0.3983 0.1680 0.660 0.000 0 0.000 0.340
#> SRR2074868 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074867 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074866 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074865 5 0.3480 0.8855 0.248 0.000 0 0.000 0.752
#> SRR2074864 5 0.4161 0.7760 0.392 0.000 0 0.000 0.608
#> SRR2074863 5 0.4114 0.7926 0.376 0.000 0 0.000 0.624
#> SRR2074862 1 0.0404 0.8763 0.988 0.000 0 0.000 0.012
#> SRR2074861 1 0.0162 0.8749 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> SRR2074860 1 0.3336 0.5468 0.772 0.000 0 0.000 0.228
#> SRR2074859 1 0.1043 0.8595 0.960 0.000 0 0.000 0.040
#> SRR2074858 4 0.0510 0.8828 0.000 0.016 0 0.984 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0162 0.8758 0.996 0.000 0 0.000 0.004
#> SRR2074853 1 0.1197 0.8602 0.952 0.000 0 0.000 0.048
#> SRR2074852 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.2280 0.7872 0.880 0.000 0 0.000 0.120
#> SRR2074849 1 0.0703 0.8744 0.976 0.000 0 0.000 0.024
#> SRR2074848 1 0.0880 0.8723 0.968 0.000 0 0.000 0.032
#> SRR2074847 1 0.0963 0.8609 0.964 0.000 0 0.000 0.036
#> SRR2074846 1 0.0290 0.8750 0.992 0.000 0 0.000 0.008
#> SRR2074845 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0963 0.8711 0.964 0.000 0 0.000 0.036
#> SRR2074842 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074844 4 0.0290 0.8868 0.000 0.008 0 0.992 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0963 0.8711 0.964 0.000 0 0.000 0.036
#> SRR2074838 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0880 0.8710 0.000 0.032 0 0.968 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.3336 0.5428 0.772 0.000 0 0.000 0.228
#> SRR2074834 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.2605 0.7548 0.852 0.000 0 0.000 0.148
#> SRR2074832 2 0.4201 0.3401 0.000 0.592 0 0.408 0.000
#> SRR2074831 1 0.0880 0.8723 0.968 0.000 0 0.000 0.032
#> SRR2074829 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.4294 -0.4064 0.532 0.000 0 0.000 0.468
#> SRR2074827 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074826 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0963 0.8711 0.964 0.000 0 0.000 0.036
#> SRR2074822 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.4126 0.4059 0.000 0.620 0 0.380 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.3210 0.6957 0.000 0.212 0 0.788 0.000
#> SRR2074817 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074816 5 0.3480 0.8855 0.248 0.000 0 0.000 0.752
#> SRR2074815 4 0.2516 0.7771 0.000 0.140 0 0.860 0.000
#> SRR2074814 1 0.0880 0.8723 0.968 0.000 0 0.000 0.032
#> SRR2074812 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.1671 0.8376 0.000 0.076 0 0.924 0.000
#> SRR2074807 4 0.2020 0.8167 0.000 0.100 0 0.900 0.000
#> SRR2074806 5 0.3949 0.8533 0.332 0.000 0 0.000 0.668
#> SRR2074805 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074804 5 0.4300 0.5496 0.476 0.000 0 0.000 0.524
#> SRR2074803 1 0.1908 0.8315 0.908 0.000 0 0.000 0.092
#> SRR2074801 1 0.4192 -0.1900 0.596 0.000 0 0.000 0.404
#> SRR2074802 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0609 0.8757 0.980 0.000 0 0.000 0.020
#> SRR2074798 5 0.3480 0.8855 0.248 0.000 0 0.000 0.752
#> SRR2074797 1 0.0963 0.8711 0.964 0.000 0 0.000 0.036
#> SRR2074795 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.2561 0.7725 0.000 0.144 0 0.856 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.4307 0.0293 0.000 0.500 0 0.500 0.000
#> SRR2074792 5 0.3480 0.8855 0.248 0.000 0 0.000 0.752
#> SRR2074791 1 0.0794 0.8734 0.972 0.000 0 0.000 0.028
#> SRR2074790 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0703 0.8695 0.976 0.000 0 0.000 0.024
#> SRR2074788 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074786 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074785 5 0.4283 0.6250 0.456 0.000 0 0.000 0.544
#> SRR2074784 5 0.3480 0.8855 0.248 0.000 0 0.000 0.752
#> SRR2074783 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.2424 0.7530 0.868 0.000 0 0.000 0.132
#> SRR2074779 4 0.0162 0.8890 0.000 0.004 0 0.996 0.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074778 4 0.4171 0.3118 0.000 0.396 0 0.604 0.000
#> SRR2074777 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074775 5 0.3684 0.8686 0.280 0.000 0 0.000 0.720
#> SRR2074774 1 0.1043 0.8655 0.960 0.000 0 0.000 0.040
#> SRR2074773 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074771 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074772 5 0.4201 0.7701 0.408 0.000 0 0.000 0.592
#> SRR2074770 1 0.3774 0.3491 0.704 0.000 0 0.000 0.296
#> SRR2074769 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0510 0.8723 0.984 0.000 0 0.000 0.016
#> SRR2074765 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074764 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0794 0.8734 0.972 0.000 0 0.000 0.028
#> SRR2074762 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.4192 0.3502 0.000 0.596 0 0.404 0.000
#> SRR2074759 5 0.3966 0.8461 0.336 0.000 0 0.000 0.664
#> SRR2074757 4 0.4278 0.1368 0.000 0.452 0 0.548 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074755 5 0.3508 0.8844 0.252 0.000 0 0.000 0.748
#> SRR2074754 5 0.3480 0.8855 0.248 0.000 0 0.000 0.752
#> SRR2074753 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.1197 0.8524 0.952 0.000 0 0.000 0.048
#> SRR2074751 5 0.3480 0.8855 0.248 0.000 0 0.000 0.752
#> SRR2074749 2 0.4101 0.4227 0.000 0.628 0 0.372 0.000
#> SRR2074750 1 0.0963 0.8711 0.964 0.000 0 0.000 0.036
#> SRR2074748 5 0.3480 0.8855 0.248 0.000 0 0.000 0.752
#> SRR2074747 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.8752 1.000 0.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.2516 0.7422 0.860 0.000 0 0.000 0.140
#> SRR2074744 4 0.1851 0.8274 0.000 0.088 0 0.912 0.000
#> SRR2074743 4 0.3999 0.4479 0.000 0.344 0 0.656 0.000
#> SRR2074742 4 0.4088 0.3906 0.000 0.368 0 0.632 0.000
#> SRR2074741 5 0.3561 0.8808 0.260 0.000 0 0.000 0.740
#> SRR2074740 4 0.0000 0.8911 0.000 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0880 0.8723 0.968 0.000 0 0.000 0.032
#> SRR2074738 2 0.4210 0.3289 0.000 0.588 0 0.412 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074736 4 0.4294 0.0681 0.000 0.468 0 0.532 0.000
#> SRR2074735 5 0.3480 0.8855 0.248 0.000 0 0.000 0.752
#> SRR2074734 2 0.1671 0.8204 0.000 0.924 0 0.076 0.000
#> SRR2074733 5 0.4201 0.7440 0.408 0.000 0 0.000 0.592
#> SRR2074732 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.8901 0.000 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0880 0.8723 0.968 0.000 0 0.000 0.032
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0790 0.96978 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.99407 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.99407 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 0.99407 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 5 0.0790 0.00000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR2074916 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074914 6 0.3351 0.71727 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2074913 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.0000 0.99407 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.4814 0.12773 0.000 0.412 0.000 0.532 0.000 0.056
#> SRR2074910 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074909 6 0.3695 0.59806 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR2074907 6 0.3843 0.42618 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR2074908 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.2178 0.80864 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074904 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.3706 0.38636 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0865 0.90370 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074901 4 0.0260 0.87832 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0937 0.90167 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074899 2 0.3351 0.56187 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.3695 0.24635 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2074894 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.3774 0.31809 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.2092 0.82884 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2074891 6 0.2340 0.78007 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR2074890 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.3789 0.29621 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.1327 0.87402 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074884 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.2597 0.71391 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2074880 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.99407 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0146 0.90595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074877 4 0.3620 0.46863 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0363 0.90656 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074875 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 6 0.3851 0.41315 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR2074869 1 0.3797 -0.00553 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR2074868 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 6 0.1663 0.77435 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2074864 6 0.3126 0.73917 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR2074863 6 0.3351 0.71943 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2074862 1 0.0458 0.90656 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074861 1 0.0146 0.90512 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074860 1 0.3076 0.61271 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR2074859 1 0.0937 0.89193 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074858 4 0.0632 0.86850 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0146 0.90608 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074853 1 0.1141 0.89265 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074852 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.2454 0.77626 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2074849 1 0.0713 0.90466 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074848 1 0.0865 0.90262 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074847 1 0.0937 0.89063 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074846 1 0.0260 0.90534 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074845 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.1007 0.89999 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074842 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 4 0.0260 0.87817 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0937 0.90158 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074838 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0790 0.86174 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.3126 0.59968 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2074834 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.2378 0.80177 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2074832 2 0.3782 0.30783 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0865 0.90262 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074829 1 0.0146 0.90595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074830 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.3868 -0.22062 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR2074827 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0937 0.90158 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074822 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.3727 0.36838 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.2854 0.67949 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR2074817 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 6 0.1765 0.77624 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR2074815 4 0.2219 0.76613 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0865 0.90262 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074812 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.1501 0.82654 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR2074807 4 0.1814 0.80414 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR2074806 6 0.2823 0.76717 0.204 0.000 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR2074805 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 6 0.3782 0.45824 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR2074803 1 0.1910 0.85434 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2074801 6 0.3847 0.45373 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR2074802 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0632 0.90594 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074798 6 0.1663 0.77435 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2074797 1 0.1007 0.89999 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074795 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.2260 0.76121 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 4 0.3868 -0.01391 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR2074792 6 0.1663 0.77435 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2074791 1 0.0790 0.90362 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074790 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0632 0.90056 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074788 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 6 0.3789 0.47708 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR2074784 6 0.1663 0.77435 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2074783 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.2300 0.78581 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2074779 4 0.0146 0.88055 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 4 0.3747 0.33179 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR2074777 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 6 0.2092 0.75763 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR2074774 1 0.0937 0.89749 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074773 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 6 0.3409 0.71855 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR2074770 1 0.3464 0.44707 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR2074769 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0458 0.90290 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074765 1 0.0146 0.90595 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074764 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0790 0.90362 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074762 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.3789 0.29636 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR2074759 6 0.2941 0.76593 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR2074757 4 0.3847 0.15173 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 6 0.1863 0.77633 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR2074754 6 0.1663 0.77435 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2074753 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.1204 0.88001 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074751 6 0.1663 0.77435 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2074749 2 0.3727 0.36834 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.1007 0.89999 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074748 6 0.1663 0.77435 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2074747 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.90517 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.2378 0.77732 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2074744 4 0.1610 0.81917 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR2074743 4 0.3578 0.46995 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR2074742 4 0.4400 0.23535 0.000 0.376 0.000 0.592 0.000 0.032
#> SRR2074741 6 0.1814 0.77098 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2074740 4 0.0000 0.88272 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0865 0.90262 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074738 2 0.3797 0.28467 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 4 0.3857 0.10042 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR2074735 6 0.1663 0.77435 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR2074734 2 0.1501 0.81165 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2074733 6 0.3244 0.72480 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2074732 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.89122 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0865 0.90262 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.990 0.4986 0.501 0.501
#> 3 3 0.829 0.820 0.897 0.2016 0.924 0.848
#> 4 4 0.794 0.921 0.887 0.1460 0.864 0.686
#> 5 5 0.947 0.916 0.948 0.1213 0.917 0.725
#> 6 6 0.875 0.862 0.900 0.0307 0.988 0.949
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 2 0.833 0.640 0.264 0.736
#> SRR2074919 1 0.680 0.792 0.820 0.180
#> SRR2074920 1 0.680 0.792 0.820 0.180
#> SRR2074917 1 0.680 0.792 0.820 0.180
#> SRR2074918 2 0.278 0.950 0.048 0.952
#> SRR2074916 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.260 0.954 0.044 0.956
#> SRR2074914 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.260 0.954 0.044 0.956
#> SRR2074912 1 0.680 0.792 0.820 0.180
#> SRR2074911 2 0.260 0.954 0.044 0.956
#> SRR2074910 2 0.260 0.954 0.044 0.956
#> SRR2074909 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.260 0.954 0.044 0.956
#> SRR2074893 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.680 0.792 0.820 0.180
#> SRR2074878 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.574 0.848 0.864 0.136
#> SRR2074859 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.482 0.885 0.896 0.104
#> SRR2074845 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.118 0.972 0.984 0.016
#> SRR2074774 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.443 0.900 0.092 0.908
#> SRR2074744 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.278 0.950 0.048 0.952
#> SRR2074741 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.000 0.986 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.000 0.986 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.2878 0.741 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074919 3 0.3030 0.741 0.004 0.092 0.904
#> SRR2074920 3 0.3030 0.741 0.004 0.092 0.904
#> SRR2074917 3 0.8089 0.567 0.308 0.092 0.600
#> SRR2074918 3 0.2878 0.741 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074916 3 0.5098 0.592 0.000 0.248 0.752
#> SRR2074915 3 0.6252 0.512 0.000 0.444 0.556
#> SRR2074914 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 3 0.6286 0.468 0.000 0.464 0.536
#> SRR2074912 3 0.7642 0.646 0.248 0.092 0.660
#> SRR2074911 3 0.2959 0.741 0.000 0.100 0.900
#> SRR2074910 3 0.6180 0.554 0.000 0.416 0.584
#> SRR2074909 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0592 0.784 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074906 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074905 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074897 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074896 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.5733 0.244 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074893 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074886 2 0.0747 0.783 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074888 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074885 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074883 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074882 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074881 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.7642 0.646 0.248 0.092 0.660
#> SRR2074878 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.2066 0.767 0.000 0.940 0.060
#> SRR2074876 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074874 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074872 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.1031 0.781 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074865 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 3 0.8131 0.431 0.376 0.076 0.548
#> SRR2074859 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074857 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074851 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.8203 -0.177 0.484 0.072 0.444
#> SRR2074845 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074840 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074839 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074836 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074837 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.1753 0.738 0.000 0.952 0.048
#> SRR2074833 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.1643 0.774 0.000 0.956 0.044
#> SRR2074831 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074824 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074823 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074821 2 0.1289 0.778 0.000 0.968 0.032
#> SRR2074820 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074819 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.6062 0.645 0.000 0.616 0.384
#> SRR2074816 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074813 2 0.6225 0.432 0.000 0.568 0.432
#> SRR2074809 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074810 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074808 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074804 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074800 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074796 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074793 2 0.0592 0.784 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074792 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074789 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074782 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074775 1 0.5639 0.633 0.752 0.016 0.232
#> SRR2074774 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074768 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074766 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074761 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074756 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.6302 -0.364 0.000 0.520 0.480
#> SRR2074752 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.5058 0.485 0.000 0.756 0.244
#> SRR2074750 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 3 0.6451 0.526 0.004 0.436 0.560
#> SRR2074744 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.1163 0.780 0.000 0.972 0.028
#> SRR2074742 3 0.2878 0.741 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074741 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0747 0.783 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074736 2 0.0000 0.786 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.1860 0.771 0.000 0.948 0.052
#> SRR2074733 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074731 2 0.5905 0.685 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074730 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0000 0.912 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.912 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.912 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 0.912 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.0000 0.912 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074916 3 0.2635 0.867 0.000 0.076 0.904 0.020
#> SRR2074915 3 0.2197 0.869 0.000 0.080 0.916 0.004
#> SRR2074914 1 0.4222 0.814 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR2074913 3 0.3626 0.778 0.000 0.184 0.812 0.004
#> SRR2074912 3 0.0000 0.912 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 3 0.0000 0.912 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074910 3 0.0000 0.912 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074909 1 0.4250 0.812 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.3726 0.840 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.4509 0.991 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR2074906 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.1389 0.895 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074903 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074902 1 0.1118 0.897 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074900 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074898 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074895 1 0.4008 0.827 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR2074894 3 0.3498 0.723 0.000 0.008 0.832 0.160
#> SRR2074893 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074892 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074887 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074889 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074888 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.1211 0.896 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2074884 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.1118 0.897 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR2074880 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074879 3 0.0000 0.912 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074876 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074875 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074873 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074870 1 0.0921 0.897 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.2011 0.887 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074866 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074865 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0817 0.898 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074860 3 0.2032 0.880 0.036 0.028 0.936 0.000
#> SRR2074859 1 0.0469 0.899 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074855 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.1474 0.894 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR2074852 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0469 0.899 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.1302 0.896 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR2074846 3 0.3196 0.812 0.136 0.008 0.856 0.000
#> SRR2074845 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074844 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074841 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074840 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074838 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074835 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.5631 0.886 0.000 0.700 0.076 0.224
#> SRR2074833 1 0.2345 0.881 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074831 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.4164 0.818 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074826 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074825 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074822 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074820 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074817 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074818 4 0.0336 0.976 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2074816 1 0.4164 0.818 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074814 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074812 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074813 4 0.6532 0.301 0.000 0.084 0.368 0.548
#> SRR2074809 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074811 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074807 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074806 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074805 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0336 0.899 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.2149 0.885 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074799 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.4134 0.820 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074795 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074794 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074792 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074790 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.1398 0.873 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR2074788 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074785 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074783 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.1716 0.892 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074781 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074780 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074777 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074776 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 3 0.7457 0.365 0.220 0.276 0.504 0.000
#> SRR2074774 1 0.0707 0.898 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074771 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074772 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074769 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074768 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074767 1 0.0188 0.898 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074763 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074760 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074759 1 0.4134 0.820 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074758 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074755 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074753 3 0.4253 0.735 0.000 0.208 0.776 0.016
#> SRR2074752 1 0.1211 0.896 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.5343 0.920 0.000 0.708 0.052 0.240
#> SRR2074750 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074745 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074746 3 0.0376 0.910 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2074744 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074743 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074742 3 0.0000 0.912 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074741 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074739 1 0.0817 0.898 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074737 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074736 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074735 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.4356 0.996 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074733 1 0.4277 0.810 0.720 0.280 0.000 0.000
#> SRR2074732 4 0.0188 0.981 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2074731 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0336 0.898 0.992 0.008 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074916 3 0.2784 0.844 0.000 0.028 0.888 0.072 0.012
#> SRR2074915 3 0.2011 0.843 0.000 0.000 0.908 0.088 0.004
#> SRR2074914 5 0.2929 0.848 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR2074913 3 0.3980 0.620 0.000 0.000 0.708 0.284 0.008
#> SRR2074912 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074910 3 0.0609 0.898 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2074909 5 0.2020 0.872 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2074907 5 0.4473 0.675 0.324 0.020 0.000 0.000 0.656
#> SRR2074908 4 0.0162 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074906 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074905 1 0.3438 0.720 0.808 0.020 0.000 0.000 0.172
#> SRR2074904 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074901 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074899 4 0.0290 0.987 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074898 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074897 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 5 0.3796 0.722 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR2074894 3 0.0566 0.904 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2074893 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074891 5 0.1410 0.863 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2074890 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074886 4 0.0404 0.985 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074888 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074885 1 0.1568 0.928 0.944 0.020 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074884 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074883 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074882 1 0.0404 0.958 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074880 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074881 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074877 4 0.0404 0.985 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074876 1 0.0955 0.948 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074875 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074874 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074873 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074872 1 0.0609 0.953 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074871 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0451 0.960 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074869 1 0.4774 -0.034 0.556 0.020 0.000 0.000 0.424
#> SRR2074868 1 0.0609 0.953 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074867 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 4 0.0404 0.985 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074865 5 0.2020 0.878 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2074864 5 0.2230 0.877 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2074863 5 0.3074 0.837 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074862 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074861 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074860 3 0.0798 0.899 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR2074859 1 0.0912 0.955 0.972 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074858 4 0.0162 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074855 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074857 1 0.0162 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074856 1 0.0404 0.960 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074854 1 0.0162 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074853 1 0.4663 0.162 0.604 0.020 0.000 0.000 0.376
#> SRR2074852 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074851 1 0.0162 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074850 1 0.0510 0.956 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074849 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074848 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074847 1 0.0671 0.957 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074846 3 0.5612 0.623 0.160 0.024 0.688 0.000 0.128
#> SRR2074845 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0703 0.951 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074842 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074840 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074839 1 0.0703 0.951 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074838 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074836 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074837 5 0.2648 0.865 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR2074834 4 0.4066 0.464 0.000 0.000 0.324 0.672 0.004
#> SRR2074833 5 0.4841 0.421 0.416 0.024 0.000 0.000 0.560
#> SRR2074832 4 0.0404 0.985 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074831 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074830 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074828 5 0.2230 0.870 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2074827 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074824 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074823 1 0.0880 0.946 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074822 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074821 4 0.0404 0.985 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074820 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074819 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0865 0.984 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR2074816 5 0.2561 0.868 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2074815 4 0.0162 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074814 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074812 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074813 2 0.6159 0.217 0.000 0.520 0.368 0.100 0.012
#> SRR2074809 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074810 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074808 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 5 0.1410 0.863 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2074805 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074804 5 0.1410 0.863 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2074803 1 0.0798 0.954 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074801 5 0.4781 0.412 0.428 0.020 0.000 0.000 0.552
#> SRR2074802 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074800 1 0.0794 0.949 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074798 5 0.3395 0.793 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR2074797 1 0.0703 0.951 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074795 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074796 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074793 4 0.0404 0.985 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074792 5 0.1478 0.866 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR2074791 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074790 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074789 1 0.0703 0.952 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074788 1 0.0510 0.960 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074787 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074786 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 5 0.1544 0.869 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR2074784 5 0.1732 0.874 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2074783 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074782 1 0.1568 0.936 0.944 0.020 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074779 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074778 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074775 5 0.5177 -0.132 0.040 0.000 0.472 0.000 0.488
#> SRR2074774 1 0.0898 0.953 0.972 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074773 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 5 0.2020 0.877 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR2074770 5 0.2813 0.855 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR2074769 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074768 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074766 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.1661 0.931 0.940 0.024 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074765 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074761 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074762 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 4 0.0290 0.987 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074759 5 0.4109 0.742 0.288 0.012 0.000 0.000 0.700
#> SRR2074757 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074756 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 5 0.1671 0.873 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR2074754 5 0.1410 0.863 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2074753 3 0.4273 0.246 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR2074752 1 0.1216 0.945 0.960 0.020 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074751 5 0.1608 0.871 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2074749 4 0.0566 0.982 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR2074750 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074748 5 0.1908 0.877 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR2074747 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0162 0.961 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074746 3 0.0404 0.904 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074744 4 0.0162 0.989 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074743 4 0.0404 0.985 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074742 3 0.0000 0.907 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074741 5 0.1732 0.874 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2074740 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0290 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074738 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 4 0.0162 0.988 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2074736 4 0.0000 0.991 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 5 0.1732 0.872 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR2074734 4 0.0404 0.985 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074733 5 0.2230 0.876 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2074732 2 0.0963 0.972 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2074731 2 0.0703 0.987 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074730 1 0.0162 0.960 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0632 0.8703 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2074919 3 0.0790 0.8696 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074920 3 0.0790 0.8696 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074917 3 0.0713 0.8699 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2074918 3 0.0146 0.8696 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2074916 3 0.4233 0.7691 0.000 0.008 0.740 0.036 0.012 NA
#> SRR2074915 3 0.3680 0.7834 0.000 0.000 0.784 0.072 0.000 NA
#> SRR2074914 5 0.3269 0.8245 0.184 0.000 0.000 0.000 0.792 NA
#> SRR2074913 3 0.4701 0.7007 0.000 0.000 0.684 0.148 0.000 NA
#> SRR2074912 3 0.0790 0.8696 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074911 3 0.0260 0.8697 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2074910 3 0.1257 0.8610 0.000 0.000 0.952 0.028 0.000 NA
#> SRR2074909 5 0.2060 0.8650 0.084 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR2074907 5 0.5232 0.5423 0.320 0.000 0.000 0.000 0.564 NA
#> SRR2074908 4 0.1663 0.9223 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 NA
#> SRR2074906 2 0.0291 0.9937 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074905 1 0.3854 0.7400 0.772 0.000 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR2074904 4 0.0937 0.9349 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 NA
#> SRR2074903 4 0.0865 0.9342 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074902 1 0.0993 0.8712 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074901 4 0.0865 0.9342 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074900 1 0.0993 0.8737 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074899 4 0.2340 0.8828 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 NA
#> SRR2074898 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074897 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074896 4 0.0865 0.9324 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074895 5 0.4362 0.4893 0.388 0.000 0.000 0.000 0.584 NA
#> SRR2074894 3 0.1296 0.8664 0.000 0.000 0.952 0.012 0.004 NA
#> SRR2074893 4 0.1663 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 NA
#> SRR2074892 1 0.1261 0.8764 0.952 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074891 5 0.1082 0.8619 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 NA
#> SRR2074890 4 0.0937 0.9315 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 NA
#> SRR2074887 4 0.0547 0.9369 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA
#> SRR2074889 2 0.0146 0.9955 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074886 4 0.2793 0.8449 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 NA
#> SRR2074888 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074885 1 0.3083 0.8096 0.828 0.000 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074884 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074883 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074882 1 0.1257 0.8710 0.952 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074880 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074881 4 0.0713 0.9337 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 NA
#> SRR2074879 3 0.0790 0.8696 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074878 1 0.0632 0.8757 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074877 4 0.3271 0.8111 0.000 0.000 0.000 0.760 0.008 NA
#> SRR2074876 1 0.2662 0.8413 0.856 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074875 2 0.0291 0.9937 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074874 1 0.0717 0.8743 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074873 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074872 1 0.1524 0.8662 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074871 4 0.0937 0.9349 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 NA
#> SRR2074870 1 0.2697 0.8551 0.864 0.000 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR2074869 1 0.5269 0.4246 0.596 0.000 0.000 0.000 0.248 NA
#> SRR2074868 1 0.1643 0.8631 0.924 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074867 4 0.0937 0.9315 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 NA
#> SRR2074866 4 0.2823 0.8396 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 NA
#> SRR2074865 5 0.1757 0.8786 0.076 0.000 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR2074864 5 0.2312 0.8716 0.112 0.000 0.000 0.000 0.876 NA
#> SRR2074863 5 0.3514 0.7810 0.228 0.000 0.000 0.000 0.752 NA
#> SRR2074862 1 0.0458 0.8727 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074861 1 0.0820 0.8724 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074860 3 0.1268 0.8642 0.008 0.000 0.952 0.000 0.004 NA
#> SRR2074859 1 0.1807 0.8638 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074858 4 0.0937 0.9367 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 NA
#> SRR2074855 2 0.0146 0.9955 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074857 1 0.0000 0.8741 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074856 1 0.1616 0.8708 0.932 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074854 1 0.1327 0.8658 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074853 1 0.5092 0.4675 0.624 0.000 0.000 0.000 0.232 NA
#> SRR2074852 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074851 1 0.0790 0.8720 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074850 1 0.3071 0.7938 0.804 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074849 1 0.0891 0.8724 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074848 1 0.0458 0.8736 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074847 1 0.2046 0.8519 0.908 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> SRR2074846 3 0.6174 0.5976 0.096 0.000 0.580 0.000 0.100 NA
#> SRR2074845 1 0.0291 0.8744 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074843 1 0.4093 0.5807 0.584 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074842 4 0.0865 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074844 4 0.0865 0.9342 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074841 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074840 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074839 1 0.4093 0.5807 0.584 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074838 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074836 4 0.0790 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA
#> SRR2074835 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074837 5 0.2872 0.8579 0.140 0.000 0.000 0.000 0.836 NA
#> SRR2074834 4 0.3377 0.7574 0.000 0.000 0.188 0.784 0.000 NA
#> SRR2074833 1 0.5682 0.0431 0.460 0.000 0.000 0.000 0.380 NA
#> SRR2074832 4 0.3076 0.8097 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 NA
#> SRR2074831 1 0.3954 0.6419 0.636 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074829 1 0.1151 0.8750 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074830 1 0.0820 0.8755 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074828 5 0.2795 0.8580 0.100 0.000 0.000 0.000 0.856 NA
#> SRR2074827 4 0.0632 0.9374 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 NA
#> SRR2074826 4 0.0790 0.9368 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA
#> SRR2074825 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074824 2 0.0291 0.9937 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074823 1 0.4176 0.5782 0.580 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074822 2 0.0291 0.9937 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074821 4 0.3052 0.8289 0.000 0.000 0.004 0.780 0.000 NA
#> SRR2074820 2 0.0146 0.9937 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2074819 4 0.1204 0.9302 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 NA
#> SRR2074817 4 0.0458 0.9364 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> SRR2074818 2 0.0777 0.9715 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR2074816 5 0.2872 0.8547 0.140 0.000 0.000 0.000 0.836 NA
#> SRR2074815 4 0.0865 0.9381 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074814 1 0.0508 0.8744 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074812 2 0.0291 0.9937 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074813 3 0.6770 0.4468 0.000 0.296 0.456 0.036 0.012 NA
#> SRR2074809 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074810 4 0.0865 0.9324 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074811 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074808 4 0.0260 0.9381 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR2074807 4 0.0790 0.9361 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA
#> SRR2074806 5 0.1082 0.8619 0.040 0.000 0.000 0.000 0.956 NA
#> SRR2074805 2 0.0146 0.9955 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074804 5 0.1285 0.8715 0.052 0.000 0.000 0.000 0.944 NA
#> SRR2074803 1 0.2647 0.8549 0.868 0.000 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR2074801 1 0.5418 0.1311 0.492 0.000 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR2074802 4 0.1007 0.9351 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 NA
#> SRR2074799 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074800 1 0.4057 0.5987 0.600 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074798 5 0.4515 0.7240 0.244 0.000 0.008 0.000 0.688 NA
#> SRR2074797 1 0.4093 0.5807 0.584 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074795 2 0.0291 0.9937 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074796 4 0.0865 0.9342 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074794 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074793 4 0.2762 0.8481 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 NA
#> SRR2074792 5 0.1434 0.8702 0.048 0.000 0.000 0.000 0.940 NA
#> SRR2074791 1 0.1967 0.8594 0.904 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074790 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074789 1 0.2728 0.8482 0.872 0.000 0.040 0.000 0.008 NA
#> SRR2074788 1 0.1408 0.8757 0.944 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074787 1 0.0508 0.8741 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074786 4 0.0937 0.9334 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 NA
#> SRR2074785 5 0.1462 0.8747 0.056 0.000 0.000 0.000 0.936 NA
#> SRR2074784 5 0.1584 0.8754 0.064 0.000 0.000 0.000 0.928 NA
#> SRR2074783 2 0.0146 0.9955 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074782 1 0.2728 0.8333 0.860 0.000 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074779 4 0.0790 0.9340 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA
#> SRR2074781 4 0.1007 0.9329 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 NA
#> SRR2074780 1 0.0891 0.8753 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074778 4 0.0865 0.9342 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074777 4 0.0865 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074776 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074775 5 0.5749 0.0861 0.032 0.000 0.376 0.000 0.508 NA
#> SRR2074774 1 0.2066 0.8589 0.904 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074773 4 0.1007 0.9344 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 NA
#> SRR2074771 4 0.0790 0.9371 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA
#> SRR2074772 5 0.1757 0.8780 0.076 0.000 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR2074770 5 0.3301 0.8317 0.188 0.000 0.000 0.000 0.788 NA
#> SRR2074769 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074768 2 0.0146 0.9946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074766 4 0.1007 0.9327 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 NA
#> SRR2074767 1 0.3841 0.7558 0.724 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> SRR2074765 1 0.0858 0.8745 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074764 4 0.1141 0.9336 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 NA
#> SRR2074763 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074761 1 0.0603 0.8733 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074762 4 0.0458 0.9368 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> SRR2074760 4 0.2562 0.8663 0.000 0.000 0.000 0.828 0.000 NA
#> SRR2074759 5 0.4736 0.6191 0.308 0.000 0.000 0.000 0.620 NA
#> SRR2074757 4 0.0937 0.9349 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 NA
#> SRR2074758 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074756 4 0.0547 0.9367 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA
#> SRR2074755 5 0.1528 0.8687 0.048 0.000 0.000 0.000 0.936 NA
#> SRR2074754 5 0.1196 0.8636 0.040 0.000 0.000 0.000 0.952 NA
#> SRR2074753 3 0.5697 0.2850 0.000 0.000 0.476 0.356 0.000 NA
#> SRR2074752 1 0.2436 0.8436 0.880 0.000 0.000 0.000 0.032 NA
#> SRR2074751 5 0.1524 0.8757 0.060 0.000 0.000 0.000 0.932 NA
#> SRR2074749 4 0.3641 0.7789 0.000 0.000 0.020 0.732 0.000 NA
#> SRR2074750 1 0.1418 0.8746 0.944 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074748 5 0.1983 0.8778 0.072 0.000 0.000 0.000 0.908 NA
#> SRR2074747 4 0.0713 0.9337 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 NA
#> SRR2074745 1 0.0405 0.8738 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074746 3 0.1349 0.8608 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 NA
#> SRR2074744 4 0.1075 0.9321 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 NA
#> SRR2074743 4 0.2135 0.9066 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 NA
#> SRR2074742 3 0.0363 0.8693 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2074741 5 0.1584 0.8753 0.064 0.000 0.000 0.000 0.928 NA
#> SRR2074740 4 0.0790 0.9336 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA
#> SRR2074739 1 0.1088 0.8713 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074738 4 0.1075 0.9350 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 NA
#> SRR2074737 4 0.3087 0.8529 0.000 0.012 0.004 0.808 0.000 NA
#> SRR2074736 4 0.1075 0.9318 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 NA
#> SRR2074735 5 0.1625 0.8719 0.060 0.000 0.000 0.000 0.928 NA
#> SRR2074734 4 0.3050 0.8135 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 NA
#> SRR2074733 5 0.1970 0.8762 0.092 0.000 0.000 0.000 0.900 NA
#> SRR2074732 2 0.0767 0.9755 0.000 0.976 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR2074731 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074730 1 0.0458 0.8742 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.998 0.4991 0.502 0.502
#> 3 3 0.919 0.900 0.949 0.0886 0.953 0.906
#> 4 4 0.802 0.881 0.909 0.0635 1.000 1.000
#> 5 5 0.732 0.700 0.857 0.0613 0.956 0.905
#> 6 6 0.716 0.717 0.841 0.0442 0.925 0.830
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074919 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074920 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074917 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.973 0.322 0.404 0.596
#> SRR2074893 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.6204 0.949 0.000 0.424 0.576
#> SRR2074919 3 0.6095 0.924 0.000 0.392 0.608
#> SRR2074920 3 0.6062 0.914 0.000 0.384 0.616
#> SRR2074917 1 0.1860 0.964 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074918 3 0.6180 0.948 0.000 0.416 0.584
#> SRR2074916 2 0.5591 0.180 0.000 0.696 0.304
#> SRR2074915 2 0.6274 -0.664 0.000 0.544 0.456
#> SRR2074914 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.6280 -0.678 0.000 0.540 0.460
#> SRR2074912 1 0.1411 0.971 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074911 3 0.6286 0.884 0.000 0.464 0.536
#> SRR2074910 3 0.6235 0.939 0.000 0.436 0.564
#> SRR2074909 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.1289 0.892 0.000 0.968 0.032
#> SRR2074906 2 0.0592 0.893 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074905 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.3941 0.741 0.000 0.844 0.156
#> SRR2074903 2 0.2959 0.836 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074902 1 0.0424 0.989 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074901 2 0.2356 0.865 0.000 0.928 0.072
#> SRR2074900 1 0.0592 0.988 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074899 2 0.0592 0.896 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074898 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074897 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074896 2 0.2537 0.859 0.000 0.920 0.080
#> SRR2074895 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.4978 0.635 0.780 0.216 0.004
#> SRR2074893 2 0.0424 0.897 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074892 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0237 0.988 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074890 2 0.3686 0.774 0.000 0.860 0.140
#> SRR2074887 2 0.3340 0.808 0.000 0.880 0.120
#> SRR2074889 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074886 2 0.1031 0.895 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074888 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074885 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074883 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074882 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.2066 0.876 0.000 0.940 0.060
#> SRR2074879 1 0.1643 0.962 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074878 1 0.1031 0.984 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074877 2 0.4178 0.704 0.000 0.828 0.172
#> SRR2074876 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074875 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074874 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074873 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074872 1 0.1643 0.970 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074871 2 0.2796 0.845 0.000 0.908 0.092
#> SRR2074870 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.1289 0.979 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074867 2 0.3816 0.758 0.000 0.852 0.148
#> SRR2074866 2 0.4452 0.654 0.000 0.808 0.192
#> SRR2074865 1 0.0237 0.988 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074864 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0592 0.988 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074861 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074860 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074859 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074858 2 0.3340 0.808 0.000 0.880 0.120
#> SRR2074855 2 0.0747 0.891 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074857 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074856 1 0.1031 0.984 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074854 1 0.0892 0.985 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074853 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0592 0.894 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074851 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074850 1 0.0424 0.989 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074849 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074848 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074847 1 0.0424 0.989 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074846 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074843 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074842 2 0.3267 0.818 0.000 0.884 0.116
#> SRR2074844 2 0.3267 0.816 0.000 0.884 0.116
#> SRR2074841 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074840 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074839 1 0.0892 0.985 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074838 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074836 2 0.2448 0.865 0.000 0.924 0.076
#> SRR2074835 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074837 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.1860 0.882 0.000 0.948 0.052
#> SRR2074833 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074829 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074830 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074828 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.2066 0.879 0.000 0.940 0.060
#> SRR2074826 2 0.4605 0.623 0.000 0.796 0.204
#> SRR2074825 2 0.0237 0.897 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074824 2 0.0592 0.893 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074823 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074822 2 0.0592 0.893 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074821 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074819 2 0.1964 0.881 0.000 0.944 0.056
#> SRR2074817 2 0.2356 0.866 0.000 0.928 0.072
#> SRR2074818 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074816 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0237 0.897 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074814 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074812 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074813 2 0.2537 0.862 0.000 0.920 0.080
#> SRR2074809 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074810 2 0.2165 0.877 0.000 0.936 0.064
#> SRR2074811 2 0.0592 0.894 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074808 2 0.1643 0.886 0.000 0.956 0.044
#> SRR2074807 2 0.1860 0.881 0.000 0.948 0.052
#> SRR2074806 1 0.0237 0.988 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074805 2 0.0592 0.894 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074804 1 0.0237 0.988 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074803 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.2165 0.873 0.000 0.936 0.064
#> SRR2074799 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074800 1 0.0892 0.985 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074798 1 0.0747 0.982 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074797 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074795 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074796 2 0.2066 0.878 0.000 0.940 0.060
#> SRR2074794 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074793 2 0.0237 0.897 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074792 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0892 0.985 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074790 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074789 1 0.0592 0.988 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074788 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0424 0.989 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074786 2 0.1163 0.892 0.000 0.972 0.028
#> SRR2074785 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0747 0.982 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074783 2 0.0592 0.894 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074782 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.1163 0.892 0.000 0.972 0.028
#> SRR2074781 2 0.4702 0.601 0.000 0.788 0.212
#> SRR2074780 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074778 2 0.1860 0.881 0.000 0.948 0.052
#> SRR2074777 2 0.3619 0.781 0.000 0.864 0.136
#> SRR2074776 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074775 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.1964 0.880 0.000 0.944 0.056
#> SRR2074771 2 0.2711 0.850 0.000 0.912 0.088
#> SRR2074772 1 0.0237 0.988 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074770 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0237 0.897 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074768 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074766 2 0.2959 0.839 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074767 1 0.0592 0.988 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074765 1 0.1163 0.981 0.972 0.000 0.028
#> SRR2074764 2 0.4002 0.733 0.000 0.840 0.160
#> SRR2074763 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074761 1 0.0592 0.988 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074762 2 0.3267 0.818 0.000 0.884 0.116
#> SRR2074760 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.1289 0.890 0.000 0.968 0.032
#> SRR2074758 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074756 2 0.2959 0.836 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074755 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0237 0.988 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074753 2 0.5138 0.445 0.000 0.748 0.252
#> SRR2074752 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0424 0.896 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074750 1 0.0424 0.989 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074748 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.1860 0.883 0.000 0.948 0.052
#> SRR2074745 1 0.0747 0.987 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074746 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.1529 0.888 0.000 0.960 0.040
#> SRR2074743 2 0.0000 0.897 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 3 0.6215 0.946 0.000 0.428 0.572
#> SRR2074741 1 0.0592 0.985 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074740 2 0.3412 0.808 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074739 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0747 0.897 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074737 2 0.0592 0.894 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074736 2 0.0424 0.897 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074735 1 0.0237 0.988 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074734 2 0.0237 0.897 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074733 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0592 0.893 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074731 2 0.0592 0.893 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074730 1 0.0892 0.985 0.980 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.5022 0.891 0.000 0.220 0.736 NA
#> SRR2074919 3 0.5458 0.877 0.000 0.204 0.720 NA
#> SRR2074920 3 0.5256 0.879 0.000 0.204 0.732 NA
#> SRR2074917 1 0.5165 0.515 0.512 0.000 0.004 NA
#> SRR2074918 3 0.5850 0.892 0.000 0.244 0.676 NA
#> SRR2074916 2 0.4509 0.514 0.000 0.708 0.288 NA
#> SRR2074915 2 0.5277 -0.297 0.000 0.532 0.460 NA
#> SRR2074914 1 0.1022 0.909 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074913 2 0.5590 -0.298 0.000 0.524 0.456 NA
#> SRR2074912 1 0.3837 0.813 0.776 0.000 0.000 NA
#> SRR2074911 3 0.5159 0.759 0.000 0.364 0.624 NA
#> SRR2074910 3 0.6069 0.784 0.000 0.356 0.588 NA
#> SRR2074909 1 0.1118 0.908 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR2074907 1 0.0817 0.911 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2074908 2 0.0921 0.929 0.000 0.972 0.028 NA
#> SRR2074906 2 0.1629 0.914 0.000 0.952 0.024 NA
#> SRR2074905 1 0.0469 0.912 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2074904 2 0.2530 0.869 0.000 0.888 0.112 NA
#> SRR2074903 2 0.1557 0.919 0.000 0.944 0.056 NA
#> SRR2074902 1 0.1940 0.909 0.924 0.000 0.000 NA
#> SRR2074901 2 0.1474 0.919 0.000 0.948 0.052 NA
#> SRR2074900 1 0.2469 0.901 0.892 0.000 0.000 NA
#> SRR2074899 2 0.0707 0.929 0.000 0.980 0.020 NA
#> SRR2074898 2 0.1174 0.924 0.000 0.968 0.012 NA
#> SRR2074897 2 0.1059 0.926 0.000 0.972 0.016 NA
#> SRR2074896 2 0.2011 0.906 0.000 0.920 0.080 NA
#> SRR2074895 1 0.1022 0.909 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074894 1 0.4715 0.735 0.808 0.128 0.040 NA
#> SRR2074893 2 0.0927 0.931 0.000 0.976 0.016 NA
#> SRR2074892 1 0.1792 0.910 0.932 0.000 0.000 NA
#> SRR2074891 1 0.1661 0.902 0.944 0.000 0.004 NA
#> SRR2074890 2 0.2469 0.878 0.000 0.892 0.108 NA
#> SRR2074887 2 0.2011 0.899 0.000 0.920 0.080 NA
#> SRR2074889 2 0.1520 0.917 0.000 0.956 0.024 NA
#> SRR2074886 2 0.1022 0.929 0.000 0.968 0.032 NA
#> SRR2074888 2 0.1284 0.922 0.000 0.964 0.024 NA
#> SRR2074885 1 0.0592 0.914 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2074884 2 0.0937 0.926 0.000 0.976 0.012 NA
#> SRR2074883 2 0.1151 0.927 0.000 0.968 0.024 NA
#> SRR2074882 1 0.2011 0.909 0.920 0.000 0.000 NA
#> SRR2074880 2 0.0188 0.930 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR2074881 2 0.1302 0.922 0.000 0.956 0.044 NA
#> SRR2074879 1 0.5233 0.682 0.648 0.000 0.020 NA
#> SRR2074878 1 0.3688 0.860 0.792 0.000 0.000 NA
#> SRR2074877 2 0.2760 0.848 0.000 0.872 0.128 NA
#> SRR2074876 1 0.1557 0.911 0.944 0.000 0.000 NA
#> SRR2074875 2 0.1520 0.917 0.000 0.956 0.024 NA
#> SRR2074874 1 0.3266 0.879 0.832 0.000 0.000 NA
#> SRR2074873 2 0.0937 0.927 0.000 0.976 0.012 NA
#> SRR2074872 1 0.4967 0.587 0.548 0.000 0.000 NA
#> SRR2074871 2 0.1902 0.912 0.000 0.932 0.064 NA
#> SRR2074870 1 0.0336 0.913 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2074869 1 0.0469 0.912 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2074868 1 0.4564 0.752 0.672 0.000 0.000 NA
#> SRR2074867 2 0.2345 0.881 0.000 0.900 0.100 NA
#> SRR2074866 2 0.2760 0.855 0.000 0.872 0.128 NA
#> SRR2074865 1 0.1576 0.903 0.948 0.000 0.004 NA
#> SRR2074864 1 0.1022 0.909 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074863 1 0.0921 0.909 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2074862 1 0.2647 0.899 0.880 0.000 0.000 NA
#> SRR2074861 1 0.1792 0.910 0.932 0.000 0.000 NA
#> SRR2074860 1 0.1211 0.908 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2074859 1 0.1474 0.911 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074858 2 0.2266 0.893 0.000 0.912 0.084 NA
#> SRR2074855 2 0.1406 0.920 0.000 0.960 0.024 NA
#> SRR2074857 1 0.2814 0.894 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR2074856 1 0.4624 0.742 0.660 0.000 0.000 NA
#> SRR2074854 1 0.4277 0.802 0.720 0.000 0.000 NA
#> SRR2074853 1 0.0469 0.913 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2074852 2 0.0779 0.928 0.000 0.980 0.004 NA
#> SRR2074851 1 0.3444 0.872 0.816 0.000 0.000 NA
#> SRR2074850 1 0.2868 0.896 0.864 0.000 0.000 NA
#> SRR2074849 1 0.3123 0.884 0.844 0.000 0.000 NA
#> SRR2074848 1 0.2814 0.894 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR2074847 1 0.1474 0.913 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074846 1 0.1118 0.914 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR2074845 1 0.2281 0.904 0.904 0.000 0.000 NA
#> SRR2074843 1 0.3400 0.877 0.820 0.000 0.000 NA
#> SRR2074842 2 0.2124 0.905 0.000 0.924 0.068 NA
#> SRR2074844 2 0.1792 0.909 0.000 0.932 0.068 NA
#> SRR2074841 2 0.1182 0.923 0.000 0.968 0.016 NA
#> SRR2074840 2 0.0657 0.928 0.000 0.984 0.004 NA
#> SRR2074839 1 0.3726 0.855 0.788 0.000 0.000 NA
#> SRR2074838 2 0.1059 0.925 0.000 0.972 0.012 NA
#> SRR2074836 2 0.1398 0.924 0.000 0.956 0.040 NA
#> SRR2074835 2 0.1059 0.927 0.000 0.972 0.016 NA
#> SRR2074837 1 0.1022 0.908 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074834 2 0.1888 0.927 0.000 0.940 0.044 NA
#> SRR2074833 1 0.0921 0.909 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2074832 2 0.0524 0.930 0.000 0.988 0.008 NA
#> SRR2074831 1 0.3764 0.853 0.784 0.000 0.000 NA
#> SRR2074829 1 0.3123 0.886 0.844 0.000 0.000 NA
#> SRR2074830 1 0.3266 0.880 0.832 0.000 0.000 NA
#> SRR2074828 1 0.0921 0.909 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2074827 2 0.1452 0.927 0.000 0.956 0.036 NA
#> SRR2074826 2 0.3351 0.805 0.000 0.844 0.148 NA
#> SRR2074825 2 0.0672 0.929 0.000 0.984 0.008 NA
#> SRR2074824 2 0.1520 0.917 0.000 0.956 0.020 NA
#> SRR2074823 1 0.3219 0.885 0.836 0.000 0.000 NA
#> SRR2074822 2 0.1624 0.914 0.000 0.952 0.020 NA
#> SRR2074821 2 0.0937 0.927 0.000 0.976 0.012 NA
#> SRR2074820 2 0.1182 0.924 0.000 0.968 0.016 NA
#> SRR2074819 2 0.0921 0.927 0.000 0.972 0.028 NA
#> SRR2074817 2 0.1211 0.924 0.000 0.960 0.040 NA
#> SRR2074818 2 0.1059 0.930 0.000 0.972 0.012 NA
#> SRR2074816 1 0.1305 0.907 0.960 0.000 0.004 NA
#> SRR2074815 2 0.0927 0.931 0.000 0.976 0.016 NA
#> SRR2074814 1 0.3123 0.885 0.844 0.000 0.000 NA
#> SRR2074812 2 0.1284 0.923 0.000 0.964 0.024 NA
#> SRR2074813 2 0.1743 0.917 0.000 0.940 0.056 NA
#> SRR2074809 2 0.1059 0.925 0.000 0.972 0.016 NA
#> SRR2074810 2 0.1557 0.924 0.000 0.944 0.056 NA
#> SRR2074811 2 0.1042 0.926 0.000 0.972 0.008 NA
#> SRR2074808 2 0.1389 0.921 0.000 0.952 0.048 NA
#> SRR2074807 2 0.1118 0.925 0.000 0.964 0.036 NA
#> SRR2074806 1 0.1635 0.904 0.948 0.000 0.008 NA
#> SRR2074805 2 0.0336 0.930 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR2074804 1 0.1767 0.903 0.944 0.000 0.012 NA
#> SRR2074803 1 0.0817 0.913 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2074801 1 0.0921 0.909 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2074802 2 0.1302 0.922 0.000 0.956 0.044 NA
#> SRR2074799 2 0.1059 0.926 0.000 0.972 0.012 NA
#> SRR2074800 1 0.4008 0.832 0.756 0.000 0.000 NA
#> SRR2074798 1 0.2101 0.898 0.928 0.000 0.012 NA
#> SRR2074797 1 0.2868 0.897 0.864 0.000 0.000 NA
#> SRR2074795 2 0.0524 0.930 0.000 0.988 0.008 NA
#> SRR2074796 2 0.1211 0.925 0.000 0.960 0.040 NA
#> SRR2074794 2 0.0937 0.926 0.000 0.976 0.012 NA
#> SRR2074793 2 0.0707 0.932 0.000 0.980 0.020 NA
#> SRR2074792 1 0.1489 0.905 0.952 0.000 0.004 NA
#> SRR2074791 1 0.3649 0.861 0.796 0.000 0.000 NA
#> SRR2074790 2 0.1059 0.925 0.000 0.972 0.016 NA
#> SRR2074789 1 0.2760 0.897 0.872 0.000 0.000 NA
#> SRR2074788 1 0.1792 0.910 0.932 0.000 0.000 NA
#> SRR2074787 1 0.2589 0.899 0.884 0.000 0.000 NA
#> SRR2074786 2 0.1109 0.928 0.000 0.968 0.028 NA
#> SRR2074785 1 0.0921 0.909 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2074784 1 0.2142 0.897 0.928 0.000 0.016 NA
#> SRR2074783 2 0.1042 0.926 0.000 0.972 0.020 NA
#> SRR2074782 1 0.0921 0.913 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2074779 2 0.0779 0.930 0.000 0.980 0.016 NA
#> SRR2074781 2 0.3266 0.787 0.000 0.832 0.168 NA
#> SRR2074780 1 0.2647 0.899 0.880 0.000 0.000 NA
#> SRR2074778 2 0.1118 0.925 0.000 0.964 0.036 NA
#> SRR2074777 2 0.2469 0.875 0.000 0.892 0.108 NA
#> SRR2074776 2 0.0672 0.929 0.000 0.984 0.008 NA
#> SRR2074775 1 0.1576 0.904 0.948 0.000 0.004 NA
#> SRR2074774 1 0.0707 0.914 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2074773 2 0.1576 0.920 0.000 0.948 0.048 NA
#> SRR2074771 2 0.1867 0.907 0.000 0.928 0.072 NA
#> SRR2074772 1 0.1722 0.902 0.944 0.000 0.008 NA
#> SRR2074770 1 0.0921 0.909 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2074769 2 0.1174 0.930 0.000 0.968 0.020 NA
#> SRR2074768 2 0.0524 0.930 0.000 0.988 0.004 NA
#> SRR2074766 2 0.1743 0.914 0.000 0.940 0.056 NA
#> SRR2074767 1 0.2011 0.913 0.920 0.000 0.000 NA
#> SRR2074765 1 0.4543 0.756 0.676 0.000 0.000 NA
#> SRR2074764 2 0.2831 0.854 0.000 0.876 0.120 NA
#> SRR2074763 2 0.1297 0.922 0.000 0.964 0.020 NA
#> SRR2074761 1 0.2081 0.906 0.916 0.000 0.000 NA
#> SRR2074762 2 0.1902 0.909 0.000 0.932 0.064 NA
#> SRR2074760 2 0.0927 0.930 0.000 0.976 0.016 NA
#> SRR2074759 1 0.0817 0.910 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2074757 2 0.0707 0.929 0.000 0.980 0.020 NA
#> SRR2074758 2 0.1297 0.921 0.000 0.964 0.020 NA
#> SRR2074756 2 0.1940 0.903 0.000 0.924 0.076 NA
#> SRR2074755 1 0.1209 0.908 0.964 0.000 0.004 NA
#> SRR2074754 1 0.1854 0.901 0.940 0.000 0.012 NA
#> SRR2074753 2 0.3649 0.713 0.000 0.796 0.204 NA
#> SRR2074752 1 0.0707 0.913 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2074751 1 0.1576 0.904 0.948 0.000 0.004 NA
#> SRR2074749 2 0.1297 0.922 0.000 0.964 0.020 NA
#> SRR2074750 1 0.1867 0.910 0.928 0.000 0.000 NA
#> SRR2074748 1 0.1356 0.907 0.960 0.000 0.008 NA
#> SRR2074747 2 0.1807 0.926 0.000 0.940 0.052 NA
#> SRR2074745 1 0.3486 0.869 0.812 0.000 0.000 NA
#> SRR2074746 1 0.0921 0.911 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2074744 2 0.1022 0.928 0.000 0.968 0.032 NA
#> SRR2074743 2 0.0927 0.931 0.000 0.976 0.016 NA
#> SRR2074742 3 0.6377 0.888 0.000 0.256 0.632 NA
#> SRR2074741 1 0.2021 0.898 0.932 0.000 0.012 NA
#> SRR2074740 2 0.2675 0.873 0.000 0.892 0.100 NA
#> SRR2074739 1 0.0817 0.914 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2074738 2 0.1284 0.931 0.000 0.964 0.024 NA
#> SRR2074737 2 0.0524 0.929 0.000 0.988 0.004 NA
#> SRR2074736 2 0.0336 0.930 0.000 0.992 0.008 NA
#> SRR2074735 1 0.1635 0.903 0.948 0.000 0.008 NA
#> SRR2074734 2 0.0336 0.929 0.000 0.992 0.000 NA
#> SRR2074733 1 0.1022 0.909 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074732 2 0.1411 0.920 0.000 0.960 0.020 NA
#> SRR2074731 2 0.1406 0.920 0.000 0.960 0.016 NA
#> SRR2074730 1 0.3907 0.840 0.768 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.4349 0.8153 0.000 0.112 0.788 0.012 NA
#> SRR2074919 3 0.4918 0.8021 0.000 0.108 0.764 0.044 NA
#> SRR2074920 3 0.4428 0.8062 0.000 0.104 0.796 0.036 NA
#> SRR2074917 4 0.5575 0.5381 0.280 0.000 0.000 0.612 NA
#> SRR2074918 3 0.5057 0.8171 0.000 0.120 0.728 0.012 NA
#> SRR2074916 2 0.4414 0.7108 0.000 0.764 0.160 0.004 NA
#> SRR2074915 2 0.5533 0.4487 0.000 0.656 0.248 0.016 NA
#> SRR2074914 1 0.0703 0.6915 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074913 2 0.5953 0.3700 0.000 0.624 0.264 0.032 NA
#> SRR2074912 1 0.6467 -0.3262 0.504 0.000 0.012 0.344 NA
#> SRR2074911 3 0.5686 0.5196 0.000 0.356 0.552 0.000 NA
#> SRR2074910 2 0.7297 -0.3067 0.000 0.460 0.348 0.096 NA
#> SRR2074909 1 0.0963 0.6853 0.964 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074907 1 0.0865 0.6925 0.972 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074908 2 0.0693 0.9324 0.000 0.980 0.008 0.000 NA
#> SRR2074906 2 0.1671 0.9164 0.000 0.924 0.000 0.000 NA
#> SRR2074905 1 0.0992 0.6918 0.968 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074904 2 0.1877 0.9128 0.000 0.924 0.064 0.000 NA
#> SRR2074903 2 0.1469 0.9289 0.000 0.948 0.036 0.000 NA
#> SRR2074902 1 0.3695 0.5884 0.800 0.000 0.000 0.164 NA
#> SRR2074901 2 0.1469 0.9236 0.000 0.948 0.036 0.000 NA
#> SRR2074900 1 0.4067 0.3874 0.692 0.000 0.000 0.300 NA
#> SRR2074899 2 0.0671 0.9340 0.000 0.980 0.004 0.000 NA
#> SRR2074898 2 0.1830 0.9171 0.000 0.924 0.008 0.000 NA
#> SRR2074897 2 0.1444 0.9314 0.000 0.948 0.012 0.000 NA
#> SRR2074896 2 0.1741 0.9234 0.000 0.936 0.040 0.000 NA
#> SRR2074895 1 0.1205 0.6922 0.956 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074894 1 0.4955 0.3977 0.760 0.072 0.136 0.008 NA
#> SRR2074893 2 0.1012 0.9333 0.000 0.968 0.012 0.000 NA
#> SRR2074892 1 0.3759 0.5358 0.764 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR2074891 1 0.1671 0.6628 0.924 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074890 2 0.2139 0.9107 0.000 0.916 0.052 0.000 NA
#> SRR2074887 2 0.1965 0.9196 0.000 0.924 0.052 0.000 NA
#> SRR2074889 2 0.2046 0.9156 0.000 0.916 0.016 0.000 NA
#> SRR2074886 2 0.1117 0.9346 0.000 0.964 0.020 0.000 NA
#> SRR2074888 2 0.1697 0.9193 0.000 0.932 0.008 0.000 NA
#> SRR2074885 1 0.1568 0.6902 0.944 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR2074884 2 0.1121 0.9272 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR2074883 2 0.1121 0.9280 0.000 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR2074882 1 0.4215 0.5545 0.772 0.000 0.004 0.172 NA
#> SRR2074880 2 0.1251 0.9330 0.000 0.956 0.008 0.000 NA
#> SRR2074881 2 0.1195 0.9310 0.000 0.960 0.012 0.000 NA
#> SRR2074879 4 0.7450 0.4391 0.368 0.000 0.064 0.412 NA
#> SRR2074878 1 0.4881 -0.3224 0.520 0.000 0.004 0.460 NA
#> SRR2074877 2 0.2171 0.9054 0.000 0.912 0.064 0.000 NA
#> SRR2074876 1 0.3562 0.5714 0.788 0.000 0.000 0.196 NA
#> SRR2074875 2 0.1740 0.9251 0.000 0.932 0.012 0.000 NA
#> SRR2074874 1 0.4390 -0.0970 0.568 0.000 0.000 0.428 NA
#> SRR2074873 2 0.1357 0.9290 0.000 0.948 0.004 0.000 NA
#> SRR2074872 4 0.4209 0.6154 0.224 0.000 0.004 0.744 NA
#> SRR2074871 2 0.1701 0.9234 0.000 0.936 0.048 0.000 NA
#> SRR2074870 1 0.1725 0.6886 0.936 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR2074869 1 0.0992 0.6921 0.968 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074868 4 0.4630 0.6497 0.396 0.000 0.000 0.588 NA
#> SRR2074867 2 0.2139 0.9108 0.000 0.916 0.052 0.000 NA
#> SRR2074866 2 0.2894 0.8736 0.000 0.876 0.084 0.004 NA
#> SRR2074865 1 0.1270 0.6782 0.948 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074864 1 0.0510 0.6918 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074863 1 0.0510 0.6903 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074862 1 0.4238 0.1893 0.628 0.000 0.000 0.368 NA
#> SRR2074861 1 0.3536 0.6000 0.812 0.000 0.000 0.156 NA
#> SRR2074860 1 0.2046 0.6719 0.916 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074859 1 0.3326 0.6129 0.824 0.000 0.000 0.152 NA
#> SRR2074858 2 0.1800 0.9161 0.000 0.932 0.048 0.000 NA
#> SRR2074855 2 0.1704 0.9190 0.000 0.928 0.004 0.000 NA
#> SRR2074857 1 0.4127 0.3635 0.680 0.000 0.000 0.312 NA
#> SRR2074856 4 0.4808 0.6754 0.348 0.000 0.000 0.620 NA
#> SRR2074854 4 0.5213 0.6395 0.396 0.000 0.000 0.556 NA
#> SRR2074853 1 0.1211 0.6922 0.960 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074852 2 0.1357 0.9272 0.000 0.948 0.004 0.000 NA
#> SRR2074851 1 0.4696 -0.1700 0.556 0.000 0.000 0.428 NA
#> SRR2074850 1 0.4387 0.2455 0.640 0.000 0.000 0.348 NA
#> SRR2074849 1 0.4380 0.1323 0.616 0.000 0.000 0.376 NA
#> SRR2074848 1 0.4402 0.2201 0.636 0.000 0.000 0.352 NA
#> SRR2074847 1 0.2984 0.6445 0.860 0.000 0.000 0.108 NA
#> SRR2074846 1 0.2654 0.6629 0.884 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR2074845 1 0.4132 0.4558 0.720 0.000 0.000 0.260 NA
#> SRR2074843 1 0.5221 -0.2016 0.552 0.000 0.000 0.400 NA
#> SRR2074842 2 0.1872 0.9167 0.000 0.928 0.052 0.000 NA
#> SRR2074844 2 0.1818 0.9199 0.000 0.932 0.044 0.000 NA
#> SRR2074841 2 0.1697 0.9238 0.000 0.932 0.008 0.000 NA
#> SRR2074840 2 0.1124 0.9306 0.000 0.960 0.004 0.000 NA
#> SRR2074839 1 0.5230 -0.3920 0.504 0.000 0.000 0.452 NA
#> SRR2074838 2 0.1484 0.9263 0.000 0.944 0.008 0.000 NA
#> SRR2074836 2 0.1522 0.9243 0.000 0.944 0.044 0.000 NA
#> SRR2074835 2 0.1331 0.9299 0.000 0.952 0.008 0.000 NA
#> SRR2074837 1 0.0510 0.6903 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074834 2 0.1605 0.9289 0.004 0.944 0.040 0.000 NA
#> SRR2074833 1 0.1356 0.6938 0.956 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR2074832 2 0.0771 0.9328 0.000 0.976 0.004 0.000 NA
#> SRR2074831 4 0.4747 0.3990 0.484 0.000 0.000 0.500 NA
#> SRR2074829 1 0.4457 0.1631 0.620 0.000 0.000 0.368 NA
#> SRR2074830 1 0.4674 -0.1106 0.568 0.000 0.000 0.416 NA
#> SRR2074828 1 0.0671 0.6932 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074827 2 0.1168 0.9300 0.000 0.960 0.032 0.000 NA
#> SRR2074826 2 0.3161 0.8516 0.000 0.860 0.100 0.008 NA
#> SRR2074825 2 0.1205 0.9311 0.000 0.956 0.004 0.000 NA
#> SRR2074824 2 0.1831 0.9123 0.000 0.920 0.004 0.000 NA
#> SRR2074823 1 0.4921 0.0888 0.604 0.000 0.000 0.360 NA
#> SRR2074822 2 0.2017 0.9069 0.000 0.912 0.008 0.000 NA
#> SRR2074821 2 0.1469 0.9328 0.000 0.948 0.016 0.000 NA
#> SRR2074820 2 0.1502 0.9260 0.000 0.940 0.004 0.000 NA
#> SRR2074819 2 0.1310 0.9285 0.000 0.956 0.024 0.000 NA
#> SRR2074817 2 0.1018 0.9307 0.000 0.968 0.016 0.000 NA
#> SRR2074818 2 0.1484 0.9309 0.000 0.944 0.008 0.000 NA
#> SRR2074816 1 0.1341 0.6799 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074815 2 0.0912 0.9338 0.000 0.972 0.012 0.000 NA
#> SRR2074814 1 0.4392 0.1260 0.612 0.000 0.000 0.380 NA
#> SRR2074812 2 0.1571 0.9217 0.000 0.936 0.004 0.000 NA
#> SRR2074813 2 0.2124 0.9229 0.000 0.916 0.056 0.000 NA
#> SRR2074809 2 0.1430 0.9262 0.000 0.944 0.004 0.000 NA
#> SRR2074810 2 0.1661 0.9279 0.000 0.940 0.036 0.000 NA
#> SRR2074811 2 0.1410 0.9246 0.000 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR2074808 2 0.1106 0.9272 0.000 0.964 0.024 0.000 NA
#> SRR2074807 2 0.1211 0.9327 0.000 0.960 0.024 0.000 NA
#> SRR2074806 1 0.1608 0.6629 0.928 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074805 2 0.1774 0.9277 0.000 0.932 0.016 0.000 NA
#> SRR2074804 1 0.1478 0.6706 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074803 1 0.1549 0.6907 0.944 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074801 1 0.0798 0.6934 0.976 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074802 2 0.1117 0.9286 0.000 0.964 0.016 0.000 NA
#> SRR2074799 2 0.1408 0.9280 0.000 0.948 0.008 0.000 NA
#> SRR2074800 4 0.5458 0.4686 0.464 0.000 0.000 0.476 NA
#> SRR2074798 1 0.2124 0.6519 0.900 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074797 1 0.5066 0.1169 0.608 0.000 0.000 0.344 NA
#> SRR2074795 2 0.1670 0.9284 0.000 0.936 0.012 0.000 NA
#> SRR2074796 2 0.1300 0.9273 0.000 0.956 0.028 0.000 NA
#> SRR2074794 2 0.1043 0.9298 0.000 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2074793 2 0.1211 0.9342 0.000 0.960 0.016 0.000 NA
#> SRR2074792 1 0.1121 0.6822 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074791 1 0.4659 -0.3966 0.500 0.000 0.000 0.488 NA
#> SRR2074790 2 0.1557 0.9261 0.000 0.940 0.008 0.000 NA
#> SRR2074789 1 0.4428 0.3985 0.700 0.000 0.000 0.268 NA
#> SRR2074788 1 0.3563 0.5587 0.780 0.000 0.000 0.208 NA
#> SRR2074787 1 0.4290 0.3639 0.680 0.000 0.000 0.304 NA
#> SRR2074786 2 0.1211 0.9319 0.000 0.960 0.024 0.000 NA
#> SRR2074785 1 0.0609 0.6902 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074784 1 0.2011 0.6430 0.908 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074783 2 0.1430 0.9244 0.000 0.944 0.004 0.000 NA
#> SRR2074782 1 0.1750 0.6865 0.936 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2074779 2 0.0912 0.9331 0.000 0.972 0.012 0.000 NA
#> SRR2074781 2 0.2390 0.8944 0.000 0.896 0.084 0.000 NA
#> SRR2074780 1 0.4193 0.3658 0.684 0.000 0.000 0.304 NA
#> SRR2074778 2 0.1493 0.9297 0.000 0.948 0.024 0.000 NA
#> SRR2074777 2 0.2196 0.9098 0.000 0.916 0.056 0.004 NA
#> SRR2074776 2 0.1282 0.9303 0.000 0.952 0.004 0.000 NA
#> SRR2074775 1 0.1341 0.6759 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074774 1 0.2408 0.6654 0.892 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR2074773 2 0.1403 0.9294 0.000 0.952 0.024 0.000 NA
#> SRR2074771 2 0.1907 0.9160 0.000 0.928 0.044 0.000 NA
#> SRR2074772 1 0.1410 0.6735 0.940 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074770 1 0.0703 0.6911 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074769 2 0.1205 0.9301 0.000 0.956 0.004 0.000 NA
#> SRR2074768 2 0.1628 0.9262 0.000 0.936 0.008 0.000 NA
#> SRR2074766 2 0.1331 0.9247 0.000 0.952 0.040 0.000 NA
#> SRR2074767 1 0.4180 0.5201 0.744 0.000 0.000 0.220 NA
#> SRR2074765 4 0.4620 0.6564 0.392 0.000 0.000 0.592 NA
#> SRR2074764 2 0.2012 0.9111 0.000 0.920 0.060 0.000 NA
#> SRR2074763 2 0.1557 0.9252 0.000 0.940 0.008 0.000 NA
#> SRR2074761 1 0.3928 0.4026 0.700 0.000 0.000 0.296 NA
#> SRR2074762 2 0.1444 0.9261 0.000 0.948 0.040 0.000 NA
#> SRR2074760 2 0.0693 0.9343 0.000 0.980 0.008 0.000 NA
#> SRR2074759 1 0.0290 0.6926 0.992 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074757 2 0.0912 0.9314 0.000 0.972 0.012 0.000 NA
#> SRR2074758 2 0.1544 0.9208 0.000 0.932 0.000 0.000 NA
#> SRR2074756 2 0.1965 0.9158 0.000 0.924 0.052 0.000 NA
#> SRR2074755 1 0.0963 0.6865 0.964 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074754 1 0.1410 0.6742 0.940 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074753 2 0.3285 0.8537 0.000 0.856 0.092 0.008 NA
#> SRR2074752 1 0.2208 0.6756 0.908 0.000 0.000 0.072 NA
#> SRR2074751 1 0.1121 0.6829 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074749 2 0.1809 0.9208 0.000 0.928 0.012 0.000 NA
#> SRR2074750 1 0.3355 0.5859 0.804 0.000 0.000 0.184 NA
#> SRR2074748 1 0.1270 0.6811 0.948 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074747 2 0.1493 0.9272 0.000 0.948 0.028 0.000 NA
#> SRR2074745 1 0.4434 -0.2360 0.536 0.000 0.000 0.460 NA
#> SRR2074746 1 0.0566 0.6931 0.984 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2074744 2 0.0798 0.9323 0.000 0.976 0.016 0.000 NA
#> SRR2074743 2 0.0798 0.9348 0.000 0.976 0.008 0.000 NA
#> SRR2074742 3 0.5846 0.8044 0.000 0.124 0.632 0.012 NA
#> SRR2074741 1 0.1952 0.6458 0.912 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074740 2 0.2079 0.9092 0.000 0.916 0.064 0.000 NA
#> SRR2074739 1 0.2570 0.6670 0.888 0.000 0.000 0.084 NA
#> SRR2074738 2 0.1216 0.9334 0.000 0.960 0.020 0.000 NA
#> SRR2074737 2 0.1270 0.9289 0.000 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074736 2 0.0579 0.9331 0.000 0.984 0.008 0.000 NA
#> SRR2074735 1 0.1478 0.6706 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074734 2 0.1043 0.9301 0.000 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2074733 1 0.0404 0.6915 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074732 2 0.1544 0.9208 0.000 0.932 0.000 0.000 NA
#> SRR2074731 2 0.1831 0.9125 0.000 0.920 0.004 0.000 NA
#> SRR2074730 1 0.4448 -0.3316 0.516 0.000 0.000 0.480 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.5625 -0.2037 0.000 0.072 0.464 0.028 0.436 0.000
#> SRR2074919 3 0.6460 0.0313 0.000 0.092 0.548 0.092 0.260 0.008
#> SRR2074920 3 0.5730 -0.1305 0.000 0.048 0.528 0.064 0.360 0.000
#> SRR2074917 6 0.5502 -0.6329 0.136 0.000 0.000 0.364 0.000 0.500
#> SRR2074918 5 0.4108 0.6710 0.000 0.060 0.172 0.012 0.756 0.000
#> SRR2074916 2 0.4678 0.6559 0.000 0.712 0.212 0.028 0.040 0.008
#> SRR2074915 2 0.5175 0.5061 0.000 0.644 0.276 0.028 0.032 0.020
#> SRR2074914 1 0.0891 0.7511 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR2074913 2 0.6098 0.2259 0.000 0.556 0.312 0.024 0.064 0.044
#> SRR2074912 4 0.6589 0.7642 0.328 0.000 0.032 0.408 0.000 0.232
#> SRR2074911 3 0.5851 0.1002 0.000 0.276 0.536 0.012 0.176 0.000
#> SRR2074910 2 0.7725 -0.3900 0.000 0.404 0.316 0.068 0.128 0.084
#> SRR2074909 1 0.1116 0.7540 0.960 0.000 0.004 0.028 0.000 0.008
#> SRR2074907 1 0.1168 0.7497 0.956 0.000 0.000 0.028 0.000 0.016
#> SRR2074908 2 0.1434 0.9350 0.000 0.940 0.048 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074906 2 0.1781 0.9177 0.000 0.924 0.060 0.008 0.008 0.000
#> SRR2074905 1 0.1780 0.7414 0.924 0.000 0.000 0.048 0.000 0.028
#> SRR2074904 2 0.1700 0.9151 0.000 0.916 0.080 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074903 2 0.1367 0.9335 0.000 0.944 0.044 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074902 1 0.4725 0.0893 0.604 0.000 0.000 0.064 0.000 0.332
#> SRR2074901 2 0.1267 0.9275 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.4258 -0.4081 0.516 0.000 0.000 0.016 0.000 0.468
#> SRR2074899 2 0.0363 0.9346 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.1349 0.9275 0.000 0.940 0.056 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074897 2 0.1141 0.9348 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.1732 0.9242 0.000 0.920 0.072 0.004 0.004 0.000
#> SRR2074895 1 0.1708 0.7505 0.932 0.000 0.000 0.040 0.004 0.024
#> SRR2074894 1 0.5853 -0.1421 0.544 0.060 0.024 0.012 0.352 0.008
#> SRR2074893 2 0.0547 0.9342 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.4580 0.0529 0.608 0.000 0.004 0.040 0.000 0.348
#> SRR2074891 1 0.0632 0.7486 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.2070 0.9015 0.000 0.892 0.100 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.1732 0.9244 0.000 0.920 0.072 0.004 0.004 0.000
#> SRR2074889 2 0.1524 0.9252 0.000 0.932 0.060 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074886 2 0.0717 0.9360 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074888 2 0.1075 0.9304 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.2822 0.6846 0.852 0.000 0.000 0.040 0.000 0.108
#> SRR2074884 2 0.1075 0.9325 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0790 0.9323 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.5254 -0.0223 0.564 0.000 0.004 0.100 0.000 0.332
#> SRR2074880 2 0.0632 0.9356 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0937 0.9348 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 4 0.7038 0.7384 0.220 0.000 0.048 0.408 0.012 0.312
#> SRR2074878 6 0.4738 0.6113 0.268 0.000 0.012 0.060 0.000 0.660
#> SRR2074877 2 0.2146 0.8961 0.000 0.880 0.116 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.4269 0.2261 0.648 0.000 0.000 0.036 0.000 0.316
#> SRR2074875 2 0.1845 0.9205 0.000 0.916 0.072 0.004 0.008 0.000
#> SRR2074874 6 0.4238 0.7441 0.344 0.000 0.000 0.028 0.000 0.628
#> SRR2074873 2 0.1007 0.9339 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 6 0.2282 0.3033 0.088 0.000 0.000 0.024 0.000 0.888
#> SRR2074871 2 0.1471 0.9253 0.000 0.932 0.064 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074870 1 0.3207 0.6614 0.828 0.000 0.004 0.044 0.000 0.124
#> SRR2074869 1 0.1829 0.7421 0.920 0.000 0.000 0.056 0.000 0.024
#> SRR2074868 6 0.3139 0.5258 0.160 0.000 0.000 0.028 0.000 0.812
#> SRR2074867 2 0.1958 0.9059 0.000 0.896 0.100 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.2402 0.8737 0.000 0.856 0.140 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.1364 0.7403 0.944 0.000 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR2074864 1 0.0717 0.7537 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR2074863 1 0.0508 0.7545 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR2074862 6 0.4212 0.6535 0.424 0.000 0.000 0.016 0.000 0.560
#> SRR2074861 1 0.4234 0.3453 0.676 0.000 0.000 0.044 0.000 0.280
#> SRR2074860 1 0.3061 0.6426 0.840 0.000 0.004 0.128 0.008 0.020
#> SRR2074859 1 0.3909 0.4527 0.720 0.000 0.000 0.036 0.000 0.244
#> SRR2074858 2 0.1524 0.9219 0.000 0.932 0.060 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074855 2 0.1204 0.9258 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 6 0.4184 0.4850 0.488 0.000 0.000 0.012 0.000 0.500
#> SRR2074856 6 0.2841 0.5420 0.164 0.000 0.000 0.012 0.000 0.824
#> SRR2074854 6 0.4400 0.6168 0.216 0.000 0.012 0.048 0.004 0.720
#> SRR2074853 1 0.2711 0.7143 0.872 0.000 0.004 0.056 0.000 0.068
#> SRR2074852 2 0.1285 0.9356 0.000 0.944 0.052 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074851 6 0.4161 0.7400 0.348 0.000 0.000 0.016 0.004 0.632
#> SRR2074850 6 0.4570 0.7030 0.392 0.000 0.004 0.032 0.000 0.572
#> SRR2074849 6 0.4543 0.7072 0.380 0.000 0.004 0.032 0.000 0.584
#> SRR2074848 6 0.4161 0.5950 0.448 0.000 0.000 0.012 0.000 0.540
#> SRR2074847 1 0.3578 0.6098 0.784 0.000 0.000 0.052 0.000 0.164
#> SRR2074846 1 0.4461 0.5097 0.716 0.000 0.008 0.080 0.000 0.196
#> SRR2074845 1 0.4434 -0.2862 0.544 0.000 0.000 0.028 0.000 0.428
#> SRR2074843 6 0.5014 0.7125 0.368 0.000 0.008 0.060 0.000 0.564
#> SRR2074842 2 0.1913 0.9118 0.000 0.908 0.080 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074844 2 0.1757 0.9197 0.000 0.916 0.076 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074841 2 0.1219 0.9345 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074840 2 0.0713 0.9355 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 6 0.4824 0.7237 0.308 0.000 0.008 0.060 0.000 0.624
#> SRR2074838 2 0.0865 0.9320 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.1492 0.9316 0.000 0.940 0.036 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074835 2 0.1010 0.9346 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074837 1 0.0458 0.7538 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.1873 0.9268 0.004 0.932 0.036 0.012 0.012 0.004
#> SRR2074833 1 0.2663 0.7315 0.884 0.000 0.008 0.052 0.004 0.052
#> SRR2074832 2 0.0363 0.9347 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 6 0.3915 0.7292 0.284 0.000 0.008 0.012 0.000 0.696
#> SRR2074829 6 0.4474 0.6719 0.412 0.000 0.004 0.024 0.000 0.560
#> SRR2074830 6 0.4631 0.6987 0.352 0.000 0.000 0.052 0.000 0.596
#> SRR2074828 1 0.0520 0.7537 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR2074827 2 0.1930 0.9212 0.000 0.916 0.048 0.000 0.036 0.000
#> SRR2074826 2 0.2937 0.8629 0.000 0.848 0.096 0.000 0.056 0.000
#> SRR2074825 2 0.0790 0.9366 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.1615 0.9212 0.000 0.928 0.064 0.004 0.004 0.000
#> SRR2074823 6 0.4989 0.6631 0.408 0.000 0.008 0.052 0.000 0.532
#> SRR2074822 2 0.1644 0.9244 0.000 0.932 0.052 0.012 0.004 0.000
#> SRR2074821 2 0.0632 0.9357 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.1010 0.9345 0.000 0.960 0.036 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.1285 0.9307 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074817 2 0.1285 0.9328 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074818 2 0.1657 0.9244 0.000 0.928 0.056 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074816 1 0.1152 0.7507 0.952 0.000 0.000 0.044 0.000 0.004
#> SRR2074815 2 0.0363 0.9344 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 6 0.4010 0.6837 0.408 0.000 0.000 0.008 0.000 0.584
#> SRR2074812 2 0.1477 0.9284 0.000 0.940 0.048 0.004 0.008 0.000
#> SRR2074813 2 0.1908 0.9278 0.000 0.916 0.056 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074809 2 0.1075 0.9323 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.1644 0.9241 0.000 0.920 0.076 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074811 2 0.1477 0.9270 0.000 0.940 0.048 0.004 0.008 0.000
#> SRR2074808 2 0.1007 0.9318 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0937 0.9378 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0865 0.7466 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.1151 0.9377 0.000 0.956 0.032 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074804 1 0.0937 0.7428 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.2870 0.6896 0.856 0.000 0.004 0.040 0.000 0.100
#> SRR2074801 1 0.2400 0.7354 0.900 0.000 0.008 0.040 0.004 0.048
#> SRR2074802 2 0.1124 0.9353 0.000 0.956 0.036 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074799 2 0.1219 0.9300 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074800 6 0.4590 0.7009 0.268 0.000 0.008 0.056 0.000 0.668
#> SRR2074798 1 0.1501 0.7292 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR2074797 6 0.4921 0.6127 0.436 0.000 0.004 0.052 0.000 0.508
#> SRR2074795 2 0.0935 0.9376 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074796 2 0.1265 0.9340 0.000 0.948 0.044 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074794 2 0.0632 0.9321 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0937 0.9382 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0692 0.7527 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR2074791 6 0.3670 0.7277 0.284 0.000 0.000 0.012 0.000 0.704
#> SRR2074790 2 0.0937 0.9324 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.5033 -0.4784 0.476 0.000 0.000 0.072 0.000 0.452
#> SRR2074788 1 0.4218 0.0760 0.616 0.000 0.000 0.024 0.000 0.360
#> SRR2074787 6 0.4473 0.4769 0.484 0.000 0.000 0.028 0.000 0.488
#> SRR2074786 2 0.0865 0.9348 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0547 0.7516 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.1327 0.7264 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.1075 0.9295 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.2511 0.7196 0.880 0.000 0.000 0.056 0.000 0.064
#> SRR2074779 2 0.1007 0.9379 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.2355 0.8876 0.000 0.876 0.112 0.004 0.008 0.000
#> SRR2074780 1 0.4407 -0.4859 0.496 0.000 0.000 0.024 0.000 0.480
#> SRR2074778 2 0.1204 0.9315 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.2135 0.8853 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0632 0.9340 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0858 0.7510 0.968 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR2074774 1 0.3470 0.5564 0.772 0.000 0.000 0.028 0.000 0.200
#> SRR2074773 2 0.1219 0.9315 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074771 2 0.1501 0.9241 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.1007 0.7410 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0777 0.7554 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR2074769 2 0.0790 0.9355 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.1398 0.9275 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074766 2 0.1657 0.9235 0.000 0.928 0.056 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074767 1 0.4479 0.1036 0.624 0.000 0.004 0.036 0.000 0.336
#> SRR2074765 6 0.2703 0.5593 0.172 0.000 0.000 0.004 0.000 0.824
#> SRR2074764 2 0.1858 0.9115 0.000 0.904 0.092 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074763 2 0.1219 0.9295 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074761 1 0.4157 -0.3146 0.544 0.000 0.000 0.012 0.000 0.444
#> SRR2074762 2 0.1672 0.9272 0.000 0.932 0.048 0.004 0.016 0.000
#> SRR2074760 2 0.0405 0.9357 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074759 1 0.0993 0.7525 0.964 0.000 0.000 0.024 0.000 0.012
#> SRR2074757 2 0.0547 0.9343 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.1219 0.9286 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074756 2 0.1806 0.9141 0.000 0.908 0.088 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074755 1 0.0547 0.7523 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.1007 0.7369 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.3526 0.8069 0.000 0.792 0.176 0.012 0.016 0.004
#> SRR2074752 1 0.3123 0.6577 0.824 0.000 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR2074751 1 0.0858 0.7458 0.968 0.000 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR2074749 2 0.1411 0.9274 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.4370 0.2045 0.640 0.000 0.004 0.032 0.000 0.324
#> SRR2074748 1 0.0937 0.7469 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.1007 0.9342 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 6 0.3883 0.7476 0.332 0.000 0.000 0.012 0.000 0.656
#> SRR2074746 1 0.2689 0.7110 0.888 0.000 0.008 0.032 0.056 0.016
#> SRR2074744 2 0.0935 0.9366 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074743 2 0.0862 0.9369 0.000 0.972 0.016 0.004 0.008 0.000
#> SRR2074742 5 0.3901 0.6965 0.000 0.064 0.056 0.048 0.820 0.012
#> SRR2074741 1 0.1349 0.7309 0.940 0.000 0.000 0.056 0.000 0.004
#> SRR2074740 2 0.1989 0.9204 0.004 0.916 0.052 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074739 1 0.4049 0.5186 0.740 0.000 0.008 0.044 0.000 0.208
#> SRR2074738 2 0.1536 0.9325 0.000 0.940 0.040 0.004 0.016 0.000
#> SRR2074737 2 0.1285 0.9313 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074736 2 0.0547 0.9368 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.1141 0.7366 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0547 0.9352 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0603 0.7533 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR2074732 2 0.1267 0.9253 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.1787 0.9159 0.000 0.920 0.068 0.004 0.008 0.000
#> SRR2074730 6 0.3753 0.7348 0.292 0.000 0.000 0.008 0.004 0.696
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.992 0.997 0.50304 0.497 0.497
#> 3 3 0.985 0.985 0.978 0.07462 0.949 0.897
#> 4 4 0.964 0.961 0.976 0.00507 0.999 0.999
#> 5 5 0.964 0.967 0.976 0.01308 0.990 0.977
#> 6 6 0.975 0.973 0.980 0.00425 1.000 0.999
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074918 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074916 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2074914 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074913 1 0.9000 0.544 0.684 0.316
#> SRR2074912 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074911 1 0.8955 0.552 0.688 0.312
#> SRR2074910 1 0.1633 0.970 0.976 0.024
#> SRR2074909 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2074752 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074742 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074741 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.6062 0.862 0.384 0.000 0.616
#> SRR2074919 3 0.6079 0.861 0.388 0.000 0.612
#> SRR2074920 3 0.6079 0.861 0.388 0.000 0.612
#> SRR2074917 3 0.6079 0.861 0.388 0.000 0.612
#> SRR2074918 3 0.6062 0.862 0.384 0.000 0.616
#> SRR2074916 2 0.2261 0.937 0.000 0.932 0.068
#> SRR2074915 2 0.2625 0.925 0.000 0.916 0.084
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 3 0.1711 0.644 0.008 0.032 0.960
#> SRR2074912 3 0.6079 0.861 0.388 0.000 0.612
#> SRR2074911 3 0.0237 0.641 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074910 3 0.5678 0.823 0.316 0.000 0.684
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074906 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074903 2 0.0747 0.989 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074898 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074897 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074896 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074887 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074889 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074886 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074888 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074883 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074881 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074879 3 0.6079 0.861 0.388 0.000 0.612
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0237 0.994 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074866 2 0.0237 0.994 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0424 0.988 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074855 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074844 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074841 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074840 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074836 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074835 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074826 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074825 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074824 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074821 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074820 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074819 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074817 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074818 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074813 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074809 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074810 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074811 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074808 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074807 2 0.0237 0.994 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074799 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074796 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074794 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074793 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074781 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074777 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074776 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074771 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074768 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074766 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074763 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074760 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074758 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074756 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0661 0.990 0.004 0.988 0.008
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074743 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074742 3 0.6062 0.862 0.384 0.000 0.616
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0424 0.993 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074737 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074736 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0237 0.994 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074731 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.4790 0.698 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR2074919 3 0.4804 0.701 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR2074920 3 0.4804 0.701 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR2074917 3 0.4804 0.701 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR2074918 3 0.4790 0.698 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR2074916 2 0.4332 0.766 0.000 0.800 0.040 0.160
#> SRR2074915 2 0.4589 0.749 0.000 0.784 0.048 0.168
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 3 0.4188 -0.341 0.000 0.004 0.752 0.244
#> SRR2074912 3 0.4804 0.701 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR2074911 3 0.1211 -0.331 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR2074910 4 0.6401 0.000 0.176 0.000 0.172 0.652
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074906 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074903 2 0.0672 0.985 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074898 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074897 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074896 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074887 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074889 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074886 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074888 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074883 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074881 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074879 3 0.4804 0.701 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074866 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0336 0.988 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074855 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074844 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074841 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074840 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074836 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074835 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074826 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074825 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074824 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074821 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074820 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074819 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074817 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074818 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074813 2 0.0336 0.990 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074809 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074810 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074811 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074808 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074807 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074799 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074796 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074794 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074793 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074781 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074777 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074776 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074771 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074768 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074766 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074763 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074760 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074758 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074756 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0564 0.987 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074743 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074742 3 0.4790 0.698 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0376 0.990 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074737 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074736 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074731 2 0.0188 0.990 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.4126 0.796 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.4138 0.797 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.4138 0.797 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.4138 0.797 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.4126 0.796 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR2074916 5 0.2929 0.943 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR2074915 5 0.2891 0.942 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 3 0.3584 -0.432 0.000 0.008 0.840 0.076 0.076
#> SRR2074912 3 0.4138 0.797 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR2074911 3 0.4322 -0.395 0.000 0.000 0.768 0.088 0.144
#> SRR2074910 4 0.2491 0.000 0.036 0.000 0.068 0.896 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074906 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074903 2 0.0404 0.986 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074898 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074897 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074896 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074887 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074889 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074886 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074888 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074883 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074881 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074879 3 0.4138 0.797 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074866 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074855 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074844 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074841 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074840 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074836 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074835 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074826 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074825 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074824 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074821 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074820 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074819 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074817 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074818 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074813 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074809 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074810 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074811 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074808 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074807 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074799 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074796 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074794 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074793 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074781 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074777 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074776 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074771 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074768 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074766 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074763 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074760 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074758 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074756 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0324 0.989 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074743 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074742 3 0.4126 0.796 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074737 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074736 2 0.0162 0.993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074731 2 0.0290 0.993 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.3695 0.892 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.3706 0.893 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.3706 0.893 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.3706 0.893 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.3695 0.892 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074916 5 0.0547 0.901 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR2074915 5 0.0508 0.901 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 6 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074912 3 0.3706 0.893 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 3 0.1411 -0.466 0.000 0.000 0.936 0.060 0.000 0.004
#> SRR2074910 4 0.1267 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074906 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074903 2 0.0547 0.981 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074898 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074897 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074896 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074887 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074889 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074886 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074888 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074883 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074881 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074879 3 0.3706 0.893 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0363 0.981 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074855 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074844 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074841 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074840 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074836 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074835 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074826 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074825 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074824 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074821 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074820 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074819 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074817 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074818 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074813 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074809 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074810 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074811 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074808 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074799 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074796 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074794 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074793 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074781 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074777 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074776 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074771 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074768 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074766 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074763 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074760 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074758 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074756 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0291 0.991 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074743 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074742 3 0.3695 0.892 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074737 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074736 2 0.0146 0.994 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074731 2 0.0260 0.994 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.998 0.5024 0.498 0.498
#> 3 3 0.844 0.855 0.882 0.1619 0.947 0.894
#> 4 4 0.783 0.920 0.895 0.1252 0.866 0.705
#> 5 5 0.736 0.841 0.865 0.0671 0.994 0.980
#> 6 6 0.802 0.810 0.842 0.0423 0.976 0.928
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074918 1 0.5294 0.862 0.880 0.120
#> SRR2074916 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> SRR2074893 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074742 1 0.9129 0.515 0.672 0.328
#> SRR2074741 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.6140 0.567 0.404 0.000 0.596
#> SRR2074919 3 0.6291 0.525 0.468 0.000 0.532
#> SRR2074920 3 0.6291 0.525 0.468 0.000 0.532
#> SRR2074917 3 0.6302 0.499 0.480 0.000 0.520
#> SRR2074918 3 0.3038 0.564 0.104 0.000 0.896
#> SRR2074916 2 0.6045 0.789 0.000 0.620 0.380
#> SRR2074915 2 0.6267 0.727 0.000 0.548 0.452
#> SRR2074914 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.6295 0.705 0.000 0.528 0.472
#> SRR2074912 3 0.6291 0.525 0.468 0.000 0.532
#> SRR2074911 3 0.1860 0.356 0.000 0.052 0.948
#> SRR2074910 3 0.0000 0.437 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.6062 0.787 0.000 0.616 0.384
#> SRR2074906 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074903 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074902 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074900 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074898 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.6045 0.789 0.000 0.620 0.380
#> SRR2074895 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 3 0.6154 0.413 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074893 2 0.1964 0.763 0.000 0.944 0.056
#> SRR2074892 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074887 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074889 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.6008 0.792 0.000 0.628 0.372
#> SRR2074888 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074879 3 0.6291 0.525 0.468 0.000 0.532
#> SRR2074878 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074876 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074870 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074866 2 0.6045 0.789 0.000 0.620 0.380
#> SRR2074865 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074855 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074844 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074841 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074835 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074833 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.5497 0.789 0.000 0.708 0.292
#> SRR2074831 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074826 2 0.6192 0.758 0.000 0.580 0.420
#> SRR2074825 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074817 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074818 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.4654 0.780 0.000 0.792 0.208
#> SRR2074814 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.5926 0.792 0.000 0.644 0.356
#> SRR2074809 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074811 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074807 2 0.5988 0.792 0.000 0.632 0.368
#> SRR2074806 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.6111 0.778 0.000 0.604 0.396
#> SRR2074799 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074794 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074792 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074785 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074781 2 0.6079 0.784 0.000 0.612 0.388
#> SRR2074780 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.5363 0.786 0.000 0.724 0.276
#> SRR2074777 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074776 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074771 2 0.6045 0.789 0.000 0.620 0.380
#> SRR2074772 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.3412 0.769 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074766 2 0.6045 0.789 0.000 0.620 0.380
#> SRR2074767 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.6225 0.747 0.000 0.568 0.432
#> SRR2074763 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074760 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074759 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.5497 0.788 0.000 0.708 0.292
#> SRR2074758 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074755 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.6267 0.727 0.000 0.548 0.452
#> SRR2074752 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074745 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.1860 0.921 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074744 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074743 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074742 3 0.0892 0.469 0.020 0.000 0.980
#> SRR2074741 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.6154 0.768 0.000 0.592 0.408
#> SRR2074739 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.6026 0.791 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074737 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.1964 0.764 0.000 0.944 0.056
#> SRR2074735 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0592 0.758 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074733 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.756 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.999 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0707 0.894 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2074919 3 0.1716 0.908 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR2074920 3 0.2081 0.907 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR2074917 3 0.2281 0.899 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR2074918 3 0.1118 0.880 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2074916 2 0.3539 0.866 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR2074915 2 0.3123 0.845 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR2074914 1 0.2973 0.917 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.4532 0.806 0.000 0.792 0.052 0.156
#> SRR2074912 3 0.2081 0.907 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR2074911 3 0.5536 0.491 0.000 0.384 0.592 0.024
#> SRR2074910 2 0.4406 0.297 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR2074909 1 0.2814 0.922 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.2149 0.935 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074906 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0921 0.943 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074903 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074902 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074900 1 0.1211 0.942 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074898 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074895 1 0.2408 0.931 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.5994 0.366 0.156 0.692 0.152 0.000
#> SRR2074893 4 0.4040 0.508 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR2074892 1 0.0707 0.941 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074887 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074889 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074888 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0707 0.941 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2074884 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0188 0.940 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074880 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074879 3 0.2081 0.907 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074876 1 0.1022 0.942 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR2074875 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074870 1 0.2589 0.926 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0921 0.943 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074866 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074865 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0188 0.940 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0188 0.941 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074855 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.1867 0.939 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0817 0.941 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074852 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0592 0.941 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0188 0.940 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0817 0.943 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0188 0.940 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.2281 0.932 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074844 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074841 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074840 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.2281 0.932 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR2074838 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074835 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074833 1 0.0188 0.940 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.4564 0.872 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR2074831 1 0.0336 0.938 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.2973 0.917 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074826 2 0.4122 0.933 0.000 0.760 0.004 0.236
#> SRR2074825 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.2149 0.936 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR2074822 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074821 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074820 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074817 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074818 4 0.0188 0.965 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074816 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.4933 0.681 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR2074814 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 4 0.0188 0.965 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074813 2 0.4800 0.849 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR2074809 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074811 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074807 2 0.4164 0.951 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR2074806 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074805 4 0.0188 0.965 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074804 1 0.3024 0.917 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.2973 0.917 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.2647 0.925 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074799 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.2408 0.931 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.3074 0.914 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.2469 0.930 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR2074795 4 0.0376 0.961 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR2074796 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074794 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074792 1 0.2868 0.921 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0921 0.943 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074790 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0188 0.941 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0188 0.940 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074785 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074783 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0817 0.942 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074781 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074780 1 0.0188 0.941 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.4925 0.693 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR2074777 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074776 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.2973 0.917 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0188 0.941 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074771 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074772 1 0.2814 0.922 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.1022 0.941 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR2074769 4 0.0188 0.965 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074768 4 0.4372 0.444 0.000 0.268 0.004 0.728
#> SRR2074766 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074767 1 0.0469 0.940 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.4122 0.933 0.000 0.760 0.004 0.236
#> SRR2074763 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0817 0.942 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074760 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074759 1 0.2973 0.917 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.4776 0.794 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR2074758 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074755 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.3831 0.899 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR2074752 1 0.1022 0.941 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074749 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.2216 0.932 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074745 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.1388 0.932 0.960 0.012 0.028 0.000
#> SRR2074744 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074743 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074742 3 0.1118 0.880 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2074741 1 0.3024 0.916 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.4072 0.948 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR2074739 1 0.0188 0.940 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.4134 0.955 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074737 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074736 4 0.4103 0.483 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2074735 1 0.2814 0.922 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR2074734 4 0.3444 0.674 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR2074733 1 0.2760 0.924 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR2074732 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074731 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.941 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0162 0.913 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0404 0.923 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0703 0.929 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0865 0.924 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR2074918 3 0.3500 0.812 0.004 0.000 0.808 0.016 0.172
#> SRR2074916 4 0.4127 -0.233 0.000 0.008 0.000 0.680 0.312
#> SRR2074915 4 0.4446 -0.597 0.000 0.000 0.008 0.592 0.400
#> SRR2074914 1 0.0510 0.804 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074913 5 0.4517 0.746 0.000 0.000 0.008 0.436 0.556
#> SRR2074912 3 0.0703 0.929 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2074911 5 0.6120 0.579 0.000 0.000 0.184 0.256 0.560
#> SRR2074910 5 0.5541 0.789 0.000 0.000 0.076 0.372 0.552
#> SRR2074909 1 0.1121 0.811 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074907 1 0.2732 0.845 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2074908 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074906 2 0.1372 0.935 0.000 0.956 0.004 0.024 0.016
#> SRR2074905 1 0.3508 0.854 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074904 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074903 4 0.2574 0.921 0.000 0.112 0.000 0.876 0.012
#> SRR2074902 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074901 4 0.2462 0.924 0.000 0.112 0.000 0.880 0.008
#> SRR2074900 1 0.3519 0.850 0.776 0.008 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074899 4 0.2462 0.924 0.000 0.112 0.000 0.880 0.008
#> SRR2074898 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074897 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074896 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074895 1 0.1908 0.831 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074894 4 0.6208 -0.429 0.032 0.016 0.040 0.556 0.356
#> SRR2074893 2 0.4666 0.178 0.000 0.572 0.000 0.412 0.016
#> SRR2074892 1 0.4269 0.852 0.684 0.016 0.000 0.000 0.300
#> SRR2074891 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074887 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074889 2 0.0865 0.942 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074886 4 0.2563 0.916 0.000 0.120 0.000 0.872 0.008
#> SRR2074888 2 0.0992 0.941 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR2074885 1 0.3774 0.851 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2074884 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074883 2 0.0865 0.941 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074882 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074880 2 0.0865 0.942 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074881 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074879 3 0.0703 0.929 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074877 4 0.2462 0.924 0.000 0.112 0.000 0.880 0.008
#> SRR2074876 1 0.3421 0.848 0.788 0.008 0.000 0.000 0.204
#> SRR2074875 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074874 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074873 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074872 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074871 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074870 1 0.1430 0.815 0.944 0.004 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074869 1 0.3395 0.855 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR2074868 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074867 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074866 4 0.2338 0.926 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR2074865 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0162 0.798 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074863 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074861 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074860 1 0.4182 0.847 0.644 0.000 0.004 0.000 0.352
#> SRR2074859 1 0.4015 0.849 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR2074858 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074855 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074857 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074856 1 0.4166 0.849 0.648 0.004 0.000 0.000 0.348
#> SRR2074854 1 0.3368 0.841 0.820 0.024 0.000 0.000 0.156
#> SRR2074853 1 0.3837 0.851 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR2074852 2 0.0865 0.941 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074851 1 0.4268 0.849 0.648 0.008 0.000 0.000 0.344
#> SRR2074850 1 0.4292 0.849 0.704 0.024 0.000 0.000 0.272
#> SRR2074849 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074848 1 0.4151 0.850 0.652 0.004 0.000 0.000 0.344
#> SRR2074847 1 0.3684 0.853 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2074846 1 0.4045 0.848 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2074845 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074843 1 0.2653 0.817 0.880 0.024 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074842 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074844 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074841 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074840 2 0.1403 0.934 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024
#> SRR2074839 1 0.2653 0.817 0.880 0.024 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074838 2 0.0992 0.941 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR2074836 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074835 2 0.0865 0.942 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074837 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 4 0.2338 0.926 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR2074833 1 0.3966 0.853 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR2074832 4 0.3887 0.818 0.000 0.160 0.004 0.796 0.040
#> SRR2074831 1 0.4608 0.844 0.640 0.024 0.000 0.000 0.336
#> SRR2074829 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074830 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074828 1 0.0290 0.800 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074827 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074826 4 0.2136 0.888 0.000 0.088 0.000 0.904 0.008
#> SRR2074825 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074824 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074823 1 0.2761 0.827 0.872 0.024 0.000 0.000 0.104
#> SRR2074822 2 0.1403 0.934 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024
#> SRR2074821 2 0.1493 0.932 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> SRR2074820 2 0.0992 0.941 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR2074819 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074817 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074818 2 0.1828 0.925 0.000 0.936 0.004 0.028 0.032
#> SRR2074816 1 0.0162 0.794 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074815 4 0.4801 0.574 0.000 0.284 0.000 0.668 0.048
#> SRR2074814 1 0.4268 0.849 0.648 0.008 0.000 0.000 0.344
#> SRR2074812 2 0.1739 0.927 0.000 0.940 0.004 0.024 0.032
#> SRR2074813 4 0.4063 0.623 0.000 0.280 0.000 0.708 0.012
#> SRR2074809 2 0.0865 0.942 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074810 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074811 2 0.1653 0.929 0.000 0.944 0.004 0.024 0.028
#> SRR2074808 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074807 4 0.2513 0.920 0.000 0.116 0.000 0.876 0.008
#> SRR2074806 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0865 0.941 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074804 1 0.0794 0.806 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074803 1 0.1041 0.808 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074801 1 0.2230 0.835 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2074802 4 0.2338 0.925 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR2074799 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074800 1 0.2104 0.810 0.916 0.024 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074798 1 0.0510 0.788 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074797 1 0.2597 0.816 0.884 0.024 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074795 2 0.0865 0.941 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074796 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074794 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074793 4 0.2338 0.926 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR2074792 1 0.1792 0.824 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074791 1 0.4315 0.852 0.700 0.024 0.000 0.000 0.276
#> SRR2074790 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074789 1 0.4015 0.849 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR2074788 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074787 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074786 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0162 0.794 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074783 2 0.0865 0.941 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074782 1 0.3684 0.850 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2074779 4 0.2338 0.926 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR2074781 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074780 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074778 4 0.3928 0.618 0.000 0.296 0.000 0.700 0.004
#> SRR2074777 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074776 2 0.0703 0.942 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074775 1 0.0609 0.803 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074774 1 0.3983 0.850 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR2074773 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074771 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074772 1 0.1341 0.816 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074770 1 0.3707 0.851 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR2074769 2 0.1106 0.938 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2074768 2 0.4416 0.353 0.000 0.632 0.000 0.356 0.012
#> SRR2074766 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074767 1 0.4288 0.852 0.664 0.012 0.000 0.000 0.324
#> SRR2074765 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074764 4 0.2136 0.888 0.000 0.088 0.000 0.904 0.008
#> SRR2074763 2 0.0992 0.941 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR2074761 1 0.3728 0.851 0.748 0.008 0.000 0.000 0.244
#> SRR2074762 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074760 4 0.2574 0.921 0.000 0.112 0.000 0.876 0.012
#> SRR2074759 1 0.0290 0.801 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074757 4 0.3759 0.751 0.000 0.220 0.000 0.764 0.016
#> SRR2074758 2 0.0992 0.941 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR2074756 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0162 0.794 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074753 4 0.2359 0.803 0.000 0.060 0.000 0.904 0.036
#> SRR2074752 1 0.3561 0.851 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2074751 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.2597 0.881 0.000 0.896 0.004 0.060 0.040
#> SRR2074750 1 0.2077 0.822 0.908 0.008 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074748 1 0.0000 0.796 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074745 1 0.4030 0.848 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074746 1 0.4227 0.846 0.692 0.000 0.016 0.000 0.292
#> SRR2074744 4 0.2179 0.928 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR2074743 4 0.2574 0.920 0.000 0.112 0.000 0.876 0.012
#> SRR2074742 3 0.3513 0.798 0.000 0.000 0.800 0.020 0.180
#> SRR2074741 1 0.0162 0.794 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074740 4 0.2462 0.922 0.000 0.112 0.000 0.880 0.008
#> SRR2074739 1 0.3999 0.851 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR2074738 4 0.2677 0.916 0.000 0.112 0.000 0.872 0.016
#> SRR2074737 2 0.1741 0.925 0.000 0.936 0.000 0.024 0.040
#> SRR2074736 2 0.4835 0.269 0.000 0.592 0.000 0.380 0.028
#> SRR2074735 1 0.1478 0.821 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074734 2 0.4416 0.374 0.000 0.632 0.000 0.356 0.012
#> SRR2074733 1 0.1671 0.826 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074732 2 0.0865 0.942 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074731 2 0.0865 0.942 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074730 1 0.4268 0.849 0.648 0.008 0.000 0.000 0.344
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0146 0.8784 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR2074919 3 0.0146 0.8841 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2074920 3 0.0458 0.8914 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2074917 3 0.0603 0.8864 0.016 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2074918 3 0.3809 0.6520 0.000 0.008 0.684 0.000 0.304 NA
#> SRR2074916 5 0.6737 0.5188 0.000 0.036 0.000 0.288 0.376 NA
#> SRR2074915 5 0.6433 0.5776 0.000 0.036 0.000 0.204 0.480 NA
#> SRR2074914 1 0.1151 0.7202 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074913 5 0.1787 0.5944 0.000 0.004 0.000 0.068 0.920 NA
#> SRR2074912 3 0.0458 0.8914 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2074911 5 0.3489 0.5451 0.000 0.024 0.024 0.044 0.848 NA
#> SRR2074910 5 0.2706 0.5794 0.000 0.020 0.016 0.060 0.888 NA
#> SRR2074909 1 0.1707 0.7289 0.928 0.004 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074907 1 0.2883 0.7785 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074908 4 0.1584 0.8799 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008 NA
#> SRR2074906 2 0.2750 0.9415 0.000 0.868 0.000 0.080 0.004 NA
#> SRR2074905 1 0.4052 0.7956 0.628 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074904 4 0.1141 0.8904 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 NA
#> SRR2074903 4 0.2062 0.8622 0.000 0.000 0.004 0.900 0.008 NA
#> SRR2074902 1 0.3860 0.7894 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074901 4 0.1204 0.8855 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 NA
#> SRR2074900 1 0.4087 0.7850 0.692 0.004 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2074899 4 0.1644 0.8757 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004 NA
#> SRR2074898 2 0.1700 0.9641 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074897 2 0.1556 0.9645 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074896 4 0.1668 0.8796 0.000 0.000 0.004 0.928 0.008 NA
#> SRR2074895 1 0.2623 0.7555 0.852 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074894 5 0.6207 0.4356 0.008 0.020 0.016 0.320 0.536 NA
#> SRR2074893 4 0.5183 0.1895 0.000 0.388 0.000 0.528 0.004 NA
#> SRR2074892 1 0.4845 0.7917 0.560 0.016 0.000 0.000 0.032 NA
#> SRR2074891 1 0.0260 0.7016 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074890 4 0.1471 0.8842 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 NA
#> SRR2074887 4 0.1204 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 NA
#> SRR2074889 2 0.1556 0.9645 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074886 4 0.1075 0.8876 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 NA
#> SRR2074888 2 0.1556 0.9645 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074885 1 0.4144 0.7932 0.580 0.004 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074884 2 0.1700 0.9644 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074883 2 0.1812 0.9637 0.000 0.912 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074882 1 0.3991 0.7885 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074880 2 0.1700 0.9644 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074881 4 0.0790 0.8907 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 NA
#> SRR2074879 3 0.0458 0.8914 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2074878 1 0.3862 0.7887 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074877 4 0.1863 0.8803 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 NA
#> SRR2074876 1 0.4025 0.7888 0.668 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074875 2 0.1556 0.9645 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074874 1 0.3862 0.7887 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074873 2 0.1812 0.9637 0.000 0.912 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074872 1 0.3862 0.7887 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074871 4 0.1267 0.8949 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 NA
#> SRR2074870 1 0.1866 0.7340 0.908 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074869 1 0.3728 0.7979 0.652 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074868 1 0.3991 0.7885 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074867 4 0.1471 0.8842 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 NA
#> SRR2074866 4 0.2006 0.8790 0.000 0.004 0.000 0.892 0.000 NA
#> SRR2074865 1 0.0260 0.7016 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074864 1 0.0000 0.7026 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074863 1 0.0260 0.7016 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074862 1 0.3991 0.7890 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074861 1 0.3862 0.7887 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074860 1 0.4484 0.7852 0.516 0.000 0.016 0.000 0.008 NA
#> SRR2074859 1 0.4083 0.7900 0.532 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074858 4 0.1349 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004 NA
#> SRR2074855 2 0.1812 0.9636 0.000 0.912 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074857 1 0.4089 0.7889 0.524 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074856 1 0.3862 0.7887 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074854 1 0.4190 0.7726 0.724 0.012 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074853 1 0.4049 0.7941 0.580 0.004 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074852 2 0.2176 0.9575 0.000 0.896 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074851 1 0.4305 0.7935 0.544 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074850 1 0.4821 0.7882 0.584 0.012 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074849 1 0.3991 0.7890 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074848 1 0.4246 0.7910 0.532 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074847 1 0.3852 0.7979 0.612 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074846 1 0.3862 0.7887 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074845 1 0.3860 0.7902 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074843 1 0.3219 0.7341 0.836 0.012 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074842 4 0.1010 0.8941 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004 NA
#> SRR2074844 4 0.1219 0.8940 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 NA
#> SRR2074841 2 0.1556 0.9645 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074840 2 0.2320 0.9536 0.000 0.892 0.000 0.080 0.004 NA
#> SRR2074839 1 0.3080 0.7315 0.848 0.012 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074838 2 0.1700 0.9644 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074836 4 0.0458 0.8929 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 NA
#> SRR2074835 2 0.1700 0.9644 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074837 1 0.0405 0.7044 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074834 4 0.0935 0.8924 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 NA
#> SRR2074833 1 0.4103 0.7946 0.544 0.004 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074832 4 0.3163 0.7840 0.000 0.024 0.000 0.824 0.008 NA
#> SRR2074831 1 0.4995 0.7866 0.536 0.016 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074829 1 0.3862 0.7887 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074830 1 0.3862 0.7887 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074828 1 0.0622 0.7095 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074827 4 0.0547 0.8946 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA
#> SRR2074826 4 0.1524 0.8796 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 NA
#> SRR2074825 2 0.1556 0.9645 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074824 2 0.1812 0.9636 0.000 0.912 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074823 1 0.3734 0.7563 0.784 0.012 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074822 2 0.2237 0.9557 0.000 0.896 0.000 0.080 0.004 NA
#> SRR2074821 2 0.2255 0.9532 0.000 0.892 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074820 2 0.1700 0.9637 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074819 4 0.1141 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 NA
#> SRR2074817 4 0.0632 0.8933 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 NA
#> SRR2074818 2 0.4111 0.8434 0.000 0.764 0.000 0.096 0.008 NA
#> SRR2074816 1 0.0260 0.7016 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074815 4 0.3976 0.7217 0.000 0.080 0.004 0.784 0.008 NA
#> SRR2074814 1 0.4175 0.7893 0.524 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074812 2 0.2936 0.9304 0.000 0.856 0.000 0.080 0.004 NA
#> SRR2074813 4 0.5135 0.4477 0.000 0.216 0.000 0.636 0.004 NA
#> SRR2074809 2 0.1556 0.9645 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074810 4 0.0632 0.8950 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 NA
#> SRR2074811 2 0.2994 0.9304 0.000 0.852 0.000 0.080 0.004 NA
#> SRR2074808 4 0.1007 0.8866 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 NA
#> SRR2074807 4 0.1387 0.8827 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 NA
#> SRR2074806 1 0.0405 0.7041 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074805 2 0.1913 0.9629 0.000 0.908 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074804 1 0.1232 0.7171 0.956 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074803 1 0.1168 0.7149 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074801 1 0.2442 0.7557 0.852 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074802 4 0.1398 0.8837 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008 NA
#> SRR2074799 2 0.1556 0.9645 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074800 1 0.2932 0.7323 0.860 0.012 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074798 1 0.0520 0.6969 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074797 1 0.3032 0.7293 0.852 0.012 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074795 2 0.2255 0.9538 0.000 0.892 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074796 4 0.1075 0.8894 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 NA
#> SRR2074794 2 0.1700 0.9644 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074793 4 0.1075 0.8866 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 NA
#> SRR2074792 1 0.1897 0.7404 0.908 0.004 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074791 1 0.4851 0.7906 0.572 0.012 0.000 0.000 0.040 NA
#> SRR2074790 2 0.1556 0.9645 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074789 1 0.4083 0.7899 0.532 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074788 1 0.3991 0.7885 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074787 1 0.3862 0.7887 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074786 4 0.0865 0.8891 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074785 1 0.0260 0.7016 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074784 1 0.0146 0.7018 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074783 2 0.2094 0.9593 0.000 0.900 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074782 1 0.3945 0.7927 0.612 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074779 4 0.1644 0.8735 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004 NA
#> SRR2074781 4 0.1524 0.8821 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 NA
#> SRR2074780 1 0.4086 0.7893 0.528 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074778 4 0.3646 0.6730 0.000 0.172 0.000 0.776 0.000 NA
#> SRR2074777 4 0.1556 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 NA
#> SRR2074776 2 0.1700 0.9644 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074775 1 0.0993 0.7162 0.964 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074774 1 0.4161 0.7941 0.540 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074773 4 0.0547 0.8942 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 NA
#> SRR2074771 4 0.1444 0.8901 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR2074772 1 0.2203 0.7390 0.896 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074770 1 0.4069 0.7906 0.612 0.004 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074769 2 0.2794 0.9356 0.000 0.860 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074768 2 0.5578 0.2380 0.000 0.484 0.000 0.388 0.004 NA
#> SRR2074766 4 0.1219 0.8878 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 NA
#> SRR2074767 1 0.4546 0.7935 0.540 0.012 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074765 1 0.3991 0.7885 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074764 4 0.1584 0.8800 0.000 0.000 0.000 0.928 0.008 NA
#> SRR2074763 2 0.1700 0.9644 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074761 1 0.4317 0.7912 0.640 0.004 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2074762 4 0.1007 0.8879 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 NA
#> SRR2074760 4 0.1700 0.8710 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 NA
#> SRR2074759 1 0.0508 0.7109 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074757 4 0.2705 0.8312 0.000 0.052 0.000 0.872 0.004 NA
#> SRR2074758 2 0.1700 0.9644 0.000 0.916 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074756 4 0.0858 0.8919 0.000 0.000 0.000 0.968 0.004 NA
#> SRR2074755 1 0.0146 0.7018 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074754 1 0.0146 0.7018 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074753 4 0.2333 0.8563 0.000 0.004 0.000 0.896 0.040 NA
#> SRR2074752 1 0.3899 0.7913 0.628 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074751 1 0.0146 0.7018 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074749 2 0.4817 0.7335 0.000 0.700 0.004 0.172 0.008 NA
#> SRR2074750 1 0.2633 0.7414 0.864 0.004 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074748 1 0.0146 0.7018 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074747 4 0.0865 0.8926 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074745 1 0.3991 0.7885 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074746 1 0.4529 0.7887 0.576 0.004 0.016 0.000 0.008 NA
#> SRR2074744 4 0.0865 0.8887 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR2074743 4 0.1398 0.8858 0.000 0.000 0.000 0.940 0.008 NA
#> SRR2074742 3 0.3844 0.6425 0.000 0.008 0.676 0.000 0.312 NA
#> SRR2074741 1 0.0260 0.7016 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074740 4 0.1524 0.8796 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 NA
#> SRR2074739 1 0.4446 0.7950 0.552 0.008 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074738 4 0.1411 0.8785 0.000 0.000 0.000 0.936 0.004 NA
#> SRR2074737 2 0.2685 0.9415 0.000 0.872 0.000 0.080 0.004 NA
#> SRR2074736 4 0.5470 0.0549 0.000 0.412 0.000 0.484 0.008 NA
#> SRR2074735 1 0.2062 0.7419 0.900 0.004 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074734 4 0.5243 0.1347 0.000 0.400 0.000 0.512 0.004 NA
#> SRR2074733 1 0.2001 0.7438 0.900 0.004 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074732 2 0.1812 0.9628 0.000 0.912 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074731 2 0.1812 0.9636 0.000 0.912 0.000 0.080 0.000 NA
#> SRR2074730 1 0.4504 0.7920 0.540 0.004 0.000 0.000 0.024 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 1.000 0.5026 0.498 0.498
#> 3 3 1.000 0.989 0.996 0.1029 0.942 0.883
#> 4 4 0.974 0.938 0.963 0.0428 0.998 0.996
#> 5 5 0.774 0.879 0.907 0.0635 0.995 0.988
#> 6 6 0.637 0.812 0.840 0.0589 1.000 0.999
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074918 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074916 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074742 1 0.343 0.932 0.936 0.064
#> SRR2074741 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.0237 0.922 0.004 0.000 0.996
#> SRR2074919 3 0.0237 0.922 0.004 0.000 0.996
#> SRR2074920 3 0.0424 0.922 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074917 3 0.0424 0.922 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074918 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 3 0.6308 0.071 0.000 0.492 0.508
#> SRR2074912 3 0.0424 0.922 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074911 3 0.4399 0.754 0.000 0.188 0.812
#> SRR2074910 3 0.0592 0.917 0.000 0.012 0.988
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 3 0.2959 0.837 0.100 0.000 0.900
#> SRR2074893 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0424 0.922 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0592 0.988 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074744 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 3 0.0000 0.920 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.1022 0.9581 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2074916 2 0.3311 0.8123 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR2074915 2 0.5000 0.0608 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR2074914 1 0.0707 0.9810 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074913 4 0.5767 0.3024 0.000 0.152 0.136 0.712
#> SRR2074912 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.6305 0.1207 0.000 0.060 0.424 0.516
#> SRR2074910 4 0.4679 0.1289 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR2074909 1 0.1022 0.9782 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074907 1 0.0592 0.9811 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074908 2 0.1867 0.9323 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2074906 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0469 0.9810 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074904 2 0.1022 0.9580 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074903 2 0.1302 0.9510 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074902 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074901 2 0.0592 0.9625 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074900 1 0.0188 0.9811 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074899 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.2530 0.8982 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2074895 1 0.0592 0.9805 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074894 4 0.7719 0.1151 0.284 0.000 0.268 0.448
#> SRR2074893 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0592 0.9801 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074891 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074890 2 0.2345 0.9095 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR2074887 2 0.1302 0.9518 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074889 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074884 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074880 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0817 0.9607 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074879 3 0.0000 0.9827 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074877 2 0.1118 0.9528 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074876 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074873 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0657 0.9780 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074871 2 0.1118 0.9562 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074870 1 0.0921 0.9770 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074869 1 0.0336 0.9811 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074868 1 0.0657 0.9780 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074867 2 0.2345 0.9116 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR2074866 2 0.2149 0.9150 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2074865 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074864 1 0.0817 0.9786 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074863 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074862 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074861 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074860 1 0.1854 0.9394 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR2074859 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074858 2 0.1022 0.9557 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074855 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074856 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074854 1 0.0188 0.9812 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074853 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074852 2 0.0188 0.9638 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074851 1 0.0336 0.9802 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074850 1 0.0000 0.9811 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074848 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074847 1 0.0188 0.9808 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074846 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074845 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074843 1 0.0921 0.9770 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074842 2 0.0921 0.9597 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2074844 2 0.0336 0.9636 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074841 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0817 0.9784 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074838 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.0707 0.9616 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074835 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074834 2 0.1557 0.9438 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074833 1 0.0469 0.9810 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074832 2 0.0592 0.9619 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074831 1 0.0469 0.9812 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074829 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074830 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074828 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074827 2 0.0817 0.9605 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074826 2 0.3569 0.7944 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR2074825 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0817 0.9784 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074822 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0188 0.9639 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074820 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0469 0.9632 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074817 2 0.1302 0.9516 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074818 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074815 2 0.1022 0.9565 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074814 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074812 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.1474 0.9422 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074809 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.1118 0.9559 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074811 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.0469 0.9625 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074807 2 0.0592 0.9626 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074806 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074805 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.1118 0.9768 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074803 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074801 1 0.0707 0.9794 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074802 2 0.2149 0.9199 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2074799 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0592 0.9801 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074798 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074797 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074795 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0336 0.9634 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074792 1 0.1022 0.9783 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074791 1 0.0592 0.9802 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074790 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074788 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074787 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074786 2 0.0592 0.9625 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074785 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074784 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074783 2 0.0188 0.9637 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074782 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074779 2 0.0469 0.9629 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074781 2 0.2704 0.8852 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2074780 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074778 2 0.0336 0.9634 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074777 2 0.2149 0.9196 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2074776 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0707 0.9797 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074774 1 0.0592 0.9803 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074773 2 0.1474 0.9483 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074771 2 0.1716 0.9394 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2074772 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074770 1 0.0817 0.9808 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074769 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0336 0.9633 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074766 2 0.0707 0.9605 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074767 1 0.0707 0.9810 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074765 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074764 2 0.4382 0.6363 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR2074763 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0188 0.9812 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074762 2 0.1637 0.9425 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2074760 2 0.0336 0.9638 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074759 1 0.0707 0.9796 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074757 2 0.0592 0.9624 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074758 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.1940 0.9292 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2074755 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074754 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074753 2 0.4790 0.4242 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR2074752 1 0.0592 0.9799 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074751 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074749 2 0.0592 0.9616 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074750 1 0.0921 0.9770 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074748 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074747 2 0.1022 0.9581 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074745 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074746 1 0.3037 0.8637 0.880 0.000 0.100 0.020
#> SRR2074744 2 0.0469 0.9630 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074743 2 0.1557 0.9432 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074742 3 0.1792 0.9191 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR2074741 1 0.1022 0.9756 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074740 2 0.3311 0.8285 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR2074739 1 0.0592 0.9813 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074738 2 0.1022 0.9570 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074737 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0336 0.9633 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074735 1 0.0921 0.9770 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074734 2 0.0188 0.9637 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074733 1 0.0921 0.9772 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074732 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.9643 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0469 0.9796 0.988 0.000 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.1557 0.9289 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> SRR2074916 2 0.3962 0.7851 0.000 0.800 0.000 0.112 0.088
#> SRR2074915 4 0.6703 0.2609 0.000 0.360 0.000 0.396 0.244
#> SRR2074914 1 0.1877 0.9331 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR2074913 4 0.6882 0.3579 0.000 0.112 0.080 0.572 0.236
#> SRR2074912 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.6741 -0.0451 0.000 0.032 0.396 0.456 0.116
#> SRR2074910 4 0.5026 0.0799 0.000 0.000 0.280 0.656 0.064
#> SRR2074909 1 0.2237 0.9271 0.904 0.000 0.004 0.008 0.084
#> SRR2074907 1 0.1907 0.9371 0.928 0.000 0.000 0.028 0.044
#> SRR2074908 2 0.3339 0.8598 0.000 0.840 0.000 0.048 0.112
#> SRR2074906 2 0.0404 0.9248 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074905 1 0.1106 0.9367 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024
#> SRR2074904 2 0.2293 0.9056 0.000 0.900 0.000 0.016 0.084
#> SRR2074903 2 0.2331 0.9027 0.000 0.900 0.000 0.020 0.080
#> SRR2074902 1 0.1893 0.9337 0.928 0.000 0.000 0.048 0.024
#> SRR2074901 2 0.1430 0.9250 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR2074900 1 0.1484 0.9340 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2074899 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074898 2 0.0404 0.9245 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074897 2 0.0404 0.9248 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074896 2 0.4096 0.7913 0.000 0.784 0.000 0.072 0.144
#> SRR2074895 1 0.1907 0.9366 0.928 0.000 0.000 0.028 0.044
#> SRR2074894 4 0.7997 0.0904 0.164 0.000 0.172 0.452 0.212
#> SRR2074893 2 0.0794 0.9263 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074892 1 0.1549 0.9360 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR2074891 1 0.2424 0.9027 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074890 2 0.3710 0.7998 0.000 0.784 0.000 0.024 0.192
#> SRR2074887 2 0.2172 0.9125 0.000 0.908 0.000 0.016 0.076
#> SRR2074889 2 0.0609 0.9250 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074886 2 0.0963 0.9270 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074888 2 0.0404 0.9246 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074885 1 0.1981 0.9318 0.924 0.000 0.000 0.048 0.028
#> SRR2074884 2 0.0290 0.9241 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074883 2 0.0162 0.9233 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074882 1 0.1638 0.9202 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR2074880 2 0.0162 0.9233 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074881 2 0.1502 0.9231 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR2074879 3 0.0000 0.9701 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.1410 0.9228 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2074877 2 0.2110 0.9077 0.000 0.912 0.000 0.016 0.072
#> SRR2074876 1 0.1818 0.9363 0.932 0.000 0.000 0.024 0.044
#> SRR2074875 2 0.0404 0.9245 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074874 1 0.1798 0.9192 0.928 0.000 0.004 0.064 0.004
#> SRR2074873 2 0.0290 0.9241 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074872 1 0.1990 0.9160 0.920 0.000 0.008 0.068 0.004
#> SRR2074871 2 0.2249 0.9064 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR2074870 1 0.1792 0.9228 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074869 1 0.1493 0.9362 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028
#> SRR2074868 1 0.1864 0.9175 0.924 0.000 0.004 0.068 0.004
#> SRR2074867 2 0.3531 0.8294 0.000 0.816 0.000 0.036 0.148
#> SRR2074866 2 0.3401 0.8449 0.000 0.840 0.000 0.064 0.096
#> SRR2074865 1 0.2516 0.8979 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074864 1 0.2127 0.9160 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2074863 1 0.2127 0.9152 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2074862 1 0.1704 0.9189 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR2074861 1 0.1410 0.9228 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR2074860 1 0.3338 0.8649 0.852 0.000 0.076 0.068 0.004
#> SRR2074859 1 0.1864 0.9175 0.924 0.000 0.004 0.068 0.004
#> SRR2074858 2 0.2172 0.9102 0.000 0.908 0.000 0.016 0.076
#> SRR2074855 2 0.0510 0.9251 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074857 1 0.1704 0.9189 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR2074856 1 0.1638 0.9202 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR2074854 1 0.1740 0.9356 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR2074853 1 0.1764 0.9214 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR2074852 2 0.0794 0.9258 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074851 1 0.1124 0.9318 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR2074850 1 0.1281 0.9355 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR2074849 1 0.1704 0.9189 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR2074848 1 0.1579 0.9346 0.944 0.000 0.000 0.032 0.024
#> SRR2074847 1 0.1485 0.9365 0.948 0.000 0.000 0.020 0.032
#> SRR2074846 1 0.1924 0.9206 0.924 0.000 0.004 0.064 0.008
#> SRR2074845 1 0.1341 0.9246 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2074843 1 0.1965 0.9184 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074842 2 0.2519 0.8931 0.000 0.884 0.000 0.016 0.100
#> SRR2074844 2 0.1942 0.9169 0.000 0.920 0.000 0.012 0.068
#> SRR2074841 2 0.0404 0.9239 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074840 2 0.0609 0.9265 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074839 1 0.1908 0.9201 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074838 2 0.0162 0.9233 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074836 2 0.1877 0.9175 0.000 0.924 0.000 0.012 0.064
#> SRR2074835 2 0.0290 0.9236 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074837 1 0.2329 0.9073 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2074834 2 0.3687 0.8188 0.000 0.792 0.000 0.028 0.180
#> SRR2074833 1 0.1978 0.9357 0.928 0.000 0.004 0.024 0.044
#> SRR2074832 2 0.1892 0.9148 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR2074831 1 0.1300 0.9349 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR2074829 1 0.1638 0.9202 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR2074830 1 0.1864 0.9175 0.924 0.000 0.004 0.068 0.004
#> SRR2074828 1 0.2074 0.9168 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2074827 2 0.2011 0.9123 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR2074826 2 0.5891 0.2970 0.000 0.552 0.000 0.120 0.328
#> SRR2074825 2 0.0404 0.9239 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074824 2 0.0162 0.9232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074823 1 0.1831 0.9286 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR2074822 2 0.0609 0.9247 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074821 2 0.0794 0.9256 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074820 2 0.0404 0.9240 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074819 2 0.1670 0.9238 0.000 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR2074817 2 0.2505 0.8981 0.000 0.888 0.000 0.020 0.092
#> SRR2074818 2 0.0609 0.9256 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074816 1 0.2516 0.8979 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074815 2 0.1952 0.9132 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR2074814 1 0.1478 0.9219 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2074812 2 0.0794 0.9267 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074813 2 0.2104 0.9067 0.000 0.916 0.000 0.024 0.060
#> SRR2074809 2 0.0404 0.9239 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074810 2 0.2522 0.8955 0.000 0.880 0.000 0.012 0.108
#> SRR2074811 2 0.0510 0.9255 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074808 2 0.1341 0.9257 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074807 2 0.1410 0.9229 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074806 1 0.2471 0.9003 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2074805 2 0.0566 0.9263 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074804 1 0.2179 0.9223 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR2074803 1 0.2179 0.9124 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2074801 1 0.1697 0.9337 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR2074802 2 0.4199 0.7802 0.000 0.772 0.000 0.068 0.160
#> SRR2074799 2 0.0290 0.9235 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074800 1 0.1671 0.9261 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074798 1 0.2516 0.8979 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074797 1 0.1908 0.9200 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074795 2 0.0404 0.9251 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074796 2 0.1597 0.9219 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR2074794 2 0.0290 0.9241 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074793 2 0.0963 0.9270 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074792 1 0.2077 0.9285 0.908 0.000 0.000 0.008 0.084
#> SRR2074791 1 0.1484 0.9346 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR2074790 2 0.0290 0.9234 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074789 1 0.1990 0.9187 0.920 0.000 0.004 0.068 0.008
#> SRR2074788 1 0.1864 0.9175 0.924 0.000 0.004 0.068 0.004
#> SRR2074787 1 0.1704 0.9189 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR2074786 2 0.1502 0.9237 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR2074785 1 0.2280 0.9095 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074784 1 0.2516 0.8979 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074783 2 0.0451 0.9256 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074782 1 0.1872 0.9302 0.928 0.000 0.000 0.052 0.020
#> SRR2074779 2 0.1041 0.9269 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR2074781 2 0.4893 0.6566 0.000 0.704 0.000 0.088 0.208
#> SRR2074780 1 0.1670 0.9298 0.936 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR2074778 2 0.1124 0.9261 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR2074777 2 0.3688 0.8265 0.000 0.816 0.000 0.060 0.124
#> SRR2074776 2 0.0290 0.9241 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074775 1 0.1671 0.9281 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074774 1 0.1597 0.9290 0.940 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR2074773 2 0.2707 0.8939 0.000 0.876 0.000 0.024 0.100
#> SRR2074771 2 0.3099 0.8637 0.000 0.848 0.000 0.028 0.124
#> SRR2074772 1 0.2020 0.9186 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2074770 1 0.2313 0.9339 0.912 0.000 0.004 0.044 0.040
#> SRR2074769 2 0.0510 0.9255 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074768 2 0.1205 0.9251 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR2074766 2 0.2351 0.9043 0.000 0.896 0.000 0.016 0.088
#> SRR2074767 1 0.1750 0.9359 0.936 0.000 0.000 0.036 0.028
#> SRR2074765 1 0.1704 0.9189 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR2074764 2 0.6033 0.3451 0.000 0.580 0.000 0.200 0.220
#> SRR2074763 2 0.0162 0.9233 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074761 1 0.1830 0.9357 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR2074762 2 0.3182 0.8640 0.000 0.844 0.000 0.032 0.124
#> SRR2074760 2 0.1341 0.9250 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074759 1 0.1892 0.9279 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR2074757 2 0.1043 0.9267 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074758 2 0.0000 0.9229 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.3278 0.8488 0.000 0.824 0.000 0.020 0.156
#> SRR2074755 1 0.2516 0.8979 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074754 1 0.2516 0.8979 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074753 2 0.6529 -0.0759 0.000 0.476 0.000 0.296 0.228
#> SRR2074752 1 0.1408 0.9306 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR2074751 1 0.2516 0.8979 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074749 2 0.1544 0.9195 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074750 1 0.1851 0.9219 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074748 1 0.2516 0.8979 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074747 2 0.2304 0.9041 0.000 0.892 0.000 0.008 0.100
#> SRR2074745 1 0.1638 0.9202 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR2074746 1 0.5119 0.7572 0.748 0.000 0.124 0.080 0.048
#> SRR2074744 2 0.1341 0.9248 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074743 2 0.3183 0.8496 0.000 0.828 0.000 0.016 0.156
#> SRR2074742 3 0.2951 0.8522 0.000 0.000 0.860 0.112 0.028
#> SRR2074741 1 0.2471 0.9002 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2074740 2 0.5584 0.4255 0.000 0.592 0.000 0.096 0.312
#> SRR2074739 1 0.1124 0.9301 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR2074738 2 0.2286 0.9002 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR2074737 2 0.0880 0.9261 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074736 2 0.1544 0.9220 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074735 1 0.1894 0.9296 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR2074734 2 0.0510 0.9262 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074733 1 0.1764 0.9327 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR2074732 2 0.0404 0.9244 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074731 2 0.0290 0.9234 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074730 1 0.1331 0.9314 0.952 0.000 0.000 0.040 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0146 0.9414 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR2074919 3 0.0363 0.9512 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2074920 3 0.0363 0.9512 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2074917 3 0.0653 0.9421 0.012 0.000 0.980 0.000 0.004 NA
#> SRR2074918 3 0.2307 0.8764 0.000 0.000 0.900 0.064 0.024 NA
#> SRR2074916 2 0.4911 0.6501 0.000 0.688 0.000 0.208 0.028 NA
#> SRR2074915 4 0.6696 0.1342 0.000 0.300 0.000 0.476 0.088 NA
#> SRR2074914 1 0.3023 0.8311 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074913 4 0.5931 0.0403 0.000 0.072 0.076 0.668 0.144 NA
#> SRR2074912 3 0.0363 0.9512 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2074911 4 0.6042 -0.0339 0.000 0.012 0.328 0.536 0.092 NA
#> SRR2074910 4 0.6831 -0.1807 0.000 0.000 0.248 0.448 0.240 NA
#> SRR2074909 1 0.3368 0.8329 0.756 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074907 1 0.2100 0.8572 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074908 2 0.4456 0.7689 0.000 0.748 0.000 0.080 0.028 NA
#> SRR2074906 2 0.0777 0.8995 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074905 1 0.2340 0.8524 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074904 2 0.3177 0.8826 0.000 0.852 0.000 0.052 0.024 NA
#> SRR2074903 2 0.3103 0.8778 0.000 0.856 0.000 0.064 0.020 NA
#> SRR2074902 1 0.1838 0.8424 0.916 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074901 2 0.3119 0.8841 0.000 0.856 0.000 0.032 0.036 NA
#> SRR2074900 1 0.2632 0.8489 0.832 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074899 2 0.1010 0.9047 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR2074898 2 0.0951 0.8991 0.000 0.968 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR2074897 2 0.1053 0.9000 0.000 0.964 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR2074896 2 0.5062 0.7232 0.000 0.716 0.000 0.100 0.080 NA
#> SRR2074895 1 0.2669 0.8499 0.836 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074894 5 0.4937 0.0000 0.068 0.000 0.112 0.036 0.748 NA
#> SRR2074893 2 0.1838 0.9040 0.000 0.928 0.000 0.020 0.012 NA
#> SRR2074892 1 0.2402 0.8531 0.856 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074891 1 0.3742 0.7659 0.648 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074890 2 0.4742 0.7654 0.000 0.744 0.000 0.084 0.080 NA
#> SRR2074887 2 0.3185 0.8809 0.000 0.848 0.000 0.060 0.016 NA
#> SRR2074889 2 0.0622 0.8995 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2074886 2 0.1875 0.9046 0.000 0.928 0.000 0.020 0.020 NA
#> SRR2074888 2 0.0603 0.8981 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074885 1 0.1753 0.8510 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074884 2 0.0837 0.9001 0.000 0.972 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2074883 2 0.0653 0.8976 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2074882 1 0.1418 0.8158 0.944 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074880 2 0.0837 0.8985 0.000 0.972 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2074881 2 0.2867 0.8879 0.000 0.872 0.000 0.040 0.024 NA
#> SRR2074879 3 0.0363 0.9512 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2074878 1 0.1257 0.8223 0.952 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074877 2 0.3074 0.8733 0.000 0.856 0.000 0.080 0.020 NA
#> SRR2074876 1 0.2631 0.8551 0.840 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074875 2 0.0767 0.8972 0.000 0.976 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR2074874 1 0.1418 0.8167 0.944 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074873 2 0.0790 0.9001 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074872 1 0.1421 0.8132 0.944 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2074871 2 0.3481 0.8690 0.000 0.836 0.000 0.052 0.044 NA
#> SRR2074870 1 0.3109 0.8335 0.772 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074869 1 0.1863 0.8554 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074868 1 0.1498 0.8110 0.940 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2074867 2 0.5025 0.7523 0.000 0.716 0.000 0.092 0.068 NA
#> SRR2074866 2 0.4712 0.7286 0.000 0.732 0.000 0.144 0.040 NA
#> SRR2074865 1 0.3881 0.7303 0.600 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074864 1 0.3288 0.8147 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074863 1 0.3482 0.7927 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074862 1 0.1341 0.8191 0.948 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074861 1 0.0909 0.8254 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074860 1 0.3078 0.7470 0.856 0.000 0.084 0.000 0.028 NA
#> SRR2074859 1 0.1644 0.8151 0.932 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2074858 2 0.3329 0.8652 0.000 0.840 0.000 0.064 0.020 NA
#> SRR2074855 2 0.0622 0.9006 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074857 1 0.1168 0.8177 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074856 1 0.1492 0.8175 0.940 0.000 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074854 1 0.2632 0.8509 0.832 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074853 1 0.0937 0.8416 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074852 2 0.0767 0.9002 0.000 0.976 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR2074851 1 0.1700 0.8498 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074850 1 0.2320 0.8542 0.864 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074849 1 0.1480 0.8166 0.940 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074848 1 0.1524 0.8480 0.932 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074847 1 0.1910 0.8567 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074846 1 0.1434 0.8375 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074845 1 0.0935 0.8363 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074843 1 0.3508 0.8001 0.704 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074842 2 0.3682 0.8578 0.000 0.820 0.000 0.048 0.044 NA
#> SRR2074844 2 0.2419 0.8992 0.000 0.896 0.000 0.016 0.028 NA
#> SRR2074841 2 0.0363 0.8975 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074840 2 0.1346 0.9026 0.000 0.952 0.000 0.024 0.008 NA
#> SRR2074839 1 0.3330 0.8071 0.716 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074838 2 0.1230 0.9008 0.000 0.956 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR2074836 2 0.3765 0.8546 0.000 0.808 0.000 0.044 0.036 NA
#> SRR2074835 2 0.0777 0.8986 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074837 1 0.3531 0.7839 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074834 2 0.4084 0.8262 0.000 0.788 0.000 0.044 0.056 NA
#> SRR2074833 1 0.1757 0.8497 0.916 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074832 2 0.2737 0.8915 0.000 0.880 0.000 0.024 0.036 NA
#> SRR2074831 1 0.1910 0.8523 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074829 1 0.1176 0.8172 0.956 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074830 1 0.1421 0.8132 0.944 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2074828 1 0.3371 0.8054 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074827 2 0.2669 0.8922 0.000 0.880 0.000 0.032 0.016 NA
#> SRR2074826 2 0.6443 0.3935 0.000 0.560 0.000 0.184 0.096 NA
#> SRR2074825 2 0.0717 0.8994 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2074824 2 0.0972 0.9012 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074823 1 0.3151 0.8282 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074822 2 0.0951 0.9001 0.000 0.968 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR2074821 2 0.1167 0.9015 0.000 0.960 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR2074820 2 0.1036 0.9010 0.000 0.964 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR2074819 2 0.3077 0.8883 0.000 0.860 0.000 0.040 0.032 NA
#> SRR2074817 2 0.3368 0.8742 0.000 0.844 0.000 0.060 0.048 NA
#> SRR2074818 2 0.1065 0.9030 0.000 0.964 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR2074816 1 0.3782 0.7212 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074815 2 0.2915 0.8840 0.000 0.872 0.000 0.036 0.044 NA
#> SRR2074814 1 0.1082 0.8418 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074812 2 0.1078 0.8994 0.000 0.964 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR2074813 2 0.2565 0.8901 0.000 0.892 0.000 0.032 0.032 NA
#> SRR2074809 2 0.0508 0.8977 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074810 2 0.3461 0.8586 0.000 0.836 0.000 0.040 0.048 NA
#> SRR2074811 2 0.1065 0.9018 0.000 0.964 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR2074808 2 0.2294 0.8995 0.000 0.896 0.000 0.020 0.008 NA
#> SRR2074807 2 0.2257 0.9016 0.000 0.904 0.000 0.020 0.016 NA
#> SRR2074806 1 0.3756 0.7325 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074805 2 0.1149 0.9026 0.000 0.960 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR2074804 1 0.3464 0.7963 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074803 1 0.3547 0.7825 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074801 1 0.2964 0.8449 0.792 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074802 2 0.4571 0.7728 0.000 0.756 0.000 0.068 0.072 NA
#> SRR2074799 2 0.0748 0.8980 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2074800 1 0.3175 0.8247 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074798 1 0.3797 0.7136 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074797 1 0.3468 0.8071 0.712 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074795 2 0.1167 0.9017 0.000 0.960 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR2074796 2 0.2089 0.9020 0.000 0.916 0.000 0.020 0.020 NA
#> SRR2074794 2 0.1080 0.9002 0.000 0.960 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR2074793 2 0.1974 0.9028 0.000 0.920 0.000 0.012 0.020 NA
#> SRR2074792 1 0.2964 0.8418 0.792 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074791 1 0.2553 0.8545 0.848 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074790 2 0.0692 0.8985 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074789 1 0.1716 0.8110 0.932 0.000 0.004 0.000 0.028 NA
#> SRR2074788 1 0.1151 0.8173 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074787 1 0.1257 0.8180 0.952 0.000 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2074786 2 0.2570 0.8976 0.000 0.884 0.000 0.024 0.016 NA
#> SRR2074785 1 0.3672 0.7552 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074784 1 0.3789 0.7172 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074783 2 0.1049 0.9008 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2074782 1 0.2094 0.8413 0.900 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074779 2 0.2036 0.9027 0.000 0.916 0.000 0.028 0.008 NA
#> SRR2074781 2 0.5819 0.5820 0.000 0.640 0.000 0.152 0.100 NA
#> SRR2074780 1 0.1858 0.8449 0.912 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074778 2 0.2295 0.9024 0.000 0.904 0.000 0.028 0.016 NA
#> SRR2074777 2 0.3648 0.8429 0.000 0.820 0.000 0.084 0.028 NA
#> SRR2074776 2 0.1036 0.8994 0.000 0.964 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR2074775 1 0.3428 0.7998 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074774 1 0.1434 0.8381 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074773 2 0.3365 0.8686 0.000 0.840 0.000 0.040 0.036 NA
#> SRR2074771 2 0.4864 0.7566 0.000 0.732 0.000 0.080 0.076 NA
#> SRR2074772 1 0.3360 0.8162 0.732 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074770 1 0.2553 0.8467 0.848 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074769 2 0.0972 0.9023 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR2074768 2 0.1442 0.9035 0.000 0.944 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR2074766 2 0.3516 0.8659 0.000 0.832 0.000 0.056 0.036 NA
#> SRR2074767 1 0.2494 0.8474 0.864 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074765 1 0.1334 0.8144 0.948 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074764 2 0.6697 0.2639 0.000 0.520 0.000 0.220 0.108 NA
#> SRR2074763 2 0.0603 0.8994 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074761 1 0.2092 0.8556 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074762 2 0.3982 0.8398 0.000 0.800 0.000 0.072 0.044 NA
#> SRR2074760 2 0.2507 0.8945 0.000 0.892 0.000 0.016 0.036 NA
#> SRR2074759 1 0.2969 0.8388 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074757 2 0.2386 0.8971 0.000 0.900 0.000 0.024 0.024 NA
#> SRR2074758 2 0.0951 0.9000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR2074756 2 0.4350 0.8048 0.000 0.772 0.000 0.056 0.068 NA
#> SRR2074755 1 0.3782 0.7212 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074754 1 0.3923 0.7138 0.580 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074753 2 0.6746 -0.0312 0.000 0.476 0.000 0.296 0.116 NA
#> SRR2074752 1 0.1918 0.8515 0.904 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074751 1 0.3747 0.7331 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074749 2 0.2541 0.8935 0.000 0.892 0.000 0.032 0.024 NA
#> SRR2074750 1 0.3126 0.8265 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074748 1 0.3774 0.7246 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074747 2 0.3002 0.8791 0.000 0.864 0.000 0.040 0.028 NA
#> SRR2074745 1 0.1334 0.8187 0.948 0.000 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074746 1 0.5486 0.5668 0.676 0.000 0.116 0.000 0.120 NA
#> SRR2074744 2 0.2115 0.9027 0.000 0.916 0.000 0.020 0.032 NA
#> SRR2074743 2 0.4844 0.7660 0.000 0.728 0.000 0.056 0.084 NA
#> SRR2074742 3 0.3128 0.8258 0.000 0.000 0.848 0.088 0.052 NA
#> SRR2074741 1 0.3774 0.7231 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074740 2 0.6575 0.3568 0.000 0.540 0.000 0.112 0.136 NA
#> SRR2074739 1 0.2053 0.8528 0.888 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074738 2 0.2838 0.8877 0.000 0.872 0.000 0.024 0.032 NA
#> SRR2074737 2 0.1710 0.9029 0.000 0.936 0.000 0.020 0.016 NA
#> SRR2074736 2 0.2683 0.8905 0.000 0.884 0.000 0.032 0.028 NA
#> SRR2074735 1 0.3240 0.8319 0.752 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074734 2 0.1410 0.9031 0.000 0.944 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR2074733 1 0.2805 0.8476 0.812 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074732 2 0.0881 0.8984 0.000 0.972 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR2074731 2 0.0777 0.8987 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074730 1 0.1588 0.8470 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.998 0.5028 0.498 0.498
#> 3 3 1.000 0.976 0.981 0.1080 0.948 0.896
#> 4 4 0.899 0.889 0.943 0.1901 0.891 0.757
#> 5 5 0.722 0.850 0.878 0.0455 0.998 0.994
#> 6 6 0.713 0.820 0.866 0.0113 0.998 0.994
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074919 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074920 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074917 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074918 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074916 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074915 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074914 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074913 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074912 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074911 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074910 1 0.99 0.214 0.56 0.44
#> SRR2074909 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074907 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074908 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074906 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074905 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074904 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074903 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074902 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074901 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074900 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074899 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074898 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074897 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074896 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074895 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074894 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074893 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074892 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074891 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074890 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074887 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074889 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074886 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074888 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074885 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074884 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074883 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074882 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074880 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074881 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074879 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074878 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074877 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074876 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074875 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074874 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074873 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074872 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074871 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074870 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074869 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074868 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074867 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074866 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074865 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074864 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074863 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074862 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074861 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074860 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074859 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074858 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074855 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074857 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074856 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074854 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074853 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074852 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074851 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074850 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074849 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074848 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074847 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074846 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074845 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074843 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074842 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074844 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074841 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074840 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074839 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074838 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074836 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074835 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074837 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074834 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074833 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074832 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074831 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074829 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074830 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074828 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074827 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074826 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074825 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074824 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074823 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074822 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074821 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074820 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074819 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074817 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074818 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074816 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074815 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074814 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074812 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074813 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074809 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074810 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074811 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074808 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074807 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074806 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074805 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074804 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074803 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074801 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074802 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074799 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074800 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074798 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074797 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074795 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074796 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074794 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074793 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074792 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074791 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074790 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074789 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074788 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074787 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074786 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074785 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074784 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074783 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074782 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074779 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074781 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074780 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074778 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074777 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074776 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074775 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074774 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074773 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074771 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074772 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074770 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074769 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074768 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074766 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074767 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074765 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074764 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074763 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074761 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074762 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074760 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074759 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074757 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074758 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074756 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074755 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074754 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074753 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074752 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074751 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074749 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074750 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074748 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074747 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074745 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074746 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074744 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074743 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074742 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074741 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074740 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074739 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074738 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074737 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074736 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074735 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074734 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074733 1 0.00 0.995 1.00 0.00
#> SRR2074732 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074731 2 0.00 1.000 0.00 1.00
#> SRR2074730 1 0.00 0.995 1.00 0.00
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.1031 0.939 0.024 0.000 0.976
#> SRR2074919 3 0.1031 0.939 0.024 0.000 0.976
#> SRR2074920 3 0.1031 0.939 0.024 0.000 0.976
#> SRR2074917 3 0.1031 0.939 0.024 0.000 0.976
#> SRR2074918 3 0.1031 0.939 0.024 0.000 0.976
#> SRR2074916 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074915 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074914 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074913 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074912 3 0.1031 0.939 0.024 0.000 0.976
#> SRR2074911 3 0.4235 0.741 0.000 0.176 0.824
#> SRR2074910 3 0.1399 0.919 0.028 0.004 0.968
#> SRR2074909 1 0.2066 0.957 0.940 0.000 0.060
#> SRR2074907 1 0.1031 0.978 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074908 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074906 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.1753 0.973 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074904 2 0.0892 0.986 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074903 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0592 0.978 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074901 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074899 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074895 1 0.1411 0.976 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074894 1 0.1643 0.973 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074893 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0747 0.978 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074891 1 0.1643 0.973 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074890 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074887 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.1753 0.973 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074884 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.1860 0.971 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074880 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074879 3 0.1031 0.939 0.024 0.000 0.976
#> SRR2074878 1 0.1753 0.973 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074877 2 0.0592 0.990 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074876 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074875 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0747 0.979 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074873 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.2356 0.956 0.928 0.000 0.072
#> SRR2074871 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074870 1 0.1529 0.974 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074869 1 0.1753 0.973 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074868 1 0.3192 0.916 0.888 0.000 0.112
#> SRR2074867 2 0.0592 0.990 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074866 2 0.0892 0.986 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074865 1 0.0592 0.978 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074864 1 0.1643 0.973 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074863 1 0.1529 0.975 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074862 1 0.0892 0.979 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074861 1 0.1411 0.977 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074860 3 0.5905 0.431 0.352 0.000 0.648
#> SRR2074859 1 0.1964 0.967 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074858 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074855 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.1529 0.974 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074856 1 0.0747 0.978 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074854 1 0.1753 0.973 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074853 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074852 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0424 0.977 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074850 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074849 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074848 1 0.1031 0.978 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074847 1 0.0424 0.977 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074846 1 0.0424 0.977 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074845 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074843 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074844 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074841 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074838 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.1289 0.977 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074834 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074833 1 0.0592 0.978 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074832 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074831 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.1860 0.972 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074830 1 0.1753 0.973 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074828 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074825 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074817 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074818 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074815 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074811 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074805 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0592 0.978 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074803 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.1643 0.973 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074802 2 0.0892 0.986 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074799 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.1031 0.978 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074798 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074797 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074795 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0747 0.988 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074794 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.1753 0.973 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074791 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.3941 0.862 0.844 0.000 0.156
#> SRR2074788 1 0.0424 0.977 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074787 1 0.0747 0.978 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074786 2 0.0237 0.993 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074785 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074784 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074783 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.1643 0.974 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074779 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074780 1 0.1529 0.976 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074778 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0424 0.991 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074776 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.1643 0.973 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074774 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074771 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074772 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074770 1 0.3038 0.917 0.896 0.000 0.104
#> SRR2074769 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074767 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074765 1 0.1289 0.978 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074764 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074763 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0892 0.986 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074760 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.1753 0.973 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074757 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.1643 0.973 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074754 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074753 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074752 1 0.1411 0.976 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074751 1 0.1643 0.973 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074749 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074748 1 0.1643 0.973 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074747 2 0.0592 0.990 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074745 1 0.0237 0.976 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074746 1 0.1643 0.973 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074744 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 3 0.1031 0.939 0.024 0.000 0.976
#> SRR2074741 1 0.0237 0.977 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074740 2 0.1031 0.984 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074739 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.1753 0.973 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074734 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.1643 0.973 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074732 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.976 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0000 0.92914 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.92914 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.92914 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 0.92914 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.0000 0.92914 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074916 2 0.0707 0.92476 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074915 4 0.0336 0.83843 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074914 1 0.0188 0.96570 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074913 4 0.0336 0.83843 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074912 3 0.0000 0.92914 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.5294 0.03389 0.000 0.008 0.484 0.508
#> SRR2074910 4 0.0336 0.82684 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2074909 1 0.2053 0.94454 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR2074907 1 0.1398 0.96618 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR2074908 4 0.0336 0.83843 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074906 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.1557 0.96130 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2074904 4 0.2469 0.81913 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR2074903 2 0.0188 0.93487 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074902 1 0.1004 0.96706 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074901 2 0.2530 0.84295 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2074900 1 0.0336 0.96276 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074899 2 0.1022 0.91679 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074898 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0336 0.83843 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074895 1 0.1902 0.95972 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR2074894 1 0.5565 0.57657 0.684 0.000 0.056 0.260
#> SRR2074893 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0672 0.96574 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074891 1 0.1716 0.95854 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2074890 4 0.0336 0.83843 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074887 4 0.4250 0.67689 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR2074889 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.1637 0.96053 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.1792 0.95725 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.4643 0.56494 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR2074879 3 0.0000 0.92914 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.1716 0.95854 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2074877 4 0.4454 0.63660 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR2074876 1 0.0336 0.96276 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074875 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0927 0.96686 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR2074873 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.2011 0.94688 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR2074871 4 0.0592 0.83950 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2074870 1 0.1902 0.95972 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR2074869 1 0.1716 0.95854 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2074868 1 0.2704 0.90930 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR2074867 4 0.3123 0.78987 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR2074866 4 0.2704 0.81203 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR2074865 1 0.0817 0.96761 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074864 1 0.1637 0.95946 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2074863 1 0.1389 0.96351 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2074862 1 0.0817 0.96761 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074861 1 0.1211 0.96625 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2074860 3 0.4605 0.43775 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR2074859 1 0.2125 0.95371 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR2074858 4 0.0921 0.83961 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR2074855 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.1902 0.95972 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR2074856 1 0.1209 0.96707 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR2074854 1 0.1637 0.95946 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2074853 1 0.0376 0.96524 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074852 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0657 0.96580 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074850 1 0.0524 0.96334 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074849 1 0.0524 0.96334 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074848 1 0.1209 0.96723 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR2074847 1 0.0376 0.96436 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074846 1 0.0376 0.96436 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074845 1 0.0927 0.96645 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR2074843 1 0.0336 0.96276 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074842 4 0.2469 0.81873 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR2074844 2 0.4855 0.29255 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR2074841 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0524 0.96334 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074838 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.3837 0.69220 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2074835 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.1474 0.96360 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2074834 4 0.3837 0.72495 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR2074833 1 0.0927 0.96629 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR2074832 2 0.1389 0.90270 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074831 1 0.0336 0.96276 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074829 1 0.1792 0.95725 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2074830 1 0.1716 0.95854 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2074828 1 0.0336 0.96276 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074827 2 0.4776 0.35368 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR2074826 4 0.0336 0.83843 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074825 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0336 0.96276 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074822 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.3569 0.73935 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR2074817 2 0.4989 -0.00198 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR2074818 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.96430 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0188 0.93499 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074814 1 0.0336 0.96276 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074812 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0592 0.83955 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2074811 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.2973 0.80324 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR2074807 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.1398 0.96622 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR2074805 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0657 0.96676 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074803 1 0.0188 0.96353 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074801 1 0.1637 0.96026 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2074802 4 0.1792 0.83118 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR2074799 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0895 0.96747 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074798 1 0.0657 0.96684 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074797 1 0.0188 0.96353 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074795 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.4877 0.27327 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR2074794 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0707 0.92531 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074792 1 0.1637 0.95946 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2074791 1 0.0188 0.96353 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074790 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.3356 0.84811 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR2074788 1 0.0804 0.96594 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2074787 1 0.0707 0.96743 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074786 2 0.3610 0.73649 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR2074785 1 0.1211 0.96624 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR2074784 1 0.0188 0.96534 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.2048 0.96046 0.928 0.000 0.064 0.008
#> SRR2074779 2 0.2704 0.82942 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2074781 4 0.0336 0.83843 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074780 1 0.1970 0.96215 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR2074778 2 0.1022 0.91667 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074777 4 0.3219 0.78159 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR2074776 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.1557 0.96130 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2074774 1 0.0188 0.96353 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074773 4 0.3356 0.76434 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR2074771 4 0.4713 0.51495 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR2074772 1 0.0376 0.96436 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074770 1 0.2466 0.92681 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR2074769 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0336 0.83843 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074767 1 0.0336 0.96276 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074765 1 0.1398 0.96645 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR2074764 4 0.0336 0.83843 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074763 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0336 0.96276 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074762 4 0.1867 0.83230 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR2074760 2 0.1792 0.88599 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2074759 1 0.1557 0.96073 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR2074757 2 0.3907 0.67674 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR2074758 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.4382 0.65441 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR2074755 1 0.1716 0.95854 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2074754 1 0.0657 0.96694 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074753 4 0.0336 0.83843 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074752 1 0.1398 0.96567 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR2074751 1 0.1474 0.96223 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0524 0.96334 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074748 1 0.1474 0.96223 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2074747 2 0.4356 0.57607 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074745 1 0.0524 0.96334 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074746 1 0.1637 0.95946 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR2074744 2 0.0817 0.92287 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074743 2 0.4522 0.49762 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR2074742 3 0.0000 0.92914 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074741 1 0.0376 0.96524 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074740 4 0.0336 0.83843 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074739 1 0.0336 0.96276 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074738 2 0.0188 0.93502 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074737 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.1474 0.96253 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.1743 0.96238 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR2074732 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.93728 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0336 0.96276 0.992 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074916 2 0.0703 0.9216 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074915 4 0.0000 0.8200 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.3534 0.8848 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2074913 4 0.0404 0.8167 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074912 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 3 0.6236 0.2307 0.000 0.000 0.456 0.400 0.144
#> SRR2074910 4 0.4557 0.2946 0.000 0.000 0.008 0.516 0.476
#> SRR2074909 1 0.2563 0.8852 0.872 0.000 0.008 0.000 0.120
#> SRR2074907 1 0.2074 0.8887 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2074908 4 0.0000 0.8200 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.3143 0.8918 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2074904 4 0.2127 0.8055 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR2074903 2 0.0162 0.9346 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074902 1 0.2179 0.8936 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2074901 2 0.2179 0.8429 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR2074900 1 0.3752 0.8671 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2074899 2 0.0880 0.9167 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.8200 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.1851 0.8909 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074894 1 0.6060 0.6204 0.576 0.000 0.000 0.208 0.216
#> SRR2074893 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.2280 0.8871 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074891 1 0.3274 0.8805 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074890 4 0.0000 0.8200 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.3661 0.6607 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.1792 0.8718 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074884 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.1671 0.8688 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074880 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.3983 0.5722 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.1270 0.8699 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074877 4 0.3816 0.6249 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR2074876 1 0.3534 0.8876 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2074875 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.2929 0.8953 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2074873 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.2390 0.8813 0.896 0.000 0.020 0.000 0.084
#> SRR2074871 4 0.0404 0.8240 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2074870 1 0.2561 0.8903 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2074869 1 0.1341 0.8786 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074868 1 0.2079 0.8610 0.916 0.000 0.020 0.000 0.064
#> SRR2074867 4 0.2690 0.7760 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR2074866 4 0.2280 0.8006 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR2074865 1 0.3274 0.8910 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074864 1 0.2377 0.8922 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2074863 1 0.3534 0.8876 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2074862 1 0.1792 0.8806 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074861 1 0.3242 0.8903 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074860 3 0.4824 0.3282 0.376 0.000 0.596 0.000 0.028
#> SRR2074859 1 0.2719 0.9005 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR2074858 4 0.0703 0.8248 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.1270 0.8795 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074856 1 0.1544 0.8795 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074854 1 0.2020 0.8883 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2074853 1 0.3796 0.8778 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR2074852 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.1671 0.8791 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074850 1 0.3534 0.8832 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2074849 1 0.2230 0.8815 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR2074848 1 0.2074 0.9003 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2074847 1 0.3730 0.8786 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2074846 1 0.3774 0.8748 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2074845 1 0.1792 0.8859 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074843 1 0.3480 0.8819 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2074842 4 0.2074 0.8069 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR2074844 2 0.4192 0.2819 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.3424 0.8886 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR2074838 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.3305 0.6921 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.3305 0.8790 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2074834 4 0.3305 0.7099 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR2074833 1 0.3508 0.8871 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074832 2 0.1197 0.9024 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR2074831 1 0.2471 0.8769 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2074829 1 0.1571 0.8814 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR2074830 1 0.2690 0.8906 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2074828 1 0.3109 0.8866 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR2074827 2 0.4114 0.3538 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR2074826 4 0.0162 0.8220 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.3730 0.8704 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2074822 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.3074 0.7393 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR2074817 2 0.4300 -0.0178 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.3508 0.8891 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074815 2 0.0162 0.9348 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074814 1 0.3774 0.8669 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2074812 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0404 0.8241 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.2561 0.8032 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.1965 0.8818 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074805 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.3730 0.8775 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2074803 1 0.3305 0.8939 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2074801 1 0.2966 0.8902 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR2074802 4 0.1478 0.8175 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.3242 0.9013 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074798 1 0.2377 0.9046 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2074797 1 0.1908 0.8918 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074795 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.4210 0.2607 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0609 0.9251 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074792 1 0.2813 0.8929 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2074791 1 0.2074 0.8857 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2074790 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.4022 0.8459 0.796 0.000 0.104 0.000 0.100
#> SRR2074788 1 0.3636 0.8860 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2074787 1 0.1608 0.8878 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2074786 2 0.3109 0.7365 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2074785 1 0.2732 0.8979 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR2074784 1 0.2891 0.9059 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2074783 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.2516 0.8882 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074779 2 0.2329 0.8294 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.8200 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.3452 0.8883 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2074778 2 0.0880 0.9165 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074777 4 0.2732 0.7695 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.2852 0.8937 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2074774 1 0.1792 0.8852 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074773 4 0.2852 0.7526 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR2074771 4 0.4060 0.5141 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR2074772 1 0.3774 0.8724 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR2074770 1 0.4622 0.8716 0.692 0.000 0.044 0.000 0.264
#> SRR2074769 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0162 0.8220 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074767 1 0.2929 0.8841 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2074765 1 0.2329 0.8933 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2074764 4 0.0000 0.8200 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.3730 0.8708 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR2074762 4 0.1544 0.8194 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR2074760 2 0.1544 0.8860 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2074759 1 0.1671 0.8861 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074757 2 0.3366 0.6774 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.3774 0.6376 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR2074755 1 0.3143 0.8854 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2074754 1 0.2891 0.9043 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2074753 4 0.0000 0.8200 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.2329 0.8996 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2074751 1 0.1544 0.8856 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074749 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.3480 0.8885 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2074748 1 0.3424 0.8876 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR2074747 2 0.3752 0.5764 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR2074745 1 0.2424 0.8791 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074746 1 0.3274 0.8847 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074744 2 0.0703 0.9227 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074743 2 0.3895 0.4978 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074742 3 0.0000 0.8864 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074741 1 0.3305 0.8911 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2074740 4 0.0000 0.8200 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.3452 0.8889 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2074738 2 0.0162 0.9348 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.2424 0.8981 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074734 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.3661 0.8762 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2074732 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.9371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.3752 0.8671 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.3817 0.8417 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074919 3 0.3817 0.8417 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074920 3 0.3817 0.8417 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074917 3 0.3817 0.8417 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074918 3 0.3817 0.8417 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074916 2 0.0806 0.9228 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR2074915 4 0.0000 0.7579 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.3309 0.8569 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 4 0.2302 0.6465 0.000 0.000 0.000 0.872 0.120 0.008
#> SRR2074912 3 0.3817 0.8417 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074911 5 0.6718 0.0000 0.000 0.000 0.084 0.260 0.492 0.164
#> SRR2074910 6 0.4756 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.056 0.380 0.564
#> SRR2074909 1 0.2402 0.8577 0.856 0.000 0.140 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074907 1 0.2048 0.8637 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 4 0.0000 0.7579 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074905 1 0.3330 0.8682 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 4 0.1910 0.7427 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0508 0.9306 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR2074902 1 0.2048 0.8724 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.2212 0.8386 0.000 0.880 0.000 0.112 0.008 0.000
#> SRR2074900 1 0.3390 0.8374 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0790 0.9156 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.7579 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.2219 0.8655 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.5743 0.5819 0.504 0.000 0.292 0.204 0.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074892 1 0.1501 0.8597 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.3482 0.8540 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 4 0.0000 0.7579 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.3405 0.5613 0.000 0.272 0.000 0.724 0.004 0.000
#> SRR2074889 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0146 0.9338 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074885 1 0.2219 0.8431 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0146 0.9338 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074883 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074882 1 0.2219 0.8365 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.3714 0.4521 0.000 0.340 0.000 0.656 0.004 0.000
#> SRR2074879 3 0.3817 0.8417 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074878 1 0.1957 0.8374 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 4 0.3446 0.5020 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.3266 0.8602 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074874 1 0.2491 0.8736 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.2494 0.8530 0.864 0.000 0.120 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074871 4 0.0260 0.7620 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.2883 0.8646 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.2048 0.8486 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.2234 0.8354 0.872 0.000 0.124 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074867 4 0.2482 0.7098 0.000 0.148 0.000 0.848 0.004 0.000
#> SRR2074866 4 0.2234 0.7312 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004 0.000
#> SRR2074865 1 0.3309 0.8637 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.2793 0.8683 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.3592 0.8603 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.1863 0.8515 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.3351 0.8648 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 3 0.6041 0.0941 0.360 0.000 0.388 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074859 1 0.2871 0.8777 0.804 0.000 0.192 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074858 4 0.0777 0.7652 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.1765 0.8501 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.1501 0.8488 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.2664 0.8658 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.3499 0.8533 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0146 0.9338 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074851 1 0.1267 0.8486 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.3151 0.8583 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.1501 0.8531 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.2092 0.8783 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.3464 0.8503 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.3464 0.8469 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.1444 0.8564 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.2996 0.8602 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 4 0.2006 0.7403 0.000 0.104 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR2074844 2 0.3765 0.2810 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.3126 0.8622 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.2969 0.6901 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.3482 0.8527 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 4 0.2912 0.6174 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.3244 0.8605 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.1075 0.9038 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.1765 0.8487 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.1765 0.8531 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.3101 0.8690 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.2562 0.8635 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.3706 0.3363 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR2074826 4 0.0000 0.7579 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0146 0.9338 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.3351 0.8430 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074820 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074819 2 0.2902 0.7336 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004 0.000
#> SRR2074817 2 0.3996 -0.0644 0.000 0.512 0.000 0.484 0.004 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.3266 0.8643 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0146 0.9327 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.3409 0.8371 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074813 2 0.0146 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074809 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074810 4 0.0405 0.7616 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR2074811 2 0.0146 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074808 2 0.2300 0.8017 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.2092 0.8540 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0146 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074804 1 0.3446 0.8509 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.2912 0.8717 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.3198 0.8668 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 4 0.1327 0.7549 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.3023 0.8785 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.2178 0.8830 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.1327 0.8643 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.3782 0.2618 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0146 0.9338 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074793 2 0.0547 0.9239 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.3126 0.8711 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.1444 0.8573 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0146 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074789 1 0.4314 0.8324 0.720 0.000 0.184 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074788 1 0.3409 0.8601 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.1610 0.8590 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.3043 0.7305 0.000 0.792 0.000 0.200 0.008 0.000
#> SRR2074785 1 0.2996 0.8745 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.2597 0.8845 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0146 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074782 1 0.2597 0.8610 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.2446 0.8247 0.000 0.864 0.000 0.124 0.012 0.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.7579 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.3390 0.8623 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.1049 0.9135 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008 0.000
#> SRR2074777 4 0.2595 0.6960 0.000 0.160 0.000 0.836 0.004 0.000
#> SRR2074776 2 0.0146 0.9337 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074775 1 0.3198 0.8701 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.1007 0.8574 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 4 0.2703 0.6622 0.000 0.172 0.000 0.824 0.004 0.000
#> SRR2074771 4 0.3634 0.4059 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.3482 0.8424 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.4424 0.8449 0.632 0.000 0.324 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074769 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0260 0.7615 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.2378 0.8582 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.2416 0.8694 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 4 0.0146 0.7573 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074763 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074761 1 0.3371 0.8414 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 4 0.1387 0.7597 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.1387 0.8853 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.2092 0.8564 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.3023 0.6764 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074756 4 0.3629 0.5438 0.000 0.276 0.000 0.712 0.012 0.000
#> SRR2074755 1 0.3371 0.8584 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.2631 0.8827 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 4 0.0000 0.7579 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.2491 0.8761 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.1910 0.8559 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074750 1 0.3221 0.8609 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.3499 0.8620 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.3489 0.5794 0.000 0.708 0.000 0.288 0.004 0.000
#> SRR2074745 1 0.1714 0.8509 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.3499 0.8574 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0858 0.9171 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR2074743 2 0.3499 0.4937 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR2074742 3 0.3817 0.8417 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074741 1 0.2996 0.8676 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 4 0.0000 0.7579 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.2941 0.8676 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0146 0.9327 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074736 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074735 1 0.2631 0.8787 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.3634 0.8471 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0260 0.9335 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074731 2 0.0146 0.9338 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074730 1 0.3390 0.8374 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.992 0.996 0.4947 0.507 0.507
#> 3 3 0.838 0.896 0.943 0.2076 0.907 0.816
#> 4 4 0.932 0.912 0.947 0.1510 0.883 0.723
#> 5 5 0.731 0.645 0.814 0.0998 0.964 0.884
#> 6 6 0.696 0.593 0.770 0.0503 0.925 0.736
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074919 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074920 2 0.6438 0.809 0.164 0.836
#> SRR2074917 2 0.7056 0.769 0.192 0.808
#> SRR2074918 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074912 2 0.6623 0.798 0.172 0.828
#> SRR2074911 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074893 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074879 2 0.6531 0.803 0.168 0.832
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0672 0.992 0.992 0.008
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.1184 0.984 0.984 0.016
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.994 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.0892 0.86927 0.000 0.020 0.980
#> SRR2074919 3 0.0892 0.86927 0.000 0.020 0.980
#> SRR2074920 3 0.0892 0.86927 0.000 0.020 0.980
#> SRR2074917 3 0.0892 0.86927 0.000 0.020 0.980
#> SRR2074918 3 0.0892 0.86927 0.000 0.020 0.980
#> SRR2074916 3 0.2796 0.83622 0.000 0.092 0.908
#> SRR2074915 3 0.2625 0.84198 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074914 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 3 0.2261 0.85147 0.000 0.068 0.932
#> SRR2074912 3 0.0892 0.86927 0.000 0.020 0.980
#> SRR2074911 3 0.0892 0.86927 0.000 0.020 0.980
#> SRR2074910 3 0.1289 0.86672 0.000 0.032 0.968
#> SRR2074909 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0237 0.89636 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074906 2 0.3482 0.88452 0.000 0.872 0.128
#> SRR2074905 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074903 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074902 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0892 0.89869 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074900 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.1289 0.90026 0.000 0.968 0.032
#> SRR2074898 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074897 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074896 2 0.0237 0.89636 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074895 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 3 0.5363 0.61089 0.000 0.276 0.724
#> SRR2074893 2 0.0592 0.89960 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074892 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0424 0.89957 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074887 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074889 2 0.3482 0.88427 0.000 0.872 0.128
#> SRR2074886 2 0.2796 0.89270 0.000 0.908 0.092
#> SRR2074888 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074885 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074883 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074882 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074881 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074879 3 0.0892 0.86927 0.000 0.020 0.980
#> SRR2074878 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 3 0.6309 -0.05947 0.000 0.496 0.504
#> SRR2074876 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074874 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074872 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074870 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074866 2 0.6299 0.08737 0.000 0.524 0.476
#> SRR2074865 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0237 0.89838 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074855 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074857 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.4504 0.81643 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074851 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.5244 0.69542 0.756 0.004 0.240
#> SRR2074845 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0747 0.90024 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074844 2 0.0592 0.89628 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074841 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074840 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074839 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074836 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074835 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074837 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.4178 0.78110 0.000 0.828 0.172
#> SRR2074833 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0892 0.89995 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074831 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074826 2 0.0424 0.89905 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074825 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074824 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074823 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074821 2 0.6062 0.43946 0.000 0.616 0.384
#> SRR2074820 3 0.6305 -0.00259 0.000 0.484 0.516
#> SRR2074819 2 0.0424 0.89913 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074817 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074818 2 0.5058 0.73992 0.000 0.756 0.244
#> SRR2074816 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.5178 0.60134 0.000 0.744 0.256
#> SRR2074814 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.3816 0.87072 0.000 0.852 0.148
#> SRR2074813 3 0.6215 0.21754 0.000 0.428 0.572
#> SRR2074809 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074810 2 0.0592 0.89963 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074811 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074808 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074807 2 0.1753 0.89538 0.000 0.952 0.048
#> SRR2074806 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074804 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0237 0.89838 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074799 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074800 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.4605 0.80682 0.000 0.796 0.204
#> SRR2074796 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074794 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074793 2 0.1860 0.89871 0.000 0.948 0.052
#> SRR2074792 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074789 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074785 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.3340 0.88672 0.000 0.880 0.120
#> SRR2074782 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074781 2 0.0237 0.89648 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074780 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074777 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074776 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074775 1 0.3619 0.85037 0.864 0.000 0.136
#> SRR2074774 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074771 2 0.0237 0.89636 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074772 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.5560 0.64580 0.000 0.700 0.300
#> SRR2074768 2 0.6308 0.04884 0.000 0.508 0.492
#> SRR2074766 2 0.0424 0.89925 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074767 1 0.2959 0.89290 0.900 0.000 0.100
#> SRR2074765 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.2261 0.86791 0.000 0.932 0.068
#> SRR2074763 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074761 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074760 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074759 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074758 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074756 2 0.0592 0.89966 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074755 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 3 0.4002 0.77359 0.000 0.160 0.840
#> SRR2074752 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.6274 0.13982 0.000 0.544 0.456
#> SRR2074750 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074745 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 3 0.1163 0.86521 0.000 0.028 0.972
#> SRR2074744 2 0.0424 0.89502 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074743 2 0.1643 0.89448 0.000 0.956 0.044
#> SRR2074742 3 0.0892 0.86927 0.000 0.020 0.980
#> SRR2074741 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0747 0.89986 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074739 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.1860 0.88972 0.000 0.948 0.052
#> SRR2074737 2 0.2959 0.89108 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074736 2 0.1289 0.89866 0.000 0.968 0.032
#> SRR2074735 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.2959 0.89067 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074733 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.3412 0.88665 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074731 2 0.3941 0.85947 0.000 0.844 0.156
#> SRR2074730 1 0.0000 0.99428 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074919 3 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074920 3 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074917 3 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074918 3 0.0336 0.857 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074916 3 0.6968 0.456 0.000 0.140 0.552 0.308
#> SRR2074915 3 0.5310 0.266 0.000 0.412 0.576 0.012
#> SRR2074914 1 0.0469 0.984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074913 3 0.3335 0.808 0.000 0.128 0.856 0.016
#> SRR2074912 3 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074911 3 0.0524 0.858 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2074910 3 0.2402 0.838 0.000 0.076 0.912 0.012
#> SRR2074909 1 0.0707 0.982 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074907 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0188 0.935 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074906 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074905 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074904 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074903 2 0.0336 0.932 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2074902 1 0.0469 0.983 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074901 2 0.0672 0.933 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2074900 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074899 2 0.0524 0.934 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2074898 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074897 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074896 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0469 0.985 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074894 3 0.3539 0.765 0.000 0.176 0.820 0.004
#> SRR2074893 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074892 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074891 1 0.0469 0.985 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074890 2 0.0524 0.934 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2074887 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074889 4 0.1474 0.949 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074886 2 0.1356 0.921 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR2074888 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074885 1 0.0817 0.981 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074884 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074883 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074882 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074880 4 0.1637 0.948 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR2074881 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074879 3 0.0469 0.859 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074878 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.5847 0.252 0.000 0.560 0.404 0.036
#> SRR2074876 1 0.0592 0.981 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074875 4 0.1637 0.949 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR2074874 1 0.0592 0.981 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074873 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074872 1 0.0469 0.983 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074871 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074870 1 0.0469 0.983 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074869 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0592 0.981 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074867 2 0.0188 0.935 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074866 2 0.4868 0.559 0.000 0.684 0.304 0.012
#> SRR2074865 1 0.0469 0.984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074864 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074863 1 0.0469 0.984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074862 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.1406 0.963 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR2074859 1 0.0707 0.982 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074858 2 0.0188 0.934 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074855 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074857 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074856 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074853 1 0.0188 0.986 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074852 4 0.1637 0.943 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR2074851 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074849 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0592 0.984 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074846 1 0.5172 0.347 0.588 0.000 0.404 0.008
#> SRR2074845 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0469 0.984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074842 2 0.1722 0.911 0.000 0.944 0.048 0.008
#> SRR2074844 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074841 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074840 4 0.2011 0.933 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR2074839 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074838 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074836 2 0.0188 0.935 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074835 4 0.1792 0.944 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR2074837 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074834 2 0.3681 0.781 0.000 0.816 0.176 0.008
#> SRR2074833 1 0.0592 0.981 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074832 2 0.0469 0.930 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074831 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074829 1 0.0592 0.981 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074830 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074827 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074826 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074824 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074823 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074822 4 0.1389 0.947 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR2074821 2 0.6366 0.486 0.000 0.640 0.240 0.120
#> SRR2074820 4 0.6823 0.431 0.000 0.160 0.244 0.596
#> SRR2074819 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074817 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 4 0.3768 0.785 0.000 0.184 0.008 0.808
#> SRR2074816 1 0.0469 0.984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074815 2 0.2999 0.826 0.000 0.864 0.132 0.004
#> SRR2074814 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074812 4 0.2222 0.937 0.000 0.060 0.016 0.924
#> SRR2074813 3 0.7820 0.292 0.000 0.276 0.412 0.312
#> SRR2074809 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074810 2 0.1792 0.893 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR2074811 4 0.2469 0.906 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR2074808 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.3597 0.799 0.000 0.836 0.148 0.016
#> SRR2074806 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074805 4 0.2011 0.936 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR2074804 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074803 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074801 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0188 0.933 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074799 4 0.1557 0.950 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR2074800 1 0.0469 0.985 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074798 1 0.0469 0.984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074797 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074795 4 0.5003 0.764 0.000 0.084 0.148 0.768
#> SRR2074796 2 0.0524 0.934 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2074794 4 0.1637 0.948 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR2074793 2 0.1256 0.924 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR2074792 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074791 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074790 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074789 1 0.0707 0.982 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074788 1 0.0592 0.981 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074787 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074785 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074784 1 0.0469 0.984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074783 4 0.1978 0.943 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR2074782 1 0.0469 0.985 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074779 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074781 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0707 0.982 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074778 2 0.0524 0.934 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2074777 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074776 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074775 1 0.3196 0.848 0.856 0.000 0.136 0.008
#> SRR2074774 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0524 0.934 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2074771 2 0.0188 0.935 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074772 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074770 1 0.0817 0.981 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074769 4 0.3105 0.873 0.000 0.120 0.012 0.868
#> SRR2074768 4 0.5944 0.608 0.000 0.212 0.104 0.684
#> SRR2074766 2 0.0188 0.935 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074767 1 0.2924 0.887 0.884 0.000 0.100 0.016
#> SRR2074765 1 0.0469 0.983 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074764 2 0.0376 0.935 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074763 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074761 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0188 0.935 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074760 2 0.0000 0.933 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0469 0.985 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074757 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074758 4 0.1474 0.951 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074756 2 0.1716 0.896 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR2074755 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074754 1 0.0469 0.984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074753 2 0.5488 0.137 0.000 0.532 0.452 0.016
#> SRR2074752 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074751 1 0.0469 0.984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074749 2 0.4993 0.605 0.000 0.712 0.260 0.028
#> SRR2074750 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074748 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074747 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074745 1 0.0188 0.985 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074746 3 0.2831 0.817 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR2074744 2 0.0336 0.935 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074743 2 0.2281 0.867 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR2074742 3 0.0336 0.857 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074741 1 0.0592 0.984 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074740 2 0.2011 0.882 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.1743 0.904 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR2074737 2 0.4579 0.669 0.000 0.768 0.032 0.200
#> SRR2074736 2 0.0188 0.933 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074735 1 0.0469 0.984 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074734 2 0.0469 0.933 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074733 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074732 4 0.1557 0.950 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR2074731 4 0.4663 0.790 0.000 0.148 0.064 0.788
#> SRR2074730 1 0.0336 0.985 0.992 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0162 0.8426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074919 3 0.0162 0.8426 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074920 3 0.0290 0.8424 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074917 3 0.0290 0.8424 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074918 3 0.0451 0.8431 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR2074916 3 0.7142 0.5442 0.000 0.240 0.536 0.156 0.068
#> SRR2074915 3 0.6079 0.3502 0.000 0.028 0.552 0.352 0.068
#> SRR2074914 1 0.3424 0.5245 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR2074913 3 0.3870 0.7822 0.000 0.024 0.808 0.148 0.020
#> SRR2074912 3 0.0290 0.8424 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074911 3 0.0867 0.8431 0.000 0.008 0.976 0.008 0.008
#> SRR2074910 3 0.3744 0.8047 0.000 0.024 0.832 0.108 0.036
#> SRR2074909 1 0.4268 0.0932 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR2074907 1 0.3143 0.5300 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2074908 4 0.0865 0.9152 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR2074906 2 0.0794 0.9462 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074905 1 0.1792 0.5791 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074904 4 0.0290 0.9140 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074903 4 0.0566 0.9149 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR2074902 1 0.2074 0.5792 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2074901 4 0.1399 0.9083 0.000 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR2074900 1 0.3074 0.5206 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2074899 4 0.1740 0.9002 0.000 0.000 0.012 0.932 0.056
#> SRR2074898 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074897 2 0.0794 0.9462 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074896 4 0.0404 0.9148 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074895 1 0.2377 0.5818 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2074894 3 0.4119 0.7745 0.000 0.020 0.792 0.156 0.032
#> SRR2074893 4 0.0963 0.9098 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR2074892 1 0.4088 -0.1662 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074891 1 0.3452 0.4796 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2074890 4 0.0898 0.9138 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020
#> SRR2074887 4 0.0290 0.9140 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074889 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074886 4 0.2654 0.8739 0.000 0.000 0.048 0.888 0.064
#> SRR2074888 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074885 1 0.4045 -0.1052 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2074884 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074883 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074882 1 0.2605 0.5472 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2074880 2 0.0794 0.9461 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074881 4 0.0404 0.9143 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074879 3 0.0290 0.8424 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074878 1 0.2329 0.5606 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2074877 4 0.6342 0.2088 0.000 0.040 0.376 0.516 0.068
#> SRR2074876 1 0.3661 0.2452 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR2074875 2 0.0794 0.9462 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074874 1 0.2471 0.5540 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2074873 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074872 1 0.2773 0.5242 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2074871 4 0.0290 0.9140 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074870 1 0.3143 0.5185 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2074869 1 0.1608 0.5876 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2074868 1 0.3143 0.4825 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2074867 4 0.0290 0.9153 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074866 4 0.5563 0.5180 0.000 0.012 0.280 0.632 0.076
#> SRR2074865 1 0.3966 0.2131 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR2074864 1 0.3480 0.4824 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2074863 1 0.3561 0.4143 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2074862 1 0.2516 0.5521 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074861 1 0.1478 0.5823 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074860 1 0.5005 0.1695 0.660 0.000 0.064 0.000 0.276
#> SRR2074859 1 0.2852 0.5281 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2074858 4 0.0798 0.9150 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR2074855 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074857 1 0.2966 0.4824 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR2074856 1 0.3336 0.4298 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR2074854 1 0.4273 -0.4712 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR2074853 1 0.3003 0.5653 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2074852 2 0.1329 0.9301 0.000 0.956 0.004 0.032 0.008
#> SRR2074851 1 0.3857 0.1304 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR2074850 1 0.3857 0.0702 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR2074849 1 0.2690 0.5797 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2074848 1 0.2648 0.5124 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2074847 1 0.3274 0.3948 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074846 5 0.6219 0.3484 0.260 0.000 0.196 0.000 0.544
#> SRR2074845 1 0.1270 0.5774 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074843 5 0.4304 0.6205 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2074842 4 0.1830 0.8967 0.000 0.000 0.040 0.932 0.028
#> SRR2074844 4 0.0290 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074841 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074840 2 0.1282 0.9351 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR2074839 5 0.4304 0.6201 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2074838 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074836 4 0.0162 0.9146 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074835 2 0.0880 0.9444 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074837 1 0.3534 0.4664 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2074834 4 0.4042 0.7636 0.000 0.008 0.156 0.792 0.044
#> SRR2074833 1 0.4249 -0.2635 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074832 4 0.1788 0.9004 0.000 0.004 0.008 0.932 0.056
#> SRR2074831 1 0.4219 -0.3449 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR2074829 1 0.3612 0.3456 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR2074830 1 0.2280 0.5691 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074828 1 0.3983 0.3659 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR2074827 4 0.0404 0.9143 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074826 4 0.0566 0.9142 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR2074825 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074824 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074823 5 0.4306 0.6105 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR2074822 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074821 4 0.7252 0.3408 0.000 0.168 0.208 0.540 0.084
#> SRR2074820 2 0.6478 0.3938 0.000 0.600 0.208 0.156 0.036
#> SRR2074819 4 0.0290 0.9149 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074817 4 0.0404 0.9144 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074818 2 0.3584 0.7813 0.000 0.820 0.012 0.148 0.020
#> SRR2074816 1 0.4268 0.1022 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR2074815 4 0.4138 0.7992 0.000 0.012 0.104 0.804 0.080
#> SRR2074814 1 0.1908 0.5831 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074812 2 0.1605 0.9313 0.000 0.944 0.012 0.040 0.004
#> SRR2074813 3 0.7708 0.3527 0.000 0.248 0.400 0.292 0.060
#> SRR2074809 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074810 4 0.2054 0.8882 0.000 0.000 0.052 0.920 0.028
#> SRR2074811 2 0.1638 0.9180 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR2074808 4 0.0404 0.9143 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074807 4 0.4410 0.7397 0.000 0.028 0.168 0.772 0.032
#> SRR2074806 1 0.3684 0.4413 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR2074805 2 0.1502 0.9251 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR2074804 1 0.4074 0.2895 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR2074803 1 0.3837 0.3905 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR2074801 1 0.3003 0.5489 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR2074802 4 0.0566 0.9144 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR2074799 2 0.0794 0.9461 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074800 1 0.4307 -0.6189 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074798 5 0.4305 0.4237 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR2074797 5 0.4302 0.6245 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR2074795 2 0.4752 0.7206 0.000 0.756 0.144 0.084 0.016
#> SRR2074796 4 0.0566 0.9147 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR2074794 2 0.0880 0.9444 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074793 4 0.2074 0.8929 0.000 0.000 0.036 0.920 0.044
#> SRR2074792 1 0.3586 0.4531 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR2074791 1 0.4291 -0.4991 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR2074790 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074789 1 0.3242 0.4754 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074788 1 0.3305 0.5032 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2074787 1 0.2424 0.5766 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074786 4 0.0290 0.9140 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074785 1 0.3752 0.4182 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2074784 1 0.4249 -0.1009 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074783 2 0.1408 0.9295 0.000 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR2074782 1 0.2127 0.5674 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2074779 4 0.0162 0.9146 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074781 4 0.0162 0.9147 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074780 1 0.3177 0.4385 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2074778 4 0.0671 0.9149 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR2074777 4 0.0510 0.9145 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074776 2 0.0703 0.9465 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074775 5 0.5828 0.2521 0.380 0.000 0.100 0.000 0.520
#> SRR2074774 1 0.2127 0.5841 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2074773 4 0.0324 0.9148 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR2074771 4 0.0404 0.9149 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074772 1 0.3109 0.4490 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR2074770 1 0.3242 0.4955 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074769 2 0.2699 0.8449 0.000 0.880 0.008 0.100 0.012
#> SRR2074768 2 0.5553 0.5667 0.000 0.684 0.096 0.196 0.024
#> SRR2074766 4 0.1082 0.9126 0.000 0.000 0.008 0.964 0.028
#> SRR2074767 5 0.5687 0.5482 0.436 0.000 0.080 0.000 0.484
#> SRR2074765 1 0.2648 0.5332 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2074764 4 0.1369 0.9116 0.000 0.008 0.008 0.956 0.028
#> SRR2074763 2 0.0794 0.9462 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074761 1 0.1965 0.5708 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074762 4 0.0290 0.9140 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074760 4 0.0290 0.9146 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074759 1 0.3074 0.5209 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2074757 4 0.0000 0.9144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0794 0.9461 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074756 4 0.2548 0.8702 0.000 0.004 0.072 0.896 0.028
#> SRR2074755 1 0.4074 0.2951 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR2074754 1 0.4192 0.1805 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR2074753 4 0.6024 0.0817 0.000 0.016 0.424 0.488 0.072
#> SRR2074752 1 0.3143 0.4757 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2074751 1 0.3837 0.4187 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR2074749 4 0.5759 0.5955 0.000 0.032 0.216 0.664 0.088
#> SRR2074750 1 0.3586 0.4518 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR2074748 1 0.3857 0.3972 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR2074747 4 0.0510 0.9145 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074745 1 0.1965 0.5636 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074746 3 0.3265 0.8156 0.000 0.016 0.860 0.092 0.032
#> SRR2074744 4 0.0404 0.9143 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074743 4 0.3257 0.8480 0.000 0.008 0.080 0.860 0.052
#> SRR2074742 3 0.0451 0.8431 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR2074741 5 0.4291 0.5743 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR2074740 4 0.2927 0.8499 0.000 0.000 0.092 0.868 0.040
#> SRR2074739 1 0.2424 0.5739 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074738 4 0.2945 0.8648 0.000 0.008 0.056 0.880 0.056
#> SRR2074737 4 0.5636 0.5060 0.000 0.252 0.048 0.656 0.044
#> SRR2074736 4 0.1788 0.8993 0.000 0.004 0.008 0.932 0.056
#> SRR2074735 1 0.4201 0.2271 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR2074734 4 0.2050 0.8935 0.000 0.008 0.008 0.920 0.064
#> SRR2074733 1 0.3561 0.4707 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR2074732 2 0.0794 0.9460 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074731 2 0.4155 0.7528 0.000 0.796 0.048 0.140 0.016
#> SRR2074730 1 0.3876 0.1071 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0000 0.8559 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0146 0.8562 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074920 3 0.0146 0.8562 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074917 3 0.0436 0.8528 0.004 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074918 3 0.0937 0.8498 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074916 6 0.6505 0.3650 0.000 0.088 0.364 0.096 0.000 0.452
#> SRR2074915 6 0.5889 0.4620 0.000 0.004 0.400 0.172 0.000 0.424
#> SRR2074914 1 0.4020 0.4518 0.692 0.000 0.000 0.000 0.276 0.032
#> SRR2074913 3 0.4841 0.4211 0.000 0.000 0.648 0.088 0.004 0.260
#> SRR2074912 3 0.0146 0.8562 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074911 3 0.2278 0.7937 0.000 0.000 0.868 0.004 0.000 0.128
#> SRR2074910 3 0.3695 0.6369 0.000 0.000 0.732 0.024 0.000 0.244
#> SRR2074909 5 0.5240 0.3141 0.348 0.000 0.000 0.000 0.544 0.108
#> SRR2074907 1 0.3855 0.4865 0.704 0.000 0.000 0.000 0.272 0.024
#> SRR2074908 4 0.1501 0.7772 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2074906 2 0.0865 0.9149 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074905 1 0.2664 0.6219 0.848 0.000 0.000 0.000 0.136 0.016
#> SRR2074904 4 0.0937 0.7693 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074903 4 0.1714 0.7728 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2074902 1 0.3063 0.6353 0.840 0.000 0.000 0.000 0.092 0.068
#> SRR2074901 4 0.2941 0.7116 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR2074900 1 0.4333 0.2848 0.596 0.000 0.000 0.000 0.376 0.028
#> SRR2074899 4 0.3774 0.5022 0.000 0.000 0.008 0.664 0.000 0.328
#> SRR2074898 2 0.0000 0.9197 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0363 0.9193 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074896 4 0.1387 0.7751 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2074895 1 0.2744 0.6363 0.840 0.000 0.000 0.000 0.144 0.016
#> SRR2074894 3 0.5098 0.4802 0.000 0.000 0.632 0.124 0.004 0.240
#> SRR2074893 4 0.3758 0.5191 0.000 0.008 0.000 0.668 0.000 0.324
#> SRR2074892 1 0.4439 -0.0589 0.540 0.000 0.000 0.000 0.432 0.028
#> SRR2074891 1 0.4631 0.2845 0.596 0.000 0.000 0.000 0.352 0.052
#> SRR2074890 4 0.2980 0.6983 0.000 0.000 0.008 0.800 0.000 0.192
#> SRR2074887 4 0.0790 0.7699 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074889 2 0.0547 0.9182 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074886 4 0.4594 -0.0905 0.000 0.000 0.036 0.488 0.000 0.476
#> SRR2074888 2 0.0260 0.9199 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074885 1 0.4806 0.1119 0.560 0.000 0.000 0.000 0.380 0.060
#> SRR2074884 2 0.0363 0.9193 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074883 2 0.0458 0.9193 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074882 1 0.2277 0.6276 0.892 0.000 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR2074880 2 0.0520 0.9194 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR2074881 4 0.0547 0.7681 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074879 3 0.0146 0.8562 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074878 1 0.3032 0.6074 0.840 0.000 0.000 0.000 0.104 0.056
#> SRR2074877 6 0.6169 0.6956 0.000 0.028 0.228 0.216 0.000 0.528
#> SRR2074876 1 0.4620 0.3879 0.640 0.000 0.000 0.000 0.292 0.068
#> SRR2074875 2 0.1010 0.9152 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR2074874 1 0.2263 0.6202 0.896 0.000 0.000 0.000 0.048 0.056
#> SRR2074873 2 0.0146 0.9204 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074872 1 0.3798 0.5570 0.788 0.000 0.004 0.000 0.108 0.100
#> SRR2074871 4 0.1007 0.7773 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074870 1 0.4786 0.2989 0.584 0.000 0.000 0.000 0.352 0.064
#> SRR2074869 1 0.2768 0.6269 0.832 0.000 0.000 0.000 0.156 0.012
#> SRR2074868 1 0.3869 0.5479 0.772 0.000 0.000 0.000 0.128 0.100
#> SRR2074867 4 0.0632 0.7715 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074866 6 0.5813 0.6259 0.000 0.004 0.184 0.308 0.000 0.504
#> SRR2074865 1 0.4504 0.0756 0.536 0.000 0.000 0.000 0.432 0.032
#> SRR2074864 1 0.4514 0.3092 0.588 0.000 0.000 0.000 0.372 0.040
#> SRR2074863 1 0.4131 0.3582 0.624 0.000 0.000 0.000 0.356 0.020
#> SRR2074862 1 0.1625 0.6381 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR2074861 1 0.1858 0.6490 0.912 0.000 0.000 0.000 0.076 0.012
#> SRR2074860 1 0.6128 0.2713 0.596 0.000 0.112 0.000 0.196 0.096
#> SRR2074859 1 0.2799 0.6004 0.860 0.000 0.000 0.000 0.064 0.076
#> SRR2074858 4 0.2703 0.7381 0.000 0.000 0.004 0.824 0.000 0.172
#> SRR2074855 2 0.0547 0.9182 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074857 1 0.1895 0.6396 0.912 0.000 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR2074856 1 0.2480 0.6116 0.872 0.000 0.000 0.000 0.104 0.024
#> SRR2074854 5 0.4819 0.3469 0.416 0.000 0.000 0.000 0.528 0.056
#> SRR2074853 1 0.3200 0.5906 0.788 0.000 0.000 0.000 0.196 0.016
#> SRR2074852 2 0.1700 0.8907 0.000 0.928 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR2074851 1 0.4309 0.3301 0.660 0.000 0.000 0.000 0.296 0.044
#> SRR2074850 1 0.4099 0.1546 0.612 0.000 0.000 0.000 0.372 0.016
#> SRR2074849 1 0.1757 0.6408 0.916 0.000 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR2074848 1 0.2869 0.6059 0.832 0.000 0.000 0.000 0.148 0.020
#> SRR2074847 1 0.3269 0.5844 0.792 0.000 0.000 0.000 0.184 0.024
#> SRR2074846 5 0.6178 0.3883 0.164 0.000 0.124 0.000 0.600 0.112
#> SRR2074845 1 0.1500 0.6443 0.936 0.000 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR2074843 5 0.4428 0.5391 0.244 0.000 0.000 0.000 0.684 0.072
#> SRR2074842 4 0.4122 0.5858 0.000 0.000 0.048 0.704 0.000 0.248
#> SRR2074844 4 0.1327 0.7775 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2074841 2 0.0146 0.9198 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074840 2 0.1176 0.9064 0.000 0.956 0.000 0.024 0.000 0.020
#> SRR2074839 5 0.4473 0.5420 0.252 0.000 0.000 0.000 0.676 0.072
#> SRR2074838 2 0.0291 0.9204 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2074836 4 0.0790 0.7744 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074835 2 0.0508 0.9197 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2074837 1 0.4534 0.2463 0.580 0.000 0.000 0.000 0.380 0.040
#> SRR2074834 4 0.5061 -0.0320 0.000 0.000 0.076 0.496 0.000 0.428
#> SRR2074833 5 0.5309 0.2718 0.408 0.000 0.000 0.000 0.488 0.104
#> SRR2074832 4 0.3789 0.3417 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR2074831 5 0.4844 0.2565 0.440 0.000 0.000 0.000 0.504 0.056
#> SRR2074829 1 0.3551 0.5665 0.784 0.000 0.000 0.000 0.168 0.048
#> SRR2074830 1 0.3073 0.6250 0.840 0.000 0.000 0.000 0.080 0.080
#> SRR2074828 5 0.4703 0.1448 0.464 0.000 0.000 0.000 0.492 0.044
#> SRR2074827 4 0.0458 0.7675 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074826 4 0.3073 0.7028 0.000 0.000 0.008 0.788 0.000 0.204
#> SRR2074825 2 0.0000 0.9197 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0632 0.9173 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074823 5 0.4547 0.5404 0.276 0.000 0.000 0.000 0.656 0.068
#> SRR2074822 2 0.0790 0.9154 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074821 6 0.6314 0.6044 0.000 0.120 0.084 0.240 0.000 0.556
#> SRR2074820 2 0.7145 -0.2121 0.000 0.392 0.112 0.172 0.000 0.324
#> SRR2074819 4 0.2178 0.7565 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2074817 4 0.1141 0.7732 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074818 2 0.4174 0.6785 0.000 0.736 0.000 0.092 0.000 0.172
#> SRR2074816 5 0.3595 0.4783 0.288 0.000 0.000 0.000 0.704 0.008
#> SRR2074815 6 0.4910 0.2088 0.000 0.004 0.052 0.424 0.000 0.520
#> SRR2074814 1 0.1333 0.6432 0.944 0.000 0.000 0.000 0.048 0.008
#> SRR2074812 2 0.1913 0.8880 0.000 0.908 0.012 0.000 0.000 0.080
#> SRR2074813 6 0.6945 0.5584 0.000 0.128 0.240 0.152 0.000 0.480
#> SRR2074809 2 0.0260 0.9201 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074810 4 0.3817 0.6204 0.000 0.000 0.028 0.720 0.000 0.252
#> SRR2074811 2 0.1644 0.8965 0.000 0.932 0.000 0.028 0.000 0.040
#> SRR2074808 4 0.0363 0.7664 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074807 4 0.5224 0.3620 0.000 0.020 0.068 0.592 0.000 0.320
#> SRR2074806 1 0.4535 0.0140 0.484 0.000 0.000 0.000 0.484 0.032
#> SRR2074805 2 0.2019 0.8749 0.000 0.900 0.000 0.012 0.000 0.088
#> SRR2074804 5 0.4648 0.1823 0.464 0.000 0.000 0.000 0.496 0.040
#> SRR2074803 5 0.4372 0.2453 0.432 0.000 0.000 0.000 0.544 0.024
#> SRR2074801 1 0.4110 0.4705 0.692 0.000 0.000 0.000 0.268 0.040
#> SRR2074802 4 0.2048 0.7643 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2074799 2 0.0260 0.9199 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074800 5 0.4735 0.5231 0.296 0.000 0.000 0.000 0.628 0.076
#> SRR2074798 5 0.4110 0.5492 0.268 0.000 0.000 0.000 0.692 0.040
#> SRR2074797 5 0.4451 0.5413 0.248 0.000 0.000 0.000 0.680 0.072
#> SRR2074795 2 0.5103 0.5908 0.000 0.664 0.104 0.020 0.000 0.212
#> SRR2074796 4 0.2003 0.7642 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR2074794 2 0.0405 0.9199 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR2074793 4 0.4189 0.3683 0.000 0.000 0.020 0.604 0.000 0.376
#> SRR2074792 1 0.4689 0.0695 0.516 0.000 0.000 0.000 0.440 0.044
#> SRR2074791 5 0.4737 0.4410 0.372 0.000 0.000 0.000 0.572 0.056
#> SRR2074790 2 0.0146 0.9198 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074789 1 0.3748 0.5464 0.792 0.000 0.004 0.000 0.112 0.092
#> SRR2074788 1 0.3907 0.5567 0.764 0.000 0.000 0.000 0.152 0.084
#> SRR2074787 1 0.1970 0.6343 0.900 0.000 0.000 0.000 0.092 0.008
#> SRR2074786 4 0.0790 0.7704 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074785 1 0.4594 0.0151 0.484 0.000 0.000 0.000 0.480 0.036
#> SRR2074784 5 0.4344 0.4754 0.336 0.000 0.000 0.000 0.628 0.036
#> SRR2074783 2 0.2841 0.8009 0.000 0.824 0.000 0.012 0.000 0.164
#> SRR2074782 1 0.2448 0.6368 0.884 0.000 0.000 0.000 0.064 0.052
#> SRR2074779 4 0.1267 0.7730 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2074781 4 0.1863 0.7741 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2074780 1 0.2664 0.6159 0.848 0.000 0.000 0.000 0.136 0.016
#> SRR2074778 4 0.2442 0.7569 0.000 0.004 0.000 0.852 0.000 0.144
#> SRR2074777 4 0.0713 0.7708 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2074776 2 0.0363 0.9197 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074775 5 0.5786 0.4039 0.204 0.000 0.068 0.000 0.624 0.104
#> SRR2074774 1 0.2357 0.6346 0.872 0.000 0.000 0.000 0.116 0.012
#> SRR2074773 4 0.1245 0.7694 0.000 0.000 0.016 0.952 0.000 0.032
#> SRR2074771 4 0.2135 0.7571 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR2074772 1 0.3200 0.6038 0.788 0.000 0.000 0.000 0.196 0.016
#> SRR2074770 1 0.3602 0.5960 0.796 0.000 0.000 0.000 0.116 0.088
#> SRR2074769 2 0.3332 0.7793 0.000 0.808 0.000 0.048 0.000 0.144
#> SRR2074768 2 0.5728 0.3126 0.000 0.572 0.016 0.160 0.000 0.252
#> SRR2074766 4 0.3023 0.6862 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR2074767 5 0.6077 0.4502 0.252 0.000 0.056 0.000 0.568 0.124
#> SRR2074765 1 0.2625 0.6025 0.872 0.000 0.000 0.000 0.056 0.072
#> SRR2074764 4 0.2738 0.7218 0.000 0.000 0.004 0.820 0.000 0.176
#> SRR2074763 2 0.0260 0.9205 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074761 1 0.2946 0.6030 0.812 0.000 0.000 0.000 0.176 0.012
#> SRR2074762 4 0.0363 0.7664 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074760 4 0.1141 0.7774 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074759 1 0.4193 0.4728 0.684 0.000 0.000 0.000 0.272 0.044
#> SRR2074757 4 0.1267 0.7776 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR2074758 2 0.0508 0.9205 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR2074756 4 0.3907 0.6193 0.000 0.000 0.028 0.704 0.000 0.268
#> SRR2074755 5 0.3986 0.4380 0.316 0.000 0.000 0.000 0.664 0.020
#> SRR2074754 5 0.4076 0.3970 0.364 0.000 0.000 0.000 0.620 0.016
#> SRR2074753 6 0.6021 0.6441 0.000 0.000 0.264 0.312 0.000 0.424
#> SRR2074752 1 0.2613 0.6288 0.848 0.000 0.000 0.000 0.140 0.012
#> SRR2074751 1 0.4629 0.0878 0.524 0.000 0.000 0.000 0.436 0.040
#> SRR2074749 6 0.5160 0.5390 0.000 0.016 0.068 0.324 0.000 0.592
#> SRR2074750 1 0.4488 0.1153 0.548 0.000 0.000 0.000 0.420 0.032
#> SRR2074748 5 0.4206 0.3446 0.356 0.000 0.000 0.000 0.620 0.024
#> SRR2074747 4 0.0632 0.7685 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074745 1 0.1151 0.6355 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR2074746 3 0.4201 0.6808 0.000 0.000 0.728 0.044 0.012 0.216
#> SRR2074744 4 0.0790 0.7734 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074743 4 0.4076 0.4705 0.000 0.000 0.016 0.620 0.000 0.364
#> SRR2074742 3 0.1007 0.8491 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074741 5 0.4134 0.5600 0.240 0.000 0.000 0.000 0.708 0.052
#> SRR2074740 4 0.3797 0.5926 0.000 0.000 0.016 0.692 0.000 0.292
#> SRR2074739 1 0.3189 0.5813 0.796 0.000 0.000 0.000 0.184 0.020
#> SRR2074738 4 0.4084 0.3661 0.000 0.000 0.012 0.588 0.000 0.400
#> SRR2074737 4 0.6299 -0.0792 0.000 0.260 0.020 0.472 0.000 0.248
#> SRR2074736 4 0.3989 0.1570 0.000 0.004 0.000 0.528 0.000 0.468
#> SRR2074735 5 0.4666 0.3000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.536 0.044
#> SRR2074734 4 0.4211 0.1340 0.000 0.008 0.004 0.532 0.000 0.456
#> SRR2074733 1 0.4408 0.3110 0.608 0.000 0.000 0.000 0.356 0.036
#> SRR2074732 2 0.0291 0.9205 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2074731 2 0.4187 0.7134 0.000 0.772 0.024 0.080 0.000 0.124
#> SRR2074730 1 0.4118 0.2865 0.628 0.000 0.000 0.000 0.352 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.4989 0.502 0.502
#> 3 3 0.814 0.859 0.920 0.1658 0.925 0.852
#> 4 4 0.753 0.882 0.902 0.0319 0.978 0.952
#> 5 5 0.671 0.819 0.863 0.0396 0.999 0.997
#> 6 6 0.687 0.687 0.842 0.0223 0.958 0.905
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074919 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074920 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074917 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.900 0.537 0.316 0.684
#> SRR2074893 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.443 0.898 0.908 0.092
#> SRR2074878 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.3686 0.835 0.000 0.140 0.860
#> SRR2074919 3 0.3816 0.838 0.000 0.148 0.852
#> SRR2074920 3 0.3816 0.839 0.000 0.148 0.852
#> SRR2074917 1 0.1964 0.958 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074918 3 0.3551 0.832 0.000 0.132 0.868
#> SRR2074916 3 0.5968 0.609 0.000 0.364 0.636
#> SRR2074915 3 0.5178 0.772 0.000 0.256 0.744
#> SRR2074914 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 3 0.4178 0.833 0.000 0.172 0.828
#> SRR2074912 1 0.2845 0.935 0.920 0.012 0.068
#> SRR2074911 3 0.3752 0.839 0.000 0.144 0.856
#> SRR2074910 3 0.3941 0.840 0.000 0.156 0.844
#> SRR2074909 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.4887 0.736 0.000 0.772 0.228
#> SRR2074906 2 0.0747 0.832 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074905 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.5621 0.604 0.000 0.692 0.308
#> SRR2074903 2 0.4555 0.772 0.000 0.800 0.200
#> SRR2074902 1 0.0892 0.981 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074901 2 0.4555 0.764 0.000 0.800 0.200
#> SRR2074900 1 0.0592 0.984 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074899 2 0.2878 0.833 0.000 0.904 0.096
#> SRR2074898 2 0.0424 0.837 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074897 2 0.0747 0.833 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074896 2 0.5785 0.544 0.000 0.668 0.332
#> SRR2074895 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.8143 0.275 0.560 0.080 0.360
#> SRR2074893 2 0.0892 0.842 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074892 1 0.0892 0.981 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074891 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.5733 0.573 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074887 2 0.4702 0.756 0.000 0.788 0.212
#> SRR2074889 2 0.0592 0.833 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074886 2 0.0424 0.839 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074888 2 0.0424 0.836 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074885 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0592 0.838 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074883 2 0.0237 0.839 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074882 1 0.1529 0.971 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074880 2 0.0424 0.839 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074881 2 0.4121 0.796 0.000 0.832 0.168
#> SRR2074879 1 0.2939 0.928 0.916 0.012 0.072
#> SRR2074878 1 0.1964 0.959 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074877 2 0.6215 0.219 0.000 0.572 0.428
#> SRR2074876 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0592 0.833 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074874 1 0.1529 0.971 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074873 2 0.1031 0.841 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074872 1 0.2066 0.956 0.940 0.000 0.060
#> SRR2074871 2 0.4842 0.744 0.000 0.776 0.224
#> SRR2074870 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.1860 0.962 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074867 2 0.5327 0.679 0.000 0.728 0.272
#> SRR2074866 3 0.6274 0.315 0.000 0.456 0.544
#> SRR2074865 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.1529 0.971 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074861 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074858 2 0.5397 0.661 0.000 0.720 0.280
#> SRR2074855 2 0.0892 0.831 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074857 1 0.0424 0.985 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074856 1 0.1411 0.973 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074854 1 0.0592 0.984 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074853 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0592 0.839 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074851 1 0.0424 0.985 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074850 1 0.0892 0.981 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074849 1 0.1289 0.975 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074848 1 0.0747 0.983 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074847 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0747 0.983 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074845 1 0.0592 0.984 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074843 1 0.0892 0.981 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074842 2 0.5948 0.475 0.000 0.640 0.360
#> SRR2074844 2 0.3192 0.828 0.000 0.888 0.112
#> SRR2074841 2 0.0747 0.834 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074840 2 0.0747 0.832 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074839 1 0.0592 0.984 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074838 2 0.0592 0.833 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074836 2 0.2878 0.833 0.000 0.904 0.096
#> SRR2074835 2 0.0592 0.833 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074837 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.3752 0.817 0.000 0.856 0.144
#> SRR2074833 1 0.0592 0.984 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074832 2 0.3267 0.827 0.000 0.884 0.116
#> SRR2074831 1 0.1031 0.979 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074829 1 0.0892 0.981 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074830 1 0.0592 0.984 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074828 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.4002 0.803 0.000 0.840 0.160
#> SRR2074826 3 0.6204 0.442 0.000 0.424 0.576
#> SRR2074825 2 0.0592 0.841 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074824 2 0.0592 0.833 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074823 1 0.0592 0.984 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074822 2 0.0747 0.831 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074821 2 0.0592 0.833 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074820 2 0.0747 0.834 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074819 2 0.4605 0.766 0.000 0.796 0.204
#> SRR2074817 2 0.3482 0.823 0.000 0.872 0.128
#> SRR2074818 2 0.1031 0.836 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074816 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0592 0.840 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074814 1 0.0592 0.984 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074812 2 0.0892 0.832 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074813 2 0.5706 0.581 0.000 0.680 0.320
#> SRR2074809 2 0.0592 0.833 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074810 2 0.3482 0.823 0.000 0.872 0.128
#> SRR2074811 2 0.0892 0.830 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074808 2 0.5529 0.635 0.000 0.704 0.296
#> SRR2074807 2 0.5621 0.606 0.000 0.692 0.308
#> SRR2074806 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.2356 0.839 0.000 0.928 0.072
#> SRR2074804 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074802 2 0.5254 0.693 0.000 0.736 0.264
#> SRR2074799 2 0.0592 0.835 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074800 1 0.0592 0.984 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074798 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0892 0.981 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074795 2 0.1964 0.841 0.000 0.944 0.056
#> SRR2074796 2 0.5178 0.698 0.000 0.744 0.256
#> SRR2074794 2 0.0237 0.839 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074793 2 0.3941 0.806 0.000 0.844 0.156
#> SRR2074792 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.1031 0.979 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074790 2 0.0592 0.834 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074789 1 0.0424 0.985 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074788 1 0.0424 0.985 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074787 1 0.0424 0.985 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074786 2 0.4504 0.772 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074785 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.1163 0.841 0.000 0.972 0.028
#> SRR2074782 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.2878 0.834 0.000 0.904 0.096
#> SRR2074781 2 0.6168 0.301 0.000 0.588 0.412
#> SRR2074780 1 0.0424 0.985 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074778 2 0.4605 0.762 0.000 0.796 0.204
#> SRR2074777 2 0.5733 0.569 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074776 2 0.0892 0.841 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074775 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074773 2 0.5254 0.695 0.000 0.736 0.264
#> SRR2074771 2 0.4842 0.743 0.000 0.776 0.224
#> SRR2074772 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.2448 0.839 0.000 0.924 0.076
#> SRR2074768 2 0.3879 0.811 0.000 0.848 0.152
#> SRR2074766 2 0.5254 0.687 0.000 0.736 0.264
#> SRR2074767 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.1753 0.965 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074764 3 0.5905 0.637 0.000 0.352 0.648
#> SRR2074763 2 0.0592 0.833 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074761 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.4974 0.731 0.000 0.764 0.236
#> SRR2074760 2 0.2959 0.832 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074759 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.3267 0.827 0.000 0.884 0.116
#> SRR2074758 2 0.0747 0.834 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074756 2 0.3619 0.818 0.000 0.864 0.136
#> SRR2074755 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.5216 0.700 0.000 0.740 0.260
#> SRR2074752 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0747 0.834 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074750 1 0.0424 0.985 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074748 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.1753 0.841 0.000 0.952 0.048
#> SRR2074745 1 0.1031 0.979 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074746 1 0.0237 0.984 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074744 2 0.2356 0.839 0.000 0.928 0.072
#> SRR2074743 2 0.3551 0.820 0.000 0.868 0.132
#> SRR2074742 3 0.3752 0.836 0.000 0.144 0.856
#> SRR2074741 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.6295 -0.014 0.000 0.528 0.472
#> SRR2074739 1 0.0237 0.985 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074738 2 0.3340 0.826 0.000 0.880 0.120
#> SRR2074737 2 0.0892 0.835 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074736 2 0.0747 0.841 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074735 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0592 0.840 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074733 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0592 0.833 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074731 2 0.0747 0.831 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074730 1 0.0892 0.981 0.980 0.000 0.020
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.4740 0.826 0.000 0.080 0.788 0.132
#> SRR2074919 3 0.3734 0.827 0.000 0.044 0.848 0.108
#> SRR2074920 3 0.2699 0.824 0.000 0.028 0.904 0.068
#> SRR2074917 1 0.3837 0.827 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2074918 3 0.3128 0.826 0.000 0.040 0.884 0.076
#> SRR2074916 3 0.7673 0.354 0.000 0.368 0.416 0.216
#> SRR2074915 3 0.7627 0.633 0.000 0.256 0.472 0.272
#> SRR2074914 1 0.0921 0.939 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074913 3 0.7375 0.748 0.000 0.172 0.480 0.348
#> SRR2074912 1 0.5182 0.666 0.676 0.012 0.008 0.304
#> SRR2074911 3 0.4581 0.823 0.000 0.080 0.800 0.120
#> SRR2074910 3 0.6574 0.803 0.000 0.088 0.548 0.364
#> SRR2074909 1 0.0817 0.936 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074907 1 0.0336 0.939 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074908 2 0.2928 0.894 0.000 0.880 0.108 0.012
#> SRR2074906 2 0.1970 0.899 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR2074905 1 0.0707 0.941 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074904 2 0.2988 0.887 0.000 0.876 0.112 0.012
#> SRR2074903 2 0.2675 0.897 0.000 0.892 0.100 0.008
#> SRR2074902 1 0.2647 0.911 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074901 2 0.2124 0.905 0.000 0.924 0.068 0.008
#> SRR2074900 1 0.2011 0.927 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2074899 2 0.2197 0.913 0.000 0.928 0.048 0.024
#> SRR2074898 2 0.1635 0.908 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR2074897 2 0.0927 0.911 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR2074896 2 0.4379 0.810 0.000 0.792 0.172 0.036
#> SRR2074895 1 0.0336 0.940 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074894 3 0.8114 0.267 0.372 0.032 0.444 0.152
#> SRR2074893 2 0.1059 0.913 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR2074892 1 0.2647 0.908 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074891 1 0.0707 0.937 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074890 2 0.4842 0.778 0.000 0.760 0.192 0.048
#> SRR2074887 2 0.2542 0.904 0.000 0.904 0.084 0.012
#> SRR2074889 2 0.1388 0.911 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR2074886 2 0.1488 0.915 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR2074888 2 0.1545 0.905 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR2074885 1 0.0469 0.939 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074884 2 0.0779 0.913 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR2074883 2 0.0927 0.913 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR2074882 1 0.3528 0.861 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR2074880 2 0.1398 0.907 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2074881 2 0.3015 0.895 0.000 0.884 0.092 0.024
#> SRR2074879 1 0.6786 0.466 0.572 0.020 0.064 0.344
#> SRR2074878 1 0.3801 0.835 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074877 2 0.4741 0.747 0.000 0.744 0.228 0.028
#> SRR2074876 1 0.0707 0.940 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074875 2 0.1488 0.907 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR2074874 1 0.3764 0.840 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074873 2 0.0927 0.915 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR2074872 1 0.3907 0.824 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2074871 2 0.2342 0.903 0.000 0.912 0.080 0.008
#> SRR2074870 1 0.0000 0.940 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0592 0.940 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074868 1 0.3649 0.850 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR2074867 2 0.3280 0.875 0.000 0.860 0.124 0.016
#> SRR2074866 2 0.5989 0.578 0.000 0.656 0.264 0.080
#> SRR2074865 1 0.0707 0.937 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074864 1 0.0188 0.940 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074863 1 0.0469 0.938 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074862 1 0.3486 0.860 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2074861 1 0.0817 0.940 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074860 1 0.0707 0.938 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074859 1 0.0469 0.940 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074858 2 0.3377 0.870 0.000 0.848 0.140 0.012
#> SRR2074855 2 0.1635 0.906 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR2074857 1 0.1389 0.937 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074856 1 0.3726 0.843 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2074854 1 0.2408 0.917 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR2074853 1 0.0336 0.939 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074852 2 0.1284 0.916 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR2074851 1 0.1557 0.934 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074850 1 0.2814 0.903 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074849 1 0.3172 0.881 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR2074848 1 0.2530 0.913 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR2074847 1 0.0592 0.940 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074846 1 0.1474 0.937 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074845 1 0.0707 0.941 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074843 1 0.2216 0.925 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074842 2 0.4323 0.798 0.000 0.776 0.204 0.020
#> SRR2074844 2 0.2142 0.912 0.000 0.928 0.056 0.016
#> SRR2074841 2 0.1584 0.909 0.000 0.952 0.012 0.036
#> SRR2074840 2 0.1854 0.908 0.000 0.940 0.012 0.048
#> SRR2074839 1 0.1389 0.936 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074838 2 0.1356 0.906 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR2074836 2 0.2227 0.916 0.000 0.928 0.036 0.036
#> SRR2074835 2 0.1356 0.909 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR2074837 1 0.0469 0.938 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074834 2 0.3128 0.905 0.000 0.884 0.076 0.040
#> SRR2074833 1 0.1022 0.940 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074832 2 0.2670 0.914 0.000 0.908 0.052 0.040
#> SRR2074831 1 0.2921 0.896 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074829 1 0.2647 0.909 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074830 1 0.1940 0.929 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074828 1 0.0592 0.938 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074827 2 0.3308 0.899 0.000 0.872 0.092 0.036
#> SRR2074826 2 0.6147 0.341 0.000 0.564 0.380 0.056
#> SRR2074825 2 0.0804 0.914 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR2074824 2 0.1722 0.903 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR2074823 1 0.1867 0.934 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2074822 2 0.2222 0.894 0.000 0.924 0.016 0.060
#> SRR2074821 2 0.1488 0.909 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR2074820 2 0.1807 0.902 0.000 0.940 0.008 0.052
#> SRR2074819 2 0.3325 0.883 0.000 0.864 0.112 0.024
#> SRR2074817 2 0.1970 0.910 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR2074818 2 0.2060 0.907 0.000 0.932 0.016 0.052
#> SRR2074816 1 0.0707 0.937 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074815 2 0.1488 0.913 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR2074814 1 0.2149 0.924 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074812 2 0.1488 0.910 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR2074813 2 0.3962 0.848 0.000 0.820 0.152 0.028
#> SRR2074809 2 0.1256 0.907 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR2074810 2 0.2256 0.912 0.000 0.924 0.056 0.020
#> SRR2074811 2 0.2124 0.897 0.000 0.924 0.008 0.068
#> SRR2074808 2 0.3161 0.879 0.000 0.864 0.124 0.012
#> SRR2074807 2 0.3351 0.864 0.000 0.844 0.148 0.008
#> SRR2074806 1 0.0707 0.939 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074805 2 0.1635 0.915 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2074804 1 0.0817 0.936 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074803 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074801 1 0.0188 0.940 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074802 2 0.3659 0.875 0.000 0.840 0.136 0.024
#> SRR2074799 2 0.0895 0.913 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR2074800 1 0.1118 0.938 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074798 1 0.0707 0.937 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074797 1 0.2647 0.909 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074795 2 0.2761 0.902 0.000 0.904 0.048 0.048
#> SRR2074796 2 0.3105 0.888 0.000 0.868 0.120 0.012
#> SRR2074794 2 0.0657 0.911 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2074793 2 0.2623 0.908 0.000 0.908 0.064 0.028
#> SRR2074792 1 0.0707 0.937 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074791 1 0.3266 0.877 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR2074790 2 0.1545 0.907 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR2074789 1 0.2149 0.925 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074788 1 0.1022 0.940 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074787 1 0.1389 0.937 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074786 2 0.2255 0.908 0.000 0.920 0.068 0.012
#> SRR2074785 1 0.0592 0.938 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074784 1 0.0707 0.937 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074783 2 0.1182 0.916 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR2074782 1 0.0817 0.940 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074779 2 0.1798 0.914 0.000 0.944 0.040 0.016
#> SRR2074781 2 0.5106 0.712 0.000 0.720 0.240 0.040
#> SRR2074780 1 0.1118 0.938 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074778 2 0.2635 0.902 0.000 0.904 0.076 0.020
#> SRR2074777 2 0.4499 0.807 0.000 0.792 0.160 0.048
#> SRR2074776 2 0.1297 0.914 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR2074775 1 0.0469 0.938 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074774 1 0.1118 0.939 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074773 2 0.3280 0.882 0.000 0.860 0.124 0.016
#> SRR2074771 2 0.2775 0.900 0.000 0.896 0.084 0.020
#> SRR2074772 1 0.0707 0.937 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074770 1 0.0469 0.938 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074769 2 0.1174 0.915 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR2074768 2 0.2840 0.910 0.000 0.900 0.056 0.044
#> SRR2074766 2 0.2805 0.894 0.000 0.888 0.100 0.012
#> SRR2074767 1 0.1792 0.922 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074765 1 0.3837 0.833 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR2074764 2 0.5987 0.178 0.000 0.520 0.440 0.040
#> SRR2074763 2 0.1297 0.913 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR2074761 1 0.0707 0.940 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074762 2 0.2611 0.899 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR2074760 2 0.2197 0.915 0.000 0.928 0.048 0.024
#> SRR2074759 1 0.0188 0.940 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074757 2 0.1635 0.914 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR2074758 2 0.1388 0.909 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR2074756 2 0.2174 0.915 0.000 0.928 0.052 0.020
#> SRR2074755 1 0.0592 0.939 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074754 1 0.0707 0.937 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074753 2 0.4931 0.781 0.000 0.776 0.132 0.092
#> SRR2074752 1 0.0188 0.939 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074751 1 0.0592 0.939 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074749 2 0.1635 0.907 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR2074750 1 0.0592 0.940 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074748 1 0.0592 0.938 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074747 2 0.1929 0.915 0.000 0.940 0.036 0.024
#> SRR2074745 1 0.3400 0.870 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR2074746 1 0.2845 0.884 0.896 0.000 0.076 0.028
#> SRR2074744 2 0.2131 0.916 0.000 0.932 0.032 0.036
#> SRR2074743 2 0.2996 0.908 0.000 0.892 0.064 0.044
#> SRR2074742 3 0.4307 0.825 0.000 0.048 0.808 0.144
#> SRR2074741 1 0.0817 0.936 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074740 2 0.5137 0.636 0.000 0.680 0.296 0.024
#> SRR2074739 1 0.1637 0.936 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074738 2 0.2385 0.914 0.000 0.920 0.052 0.028
#> SRR2074737 2 0.1767 0.905 0.000 0.944 0.012 0.044
#> SRR2074736 2 0.0895 0.915 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR2074735 1 0.0707 0.937 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074734 2 0.1256 0.914 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR2074733 1 0.0469 0.938 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074732 2 0.1722 0.902 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR2074731 2 0.1890 0.900 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR2074730 1 0.2814 0.901 0.868 0.000 0.000 0.132
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.5419 0.39406 0.000 0.036 0.696 0.204 NA
#> SRR2074919 3 0.5805 0.39244 0.000 0.040 0.632 0.272 NA
#> SRR2074920 3 0.4536 0.43561 0.000 0.020 0.740 0.212 NA
#> SRR2074917 1 0.4885 0.61120 0.572 0.000 0.000 0.028 NA
#> SRR2074918 3 0.2228 0.45702 0.000 0.012 0.912 0.068 NA
#> SRR2074916 4 0.7588 0.33515 0.000 0.272 0.228 0.440 NA
#> SRR2074915 4 0.7055 0.28798 0.000 0.160 0.292 0.504 NA
#> SRR2074914 1 0.1915 0.87427 0.928 0.000 0.000 0.032 NA
#> SRR2074913 3 0.8026 -0.05908 0.000 0.112 0.396 0.296 NA
#> SRR2074912 1 0.7275 0.34920 0.500 0.024 0.040 0.108 NA
#> SRR2074911 3 0.6338 0.31462 0.000 0.064 0.604 0.260 NA
#> SRR2074910 4 0.7123 -0.35235 0.000 0.052 0.384 0.436 NA
#> SRR2074909 1 0.1364 0.86159 0.952 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074907 1 0.0324 0.87154 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074908 2 0.2853 0.90917 0.000 0.884 0.040 0.068 NA
#> SRR2074906 2 0.2036 0.90283 0.000 0.920 0.000 0.056 NA
#> SRR2074905 1 0.1082 0.87564 0.964 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074904 2 0.2929 0.90505 0.000 0.880 0.044 0.068 NA
#> SRR2074903 2 0.2989 0.89986 0.000 0.872 0.044 0.080 NA
#> SRR2074902 1 0.3132 0.84944 0.820 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074901 2 0.2236 0.91002 0.000 0.908 0.024 0.068 NA
#> SRR2074900 1 0.3246 0.84452 0.808 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074899 2 0.1764 0.92079 0.000 0.928 0.008 0.064 NA
#> SRR2074898 2 0.0880 0.91697 0.000 0.968 0.000 0.032 NA
#> SRR2074897 2 0.1251 0.92057 0.000 0.956 0.000 0.036 NA
#> SRR2074896 2 0.3718 0.85602 0.000 0.824 0.048 0.120 NA
#> SRR2074895 1 0.1251 0.87294 0.956 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074894 3 0.8044 0.14363 0.300 0.040 0.468 0.088 NA
#> SRR2074893 2 0.0955 0.91871 0.000 0.968 0.000 0.028 NA
#> SRR2074892 1 0.3395 0.81699 0.764 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074891 1 0.0955 0.86681 0.968 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074890 2 0.5216 0.65925 0.000 0.692 0.092 0.208 NA
#> SRR2074887 2 0.2535 0.91247 0.000 0.892 0.032 0.076 NA
#> SRR2074889 2 0.1251 0.91727 0.000 0.956 0.000 0.036 NA
#> SRR2074886 2 0.1605 0.92003 0.000 0.944 0.004 0.040 NA
#> SRR2074888 2 0.0865 0.91678 0.000 0.972 0.000 0.024 NA
#> SRR2074885 1 0.0566 0.87265 0.984 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074884 2 0.0955 0.91954 0.000 0.968 0.000 0.028 NA
#> SRR2074883 2 0.0794 0.91738 0.000 0.972 0.000 0.028 NA
#> SRR2074882 1 0.4235 0.73103 0.656 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074880 2 0.0963 0.92094 0.000 0.964 0.000 0.036 NA
#> SRR2074881 2 0.2284 0.91381 0.000 0.912 0.028 0.056 NA
#> SRR2074879 1 0.7796 0.00214 0.412 0.020 0.064 0.132 NA
#> SRR2074878 1 0.4415 0.67966 0.604 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074877 2 0.4440 0.78543 0.000 0.776 0.072 0.140 NA
#> SRR2074876 1 0.1894 0.87559 0.920 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074875 2 0.1082 0.91622 0.000 0.964 0.000 0.028 NA
#> SRR2074874 1 0.4350 0.65981 0.588 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074873 2 0.1041 0.91937 0.000 0.964 0.000 0.032 NA
#> SRR2074872 1 0.4617 0.60631 0.552 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074871 2 0.2423 0.90816 0.000 0.896 0.024 0.080 NA
#> SRR2074870 1 0.0510 0.87340 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074869 1 0.1281 0.87556 0.956 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074868 1 0.4101 0.70444 0.628 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074867 2 0.3646 0.84810 0.000 0.816 0.036 0.144 NA
#> SRR2074866 2 0.5693 0.58595 0.000 0.676 0.092 0.200 NA
#> SRR2074865 1 0.0880 0.86740 0.968 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074864 1 0.1195 0.87480 0.960 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074863 1 0.0510 0.87038 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074862 1 0.4415 0.67521 0.604 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074861 1 0.1608 0.87637 0.928 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074860 1 0.1444 0.87298 0.948 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074859 1 0.1571 0.87754 0.936 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074858 2 0.3062 0.89565 0.000 0.868 0.048 0.080 NA
#> SRR2074855 2 0.1522 0.91360 0.000 0.944 0.000 0.044 NA
#> SRR2074857 1 0.2719 0.85900 0.852 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074856 1 0.4497 0.63691 0.568 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074854 1 0.3700 0.80877 0.752 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074853 1 0.0162 0.87267 0.996 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074852 2 0.1270 0.92282 0.000 0.948 0.000 0.052 NA
#> SRR2074851 1 0.2848 0.85842 0.840 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074850 1 0.3662 0.80754 0.744 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074849 1 0.4060 0.70890 0.640 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074848 1 0.3300 0.83620 0.792 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074847 1 0.0609 0.87460 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074846 1 0.2719 0.86147 0.852 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074845 1 0.2074 0.87135 0.896 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074843 1 0.3940 0.82103 0.756 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074842 2 0.3815 0.86076 0.000 0.824 0.080 0.088 NA
#> SRR2074844 2 0.2116 0.91627 0.000 0.912 0.008 0.076 NA
#> SRR2074841 2 0.1251 0.91627 0.000 0.956 0.000 0.036 NA
#> SRR2074840 2 0.1205 0.92032 0.000 0.956 0.000 0.040 NA
#> SRR2074839 1 0.2719 0.86436 0.852 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074838 2 0.1124 0.91881 0.000 0.960 0.000 0.036 NA
#> SRR2074836 2 0.2069 0.92104 0.000 0.912 0.012 0.076 NA
#> SRR2074835 2 0.0566 0.91532 0.000 0.984 0.000 0.012 NA
#> SRR2074837 1 0.0693 0.87268 0.980 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074834 2 0.2992 0.90286 0.000 0.876 0.044 0.072 NA
#> SRR2074833 1 0.2017 0.87549 0.912 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074832 2 0.2228 0.91412 0.000 0.916 0.020 0.056 NA
#> SRR2074831 1 0.3990 0.75860 0.688 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074829 1 0.3700 0.81097 0.752 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074830 1 0.3163 0.85306 0.824 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074828 1 0.0693 0.87010 0.980 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074827 2 0.2446 0.91593 0.000 0.900 0.044 0.056 NA
#> SRR2074826 2 0.5619 0.45208 0.000 0.628 0.272 0.092 NA
#> SRR2074825 2 0.1197 0.91958 0.000 0.952 0.000 0.048 NA
#> SRR2074824 2 0.1469 0.91128 0.000 0.948 0.000 0.036 NA
#> SRR2074823 1 0.3586 0.83854 0.792 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074822 2 0.1965 0.90431 0.000 0.924 0.000 0.052 NA
#> SRR2074821 2 0.1251 0.91751 0.000 0.956 0.000 0.036 NA
#> SRR2074820 2 0.1845 0.91495 0.000 0.928 0.000 0.056 NA
#> SRR2074819 2 0.3001 0.88128 0.000 0.844 0.008 0.144 NA
#> SRR2074817 2 0.1725 0.92037 0.000 0.936 0.020 0.044 NA
#> SRR2074818 2 0.1970 0.92038 0.000 0.924 0.012 0.060 NA
#> SRR2074816 1 0.0671 0.86904 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074815 2 0.1168 0.92168 0.000 0.960 0.000 0.032 NA
#> SRR2074814 1 0.3074 0.84035 0.804 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074812 2 0.1444 0.91707 0.000 0.948 0.000 0.040 NA
#> SRR2074813 2 0.3984 0.83534 0.000 0.808 0.064 0.120 NA
#> SRR2074809 2 0.0865 0.91902 0.000 0.972 0.000 0.024 NA
#> SRR2074810 2 0.2414 0.91616 0.000 0.900 0.012 0.080 NA
#> SRR2074811 2 0.1408 0.91584 0.000 0.948 0.000 0.044 NA
#> SRR2074808 2 0.2504 0.90585 0.000 0.896 0.040 0.064 NA
#> SRR2074807 2 0.2972 0.89094 0.000 0.872 0.040 0.084 NA
#> SRR2074806 1 0.0609 0.87074 0.980 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074805 2 0.1202 0.92317 0.000 0.960 0.004 0.032 NA
#> SRR2074804 1 0.1281 0.86328 0.956 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074803 1 0.0579 0.87325 0.984 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074801 1 0.1408 0.87775 0.948 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074802 2 0.3120 0.89663 0.000 0.864 0.048 0.084 NA
#> SRR2074799 2 0.0880 0.92149 0.000 0.968 0.000 0.032 NA
#> SRR2074800 1 0.2707 0.86731 0.860 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074798 1 0.1484 0.86303 0.944 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074797 1 0.3635 0.81087 0.748 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074795 2 0.2672 0.88658 0.000 0.872 0.004 0.116 NA
#> SRR2074796 2 0.2853 0.90126 0.000 0.880 0.040 0.076 NA
#> SRR2074794 2 0.0865 0.91621 0.000 0.972 0.000 0.024 NA
#> SRR2074793 2 0.2177 0.91729 0.000 0.908 0.008 0.080 NA
#> SRR2074792 1 0.0798 0.86931 0.976 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074791 1 0.4354 0.70295 0.624 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074790 2 0.1195 0.91646 0.000 0.960 0.000 0.028 NA
#> SRR2074789 1 0.3093 0.85355 0.824 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074788 1 0.2389 0.86709 0.880 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074787 1 0.2439 0.86757 0.876 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074786 2 0.2367 0.91031 0.000 0.904 0.020 0.072 NA
#> SRR2074785 1 0.0404 0.86987 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074784 1 0.0955 0.86601 0.968 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074783 2 0.1026 0.91824 0.000 0.968 0.004 0.024 NA
#> SRR2074782 1 0.1597 0.87560 0.940 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074779 2 0.1630 0.92236 0.000 0.944 0.016 0.036 NA
#> SRR2074781 2 0.4366 0.78533 0.000 0.776 0.096 0.124 NA
#> SRR2074780 1 0.2286 0.86958 0.888 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074778 2 0.2189 0.91041 0.000 0.904 0.012 0.084 NA
#> SRR2074777 2 0.3880 0.82262 0.000 0.800 0.044 0.152 NA
#> SRR2074776 2 0.1571 0.91780 0.000 0.936 0.000 0.060 NA
#> SRR2074775 1 0.0671 0.87202 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074774 1 0.1638 0.87681 0.932 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074773 2 0.2889 0.90560 0.000 0.872 0.044 0.084 NA
#> SRR2074771 2 0.2012 0.91554 0.000 0.920 0.020 0.060 NA
#> SRR2074772 1 0.0794 0.86760 0.972 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074770 1 0.0510 0.87038 0.984 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074769 2 0.1605 0.92251 0.000 0.944 0.012 0.040 NA
#> SRR2074768 2 0.2338 0.91567 0.000 0.916 0.032 0.036 NA
#> SRR2074766 2 0.2595 0.90940 0.000 0.888 0.032 0.080 NA
#> SRR2074767 1 0.2915 0.82477 0.860 0.000 0.000 0.024 NA
#> SRR2074765 1 0.4415 0.61690 0.552 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074764 2 0.6315 0.38172 0.000 0.596 0.220 0.164 NA
#> SRR2074763 2 0.1430 0.92022 0.000 0.944 0.000 0.052 NA
#> SRR2074761 1 0.1410 0.87681 0.940 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074762 2 0.2473 0.91354 0.000 0.896 0.032 0.072 NA
#> SRR2074760 2 0.1469 0.92244 0.000 0.948 0.016 0.036 NA
#> SRR2074759 1 0.0324 0.87212 0.992 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074757 2 0.2074 0.91962 0.000 0.920 0.016 0.060 NA
#> SRR2074758 2 0.1282 0.91979 0.000 0.952 0.000 0.044 NA
#> SRR2074756 2 0.2367 0.91992 0.000 0.904 0.020 0.072 NA
#> SRR2074755 1 0.0404 0.87184 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074754 1 0.1041 0.86466 0.964 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074753 2 0.3678 0.82115 0.000 0.804 0.020 0.168 NA
#> SRR2074752 1 0.0404 0.87396 0.988 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074751 1 0.0865 0.87148 0.972 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074749 2 0.1365 0.91977 0.000 0.952 0.004 0.040 NA
#> SRR2074750 1 0.1830 0.87545 0.924 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074748 1 0.0566 0.86972 0.984 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074747 2 0.2177 0.91968 0.000 0.908 0.008 0.080 NA
#> SRR2074745 1 0.4135 0.73533 0.656 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074746 1 0.4423 0.72062 0.780 0.000 0.148 0.024 NA
#> SRR2074744 2 0.1041 0.92013 0.000 0.964 0.004 0.032 NA
#> SRR2074743 2 0.3226 0.90025 0.000 0.868 0.060 0.056 NA
#> SRR2074742 3 0.4330 0.44349 0.000 0.028 0.800 0.104 NA
#> SRR2074741 1 0.1331 0.86123 0.952 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074740 2 0.4783 0.68532 0.000 0.724 0.176 0.100 NA
#> SRR2074739 1 0.2189 0.87347 0.904 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074738 2 0.2142 0.91933 0.000 0.920 0.028 0.048 NA
#> SRR2074737 2 0.1281 0.92016 0.000 0.956 0.000 0.032 NA
#> SRR2074736 2 0.1408 0.92158 0.000 0.948 0.000 0.044 NA
#> SRR2074735 1 0.0671 0.86938 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074734 2 0.1412 0.92065 0.000 0.952 0.008 0.036 NA
#> SRR2074733 1 0.0451 0.87072 0.988 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074732 2 0.1364 0.91512 0.000 0.952 0.000 0.036 NA
#> SRR2074731 2 0.1893 0.90707 0.000 0.928 0.000 0.048 NA
#> SRR2074730 1 0.3910 0.79005 0.720 0.000 0.000 0.008 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.5907 0.28500 0.000 0.032 0.552 0.324 0.080 0.012
#> SRR2074919 3 0.5009 0.36711 0.000 0.032 0.672 0.244 0.044 0.008
#> SRR2074920 3 0.4892 0.37651 0.000 0.012 0.676 0.244 0.056 0.012
#> SRR2074917 1 0.4535 -0.56928 0.484 0.000 0.000 0.000 0.032 0.484
#> SRR2074918 3 0.4570 0.37839 0.000 0.008 0.716 0.192 0.080 0.004
#> SRR2074916 4 0.7520 0.00346 0.000 0.188 0.144 0.472 0.168 0.028
#> SRR2074915 4 0.4692 0.02443 0.000 0.120 0.120 0.736 0.012 0.012
#> SRR2074914 1 0.2493 0.67773 0.884 0.000 0.000 0.004 0.036 0.076
#> SRR2074913 5 0.8341 0.00000 0.000 0.104 0.260 0.224 0.328 0.084
#> SRR2074912 6 0.7251 0.43613 0.360 0.000 0.028 0.072 0.140 0.400
#> SRR2074911 3 0.5513 0.31734 0.000 0.028 0.672 0.184 0.092 0.024
#> SRR2074910 4 0.7666 -0.27795 0.000 0.024 0.268 0.400 0.196 0.112
#> SRR2074909 1 0.1657 0.68672 0.928 0.000 0.000 0.000 0.056 0.016
#> SRR2074907 1 0.0806 0.72051 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR2074908 2 0.1082 0.94504 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR2074906 2 0.2101 0.91457 0.000 0.892 0.000 0.004 0.100 0.004
#> SRR2074905 1 0.1124 0.71728 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR2074904 2 0.1599 0.94513 0.000 0.940 0.008 0.028 0.024 0.000
#> SRR2074903 2 0.1933 0.94546 0.000 0.920 0.004 0.044 0.032 0.000
#> SRR2074902 1 0.4302 0.14420 0.644 0.000 0.000 0.004 0.028 0.324
#> SRR2074901 2 0.2044 0.94027 0.000 0.920 0.008 0.028 0.040 0.004
#> SRR2074900 1 0.3703 0.29254 0.688 0.000 0.000 0.004 0.004 0.304
#> SRR2074899 2 0.0837 0.94262 0.000 0.972 0.004 0.020 0.004 0.000
#> SRR2074898 2 0.0777 0.94089 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR2074897 2 0.1492 0.94370 0.000 0.940 0.000 0.024 0.036 0.000
#> SRR2074896 2 0.2563 0.92972 0.000 0.884 0.008 0.068 0.040 0.000
#> SRR2074895 1 0.0806 0.71758 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR2074894 3 0.8022 0.02111 0.212 0.028 0.456 0.048 0.180 0.076
#> SRR2074893 2 0.0622 0.94106 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR2074892 1 0.4009 0.03303 0.632 0.000 0.000 0.004 0.008 0.356
#> SRR2074891 1 0.1088 0.70448 0.960 0.000 0.000 0.000 0.024 0.016
#> SRR2074890 2 0.2933 0.90064 0.000 0.860 0.004 0.096 0.032 0.008
#> SRR2074887 2 0.1636 0.94573 0.000 0.936 0.000 0.036 0.024 0.004
#> SRR2074889 2 0.1528 0.94003 0.000 0.936 0.000 0.016 0.048 0.000
#> SRR2074886 2 0.1333 0.94351 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048 0.000
#> SRR2074888 2 0.1333 0.94041 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048 0.000
#> SRR2074885 1 0.0820 0.71991 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR2074884 2 0.0914 0.94383 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016 0.000
#> SRR2074883 2 0.0508 0.93909 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR2074882 1 0.4524 -0.57344 0.520 0.000 0.000 0.004 0.024 0.452
#> SRR2074880 2 0.0806 0.94064 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR2074881 2 0.1500 0.94485 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012 0.000
#> SRR2074879 6 0.8204 0.10635 0.308 0.012 0.052 0.116 0.148 0.364
#> SRR2074878 6 0.4220 0.66955 0.468 0.000 0.000 0.004 0.008 0.520
#> SRR2074877 2 0.3765 0.84890 0.000 0.808 0.044 0.112 0.036 0.000
#> SRR2074876 1 0.2006 0.69107 0.892 0.000 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR2074875 2 0.1563 0.93824 0.000 0.932 0.000 0.012 0.056 0.000
#> SRR2074874 6 0.3838 0.70899 0.448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR2074873 2 0.1245 0.94336 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR2074872 6 0.4219 0.70977 0.388 0.000 0.000 0.000 0.020 0.592
#> SRR2074871 2 0.2186 0.93779 0.000 0.908 0.008 0.048 0.036 0.000
#> SRR2074870 1 0.1151 0.72021 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR2074869 1 0.1536 0.71619 0.940 0.000 0.000 0.004 0.016 0.040
#> SRR2074868 6 0.4086 0.69002 0.464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> SRR2074867 2 0.2532 0.91848 0.000 0.884 0.012 0.080 0.024 0.000
#> SRR2074866 2 0.5003 0.71373 0.000 0.728 0.036 0.136 0.084 0.016
#> SRR2074865 1 0.0820 0.71612 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR2074864 1 0.0909 0.71841 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR2074863 1 0.0508 0.71493 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074862 6 0.3955 0.72113 0.436 0.000 0.000 0.000 0.004 0.560
#> SRR2074861 1 0.2531 0.66616 0.860 0.000 0.000 0.004 0.008 0.128
#> SRR2074860 1 0.1930 0.69122 0.916 0.000 0.000 0.000 0.048 0.036
#> SRR2074859 1 0.2101 0.68588 0.892 0.000 0.000 0.004 0.004 0.100
#> SRR2074858 2 0.1511 0.94440 0.000 0.944 0.012 0.032 0.012 0.000
#> SRR2074855 2 0.1701 0.93852 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072 0.000
#> SRR2074857 1 0.3290 0.47211 0.744 0.000 0.000 0.000 0.004 0.252
#> SRR2074856 6 0.4067 0.71450 0.444 0.000 0.000 0.000 0.008 0.548
#> SRR2074854 1 0.4496 0.12126 0.644 0.000 0.000 0.004 0.044 0.308
#> SRR2074853 1 0.0725 0.72002 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2074852 2 0.1498 0.94390 0.000 0.940 0.000 0.028 0.032 0.000
#> SRR2074851 1 0.3287 0.52866 0.768 0.000 0.000 0.000 0.012 0.220
#> SRR2074850 1 0.3944 -0.31345 0.568 0.000 0.000 0.000 0.004 0.428
#> SRR2074849 1 0.4095 -0.57898 0.512 0.000 0.000 0.000 0.008 0.480
#> SRR2074848 1 0.3547 0.21585 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR2074847 1 0.1151 0.72031 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR2074846 1 0.3559 0.46969 0.744 0.000 0.000 0.004 0.012 0.240
#> SRR2074845 1 0.2378 0.64243 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2074843 1 0.4568 0.00609 0.612 0.000 0.000 0.004 0.040 0.344
#> SRR2074842 2 0.2714 0.91430 0.000 0.880 0.020 0.064 0.036 0.000
#> SRR2074844 2 0.1434 0.94411 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012 0.000
#> SRR2074841 2 0.1074 0.94135 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028 0.000
#> SRR2074840 2 0.1802 0.94161 0.000 0.916 0.000 0.012 0.072 0.000
#> SRR2074839 1 0.3404 0.52388 0.760 0.000 0.000 0.000 0.016 0.224
#> SRR2074838 2 0.0777 0.94127 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR2074836 2 0.2340 0.93247 0.000 0.896 0.004 0.056 0.044 0.000
#> SRR2074835 2 0.0632 0.94014 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074837 1 0.0520 0.71753 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074834 2 0.2066 0.93696 0.000 0.920 0.012 0.024 0.040 0.004
#> SRR2074833 1 0.4024 0.46247 0.732 0.000 0.000 0.004 0.044 0.220
#> SRR2074832 2 0.2563 0.91312 0.000 0.888 0.008 0.016 0.076 0.012
#> SRR2074831 1 0.4246 -0.48671 0.532 0.000 0.000 0.000 0.016 0.452
#> SRR2074829 1 0.4237 -0.20426 0.584 0.000 0.000 0.000 0.020 0.396
#> SRR2074830 1 0.3905 0.38525 0.716 0.000 0.000 0.004 0.024 0.256
#> SRR2074828 1 0.0508 0.71619 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074827 2 0.1693 0.94164 0.000 0.932 0.004 0.044 0.020 0.000
#> SRR2074826 2 0.4711 0.75694 0.000 0.752 0.088 0.096 0.060 0.004
#> SRR2074825 2 0.1649 0.93960 0.000 0.932 0.000 0.032 0.036 0.000
#> SRR2074824 2 0.1387 0.93534 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2074823 1 0.4204 0.32092 0.688 0.000 0.000 0.004 0.036 0.272
#> SRR2074822 2 0.1765 0.92223 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR2074821 2 0.1951 0.93105 0.000 0.908 0.000 0.016 0.076 0.000
#> SRR2074820 2 0.1398 0.94320 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052 0.000
#> SRR2074819 2 0.3075 0.90179 0.000 0.856 0.012 0.088 0.040 0.004
#> SRR2074817 2 0.2007 0.93884 0.000 0.916 0.004 0.036 0.044 0.000
#> SRR2074818 2 0.1500 0.94459 0.000 0.936 0.000 0.012 0.052 0.000
#> SRR2074816 1 0.1480 0.69137 0.940 0.000 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR2074815 2 0.1124 0.94390 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036 0.000
#> SRR2074814 1 0.3428 0.33862 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR2074812 2 0.2237 0.92603 0.000 0.896 0.000 0.020 0.080 0.004
#> SRR2074813 2 0.4025 0.84498 0.000 0.800 0.020 0.064 0.104 0.012
#> SRR2074809 2 0.0858 0.94298 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR2074810 2 0.2134 0.93475 0.000 0.904 0.000 0.052 0.044 0.000
#> SRR2074811 2 0.1007 0.94522 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2074808 2 0.1448 0.94528 0.000 0.948 0.012 0.024 0.016 0.000
#> SRR2074807 2 0.1649 0.93961 0.000 0.936 0.008 0.040 0.016 0.000
#> SRR2074806 1 0.0405 0.71753 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074805 2 0.1478 0.94645 0.000 0.944 0.000 0.020 0.032 0.004
#> SRR2074804 1 0.1682 0.68904 0.928 0.000 0.000 0.000 0.052 0.020
#> SRR2074803 1 0.0972 0.71882 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR2074801 1 0.2011 0.70441 0.912 0.000 0.000 0.004 0.020 0.064
#> SRR2074802 2 0.2045 0.93453 0.000 0.916 0.016 0.052 0.016 0.000
#> SRR2074799 2 0.1480 0.94389 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040 0.000
#> SRR2074800 1 0.3403 0.54421 0.768 0.000 0.000 0.000 0.020 0.212
#> SRR2074798 1 0.1003 0.70551 0.964 0.000 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR2074797 1 0.4153 0.08320 0.636 0.000 0.000 0.000 0.024 0.340
#> SRR2074795 2 0.2988 0.89476 0.000 0.852 0.004 0.084 0.060 0.000
#> SRR2074796 2 0.1232 0.94481 0.000 0.956 0.000 0.024 0.016 0.004
#> SRR2074794 2 0.0777 0.94208 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR2074793 2 0.1873 0.94119 0.000 0.924 0.008 0.020 0.048 0.000
#> SRR2074792 1 0.1196 0.71165 0.952 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008
#> SRR2074791 6 0.4184 0.60009 0.488 0.000 0.000 0.000 0.012 0.500
#> SRR2074790 2 0.0937 0.94184 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2074789 1 0.3656 0.40177 0.728 0.000 0.000 0.004 0.012 0.256
#> SRR2074788 1 0.3697 0.46420 0.732 0.000 0.000 0.004 0.016 0.248
#> SRR2074787 1 0.3183 0.55650 0.788 0.000 0.000 0.004 0.008 0.200
#> SRR2074786 2 0.1503 0.94303 0.000 0.944 0.008 0.032 0.016 0.000
#> SRR2074785 1 0.0508 0.71459 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074784 1 0.1003 0.70601 0.964 0.000 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR2074783 2 0.1082 0.94443 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000
#> SRR2074782 1 0.1605 0.71353 0.936 0.000 0.000 0.004 0.016 0.044
#> SRR2074779 2 0.0767 0.94265 0.000 0.976 0.008 0.004 0.012 0.000
#> SRR2074781 2 0.3145 0.89635 0.000 0.856 0.028 0.060 0.056 0.000
#> SRR2074780 1 0.2504 0.65930 0.856 0.000 0.000 0.004 0.004 0.136
#> SRR2074778 2 0.1780 0.94247 0.000 0.924 0.000 0.048 0.028 0.000
#> SRR2074777 2 0.2945 0.90495 0.000 0.860 0.004 0.084 0.048 0.004
#> SRR2074776 2 0.1713 0.93945 0.000 0.928 0.000 0.028 0.044 0.000
#> SRR2074775 1 0.0520 0.71523 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074774 1 0.2743 0.62608 0.828 0.000 0.000 0.000 0.008 0.164
#> SRR2074773 2 0.2251 0.93620 0.000 0.904 0.008 0.052 0.036 0.000
#> SRR2074771 2 0.1666 0.94616 0.000 0.936 0.008 0.036 0.020 0.000
#> SRR2074772 1 0.0717 0.71314 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR2074770 1 0.0725 0.71401 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2074769 2 0.1819 0.94488 0.000 0.932 0.004 0.024 0.032 0.008
#> SRR2074768 2 0.2051 0.93569 0.000 0.920 0.012 0.020 0.044 0.004
#> SRR2074766 2 0.1838 0.94026 0.000 0.928 0.012 0.040 0.020 0.000
#> SRR2074767 1 0.4141 0.42413 0.740 0.000 0.000 0.000 0.092 0.168
#> SRR2074765 6 0.4116 0.72146 0.416 0.000 0.000 0.000 0.012 0.572
#> SRR2074764 2 0.4896 0.67311 0.000 0.708 0.116 0.148 0.028 0.000
#> SRR2074763 2 0.1492 0.94202 0.000 0.940 0.000 0.024 0.036 0.000
#> SRR2074761 1 0.2062 0.69612 0.900 0.000 0.000 0.004 0.008 0.088
#> SRR2074762 2 0.1768 0.94282 0.000 0.932 0.004 0.020 0.040 0.004
#> SRR2074760 2 0.1622 0.94769 0.000 0.940 0.016 0.016 0.028 0.000
#> SRR2074759 1 0.0837 0.71932 0.972 0.000 0.000 0.004 0.004 0.020
#> SRR2074757 2 0.1297 0.94380 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012 0.000
#> SRR2074758 2 0.1745 0.94396 0.000 0.924 0.000 0.020 0.056 0.000
#> SRR2074756 2 0.1623 0.94606 0.000 0.940 0.004 0.020 0.032 0.004
#> SRR2074755 1 0.0725 0.71801 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2074754 1 0.0909 0.70637 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR2074753 2 0.3652 0.83840 0.000 0.796 0.004 0.148 0.048 0.004
#> SRR2074752 1 0.0692 0.71848 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2074751 1 0.0520 0.71664 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074749 2 0.1075 0.93954 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2074750 1 0.2118 0.68582 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR2074748 1 0.0405 0.71484 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074747 2 0.2258 0.93265 0.000 0.896 0.000 0.060 0.044 0.000
#> SRR2074745 1 0.3868 -0.57915 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR2074746 1 0.5939 0.12061 0.632 0.000 0.192 0.012 0.104 0.060
#> SRR2074744 2 0.1391 0.94445 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040 0.000
#> SRR2074743 2 0.1773 0.94202 0.000 0.932 0.016 0.036 0.016 0.000
#> SRR2074742 3 0.5173 0.24109 0.000 0.020 0.712 0.088 0.148 0.032
#> SRR2074741 1 0.1257 0.69910 0.952 0.000 0.000 0.000 0.028 0.020
#> SRR2074740 2 0.3623 0.87738 0.000 0.832 0.052 0.068 0.044 0.004
#> SRR2074739 1 0.2980 0.57054 0.800 0.000 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR2074738 2 0.1528 0.94413 0.000 0.936 0.000 0.016 0.048 0.000
#> SRR2074737 2 0.1265 0.94562 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044 0.000
#> SRR2074736 2 0.1010 0.94483 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR2074735 1 0.0508 0.71738 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074734 2 0.1147 0.94444 0.000 0.960 0.004 0.004 0.028 0.004
#> SRR2074733 1 0.0508 0.71730 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074732 2 0.1124 0.94330 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036 0.000
#> SRR2074731 2 0.1219 0.94320 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR2074730 1 0.4002 -0.24135 0.588 0.000 0.000 0.000 0.008 0.404
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.998 0.999 0.5005 0.500 0.500
#> 3 3 1.000 0.995 0.998 0.0524 0.973 0.946
#> 4 4 1.000 0.975 0.991 0.0333 0.984 0.965
#> 5 5 1.000 0.968 0.988 0.0179 0.984 0.965
#> 6 6 0.994 0.963 0.991 0.0113 0.994 0.988
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.0376 0.995 0.004 0.996
#> SRR2074916 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR2074893 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.5059 0.874 0.112 0.888
#> SRR2074744 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.0376 0.995 0.004 0.996
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074917 3 0.5058 0.677 0.244 0.000 0.756
#> SRR2074918 2 0.0237 0.994 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074916 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074911 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074910 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.1031 0.967 0.024 0.976 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.951 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0592 0.987 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.3192 0.838 0.112 0.888 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 2 0.0237 0.994 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.998 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.4008 0.407 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR2074918 4 0.2973 0.813 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR2074916 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.1940 0.893 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2074912 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.4193 0.687 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR2074910 2 0.3975 0.610 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.4744 0.556 0.024 0.736 0.000 0.240
#> SRR2074893 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.866 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0469 0.987 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.6267 0.303 0.112 0.648 0.000 0.240
#> SRR2074744 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 4 0.2973 0.813 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0404 0.8424 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.8487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.8487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.3452 0.3563 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR2074918 5 0.0000 0.5143 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.0609 0.9655 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.4060 -0.0476 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR2074912 3 0.0000 0.8487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 5 0.6717 -0.2038 0.000 0.264 0.000 0.320 0.416
#> SRR2074910 4 0.3949 0.7666 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 4 0.4575 0.7938 0.024 0.328 0.000 0.648 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.8487 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0404 0.9871 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 4 0.5423 0.5900 0.112 0.244 0.000 0.644 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 5 0.0000 0.5143 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.9943 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.9998 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.3741 0.501 0.000 0.000 0.672 0.008 0.000 0.32
#> SRR2074919 3 0.0000 0.766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074920 3 0.0000 0.766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074917 3 0.3240 0.282 0.244 0.000 0.752 0.004 0.000 0.00
#> SRR2074918 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR2074916 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074915 2 0.1814 0.859 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.00
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074913 4 0.3774 -0.251 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000 0.00
#> SRR2074912 3 0.0000 0.766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074911 6 0.4716 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.136 0.68
#> SRR2074910 4 0.0458 0.150 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.00
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074908 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074906 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074904 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074903 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074901 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074899 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074898 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074897 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074896 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074894 4 0.2250 0.231 0.020 0.092 0.000 0.888 0.000 0.00
#> SRR2074893 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074890 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074887 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074889 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074886 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074888 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074884 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074883 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074880 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074881 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074879 3 0.0000 0.766 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074877 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074875 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074873 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074871 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074867 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074866 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074860 1 0.0405 0.987 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000 0.00
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074858 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074855 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074852 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074842 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074844 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074841 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074840 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074838 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074836 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074835 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074834 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074832 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074827 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074826 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074825 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074824 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074822 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074821 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074820 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074819 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074817 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074818 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074815 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074812 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074813 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074809 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074810 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074811 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074808 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074807 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074805 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074802 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074799 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074795 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074796 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074794 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074793 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074790 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074786 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074783 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074779 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074781 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074778 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074777 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074776 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074773 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074771 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074769 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074768 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074766 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074764 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074763 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074762 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074760 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074757 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074758 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074756 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074753 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074749 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074747 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074746 4 0.2358 0.165 0.108 0.016 0.000 0.876 0.000 0.00
#> SRR2074744 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074743 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074742 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.00
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074740 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074738 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074737 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074736 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074734 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074732 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074731 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.00
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.00
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 0.995 0.4966 0.499 0.499
#> 3 3 0.838 0.893 0.917 0.1440 0.967 0.933
#> 4 4 0.768 0.918 0.860 0.1276 0.867 0.715
#> 5 5 0.749 0.746 0.820 0.0818 0.979 0.938
#> 6 6 0.736 0.880 0.847 0.0539 0.908 0.710
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.0938 0.988 0.012 0.988
#> SRR2074916 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074913 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074907 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074908 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074904 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074901 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074894 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074893 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074891 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074890 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074884 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074880 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074877 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074875 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074873 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074871 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074869 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074868 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074864 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074863 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074862 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074861 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074860 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074856 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074854 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074853 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074852 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074850 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074849 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074848 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074847 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074846 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074845 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074843 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074842 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074838 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074834 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074832 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074829 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074830 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074828 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074827 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074822 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074815 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074812 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074805 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074803 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074801 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074802 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074798 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074797 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074795 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074791 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074790 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074788 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074787 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074786 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074784 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074783 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074779 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074778 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074774 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074773 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074770 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074769 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074765 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074764 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074762 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074757 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074754 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074753 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074751 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074749 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074748 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074747 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074746 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074744 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.0938 0.988 0.012 0.988
#> SRR2074741 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074740 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074734 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
#> SRR2074732 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0938 0.999 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.5733 0.871 0.324 0.000 0.676
#> SRR2074919 3 0.5733 0.871 0.324 0.000 0.676
#> SRR2074920 3 0.5733 0.871 0.324 0.000 0.676
#> SRR2074917 3 0.5810 0.855 0.336 0.000 0.664
#> SRR2074918 3 0.6280 0.141 0.000 0.460 0.540
#> SRR2074916 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074915 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.5733 0.871 0.324 0.000 0.676
#> SRR2074911 2 0.1860 0.839 0.000 0.948 0.052
#> SRR2074910 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074897 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074896 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074886 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074883 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074881 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.5733 0.871 0.324 0.000 0.676
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074840 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074836 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074824 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074821 2 0.0747 0.848 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074820 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074819 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074813 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074809 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074810 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074808 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074796 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074793 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074768 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074766 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074756 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0892 0.847 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 2 0.5905 0.311 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074736 2 0.0000 0.851 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.1753 0.841 0.000 0.952 0.048
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074731 2 0.5733 0.771 0.000 0.676 0.324
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0188 0.9430 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074919 3 0.0188 0.9430 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074920 3 0.0188 0.9430 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074917 3 0.1256 0.9224 0.028 0.008 0.964 0.000
#> SRR2074918 3 0.5954 0.6196 0.000 0.344 0.604 0.052
#> SRR2074916 4 0.0188 0.9927 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2074915 2 0.4164 0.7634 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR2074914 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.4164 0.7634 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR2074912 3 0.0188 0.9430 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074911 2 0.4761 0.6239 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR2074910 2 0.4164 0.7634 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR2074909 1 0.4008 0.8437 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.3907 0.8485 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074906 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074905 1 0.0921 0.8997 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074903 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074902 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074900 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074898 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074895 1 0.3528 0.8611 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.4134 0.7583 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR2074893 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074892 1 0.0592 0.8996 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074887 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074889 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074886 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074888 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0707 0.9004 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2074884 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074879 3 0.0188 0.9430 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074876 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0188 0.8995 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074870 1 0.2149 0.8877 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.3123 0.8719 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0188 0.8995 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074866 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074865 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.3528 0.8615 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0469 0.9009 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074855 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074857 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0188 0.8993 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0817 0.9000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074852 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0592 0.8946 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0707 0.9004 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0817 0.8963 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074844 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074841 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074840 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074839 1 0.0592 0.8946 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074838 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074835 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074833 1 0.3356 0.8662 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.5060 0.9551 0.000 0.584 0.004 0.412
#> SRR2074831 1 0.0592 0.8946 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074826 2 0.4830 0.9342 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR2074825 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074823 1 0.0592 0.8946 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074822 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074821 2 0.5060 0.9551 0.000 0.584 0.004 0.412
#> SRR2074820 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074819 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074817 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074818 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074816 1 0.4008 0.8437 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074814 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074813 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074809 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074810 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074811 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074808 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074807 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074806 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074805 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.2760 0.8781 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.3907 0.8493 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074799 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0592 0.8946 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.4008 0.8437 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0817 0.8963 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074795 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074794 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074792 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0592 0.8946 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074790 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0592 0.9006 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074785 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074783 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0817 0.9000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074781 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074780 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074777 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074776 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074771 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074772 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074769 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074768 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074767 1 0.0921 0.8991 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074763 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074760 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074759 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074758 4 0.0000 0.9981 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074755 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.4277 0.7847 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR2074752 1 0.0817 0.9000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.5060 0.9551 0.000 0.584 0.004 0.412
#> SRR2074750 1 0.0188 0.8996 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.4008 0.8437 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074745 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.3975 0.8461 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074743 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074742 2 0.6897 0.0491 0.000 0.544 0.332 0.124
#> SRR2074741 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074739 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074737 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074736 2 0.4888 0.9595 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074735 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.4985 0.8668 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR2074733 1 0.3975 0.8453 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR2074732 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074731 4 0.0188 0.9970 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074730 1 0.0000 0.9006 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0290 0.988 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074919 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.1949 0.957 0.012 0.040 0.932 0.000 0.016
#> SRR2074918 5 0.7449 -0.494 0.000 0.140 0.288 0.088 0.484
#> SRR2074916 2 0.3942 0.988 0.000 0.728 0.000 0.260 0.012
#> SRR2074915 4 0.6036 0.325 0.000 0.144 0.000 0.548 0.308
#> SRR2074914 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074913 4 0.6113 0.275 0.000 0.144 0.000 0.524 0.332
#> SRR2074912 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 5 0.6432 -0.221 0.000 0.196 0.000 0.320 0.484
#> SRR2074910 4 0.6236 0.115 0.000 0.144 0.000 0.456 0.400
#> SRR2074909 5 0.4307 -0.392 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR2074907 1 0.4287 0.324 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR2074908 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074905 1 0.1410 0.712 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074904 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0609 0.725 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0865 0.722 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074899 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074897 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.4444 0.449 0.624 0.012 0.000 0.000 0.364
#> SRR2074894 4 0.3399 0.722 0.000 0.168 0.000 0.812 0.020
#> SRR2074893 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.1648 0.715 0.940 0.040 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074891 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074890 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074886 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074885 1 0.0865 0.723 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074884 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074883 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074882 1 0.0510 0.723 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074881 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.991 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0703 0.721 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0609 0.724 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074874 1 0.0404 0.725 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074872 1 0.0703 0.721 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.4021 0.605 0.764 0.036 0.000 0.000 0.200
#> SRR2074869 1 0.4218 0.493 0.660 0.008 0.000 0.000 0.332
#> SRR2074868 1 0.0609 0.723 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074864 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074863 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074862 1 0.0290 0.725 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0290 0.725 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.4905 0.451 0.624 0.040 0.000 0.000 0.336
#> SRR2074859 1 0.1117 0.722 0.964 0.016 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074858 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074857 1 0.0290 0.724 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0451 0.724 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074854 1 0.0798 0.719 0.976 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074853 1 0.1124 0.720 0.960 0.004 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074852 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074851 1 0.0566 0.724 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074850 1 0.1877 0.704 0.924 0.064 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074849 1 0.0290 0.725 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0290 0.725 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.1168 0.721 0.960 0.008 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074846 1 0.0880 0.725 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0290 0.725 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.2409 0.697 0.900 0.068 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074842 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074840 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074839 1 0.2046 0.701 0.916 0.068 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074838 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074836 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074837 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074834 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.4642 0.504 0.660 0.032 0.000 0.000 0.308
#> SRR2074832 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.1740 0.707 0.932 0.056 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074829 1 0.0771 0.723 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074830 1 0.0290 0.725 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074827 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 4 0.0771 0.935 0.000 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR2074825 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074824 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074823 1 0.2046 0.701 0.916 0.068 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074822 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074821 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074819 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074816 5 0.4307 -0.392 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR2074815 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0290 0.725 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074813 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074809 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074810 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074808 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074805 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074804 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074803 1 0.4297 0.573 0.728 0.036 0.000 0.000 0.236
#> SRR2074801 1 0.4627 0.343 0.544 0.012 0.000 0.000 0.444
#> SRR2074802 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074800 1 0.1942 0.701 0.920 0.068 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074798 5 0.4452 -0.389 0.496 0.004 0.000 0.000 0.500
#> SRR2074797 1 0.2325 0.698 0.904 0.068 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074795 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074796 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074793 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074791 1 0.1670 0.708 0.936 0.052 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074790 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074789 1 0.1216 0.721 0.960 0.020 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074788 1 0.0404 0.724 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0290 0.725 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074784 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074783 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074782 1 0.1364 0.718 0.952 0.012 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074779 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0290 0.725 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074775 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074774 1 0.0290 0.725 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074770 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074769 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074768 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074766 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.1300 0.725 0.956 0.028 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074765 1 0.0404 0.724 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074761 1 0.0771 0.723 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074762 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.4306 0.273 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR2074757 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074756 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074754 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074753 4 0.3152 0.764 0.000 0.136 0.000 0.840 0.024
#> SRR2074752 1 0.1364 0.718 0.952 0.012 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074751 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074749 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.1251 0.719 0.956 0.036 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074748 1 0.4307 0.261 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR2074747 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0290 0.725 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.5211 0.327 0.524 0.044 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074744 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 5 0.7778 -0.336 0.000 0.140 0.164 0.212 0.484
#> SRR2074741 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074740 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.1124 0.719 0.960 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074738 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074736 4 0.0000 0.962 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074734 4 0.0794 0.926 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2074733 1 0.4307 0.269 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074732 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074731 2 0.3586 1.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074730 1 0.0162 0.724 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0547 0.971 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.2315 0.923 0.004 0.040 0.908 0.000 0.016 0.032
#> SRR2074918 5 0.1970 0.458 0.000 0.000 0.060 0.028 0.912 0.000
#> SRR2074916 2 0.4450 0.843 0.000 0.732 0.000 0.128 0.008 0.132
#> SRR2074915 5 0.6368 0.578 0.000 0.012 0.000 0.312 0.392 0.284
#> SRR2074914 6 0.3862 0.981 0.388 0.004 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074913 5 0.6358 0.590 0.000 0.012 0.000 0.300 0.400 0.288
#> SRR2074912 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 5 0.4236 0.563 0.000 0.020 0.000 0.072 0.760 0.148
#> SRR2074910 5 0.5954 0.626 0.000 0.012 0.000 0.184 0.512 0.292
#> SRR2074909 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074907 6 0.3782 0.957 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR2074908 4 0.1610 0.929 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR2074906 2 0.2750 0.982 0.000 0.844 0.000 0.136 0.000 0.020
#> SRR2074905 1 0.1471 0.811 0.932 0.004 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074904 4 0.1444 0.935 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2074903 4 0.0458 0.953 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074902 1 0.1498 0.853 0.940 0.028 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074901 4 0.0363 0.954 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074900 1 0.1794 0.846 0.924 0.036 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2074899 4 0.0363 0.954 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074898 2 0.2362 0.987 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074897 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074896 4 0.1327 0.939 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2074895 1 0.3991 -0.688 0.524 0.004 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR2074894 4 0.4264 0.677 0.000 0.020 0.000 0.764 0.100 0.116
#> SRR2074893 4 0.0363 0.954 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074892 1 0.3014 0.808 0.860 0.068 0.000 0.000 0.056 0.016
#> SRR2074891 6 0.3872 0.986 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2074890 4 0.1501 0.932 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2074887 4 0.1444 0.935 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2074889 2 0.2362 0.987 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074886 4 0.0363 0.954 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074888 2 0.2219 0.988 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.1230 0.845 0.956 0.008 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR2074884 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074883 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074882 1 0.0436 0.860 0.988 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074880 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074881 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.981 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0436 0.860 0.988 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074877 4 0.0865 0.951 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074876 1 0.1575 0.851 0.936 0.032 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074875 2 0.2572 0.985 0.000 0.852 0.000 0.136 0.000 0.012
#> SRR2074874 1 0.0914 0.860 0.968 0.016 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074873 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074872 1 0.0976 0.851 0.968 0.016 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074871 4 0.0865 0.951 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074870 1 0.5030 0.409 0.692 0.064 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR2074869 1 0.3828 -0.609 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR2074868 1 0.0976 0.851 0.968 0.016 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074867 4 0.1075 0.946 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074866 4 0.1141 0.947 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074865 6 0.3872 0.986 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2074864 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074863 6 0.3872 0.986 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2074862 1 0.0000 0.861 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.861 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.5045 -0.484 0.536 0.044 0.000 0.000 0.016 0.404
#> SRR2074859 1 0.1138 0.846 0.960 0.012 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2074858 4 0.0632 0.954 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074855 2 0.2664 0.984 0.000 0.848 0.000 0.136 0.000 0.016
#> SRR2074857 1 0.0260 0.860 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.861 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.1364 0.854 0.952 0.020 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR2074853 1 0.1296 0.836 0.952 0.012 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2074852 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074851 1 0.0767 0.859 0.976 0.008 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074850 1 0.3301 0.794 0.840 0.072 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR2074849 1 0.1092 0.859 0.960 0.020 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074848 1 0.0622 0.862 0.980 0.008 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074847 1 0.1138 0.843 0.960 0.012 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2074846 1 0.1649 0.849 0.932 0.036 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.861 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.3468 0.787 0.832 0.072 0.000 0.000 0.072 0.024
#> SRR2074842 4 0.1075 0.948 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074844 4 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074841 2 0.2572 0.985 0.000 0.852 0.000 0.136 0.000 0.012
#> SRR2074840 2 0.2664 0.984 0.000 0.848 0.000 0.136 0.000 0.016
#> SRR2074839 1 0.3301 0.794 0.840 0.072 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR2074838 2 0.2219 0.988 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0000 0.956 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.2219 0.988 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR2074837 6 0.3872 0.986 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2074834 4 0.0363 0.956 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074833 1 0.5459 -0.372 0.552 0.052 0.000 0.000 0.040 0.356
#> SRR2074832 4 0.0547 0.952 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074831 1 0.3246 0.797 0.844 0.072 0.000 0.000 0.068 0.016
#> SRR2074829 1 0.1649 0.850 0.932 0.036 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074830 1 0.0146 0.861 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074828 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074827 4 0.0260 0.956 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074826 4 0.2384 0.893 0.000 0.000 0.000 0.884 0.032 0.084
#> SRR2074825 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074824 2 0.2664 0.984 0.000 0.848 0.000 0.136 0.000 0.016
#> SRR2074823 1 0.3301 0.794 0.840 0.072 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR2074822 2 0.2750 0.982 0.000 0.844 0.000 0.136 0.000 0.020
#> SRR2074821 4 0.0547 0.952 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074820 2 0.2572 0.985 0.000 0.852 0.000 0.136 0.000 0.012
#> SRR2074819 4 0.0458 0.954 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074817 4 0.0865 0.952 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074818 2 0.2572 0.985 0.000 0.852 0.000 0.136 0.000 0.012
#> SRR2074816 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074815 4 0.0547 0.952 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074814 1 0.0146 0.862 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.2750 0.982 0.000 0.844 0.000 0.136 0.000 0.020
#> SRR2074813 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074809 2 0.2473 0.986 0.000 0.856 0.000 0.136 0.000 0.008
#> SRR2074810 4 0.1141 0.947 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074811 2 0.2664 0.984 0.000 0.848 0.000 0.136 0.000 0.016
#> SRR2074808 4 0.0260 0.955 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074807 4 0.0260 0.955 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074806 6 0.3872 0.986 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2074805 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074804 6 0.3872 0.986 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2074803 1 0.5288 0.242 0.652 0.064 0.000 0.000 0.052 0.232
#> SRR2074801 6 0.4820 0.865 0.428 0.032 0.000 0.000 0.012 0.528
#> SRR2074802 4 0.1075 0.948 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074799 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074800 1 0.3301 0.794 0.840 0.072 0.000 0.000 0.072 0.016
#> SRR2074798 6 0.3872 0.986 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2074797 1 0.3468 0.787 0.832 0.072 0.000 0.000 0.072 0.024
#> SRR2074795 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074796 4 0.0363 0.954 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074794 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074793 4 0.0363 0.954 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074792 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074791 1 0.3246 0.797 0.844 0.072 0.000 0.000 0.068 0.016
#> SRR2074790 2 0.2219 0.988 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.1503 0.837 0.944 0.016 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR2074788 1 0.0000 0.861 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.861 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 4 0.0547 0.955 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074785 6 0.3872 0.986 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2074784 6 0.3872 0.986 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2074783 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074782 1 0.1138 0.843 0.960 0.012 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2074779 4 0.0146 0.955 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074781 4 0.1387 0.937 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2074780 1 0.0520 0.860 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074778 4 0.0363 0.954 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074777 4 0.1444 0.935 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2074776 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074775 6 0.3872 0.986 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2074774 1 0.0806 0.863 0.972 0.008 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074773 4 0.1007 0.949 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074771 4 0.1204 0.946 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074772 6 0.3872 0.986 0.392 0.004 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR2074770 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074769 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074768 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074766 4 0.1387 0.938 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2074767 1 0.2322 0.838 0.904 0.048 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR2074765 1 0.0653 0.856 0.980 0.012 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074764 4 0.1556 0.929 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR2074763 2 0.2362 0.988 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074761 1 0.1575 0.851 0.936 0.032 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074762 4 0.1501 0.933 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2074760 4 0.0547 0.952 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074759 6 0.3756 0.977 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR2074757 4 0.0363 0.954 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074758 2 0.2362 0.987 0.000 0.860 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR2074756 4 0.1204 0.945 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074755 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074754 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074753 4 0.3913 0.717 0.000 0.012 0.000 0.788 0.096 0.104
#> SRR2074752 1 0.1138 0.843 0.960 0.012 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2074751 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074749 4 0.0547 0.952 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074750 1 0.2511 0.819 0.880 0.064 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2074748 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074747 4 0.0632 0.954 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074745 1 0.0000 0.861 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 6 0.5265 0.847 0.408 0.044 0.000 0.000 0.028 0.520
#> SRR2074744 4 0.0790 0.953 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074743 4 0.0547 0.955 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074742 5 0.2001 0.507 0.000 0.000 0.040 0.048 0.912 0.000
#> SRR2074741 6 0.3862 0.981 0.388 0.004 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074740 4 0.1204 0.947 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074739 1 0.2448 0.822 0.884 0.064 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2074738 4 0.0547 0.952 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074737 2 0.3345 0.913 0.000 0.788 0.000 0.184 0.000 0.028
#> SRR2074736 4 0.0547 0.952 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074735 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074734 4 0.0914 0.941 0.000 0.016 0.000 0.968 0.000 0.016
#> SRR2074733 6 0.3737 0.986 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074732 2 0.2664 0.984 0.000 0.848 0.000 0.136 0.000 0.016
#> SRR2074731 2 0.2572 0.985 0.000 0.852 0.000 0.136 0.000 0.012
#> SRR2074730 1 0.0508 0.861 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.5013 0.499 0.499
#> 3 3 0.841 0.930 0.950 0.1240 0.950 0.900
#> 4 4 0.792 0.889 0.830 0.1362 0.865 0.705
#> 5 5 0.726 0.778 0.762 0.0596 0.967 0.904
#> 6 6 0.669 0.350 0.615 0.0391 0.801 0.508
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.85 0.619 0.276 0.724
#> SRR2074893 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.00 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.00 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.00 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.4235 0.835 0.176 0.000 0.824
#> SRR2074919 3 0.4235 0.835 0.176 0.000 0.824
#> SRR2074920 3 0.4235 0.835 0.176 0.000 0.824
#> SRR2074917 3 0.4887 0.777 0.228 0.000 0.772
#> SRR2074918 3 0.4235 0.776 0.000 0.176 0.824
#> SRR2074916 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0892 0.884 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074912 3 0.4235 0.835 0.176 0.000 0.824
#> SRR2074911 3 0.6079 0.546 0.000 0.388 0.612
#> SRR2074910 3 0.5621 0.508 0.000 0.308 0.692
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074906 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074903 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074898 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.9886 0.067 0.276 0.404 0.320
#> SRR2074893 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074887 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074889 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074888 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074879 3 0.4235 0.835 0.176 0.000 0.824
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0237 0.882 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074866 2 0.4062 0.907 0.000 0.836 0.164
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074855 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074844 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074841 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074835 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074826 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074825 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074820 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074817 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074818 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074811 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074807 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074799 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074794 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074781 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074777 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074776 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074771 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.4178 0.908 0.000 0.828 0.172
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074763 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074760 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074758 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.3879 0.906 0.000 0.848 0.152
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074743 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074742 3 0.4235 0.776 0.000 0.176 0.824
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074737 2 0.3551 0.903 0.000 0.868 0.132
#> SRR2074736 2 0.4235 0.908 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.3192 0.900 0.000 0.888 0.112
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.881 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0000 0.950 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0188 0.953 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074920 3 0.0188 0.953 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074917 3 0.2081 0.882 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR2074918 3 0.2704 0.913 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074916 4 0.4624 0.849 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR2074915 4 0.3975 0.689 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR2074914 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074913 4 0.4072 0.574 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR2074912 3 0.0188 0.953 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074911 4 0.5284 -0.316 0.000 0.016 0.368 0.616
#> SRR2074910 4 0.7146 -0.558 0.000 0.132 0.412 0.456
#> SRR2074909 1 0.2589 0.928 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2074907 1 0.1389 0.952 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074908 2 0.0817 0.899 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074906 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074905 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074904 2 0.1022 0.901 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074903 2 0.2149 0.851 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2074902 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0469 0.905 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074900 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074899 2 0.3311 0.688 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR2074898 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074897 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074896 2 0.0707 0.898 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074895 1 0.0817 0.957 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074894 2 0.5994 0.288 0.016 0.632 0.032 0.320
#> SRR2074893 2 0.2149 0.852 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2074892 1 0.1022 0.955 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074891 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074890 2 0.0817 0.905 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074887 2 0.0707 0.904 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074889 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074886 2 0.2216 0.846 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2074888 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074885 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074883 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074882 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074881 2 0.0921 0.903 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2074879 3 0.0188 0.953 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074876 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074874 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074872 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0921 0.902 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2074870 1 0.1716 0.948 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074869 1 0.0592 0.958 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074868 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.1389 0.891 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074866 2 0.4898 -0.401 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR2074865 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074864 1 0.2589 0.928 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2074863 1 0.2589 0.929 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR2074862 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.1059 0.954 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR2074859 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.2973 0.753 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR2074855 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074857 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074851 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0469 0.958 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074849 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0817 0.957 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074842 2 0.0817 0.905 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074844 2 0.1792 0.872 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2074841 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074840 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074839 1 0.0707 0.957 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074838 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074836 2 0.0336 0.900 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074835 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074837 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074834 2 0.0707 0.897 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074833 1 0.1716 0.948 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074832 2 0.0592 0.904 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074831 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.2469 0.932 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR2074827 2 0.0707 0.904 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074826 2 0.0921 0.897 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2074825 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074824 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074823 1 0.0707 0.957 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074822 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074821 2 0.2281 0.844 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2074820 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074819 2 0.1022 0.901 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074817 2 0.0469 0.901 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074818 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074816 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074815 2 0.0592 0.894 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074814 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074813 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074809 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074810 2 0.0707 0.897 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074811 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074808 2 0.1022 0.903 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074807 2 0.2469 0.820 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR2074806 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074805 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074804 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074803 1 0.2216 0.938 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074801 1 0.2011 0.943 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR2074802 2 0.0592 0.894 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074799 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074800 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074798 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074797 1 0.0817 0.957 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074795 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074796 2 0.0921 0.904 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2074794 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074793 2 0.3024 0.741 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR2074792 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074791 1 0.0188 0.958 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074790 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074789 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.1302 0.895 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2074785 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074784 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074783 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074782 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.1211 0.897 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074781 2 0.0707 0.905 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074780 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.1474 0.889 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074777 2 0.1557 0.890 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074776 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074775 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074774 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074773 2 0.0336 0.904 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074771 2 0.0817 0.904 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074772 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074770 1 0.2281 0.937 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074769 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074768 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074766 2 0.2081 0.854 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR2074767 1 0.0469 0.959 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074765 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0817 0.903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074763 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074761 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0469 0.905 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074760 2 0.1211 0.898 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074759 1 0.1867 0.945 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR2074757 2 0.1557 0.886 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074758 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074756 2 0.0592 0.894 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074755 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074754 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074753 2 0.4955 0.109 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR2074752 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074749 2 0.0817 0.902 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074750 1 0.0592 0.958 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074748 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074747 2 0.1867 0.869 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2074745 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.2345 0.934 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR2074744 2 0.0817 0.904 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074743 2 0.0817 0.898 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074742 3 0.3801 0.844 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR2074741 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074740 2 0.0592 0.894 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074739 1 0.0336 0.958 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074738 2 0.0817 0.898 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074737 2 0.3837 0.529 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2074736 2 0.0592 0.899 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074735 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074734 4 0.4999 0.722 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR2074733 1 0.2647 0.927 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR2074732 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074731 4 0.4843 0.931 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR2074730 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0162 0.818 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074919 3 0.0000 0.820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.2068 0.614 0.092 0.000 0.904 0.000 0.004
#> SRR2074918 3 0.4997 0.471 0.000 0.040 0.704 0.024 0.232
#> SRR2074916 2 0.1965 0.771 0.000 0.924 0.000 0.024 0.052
#> SRR2074915 2 0.4981 0.304 0.000 0.704 0.000 0.108 0.188
#> SRR2074914 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074913 2 0.6554 -0.380 0.000 0.464 0.000 0.224 0.312
#> SRR2074912 3 0.0000 0.820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.8087 -0.722 0.000 0.336 0.276 0.092 0.296
#> SRR2074910 5 0.8169 0.000 0.000 0.144 0.232 0.216 0.408
#> SRR2074909 1 0.4045 0.762 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2074907 1 0.3366 0.816 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2074908 4 0.4135 0.918 0.000 0.340 0.000 0.656 0.004
#> SRR2074906 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.2329 0.849 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2074904 4 0.4182 0.915 0.000 0.352 0.000 0.644 0.004
#> SRR2074903 4 0.4341 0.869 0.000 0.404 0.000 0.592 0.004
#> SRR2074902 1 0.0703 0.859 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074901 4 0.3895 0.913 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR2074900 1 0.0609 0.859 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074899 2 0.4268 -0.547 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.3990 0.906 0.000 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR2074895 1 0.3109 0.826 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR2074894 4 0.5220 -0.597 0.000 0.012 0.024 0.536 0.428
#> SRR2074893 4 0.4262 0.824 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR2074892 1 0.1792 0.856 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074891 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074890 4 0.4252 0.918 0.000 0.340 0.000 0.652 0.008
#> SRR2074887 4 0.4166 0.916 0.000 0.348 0.000 0.648 0.004
#> SRR2074889 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 4 0.4300 0.749 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.1121 0.860 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074884 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0404 0.858 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074880 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.4211 0.913 0.000 0.360 0.000 0.636 0.004
#> SRR2074879 3 0.0000 0.820 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0290 0.867 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074876 1 0.0510 0.858 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074875 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 4 0.4135 0.917 0.000 0.340 0.000 0.656 0.004
#> SRR2074870 1 0.2773 0.840 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2074869 1 0.2690 0.841 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2074868 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 4 0.4238 0.905 0.000 0.368 0.000 0.628 0.004
#> SRR2074866 2 0.3282 0.495 0.000 0.804 0.000 0.188 0.008
#> SRR2074865 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074864 1 0.4045 0.761 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2074863 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074862 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.3695 0.817 0.800 0.000 0.036 0.000 0.164
#> SRR2074859 1 0.0290 0.857 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074858 2 0.4420 -0.572 0.000 0.548 0.000 0.448 0.004
#> SRR2074855 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0290 0.856 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074853 1 0.1410 0.860 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074852 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.1197 0.858 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074849 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0162 0.856 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074847 1 0.0609 0.859 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074846 1 0.0510 0.859 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074845 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.1851 0.854 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074842 4 0.4196 0.916 0.000 0.356 0.000 0.640 0.004
#> SRR2074844 4 0.4242 0.843 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.1410 0.857 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074838 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.3949 0.917 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074834 4 0.3774 0.897 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR2074833 1 0.2929 0.835 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2074832 4 0.3913 0.913 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR2074831 1 0.0510 0.855 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074829 1 0.0162 0.853 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074830 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.4045 0.761 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2074827 4 0.3983 0.917 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR2074826 4 0.4138 0.871 0.000 0.276 0.000 0.708 0.016
#> SRR2074825 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.1270 0.857 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074822 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 4 0.4268 0.807 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.4015 0.918 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR2074817 4 0.3913 0.914 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.4101 0.752 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR2074815 4 0.3837 0.904 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0162 0.870 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074809 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.3796 0.901 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.4088 0.910 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR2074807 4 0.4297 0.760 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR2074806 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074805 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074803 1 0.3305 0.821 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2074801 1 0.3305 0.821 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2074802 4 0.3774 0.895 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.1043 0.857 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074798 1 0.4126 0.747 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR2074797 1 0.1732 0.854 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2074795 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.4182 0.917 0.000 0.352 0.000 0.644 0.004
#> SRR2074794 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.4449 -0.673 0.000 0.512 0.000 0.484 0.004
#> SRR2074792 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074791 1 0.0880 0.856 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074790 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0404 0.857 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074788 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 4 0.4060 0.913 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR2074785 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074784 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074783 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0703 0.858 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074779 4 0.4310 0.889 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR2074781 4 0.4356 0.916 0.000 0.340 0.000 0.648 0.012
#> SRR2074780 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 4 0.4276 0.901 0.000 0.380 0.000 0.616 0.004
#> SRR2074777 4 0.4288 0.890 0.000 0.384 0.000 0.612 0.004
#> SRR2074776 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074774 1 0.0794 0.860 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074773 4 0.4015 0.917 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR2074771 4 0.4166 0.916 0.000 0.348 0.000 0.648 0.004
#> SRR2074772 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074770 1 0.3816 0.787 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR2074769 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.4440 0.760 0.000 0.468 0.000 0.528 0.004
#> SRR2074767 1 0.1121 0.860 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074765 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 4 0.4232 0.903 0.000 0.312 0.000 0.676 0.012
#> SRR2074763 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 4 0.4183 0.914 0.000 0.324 0.000 0.668 0.008
#> SRR2074760 4 0.4074 0.912 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR2074759 1 0.3636 0.800 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR2074757 4 0.4310 0.891 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR2074758 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.3684 0.883 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR2074755 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074754 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074753 2 0.6588 -0.105 0.000 0.436 0.000 0.348 0.216
#> SRR2074752 1 0.0609 0.858 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074751 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074749 4 0.3876 0.909 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR2074750 1 0.1341 0.859 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074748 1 0.4101 0.752 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR2074747 4 0.4192 0.874 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.4946 0.678 0.596 0.000 0.000 0.036 0.368
#> SRR2074744 4 0.4060 0.914 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR2074743 4 0.3816 0.902 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR2074742 3 0.6174 0.144 0.000 0.080 0.600 0.040 0.280
#> SRR2074741 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074740 4 0.3861 0.886 0.000 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR2074739 1 0.1121 0.859 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074738 4 0.3816 0.902 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR2074737 2 0.4235 -0.447 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR2074736 4 0.3913 0.914 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR2074735 1 0.4088 0.754 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR2074734 2 0.1851 0.741 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR2074733 1 0.4045 0.761 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR2074732 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.875 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.855 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0260 0.8241 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074919 3 0.0000 0.8265 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.8265 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0909 0.7749 0.020 0.012 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.5917 0.4406 0.000 0.024 0.552 0.000 0.156 0.268
#> SRR2074916 6 0.6232 0.1245 0.000 0.348 0.000 0.244 0.008 0.400
#> SRR2074915 6 0.5687 0.3606 0.000 0.240 0.000 0.064 0.080 0.616
#> SRR2074914 1 0.0405 0.7366 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074913 6 0.5772 0.1573 0.000 0.116 0.000 0.068 0.184 0.632
#> SRR2074912 3 0.0000 0.8265 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 6 0.6452 -0.0546 0.000 0.084 0.184 0.004 0.160 0.568
#> SRR2074910 6 0.6355 -0.4630 0.000 0.016 0.104 0.052 0.276 0.552
#> SRR2074909 1 0.0260 0.7370 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.2883 0.7426 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 4 0.1749 0.8785 0.000 0.008 0.000 0.932 0.024 0.036
#> SRR2074906 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074905 1 0.3634 0.6881 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 4 0.1974 0.8798 0.000 0.012 0.000 0.920 0.020 0.048
#> SRR2074903 4 0.1829 0.8609 0.000 0.028 0.000 0.928 0.008 0.036
#> SRR2074902 2 0.4124 -0.5661 0.476 0.516 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074901 4 0.1059 0.8818 0.000 0.016 0.000 0.964 0.016 0.004
#> SRR2074900 2 0.3995 -0.5657 0.480 0.516 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074899 4 0.3740 0.6435 0.000 0.120 0.000 0.784 0.000 0.096
#> SRR2074898 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074897 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074896 4 0.2038 0.8730 0.000 0.020 0.000 0.920 0.032 0.028
#> SRR2074895 1 0.3314 0.7311 0.740 0.256 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074894 5 0.3058 0.0000 0.012 0.000 0.000 0.104 0.848 0.036
#> SRR2074893 4 0.2128 0.8288 0.000 0.032 0.000 0.908 0.004 0.056
#> SRR2074892 1 0.4088 0.6302 0.556 0.436 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074891 1 0.0146 0.7337 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074890 4 0.2007 0.8741 0.000 0.012 0.000 0.920 0.032 0.036
#> SRR2074887 4 0.1757 0.8797 0.000 0.008 0.000 0.928 0.012 0.052
#> SRR2074889 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074886 4 0.2390 0.7987 0.000 0.056 0.000 0.888 0.000 0.056
#> SRR2074888 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074885 1 0.3961 0.6366 0.556 0.440 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074884 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074883 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074882 2 0.3864 -0.5692 0.480 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074881 4 0.1151 0.8818 0.000 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> SRR2074879 3 0.0000 0.8265 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.6126 -0.0992 0.000 0.352 0.000 0.332 0.000 0.316
#> SRR2074876 1 0.3997 0.5864 0.508 0.488 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074875 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074874 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074872 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 4 0.1410 0.8780 0.000 0.004 0.000 0.944 0.008 0.044
#> SRR2074870 1 0.4034 0.6896 0.648 0.336 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074869 1 0.3482 0.7104 0.684 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 4 0.2252 0.8729 0.000 0.020 0.000 0.908 0.028 0.044
#> SRR2074866 4 0.5933 0.0512 0.000 0.248 0.000 0.496 0.004 0.252
#> SRR2074865 1 0.0260 0.7321 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074864 1 0.0547 0.7399 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0891 0.7405 0.968 0.024 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074862 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.4641 0.7063 0.664 0.248 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 2 0.3868 -0.5888 0.496 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 4 0.3472 0.7273 0.000 0.092 0.000 0.808 0.000 0.100
#> SRR2074855 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074857 2 0.3982 -0.5454 0.460 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074856 2 0.3979 -0.5450 0.456 0.540 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074854 2 0.3857 -0.5516 0.468 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.3817 0.6421 0.568 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074851 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 2 0.4465 -0.5721 0.472 0.504 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074849 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 2 0.3860 -0.5555 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.3857 0.6125 0.532 0.468 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.3868 0.5855 0.504 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.4513 0.6207 0.532 0.440 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074842 4 0.2240 0.8677 0.000 0.016 0.000 0.908 0.032 0.044
#> SRR2074844 4 0.1829 0.8603 0.000 0.024 0.000 0.920 0.000 0.056
#> SRR2074841 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074840 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074839 1 0.4466 0.5879 0.500 0.476 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074838 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074836 4 0.1452 0.8802 0.000 0.020 0.000 0.948 0.020 0.012
#> SRR2074835 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074837 1 0.0000 0.7331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 4 0.2602 0.8366 0.000 0.052 0.000 0.888 0.040 0.020
#> SRR2074833 1 0.3827 0.7095 0.680 0.308 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074832 4 0.1794 0.8758 0.000 0.028 0.000 0.932 0.024 0.016
#> SRR2074831 2 0.4312 -0.5689 0.476 0.508 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074829 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0458 0.7393 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 4 0.2201 0.8716 0.000 0.028 0.000 0.912 0.032 0.028
#> SRR2074826 4 0.3474 0.7688 0.000 0.044 0.000 0.836 0.072 0.048
#> SRR2074825 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074824 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074823 1 0.4390 0.5989 0.508 0.472 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR2074822 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074821 4 0.2739 0.8223 0.000 0.064 0.000 0.876 0.012 0.048
#> SRR2074820 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074819 4 0.1078 0.8817 0.000 0.012 0.000 0.964 0.008 0.016
#> SRR2074817 4 0.1794 0.8775 0.000 0.016 0.000 0.932 0.024 0.028
#> SRR2074818 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074816 1 0.0260 0.7321 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074815 4 0.2240 0.8554 0.000 0.032 0.000 0.908 0.044 0.016
#> SRR2074814 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074813 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074809 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074810 4 0.2677 0.8386 0.000 0.036 0.000 0.884 0.056 0.024
#> SRR2074811 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074808 4 0.1173 0.8795 0.000 0.016 0.000 0.960 0.016 0.008
#> SRR2074807 4 0.2852 0.7672 0.000 0.064 0.000 0.856 0.000 0.080
#> SRR2074806 1 0.0146 0.7328 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074805 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074804 1 0.0260 0.7321 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074803 1 0.3746 0.7155 0.712 0.272 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074801 1 0.2902 0.7459 0.800 0.196 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074802 4 0.2709 0.8425 0.000 0.040 0.000 0.884 0.044 0.032
#> SRR2074799 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074800 2 0.4315 -0.5829 0.488 0.496 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074798 1 0.0458 0.7282 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074797 1 0.4442 0.6207 0.536 0.440 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074795 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074796 4 0.0725 0.8796 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR2074794 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074793 4 0.3244 0.7696 0.000 0.064 0.000 0.832 0.004 0.100
#> SRR2074792 1 0.0000 0.7331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 2 0.4313 -0.5740 0.480 0.504 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074790 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074789 1 0.3868 0.5895 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 2 0.3854 -0.5490 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 4 0.0717 0.8733 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR2074785 1 0.0146 0.7327 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074784 1 0.0260 0.7321 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074783 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074782 1 0.3843 0.6278 0.548 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 4 0.1434 0.8772 0.000 0.012 0.000 0.948 0.012 0.028
#> SRR2074781 4 0.2704 0.8460 0.000 0.036 0.000 0.884 0.032 0.048
#> SRR2074780 2 0.3982 -0.5454 0.460 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074778 4 0.0777 0.8729 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR2074777 4 0.2858 0.8469 0.000 0.016 0.000 0.864 0.028 0.092
#> SRR2074776 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074775 1 0.0146 0.7327 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074774 1 0.3868 0.5872 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 4 0.1346 0.8824 0.000 0.008 0.000 0.952 0.016 0.024
#> SRR2074771 4 0.1364 0.8827 0.000 0.012 0.000 0.952 0.016 0.020
#> SRR2074772 1 0.0000 0.7331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.2631 0.7510 0.840 0.152 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074769 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074768 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074766 4 0.3469 0.7662 0.000 0.072 0.000 0.824 0.012 0.092
#> SRR2074767 1 0.4067 0.6300 0.548 0.444 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074765 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 4 0.2941 0.8319 0.000 0.024 0.000 0.868 0.048 0.060
#> SRR2074763 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074761 2 0.3857 -0.5517 0.468 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 4 0.2016 0.8760 0.000 0.016 0.000 0.920 0.024 0.040
#> SRR2074760 4 0.1346 0.8740 0.000 0.016 0.000 0.952 0.008 0.024
#> SRR2074759 1 0.2219 0.7523 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 4 0.1313 0.8732 0.000 0.016 0.000 0.952 0.004 0.028
#> SRR2074758 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074756 4 0.2769 0.8468 0.000 0.032 0.000 0.880 0.052 0.036
#> SRR2074755 1 0.0000 0.7331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0146 0.7328 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074753 6 0.7141 0.0254 0.000 0.140 0.000 0.276 0.152 0.432
#> SRR2074752 1 0.3857 0.6140 0.532 0.468 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0146 0.7328 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074749 4 0.1930 0.8733 0.000 0.036 0.000 0.924 0.028 0.012
#> SRR2074750 1 0.4217 0.6037 0.524 0.464 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074748 1 0.0146 0.7327 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074747 4 0.2152 0.8565 0.000 0.024 0.000 0.904 0.004 0.068
#> SRR2074745 2 0.3851 -0.5442 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.5013 0.5569 0.656 0.148 0.000 0.000 0.192 0.004
#> SRR2074744 4 0.1710 0.8810 0.000 0.020 0.000 0.936 0.016 0.028
#> SRR2074743 4 0.2007 0.8601 0.000 0.036 0.000 0.920 0.032 0.012
#> SRR2074742 3 0.6562 0.2225 0.000 0.032 0.396 0.000 0.216 0.356
#> SRR2074741 1 0.0260 0.7321 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074740 4 0.2815 0.8274 0.000 0.044 0.000 0.876 0.056 0.024
#> SRR2074739 1 0.4128 0.5826 0.504 0.488 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074738 4 0.1933 0.8690 0.000 0.032 0.000 0.924 0.032 0.012
#> SRR2074737 4 0.4800 0.4105 0.000 0.168 0.000 0.672 0.000 0.160
#> SRR2074736 4 0.1577 0.8772 0.000 0.036 0.000 0.940 0.008 0.016
#> SRR2074735 1 0.0000 0.7331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 4 0.5930 -0.0949 0.000 0.304 0.000 0.456 0.000 0.240
#> SRR2074733 1 0.0363 0.7380 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074731 2 0.6117 -0.0385 0.000 0.352 0.000 0.348 0.000 0.300
#> SRR2074730 2 0.3979 -0.5450 0.456 0.540 0.000 0.000 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5018 0.499 0.499
#> 3 3 0.823 0.884 0.897 0.2211 0.856 0.713
#> 4 4 0.948 0.903 0.964 0.0916 0.914 0.778
#> 5 5 0.761 0.680 0.786 0.0877 0.893 0.681
#> 6 6 0.772 0.760 0.868 0.0158 0.948 0.801
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0 1 1 0
#> SRR2074919 1 0 1 1 0
#> SRR2074920 1 0 1 1 0
#> SRR2074917 1 0 1 1 0
#> SRR2074918 2 0 1 0 1
#> SRR2074916 2 0 1 0 1
#> SRR2074915 2 0 1 0 1
#> SRR2074914 1 0 1 1 0
#> SRR2074913 2 0 1 0 1
#> SRR2074912 1 0 1 1 0
#> SRR2074911 2 0 1 0 1
#> SRR2074910 2 0 1 0 1
#> SRR2074909 1 0 1 1 0
#> SRR2074907 1 0 1 1 0
#> SRR2074908 2 0 1 0 1
#> SRR2074906 2 0 1 0 1
#> SRR2074905 1 0 1 1 0
#> SRR2074904 2 0 1 0 1
#> SRR2074903 2 0 1 0 1
#> SRR2074902 1 0 1 1 0
#> SRR2074901 2 0 1 0 1
#> SRR2074900 1 0 1 1 0
#> SRR2074899 2 0 1 0 1
#> SRR2074898 2 0 1 0 1
#> SRR2074897 2 0 1 0 1
#> SRR2074896 2 0 1 0 1
#> SRR2074895 1 0 1 1 0
#> SRR2074894 1 0 1 1 0
#> SRR2074893 2 0 1 0 1
#> SRR2074892 1 0 1 1 0
#> SRR2074891 1 0 1 1 0
#> SRR2074890 2 0 1 0 1
#> SRR2074887 2 0 1 0 1
#> SRR2074889 2 0 1 0 1
#> SRR2074886 2 0 1 0 1
#> SRR2074888 2 0 1 0 1
#> SRR2074885 1 0 1 1 0
#> SRR2074884 2 0 1 0 1
#> SRR2074883 2 0 1 0 1
#> SRR2074882 1 0 1 1 0
#> SRR2074880 2 0 1 0 1
#> SRR2074881 2 0 1 0 1
#> SRR2074879 1 0 1 1 0
#> SRR2074878 1 0 1 1 0
#> SRR2074877 2 0 1 0 1
#> SRR2074876 1 0 1 1 0
#> SRR2074875 2 0 1 0 1
#> SRR2074874 1 0 1 1 0
#> SRR2074873 2 0 1 0 1
#> SRR2074872 1 0 1 1 0
#> SRR2074871 2 0 1 0 1
#> SRR2074870 1 0 1 1 0
#> SRR2074869 1 0 1 1 0
#> SRR2074868 1 0 1 1 0
#> SRR2074867 2 0 1 0 1
#> SRR2074866 2 0 1 0 1
#> SRR2074865 1 0 1 1 0
#> SRR2074864 1 0 1 1 0
#> SRR2074863 1 0 1 1 0
#> SRR2074862 1 0 1 1 0
#> SRR2074861 1 0 1 1 0
#> SRR2074860 1 0 1 1 0
#> SRR2074859 1 0 1 1 0
#> SRR2074858 2 0 1 0 1
#> SRR2074855 2 0 1 0 1
#> SRR2074857 1 0 1 1 0
#> SRR2074856 1 0 1 1 0
#> SRR2074854 1 0 1 1 0
#> SRR2074853 1 0 1 1 0
#> SRR2074852 2 0 1 0 1
#> SRR2074851 1 0 1 1 0
#> SRR2074850 1 0 1 1 0
#> SRR2074849 1 0 1 1 0
#> SRR2074848 1 0 1 1 0
#> SRR2074847 1 0 1 1 0
#> SRR2074846 1 0 1 1 0
#> SRR2074845 1 0 1 1 0
#> SRR2074843 1 0 1 1 0
#> SRR2074842 2 0 1 0 1
#> SRR2074844 2 0 1 0 1
#> SRR2074841 2 0 1 0 1
#> SRR2074840 2 0 1 0 1
#> SRR2074839 1 0 1 1 0
#> SRR2074838 2 0 1 0 1
#> SRR2074836 2 0 1 0 1
#> SRR2074835 2 0 1 0 1
#> SRR2074837 1 0 1 1 0
#> SRR2074834 2 0 1 0 1
#> SRR2074833 1 0 1 1 0
#> SRR2074832 2 0 1 0 1
#> SRR2074831 1 0 1 1 0
#> SRR2074829 1 0 1 1 0
#> SRR2074830 1 0 1 1 0
#> SRR2074828 1 0 1 1 0
#> SRR2074827 2 0 1 0 1
#> SRR2074826 2 0 1 0 1
#> SRR2074825 2 0 1 0 1
#> SRR2074824 2 0 1 0 1
#> SRR2074823 1 0 1 1 0
#> SRR2074822 2 0 1 0 1
#> SRR2074821 2 0 1 0 1
#> SRR2074820 2 0 1 0 1
#> SRR2074819 2 0 1 0 1
#> SRR2074817 2 0 1 0 1
#> SRR2074818 2 0 1 0 1
#> SRR2074816 1 0 1 1 0
#> SRR2074815 2 0 1 0 1
#> SRR2074814 1 0 1 1 0
#> SRR2074812 2 0 1 0 1
#> SRR2074813 2 0 1 0 1
#> SRR2074809 2 0 1 0 1
#> SRR2074810 2 0 1 0 1
#> SRR2074811 2 0 1 0 1
#> SRR2074808 2 0 1 0 1
#> SRR2074807 2 0 1 0 1
#> SRR2074806 1 0 1 1 0
#> SRR2074805 2 0 1 0 1
#> SRR2074804 1 0 1 1 0
#> SRR2074803 1 0 1 1 0
#> SRR2074801 1 0 1 1 0
#> SRR2074802 2 0 1 0 1
#> SRR2074799 2 0 1 0 1
#> SRR2074800 1 0 1 1 0
#> SRR2074798 1 0 1 1 0
#> SRR2074797 1 0 1 1 0
#> SRR2074795 2 0 1 0 1
#> SRR2074796 2 0 1 0 1
#> SRR2074794 2 0 1 0 1
#> SRR2074793 2 0 1 0 1
#> SRR2074792 1 0 1 1 0
#> SRR2074791 1 0 1 1 0
#> SRR2074790 2 0 1 0 1
#> SRR2074789 1 0 1 1 0
#> SRR2074788 1 0 1 1 0
#> SRR2074787 1 0 1 1 0
#> SRR2074786 2 0 1 0 1
#> SRR2074785 1 0 1 1 0
#> SRR2074784 1 0 1 1 0
#> SRR2074783 2 0 1 0 1
#> SRR2074782 1 0 1 1 0
#> SRR2074779 2 0 1 0 1
#> SRR2074781 2 0 1 0 1
#> SRR2074780 1 0 1 1 0
#> SRR2074778 2 0 1 0 1
#> SRR2074777 2 0 1 0 1
#> SRR2074776 2 0 1 0 1
#> SRR2074775 1 0 1 1 0
#> SRR2074774 1 0 1 1 0
#> SRR2074773 2 0 1 0 1
#> SRR2074771 2 0 1 0 1
#> SRR2074772 1 0 1 1 0
#> SRR2074770 1 0 1 1 0
#> SRR2074769 2 0 1 0 1
#> SRR2074768 2 0 1 0 1
#> SRR2074766 2 0 1 0 1
#> SRR2074767 1 0 1 1 0
#> SRR2074765 1 0 1 1 0
#> SRR2074764 2 0 1 0 1
#> SRR2074763 2 0 1 0 1
#> SRR2074761 1 0 1 1 0
#> SRR2074762 2 0 1 0 1
#> SRR2074760 2 0 1 0 1
#> SRR2074759 1 0 1 1 0
#> SRR2074757 2 0 1 0 1
#> SRR2074758 2 0 1 0 1
#> SRR2074756 2 0 1 0 1
#> SRR2074755 1 0 1 1 0
#> SRR2074754 1 0 1 1 0
#> SRR2074753 2 0 1 0 1
#> SRR2074752 1 0 1 1 0
#> SRR2074751 1 0 1 1 0
#> SRR2074749 2 0 1 0 1
#> SRR2074750 1 0 1 1 0
#> SRR2074748 1 0 1 1 0
#> SRR2074747 2 0 1 0 1
#> SRR2074745 1 0 1 1 0
#> SRR2074746 1 0 1 1 0
#> SRR2074744 2 0 1 0 1
#> SRR2074743 2 0 1 0 1
#> SRR2074742 2 0 1 0 1
#> SRR2074741 1 0 1 1 0
#> SRR2074740 2 0 1 0 1
#> SRR2074739 1 0 1 1 0
#> SRR2074738 2 0 1 0 1
#> SRR2074737 2 0 1 0 1
#> SRR2074736 2 0 1 0 1
#> SRR2074735 1 0 1 1 0
#> SRR2074734 2 0 1 0 1
#> SRR2074733 1 0 1 1 0
#> SRR2074732 2 0 1 0 1
#> SRR2074731 2 0 1 0 1
#> SRR2074730 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 1 0.6161 0.7309 0.708 0.020 0.272
#> SRR2074919 1 0.5327 0.7527 0.728 0.000 0.272
#> SRR2074920 1 0.5327 0.7527 0.728 0.000 0.272
#> SRR2074917 1 0.5327 0.7527 0.728 0.000 0.272
#> SRR2074918 3 0.6307 -0.2926 0.000 0.488 0.512
#> SRR2074916 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074915 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074912 1 0.5327 0.7527 0.728 0.000 0.272
#> SRR2074911 2 0.6095 -0.0572 0.000 0.608 0.392
#> SRR2074910 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074905 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.5988 0.1359 0.000 0.632 0.368
#> SRR2074902 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.6244 -0.2309 0.000 0.560 0.440
#> SRR2074898 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074897 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074896 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.5327 0.4698 0.272 0.728 0.000
#> SRR2074893 2 0.4346 0.6483 0.000 0.816 0.184
#> SRR2074892 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074886 2 0.4931 0.5567 0.000 0.768 0.232
#> SRR2074888 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074885 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074883 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074882 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074881 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 1 0.5327 0.7527 0.728 0.000 0.272
#> SRR2074878 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 3 0.6267 0.6047 0.000 0.452 0.548
#> SRR2074876 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074874 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074872 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0592 0.8659 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074865 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074857 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074851 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074840 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074839 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074836 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074837 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.4931 0.5579 0.000 0.768 0.232
#> SRR2074831 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074824 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074823 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074821 2 0.6274 -0.2809 0.000 0.544 0.456
#> SRR2074820 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074819 2 0.0592 0.8666 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074817 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074816 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074813 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074809 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074810 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074808 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0424 0.8699 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074806 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074804 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074800 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074796 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074793 2 0.5254 0.4856 0.000 0.736 0.264
#> SRR2074792 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074789 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074782 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0424 0.8700 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074777 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074775 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074768 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074766 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074761 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.5291 0.4755 0.000 0.732 0.268
#> SRR2074759 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.6095 0.0159 0.000 0.608 0.392
#> SRR2074758 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074756 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.6154 -0.0601 0.000 0.592 0.408
#> SRR2074750 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.1031 0.8552 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074742 2 0.5591 0.3095 0.000 0.696 0.304
#> SRR2074741 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.8760 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.5835 0.2489 0.000 0.660 0.340
#> SRR2074737 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074736 2 0.5216 0.4971 0.000 0.740 0.260
#> SRR2074735 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074733 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074731 3 0.5327 0.9722 0.000 0.272 0.728
#> SRR2074730 1 0.0000 0.9848 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0188 0.995 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074918 4 0.3975 0.622 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR2074916 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074912 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.4830 0.328 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR2074910 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.4713 0.477 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 4 0.1716 0.880 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.4331 0.607 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR2074898 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074893 4 0.4967 0.065 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.5000 0.112 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR2074888 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.3726 0.683 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074866 4 0.0469 0.923 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074844 4 0.1474 0.891 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2074841 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.5000 0.111 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074826 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.4222 0.624 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR2074820 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.3219 0.764 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR2074817 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 4 0.0592 0.922 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.0707 0.919 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR2074807 4 0.2469 0.833 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.0817 0.917 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR2074794 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.4981 0.219 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 4 0.0921 0.913 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 4 0.3907 0.666 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR2074777 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074771 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.4977 0.231 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.4605 0.523 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR2074758 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.4522 0.550 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 4 0.1211 0.903 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR2074743 4 0.4250 0.580 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR2074742 4 0.4431 0.517 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 4 0.0000 0.932 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.4817 0.417 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR2074737 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.4985 0.204 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.883 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0000 0.99645 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.99645 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.99645 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0609 0.98204 0.000 0.000 0.98 0.000 0.020
#> SRR2074918 4 0.6662 0.06302 0.000 0.236 0.00 0.420 0.344
#> SRR2074916 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074915 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.2732 0.57191 0.840 0.000 0.00 0.000 0.160
#> SRR2074913 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.0000 0.99645 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.4227 0.25778 0.000 0.420 0.00 0.580 0.000
#> SRR2074910 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074909 1 0.3305 0.41799 0.776 0.000 0.00 0.000 0.224
#> SRR2074907 1 0.1410 0.61290 0.940 0.000 0.00 0.000 0.060
#> SRR2074908 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074905 5 0.4294 0.71706 0.468 0.000 0.00 0.000 0.532
#> SRR2074904 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.4126 0.39282 0.000 0.620 0.00 0.380 0.000
#> SRR2074902 1 0.4300 -0.68703 0.524 0.000 0.00 0.000 0.476
#> SRR2074901 4 0.1478 0.85572 0.000 0.064 0.00 0.936 0.000
#> SRR2074900 5 0.4305 0.76096 0.488 0.000 0.00 0.000 0.512
#> SRR2074899 2 0.3730 0.58786 0.000 0.712 0.00 0.288 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074895 5 0.4302 0.63631 0.480 0.000 0.00 0.000 0.520
#> SRR2074894 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074893 4 0.4262 0.17461 0.000 0.440 0.00 0.560 0.000
#> SRR2074892 1 0.3177 0.40508 0.792 0.000 0.00 0.000 0.208
#> SRR2074891 1 0.2020 0.61087 0.900 0.000 0.00 0.000 0.100
#> SRR2074890 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074886 4 0.4300 0.04115 0.000 0.476 0.00 0.524 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074885 5 0.4192 0.79721 0.404 0.000 0.00 0.000 0.596
#> SRR2074884 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.4307 -0.60555 0.504 0.000 0.00 0.000 0.496
#> SRR2074880 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.99645 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000
#> SRR2074878 5 0.4201 0.84495 0.408 0.000 0.00 0.000 0.592
#> SRR2074877 2 0.3210 0.68405 0.000 0.788 0.00 0.212 0.000
#> SRR2074876 1 0.4294 -0.68223 0.532 0.000 0.00 0.000 0.468
#> SRR2074875 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074874 5 0.4192 0.84543 0.404 0.000 0.00 0.000 0.596
#> SRR2074873 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074872 5 0.4015 0.83782 0.348 0.000 0.00 0.000 0.652
#> SRR2074871 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.3242 0.42210 0.784 0.000 0.00 0.000 0.216
#> SRR2074869 1 0.3305 0.50858 0.776 0.000 0.00 0.000 0.224
#> SRR2074868 5 0.3999 0.83742 0.344 0.000 0.00 0.000 0.656
#> SRR2074867 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074866 4 0.0404 0.89490 0.000 0.012 0.00 0.988 0.000
#> SRR2074865 1 0.1732 0.61145 0.920 0.000 0.00 0.000 0.080
#> SRR2074864 1 0.2648 0.57232 0.848 0.000 0.00 0.000 0.152
#> SRR2074863 1 0.3074 0.55736 0.804 0.000 0.00 0.000 0.196
#> SRR2074862 5 0.4227 0.83859 0.420 0.000 0.00 0.000 0.580
#> SRR2074861 5 0.4088 0.85344 0.368 0.000 0.00 0.000 0.632
#> SRR2074860 1 0.4227 -0.04335 0.580 0.000 0.00 0.000 0.420
#> SRR2074859 5 0.4015 0.83578 0.348 0.000 0.00 0.000 0.652
#> SRR2074858 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074857 5 0.4088 0.85400 0.368 0.000 0.00 0.000 0.632
#> SRR2074856 5 0.4074 0.85027 0.364 0.000 0.00 0.000 0.636
#> SRR2074854 5 0.4060 0.84863 0.360 0.000 0.00 0.000 0.640
#> SRR2074853 1 0.4242 -0.35361 0.572 0.000 0.00 0.000 0.428
#> SRR2074852 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074851 5 0.4030 0.84058 0.352 0.000 0.00 0.000 0.648
#> SRR2074850 1 0.4088 -0.29111 0.632 0.000 0.00 0.000 0.368
#> SRR2074849 5 0.4305 0.76252 0.488 0.000 0.00 0.000 0.512
#> SRR2074848 5 0.4302 0.77534 0.480 0.000 0.00 0.000 0.520
#> SRR2074847 5 0.4126 0.80530 0.380 0.000 0.00 0.000 0.620
#> SRR2074846 5 0.4227 0.83591 0.420 0.000 0.00 0.000 0.580
#> SRR2074845 5 0.4060 0.84825 0.360 0.000 0.00 0.000 0.640
#> SRR2074843 5 0.4307 0.74265 0.496 0.000 0.00 0.000 0.504
#> SRR2074842 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074844 4 0.1270 0.86610 0.000 0.052 0.00 0.948 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074839 5 0.4294 0.78270 0.468 0.000 0.00 0.000 0.532
#> SRR2074838 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.4045 -0.04434 0.644 0.000 0.00 0.000 0.356
#> SRR2074834 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.4256 -0.56001 0.564 0.000 0.00 0.000 0.436
#> SRR2074832 4 0.4304 0.00986 0.000 0.484 0.00 0.516 0.000
#> SRR2074831 5 0.4302 0.76950 0.480 0.000 0.00 0.000 0.520
#> SRR2074829 5 0.4210 0.84210 0.412 0.000 0.00 0.000 0.588
#> SRR2074830 5 0.4138 0.84884 0.384 0.000 0.00 0.000 0.616
#> SRR2074828 1 0.2690 0.50928 0.844 0.000 0.00 0.000 0.156
#> SRR2074827 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074826 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074823 5 0.4306 0.74901 0.492 0.000 0.00 0.000 0.508
#> SRR2074822 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.3752 0.57580 0.000 0.708 0.00 0.292 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.2773 0.74985 0.000 0.164 0.00 0.836 0.000
#> SRR2074817 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0162 0.61496 0.996 0.000 0.00 0.000 0.004
#> SRR2074815 4 0.0510 0.89428 0.000 0.016 0.00 0.984 0.000
#> SRR2074814 5 0.4302 0.77179 0.480 0.000 0.00 0.000 0.520
#> SRR2074812 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.0609 0.89176 0.000 0.020 0.00 0.980 0.000
#> SRR2074807 4 0.2127 0.81279 0.000 0.108 0.00 0.892 0.000
#> SRR2074806 1 0.1851 0.60227 0.912 0.000 0.00 0.000 0.088
#> SRR2074805 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.3684 0.35606 0.720 0.000 0.00 0.000 0.280
#> SRR2074803 1 0.4291 -0.66878 0.536 0.000 0.00 0.000 0.464
#> SRR2074801 1 0.2813 0.55201 0.832 0.000 0.00 0.000 0.168
#> SRR2074802 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074800 5 0.4302 0.76950 0.480 0.000 0.00 0.000 0.520
#> SRR2074798 1 0.0510 0.61489 0.984 0.000 0.00 0.000 0.016
#> SRR2074797 1 0.4307 -0.74082 0.504 0.000 0.00 0.000 0.496
#> SRR2074795 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.0703 0.88924 0.000 0.024 0.00 0.976 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.4302 0.09534 0.000 0.520 0.00 0.480 0.000
#> SRR2074792 1 0.0404 0.61737 0.988 0.000 0.00 0.000 0.012
#> SRR2074791 5 0.4307 0.74697 0.496 0.000 0.00 0.000 0.504
#> SRR2074790 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074789 5 0.4114 0.81098 0.376 0.000 0.00 0.000 0.624
#> SRR2074788 5 0.4074 0.85232 0.364 0.000 0.00 0.000 0.636
#> SRR2074787 5 0.4126 0.84801 0.380 0.000 0.00 0.000 0.620
#> SRR2074786 4 0.0794 0.88618 0.000 0.028 0.00 0.972 0.000
#> SRR2074785 1 0.3395 0.36805 0.764 0.000 0.00 0.000 0.236
#> SRR2074784 1 0.1270 0.61322 0.948 0.000 0.00 0.000 0.052
#> SRR2074783 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074782 5 0.4171 0.77613 0.396 0.000 0.00 0.000 0.604
#> SRR2074779 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074780 5 0.4045 0.83089 0.356 0.000 0.00 0.000 0.644
#> SRR2074778 4 0.3366 0.66654 0.000 0.232 0.00 0.768 0.000
#> SRR2074777 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.2471 0.56867 0.864 0.000 0.00 0.000 0.136
#> SRR2074774 5 0.4138 0.85518 0.384 0.000 0.00 0.000 0.616
#> SRR2074773 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074771 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.1410 0.62290 0.940 0.000 0.00 0.000 0.060
#> SRR2074770 1 0.4182 0.05293 0.600 0.000 0.00 0.000 0.400
#> SRR2074769 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074767 5 0.4060 0.84038 0.360 0.000 0.00 0.000 0.640
#> SRR2074765 5 0.3999 0.83742 0.344 0.000 0.00 0.000 0.656
#> SRR2074764 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074761 5 0.4304 0.76545 0.484 0.000 0.00 0.000 0.516
#> SRR2074762 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.4302 0.09498 0.000 0.520 0.00 0.480 0.000
#> SRR2074759 1 0.1410 0.61986 0.940 0.000 0.00 0.000 0.060
#> SRR2074757 2 0.3966 0.49287 0.000 0.664 0.00 0.336 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0290 0.61490 0.992 0.000 0.00 0.000 0.008
#> SRR2074754 1 0.0000 0.61396 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074753 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074752 5 0.4201 0.74598 0.408 0.000 0.00 0.000 0.592
#> SRR2074751 1 0.0794 0.61811 0.972 0.000 0.00 0.000 0.028
#> SRR2074749 2 0.3949 0.49826 0.000 0.668 0.00 0.332 0.000
#> SRR2074750 1 0.4307 -0.74652 0.500 0.000 0.00 0.000 0.500
#> SRR2074748 1 0.0000 0.61396 1.000 0.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074747 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074745 5 0.4150 0.85434 0.388 0.000 0.00 0.000 0.612
#> SRR2074746 1 0.4201 -0.17667 0.592 0.000 0.00 0.000 0.408
#> SRR2074744 4 0.1043 0.87688 0.000 0.040 0.00 0.960 0.000
#> SRR2074743 4 0.3661 0.59017 0.000 0.276 0.00 0.724 0.000
#> SRR2074742 4 0.4029 0.48047 0.000 0.316 0.00 0.680 0.004
#> SRR2074741 1 0.1544 0.60891 0.932 0.000 0.00 0.000 0.068
#> SRR2074740 4 0.0000 0.90300 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.4268 -0.59332 0.556 0.000 0.00 0.000 0.444
#> SRR2074738 2 0.4219 0.29830 0.000 0.584 0.00 0.416 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.4302 0.09295 0.000 0.520 0.00 0.480 0.000
#> SRR2074735 1 0.0290 0.61682 0.992 0.000 0.00 0.000 0.008
#> SRR2074734 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0963 0.61952 0.964 0.000 0.00 0.000 0.036
#> SRR2074732 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.90136 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000
#> SRR2074730 5 0.4287 0.79193 0.460 0.000 0.00 0.000 0.540
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0000 0.9910 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.9910 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.9910 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0547 0.9547 0.020 0.000 0.98 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 5 0.0632 0.0000 0.000 0.000 0.00 0.024 0.976 0.000
#> SRR2074916 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 4 0.0146 0.9133 0.000 0.000 0.00 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074914 6 0.2823 0.6615 0.204 0.000 0.00 0.000 0.000 0.796
#> SRR2074913 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.0000 0.9910 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.5705 -0.0204 0.164 0.456 0.00 0.380 0.000 0.000
#> SRR2074910 4 0.0260 0.9131 0.000 0.000 0.00 0.992 0.008 0.000
#> SRR2074909 6 0.3528 0.3196 0.296 0.000 0.00 0.000 0.004 0.700
#> SRR2074907 6 0.1753 0.7452 0.084 0.000 0.00 0.000 0.004 0.912
#> SRR2074908 4 0.0363 0.9125 0.000 0.000 0.00 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.3807 0.7997 0.628 0.000 0.00 0.000 0.004 0.368
#> SRR2074904 4 0.0146 0.9134 0.000 0.000 0.00 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074903 2 0.4066 0.3440 0.000 0.596 0.00 0.392 0.012 0.000
#> SRR2074902 1 0.4123 0.7859 0.568 0.000 0.00 0.000 0.012 0.420
#> SRR2074901 4 0.1471 0.8617 0.000 0.064 0.00 0.932 0.004 0.000
#> SRR2074900 1 0.4047 0.8235 0.604 0.000 0.00 0.000 0.012 0.384
#> SRR2074899 2 0.3595 0.5556 0.000 0.704 0.00 0.288 0.008 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0363 0.9125 0.000 0.000 0.00 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074895 1 0.3706 0.7453 0.620 0.000 0.00 0.000 0.000 0.380
#> SRR2074894 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074893 4 0.4051 0.1878 0.000 0.432 0.00 0.560 0.008 0.000
#> SRR2074892 6 0.3271 0.4869 0.232 0.000 0.00 0.000 0.008 0.760
#> SRR2074891 6 0.2048 0.7543 0.120 0.000 0.00 0.000 0.000 0.880
#> SRR2074890 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 4 0.3847 0.1056 0.000 0.456 0.00 0.544 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.3565 0.8256 0.692 0.000 0.00 0.000 0.004 0.304
#> SRR2074884 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.3833 0.6118 0.556 0.000 0.00 0.000 0.000 0.444
#> SRR2074880 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.0260 0.9131 0.000 0.000 0.00 0.992 0.008 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.9910 0.000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.3446 0.8540 0.692 0.000 0.00 0.000 0.000 0.308
#> SRR2074877 2 0.3046 0.6720 0.000 0.800 0.00 0.188 0.012 0.000
#> SRR2074876 1 0.4045 0.7869 0.564 0.000 0.00 0.000 0.008 0.428
#> SRR2074875 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.3547 0.8534 0.696 0.000 0.00 0.000 0.004 0.300
#> SRR2074873 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.3126 0.8363 0.752 0.000 0.00 0.000 0.000 0.248
#> SRR2074871 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 6 0.3245 0.5298 0.228 0.000 0.00 0.000 0.008 0.764
#> SRR2074869 6 0.3151 0.6071 0.252 0.000 0.00 0.000 0.000 0.748
#> SRR2074868 1 0.3076 0.8368 0.760 0.000 0.00 0.000 0.000 0.240
#> SRR2074867 4 0.0363 0.9125 0.000 0.000 0.00 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074866 4 0.0363 0.9063 0.000 0.012 0.00 0.988 0.000 0.000
#> SRR2074865 6 0.1663 0.7585 0.088 0.000 0.00 0.000 0.000 0.912
#> SRR2074864 6 0.2416 0.7176 0.156 0.000 0.00 0.000 0.000 0.844
#> SRR2074863 6 0.3126 0.6342 0.248 0.000 0.00 0.000 0.000 0.752
#> SRR2074862 1 0.3515 0.8533 0.676 0.000 0.00 0.000 0.000 0.324
#> SRR2074861 1 0.3244 0.8526 0.732 0.000 0.00 0.000 0.000 0.268
#> SRR2074860 1 0.3866 0.3064 0.516 0.000 0.00 0.000 0.000 0.484
#> SRR2074859 1 0.3240 0.8359 0.752 0.000 0.00 0.000 0.004 0.244
#> SRR2074858 4 0.0363 0.9125 0.000 0.000 0.00 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.3468 0.8521 0.728 0.000 0.00 0.000 0.008 0.264
#> SRR2074856 1 0.3221 0.8467 0.736 0.000 0.00 0.000 0.000 0.264
#> SRR2074854 1 0.3314 0.8468 0.740 0.000 0.00 0.000 0.004 0.256
#> SRR2074853 1 0.3991 0.5754 0.524 0.000 0.00 0.000 0.004 0.472
#> SRR2074852 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.3290 0.8393 0.744 0.000 0.00 0.000 0.004 0.252
#> SRR2074850 6 0.4076 -0.5193 0.452 0.000 0.00 0.000 0.008 0.540
#> SRR2074849 1 0.3862 0.8249 0.608 0.000 0.00 0.000 0.004 0.388
#> SRR2074848 1 0.3923 0.8325 0.620 0.000 0.00 0.000 0.008 0.372
#> SRR2074847 1 0.3426 0.8234 0.720 0.000 0.00 0.000 0.004 0.276
#> SRR2074846 1 0.3499 0.8516 0.680 0.000 0.00 0.000 0.000 0.320
#> SRR2074845 1 0.3314 0.8457 0.740 0.000 0.00 0.000 0.004 0.256
#> SRR2074843 1 0.4066 0.8148 0.596 0.000 0.00 0.000 0.012 0.392
#> SRR2074842 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 4 0.1141 0.8745 0.000 0.052 0.00 0.948 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.3979 0.8337 0.628 0.000 0.00 0.000 0.012 0.360
#> SRR2074838 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0146 0.9133 0.000 0.000 0.00 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 6 0.3847 -0.3969 0.456 0.000 0.00 0.000 0.000 0.544
#> SRR2074834 4 0.0260 0.9132 0.000 0.000 0.00 0.992 0.008 0.000
#> SRR2074833 1 0.4083 0.7143 0.532 0.000 0.00 0.000 0.008 0.460
#> SRR2074832 4 0.4177 0.0537 0.000 0.468 0.00 0.520 0.012 0.000
#> SRR2074831 1 0.4015 0.8270 0.616 0.000 0.00 0.000 0.012 0.372
#> SRR2074829 1 0.3464 0.8539 0.688 0.000 0.00 0.000 0.000 0.312
#> SRR2074830 1 0.3448 0.8512 0.716 0.000 0.00 0.000 0.004 0.280
#> SRR2074828 6 0.3109 0.4867 0.224 0.000 0.00 0.000 0.004 0.772
#> SRR2074827 4 0.0363 0.9125 0.000 0.000 0.00 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074826 4 0.0363 0.9125 0.000 0.000 0.00 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.4057 0.8169 0.600 0.000 0.00 0.000 0.012 0.388
#> SRR2074822 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.3748 0.5307 0.000 0.688 0.00 0.300 0.012 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.2841 0.7369 0.000 0.164 0.00 0.824 0.012 0.000
#> SRR2074817 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 6 0.0146 0.7615 0.004 0.000 0.00 0.000 0.000 0.996
#> SRR2074815 4 0.0458 0.9065 0.000 0.016 0.00 0.984 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.4015 0.8298 0.616 0.000 0.00 0.000 0.012 0.372
#> SRR2074812 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0260 0.9131 0.000 0.000 0.00 0.992 0.008 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.0909 0.9015 0.000 0.020 0.00 0.968 0.012 0.000
#> SRR2074807 4 0.1910 0.8125 0.000 0.108 0.00 0.892 0.000 0.000
#> SRR2074806 6 0.1610 0.7503 0.084 0.000 0.00 0.000 0.000 0.916
#> SRR2074805 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 6 0.3607 0.2381 0.348 0.000 0.00 0.000 0.000 0.652
#> SRR2074803 1 0.4051 0.7770 0.560 0.000 0.00 0.000 0.008 0.432
#> SRR2074801 6 0.2738 0.6839 0.176 0.000 0.00 0.000 0.004 0.820
#> SRR2074802 4 0.0363 0.9125 0.000 0.000 0.00 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.4015 0.8270 0.616 0.000 0.00 0.000 0.012 0.372
#> SRR2074798 6 0.0458 0.7613 0.016 0.000 0.00 0.000 0.000 0.984
#> SRR2074797 1 0.4084 0.8099 0.588 0.000 0.00 0.000 0.012 0.400
#> SRR2074795 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.0632 0.9009 0.000 0.024 0.00 0.976 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.4184 0.0548 0.000 0.504 0.00 0.484 0.012 0.000
#> SRR2074792 6 0.0363 0.7641 0.012 0.000 0.00 0.000 0.000 0.988
#> SRR2074791 1 0.3881 0.8185 0.600 0.000 0.00 0.000 0.004 0.396
#> SRR2074790 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.3266 0.8265 0.728 0.000 0.00 0.000 0.000 0.272
#> SRR2074788 1 0.3198 0.8492 0.740 0.000 0.00 0.000 0.000 0.260
#> SRR2074787 1 0.3330 0.8500 0.716 0.000 0.00 0.000 0.000 0.284
#> SRR2074786 4 0.0713 0.8975 0.000 0.028 0.00 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074785 6 0.3515 0.1666 0.324 0.000 0.00 0.000 0.000 0.676
#> SRR2074784 6 0.1141 0.7599 0.052 0.000 0.00 0.000 0.000 0.948
#> SRR2074783 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.3409 0.7998 0.700 0.000 0.00 0.000 0.000 0.300
#> SRR2074779 4 0.0146 0.9134 0.000 0.000 0.00 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.3265 0.8349 0.748 0.000 0.00 0.000 0.004 0.248
#> SRR2074778 4 0.3163 0.6431 0.000 0.232 0.00 0.764 0.004 0.000
#> SRR2074777 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 6 0.2178 0.7167 0.132 0.000 0.00 0.000 0.000 0.868
#> SRR2074774 1 0.3330 0.8542 0.716 0.000 0.00 0.000 0.000 0.284
#> SRR2074773 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 4 0.0363 0.9125 0.000 0.000 0.00 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074772 6 0.1556 0.7634 0.080 0.000 0.00 0.000 0.000 0.920
#> SRR2074770 6 0.3860 -0.1699 0.472 0.000 0.00 0.000 0.000 0.528
#> SRR2074769 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.3314 0.8427 0.740 0.000 0.00 0.000 0.004 0.256
#> SRR2074765 1 0.3076 0.8368 0.760 0.000 0.00 0.000 0.000 0.240
#> SRR2074764 4 0.0260 0.9131 0.000 0.000 0.00 0.992 0.008 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.4037 0.8251 0.608 0.000 0.00 0.000 0.012 0.380
#> SRR2074762 4 0.0146 0.9134 0.000 0.000 0.00 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074760 2 0.4177 0.1147 0.000 0.520 0.00 0.468 0.012 0.000
#> SRR2074759 6 0.1584 0.7671 0.064 0.000 0.00 0.000 0.008 0.928
#> SRR2074757 2 0.3531 0.5110 0.000 0.672 0.00 0.328 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 6 0.0363 0.7615 0.012 0.000 0.00 0.000 0.000 0.988
#> SRR2074754 6 0.0146 0.7612 0.004 0.000 0.00 0.000 0.000 0.996
#> SRR2074753 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.3584 0.7912 0.688 0.000 0.00 0.000 0.004 0.308
#> SRR2074751 6 0.0713 0.7649 0.028 0.000 0.00 0.000 0.000 0.972
#> SRR2074749 2 0.3954 0.4391 0.000 0.636 0.00 0.352 0.012 0.000
#> SRR2074750 1 0.4076 0.8115 0.592 0.000 0.00 0.000 0.012 0.396
#> SRR2074748 6 0.0146 0.7612 0.004 0.000 0.00 0.000 0.000 0.996
#> SRR2074747 4 0.0000 0.9132 0.000 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.3468 0.8558 0.712 0.000 0.00 0.000 0.004 0.284
#> SRR2074746 1 0.3868 0.4533 0.504 0.000 0.00 0.000 0.000 0.496
#> SRR2074744 4 0.1082 0.8862 0.000 0.040 0.00 0.956 0.004 0.000
#> SRR2074743 4 0.3629 0.5737 0.000 0.276 0.00 0.712 0.012 0.000
#> SRR2074742 4 0.4783 0.2839 0.076 0.308 0.00 0.616 0.000 0.000
#> SRR2074741 6 0.1327 0.7562 0.064 0.000 0.00 0.000 0.000 0.936
#> SRR2074740 4 0.0363 0.9125 0.000 0.000 0.00 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074739 1 0.4076 0.7333 0.540 0.000 0.00 0.000 0.008 0.452
#> SRR2074738 2 0.4141 0.2299 0.000 0.556 0.00 0.432 0.012 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.4179 0.0997 0.000 0.516 0.00 0.472 0.012 0.000
#> SRR2074735 6 0.0260 0.7635 0.008 0.000 0.00 0.000 0.000 0.992
#> SRR2074734 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 6 0.1152 0.7656 0.044 0.000 0.00 0.000 0.004 0.952
#> SRR2074732 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.8828 0.000 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.3954 0.8370 0.636 0.000 0.00 0.000 0.012 0.352
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.988 0.994 0.4934 0.507 0.507
#> 3 3 0.881 0.918 0.939 0.2897 0.855 0.713
#> 4 4 1.000 0.966 0.983 0.0911 0.933 0.816
#> 5 5 0.883 0.890 0.921 0.0908 0.924 0.752
#> 6 6 0.781 0.753 0.845 0.0387 0.968 0.863
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 2 0.343 0.934 0.064 0.936
#> SRR2074919 2 0.358 0.930 0.068 0.932
#> SRR2074920 2 0.358 0.930 0.068 0.932
#> SRR2074917 2 0.358 0.930 0.068 0.932
#> SRR2074918 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074912 2 0.358 0.930 0.068 0.932
#> SRR2074911 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074893 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074879 2 0.358 0.930 0.068 0.932
#> SRR2074878 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.671 0.788 0.824 0.176
#> SRR2074859 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.855 0.614 0.720 0.280
#> SRR2074845 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.689 0.776 0.816 0.184
#> SRR2074774 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.343 0.934 0.064 0.936
#> SRR2074744 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.000 0.992 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 2 0.6180 0.545 0.000 0.584 0.416
#> SRR2074919 2 0.7080 0.521 0.024 0.564 0.412
#> SRR2074920 2 0.7192 0.515 0.028 0.560 0.412
#> SRR2074917 2 0.8690 0.523 0.132 0.560 0.308
#> SRR2074918 2 0.6180 0.545 0.000 0.584 0.416
#> SRR2074916 2 0.5760 0.577 0.000 0.672 0.328
#> SRR2074915 2 0.5098 0.725 0.000 0.752 0.248
#> SRR2074914 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.4842 0.752 0.000 0.776 0.224
#> SRR2074912 2 0.8434 0.535 0.104 0.560 0.336
#> SRR2074911 2 0.6180 0.545 0.000 0.584 0.416
#> SRR2074910 2 0.5327 0.723 0.000 0.728 0.272
#> SRR2074909 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0237 0.896 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074906 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074905 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074897 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074896 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.4931 0.747 0.000 0.768 0.232
#> SRR2074893 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074886 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074885 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074883 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074882 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074881 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 2 0.8434 0.535 0.104 0.560 0.336
#> SRR2074878 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.4605 0.747 0.000 0.796 0.204
#> SRR2074876 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074874 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074872 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.1411 0.879 0.000 0.964 0.036
#> SRR2074865 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.7515 0.570 0.680 0.220 0.100
#> SRR2074859 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074857 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074851 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.8261 0.286 0.568 0.340 0.092
#> SRR2074845 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074840 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074839 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074836 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074837 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.1643 0.875 0.000 0.956 0.044
#> SRR2074831 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074824 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074823 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074821 2 0.4291 0.772 0.000 0.820 0.180
#> SRR2074820 3 0.3116 0.984 0.000 0.108 0.892
#> SRR2074819 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 3 0.2959 0.995 0.000 0.100 0.900
#> SRR2074816 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074813 2 0.6111 0.408 0.000 0.604 0.396
#> SRR2074809 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074810 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074808 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074804 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074800 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074796 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074793 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074789 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074782 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074775 1 0.6302 0.665 0.744 0.208 0.048
#> SRR2074774 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074768 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074766 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074761 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074756 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.5138 0.731 0.000 0.748 0.252
#> SRR2074752 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.4235 0.776 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074750 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.5397 0.713 0.000 0.720 0.280
#> SRR2074744 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.1163 0.884 0.000 0.972 0.028
#> SRR2074742 2 0.6180 0.545 0.000 0.584 0.416
#> SRR2074741 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.3619 0.809 0.000 0.864 0.136
#> SRR2074736 2 0.0000 0.898 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.4399 0.764 0.000 0.812 0.188
#> SRR2074733 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 3 0.2959 0.995 0.000 0.100 0.900
#> SRR2074731 3 0.2878 0.999 0.000 0.096 0.904
#> SRR2074730 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0524 0.895 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2074919 3 0.0336 0.896 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2074920 3 0.0336 0.896 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2074917 3 0.0336 0.896 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2074918 3 0.0524 0.895 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2074916 3 0.5386 0.675 0.000 0.236 0.708 0.056
#> SRR2074915 3 0.4866 0.378 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR2074914 1 0.0524 0.992 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074913 2 0.4898 0.190 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR2074912 3 0.0336 0.896 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2074911 3 0.0524 0.895 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2074910 3 0.1118 0.882 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2074909 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074907 1 0.0188 0.994 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074908 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074905 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074897 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074896 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0188 0.994 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074894 3 0.0592 0.894 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074890 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074886 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074885 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074883 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074882 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074881 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0336 0.896 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074874 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074872 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0188 0.994 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074869 1 0.0188 0.994 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074868 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074864 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074863 1 0.0188 0.994 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074862 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 3 0.2546 0.814 0.092 0.008 0.900 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074857 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074851 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 3 0.0524 0.885 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR2074845 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074840 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074839 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074836 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074837 1 0.0524 0.992 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074834 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0524 0.991 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074832 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074827 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074824 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074823 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074821 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074819 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 4 0.0469 0.981 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2074816 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074815 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074813 4 0.7445 0.163 0.000 0.224 0.268 0.508
#> SRR2074809 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074810 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074808 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074805 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074804 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074803 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0524 0.992 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074802 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074800 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0188 0.994 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074797 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074796 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074793 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074791 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074789 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074784 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074783 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074782 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074775 3 0.4876 0.509 0.320 0.004 0.672 0.004
#> SRR2074774 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074770 1 0.0524 0.992 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074769 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074768 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074766 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074761 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0188 0.994 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074757 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074756 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074754 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074753 3 0.4500 0.571 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074749 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074747 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 3 0.0469 0.895 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 3 0.0524 0.895 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR2074741 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074740 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074734 2 0.0000 0.992 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0672 0.990 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074732 4 0.0469 0.981 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR2074731 4 0.0336 0.986 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2074730 1 0.0000 0.996 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0162 0.8712 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074919 3 0.0162 0.8712 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074920 3 0.0162 0.8712 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074917 3 0.0162 0.8712 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074918 3 0.0000 0.8710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074916 3 0.4489 0.7737 0.000 0.036 0.792 0.068 0.104
#> SRR2074915 3 0.4674 0.6689 0.000 0.000 0.708 0.232 0.060
#> SRR2074914 1 0.3796 0.3242 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR2074913 3 0.5381 0.2457 0.000 0.000 0.516 0.428 0.056
#> SRR2074912 3 0.0162 0.8712 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074911 3 0.0000 0.8710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074910 3 0.1106 0.8600 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR2074909 5 0.3424 0.8546 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2074907 1 0.4060 0.0571 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR2074908 4 0.0703 0.9707 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074906 2 0.0404 0.9756 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074905 1 0.0880 0.9078 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074904 4 0.0000 0.9779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074902 1 0.1544 0.8882 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074901 4 0.0000 0.9779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0794 0.9162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074899 4 0.1792 0.9367 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR2074898 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074895 1 0.1851 0.8604 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074894 3 0.0609 0.8645 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2074893 4 0.1043 0.9633 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR2074892 1 0.2773 0.7413 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2074891 5 0.3452 0.8605 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR2074890 4 0.0290 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074887 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074889 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 4 0.1851 0.9337 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR2074888 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0290 0.9138 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074884 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0880 0.9073 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074880 2 0.0162 0.9797 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074881 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074879 3 0.0162 0.8712 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074878 1 0.0963 0.9093 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074877 4 0.2020 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074876 1 0.0963 0.9064 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074875 2 0.0404 0.9756 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074874 1 0.0000 0.9147 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.1608 0.9042 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2074871 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074870 1 0.2471 0.8001 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2074869 1 0.2179 0.8286 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2074868 1 0.1608 0.9043 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2074867 4 0.0000 0.9779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 4 0.1732 0.9394 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR2074865 5 0.3796 0.8611 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR2074864 5 0.4101 0.8133 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR2074863 1 0.1043 0.9052 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074862 1 0.0880 0.9078 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074861 1 0.1341 0.8957 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074860 3 0.3215 0.7412 0.092 0.000 0.852 0.000 0.056
#> SRR2074859 1 0.1197 0.9126 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074858 4 0.0162 0.9775 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074855 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.9147 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0404 0.9145 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074854 1 0.1043 0.9035 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074853 1 0.1043 0.9116 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074852 2 0.0162 0.9797 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074851 1 0.0963 0.9054 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074850 1 0.1410 0.8866 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074849 1 0.1270 0.8976 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074848 1 0.1043 0.9059 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074847 1 0.1270 0.9124 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074846 3 0.4560 0.2854 0.008 0.000 0.508 0.000 0.484
#> SRR2074845 1 0.1197 0.9094 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074843 1 0.1851 0.8633 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074842 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074844 4 0.0000 0.9779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.1851 0.8633 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074838 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074835 2 0.0162 0.9797 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074837 5 0.4161 0.7855 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR2074834 4 0.0451 0.9764 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR2074833 5 0.4242 0.6691 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR2074832 4 0.2020 0.9245 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074831 1 0.1270 0.8918 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074829 1 0.0404 0.9127 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074830 1 0.1410 0.8986 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074828 5 0.3424 0.8573 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2074827 4 0.0000 0.9779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 4 0.0290 0.9768 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074825 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0404 0.9756 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074823 1 0.1851 0.8633 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074822 2 0.0404 0.9756 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074821 4 0.2179 0.9213 0.000 0.000 0.004 0.896 0.100
#> SRR2074820 2 0.0324 0.9770 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074819 4 0.0290 0.9766 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074817 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074818 2 0.0566 0.9713 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074816 5 0.4235 0.7315 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR2074815 4 0.1121 0.9615 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2074814 1 0.0290 0.9146 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074812 2 0.0404 0.9756 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074813 2 0.7132 -0.1172 0.000 0.428 0.400 0.068 0.104
#> SRR2074809 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074811 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.0000 0.9779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074806 5 0.3366 0.8523 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR2074805 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 5 0.3636 0.8640 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR2074803 1 0.0880 0.9129 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074801 5 0.4235 0.7210 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR2074802 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074799 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.1851 0.8633 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074798 1 0.1671 0.8838 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074797 1 0.1851 0.8633 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074795 2 0.0162 0.9797 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074796 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074794 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 4 0.1851 0.9337 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR2074792 5 0.3424 0.8587 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR2074791 1 0.1043 0.9013 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074790 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.1732 0.8984 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2074788 1 0.0963 0.9090 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074787 1 0.0963 0.9097 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074786 4 0.0290 0.9766 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074785 5 0.3336 0.8491 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR2074784 5 0.4150 0.7864 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR2074783 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0794 0.9119 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074779 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074781 4 0.0290 0.9768 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074780 1 0.0290 0.9139 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074778 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074777 4 0.0000 0.9779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 5 0.6127 0.0433 0.128 0.000 0.416 0.000 0.456
#> SRR2074774 1 0.0404 0.9150 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074773 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074771 4 0.0404 0.9755 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074772 5 0.4045 0.8241 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2074770 1 0.4015 0.2239 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR2074769 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0162 0.9797 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074766 4 0.0290 0.9768 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074767 1 0.1732 0.8735 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2074765 1 0.0880 0.9135 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074764 4 0.0000 0.9779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0609 0.9120 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074762 4 0.0000 0.9779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 4 0.1544 0.9476 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR2074759 1 0.2424 0.7939 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074757 4 0.0000 0.9779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074755 5 0.3661 0.8623 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2074754 5 0.3480 0.8616 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR2074753 3 0.4352 0.6706 0.000 0.000 0.720 0.244 0.036
#> SRR2074752 1 0.0609 0.9160 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074751 5 0.3949 0.8517 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR2074749 4 0.2179 0.9213 0.000 0.000 0.004 0.896 0.100
#> SRR2074750 1 0.0880 0.9099 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074748 5 0.4182 0.7807 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR2074747 4 0.0000 0.9779 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.9147 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 3 0.0162 0.8706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074744 4 0.0510 0.9742 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074743 4 0.1608 0.9446 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR2074742 3 0.0000 0.8710 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074741 5 0.3895 0.8406 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR2074740 4 0.0162 0.9776 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074739 1 0.0703 0.9152 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074738 4 0.0162 0.9775 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074737 4 0.1357 0.9572 0.000 0.000 0.004 0.948 0.048
#> SRR2074736 4 0.0404 0.9754 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074735 5 0.3395 0.8556 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR2074734 4 0.2179 0.9213 0.000 0.000 0.004 0.896 0.100
#> SRR2074733 5 0.3932 0.8453 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2074732 2 0.1549 0.9326 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040
#> SRR2074731 2 0.0000 0.9810 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.1043 0.9035 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0363 0.8465 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074919 3 0.0000 0.8457 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.8457 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 0.8457 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.2996 0.8315 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR2074916 6 0.3756 -0.3088 0.000 0.004 0.352 0.000 0.000 0.644
#> SRR2074915 6 0.5112 -0.2137 0.000 0.000 0.400 0.084 0.000 0.516
#> SRR2074914 1 0.3390 0.3757 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR2074913 6 0.5449 -0.0570 0.000 0.000 0.368 0.128 0.000 0.504
#> SRR2074912 3 0.0000 0.8457 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 3 0.3101 0.8263 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR2074910 3 0.3969 0.7336 0.000 0.000 0.668 0.020 0.000 0.312
#> SRR2074909 5 0.2597 0.7742 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR2074907 1 0.3810 -0.2066 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR2074908 4 0.2969 0.7292 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2074906 2 0.1204 0.9637 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074905 1 0.0937 0.8577 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2074904 4 0.0865 0.8359 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074903 4 0.0458 0.8261 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074902 1 0.1327 0.8509 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2074901 4 0.0937 0.8322 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074900 1 0.0790 0.8589 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074899 6 0.3868 0.0719 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR2074898 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0146 0.9852 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074896 4 0.0937 0.8343 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074895 1 0.1663 0.8249 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2074894 3 0.3383 0.8004 0.000 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268
#> SRR2074893 4 0.3782 0.2507 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR2074892 1 0.2912 0.6438 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR2074891 5 0.2730 0.7959 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR2074890 4 0.1501 0.8191 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2074887 4 0.0865 0.8375 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074889 2 0.0790 0.9759 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074886 6 0.3833 0.2295 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR2074888 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0291 0.8654 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074884 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.1141 0.8562 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2074880 2 0.0363 0.9837 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074881 4 0.0146 0.8208 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074879 3 0.0000 0.8457 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.1444 0.8653 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR2074877 6 0.3868 0.2229 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR2074876 1 0.1812 0.8598 0.912 0.000 0.000 0.000 0.080 0.008
#> SRR2074875 2 0.1204 0.9637 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074874 1 0.0260 0.8645 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.1714 0.8433 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR2074871 4 0.2092 0.8238 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2074870 1 0.2597 0.7056 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR2074869 1 0.2416 0.7471 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR2074868 1 0.1663 0.8421 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR2074867 4 0.0937 0.8330 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074866 4 0.3578 0.3816 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR2074865 5 0.3221 0.8082 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR2074864 5 0.3695 0.7333 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR2074863 1 0.1349 0.8608 0.940 0.000 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR2074862 1 0.0937 0.8602 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR2074861 1 0.1204 0.8542 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2074860 3 0.5381 0.5335 0.224 0.000 0.648 0.000 0.080 0.048
#> SRR2074859 1 0.1501 0.8580 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR2074858 4 0.1387 0.8303 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR2074855 2 0.0632 0.9798 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074857 1 0.0622 0.8662 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2074856 1 0.1075 0.8583 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2074854 1 0.2145 0.8389 0.900 0.000 0.000 0.000 0.072 0.028
#> SRR2074853 1 0.1327 0.8639 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2074852 2 0.0363 0.9837 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074851 1 0.1686 0.8473 0.924 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR2074850 1 0.3261 0.7731 0.824 0.000 0.000 0.000 0.104 0.072
#> SRR2074849 1 0.1141 0.8550 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR2074848 1 0.0865 0.8607 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR2074847 1 0.2020 0.8517 0.896 0.000 0.000 0.000 0.096 0.008
#> SRR2074846 5 0.6394 -0.1787 0.144 0.000 0.372 0.000 0.440 0.044
#> SRR2074845 1 0.2053 0.8552 0.888 0.000 0.000 0.000 0.108 0.004
#> SRR2074843 1 0.4416 0.6656 0.716 0.000 0.000 0.000 0.160 0.124
#> SRR2074842 4 0.0547 0.8303 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074844 4 0.0632 0.8253 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074841 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.4416 0.6656 0.716 0.000 0.000 0.000 0.160 0.124
#> SRR2074838 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0000 0.8209 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0260 0.9845 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074837 5 0.3737 0.7025 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR2074834 4 0.2431 0.7708 0.000 0.000 0.008 0.860 0.000 0.132
#> SRR2074833 5 0.3789 0.4988 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR2074832 6 0.3634 0.4103 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR2074831 1 0.3103 0.7844 0.836 0.000 0.000 0.000 0.064 0.100
#> SRR2074829 1 0.0622 0.8650 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2074830 1 0.1411 0.8568 0.936 0.000 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR2074828 5 0.2883 0.8050 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR2074827 4 0.1957 0.8287 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2074826 4 0.3081 0.7422 0.000 0.000 0.004 0.776 0.000 0.220
#> SRR2074825 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.1204 0.9637 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074823 1 0.4382 0.6711 0.720 0.000 0.000 0.000 0.156 0.124
#> SRR2074822 2 0.1204 0.9637 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074821 6 0.3531 0.4457 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR2074820 2 0.0713 0.9783 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074819 4 0.2969 0.7411 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2074817 4 0.1501 0.8275 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2074818 2 0.1141 0.9641 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074816 5 0.3804 0.6549 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR2074815 4 0.3390 0.6187 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR2074814 1 0.0000 0.8646 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.1204 0.9637 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074813 6 0.5316 -0.1249 0.000 0.240 0.168 0.000 0.000 0.592
#> SRR2074809 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.1444 0.8276 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2074811 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.2219 0.8225 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR2074807 4 0.1327 0.8319 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2074806 5 0.2697 0.7874 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR2074805 2 0.0547 0.9815 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074804 5 0.2996 0.8112 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR2074803 1 0.1625 0.8514 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR2074801 5 0.3747 0.6939 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR2074802 4 0.1765 0.8283 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2074799 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.4382 0.6711 0.720 0.000 0.000 0.000 0.156 0.124
#> SRR2074798 1 0.3481 0.7521 0.792 0.000 0.000 0.000 0.160 0.048
#> SRR2074797 1 0.4416 0.6656 0.716 0.000 0.000 0.000 0.160 0.124
#> SRR2074795 2 0.0713 0.9784 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074796 4 0.0260 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074794 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 6 0.3847 0.1933 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR2074792 5 0.2996 0.8100 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR2074791 1 0.2258 0.8345 0.896 0.000 0.000 0.000 0.060 0.044
#> SRR2074790 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.1863 0.8418 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR2074788 1 0.1610 0.8575 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR2074787 1 0.0790 0.8649 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074786 4 0.2969 0.7479 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2074785 5 0.2664 0.7828 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR2074784 5 0.3872 0.6792 0.392 0.000 0.000 0.000 0.604 0.004
#> SRR2074783 2 0.0146 0.9852 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074782 1 0.0713 0.8683 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074779 4 0.0790 0.8357 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2074781 4 0.2527 0.7516 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR2074780 1 0.0725 0.8656 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2074778 4 0.0260 0.8230 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074777 4 0.1204 0.8380 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074776 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 5 0.6517 -0.1373 0.144 0.000 0.352 0.000 0.448 0.056
#> SRR2074774 1 0.0632 0.8615 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074773 4 0.2048 0.8257 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2074771 4 0.1765 0.8339 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR2074772 5 0.3428 0.7939 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR2074770 1 0.3620 0.4017 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0458 0.9827 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074766 4 0.2664 0.7661 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR2074767 1 0.3493 0.7442 0.796 0.000 0.000 0.000 0.148 0.056
#> SRR2074765 1 0.1701 0.8611 0.920 0.000 0.000 0.000 0.072 0.008
#> SRR2074764 4 0.1863 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR2074763 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0993 0.8650 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR2074762 4 0.1663 0.8322 0.000 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR2074760 6 0.3862 0.0964 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR2074759 1 0.2300 0.7578 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR2074757 4 0.1075 0.8366 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2074758 2 0.0000 0.9857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.1556 0.8294 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR2074755 5 0.3288 0.8080 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR2074754 5 0.2969 0.8125 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR2074753 6 0.5737 -0.2031 0.000 0.000 0.392 0.168 0.000 0.440
#> SRR2074752 1 0.0632 0.8676 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074751 5 0.3563 0.7805 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000
#> SRR2074749 6 0.3221 0.4767 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR2074750 1 0.1500 0.8563 0.936 0.000 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR2074748 5 0.3756 0.7062 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR2074747 4 0.0865 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074745 1 0.0000 0.8646 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 3 0.3023 0.8292 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR2074744 4 0.3515 0.5799 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR2074743 4 0.3847 0.1329 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR2074742 3 0.3050 0.8292 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR2074741 5 0.3512 0.7562 0.272 0.000 0.000 0.000 0.720 0.008
#> SRR2074740 4 0.1957 0.8271 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2074739 1 0.1075 0.8532 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR2074738 4 0.2793 0.7570 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR2074737 4 0.3993 -0.0915 0.000 0.000 0.004 0.520 0.000 0.476
#> SRR2074736 4 0.3531 0.5788 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR2074735 5 0.2793 0.7940 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR2074734 6 0.3672 0.4058 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR2074733 5 0.3482 0.7829 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR2074732 2 0.1957 0.9047 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2074731 2 0.0146 0.9852 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074730 1 0.2030 0.8438 0.908 0.000 0.000 0.000 0.064 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.4989 0.502 0.502
#> 3 3 0.832 0.713 0.916 0.1169 0.984 0.968
#> 4 4 0.760 0.844 0.902 0.0402 0.973 0.946
#> 5 5 0.656 0.677 0.852 0.0563 0.977 0.952
#> 6 6 0.665 0.666 0.821 0.0367 0.953 0.896
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074919 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074920 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074917 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074918 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074916 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074915 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074914 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074913 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074912 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074911 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074910 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074909 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074907 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074908 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074906 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074905 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074904 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074903 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074902 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074901 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074900 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074899 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074898 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074897 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074896 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074895 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074894 2 0.795 0.684 0.24 0.76
#> SRR2074893 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074892 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074891 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074890 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074887 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074889 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074886 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074888 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074885 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074884 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074883 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074882 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074880 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074881 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074879 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074878 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074877 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074876 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074875 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074874 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074873 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074872 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074871 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074870 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074869 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074868 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074867 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074866 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074865 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074864 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074863 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074862 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074861 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074860 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074859 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074858 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074855 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074857 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074856 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074854 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074853 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074852 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074851 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074850 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074849 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074848 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074847 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074846 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074845 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074843 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074842 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074844 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074841 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074840 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074839 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074838 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074836 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074835 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074837 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074834 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074833 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074832 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074831 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074829 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074830 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074828 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074827 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074826 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074825 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074824 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074823 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074822 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074821 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074820 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074819 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074817 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074818 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074816 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074815 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074814 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074812 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074813 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074809 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074810 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074811 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074808 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074807 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074806 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074805 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074804 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074803 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074801 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074802 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074799 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074800 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074798 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074797 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074795 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074796 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074794 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074793 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074792 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074791 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074790 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074789 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074788 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074787 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074786 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074785 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074784 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074783 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074782 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074779 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074781 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074780 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074778 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074777 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074776 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074775 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074774 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074773 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074771 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074772 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074770 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074769 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074768 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074766 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074767 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074765 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074764 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074763 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074761 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074762 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074760 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074759 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074757 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074758 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074756 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074755 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074754 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074753 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074752 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074751 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074749 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074750 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074748 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074747 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074745 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074746 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074744 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074743 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074742 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074741 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074740 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074739 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074738 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074737 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074736 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074735 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074734 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074733 1 0.000 1.000 1.00 0.00
#> SRR2074732 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074731 2 0.000 0.998 0.00 1.00
#> SRR2074730 1 0.000 1.000 1.00 0.00
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 2 0.6299 -0.8583 0.000 0.524 0.476
#> SRR2074919 2 0.6309 -0.9396 0.000 0.500 0.500
#> SRR2074920 3 0.6302 0.0000 0.000 0.480 0.520
#> SRR2074917 1 0.1860 0.9560 0.948 0.000 0.052
#> SRR2074918 2 0.6267 -0.7687 0.000 0.548 0.452
#> SRR2074916 2 0.5431 0.1752 0.000 0.716 0.284
#> SRR2074915 2 0.6192 -0.6507 0.000 0.580 0.420
#> SRR2074914 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.6204 -0.6547 0.000 0.576 0.424
#> SRR2074912 1 0.1529 0.9652 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074911 2 0.6252 -0.7376 0.000 0.556 0.444
#> SRR2074910 2 0.6225 -0.7015 0.000 0.568 0.432
#> SRR2074909 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.3941 0.5887 0.000 0.844 0.156
#> SRR2074906 2 0.3267 0.6358 0.000 0.884 0.116
#> SRR2074905 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.4931 0.4166 0.000 0.768 0.232
#> SRR2074903 2 0.3816 0.5974 0.000 0.852 0.148
#> SRR2074902 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.3686 0.6096 0.000 0.860 0.140
#> SRR2074900 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.1753 0.6710 0.000 0.952 0.048
#> SRR2074898 2 0.2878 0.6582 0.000 0.904 0.096
#> SRR2074897 2 0.2448 0.6705 0.000 0.924 0.076
#> SRR2074896 2 0.4002 0.5839 0.000 0.840 0.160
#> SRR2074895 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.5529 0.4528 0.704 0.296 0.000
#> SRR2074893 2 0.0592 0.6818 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074892 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.5216 0.3085 0.000 0.740 0.260
#> SRR2074887 2 0.5016 0.3804 0.000 0.760 0.240
#> SRR2074889 2 0.3192 0.6411 0.000 0.888 0.112
#> SRR2074886 2 0.2537 0.6575 0.000 0.920 0.080
#> SRR2074888 2 0.2959 0.6542 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074885 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.2711 0.6639 0.000 0.912 0.088
#> SRR2074883 2 0.2165 0.6803 0.000 0.936 0.064
#> SRR2074882 1 0.0237 0.9904 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074880 2 0.0892 0.6840 0.000 0.980 0.020
#> SRR2074881 2 0.3412 0.6260 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074879 1 0.2165 0.9459 0.936 0.000 0.064
#> SRR2074878 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.4974 0.4019 0.000 0.764 0.236
#> SRR2074876 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.3116 0.6459 0.000 0.892 0.108
#> SRR2074874 1 0.0424 0.9881 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074873 2 0.2711 0.6640 0.000 0.912 0.088
#> SRR2074872 1 0.1411 0.9686 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074871 2 0.3879 0.5953 0.000 0.848 0.152
#> SRR2074870 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.1031 0.9774 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074867 2 0.4842 0.4357 0.000 0.776 0.224
#> SRR2074866 2 0.4974 0.4033 0.000 0.764 0.236
#> SRR2074865 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0237 0.9903 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074859 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.4842 0.4422 0.000 0.776 0.224
#> SRR2074855 2 0.3192 0.6411 0.000 0.888 0.112
#> SRR2074857 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.1031 0.9774 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074854 1 0.0892 0.9802 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074853 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.1753 0.6819 0.000 0.952 0.048
#> SRR2074851 1 0.0424 0.9880 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074850 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.4555 0.5001 0.000 0.800 0.200
#> SRR2074844 2 0.4346 0.5411 0.000 0.816 0.184
#> SRR2074841 2 0.2878 0.6581 0.000 0.904 0.096
#> SRR2074840 2 0.2261 0.6775 0.000 0.932 0.068
#> SRR2074839 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.2537 0.6689 0.000 0.920 0.080
#> SRR2074836 2 0.4452 0.5243 0.000 0.808 0.192
#> SRR2074835 2 0.2878 0.6581 0.000 0.904 0.096
#> SRR2074837 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.3619 0.6146 0.000 0.864 0.136
#> SRR2074833 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.2625 0.6697 0.000 0.916 0.084
#> SRR2074831 1 0.0237 0.9904 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074829 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.3941 0.5896 0.000 0.844 0.156
#> SRR2074826 2 0.5529 0.1188 0.000 0.704 0.296
#> SRR2074825 2 0.1860 0.6824 0.000 0.948 0.052
#> SRR2074824 2 0.3267 0.6358 0.000 0.884 0.116
#> SRR2074823 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.3267 0.6358 0.000 0.884 0.116
#> SRR2074821 2 0.2959 0.6543 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074820 2 0.2959 0.6542 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074819 2 0.3038 0.6414 0.000 0.896 0.104
#> SRR2074817 2 0.3551 0.6176 0.000 0.868 0.132
#> SRR2074818 2 0.1289 0.6783 0.000 0.968 0.032
#> SRR2074816 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.1163 0.6844 0.000 0.972 0.028
#> SRR2074814 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.3116 0.6459 0.000 0.892 0.108
#> SRR2074813 2 0.4062 0.5832 0.000 0.836 0.164
#> SRR2074809 2 0.2959 0.6542 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074810 2 0.2959 0.6456 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074811 2 0.2878 0.6577 0.000 0.904 0.096
#> SRR2074808 2 0.3340 0.6294 0.000 0.880 0.120
#> SRR2074807 2 0.3816 0.5983 0.000 0.852 0.148
#> SRR2074806 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.1753 0.6830 0.000 0.952 0.048
#> SRR2074804 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.3340 0.6305 0.000 0.880 0.120
#> SRR2074799 2 0.2796 0.6614 0.000 0.908 0.092
#> SRR2074800 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0237 0.9903 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074797 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.1411 0.6838 0.000 0.964 0.036
#> SRR2074796 2 0.3879 0.5951 0.000 0.848 0.152
#> SRR2074794 2 0.2448 0.6707 0.000 0.924 0.076
#> SRR2074793 2 0.1964 0.6682 0.000 0.944 0.056
#> SRR2074792 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0237 0.9904 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074790 2 0.2796 0.6613 0.000 0.908 0.092
#> SRR2074789 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.2356 0.6603 0.000 0.928 0.072
#> SRR2074785 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0237 0.9903 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074783 2 0.2959 0.6548 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074782 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.3267 0.6327 0.000 0.884 0.116
#> SRR2074781 2 0.5497 0.1433 0.000 0.708 0.292
#> SRR2074780 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.4399 0.5328 0.000 0.812 0.188
#> SRR2074777 2 0.4842 0.4415 0.000 0.776 0.224
#> SRR2074776 2 0.1860 0.6806 0.000 0.948 0.052
#> SRR2074775 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.3482 0.6206 0.000 0.872 0.128
#> SRR2074771 2 0.4555 0.5056 0.000 0.800 0.200
#> SRR2074772 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.1529 0.6832 0.000 0.960 0.040
#> SRR2074768 2 0.1031 0.6800 0.000 0.976 0.024
#> SRR2074766 2 0.4452 0.5232 0.000 0.808 0.192
#> SRR2074767 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.1411 0.9686 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074764 2 0.4974 0.3948 0.000 0.764 0.236
#> SRR2074763 2 0.2878 0.6582 0.000 0.904 0.096
#> SRR2074761 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.4796 0.4536 0.000 0.780 0.220
#> SRR2074760 2 0.1964 0.6804 0.000 0.944 0.056
#> SRR2074759 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.2625 0.6547 0.000 0.916 0.084
#> SRR2074758 2 0.2959 0.6587 0.000 0.900 0.100
#> SRR2074756 2 0.3879 0.5943 0.000 0.848 0.152
#> SRR2074755 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.5560 0.0909 0.000 0.700 0.300
#> SRR2074752 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.3192 0.6411 0.000 0.888 0.112
#> SRR2074750 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.3619 0.6120 0.000 0.864 0.136
#> SRR2074745 1 0.0592 0.9855 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074746 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.2448 0.6594 0.000 0.924 0.076
#> SRR2074743 2 0.1753 0.6839 0.000 0.952 0.048
#> SRR2074742 2 0.6244 -0.7217 0.000 0.560 0.440
#> SRR2074741 1 0.0237 0.9903 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074740 2 0.4555 0.5056 0.000 0.800 0.200
#> SRR2074739 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.1289 0.6787 0.000 0.968 0.032
#> SRR2074737 2 0.1964 0.6798 0.000 0.944 0.056
#> SRR2074736 2 0.1289 0.6830 0.000 0.968 0.032
#> SRR2074735 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.2066 0.6803 0.000 0.940 0.060
#> SRR2074733 1 0.0000 0.9925 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.3116 0.6459 0.000 0.892 0.108
#> SRR2074731 2 0.3038 0.6502 0.000 0.896 0.104
#> SRR2074730 1 0.0237 0.9904 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.5496 0.887 0.000 0.312 0.652 NA
#> SRR2074919 3 0.5022 0.852 0.000 0.264 0.708 NA
#> SRR2074920 3 0.4983 0.865 0.000 0.272 0.704 NA
#> SRR2074917 1 0.5268 0.597 0.592 0.000 0.012 NA
#> SRR2074918 3 0.5855 0.876 0.000 0.356 0.600 NA
#> SRR2074916 2 0.4647 0.492 0.000 0.704 0.288 NA
#> SRR2074915 2 0.5220 -0.198 0.000 0.568 0.424 NA
#> SRR2074914 1 0.1022 0.935 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074913 2 0.5731 -0.322 0.000 0.544 0.428 NA
#> SRR2074912 1 0.5010 0.719 0.700 0.000 0.024 NA
#> SRR2074911 3 0.5313 0.847 0.000 0.376 0.608 NA
#> SRR2074910 2 0.6145 -0.531 0.000 0.492 0.460 NA
#> SRR2074909 1 0.1302 0.932 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR2074907 1 0.0817 0.936 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2074908 2 0.2589 0.822 0.000 0.884 0.116 NA
#> SRR2074906 2 0.3570 0.772 0.000 0.860 0.048 NA
#> SRR2074905 1 0.0707 0.935 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2074904 2 0.3074 0.785 0.000 0.848 0.152 NA
#> SRR2074903 2 0.1940 0.849 0.000 0.924 0.076 NA
#> SRR2074902 1 0.0707 0.936 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2074901 2 0.2149 0.837 0.000 0.912 0.088 NA
#> SRR2074900 1 0.1474 0.931 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074899 2 0.0469 0.861 0.000 0.988 0.012 NA
#> SRR2074898 2 0.2623 0.828 0.000 0.908 0.028 NA
#> SRR2074897 2 0.1510 0.858 0.000 0.956 0.016 NA
#> SRR2074896 2 0.2593 0.829 0.000 0.892 0.104 NA
#> SRR2074895 1 0.0707 0.935 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2074894 1 0.5898 0.615 0.724 0.184 0.068 NA
#> SRR2074893 2 0.0592 0.863 0.000 0.984 0.016 NA
#> SRR2074892 1 0.0707 0.936 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2074891 1 0.1474 0.928 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074890 2 0.3266 0.760 0.000 0.832 0.168 NA
#> SRR2074887 2 0.3172 0.771 0.000 0.840 0.160 NA
#> SRR2074889 2 0.2699 0.820 0.000 0.904 0.028 NA
#> SRR2074886 2 0.1302 0.859 0.000 0.956 0.044 NA
#> SRR2074888 2 0.2142 0.840 0.000 0.928 0.016 NA
#> SRR2074885 1 0.0469 0.937 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2074884 2 0.1677 0.853 0.000 0.948 0.012 NA
#> SRR2074883 2 0.1388 0.860 0.000 0.960 0.028 NA
#> SRR2074882 1 0.1867 0.928 0.928 0.000 0.000 NA
#> SRR2074880 2 0.0672 0.860 0.000 0.984 0.008 NA
#> SRR2074881 2 0.1557 0.854 0.000 0.944 0.056 NA
#> SRR2074879 1 0.5713 0.596 0.604 0.000 0.036 NA
#> SRR2074878 1 0.3219 0.878 0.836 0.000 0.000 NA
#> SRR2074877 2 0.3311 0.753 0.000 0.828 0.172 NA
#> SRR2074876 1 0.1022 0.935 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074875 2 0.2739 0.825 0.000 0.904 0.036 NA
#> SRR2074874 1 0.2814 0.898 0.868 0.000 0.000 NA
#> SRR2074873 2 0.1452 0.857 0.000 0.956 0.008 NA
#> SRR2074872 1 0.4776 0.656 0.624 0.000 0.000 NA
#> SRR2074871 2 0.2944 0.811 0.000 0.868 0.128 NA
#> SRR2074870 1 0.0817 0.937 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2074869 1 0.0817 0.936 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2074868 1 0.4193 0.783 0.732 0.000 0.000 NA
#> SRR2074867 2 0.2921 0.800 0.000 0.860 0.140 NA
#> SRR2074866 2 0.2973 0.791 0.000 0.856 0.144 NA
#> SRR2074865 1 0.1474 0.928 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074864 1 0.1022 0.934 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074863 1 0.1302 0.931 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR2074862 1 0.1637 0.931 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR2074861 1 0.0921 0.936 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2074860 1 0.1474 0.932 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074859 1 0.0817 0.936 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2074858 2 0.2760 0.809 0.000 0.872 0.128 NA
#> SRR2074855 2 0.2623 0.825 0.000 0.908 0.028 NA
#> SRR2074857 1 0.1211 0.933 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2074856 1 0.4164 0.790 0.736 0.000 0.000 NA
#> SRR2074854 1 0.3791 0.844 0.796 0.000 0.004 NA
#> SRR2074853 1 0.0592 0.936 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR2074852 2 0.1545 0.855 0.000 0.952 0.008 NA
#> SRR2074851 1 0.2973 0.889 0.856 0.000 0.000 NA
#> SRR2074850 1 0.1474 0.931 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074849 1 0.2408 0.912 0.896 0.000 0.000 NA
#> SRR2074848 1 0.1211 0.934 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2074847 1 0.0707 0.936 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2074846 1 0.1474 0.934 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074845 1 0.1022 0.935 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074843 1 0.2011 0.929 0.920 0.000 0.000 NA
#> SRR2074842 2 0.2760 0.808 0.000 0.872 0.128 NA
#> SRR2074844 2 0.2589 0.821 0.000 0.884 0.116 NA
#> SRR2074841 2 0.2089 0.849 0.000 0.932 0.020 NA
#> SRR2074840 2 0.1677 0.854 0.000 0.948 0.012 NA
#> SRR2074839 1 0.2530 0.908 0.888 0.000 0.000 NA
#> SRR2074838 2 0.2385 0.839 0.000 0.920 0.028 NA
#> SRR2074836 2 0.2469 0.829 0.000 0.892 0.108 NA
#> SRR2074835 2 0.1938 0.846 0.000 0.936 0.012 NA
#> SRR2074837 1 0.1474 0.928 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074834 2 0.3383 0.841 0.000 0.872 0.076 NA
#> SRR2074833 1 0.1022 0.933 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074832 2 0.0927 0.860 0.000 0.976 0.008 NA
#> SRR2074831 1 0.2281 0.916 0.904 0.000 0.000 NA
#> SRR2074829 1 0.1940 0.923 0.924 0.000 0.000 NA
#> SRR2074830 1 0.2704 0.904 0.876 0.000 0.000 NA
#> SRR2074828 1 0.1022 0.933 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074827 2 0.2401 0.840 0.000 0.904 0.092 NA
#> SRR2074826 2 0.4353 0.614 0.000 0.756 0.232 NA
#> SRR2074825 2 0.1452 0.860 0.000 0.956 0.008 NA
#> SRR2074824 2 0.3486 0.776 0.000 0.864 0.044 NA
#> SRR2074823 1 0.1637 0.933 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR2074822 2 0.3634 0.766 0.000 0.856 0.048 NA
#> SRR2074821 2 0.2282 0.847 0.000 0.924 0.024 NA
#> SRR2074820 2 0.2300 0.839 0.000 0.920 0.016 NA
#> SRR2074819 2 0.2081 0.847 0.000 0.916 0.084 NA
#> SRR2074817 2 0.2149 0.840 0.000 0.912 0.088 NA
#> SRR2074818 2 0.2131 0.856 0.000 0.932 0.032 NA
#> SRR2074816 1 0.1474 0.928 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074815 2 0.0927 0.863 0.000 0.976 0.008 NA
#> SRR2074814 1 0.2011 0.921 0.920 0.000 0.000 NA
#> SRR2074812 2 0.2546 0.832 0.000 0.912 0.028 NA
#> SRR2074813 2 0.2281 0.841 0.000 0.904 0.096 NA
#> SRR2074809 2 0.2413 0.832 0.000 0.916 0.020 NA
#> SRR2074810 2 0.1637 0.856 0.000 0.940 0.060 NA
#> SRR2074811 2 0.1975 0.846 0.000 0.936 0.016 NA
#> SRR2074808 2 0.1716 0.851 0.000 0.936 0.064 NA
#> SRR2074807 2 0.1940 0.844 0.000 0.924 0.076 NA
#> SRR2074806 1 0.1661 0.927 0.944 0.000 0.004 NA
#> SRR2074805 2 0.1356 0.863 0.000 0.960 0.032 NA
#> SRR2074804 1 0.1474 0.928 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074803 1 0.0817 0.935 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2074801 1 0.1022 0.933 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074802 2 0.2011 0.845 0.000 0.920 0.080 NA
#> SRR2074799 2 0.1975 0.845 0.000 0.936 0.016 NA
#> SRR2074800 1 0.2973 0.890 0.856 0.000 0.000 NA
#> SRR2074798 1 0.1743 0.926 0.940 0.000 0.004 NA
#> SRR2074797 1 0.1474 0.934 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074795 2 0.1151 0.862 0.000 0.968 0.024 NA
#> SRR2074796 2 0.1389 0.856 0.000 0.952 0.048 NA
#> SRR2074794 2 0.1284 0.857 0.000 0.964 0.012 NA
#> SRR2074793 2 0.1302 0.861 0.000 0.956 0.044 NA
#> SRR2074792 1 0.1474 0.930 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074791 1 0.2281 0.917 0.904 0.000 0.000 NA
#> SRR2074790 2 0.1890 0.846 0.000 0.936 0.008 NA
#> SRR2074789 1 0.2408 0.914 0.896 0.000 0.000 NA
#> SRR2074788 1 0.1211 0.933 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2074787 1 0.1637 0.930 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR2074786 2 0.1118 0.859 0.000 0.964 0.036 NA
#> SRR2074785 1 0.1211 0.931 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2074784 1 0.1978 0.921 0.928 0.000 0.004 NA
#> SRR2074783 2 0.1624 0.856 0.000 0.952 0.028 NA
#> SRR2074782 1 0.0336 0.936 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR2074779 2 0.0592 0.861 0.000 0.984 0.016 NA
#> SRR2074781 2 0.3831 0.684 0.000 0.792 0.204 NA
#> SRR2074780 1 0.1637 0.928 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR2074778 2 0.2469 0.826 0.000 0.892 0.108 NA
#> SRR2074777 2 0.2921 0.796 0.000 0.860 0.140 NA
#> SRR2074776 2 0.1151 0.858 0.000 0.968 0.008 NA
#> SRR2074775 1 0.1474 0.930 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074774 1 0.0469 0.936 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR2074773 2 0.2281 0.835 0.000 0.904 0.096 NA
#> SRR2074771 2 0.2760 0.809 0.000 0.872 0.128 NA
#> SRR2074772 1 0.1661 0.927 0.944 0.000 0.004 NA
#> SRR2074770 1 0.1211 0.932 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR2074769 2 0.1388 0.859 0.000 0.960 0.012 NA
#> SRR2074768 2 0.1182 0.864 0.000 0.968 0.016 NA
#> SRR2074766 2 0.2704 0.814 0.000 0.876 0.124 NA
#> SRR2074767 1 0.1022 0.937 0.968 0.000 0.000 NA
#> SRR2074765 1 0.4164 0.790 0.736 0.000 0.000 NA
#> SRR2074764 2 0.3486 0.733 0.000 0.812 0.188 NA
#> SRR2074763 2 0.2089 0.843 0.000 0.932 0.020 NA
#> SRR2074761 1 0.1557 0.930 0.944 0.000 0.000 NA
#> SRR2074762 2 0.3266 0.763 0.000 0.832 0.168 NA
#> SRR2074760 2 0.1256 0.858 0.000 0.964 0.008 NA
#> SRR2074759 1 0.0817 0.935 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR2074757 2 0.1388 0.863 0.000 0.960 0.028 NA
#> SRR2074758 2 0.2596 0.825 0.000 0.908 0.024 NA
#> SRR2074756 2 0.2408 0.832 0.000 0.896 0.104 NA
#> SRR2074755 1 0.1474 0.928 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074754 1 0.1557 0.928 0.944 0.000 0.000 NA
#> SRR2074753 2 0.3486 0.728 0.000 0.812 0.188 NA
#> SRR2074752 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074751 1 0.1474 0.930 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR2074749 2 0.3051 0.802 0.000 0.884 0.028 NA
#> SRR2074750 1 0.0707 0.936 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR2074748 1 0.1661 0.927 0.944 0.000 0.004 NA
#> SRR2074747 2 0.1867 0.849 0.000 0.928 0.072 NA
#> SRR2074745 1 0.2868 0.896 0.864 0.000 0.000 NA
#> SRR2074746 1 0.1256 0.936 0.964 0.000 0.008 NA
#> SRR2074744 2 0.1557 0.856 0.000 0.944 0.056 NA
#> SRR2074743 2 0.1256 0.863 0.000 0.964 0.008 NA
#> SRR2074742 3 0.5999 0.800 0.000 0.404 0.552 NA
#> SRR2074741 1 0.1902 0.923 0.932 0.000 0.004 NA
#> SRR2074740 2 0.3306 0.775 0.000 0.840 0.156 NA
#> SRR2074739 1 0.0000 0.937 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074738 2 0.1724 0.863 0.000 0.948 0.020 NA
#> SRR2074737 2 0.1767 0.854 0.000 0.944 0.012 NA
#> SRR2074736 2 0.0524 0.861 0.000 0.988 0.004 NA
#> SRR2074735 1 0.1661 0.927 0.944 0.000 0.004 NA
#> SRR2074734 2 0.0927 0.861 0.000 0.976 0.008 NA
#> SRR2074733 1 0.0921 0.934 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR2074732 2 0.2742 0.818 0.000 0.900 0.024 NA
#> SRR2074731 2 0.2773 0.818 0.000 0.900 0.028 NA
#> SRR2074730 1 0.2647 0.903 0.880 0.000 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.4541 0.8016 0.000 0.136 0.752 0.000 NA
#> SRR2074919 3 0.4913 0.7618 0.000 0.092 0.752 0.024 NA
#> SRR2074920 3 0.4350 0.7845 0.000 0.108 0.784 0.008 NA
#> SRR2074917 4 0.5980 0.5300 0.412 0.000 0.004 0.488 NA
#> SRR2074918 3 0.5393 0.8118 0.000 0.204 0.672 0.004 NA
#> SRR2074916 2 0.5215 0.6978 0.000 0.732 0.152 0.040 NA
#> SRR2074915 2 0.5524 0.5173 0.000 0.672 0.232 0.028 NA
#> SRR2074914 1 0.0693 0.6754 0.980 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074913 2 0.6120 0.4754 0.000 0.656 0.192 0.072 NA
#> SRR2074912 1 0.6418 -0.4034 0.532 0.000 0.028 0.340 NA
#> SRR2074911 3 0.5731 0.5880 0.000 0.364 0.556 0.008 NA
#> SRR2074910 2 0.6516 0.2553 0.000 0.580 0.272 0.096 NA
#> SRR2074909 1 0.1121 0.6632 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074907 1 0.0807 0.6750 0.976 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2074908 2 0.2517 0.8805 0.000 0.884 0.104 0.004 NA
#> SRR2074906 2 0.2753 0.8456 0.000 0.856 0.008 0.000 NA
#> SRR2074905 1 0.0912 0.6765 0.972 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074904 2 0.2920 0.8539 0.000 0.852 0.132 0.000 NA
#> SRR2074903 2 0.1701 0.9046 0.000 0.936 0.048 0.000 NA
#> SRR2074902 1 0.3051 0.6232 0.852 0.000 0.000 0.120 NA
#> SRR2074901 2 0.1704 0.9005 0.000 0.928 0.068 0.000 NA
#> SRR2074900 1 0.3491 0.4976 0.768 0.000 0.000 0.228 NA
#> SRR2074899 2 0.0912 0.9095 0.000 0.972 0.012 0.000 NA
#> SRR2074898 2 0.2068 0.8866 0.000 0.904 0.004 0.000 NA
#> SRR2074897 2 0.1522 0.9028 0.000 0.944 0.012 0.000 NA
#> SRR2074896 2 0.2625 0.8730 0.000 0.876 0.108 0.000 NA
#> SRR2074895 1 0.0912 0.6755 0.972 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR2074894 1 0.5381 0.1477 0.712 0.184 0.076 0.008 NA
#> SRR2074893 2 0.1216 0.9096 0.000 0.960 0.020 0.000 NA
#> SRR2074892 1 0.2953 0.6125 0.844 0.000 0.000 0.144 NA
#> SRR2074891 1 0.1341 0.6566 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074890 2 0.2674 0.8668 0.000 0.868 0.120 0.000 NA
#> SRR2074887 2 0.2825 0.8572 0.000 0.860 0.124 0.000 NA
#> SRR2074889 2 0.2625 0.8676 0.000 0.876 0.016 0.000 NA
#> SRR2074886 2 0.1818 0.9077 0.000 0.932 0.044 0.000 NA
#> SRR2074888 2 0.2006 0.8907 0.000 0.916 0.012 0.000 NA
#> SRR2074885 1 0.1956 0.6628 0.916 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR2074884 2 0.1628 0.8992 0.000 0.936 0.008 0.000 NA
#> SRR2074883 2 0.1205 0.9073 0.000 0.956 0.004 0.000 NA
#> SRR2074882 1 0.3953 0.5328 0.784 0.000 0.000 0.168 NA
#> SRR2074880 2 0.1041 0.9043 0.000 0.964 0.004 0.000 NA
#> SRR2074881 2 0.1740 0.9030 0.000 0.932 0.056 0.000 NA
#> SRR2074879 1 0.7070 -0.5100 0.436 0.000 0.060 0.396 NA
#> SRR2074878 1 0.4517 -0.1803 0.600 0.000 0.000 0.388 NA
#> SRR2074877 2 0.2777 0.8620 0.000 0.864 0.120 0.000 NA
#> SRR2074876 1 0.2886 0.6126 0.844 0.000 0.000 0.148 NA
#> SRR2074875 2 0.2331 0.8849 0.000 0.900 0.020 0.000 NA
#> SRR2074874 1 0.4359 -0.2639 0.584 0.000 0.000 0.412 NA
#> SRR2074873 2 0.1502 0.9023 0.000 0.940 0.004 0.000 NA
#> SRR2074872 4 0.4470 0.7317 0.372 0.000 0.000 0.616 NA
#> SRR2074871 2 0.2017 0.8986 0.000 0.912 0.080 0.000 NA
#> SRR2074870 1 0.1740 0.6688 0.932 0.000 0.000 0.056 NA
#> SRR2074869 1 0.0693 0.6757 0.980 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074868 1 0.4747 -0.6521 0.500 0.000 0.000 0.484 NA
#> SRR2074867 2 0.2351 0.8838 0.000 0.896 0.088 0.000 NA
#> SRR2074866 2 0.3124 0.8475 0.000 0.844 0.136 0.004 NA
#> SRR2074865 1 0.1121 0.6629 0.956 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074864 1 0.0566 0.6731 0.984 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074863 1 0.0703 0.6711 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074862 1 0.4065 0.3908 0.720 0.000 0.000 0.264 NA
#> SRR2074861 1 0.3521 0.5908 0.820 0.000 0.000 0.140 NA
#> SRR2074860 1 0.2149 0.6370 0.916 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR2074859 1 0.2969 0.6203 0.852 0.000 0.000 0.128 NA
#> SRR2074858 2 0.2464 0.8813 0.000 0.888 0.096 0.000 NA
#> SRR2074855 2 0.2020 0.8841 0.000 0.900 0.000 0.000 NA
#> SRR2074857 1 0.3305 0.5106 0.776 0.000 0.000 0.224 NA
#> SRR2074856 4 0.4517 0.7518 0.436 0.000 0.000 0.556 NA
#> SRR2074854 4 0.4708 0.7245 0.436 0.000 0.000 0.548 NA
#> SRR2074853 1 0.1012 0.6769 0.968 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074852 2 0.1502 0.9040 0.000 0.940 0.004 0.000 NA
#> SRR2074851 1 0.4375 -0.2789 0.576 0.000 0.000 0.420 NA
#> SRR2074850 1 0.3837 0.2984 0.692 0.000 0.000 0.308 NA
#> SRR2074849 1 0.4232 0.2325 0.676 0.000 0.000 0.312 NA
#> SRR2074848 1 0.4040 0.3998 0.724 0.000 0.000 0.260 NA
#> SRR2074847 1 0.2769 0.6432 0.876 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR2074846 1 0.2818 0.6237 0.856 0.000 0.000 0.132 NA
#> SRR2074845 1 0.3492 0.5513 0.796 0.000 0.000 0.188 NA
#> SRR2074843 1 0.4341 0.0172 0.628 0.000 0.000 0.364 NA
#> SRR2074842 2 0.2511 0.8920 0.000 0.892 0.088 0.004 NA
#> SRR2074844 2 0.1892 0.8959 0.000 0.916 0.080 0.000 NA
#> SRR2074841 2 0.1697 0.8964 0.000 0.932 0.008 0.000 NA
#> SRR2074840 2 0.1697 0.9046 0.000 0.932 0.008 0.000 NA
#> SRR2074839 1 0.4622 -0.4149 0.548 0.000 0.000 0.440 NA
#> SRR2074838 2 0.1942 0.8937 0.000 0.920 0.012 0.000 NA
#> SRR2074836 2 0.2249 0.8914 0.000 0.896 0.096 0.000 NA
#> SRR2074835 2 0.2130 0.8898 0.000 0.908 0.012 0.000 NA
#> SRR2074837 1 0.0771 0.6709 0.976 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074834 2 0.3142 0.8870 0.004 0.864 0.056 0.000 NA
#> SRR2074833 1 0.1216 0.6772 0.960 0.000 0.000 0.020 NA
#> SRR2074832 2 0.0898 0.9078 0.000 0.972 0.008 0.000 NA
#> SRR2074831 1 0.4464 -0.2472 0.584 0.000 0.000 0.408 NA
#> SRR2074829 1 0.4045 0.1061 0.644 0.000 0.000 0.356 NA
#> SRR2074830 1 0.4484 0.1974 0.668 0.000 0.000 0.308 NA
#> SRR2074828 1 0.0671 0.6719 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074827 2 0.2650 0.8980 0.000 0.892 0.068 0.004 NA
#> SRR2074826 2 0.3722 0.7987 0.000 0.796 0.176 0.004 NA
#> SRR2074825 2 0.1018 0.9089 0.000 0.968 0.016 0.000 NA
#> SRR2074824 2 0.2843 0.8355 0.000 0.848 0.008 0.000 NA
#> SRR2074823 1 0.3752 0.3553 0.708 0.000 0.000 0.292 NA
#> SRR2074822 2 0.2886 0.8339 0.000 0.844 0.008 0.000 NA
#> SRR2074821 2 0.2006 0.8932 0.000 0.916 0.012 0.000 NA
#> SRR2074820 2 0.1732 0.8950 0.000 0.920 0.000 0.000 NA
#> SRR2074819 2 0.1408 0.9029 0.000 0.948 0.044 0.000 NA
#> SRR2074817 2 0.1386 0.9057 0.000 0.952 0.032 0.000 NA
#> SRR2074818 2 0.2331 0.9011 0.000 0.908 0.024 0.004 NA
#> SRR2074816 1 0.1270 0.6617 0.948 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074815 2 0.1403 0.9105 0.000 0.952 0.024 0.000 NA
#> SRR2074814 1 0.3796 0.3215 0.700 0.000 0.000 0.300 NA
#> SRR2074812 2 0.2448 0.8830 0.000 0.892 0.020 0.000 NA
#> SRR2074813 2 0.2248 0.8936 0.000 0.900 0.088 0.000 NA
#> SRR2074809 2 0.2189 0.8839 0.000 0.904 0.012 0.000 NA
#> SRR2074810 2 0.1774 0.9060 0.000 0.932 0.052 0.000 NA
#> SRR2074811 2 0.2189 0.8886 0.000 0.904 0.012 0.000 NA
#> SRR2074808 2 0.1628 0.9033 0.000 0.936 0.056 0.000 NA
#> SRR2074807 2 0.1484 0.9025 0.000 0.944 0.048 0.000 NA
#> SRR2074806 1 0.1410 0.6562 0.940 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074805 2 0.1117 0.9093 0.000 0.964 0.016 0.000 NA
#> SRR2074804 1 0.1478 0.6517 0.936 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074803 1 0.1281 0.6784 0.956 0.000 0.000 0.032 NA
#> SRR2074801 1 0.0798 0.6763 0.976 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR2074802 2 0.1670 0.9004 0.000 0.936 0.052 0.000 NA
#> SRR2074799 2 0.1740 0.8991 0.000 0.932 0.012 0.000 NA
#> SRR2074800 1 0.4653 -0.5340 0.516 0.000 0.000 0.472 NA
#> SRR2074798 1 0.2068 0.6242 0.904 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074797 1 0.4218 0.1739 0.660 0.000 0.000 0.332 NA
#> SRR2074795 2 0.1399 0.9108 0.000 0.952 0.020 0.000 NA
#> SRR2074796 2 0.1626 0.9058 0.000 0.940 0.044 0.000 NA
#> SRR2074794 2 0.1502 0.9010 0.000 0.940 0.004 0.000 NA
#> SRR2074793 2 0.1568 0.9102 0.000 0.944 0.036 0.000 NA
#> SRR2074792 1 0.0703 0.6708 0.976 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074791 1 0.4161 -0.1054 0.608 0.000 0.000 0.392 NA
#> SRR2074790 2 0.1764 0.8939 0.000 0.928 0.008 0.000 NA
#> SRR2074789 1 0.4397 0.3043 0.696 0.000 0.000 0.276 NA
#> SRR2074788 1 0.3242 0.5761 0.816 0.000 0.000 0.172 NA
#> SRR2074787 1 0.3934 0.4432 0.740 0.000 0.000 0.244 NA
#> SRR2074786 2 0.1364 0.9081 0.000 0.952 0.036 0.000 NA
#> SRR2074785 1 0.0865 0.6697 0.972 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074784 1 0.2068 0.6190 0.904 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074783 2 0.1364 0.9050 0.000 0.952 0.012 0.000 NA
#> SRR2074782 1 0.1725 0.6724 0.936 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR2074779 2 0.1386 0.9069 0.000 0.952 0.032 0.000 NA
#> SRR2074781 2 0.3061 0.8413 0.000 0.844 0.136 0.000 NA
#> SRR2074780 1 0.3579 0.4826 0.756 0.000 0.000 0.240 NA
#> SRR2074778 2 0.2193 0.8867 0.000 0.900 0.092 0.000 NA
#> SRR2074777 2 0.2761 0.8720 0.000 0.872 0.104 0.000 NA
#> SRR2074776 2 0.0798 0.9074 0.000 0.976 0.008 0.000 NA
#> SRR2074775 1 0.0880 0.6699 0.968 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074774 1 0.1942 0.6642 0.920 0.000 0.000 0.068 NA
#> SRR2074773 2 0.1648 0.9053 0.000 0.940 0.040 0.000 NA
#> SRR2074771 2 0.2470 0.8770 0.000 0.884 0.104 0.000 NA
#> SRR2074772 1 0.1341 0.6575 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074770 1 0.0865 0.6697 0.972 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074769 2 0.1195 0.9084 0.000 0.960 0.012 0.000 NA
#> SRR2074768 2 0.2053 0.9093 0.000 0.924 0.024 0.004 NA
#> SRR2074766 2 0.2352 0.8913 0.000 0.896 0.092 0.004 NA
#> SRR2074767 1 0.3355 0.5649 0.804 0.000 0.000 0.184 NA
#> SRR2074765 4 0.4287 0.7124 0.460 0.000 0.000 0.540 NA
#> SRR2074764 2 0.2964 0.8551 0.000 0.856 0.120 0.000 NA
#> SRR2074763 2 0.1809 0.8940 0.000 0.928 0.012 0.000 NA
#> SRR2074761 1 0.3835 0.4507 0.744 0.000 0.000 0.244 NA
#> SRR2074762 2 0.2972 0.8715 0.000 0.864 0.108 0.004 NA
#> SRR2074760 2 0.1364 0.9058 0.000 0.952 0.012 0.000 NA
#> SRR2074759 1 0.0451 0.6741 0.988 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074757 2 0.1281 0.9082 0.000 0.956 0.032 0.000 NA
#> SRR2074758 2 0.1952 0.8890 0.000 0.912 0.004 0.000 NA
#> SRR2074756 2 0.2144 0.9001 0.000 0.912 0.068 0.000 NA
#> SRR2074755 1 0.0963 0.6677 0.964 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074754 1 0.1410 0.6515 0.940 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074753 2 0.3510 0.8325 0.000 0.832 0.128 0.008 NA
#> SRR2074752 1 0.2249 0.6513 0.896 0.000 0.000 0.096 NA
#> SRR2074751 1 0.0865 0.6714 0.972 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074749 2 0.2573 0.8682 0.000 0.880 0.016 0.000 NA
#> SRR2074750 1 0.2843 0.6179 0.848 0.000 0.000 0.144 NA
#> SRR2074748 1 0.1341 0.6568 0.944 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074747 2 0.1701 0.9065 0.000 0.936 0.048 0.000 NA
#> SRR2074745 1 0.4210 -0.2551 0.588 0.000 0.000 0.412 NA
#> SRR2074746 1 0.1074 0.6730 0.968 0.004 0.000 0.016 NA
#> SRR2074744 2 0.1281 0.9083 0.000 0.956 0.032 0.000 NA
#> SRR2074743 2 0.1026 0.9104 0.000 0.968 0.004 0.004 NA
#> SRR2074742 3 0.6507 0.7853 0.000 0.256 0.544 0.012 NA
#> SRR2074741 1 0.1952 0.6276 0.912 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074740 2 0.2548 0.8772 0.000 0.876 0.116 0.004 NA
#> SRR2074739 1 0.1942 0.6657 0.920 0.000 0.000 0.068 NA
#> SRR2074738 2 0.1943 0.9084 0.000 0.924 0.020 0.000 NA
#> SRR2074737 2 0.1914 0.9003 0.000 0.924 0.016 0.000 NA
#> SRR2074736 2 0.0912 0.9081 0.000 0.972 0.012 0.000 NA
#> SRR2074735 1 0.1544 0.6473 0.932 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2074734 2 0.1281 0.9067 0.000 0.956 0.012 0.000 NA
#> SRR2074733 1 0.0671 0.6719 0.980 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR2074732 2 0.2411 0.8725 0.000 0.884 0.008 0.000 NA
#> SRR2074731 2 0.2439 0.8638 0.000 0.876 0.004 0.000 NA
#> SRR2074730 1 0.4331 -0.1755 0.596 0.000 0.000 0.400 NA
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.5298 -0.042658 0.000 0.080 0.612 NA 0.288 0.004
#> SRR2074919 3 0.5313 0.205640 0.000 0.056 0.624 NA 0.284 0.008
#> SRR2074920 3 0.4755 0.216445 0.000 0.028 0.708 NA 0.216 0.016
#> SRR2074917 6 0.5831 0.148327 0.172 0.000 0.000 NA 0.008 0.516
#> SRR2074918 5 0.5654 0.494090 0.000 0.124 0.372 NA 0.496 0.000
#> SRR2074916 2 0.5115 0.601335 0.000 0.660 0.244 NA 0.028 0.004
#> SRR2074915 2 0.5844 0.349794 0.000 0.568 0.316 NA 0.024 0.024
#> SRR2074914 1 0.1788 0.671803 0.928 0.000 0.004 NA 0.004 0.012
#> SRR2074913 2 0.6735 0.202898 0.000 0.528 0.288 NA 0.048 0.064
#> SRR2074912 6 0.6733 0.085412 0.276 0.000 0.020 NA 0.008 0.360
#> SRR2074911 3 0.5634 -0.255976 0.000 0.204 0.612 NA 0.164 0.004
#> SRR2074910 2 0.7632 -0.262753 0.004 0.424 0.320 NA 0.064 0.112
#> SRR2074909 1 0.1511 0.667658 0.940 0.000 0.000 NA 0.012 0.004
#> SRR2074907 1 0.1682 0.673750 0.928 0.000 0.000 NA 0.000 0.020
#> SRR2074908 2 0.2020 0.901802 0.000 0.896 0.096 NA 0.008 0.000
#> SRR2074906 2 0.2508 0.881527 0.000 0.884 0.016 NA 0.016 0.000
#> SRR2074905 1 0.1780 0.675500 0.924 0.000 0.000 NA 0.000 0.028
#> SRR2074904 2 0.2070 0.894620 0.000 0.892 0.100 NA 0.008 0.000
#> SRR2074903 2 0.1668 0.918453 0.000 0.928 0.060 NA 0.004 0.000
#> SRR2074902 1 0.4035 0.543857 0.744 0.000 0.000 NA 0.004 0.196
#> SRR2074901 2 0.1387 0.911749 0.000 0.932 0.068 NA 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.4489 0.295041 0.632 0.000 0.000 NA 0.008 0.328
#> SRR2074899 2 0.0622 0.921002 0.000 0.980 0.012 NA 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.1219 0.912440 0.000 0.948 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.1605 0.914444 0.000 0.936 0.016 NA 0.004 0.000
#> SRR2074896 2 0.2551 0.888823 0.004 0.872 0.108 NA 0.012 0.004
#> SRR2074895 1 0.2339 0.664563 0.896 0.000 0.000 NA 0.020 0.012
#> SRR2074894 1 0.7272 -0.024270 0.516 0.132 0.080 NA 0.232 0.012
#> SRR2074893 2 0.0993 0.921871 0.000 0.964 0.024 NA 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.3860 0.558536 0.756 0.000 0.000 NA 0.008 0.200
#> SRR2074891 1 0.1471 0.661303 0.932 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2074890 2 0.2655 0.869475 0.000 0.848 0.140 NA 0.008 0.004
#> SRR2074887 2 0.2100 0.897799 0.000 0.884 0.112 NA 0.004 0.000
#> SRR2074889 2 0.2182 0.898035 0.000 0.900 0.020 NA 0.004 0.000
#> SRR2074886 2 0.0858 0.920268 0.000 0.968 0.028 NA 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.1398 0.912686 0.000 0.940 0.008 NA 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.3000 0.635695 0.840 0.000 0.000 NA 0.004 0.124
#> SRR2074884 2 0.1333 0.913250 0.000 0.944 0.008 NA 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0858 0.919210 0.000 0.968 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.5223 0.250985 0.616 0.000 0.000 NA 0.012 0.272
#> SRR2074880 2 0.0777 0.918348 0.000 0.972 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.1578 0.920560 0.000 0.936 0.048 NA 0.004 0.000
#> SRR2074879 6 0.7334 0.036265 0.208 0.000 0.060 NA 0.024 0.400
#> SRR2074878 6 0.5025 0.518216 0.392 0.000 0.000 NA 0.016 0.548
#> SRR2074877 2 0.2504 0.884947 0.000 0.856 0.136 NA 0.000 0.004
#> SRR2074876 1 0.4013 0.510576 0.728 0.000 0.000 NA 0.004 0.228
#> SRR2074875 2 0.2133 0.903559 0.000 0.912 0.020 NA 0.016 0.000
#> SRR2074874 6 0.4690 0.384494 0.452 0.000 0.000 NA 0.008 0.512
#> SRR2074873 2 0.0993 0.920053 0.000 0.964 0.012 NA 0.000 0.000
#> SRR2074872 6 0.3427 0.496574 0.156 0.000 0.000 NA 0.008 0.804
#> SRR2074871 2 0.1700 0.908560 0.000 0.916 0.080 NA 0.004 0.000
#> SRR2074870 1 0.2798 0.648903 0.860 0.000 0.000 NA 0.012 0.108
#> SRR2074869 1 0.1780 0.672290 0.924 0.000 0.000 NA 0.000 0.028
#> SRR2074868 6 0.3938 0.588944 0.324 0.000 0.000 NA 0.000 0.660
#> SRR2074867 2 0.2191 0.889059 0.000 0.876 0.120 NA 0.004 0.000
#> SRR2074866 2 0.2884 0.873216 0.000 0.848 0.128 NA 0.012 0.004
#> SRR2074865 1 0.1349 0.663731 0.940 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2074864 1 0.0717 0.677868 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.008
#> SRR2074863 1 0.0935 0.672073 0.964 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2074862 1 0.4453 0.177528 0.592 0.000 0.000 NA 0.000 0.372
#> SRR2074861 1 0.4203 0.499286 0.716 0.000 0.000 NA 0.000 0.216
#> SRR2074860 1 0.3743 0.532843 0.788 0.000 0.000 NA 0.024 0.028
#> SRR2074859 1 0.4082 0.551741 0.748 0.000 0.000 NA 0.008 0.188
#> SRR2074858 2 0.2070 0.897484 0.000 0.896 0.092 NA 0.012 0.000
#> SRR2074855 2 0.1668 0.910464 0.000 0.928 0.008 NA 0.004 0.000
#> SRR2074857 1 0.4375 0.345136 0.648 0.000 0.000 NA 0.008 0.316
#> SRR2074856 6 0.3895 0.599138 0.284 0.000 0.000 NA 0.004 0.696
#> SRR2074854 6 0.4818 0.583923 0.336 0.000 0.000 NA 0.008 0.604
#> SRR2074853 1 0.2575 0.660356 0.880 0.000 0.000 NA 0.004 0.072
#> SRR2074852 2 0.1194 0.918519 0.000 0.956 0.008 NA 0.004 0.000
#> SRR2074851 6 0.4752 0.441636 0.448 0.000 0.004 NA 0.008 0.516
#> SRR2074850 1 0.4662 -0.016679 0.560 0.000 0.000 NA 0.016 0.404
#> SRR2074849 1 0.4836 -0.079129 0.536 0.000 0.000 NA 0.008 0.416
#> SRR2074848 1 0.4432 0.185505 0.600 0.000 0.000 NA 0.000 0.364
#> SRR2074847 1 0.3852 0.599895 0.784 0.000 0.000 NA 0.008 0.136
#> SRR2074846 1 0.4447 0.488760 0.704 0.000 0.000 NA 0.008 0.224
#> SRR2074845 1 0.4468 0.376782 0.660 0.000 0.000 NA 0.004 0.288
#> SRR2074843 1 0.4965 -0.355112 0.476 0.000 0.000 NA 0.012 0.472
#> SRR2074842 2 0.2212 0.893294 0.000 0.880 0.112 NA 0.008 0.000
#> SRR2074844 2 0.1957 0.895349 0.000 0.888 0.112 NA 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.1624 0.916357 0.000 0.936 0.020 NA 0.004 0.000
#> SRR2074840 2 0.1564 0.920587 0.000 0.936 0.024 NA 0.000 0.000
#> SRR2074839 6 0.5022 0.436036 0.440 0.000 0.000 NA 0.004 0.496
#> SRR2074838 2 0.1204 0.912166 0.000 0.944 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.1838 0.907472 0.000 0.916 0.068 NA 0.016 0.000
#> SRR2074835 2 0.1075 0.913189 0.000 0.952 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.1010 0.669462 0.960 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2074834 2 0.2541 0.908695 0.004 0.884 0.080 NA 0.004 0.000
#> SRR2074833 1 0.2434 0.670346 0.896 0.000 0.000 NA 0.032 0.056
#> SRR2074832 2 0.0951 0.921781 0.000 0.968 0.008 NA 0.004 0.000
#> SRR2074831 6 0.4602 0.330448 0.484 0.000 0.000 NA 0.004 0.484
#> SRR2074829 1 0.4471 -0.151250 0.532 0.000 0.000 NA 0.008 0.444
#> SRR2074830 1 0.4703 -0.039014 0.544 0.000 0.000 NA 0.000 0.408
#> SRR2074828 1 0.1049 0.674277 0.960 0.000 0.000 NA 0.008 0.000
#> SRR2074827 2 0.1838 0.909932 0.000 0.916 0.068 NA 0.016 0.000
#> SRR2074826 2 0.3622 0.805427 0.000 0.800 0.124 NA 0.072 0.004
#> SRR2074825 2 0.0972 0.918103 0.000 0.964 0.008 NA 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.2365 0.890671 0.000 0.896 0.012 NA 0.024 0.000
#> SRR2074823 1 0.4942 -0.157702 0.532 0.000 0.000 NA 0.008 0.412
#> SRR2074822 2 0.2698 0.870123 0.000 0.872 0.016 NA 0.020 0.000
#> SRR2074821 2 0.1889 0.909939 0.000 0.920 0.020 NA 0.004 0.000
#> SRR2074820 2 0.1285 0.911770 0.000 0.944 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.1858 0.910330 0.000 0.904 0.092 NA 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.1204 0.917739 0.000 0.944 0.056 NA 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.1409 0.920723 0.000 0.948 0.012 NA 0.008 0.000
#> SRR2074816 1 0.1606 0.661397 0.932 0.000 0.000 NA 0.008 0.004
#> SRR2074815 2 0.1148 0.922086 0.000 0.960 0.020 NA 0.004 0.000
#> SRR2074814 1 0.4262 -0.000944 0.560 0.000 0.000 NA 0.004 0.424
#> SRR2074812 2 0.2186 0.899206 0.000 0.908 0.024 NA 0.012 0.000
#> SRR2074813 2 0.2169 0.907530 0.000 0.900 0.080 NA 0.012 0.000
#> SRR2074809 2 0.1411 0.908978 0.000 0.936 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.1787 0.915089 0.000 0.920 0.068 NA 0.008 0.000
#> SRR2074811 2 0.1152 0.914404 0.000 0.952 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.1141 0.913477 0.000 0.948 0.052 NA 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.1364 0.917519 0.000 0.944 0.048 NA 0.004 0.000
#> SRR2074806 1 0.1141 0.664131 0.948 0.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.1679 0.921698 0.000 0.936 0.036 NA 0.012 0.000
#> SRR2074804 1 0.1411 0.661035 0.936 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2074803 1 0.1851 0.677327 0.928 0.000 0.000 NA 0.012 0.036
#> SRR2074801 1 0.2102 0.675271 0.920 0.000 0.004 NA 0.024 0.032
#> SRR2074802 2 0.1644 0.912790 0.000 0.920 0.076 NA 0.004 0.000
#> SRR2074799 2 0.1528 0.914258 0.000 0.936 0.016 NA 0.000 0.000
#> SRR2074800 6 0.5095 0.570252 0.344 0.000 0.000 NA 0.008 0.576
#> SRR2074798 1 0.2114 0.648353 0.904 0.000 0.000 NA 0.012 0.008
#> SRR2074797 1 0.4910 -0.210082 0.520 0.000 0.000 NA 0.004 0.424
#> SRR2074795 2 0.1708 0.920911 0.000 0.932 0.024 NA 0.004 0.000
#> SRR2074796 2 0.1285 0.917304 0.000 0.944 0.052 NA 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.1265 0.914538 0.000 0.948 0.008 NA 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0632 0.922206 0.000 0.976 0.024 NA 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.1082 0.668791 0.956 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2074791 6 0.4712 0.428219 0.452 0.000 0.000 NA 0.012 0.512
#> SRR2074790 2 0.1219 0.913680 0.000 0.948 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.4868 0.178785 0.592 0.000 0.000 NA 0.000 0.332
#> SRR2074788 1 0.4306 0.469348 0.700 0.000 0.000 NA 0.008 0.248
#> SRR2074787 1 0.4513 0.181347 0.596 0.000 0.000 NA 0.004 0.368
#> SRR2074786 2 0.0858 0.920127 0.000 0.968 0.028 NA 0.004 0.000
#> SRR2074785 1 0.0777 0.673032 0.972 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2074784 1 0.1588 0.653735 0.924 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2074783 2 0.1313 0.920702 0.000 0.952 0.016 NA 0.004 0.000
#> SRR2074782 1 0.2767 0.654016 0.868 0.000 0.000 NA 0.004 0.072
#> SRR2074779 2 0.0935 0.919497 0.000 0.964 0.032 NA 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.2377 0.883300 0.000 0.868 0.124 NA 0.004 0.000
#> SRR2074780 1 0.4303 0.242673 0.616 0.000 0.000 NA 0.008 0.360
#> SRR2074778 2 0.1714 0.902868 0.000 0.908 0.092 NA 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.2504 0.884545 0.000 0.856 0.136 NA 0.000 0.004
#> SRR2074776 2 0.0935 0.918080 0.000 0.964 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.1219 0.668241 0.948 0.000 0.000 NA 0.004 0.000
#> SRR2074774 1 0.3370 0.614775 0.812 0.000 0.000 NA 0.004 0.140
#> SRR2074773 2 0.1327 0.914936 0.000 0.936 0.064 NA 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.2118 0.899651 0.000 0.888 0.104 NA 0.008 0.000
#> SRR2074772 1 0.1411 0.660593 0.936 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2074770 1 0.0922 0.674130 0.968 0.000 0.000 NA 0.004 0.004
#> SRR2074769 2 0.1116 0.921032 0.000 0.960 0.008 NA 0.004 0.000
#> SRR2074768 2 0.1340 0.917343 0.000 0.948 0.008 NA 0.004 0.000
#> SRR2074766 2 0.1701 0.907515 0.000 0.920 0.072 NA 0.008 0.000
#> SRR2074767 1 0.4107 0.470263 0.708 0.000 0.000 NA 0.012 0.256
#> SRR2074765 6 0.4053 0.601879 0.300 0.000 0.000 NA 0.004 0.676
#> SRR2074764 2 0.2320 0.880983 0.000 0.864 0.132 NA 0.004 0.000
#> SRR2074763 2 0.1531 0.906841 0.000 0.928 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.4360 0.280259 0.628 0.000 0.000 NA 0.004 0.340
#> SRR2074762 2 0.2350 0.895271 0.000 0.880 0.100 NA 0.020 0.000
#> SRR2074760 2 0.0858 0.916685 0.000 0.968 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0777 0.675778 0.972 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2074757 2 0.1265 0.921241 0.000 0.948 0.044 NA 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.1606 0.909809 0.000 0.932 0.004 NA 0.008 0.000
#> SRR2074756 2 0.2146 0.894341 0.000 0.880 0.116 NA 0.004 0.000
#> SRR2074755 1 0.1219 0.667262 0.948 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2074754 1 0.1411 0.659763 0.936 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2074753 2 0.3444 0.824196 0.000 0.800 0.168 NA 0.020 0.008
#> SRR2074752 1 0.3293 0.628276 0.824 0.000 0.000 NA 0.008 0.128
#> SRR2074751 1 0.1285 0.668195 0.944 0.000 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.2058 0.898513 0.000 0.908 0.008 NA 0.012 0.000
#> SRR2074750 1 0.3912 0.549074 0.748 0.000 0.000 NA 0.004 0.204
#> SRR2074748 1 0.1219 0.665477 0.948 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2074747 2 0.1801 0.920741 0.000 0.924 0.056 NA 0.004 0.000
#> SRR2074745 1 0.4635 -0.305548 0.492 0.000 0.000 NA 0.008 0.476
#> SRR2074746 1 0.3186 0.649036 0.860 0.008 0.000 NA 0.036 0.028
#> SRR2074744 2 0.0972 0.921998 0.000 0.964 0.028 NA 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.1552 0.922864 0.000 0.940 0.036 NA 0.004 0.000
#> SRR2074742 5 0.6082 0.568839 0.000 0.140 0.248 NA 0.564 0.000
#> SRR2074741 1 0.2200 0.635796 0.900 0.000 0.004 NA 0.012 0.004
#> SRR2074740 2 0.2333 0.894230 0.000 0.884 0.092 NA 0.024 0.000
#> SRR2074739 1 0.3111 0.635479 0.836 0.000 0.000 NA 0.008 0.124
#> SRR2074738 2 0.1492 0.922107 0.000 0.940 0.036 NA 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.1080 0.916423 0.000 0.960 0.004 NA 0.004 0.000
#> SRR2074736 2 0.0622 0.920494 0.000 0.980 0.008 NA 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.1829 0.650399 0.920 0.000 0.000 NA 0.012 0.004
#> SRR2074734 2 0.0692 0.920707 0.000 0.976 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0692 0.676147 0.976 0.000 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR2074732 2 0.1531 0.907210 0.000 0.928 0.004 NA 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.1895 0.898298 0.000 0.912 0.000 NA 0.016 0.000
#> SRR2074730 6 0.4225 0.322111 0.480 0.000 0.000 NA 0.004 0.508
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.00 0.995 0.998 0.5007 0.500 0.500
#> 3 3 1.00 0.978 0.985 0.0318 0.977 0.954
#> 4 4 0.98 0.964 0.980 0.0340 0.973 0.944
#> 5 5 1.00 0.969 0.985 0.0124 1.000 0.999
#> 6 6 1.00 0.962 0.990 0.0160 1.000 1.000
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR2074919 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.0672 0.988 0.008 0.992
#> SRR2074909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.7602 0.721 0.220 0.780
#> SRR2074893 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.7602 0.721 0.220 0.780
#> SRR2074744 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.1643 0.517 0.044 0.000 0.956
#> SRR2074919 3 0.6308 0.777 0.492 0.000 0.508
#> SRR2074920 3 0.6308 0.777 0.492 0.000 0.508
#> SRR2074917 1 0.5363 0.128 0.724 0.000 0.276
#> SRR2074918 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074916 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.6308 0.777 0.492 0.000 0.508
#> SRR2074911 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074910 2 0.2173 0.942 0.008 0.944 0.048
#> SRR2074909 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.6437 0.590 0.220 0.732 0.048
#> SRR2074893 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.6308 0.777 0.492 0.000 0.508
#> SRR2074878 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.6437 0.590 0.220 0.732 0.048
#> SRR2074744 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074741 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0000 -0.177 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.4999 0.755 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR2074920 3 0.4999 0.755 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR2074917 1 0.4250 0.152 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR2074918 4 0.4961 0.461 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR2074916 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.4999 0.755 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR2074911 2 0.0469 0.984 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074910 4 0.4222 0.500 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR2074909 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 4 0.4501 0.109 0.212 0.024 0.000 0.764
#> SRR2074893 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.4999 0.755 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 4 0.4501 0.109 0.212 0.024 0.000 0.764
#> SRR2074744 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 4 0.4961 0.461 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR2074741 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.241 -0.4970 0.000 0.000 0.900 0.032 0.068
#> SRR2074919 3 0.484 0.6788 0.416 0.000 0.564 0.012 0.008
#> SRR2074920 3 0.426 0.7025 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.380 0.1334 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR2074918 5 0.177 1.0000 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924
#> SRR2074916 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.051 0.9825 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074912 3 0.427 0.7018 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.051 0.9827 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074910 4 0.167 -0.0506 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR2074909 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 4 0.379 0.6393 0.212 0.000 0.000 0.768 0.020
#> SRR2074893 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.427 0.7018 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 4 0.379 0.6393 0.212 0.000 0.000 0.768 0.020
#> SRR2074744 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 5 0.177 1.0000 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924
#> SRR2074741 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.000 0.9996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.000 0.9944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 6 0.3266 0.0000 0.000 0.000 0.272 0.000 0 0.728
#> SRR2074919 3 0.0000 0.0520 0.000 0.000 1.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074920 3 0.1075 0.3032 0.048 0.000 0.952 0.000 0 0.000
#> SRR2074917 1 0.3795 0.2865 0.632 0.000 0.364 0.000 0 0.004
#> SRR2074918 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2074916 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074913 2 0.0458 0.9810 0.000 0.984 0.000 0.016 0 0.000
#> SRR2074912 3 0.2793 0.5427 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> SRR2074911 2 0.3674 0.6104 0.000 0.716 0.000 0.016 0 0.268
#> SRR2074910 4 0.1141 -0.0594 0.000 0.052 0.000 0.948 0 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074894 4 0.2883 0.6292 0.212 0.000 0.000 0.788 0 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074879 3 0.2793 0.5427 0.200 0.000 0.800 0.000 0 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074746 4 0.2883 0.6292 0.212 0.000 0.000 0.788 0 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074742 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1 0.000
#> SRR2074741 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.9969 0.000 1.000 0.000 0.000 0 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.9948 1.000 0.000 0.000 0.000 0 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5012 0.499 0.499
#> 3 3 0.844 0.878 0.911 0.1311 0.967 0.933
#> 4 4 0.764 0.913 0.857 0.1234 0.863 0.709
#> 5 5 0.752 0.809 0.843 0.0864 0.989 0.967
#> 6 6 0.726 0.898 0.857 0.0611 0.894 0.678
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074919 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074920 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074917 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074918 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074916 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074915 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074914 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074913 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074912 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074911 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074910 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074909 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074907 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074908 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074906 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074905 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074904 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074903 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074902 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074901 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074900 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074899 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074898 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074897 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074896 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074895 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074894 2 0.141 0.98 0.02 0.98
#> SRR2074893 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074892 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074891 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074890 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074887 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074889 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074886 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074888 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074885 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074884 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074883 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074882 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074880 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074881 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074879 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074878 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074877 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074876 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074875 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074874 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074873 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074872 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074871 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074870 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074869 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074868 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074867 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074866 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074865 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074864 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074863 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074862 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074861 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074860 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074859 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074858 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074855 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074857 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074856 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074854 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074853 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074852 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074851 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074850 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074849 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074848 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074847 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074846 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074845 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074843 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074842 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074844 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074841 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074840 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074839 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074838 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074836 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074835 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074837 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074834 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074833 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074832 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074831 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074829 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074830 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074828 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074827 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074826 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074825 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074824 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074823 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074822 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074821 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074820 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074819 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074817 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074818 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074816 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074815 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074814 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074812 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074813 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074809 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074810 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074811 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074808 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074807 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074806 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074805 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074804 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074803 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074801 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074802 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074799 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074800 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074798 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074797 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074795 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074796 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074794 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074793 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074792 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074791 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074790 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074789 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074788 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074787 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074786 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074785 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074784 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074783 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074782 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074779 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074781 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074780 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074778 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074777 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074776 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074775 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074774 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074773 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074771 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074772 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074770 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074769 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074768 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074766 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074767 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074765 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074764 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074763 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074761 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074762 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074760 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074759 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074757 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074758 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074756 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074755 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074754 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074753 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074752 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074751 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074749 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074750 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074748 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074747 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074745 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074746 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074744 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074743 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074742 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074741 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074740 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074739 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074738 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074737 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074736 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074735 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074734 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074733 1 0.000 1.00 1.00 0.00
#> SRR2074732 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074731 2 0.000 1.00 0.00 1.00
#> SRR2074730 1 0.000 1.00 1.00 0.00
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.5882 0.739 0.348 0.000 0.652
#> SRR2074919 3 0.6026 0.756 0.376 0.000 0.624
#> SRR2074920 3 0.6026 0.756 0.376 0.000 0.624
#> SRR2074917 3 0.6299 0.574 0.476 0.000 0.524
#> SRR2074918 3 0.6008 -0.539 0.000 0.372 0.628
#> SRR2074916 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074915 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074914 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.5882 0.838 0.000 0.652 0.348
#> SRR2074912 3 0.6045 0.754 0.380 0.000 0.620
#> SRR2074911 2 0.5905 0.835 0.000 0.648 0.352
#> SRR2074910 2 0.6026 0.817 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074909 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074908 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074906 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074904 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074903 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074902 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074900 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074899 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074898 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074895 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.7567 0.760 0.048 0.576 0.376
#> SRR2074893 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074892 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074887 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074889 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074888 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074880 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074879 3 0.6045 0.754 0.380 0.000 0.620
#> SRR2074878 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074877 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074876 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074873 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074871 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074870 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074867 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074866 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074865 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074861 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074860 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074858 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074855 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074856 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074854 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074853 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074852 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074850 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074848 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074847 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074846 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074843 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074844 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074841 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074835 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074833 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074831 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074830 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074828 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074826 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074825 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.5785 0.838 0.000 0.668 0.332
#> SRR2074820 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074817 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074818 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074814 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074812 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074811 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074807 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074806 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074799 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074794 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074792 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074788 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074787 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074786 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074785 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074779 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074781 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074780 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074778 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074777 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074776 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074771 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074772 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074767 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074764 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074763 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074762 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074760 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074759 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074757 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074758 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074755 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.5882 0.838 0.000 0.652 0.348
#> SRR2074752 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074751 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074750 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074745 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074746 1 0.1031 0.963 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074744 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074743 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074742 2 0.6045 0.813 0.000 0.620 0.380
#> SRR2074741 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074739 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074737 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.5859 0.841 0.000 0.656 0.344
#> SRR2074735 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.5810 0.839 0.000 0.664 0.336
#> SRR2074733 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.750 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0237 0.996 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0592 0.877 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074919 3 0.1389 0.926 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR2074920 3 0.1389 0.926 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR2074917 3 0.5548 0.707 0.200 0.000 0.716 0.084
#> SRR2074918 2 0.6992 0.344 0.000 0.576 0.248 0.176
#> SRR2074916 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074915 2 0.2704 0.798 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR2074914 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074913 2 0.3172 0.752 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR2074912 3 0.2335 0.926 0.060 0.000 0.920 0.020
#> SRR2074911 2 0.2814 0.789 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR2074910 2 0.3681 0.723 0.000 0.816 0.008 0.176
#> SRR2074909 1 0.0469 0.875 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074907 1 0.3610 0.867 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR2074908 2 0.0188 0.951 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074906 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074905 1 0.3764 0.864 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074904 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.3486 0.869 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2074901 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.3764 0.864 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074899 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074897 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074896 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074894 2 0.6484 0.562 0.072 0.696 0.048 0.184
#> SRR2074893 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0469 0.877 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074891 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074890 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074886 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074885 1 0.3074 0.873 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2074884 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074883 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074882 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074880 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074881 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.2335 0.926 0.060 0.000 0.920 0.020
#> SRR2074878 1 0.3764 0.864 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074877 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.1118 0.881 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074875 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074874 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074873 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074872 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074871 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074869 1 0.3688 0.865 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR2074868 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074867 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074864 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074863 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074862 1 0.3726 0.865 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2074861 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074860 1 0.3486 0.870 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR2074859 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074858 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074857 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074856 1 0.3764 0.864 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074854 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074853 1 0.3726 0.865 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2074852 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074851 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074850 1 0.0469 0.877 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074849 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074848 1 0.3764 0.864 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074847 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074846 1 0.1118 0.881 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074845 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074843 1 0.0336 0.876 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074842 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074840 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074839 1 0.0469 0.877 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074838 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074836 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074837 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074834 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0336 0.876 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074832 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.1022 0.880 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074829 1 0.3764 0.864 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074830 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074828 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074827 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0188 0.951 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074825 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074824 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074823 1 0.0469 0.877 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074822 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074821 2 0.0188 0.949 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074820 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074819 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074816 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074815 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074812 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074813 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074809 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074810 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074808 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074805 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074804 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074803 1 0.0469 0.875 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074801 1 0.0469 0.875 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074802 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074800 1 0.0469 0.877 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074798 1 0.0469 0.875 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074797 1 0.0469 0.877 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074795 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074796 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074793 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074791 1 0.0469 0.877 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074790 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074789 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074788 1 0.3764 0.864 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074787 1 0.3764 0.864 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074786 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074784 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074783 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074782 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074779 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.3764 0.864 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074778 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074775 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074774 1 0.3444 0.870 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR2074773 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074770 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074769 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074768 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074766 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0469 0.877 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074765 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074764 2 0.0188 0.951 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074763 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074761 1 0.3764 0.864 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074762 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.3801 0.863 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074757 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074756 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0707 0.880 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074754 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074753 2 0.3172 0.752 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR2074752 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074751 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074749 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0188 0.880 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074748 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074747 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074746 1 0.2926 0.789 0.896 0.000 0.048 0.056
#> SRR2074744 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 2 0.4756 0.674 0.000 0.772 0.052 0.176
#> SRR2074741 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074740 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.3074 0.873 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR2074738 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074736 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0188 0.879 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074734 2 0.0188 0.949 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074733 1 0.0592 0.881 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074732 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074731 4 0.4877 1.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074730 1 0.3801 0.862 0.780 0.000 0.000 0.220
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.2482 0.8118 0.000 0.024 0.892 0.000 0.084
#> SRR2074919 3 0.0703 0.8717 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0703 0.8717 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.4122 0.5306 0.304 0.004 0.688 0.000 0.004
#> SRR2074918 5 0.7243 -0.0156 0.000 0.124 0.088 0.268 0.520
#> SRR2074916 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074915 4 0.4751 0.5760 0.000 0.116 0.000 0.732 0.152
#> SRR2074914 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074913 4 0.5327 0.4391 0.000 0.120 0.000 0.664 0.216
#> SRR2074912 3 0.1341 0.8732 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.6037 -0.2168 0.000 0.116 0.000 0.444 0.440
#> SRR2074910 4 0.5831 0.2253 0.000 0.128 0.000 0.580 0.292
#> SRR2074909 1 0.4760 0.6724 0.564 0.020 0.000 0.000 0.416
#> SRR2074907 1 0.1043 0.7088 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074908 4 0.0162 0.9522 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074906 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074905 1 0.0290 0.7106 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074904 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.1270 0.7147 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074901 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.7095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074897 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.4262 0.6726 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR2074894 4 0.6476 0.2026 0.000 0.168 0.024 0.580 0.228
#> SRR2074893 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.5107 0.6751 0.596 0.048 0.000 0.000 0.356
#> SRR2074891 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074890 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074886 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074885 1 0.1671 0.7150 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074884 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074883 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074882 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074881 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.1341 0.8732 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0162 0.7102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074877 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.3612 0.7038 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR2074875 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.7095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074872 1 0.0324 0.7063 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074871 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.4390 0.6761 0.568 0.004 0.000 0.000 0.428
#> SRR2074869 1 0.1270 0.7078 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074868 1 0.0324 0.7063 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074867 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074864 1 0.4249 0.6763 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR2074863 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074862 1 0.0000 0.7095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.2605 0.7033 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2074859 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074857 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.7095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0324 0.7075 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074853 1 0.0290 0.7110 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074852 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074851 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.5202 0.6726 0.596 0.056 0.000 0.000 0.348
#> SRR2074849 1 0.0000 0.7095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.7095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.4687 0.6935 0.672 0.040 0.000 0.000 0.288
#> SRR2074845 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.5240 0.6697 0.584 0.056 0.000 0.000 0.360
#> SRR2074842 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074840 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074839 1 0.5202 0.6726 0.596 0.056 0.000 0.000 0.348
#> SRR2074838 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074836 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074837 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074834 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.5176 0.6699 0.572 0.048 0.000 0.000 0.380
#> SRR2074832 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.5063 0.6825 0.632 0.056 0.000 0.000 0.312
#> SRR2074829 1 0.0000 0.7095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074827 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 4 0.0290 0.9475 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2074825 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074824 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074823 1 0.5215 0.6722 0.592 0.056 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074822 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074821 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074819 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074816 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074815 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074813 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074809 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074810 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074808 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074805 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074804 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074803 1 0.4674 0.6751 0.568 0.016 0.000 0.000 0.416
#> SRR2074801 1 0.4689 0.6707 0.560 0.016 0.000 0.000 0.424
#> SRR2074802 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074800 1 0.4935 0.6820 0.616 0.040 0.000 0.000 0.344
#> SRR2074798 1 0.4262 0.6726 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR2074797 1 0.5202 0.6726 0.596 0.056 0.000 0.000 0.348
#> SRR2074795 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074796 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074793 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074791 1 0.5202 0.6726 0.596 0.056 0.000 0.000 0.348
#> SRR2074790 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074789 1 0.0324 0.7063 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074788 1 0.0162 0.7102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074787 1 0.0000 0.7095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074784 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074783 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074782 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0162 0.7102 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074778 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074775 1 0.4597 0.6735 0.564 0.012 0.000 0.000 0.424
#> SRR2074774 1 0.1197 0.7151 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074773 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074770 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074769 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074768 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074766 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.5215 0.6722 0.592 0.056 0.000 0.000 0.352
#> SRR2074765 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 4 0.0290 0.9475 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2074763 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.7095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.1282 0.7054 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074757 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074756 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.4171 0.6848 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR2074754 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074753 4 0.2824 0.7609 0.000 0.116 0.000 0.864 0.020
#> SRR2074752 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074749 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.3999 0.6967 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR2074748 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074747 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 5 0.6146 -0.6353 0.444 0.068 0.024 0.000 0.464
#> SRR2074744 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 5 0.6552 0.0706 0.000 0.124 0.024 0.332 0.520
#> SRR2074741 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074740 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.1671 0.7150 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074738 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074736 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.4256 0.6755 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074734 4 0.0000 0.9567 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.4210 0.6839 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR2074732 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074731 2 0.3143 1.0000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR2074730 1 0.0162 0.7090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.3597 0.761 0.000 0.036 0.824 0.000 0.048 0.092
#> SRR2074919 3 0.0260 0.832 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0260 0.832 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.4834 0.503 0.076 0.004 0.672 0.000 0.008 0.240
#> SRR2074918 5 0.5248 0.524 0.000 0.000 0.020 0.116 0.648 0.216
#> SRR2074916 2 0.4087 0.895 0.000 0.776 0.000 0.116 0.092 0.016
#> SRR2074915 4 0.3950 -0.222 0.000 0.000 0.000 0.564 0.432 0.004
#> SRR2074914 1 0.0291 0.892 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074913 5 0.3854 0.439 0.000 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR2074912 3 0.1333 0.836 0.008 0.000 0.944 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074911 5 0.3807 0.621 0.000 0.000 0.000 0.192 0.756 0.052
#> SRR2074910 5 0.3804 0.616 0.000 0.000 0.000 0.336 0.656 0.008
#> SRR2074909 1 0.1633 0.884 0.932 0.024 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2074907 6 0.4015 0.893 0.396 0.004 0.000 0.000 0.004 0.596
#> SRR2074908 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074906 2 0.2838 0.980 0.000 0.852 0.000 0.116 0.004 0.028
#> SRR2074905 6 0.3607 0.951 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR2074904 4 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074903 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 6 0.4039 0.834 0.424 0.000 0.000 0.000 0.008 0.568
#> SRR2074901 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 6 0.3699 0.956 0.336 0.000 0.000 0.000 0.004 0.660
#> SRR2074899 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.2146 0.988 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2074897 2 0.2003 0.989 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074895 1 0.1180 0.887 0.960 0.016 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2074894 4 0.4682 -0.309 0.000 0.000 0.004 0.540 0.420 0.036
#> SRR2074893 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.3797 0.829 0.812 0.072 0.000 0.000 0.080 0.036
#> SRR2074891 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.2678 0.982 0.000 0.860 0.000 0.116 0.004 0.020
#> SRR2074886 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.2146 0.989 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2074885 6 0.4300 0.754 0.456 0.004 0.000 0.000 0.012 0.528
#> SRR2074884 2 0.2146 0.988 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2074883 2 0.2146 0.988 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2074882 6 0.3684 0.958 0.332 0.000 0.000 0.000 0.004 0.664
#> SRR2074880 2 0.2146 0.988 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2074881 4 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074879 3 0.1265 0.838 0.008 0.000 0.948 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074878 6 0.3684 0.958 0.332 0.000 0.000 0.000 0.004 0.664
#> SRR2074877 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.3404 0.449 0.744 0.004 0.000 0.000 0.004 0.248
#> SRR2074875 2 0.2357 0.987 0.000 0.872 0.000 0.116 0.000 0.012
#> SRR2074874 6 0.3668 0.958 0.328 0.000 0.000 0.000 0.004 0.668
#> SRR2074873 2 0.2146 0.988 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2074872 6 0.3774 0.957 0.328 0.000 0.000 0.000 0.008 0.664
#> SRR2074871 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.1168 0.890 0.956 0.016 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074869 6 0.3915 0.873 0.412 0.000 0.000 0.000 0.004 0.584
#> SRR2074868 6 0.3774 0.957 0.328 0.000 0.000 0.000 0.008 0.664
#> SRR2074867 4 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074866 4 0.0405 0.963 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2074865 1 0.0146 0.893 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074864 1 0.0622 0.891 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR2074863 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 6 0.3835 0.955 0.336 0.004 0.000 0.000 0.004 0.656
#> SRR2074861 6 0.3668 0.958 0.328 0.000 0.000 0.000 0.004 0.668
#> SRR2074860 1 0.4226 -0.458 0.580 0.004 0.000 0.000 0.012 0.404
#> SRR2074859 6 0.3668 0.958 0.328 0.000 0.000 0.000 0.004 0.668
#> SRR2074858 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.2450 0.988 0.000 0.868 0.000 0.116 0.000 0.016
#> SRR2074857 6 0.3668 0.958 0.328 0.000 0.000 0.000 0.004 0.668
#> SRR2074856 6 0.3684 0.959 0.332 0.000 0.000 0.000 0.004 0.664
#> SRR2074854 6 0.4241 0.929 0.316 0.016 0.000 0.000 0.012 0.656
#> SRR2074853 6 0.4046 0.919 0.368 0.004 0.000 0.000 0.008 0.620
#> SRR2074852 2 0.2257 0.989 0.000 0.876 0.000 0.116 0.000 0.008
#> SRR2074851 6 0.3758 0.954 0.324 0.000 0.000 0.000 0.008 0.668
#> SRR2074850 1 0.3742 0.830 0.816 0.068 0.000 0.000 0.080 0.036
#> SRR2074849 6 0.3805 0.958 0.328 0.004 0.000 0.000 0.004 0.664
#> SRR2074848 6 0.3547 0.959 0.332 0.000 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR2074847 6 0.3774 0.957 0.328 0.000 0.000 0.000 0.008 0.664
#> SRR2074846 1 0.4679 0.668 0.740 0.056 0.000 0.000 0.068 0.136
#> SRR2074845 6 0.3668 0.958 0.328 0.000 0.000 0.000 0.004 0.668
#> SRR2074843 1 0.3300 0.842 0.840 0.068 0.000 0.000 0.076 0.016
#> SRR2074842 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.2257 0.989 0.000 0.876 0.000 0.116 0.000 0.008
#> SRR2074840 2 0.2760 0.982 0.000 0.856 0.000 0.116 0.004 0.024
#> SRR2074839 1 0.3618 0.833 0.824 0.068 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR2074838 2 0.2003 0.989 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.2003 0.989 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0146 0.892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074834 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.2767 0.860 0.868 0.056 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR2074832 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.4443 0.781 0.768 0.072 0.000 0.000 0.084 0.076
#> SRR2074829 6 0.3835 0.955 0.336 0.004 0.000 0.000 0.004 0.656
#> SRR2074830 6 0.3531 0.958 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2074828 1 0.0665 0.890 0.980 0.004 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074827 4 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074826 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074825 2 0.2146 0.989 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2074824 2 0.2536 0.987 0.000 0.864 0.000 0.116 0.000 0.020
#> SRR2074823 1 0.3618 0.833 0.824 0.068 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR2074822 2 0.2838 0.980 0.000 0.852 0.000 0.116 0.004 0.028
#> SRR2074821 4 0.0146 0.965 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074820 2 0.2357 0.988 0.000 0.872 0.000 0.116 0.000 0.012
#> SRR2074819 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 4 0.0405 0.963 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2074818 2 0.2357 0.988 0.000 0.872 0.000 0.116 0.000 0.012
#> SRR2074816 1 0.0291 0.893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074815 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 6 0.3531 0.958 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2074812 2 0.2838 0.980 0.000 0.852 0.000 0.116 0.004 0.028
#> SRR2074813 2 0.2678 0.982 0.000 0.860 0.000 0.116 0.004 0.020
#> SRR2074809 2 0.2146 0.989 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2074810 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074811 2 0.2760 0.982 0.000 0.856 0.000 0.116 0.004 0.024
#> SRR2074808 4 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074807 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.2257 0.989 0.000 0.876 0.000 0.116 0.000 0.008
#> SRR2074804 1 0.0436 0.892 0.988 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074803 1 0.1980 0.882 0.920 0.036 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR2074801 1 0.1867 0.882 0.924 0.036 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR2074802 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074799 2 0.2146 0.989 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2074800 1 0.3689 0.831 0.820 0.068 0.000 0.000 0.076 0.036
#> SRR2074798 1 0.0508 0.891 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074797 1 0.3618 0.833 0.824 0.068 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR2074795 2 0.2146 0.988 0.000 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR2074796 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.2003 0.989 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR2074793 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0551 0.891 0.984 0.004 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074791 1 0.3797 0.828 0.812 0.072 0.000 0.000 0.080 0.036
#> SRR2074790 2 0.2357 0.989 0.000 0.872 0.000 0.116 0.000 0.012
#> SRR2074789 6 0.3774 0.957 0.328 0.000 0.000 0.000 0.008 0.664
#> SRR2074788 6 0.3940 0.953 0.336 0.004 0.000 0.000 0.008 0.652
#> SRR2074787 6 0.3684 0.958 0.332 0.000 0.000 0.000 0.004 0.664
#> SRR2074786 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0146 0.894 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0146 0.893 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074783 2 0.2257 0.989 0.000 0.876 0.000 0.116 0.000 0.008
#> SRR2074782 6 0.3668 0.958 0.328 0.000 0.000 0.000 0.004 0.668
#> SRR2074779 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 4 0.0405 0.963 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2074780 6 0.3578 0.956 0.340 0.000 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR2074778 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074776 2 0.2003 0.989 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.1088 0.891 0.960 0.016 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074774 6 0.4195 0.799 0.440 0.004 0.000 0.000 0.008 0.548
#> SRR2074773 4 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074771 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074772 1 0.0000 0.893 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0603 0.894 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074769 2 0.2257 0.989 0.000 0.876 0.000 0.116 0.000 0.008
#> SRR2074768 2 0.2257 0.989 0.000 0.876 0.000 0.116 0.000 0.008
#> SRR2074766 4 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074767 1 0.3726 0.832 0.816 0.072 0.000 0.000 0.080 0.032
#> SRR2074765 6 0.3774 0.957 0.328 0.000 0.000 0.000 0.008 0.664
#> SRR2074764 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074763 2 0.2003 0.989 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR2074761 6 0.3728 0.951 0.344 0.000 0.000 0.000 0.004 0.652
#> SRR2074762 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074760 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 6 0.3795 0.928 0.364 0.000 0.000 0.000 0.004 0.632
#> SRR2074757 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.2257 0.989 0.000 0.876 0.000 0.116 0.000 0.008
#> SRR2074756 4 0.0405 0.963 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2074755 1 0.1387 0.832 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074754 1 0.0291 0.892 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074753 4 0.2772 0.651 0.000 0.000 0.000 0.816 0.180 0.004
#> SRR2074752 6 0.3668 0.958 0.328 0.000 0.000 0.000 0.004 0.668
#> SRR2074751 1 0.0291 0.892 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074749 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.3310 0.727 0.816 0.016 0.000 0.000 0.020 0.148
#> SRR2074748 1 0.0291 0.893 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074747 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 6 0.3774 0.957 0.328 0.000 0.000 0.000 0.008 0.664
#> SRR2074746 1 0.4259 0.773 0.776 0.056 0.004 0.000 0.128 0.036
#> SRR2074744 4 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074743 4 0.0146 0.967 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074742 5 0.5101 0.553 0.000 0.000 0.008 0.128 0.648 0.216
#> SRR2074741 1 0.0146 0.893 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074740 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074739 6 0.4564 0.686 0.472 0.008 0.000 0.000 0.020 0.500
#> SRR2074738 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.2838 0.980 0.000 0.852 0.000 0.116 0.004 0.028
#> SRR2074736 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0436 0.892 0.988 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074734 4 0.0146 0.964 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.1668 0.849 0.928 0.004 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR2074732 2 0.2838 0.980 0.000 0.852 0.000 0.116 0.004 0.028
#> SRR2074731 2 0.2257 0.989 0.000 0.876 0.000 0.116 0.000 0.008
#> SRR2074730 6 0.3774 0.957 0.328 0.000 0.000 0.000 0.008 0.664
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.998 0.5014 0.499 0.499
#> 3 3 0.845 0.919 0.939 0.1121 0.951 0.903
#> 4 4 0.832 0.723 0.866 0.0929 0.973 0.942
#> 5 5 0.821 0.887 0.875 0.0659 0.871 0.709
#> 6 6 0.725 0.857 0.850 0.0510 0.987 0.960
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.985 0.252 0.428 0.572
#> SRR2074893 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.5178 0.750 0.256 0.000 0.744
#> SRR2074919 3 0.6026 0.768 0.376 0.000 0.624
#> SRR2074920 3 0.6026 0.768 0.376 0.000 0.624
#> SRR2074917 3 0.6274 0.616 0.456 0.000 0.544
#> SRR2074918 3 0.0237 0.607 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074916 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074915 2 0.4452 0.877 0.000 0.808 0.192
#> SRR2074914 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.4235 0.880 0.000 0.824 0.176
#> SRR2074912 3 0.6026 0.768 0.376 0.000 0.624
#> SRR2074911 2 0.6026 0.679 0.000 0.624 0.376
#> SRR2074910 2 0.6111 0.524 0.000 0.604 0.396
#> SRR2074909 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074905 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0237 0.907 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074902 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074897 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074896 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.9490 -0.286 0.444 0.368 0.188
#> SRR2074893 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074886 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074885 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074883 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074882 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074881 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.6026 0.768 0.376 0.000 0.624
#> SRR2074878 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.1411 0.903 0.000 0.964 0.036
#> SRR2074876 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074874 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074872 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0747 0.906 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074865 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074857 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074851 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074840 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074839 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074836 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074837 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074824 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074823 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074821 2 0.0747 0.906 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074820 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074819 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074816 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074813 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074809 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074810 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074808 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074804 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074800 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074796 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074793 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074789 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074782 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074775 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074768 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074766 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074761 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074756 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 3 0.1643 0.572 0.000 0.044 0.956
#> SRR2074741 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.2356 0.898 0.000 0.928 0.072
#> SRR2074736 2 0.0000 0.908 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0237 0.907 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074733 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074731 2 0.4504 0.877 0.000 0.804 0.196
#> SRR2074730 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.1022 0.7742 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR2074919 3 0.2345 0.8918 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR2074920 3 0.2345 0.8918 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR2074917 3 0.3873 0.7565 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR2074918 4 0.4967 -0.3310 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR2074916 2 0.4998 0.3750 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR2074915 4 0.4981 -0.3169 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR2074914 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 4 0.4925 -0.0474 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR2074912 3 0.2973 0.8782 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR2074911 4 0.4904 0.3285 0.000 0.216 0.040 0.744
#> SRR2074910 4 0.6192 0.3704 0.000 0.244 0.104 0.652
#> SRR2074909 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0336 0.6407 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074906 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074905 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074903 2 0.1557 0.6250 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074902 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074900 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074899 2 0.0817 0.6386 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074898 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074897 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074896 2 0.0336 0.6407 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074895 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 4 0.8134 -0.1349 0.084 0.348 0.080 0.488
#> SRR2074893 2 0.0188 0.6444 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074892 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074887 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074889 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074886 2 0.0336 0.6438 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074888 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074885 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074884 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074883 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074882 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074880 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074881 2 0.0188 0.6430 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074879 3 0.2704 0.8929 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR2074878 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074877 2 0.4356 0.4845 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR2074876 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074874 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074873 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074872 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074871 2 0.0188 0.6430 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074870 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074867 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074866 2 0.3688 0.5396 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR2074865 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074861 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074860 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074859 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074858 2 0.0188 0.6444 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074855 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074857 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074856 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074854 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074853 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074852 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074851 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074850 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074848 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074847 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074846 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074845 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074843 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074844 2 0.0336 0.6440 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074841 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074840 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074839 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074836 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074835 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074837 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0336 0.6407 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074833 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0921 0.6383 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2074831 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074830 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074828 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074826 2 0.0592 0.6327 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074825 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074824 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074823 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074821 2 0.4543 0.4668 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR2074820 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074819 2 0.0000 0.6444 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.6444 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074816 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0188 0.6430 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074814 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074812 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074813 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074809 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074810 2 0.0000 0.6444 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074808 2 0.0188 0.6430 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074807 2 0.0000 0.6444 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074804 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0336 0.6407 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074799 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074800 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074796 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074794 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074793 2 0.0469 0.6426 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074792 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074789 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074788 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074787 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074786 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074785 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074782 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074779 2 0.0000 0.6444 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074780 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074778 2 0.0188 0.6444 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074777 2 0.0336 0.6430 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074776 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074775 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074773 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074771 2 0.0188 0.6430 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074772 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074768 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074766 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074767 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074764 2 0.0469 0.6372 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074763 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074761 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074762 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074760 2 0.0188 0.6434 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074759 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074757 2 0.0336 0.6437 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074758 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074756 2 0.0336 0.6407 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074755 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.2760 0.5694 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR2074752 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074751 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0188 0.6430 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074750 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.6444 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074746 1 0.0804 0.9773 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR2074744 2 0.0000 0.6444 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0336 0.6407 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074742 4 0.4661 -0.1468 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR2074741 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0336 0.6407 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074739 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0188 0.6430 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074737 2 0.4817 0.4246 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR2074736 2 0.0188 0.6430 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074735 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.2647 0.5925 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR2074733 1 0.0000 0.9978 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074731 2 0.4996 0.3845 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR2074730 1 0.0188 0.9972 0.996 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0162 0.6328 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074919 3 0.0510 0.6880 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0510 0.6880 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.3662 0.3439 0.252 0.000 0.744 0.000 0.004
#> SRR2074918 5 0.6109 0.6619 0.000 0.172 0.272 0.000 0.556
#> SRR2074916 2 0.3636 0.8829 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR2074915 2 0.3988 0.6945 0.000 0.768 0.000 0.196 0.036
#> SRR2074914 1 0.1851 0.9442 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074913 2 0.5329 0.2830 0.000 0.656 0.000 0.236 0.108
#> SRR2074912 3 0.1908 0.6690 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.4093 0.3072 0.000 0.800 0.008 0.068 0.124
#> SRR2074910 2 0.7089 -0.5693 0.000 0.468 0.032 0.184 0.316
#> SRR2074909 1 0.1851 0.9451 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074907 1 0.0510 0.9594 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074908 4 0.0451 0.9306 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR2074906 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074905 1 0.0162 0.9577 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074904 4 0.0290 0.9335 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2074903 4 0.2389 0.7986 0.000 0.116 0.000 0.880 0.004
#> SRR2074902 1 0.0566 0.9592 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074901 4 0.0451 0.9337 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR2074900 1 0.0404 0.9578 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074899 4 0.1544 0.8777 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR2074898 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074897 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074896 4 0.0451 0.9246 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2074895 1 0.1908 0.9430 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074894 5 0.4107 0.5740 0.020 0.056 0.032 0.056 0.836
#> SRR2074893 4 0.0865 0.9267 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR2074892 1 0.1121 0.9572 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074891 1 0.2020 0.9385 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2074890 4 0.0162 0.9337 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074887 4 0.0290 0.9335 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2074889 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074886 4 0.1270 0.9000 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR2074888 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074885 1 0.0324 0.9582 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074884 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074883 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074882 1 0.0324 0.9569 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074880 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074881 4 0.0290 0.9335 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2074879 3 0.1608 0.6953 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0290 0.9569 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074877 4 0.4227 -0.2910 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR2074876 1 0.0963 0.9596 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074875 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074874 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074873 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074872 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074871 4 0.0671 0.9332 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR2074870 1 0.1732 0.9472 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2074869 1 0.0703 0.9593 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074868 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074867 4 0.0609 0.9326 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2074866 4 0.4030 0.0386 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR2074865 1 0.1965 0.9404 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074864 1 0.1671 0.9487 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074863 1 0.1851 0.9442 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074862 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074861 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074860 1 0.0865 0.9585 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074859 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074858 4 0.0880 0.9206 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR2074855 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074857 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074856 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074854 1 0.0566 0.9570 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074853 1 0.0324 0.9570 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074852 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074851 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074850 1 0.1410 0.9539 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074849 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074848 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074847 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074846 1 0.0609 0.9594 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074845 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074843 1 0.1410 0.9538 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074842 4 0.0566 0.9336 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR2074844 4 0.0880 0.9206 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR2074841 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074840 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074839 1 0.1341 0.9544 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074838 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074836 4 0.0290 0.9335 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2074835 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074837 1 0.1908 0.9424 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074834 4 0.0290 0.9305 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074833 1 0.1270 0.9562 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074832 4 0.0865 0.9230 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR2074831 1 0.0510 0.9589 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074829 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074830 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074828 1 0.1410 0.9542 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074827 4 0.0566 0.9323 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR2074826 4 0.0912 0.9226 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR2074825 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074824 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074823 1 0.1270 0.9551 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074822 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074821 4 0.4450 -0.5453 0.000 0.488 0.000 0.508 0.004
#> SRR2074820 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074819 4 0.0162 0.9334 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074817 4 0.0324 0.9328 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR2074818 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074816 1 0.1908 0.9424 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074815 4 0.0324 0.9328 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR2074814 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074812 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074813 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074809 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074810 4 0.0693 0.9297 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR2074811 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074808 4 0.0451 0.9335 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR2074807 4 0.0703 0.9269 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2074806 1 0.1965 0.9404 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074805 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074804 1 0.1908 0.9424 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074803 1 0.1608 0.9500 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2074801 1 0.1792 0.9465 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074802 4 0.0162 0.9306 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074799 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074800 1 0.1270 0.9567 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074798 1 0.1965 0.9404 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074797 1 0.1341 0.9546 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074795 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074796 4 0.0290 0.9335 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2074794 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074793 4 0.1571 0.8885 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR2074792 1 0.1851 0.9442 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074791 1 0.0963 0.9579 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074790 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074789 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074788 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074787 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074786 4 0.0162 0.9334 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074785 1 0.1908 0.9424 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074784 1 0.1965 0.9404 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074783 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074782 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074779 4 0.0510 0.9310 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2074781 4 0.0162 0.9305 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074780 1 0.0290 0.9569 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074778 4 0.0404 0.9325 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2074777 4 0.0865 0.9293 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR2074776 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074775 1 0.1965 0.9404 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074774 1 0.0290 0.9569 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074773 4 0.0579 0.9338 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR2074771 4 0.0162 0.9305 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074772 1 0.1965 0.9404 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074770 1 0.1478 0.9533 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074769 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074768 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074766 4 0.0404 0.9328 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR2074767 1 0.0510 0.9589 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074765 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074764 4 0.0451 0.9243 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR2074763 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074761 1 0.0290 0.9569 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074762 4 0.0566 0.9323 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR2074760 4 0.0162 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074759 1 0.0703 0.9594 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074757 4 0.0703 0.9259 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR2074758 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074756 4 0.0566 0.9241 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR2074755 1 0.1908 0.9424 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074754 1 0.1965 0.9404 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074753 4 0.4506 0.4975 0.000 0.296 0.000 0.676 0.028
#> SRR2074752 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074751 1 0.1965 0.9404 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074749 4 0.0451 0.9323 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR2074750 1 0.1121 0.9567 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074748 1 0.1908 0.9424 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074747 4 0.1251 0.9152 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR2074745 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074746 1 0.2846 0.8745 0.864 0.008 0.008 0.000 0.120
#> SRR2074744 4 0.0865 0.9319 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR2074743 4 0.0162 0.9333 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074742 5 0.5773 0.7056 0.000 0.216 0.168 0.000 0.616
#> SRR2074741 1 0.1965 0.9404 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074740 4 0.0162 0.9305 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074739 1 0.0324 0.9582 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074738 4 0.0290 0.9336 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2074737 2 0.4256 0.7349 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR2074736 4 0.0579 0.9330 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR2074735 1 0.1851 0.9442 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074734 4 0.3177 0.6051 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR2074733 1 0.1043 0.9578 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074732 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074731 2 0.3895 0.9439 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR2074730 1 0.0451 0.9560 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0603 0.6331 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074919 3 0.0363 0.6890 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0363 0.6890 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.3555 0.3408 0.280 0.000 0.712 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074918 5 0.7066 0.2331 0.000 0.088 0.192 0.000 0.368 0.352
#> SRR2074916 2 0.2838 0.9301 0.000 0.808 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR2074915 2 0.3930 0.6648 0.000 0.788 0.000 0.120 0.076 0.016
#> SRR2074914 1 0.3101 0.8476 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR2074913 2 0.6639 -0.1462 0.000 0.516 0.000 0.208 0.196 0.080
#> SRR2074912 3 0.1858 0.6843 0.092 0.000 0.904 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074911 2 0.5063 0.0492 0.000 0.660 0.008 0.020 0.252 0.060
#> SRR2074910 5 0.7174 0.0433 0.000 0.200 0.016 0.092 0.484 0.208
#> SRR2074909 1 0.3126 0.8455 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR2074907 1 0.1387 0.8908 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR2074908 4 0.1059 0.9424 0.000 0.016 0.000 0.964 0.016 0.004
#> SRR2074906 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.1584 0.8896 0.928 0.000 0.008 0.000 0.064 0.000
#> SRR2074904 4 0.1036 0.9489 0.000 0.024 0.000 0.964 0.008 0.004
#> SRR2074903 4 0.2219 0.8293 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.1007 0.8889 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR2074901 4 0.0777 0.9494 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR2074900 1 0.0806 0.8836 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074899 4 0.1444 0.9208 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0622 0.9393 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012 0.000
#> SRR2074895 1 0.3175 0.8407 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR2074894 6 0.0436 0.0000 0.004 0.000 0.000 0.004 0.004 0.988
#> SRR2074893 4 0.1082 0.9449 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR2074892 1 0.2092 0.8862 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR2074891 1 0.3221 0.8345 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074890 4 0.0858 0.9484 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR2074887 4 0.0922 0.9498 0.000 0.024 0.000 0.968 0.004 0.004
#> SRR2074889 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074886 4 0.1588 0.9192 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004 0.000
#> SRR2074888 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0692 0.8858 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074884 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0603 0.8815 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074880 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.0547 0.9491 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.1700 0.6984 0.080 0.000 0.916 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074878 1 0.0622 0.8808 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074877 2 0.3810 0.5405 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.1644 0.8903 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076 0.000
#> SRR2074875 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074873 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074871 4 0.0937 0.9455 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.3023 0.8533 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR2074869 1 0.1556 0.8892 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR2074868 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074867 4 0.0777 0.9502 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR2074866 4 0.4076 -0.1598 0.000 0.452 0.000 0.540 0.008 0.000
#> SRR2074865 1 0.3151 0.8416 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR2074864 1 0.2969 0.8568 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR2074863 1 0.3126 0.8452 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR2074862 1 0.0405 0.8792 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074861 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074860 1 0.1700 0.8862 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080 0.000
#> SRR2074859 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074858 4 0.1141 0.9377 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074856 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074854 1 0.0717 0.8827 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074853 1 0.0291 0.8826 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074852 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074850 1 0.2416 0.8789 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR2074849 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074848 1 0.0520 0.8776 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074847 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074846 1 0.0790 0.8866 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074845 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074843 1 0.2730 0.8684 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR2074842 4 0.1074 0.9501 0.000 0.028 0.000 0.960 0.012 0.000
#> SRR2074844 4 0.1285 0.9375 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004 0.000
#> SRR2074841 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.2454 0.8782 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR2074838 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0972 0.9487 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008 0.000
#> SRR2074835 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.2996 0.8539 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR2074834 4 0.0767 0.9442 0.000 0.012 0.000 0.976 0.008 0.004
#> SRR2074833 1 0.2300 0.8829 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR2074832 4 0.1226 0.9434 0.000 0.040 0.000 0.952 0.004 0.004
#> SRR2074831 1 0.1501 0.8886 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR2074829 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074830 1 0.0520 0.8776 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074828 1 0.2416 0.8804 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR2074827 4 0.0964 0.9468 0.000 0.016 0.000 0.968 0.012 0.004
#> SRR2074826 4 0.1116 0.9145 0.000 0.008 0.000 0.960 0.028 0.004
#> SRR2074825 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.2454 0.8781 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR2074822 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.3971 0.5021 0.000 0.548 0.000 0.448 0.004 0.000
#> SRR2074820 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.1010 0.9482 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004 0.000
#> SRR2074817 4 0.1049 0.9387 0.000 0.032 0.000 0.960 0.008 0.000
#> SRR2074818 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.3076 0.8488 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR2074815 4 0.0622 0.9458 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012 0.000
#> SRR2074814 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074812 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0914 0.9451 0.000 0.016 0.000 0.968 0.016 0.000
#> SRR2074811 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.0806 0.9498 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000
#> SRR2074807 4 0.1141 0.9382 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.3221 0.8345 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074805 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.3101 0.8463 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR2074803 1 0.2730 0.8686 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR2074801 1 0.3076 0.8493 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR2074802 4 0.0508 0.9363 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074799 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.2135 0.8840 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR2074798 1 0.3221 0.8345 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074797 1 0.2260 0.8820 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2074795 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.0632 0.9501 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074793 4 0.1588 0.9194 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004 0.000
#> SRR2074792 1 0.3050 0.8515 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR2074791 1 0.2048 0.8854 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR2074790 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074788 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074787 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074786 4 0.0806 0.9497 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000
#> SRR2074785 1 0.3175 0.8399 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR2074784 1 0.3151 0.8417 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR2074783 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074779 4 0.1082 0.9450 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR2074781 4 0.0862 0.9366 0.000 0.016 0.000 0.972 0.004 0.008
#> SRR2074780 1 0.0806 0.8820 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074778 4 0.0713 0.9492 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR2074777 4 0.1296 0.9485 0.000 0.044 0.000 0.948 0.004 0.004
#> SRR2074776 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.3151 0.8425 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR2074774 1 0.0858 0.8866 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074773 4 0.0820 0.9480 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012 0.000
#> SRR2074771 4 0.0909 0.9412 0.000 0.020 0.000 0.968 0.012 0.000
#> SRR2074772 1 0.3221 0.8345 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR2074770 1 0.2697 0.8715 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR2074769 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0603 0.9496 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> SRR2074767 1 0.1863 0.8890 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR2074765 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074764 4 0.1275 0.9221 0.000 0.016 0.000 0.956 0.012 0.016
#> SRR2074763 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0405 0.8817 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074762 4 0.0622 0.9395 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR2074760 4 0.0935 0.9473 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004 0.000
#> SRR2074759 1 0.1858 0.8885 0.904 0.000 0.004 0.000 0.092 0.000
#> SRR2074757 4 0.1075 0.9406 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.1232 0.9242 0.000 0.016 0.000 0.956 0.024 0.004
#> SRR2074755 1 0.3023 0.8523 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR2074754 1 0.3151 0.8417 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR2074753 4 0.4760 0.6827 0.000 0.168 0.000 0.716 0.088 0.028
#> SRR2074752 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074751 1 0.3175 0.8394 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR2074749 4 0.1194 0.9473 0.000 0.032 0.000 0.956 0.008 0.004
#> SRR2074750 1 0.1957 0.8870 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR2074748 1 0.3076 0.8487 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR2074747 4 0.1152 0.9420 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR2074745 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074746 1 0.4882 0.6660 0.672 0.000 0.004 0.000 0.136 0.188
#> SRR2074744 4 0.1168 0.9474 0.000 0.028 0.000 0.956 0.016 0.000
#> SRR2074743 4 0.1036 0.9456 0.000 0.024 0.000 0.964 0.004 0.008
#> SRR2074742 5 0.6691 0.2320 0.000 0.104 0.100 0.000 0.404 0.392
#> SRR2074741 1 0.3175 0.8394 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR2074740 4 0.1053 0.9318 0.000 0.020 0.000 0.964 0.012 0.004
#> SRR2074739 1 0.0935 0.8877 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074738 4 0.0777 0.9489 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR2074737 2 0.3652 0.7797 0.000 0.672 0.000 0.324 0.004 0.000
#> SRR2074736 4 0.0858 0.9497 0.000 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR2074735 1 0.3076 0.8489 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR2074734 4 0.3175 0.5981 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.2260 0.8834 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR2074732 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.2793 0.9487 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0622 0.8764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.5016 0.499 0.499
#> 3 3 0.963 0.923 0.970 0.2765 0.854 0.709
#> 4 4 0.942 0.906 0.960 0.0346 0.977 0.935
#> 5 5 0.774 0.801 0.846 0.1037 0.909 0.728
#> 6 6 0.759 0.759 0.864 0.0173 0.974 0.897
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.802 0.677 0.756 0.244
#> SRR2074893 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074920 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074917 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.0592 0.9189 0 0.988 0.012
#> SRR2074916 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074912 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.2448 0.8644 0 0.924 0.076
#> SRR2074910 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074906 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074903 3 0.3619 0.8044 0 0.136 0.864
#> SRR2074902 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.5591 0.5771 0 0.696 0.304
#> SRR2074900 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.6280 0.1946 0 0.540 0.460
#> SRR2074898 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074897 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.6235 0.2716 0 0.564 0.436
#> SRR2074892 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074889 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.6295 0.1513 0 0.528 0.472
#> SRR2074888 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074884 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074883 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074880 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074879 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074877 3 0.6225 0.1889 0 0.432 0.568
#> SRR2074876 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074875 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074873 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074855 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074852 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0892 0.9136 0 0.980 0.020
#> SRR2074841 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074840 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074838 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0424 0.9222 0 0.992 0.008
#> SRR2074835 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.6111 0.3823 0 0.604 0.396
#> SRR2074831 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074825 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074824 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074822 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074821 3 0.6079 0.3205 0 0.388 0.612
#> SRR2074820 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074818 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074812 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074813 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074809 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074811 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074807 3 0.6307 -0.0131 0 0.488 0.512
#> SRR2074806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074805 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074799 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074795 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074794 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.5882 0.4928 0 0.652 0.348
#> SRR2074792 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074790 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074783 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.3752 0.8042 0 0.856 0.144
#> SRR2074777 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074776 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074769 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074768 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074763 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.3941 0.7921 0 0.844 0.156
#> SRR2074759 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.4504 0.7430 0 0.804 0.196
#> SRR2074758 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074749 3 0.6154 0.2613 0 0.408 0.592
#> SRR2074750 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074742 2 0.0237 0.9245 0 0.996 0.004
#> SRR2074741 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.9271 0 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.4931 0.6943 0 0.768 0.232
#> SRR2074737 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.6154 0.3513 0 0.592 0.408
#> SRR2074735 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074734 3 0.5178 0.6168 0 0.256 0.744
#> SRR2074733 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2074732 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074731 3 0.0000 0.9474 0 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0000 0.7201 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.3610 0.9335 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2074920 3 0.3610 0.9335 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2074917 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074918 2 0.0469 0.9054 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074916 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.3610 0.9335 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2074911 2 0.1940 0.8437 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2074910 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0336 0.9831 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 4 0.2868 0.7783 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR2074902 1 0.0817 0.9802 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074901 2 0.4431 0.5771 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR2074900 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074899 2 0.4977 0.1946 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR2074898 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0336 0.9831 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074894 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.4941 0.2716 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR2074892 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.4989 0.1513 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR2074888 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0469 0.9828 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074884 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0188 0.9834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074880 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.3610 0.9335 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR2074878 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074877 4 0.4933 0.1889 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR2074876 1 0.0921 0.9793 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074875 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074873 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0469 0.9828 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074868 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074861 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074856 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074854 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074853 1 0.0188 0.9835 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074852 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074848 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074847 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074846 1 0.0817 0.9802 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074845 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0707 0.8998 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR2074841 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074840 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0336 0.9093 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074835 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.4843 0.3823 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR2074831 1 0.0188 0.9835 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074829 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074830 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074821 4 0.4817 0.3205 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR2074820 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074812 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074813 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074809 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 4 0.4998 -0.0131 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR2074806 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.4661 0.4928 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR2074792 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074788 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074787 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074778 2 0.2973 0.7873 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR2074777 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0592 0.9822 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074768 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0921 0.9794 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.3123 0.7757 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR2074759 1 0.0469 0.9828 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074757 2 0.3569 0.7313 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR2074758 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 4 0.4877 0.2613 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2074750 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2074746 1 0.0188 0.9835 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 2 0.0188 0.9118 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074741 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0188 0.9835 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074738 2 0.3907 0.6899 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR2074737 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.4877 0.3513 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR2074735 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 4 0.4103 0.6156 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2074733 1 0.0000 0.9835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074731 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.1022 0.9785 0.968 0.000 0.032 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.2561 0.7938 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR2074919 3 0.3641 0.8591 0.060 0.000 0.820 0.000 0.120
#> SRR2074920 3 0.3368 0.8760 0.156 0.000 0.820 0.000 0.024
#> SRR2074917 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 4 0.1106 0.8890 0.000 0.012 0.000 0.964 0.024
#> SRR2074916 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074914 5 0.4268 0.6943 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR2074913 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.2929 0.8671 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.1671 0.8402 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR2074910 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074909 5 0.3534 0.9017 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2074907 1 0.2424 0.7747 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074908 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0290 0.8287 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074904 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.2516 0.7663 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR2074902 1 0.1908 0.8073 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074901 4 0.3774 0.5915 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR2074900 1 0.1908 0.8026 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074899 4 0.4287 0.1951 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.2852 0.6942 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2074894 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074893 4 0.4256 0.2721 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR2074892 5 0.4192 0.7356 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR2074891 5 0.3534 0.9017 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2074890 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 4 0.4294 0.1647 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.2424 0.7737 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074884 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.2773 0.7403 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2074880 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.3489 0.8701 0.144 0.000 0.820 0.000 0.036
#> SRR2074878 1 0.1544 0.8170 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074877 2 0.4249 0.1886 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR2074876 1 0.0609 0.8290 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074875 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.1544 0.8183 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074873 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 5 0.3661 0.8999 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR2074869 1 0.2561 0.7612 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2074868 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074865 5 0.3816 0.8856 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2074864 5 0.3837 0.8858 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR2074863 5 0.4088 0.8029 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR2074862 1 0.2329 0.7911 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR2074861 1 0.0794 0.8278 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074860 1 0.3210 0.6756 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR2074859 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0162 0.8272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074854 1 0.0963 0.8201 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074853 1 0.3366 0.6494 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2074852 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0162 0.8272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074850 5 0.4074 0.8196 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR2074849 1 0.1270 0.8216 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074848 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.3109 0.7016 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR2074845 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 5 0.4088 0.8178 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR2074842 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 4 0.0609 0.8977 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.4268 -0.2141 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR2074838 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0290 0.9073 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 5 0.3774 0.8921 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR2074834 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.4278 -0.1515 0.548 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR2074832 4 0.4161 0.3922 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR2074831 1 0.3366 0.6501 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR2074829 1 0.1851 0.8065 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074830 1 0.0162 0.8282 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074828 1 0.4256 -0.1403 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074827 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 5 0.3949 0.8603 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR2074822 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.4150 0.3203 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 5 0.3561 0.9016 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2074815 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0880 0.8266 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074812 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.4306 -0.0285 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR2074806 5 0.3561 0.9021 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2074805 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 5 0.3534 0.9017 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2074803 5 0.3586 0.9017 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2074801 5 0.3707 0.8959 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2074802 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.1270 0.8243 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074798 5 0.3534 0.9017 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2074797 1 0.3966 0.2765 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR2074795 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 4 0.4015 0.4936 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR2074792 5 0.3932 0.8574 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR2074791 1 0.3452 0.6076 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR2074790 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.2605 0.7696 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR2074787 1 0.0162 0.8272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074786 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 5 0.4088 0.8216 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR2074784 5 0.3612 0.9017 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2074783 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.1121 0.8248 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074778 4 0.2561 0.7823 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR2074777 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 5 0.3913 0.8690 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR2074774 1 0.2648 0.7607 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2074773 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 5 0.4138 0.7992 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074770 5 0.4273 0.5989 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR2074769 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.3796 0.5070 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR2074765 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.1792 0.8107 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074762 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 4 0.2690 0.7703 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR2074759 1 0.2690 0.7417 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR2074757 4 0.3074 0.7244 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 5 0.3612 0.9028 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR2074754 5 0.3534 0.9017 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2074753 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 5 0.3707 0.8964 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR2074749 2 0.4201 0.2610 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR2074750 5 0.4304 0.5467 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR2074748 5 0.3534 0.9017 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2074747 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.3999 0.3825 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR2074744 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 4 0.0162 0.9097 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR2074741 5 0.3561 0.9022 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2074740 4 0.0000 0.9128 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.3876 0.4585 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR2074738 4 0.3366 0.6814 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 4 0.4201 0.3518 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR2074735 5 0.3534 0.9017 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR2074734 2 0.3534 0.6021 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR2074733 1 0.4256 -0.1570 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074732 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.9337 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.8273 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.5586 0.54184 0.000 0.000 0.472 0.000 0.384 0.144
#> SRR2074919 3 0.0405 0.66464 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074920 3 0.3065 0.78588 0.152 0.000 0.820 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074917 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 5 0.3934 0.00000 0.000 0.008 0.000 0.376 0.616 0.000
#> SRR2074916 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074915 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074914 6 0.3659 0.68343 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR2074913 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074912 3 0.2631 0.76854 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 4 0.1814 0.64522 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR2074910 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074909 6 0.2300 0.86241 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2074907 1 0.2631 0.74029 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2074908 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0260 0.84224 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074904 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.2340 0.73864 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.2260 0.78502 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074901 4 0.3351 0.29527 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.1910 0.80835 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2074899 4 0.3847 0.00762 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074896 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.2823 0.67894 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2074894 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074893 4 0.3810 0.04861 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR2074892 6 0.3371 0.76832 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR2074891 6 0.2300 0.86241 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2074890 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074886 4 0.3847 0.00438 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.2597 0.74546 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2074884 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.3076 0.65501 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR2074880 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.3163 0.77944 0.140 0.000 0.820 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074878 1 0.1556 0.82402 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2074877 2 0.3828 0.02746 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0713 0.84189 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074875 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.1501 0.82688 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074873 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 6 0.2491 0.86557 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR2074869 1 0.2597 0.74580 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2074868 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074865 6 0.2762 0.85406 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074864 6 0.2762 0.85843 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR2074863 6 0.3221 0.79968 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2074862 1 0.2219 0.79690 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2074861 1 0.0790 0.84021 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074860 1 0.3409 0.54322 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR2074859 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0260 0.84175 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074854 1 0.0937 0.83166 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074853 1 0.3499 0.50896 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR2074852 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0146 0.84084 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074850 6 0.3198 0.81172 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR2074849 1 0.1267 0.83123 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074848 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0146 0.84090 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074846 1 0.3151 0.65078 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074845 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 6 0.3221 0.80564 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2074842 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 4 0.0547 0.80576 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074839 6 0.3854 0.36647 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR2074838 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074836 4 0.0146 0.82852 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074837 6 0.2697 0.85797 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR2074834 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 6 0.3847 0.32794 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR2074832 4 0.3717 0.12235 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.3482 0.52072 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR2074829 1 0.1957 0.80668 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2074830 1 0.0260 0.84248 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074828 6 0.3857 0.33285 0.468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR2074827 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074823 6 0.2996 0.83566 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR2074822 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.3774 0.12683 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074819 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074816 6 0.2340 0.86251 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR2074815 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0790 0.83954 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074812 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074808 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 4 0.3869 -0.07917 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR2074806 6 0.2378 0.86454 0.152 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR2074805 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 6 0.2300 0.86241 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2074803 6 0.2416 0.86479 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2074801 6 0.2562 0.86350 0.172 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR2074802 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.1327 0.83384 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074798 6 0.2300 0.86241 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2074797 1 0.3797 0.06056 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR2074795 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 4 0.3578 0.19764 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR2074792 6 0.2969 0.83558 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR2074791 1 0.3547 0.45514 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR2074790 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.2562 0.76519 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2074787 1 0.0146 0.84084 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074786 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 6 0.3221 0.80991 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR2074784 6 0.2454 0.86320 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR2074783 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.1007 0.83766 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074778 4 0.2340 0.58829 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR2074777 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 6 0.2941 0.84479 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR2074774 1 0.2941 0.69276 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074773 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 6 0.3309 0.79191 0.280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR2074770 6 0.3634 0.64605 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2074769 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074766 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.3737 0.31028 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR2074765 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.1765 0.81814 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074762 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 4 0.2454 0.56498 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.2631 0.73650 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR2074757 4 0.2762 0.49140 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074756 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 6 0.2416 0.86473 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR2074754 6 0.2300 0.86241 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2074753 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 6 0.2597 0.85973 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR2074749 2 0.3823 0.03878 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR2074750 6 0.3717 0.62158 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074748 6 0.2300 0.86241 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2074747 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.3823 0.14860 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR2074744 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 4 0.0146 0.82792 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2074741 6 0.2340 0.86307 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR2074740 4 0.0000 0.83363 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.3782 0.23407 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR2074738 4 0.2996 0.42524 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 4 0.3747 0.10273 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR2074735 6 0.2300 0.86241 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR2074734 2 0.3175 0.51960 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR2074733 6 0.3860 0.32923 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR2074732 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.94543 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.84101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.992 0.997 0.4930 0.507 0.507
#> 3 3 0.828 0.916 0.917 0.2749 0.838 0.680
#> 4 4 1.000 0.966 0.984 0.0988 0.964 0.895
#> 5 5 0.882 0.913 0.920 0.0441 0.996 0.986
#> 6 6 0.824 0.830 0.880 0.0626 0.927 0.759
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074919 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074920 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074917 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR2074918 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074912 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074911 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074893 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074879 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.8909 0.560 0.692 0.308
#> SRR2074845 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.8763 0.584 0.704 0.296
#> SRR2074774 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074746 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074744 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.2625 0.669 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074919 3 0.2625 0.669 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074920 3 0.2625 0.669 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074917 3 0.2625 0.669 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074918 3 0.2625 0.669 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074916 3 0.3752 0.699 0.000 0.144 0.856
#> SRR2074915 3 0.3941 0.703 0.000 0.156 0.844
#> SRR2074914 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 3 0.3686 0.697 0.000 0.140 0.860
#> SRR2074912 3 0.2625 0.669 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074911 3 0.2625 0.669 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074910 3 0.2625 0.669 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074909 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074905 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074897 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074896 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 3 0.3816 0.700 0.000 0.148 0.852
#> SRR2074893 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074886 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074885 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074883 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074882 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074881 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.2625 0.669 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074878 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.4796 0.545 0.000 0.780 0.220
#> SRR2074876 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074874 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074872 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.4452 0.622 0.000 0.808 0.192
#> SRR2074865 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0747 0.978 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074859 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074857 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074851 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.6318 0.483 0.636 0.008 0.356
#> SRR2074845 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074840 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074839 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074836 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074837 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.2066 0.890 0.000 0.940 0.060
#> SRR2074831 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074825 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074824 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074823 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074821 3 0.5988 0.759 0.000 0.368 0.632
#> SRR2074820 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074819 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 3 0.5835 0.829 0.000 0.340 0.660
#> SRR2074816 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.3412 0.776 0.000 0.876 0.124
#> SRR2074814 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074813 3 0.6111 0.756 0.000 0.396 0.604
#> SRR2074809 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074810 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074808 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074804 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074800 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074796 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074793 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074789 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074782 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074780 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074775 1 0.6180 0.524 0.660 0.008 0.332
#> SRR2074774 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074768 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074766 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074761 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074756 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 3 0.3752 0.699 0.000 0.144 0.856
#> SRR2074752 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.5706 0.178 0.000 0.680 0.320
#> SRR2074750 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 3 0.2625 0.669 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074744 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 3 0.2625 0.669 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074741 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0747 0.954 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074736 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074731 3 0.5706 0.851 0.000 0.320 0.680
#> SRR2074730 1 0.0000 0.992 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.0000 0.868 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.868 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.868 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 0.868 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.0000 0.868 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074916 3 0.5032 0.770 0.000 0.156 0.764 0.080
#> SRR2074915 3 0.4331 0.672 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR2074914 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 3 0.4697 0.560 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR2074912 3 0.0000 0.868 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 3 0.0000 0.868 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074910 3 0.2011 0.840 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR2074909 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074906 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074898 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074897 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 3 0.0000 0.868 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074893 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074889 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074888 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074883 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074880 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074879 3 0.0000 0.868 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074875 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074873 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0188 0.995 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.0336 0.982 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074859 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074855 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.4907 0.293 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074840 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074838 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074835 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074825 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074824 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074821 3 0.4761 0.526 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR2074820 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074818 4 0.1389 0.930 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR2074816 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074812 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074813 3 0.7281 0.318 0.000 0.152 0.468 0.380
#> SRR2074809 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074811 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074799 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074795 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074794 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074790 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074776 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.4855 0.348 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074768 4 0.0188 0.994 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2074766 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074763 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074758 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 3 0.4250 0.687 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074746 3 0.0000 0.868 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074742 3 0.0000 0.868 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074741 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0188 0.995 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074736 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 4 0.0188 0.993 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2074731 4 0.0000 0.998 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.0000 0.910 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.910 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.910 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0000 0.910 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074918 3 0.1341 0.887 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074916 5 0.5657 0.597 0.000 0.084 0.300 0.008 0.608
#> SRR2074915 5 0.5446 0.757 0.000 0.000 0.272 0.100 0.628
#> SRR2074914 1 0.1851 0.915 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074913 5 0.5619 0.687 0.000 0.000 0.208 0.156 0.636
#> SRR2074912 3 0.0000 0.910 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074911 3 0.4088 0.195 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR2074910 5 0.4925 0.673 0.000 0.000 0.324 0.044 0.632
#> SRR2074909 1 0.0880 0.922 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074907 1 0.0404 0.918 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074908 4 0.0404 0.970 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074906 2 0.0880 0.976 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074905 1 0.0510 0.920 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074904 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074903 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074902 1 0.0404 0.917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074901 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0404 0.917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074899 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074898 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0162 0.989 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074896 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074895 1 0.1197 0.923 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074894 3 0.2286 0.830 0.000 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR2074893 4 0.0404 0.969 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074892 1 0.1544 0.917 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074891 1 0.0794 0.922 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074890 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074887 4 0.0290 0.972 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074889 2 0.0703 0.982 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074886 4 0.0290 0.971 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074888 2 0.0404 0.988 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074885 1 0.1544 0.919 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074884 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0794 0.922 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074880 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074881 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074879 3 0.0000 0.910 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.2020 0.912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2074877 4 0.3662 0.653 0.000 0.000 0.004 0.744 0.252
#> SRR2074876 1 0.3274 0.861 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074875 2 0.0609 0.984 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074874 1 0.1121 0.921 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074873 2 0.0162 0.989 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074872 1 0.3177 0.867 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2074871 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0609 0.916 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074869 1 0.0880 0.922 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074868 1 0.3177 0.867 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2074867 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074866 4 0.4014 0.609 0.000 0.000 0.016 0.728 0.256
#> SRR2074865 1 0.2471 0.902 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR2074864 1 0.1121 0.922 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074863 1 0.0404 0.917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074862 1 0.0162 0.918 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074861 1 0.0290 0.917 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074860 1 0.3300 0.866 0.792 0.000 0.004 0.000 0.204
#> SRR2074859 1 0.2074 0.912 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR2074858 4 0.0290 0.972 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074855 2 0.0703 0.978 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074857 1 0.1851 0.917 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074856 1 0.3143 0.867 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR2074854 1 0.3480 0.842 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR2074853 1 0.0510 0.920 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074852 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.3534 0.838 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2074850 1 0.2648 0.895 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2074849 1 0.0510 0.917 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074848 1 0.0510 0.918 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074847 1 0.2891 0.886 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR2074846 1 0.6408 0.410 0.508 0.000 0.272 0.000 0.220
#> SRR2074845 1 0.1197 0.921 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074843 1 0.3508 0.839 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074842 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074844 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0404 0.988 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074840 2 0.0290 0.988 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074839 1 0.3508 0.839 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074838 2 0.0162 0.988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074836 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074835 2 0.0162 0.988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074837 1 0.1121 0.922 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074834 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074833 1 0.2424 0.901 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074832 4 0.2377 0.857 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR2074831 1 0.0510 0.917 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074829 1 0.0290 0.917 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074830 1 0.1792 0.917 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074828 1 0.0404 0.920 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074827 4 0.0290 0.972 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074826 4 0.0510 0.969 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074825 2 0.0162 0.989 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074824 2 0.0703 0.982 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074823 1 0.3508 0.839 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074822 2 0.0703 0.982 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074821 5 0.5391 0.746 0.000 0.000 0.232 0.116 0.652
#> SRR2074820 2 0.0404 0.987 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074819 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074818 2 0.1704 0.924 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR2074816 1 0.0963 0.918 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074815 4 0.2516 0.847 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR2074814 1 0.2020 0.913 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2074812 2 0.0703 0.982 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074813 5 0.5943 0.452 0.000 0.260 0.128 0.008 0.604
#> SRR2074809 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074810 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074811 2 0.0290 0.989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074808 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074807 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074806 1 0.0963 0.920 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074805 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0404 0.918 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074803 1 0.0290 0.918 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074801 1 0.0609 0.918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074802 4 0.0290 0.972 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074799 2 0.0404 0.988 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074800 1 0.3508 0.839 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074798 1 0.3508 0.839 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074797 1 0.3508 0.839 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074795 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074796 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074794 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074793 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0510 0.917 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074791 1 0.3336 0.855 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR2074790 2 0.0404 0.988 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074789 1 0.3177 0.867 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR2074788 1 0.2773 0.886 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2074787 1 0.0404 0.917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074786 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074785 1 0.0703 0.922 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074784 1 0.2813 0.890 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR2074783 2 0.0162 0.989 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074782 1 0.1270 0.921 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074779 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074781 4 0.0404 0.971 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074780 1 0.0880 0.923 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074778 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074777 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074776 2 0.0000 0.989 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.6408 0.410 0.508 0.000 0.272 0.000 0.220
#> SRR2074774 1 0.1410 0.920 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074773 4 0.0510 0.968 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074771 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074772 1 0.0880 0.922 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074770 1 0.0794 0.923 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074769 2 0.0162 0.989 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074768 2 0.1341 0.942 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074766 4 0.1608 0.915 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR2074767 1 0.3534 0.837 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR2074765 1 0.1544 0.920 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074764 4 0.0290 0.972 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074763 2 0.0290 0.989 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074761 1 0.0404 0.917 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074762 4 0.0290 0.972 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074760 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074759 1 0.0609 0.920 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074757 4 0.0290 0.971 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074758 2 0.0290 0.988 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074756 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074755 1 0.0794 0.918 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074754 1 0.0609 0.917 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074753 5 0.5400 0.757 0.000 0.000 0.272 0.096 0.632
#> SRR2074752 1 0.0510 0.918 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074751 1 0.0404 0.918 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074749 4 0.2605 0.833 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR2074750 1 0.0510 0.917 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074748 1 0.0510 0.917 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074747 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074745 1 0.1965 0.917 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074746 3 0.1671 0.868 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR2074744 4 0.0162 0.972 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074743 4 0.0404 0.971 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR2074742 3 0.1341 0.887 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR2074741 1 0.3508 0.839 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR2074740 4 0.0162 0.973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074739 1 0.0290 0.917 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074738 4 0.0000 0.973 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 4 0.2338 0.872 0.000 0.000 0.004 0.884 0.112
#> SRR2074736 4 0.0510 0.966 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2074735 1 0.3039 0.875 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2074734 4 0.0290 0.971 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074733 1 0.0703 0.922 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074732 2 0.0510 0.981 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074731 2 0.0162 0.988 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074730 1 0.3395 0.852 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.0000 0.89329 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074919 3 0.0000 0.89329 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074920 3 0.0000 0.89329 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074917 3 0.0260 0.89176 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074918 3 0.1387 0.87070 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR2074916 5 0.4373 0.70766 0.000 0.096 0.140 0.000 0.748 0.016
#> SRR2074915 5 0.3225 0.80352 0.000 0.000 0.092 0.080 0.828 0.000
#> SRR2074914 1 0.2491 0.73549 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR2074913 5 0.2837 0.81094 0.000 0.000 0.088 0.056 0.856 0.000
#> SRR2074912 3 0.0146 0.89271 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074911 3 0.3868 -0.04528 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR2074910 5 0.3023 0.79199 0.000 0.000 0.140 0.032 0.828 0.000
#> SRR2074909 1 0.1714 0.83477 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074907 1 0.0937 0.84453 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074908 4 0.1075 0.94365 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR2074906 2 0.3567 0.84711 0.000 0.800 0.000 0.000 0.100 0.100
#> SRR2074905 1 0.0865 0.84194 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074904 4 0.0146 0.95260 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074903 4 0.0260 0.95277 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2074902 1 0.0632 0.84089 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074901 4 0.0820 0.94631 0.000 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR2074900 1 0.0632 0.83937 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074899 4 0.0405 0.95124 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2074898 2 0.0632 0.94425 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074897 2 0.0865 0.94240 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074896 4 0.0865 0.94567 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2074895 1 0.2135 0.78919 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2074894 3 0.2793 0.73316 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2074893 4 0.0717 0.94847 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR2074892 1 0.2969 0.64764 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR2074891 1 0.1387 0.84256 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074890 4 0.0260 0.95271 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2074887 4 0.0363 0.95273 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074889 2 0.3103 0.87814 0.000 0.836 0.000 0.000 0.064 0.100
#> SRR2074886 4 0.0603 0.95022 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR2074888 2 0.1367 0.93585 0.000 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR2074885 1 0.3371 0.38839 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR2074884 2 0.0547 0.94074 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074883 2 0.0777 0.94291 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2074882 1 0.1714 0.82861 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR2074880 2 0.0632 0.94193 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074881 4 0.0146 0.95260 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074879 3 0.0146 0.89271 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074878 1 0.2730 0.72408 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR2074877 4 0.3595 0.60739 0.000 0.000 0.000 0.704 0.288 0.008
#> SRR2074876 6 0.3672 0.80626 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR2074875 2 0.2997 0.88418 0.000 0.844 0.000 0.000 0.060 0.096
#> SRR2074874 1 0.1957 0.81665 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR2074873 2 0.1196 0.94299 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR2074872 6 0.3881 0.75634 0.396 0.000 0.000 0.000 0.004 0.600
#> SRR2074871 4 0.0000 0.95235 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.1327 0.82823 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074869 1 0.0865 0.84680 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074868 6 0.3899 0.74752 0.404 0.000 0.000 0.000 0.004 0.592
#> SRR2074867 4 0.0260 0.95271 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2074866 4 0.3565 0.56319 0.000 0.000 0.000 0.692 0.304 0.004
#> SRR2074865 1 0.3515 0.37092 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2074864 1 0.1765 0.82592 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR2074863 1 0.0632 0.84094 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074862 1 0.1075 0.83963 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074861 1 0.1141 0.83599 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074860 6 0.3937 0.74996 0.424 0.000 0.000 0.000 0.004 0.572
#> SRR2074859 1 0.2912 0.69114 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR2074858 4 0.0632 0.94910 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2074855 2 0.0858 0.94289 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2074857 1 0.3695 -0.00649 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR2074856 6 0.3717 0.78157 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR2074854 6 0.3428 0.82244 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2074853 1 0.0790 0.84462 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074852 2 0.0632 0.93940 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074851 6 0.3351 0.81616 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR2074850 1 0.3789 -0.15069 0.584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR2074849 1 0.1267 0.83168 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR2074848 1 0.1075 0.84144 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074847 6 0.3868 0.55098 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR2074846 6 0.5587 0.64072 0.240 0.000 0.160 0.000 0.012 0.588
#> SRR2074845 1 0.2260 0.77914 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR2074843 6 0.3428 0.83151 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2074842 4 0.0146 0.95260 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074844 4 0.0000 0.95235 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.1500 0.93459 0.000 0.936 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR2074840 2 0.2361 0.90970 0.000 0.884 0.000 0.000 0.028 0.088
#> SRR2074839 6 0.3428 0.82987 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR2074838 2 0.0547 0.94079 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074836 4 0.0260 0.95255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2074835 2 0.0713 0.93872 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074837 1 0.2178 0.79507 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR2074834 4 0.0632 0.95127 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR2074833 1 0.3515 0.32685 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR2074832 4 0.3037 0.79683 0.000 0.000 0.000 0.808 0.176 0.016
#> SRR2074831 1 0.1501 0.83877 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074829 1 0.0865 0.83861 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074830 1 0.2941 0.66645 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR2074828 1 0.0865 0.84405 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074827 4 0.0713 0.94974 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2074826 4 0.1957 0.90165 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR2074825 2 0.1196 0.93831 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR2074824 2 0.3423 0.85830 0.000 0.812 0.000 0.000 0.088 0.100
#> SRR2074823 6 0.3409 0.83215 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR2074822 2 0.3472 0.85465 0.000 0.808 0.000 0.000 0.092 0.100
#> SRR2074821 5 0.2422 0.79086 0.000 0.000 0.040 0.052 0.896 0.012
#> SRR2074820 2 0.0858 0.94256 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR2074819 4 0.0146 0.95260 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074817 4 0.0865 0.94567 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2074818 2 0.3338 0.79639 0.000 0.812 0.000 0.012 0.152 0.024
#> SRR2074816 1 0.1814 0.81318 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR2074815 4 0.3348 0.75893 0.000 0.000 0.000 0.768 0.216 0.016
#> SRR2074814 1 0.2762 0.71629 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR2074812 2 0.3472 0.85465 0.000 0.808 0.000 0.000 0.092 0.100
#> SRR2074813 5 0.4439 0.53273 0.000 0.272 0.024 0.000 0.680 0.024
#> SRR2074809 2 0.0363 0.94254 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074810 4 0.0865 0.94567 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2074811 2 0.0865 0.94305 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074808 4 0.0146 0.95260 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074807 4 0.0146 0.95260 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074806 1 0.1663 0.83247 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074805 2 0.0547 0.94079 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074804 1 0.1007 0.84098 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074803 1 0.1444 0.84245 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2074801 1 0.1387 0.82506 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR2074802 4 0.1010 0.94591 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR2074799 2 0.1528 0.93370 0.000 0.936 0.000 0.000 0.016 0.048
#> SRR2074800 6 0.3409 0.83006 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR2074798 6 0.3464 0.83256 0.312 0.000 0.000 0.000 0.000 0.688
#> SRR2074797 6 0.3390 0.82722 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR2074795 2 0.0713 0.94403 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074796 4 0.0146 0.95260 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074794 2 0.0547 0.94079 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074793 4 0.0508 0.95031 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074792 1 0.1075 0.83404 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074791 6 0.3634 0.81031 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR2074790 2 0.1265 0.93721 0.000 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR2074789 6 0.3881 0.75634 0.396 0.000 0.000 0.000 0.004 0.600
#> SRR2074788 1 0.3843 -0.41759 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR2074787 1 0.0632 0.83962 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074786 4 0.0146 0.95260 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074785 1 0.1444 0.84286 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR2074784 1 0.3659 0.27080 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR2074783 2 0.0260 0.94309 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074782 1 0.1910 0.81529 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR2074779 4 0.0146 0.95260 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074781 4 0.1501 0.92977 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR2074780 1 0.2135 0.78522 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR2074778 4 0.0146 0.95260 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074777 4 0.0937 0.94509 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2074776 2 0.0632 0.93940 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074775 6 0.5597 0.64732 0.248 0.000 0.156 0.000 0.012 0.584
#> SRR2074774 1 0.2378 0.76212 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR2074773 4 0.0891 0.95091 0.000 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR2074771 4 0.0790 0.94865 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR2074772 1 0.1501 0.84198 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR2074770 1 0.1327 0.84547 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074769 2 0.1010 0.94269 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2074768 2 0.1779 0.90252 0.000 0.920 0.000 0.000 0.064 0.016
#> SRR2074766 4 0.2165 0.87645 0.000 0.000 0.000 0.884 0.108 0.008
#> SRR2074767 6 0.3409 0.83215 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR2074765 1 0.2300 0.79928 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR2074764 4 0.1007 0.94459 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR2074763 2 0.1196 0.93844 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR2074761 1 0.0458 0.84163 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074762 4 0.0713 0.94848 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR2074760 4 0.0146 0.95260 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2074759 1 0.1007 0.84086 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074757 4 0.0909 0.94515 0.000 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR2074758 2 0.0891 0.94349 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR2074756 4 0.0865 0.94567 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR2074755 1 0.1204 0.83424 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074754 1 0.1141 0.82978 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074753 5 0.2860 0.81460 0.000 0.000 0.100 0.048 0.852 0.000
#> SRR2074752 1 0.1663 0.82184 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR2074751 1 0.1007 0.83392 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074749 4 0.3290 0.75594 0.000 0.000 0.000 0.776 0.208 0.016
#> SRR2074750 1 0.1141 0.84581 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074748 1 0.1610 0.84166 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074747 4 0.0692 0.95263 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR2074745 1 0.2562 0.75655 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2074746 3 0.1858 0.85230 0.000 0.000 0.904 0.000 0.092 0.004
#> SRR2074744 4 0.0291 0.95165 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074743 4 0.1141 0.94331 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR2074742 3 0.1444 0.86857 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR2074741 6 0.3563 0.82443 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR2074740 4 0.0937 0.94566 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2074739 1 0.0363 0.84021 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074738 4 0.0000 0.95235 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074737 4 0.3541 0.80426 0.000 0.000 0.032 0.804 0.148 0.016
#> SRR2074736 4 0.1168 0.93886 0.000 0.000 0.000 0.956 0.028 0.016
#> SRR2074735 6 0.3833 0.66882 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR2074734 4 0.1003 0.94383 0.000 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR2074733 1 0.1075 0.84607 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074732 2 0.2258 0.91298 0.000 0.896 0.000 0.000 0.060 0.044
#> SRR2074731 2 0.0937 0.93958 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074730 6 0.3592 0.80950 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 9126 rows and 192 columns.
#> Top rows (913, 1826, 2738, 3650, 4563) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.996 0.998 0.4990 0.502 0.502
#> 3 3 1.000 0.977 0.987 0.0578 0.958 0.916
#> 4 4 0.980 0.934 0.963 0.0430 0.990 0.978
#> 5 5 0.963 0.890 0.938 0.0378 1.000 1.000
#> 6 6 0.851 0.870 0.921 0.0335 0.980 0.956
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR2074921 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074919 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074920 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074917 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074918 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074916 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074915 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074914 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074912 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074911 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074910 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074909 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074906 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074905 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074903 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074902 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074901 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074900 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074899 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074898 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074897 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074896 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074895 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074894 2 0.921 0.494 0.336 0.664
#> SRR2074893 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074892 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074891 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074887 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074889 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074886 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074888 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074885 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074883 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074882 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074880 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074881 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074879 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074878 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074877 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074876 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074875 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074874 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074873 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074872 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074871 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074870 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074867 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074866 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074865 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074860 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074859 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074855 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074857 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074856 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074854 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074853 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074851 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074850 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074849 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074847 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074846 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074842 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074844 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074841 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074840 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074839 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074838 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074836 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074835 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074837 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074833 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074831 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074828 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074826 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074825 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074824 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074823 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074821 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074820 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074819 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074817 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074818 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074816 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074814 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074812 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074813 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074809 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074810 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074811 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074808 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074807 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074806 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074804 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074799 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074800 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074798 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074795 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074796 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074794 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074793 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074792 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074790 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074789 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074788 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074785 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074782 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074779 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074781 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074780 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074778 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074777 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074776 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074775 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074771 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074772 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074768 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074766 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074767 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074764 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074763 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074761 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074762 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074760 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074759 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074758 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074756 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074755 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074752 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074750 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074745 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074746 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074744 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074743 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074742 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074741 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074739 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074737 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074736 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074735 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074733 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074731 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR2074730 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR2074921 3 0.2625 0.776 0.000 0.084 0.916
#> SRR2074919 3 0.1643 0.766 0.000 0.044 0.956
#> SRR2074920 3 0.1529 0.762 0.000 0.040 0.960
#> SRR2074917 1 0.2066 0.940 0.940 0.000 0.060
#> SRR2074918 3 0.5905 0.686 0.000 0.352 0.648
#> SRR2074916 2 0.0424 0.987 0.000 0.992 0.008
#> SRR2074915 2 0.1289 0.956 0.000 0.968 0.032
#> SRR2074914 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074913 2 0.2878 0.860 0.000 0.904 0.096
#> SRR2074912 1 0.4062 0.821 0.836 0.000 0.164
#> SRR2074911 3 0.6267 0.492 0.000 0.452 0.548
#> SRR2074910 2 0.3482 0.805 0.000 0.872 0.128
#> SRR2074909 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074907 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074908 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074906 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074904 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074903 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074902 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074901 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074899 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074894 1 0.8196 0.242 0.608 0.284 0.108
#> SRR2074893 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074892 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074891 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074890 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074889 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074888 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074884 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074880 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074879 1 0.1411 0.963 0.964 0.000 0.036
#> SRR2074878 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074877 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074875 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074873 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074871 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074867 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074866 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074864 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074863 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074862 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074861 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074860 1 0.0237 0.988 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074859 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074858 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074855 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074856 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074854 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074853 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074850 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074849 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074848 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074847 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074846 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074845 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074843 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074842 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074844 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074841 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074838 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074835 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074834 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074833 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074832 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074829 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074830 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074828 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074827 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074826 2 0.0237 0.992 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074825 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074822 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074817 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074816 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074815 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074812 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.0237 0.992 0.000 0.996 0.004
#> SRR2074809 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074811 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074808 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074806 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074805 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074803 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074801 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074802 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074799 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074798 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074797 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074795 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074794 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074791 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074790 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074788 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074787 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074786 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074785 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074784 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074783 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074779 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074781 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074780 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074778 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074774 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074773 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074771 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074772 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074770 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074769 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074767 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074765 1 0.0424 0.987 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074764 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074763 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074762 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074760 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074759 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074757 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074754 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074753 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074752 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074751 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074749 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074748 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074747 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074745 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074746 1 0.0475 0.984 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074744 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074742 3 0.5948 0.677 0.000 0.360 0.640
#> SRR2074741 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074740 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074739 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074738 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074737 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074734 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074733 1 0.0000 0.990 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074732 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.0237 0.989 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR2074921 3 0.5488 0.1568 0.000 0.016 0.532 0.452
#> SRR2074919 3 0.4819 0.2578 0.000 0.004 0.652 0.344
#> SRR2074920 3 0.5231 0.2379 0.000 0.012 0.604 0.384
#> SRR2074917 1 0.3688 0.7241 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR2074918 4 0.3761 0.1892 0.000 0.068 0.080 0.852
#> SRR2074916 2 0.2319 0.9341 0.000 0.924 0.036 0.040
#> SRR2074915 2 0.2943 0.8890 0.000 0.892 0.076 0.032
#> SRR2074914 1 0.0188 0.9797 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074913 2 0.5226 0.6415 0.000 0.744 0.076 0.180
#> SRR2074912 3 0.6213 -0.0374 0.464 0.000 0.484 0.052
#> SRR2074911 4 0.7248 0.2621 0.000 0.284 0.184 0.532
#> SRR2074910 2 0.5462 0.6346 0.000 0.736 0.152 0.112
#> SRR2074909 1 0.0779 0.9746 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2074907 1 0.0469 0.9775 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074908 2 0.0469 0.9772 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074906 2 0.1059 0.9731 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR2074905 1 0.0188 0.9797 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074904 2 0.0592 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074903 2 0.0592 0.9766 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074902 1 0.0336 0.9790 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074901 2 0.0469 0.9778 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074900 1 0.0188 0.9796 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074899 2 0.0336 0.9782 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074898 2 0.0672 0.9767 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2074897 2 0.0469 0.9775 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR2074896 2 0.0376 0.9781 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074895 1 0.0657 0.9765 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074894 4 0.6925 -0.0273 0.292 0.076 0.028 0.604
#> SRR2074893 2 0.0376 0.9781 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074892 1 0.0336 0.9790 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074891 1 0.0779 0.9746 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2074890 2 0.0895 0.9754 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR2074887 2 0.0469 0.9768 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074889 2 0.1042 0.9724 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR2074886 2 0.0469 0.9779 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074888 2 0.0657 0.9768 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074885 1 0.0188 0.9797 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074884 2 0.0657 0.9782 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074883 2 0.0804 0.9767 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR2074882 1 0.0336 0.9794 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074880 2 0.0524 0.9781 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2074881 2 0.0592 0.9764 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074879 1 0.4228 0.6589 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR2074878 1 0.0779 0.9744 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2074877 2 0.0937 0.9765 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR2074876 1 0.0188 0.9796 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074875 2 0.0927 0.9734 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR2074874 1 0.0657 0.9764 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074873 2 0.0672 0.9776 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2074872 1 0.1209 0.9629 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR2074871 2 0.0336 0.9774 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074870 1 0.0336 0.9799 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074869 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074868 1 0.1004 0.9694 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074867 2 0.0524 0.9781 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2074866 2 0.1059 0.9741 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR2074865 1 0.0592 0.9761 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074864 1 0.0336 0.9788 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074863 1 0.0188 0.9794 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074862 1 0.0376 0.9794 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074861 1 0.0188 0.9799 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074860 1 0.1305 0.9593 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR2074859 1 0.0524 0.9781 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074858 2 0.0895 0.9737 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR2074855 2 0.0927 0.9759 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR2074857 1 0.0524 0.9781 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074856 1 0.0657 0.9764 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074854 1 0.0779 0.9744 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2074853 1 0.0000 0.9795 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074852 2 0.0657 0.9768 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074851 1 0.0524 0.9782 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074850 1 0.0336 0.9790 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074849 1 0.0376 0.9794 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074848 1 0.0524 0.9781 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074847 1 0.0469 0.9783 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074846 1 0.0336 0.9788 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074845 1 0.0188 0.9797 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074843 1 0.0376 0.9798 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074842 2 0.0469 0.9772 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074844 2 0.0376 0.9781 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074841 2 0.0937 0.9745 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR2074840 2 0.0804 0.9760 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2074839 1 0.0188 0.9796 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074838 2 0.0524 0.9781 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2074836 2 0.0779 0.9769 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR2074835 2 0.0524 0.9781 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2074837 1 0.0469 0.9775 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074834 2 0.1356 0.9661 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR2074833 1 0.0376 0.9792 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074832 2 0.0524 0.9775 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2074831 1 0.0336 0.9795 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074829 1 0.0188 0.9797 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074830 1 0.0895 0.9720 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074828 1 0.0707 0.9744 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074827 2 0.1305 0.9656 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR2074826 2 0.1807 0.9456 0.000 0.940 0.008 0.052
#> SRR2074825 2 0.0804 0.9754 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2074824 2 0.1059 0.9731 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR2074823 1 0.0188 0.9797 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074822 2 0.0804 0.9757 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2074821 2 0.1182 0.9708 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR2074820 2 0.0672 0.9770 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2074819 2 0.0592 0.9764 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074817 2 0.0592 0.9778 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074818 2 0.1488 0.9677 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR2074816 1 0.0657 0.9765 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074815 2 0.0779 0.9773 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR2074814 1 0.0524 0.9781 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074812 2 0.0927 0.9747 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR2074813 2 0.1151 0.9743 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR2074809 2 0.0524 0.9776 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR2074810 2 0.0524 0.9782 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2074811 2 0.0804 0.9765 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2074808 2 0.0592 0.9765 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074807 2 0.0188 0.9776 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074806 1 0.0592 0.9761 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074805 2 0.0804 0.9778 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2074804 1 0.0707 0.9744 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074803 1 0.0469 0.9775 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074801 1 0.0657 0.9765 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074802 2 0.0817 0.9754 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074799 2 0.0937 0.9745 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR2074800 1 0.0336 0.9790 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074798 1 0.0779 0.9751 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2074797 1 0.0524 0.9791 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074795 2 0.0804 0.9779 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2074796 2 0.0817 0.9736 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074794 2 0.0804 0.9773 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2074793 2 0.0469 0.9777 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2074792 1 0.0895 0.9725 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074791 1 0.0469 0.9782 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074790 2 0.0804 0.9760 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2074789 1 0.1004 0.9694 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074788 1 0.0188 0.9800 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074787 1 0.0524 0.9781 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074786 2 0.0524 0.9781 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR2074785 1 0.0336 0.9788 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074784 1 0.0895 0.9726 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074783 2 0.0672 0.9770 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2074782 1 0.0469 0.9783 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074779 2 0.0336 0.9778 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074781 2 0.1211 0.9637 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR2074780 1 0.0336 0.9790 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074778 2 0.0592 0.9765 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074777 2 0.1059 0.9738 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR2074776 2 0.0336 0.9778 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2074775 1 0.0707 0.9744 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074774 1 0.0188 0.9794 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074773 2 0.0592 0.9777 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2074771 2 0.0657 0.9774 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2074772 1 0.0779 0.9746 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2074770 1 0.0469 0.9775 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074769 2 0.0804 0.9770 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR2074768 2 0.1151 0.9749 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR2074766 2 0.1356 0.9643 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR2074767 1 0.0376 0.9798 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR2074765 1 0.1004 0.9696 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR2074764 2 0.0921 0.9731 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR2074763 2 0.0937 0.9745 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR2074761 1 0.0188 0.9796 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074762 2 0.0336 0.9780 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR2074760 2 0.0895 0.9763 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR2074759 1 0.0469 0.9775 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074757 2 0.0376 0.9780 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074758 2 0.0657 0.9768 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074756 2 0.0188 0.9776 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074755 1 0.0469 0.9775 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074754 1 0.0592 0.9761 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074753 2 0.1182 0.9714 0.000 0.968 0.016 0.016
#> SRR2074752 1 0.0336 0.9790 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074751 1 0.0592 0.9761 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074749 2 0.0672 0.9768 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2074750 1 0.0188 0.9797 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074748 1 0.0469 0.9775 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074747 2 0.0657 0.9768 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2074745 1 0.0895 0.9720 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074746 1 0.4567 0.7302 0.796 0.008 0.036 0.160
#> SRR2074744 2 0.0376 0.9781 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2074743 2 0.0672 0.9775 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR2074742 4 0.2662 0.2489 0.000 0.084 0.016 0.900
#> SRR2074741 1 0.0895 0.9726 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074740 2 0.1398 0.9590 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR2074739 1 0.0188 0.9797 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074738 2 0.0817 0.9759 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2074737 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074736 2 0.0000 0.9780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.0895 0.9725 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074734 2 0.0188 0.9779 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2074733 1 0.0469 0.9775 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074732 2 0.0657 0.9768 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR2074731 2 0.0927 0.9761 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR2074730 1 0.0657 0.9765 0.984 0.000 0.012 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR2074921 3 0.4668 0.72098 0.000 0.004 0.736 0.188 0.072
#> SRR2074919 3 0.3459 0.79505 0.000 0.000 0.832 0.116 0.052
#> SRR2074920 3 0.3317 0.80358 0.000 0.000 0.840 0.116 0.044
#> SRR2074917 1 0.5550 -0.23433 0.548 0.000 0.076 0.000 0.376
#> SRR2074918 4 0.4672 0.10634 0.000 0.028 0.180 0.752 0.040
#> SRR2074916 2 0.4953 0.67051 0.000 0.740 0.032 0.056 0.172
#> SRR2074915 2 0.5583 0.60414 0.000 0.700 0.052 0.072 0.176
#> SRR2074914 1 0.1043 0.93834 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074913 2 0.7509 -0.08519 0.000 0.476 0.068 0.248 0.208
#> SRR2074912 5 0.6799 0.00000 0.228 0.000 0.380 0.004 0.388
#> SRR2074911 4 0.8251 0.09661 0.000 0.188 0.172 0.396 0.244
#> SRR2074910 2 0.7638 -0.06340 0.000 0.476 0.120 0.132 0.272
#> SRR2074909 1 0.1638 0.92482 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2074907 1 0.1041 0.93802 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2074908 2 0.0404 0.95914 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074906 2 0.1310 0.95639 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR2074905 1 0.0609 0.94508 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074904 2 0.0671 0.95882 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR2074903 2 0.1281 0.95208 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR2074902 1 0.0162 0.94364 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074901 2 0.0566 0.96071 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074900 1 0.0404 0.94269 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074899 2 0.0451 0.96038 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074898 2 0.1117 0.95797 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR2074897 2 0.0912 0.95823 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR2074896 2 0.0404 0.95906 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074895 1 0.0880 0.94018 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074894 4 0.5725 0.00761 0.172 0.036 0.044 0.712 0.036
#> SRR2074893 2 0.0290 0.96074 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074892 1 0.0290 0.94346 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074891 1 0.1704 0.91939 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR2074890 2 0.1117 0.95416 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR2074887 2 0.0609 0.95861 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074889 2 0.1211 0.95488 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR2074886 2 0.0693 0.95973 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2074888 2 0.0807 0.95907 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR2074885 1 0.0404 0.94440 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074884 2 0.0898 0.96087 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR2074883 2 0.0693 0.95994 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2074882 1 0.0703 0.94309 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074880 2 0.0566 0.96074 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR2074881 2 0.0162 0.96083 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074879 1 0.6108 -0.37721 0.508 0.000 0.136 0.000 0.356
#> SRR2074878 1 0.0794 0.93966 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074877 2 0.1117 0.95517 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR2074876 1 0.0162 0.94399 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2074875 2 0.1195 0.95532 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR2074874 1 0.0510 0.94268 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074873 2 0.0798 0.95995 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2074872 1 0.1792 0.89259 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR2074871 2 0.0451 0.95981 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074870 1 0.0703 0.94134 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074869 1 0.0510 0.94412 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074868 1 0.1341 0.91739 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074867 2 0.0290 0.95925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074866 2 0.1943 0.92247 0.000 0.924 0.000 0.020 0.056
#> SRR2074865 1 0.1571 0.92465 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR2074864 1 0.1205 0.93924 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2074863 1 0.0703 0.94134 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074862 1 0.0510 0.94249 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074861 1 0.0510 0.94168 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074860 1 0.2339 0.88178 0.892 0.000 0.004 0.004 0.100
#> SRR2074859 1 0.0510 0.94149 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074858 2 0.1124 0.95162 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR2074855 2 0.1117 0.95773 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR2074857 1 0.0703 0.93975 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074856 1 0.1043 0.93249 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074854 1 0.1121 0.92972 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074853 1 0.0510 0.94493 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074852 2 0.0579 0.96059 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074851 1 0.0703 0.94050 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074850 1 0.0510 0.94402 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074849 1 0.0609 0.94110 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074848 1 0.0609 0.94041 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074847 1 0.0609 0.94063 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074846 1 0.0510 0.94515 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074845 1 0.0510 0.94232 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074843 1 0.0794 0.94137 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074842 2 0.0404 0.95914 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074844 2 0.0290 0.96075 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074841 2 0.1018 0.95716 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR2074840 2 0.1018 0.95716 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR2074839 1 0.0290 0.94403 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074838 2 0.0451 0.96024 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074836 2 0.1469 0.94871 0.000 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR2074835 2 0.0579 0.96021 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074837 1 0.1282 0.93362 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR2074834 2 0.1522 0.94647 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> SRR2074833 1 0.0510 0.94394 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074832 2 0.0807 0.95944 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR2074831 1 0.0404 0.94376 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074829 1 0.0703 0.94050 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074830 1 0.0609 0.94055 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074828 1 0.1357 0.93133 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR2074827 2 0.1809 0.93043 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR2074826 2 0.2616 0.88137 0.000 0.880 0.000 0.100 0.020
#> SRR2074825 2 0.1012 0.95777 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR2074824 2 0.1310 0.95611 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR2074823 1 0.0510 0.94393 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074822 2 0.1216 0.95593 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR2074821 2 0.1012 0.95744 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR2074820 2 0.0912 0.95983 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR2074819 2 0.0771 0.96026 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR2074817 2 0.0693 0.96040 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2074818 2 0.1818 0.93587 0.000 0.932 0.000 0.044 0.024
#> SRR2074816 1 0.1121 0.93533 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074815 2 0.0693 0.95990 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR2074814 1 0.0794 0.93804 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074812 2 0.1485 0.95143 0.000 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR2074813 2 0.1408 0.94575 0.000 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR2074809 2 0.0451 0.96086 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074810 2 0.0566 0.96103 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074811 2 0.1310 0.95537 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR2074808 2 0.0404 0.95914 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074807 2 0.0404 0.95914 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074806 1 0.1430 0.93051 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR2074805 2 0.1012 0.96081 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR2074804 1 0.1638 0.92195 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2074803 1 0.0794 0.94036 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074801 1 0.1341 0.93277 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR2074802 2 0.0955 0.95526 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR2074799 2 0.1012 0.95754 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR2074800 1 0.0510 0.94307 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074798 1 0.1831 0.91535 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR2074797 1 0.0609 0.94339 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074795 2 0.0798 0.96067 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2074796 2 0.0703 0.95748 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR2074794 2 0.0451 0.96021 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2074793 2 0.0162 0.95988 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074792 1 0.1571 0.92465 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR2074791 1 0.0404 0.94393 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074790 2 0.1018 0.95716 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR2074789 1 0.1478 0.91281 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074788 1 0.0290 0.94286 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074787 1 0.0703 0.93955 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074786 2 0.0510 0.95874 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074785 1 0.1043 0.93737 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074784 1 0.1831 0.91347 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR2074783 2 0.0912 0.95997 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR2074782 1 0.0963 0.93347 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR2074779 2 0.0510 0.96037 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR2074781 2 0.1792 0.91549 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR2074780 1 0.0510 0.94277 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074778 2 0.0404 0.95914 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074777 2 0.1872 0.93106 0.000 0.928 0.000 0.020 0.052
#> SRR2074776 2 0.0807 0.95923 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR2074775 1 0.1638 0.92556 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR2074774 1 0.0404 0.94356 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074773 2 0.0609 0.96034 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2074771 2 0.0798 0.95964 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR2074772 1 0.1571 0.92482 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR2074770 1 0.1124 0.93702 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2074769 2 0.1018 0.96092 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR2074768 2 0.1300 0.95352 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR2074766 2 0.1331 0.94833 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR2074767 1 0.0703 0.94308 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR2074765 1 0.1478 0.91077 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074764 2 0.1251 0.95156 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR2074763 2 0.1018 0.95716 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR2074761 1 0.0404 0.94271 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074762 2 0.0566 0.95935 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR2074760 2 0.1117 0.95645 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR2074759 1 0.1357 0.93670 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR2074757 2 0.0404 0.96088 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2074758 2 0.0912 0.95927 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR2074756 2 0.0451 0.96142 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074755 1 0.1430 0.92897 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR2074754 1 0.1704 0.91878 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR2074753 2 0.1630 0.94536 0.000 0.944 0.004 0.016 0.036
#> SRR2074752 1 0.0404 0.94291 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR2074751 1 0.1571 0.92470 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR2074749 2 0.1018 0.95924 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR2074750 1 0.0290 0.94389 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR2074748 1 0.1121 0.93494 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074747 2 0.0579 0.96084 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2074745 1 0.0880 0.93603 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074746 1 0.6022 0.30217 0.632 0.016 0.008 0.244 0.100
#> SRR2074744 2 0.0000 0.96011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.1117 0.95776 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR2074742 4 0.2984 0.18747 0.000 0.028 0.072 0.880 0.020
#> SRR2074741 1 0.1768 0.91595 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR2074740 2 0.1478 0.93396 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR2074739 1 0.0510 0.94520 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR2074738 2 0.1205 0.95321 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR2074737 2 0.0451 0.96094 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR2074736 2 0.0693 0.96111 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR2074735 1 0.1704 0.91878 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR2074734 2 0.0290 0.96075 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2074733 1 0.1205 0.93788 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR2074732 2 0.1012 0.95865 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR2074731 2 0.0912 0.95916 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR2074730 1 0.1043 0.93105 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR2074921 3 0.4402 0.5690 0.000 0.000 0.764 0.088 0.108 0.040
#> SRR2074919 3 0.4852 0.6857 0.000 0.000 0.712 0.048 0.064 0.176
#> SRR2074920 3 0.5333 0.6888 0.000 0.004 0.684 0.060 0.080 0.172
#> SRR2074917 6 0.4474 0.6695 0.360 0.000 0.020 0.012 0.000 0.608
#> SRR2074918 5 0.5562 0.4163 0.000 0.004 0.204 0.120 0.640 0.032
#> SRR2074916 2 0.4346 -0.1118 0.000 0.588 0.004 0.392 0.008 0.008
#> SRR2074915 2 0.4751 -0.2850 0.000 0.552 0.016 0.412 0.008 0.012
#> SRR2074914 1 0.2052 0.8898 0.912 0.000 0.000 0.004 0.056 0.028
#> SRR2074913 4 0.5555 0.6622 0.000 0.336 0.024 0.572 0.052 0.016
#> SRR2074912 6 0.4984 0.0748 0.156 0.000 0.148 0.008 0.004 0.684
#> SRR2074911 4 0.6640 0.2756 0.000 0.160 0.148 0.580 0.092 0.020
#> SRR2074910 4 0.6332 0.6757 0.000 0.288 0.052 0.560 0.040 0.060
#> SRR2074909 1 0.2380 0.8762 0.892 0.000 0.000 0.004 0.068 0.036
#> SRR2074907 1 0.1950 0.8946 0.912 0.000 0.000 0.000 0.064 0.024
#> SRR2074908 2 0.1003 0.9394 0.000 0.964 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR2074906 2 0.1141 0.9386 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2074905 1 0.1225 0.9054 0.952 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR2074904 2 0.1049 0.9405 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008 0.000
#> SRR2074903 2 0.1391 0.9338 0.000 0.944 0.000 0.040 0.016 0.000
#> SRR2074902 1 0.0935 0.9007 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR2074901 2 0.0632 0.9461 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074900 1 0.0713 0.9011 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074899 2 0.0713 0.9463 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074898 2 0.0937 0.9442 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2074897 2 0.0632 0.9481 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074896 2 0.0790 0.9430 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2074895 1 0.1908 0.8916 0.916 0.000 0.000 0.000 0.056 0.028
#> SRR2074894 5 0.4328 0.4288 0.100 0.008 0.048 0.044 0.792 0.008
#> SRR2074893 2 0.0291 0.9470 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR2074892 1 0.0713 0.9013 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074891 1 0.2318 0.8755 0.892 0.000 0.000 0.000 0.064 0.044
#> SRR2074890 2 0.1141 0.9231 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2074887 2 0.0603 0.9466 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR2074889 2 0.0937 0.9460 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2074886 2 0.1003 0.9439 0.000 0.964 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR2074888 2 0.0713 0.9474 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074885 1 0.0725 0.9063 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR2074884 2 0.0790 0.9466 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2074883 2 0.0713 0.9477 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074882 1 0.1728 0.8870 0.924 0.000 0.000 0.004 0.008 0.064
#> SRR2074880 2 0.0547 0.9475 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2074881 2 0.0748 0.9458 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR2074879 6 0.5284 0.6541 0.392 0.000 0.052 0.012 0.008 0.536
#> SRR2074878 1 0.1531 0.8815 0.928 0.000 0.000 0.004 0.000 0.068
#> SRR2074877 2 0.1204 0.9208 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR2074876 1 0.0603 0.9048 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR2074875 2 0.0937 0.9459 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2074874 1 0.1265 0.8919 0.948 0.000 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR2074873 2 0.0713 0.9477 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074872 1 0.3235 0.7324 0.824 0.000 0.000 0.032 0.008 0.136
#> SRR2074871 2 0.0260 0.9473 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2074870 1 0.1333 0.8996 0.944 0.000 0.000 0.000 0.048 0.008
#> SRR2074869 1 0.1408 0.9056 0.944 0.000 0.000 0.000 0.036 0.020
#> SRR2074868 1 0.2791 0.7813 0.852 0.000 0.000 0.016 0.008 0.124
#> SRR2074867 2 0.1010 0.9403 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR2074866 2 0.2378 0.7821 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR2074865 1 0.2250 0.8757 0.896 0.000 0.000 0.000 0.064 0.040
#> SRR2074864 1 0.1845 0.8985 0.920 0.000 0.000 0.000 0.052 0.028
#> SRR2074863 1 0.1657 0.8951 0.928 0.000 0.000 0.000 0.056 0.016
#> SRR2074862 1 0.1219 0.8967 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR2074861 1 0.1075 0.8920 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074860 1 0.3751 0.7788 0.808 0.000 0.000 0.020 0.080 0.092
#> SRR2074859 1 0.1075 0.8930 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074858 2 0.1257 0.9340 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR2074855 2 0.1075 0.9410 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2074857 1 0.1152 0.8959 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR2074856 1 0.1812 0.8677 0.912 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080
#> SRR2074854 1 0.2121 0.8471 0.892 0.000 0.000 0.012 0.000 0.096
#> SRR2074853 1 0.1245 0.9068 0.952 0.000 0.000 0.000 0.032 0.016
#> SRR2074852 2 0.0937 0.9445 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2074851 1 0.1219 0.8952 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR2074850 1 0.0405 0.9050 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR2074849 1 0.1555 0.8819 0.932 0.000 0.000 0.004 0.004 0.060
#> SRR2074848 1 0.1007 0.8935 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074847 1 0.1141 0.8914 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR2074846 1 0.1410 0.9037 0.944 0.000 0.000 0.004 0.008 0.044
#> SRR2074845 1 0.0937 0.8975 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074843 1 0.1053 0.9054 0.964 0.000 0.000 0.012 0.004 0.020
#> SRR2074842 2 0.0405 0.9475 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2074844 2 0.0837 0.9445 0.000 0.972 0.000 0.020 0.004 0.004
#> SRR2074841 2 0.0713 0.9472 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074840 2 0.1075 0.9410 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2074839 1 0.0547 0.9029 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR2074838 2 0.0632 0.9464 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074836 2 0.1138 0.9411 0.000 0.960 0.000 0.024 0.012 0.004
#> SRR2074835 2 0.0865 0.9467 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2074837 1 0.1890 0.8877 0.916 0.000 0.000 0.000 0.060 0.024
#> SRR2074834 2 0.1708 0.9152 0.000 0.932 0.000 0.040 0.024 0.004
#> SRR2074833 1 0.1410 0.9020 0.944 0.000 0.000 0.004 0.044 0.008
#> SRR2074832 2 0.0632 0.9490 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074831 1 0.0748 0.9041 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR2074829 1 0.1075 0.8970 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR2074830 1 0.1349 0.8854 0.940 0.000 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR2074828 1 0.1838 0.8896 0.916 0.000 0.000 0.000 0.068 0.016
#> SRR2074827 2 0.2069 0.8870 0.000 0.908 0.000 0.068 0.020 0.004
#> SRR2074826 2 0.2979 0.8047 0.000 0.852 0.000 0.088 0.056 0.004
#> SRR2074825 2 0.0790 0.9466 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2074824 2 0.1007 0.9426 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2074823 1 0.0622 0.9048 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR2074822 2 0.1141 0.9386 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2074821 2 0.0790 0.9488 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2074820 2 0.0865 0.9454 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2074819 2 0.0806 0.9468 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR2074817 2 0.1075 0.9326 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2074818 2 0.2006 0.9049 0.000 0.904 0.000 0.080 0.016 0.000
#> SRR2074816 1 0.2249 0.8822 0.900 0.000 0.000 0.004 0.064 0.032
#> SRR2074815 2 0.0458 0.9495 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074814 1 0.1327 0.8865 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR2074812 2 0.1349 0.9338 0.000 0.940 0.004 0.056 0.000 0.000
#> SRR2074813 2 0.1267 0.9332 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR2074809 2 0.0790 0.9466 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2074810 2 0.1434 0.9245 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012 0.000
#> SRR2074811 2 0.1285 0.9386 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR2074808 2 0.0146 0.9472 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074807 2 0.0603 0.9454 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR2074806 1 0.2030 0.8842 0.908 0.000 0.000 0.000 0.064 0.028
#> SRR2074805 2 0.0713 0.9475 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074804 1 0.2294 0.8728 0.892 0.000 0.000 0.000 0.072 0.036
#> SRR2074803 1 0.1625 0.8942 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR2074801 1 0.2129 0.8849 0.904 0.000 0.000 0.000 0.056 0.040
#> SRR2074802 2 0.1148 0.9424 0.000 0.960 0.000 0.020 0.016 0.004
#> SRR2074799 2 0.0790 0.9471 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2074800 1 0.0858 0.9024 0.968 0.000 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR2074798 1 0.2653 0.8646 0.876 0.000 0.000 0.004 0.064 0.056
#> SRR2074797 1 0.1074 0.9014 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028
#> SRR2074795 2 0.1007 0.9448 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR2074796 2 0.0405 0.9470 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR2074794 2 0.0790 0.9476 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR2074793 2 0.0458 0.9485 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR2074792 1 0.2221 0.8768 0.896 0.000 0.000 0.000 0.072 0.032
#> SRR2074791 1 0.0972 0.9018 0.964 0.000 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR2074790 2 0.0865 0.9453 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2074789 1 0.2834 0.7799 0.848 0.000 0.000 0.016 0.008 0.128
#> SRR2074788 1 0.1007 0.8990 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR2074787 1 0.1152 0.8918 0.952 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR2074786 2 0.0146 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074785 1 0.1863 0.8917 0.920 0.000 0.000 0.004 0.060 0.016
#> SRR2074784 1 0.2591 0.8636 0.880 0.000 0.000 0.004 0.064 0.052
#> SRR2074783 2 0.0865 0.9463 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR2074782 1 0.1434 0.9030 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR2074779 2 0.0508 0.9470 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR2074781 2 0.1616 0.9150 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020 0.000
#> SRR2074780 1 0.0937 0.8991 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR2074778 2 0.0146 0.9462 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074777 2 0.1957 0.8537 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR2074776 2 0.0632 0.9464 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074775 1 0.2350 0.8717 0.888 0.000 0.000 0.000 0.076 0.036
#> SRR2074774 1 0.1049 0.9032 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR2074773 2 0.0146 0.9464 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2074771 2 0.0692 0.9485 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR2074772 1 0.2307 0.8794 0.896 0.000 0.000 0.004 0.068 0.032
#> SRR2074770 1 0.1625 0.8942 0.928 0.000 0.000 0.000 0.060 0.012
#> SRR2074769 2 0.0937 0.9446 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2074768 2 0.0937 0.9460 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR2074766 2 0.1760 0.9114 0.000 0.928 0.000 0.048 0.020 0.004
#> SRR2074767 1 0.0881 0.9053 0.972 0.000 0.000 0.008 0.008 0.012
#> SRR2074765 1 0.2723 0.7815 0.852 0.000 0.000 0.016 0.004 0.128
#> SRR2074764 2 0.1524 0.9139 0.000 0.932 0.000 0.060 0.008 0.000
#> SRR2074763 2 0.0632 0.9464 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074761 1 0.0790 0.8994 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR2074762 2 0.0858 0.9426 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR2074760 2 0.0806 0.9454 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR2074759 1 0.2190 0.8942 0.900 0.000 0.000 0.000 0.060 0.040
#> SRR2074757 2 0.0363 0.9471 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR2074758 2 0.1075 0.9423 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR2074756 2 0.0713 0.9456 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074755 1 0.2030 0.8831 0.908 0.000 0.000 0.000 0.064 0.028
#> SRR2074754 1 0.2376 0.8692 0.888 0.000 0.000 0.000 0.068 0.044
#> SRR2074753 2 0.2118 0.8565 0.000 0.888 0.000 0.104 0.000 0.008
#> SRR2074752 1 0.0713 0.9000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR2074751 1 0.2442 0.8670 0.884 0.000 0.000 0.000 0.068 0.048
#> SRR2074749 2 0.1141 0.9427 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR2074750 1 0.0806 0.9052 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR2074748 1 0.1807 0.8895 0.920 0.000 0.000 0.000 0.060 0.020
#> SRR2074747 2 0.0405 0.9478 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR2074745 1 0.1701 0.8709 0.920 0.000 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR2074746 1 0.5663 -0.2323 0.496 0.004 0.000 0.032 0.408 0.060
#> SRR2074744 2 0.0146 0.9468 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074743 2 0.1196 0.9405 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008 0.000
#> SRR2074742 5 0.2945 0.5122 0.000 0.004 0.048 0.084 0.860 0.004
#> SRR2074741 1 0.2830 0.8509 0.864 0.000 0.000 0.004 0.068 0.064
#> SRR2074740 2 0.1636 0.9193 0.000 0.936 0.000 0.036 0.024 0.004
#> SRR2074739 1 0.1616 0.9055 0.932 0.000 0.000 0.000 0.048 0.020
#> SRR2074738 2 0.0748 0.9478 0.000 0.976 0.000 0.016 0.004 0.004
#> SRR2074737 2 0.0508 0.9490 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR2074736 2 0.0146 0.9466 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR2074735 1 0.2767 0.8552 0.868 0.000 0.000 0.004 0.072 0.056
#> SRR2074734 2 0.0777 0.9502 0.000 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR2074733 1 0.1584 0.8934 0.928 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR2074732 2 0.0713 0.9474 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2074731 2 0.0632 0.9480 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR2074730 1 0.1588 0.8742 0.924 0.000 0.000 0.004 0.000 0.072
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0